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Ichthyoplankton Classification Tool using Generative Adversarial Networks and Transfer LearningAljaafari, Nura 15 April 2018 (has links)
The study and the analysis of marine ecosystems is a significant part of the marine science research. These systems are valuable resources for fisheries, improving water quality and can even be used in drugs production. The investigation of ichthyoplankton inhabiting these ecosystems is also an important research field. Ichthyoplankton are fish in their early stages of life. In this stage, the fish have relatively similar shape and are small in size. The currently used way of identifying them is not optimal. Marine scientists typically study such organisms by sending a team that collects samples from the sea which is then taken to the lab for further investigation. These samples need to be studied by an expert and usually end needing a DNA sequencing. This method is time-consuming and requires a high level of experience. The recent advances in AI have helped to solve and automate several difficult tasks which motivated us to develop a classification tool for ichthyoplankton. We show that using machine learning techniques, such as generative adversarial networks combined with transfer learning solves such a problem with high accuracy. We show that using traditional machine learning algorithms fails to solve it. We also give a general framework for creating a classification tool when the dataset used for training is a limited dataset. We aim to build a user-friendly tool that can be used by any user for the classification task and we aim to give a guide to the researchers so that they can follow in creating a classification tool.
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Estudos sobre Variabilidade de Amostragem, Distribui-cao e Abundancia de Larvas de Peixes da Regiao Sudes-te do Brasil / Study on sampling variability, distribution and abundance of fish larvae off the Southeastern Coast of BrazilKatsuragawa, Mario 17 April 1985 (has links)
Utilizando-se materiais coletados durante qua-tro cruzeiros oceanográficos com o N/Oc .\"Prof. W. Besnard\", na região Sudeste do Brasil, compreendida entre Cabo Frio (RJ) e Florianópolis (SC), de janeiro de 1980 a março de 1982, foram realizados estudos quali quantitativos so-bre ocorrências de larvas de peixes, relacionando-as com fatores abióticos. Problemas concernentes aos processos de amostragem tambem foram verificadas. Realizaram-se dois tipos de arrastos: arrasto oblíquo com a rede Bongo usando-se malhagens de 0,333 mm (fina) e de 0,505 mm (regular), e arrasto horizontal de superfície com a rede de Neuston, de 0,333 mm de malhagem. Em cada estação oceanográfica, alem das amostras biologicas, efetuaram-se as medições de temperatura e coleta de água para determinação de salinidade. Um total de 35.090 larvas foram analisadas, incluíndo as coletas das redes fina e regular da Bongo e a rede de Neuston. Dentre estas, 61 grupos diferentes foram separados, chegando a níveis específicos em alguns casos.- Dois gêneros e quatro especies foram identificados pela primeira vez na região: Saurida spp, Hygophum spp, Trachinocephalus myops, Synodus foetens Bregmaceros can-tori e Maurolicus muelleri. As famílias predominantes foram Clupeidae, Engraulidae, Myctophidae e Gonostomatidae. De uma maneira geral, a região Sudeste apresentou grande riqueza em taxa, mas com o predomínio de poucos grupos, em termos de abundância. Análises da relação entre larvas de peixes e fatores abióticos revelaram a existência de padrões de ocorrência e distribuição próprios para cada espécie, dentro de uma determinada faixa de variaçao de temperatura e de salinidade. Estudos realizados durante uma estação fixa de 36 horas em Cabo Frio, mostraram uma situação típica da estrutura oceanográfica da região, notando-se mudanças de massas de água no local, devido ao fenômeno da ressurgiê-cia. Este fator, associado ao horário de coleta, deve ter exercido influência de maneira complexa sobre o componen-te biológico, induzindo mudanças na ocorrência de diferentes tipos de larvas. Dois transectos, um ao largo de Cabo Frio e ou-tro ao largo de paranaguá, foram analisados com o intuito de obter-se informações a respeito da ocorrência e distribuição de larvas de acordo com a distância da costa. Os dados hidrográficos comprovam a existincia de diferentes massas de água compondo a estrutura oceanográfica daregião, que por sua vez influenciam a ocorrência e distribuição de larvas. A família Gerreidae teve a maior abundância associada à massa costeira. Sardinella brasiliensis, Harenguia jaguna e Engraulis anchoita foram de distribuição tipicamente nerítica, assim como as famílias Sciaenidae, Bleniidae, Ophidiidae, Carangidae e Cynoglossidae. Por ou-tro lado, Myctophidae, Gonostomatidae, Paralepedidae e Scombridae ocorreram preferencialmente na região ocêanica, que sofre influência da Corrente do Brasil. Análise do material coletado com a rede de Neuston comprovam a importância deste tipo de amostragem su-perficial para os estudos relacionados com o ictioplâncton, uma vez que esta rede captura uma porcentagem da população que é subamostrada pela rede Bongo. Observou-se a tendência de estratificação na camada superficial, principalmete de formas jovens, como no caso de Sardinella brasiliensis. Um aspecto especialmente notável foi o caso das fa-mílias Mugilidae e Mullidae em que a captura se deu significativamente em maior número no arrasto de superfície do que no arrasto oblíquo. Comparando-se os materiais coletados com as re-des finas e regular da Bongo, pôde-se verificar dois pro-blemas relacionados com a seletividade: o entupimento da rede e o escape de larvas menores através da malhagem. Ecomparando-se os materiais coletados durante os períodos diurno e noturno, pôde-se verificar o outro problema importante de seletividade, que é a fuga da boca da rede de larvas maiores. As nossas amostragens parecem nao ter sido afetadas pelo problema de entupimento, como mostram as análises do volume de água filtrada. Já o escape de lar-vas menores foi constatado em vários grupos, tendo sido de terminado para três especies o tamanho a partir do qual este problema começa a se tornar evidente: 7,5 mm para Sardinella brasiliensis e 6,5 mm para Harengula jaguana e Engraulis anchoita. A fuga da boca da rede ocorreu em lar-vas maiores durante o dia, concluindo-se que este problema varia conforme a especie, o padrão de migração vertical e o desenvolvimento do sistema visual. / Four oceanographic cruises have heen carried out off the southeastern Brazilian coast from Cabo Frio (23ºS) to Florianópolis (27°S) during the period from January 1980 to March 1982 by the R/V\" Prof. W. Besnard ,\". Fish larvae taken during these cruises were analysed and influences of abiotic factors on their occurrence were discussed.Problems regarding the sampling process were also discussed. Two kinds of sampling gears were used: Bongo nets fitted with a 0.505 mm and 0.333 mm mesh nets for oblique tow and Neuston net with a 0.333 mesh net for surface horizontal tow. At each sampling station, hydrographic data were sampled in addition to biological data. Total of 35,090 larvae were analysed. Sixty one groups were classified and some dominant ones were identified to spec1es level. Larvae belonging to two genera and four species were identified for the first time in the region under observation, i. e. Saurida spp., Hygophum spp., Synodus foetens, Trachinocephalus myops, Bregmaceros cantori and Maurolicus muelleri. The most abundant families were clupeidae, Engraulidae, Myctophidae and Gonostomatidae. In general, the ichthyoplankton from the southeastern Brazilian coast showed a large variety of larvae, but just few groups were outstandingly abundant. Analysing the relations between occurrence of fish larvae and hydrographic parameters, we found specific distri-bution patterns for each species. At the fixed station off Cabo Frio (22°59\'S; 042º05\'7W), 36 hour observations have been done and biological and hydrographic data have been collected every two hours. A change in the local oceanographic structure during the survey period has been observed along with wind induced coastal upwelling. A change of the oceanographic conditions associated with sampling time, may have influenced the occurrence of fish larvae. In order to obtain information on the distribution patterns of fish larvae in relation to distance from the coast, the samples collected on two transects off Cabo Frio and paranaguá were analysed. The presence of four different water masses in this region was confirmed and the occurrence and distribution of larvae seems to have close relationship with those water masses. Larvae of the family Gerreidae were more abundant in the coas tal water mass and those of Sardinella braziliensis, Harengula jaguana and Engraulis anchoita showed typical neritic distribution. Larvae belonging to the families Sciaenidae, Blenniidae, Ophídiidae, Carangidae and Cynoglossidae also showed the same distribution pattern. On the other hand, larvae belonging to the families Myctophidae, Gonostomatidae, Paralepedidae and Scombridae occurred mainly in the oceanic region where the influence of the Brazil Current is eminent. The ichthyoplankton collected at surface layer with Neuston net showed quite different types and size composition of fish larvae, In comparison with those taken with Bongo nets. Clear tendency of stratification in size composition at the surface layer was observed on some species (e.g. S.braziliensis). Larvae belonging to the families Mugilidae and Mullidae seems to be more concentrated at the surface layer, since they were more frequently sampled with the Neuston neto Three problems related to selectivity of plankton net (clogging, extrusion and avoidance) can be studied compar1ng the materials collected with the Bongo ets fitted with different mesh size nets and sampled at different times of the day. As shown in Figs. 23 and 24, there is no evidence of clogging of the fine mesh net during this survey. On the other hand, the extrusion of smaller larvae was confirmed for many groups and it was observed at sizes smaller than 7.5 mm, 6.5 mm, and 6.5 mm, respectively for S.brasiliensis, H.jaguana and E. anchoita. The avoidance was more remarkeble during the day time for larger larvae, but this problem varies depending on spec1es, migration pattern, and development stage of the visual system of each larvae
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"Variação espaço-temporal do ictioplâncton e condições oceanográficas na Região de Cabo Frio (RJ)" / Spatio-temporal variation of ichthyopalnkton and oceanographic confitions in Cabo Frio (RJ)Lopes, Clarice Leão 30 August 2006 (has links)
O presente trabalho teve como objetivo principal descrever a distribuição espaço-temporal do ictioplâncton da região do cabo Frio (RJ) em relação aos processos físicos de mesoescala, com ênfase na distribuição vertical. A amostragem foi realizada em verão e inverno de 2001, com o N/Oc. Prof. W. Besnard, durante dois cruzeiros do projeto DEPROAS. O ictioplâncton foi coletado com rede Multinet, com 5 redes de 333 m, sendo que cada estrato amostrado teve 20 m, até os 100 m de profundidade. Em laboratório, foram realizadas a triagem do ictioplâncton e identificação das larvas. A análise dos dados foi realizada através de testes estatísticos paramétricos e não paramétricos e análises multivariadas. Não houve um padrão claro de distribuição vertical das larvas em função das classes de comprimento, salvo em alguns casos particulares, como Bregmaceros cantori que teve maior frequência de larvas em pré-flexão associadas à termoclina e também baixa frequência de larvas em pós-flexão próximas à superfície. O padrão de distribuição do ictioplâncton foi determinado, em parte, pelas porcentagens de ACAS, de AC e a concentração de clorofila-a, tanto nos dois períodos. Com base nos resultados obtidos, foi possível demonstrar a influência direta dos processos físicos de mesoescala (i.e. ressurgência e subsidência) e dos padrões de distribuição de clorofila-a sobre a distribuição vertical do ictioplâncton na região do cabo Frio. / The aim of the present work was to describe the spatial and temporal distributions of the ichthyoplankton in the cabo Frio (RJ) region in relation to mesoscale physical processes, with emphasis on its vertical distribution. Samples were taken in the summer and winter 2001 onboard the R/V Prof. W. Besnard, during the two sampling surveys of the DEPROAS project. The ichthyoplankton was collected using a Multinet device with 5 nets of 333 mm meshed; being that each layer had 20 m up to 100m depth. Ichthyoplankton sorting and larvae identification were done in the laboratory. Data analyses were performed using parametric and non-parametric statistical tests, and also multivariate analyses. A clear vertical distributional pattern of larvae in relation to their length classes was not observed, except in some particular cases such as Bregmaceros cantori, which had a higher frequency of pre-flexion larvae associated to the thermocline and also a low frequency of pos-flexion larvae near the surface. The distributional pattern of ichthyoplankton was determined in part, by the percentages of SACW, CW and chlorophyll-a concentration in both periods. Based on these results, it was possible to demonstrate the direct influence of mesoscale physical processes (i.e. upwelling and downwelling) and chlorophyll-a distribution patterns on the vertical distribution of the ichthyoplankton in the cabo Frio region.
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Abundância, distribuição e desenvolvimento das fases iniciais de peixes no estuário do Rio Formoso,Pernambuco - BrasilCASTRO, Maviael Fonsêca de 28 February 2005 (has links)
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Previous issue date: 2005-02-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Qualitative and quantitative surveys of ichthyoplankton are essential to understand the role of eggs and larvae in the pelagic food web and to indicate preferred spawning season and season. Salinity variation may be a primary factor influencing patterns of fish distribution along gradients of an estuarine environment, as well as temperature. Therefore, to better understand the variability of an ecosystem's processes, an analysis of these at different scales of space and time is fundamental. This work aimed at the identification, statistical, biological and ecological evaluation of the ichthioplankton assembly in the Rio Formoso estuary; Being one of the few that is in good condition in the state of Pernambuco. The studied area corresponds to that covering the estuarine complex of the Formoso river, south coast of state (08º 35 '00''S and 035º 95 '00''W), 85 Km from the city of Recife. The material was collected in the period from January to December / 2001 using a 0.5 mm-mesh conical-cylindrical mesh, 30 cm in diameter and 2.0 m in length, and a flowmeter was attached to it. The collections were carried out in the different phases and periods of tides, covering all the dynamics of the waters in the estuary. In the 39 collection campaigns carried out, 399 trawls were carried out, capturing a total of 2,875 fish larvae, 4,120 eggs and 691 juveniles. The occurrence of 30 taxa was identified. Those with the highest median abundance were: Anchovia clupeoides, Atherinella brasiliensis, Bathygobius soporator, Bairdiella ronchus and Gerreidae, with relative participation of 27%, 14%, 12%, 9% and 7%, respectively; Also occurring some species of oceanic habit, such as Hirundichthys affinis, and others difficult to catch, such as Microdesmus bahianus. / Os levantamentos qualitativos e quantitativos do ictioplâncton são essenciais para compreender o papel dos ovos e larvas na teia alimentar pelágica e para indicar local e época preferenciais de desova. A variação da salinidade pode ser um fator primário que influencia nos padrões de distribuição de peixes ao longo de gradientes de um ambiente estuarino, assim como a temperatura. Portanto, para melhor entender a variabilidade de processos de um ecossistema, é fundamental uma análise destes em diferentes escalas de espaço e tempo. Este trabalho objetivou a identificação, avaliação estatística, biológica e ecológica da assembléia ictioplanctônica no estuário do rio Formoso; sendo este um dos poucos que se encontra em bom estado de conservação no estado de Pernambuco. A área estudada corresponde àquela abrangendo o complexo estuarino do rio Formoso, litoral sul de estado (08º 35’ 00’’S e 035º 95’ 00’’W), a 85 Km da cidade de Recife. A coleta do material foi realizada no período de janeiro a dezembro/2001 com a utilização de rede cônico-cilíndrica com malha de 0,5 mm, com diâmetro de 30cm na boca e 2,0m de comprimento, sendo acoplada a esta um fluxômetro. As coletas foram realizadas nas diferentes fases e períodos de marés, abrangendo toda a dinâmica das águas no estuário. Nas 39 campanhas de coleta realizadas, foram efetuados 399 arrastos, capturando um total de 2.875 larvas de peixes, 4.120 ovos e 691 juvenis. Foiidentificada a ocorrência de 30 taxa. Aqueles de maior abundância mediana foram: Anchovia clupeoides, Atherinella brasiliensis, Bathygobius soporator, Bairdiella ronchus e Gerreidae, com participação relativa de 27%, 14%, 12%, 9% e 7%, respectivamente; ocorrendo ainda algumas espécies de hábito oceânico, como Hirundichthys affinis, e outros de difícil captura, como Microdesmus bahianus.
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"Variação espaço-temporal do ictioplâncton e condições oceanográficas na Região de Cabo Frio (RJ)" / Spatio-temporal variation of ichthyopalnkton and oceanographic confitions in Cabo Frio (RJ)Clarice Leão Lopes 30 August 2006 (has links)
O presente trabalho teve como objetivo principal descrever a distribuição espaço-temporal do ictioplâncton da região do cabo Frio (RJ) em relação aos processos físicos de mesoescala, com ênfase na distribuição vertical. A amostragem foi realizada em verão e inverno de 2001, com o N/Oc. Prof. W. Besnard, durante dois cruzeiros do projeto DEPROAS. O ictioplâncton foi coletado com rede Multinet, com 5 redes de 333 m, sendo que cada estrato amostrado teve 20 m, até os 100 m de profundidade. Em laboratório, foram realizadas a triagem do ictioplâncton e identificação das larvas. A análise dos dados foi realizada através de testes estatísticos paramétricos e não paramétricos e análises multivariadas. Não houve um padrão claro de distribuição vertical das larvas em função das classes de comprimento, salvo em alguns casos particulares, como Bregmaceros cantori que teve maior frequência de larvas em pré-flexão associadas à termoclina e também baixa frequência de larvas em pós-flexão próximas à superfície. O padrão de distribuição do ictioplâncton foi determinado, em parte, pelas porcentagens de ACAS, de AC e a concentração de clorofila-a, tanto nos dois períodos. Com base nos resultados obtidos, foi possível demonstrar a influência direta dos processos físicos de mesoescala (i.e. ressurgência e subsidência) e dos padrões de distribuição de clorofila-a sobre a distribuição vertical do ictioplâncton na região do cabo Frio. / The aim of the present work was to describe the spatial and temporal distributions of the ichthyoplankton in the cabo Frio (RJ) region in relation to mesoscale physical processes, with emphasis on its vertical distribution. Samples were taken in the summer and winter 2001 onboard the R/V Prof. W. Besnard, during the two sampling surveys of the DEPROAS project. The ichthyoplankton was collected using a Multinet device with 5 nets of 333 mm meshed; being that each layer had 20 m up to 100m depth. Ichthyoplankton sorting and larvae identification were done in the laboratory. Data analyses were performed using parametric and non-parametric statistical tests, and also multivariate analyses. A clear vertical distributional pattern of larvae in relation to their length classes was not observed, except in some particular cases such as Bregmaceros cantori, which had a higher frequency of pre-flexion larvae associated to the thermocline and also a low frequency of pos-flexion larvae near the surface. The distributional pattern of ichthyoplankton was determined in part, by the percentages of SACW, CW and chlorophyll-a concentration in both periods. Based on these results, it was possible to demonstrate the direct influence of mesoscale physical processes (i.e. upwelling and downwelling) and chlorophyll-a distribution patterns on the vertical distribution of the ichthyoplankton in the cabo Frio region.
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Caracterização do desenvolvimento larval do pacu, Piaractus mesopotamicus (Holmberg, 1887): morfometria e crescimento isométrico / Characterization of larval development of pacu, Piaractus mesopotamicus (Holmberg, 1887): morphometric and isometric growthPaula, Salete de 24 September 2012 (has links)
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Previous issue date: 2012-09-24 / Fundação Araucária / This study describes the development and allometric growth patterns of larval Piaractus mesopotamicus from induced reproduction. From hatching until the 19th day, twenty individuals were selected for eight stage of development (yolk sac larval, preflexion, initial of flexion, flexion, end of flexion and post flexion). Later, morphometric measurements were taken of each individual: total length, head length, trunk length, tail (post anal) length, head height, body height, muscle height at anus leveleye diameter, mouth length, caudal peduncle height and caudal peduncle length. Allometric growth coefficients were calculated by linear regression; the changes in the coefficients of growth relate to ontogenetic changes in the priorities of the larvae. During the developmental stages of larval yolk and pre-flexion (mean CT = 3.363 and 5.89 mm), the larvae showed an evident priority for feeding and swimming capabilities. From the flexion stage (mean CT = 9.33 mm) was observed a change in growth priorities, especially those relating to body height, important characteristic for this species. From the post-flexing stage (mean CT = 16.25 mm) a greater propensity to isometry was evident for all coefficients growths. These results confirm the informations that there are different growth patterns for priority functions during ontogeny initial larvae. This study of morphometric and allometric growth of larvae Piaractus mesopotamicus, may assist the fisheries biology, supporting management strategies and conservation of natural populations / Este estudo descreveu o desenvolvimento e os padrões de crescimento alométrico de larvas de Piaractus mesopotamicus provenientes de reprodução induzida. Desde a eclosão até o 19° dia, vinte indivíduos foram selecionados para oito estágios de desenvolvimento (larval vitelino, pré-flexão, início de flexão, flexão, final de flexão, início de pós-flexão, pós flexão e final de pós-flexão). Posteriormente, foram tomadas medidas morfométricas: comprimento da cabeça, comprimento do tronco, comprimento da cauda anal posterior, altura da cabeça, altura do corpo, altura do músculo em nível do ânus, diâmetro do olho, comprimento da boca, altura do pedúnculo caudal e comprimento do pedúnculo caudal. Os coeficientes de crescimento alométrico foram calculados por meio de regressões lineares; as alterações ocorridas nos coeficientes de crescimento referem-se as mudanças nas prioridades ontogenéticas das larvas. Durante os estágios de desenvolvimento de larval vitelino e pré-flexão (média CT= 3,36 e 5,89 mm) as larvas apresentaram uma evidente prioridade para as capacidades de alimentação e natação. A partir do estágio de flexão (média CT= 9,33 mm) foi observada uma mudança nas prioridades de crescimento, principalmente as relacionadas com a altura do corpo, característica importante para essa espécie. No estágio de pós-flexão (média CT=16,25 mm) uma propensão maior a isometria ficou evidente, para todos os coeficientes de crescimentos. Esses resultados confirmam as informações de que existem padrões diferenciados de crescimento para funções prioritárias durante a ontogenia inicial de larvas. Este estudo sobre morfometria e crescimento alométrico das larvas de Piaractus mesopotamicus, poderá auxiliar a biologia pesqueira, subsidiando as estratégias de manejo e conservação das populações naturais
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Caracterização do desenvolvimento ontogenético de Steindachneridion melanodermatum (Garavello, 2005) (pisces, siluriformes) da Bacia do Rio Iguaçu, Brasil / Ontogenetic development charactherization of Steindachneridion melanodermatum (Garavello, 2005) (pisces, siluriformes) from the river Iguaçu basin, BrazilSereia, Diesse Aparecida de Oliveira 01 March 2010 (has links)
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Previous issue date: 2010-03-01 / The species Steindachneridion melanodermatum is an endemic fish to the Iguaçu River basin. Has great potential for pisciculture, however its initial development is still unclear, which limits the progress in the cultivation of this species. In this way, this study aimed to characterize the development ontogenetic of Surubim-do-iguaçu. The eggs larvae were obtained by induced spawning performed at the Experimental Station of Ichthyological Studies of the Ney Braga Power Plant (Salto Segredo Power Plant), Energy Company of Paraná (COPEL), between the months of January to March 2009. The morphometric and meristic variables were analyzed in 529 eggs, 370 larvae in preflexion, flexion and postflexion stages, and 117 juveniles. The eggs are spherical, transparent and non-adhesive, have an average diameter of 3.17 mm, perivitelline space of 0.96 mm and 2.12 mm calf. The larvae hath 33 hours and 30 minutes after fertilization (26.5° C). The larvae have a fusiform body without pigmentation initial, median eyes, intestine that goes beyond the middle portion of the body and the number of total myomeres ranged from 42 to 48. The juveniles resemble an adult, with a standard length of 28.43 mm and pigmentation formed by chromatophores punctiform irregularly distributed throughout the body / A espécie Steindachneridion melanodermatum é um peixe endêmico a bacia do rio Iguaçu que apresenta um grande potencial para a piscicultura, porém seu desenvolvimento inicial ainda é pouco conhecido, o que limita os progressos no cultivo desta espécie. Dessa forma, o presente estudo teve como objetivo caracterizar o desenvolvimento ontogenético do Surubim-do-iguaçu. Os ovos e larvas foram obtidos através de desovas induzidas realizadas na Estação Experimental de Estudos Ictiológicos da Usina Ney Braga (Salto Segredo), Companhia Paranaense de Energia (COPEL), entre os meses de janeiro e março de 2009. Foram analisadas as variáveis morfométricas e merísticas em 529 ovos, 370 larvas em diferentes estágios (pré-flexão, flexão e pós-flexão) e 117 juvenis. Os ovos são esféricos, transparentes e não adesivos, apresentam um diâmetro médio de 3,17 mm, espaço perivitelino de 0,96 mm e vitelo de 2,12 mm. A eclosão ocorreu 33 horas e 30 minutos após a fertilização a uma temperatura de 26,5 °C. As larvas apresentam um corpo fusiforme, sem pigmentação inicial, olhos medianos, intestino que ultrapassa a porção mediana do corpo e o número de miômeros totais que varia entre 42 48. Os juvenis se assemelham a um adulto, com um comprimento padrão de 28,43 mm e pigmentação formada por cromatóforos puntiforme distribuídos irregularmente pelo corpo
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Estudos sobre Variabilidade de Amostragem, Distribui-cao e Abundancia de Larvas de Peixes da Regiao Sudes-te do Brasil / Study on sampling variability, distribution and abundance of fish larvae off the Southeastern Coast of BrazilMario Katsuragawa 17 April 1985 (has links)
Utilizando-se materiais coletados durante qua-tro cruzeiros oceanográficos com o N/Oc .\"Prof. W. Besnard\", na região Sudeste do Brasil, compreendida entre Cabo Frio (RJ) e Florianópolis (SC), de janeiro de 1980 a março de 1982, foram realizados estudos quali quantitativos so-bre ocorrências de larvas de peixes, relacionando-as com fatores abióticos. Problemas concernentes aos processos de amostragem tambem foram verificadas. Realizaram-se dois tipos de arrastos: arrasto oblíquo com a rede Bongo usando-se malhagens de 0,333 mm (fina) e de 0,505 mm (regular), e arrasto horizontal de superfície com a rede de Neuston, de 0,333 mm de malhagem. Em cada estação oceanográfica, alem das amostras biologicas, efetuaram-se as medições de temperatura e coleta de água para determinação de salinidade. Um total de 35.090 larvas foram analisadas, incluíndo as coletas das redes fina e regular da Bongo e a rede de Neuston. Dentre estas, 61 grupos diferentes foram separados, chegando a níveis específicos em alguns casos.- Dois gêneros e quatro especies foram identificados pela primeira vez na região: Saurida spp, Hygophum spp, Trachinocephalus myops, Synodus foetens Bregmaceros can-tori e Maurolicus muelleri. As famílias predominantes foram Clupeidae, Engraulidae, Myctophidae e Gonostomatidae. De uma maneira geral, a região Sudeste apresentou grande riqueza em taxa, mas com o predomínio de poucos grupos, em termos de abundância. Análises da relação entre larvas de peixes e fatores abióticos revelaram a existência de padrões de ocorrência e distribuição próprios para cada espécie, dentro de uma determinada faixa de variaçao de temperatura e de salinidade. Estudos realizados durante uma estação fixa de 36 horas em Cabo Frio, mostraram uma situação típica da estrutura oceanográfica da região, notando-se mudanças de massas de água no local, devido ao fenômeno da ressurgiê-cia. Este fator, associado ao horário de coleta, deve ter exercido influência de maneira complexa sobre o componen-te biológico, induzindo mudanças na ocorrência de diferentes tipos de larvas. Dois transectos, um ao largo de Cabo Frio e ou-tro ao largo de paranaguá, foram analisados com o intuito de obter-se informações a respeito da ocorrência e distribuição de larvas de acordo com a distância da costa. Os dados hidrográficos comprovam a existincia de diferentes massas de água compondo a estrutura oceanográfica daregião, que por sua vez influenciam a ocorrência e distribuição de larvas. A família Gerreidae teve a maior abundância associada à massa costeira. Sardinella brasiliensis, Harenguia jaguna e Engraulis anchoita foram de distribuição tipicamente nerítica, assim como as famílias Sciaenidae, Bleniidae, Ophidiidae, Carangidae e Cynoglossidae. Por ou-tro lado, Myctophidae, Gonostomatidae, Paralepedidae e Scombridae ocorreram preferencialmente na região ocêanica, que sofre influência da Corrente do Brasil. Análise do material coletado com a rede de Neuston comprovam a importância deste tipo de amostragem su-perficial para os estudos relacionados com o ictioplâncton, uma vez que esta rede captura uma porcentagem da população que é subamostrada pela rede Bongo. Observou-se a tendência de estratificação na camada superficial, principalmete de formas jovens, como no caso de Sardinella brasiliensis. Um aspecto especialmente notável foi o caso das fa-mílias Mugilidae e Mullidae em que a captura se deu significativamente em maior número no arrasto de superfície do que no arrasto oblíquo. Comparando-se os materiais coletados com as re-des finas e regular da Bongo, pôde-se verificar dois pro-blemas relacionados com a seletividade: o entupimento da rede e o escape de larvas menores através da malhagem. Ecomparando-se os materiais coletados durante os períodos diurno e noturno, pôde-se verificar o outro problema importante de seletividade, que é a fuga da boca da rede de larvas maiores. As nossas amostragens parecem nao ter sido afetadas pelo problema de entupimento, como mostram as análises do volume de água filtrada. Já o escape de lar-vas menores foi constatado em vários grupos, tendo sido de terminado para três especies o tamanho a partir do qual este problema começa a se tornar evidente: 7,5 mm para Sardinella brasiliensis e 6,5 mm para Harengula jaguana e Engraulis anchoita. A fuga da boca da rede ocorreu em lar-vas maiores durante o dia, concluindo-se que este problema varia conforme a especie, o padrão de migração vertical e o desenvolvimento do sistema visual. / Four oceanographic cruises have heen carried out off the southeastern Brazilian coast from Cabo Frio (23ºS) to Florianópolis (27°S) during the period from January 1980 to March 1982 by the R/V\" Prof. W. Besnard ,\". Fish larvae taken during these cruises were analysed and influences of abiotic factors on their occurrence were discussed.Problems regarding the sampling process were also discussed. Two kinds of sampling gears were used: Bongo nets fitted with a 0.505 mm and 0.333 mm mesh nets for oblique tow and Neuston net with a 0.333 mesh net for surface horizontal tow. At each sampling station, hydrographic data were sampled in addition to biological data. Total of 35,090 larvae were analysed. Sixty one groups were classified and some dominant ones were identified to spec1es level. Larvae belonging to two genera and four species were identified for the first time in the region under observation, i. e. Saurida spp., Hygophum spp., Synodus foetens, Trachinocephalus myops, Bregmaceros cantori and Maurolicus muelleri. The most abundant families were clupeidae, Engraulidae, Myctophidae and Gonostomatidae. In general, the ichthyoplankton from the southeastern Brazilian coast showed a large variety of larvae, but just few groups were outstandingly abundant. Analysing the relations between occurrence of fish larvae and hydrographic parameters, we found specific distri-bution patterns for each species. At the fixed station off Cabo Frio (22°59\'S; 042º05\'7W), 36 hour observations have been done and biological and hydrographic data have been collected every two hours. A change in the local oceanographic structure during the survey period has been observed along with wind induced coastal upwelling. A change of the oceanographic conditions associated with sampling time, may have influenced the occurrence of fish larvae. In order to obtain information on the distribution patterns of fish larvae in relation to distance from the coast, the samples collected on two transects off Cabo Frio and paranaguá were analysed. The presence of four different water masses in this region was confirmed and the occurrence and distribution of larvae seems to have close relationship with those water masses. Larvae of the family Gerreidae were more abundant in the coas tal water mass and those of Sardinella braziliensis, Harengula jaguana and Engraulis anchoita showed typical neritic distribution. Larvae belonging to the families Sciaenidae, Blenniidae, Ophídiidae, Carangidae and Cynoglossidae also showed the same distribution pattern. On the other hand, larvae belonging to the families Myctophidae, Gonostomatidae, Paralepedidae and Scombridae occurred mainly in the oceanic region where the influence of the Brazil Current is eminent. The ichthyoplankton collected at surface layer with Neuston net showed quite different types and size composition of fish larvae, In comparison with those taken with Bongo nets. Clear tendency of stratification in size composition at the surface layer was observed on some species (e.g. S.braziliensis). Larvae belonging to the families Mugilidae and Mullidae seems to be more concentrated at the surface layer, since they were more frequently sampled with the Neuston neto Three problems related to selectivity of plankton net (clogging, extrusion and avoidance) can be studied compar1ng the materials collected with the Bongo ets fitted with different mesh size nets and sampled at different times of the day. As shown in Figs. 23 and 24, there is no evidence of clogging of the fine mesh net during this survey. On the other hand, the extrusion of smaller larvae was confirmed for many groups and it was observed at sizes smaller than 7.5 mm, 6.5 mm, and 6.5 mm, respectively for S.brasiliensis, H.jaguana and E. anchoita. The avoidance was more remarkeble during the day time for larger larvae, but this problem varies depending on spec1es, migration pattern, and development stage of the visual system of each larvae
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Influência das massas de água sobre a distribuição das larvas de Myctophidae (Teleostei) e análise de aspectos biológicos de Myctophum affine na costa sudeste do Brasil (22ºS-25ºS) / Distribution of Myctophidae (Teleostei) larvae under the influence of water masses and biological aspects of Myctophum affine in the southeast Brazilian waters (22°S-25°S)Namiki, Claudia Akemi Pereira 06 August 2013 (has links)
Com o objetivo de investigar a influência das massas de água sobre a distribuição horizontal e vertical das larvas de Myctophidae e de analisar a condição nutricional, o crescimento e a mortalidade de Myctophum affine, amostragens foram realizadas através de arrastos oblíquos (rede bongô) e estratificados (rede Multinet), em águas do sudeste brasileiro, desde a costa até o talude, entre cabo de São Tomé (RJ) e ilha de São Sebastião (SP). A intrusão da Água Central do Atlântico Sul diminuiu a extensão da Água Tropical (AT) sobre a plataforma. Como as larvas de Myctophidae foram associadas à AT, esse processo reduziu a ocorrência dessas larvas na plataforma. As espécies apresentaram diferentes padrões de distribuição vertical e horizontal, ressaltando a importância da identificação em nível taxonômico específico para a obtenção de um padrão de distribuição mais refinado. A análise histológica dos hepatócitos de Myctophum affine, a espécie mais abundante, evidenciou que a maioria das larvas estava em boa condição nutricional; apenas aquelas nos estágios menos avançados apresentavam sinais de inanição severa. Sua taxa de crescimento média (0,33 mm/dia) foi considerada intermediária entre os mictofídeos e a duração de seu período larval uma das menores. A taxa de mortalidade (11,8%) ficou abaixo da média obsevada para espécies de peixes marinhos, sendo similar a de alguns epipelágicos da região. Dessa forma, a alta abundância, baixa taxa de mortalidade e boa condição nutricional das larvas de M. affine mostraram que essa área é um importante berçário para essa espécie, e provavelmente para outros mictofídeos. / In order to investigate the influence of water masses on the horizontal and vertical distribution of Myctophidae larvae and to analyze the nutritional condition, growth and mortality of Myctophum affine, oblique and stratified tows were done using bongo net and Multinet respectively, in the southeastern Brazilian Bight, between São Tomé cape (RJ) and São Sebastião island (SP) from the coastal region to the continental slope. The intrusion of South Atlantic Central Water (SACW) reduced the extent of Tropical Water (TW) over the shelf. As Myctophidae larvae were associated with TW, this process reduced larval abundance in the shelf. Species showed different patterns of vertical and horizontal distribution, emphasizing the importance of identification at species level to obtain a more detailed distribution pattern. Histological analysis of hepatocytes of the M. affine, the most abundant species, showed that the majority of larvae was in good nutritional condition; only those in early stages presented signs of severe starvation. The average growth rate of the M. affine (0.33 mm/day) was considered intermediate among lanternfishes, and the duration of its larval period is among the shortest one. The mortality rate (11.8%) was below average compared with other marine fish species, but it was similar to some epipelagic fishes that occur in the region. Therefore, high abundance, low mortality rate and good nutritional condition of M. affine larvae, showed that this is an important nursery area for this species, and probably to other lanternfishes.
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Engraulis anchoita (Clupeiformes: Engraulidae) eggs and larvae in the Southeastern Brazilian Bight: new perspectives from a historical data set (1974 - 2010) / Engraulis anchoita (Clupeiformes: Engraulidae) ovos e larvas na Plataforma Continental Sudeste do Brasil: novas perspectivas a partir de um conjunto de dados históricos (1974 - 2010)Favero, Jana Menegassi Del 23 August 2016 (has links)
The main objective of this dissertation was to evaluate long-term fluctuations in the distribution and abundance of Engraulis anchoita eggs and larvae in the Southeastern Brazilian Bight (SBB). Engraulis anchoita is a fish species that is ecologically and economically important. We analyzed samples and abiotic data from eighteen oceanographic cruises conducted during austral late spring and early summer from 1974 to 2010. Two different stocks were detected in the SBB based on egg size, with the predominant stock in the area having smaller eggs than the stock in the region further south. Using indicative kriging, we identified occasional (e.g. Florianópolis - 27°S and off Santos Bay) and avoided (e.g. off São Sebastião Island and off Cananéia-Iguape Coastal System) spawning sites. Through zero-inflated models, spatial factors (different areas and the local depth) were related to the probability of sampling false zeros and temporal and oceanographic conditions (different years and temperature) with egg and larvae abundance. We also described faster and more accurate methodology to identify E. anchoita eggs, and compared the mesh-size efficiency to sample eggs and analyzed how egg size varied seasonally. Our results may support future studies and may assist a future fishery management of E. anchoita, a species not yet exploited in the SBB. / O principal objetivo dessa tese foi analisar as flutuações de longo-prazo na distribuição e abundância de ovos e larvas de Engraulias anchoita, uma espécie de peixe de importância econômica e ecológica, na Plataforma Continental Sudeste do Brasil (PCSE). Nós analisamos amostras e dados abióticos de dezoito cruzeiros oceanográficos realizados durante o fim da primavera e o começo do verão de 1974 a 2010. Dois estoques distintos foram identificados com base no tamanho dos ovos, um predominante e com menor tamanho e outro de maior tamanho ao sul da PCSE. Através de \"krigagem\" indicativa, foram identificadas áreas de desova ocasional (como ao norte de Florianópolis e a área ao largo da baía de Santos) e áreas em que a desova foi evitada (como em frente à Ilha de São Sebastião e ao Sistema Costeiro Cananéia-Iguape). Usando modelos inflacionados de zeros, os fatores espaciais (diferentes áreas e profundidades amostradas) foram relacionados com a probabilidade de se amostrar falso zero, enquanto os fatores temporais e oceanográficos (diferentes anos e temperatura) foram relacionados com a abundância de ovos e larvas. Apresentamos também uma metodologia mais rápida e mais eficiente para identificar os ovos de E. anchoita, comparamos as amostragens realizadas com duas malhagens diferentes e analisamos variações sazonais do tamanho dos ovos capturados. Assim, nossos resultados poderão auxiliar estudos futuros e também no manejo pesqueiro da espécie em questão, ainda não explorada comercialmente na área de estudo.
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