Le développement de techniques à haut débit fournit de nombreuses données sur le fonctionnement de réseaux de régulation. Il devient donc de plus en plus important de développer des techniques qui permettent de déduire la topologie et le fonctionnement des réseaux de régulation à partir des données expérimentales. La plupart des études dans ce domaine se focalisent sur la reconstruction de l'architecture locale du réseau de régulation et la détermination des paramètres qui relient les composants du réseau. Cependant, les réseaux biologiques ne sont jamais entièrement connus. L'absence d'un noeud important dans le réseau de régulation peut facilement conduire à de mauvaises prédictions de la structure du réseau ou des paramètres d'interactions. Dans cette thèse, nous proposons une méthode qui permet d'inférer l'existence, le profile d'expression et la connexion au reste du réseau d'un gène (ou de gènes) manquant. Pour résoudre ce problème difficile, nous devons simplifier la description du réseau de régulation. Nous faisons l'hypothèse communément acceptée que les interactions dans le réseau sont décrites par des fonctions de Hill. Nous approximons ces fonctions trop compliquées par des fonctions de puissance et nous montrons que cette simplification préserve la dynamique du réseau. En prenant le logarithme du système d'équations nous convertissons le système non-linéaire en un système linéaire. De nombreux outils sont disponibles pour analyser des systèmes linéaires. Nous utilisons l'analyse factorielle (FA) et l'analyse de composants indépendants (ICA) pour extraire le profil d'expression du gène inconnu à partir des profils d'expression des parties connues du réseau de régulation. Après avoir estimé le pattern d'expression du gène inconnu, nous explorons les différentes possibilités de connecter ce gène au reste du réseau. Une recherche exhaustive est trop coûteuse pour des grands réseaux de régulation. Nos proposons donc un algorithme de réduction de l'espace de recherche pour diminuer le nombre de calculs nécessaires. L'algorithme proposé est robuste au bruit expérimental et le profil d'expression du gène inconnu est retrouvé avec une probabilité de 80% dans des réseaux de petite taille et avec une probabilité de 60% pour des grands réseaux. FA est plus efficace que ICA pour extraire le profile du gène inconnu. L'algorithme est finalement appliqué à un réseau biologique réel: le réseau de régulation de la transcription du gène acs d'Escherichia coli. Nous prédisons qu'il y a un gène manquant dans ce réseau et les deux méthodes d'extraction du signal trouvent un profil d'expression très similaire pour le gène inconnu. De plus, ce profil d'expression est identique dans trois contextes expérimentaux différents : la souche sauvage, la souche dont l'adénylate cyclase a été délété et cette même souche complémentée par des l'AMPc ajouté au milieu de croissance. Puisque le profil d'expression du gène inconnu reste le mŘme dans les trois souches nous pouvons conclure que ce gène est indépendant de l'AMPc. Les deux méthodes d'extraction du profil d'expression prédisent deux structures différentes du réseau complet. FA prédit que le gène manquant contrôle l'expression de fis, tandis que ICA prédit que le gène inconnu contrôle d'expression de crp. / With the development of hight-throughput technologies, the investigation of the topologies and the functioning of genetic regulatory networks have become an important research topic in recent years. Most of the studies concentrate on reconstructing the local architecture of genetic regulatory networks and the determination of the corresponding interaction parameters. The preferred data sources are time series expression data. However, inevitably one or more important members of the regulatory network will remain unknown. The absence of important members of the genetic circuit leads to incorrectly inferred network topologies and control mechanisms. In this thesis we propose a method to infer the connection and expression pattern of these “missing genes”. In order to make the problem tractable, we have to make further simplifying assumptions. We assume that the interactions within the network are described by Hill-functions. We then approximate these functions by power-law functions. We show that this simplification still captures the dynamic regulatory behaviors of the network. The genetic control system can now be converted to linear model by using a logarithm transformation. In another word, we can analyze the genetic regulatory networks by linear approaches. In the logarithmic space, we propose a procedure for extracting the expression profile of a missing gene within the otherwise defined genetic regulatory network. The algorithm also determines the regulatory connections of this missing gene to the rest of the regulation network. The inference algorithm is based on Factor Analysis, a well-developed multivariate statistical analysis approach that is used to investigate unknown, underlying features of an ensemble of data, in our case the promoter activities and intracellular concentrations of the known genes. We also explore a second blind sources separation method, “Independent Component Analysis”, which is also commonly used to estimate hidden signals. Once the expression profile of the missing gene has been derived, we investigate possible connections of this gene to the remaining network by methods of search space reduction. The proposed method of inferring the expression profile of a missing gene and connecting it to a known network structure is applied to artificial genetic regulatory networks, as well as a real biologicial network studied in the laboratory: the acs regulatory network of Escherichia coli. In these applications we confirm that power-law functions are a good approximation of Hill-functions. Factor Analysis predicts the expression profiles of missing genes with a high accuracy of 80% in small artificial genetic regulatory networks. The accuracy of Factor Analysis of predicting the expression profiles of missing genes of large artificial genetic regulatory networks is 60%. In contrast, Independent Component Analysis is less powerful than Factor Analysis in extracting the expression profiles of missing components in small, as well as large, artificial genetic regulatory networks. Both Factor Analysis and Independent Component suggest that only one missing gene is sufficient to explain the observed expression profiles of Acs, Fis and Crp. The expression profiles of the missing genes in the △cya strain and in the △cya strain supplemented with cAMP estimated by Factor Analysis and Independent Component Analysis are very similar. Factor Analysis suggests that fis is regulated by the missing genes, while Independent Component Analysis suggests that crp is controlled by the missing gene.

La thèse s’intéresse à l’étude du fonctionnement d’un système industriel. Il s’agit de proposer et de développer un nouveau modèle pour modéliser la dégradation accumulative d’un système. Le processus gamma standard est fréquemment utilisé pour étudier l’évolution de la détérioration d’un système. Toutefois, ce processus peut s’avérer inadapté pour décrire le phénomène de dégradation car le rapport variance sur moyenne est constant dans le temps, ce qui est relativement restrictif en pratique. Afin de surmonter cette restriction, nous proposons d’utiliser un processus gamma étendu introduit par Cinlar (1980), qui ne souffre plus de cette restriction. Mais ce dernier présente quelques difficultés techniques. A titre d’exemple, la loi d’un processus gamma étendu n’est pas connue sous une forme explicite. Ces difficultés techniques ont conduit Guida et al. (2012) à utiliser une version discrète d’un processus gamma étendu. Nous travaillons ici avec la version originale d’un processus gamma étendu en temps continu. Le but de ce mémoire est de développer des méthodes numériques permettant de quantifier les quantités fiabilistes associées et de développer des méthodes statistiques d’estimation des paramètres du modèle. Aussi, une autre partie de ce travail consiste à proposer une politique de maintenance dans le contexte d’un processus gamma étendu. / This thesis is dedicated to study the functioning of an industrial system. It is about proposing and developing a new model for modelling the accumulative degradation of a system. The standard gamma process is widely used to model the evolution of the system degradation. A notable restriction of a standard gamma process is that its variance-to-mean ratio is constant over time. This may be restrictive within an applicative context. To overcome this drawback, we propose to use an extended gamma process, which was introduced by Cinlar (1980). However, there is a cost and the use of an extended gamma process presents some technical difficulties. For example, there is no explicit formula for the probability distribution of an extended gamma process. These technical difficulties have lead Guida et al. (2012) to use a discrete version of an extended gamma process. We here propose to deal with the original continuous time version. The aim of this work is to develop numerical methods in order to compute the related reliability function and to develop statistical methods to estimate the parameters of the model. Also, another part of this work consists of proposing a maintenance policy within the context of an extended gamma process.

La politique européenne de voisinage (PEV) est née de la volonté de développer un espace de prospérité et de stabilité aux frontières de l’Union élargie. Elle vise à renforcer la coopération politique, sécuritaire, économique et culturelle entre l’UE et ses nouveaux voisins immédiats ou proches, tout en atténuant le caractère séparatif des frontières européennes en engageant les pays voisins dans une coopération mutuellement avantageuse avec l’UE. La thèse étudie le volet oriental de la PEV qui couvre des Etats de l’Est (Ukraine, Biélorussie, Russie). Ces pays occupent aujourd’hui une place croissante dans la stratégie internationale de l’UE. L’adhésion des nouveaux pays membres de l’Europe centrale en 2004 a apporté une nouvelle fragilité, tout en créant un fort groupe de pression qui demandait un engagement direct de l’Union européenne dans les affaires concernant don voisinage immédiat. Disposant d’une parfaite connaissance de la situation économique de cette région et d’une grande expérience de coopération avec la Biélorussie, la Russie et l’Ukraine, ces pays cherchaient à orienter la politique étrangère de la Communauté vers de nouvelles voies d’actions. L’objectif de recherche concerne l’évaluation globale du rôle et de la contribution des nouveaux pays membres, et plus particulièrement de la Pologne, dans l’élaboration commune de la politique orientale de l’Union européenne dans les années 2004-2007. / The European Neighbourhood Policy (ENP) was developed in order to insure a zone of stability and prosperity on the borders of the European Union (EU). It aims at strengthening political, economic, cultural, and security cooperation between the EU and its neighbours. Its objective is to engage neighbouring States into a mutually beneficial cooperation with the EU. The present doctorate thesis focuses on the Eastern dimension of the ENP which includes Eastern States like Ukraine, Belarus and Russia. These countries have an important role to play in the EU international straetegy. New Eastern European countries adhering in 2004 brought in a new frailty yet creating a strong pressure group asking for a strong commitment of the EU in matters related to immediate neighbourhood. Those countries are thoroughly aware of the economic situation of the region and have a wide experience cooperating with Belarus, Russia and Ukraine; they sought to have an influence on the Community's foreign affairs policy by means of new paths of action. The aim of this research concerns the global evaluation of the new Members States' - and Poland's in particular - part in and the contribution to jointly elaborating the Eastern European Union's eastern policy for the years 2004-2007.

Cette thèse explorera la politique étrangère de la Russie et les relations internationales dans le changement, monde multipolaire, spécifiquement depuis l'an 2000. Le début du XXIème siècle a été marqué par plusieurs grandes transformations dans la politique internationale. Ce sont : la diminution progressive des États-Unis en tant que puissance hégémonique mondiale et l'émergence de nouveaux pôles; le revirement politique de la politique étrangère du Kremlin à l'écart du parcours libéral de l'intégration occidentale rapide. Tout cela force la Russie à réexaminer sa position dans le monde, en particulier par rapport aux puissances occidentales et orientales. La question principale que cet exposé explorera est la suivante : Quelle est la place de la Russie dans le nouvel ordre international? Plus particulièrement, comment la Russie se perçoit par rapport à l'Occident et l'Orient, et comment cette perception de soi a établi les priorités de sa politique étrangère? Ce rapport se concentrera sur les relations de la Russie avec les États-Unis et la Chine depuis les années 2000. On dira que ces relations, avec la perception russe générale de soi comme une grande puissance, ont profondément façonné la politique étrangère actuelle du pays. On démontrera que, suite au fait que ni la Chine ni les États-Unis sont disposés à traiter la Russie comme un partenaire égal, la Russie a été (et sera) motivée à s'affirmer comme une puissance hégémonique indépendante sur l'espace de l'ex-Union soviétique. Cette position sera transmise à travers l'analyse d'études de cas sur les relations de la Russie avec les États-Unis et la Chine au cours de la dernière décennie. L'essence de ces relations est considérée comme l'opposition de la Russie à l'élargissement de l'OTAN et de la coopération de la Russie avec la Chine en matière de sécurité et de l'énergie, respectivement. Pour acquérir une compréhension globale de la manière dont les rapports précités ont façonné la politique étrangère de la Russie, le néo-réaliste et les théories constructivistes sociales seront placés en juxtaposition à ces études de cas. À travers la lentille de néoréaliste le paradigme de Waltz, le présent document s'efforce d'exposer les menaces pour la sécurité et les dilemmes pour décideurs politiques de Moscou sur le plan structurel et leurs répercussions sur les affaires extérieures du pays. Grâce à l'utilisation de la lentille constructiviste, l'influence de l'identité de la Russie et le contexte historique de la Russie sur la politique étrangère du pays au niveau de l'individu sera explorée. Ces théories seront par la suite testées pour leur utilité pour comprendre et expliquer les récentes actions politiques importantes de la Russie et la place actuelle du pays dans le monde. Cette recherche revêt une valeur dans le champ de la science politique, la politique étrangère de la Russie a toujours influé sur la stabilité et la sécurité du continent européen, et elle continue de le faire aujourd'hui. Les événements récents, tels que le succès relatif de la Russie en s'opposant à l'élargissement de l'OTAN, démontrent la croissance du rôle et de la puissance du pays dans le monde ainsi que la complexité de ses méthodes politiques. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : l'élargissement de l'OTAN, politique étrangère de la Russie dans monde multipolaire, Chine, des États-Unis, CIS

Cette thèse porte sur l’émergence sur la scène chilienne d’un nouvel acteur dans la production du livre, acteur qui s’organise à la fin des années 1990 en se définissant lui-même en tant qu’éditeur indépendant et qui, au cours des premières années du XXIe siècle, élargit cette définition pour inclure le phénomène de l’édition autonome et le domaine de l’édition universitaire. Le point de ralliement de ces acteurs, organisés autour de l’association Editores de Chile, est la reprise et l’affirmation d’un rôle moderne des éditeurs de livres, au sens des Lumières. On peut constater l’articulation entre les revendications spécifiques du secteur et ses positions politiques sur la valeur symbolique de la production culturelle, sur son rôle en tant que facteur de construction identitaire et démocratique car l’accès aux livres ne peut pas être restreint par l’action sans contrepoids du marché. L’angle théorique que nous proposons est celui des théories des industries culturelles tout en intégrant aussi les contributions des études culturelles. En nous situant dans une perspective de l’économie politique des industries culturelles, nous chercherons à redéfinir le concept d’indépendance par le biais d’une analyse des stratégies d’unités économiques (les maisons d’édition) et des rapports entre ces unités et leurs contextes géographiques, politiques et culturels spécifiques. Nous tenons aussi en considération des éléments macrostructurels, mais en considérant que leur capacité d’influence est toujours relative et, en conséquence, doit faire l’objet d’une réévaluation en fonction des rapports de forces et des conjonctures politiques, économiques et sociales spécifiques. Nous pensons que l’indépendance n’est pas un phénomène qui n’est pas exclusif au monde de l’édition. Nous avons fait le constat qu’il existe aussi au sein des industries de l’enregistrement sonore, de l’audiovisuel et des médias comme la presse, la radio et, en moindre proportion, la télévision. En termes méthodologiques, nous proposons une approche qui combine des méthodes et des instruments quantitatifs et qualitatifs, c’est-à-dire, l’analyse des statistiques de l’édition au Chili (fréquences des titres, genres et auteurs), des entrevues semi-structurées et une analyse documentaire. Avant d’aborder la description et l’analyse de la production de livres au Chili et du sens que les éditeurs donnent à l’indépendance et à leurs prises de position dans le champ culturel, nous proposons une description historique et industrielle de l’édition du livre chilien. Cette description permet de comprendre la naissance et le développement du secteur en regard des processus politiques, économiques et sociaux du Chili et de l’Amérique latine, ainsi que sa situation actuelle en regard des nouvelles conditions politiques et économiques qui résultent du processus de globalisation et des transformations néolibérales locales et internationales. La recherche examine ensuite le caractère de la production de livres publiés au Chili entre les années 2000 et 2005 en considérant les titres produits, les auteurs et les genres. Cette analyse permet aussi d’établir des différences entre ces maisons d’édition et celles qui relèvent des grands conglomérats transnationaux de l’édition de livres. Cette analyse comparative nous permet d’établir de manière concluante des différences quant au nombre et á la diversité et l’intérêt culturel des livres publiés entre les éditeurs transnationaux et les éditeurs indépendants regroupés sous le nom de Editores de Chile. Cette analyse permet aussi d’établir des liens précis entre la production des éditeurs indépendants et leurs objectifs culturels et politiques explicites. Nous faisons ensuite état, par le biais de l’exposition et de l’analyse des entrevues réalisées avec les éditeurs, des trajectoires de ces organisations en tenant compte des périodes historiques spécifiques qui ont servi de contexte à leur création et à leur développement. Nous mettons ici en rapport ces trajectoires des éditeurs, les définitions de leurs missions et les stratégies mobilisées. Nous tenons aussi compte des dimensions internationales de ces définitions qui s’expriment dans leur participation au sein d’organisations internationales telle que l’Alliance internationale d’éditeurs indépendants (Gijón 2000 et Dakar 2003) et, spécifiquement, leur expression dans la coopération avec des maisons d’édition latino-américaines. Les entrevues et l’analyse documentaire nous permettent d‘entrevoir les tensions entre la politique culturelle de l’État chilien, en contraste avec des définitions, des objectifs et des actions politiques de Editores de Chile. Nous relions donc dans l’analyse, l’émergence de l’édition indépendante et les résistances qu’engendrent la globalisation des marchés culturels et les mouvements de concentration de la propriété, ainsi que les effets et réponses aux transformations néolibérales au plan des politiques culturelles publiques. Nous concluons alors à la nécessité d’une économie politique critique des industries culturelles qui puisse se pencher sur ces phénomènes et rendre compte non seulement de rapports entre conglomérats et indépendants et du développement des filières de la production culturelle, mais aussi du déploiement des logiques culturelles et politiques sous-jacentes, voire des projets historiques, qui se confrontent dans le champ des industries culturelles. / This thesis discusses the emergence of a new actor in the production of books in Chile. This actor arises in the late nineties as a group of independent publishers, and in the first few years of this decade, expands to include university publishing. The point of coincidence and action of these actors, organized in the association Editors of Chile, is the recuperation and assertion of a modern role for the figure of editor, in the sense of the Age of Enlightenment. We can confirm the articulation between the specific demands of publishers and the political position adopted on the symbolic value of cultural production and its role as an element of identity- and democracy-building, under the assumption that access to books should not be restricted to the rules of the market. The theoretical focus we suggest is that of the theory of cultural industries, including contributions from cultural studies. From the perspective of the political economy of cultural industries, we seek to redefine the concept of independence through an analysis of the strategies used by economic units (publishers) and the relationship between these units and their geographical, political and cultural context. We also take into account the macro-structural factors, but with the understanding that their influence is always relative and, in consequence, should be subject to re-evaluation in terms of the relationships of power and specific political, economic and social scenarios. We believe this is a phenomenon that is not exclusive to the field of books. We have corroborated that this also takes place in the field of music, audio-visual productions and the media, such as radio, and to a lesser extent, television. In terms of methodology, we suggest a mixed focus, one that combines quantitative and qualitative methods and instruments. These are the statistical analysis of the production of Chilean publishers (frequency of titles, genres and authors), semi-structured interviews and documents analysis. Before discussing the description and analysis of the production of books in Chile and the significance publishers give to independence along with their positions in the field of culture, we set forth a historical and industrial description of Chilean books. This description allows us to comprehend its creation and development in the political, economic and social context in Chile and Latin America, within the new conditions arising from the globalization process and local and international neoliberal transformations. This investigation then examines the nature of publishing in Chile from 2000-2005, taking into account titles, authors and genres. This analysis allows us to establish differences between organized independent publishers and the big transnational publishing houses. These differences are evident in terms of the number, diversity and cultural interest of the publications. In addition, this analysis allows us to establish specific ties between the production of Editors of Chile and the cultural and political objectives of their discourse. scenarios. We believe this is a phenomenon that is not exclusive to the field of books. We have corroborated that this also takes place in the field of music, audio-visual productions and the media, such as radio, and to a lesser extent, television. In terms of methodology, we suggest a mixed focus, one that combines quantitative and qualitative methods and instruments. These are the statistical analysis of the production of Chilean publishers (frequency of titles, genres and authors), semi-structured interviews and documents analysis. Before discussing the description and analysis of the production of books in Chile and the significance publishers give to independence along with their positions in the field of culture, we set forth a historical and industrial description of Chilean books. This description allows us to comprehend its creation and development in the political, economic and social context in Chile and Latin America, within the new conditions arising from the globalization process and local and international neoliberal transformations. This investigation then examines the nature of publishing in Chile from 2000-2005, taking into account titles, authors and genres. This analysis allows us to establish differences between organized independent publishers and the big transnational publishing houses. These differences are evident in terms of the number, diversity and cultural interest of the publications. In addition, this analysis allows us to establish specific ties between the production of Editors of Chile and the cultural and political objectives of their discourse. / La presente tesis aborda la emergencia en el escenario chileno de un nuevo actor en la producción del libro. Este actor se organiza a fines de los años 1990, definiéndose como independiente y, en el curso de los primeros años del siglo XXI, amplía esta definición para incluir los campos de la edición autónoma y universitaria. El punto de encuentro y de acción de estos actores, organizados en la asociación Editores de Chile, es la recuperación y afirmación de un rol moderno de la figura del editor, en el sentido de la ilustración. Podemos constatar la articulación entre las reivindicaciones específicas del sector y la toma de posiciones políticas acerca del valor simbólico de la producción cultural, sobre su rol como factor de construcción identitaria y democrática, bajo el supuesto que el acceso al libro no puede constreñirse por la acción sin contrapeso del mercado. El enfoque teórico propuesto es el de la teoría de las industrias culturales, integrando desde allí contribuciones de los estudios culturales. Al situarnos en una perspectiva de la economía política de las industrias culturales, buscamos redefinir el concepto de la independencia por medio de un análisis de las estrategias desplegadas por unidades económicas (las editoriales) y las relaciones entre estas unidades y su contexto geográfico, político y cultural. Tomamos también en consideración elementos macro estructurales, pero considerando siempre que su capacidad de influencia es siempre relativa y, en consecuencia, debe ser objeto de una reevaluación en función de las relaciones de fuerzas y las coyunturas políticas, económicas y sociales específicas. Pensamos que se trata de un fenómeno que no es exclusivo del campo de libro. Hemos constatado que este fenómeno se manifiesta también en el campo de los sectores de la música, del audiovisual y de los medios, como la prensa, la radio y, en menor proporción, la televisión. En términos metodológicos, proponemos un enfoque mixto, es decir que combina métodos e instrumentos cuantitativos y cualitativos. Estos son el análisis estadístico de la producción editorial chilena (frecuencias de títulos, géneros y autores), entrevistas semiestructuradas y un análisis documental. Antes de abordar la descripción y el análisis de la producción de libros en Chile y el sentido que los editores le dan a la independencia junto con sus tomas de posición en el campo cultural, proponemos una descripción histórica e industrial del libro chileno. Esta descripción permite comprender el nacimiento y desarrollo del sector en el contexto de procesos políticos, económicos y sociales en Chile y América Latina y situarlo en relación a las nuevas condiciones que resultan del proceso de globalización y de las transformaciones neoliberales locales e internacionales. La investigación examina luego el carácter de la producción de libros en Chile entre los años 2000 et 2005, considerando los títulos producidos, los autores y los géneros. Este análisis permite establecer diferencias entre los editores independientes organizados y los grandes conglomerados transnacionales. Estas diferencias son visibles en términos del número, de la diversidad y del interés cultural de las publicaciones. Asimismo, el análisis permite establecer lazos precisos entre la producción de Editores de Chile y los objetivos culturales y políticos expresados en sus discursos. Establecemos luego, mediante la exposición y el análisis de las entrevistas realizadas con 10 editores miembros de la organización, las trayectorias de las editoriales en relación a los contextos históricos de su creación y desarrollo. Relacionamos dichas trayectorias con las definiciones de su misión y las estrategias movilizadas. Tomamos también en cuenta las dimensiones internacionales de estas definiciones, que se expresan en su participación en el seno de organizaciones internacionales como la Alianza de Editores Independientes (Gijón 2000 et Dakar 2003) y, específicamente, la expresión de esta cooperación en iniciativas conjuntas con editoriales latino-americanas y una editorial basca. Las entrevistas y el análisis documental nos permiten observar las tensiones entre un tipo de política cultural de parte del Estado, en contraste con las definiciones, los objetivos y las acciones políticas de Editores de Chile. En el análisis, vinculamos la emergencia de la edición independiente y las resistencias que la globalización de los mercados culturales y los movimientos de concentración de la propiedad engendran, así como los efectos y las respuestas a las transformaciones neoliberales en el plano de las políticas culturales públicas. Concluimos con la necesidad de una economía política crítica de las industrias culturales capaz de observar estos fenómenos y dar cuenta no solamente de las relaciones entre grandes conglomerados y editores independientes en el desarrollo de las cadenas de la producción cultural, sino también del despliegue de lógicas culturales y políticas que subyacen bajo estas relaciones, incluso proyectos históricos que se confrontan en el campo de las industrias culturales.

Dans le cadre de la géométrie riemannienne globale sans hypothèse de courbure en lien avec la topologie, nous nous intéressons au volume maximal des boules de rayon fixé dans les revêtements universels des graphes et des surfaces. Dans la première partie, nous prouvons que si l'aire d'une surface riemannienne fermée M de genre au moins 2 est suffisamment petite par rapport à son aire hyperbolique, alors pour chaque rayon R>0, le revêtement universel de M contient une R-boule d'aire au moins l'aire d'une cR-boule dans le plan hyperbolique, où c<1 est une constante universelle. En particulier (quitte à prendre l'aire de la surface encore plus petite), nous démontrons que pour chaque rayon R plus grand ou égal à 1, le revêtement universel de M contient une R-boule d'aire au moins l'aire d'une R-boule dans le plan hyperbolique. Ce résultat répond positivement pour les surfaces, à une question de L. Guth. Nous démontrons également que si Gamma est un graphe connexe de premier nombre de Betti b et de longueur su suffisamment petite par rapport à la longueur d'un graphe trivalent Gamma_b de premier nombre de Betti b dont la longueur de chaque arête est 1, alors pour chaque rayon R>0, le revêtement universel de Gamma contient une R-boule d'aire au moins c fois l'aire d'une R-boule dans le revêtement universel de Gamma_b, où c est dans l'intervalle (1/2 ,1). Dans la deuxième partie, nous généralisons un théorème de M. Gromov concernant le nombre maximal de courts lacets homotopiquement indépendants basés en un même point. Plus précisément, nous prouvons que sur toute surface riemannienne fermée M de genre g et d'aire normalisée à g, il existe au moins log(2g) lacets homotopiquement indépendants basés en un même point de longueur au plus C log(g), où C est une constante positive indépendante du genre. Comme corollaire immédiat de ce théorème, nous redémontrons l'inégalité systolique asymptotique sur la systole séparante. Nous démontrons également un théorème analogue pour les graphes métriques. Plus précisément, nous prouvons que sur chaque graphe métrique Gamma de premier nombre de Betti b et de longueur b, il existe au moins log(b) lacets homologiquement indépendants basés en un même point de longueur au plus 48 log(b). Ce résultat étend la borne en log(b) sur la systole homologique dûe à Bollobàs-Szemerédi-Thomason à au moins log(b) lacets homologiquement indépendants basés en un même point. En outre, nous donnons des exemples de graphes où notre résultat est optimal (à une constante multiplicative près).

Le développement de techniques à haut débit fournit de nombreuses données sur le fonctionnement de réseaux de régulation. Il devient donc de plus en plus important de développer des techniques qui permettent de déduire la topologie et le fonctionnement des réseaux de régulation à partir des données expérimentales. La plupart des études dans ce domaine se focalisent sur la reconstruction de l'architecture locale du réseau de régulation et la détermination des paramètres qui relient les composants du réseau. Cependant, les réseaux biologiques ne sont jamais entièrement connus. L'absence d'un noeud important dans le réseau de régulation peut facilement conduire à de mauvaises prédictions de la structure du réseau ou des paramètres d'interactions. Dans cette thèse, nous proposons une méthode qui permet d'inférer l'existence, le profile d'expression et la connexion au reste du réseau d'un gène (ou de gènes) manquant. Pour résoudre ce problème difficile, nous devons simplifier la description du réseau de régulation. Nous faisons l'hypothèse communément acceptée que les interactions dans le réseau sont décrites par des fonctions de Hill. Nous approximons ces fonctions trop compliquées par des fonctions de puissance et nous montrons que cette simplification préserve la dynamique du réseau. En prenant le logarithme du système d'équations nous convertissons le système non-linéaire en un système linéaire. De nombreux outils sont disponibles pour analyser des systèmes linéaires. Nous utilisons l'analyse factorielle (FA) et l'analyse de composants indépendants (ICA) pour extraire le profil d'expression du gène inconnu à partir des profils d'expression des parties connues du réseau de régulation. Après avoir estimé le pattern d'expression du gène inconnu, nous explorons les différentes possibilités de connecter ce gène au reste du réseau. Une recherche exhaustive est trop coûteuse pour des grands réseaux de régulation. Nos proposons donc un algorithme de réduction de l'espace de recherche pour diminuer le nombre de calculs nécessaires. L'algorithme proposé est robuste au bruit expérimental et le profil d'expression du gène inconnu est retrouvé avec une probabilité de 80% dans des réseaux de petite taille et avec une probabilité de 60% pour des grands réseaux. FA est plus efficace que ICA pour extraire le profile du gène inconnu. L'algorithme est finalement appliqué à un réseau biologique réel: le réseau de régulation de la transcription du gène acs d'Escherichia coli. Nous prédisons qu'il y a un gène manquant dans ce réseau et les deux méthodes d'extraction du signal trouvent un profil d'expression très similaire pour le gène inconnu. De plus, ce profil d'expression est identique dans trois contextes expérimentaux différents : la souche sauvage, la souche dont l'adénylate cyclase a été délété et cette même souche complémentée par des l'AMPc ajouté au milieu de croissance. Puisque le profil d'expression du gène inconnu reste le mŘme dans les trois souches nous pouvons conclure que ce gène est indépendant de l'AMPc. Les deux méthodes d'extraction du profil d'expression prédisent deux structures différentes du réseau complet. FA prédit que le gène manquant contrôle l'expression de fis, tandis que ICA prédit que le gène inconnu contrôle d'expression de crp.

Dans le cadre de la géométrie riemannienne globale sans hypothèse de courbure en lien avec la topologie, nous nous intéressons au volume maximal des boules de rayon fixé dans les revêtements universels des graphes et des surfaces. Dans la première partie, nous prouvons que si l’aire d’une surface riemannienne fermée M de genre g ≥ 2 est suffisamment petite par rapport à son aire hyperbolique, alors pour chaque rayon R ≥ 0, le revêtement universel de M contient une R-boule d’aire au moins l’aire d’une cR-boule dans le plan hyperbolique, où c ∈ (0; 1) est une constante universelle. En particulier (quitte à prendre l’aire de la surface encore plus petite), nous démontrons que pour chaque rayon R ≥ 1, le revêtement universel de M contient une R-boule d’aire au moins l’aire d’une R-boule dans le plan hyperbolique. Ce résultat répond positivement pour les surfaces, à une question de L. Guth. Nous démontrons également que si Γ est un graphe connexe de premier nombre de Betti b ≥ 2 et de longueur suffisamment petite par rapport à la longueur d’un graphe trivalent Γb de premier nombre de Betti b dont la longueur de chaque arête est 1, alors pour chaque rayon R ≥ 0, le revêtement universel de Γ contient une R-boule d’aire au moins c fois l’aire d’une R-boule dans le revêtement universel de Γb, où c ∈ ( ½ ; 1). / This thesis deals with global Riemannian geometry without curvature assumptions and its link to topology, we focus on the maximal volume of balls of fixed radius in the universal covers of graphs and surfaces. In the first part, we prove that if the area of a closed Riemannian surface M of genus at least two is sufficiently small with respect to its hyperbolic area, then for every radius R ≥ 0 the universal cover of M contains an R-ball with area at least the area of a cR-ball in the hyperbolic plane, where c ∈ (0; 1) is a universal positive constant. In particular (taking the area of M smaller if needed), we prove that for every radius R ≥ 1, the universal cover of M contains an R-ball with area at least the area of a ball with the same radius in the hyperbolic plane. This result answers positively a question of L. Guth for surfaces. We also prove an analog result for graphs. Specifically, we prove that if Γ is a connected metric graph of first Betti number b ≥ 2 and of length sufficiently small with respect to the length of a connected trivalent graph Γb of the same Betti number where the length of each edge is 1, then for every radius R ≥ 0 the universal cover of Γ contains an R-ball with length at least c times the length of an R-ball in the universal cover of Γb, where c ∈ ( ½ ; 1) is a universal constant.

Les chocs de santé ont des conséquences contrastées sur les trajectoires d’emploi, dépendant aussi bien de facteurs tenant à l’épidémiologie des maladies qu’à des facteurs d’organisation du marché du travail. Le cancer a ainsi des effets à la fois transitoires et durables sur la situation d’activité et d’emploi des personnes qui y survivent. Notre étude approfondie du cas des travailleurs indépendants montre qu’ils sont caractérisés par des réponses à la maladie les différentiant des travailleurs salariés dans la fréquence et la durée des arrêts-maladie mais également dans le processus de maintien à l’emploi. Certains de ces résultats sont réductibles à des traits de caractère des indépendants, comme leur attitude à l’encontre des risques. Ces résultats tiennent aussi aux modalités de la participation au marché du travail des indépendants et de leurs conditions d’exercice, le plus souvent moins protégées par les dispositifs d’assurance sociale que les travailleurs salariés, car laissés à leur discrétion. Les études utilisées sont l’enquête française sur le cancer « VICAN 2 » financée par l’INCa, l’enquête emploi, et l’enquête américaine « HRS». Tout d’abord, cette thèse souligne la nécessité de faire des études qualitatives et quantitatives seulement sur les indépendants, qui différent substantiellement des travailleurs salariés. Les résultats soulignent aussi que l’aversion au risque n’est pas une caractéristique innée et stable. Les travaux empiriques, étayés par une modélisation théorique, montrent que les chocs de santé peuvent amener les individus à reconsidérer leur goût du risque, à la baisse (maladies chroniques stables) ou à la hausse (survie au cancer). / Consequences of health shocks on professional trajectories are contrasted, depending on epidemiological factors and on the organization of the labor market. In particular, cancer has both transitory and permanent effects on the activity and on the employment status of survivors. Self-employed workers are characterized by responses to the disease that differentiate them from salaried staff, with regards to the frequency and the duration of sick leave and also with regards to their employment status. These results are linked in part to the character traits of self-employed workers, such as their attitudes toward risks. They are also due to the different modalities of their participation to labor force and their unique working conditions, as they are generally less protected by social insurance than salaried employees. The surveys used by this study are two French surveys: « VICAN 2 » survey on cancer funded by INCa, and the labor force survey carried out by INSEE, and the American Health and Retirement Survey (HRS) from the University of Michigan.This thesis underlines the importance of conducting qualitative and quantitative surveys specifically on self-employed workers to evidence their unique difficulties. Results also underline that risk aversion is not an innate and immutable characteristic. Empirical studies and theoretical model developed in this thesis demonstrate that diseases can lead people to reconsider their appetite for risk, often in a downward trend (chronic diseases) and sometimes in an upward trend (survival to cancer).

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