A Floresta Atlântica comparada a outros biomas brasileiros é proporcionalmente o mais diverso em espécies de mamíferos e com a maior taxa de endemismo. Dentre todos os mamíferos do Bioma, os pequenos não voadores constituem o grupo mais diversificado, representando acima de um terço da diversidade total, com cerca de 105 espécies. Contudo, ainda estamos longe da compreensão ideal de diversos aspectos que acercam a delimitação de grande parte destas espécies, como a amplitude da variação morfológica, suas relações filogenéticas e suas características biogeográficas. Em parte, isto se deve a falta de estudos que integram estas questões, por exemplo, através da descrição detalhada de faunas locais, como tem ocorrido para a região Amazônica. Neste contexto, o presente estudo teve por objetivo reconhecer a fauna de pequenos mamíferos não voadores da Estação Ecológica de Bananal (EEB), região nordeste do Estado de São Paulo, e apresentá-la através de uma lista comentada; além de discutir alguns aspectos biogeográficos do grupo no Bioma. Para isto foram examinados cerca de 550 espécimes colecionados nos anos de 2003, 2004 e 2011 na EEB e depositados no Museu de Zoologia da Universidade de São Paulo (MZUSP); foram examinados ainda, para fins comparativos, espécimes provenientes de outras localidades da Floresta Atlântica e depositados em coleções científicas do Brasil e do exterior. Os espécimes foram analisados sob aspectos morfológicos, através de analises qualitativas e quantitativas de morfologia externa e crânio-dentária, e moleculares, através do sequenciamento do gene mitocondrial do citocromo b. Compõem a lista comentada de pequenos mamíferos não voadores da EEB um total de 31 espécies, sendo seis marsupiais didelfídeos, 22 roedores sigmodontíneos e três roedores equimídeos. Para estes, são apresentadas informações padronizadas, como localidade tipo; distribuição geográfica atualizada; identificação, com informações de variação morfológica; comentários taxonômicos; posicionamento filogenético; e observações de campo. A EEB destaca-se como uma das localidades mais ricas da Floresta Atlântica, sendo local de ocorrência de algumas das mais raras espécies de pequenos mamíferos não voadores do Bioma, como: Drymoreomys albimaculatus, Rhagomys rufescens e Phaenomys ferrugineus. Uma análise de similaridade entre localidades da Floresta Atlântica, baseada na riqueza de espécies do grupo em questão, demostrou que o mesmo pode ser dividido em cinco regiões faunísticas distintas. Neste cenário, a EEB foi inserida na região \"Sudeste-serrana\", apresentando alta similaridade com a R.F do Morro Grande e com o P.E. Intervales. Filogeograficamente, as espécies da EEB apresentam diferentes níveis de estruturação e, em geral, exibem uma maior proximidade aos espécimes provenientes de localidades entre o sul de São Paulo e o sul da Bahia. Com este estudo, comprova-se a importância da região sudeste da Floresta Atlântica em termos de diversidade e ocorrência de espécies raras; demostrou-se que o as espécies de pequenos mamíferos não estão homogeneamente distribuídas no Bioma, existindo consistentes regionalizações; e corroborou-se a relevância da região sudeste, nos processos de diversificação das espécies. / Compared to other Brazilian biomes, the Atlantic Forest is proportionally the most diverse in species of mammals, exhibiting the highest rate of endemism. Among all Atlantic Forest mammals, the nonvolant small mammals are the most diversified group and represents more than a third of total richness, with nearly 105 species. However, we are still far from understanding many aspects involved on the delimitation of most species, such as the magnitude of morphological variation, phylogenetic relationships and biogeographic history. This is a consequence of the lack of studies integrating these issues, for instance, through detailed description of local faunas, as has been occurred in the Amazon region in the last few years. In this context, the main objective here was to inventory the nonvolant small mammals fauna of Estação Ecológica de Bananal (EEB), northeast of São Paulo State, and present it in a detailed and commented list; I also aimed to discuss some biogeographic aspects of the group in Atlantic Forest. I analyzed about 550 specimens collected in the years 2003, 2004 and 2011 and deposited in the Museu de Zoologia da Universidade de São Paulo (MZUSP); as well as specimens from others localities in Atlantic Forest and deposited in scientific collections in Brazil and abroad, to compare with EEB specimens. The specimens were analyzed through morphological features, such as qualitative and quantitative analysis of external and cranial morphology, and through molecular traits, with mitochondrial cytochrome b gene sequencing. The EEB nonvolant small mammals list comprised 31 species, among them six didelphid marsupials, 22 sigmodontine rodents and three echimyid rodents. For all species, I present the following itens: type locality; geographic distribution; identification, with information about morphological variation; taxonomic remarks; phylogenetic relationships; and field observations. The EEB stands out as one of the richest localities in the Atlantic Forest, where occur some of the rarest species of nonvolant small mammals of the Atlantic forest Biome, such as Drymoreomys albimaculatus, Rhagomys rufescens and Phaenomys ferrugineus. A cluster analysis between Atlantic Forest localities, based on species richness (species presence or absence), showed us that the Biome can be divided in five distinctive faunal regions. The EEB was placed in a region named \"Sudesteserrana\", displaying high similarity with R.F. do Morro Grande and P.E. Intervales. Regarding the phylogeography approach, EEB species exhibited different levels of structure, exhibiting greater genetic proximity to specimens from localities across south of São Paulo and southern Bahia. As the main conclusion, this study demonstrated the importance of the southeastern Atlantic Forest in terms of diversity and occurrence of rare species; it also showed that species of nonvolant small mammals are not homogeneously distributed in the Biome, as a consequence of the consistent regionalization found across them; and it corroborated the relevance of the southeastern portion of Biome in the species diversification process.

A Floresta Atlântica comparada a outros biomas brasileiros é proporcionalmente o mais diverso em espécies de mamíferos e com a maior taxa de endemismo. Dentre todos os mamíferos do Bioma, os pequenos não voadores constituem o grupo mais diversificado, representando acima de um terço da diversidade total, com cerca de 105 espécies. Contudo, ainda estamos longe da compreensão ideal de diversos aspectos que acercam a delimitação de grande parte destas espécies, como a amplitude da variação morfológica, suas relações filogenéticas e suas características biogeográficas. Em parte, isto se deve a falta de estudos que integram estas questões, por exemplo, através da descrição detalhada de faunas locais, como tem ocorrido para a região Amazônica. Neste contexto, o presente estudo teve por objetivo reconhecer a fauna de pequenos mamíferos não voadores da Estação Ecológica de Bananal (EEB), região nordeste do Estado de São Paulo, e apresentá-la através de uma lista comentada; além de discutir alguns aspectos biogeográficos do grupo no Bioma. Para isto foram examinados cerca de 550 espécimes colecionados nos anos de 2003, 2004 e 2011 na EEB e depositados no Museu de Zoologia da Universidade de São Paulo (MZUSP); foram examinados ainda, para fins comparativos, espécimes provenientes de outras localidades da Floresta Atlântica e depositados em coleções científicas do Brasil e do exterior. Os espécimes foram analisados sob aspectos morfológicos, através de analises qualitativas e quantitativas de morfologia externa e crânio-dentária, e moleculares, através do sequenciamento do gene mitocondrial do citocromo b. Compõem a lista comentada de pequenos mamíferos não voadores da EEB um total de 31 espécies, sendo seis marsupiais didelfídeos, 22 roedores sigmodontíneos e três roedores equimídeos. Para estes, são apresentadas informações padronizadas, como localidade tipo; distribuição geográfica atualizada; identificação, com informações de variação morfológica; comentários taxonômicos; posicionamento filogenético; e observações de campo. A EEB destaca-se como uma das localidades mais ricas da Floresta Atlântica, sendo local de ocorrência de algumas das mais raras espécies de pequenos mamíferos não voadores do Bioma, como: Drymoreomys albimaculatus, Rhagomys rufescens e Phaenomys ferrugineus. Uma análise de similaridade entre localidades da Floresta Atlântica, baseada na riqueza de espécies do grupo em questão, demostrou que o mesmo pode ser dividido em cinco regiões faunísticas distintas. Neste cenário, a EEB foi inserida na região \"Sudeste-serrana\", apresentando alta similaridade com a R.F do Morro Grande e com o P.E. Intervales. Filogeograficamente, as espécies da EEB apresentam diferentes níveis de estruturação e, em geral, exibem uma maior proximidade aos espécimes provenientes de localidades entre o sul de São Paulo e o sul da Bahia. Com este estudo, comprova-se a importância da região sudeste da Floresta Atlântica em termos de diversidade e ocorrência de espécies raras; demostrou-se que o as espécies de pequenos mamíferos não estão homogeneamente distribuídas no Bioma, existindo consistentes regionalizações; e corroborou-se a relevância da região sudeste, nos processos de diversificação das espécies. / Compared to other Brazilian biomes, the Atlantic Forest is proportionally the most diverse in species of mammals, exhibiting the highest rate of endemism. Among all Atlantic Forest mammals, the nonvolant small mammals are the most diversified group and represents more than a third of total richness, with nearly 105 species. However, we are still far from understanding many aspects involved on the delimitation of most species, such as the magnitude of morphological variation, phylogenetic relationships and biogeographic history. This is a consequence of the lack of studies integrating these issues, for instance, through detailed description of local faunas, as has been occurred in the Amazon region in the last few years. In this context, the main objective here was to inventory the nonvolant small mammals fauna of Estação Ecológica de Bananal (EEB), northeast of São Paulo State, and present it in a detailed and commented list; I also aimed to discuss some biogeographic aspects of the group in Atlantic Forest. I analyzed about 550 specimens collected in the years 2003, 2004 and 2011 and deposited in the Museu de Zoologia da Universidade de São Paulo (MZUSP); as well as specimens from others localities in Atlantic Forest and deposited in scientific collections in Brazil and abroad, to compare with EEB specimens. The specimens were analyzed through morphological features, such as qualitative and quantitative analysis of external and cranial morphology, and through molecular traits, with mitochondrial cytochrome b gene sequencing. The EEB nonvolant small mammals list comprised 31 species, among them six didelphid marsupials, 22 sigmodontine rodents and three echimyid rodents. For all species, I present the following itens: type locality; geographic distribution; identification, with information about morphological variation; taxonomic remarks; phylogenetic relationships; and field observations. The EEB stands out as one of the richest localities in the Atlantic Forest, where occur some of the rarest species of nonvolant small mammals of the Atlantic forest Biome, such as Drymoreomys albimaculatus, Rhagomys rufescens and Phaenomys ferrugineus. A cluster analysis between Atlantic Forest localities, based on species richness (species presence or absence), showed us that the Biome can be divided in five distinctive faunal regions. The EEB was placed in a region named \"Sudesteserrana\", displaying high similarity with R.F. do Morro Grande and P.E. Intervales. Regarding the phylogeography approach, EEB species exhibited different levels of structure, exhibiting greater genetic proximity to specimens from localities across south of São Paulo and southern Bahia. As the main conclusion, this study demonstrated the importance of the southeastern Atlantic Forest in terms of diversity and occurrence of rare species; it also showed that species of nonvolant small mammals are not homogeneously distributed in the Biome, as a consequence of the consistent regionalization found across them; and it corroborated the relevance of the southeastern portion of Biome in the species diversification process.

Submitted by Jean Medeiros (jeanletras@uepb.edu.br) on 2018-05-23T14:34:39Z No. of bitstreams: 1 PDF - Fernando José König Clark.pdf: 28050270 bytes, checksum: 6d4e4eb2167c1e7ae74f3548b604008b (MD5) / Approved for entry into archive by Secta BC (secta.csu.bc@uepb.edu.br) on 2018-05-23T16:49:35Z (GMT) No. of bitstreams: 1 PDF - Fernando José König Clark.pdf: 28050270 bytes, checksum: 6d4e4eb2167c1e7ae74f3548b604008b (MD5) / Made available in DSpace on 2018-05-23T16:49:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PDF - Fernando José König Clark.pdf: 28050270 bytes, checksum: 6d4e4eb2167c1e7ae74f3548b604008b (MD5) Previous issue date: 2018-02-01 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The inner ear of teleostean fishes has internally hair cells which in contact with otoliths is responsible for orientation and balance and hearing, providing positioning and movement senses. The semicircular canals house the three otoliths suspended in liquid, connected to the optical membranes, being sagittae, used as chronological structure because they are not reabsorbed after their formation by the deposition of calcium carbonate, creating rings making the analysis of this structure on studies of aging and the use of the habitats in which they pass part of their life cycle. Dependent on genetic and environmental factors, the otolith forms are species specific, thus functioning as markers of both the different environmental conditions the fish are subjected to and the characteristic phylogenetic patterns found in the families to which each species belongs. For this, estuaries are important coastal environments for the initial stages of fish life, which provide them with better feeding conditions. However, fish are submitted to environmental factors governed in part by hydrological conditions, which influence salinity, temperature, turbidity and primary productivity. Therefore, the study of t he shape of otoliths is useful for the identification of Atherinella brasiliensis populations, a species with wide distribution in shallow water environments of the Brazilian coast, forming large schools, and important for the beginning of the trophic chains. Considering this, it was sought to understand how the development of otoliths in two distinct environments, mainly in relation to the salinity gradient, and between the juvenile and adult phases, comparing the populations of these environments and thus seeking a better ecological understanding for future projects. management. A total of 1,190 individuals (3,357 g) were captured, distributed between 633 to the Mamanguape estuary and 457 to the Tubarão estuary. The sagittae otoliths presented a general elliptic, concave-convex shape. The morphometric parameters were higher for the upper zones of the studied environments. The indices of ellipticity and shape factor were higher in the upper estuary and in the hypersaline estuary, and differences were observed only for juveniles and adults, with circularity and rectangular indexes being higher among juveniles. / O ouvido interno nos peixes teleósteos, responsável pela orientação e equilíbrio e audição, possui internamente grupos de células pilosas, que em contato com os otólitos, proporcionam funções de posicionamento e movimento. Os canais semicirculares alojam os três otólitos suspensos em líquido, ligados às membranas óticas, sendo o sagittae, usado como estrutura cronológica e para a audição dos peixes. Por não serem reabsorvidos após sua formação pela deposição de carbonato de cálcio, e com a criação de anéis, a analise dessa estrutura possibilita estudos sobre a idade e sobre a utilização dos habitats nos quais passam parte do seu ciclo de vida. Dependentes de fatores genéticos e ambientais, as formas dos otólitos são específicas de cada espécie, assim funcionando como marcadores tanto de condições ambientais diferentes as quais os peixes estão submetidos, quanto a padrões filogenéticos característicos encontrados nas famílias as quais cada espécie pertence. Para tal, os estuários são importantes ambientes costeiros para o ciclo de vida dos peixes, que lhes propiciam melhores condições de alimentação. Entretanto, os peixes são submetidos a fatores ambientais regidos em parte por condições hidrológicas, o que influencia na salinidade, temperatura, turbidez e produtividade primária. Assim sendo, o estudo da forma dos otólitos, é útil para identificação de populações de Atherinella brasiliensis, espécie com ampla distribuição em ambientes de águas rasas do litoral brasileiro, formadora de grandes cardumes, e importante para o início das cadeias tróficas. Visto isso, buscou-se entender como desenvolvimento dos otólitos frente a dois ambientes distintos, principalmente, quanto ao gradiente de salinidade, e entre as fases juvenil e adulta, comparando as populações desses ambientes e assim, buscando uma melhor compreensão ecológica para futuros projetos de manejo. Foram capturados 1.090 indivíduos (3.357g), distribuídos entre 633 para o estuário do rio Mamanguape, e 457 para o estuário rio Tubarão. Os otólitos sagittae apresentaram forma geral elíptica, côncavo-convexa. Os parâmetros morfométricos foram maiores para as zonas superiores dos ambientes estudados. Os índices de forma elipsidade e fator de forma foram maiores na zona superior do estuário positivo e no estuário hipersalino, e diferenças foram observadas apenas para juvenis e adultos, sendo os índices, de circularidade e retangularidade maiores entre os juvenis.

Made available in DSpace on 2015-04-20T12:31:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Doriane Picanco Rodrigues.pdf: 621795 bytes, checksum: eef07284526ed1e322db593a7fb7fd98 (MD5) Previous issue date: 2006-09-28 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / The peach palm (Bactris gasipaes Kunth var. gasipaes) is a domesticated Neotropical palm that is important as a cultivated source of heart-of-palm. The genetic base for this agribusiness is the Pampa Hermosa landrace, Yurimaguas, Peru, that supplies the absolute majority of the seeds used in the expansion of the agribusiness and the improvement programs in Brazil, because its plants are spineless and more productive than those of other landraces. The use of molecular markers will permit better discrimination among populations and progenies of the landrace, guiding the selection of elite individuals and the search for hybrid vigor via maximization of heterozygosity within the landrace. This study evaluated the genetic diversity, population structure, and genetic relations among progenies and populations in a progeny trial maintained at INPA, Manaus, Amazonas, as well as the mating system of the peach palm using eight microsatellite loci, to support the improvement programs that use these genetic resources. Samples from three populations of the Pampa Hermosa landrace and from the market of Yurimaguas were collected from 12 progenies from the Cuiparillo River (n=140), 12 from the Paranapura River (n=130), nine from the Shanusi River (n=130), and 17 from the market at Yurimaguas (n=168). The sampling concentrated on plants (121) selected for heart length, and included non-selected plants (447). High genetic variability exists in the progeny trail, with a mean of 15.1 alleles per locus and total diversity (HT) equal to 0.82. The eight loci had 12 common alleles and 26 intermediate-frequency alleles found in all the populations and the market, and 83 alleles scattered among populations, with 14 private alleles. The observed heterozygosity (Ho) in the trail was less than the He in the majority of the loci; in locus Bg02-08 Ho was very inferior, suggesting a strong excess of homozygotes in this locus. The Ho was lowest in Shanusi (0.64) and highest in Paranapura (0.74). The inbreeding coefficient f varied among populations and market, and was highest in Shanusi (0.190) and lowest in Paranapura (0.111). Genetic divergence among the populations and the market was low (formula), certainly due to high gene flow (9.8 migrants per generation). The AMOVA detected 82.8% of the total variation within the progenies, 16% among the progenies within the populations and market, and only 1.3% among the populations and the market, describing a weak genetic structure and suggesting that the populations and the market are highly related. This relationship was confirmed by the dendrograms of the DAS genetic distances among the populations, with a greater proximity between the populations of Paranapura and Cuiparillo, and between the Mercado and Shanusi. The dendrogram of the DAS genetic distances showed high genetic affinity among the progenies and the formation of groups independent of their geographic origin. The Ho and He were high for the majority of the progenies, confirming high genetic variability within the progenies. The inbreeding coefficient (f) for the progeny trial was not different from zero, confirming an excess of heterozygotes and confirming the high variability observed from the estimates of heterozygosity. The analysis of the mating system found that the species is predominantly allogamous. The high out-crossing rate demonstrates that the progenies are derived almost exclusively from individuals experiencing out-crossing, probably due to the harvest representing the peak of the flowering season and to the synchronism of flowering associated with the behavior of the pollinator. The estimates of crossing among relatives (tm - ts) were significant (0.101 to 0.202), suggesting some biparental inbreeding, probably due to the farmers practice of planting open-pollinated seeds of only a few seed sources in the same plot. The estimate of paternity correlation was low (varying from 0.051 to 0.112), suggesting a small number of full sibs within the progenies and large number of pollen sources (9 to 20) participating in the crosses. The progenies of the trial are composed mainly of half sibs with great genetic variability, enhanced by the large number of pollen sources, and suggests that selection for heart-of-palm production could be based on the classic models of quantitative genetics applied to exclusively allogamous species. This information will be used to guide the crosses among progenies/populations. Two improvement plans are feasible with this information: population improvement, with crosses among highly divergent plants and progenies; by reciprocal recurrent selection, with the creation of divergent populations based on morphometric and genetic information. / A pupunheira cultivada (Bactris gasipaes Kunth var. gasipaes) é uma palmeira domesticada que vem se destacando como produtora de palmito. A base genética para o agronegócio vem da raça primitiva Pampa Hermosa, Yurimáguas, Peru, que fornece a maioria absoluta das sementes usadas na expansão do agronegócio e nos programas de melhoramento no Brasil, devido a possuir plantas sem espinho que são mais produtivas que as de outras raças. O uso de marcadores moleculares possibilitará discriminar com maior confiabilidade entre populações e progênies, orientando a seleção de matrizes e a busca de vigor híbrido via maximização de heterozigosidade dentro da raça. Este trabalho avaliou a diversidade e a estrutura genética, as relações genéticas entre as progênies e o sistema de reprodução de pupunheira da raça Pampa Hermosa, usando oito loci microsatélites, para apoiar os programas de melhoramento que usam estes recursos genéticos. Foram coletadas amostras de três populações de pupunheira da raça Pampa Hermosa e do mercado de Yurimáguas mantidas no ensaio de progênies do INPA, sendo 12 progênies do rio Cuiparillo (n=140), nove do rio Shanusi (n=130), 12 do rio Paranapura (n=130) e 17 do mercado de Yurimáguas (n=168). A amostragem concentrou-se em plantas selecionadas (121) para comprimento do palmito e não selecionadas (447). Existe alta variabilidade genética nas progênies do ensaio, com média de 15,1 alelos por loci e diversidade total (HT) igual a 0,82. Os oito loci apresentaram 12 alelos comuns e 26 alelos intermediários presentes em todas as populações e o mercado, e 83 alelos raros, sendo 14 privados, 10 esporádicos e 62 difundidos. As heterozigosidades observadas (Ho) no conjunto de plantas foram inferiores a heterozigosidade esperada (He) na maioria dos loci; no lócus Bg02-08 Ho foi muito inferior, sugerindo forte excesso de homozigotos neste lócus. A Ho foi menor em Shanusi (0,64) e maior em Paranapura (0,74). Os coeficientes de endogamia variaram entre populações e mercado, sendo maior em Shanusi (0,190) e menor em Paranapura (0,111). Detectou-se baixa divergência genética entre as populações e o mercado (fórmula), certamente devido ao alto fluxo gênico (9,8 migrantes por geração). A AMOVA detectou 82,8% do total da variação dentro das progênies, 16% entre as progênies dentro das populações e o mercado, e somente 1,3% entre as populações e o mercado, confirmando uma estrutura genética mínima e sugerindo que as populações e o mercado são altamente relacionadas. Este relacionamento foi confirmado pelos dendrogramas de distâncias (DAS) das populações, o qual mostra maior proximidade entre as populações de Paranapura e Cuiparillo, e entre o mercado e Shanusi. O dendrograma das progênies mostra alta afinidade genética e formação de grupos independentes de sua área geográfica de origem. As heterozigosidades observadas (Ho) e esperadas (He) foram altas para a maioria das progênies, evidenciando alta variabilidade genética dentro das progênies. O coeficiente de endogamia (f) para o conjunto de progênies não foi diferente de zero, evidenciando excesso de heterozigotos e confirmando a alta variabilidade observada pelas estimativas de heterozigosidade. A análise do sistema de reprodução revela que a espécie é predominantemente alógama. As altas taxas de cruzamento demonstram que as progênies são oriundas quase que exclusivamente por indivíduos provenientes de exocruzamento, provavelmente devido ao estágio fenológico (pico da safra) e ao sincronismo de floração associado ao comportamento do polinizador. Porém, as estimativas (tm - ts) foram significativas (0,101 a 0,202), evidenciando endogamia biparental, provavelmente decorrente da prática agrícola de plantar sementes de polinização aberta de poucas matrizes na mesma roça. A estimativa da correlação de paternidade foi baixa (variando de 0,051 a 0,112), indicando pequena proporção de irmãos-completos dentro das progênies e grande número de doadores de pólen (9 a 20) participando dos cruzamentos individuais. Portanto, as progênies do ensaio são compostas em sua maioria por meios-irmãos com elevada variabilidade genética, evidenciada pelo alto número de doadores de pólen, e sugere que a seleção para produção de palmito poderá ser baseada nos modelos clássicos de genética quantitativa aplicados para espécies exclusivamente alógamas. Essas informações serão utilizadas para orientar os cruzamentos entre e dentro de progênies/populações. Dois planos de melhoramento são factíveis com essa informação: melhoramento populacional, com cruzamentos entre plantas e acessos altamente divergentes; melhoramento por meio de seleção recorrente recíproca, com a criação de populações divergentes em termos morfométricos e genéticos.

Submitted by UDENYS CABRAL MENDES (udenys-agro@hotmail.com) on 2018-07-26T20:09:50Z No. of bitstreams: 1 Tese_Udenys.pdf: 1806439 bytes, checksum: 817838b62430d9408c68421a7d3e8c55 (MD5) / Approved for entry into archive by Cristina Alexandra de Godoy null (cristina@adm.feis.unesp.br) on 2018-07-27T14:04:17Z (GMT) No. of bitstreams: 1 mendes_uc_dr_ilha.pdf: 1806439 bytes, checksum: 817838b62430d9408c68421a7d3e8c55 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-07-27T14:04:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 mendes_uc_dr_ilha.pdf: 1806439 bytes, checksum: 817838b62430d9408c68421a7d3e8c55 (MD5) Previous issue date: 2018-04-27 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O melhoramento genético de uma espécie alógama como o milho, pode ser dirigido essencialmente visando duas alternativas: a obtenção de populações melhoradas, ou a obtenção de uma geração F1 com vigor de híbrido. No caso de melhoramento de populações ocorre a oportunidade de incorporar novas fontes de germoplasma. de particular interesse por representar resultado de seleção específica para doenças foliares e outros caracteres.Germoplasma exótico (incluindo acessos do Brasil e de outros países) é aquele que não pertence à base genética comumente em uso no melhoramento, podendo assim contribuir com novos alelos que resultarão em aumento da variabilidade genética útil para o melhoramento. Os objetivos do trabalho foi verificar o valor genético-agronômico dos compostos recém sintetizados, o efeito depressivo da endogamia e inferir sobre a viabilidade de um programa de seleção recorrente visando o melhoramento intrapopulacional. Foram avaliadas as populações NAP-FA x HG-71, NAP-FL x HG-49, NAP-FB x HG-49 e NAP-DB x HG-49, com dois níveis de endogamia (S0 e S1), no sistema de macroparcelas, e 100 progênies de irmãos germanos e 50 progênies endogâmicas S1 das populações NAP-FA x HG-71 e NAP-DB x HG-49. Nas duas situações os experimentos foram delineados em blocos casualizados com três repetições em três e dois locais respectivamente. Foram avaliados os caracteres florescimento masculino e feminino, altura da planta e da espiga, comprimento e diâmetro de espiga, resistência a doenças foliares, acamamento, quebramento, espigas gessadas e produtividade de grãos. Foram estimados os parâmetros herdabilidade no sentido amplo e restrito, ganho com a seleção e correlação genotípica e fenotípica entre os caracteres. As populações apresentam bom potencial de produtividade de grãos, valor para melhoramento visando a introgressão de diferentes fontes de germoplasma no sistema de melhoramento e possuem elevado valor genético, tanto para produtividade como para outros caracteres agronômicos de interesse. As progênies de irmãos germanos com produtividade de grãos de 67,4%, 61,7%, 51,3% e 84,65% em relação às testemunhas nas duas localidades respectivamente, indicam a viabilidade da introgressão de germoplasma no sistema de melhorameto. As progênies S1 apresentam variabilidade suficiente para serem exploradas em programas de seleção recorrente. Os resultados também indicaram a existência de progênies com menor depressão por endogamia, que podem ser exploradas em programas de seleção interpopulacional e para extração de linhagens. / Genetic improvement of an allogamous specie such as maize, can be directed essentially towards two alternatives: obtaining improved populations or obtaining an F1 generation with hybrid vigor. In the case of population improvement there is an opportunity to incorporate new sources of germplasm with particular interest because it represents a result of specific selection for foliar diseases and other characters. Exotic germplasm (including access from Brazil and other countries) is one that does not belong to the genetic base commonly used in breeding, thus contributing with new alleles that will result in increased genetic variability useful for breeding. The objectives of the study were to verify the genetic and agronomic value of the newly synthesized composites, the depressive effect of inbreeding and to infer about the viability of a recurrent selection program aiming at intrapopulation improvement. Were evaluated the populations NAP-FA x HG-71, NAP-FL x HG-49, NAP-FB x HG-49 and [NAP-DB x HG-4], with two levels of inbreeding (S0 and S1) in macro plots system and 100 progenies of full-sibs and 50 endogamous progeny S1 from the NAP-FA x HG-71 and NAP-DB x HG-49 populations. In both situations, the experiments were in randomized blocks with three replicates in three and two locations respectively. The flowering characteristics of male and female, plant height, ear height, ear length, ear diameter, resistance to foliar diseases, lodging, breakage, ears bada granades and grain yield. Were estimates parameters heritability in the broad and restricted sense, gain with selection and genotypic and phenotypic correlation between the characters. The populations present good potential of grain yield, value for improvement aiming at the introgression of different sources of germplasm in breeding system and have high genetic value, both for productivity and for other agronomic traits of interest. The progenies of full-sibs with grain yield of 67,4%, 61,7%, 51,3% and 84,65% in relation to the check in two locations respectively, indicate the viability of the introgression of germplasm in the breeding system. The S1 progenies presented sufficient variability to be explored in recurrent selection programs. The results also indicated the existence of progenies with lower inbreeding depression, which can be explored in populations selection programs and and extraction of inbred lines.

Orientador: João Antonio da Costa Andrade / Resumo: O melhoramento genético de uma espécie alógama como o milho, pode ser dirigido essencialmente visando duas alternativas: a obtenção de populações melhoradas, ou a obtenção de uma geração F1 com vigor de híbrido. No caso de melhoramento de populações ocorre a oportunidade de incorporar novas fontes de germoplasma. de particular interesse por representar resultado de seleção específica para doenças foliares e outros caracteres.Germoplasma exótico (incluindo acessos do Brasil e de outros países) é aquele que não pertence à base genética comumente em uso no melhoramento, podendo assim contribuir com novos alelos que resultarão em aumento da variabilidade genética útil para o melhoramento. Os objetivos do trabalho foi verificar o valor genético-agronômico dos compostos recém sintetizados, o efeito depressivo da endogamia e inferir sobre a viabilidade de um programa de seleção recorrente visando o melhoramento intrapopulacional. Foram avaliadas as populações NAP-FA x HG-71, NAP-FL x HG-49, NAP-FB x HG-49 e NAP-DB x HG-49, com dois níveis de endogamia (S0 e S1), no sistema de macroparcelas, e 100 progênies de irmãos germanos e 50 progênies endogâmicas S1 das populações NAP-FA x HG-71 e NAP-DB x HG-49. Nas duas situações os experimentos foram delineados em blocos casualizados com três repetições em três e dois locais respectivamente. Foram avaliados os caracteres florescimento masculino e feminino, altura da planta e da espiga, comprimento e diâmetro de espiga, resistência a doenças ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Genetic improvement of an allogamous specie such as maize, can be directed essentially towards two alternatives: obtaining improved populations or obtaining an F1 generation with hybrid vigor. In the case of population improvement there is an opportunity to incorporate new sources of germplasm with particular interest because it represents a result of specific selection for foliar diseases and other characters. Exotic germplasm (including access from Brazil and other countries) is one that does not belong to the genetic base commonly used in breeding, thus contributing with new alleles that will result in increased genetic variability useful for breeding. The objectives of the study were to verify the genetic and agronomic value of the newly synthesized composites, the depressive effect of inbreeding and to infer about the viability of a recurrent selection program aiming at intrapopulation improvement. Were evaluated the populations NAP-FA x HG-71, NAP-FL x HG-49, NAP-FB x HG-49 and [NAP-DB x HG-4], with two levels of inbreeding (S0 and S1) in macro plots system and 100 progenies of full-sibs and 50 endogamous progeny S1 from the NAP-FA x HG-71 and NAP-DB x HG-49 populations. In both situations, the experiments were in randomized blocks with three replicates in three and two locations respectively. The flowering characteristics of male and female, plant height, ear height, ear length, ear diameter, resistance to foliar diseases, lodging, breakage, ears bada granades and grai... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Submitted by Valquíria Barbieri (kikibarbi@hotmail.com) on 2018-04-09T21:08:02Z No. of bitstreams: 1 DISS_2014_Angélica Francisca Mendes Mamede.pdf: 690362 bytes, checksum: 992dd831bb86f670485b28ddc3c8df3c (MD5) / Approved for entry into archive by Jordan (jordanbiblio@gmail.com) on 2018-04-26T16:45:41Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DISS_2014_Angélica Francisca Mendes Mamede.pdf: 690362 bytes, checksum: 992dd831bb86f670485b28ddc3c8df3c (MD5) / Made available in DSpace on 2018-04-26T16:45:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DISS_2014_Angélica Francisca Mendes Mamede.pdf: 690362 bytes, checksum: 992dd831bb86f670485b28ddc3c8df3c (MD5) Previous issue date: 2014-03-13 / CNPq / A variação no uso de recurso é muito comum e pode ocorrer de diferentes formas dentro de uma população natural. Dentre essas se destacam a exploração de recursos diferenciada entre machos e fêmeas, jovens e adultos, ou pode estar relacionada à mudança na morfologia em resposta ao uso de recurso e especialização individual (essa por sua vez pode ser afetada pela competição intra ou interespecífica). Desse modo o objetivo desse trabalho é descrever o padrão de uso de recurso alimentar dentro de uma população do peixe jeju (Hoplerythrinus unitaeniatus), um peixe predador comum em ambientes lênticos, na planície de inundação do Pantanal. As coletas foram realizadas na planície de inundação localizada na região do Pantanal de Poconé nos anos de 2009, 2010 e 2011. De cada indivíduo foram tomadas medidas morfológicas, tiveram seu sexo determinado e o estomago retirado. Os itens alimentares de H. unitaeniatus e seu possível competidor Hoplias malabaricus foram identificados. Para quantificação foi utilizado o método numérico. Verifiquei se machos e fêmeas, e/ou jovens e adultos (classificados segundo estimativa de primeira maturação) e/ou variações na morfologia estavam relacionadas à composição da dieta dentro dessa população através de uma PERMANOVA. Então calculei o grau de especialização individual na população (IS) e o aninhamento (NODF), separadamente para grupos que diferiam na dieta. Utilizei uma PCA para reduzir a dimensionalidade dos dados de cobertura vegetal, para então saber se existiu efeito da competição intra ou interespecífica e cobertura vegetal no IS através de uma regressão multipla. Foram analisados os conteúdos estomacais de 145 exemplares de H. unitaeniatus: 56 machos (CP variando entre 49,02 e 200,22 mm) e 89 fêmeas (CP variando entre 64,13 e 204,50mm). O comprimento médio da primeira maturação estimado foi de 105,8 mm. Desta forma, 82 indivíduos foram classificados como jovens e 53 como adultos. Os itens alimentares foram divididos em 22 categorias. Machos e fêmeas não diferiram na composição de recursos utilizados (pseudo-F1,143=1,46; p= 0,14). No entanto, a composição da dieta diferiu entre jovens e adultos (pseudo-F1,143= 5,26; p<0,01). Quando confrontados com a composição da dieta, encontramos relação entre a variação na dieta relacionada à morfologia (eixo 2, pseudo-F1,142=2,07, p<0,01; eixo 3, pseudo-F1,142= 0,57, p=0,87). De forma geral, a amplitude de especialização individual dentro desta população variou entre 0,22 e 0,62 e foi significativa somente na minoria dos casos. O aninhamento só foi significativo em dois casos, e variou entre 10 e 60,83. O modelo geral de regressão múltipla entre o IS e a abundância de jeju e de traíra e os eixos da PCA de cobertura vegetal, representou 12,6% da variação encontrada no IS e não foi significativo (F4,9= 1,47; R²ajustado=0,126; p= 0,29). O IS não foi afetado pela abundância de jejus (p= 0,12), pela abundância de traíra (p= 0,53) e nem pela cobertura vegetal (eixo 1, p= 0,94; eixo 2, p= 0,6). Em síntese, a população de Hoplerythrinus unitaeniatus da planície de inundação do Pantanal apresentou uma tendência em ter especialização individual em poucos casos, esta por sua vez não foi influenciada por interações competitivas. Também encontrei variação intrapopulacional no uso do recurso explicada pela ontogenia e por variações morfológicas. / The variation in resource usage is very common and can occur in different ways in a natural population. Among these, I highlight the differentiated exploitation of resources between males and females, young and old, or can be related to change in morphology in response to resource usage and individual specialization (that in turn can be affected by intra-or interspecific competition). Thus the aim of this study is to describe the standard of food resources usege within a population of jeju fish (Hoplerythrinus unitaeniatus), a predator fish common in lentic environments) on the floodplain of the Pantanal. The collections were made in the floodplain located in the Pantanal region of Poconé in the years 2009, 2010 and 2011. The measures of morphology of each individual were taken and they had their sex determined and their stomach removed. The food itens of H. unitaeniatus and its possible competitor Hoplias malabaricus were identified. To quantify the numerical method was used. I checked if males and females, and/or adults (classified according to estimate of first maturity), and/or variations in morphology were related to the composition of the diet within that population through a PERMANOVA. Then I calculated the degree of individual specialization in the population (IS) and nestedness (NODF), separately for groups that differed in the diet. I used a PCA to reduce the dimensionality of the data of vegetation cover, and then whether there was effect of intra and interspecific competition or vegetation cover in IS through a multiple regression. The food itens of 145 especims of H. uniteniatus were analized: 56 males (Standard Length between 49.02 and 200.22 mm) and 89 females (SL between 64.13 and 204.50mm). The average length of the first maturation estimated is 105.8 mm. Thus, 82 individuals were classified as young and 53 as adults. The food itens were divided into 22 categories. Males and females did not differ in the composition of resource used (pseudo-F1.143=1.46; p= 0.14). However, diet composition differed between young fishes and adults (pseudo-F1.143= 5.26; p<0.01). When confronted with the composition of the diet, we found relashionship between variation in diet linked to morphology (axis 2, pseudo-F1.142=2.07, p<0.01; exis 3, pseudo-F1.142= 0.57, p=0.87). In general, the amplitude of individual specialization within this population ranged from 0.22 and 0.61 and was significant only in a minority of cases. The nestedness was significant only in two cases, and range between 10 and 60.83. The general model of multiple regression between the IS and the abundance of jeju and traíra and the PCA axes of vegetal cover, represented 12.6% of the variation found in the IS and was not significant (F4.9= 1.47; R²adjusted=0.126; p= 0.29). The IS was not affected by the abundance of jeju (p= 0.12), by the abundance of traíra (p= 0.53) and not by the vegetation cover (axis 1, p= 0.94; axis 2, p= 0.6). In summary, the population of Hoplerythrinus unitaeniatus of floodplain of Pantanal, presented a tendency to have individual specialization in a few cases, this turn was not influenced by competitive interactions. I also found intrapopulation variation in resource use explained by ontogeny and morphological variations.

Orientadores: Sergio Furtado dos Reis, Marcio Silva Araujo. / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-11T20:53:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Costa_JoaoCarlosLopes_M.pdf: 677158 bytes, checksum: b1c8a350aeb6b46bf7f5c1573c624dec (MD5) Previous issue date: 2008 / Resumo: A dieta é um dos principais atributos do nicho ecológico de qualquer espécie animal. Geralmente nos estudos ecológicos os indivíduos de uma população são considerados ecologicamente equivalentes em relação ao uso de recurso. Contudo, esta abordagem tem se mostrada inadequada na descrição da utilização de recurso para várias espécies, como demonstrado por dados empíricos. A variação intrapopulacional pode ser ocasionada por fatores exógenos ou fenômenos endógenos ocasionados pelas diferenças sexuais e/ou ontogenéticas. Além disso, indivíduos pertencentes à mesma classe etária, ao mesmo sexo e dentro da mesma localidade podem também exibir variação no nicho. Esse fenômeno é denominado de "especialização individual" e sua ocorrência tem sido descrita para comunidades temperadas ou depauperadas até o presente momento. Para verificar quais fenômenos podem produzir a variação no nicho de lagartos tropicais foi utilizado como modelo Tropidurus hispidus. Os objetivos deste estudo foram: descrever a composição da dieta; investigar a existência de variação intrapopulacional no nicho trófico; determinar em que níveis essa variação se expressa; e testar se a morfologia é um mecanismo subjacente ao uso de recursos alimentares nesta espécie. Dentre os fenômenos analisados, a variação intrapopulacional parece ser ocasionada unicamente pela especialização individual. Os itens mais consumidos por T. hispidus, formigas, besouros e cupins, produzem uma variedade de substâncias químicas tóxicas que podem impor um alto custo para desintoxicação e gerar preferências alimentares individuais. Outra possível fonte de variação é a ocorrência de diferentes comportamentos de forrageio por indivíduos da mesma população. Este é o primeiro registro da ocorrência de especialização individual em lagartos tropicais e reforça a percepção de que esse fenômeno esta presente em comunidades tropicais de alta diversidade, contrariando o padrão estabelecido na literatura, relacionando à ocorrência da especialização individual a comunidades temperadas e depauperadas. / Abstract: The diet is one of the main atributes of the ecological niche of animal species. Generally, the individuals of a population are considered ecologically equivalent in ecological studies that focus on resource use. Nevertheless, this approach has been inadequate to correctly describe resource use by various species, as demonstrated by empirical data. Intrapopulation variation may be caused by exogenous factors or endogenous phenomena such as sexual and/or ontogenetic differences. Additionally, individuals belonging to the same age or sex, and within a single site or time can also show differences in niche. This phenomenon has been defined as "individual specialization" and its occurrence is related to temperate and/or depauperate communities. To verify which phenomena produce niche variation in tropical lizards, we used Tropidurus hispidus as a model system. The aims of this study were to describe the diet composition; to investigate the existence of intrapopulational variation in trophic niche; to determine at which levels this variation is expressed, and test if the morphology is an underlying mechanism in food resource use in this species. The intrapopulation variation seems to be caused uniquely by individual specialization. The most consumed items by T. hispidus, ants, beetles and termites, produce a variety of toxic chemical substances that can impose a high cost for desintoxication and generate individual alimentary preferences. Another possible source of variation is the occurrence of different forage behaviors by individuals of the same population. This is the first record of the occurrence of individual specialization in tropical lizards, which suggests the presence of this phenomenon in highly diverse tropical communities, contradicting the established literature relating the occurrence of individual specialization to temperate and depauperate communities. / Mestrado / Mestre em Ecologia

Orientador: Diogo Cavalcanti Cabral-de-Mello / Resumo: Uma característica comum da evolução dos cromossomos sexuais é a acumulação de DNAs repetitivos, que estão envolvidos em sua diversificação e degeneração. Em gafanhotos o sistema ancestral dos cromossomos sexuais é o XO, mas em algumas espécies os cromossomos sexuais neo-XY surgiram por translocação Robertsonian entre o X ancestral e um par autossômico. Esse é o caso do Ronderosia bergii (Acrididae: Melanoplinae) que adicionalmente também apresentou uma grande inversão pericentrica no neo-Y, fazendo com que essa seja uma espécie singular para o entendimento da evolução dos cromossomos sexuais. Nesse estudo foi caracterizado os DNA satélites e Elementos de Transposição da espécie, com enfoque no entendimento das diferenças entre macho e fêmea e que estão putativamente associados aos cromossomos sexuais. Foi encontrado um total de 54 famílias de DNAs satélites e 56 famílias de TEs. Os DNAsat foram 13,5% mais abundantes no genoma do macho, enquanto os TEs foram apenas 1,02% mais abundantes no genoma da fêmea, evidenciando alta amplificação dos DNAsat no cromossomo neo-Y e menor envolvimento dos TEs na diferenciação dos cromossomos sexuais. A alta diferenciação entre os cromossomos sexuais é observada pela amplificação de múltiplos DNAsat no neo-Y com ocorrência de famílias exclusivamente mapeadas nesse cromossomo, entretanto, algum grau de homologia foi observado. Os dados do mapeamento dos DNAsat evidenciou um alto turnover dos neo-cromossomos sexuais em R.bergii em nível intra... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: A common characteristic along sex chromosome evolution is the accumulation of repetitive DNAs, which could account for their diversification and degeneration. In grasshoppers the ancestral sex chromosome system is XO, but in some species neo-XY sex chromosome emerged by Robertsonian translocation with an autosomal pair. This is the case of the Melanoplinae Ronderosia bergii that additionally present a large pericentric inversion in the neo-Y, making this a singular species to understand evolution of sex chromosomes. Here we characterized the satellite DNAs and Transposable Elements of the species focused in the understanding of differences between male and female genomes that are putatively associated with sex chromosomes. We found a total of 54 satDNA families and 56 families of TEs. The satDNAs were 13.5% more abundant in male genomes, while TEs were only about 1.02% more abundant in female genome, evidencing high amplification of satDNAs on neo-Y chromosome and minor role of TEs in sex chromosome differentiation. The high differentiation between the sex chromosomes is demonstrated by amplification of multiply satDNAs in neo-Y and occurrence of families exclusively mapped on this chromosome, although some degree of homology was noticed. Our data of chromosomal mapping of satDNAs evidenced high turnover of neo-sex chromosomes in R. bergii at intrapopulation level, caused by multiply paracentric inversions and other rearrangements like amplifications and transpositions. Final... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Transposable elements are DNA sequences that can change their location within the genome and can be found in almost all organisms. The mariner transposable element belongs to Class II, Tc1-mariner superfamily. An inactive insertion of this element in the gene white (w+) located on the X chromosome, causes a phenotypic change in color's eyes becoming them a peach color in the place of the wild coloration, being for this reason called whitepeach (wpch). Crossing of mutant females with males obtained from nature, an offspring with eyes the color of peach or variegated with spots of wild color is formed enabling estimate transposicional activity in natural populations. From the use of this system, several studies have been performed to understand if the number of copies and the activity of the mariner element are involved with environmental factors, historical and/or populational. In this study, the existence of intrapopulation variability of D. simulans collected in two places at Santa Maria (RS) city was investigated by crossing with a line of D. simulans wpch. Moreover, data on another species, D. melanogaster, were also obtained and analyzed: interspecific crosses generated progeny with variegation. The isolines that showed these properties were studied using of molecular research tools, such as PCR, cloning and sequencing, it was also necessary. The results suggest the existence of intrapopulation variability in D. simulans and indicate the discovery of sequences very similar to the element mariner in the genome of natural populations of D. melanogaster. / Os elementos transponíveis são seqüências de DNA capazes de alterar sua localização dentro do genoma e podem ser encontrados em praticamente todos os organismos. O elemento transponível mariner pertence à classe II, superfamília Tc1-mariner. Uma inserção inativa deste elemento no gene white (w+) localizado no cromossomo X de Drosophila simulans, causa uma alteração fenotípica na cor dos olhos tornando-os cor de pêssego no lugar da coloração selvagem, sendo por este motivo denominada white-peach (wpch). Do cruzamento de fêmeas mutantes com machos coletados na natureza, uma prole com olhos cor de pêssego ou variegados com pontos de coloração selvagem é formada, possibilitando estimar a atividade transposicional em populações naturais. A partir do uso deste sistema, diversos estudos têm sido realizados para compreender se o número de cópias e a atividade do elemento mariner estão envolvidos com fatores ambientais, históricos e/ou populacionais. Neste trabalho, a existência de variabilidade intrapopulacional de D. simulans coletadas em dois pontos da cidade de Santa Maria RS foi investigada através de cruzamentos com uma linhagem de D. simulans wpch. Além disso, dados sobre uma outra espécie, D. melanogaster, também foram obtidos e analisados: cruzamentos interespecíficos que geraram descendência com variegação fez com que o uso de ferramentas de pesquisa molecular, como PCR, clonagem e seqüenciamento, também fossem necessárias. Os resultados obtidos sugerem a existência de variabilidade intrapopulacional em D. simulans e indicam a descoberta de seqüências semelhantes ao elemento mariner no genoma de populações naturais de D. melanogaster.