1 |
Mobilforensiska verktyg : Kontaminering i fokusRosenberg, Robin, Palmgren, Erik January 2014 (has links)
Den stigande populariteten av mobila enheter har inte bara lett till en smidigarevardag med snabb tillgang till e-post och sociala medier utan aven blivit ett allt mervanligt instrument anvant vid kriminella handlingar. Detta har medfort ett behov attkunna undersoka dessa enheter pa ett sakert satt utan att riskera att bevis blirkontaminerade. Det har arbetet har undersokt de mobilforensiska verktyg somanvands av Polisen och deras tillvagagangssatt vid utredning. Genom att anvanda ossutav Polisens tillvagagangssatt och deras verktyg sa har vi utfort experiment ochintervjuer for att undersoka om data forandras vid utvinning. Experimenten pavisaratt data forandras vid utvinning med ett givet verktyg medans intervjuerna visarskiftande asikter bland Poliser och utvecklare gallande kontaminering.Resultatet fran experimentet visade oss att verktyget UFED raderat bevisfiler frananvandardatan pa en enhet under utvinning. Polisens nonchalans gallandekontaminering bor uppmarksammas da en av deras anvanda verktyg visade ettresultat som kan ha en avgorande roll vid utredning. / The rising popularity of mobile devices has not only led to a smoother way of livingwith quick access to email and social media, but has also become an increasinglycommon instrument used in criminal activity. This has led to a need to investigatethese devices safely without risking the integrity of the evidence. This paper hasexamined the mobile forensic tools used by the Swedish Police and their procedureused in investigations. By following the same procedures and using the same tools,we have conducted experiments and interviews to investigate if data changes duringthe extraction. The experiments demonstrate that the data changes duringextraction of a given tool, while the interviews shows diverse opinions among thePolice and developers behind these tools regarding contamination. The results fromthe experiments showed us that the tool UFED erased evidence files from theuserdata on a device during extraction. The Police negligence regardingcontamination should be attended to, since one of their used tools showed resultsthat could have had a critical impact in an investigation.
|
2 |
Sjukvårdspersonalens mobiltelefoner - kontaminering med mikroorganismer : En beskrivande litteraturstudieLarsson, Lise-Lotte January 2018 (has links)
Bakgrund: Användning av mobiltelefoner har blivit vanligt inom sjukvården. Studier är utförda för att undersöka mobiltelefonernas för- och nackdelar. Ett område är hygien relaterat till användning av mobiltelefoner inom sjukvården. Syfte: Att beskriva i vilken omfattning, och med vilka mikroorganismer, mobiltelefoner som användes av sjukvårdspersonal var kontaminerade. Samt att redogöra för forskarnas datainsamlingsmetod. Metod: Beskrivande litteraturstudie, med sjutton kvantitativa artiklar. Sökningar gjordes i Pubmed och Cinahl. Sökorden var; mobile phone, cell phone, healthcare infection, bacteria, microorganisms, pathogens. Resultaten samanställdes, och presenterades i kategorier som relaterade till syftet. Resultat: Resultatet visade att flertalet undersökta mobiltelefoner var kontaminerade med olika typer av mikroorganismer. Koagulasnegativa stafylokocker var vanligast, och övriga bakterier förekom i olika grad. Åtta studier redovisade förekomst av resistenta bakterier. Två studier visade förekomst av virus, och en studie redovisade Candida kontaminering av mobiltelefoner. Metodgranskningen visade att provtagningarna hade gått till på olika vis i de inkluderade studierna, olika provtagningsmaterial hade använts, och att forskarna beskrev metoderna olika. Slutsatser: En stor andel av mobiltelefonerna var kontaminerade med olika typer av mikroorganismer. Mobiltelefoner skulle kunna vara en potentiell risk vid smittspridning inom sjukvården. Desinfektion av mobiltelefoner, och noggrann handhygien i samband med telefonanvändning, borde kunna ses som lämpliga åtgärder. Ytterligare forskning skulle behövas inom området. Nyckelord: mobiltelefoner, sjukvårdspersonal, kontaminering, mikroorganismer, bakterier. / Background: The use of mobile phones has become widespread in the health care system. Studies have been conducted to examine mobile phones pros and cons within the health care system. One of the examined areas is hygiene related to the use of mobile phones. Objective: To describe the extent to which cell phones used by healthcare professionals have been shown to be contaminated, and to describe the types of micro-organisms. To give a description of the scientists ' data collection method. Method: Descriptive literature review, with 17 quantitative articles. Searches were made in Pubmed and Cinahl. The search words were; mobile phone, cell phone, healthcare infection, bacteria, microorganisms, pathogens. The result was presented in categories that are related to the purpose. Results: The results showed that the majority of included mobile phones were contaminated with various types of micro-organisms. Coagulase-negative staphylococci was most common, and other bacteria existed in varying degrees. Eight studies reported the presence of resistant bacteria. Two studies showed the presence of the virus, and one study reported Candida contamination of cell phones. The methodology review showed that the samples had gone to in various ways in the included studies, various sampling materials had been used, and that the researchers described the methods different. Conclusions: A large percentage of mobile phones were contaminated with various types of micro-organisms. Mobile phones could be a potential risk of infection in healthcare settings. Disinfection of mobile phones, and thorough hand hygiene associated with phone use, should be seen as the appropriate action. Further research would be needed in the area. Keywords: mobile phones, healthcare professionals, contamination, micro-organisms, bacteria.
|
3 |
Följsamhet av vårdhygienrutiner och kunskap om blodburna smittor hos tandvårdsstudenter vid Sefako Makgatho Health Sciences University, Sydafrika : En kvantitativ tvärsnittsstudie / Compliance to infection control routines and knowledge of blood-borne infections among different groups of dental students at Sefako Makgatho Healtn Sciences University, South Africa : a cross-sectional studyPola, Forat January 2019 (has links)
Background: Blood-borne infections are common problem in healthcare. Informations about the prevalence in dental care are limitet. Healthcare professionals in South Africa are particularly vulnerable to blood-borne infections. The best way to minimize blood-borne infections is to increase compliance to infection control. Objective: To describe and compare compliance to infection control routines and knowledge of blood-borne infections among different groups of dental students at a university in Ga-Rankuwa, South Africa. Materials and method: A quantitative cross-section web-based survey. The participants were dental students who were registered in 2019, dental hygienist, dental therapist students, 3ed year and dental students 4th year. Non Parametric – Chi - Square and Fisher's test was used to analyze data. Result: Majority of the students had compliance regarding the use of gloves and mask during patient treatment, changing gloves and disinfection of unit between patients. Compliance was less at other parts where approximately half (49%) had the correct answer concerning: gloves, using of gloves, clinical uniform and using of mobile and accessories. Correct answers to the knowledge of blood-borne infections för all dental students was 67%. Conclusions: The participants had better results on knowledge of blood-borne infections than on compliance to infection kontrol. No significant difference was found among the student dental groups
|
4 |
Vårdrelaterade infektioner : Nollvision-en utopi?Nordin, Malin, Kollenhag, Yvonne January 2009 (has links)
Vårdrelaterade infektioner [VRI] skapar onödigt lidande för patienter, förlänger vårdtider och kostar samhället enorma summor varje år. Det är därför viktigt att öka personalens kunskaper och följsamhet till gällande föreskrifter angående basala hygienrutiner. Syftet med denna studie var att belysa vårdpersonalens följsamhet, synliggöra mindre uppmärksammade smittkällor och redogöra för de åtgärder med vilka man kan minska spridningen av VRI. Artiklar samt litteratur till denna systematiska litteraturstudie söktes främst via sökmotorn ELIN, tillgänglig vid Högskolan Dalarnas bibliotek samt Mora Lasaretts bibliotek och Orsa- och Moras kommunbibliotek. Artiklar som inkluderades var publicerade 2000-2009, tillgängliga i fulltext, ej avgiftsbelagda eller skrivna på andra språk än engelska och svenska. Resultatet visar att följsamheten hos vårdpersonalen var låg och att införandet av åtgärdsprogram i de flesta fall endast gav temporär förbättring av följsamheten och att vårdpersonalen efter kort tid återgick till ett felaktigt beteende. När personalens bristande kunskap ledde till felaktigt användande av skyddsutrustning såsom handskar och plastförkläden kunde detta vara en källa till spridning av VRI. Vårdpersonalens arbetskläder visade sig bära på flertalet potenta mikroorganismer som kan orsaka VRI. Även patientnära- och medicinsk utrustning visade sig bära på smittförande mikroorganismer. Slutsatserna av litteraturstudien visar att punktprevalensmätningar är en preventiv åtgärd som på sikt kan minska spridningen av dessa VRI. För att även på lång sikt förbättra vårdpersonalens följsamhet behövs kontinuerlig uppföljning av åtgärdsprogram och studier.
|
5 |
Stasband som en potentiell smittkälla : En allmän litteraturstudie / Tourniquet as a potential carrier of infection : A general literature reviewCarsman, Anna, Wigenborg, Siri January 2023 (has links)
Bakgrund: Stasband är en medicinteknisk utrustning som används regelbundet vid intravenösa nålprocedurer, i syfte att minska det venösa återflödet. Stasband har beskrivits i tidigare forskning som en potentiell smittkälla. Syfte: Att belysa vårdhygieniska arbetsmoment och rutiner vid hantering av stasband vid intravenös nålprocedur. Metod: Studien utfördes som en allmän litteraturstudie baserat på sju resultatartiklar av kvantitativ och mixad metod. Resultatartiklarna granskades, analyserades och sammanställdes genom en innehållsanalys. Resultatet sammanfattades i fyra huvudkategorier. Resultat: Studiens resultat presenterades i följande huvudkategorier: Stasband som smittkälla, Rengöring av stasband, Val av stasband påverkar kontaminationen, Betydelsen av kunskap, rutiner och riktlinjer. Litteraturstudiens resultat visade att kunskap, rutiner och riktlinjer för hantering av stasband är av stor betydelse för patientsäkerheten. Konklusion: Sjuksköterskans kunskap och fortsatt utbildning är av betydelse för att medvetet arbeta preventivt mot smittspridning. Sjuksköterskan har ett ansvar för patientsäkerheten och ska uppmärksamma vårdgivaren om brister förefaller. Infektionsförebyggande arbete är ett delat ansvar mellan sjuksköterskan och vårdgivaren. / Background: A tourniquet is a medical device regularly used in intravenous needle procedures, with the aim of reducing venous return. Tourniquet has been described in previous research as a potential source of infection. Aim: To shed light on hygienic working steps and routines when handling tourniquet during intravenous needle procedures. Method: The study was conducted as a general literature study based on seven results articles of quantitative and mixed methods. The results articles were reviewed, analyzed and compiled through a content analysis. The results were summarized in four main categories. Result: The results of the study were presented in the following main categories: Tourniquets as a source of infection, Cleaning of tourniquets, Selection of tourniquets affects contamination, Importance of knowledge, routines and guidelines. The results of the literature study showed that knowledge, routines and guidelines for the handling of tourniquets are of great importance for patient safety. Conclusion: The nurse´s knowledge and continuing education are important for consciously working preventively against the spread of infection. The nurse has a responsibility for patient safety and must alert the care provider if deficiencies appear. Infection prevention work is a shared responsibility between the nurse and the care provider.
|
6 |
Effects of Organic Matter on Virus Removal with New and Used Sand in Tunåsen Infiltration Basin, Uppsala, Sweden / Effekten av organiskt material vid avlägsnandet av virus i ny och återanvänd sand, Tunåsens infiltrationsbassäng, Uppsala, SverigeSutliff-Johansson, Stacy January 2015 (has links)
Artificial infiltration has been increasing in popularity in Sweden as a way to combat over-abstraction of groundwater aquifers from growing municipalities. However, enteric virus contamination of drinking water sources is a concern as infiltrating surficial waters are easily contaminated from human activities. Therefore, it is imperative that effective drinking water treatment is maintained to prevent infection throughout the municipalities. Furthermore, a better quantification of environmental parameters affect-ing virus mobility could significantly improve infiltration schemes for virus removal purposes. In this study, the removal efficiency of MS2 bacteriophage was investigated in relation to dissolved organic matter and ionic strength on new and used sand from the Tunåsen infiltration basin in Uppsala, Sweden. Virus removal was measured by static batch equilibrium experiments and first order decay models were used as interpretative models. Soil associated organic matter displayed the greatest effect on virus removal between all parameters. The highest removal efficiency was seen in samples containing low soil associated organic matter. Similarly, an inverse relationship with dissolved organic matter and virus removal rate was determined. Samples without soil showed the opposite relationship between dis-solved organic matter and virus removal. A higher decrease in MS2 phage was observed with higher dissolved organic matter in soil-negative samples. The removal kinetics of MS2 with higher ionic strength had a closer correlation with the linear time-invariant removal model, whereas samples with low ionic strength had a closer relation with the nonlinear time-dependent removal model. However, ionic strength was shown to have very little effect on overall virus removal efficiency. Fastest and slowest viral removal rates were modeled in the HYDRUS 1D program to determine the amount of potential contamination of the water table beneath the Uppsala Esker. The degree of contamination at the bottom of the infiltration basins was also determined. The sample with the highest rate of virus removal displayed an 11.77% greater decrease in phage concentration at the water table than samples with the lowest rate of removal. However the approximation of maximum contamination was deemed unrealistic due to the assumption that the entire esker was made of sand. On the other hand, the sample with the highest rate of removal showed only a 0.60% greater decrease in phage concentration following the infiltration basin. This study therefore suggests that a more frequent replacement of quartz sand in infiltration basins has little value in overall drinking water quality. / I Sverige har så kallad konstgjord infiltrering, det vill säga perkolation av ytvatten ned i grundvattensystem, blivit ett allt vanligare tillvägagångssätt för att tillmötesgå den ökande efterfrågan av färskt dricksvatten bland Sveriges växande kommuner. Tyvärr är föroreningar av virus i dricksvatten ett vanligt bekymmer eftersom ytvatten enkelt förorenas genom mänskliga aktiviteter, vilket bland annat har observerats genom en ökning av diarréfall under vintermånaderna. Därför är det viktigt att en bra vattenbehandling upprätthålls för att förebygga fler insjuknanden hos befolkningen.Tidigare studier visar att ökning av organiskt material bidrar till förhöjd transport av virus i konstgjorda infiltreringsprojekt. Detta eftersom organiskt material binder till jordpartiklar och därför tar upp den plats som viruset annars skulle bundit till. Istället för att viruset binder till jorden och tas bort från vattnet, stannar det kvar och transporteras vidare i grundvattensystemet och kan då nå den vattentäkt där dricksvatten tas till samhället. Ökad förekomst av organiskt material skulle alltså kunna öka risken att kommunalt dricksvatten förorenas av virus.I denna studie användes prover tagna från det område i Uppsala där ytvatten infiltreras i marken för att genomgå naturlig rening. Proverna undersöktes för att se hur mycket virus som tas bort under den naturliga rengöringsprocessen. Borttagningen av virus mättes i en så kallad ”static batch equilibrium experiments”, vilket innebär att mängden virus i vattnet uppskattas utifrån tre olika parametrar, mätt över tid. De testade parametrarna är mängd organisk materia löst i vattnet, lösningens jonstyrka och mängd organisk materia bunden till jorden. För att jämföra de olika parametrarna och för att bestämma hur snabbt virus tas bort från vattnet, användes olika linjära modeller.Resultaten visade att organiskt material bundet till jord var den parameter som hade störst effekt på virusborttagning, där låg halt organiskt material är bunden till jord avlägsnades mest virus. Halten organisk materia löst i vatten har en liknande trend där en hög halt inte avlägsnar så mycket virus, medan en låg halt däremot avlägsnar mer virus. Proverna utan jord visade motsatt effekt mellan löst organisk materia och virusborttagning, det vill säga mer virus avlägsnades ju mer organisk materia som var löst i vattnet. Jonstyrkan hade ingen signifikant effekt på virusborttagningen.Två olika scenarion, värsta och bästa tänkbara, modellerades i programmet HYDRUS 1D för att kunna bestämma inom vilket intervall en eventuell förorening i Uppsalaåsens grundvatten skulle kunna ligga. Även graden av förorening längst ner i infiltreringsbassängen, bestående av ett metertjockt lager sand som placerats ovanpå Uppsalaåsen för att bidra till reningsprocessen, modellerades och bestämdes för att bättre kunna förutse när byte av sand är lämpligast.Provet som visade högst virusborttagning, det vill säga det bästa tänkbara scenariot, var 11.77 % effektivare än provet med långsammast virusborttagning. Däremot bestämdes det att uppskattningen av maximal förorening var orealistisk eftersom det i modellen antogs att hela åsen bestod av sand, medan åsar i själva verket består av många andra fraktioner och jordarter utöver sand, till exempel grus och sten.Provet med snabbast virusborttagning hade bara 0.60 % större minskning i koncentration av virus efter att vattnet passerat infiltreringsbassängen, än provet med lägst virusborttagning. Denna studie föreslår därför att det är av litet värde att byta ut sanden i infiltrationsbassängen då denna procedur har liten påverkan på dricksvattenkvalitén generellt.
|
7 |
Antarctic Subglacial Lakes as Environmental Analogues for Possible Hidden Biospheres on the Moons Europa and Enceladus / Subglaciära sjöar på Antarktis som analoga miljöer till möjliga biosfärer på månarna Europa och EnceladusFahlman, Jonas January 2023 (has links)
The evolving science of astrobiology for the search for life beyond Earth has put focus on the possibility of subsurface bodies of liquid water beneath the surface of icy moons within our Solar System. Specifically, the Jovian moon of Europa and the Saturnian moon of Enceladus show telling characteristics of endogenous heating through their complex tidal resonances with their parent planets – suggesting the presence of oceans of liquid water and therefore a potential for astrobiology. Today, the planning of upcoming satellite missions to guarantee the identification of completely unknown, possibly habitable environments has become an intriguing task for space agencies worldwide. A method of guidance, ground-truthing, debugging and testing of the viability of planned satellite missions is to utilize relatively accessible analogue environments on the Earth. Fortunately, the research of Antarctic subglacial water environments has been acknowledged as the most suitable analogues to the environments of Europa and Enceladus. Given its recorded motions of ice dynamics, erosion, complex thermal systems, and occasions of sampled microbes within – these sensitive, exotic environments beneath the Antarctic ice bed are currently assessed for their suitability as habitats for extremophilic microorganisms, which may provide important insights into the potential existence of habitats, perhaps even life, on icy moons. Ultimately, viable lessons can be drawn from the research of Antarctic subglacial environments given the uncovering of reliable sanitary methodologies that are going to be required during future approaches and sampling of natural systems of extraterrestrial subglacial environments in order to minimize irreparable anthropogenic disturbances on any potential astrobiology. Regardless of the question if the future investigation of Europa’s and Enceladus environments is going to reveal astrobiology within beneath their icy surfaces; this investigation is going to be of invaluable information for the improving familiarity of physical systems beyond Earth. / Sedan länge har forskare vetat att flytande/rinnande vatten är en av de viktigaste förutsättningar för allt liv på Jorden. Under de senaste decennierna har frågan om liv på Jupiters måne Europa, och Saturnus måne Enceladus aktualiserats, efter upptäckten av frusna islager på deras månytor. Evidens från respektive månars omloppsbanor, gör att forskare idag tror att månarnas djupa islager hettas upp inifrån av en aktiv, inre geologi, vilket i sin tur kan tyda på större mängder av flytande vatten. I och med omvandlingen av is till flytande vatten, får detta forskare att tro att cirkulationen av vatten, ihop med den aktiva geologin, möjligtvis har skapat och upprätthåller beboliga förutsättningar för mikroskopiskt liv. I dagsläget planeras ett flertal satelliter skjutas upp till månarna med uppdrag att bekräfta fallet om flytande vatten och beboliga miljöer på månarna, och därmed även undersöka frågan om månarna möjligtvis bär på liv. På den frusna kontinenten Antarktis har ett flertal motsvarande subglaciala miljöer undersökts för att fastställa deras kvalifikationer att upprätthålla liv under extrema levnadsförhållanden. Under dessa undersökningar har ett flertal mikroorganismer påträffats i prover från iskärnor från två subglaciala sjöar (Vostoksjön och Whillanssjön), varav några blivit omstritt påstådda som inhemska extremofiler. Ifall detta stämmer, betyder det att de två subglaciala sjöarna underhålls av ett unikt samspel av drivande faktorer som upprätthåller de nödvändigaste levnadsförutsättningarna för att mikroorganismer kan överleva, även frodas i uppenbart extrema miljöförhållanden. Med forskningen av Antarktis subglaciala sjöar som rapporterar ett unikt samspel mellan is, vatten och underliggande geologi; kan den fortsatta fastställningen av detta fysiska samspel, samt vidare identifikationer av inhemska mikroorganismer att bli en viktig lärdom för framtida satelliters datainsamling av subglaciala vattenmiljöer på Europa och Enceladus. För att underlätta och effektivisera sökandet efter potentiella livsmiljöer, samt möjligtvis hitta utomjordiskt liv på isiga månar bör framtidens satellituppdrag dra stor lärdom och väga in de erfarenheter och resultat som gjorts på subglaciala sjöar i Antarktis.
|
8 |
Effekt av olika antimikrobiella medel på tillväxt av bakterier / Effect of various antimicrobial agents on the growth of bacteriaMuhammed, Zhino January 2022 (has links)
Syftet med projektet var att studera effekten av olika antimikrobiella produkter på bakterietillväxt. Resultatet visade att Micrococcus luteus inte hade någon aktivitet i det 10% tunndrank-baserade LB-mediet (specifikt odlingsmedium för bakterien där tunndrank, en biprodukt från etanolindustri, har legat vid 10% koncentration) som användes under experimentet, medan antimikrobiellen Fermasure i höga koncentrationer nämligen 1600 ppm var effektivt mot bakterien Enterococcus faecium. Antimikrobiellen Vitahop vid koncentration av 25 ppm, hade framgång mot tillväxten av bakterien. Dessa antimikrobiella produkter kan användas vid odlingen av svamp för att inhibera tillväxten av bakterier. Resultaten kan hjälpa till att fastställa doseringen av antimikrobiella produkter under svamptillväxt i stor skala där kontamination kan vara ett problem. / The aim of the project was to study the effect of various antimicrobial products on bacterial growth. The results showed that Micrococcus luteus had no activity in the 10% thin-rank-based LB medium (specifically culture medium for the bacterium where thin draff, a by-product of the ethanol industry, has been at 10% concentration) used during the experiment, while the antimicrobial Fermasure in high concentrations namely 1600 ppm was effective against the bacterium Enterococcus faecium. The antimicrobial Vitahop at concentration of 25 ppm, had success against the growth of the bacterium. These antimicrobial products can be used in the cultivation of fungus to inhibit the growth of bacteria. The findings could help determine the dosage of antimicrobial products during fungal growth on a large scale where contamination can be a problem.
|
9 |
Analysing Non-Desired Output Data from High Throughput Sequencers for the Identification of the Source of Contamination / Analys av oönskade utdata från högkapacitetssekvenserare för identifikation av kontamineringskällorMartinez Maldonado, Mayra Guadalupe January 2022 (has links)
High-throughput Sequencing (HTS)-tekniker fortsätter att utvecklas snabbt, vilket ökar genomströmningen och minskar sannolikheten för fel. MGI Tech Co., Ltd. (MGI) är ett ledande HTS-varumärke som använder DNBSEQ-teknologi och finns i Center for Translational Microbiome (CTMR). MGI:s sequencers har en hög känslighet och det är viktigt att följa protokollen när proverna hanteras för att undvika introduktion av kontaminering. Detta projekt kommer att utforska tidigare genererade data vid CTMR för att fastställa hur och var i sekvenseringsprocessen kontaminering har introducerats. Data delas in i två huvudkategorier: primärdata, eller verkliga data (RD), och sekundära data, vidare uppdelad i Never Used Barcodes (NUB) och Non-Sequenced (NS). RD:n är sann mot provet, medan NUB och NS anses vara hämtade från bakgrundsbrus. RD, NUB och NS var föremål för taxonomiska analyser, på släkt- och artnivå, och streckkodsanalyser med hjälp av RStudio-gränssnittet för att identifiera och kontrastera de vanligaste i varje kategori. Dessutom var RD också föremål för dekontamineringsanalys på två databaser, VaMyGyn och KOLBIBAKT. Dekontaminering används för att identifiera förorenande arter i ett samhälle. Efter analysen fanns det inga starka bevis som tydde på laboratoriekontamination eller kontaminerade reagenser. Några av dessa NUB delade subsekvenser med RD barcodes, där antal reads för varje par var korrelerade mellan prover. Det kan vara en indikation på att RD barcoded med sekvenseringsfel blir inkorrekt tolkade som NUB. En djupare analys skulle krävas för att bekräfta det.CTMR är numera medveten om att kontaminering från laboratoriet, reagenser eller manipulation inte är orsaken till hämtning av bakgrundsljud. / High-throughput sequencing (HTS) technologies keep developing rapidly, increasing throughput and lowering probabilities of errors. MGI Tech Co., Ltd. (MGI) is a leading HTS brand that uses DNBSEQ technology and is present in the Centre for Translational Microbiome (CTMR). MGI’s sequencers have a high sensitivity and it is critical to follow the protocols when the samples are being handled to avoid introduction of contamination. This project will explore the previously generated data at CTMR to determine how and where in the sequencing process contamination has been introduced. Data is divided into two main categories: the primary data, or real data (RD), and secondary data, further divided into Never Used Barcodes (NUB) and Non-Sequenced (NS). The RD is true to the sample, while NUB and NS are considered background noise retrieved. The RD, NUB, and NS were subject to taxonomic analyses, at genus and species level, and barcode analyses using the RStudio interface to identify and contrast the most frequent in each category. Moreover, RD was also subject to decontam analysis on two databases, VaMyGyn and KOLBIBAKT. Decontam is used for the identification of contaminant species in a community. After the analysis, there was no strong evidence suggesting lab contamination or contaminated reagents. Some of the barcodes from NUB shared substrings with RD barcodes for which the amount of reads were correlated across samples. This may indicate that RD barcodes with sequencing errors are falsely identified as NUB, however, more analyses are needed to verify this. CTMR is now aware that contamination from the lab, reagents, or manipulation are not the causes for the background noise retrieval.
|
10 |
Contamination Level Detection of Hydraulic Pressure Filters in Forklifts : using only pump motor currents and load pressure measurementsSehlstedt, Robert, Sellén, Erik January 2022 (has links)
With the advent of Industry 4.0 and the Internet of Things, collecting data on Cyber-Physical systems has become the norm practice in large scale industries. By collectingrelevant data, it is possible to monitor the health status of whole systems or specificcomponents within them. Such practices allow for historical maintenance strategies suchas reactive maintenance or preventive maintenance to be phased out.In this thesis two separate algorithms are presented, both designed to identify contaminationlevels in the hydraulic pressure filters of forklifts. Furthermore, in contrast torelevant literature for similar applications only sensory data from the hydraulic pump’smotor current and hydraulic fluid pressure at the load was used. More specifically, theproposed algorithms are based on trends observed in the relationship between the measurementsand how it changes over time. The algorithms were evaluated on data fromfour forklifts used in Toyota’s factory. The forklifts had been collecting data while usedin production for over a year.The results indicate strong evidence that both algorithms can be used to detect degradationin the hydraulic system. This is especially true for one forklift where it was knownthat the damage at the time of replacement was substantial. However, it cannot be trulyestablished without further testing whether the algorithms detect degradation in the filteror pump.
|
Page generated in 0.1131 seconds