Un nombre alarmant de personnes signalent une maladie persistante appelée COVID longue après leur infection par le virus SRAS-CoV-2. Il y a 650 million de cas de COVID-19 dans le monde, dont 10% de ces personnes développent des symptômes persistants. Parmi les symptômes observés, on remarque une fatigue profonde, de la myalgie, des troubles cognitifs, etc. Ces symptômes sont étonnamment similaires à ceux de l'encéphalomyélite myalgique (EM), une maladie chronique débilitante. L’EM est une maladie complexe souvent caractérisée par une fatigue profonde et le malaise après-effort. Environ 70% des patients atteints d'EM décrivent des épisodes d'infections virales comme élément déclencheur. Une autre maladie qui partage des symptômes similaires à l’EM est la fibromyalgie (FM). La FM est une autre maladie chronique et débilitante qui se caractérise par une douleur musculosquelettique et une sensibilisation centrale. Il n’existe toujours pas de traitement ni de test diagnostic à ce jour. Auparavant, nous avons découvert et validé onze microARN en tant que premier panel diagnostic pour l'EM et la FM. La majorité de ces petits ARN non codants participent à la régulation de gène, l'immunité et l'inflammation. Ce projet consiste à déterminer les trajectoires cliniques des personnes atteintes de la COVID longue à l’aide d’un nouveau test pronostic constitué de 11 miARN circulants permettant de différencier les diverses séquelles de la COVID longue. Par la suite, une recherche pan-génomique a permis d’établir une signature moléculaire plus précise pour chacun des six sous-groupes COVID longue. Nous proposons que les effets du virus SRAS-CoV-2 sur les microARN de l'hôte pourraient déclencher la persistance des symptômes de la COVID longue et que l’expression différentielle de certains microARN puissent contribuer au développement de différentes séquelles à long terme. Nous avons recruté des participants âgés de plus de 18 ans ayant été infectés par le virus SRAS- CoV-2, non-hospitalisés et présentant une COVID longue de plus de six mois et des sujets sains (groupe pré-pandemie) n’ayant pas reportés d’infection. L’analyse des symptômes a été réalisée à l’aide de trois questionnaires (SF-36, MFI-20, DSQ) complétés par tous les participants. Les niveaux d’expression de 11 microARN, précédemment identifiée dans l’EM, ont été mesurés par RT-qPCR dans des échantillons de plasma et la détermination des différentes trajectoires associées à des séquelles à long terme a été réalisée par analyse des composantes principales et validée par Random Forest Model (RFM). En stratifiant les patients selon leur signature de 11 miARN, nous avons évalué l’expression globale des 2549 miARN pour chaque séquelle et identifié de nouveaux miRNA spécifiques pour chacun des groupes à l’aide de la technologie microRNA array Agilent, une biopuce de la société Agilent. Nos données préliminaires nous ont permis d’identifier une signature moléculaire spécifique à chacune des séquelles de la COVID longue. Ces résultats nous permettrons de développer un nouveau test diagnostic basé sur les miRNA afin de prédire les conséquences à la suite de l’infection par le virus SRAS-CoV-2. / An alarming number of people are reporting a persistent illness called long COVID after their infection with the SARS-CoV-2 virus. There are an estimated 650 million cases of COVID-19 worldwide, with 10% of these people developing persistent symptoms. Among the symptoms observed, we notice profound fatigue, myalgia, cognitive disorders, etc. These symptoms are strikingly similar to those of myalgic encephalomyelitis (ME), a debilitating chronic disease. ME is a complex disease often characterized by profound fatigue and post-exertional malaise. Approximately 70% of ME patients describe episodes of viral infections as a trigger. Another disease that shares similar symptoms to ME is fibromyalgia (FM). FM is another chronic and debilitating disease that is characterized by musculoskeletal pain and central sensitization. There is still no treatment or diagnostic test to date. Previously, we discovered and validated eleven microRNAs as the first diagnostic panel for ME. Most of these small non-coding RNAs participate in gene regulation, immunity and inflammation. The objective of this project was to build a new diagnostic test to differentiate the various after-effects of long COVID using miRNAs. This project consists of determining the clinical trajectories of people with long COVID using a new prognostic test made up of 11 circulating miRNAs making it possible to differentiate the various after-effects of long COVID. Subsequently, a pan-genomic search made it possible to establish a more precise molecular signature for each of the six long COVID subgroups. We recruited participants aged over 18 years who had been infected with the SARS-CoV-2 virus, who were not hospitalized and had symptoms of long COVID for more than six months and healthy subjects (pre-pandemic group) who had not reported infection. The analysis of symptoms was carried out using three questionnaires (SF-36, MFI-20, DSQ) completed by all participants. The expression levels of 11 microRNAs previously identified in EM, from plasma samples were measured by RT-qPCR and the determination of the different trajectories associated with long-term sequelae was carried out by principal component analysis (PCA) and validated by Random Forest Model (RFM). By stratifying patients according to their signature of 11 miRNAs, we evaluated the overall expression of the 2549 miRNAs for each sequelae and identified new miRNAs specific for each of the groups using the Agilent microRNA array technology, a biochip from the company Agilent. Our preliminary data allowed us to identify a molecular signature specific to each of the after-effects of long COVID. These results will allow us to develop a new diagnostic test based on miRNAs in order to predict the consequences following infection by SARS-CoV-2 viruses.

Le but de ce mémoire est d'évaluer les qualités psychométriques d'un instrument de langue française servant à mesurer l'agitation chez des personnes âgées vivant en centre d'hébergement et de soins de longue durée (CHSLD). L'Inventaire d'agitation de Cohen-Mansfield (IACM) est la version française du "Cohen-Mansfield Agitation Inventory". L'IACM a été administre aux résidents de trois unités de soins d'un CHSLD (N = 99). Les résultats indiquent que la fidélité inter-juge (r de Pearson =.72), la stabilité temporelle (r de Pearson =.72), la consistance interne (alpha de Cronbach de.75 a.77), la validité concomitante (r de Pearson =.74) et la validité de construit (toutes les corrélations sont significatives à p $<$.05) de l'IACM sont acceptables. L’IACM s'avère donc un instrument valide et fidèle pour la mesure de l'agitation en CHSLD.

En centre hospitalier de soins de longue durée, des comportements agressifs (CA) sont émis quotidiennement par 24 à 65% des personnes âgées démentes et ont un impact majeur sur leur qualité de vie de même que sur l'ampleur du fardeau ressenti par le personnel soignant. Quoique certaines hypothèses biologiques ou psychiatriques aient ét mises pour expliquer la survenue des CA, des études soulignent également l'impact des facteurs environnementaux. L'étude actuelle avait donc pour objectif l'analyse systématique de certaines conditions environnementales associées aux CA verbaux et physiques. La méthode utilisée consistait en l'observation directe non participante de 15 patients qui manifestaient des CA, sur une période totale de 12 heures chacun. Un ordinateur de main permettait de coder en temps réel l'occurrence des CA ainsi que le lieu et l'activité effectuée par le participant. Le nombre de CA observés s'élève à 216, dont 135 verbaux. Dans 68% des cas, ils étaient dirigés vers le personnel. Ils sont survenus plus particulièrement pendant les activités de la vie quotidienne (56%), dans la chambre du patient (55%), entre 9h et 11h (40%) ainsi qu'entre 17h et 19h (30%). Ces résultats soulignent que chez les individus présentant d'importantes difficultés cognitives, différents facteurs environnementaux associés à des lieux et des circonstances particulières contribuent à l'émission de CA.

Les ressources naturelles sont au cœur de dynamiques contradictoires. Alors qu'elles sont essentielles à la reproduction des sociétés et du vivant, l'organisation actuelle de l'économie mondiale tend à les subordonner principalement à des logiques d'accumulation. Outre que ces dernières ne prennent pas suffisamment en compte les limites physiques au sein desquelles l'humanité évolue, elles entraînent à diverses échelles des inégalités problématiques sur les plans social et écologique. L'ordre économique international actuel tend en effet à générer des phénomènes d'échange écologique inégal qui nuisent au développement des pays producteurs et exportateurs de matières premières, ainsi qu'aux populations et écosystèmes les plus vulnérables en leur sein. Le monde tropical est exemplaire de telles contradictions, concentrant parmi les plus importantes ressources de la biosphère – notamment en matière de biodiversité – ainsi que des milieux socio-écologiques particulièrement fragilisés. Face à des visions et logiques économicistes d'exploitation des ressources, qui s'inscrivent dans la longue durée historique, et trouvent des relais dans les structures juridico-politiques du système économique mondial, il importe de repenser le concept même de ressource naturelle. Il s'agit en effet de redonner toute leur place aux dimensions sociales et écologiques dans les processus de gestion et d'exploitation des ressources. Cela implique une réflexion sur les valeurs qui guident les interactions avec la nature et les relations économiques internationales, afin que la solidarité, la complémentarité et la justice deviennent des priorités. / Natural resources are in the midst of contradictory dynamics. While they are essential to the reproduction of societies and life, actual organization of the world economy subordinates them to logics of accumulation. In addition to the fact that these logics don't take into account (consider) the physical limits inside of which humanity evolves, they induce problematic socio-ecological inequalities at different scales. Indeed, actual international economic order tends to generate ecologically unequal exchanges, which disrupt the development of primary exporting countries and threaten the most vulnerable populations and ecosystems inside of them.Tropics are the typical context in which such contradictions develop themselves. Actually, this part of the world concentrates some of the most important resources for the biosphere – such as biodiversity – but also highly fragilized socio-ecological environments.To confront economistic views and logics of resources exploitation, which are the product of the longue durée, and find support in the juridical and political structures of the world economic system, it is critical to rethink the very concept of natural resources. Social and ecological dimensions should be put back at the heart of natural resources management and exploitation process. Such an approach necessitates thinking about the values that guide interactions with nature and international economic relations, so that solidarity, complementarity and justice become priorities.

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

The research presented in this thesis was conducted under the joint supervision of Pierre-Luc Bacon, affiliated with Mila - Quebec Artificial Intelligence Institute and Université de Montréal, and Ross Goroshin, affiliated with Google DeepMind. The involvement of both supervisors was integral to the development and completion of this work. / Cette thèse est ancrée dans deux aspirations principales: (i) l'extension des longueurs de séquence pour une fidélité de prédiction supérieure pendant les phases d'entraînement et de test, et (ii) l'amélioration de l'efficacité computationnelle des modèles de séquence. Le défi fondamental de la modélisation de séquences réside dans la prédiction ou la génération précise sur de longs horizons. Les modèles traditionnels, tels que les Réseaux Neuronaux Récurrents (RNN), possèdent des capacités intrinsèques pour la gestion de séquences, mais présentent des lacunes sur de longues séquences. Le premier article, "Correction de Cours des Représentations de Koopman," introduit le Réencodage Périodique pour les Autoencodeurs de Koopman, offrant une solution à la dérive dans les prédictions à long horizon, assurant la stabilité du modèle sur de longues séquences. Les défis subséquents des RNN ont orienté l'attention vers les Transformateurs, avec une longueur de contexte bornée et un temps d'exécution quadratique. Des innovations récentes dans les Modèles d'Espace d'État (SSM) soulignent leur potentiel pour la modélisation de séquences. Notre second article, "Transformateurs d'État-Block," exploite les puissantes capacités de contextualisation des SSM, fusionnant les forces des Transformateurs avec les avantages des SSM. Cette fusion renforce la modélisation linguistique, surtout dans les contextes exigeant une large inference et contexte. En essence, cette thèse se concentre sur l'avancement de l'inférence de séquence à longue portée, chaque article offrant des approches distinctes pour améliorer la portée et la précision de la modélisation prédictive dans les séquences, incarnées par le titre "Au-delà de l'Horizon." / This thesis is anchored in two principal aspirations: (i) the extension of sequence lengths for superior prediction fidelity during both training and test phases, and (ii) the enhancement of computational efficiency in sequence models. The fundamental challenge in sequence modeling lies in accurate prediction or generation across extended horizons. Traditional models, like Recurrent Neural Networks (RNNs), possess inherent capacities for sequence management, but exhibit shortcomings over extended sequences. The first article, "Course Correcting Koopman Representations," introduces Periodic Reencoding for Koopman Autoencoders, offering a solution to the drift in long-horizon predictions, ensuring model stability across lengthy sequences. Subsequent challenges in RNNs have shifted focus to Transformers, with a bounded context length and quadratic runtime. Recent innovations in State-Space Models (SSMs) underscore their potential for sequence modeling. Our second article, "Block-State Transformers," exploits the potent contextualization capabilities of SSMs, melding Transformer strengths with SSM benefits. This fusion augments language modeling, especially in contexts demanding extensive range inference and context. In essence, this thesis revolves around advancing long-range sequence inference, with each article providing distinctive approaches to enhance the reach and accuracy of predictive modeling in sequences, epitomized by the title "Beyond the Horizon."

Ce travail veut être une contribution, à la fois théorique et empirique, à l'étude sur la longue durée des pratiques de régulation (au sens large du terme: constitution d'objets techniques, de pratiques de conception, d'outils de gestion et de morphologies<br />organisationnelles) développées au sein des systèmes socio-techniques, c'est à dire des systèmes composés d'éléments techniques (physiques) et organisationnels, formellement<br />organisées sur la base de normes, des règles et de rôles, plus ou moins standardisés, en vue de réaliser des objectifs prédéfinis. Son terrain empirique est composé de trois systèmes socio-techniques. Deux historiques relativement brefs, portant sur le monde<br />industriel (taylorisme : 1880-1980), et le métropolitain de Paris (1900-1990), préparent le terrain pour la présentation systématique du concept central de ce travail, celui de mode de régulation, à travers lequel nous essayons de donner un fondement théorique à<br />l'explication du mouvement — émergence et formation, stabilisation, crise — des pratiques de régulation développées au sein d'un système socio-technique. Une fois le concept de mode de régulation exposé, nous procédons à une étude approfondie des<br />pratiques de régulation dans le domaine de l'assainissement (1850-1990).<br />Les lectures parallèles des trajectoires de trois systèmes étudiés ici révèlent des connivences quant aux logiques de régulation à l'oeuvre. Pensée et projetée sur un mode homéostatique, la régulation cherche son efficacité dans la norme et les pratiques<br />codifiées ; ces dernières étant objectivées très souvent dans des dispositifs techniques et cristallisées dans des architectures fonctionnelles marquées par des cloisonnements forts et pauvres en communication. Or, cette logique semble entrer aujourd'hui entrer dans une phase de mise en cause profonde. La dernière partie de la thèse, centrée sur les mutations actuelles dans le domaine de l'assainissement, essaie de dessiner les lignes de force qui paraissent majeures dans les évolutions en cours.

Le but de cette étude était d’explorer et de comprendre l’expérience que peuvent vivre les proches aidants au regard de leurs interactions avec leur parent âgé qui erre, lors de leurs visites au centre d’hébergement et de soins de longue durée. Une étude qualitative exploratoire a été réalisée en s’inspirant de la conception des interactions sociales de Khosravi (2003, 2007) et de la théorie de l’être humain unitaire de Rogers (1970, 1990). À l’aide d’un guide d’entretien semi-dirigé, des entrevues individuelles ont été effectuées auprès de cinq filles aidantes ayant un parent errant hébergé. Le but de cette étude était d’explorer et de comprendre l’expérience que peuvent vivre les proches aidants au regard de leurs interactions avec leur parent âgé qui erre, lors de leurs visites au centre d’hébergement et de soins de longue durée. Une étude qualitative exploratoire a été réalisée en s’inspirant de la conception des interactions sociales de Khosravi (2003, 2007) et de la théorie de l’être humain unitaire de Rogers (1970, 1990). À l’aide d’un guide d’entretien semi-dirigé, des entrevues individuelles ont été effectuées auprès de cinq filles aidantes ayant un parent errant hébergé. Les résultats de l’analyse thématique suggèrent que ces aidantes sont en mesure d’expliquer l’errance en identifiant plusieurs causes à ce comportement, entre autres la recherche de repères connus, les habitudes de vie antérieures, le besoin de liberté et le désir de retourner chez soi. Être en mesure d’expliquer le comportement semble en favoriser l’acceptation. Cette compréhension et cette acceptation du besoin constant de se mouvoir permettent aux aidantes d’entretenir des interactions avec leur parent et de passer de « bons moments » lors des visites. Pour maintenir ces interactions encore importantes, les aidantes ont développé des stratégies de communication non verbales comme le toucher et la marche rapide. Elles ont également su se familiariser avec ce comportement en évitant de confronter leur parent et en faisant preuve de créativité. Ces résultats mettent en lumière des pistes d’interventions infirmières afin de favoriser des interactions harmonieuses entre les résidents errants et leur proche aidant. / This study aimed to explore and understand the experience of family caregivers in their interactions with wandering loved ones during their visits to long-term care facilities. A qualitative study was designed based on Khosravi’s (2003, 2007) concept of social interactions and Rogers’ (1970-1990) notion of the unitary human being. Using a semi-structured interview guide, individual interviews were conducted with five caregiving daughters of wandering parents residing in a nursing home. Thematic analysis suggests that these caregivers are able to explain wandering by identifying several causes, including the search for known reference points, resurgent habits, the need for freedom and the desire to return home. The ability to explain the behavior was found to facilitate acceptance. This understanding and acceptance of the need for constant movement allowed caregivers to interact with their parents and enjoy “quality time” during visits. The caregivers had developed nonverbal communication strategies such as touching and fast walking to preserve these still meaningful interactions. They had also adapted by avoiding confrontation with the parent and showing creativity during wandering episodes. The study’s findings shed light on potential intervention strategies for nurses to promote harmonious interactions between wandering residents and their caregiving loved ones.

Au Québec, les personnes âgées hospitalisées nécessitant un hébergement dans le secteur public peuvent être déplacées plusieurs fois au sein d’un hôpital et de différents établissements jusqu’à ce qu’une place permanente soit disponible. Cette pratique peut avoir des conséquences sur leur santé. Les significations qu’accordent les personnes âgées à cette expérience sont peu connues alors qu’elles peuvent influencer leur processus transitionnel et les conséquences sur leur santé et leur bien-être. Basée sur la théorie de transitions de Meleis (2010), une micro ethnographie critique ayant pour but de comprendre les significations du processus transitionnel de personnes âgées hospitalisées nécessitant un hébergement et vivant de multiples relocalisations a été conçue. L’échantillon était composé de huit personnes âgées ayant vécu au moins deux relocalisations durant leur attente d’hébergement. Des entrevues semi-dirigées et des conversations informelles ont été utilisées. L’analyse des données a respecté la méthode décrite par Braun et Clarke (2006). Les résultats de cette analyse thématique ont démontré que les personnes âgées vivent, durant leur expérience transitionnelle, des discontinuités spatio-temporelles auxquelles elles attribuent différentes significations. Ces significations correspondent à la perception de vivre de longues périodes d’attente dans des milieux temporaires, des déménagements rapides et impromptus et des coupures affectives. L’incertitude et l’impuissance ressenties à divers degrés d’intensité par les personnes âgées sont également des significations qui ressortent du processus transitionnel. Une autre signification accordée par les personnes âgées à leur expérience de transitions est l’importance des « petites choses » de la vie quotidienne. Les connaissances issues de cette étude ont des implications pour les différents champs d’activités des infirmières. Notamment, elles offrent des pistes pour favoriser la santé et le bien-être des personnes âgées vivant un processus transitionnel. / In the province of Quebec, hospitalized older people requiring placement in public intermediate or long-term care facilities can be relocated multiple times within a hospital and between various institutions before a permanent place becomes available. This practice may have consequences on their health. The meanings that older people ascribe to this experience are unknow but can influence the older persons’ transitional process and shape the nature of the impacts on their health and well-being. Based on Meleis’ transition theory (2010), a critical microethnography study was designed aiming to understand the meanings of the transitional process of hospitalized older people requiring placement and living multiple relocations. The sample consisted of eight older persons who experienced at least two relocations while waiting for definite placement. Data was collected through semi-structured interviews and informal conversations. Data analysis followed the six steps method described by Braun and Clarke (2006). The results of this thematic analysis revealed that older people live spatial and temporal discontinuities during their transitional experience to which they assign meanings. These meanings are the perception to live long waiting periods in temporary places, rapid and unannounced relocations and emotional cuts. The uncertainty and helplessness that older people feel at different levels are also meanings that emerge from the transitional process. Another meaning ascribed by older people to their transitional experience is the great importance of "little things" of everyday life. Knowledge generated from this study has implications in various nursing fields. In particular, they offer ways to improve health and well-being in older people living a transitional process.

Les acides gras polyinsaturés à longue chaîne (AGPI-LC) de la série n-3 jouent des rôles essentiels dans le fonctionnement du cerveau et notamment dans les processus de plasticité synaptique et de mémoire, altérés au cours du vieillissement. Il est maintenant bien admis que ces AGPI peuvent réguler la transcription génique en se liant à des récepteurs nucléaires spécifiques, les PPAR (peroxisome proliferator-activated receptors), mais aussi aux récepteurs de l’acide 9-cis rétinoïque, les RXR (retinoid X receptors). En tant que partenaires communs d’hétérodimérisation des PPAR et des RAR (récepteurs de l’acide tout-trans rétinoïque), les RXR sont des acteurs clés de la modulation de l’expression génique par les acides gras et les rétinoïdes. Dans ce contexte, l’objectif de ce travail de thèse était d’étudier, au cours du vieillissement chez le rat, les effets d’une supplémentation en AGPI-LC n-3 sur l’activité des voies de signalisation des acides gras et des rétinoïdes, les processus de plasticité cérébrale (plasticité synaptique et neurogenèse) et la mémoire spatiale. Nos principaux résultats montrent qu’une supplémentation en AGPI-LC n-3, pendant 21 semaines chez des rats à mi-vie, maintient dans l’hippocampe les niveaux d’expression des ARNm codant pour RXRγ et GAP-43 (protéine synaptique) altérés au cours du vieillissement. De plus les rats âgés supplémentés en AGPI-LC n-3 présentent une augmentation du nombre de néo-neurones hippocampiques et une amélioration de la mémoire spatiale de travail, comparés aux rats âgés contrôle. Les résultats de cette étude plaident en faveur d’un effet bénéfique des AGPI-LC n-3 sur la mémoire de travail au cours du vieillissement via notamment, une action sur la plasticité cérébrale. De plus, nos travaux suggèrent l’implication des RXR dans l’effet neuroprotecteur des AGPI-LC n-3, qui réguleraient l’expression de certains gènes cibles impliqués dans la plasticité synaptique et les processus de neurogenèse hippocampique. / Long chain polyunsaturated fatty acids (LC-PUFA) of the n-3 series play essential roles in brain functions, including brain plasticity and memory processes which are altered during aging. It is now well accepted that these PUFA regulate gene transcription through binding and activating specific nuclear receptors such as PPAR (peroxisome proliferator-activated receptors) and RXR (retinoid X receptors, which also bind 9-cis retinoic acid). As a common heterodimeric partner of both PPAR and RAR (all-trans retinoic acid receptors), RXR is a key factor in the modulation of gene expression by fatty acids and retinoids. In this context, the purpose of this work was to study the effects of a n-3 LC-PUFA supplementation on fatty acid and retinoid signalling pathways and on cerebral plasticity and spatial memory processes. Our main results show that n-3 LC-PUFA supplementation for 21 weeks in mid-life rats, maintains the mRNA levels of RXRγ and GAP-43 (synaptic protein) which were altered in aged rat hippocampus. Besides, supplemented aged rats exhibited increased numbers of newly generated neurons and improved spatial working memory, when compared with control aged rats. To summarize, our results support the neuroprotective effects of n-3 LC-PUFA during aging, in particular on cerebral plasticity and working memory. Furthermore, our works suggest the implication of RXR in the set up of these effects through notably the regulation of some target genes involved in synaptic plasticity and hippocampal neurogenesis processes.