La morphogenèse aérienne inclut des caractères de croissance, de développement et de phénologie, et conditionne fortement la valeur d'usage des Légumineuses. Parmi ces caractères, la floraison est un événement majeur du cycle de vie car elle est déterminante pour le succès reproductif. Elle correspond à la transition généralement non réversible d'un méristème végétatif produisant des feuilles et tiges, en un méristème floral. La régulation de ce phénomène morphogénétique est le fait d'un réseau complexe de signalisations. Les légumineuses cultivées ont souvent des génomes complexes. C'est le cas de la luzerne (Medicago sativa), espèce fourragère pérenne, tétraploïde et allogame ainsi que du pois (P. sativum) qui présente un génome de grande taille. Des études précises peuvent être menées sur la légumineuse modèle Medicago truncatula, espèce diploïde, annuelle, à cycle court et autogame. De nombreuses ressources génétiques et génomiques sont disponibles chez cette espèce qui possède un fort degré de synténie avec la luzerne et le pois. De plus des gènes intervenant dans le déterminisme de la date de floraison ont été décrits chez A. thaliana et chez le pois. L'objectif de la thèse est d'identifier des zones du génome et des gènes en utilisant les connaissances et outils développés chez M. truncatula, A. thaliana et P. sativum dans le déterminisme génétique de la date de floraison chez M. truncatula. Après une analyse de l'effet de la photopériode sur la date de floraison d'une gamme de lignées, une approche " gènes candidats positionnels " a été mise en oeuvre. La méthodologie employée consiste à montrer la variabilité génétique de la date de floraison en réponse à la photopériode, rechercher des QTL (Quantitative Trait Locus) de date de floraison dans trois populations connectées de lignées recombinantes, réaliser une méta-analyse QTL afin de détecter les régions conservées dans le contrôle du caractère entre populations, cartographier finement un QTL majeur et repérer les gènes candidats présents dans son intervalle de confiance. L'expression de ces gènes a été comparée pour deux lignées afin d'associer au caractère les gènes différentiellement exprimés. En chambre de culture, la date de floraison de huit lignées a été mesurée sous deux traitements : 12 heures et 18 heures d'éclairement. Les données montrent qu'il existe de la variabilité génétique pour la date de floraison entre ces huit lignées, que la floraison est plus précoce en jours longs qu'en jours courts et qu'il existe une interaction lignée x photopériode. Un QTL majeur de date de floraison a pu être repéré sur le groupe de liaison 7 dans les trois populations de lignées recombinantes expliquant de 10 à 60 % de la variabilité observée. En méta-analyse sur les trois populations, un QTL consensus a été mis en évidence ayant un intervalle de confiance de seulement 0.9 cM. La cartographie fine de ce QTL a été réalisée sur la descendance (1663 plantes) d'une plante F6 hétérozygote au QTL détecté dans la population LR4. L'intervalle du QTL ainsi détecté couvre 2.4 cM. Six gènes homologues de gènes de floraison décrits chez A. thaliana ont été identifiés dans l'intervalle de ce QTL établi par cartographie fine. Leur séquençage pleine longueur a révélé du polymorphisme entre les deux parents : pour MtCO, homologue de CONSTANS et pour MtFTLc, homologue de FT. Par contre, aucun polymorphisme n'a été détecté pour deux autres homologues de FT (MtFTLa et MtFTLb) ni pour PKS. Une analyse de l'expression différentielle par RT-PCR semi quantitative des six gènes candidats a été réalisée chez deux lignées parentales contrastées pour leur date de floraison. Seul le gène MtCO est différentiellement exprimé entre ces deux lignées ; ce gène est donc actuellement le principal candidat pour expliquer la variation du caractère révélée à ce QTL sur le chromosome7, dans ces populations.

Les services d’aide téléphonique (SATs) offrent une aide accessible, gratuite en temps opportun aux individus vivant un état de vulnérabilité. Les chercheurs, les évaluateurs et les administrateurs d’organismes offrant des services d’aide téléphonique s’intéressent de plus en plus aux résultats immédiats des SATs, non seulement en raison de la place qu’ils occupent dans le système de santé mentale et de services communautaires actuels et de la clientèle qu’ils desservent, mais aussi en raison de la rareté des ressources disponibles caractérisant le contexte sociopolitique actuel. À ce jour, il n’existe aucune synthèse quantitative de l’ampleur de l’effet proximal des SATs. Le présent ouvrage constitue la première méta-analyse portant sur les résultats immédiats des SATs auprès de leur clientèle. Cette méta-analyse permet de dresser un portrait quantitatif de l’ampleur de l’effet des SATs sur leurs appelants pour différentes catégories de résultats immédiats (c’est-à-dire pour les « domaines de santé mentale » et le « type d’approche évaluative »). Elle permet également d’explorer les variables modératrices potentielles (liées à l’intervention, à la clientèle et à la méthodologie de l’évaluation) qui pourraient influencer l’ampleur de l’effet qu’ont les SATs sur leurs clients. Treize études répondent aux critères d’inclusion, c’est-à-dire qu’elles portent sur des interventions téléphoniques ponctuelles livrées par les intervenants (bénévoles ou rémunérés) d’un SAT œuvrant en santé mentale et qu’un changement cognitif, affectif ou comportemental est mesuré chez les clients au début et à la fin de l’intervention à l’aide du même outil de mesure. Des tailles d’effet g sont calculées pour chaque résultat ou type de résultats en utilisant un modèle statistique d’effets aléatoires. Les SATs améliorent grandement l’état de santé psychologique de leurs clients (g = 0,913). Ils améliorent modérément le fonctionnement (g = 0,540) et le niveau de sécurité (g = 0, 458) de leurs clients. Les SATs ont un effet tout aussi grand pour accroître les forces de leurs clients (g = 0,558) que pour réduire leurs problèmes ou leurs déficits (g = 0,498). Des facteurs modérateurs ont été examinés pour expliquer l’hétérogénéité de la distribution des tailles d’effet de l’état de santé psychologique et du niveau de sécurité. Le type d’intervenant (« bénévole/non professionnel » ou « rémunéré/professionnel ») modère l’effet des SATs sur le niveau de sécurité de leurs clients (Qbetween = 21,611, df = 1, p < 0,001), mais pas sur leur état de santé psychologique. Les SATs améliorent davantage l’état psychologique et le niveau de sécurité des appelants suicidaires que ceux des appelants non suicidaires (Qbetween[État de santé psychologique] = 57,001 , df = 1, p < 0,001; Qbetween[Sécurité] = 4,856 , df = 1, p = 0,028). Plus les échantillons des études comprennent de femmes, plus les tailles d’effet des SATs quant au niveau de sécurité augmentent (QModel = 10,571, df = 1, p < 0,002). Le fait qu’un intervenant observe l’appelant pour recueillir des données évaluatives plutôt que de s’adresser directement à ce dernier en lui posant des questions n’influence pas l’ampleur des changements d’état de santé psychologique ou du niveau de sécurité observés. Le fait d’avoir recours à un intervenant plutôt qu’à un chercheur indépendant pour recueillir les données évaluatives n’influence pas l’ampleur des changements d’état de santé psychologique mesurés, mais il accroît l’ampleur des changements du niveau de sécurité rapportés (Qbetween[Sécurité] = 37,127, df = 1, p < 0,001). Les informations générées par cette méta-analyse, malgré les limites y étant associées, ont d’importantes implications pour l’étude, l’évaluation et l’offre des services d’aide téléphonique.

Cette dissertation doctorale entend contribuer au renouveau des sciences de l’information et de la communication (SIC) et plus particulièrement de la construction du « public » dans un contexte caractérisé par une remise en question des savoirs théoriques et méthodologiques associée à l’émergence d’internet. <p>Cette problématique est développée en trois temps. Dans un premier temps, nous effectuons une synthèse des constructions du public dans la recherche sur les médias classiques. Les multiples « publics » repérés dans la littérature scientifique en information et communication (infocom) sont organisés à deux niveaux. D’une part, nous distinguons les constructions du public comme « acteur collectif » et comme « acteur assistant ». D’autre part, à un niveau plus fin d’analyse, les concepts de public comme « groupe » et comme « collectivité » permettent de distinguer deux types de public comme « acteur collectif » tandis que les concepts de public comme « récepteur » et comme « coproducteur » renvoient à deux catégories différentes de public comme « acteur assistant ».<p>Dans un deuxième temps, nous examinons plusieurs ajustements des constructions du public apportés (ou à apporter) par la recherche en infocom à propos d’internet. En ce qui concerne la construction du public comme « groupe », celle-ci recouvre désormais une grande variété de groupes dont les processus de communication interne deviennent un objet d’étude à part entière. De plus, la construction comme « public exposé » (une catégorie de public comme « récepteur ») s’articule à la problématique de l’accès aux informations. Enfin, la construction du public comme « coproducteur » voit son champ d’application considérablement élargi.<p>Dans un troisième et dernier temps, nous réalisons une méta-analyse de la construction du public d’internet. Le corpus est composé de 186 articles issus de six revues scientifiques en infocom. Les variables examinées sont :l’origine culturelle des auteurs, l’orientation éditoriale des revues, les thématiques de recherche, les constructions du public, les constructions d’internet et les méthodes de recherche. Les résultats révèlent notamment que les ajustements nécessaires des constructions du public sont peu représentés dans le corpus. Si la construction comme « groupe » est plus fréquente que la construction comme « collectivité », la première est toutefois concentrée dans deux revues et semble peu diversifiée. De plus, le public comme « coproducteur » est rarement étudié alors qu’internet facilite la participation à la production des messages et favorise l’appropriation des contenus. <p>Par ailleurs, la construction du public d’internet est culturellement marquée :les chercheurs européens le construisent plutôt comme « acteur collectif » tandis que les chercheurs américains privilégient la construction comme « acteur assistant ». De plus, les constructions du public ne sont pas associées aux mêmes constructions d’internet :le public comme « acteur collectif » est associé à une construction d’internet comme « medium » tandis que le public comme « acteur assistant » est associé à une construction d’internet comme « support », « média » ou « contenu ». Enfin, les constructions du public d’internet donnent lieu à des méthodes de recherche distinctes, le public comme « acteur collectif » étant articulé aux méthodes qualitatives et le public comme « acteur assistant » aux méthodes quantitatives. /<p>This doctoral thesis aims to contribute to the revival of the information and communication sciences (ICS) whose theoretical and methodological tools are being called into question by the emergence of information and communication technologies. This study focuses on the construction of the “audience” in the age of internet and develops this issue through three chapters.<p>The first chapter synthesizes the constructions of the audience in the research on traditional media. The numerous “audiences” identified in scientific literature from ICS are organized at two levels. On the one hand, we distinguish the audience as “collective actor” from the audience as “attending actor”. On the other hand, and more precisely, the “group” and the “collectivity” are considered two different kinds of audience as “collective actor” while the construction of the audience as “attending actor” is broken up into two constructions: the “receiver” and the “co-producer”.<p>The second chapter discusses (some of) the alterations to the constructions of the audience that ICS have made (or should make) because of the properties of the internet. With regard to the audience as “group”, it covers henceforth a wide range of groups whose internal communication processes become an object of study. Moreover, the construction of the audience as “exposed audience” (a category of audience as “receiver”) is linked up with the issue of information access and the construction of audience as “co-producer” sees its sphere of validity considerably enlarged. <p>The third and last chapter develops a meta-analysis of the construction of the internet audience. The corpus is composed of 186 articles published in six scientific journals from ICS. The variables examined are: the cultural origin of the authors, the editorial influence of the journals, the research subjects, the constructions of the audience, the constructions of internet and the research methods. Among other results, it appears that the “new” constructions of the audience are not much studied in the corpus. The construction as “group” is more frequently encountered than the construction as “collectivity” but is restricted to two journals and is little diversified. Moreover, the audience as “co-producer” is rarely constructed whereas internet facilitates the participation in message production and the appropriation of contents. Furthermore, the construction of the internet audience is a culturally defined process: European researchers rather construct the internet audience as “collective actor” while American researchers tend towards a construction of the internet audience as “attending actor”. Those constructions are associated with different constructions of internet: the audience as “collective actor” is linked up with the construction of internet as “medium” while the audience as “attending actor” is associated with the constructions of internet as “device”, “channel” or “content”. Finally, the constructions of the internet audience are methodologically different: the audience as “collective actor” is studied through qualitative methods while the audience as “attending actor” tends towards quantitative methods.<p> / Doctorat en philosophie et lettres, Orientation information / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Les relations entre plantes et herbivores occupent une part importante des travaux concernant le rôle de la biodiversité dans le fonctionnement des écosystèmes. Les effets de la diversité des plantes sur les herbivores et la phytophagie se répartissent le long d’un continuum entre résistance et susceptibilité par association, ces deux concepts décrivant respectivement la réduction ou au contraire l’augmentation des dégâts causés par les herbivores avec la diversité des plantes dans les communautés végétales. Si de nombreux travaux menés dans différents écosystèmes suggèrent que la résistance par association est plus fréquente que la susceptibilité par association, les mécanismes sous jacents restent discutés et semblent dépendre de la plus ou moins grande spécialisation des herbivores et de l’identité des espèces végétales associées. En particulier deux questions se posent : (1) quel est l’effet de la diversité des plantes sur la diversité des insectes, et principalement sur les insectes herbivores ? (2) Quelle composante de la diversité des plantes explique le mieux la résistance et la susceptibilité par association ? La méta-analyse présentée dans cette thèse montre que la diversité des animaux augmente avec la diversité des plantes, quels que soient les écosystèmes et les taxons considérés. Dans le cas des Arthropodes, la richesse spécifique des herbivores est mieux corrélée à la richesse spécifique des plantes que celle des prédateurs. De plus, la diversité des herbivores augmente plus rapidement que la diversité des prédateurs avec la diversité des plantes. Ces observations soulèvent un paradoxe : si la diversité des herbivores augmente avec celle des plantes, comment expliquer les nombreux cas où la phytophagie diminue (résistance par association) ? Cette question a fait l’objet d’une approche expérimentale centrée sur le chêne pédonculé et fondée sur la manipulation de la diversité spécifique et génétique des essences forestières. Il en ressort que ces deux niveaux de diversité ont des effets contrastés sur la phytophagie. Les dégâts causés par les insectes herbivores généralistes tendent à augmenter avec la diversité génétique chez leur hôte (susceptibilité par association), alors que les spécialistes ne répondent pas à la diversité génétique chez le chêne. Au contraire, la diversité spécifique est à l’origine d’une résistance par association pour les herbivores spécialistes mais elle est sans effet sur les généralistes. Un résultat original émerge des travaux présentés dans cette thèse : les effets de la diversité des plantes sur les insectes herbivores et leurs dégâts s’exprimeraient principalement à l’échelle locale – celle d’un arbre et de ses voisins immédiats – au travers de « l’apparence » des arbres, une variable conditionnée par leur taille et celle de leurs voisins. La prise en compte de la spécialisation des insectes herbivores et des différentes composantes de la diversité des arbres contribue donc à une meilleure compréhension des mécanismes impliqués dans la résistance et la susceptibilité par association des forêts mélangées. / Functional and structural consequences of plant diversity on insect communities and herbivoryThe relationship between biodiversity and ecosystem functioning remains a key issue in ecology. In particular it has been suggested that plant species diversity can trigger plant-insect interactions, ranging from associational resistance (higher herbivory in monocultures than in more diverse plant communities) to associational susceptibility (higher herbivory in plant mixtures). Although it is now widely acknowledged that associational resistance is more frequent than associational susceptibility, the underlying mechanisms are still debated and seem to depend on herbivore specialization and plant species identity. To contribute to this debate we addressed two questions: (1) What are the consequences of plant diversity for insect herbivore diversity? (2) Which component of plant diversity better accounts for herbivory? On the basis of a meta-analysis we show in this report that animal diversity significantly increase with increasing plant diversity, regardless of habitats or taxa. In arthropods, herbivores species richness increases more steeply with plant richness than predator richness. This result raises an apparent paradox: if herbivore diversity is positively correlated with plant diversity, why herbivory decreases with increasing plant diversity (associational resistance)? To solve this paradox we developed an experimental approach focused on pedunculate oak and based on the manipulation of tree genetic and species diversity. We showed that generalist and specialist herbivores respond differently to the two levels of tree diversity. Herbivory by generalist herbivores significantly increased with oak genetic diversity (i.e. associational susceptibility) while specialist herbivores did not respond to the genetic diversity of their host tree. Conversely, tree species diversity triggered associational resistance to specialist insect herbivores but had no effect on generalists.  The novelty of this works also lies in the identification of a new mechanism that may account for associational resistance in tree species mixtures: host apparency. More apparent oak trees – those that are taller than their neighbours – are more prone to insect damage. Increasing tree species diversity comes together with higher probability of associating faster growing species (such as pine or birch) than can hide neighbouring oaks, reducing their apparency and then their susceptibility. Our findings suggest that accounting for the diet breadth of insect herbivores and the different components of tree diversity can contribute to a better understanding of the mechanisms leading to associational resistance or susceptibility in mixed forests.

Les services d’aide téléphonique (SATs) offrent une aide accessible, gratuite en temps opportun aux individus vivant un état de vulnérabilité. Les chercheurs, les évaluateurs et les administrateurs d’organismes offrant des services d’aide téléphonique s’intéressent de plus en plus aux résultats immédiats des SATs, non seulement en raison de la place qu’ils occupent dans le système de santé mentale et de services communautaires actuels et de la clientèle qu’ils desservent, mais aussi en raison de la rareté des ressources disponibles caractérisant le contexte sociopolitique actuel. À ce jour, il n’existe aucune synthèse quantitative de l’ampleur de l’effet proximal des SATs. Le présent ouvrage constitue la première méta-analyse portant sur les résultats immédiats des SATs auprès de leur clientèle. Cette méta-analyse permet de dresser un portrait quantitatif de l’ampleur de l’effet des SATs sur leurs appelants pour différentes catégories de résultats immédiats (c’est-à-dire pour les « domaines de santé mentale » et le « type d’approche évaluative »). Elle permet également d’explorer les variables modératrices potentielles (liées à l’intervention, à la clientèle et à la méthodologie de l’évaluation) qui pourraient influencer l’ampleur de l’effet qu’ont les SATs sur leurs clients. Treize études répondent aux critères d’inclusion, c’est-à-dire qu’elles portent sur des interventions téléphoniques ponctuelles livrées par les intervenants (bénévoles ou rémunérés) d’un SAT œuvrant en santé mentale et qu’un changement cognitif, affectif ou comportemental est mesuré chez les clients au début et à la fin de l’intervention à l’aide du même outil de mesure. Des tailles d’effet g sont calculées pour chaque résultat ou type de résultats en utilisant un modèle statistique d’effets aléatoires. Les SATs améliorent grandement l’état de santé psychologique de leurs clients (g = 0,913). Ils améliorent modérément le fonctionnement (g = 0,540) et le niveau de sécurité (g = 0, 458) de leurs clients. Les SATs ont un effet tout aussi grand pour accroître les forces de leurs clients (g = 0,558) que pour réduire leurs problèmes ou leurs déficits (g = 0,498). Des facteurs modérateurs ont été examinés pour expliquer l’hétérogénéité de la distribution des tailles d’effet de l’état de santé psychologique et du niveau de sécurité. Le type d’intervenant (« bénévole/non professionnel » ou « rémunéré/professionnel ») modère l’effet des SATs sur le niveau de sécurité de leurs clients (Qbetween = 21,611, df = 1, p < 0,001), mais pas sur leur état de santé psychologique. Les SATs améliorent davantage l’état psychologique et le niveau de sécurité des appelants suicidaires que ceux des appelants non suicidaires (Qbetween[État de santé psychologique] = 57,001 , df = 1, p < 0,001; Qbetween[Sécurité] = 4,856 , df = 1, p = 0,028). Plus les échantillons des études comprennent de femmes, plus les tailles d’effet des SATs quant au niveau de sécurité augmentent (QModel = 10,571, df = 1, p < 0,002). Le fait qu’un intervenant observe l’appelant pour recueillir des données évaluatives plutôt que de s’adresser directement à ce dernier en lui posant des questions n’influence pas l’ampleur des changements d’état de santé psychologique ou du niveau de sécurité observés. Le fait d’avoir recours à un intervenant plutôt qu’à un chercheur indépendant pour recueillir les données évaluatives n’influence pas l’ampleur des changements d’état de santé psychologique mesurés, mais il accroît l’ampleur des changements du niveau de sécurité rapportés (Qbetween[Sécurité] = 37,127, df = 1, p < 0,001). Les informations générées par cette méta-analyse, malgré les limites y étant associées, ont d’importantes implications pour l’étude, l’évaluation et l’offre des services d’aide téléphonique.

La recherche d’une agriculture durable et respectueuse de l’environnement passe par une réduction de l’usage d’intrants de synthèse. L’agroécologie cherche à utiliser les interactions entre les organismes de l’agroécosystème pour optimiser son fonctionnement, comme la régulation naturelle des bioagresseurs. C’est dans cette optique que s’inscrit ce travail de thèse qui étudie l’effet de la fertilisation des cultures sur les épidémies de pathogènes foliaires fongiques des cultures. De plus, nous étudions l’évolution des pathogènes face à des scénarios de fertilisation. Cela questionne la durabilité des pratiques culturales qui participent à la régulation les épidémies. Pour répondre à ces questions, nous avons adopté une démarche de modélisation qui permet de simuler l’effet de différents scénarios de fertilisation. Le point de départ et l’originalité de notre démarche a été de considérer le système hôte-pathogène comme un système ressource-consommateur et d’y appliquer des concepts de l'écologie évolutive pour répondre à ces questions agronomiques. Dans les deux modèles construits durant cette thèse, la fertilisation influence directement la quantité de ressources disponible pour le pathogène. Nous nous y concentrons sur un trait d'histoire de vie du pathogène, la période de latence (durée séparant l'infection du début de la sporulation), qui correspond à la durée minimale d'un cycle infectieux et qui, conditionne la stratégie d'allocation des ressources du pathogène. La latence détermine en effet la quantité de ressource qui sera allouée à la croissance du mycélium (donc sa taille à maturité) et celle qui sera ensuite allouée à la sporulation (en relation avec sa taille). Les modèles développés permettent d'étudier les réponses épidémiologique et évolutive des pathogènes foliaires fongiques à la fertilisation des cultures, avec comme référence le système Blé d'hiver/Rouille brune. Nous avons considéré différentes échelles dans ce travail : depuis la lésion où le pathogène se nourrit directement sur son hôte, jusqu’à la parcelle où se développent les épidémies et au paysage où les flux de spores entre les parcelles sont source d’extension des épidémies dans l’agroécosystème. Un premier modèle, à l'intersection des modèles épidémiologiques "SEIR" et des modèles de populations structurées, couvre les échelles de la lésion à celles de l’épidémie et de la parcelle. Le second modèle, à l'intersection des modèles SEIR et des modèles spatiaux d'épidémiologie du paysage, couvre les échelles de la parcelle au paysage agricole. Nous étudions les dynamiques épidémiologiques et évolutives, en comparant des concepts de fitness empiriques et d’invasion. Nous montrons que la fertilisation des cultures, en déterminant la dynamique des ressources disponibles pour les pathogènes, impacte fortement les épidémies. Nos modèles prédisent que la latence des pathogènes évolue en réponse à des compromis écologiques variés, d’une part pour optimiser l’allocation des ressources au niveau des feuilles, mais également pour gagner la course face à la croissance du couvert. La fertilisation, en changeant les concentrations de métabolites foliaires et les dynamiques de croissance du couvert, impacte donc épidémies et réponses évolutives de la latence des pathogènes. A l’échelle du paysage, l’introduction de pratiques variées de fertilisation dans un paysage préalablement homogène pourrait permettre de réduire les épidémies. Cependant, notre modèle prédit une durée limitée de cet effet du fait de l’évolution et de la diversification des pathogènes dans un paysage hétérogène. Ce travail ouvre la voie à des travaux sur l’effet et la durabilité des pratiques pour réguler les épidémies dans l’agroécosystème. Enfin, nous montrons par un travail de méta-analyse qu’il existe une relation forte entre type trophique et latence du pathogène, suggérant que les différents types de pathogènes répondront différemment à des scénarios de réduction de fertilisation / The quest for a sustainable agriculture requires a reduction in the use of synthetic inputs. In this perspective, agroecology seeks to use interactions between organisms in the agroecosystem to replace inputs by ecosystem services, such as the natural regulation of pests and diseases. In this context, this thesis studies the effect of crop fertilization on epidemics of crop fungal foliar pathogens. We also take into account the evolution of these pathogens in response to fertilization scenarios. This allows us to study the sustainability of agricultural practices that contribute to the regulation of epidemics. To answer these questions, we adopted a modelling approach that simulates the effect of different fertilization scenarios. The starting point and originality of our approach was to consider the pathosystem as a consumer-resource system and to use concepts of evolutionary ecology to answer the abovementioned agronomic questions. In the two models developed in this thesis, fertilization directly determines the quantity of resources available for the pathogen. We focus on one of the pathogen's life history traits, the latent period (time period between infection and the onset of sporulating lesions), which corresponds to the minimum duration of an infectious cycle and constrains the pathogen's resource allocation strategy. The latent period determines the amount of resource that will be allocated to either growth of mycelium (and therefore to pathogen size at maturity) or to sporulation (proportional to the pathogen’s size). The models we developed make it possible to study the epidemiological and evolutionary responses of fungal foliar pathogens to crop fertilization. We parameterized our models according to our biological knowledge of the wheat-rust pathosystem. Our modelling work encompasses different spatial and temporal scales: from the lesion where the pathogen feeds directly on its host, to the field and the landscape where the spores that flow between fields are the source of epidemics in the agroecosystem. The first model, at the intersection of the "SEIR" epidemiological models and structured population models, covers the scales of a lesion, the crop canopy and the field. The second model, at the intersection of SEIR and spatial landscape epidemiology models, covers the scales of the field and the agricultural landscape. We study epidemiological and evolutionary dynamics of pathogen populations by comparing empirical and invasion fitness concepts. We show that crop fertilization, by determining the dynamics of available resources for pathogens, has a strong impact on foliar fungal epidemics. Our models predict that pathogen latent period evolves in response to various ecological trade-offs; on the one hand to optimize resources allocation at the leaf scale, on the other hand to win the race against canopy growth. By changing the leaf metabolite content and the rate of canopy growth, fertilization therefore impacts both epidemics and evolutionary responses of pathogen latent period. At the landscape scale, the introduction of various fertilization practices in a previously homogeneous landscape could help to partially regulate epidemics. However, our model predicts that the beneficial effects of heterogeneity will vanish due to the evolution and diversification of pathogens in heterogeneous landscapes. This work sets the stage for further work on the effect and sustainability of agricultural practices on the regulation of crop epidemics in agroecosystems. Finally, by performing a meta-analysis, we bring out a strong relation between pathogen trophic type and latent period, suggesting that different trophic types of pathogens will respond differently to decreasing fertilization scenarios

La maladie coronaire stable est une maladie chronique pour laquelle de nombreuses stratégies thérapeutiques sont disponibles, dont le traitement par médicaments seuls et les traitements invasifs par angioplastie avec stent ou par pontage aortocoronaire. Face aux résultats de plusieurs méta-analyses mettant en évidence un taux de mortalité comparable entre ces traitements, nous avons décidé d’effectuer un travail de recherche comparant leurs coûts. Dans la première partie de mon travail, nous avons comparé, après une période de un an et une autre de 3 ans de suivi des patients, les données cliniques et économiques publiées pour 5 traitements de l’angor stable : les médicaments seuls, le pontage aortocoronaire, l’angioplastie sans stent, l’angioplastie avec stent nu et l’angioplastie avec stent actif. La mortalité et le taux d’IDM étaient nos critères de jugement clinique. Les coûts directs, liés au traitement effectué et liés à la prise en charge des éventuelles complications, ont été uniformisés via la parité de pouvoir d’achat et exprimés en US $ 2008. Il s’agissait de notre critère de jugement économique. Un total de 19 études cliniques a été retenu dans notre méta-analyse en réseau. Nos résultats mettent en évidence une absence de différence significative sur le critère clinique. En revanche, nous avons observé une différence concernant le coût moyen de chaque traitement après un an et 3 ans de suivi. Le traitement le moins onéreux était le traitement par médicaments seuls, après un an et 3 ans de suivi, avec respectivement un coût moyen par patient de 3 069 US $ et 13 854 US $. Le coût moyen le plus élevé a toujours été obtenu avec le traitement par pontage aortocoronaire : 27 003 US $ après un an et 28 670 US $ après 3 ans de suivi. Cependant, nos conclusions sont limitées d’une part, par la variabilité des méthodes économiques utilisées dans les études sélectionnées dans notre méta-analyse et, d’autre part, par l’évolution des traitements dans le temps. Dans la seconde partie de mon travail de recherche, nous avons calculé le coût de prise en charge d’un patient angoreux stable traité par l’une des 4 stratégies thérapeutiques suivantes : médicaments seuls, pontage aortocoronaire, angioplastie avec stent nu et angioplastie avec stent actif. Pour se faire, nous avons défini d’une part 6 situations cliniques correspondant aux possibles états cliniques du patient un an après l’instauration du traitement étudié et, d’autre part, déterminé les quantités de soins consommés pour chacune de ces situations cliniques. La perspective retenue était celle de l’Assurance Maladie. Les coûts calculés étaient liés aux hospitalisations, aux soins ambulatoires et aux moyens de transport utilisés pour accéder à l’hôpital. La stratégie médicamenteuse était la moins onéreuse avec un coût moyen annuel de 1 518 € ; ce coût prenant en compte les probabilités de survenue des 6 états cliniques. Le traitement par pontage aortocoronaire était le plus onéreux des 4 traitements étudiés, avec un coût moyen annuel de 15 237 €. La perspective de mes travaux est de modéliser la prise en charge d’un patient angoreux stable en envisageant un second traitement si le premier traitement effectué conduit à une situation d’échec thérapeutique. Les arbres que nous avons construits nous permettront ensuite d’effectuer une analyse coût-efficacité de deux stratégies thérapeutiques avec une durée totale de suivi des patients de 2 ans. Enfin, si nos travaux mettent en avant l’intérêt économique du traitement par médicaments, nous soulignons que ces résultats sont obtenus après avoir suivi les patients sur une courte durée (études à un an et à 3 ans), alors que l’angor stable est une maladie chronique où les stratégies thérapeutiques peuvent se succéder en cas d’échec à l’un des traitements... / Stable coronary artery disease is a chronic disease for which many treatment strategies are available, treatment with drugs alone and invasive treatment by stenting or coronary artery bypass graft. With the results of several meta-analyzes showing a mortality rate comparable between treatments, we decided to conduct a research comparing costs. In the first part of my work, we compared, after a period of one year and of 3 years of patient follow-up, clinical and economic data for five treatment of stable angina: medication alone, coronary artery bypass graft, angioplasty without stent, angioplasty with bare metal stent and angioplasty with drug-eluting stent. Mortality and MI rates were our clinical end point. Direct costs related to the treatment performed and related to the management of complications, have been standardized using the purchasing power parity and expressed in U.S. $ 2008. It was our criterion for economic analysis. A total of 19 clinical studies have been selected in our network meta-analysis. Our results show there is no significant difference in clinical end point. In contrast, we observed a difference in the average cost of each treatment after one year and three year follow-up. The least expensive treatment was the only treatment with drugs, after a year and 3 years of follow-up, each with an average cost per patient of U.S. $ 3,069 and U.S. $ 13,854. The highest average cost has been obtained with the treatment coronary artery bypass graft: U.S. $ 27,003 after one year and U.S. $ 28,670 after 3 years of follow-up. However, our conclusions are limited due to the high variability of the economic methods used in the selected studies and because of the evolution of revascularization techniques. In the second part of my research work, we calculated the cost of management of stable angina pectoris patients treated with one of the following four treatment strategies: medication alone, coronary artery bypass graft, angioplasty with bare metal stent and angioplasty with stent active. We defined a part 6 clinical situations corresponding to the possible clinical conditions of the patient one year after the treatment. We have defined the quantities of care consumed for each of these clinical situations. The perspective selected was the statutory health insurance in 2011. The calculated costs were related to hospitalization, ambulatory care and medical transport used to reach the hospital. The drug strategy was the least expensive with an average annual cost of € 1,518, the cost taking into account the probability of occurrence of 6 clinical conditions. Treatment with coronary artery bypass graft was the most expensive of the four treatments studied, with an average annual cost of € 15,237. The prospect of my work is to model the management of stable angina pectoris patient considering a second treatment if the first treatment led to a situation of treatment failure. The trees we built then allow us to perform a cost-effectiveness analysis of two strategies with a total duration of patient follow-up of 2 years. Finally, if our work highlights the economic benefits of drug treatment, we emphasize that these results are obtained after following patients over a short period (1 year and 3 years), while stable angina is a chronic disease where therapeutic strategies may succeed in case of failure to one of the treatments. In addition, we keep in mind that the choice of treatment, whether conservative or by drugs, by invasive myocardial revascularization should be done individually, i.e. taking into account the individual characteristics of each patient.

Le bénéfice de survie restreint à un horizon temporel donné a été proposé comme mesure alternative aux mesures relatives de l’effet d’un traitement notamment dans le cas de non proportionnalité des risques de décès. Le bénéfice de survie restreint correspond à la différence des survies moyennes entre deux bras de traitement et s’exprime en nombre d’années de vie gagnées. Dans la littérature, cette mesure est présentée comme plus intuitive que le hazard ratio et plusieurs auteurs ont proposé son utilisation pour le design et l’analyse d’un essai clinique. Toutefois, ce n’est pas actuellement la mesure qui est utilisée de manière courante dans les essais randomisés. Cette mesure s’applique quelle que soit la distribution des temps de survie et est adaptée si l’hypothèse des risques proportionnels n’est pas respectée. De plus, le bénéfice de survie restreint peut être utilisé en évaluation médico-économique où la mesure d’un effet absolu est nécessaire (nombre d’années de vie gagnées pondérées ou non par la qualité de vie). Si l’on souhaite estimer le bénéfice de survie restreint à partir d’une méta-analyse sur données individuelles, se pose alors la question de prendre en compte l’effet essai dû à la structure hiérarchique des données. L’objectif de cette thèse était de comparer des méthodes statistiques d’estimation du bénéfice de survie restreint à partir de données individuelles d’une méta-analyse d’essais cliniques randomisés. Le point de départ a été une étude de cas (étude coût-efficacité) réalisée à partir des données de la Meta-Analysis of Radiotherapy in Lung Cancer. Cette étude a montré que les cinq méthodes d’estimation étudiées conduisaient à des estimations différentes du bénéfice de survie et de son intervalle de confiance. Le choix de la méthode d’estimation avait également un impact sur les résultats de l’analyse coût-efficacité. Un second travail a consisté à mener une étude de simulation pour mieux comprendre les propriétés des méthodes d’estimation considérées en termes de biais moyen et d’erreur-type. Enfin, la dernière partie de la thèse a mis en application les enseignements de cette étude de simulation au travers de trois méta-analyses sur données individuelles dans le cancer du nasopharynx et dans le cancer du poumon à petites cellules. / The survival benefit restricted up to a certain time horizon has been suggested as an alternative measure to the common relative measures used to estimate the treatment effect, especially in case of non-proportional hazards of death. The restricted survival benefit corresponds to the difference of the two restricted mean survival times estimated for each treatment arm, and is expressed in terms of life years gained. In the literature, this measure is considered as more intuitive than the hazard ratio and many authors have suggested its use for the design and the analysis of clinical trials. However, it is not currently the most used measure in randomized trials. This measure is valid under any distribution of the survival times and is adapted if the proportional hazards assumption does not hold. In addition, the restricted survival benefit can be used in medico-economic evaluation where an absolute measure of the treatment effect is needed (number of [quality adjusted] life years gained). If one wants to estimate the restricted survival benefit from an individual participant data meta-analysis, there is a need to take into account the trial effect due to the hierarchical structure of the data. The aim of this thesis was to compare statistical methods to estimate the restricted survival benefit from an individual participant data meta-analysis of randomized trials. The starting point was a case study (cost-effectiveness analysis) using data from the Meta-Analysis of Radiotherapy in Lung Cancer. This study showed that the five investigated methods yielded different estimates for the restricted survival benefit and its confidence interval. The choice of a method to estimate the survival benefit also impacted on cost-effectiveness results. Our second project consisted in a simulation study to have a better understanding of the properties of the investigated methods in terms of bias and standard error. Finally, the last part of the thesis illustrated the lessons learned from the simulation study through three examples of individual participant data meta-analysis in nasopharynx cancer and in small cell lung cancer.

Les rhumatismes inflammatoires juvéniles sont des maladies chroniques débutant avant l’âge de 16 ans. Comprennent des pathologies classées dans un continuum, allant de la dérégulation de l’immunité innée à la dérégulation de l‘immunité adaptative. L’arthrite juvénile idiopathique (AJI) reste la plus fréquemment diagnostiqué. Les options thérapeutiques se sont élargies à partir des années 2000 avec le développement des thérapies ciblées, les biothérapies, associés aux traitements standard utilisés en rhumatologie pédiatrique (ex : anti-inflammatoires non stéroïdiens, corticostéroïdes, méthotrexate, et autres immunosuppresseurs). L’objectif de ce travail de thèse était d’estimer la relation bénéfice-risque des biothérapies utilisés dans les rhumatismes inflammatoires juvéniles à partir des essais cliniques randomisés (ECR) et d’explorer la tolérance à long cours à partir des essais observationnels. Premièrement, en utilisant une approche méta-analitique, les données des ECR en double aveugle contre placebo ou en ouvert dans l’AJI ont été analysées pour modéliser la relation bénéfice-risque des biothérapies avec le bénéfice net. Pour cela, l’efficacité clinique, mesuré par un score composite clinique et biologique (ACRped30), a été confronté à la tolérance clinique pendant la phase randomisée des ECR. Le critère de tolérance était la survenue d’un évènement indésirable (EI) grave (EIG). La balance bénéfice-risque reste favorable pour les biothérapies. Cependant, ces résultats sont limités par le suivi de faible durée, qui peut sous-estimer l’incidence des EI. Deuxièmement, nous avons conduit une étude observationnelle pour étudier la tolérance à moyen et long-terme des biothérapies utilisant les EI et les EIG décrits dans une base de données multicentrique rétrospective. La sécurité globale des biothérapies a été acceptable chez les enfants atteints de rhumatismes inflammatoires. Nous avons observé une variation des EIG au cours du temps et que la prescription concomitante des immunosuppresseurs a représenté un risque indépendant pour la survenue des EI. Afin d’explorer ces éléments et connaître la tolérance au long-terme, une méta-analyse des études observationnelles a été fait. Nous avons utilisé les EIG pour étudier précisément la tolérance à court et à long terme / Juvenile inflammatory rheumatism is a chronic disease that begins before the age of 16. Includes conditions classified along a continuum, ranging from the deregulation of innate immunity to the deregulation of adaptive immunity. Juvenile idiopathic arthritis (JIA) remains the most frequently diagnosed disease. Therapeutic options have expanded since the 2000s with the development of targeted therapies: biological agents (BAs). They can be combined with standard treatments used in paediatric rheumatology (e.g. non-steroidal anti-inflammatory drugs, corticosteroids, methotrexate, and other immunosuppressive drugs). The objective of the work of this thesis was to model the benefit-risk balance of BAs used in JIA from randomized clinical trials (RCTs) and to explore long-term tolerance from observational trials. First, using a meta-analytical approach, the data from double-blind, placebo-controlled or open RCTs in JIA were analysed for modelling the benefit-risk balance of BAs. For this purpose, the efficacy measured by a composite clinical and biological score (ACRped30), was compared with clinical safety during the randomized phase of RCTs. Safety criterion was the occurrence of adverse events (AEs). The risk-benefit balance remains favourable for biotherapies. However, these results are limited by the short follow-up period, which may underestimate the incidence of AEs. Second, we conducted an observational study to investigate the medium- and long-term safety of biotherapies using AEs and serious AEs described in a retrospective multicentre database. The overall safety of biotherapies has been acceptable in children with inflammatory rheumatic diseases. We observed a variation in the SAEs over time and that the concomitant prescription of immunosuppressants represented an independent risk for the occurrence of AEs. In order to explore these elements and long-term safety, a meta-analysis of observational studies was conducted. We used the SAEs to study precisely the short and long-term tolerance

Objectif: Explorer, adapter et développer de nouvelles méthodologies permettant de réaliser des revues systématiques et méta-analyses en chirurgie cardiaque. Méthodes: Le text mining et la citation chasing ont été utilisés pour l’optimisation de l’efficience et de la sensibilité de la recherche. Nous avons participé à l’évaluation des nouveaux outils (Risk of Bias 2.0 et Risk of bias in non-randomized studies of interventions) pour l’évaluation de la qualité des études randomisées et non randomisées et qui ont été adoptés pour nos projets futurs. Une nouvelle méthodologie graphique a été développée pour la réalisation des méta-analyses de données de survie. Résultats: Ces approches ont été utilisées pour répondre à diverses questions de recherche touchants différents aspects de la chirurgie cardiaque : 1) la rédaction des premières lignes directrices de l’Enhanced Recovery After Cardiac Surgery, 2) une revue systématique des résultats de la chirurgie valvulaire et aortique chez le transplanté cardiaque, démontrant les bons résultats de ces procédures dans une population à haut risque et l’émergence des techniques trans-cathéters dans la prise en charge de ces pathologies, 3) une méta-analyse portant sur les arythmies supra-ventriculaires chez les patients ayant eu une intervention de Fontan, concluant à un effet bénéfique de la technique du conduit extra-cardiaque et 4) une méta-analyse portant sur l’insuffisance aortique chez les patients porteurs d’assistance ventriculaire gauche, objectivant une incidence sous-estimée de cette situation clinique avec un impact significatif sur la survie de cette population de patients. Conclusion: Cette thèse aborde certaines contraintes de la littérature en chirurgie cardiaque comme la sensibilité sous optimale de la recherche systématique et les méta-analyses de données de survie, et a proposé des solutions. D’autres contraintes telles que les comparaisons multiples subsistent. Des recherches futures axées sur de nouvelles approches comme le network meta-analysis ou l’approche bayésienne pourraient offrir des solutions. / Objective: To explore, adapt and develop new methodologies for performing systematic reviews and meta-analyses in cardiac surgery. Methods: Text mining and citation chasing were used to optimize the efficiency and sensitivity of search process. We participated in the evaluation of new tools (Risk of Bias 2.0 and Risk of bias in non-randomized studies of interventions) for quality assessment of randomized and nonrandomized studies and we have adopted them for our future projects. A new graphic methodology has been developped for the performance of meta-analyses of time-to-event data. Results: These approaches have been used to answer various research questions touching different aspects of cardiac surgery: 1) writing the first guidelines of enhanced recovery after cardiac surgery, 2) a systematic review of the results of valvular surgery and aortic in cardiac transplantation, demonstrating good results of these procedures in a high-risk population and the emergence of trans-catheter techniques in the management of these pathologies, 3) a meta-analysis of supra-ventricular arrhythmias in patients who had a Fontan intervention, finding a beneficial effects of the extracardiac conduct technique and 4) a meta-analysis of aortic insufficiency in patients with left ventricular assist device, showing an under-estimated incidence of this clinical entity with a significant impact on the survival of this population of patients. Conclusion: This thesis addresses some of the short comings of the heart surgery literature such as the sensitivity of the systematic search and time-to-event data meta-anlysis and proposed novel solutions. Other issues such as the need to summarize a comprehensive and coherent set of comparisons remain. Future researchs focused on new approaches such as the network meta-analysis or the Bayesian approach can solve these issues.