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Phosphorylation of the RNA-binding protein She2 and its impact on mRNA localization in yeast

Farajzadeh, Nastaran 11 1900 (has links)
La localisation de l'ARNm est un mécanisme post-transcriptionnel régulant l'expression des gènes qui donne un contrôle précis sur la production spatiale et temporelle des protéines. Des milliers de transcrits dans un large éventail d'organismes ou de types cellulaires se sont avérés localisés dans un compartiment sous-cellulaire spécifique. La levure bourgeonnante Saccharomyces cerevisiae est l'un des organismes modèle les plus étudiés pour comprendre le processus de localisation de l'ARNm. Plus de trente ARNm sont activement transportés et localisés à l'extrémité du bourgeon de la levure bourgeonnante. Dans cet organisme, la localisation des transcrits à l'extrémité du bourgeon, tels que l'ARNm ASH1, dépend de la protéine de liaison à l'ARN She2, qui interagit directement avec les éléments de localisation dans ces ARNm durant leur transcription. She2 est une protéine liant l’ARN non-canonique, qui s’assemble en tétramère pour pouvoir lier l’ARN. Lorsque le complexe ARNm-She2 est exporté vers le cytoplasme, celui-ci interagit avec la protéine She3 et la myosine Myo4, qui transportent le complexe vers le bourgeon. Une fois qu'un ARNm est correctement localisé, sa traduction est activée pour permettre la synthèse locale de sa protéine. Les mécanismes régulant la localisation des ARNm sont encore très peu connus. Cependant, plusieurs évidences suggèrent que la machinerie de localisation peut être régulée par des modifications post-traductionnelles. Dans notre étude, en utilisant une colonne de purification de phosphoprotéines, nous avons constaté que She2 est une phosphoprotéine. Nous avons utilisé une approche de phosphoprotéomique pour identifier les résidus phosphorylés dans She2 in vivo. Nous avons identifié plusieurs nouveaux phosphosites qui affectent la capacité de She2 à favoriser l'accumulation asymétrique de la protéine Ash1. Fait intéressant, plusieurs phosphosites sont présents aux interfaces de dimérisation et de tétramérisation de She2. En nous concentrant sur la position T109, nous montrons qu'un mutant phosphomimétique T109D inhibe l'interaction She2-She2 et diminue l'interaction de She2 avec ses cofacteurs Srp1, She3 et l’ARNm ASH1. Fait intéressant, la mutation T109D réduit considérablement l'expression de She2 et perturbe la localisation de l'ARNm ASH1. Nos résultats montrent que le contrôle de l'oligomérisation de She2 par phosphorylation représente un mécanisme qui régule la localisation de l'ARNm dans la levure bourgeonnante. Dans le but d’identifier la ou les kinases impliquées dans la phosphorylation de She2, nous avons recherché des motifs de reconnaissance de kinases connues parmi les phosphosites que nous avons identifiés. Nous avons trouvé que les résidus T109, S217 et S224 font partie de sites putatifs de la Caséine kinase II (CKII), suggérant que ces positions seraient susceptibles d'être phosphorylés par cette kinase. Un essai de phosphorylation in vitro a révélé que She2 est phosphorylée par CKII au niveau des résidus S217 et S224, mais pas au résidu T109. Nous avons montré que la phosphorylation de la forme monomérique de She2 par CKII in vitro est augmentée par rapport à la forme sauvage tétramérique. De plus, nous avons observé que le domaine C-terminal de She2, qui contient sa séquence de localisation nucléaire (NLS) est phosphorylé par CKII. Cependant, le rôle de la phosphorylation dans le NLS de She2 demeure inconnu. Dans l'ensemble, nos résultats montrent que les modifications post-traductionnelles sur She2 régulent la localisation de l'ARNm chez la levure. Cette étude permettra d'élucider les mécanismes de contrôle de la localisation de l'ARNm chez la levure et comment des modifications post-traductionnelles sur She2 régulent ce processus. / mRNA localization is a post-transcriptional mechanism regulating gene expression that gives precise control over the spatial and temporal production of proteins. Thousands of transcripts in a wide array of organisms or cell types were shown to localize to specific subcellular compartments. The budding yeast Saccharomyces cerevisiae serves as one of the best model organisms to study the mechanisms of mRNA localization. Over thirty transcripts are actively transported and localized at the bud tip of the budding yeast. In this organism, localization of transcripts to the bud tip, such as the ASH1 mRNA, depends on the RNA-binding protein She2, which is responsible for recognizing localization elements in these mRNAs during transcription. She2 is a non-canonical RNA-binding protein which assembles as a tetramer in order to bind RNA. When the mRNA-She2 complex is exported to the cytoplasm, the protein She3 and myosin Myo4 join the complex to transport it to the bud. Once an mRNA is properly localized, its translation is generally activated to allow the local synthesis of its protein. The mechanisms regulating the localization of mRNAs are still poorly known. Still, several pieces of evidence suggest that post-translational modifications may regulate the localization machinery. Using a phosphoprotein purification column, we found that She2 is a phosphoprotein. We used a phosphoproteomic analysis to identify the phosphorylated residues in She2 in vivo. We identified several new phosphosites that impact the capacity of She2 to promote the asymmetric accumulation of Ash1. Interestingly, several of these phosphosites are present at the dimerization and tetramerization interfaces of She2. Focusing on T109, we show that a phosphomimetic mutant T109D inhibits She2-She2 interaction and decreases the interaction of She2 with its co-interactors Srp1, She3 and ASH1 mRNA. Interestingly, the T109D mutation significantly reduces the expression of She2 and disrupts ASH1 mRNA localization. Altogether, our results show that the control of She2 oligomerization by phosphorylation represents a mechanism that regulates mRNA localization in budding yeast. In order to identify which kinase(s) are involved in She2 phosphorylation, we searched for known kinases recognition motifs among the identified phosphosites. We found that T109, S217 and S224 are putative Casein kinase II (CKII) sites, suggesting that this kinase may phosphorylate these residues. Indeed, an in vitro phosphorylation assay revealed that She2 is phosphorylated by CKII at S217 and S224 but not at T109. We found that the phosphorylation of a monomeric She2 mutant by CKII in vitro is increased compared to the wild-type tetrameric protein. Furthermore, we found that the C-terminal domain of She2, which contains its nuclear localization signal (NLS), is phosphorylated by CKII. However, the biological function of the phosphorylation in the NLS is still unknown. Altogether, our results show that post-translational modifications in She2 regulate mRNA localization in yeast. This study will help elucidate the mechanisms that control mRNA localization in yeast and how post-translational modifications in She2 regulate this process.
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Role of Tissue Kallikrein-Related Peptidase 6 in Colon Cancer Invasion

Sells, Earlphia January 2015 (has links)
Growing evidence indicates that serine proteases known as kallikreins are associated with malignancy and may have potential diagnostic/prognostic applications in cancer. Kallikreins are the largest group of serine proteases. Kallikrein enzymes are often involved in proteolytic cascades through their function in degradation of extracellular matrix proteins and promotion of angiogenesis. Kallikrein 6 (KLK6) is a member of the family of fifteen highly conserved secreted trypsin- or chemotrypsin-like serine proteases. Over-expression of KLK6 has been observed in different pathophysiological states such as neurodegenerative diseases, inflammation and various cancers, including colorectal cancer. In Chapter 3 we elucidated the miRNA-based mechanism of regulation of invasion in metastatic colorectal cancer over-expressing KLK6. We developed HCT116 colon stable isogenic cell lines with knockdown of KLK6 expression using short-hairpin interference RNA (shKLK6 clones). The shKLK6 clones had decreased expression and secretion of KLK6 protein with a minimal effect on cell growth and viability in cell culture. SCID mice injected with shKLK6-3 clone 3 cells exhibited a statistically significant increase in the survival rates (P=0.005), decrease in the incidence of distant metastases and a shift in the location of the metastatic foci closer to the cell's injection site. Levels of KLK6 protein secreted into the bloodstream were significantly lower in animals injected with shKLK6-3 clone 3 compared to HCT116 control clone 1 (P < 0.04). Through bioinformatics analyses we identified and validated three miRNAs, which are important in post-translational modification of bioactive proteins, proliferation, migration and p38 MAPK signaling pathway. In Chapter 4 we developed Caco-2 colon stable isogenic cell lines with expressing enzymatically active or mutant KLK6 protein (Caco-2 stable clones). We employed these cell lines to investigate the importance of KLK6 enzymatic activity of initiation of cell invasion using in vitro and in vivo models.
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Genetic analysis of nitrogen assimilation in the Texas brown tide Aureoumbra lagunensis

Agostoni, Marco 26 October 2010 (has links)
The initiation, persistence, and termination of harmful algal blooms (HABs) can all be influenced by nutrient availability. Recent studies have highlighted the role of both organic and inorganic nitrogen sources in HAB dynamics. The pelagophyte Aureoumbra lagunensis causes ecosystem disruptive algal blooms and is responsible for the longest recorded harmful algal bloom (1989-1997). Because of Aureoumbra's small size and its inability to use nitrate, it has been hypothesized that its ability to use ammonium and organic nitrogen, especially at low concentrations, contributed to the unusual persistence of this bloom. This project aimed to assess the response of Aureoumbra to inorganic and organic nitrogen sources by examining the expression of genes responsible for nitrogen assimilation, with an eventual intent of developing expression assays that are indicative of nitrogen source use and/or sufficiency in Aureoumbra. Large volume batch cultures of Aureoumbra were grown with either ammonium or urea as a nitrogen source. Physiological characteristics (C:N, chlorophyll [alpha] cell⁻¹, and Fv/Fm) were monitored throughout the growth period, and the expression of the AMT-1, AMT-2 and UREC genes was assayed at early-, mid- and late-exponential phases. The results show that Aureoumbra can use both ammonium and urea, and that it is well adapted to low-nutrient environments. Only one gene, AMT-1, appeared to be transcriptionally regulated in response to changing nitrogen concentration, and only to ammonium. The results of this study contribute to our understanding of how algae in general cope with low nutrient availability and should ultimately help to define the dynamics of these HAB events. / text
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Expression of the cytoplasmic nucleolin for post-transcriptional regulation of macrophage colony-stimulating factor mRNA in ovarian and breast cancer cells

Woo, Ho-Hyung, Lee, Sang C., Gibson, Steven J., Chambers, Setsuko K. 03 1900 (has links)
The formation of the mRNP complex is a critical component of translational regulation and mRNA decay. Both the 5 ' and 3 ' UTRs of CSF-1 mRNA are involved in post-transcriptional regulation. In CSF-1 mRNA, a small hairpin loop structure is predicted to form at the extreme 5 ' end (2-21 nt) of the 5 ' UTR. Nucleolin binds the hairpin loop structure in the 5 ' UTR of CSF-1 mRNA and enhances translation, while removal of this hairpin loop nucleolin binding element dramatically represses translation. Thus in CSF-1 mRNA, the hairpin loop nucleolin binding element is critical for translational regulation. In addition, nucleolin interacts with the 3 ' UTR of CSF-1 mRNA and facilitates the miRISC formation which results in poly (A) tail shortening. The overexpression of nucleolin increases the association of CSF-1 mRNA containing short poly (A)(n), <= 26, with polyribosomes. Nucleolin both forms an mRNP complex with the eIF4G and CSF-1 mRNA, and is co-localized with the eIF4G in the cytoplasm further supporting nucleolin's role in translational regulation. The distinct foci formation of nucleolin in the cytoplasm of ovarian and breast cancer cells implicates the translational promoting role of nucleolin in these cancers.
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Nicotinic Acetylcholine Receptor α3 mRNA in Rat Visual System After Monocular Deprivation

Taylor, James H. (James Harvey), 1970- 08 1900 (has links)
In situ hybridization was used to examine effects of monocular enucleation on nicotinic acetylcholine receptor subunit cc3 mRNA in the rat dLGNand visual cortex. After 28 days postoperative, there were no significant differences in α3 mRNA density between the contralateral (deprived) and ipsilateral (non-deprived) sides. The lack of obvious effects of visual deprivation on α3 mRNA density suggests that other factors, possibly intrinsic to dLGNand visual cortex, govern the postnatal expression of α3 mRNA.
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La bioaccumulation d’une nanoparticule d’argent (nAg) par l’algue verte Chlamydomonas reinhardtii : distinguer la contribution de la particule de celle de l’ion Ag+

Leclerc, Simon 08 1900 (has links)
L’explosion de la nanotechnologie a permis l’intégration d’une multitude de nanoparticules dans des produits de consommation. Les nanoparticules d’argent (nAg) sont les plus utilisées à ces fins, selon les derniers recensements disponibles. La plupart des études toxicologiques, à ce jour, ont fait état de l’implication très évidente de l’ion Ag+ dans la toxicité aigüe des nAg; cependant, quelques études ont mis en évidence des effets toxicologiques dus aux nAg. Il y a un certain consensus à propos d’un risque de contamination des eaux douces via leur rejet par les effluents des réseaux d’aqueducs. Puisque les concentrations en Ag+ sont généralement très faibles dans les eaux douces (de l’ordre du pg L-1), de par la formation de complexes non-labiles avec des thiols (organiques et inorganiques) et des sulfures, la toxicité inhérente aux nAg pourrait ne pas être négligeable- comparativement aux tests en laboratoires. Cette étude s’intéressait donc aux mécanismes de bioaccumulation d’argent par l’algue verte C. reinhardtii suite à l’exposition à des nAg de 5 nm (enrobage d’acide polyacrylique). La bioaccumulation d’argent pour l’exposition à Ag+ servait de point de comparaison; également, les abondances de l’ARNm de l’isocitrate lyase 1 (ICL1) et de l’ARNm de Copper Transporter 2 (CTR2) étaient mesurées comme témoins biologiques de la bioaccumulation de Ag+. Les expériences ont été menées en présence d’un tampon organique (NaHEPES, 2 x 10-2 M; Ca2+, 5x 10-5 M) à pH de 7,00. Pour des expositions à temps fixe de 2 heures, la bioaccumulation d’argent pour nAg était supérieure à ce qui était prédit par sa concentration initiale en Ag+; cependant, il n’y avait pas de différence d’abondance des ARNm de ICL1 et de CTR2 entre nAg et Ag+. D’un autre côté, pour une exposition à temps variables, la bioaccumulation d’argent pour nAg était supérieure à ce qui était prédit par sa concentration initiale en Ag+ et une augmentation de l’abondance de l’ARNm de ICL1 était notée pour nAg. Cependant, il n’y avait aucune différence significative au niveau de l’abondance de l’ARNm de CTR2 entre nAg et une solution équivalente en Ag+. L’ajout d’un fort ligand organique (L-Cystéine; log K= 11,5) à une solution de nAg en diminuait radicalement la bioaccumulation d’argent par rapport à nAg-sans ajout de ligand. Par contre, l’abondance des ARNm de ICL1 et de CTR2 étaient stimulées significativement par rapport à une solution contrôle non-exposée à nAg, ni à Ag+. Les résultats suggéraient fortement que les nAg généraient des ions Ag+ au contact de C. reinhardtii. / The recent developments in nanotechnology have given rise to a new and increasing economical market where nanoparticles are at the forefront. Recent inventories of the nanoparticles-containing products have shown that silver nanoparticle- containing products are the most frequently used consumer nanomaterial. Due to the fear of a large scale contamination-and even pollution- of the aquatic environment from silver nanoparticles (nAg), studies have been conducted to assess their toxicities, which, in many cases, have been found to be mediated by the concomitant presence of Ag+. Notably, few studies have found evidence of toxicity due to the nAg, per se. Since numerous non-labile complexes are formed with Ag+ in freshwaters- especially with thiols and sulfides-, nAg toxicity might be more relevant in comparison to laboratory tests where the Ag+ tends to dominate toxicity studies. Therefore, this study investigated the mechanisms underlying silver bioaccumulation by the green alga, C. reinhardtii upon exposure to solutions of nAg (nominal size of 5 nm; poly-acrylate coating). Silver bioaccumulation upon exposures to the free ion alone served for comparison. In parallel, the abundance of two mRNAs- ICL1 and CTR2- were used to better understand the mechanisms underlying the bioaccumulation of Ag+ (and potentially nAg). The experiments were conducted in pH buffered solutions (NaHEPES, 2 x 10-2 M; Ca2+, 5x 10-5 M) at pH 7.00. For 2-hour exposures, the silver bioaccumulation for solutions of nAg exceeded what was expected from their Ag+ content only; however, no differences were noticed in the abundance of the expression of ICL1 and CTR2. For variable time exposures, the silver bioaccumulation for solutions of nAg exceeded what was expected from their Ag+ content only. Moreover, the expression of ICL1 was significantly higher for nAg than what was expected based upon an exposure to Ag+ only. When exposed to nAg, expression levels of CTR2 could be predicted from levels based solely on the Ag+ concentrations. The addition of a large excess of L-Cysteine, which is a very strong silver ligand (log K =11.5), to a nAg solution largely decreased silver bioaccumulation, however, bioaccumulation remained significant and the expression of both ICL1 and CTR2 were significantly higher than that of the control solutions (without Ag+). The results strongly suggest that nAg generated Ag+ ions when in contact with C. reinhardtii and that the nAg released to freshwaters might exert its toxicity through organism-contact-dependant release of Ag+.
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Définition du mécanisme de localisation des ARNm cen et ik2 aux centrosomes chez la Drosophile

Legendre, Félix 12 1900 (has links)
L’organisation cellulaire repose sur une distribution organisée des macromolécules dans la cellule. Deux ARNm, cen et ik2, montrent une colocalisation parfaite aux centrosomes. Ces deux gènes font partie du même locus sur le chromosome 2L de Drosophila melanogaster et leur région 3’ non traduite (3’UTR) se chevauchent. Dans le mutant Cen, le transport de Ik2 est perturbé, mais dans le mutant Ik2, la localisation de cen n’est aucunement affectée. Ces résultats suggèrent que cen est le régulateur principal de la co-localisation de cen et ik2 aux centrosomes et que cette co-localisation se produit par un mécanisme impliquant la région complémentaire au niveau du 3’UTR des deux transcrits. La localisation de cen au niveau des centrosomes dans les cellules épithéliales de l’embryon est conservée dans différentes espèces de Drosophile : D. melanogater, D. simulans, D. virilis et D. mojavensis. Cependant, la localisation de ik2 n’est pas conservée dans D. virilis et D. mojavensis, deux espèces dont les gènes cen et ik2 sont dissociés dans le génome. Ces résultats suggèrent que la proximité de Cen et Ik2 dans le génome est importante afin d’avoir un événement de co-localisation de ces deux transcrits. J’ai généré différentes lignées de mouches transgéniques dans lesquelles un transgène contenant la séquence GFP fusionnée à différentes partie de Cen (partie codante, 3’UTR, Cod+3’UTR) qui sont sous le contrôle du promoteur UAS et qui sont gal4 inductibles. La région codante de l’ARNm cen était suffisante pour avoir un ciblage précis du transcrit aux centrosomes. / Messenger RNA (mRNA) localization plays a key role in establishing cellular architecture and function. The centrocortin (cen) and IkB Kinase-like 2 (ik2) mRNAs are co-localized to centrosomes in embryonic epithelial cells. Interestingly, both of these genes are organized in a head-to-head configuration in the genome, with their 3’ untranslated regions (3’UTRs) overlapping on opposite DNA strands. Here we show that gene positioning of cen and ik2 is important for the co-localization of these transcripts during Drosophila embryogenesis. The localization of cen is conserved within the Drosophila phylogeny and ik2 cannot localize when it is separated from the cen locus. Also, loss of function mutants of cen show a complete loss of ik2 localization, proposing that cen is the main driver of the co-localization. Structure-function analysis revealed that the coding region of cen is necessary for its centrosomal targeting, suggesting that a cis-regulatory motif that drives its localization is located in the coding region. This study reveals for the first time the importance of gene positioning for RNA localization. We suggest a model where cen mRNA is the main driver of centrosomal localization, which may occur through post-transcriptional interaction/annealing of these mRNAs via their 3’UTRs.
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Studium biologické funkce nádorového supresoru HIC1 / Biological mechanisms of function of the HIC1 tumor suppressor

Hlavatá, Adéla January 2013 (has links)
The tumor suppressor gene HIC1 encodes a BTB/POZ transcription repressor. Its promotor is frequently hypermetylated in large numbers of tumors. HIC1 also functions as a negative modulator of the Wnt signalling pathway, which fundamentally participates in regulation of stem cell renewal of the intestinal epithelium. Thanks to its structural features the intestinal epithelium represents a convenient model tissue to study stem cells and their pathology. To overcome the embryonic lethality of the complete Hic1 "knock-out" the conditional deletion of the gene in adult mouse tissue was chosen to evaluate the Hic1 biological aktivity. By the chip expression analysis of mouse embryonic fibroblasts we discovered a number of new target genes of Hic1, the most interesting of them - in respect to cancer - we considered the Toll-like receptor 2 gene. The expression of Hic1 target genes is likely to be co-regulated by p53 although the direct regulation wasn't proved. Hic1 affects the proportion of the differentiated intestinal epithelial cells types possibly via regulation of Atoh1. After conditional deletion of Hic1 in the intestinal epithelium we observed and quantitatively confirmed a significant increase of the amounts of goblet cells. We concluded that Hic1 affects differentiation pathways in intestinal...
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Etude d'enzymes de modification d'ARN impliquées dans la réplication des flavivirus et des coronavirus

Bouvet, Mickaël 02 December 2011 (has links)
Ce travail de thèse a porté sur l’étude d’activités enzymatiques virales impliquées dans la réplication de deux genres viraux : les Flavivirus et les Coronavirus. Dans un premier temps, nous avons étudié des activités enzymatiques impliquées dans la formation de la structure coiffe des ARNm viraux. En effet, du fait de leur cycle réplicatif cytoplasmique, ces virus n’ont pas accès à la machinerie de formation de la coiffe cellulaire et expriment donc une machinerie dédiée. Le processus canonique de formation de la coiffe fait appel à quatre activités enzymatiques, une ARN 5’-triphosphatase, une guanylyltransférase et deux méthyltransférases.Chez les flavivirus, nous avons développé des outils permettant d’identifier l’activité guanylyltransférase ainsi que des essais enzymatiques nécessaires à la caractérisation des activités méthyltransférases. Ces outils nous ont notamment permis d’évaluer l’effet inhibiteur de molécules choisies par des méthodes de criblages virtuels sur les deux activités méthyltransférases de la protéine NS5 nécessaires à la formation de la coiffe.Chez les coronavirus, nous nous sommes intéressés à une activité méthyltransférase impliquée dans la formation de la coiffe et notamment à sa régulation par un partenaire viral. Nous avons démontré que le processus de méthylation de la coiffe suit un ordre obligatoire, initié par la méthylation de la position N7 par la protéine nsp14. Dans une seconde étape, les structures coiffe-0 (7MeGpppA) sont converties en coiffe-1 (7MeGpppA2’OMe) par la protéine nsp16 en complexe avec nsp10. Nous avons démontré que l’activité 2’O-méthyltransférase portée par la protéine nsp16 nécessite une interaction spécifique avec la protéine nsp10 qui joue probablement un rôle d’échafaudage.Dans un second temps, nous avons démontré que l’activité exoribonucléase portée par la protéine nsp14 est également régulée par la protéine nsp10. La stimulation de l’activité passe par une interaction directe entre les deux protéines et il semble que les surfaces d’interaction de nsp10 avec nsp14 et nsp16 soient chevauchantes. Enfin, la caractérisation de l’activité exoribonucléase confirme la possibilité de son implication dans un mécanisme de réparation des erreurs incorporées lors de la synthèse d’ARN par la polymérase virale. / This work focused on enzymatic activities of two RNA virus genera, Flavivirus and Coronavirus.We first studied the mRNA cap synthesis machinery of these viruses. Indeed, as they replicate in the cytoplasm of the infected cell, these viruses encode their own mRNA cap-forming enzymes. The canonical mechanism of cap synthesis uses four enzymatic activities, a RNA 5’-triphosphatase, a guanylyltransferase and two methyltransferases.We tried to identify the guanylyltransferase activity involved in this process for flaviviruses and we developed enzymatic assays to characterize both guanylyltransferase and methyltransferase activities. We used the methyltransferase assay in order to test the inhibitor effect of molecules, selected by virtual screening, on the methyltransferase activities of the NS5 protein involved in the capping process.Concerning coronaviruses, we first focused on the methyltransferase activities of the nsp14 and nsp16 proteins. We have reconstituted the complete SARS-CoV mRNA cap methylation in vitro. We showed that mRNA cap methylation requires a third viral protein, nsp10, which acts as an essential trigger to complete RNA cap-1 formation. The obligate sequence of methylation events is initiated by nsp14, which first methylates capped RNA transcripts to generate cap-0 7MeGpppA-RNAs. The latter are then selectively 2&#8242;O-methylated by the 2&#8242;O-methyltransferase nsp16 in complex with its activator nsp10 to give rise to cap-1 7MeGpppA2&#8242;OMe-RNAs. Then, we took interest in the exoribonuclease activity of the nsp14 protein and found that this activity is also regulated by the same cofactor, the nsp10 protein. The interaction between the proteins is required to observe the stimulatory effect and it seems that the surface areas of nsp10 interacting with nsp14 and nsp16 overlap. The in vitro characterization of the nuclease activity of nsp14 is according with its potential implication in RNA proofreading mechanism.
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Formulation et vectorisation d’un ARN messager vaccinal codant l’antigène Gag du VIH-1 à l’aide de nanoparticules biodégradables de poly(acide lactique) / Formulation and vectorization of messenger RNA vaccine encoding HIV Gag antigen using biodegradable poly(lactic acid) nanoparticles

Coolen, Anne-Line 10 December 2018 (has links)
Le développement de vaccins à ARNm est en plein essor dans le domaine de la vaccinologie. Un des défis majeurs de ces approches est de parvenir à transporter et délivrer les ARNm dans le cytoplasme des cellules dendritiques (DC) pour permettre la production d’antigène et l’activation des réponses immunitaires.L’objectif de ce travail a porté sur la conception et l’évaluation de nouvelles stratégies de vectorisation des ARNm par des nanoparticules de poly(acide lactique) (NP-PLA). Une stratégie basée sur l’adsorption des ARNm à la surface des NP-PLA par l’intermédiaire du LAH4-L1, un peptide cationique amphipathique, a été développée. Des polyplexes formés suite à la condensation de l’ARNm par le LAH4-L1 ont été adsorbés sur les NP-PLA pour former des nanocomplexes. L’intérêt des polyplexes et nanocomplexes pour le ciblage des DC et l’activation des réponses immunitaires in vitro a été évalué. Dans des tests de transfection, ces formulations ont induit une expression efficace d’ARNm modèles dans des DC. La présence des NP-PLA dans les formulations semble favoriser l’expression des ARNm. Le traitement avec des inhibiteurs a révélé que les polyplexes et nanocomplexes semblent internalisés par phagocytose et endocytose clathrine-dépendante, et s’échappent des endosomes par un mécanisme dépendant de la pompe à protons v-ATPase. Suite à la transfection de DC dérivées de monocytes (moDC), nous avons montré que nos formulations stimulent les récepteurs de l’immunité innée et induisent une réponse pro-inflammatoire. Cette activation est associée à la maturation des moDC, à la présentation de peptides antigéniques sur le CMH-I et -II et à la sécrétion de cytokines et chémokines impliquées dans l’immunité adaptative. Ces données soulignent l’intérêt des NP-PLA associées au LAH4-L1 pour vectoriser des ARNm, cibler des DC et activer les réponses immunitaires. Dans le contexte du VIH-1, ce type de réponse pourrait aider le système immunitaire à contrôler la charge virale / MRNA-based vaccines currently raise a growing interest in vaccinology. However, the transport and delivery of mRNAs to DC cytoplasm in order to induce antigen production and immune responses remains challenging. The objective of this thesis concerns the design and evaluation of novel strategies to vectorize vaccine mRNAs by poly(lactic acid) nanoparticles (PLA-NPs). We developed a strategy based on mRNA adsorption onto PLA-NPs using, as intermediate, LAH4-L1, an amphipathic cationic peptide. To do this, mRNAs were condensed by LAH4-L1 to form polyplexes which was then adsorbed onto PLA-NPs in a second step to form nanocomplexes. The LAH4-L1/mRNA polyplexes and PLA-NP/LAH4-L1/mRNA nanocomplexes ability to target DCs and induce immune responses in vitro was evaluated. We showed that formulations induce an efficient transfection of mRNA in DCs in vitro. The addition of PLA-NPs in formulations seems to increase sustained expression of mRNAs. DC treatment by inhibitors revealed that polyplexes and nanocomplexes are taken up by phagocytosis and clathrin-dependent endocytosis, and escape endosomes by a v-ATPase-dependent mechanism. Transfection of monocyte-derived DCs (moDCs) showed that LAH4-L1/mRNA polyplexes and PLA-NP/LAH4-L1/mRNA nanocomplexes trigger innate-sensing activation with pro-inflammatory responses. This activation is associated with moDCs maturation, MHC-I and MHC-II presentation, and the secretion cytokines and chemokines involved in adaptive immunity.These data highlight the interest of these new platform formulations to vectorize mRNAs, target DCs and induce immune responses, which in the context of HIV-1, could help the immune system to control the viral load

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