Le chancre du noyer cendré (CNC), causé par l’agent pathogène Ophiognomonia clavigignenti-juglandacearum Broders & Bolands (Oc-j), est la principale cause du déclin de l’espèce en Amérique du Nord. Plus de 200 noyers potentiellement résistants ont été identifiés au Québec. Des inoculations artificielles ont été réalisées sur des semis provenant de quatre sources de noix récoltées sous des noyers cendrés potentiellement résistants, sur 1 lot de semis de noyer cendré dont la résistance des parents n’est pas connue ainsi que chez un hybride (Juglans cinerea x Juglans ailantifolia) réputé résistant au CNC. La sensibilité des différentes familles, évaluée en fonction de la longueur des nécroses internes, indique que trois familles de noyers cendrés présentaient des dimensions de nécroses similaires à l’hybride et qu’elles présentaient donc une certaine résistance au CNC. Chez certains individus, les blessures d’inoculation se refermaient plus rapidement et les parties nécrosées étaient entourées par des tissus de défense que l’on associe au compartimentage. Parallèlement à ces travaux, les cimes de 30 noyers cendrés répartis sur les sites du mont Saint-Bruno et de Saint-Augustin ont été dégagées selon deux traitements de manière à évaluer si un apport de lumière accru permet de stimuler la vigueur des arbres ainsi que d’améliorer l’état de santé du noyer cendré. Les traitements consistaient, d’une part, à tailler les cimes des arbres compétiteurs afin de libérer un rayon de 5 mètres autour de la cime à dégager et d’autre part, à retirer tous les arbres compétiteurs afin de créer un puits de lumière équivalent à environ une fois la hauteur des arbres dominants. Les résultats montrent, 2 et 3 ans après le dégagement, une meilleure croissance radiale chez les arbres traités en position codominante qui est significativement différente des témoins.

La maladie de Fabry est une maladie génétique lysosomale causée par une mutation dans le gène GLA codant pour la protéine alpha-galactosidase A. Cette déficience a pour effet de mener à l’accumulation de plusieurs métabolites dans les liquides biologiques et différents organes. Les patients présentent, entre autres, de l’acroparesthésie, des angiokératomes, des problèmes ophtalmologiques, ainsi que des problèmes rénaux, cardiaques et du système nerveux central pouvant mener à une mort prématurée, si le patient n’est pas traité. Afin de permettre un dépistage, un diagnostic et un suivi adéquat des patients, plusieurs biomarqueurs spécifiques à la maladie sont utilisés. Présentement, le dépistage à haut risque est fait à l’aide du globotriaosylcéramide (Gb[indice inférieur 3]), du globotriaosylsphingosine (lyso- Gb[indice inférieur 3]) et de ses analogues. Toutefois, il arrive que ces biomarqueurs ne soient pas retrouvés en quantité élevée chez certains patients, d’où l’intérêt de continuer les investigations pour trouver d'autres biomarqueurs qui seraient plus spécifiques face à la sévérité et à la progression de la maladie. Une récente étude métabolomique effectuée par spectrométrie de masse en temps de vol a mis en évidence la présence de plusieurs biomarqueurs qui n’avaient pas encore été identifiés chez les patients Fabry. Parmi ceux-ci, se trouve une classe de biomarqueurs appelés les isoformes méthylés du Gb[indice inférieur 3] (masse/charge (m/z): 1150, 1148, 1122, 1120, 1094, 1066, and 1038). Ceux-ci présentent un intérêt particulier puisqu'ils semblent faire partie de la voie métabolique entre le Gb[indice inférieur 3] et le lyso-Gb[indice inférieur 3]. Les objectifs de ce projet sont donc: 1) de développer et de valider une méthode d’analyse quantitative des isoformes méthylés et non-méthylés du Gb[indice inférieur 3] et de la créatinine urinaire par spectrométrie de masse en tandem; 2) de doser ces biomarqueurs sur une large cohorte de patients atteints de la maladie de Fabry et de contrôles sains; 3) de comparer la concentration des isoformes méthylés du Gb[indice inférieur 3] urinaire avec la concentration de Gb[indice inférieur 3] non- méthylés et; 4) d’identifier s’il y a des corrélations entre lesdits biomarqueurs quantifiés et l’âge, le sexe, le traitement et le génotype des patients. Une méthode de quantification par spectrométrie de masse en tandem a été développée et validée, en multiplex avec la créatinine urinaire. En plus d’avoir le potentiel d’aider au dépistage à haut risque, ces biomarqueurs ont permis d’établir des corrélations avec la réponse au traitement et nos résultats montrent qu’ils sont anormalement excrétés chez les patients portant la mutation à variante cardiaque p.N215S, pour qui les niveaux de Gb[indice inférieur 3] non-méthylés sont habituellement normaux.

Assessment in patients with NMD consists principally of measures of motor impairment since they are well known by clinicians and their measures do not require much equipment. The conventional treatments in patients with NMD are above-all focused on the diminution of motor impairments by maintaining or improving joint mobility, muscle strength and endurance. Nevertheless, a reduction of motor impairments does not directly lead to a higher ability in performing daily activities. Therefore, activity limitations should be measured specifically. A new scale of activity limitations was first developed in children and adults with NMD. The use of the Rasch model provided a scale to assess the fundamental psychometric qualities. Secondly, relationships between motor impairments and activity limitations were investigated to verify the assumption that reduced motor impairments do not necessarily lead to higher activity levels. Finally, to complete the investigation of psychometric qualities, a longitudinal study of the developed questionnaire was carried out to evaluate its sensitivity to change. Chapter 1 presents the development of ACTIVLIM, a Rasch-built measure of activity limitations and its validation in children and adults with NMD. ACTIVLIM is a self-reported questionnaire that assesses the difficulties adult patients and parents of affected children perceive when they or their children perform daily activities. This questionnaire originally included 126 daily activities and was submitted to 369 patients. The Rasch model selected 22 daily activities to define a linear and unidimensional measure of activity limitations in patients with NMD. The validity and the reproducibility of the results were also studied. A second section of Chapter 1 demonstrates why the measure of activity limitations in children with NMD as assessed using the ACTIVLIM questionnaire is based upon the perception of their parents. A third section of Chapter 1 compares the difficulties self-perceived by the patients with the difficulties observed by external examiners. The agreement between both measures is very good, indicating that the use of ACTIVLIM as a self-reporting questionnaire is a valid method to assess activity limitations in patients with NMD. Chapter 2 investigates the relationships between motor impairments and activity limitations as measured with the ACTIVLIM questionnaire. As the anatomical basis and pathophysiology are different from one NMD to another, the relationships between impairments and activity limitations were investigated in six main diagnostic groups and in the whole sample without diagnostic distinction. Gait speed and muscle weakness in proximal and flexor muscle groups were significantly but moderately correlated to the activity limitations, indicating that the latter cannot simply be inferred from motor impairments but should be independently measured and treated. Chapter 3 investigates the sensitivity to change of the ACTIVLIM questionnaire. As NMD are progressive disorders, it is important that the ACTIVLIM questionnaire be able to assess the change over time in the activity level of patients with NMD in order to characterize the disease course and to quantify the effects of new treatments on activity limitations in these patients. Finally, the last section discusses the results of the different chapters and presents perspectives for future research.

De nombreuses espèces de rongeurs montrent des variations cycliques de leurs densités. Ces cycles ont un rôle important dans l'émergence de zoonoses en augmentant les contacts entre l'Homme et l'animal. Cette thèse s'inscrit dans le domaine de l'écologie de la santé qui étudie les interactions entre santé humaine, santé animale et dynamique des écosystèmes. Dans ce cadre, j'ai étudié la communauté de parasites d'une communauté de rongeurs à dynamique cyclique afin d'identifier les réservoirs d'agents de zoonoses et les parasites potentiellement impliqués dans les cycles de cette communauté. Je me suis intéressée à trois espèces de campagnols et à deux espèces de mulots en Franche-Comté. Les résultats et les suivis épizootiologiques réalisés permettent d'inférer les facteurs de risques biotiques et abiotiques associés à l'émergence de ces zoonoses.<br />Trois agents de zoonoses sont présents : deux hantavirus (virus Puumala et Tula) et le virus Cowpox. La dispersion et le comportement social des rongeurs sont importants pour la transmission de ces virus spécifiques (hantavirus) et non spécifique (virus Cowpox). Ces virus sont majoritairement trouvés en milieu forestier. Les communautés de parasites détectées en forêt et en prairie sont différentes. Les infestations par des helminthes sont plus nombreuses en prairie qu'en forêt. Une étude immunogénétique montre l'existence d'allèles de susceptibilité et de résistance aux agents de zoonoses étudiés. Des helminthes ou des acariens pourraient aussi intervenir dans l'infection par ces virus. Un de ces helminthes pourrait être impliqué dans la dynamique de ses hôtes. Mes travaux expérimentaux et de modélisation montrent l'impact du nématode non spécifique Trichuris arvicolae sur la reproduction du campagnol des champs et son rôle régulateur pour les populations d'arvicolinés. <br />Cette thèse contribue à montrer l'importance de la biodiversité et de l'écologie des communautés pour évaluer et gérer les risques pour l'Homme vis-à-vis de zoonoses.

Les basophiles sont les granulocytes les plus rares. Ils sont impliqués dans la polarisation des réponses immunitaires de type Th2, dans la différenciation des lymphocytes B et dans la protection contre les infections helminthiques. Les basophiles sont impliqués dans la modulation des réponses immunitaires, en particulier dans les maladies auto-immunes et inflammatoires. Des études récentes ont montré que les basophiles murins sont cellules présentatrices d'antigène (CPA) et induisent des réponses Th2 et IgE contre les allergènes et les infections helminthiques.Par conséquent, Nous avons exploré les fonctions des basophiles humains, en particulier comme CPA professionnelles. Les résultats montrent que les basophiles, contrairement aux cellules dendritiques et monocytes, n'expriment pas HLA-DR et les marqueurs de co-stimulations CD80 et CD86. De plus, la stimulation des basophiles par divers allergènes, comme des ligands de TLR et IgE, n'induit pas des changements dans l'expression de ces marqueurs. Enfin, nos résultats montrent que les basophiles ne favorise pas les réponses immunitaire de type Th2 ou Th17. Ainsi,notre étude montre que les basophiles humains circulant ne possèdent pas des fonctions de CPA professionnelles. Des plus, les basophiles sont impliqués dans la pathogenèse de maladies auto-immunes et inflammatoires dépendantes des réponses Th2 et médiées par les lymphocytes B. Puisque la dérégulation des basophiles joue un rôle important dans le développement des réponses immunitaires dans différentes conditions pathologiques, nous avons exploré les mécanismes de régulations qui modulent les fonctions les basophiles. En particulier, nous avons étudié le rôle suppresseur des lymphocytes T régulateurs (Tregs) CD4+CD25+FoxP3, des cellules clés dans la maintenance de l'homéostasie immune, sur les fonctions des basophiles. Nos résultats montrent que les fonctions des basophiles, contrairement à la majorité des cellules immunes, ne sont pas régulées par les Tregs. Bien au contraire, nos résultats montrent que les lymphocytes T favorisent l'activation des basophiles. En résumé, nous avons exploré de nouveaux mécanismes cellulaires et moléculaires impliqués dans la régulation des fonctions des basophiles humains. Ces résultats nous permettent de mieux comprendre le rôle des basophiles dans les conditions inflammatoires et dans le développement de nouvelles stratégies thérapeutiques.

Cette thèse évalue le risque d'émergence d'un pathogène via l'avifaune sauvage dans une région indemne en combinant deux approches : 1) L'étude de pathogènes partageant des caractéristiques éco-épidémiologiques communes avec le pathogène émergeant. 2) L'utilisation de données écologiques disponibles dans la région indemne. Le Chapitre 1 montre que l'étude de la circulation de pathogènes partageant des caractéristiques éco-épidémiologiques communes (Influenza Aviaire Faiblement Pathogène et Maladie de Newcastle) avec un pathogène émergeant (H5N1 HP) permet d'apporter des éléments d'information sur la circulation potentielle de ce pathogène en cas d'émergence. Les principales conclusions de ce chapitre nous permettent de construire les trois hypothèses testées aux chapitres suivants portant respectivement sur les étapes d'une émergence : introduction (Chapitre 2), circulation (Chapitre 3), et transmission à la faune domestique (Chapitre 4). Ces trois chapitres permettent une meilleure évaluation du risque d'émergence d'un pathogène (le H5N1 HP) dans une zone indemne (le DIN) à partir de méthodes basées sur les données écologiques disponibles dans cette zone indemne et obtenues à partir de techniques telles que le comptage aérien, la télémétrie satellitaire, ou la télédétection. Ils permettent notamment d'estimer que le risque d'émergence du H5N1 HP dans le DIN via l'avifaune sauvage est le plus élevé lors des mois de janvier à mars des années de faible crue, et que la Sarcelle d'été et le canard Pilet sont les deux espèces à surveiller en priorité. Cette thèse montre donc comment l'utilisation de données éco-épidémiologiques disponibles dans une zone indemne permettent une évaluation et un meilleur contrôle du risque d'émergence d'un pathogène. L'utilisation d'outils satellitaires permet l'obtention de larges plages de données ayant des résolutions spatiale et temporelle suffisante pour évaluer des dynamiques éco-épidémiologiques évoluant rapidement. / This thesis aims to evaluate the risk of emergence of a pathogen from wildlife in an uninfected area by combining two approaches:1) The study of pathogens sharing similar eco-epidemiological characteristics with the emerging pathogen2) The use of eco-epidemiological data available in the uninfected area Chapter 1 shows that studying pathogens sharing similar eco-epidemiological characteristics (Low Pathogenic Avian Influenza and Newcastle Disease) with an emerging pathogen (HPAI H5N1) enables to provide information on the potential circulation of this pathogen if it would emerge. The main conclusions of this chapter allow us to formulate the three hypothesis tested in the following chapters, each related to a stage of an emergence: introduction (Chapter 2), circulation (Chapter 3), and transmission to domestic poultry (Chapter 4). These three chapters enable a better evaluation of the risk of emergence of a pathogen (HPAI H5N1) in an uninfected area (IND) by using methods based on eco-epidemiological data available in this uninfected area, obtained from techniques like aerial census, satellite telemetry, and remote sensing. The risk of emergence of HPAI H5N1 from wildlife in the IND is evaluated to be the highest between the months of January and March during years with a low flood level. Garganeys and Pintails are identified as the two main species to be surveyed in priority. This thesis shows how eco-epidemiological data available in an uninfected area enable an evaluation and a better control of the risk of emergence of a pathogen. Satellite tools allow acquiring large dataset with temporal and spatial resolution compatible with eco-epidemiological dynamics evolving rapidly.

Résumé : Contexte : Depuis la création des Groupes de médecine de famille (GMF), les infirmières peuvent assurer le suivi des personnes atteintes de maladies chroniques (MC). Il existe des écarts entre la littérature et la pratique. Un constat provincial permettra une compréhension des enjeux d’optimisation de la pratique infirmière auprès de cette clientèle grandissante. Objectifs : 1) décrire les activités de l’infirmière en GMF auprès des personnes atteintes de MC; 2) décrire les éléments contextuels déterminants de ces activités; 3) dresser un portrait provincial des activités des infirmières de GMF auprès des personnes atteintes de MC. Méthode : Un devis mixte séquentiel exploratoire en trois volets a été effectué. Volet 1 : Une étude de cas multiple a été réalisée auprès de dix infirmières de GMF. Cinq sources de données ont été utilisées : 1) observation des rencontres infirmière-patient (n=10); 2) entrevues individuelles avec chaque infirmière (n=10); 3) entrevues individuelles avec chaque patient (n=10); 4) audit des notes infirmières au dossier des patients participant (n=10) et; 5) documents administratifs décrivant la pratique des infirmières à l’intérieur des GMF. L’analyse qualitative a permis de générer une liste d’activités et de décrire les éléments contextuels qui déterminent les activités. Volet 2 : Un questionnaire électronique a été créé à l’aide de la liste d’activités produite lors du Volet 1 et de la recension des écrits. Il a été validé et prétesté. Volet 3 : Une enquête provinciale a été réalisée auprès de 322 infirmières de GMF. Des analyses descriptives telles que des fréquences, moyennes, étendues et écarts types ont été effectuées. Résultats : Volet 1 : les activités des infirmières de GMF auprès des personnes atteintes de MC sont regroupées en cinq domaines. Des éléments liés à l’organisation, aux infirmières et aux personnes atteintes de MC peuvent influencer les activités. Volet 3 : 266 infirmières ont complété le questionnaire. Les résultats démontrent que leurs activités se situent principalement dans les domaines de la Promotion de la santé et de l’Évaluation globale de la condition de la personne. Les activités en lien avec la Collaboration infirmière-médecin et l’Organisation de l’offre de services sont réalisées de façon occasionnelle. Conclusion : Cette étude a permis une description en profondeur des activités des infirmières de GMF auprès des personnes atteintes de MC. Il s’agissait d’un jalon important en vue d’optimiser les interventions liées à la prise en charge des MC en soins de première ligne. / Abstract : Context: Family Medicine Groups (FMG) are the most recently developed primary care organizations in Quebec (Canada). Nurses within FMG play a central role with patients with chronic diseases (CD). The portrait of the activities of FMG nurses with patients with CD has never been described. Objectives : 1) To provide a detailed description of FMG nurses’ activities with patient with CD; 2) To describe facilitators and barriers in regards to the development of these activities ; 3) To provide a provincial description of FMG nursing activities with patients with CD. Design : A mixed -method sequential explanatory design was conducted. Phase 1 : A multiple case study was performed with ten nurses practicing in FMG. Five data sources were used : 1) o bservation of meetings between nurses and patients (n=10); 2) individual semi-structured interviews with nurses (n=10) ; 3) individual semi-structured interviews with patients (n=10) ; 4) chart audits of participating patients (n=10) and 5) FMG document reviews. Qualitative analysis generated a list of activities and contextual elements. Phase 2 : A descriptive web survey was developed using the list of activities and systematic review. The web survey was validated and pre-tested. Phase 3 : A web-based survey was sent to 322 nurses practicing in Family Medicine Groups (FMG) . Descriptive statistics were summarized using frequencies, means, ranges and standard deviations. Results : Phase 1 : Multiple case study findings show that activities are clustered into five domains. Elements related to organization, nurse and patients with CD have an important impact on nurses’ activities. Phase 3 : 266 nurses answered the survey . Activities that fall under the domain “Health promotion” and “Global assessment of the patient” are the most frequently carried out by FMG nurses. Activities under the “Health services organization” domain are the ones performed the least . Conclusions : This study provides an in-depth description of nursing activities with patients with CD in the province of Quebec, Canada. Understanding this issue is crucial to optimize the primary care nursing workforce.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

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