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Mapeo de regiones genómicas determinantes del rendimiento y sus componentes en Triticum turgidum L. var durum en diferentes ambientes

Akkiraju, Pavan Chand 26 March 2010 (has links)
A nivel mundial, el objetivo principal de los programas de mejoramiento de trigo candeal es desarrollar variedades con mayores rendimientos. El rendimiento potencial se define como el rendimiento de un genotipo adaptado y crecido en condi-ciones óptimas de manejo y en ausencia de factores bióticos y abióticos. El rendimiento (Kg/ha) de trigo también puede ser disectado en sus componentes, incluyendo los componentes de espigas (número de granos/espiga y peso de granos-/espiga, número de espiguillas totales/espiga, fertilidad de es-piga, número de granos/espiguillas fértiles y número de granos-/espiguillas totales), los caracteres agronómicos (altura de planta, peso de mil granos, peso hectolítrico y Índice de cose-cha) y caracteres morfológicos (largo de pedúnculo). El obje-tivo de esta tesis fue caracterizar genética y biométricamente el carácter rendimiento y sus componentes en varios ambien-tes y mapear regiones genómicas asociadas a estos caracte-res en una población de RILs de trigo candeal derivada de la cruza Kofa x UC1113. En función de este objetivo general, se plantearon los siguientes objetivos particulares: 1. Cuantificar y evaluar la respuesta de la población de RILs en varios ambientes de Argentina (localidad y año), 2. Estimar pará-metros genéticos que permitan la caracterización genética-biométrica de los caracteres, 3. Mapear QTL asociados a ren-dimiento y sus componentes, 4. Identificar marcadores mole-culares ligados a esos caracteres, 5. Realizar correlaciones entre el rendimiento y sus componentes y entre componentes entre sí y 6. Determinar regiones del genoma pleiotrópicas para estos caracteres.Para ello se evaluó el rendimiento y sus componentes en una población de 93 RILs derivadas de la cruza UC1113 x Kofa, los progenitores y 8 cultivares comer-ciales de la Argentina. Estos materiales fueron sembrados en cuatro ambientes (CEI-Barrow 2006/07, INTA-Balcarce 2007/08, CEI-Barrow 2007/08 y ACA-Cabildo 2007/08). El rendimiento y sus componentes evaluados en esta tesis fueron expresados de la siguiente forma: rendimiento (Kg/ha), peso de granos (g), peso hectolítrico (kg/hl), altura de planta (cm), largo del pedúnculo (cm), peso de granos/espiga (g), índice de cosecha (%), fertilidad de espiga (%) y en número, por espiguillas totales/espiga, granos/espiga, granos/espi-guillas fértiles y granos/ espiguillas totales. El material de estudio, la población de RILs, presentó durante el desarrollo del cultivo en los ensayos a campo, una particularidad: se observó la presencia de espigas blancas entre las espi-gas verdes o normales. Las espigas blancas se presentaron en algunos genotipos de la población, no en todos, y en di-ferente magnitud. El rendimiento fue ajustado para mapear utilizando la manera mencionada por otros autores (Khan et al. (2000) y por CIMMYT) para minimizar o eliminar el efecto espiga blanca. La distribución de los valores fenotipicos en las RILs evidenció un tipo de herencia transgresiva bi-direccional para todos los caracteres en todos los ambientes. De acuerdo al test de Shapiro-Wilk (α = 0,05) la distribución de frecuen-cias de los valores fenotípicos obtenidos (rendimiento y sus componentes para cada ambiente) fue normal en los ambien-tes para la mayoría de los caracteres. Los datos fueron completamente normales en todos las ambientes para altura de planta, espiguilla totales/espiga y peso de granos/espiga), parcialmente normales (entre uno y tres ambientes) para peso de mil granos, peso hectolítrico, largo del pedúnculo, número de granos/espiga, número de granos/espiguillas totales, índice de cosecha, fertilidad de espiga y número de granos/espi-guillas fértiles. Sin embargo, para el carácter rendimiento la distribución no fue normal en ninguno de los ambientes considerados. Los caracteres número de granos/espiga, peso de granos/espiga, peso de mil granos, peso hectolítrico, altura de planta, largo del pedúnculo, número de espiguillas totales/ espiga y número de granos/espiguillas totales mostraron en la variación fenotípica un componente genotípico mayor que el componente ambiental en la mayoría de los ambientes. Esto resultó en una alta heredabilidad de los mismos. Los caracte-res fertilidad de espiga y número de granos/espiguillas fértiles mostraron en la variación fenotípica un componente genotí-pico mayor que el componente ambiental en dos de los cuatro ambientes. Sin embargo, para el carácter rendimiento, la varia-ción fenotípica incluyó un componente ambiental elevado, mayor que el componente genotípico en la mayoría de los ambientes. La interacción genotipo x ambiente resultó ser altamente significativa por todos los caracteres, indicando que las diferencias en los caracteres entre los distintos genotipos no son las mismas en los diferentes ambientes. Los valores de LOD significativos para todos los caracteres evaluados por ambiente o en combinaciones de ambientes utilizando el test de 1000 permutaciones fueron de alrededor de 3,0. El rango de los valores de LOD para los diferentes caracteres estuvo entre 2,0 (fertilidad de espiga) y 3,4 (rendimiento). En total se encontraron 74 QTL significativos y 36 QTL probables para rendimiento y sus componentes. Los QTL significativos encontrados en esta tesis fueron: 5 para rendimiento; 7 para número de granos/ espiga; 4 para peso de granos/espiga; 8 para peso de mil granos; 5 para peso hectolí-trico; 7 para altura de planta; 8 para largo del pedúnculo; 5 para índice de cosecha; 6 para número de espiguillas totales-/espiga; 6 para fertilidad de espiga; 5 para número de granos/espiguillas fértiles y 8 para número de granos/ espi-guillas totales. Los QTL probables encontrados en esta tesis fueron: 4 para rendimiento; 3 para número de granos/ espiga; 5 para peso de granos/espiga; 3 para peso de mil granos; 4 para peso hectolítrico; 2 para largo del pedúnculo; 5 para índice de cosecha; 1 para número de espiguillas totales-/espiga; 2 para fertilidad de espiga; 6 para número de granos/espiguillas fértiles y uno para número de granos/ espiguillas totales.En total se encontraron 80 NUEVOS QTL (60 significativas y 20 probables) para rendimiento y sus componentes. Los nuevos QTL encontrados fueron: 2 para rendimiento; 7 para número de granos/ espiga; 5 para peso de granos/espiga; 5 para peso de mil granos; 7 para peso hecto-lítrico; 3 para altura de planta; 10 para largo del pedúnculo; 8 para índice de cosecha; 5 para número de espiguillas totales-/espiga; 8 para fertilidad de espiga; 11 para número de granos/espiguillas fértiles y 9 para número de granos/ espigui-llas totales.Pocos de los QTL mapeados fueron estables para el carácter en cuestión. El número de QTL estables encon-trados para cada carácter fue: uno para número de granos-/espiga; uno para peso hectolítrico; 5 para altura de planta; 4 para largo del pedúnculo; 3 para número de espiguillas totales-/espiga y uno para número de granos/espiguillas fértiles. El número de QTL probablemente estables encontrados para cada carácter fue: uno para rendimiento; uno para peso de granos/ espiga; 3 para peso de mil granos; 2 para índice de cosecha; 2 para fertilidad de espiga y uno para número de granos/espiguillas totales. La variación fenotípica para cada carácter estuvo en los siguientes rangos: rendimiento (9,67% a 27,51%), peso de mil granos (9% a 42,01%), peso hectolí-trico (7,95% a 34,53%), altura de planta(8,41% a 45%), largo del pedúnculo (6,12% a 40,6%), índice de cosecha (7,9% a 28%), número de espiguillas totales/espiga (8% a 32,5%), número de granos/espiga (8,35% a 24,6%), peso de granos-/espiga (8,54% a 22,4%), fertilidad de espiga (7,33% a 15,4%), número de granos/espiguillas fértiles (8,2% a 27,75) y número de granos/ espiguillas totales (7,15% a 23%). El efecto aditivo para cada carácter estuvo en los siguientes rangos: rendimiento (109,9Kg/ha a 335,4Kg/ha), peso de mil granos (0,60g a 1,46g), peso hectolítrico (0,24Kg/hl a 0,56Kg/hl), altura de planta(1,55cm a 3,73cm), largo del pedúnculo (0,62cm a 1,63cm), índice de cosecha (0,005% a 0,014%), número de espiguillas totales/espiga (0,20 a 0,41), número de granos/espiga (0,63 a 1,43), peso de granos/es-piga (0,03g a 0,07g), fertilidad de espiga (0,009% a 0,025%), número de granos/espiguillas fértiles (0,03 a 0,07) y número de granos/ espiguillas totales (0,03 a 0,08).Por otro lado se encontraron 7 QTL significativos y 4 QTL probables para el carácter espigas blancas. Este carácter afecta el rendimiento y sus componentes. Se encontraron 4 QTL estables para el carácter. Este carácter mostró una alta heredabilidad, en un rango de 90% - 98%, con un promedio de 94%. La variación fenotípica estuvo en un rango de 3,03% a 24,45%. El efecto aditivo estuvo en un rango de 1,13% a 3,63%. Este carácter fue especificado por una combinación de alelos aportados por ambos progenitores de la población de RILs. La variedad Kofa afecta el carácter debido a alelos ubicados sobre los cromo-somas 1B, 2B, 3A y 5A. La línea UC1113 aporta alelos ubica-dos sobre los cromosomas 3B, 5B y 7A. Para la mayoría de los caracteres, el progenitor UC1113 portó el alelo favorable, como por ejemplo para rendimiento, número de granos/espiga, peso de granos/espiga, peso de mil granos, peso hectolítrico, índice de cosecha y número de granos/espiguillas totales. Los casos donde el alelo favorable fue aportado por ambos proge-nitores (UC1113 y Kofa) fueron altura de planta, largo del pedúnculo, número de espiguillas totales/espiga, fertilidad de espiga y número de granos/espiguillas fértiles. Como se men-cionara más arriba, para la mayoría de los QTL hallados, el alelo favorable fue aportado por UC1113, siendo este el proge-nitor de mayor rendimiento. Regiones pleiotrópicas para varios caracteres fueron encontradas en los ambientes y en sus promedios. Los cromosomas que mostraron regiones pleiotró-picas incluyendo más caracteres fueron: 2B asociada al marcador wmc361, 3A asociada al marcador ksm28, 3B asociada a los marcadores gwm493, barc147 y cfd79, 4A asociada a los marcadores gwm265 y wmc258, 4B asociada al marcador ksm62 y 5A asociada al marcador gwm126. De todos los caracteres, la altura de planta y el largo del pedúnculo fueron los que mostraron una asociación más estable. Los estudios realizados en esta tesis mostraron correlaciones altamente significativas entre varios compo-nentes del rendimiento. Los componentes más correlacionados entre si fueron el carácter rendimiento con los componentes principales NG/E y PG/E y ellos mismos se encontraron correla-cionados positivamente con todos los demás componentes evaluados. Por otro lado, los caracteres que encontraron correlaciones con algunos de los componentes en todos los ambientes fueron: RTO con NG/E, PG/E y NG/EgT; PMG con PG/E; ALT con LP, PG/E y FE; LP con ALT y PG/E; IC con NG/E, PG/E, FE, NG/EgF y NG/EgT; EgT/E con NG/E y PG/E; NG/E con RTO, IC, EgT/E, PG/E, FE, NG/EgF y NG/EgT; PG/E con RTO, PMG, ALT, LP, IC, EgT/E, NG/E, FE, NG/EgF y NG/EgT; FE con ALT, IC, NG/E, PG/E y NG/EgT; NG/EgF con IC, NG/E y PG/E y NG/EgT con RTO, NG/E, PG/E, FE y NG/EgF. La selección directa o indirecta para estos componentes podría aumentar el rendimiento potencial de trigo candeal. El carácter espigas blancas mostró correlaciones negativas con todos componentes del rendimiento, por lo cual deberían no incluirse las líneas afectadas en los programas de mejora. En esta tesis, se encontraron varios QTL a lo largo de los cromosomas de trigo candeal para el carácter rendimiento y sus componentes. Los mismos y sus marcadores asociados podrán ser utilizados en el programa del mejoramiento de trigo candeal para lograr mayores rendimientos. Se trabaja en colaboración con la Asociación de Cooperativas Argentinas y otros criaderos nacionales de trigo y el Programa de mejoramiento del INTA a través del PAE 37108 (ANPCyT). Estos QTL pueden ser de utilidad para: Introducir aquellos favorables o interesantes en materiales de interés. Realizar selección asistida por marcadores en programas de mejoramiento. Analizar germoplasma para los caracteres evaluados. También podemos concluir, de lo expuesto, que todas las hipótesis planteadas se han cumplido: Se determinaron las regiones genómicas que determinan el rendimiento y sus componentes. Se estudió la respuesta de los distintos genotipos al ambiente en varios ambientes (definidos por localidad y año), que varía en distinta medida para los diferen-tes caracteres y los diferentes ambientes.El mapa genético basado en marcadores moleculares posibilitó la obtención de marcadores ligados a QTL para los caracteres investigados. / Developing crop cultivars with high grain yield has been the principal aim of durum wheat breeding programs worldwide. The potential yield is defined as the performance of an adap-ted genotype grown under optimal management and in the absence of biotic and abiotic factors. The grain yield of wheat can also be dissected into, spike characters (grain number-/spike and grain weight/spike, number of spikelets/spike, spike fertility, number of grains/fertile spikelets and number of grains/total spikelets) and also it can be correlated with the agronomic traits (plant height, thousand-grain weight, test weight and harvest index) and morphological characters (peduncle length). The objective of this thesis was to charac-terize the genetic nature of yield and its components in various environments and mapping genomic regions associated to these traits in a population of RILs of durum wheat derived from the cross Kofa x UC1113. Based on this overall objective, the following three specific objectives were planned: 1. To quantify and evaluate the response of RILs in different envi-ronments of Argentina (location and year), 2. To estimate genetic parameters that permits the genetic-biometric charac-terization of the mentioned traits, 3. To map QTL associated with yield and its components, 4. To identify molecular mar-kers linked to these traits, 5. To find correlations between yield and its components and in among components also, and 6. To determine pleiotropic regions for these traits. To fullfil these objectives, the yield and its components were evalua-ted in a population of 93 RILs derived from the cross UC1113 x Kofa, parents and 8 commertial cultivars of Argentina. These materials were planted in four environments (CEI-Barrow 2006/07, INTA-Balcarce 2007/08, CEI-Barrow 2007/08 y ACA-Cabildo 2007/08). Grain yield and its components evaluated in this thesis were expressed in the following units: grain yield (Kg/ha), thousand-grain weight (g), test weight (Kg/hl), plant height (cm), peduncle length (cm), grain weight/spike (g), harvest index (%), spike fertility (%) and in number for total spikelets/spike, grains/spike, grains/fertile spikelets and grains/total spikelets. When growing in the field the RILs showed a particularity: the presence of white spikes in between the normal green ones. These white spikes were observed only in some of the spikes and with different magni-tudes. The grain yield used for mapping was adjusted in the way mentioned by other authors (Khan et al. (2000) and uses in CIMMYT), to minimize or eliminate the effect of white spikes. The phenotypic data of RILs showed a bi-directional transgressive inheritance for all the characters in all envi-ronments. According to Shapiro-Wilk test (α = 0.05) the distribution of frequencies of phenotypic values obtained (yield and its components for each environment) were normal in all the environments for most of the characters. The distri-bution was completely normal in all environments for the cha-racters, plant height, total spikelts/spike and grain weight-/spike, partially normal (from one to three environments) for the characters thousand-grain weight, test weight, peduncle length, number of grains/spike, number of grains/total spi-kelets, harvest index, spike fertility and number of grains-/fertile spikelets. However, the character grain yield was not distributed normally in none of the environments considered. The phenotypic variance for the characters number of grains-/spike, grain weight/spike, thousand-grain weight, test weight, plant height, peduncle length, number of total spi-kelets/spike and number of grains/total spikelets, had a higher genetic component than the environmental one. This resulted in a high heritability for these characters. Spike fertility and number of grains/fertile spikelets showed the phenotypic variance more affected by the environment than from the genotype in two of the four environments. However, for grain yield, the phenotypic variance was highly influenced by the environment, higher than genotype one in majority of envi-ronments. The Genotype x Environment interaction resulted highly significant for all the characters, indicating that the differences in the characters among different genotypes are not the same in different environments. The significant LOD threshold values for all the characters were calculated for each environment and on average of all by using the 1000 permutations test and was considered around 3 for all the characters. The threshold values for different characters ran-ged between 2.0 (spike fertility) and 3.4 (grain yield). A total of 74 significant QTL and 36 probable QTLs were found for grain yield and its components. The significant QTL found in this thesis were: 5 for grain yield; 7 for number of grains-/spike; 4 for grain weight/ spike; 8 for thousand-grain weight; 5 for test weight; 7 for plant height; 8 for peduncle length; 5 for harvest index; 6 for number of total spikelets/spike; 6 for spike fertility, 5 for number of grains/fertile spikelets and 8 for number of grains/total spikelets. The probable QTL were: 4 for grain yield; 3 for number of grains/spike; 5 for grain weight/ spike; 3 for thousand-grain weight; 4 for test weight; 2 for peduncle length; 5 for harvest index; one for number of total spikelets/spike; 2 for spike fertility, 6 for number of grains/fertile spikelets and one for number of grains/total spikelets. In total, 80 new QTL (60 significant & 20 probable) were found for grain yield and its components. The new QTL were: 2 for grain yield; 7 for number of grains/spike; 5 for grain weight/ spike; 5 for thousand-grain weight; 7 for test weight; 3 for plant height; 10 for peduncle length; 8 for harvest index; 5 for number of total spikelets/spike; 8 for spike fertility; 11 for number of grains/fertile spikelets and 9 for number of grains/total spikelets. A less number of stable QTL were found for each character. The number of stable QTL for each character was: one for number of grains/spike; one for test weight; 5 for plant height; 4 for peduncle length; 3 for number of total spikelets/spike and one for number of grains/fertile spikelets. The number of probably stable QTL for each character was: one for grain yield; one for grain weight/ spike; 3 for thousand-grain weight; 2 for harvest index; 2 for spike fertility and one for number of grains/total spikelets. The phenotypic variation for each character was in the follo-wing ranges: grain yield (9.67% to 27.51%). thousand-grain weight (9% to 42.01%). test weight (7.95% to 34.53%), plant height (8.41% to 45%), peduncle length (6.12% to 40.6%), harvest index (7.9% to 28%), number of total spikelets/spike (8% to 32.5%), number of grains/spike (8.35% to 24.6%), grain weight/ spike (8.54% to 22.4%), spike fertility (7.33% to 15.4%), number of grains/fertile spikelets (8.2% to 27.75) y number of grains/total spikelets (7.15% to 23%).The additive effect for each character was in the following ranges: grain yield (109.9Kg/ha a 335.4Kg/ha), thousand-grain weight (0.60g to 1.46g), test weight (0.24Kg/hl to 0.56Kg/hl), plant height (1.55cm to 3.73cm), peduncle length (0.62cm to 1.63cm), harvest index (0.005% to 0.014%), number of total spikelets/spike (0.20 to 0.41), number of grains/spike (0.63 to 1.43), grain weight/ spike (0.03g to 0.07g), spike fertility (0.009% to 0.025%), number of grains/fertile spikelets (0.03 to 0.07) y number of grains/total spikelets (0.03 to 0.08).For the character white spikes 7 significant and 4 probable QTLs were found. This character severely affected the grain yield and its components. There were 4 stable QTL for this character. This character showed a high heritability, ranging from 90-98% with an average of 94%. The phenotypic variance was found in a range of 3.03% to 24.45%. The additive effect ranged from 1.13% to 3.63%. Both the parents contributed favorable alleles for this character. The variety Kofa affected on the chromosomes 1B, 2B, 3A and 5A. The line UC1113 provided alleles over the chromosomes 3B, 5B and 7A. UC1113 carried positive alleles for most of the characters like grain yield, number of grains/spike, grain weight/spike, thousand-grain weight, test weight, harvest index and number of grains/total spikelets. Those characters where both parents contributed with favorable alleles were, plant height, peduncle length, number of total spikelets/spike, spike fertility y number of grains/fertile spikelets. As mentioned earlier, for the majority of QTL found, the favorable allele was inherited from UC1113 being the favorable parent for grain yield. Pleiotropic regions or co-localization of various characters were found in different environments and in average of the environments. The chromosomes showing pleiotropic regions for most of the characters were: 2B associated with the marker wmc361, 3A associated with the marker ksm28, 3B associated with the markers gwm493, barc147 y cfd79, 4A associated with the markers gwm265 y wmc258, 4B associated with the marker ksm62 y 5A associated with the marker gwm126. The plant height and peduncle length showed a stable association between them. The correlation analyses showed highly significant correlations between different components of grain yield. Number of grains/spike and grain weight/spike showed a high positive correlation with grain yield, and also, they were correlated with all the other yield components. In addition, the characters correlated with some of the yield components in all environments, were: grain yield with grain number/spike, grain weight/spike y number of grains/total spikelets; 1000-grain weight with grain weight/spike; plant height with pe-duncle length, grain weight/spike y spike fertility; peduncle length with plant height y grain weight/spike; harvest index with grain number/spike, grain weight/spike, spike fertility, number of grains/fertile spikelets y number of grains/total spikelets; number of total spikelets/spike with grain num-ber/spike y grain weight/spike; grain number/spike with grain yield, harvest index, number of total spikelets/spike, grain weight/spike, spike fertility, number of grains/fertile spikelets y number of grains/total spikelets; grain weight/spike with grain yield, 1000-grain weight, plant height, peduncle length, harvest index, number of total spikelets/spike, grain number-/spike, spike fertility, number of grains/fertile spikelets y number of grains/total spikelets; spike fertility with plant height, harvest index, grain number/spike, grain weight/spike y number of grains/total spikelets; number of grains/fertile spikelets with IC, grain number/spike y grain weight/spike y number of grains/total spikelets with grain yield, grain number/spike, grain weight/spike, spike fertility y number of grains/fertile spikelets. The direct or indirect selection for these components can increase the potential yield in durum wheat. The character white spikes showed negative corre-lations with all the yield components, and therefore the affected RILs should not be included in breeding programs. In this thesis, various QTL were found throughout the chromo-somes of durum wheat for the grain yield and its components. Those QTL and their associated markers can be used in durum wheat breeding programmes to obtain higher yields. This work was conducted in close collaboration with the Asociación de Cooperativas Argentinas and other national breeding compa-nies of wheat and the breeding program of INTA through PAE 37108 (ANPCyT). The QTL found can be used for: intro-gression of favorable genes and QTLs into interesting plant materials, marker-assisted selection of plants in breeding programs and germplasm screening for the evaluated traits. We can also conclude that all hypotheses were fulfilled: Genomic regions were identified which are associated with yield and its components. The response of different genotypes to environment was studied and differed in different levels for the different characters and the different environments. The genetic map based on molecular markers allowed us to map QTLs and identify markers linked to QTL for the evaluated characters.
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Procesos bottom-up y top-down ligados a la modulación de la conducta ocular subyacen los estadíos de aprendizaje durante una tarea de adaptación visuomotora

Herrero Silva, Joaquín Alfonso January 2016 (has links)
Magíster en neurociencias / Introducción: Los procesos de aprendizaje motor han sido frecuentemente estudiados desde la acción, pero la contribución sensorial durante el aprendizaje adaptativo no está del todo clara. Un posible mecanismo involucrado en los cambios conductuales visuales es la variación de necesidades sensoriales Bottom-up y Top-down del sistema durante la práctica. Nosotros hipotetizamos que en estadíos tardíos de aprendizaje, el aumento de necesidades Top-Down corticales optimicen los procesos de rendimiento y adquisición de información de la tarea. Metodología: Se utilizó un paradigma de adaptación visuomotora con una distorsión cinemática del cursor de 135° contrarreloj. Participaron 13 sujetos sanos donde se registró, de manera simultánea, la conducta cinemática de adaptación, la conducta ocular (Eye Tracker) y se midieron los potenciales evocados a la fijación visual (fERP).Resultados: Nosotros mostramos que el rendimiento de la tarea y las curvas de aprendizaje alcanzadas obtenidas son consistentes con lo esperado, extrayendo dos estadíos extremos de aprendizaje considerados como inicio y final. Encontramos diferencias significativas en la amplitud de N1 entre ambos estadíos pero la principal modulación fue relacionada al tipo de fondo de imagen utilizado. Esto se apoya en la modificación de la conducta ocular en ambos estadíos de aprendizaje. Juntos, los resultados sugieren una menor necesidad Bottom-up al final del aprendizaje producto de la actualización del modelo interno. Conclusión: Existe una contribución cortical diferencial entre estadíos iniciales y finales del aprendizaje. Lo cual se refleja en un predominio de modulación Top-down en estadíos finales del aprendizaje motor. / Introduction: Whilst motor learning processes have often been studied purely from a movement perspective, how simultaneous sensory processes contribute to adaptive learning, is not well understood. A possible mechanism involved in visual behavioral changes relates to the changes in Bottom-up and Top-down requirements during motor learning. We hypothesized that in later stages of learning, increased cortical Top-Down needs optimize processes and data acquisition performance of the task. Methodology: We employed a paradigm of visuomotor adaptation with a kinematic cursor distortion of 135° trial. 13 healthy subjects where recorded simultaneously during a kinematic adaptive behavior, along with eye movements (Eye Tracker) and EEG. We computed evoked potentials to the visual fixation (FERP) and motor performance.Results: We show that the performance of the task and the learning curves achieved obtained are consistent with expectations, drawing two extremes learning stages considered as start and end. We found significant differences in the amplitude of N1 between the two stages but the main modulation was related to the type of background image used. This is supported by modifying the ocular behavior in both stages of learning. Together, the results suggest less need Bottom-up at the end of learning product updating the internal model. Conclusion: There is a differential cortical contribution on sensory processes when initial and final stages of a visuomotor task are compared. This finding reflects a predominance of modulation Top-down in the late stages of motor learning.
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Evidencias genéticas y epigenéticas del control de la apomixis en Eragrostis curvula

Gallardo, Jimena A. 31 July 2023 (has links)
La apomixis es una forma de reproducción clonal, donde no ocurre ni meiosis ni fecundación para la formación de la semilla. Existe una estrecha relación entre la apomixis y el nivel de ploidía, dado que en la mayoría de las especies que presentan el carácter los genotipos diploides son sexuales y los poliploides son apomícticos y con un grado variable de sexualidad (facultativos). Aunque se sabe que el carácter es regulado por una o más regiones del genoma, se han hallado numerosas evidencias de mecanismos epigenéticos que regulan su expresión. Conocer los factores que determinan la apomixis tendría un gran impacto en la agricultura. Eragrostis curvula (“pasto llorón”) es una gramínea forrajera originaria de Sudáfrica, que incluye genotipos con diferentes niveles de ploidía (2X hasta 8X, con X = 10), que pueden ser sexuales o apomícticos (facultativos u obligados). Nuestro grupo de trabajo realizó numerosos estudios, sobre todo en el carácter apomixis, tanto a nivel de genética estructural como funcional. El objetivo de esta tesis fue contribuir a la dilucidación de las bases genéticas y epigenéticas que regulan uno de los componentes de la apomixis (apomeiosis) en E. curvula. Se desarrolló una población de mapeo segregante para el carácter apomixis a partir del cruzamiento entre dos genotipos tetraploides, uno sexual (OTA-S) y otro apomíctico facultativo (Don Walter). La genotipificación se realizó con marcadores DArT-SNP y el fenotipado mediante citoembriología y un marcador molecular dominante. El mapa de ligamiento quedó conformado por 20 grupos de ligamiento (GL), con el posicionamiento del APO locus en el GL1, donde también se ubicaron tres marcadores SNP 100 % ligados al carácter apomeiosis. La secuencia de los SNP 100 % ligados tienen homología con proteínas anotadas en bases de datos, que podrían estar relacionadas al modo reproductivo. Se realizó un análisis de sintenia entre los GLs del mapa consenso y el genoma de referencia de la especie (cv. Victoria) que permitió asociar todos los GLs a alguno de los contigs y hallar los GLs que corresponderían potencialmente a cada uno de los genomas del alotetraploide (homeólogos). Para la validación de los marcadores se diseñaron y evaluaron cinco primers KASP que permitieron discriminar entre los alelos de los individuos sexuales y apomícticos. En el segundo capítulo se analizaron diferentes resultados obtenidos por el grupo de trabajo que evidencian la influencia de la epigenética sobre el carácter apomixis en plantas de E. curvula. Para analizar la participación de mecanismos de metilación del ADN en la regulación de la apomixis bajo condiciones de estrés hídrico, se realizó un ensayo en el cual muestras de ADN de inflorescencias fueron evaluadas mediante la “Estimación del contenido de metilación por doble corte con enzimas de restricción sensibles” (MCSeEd). En las regiones diferencialmente metiladas se lograron encontrar genes vinculados al modo reproductivo, como BABYBOOM, ubiquitinas, FBox y subtilisinas. Podría afirmarse que tanto el estrés interno como externo ejerce una gran influencia sobre el modo reproductivo de E. curvula, modificando la expresión del carácter apomixis en plantas apomícticas facultativas. / Apomixis is a type of clonal reproduction, where neither meiosis nor fertilization occurs in seed formation. There is a close relationship between apomixis and ploidy level, since in most of the apomictic species diploid genotypes are sexuals and polyploids are apomictics. Usually, apomictic plants are facultative, being some of the seeds sexuals in origin. Although it is known that this trait is regulated by one or more genomic regions, numerous evidences of epigenetic mechanisms that regulate its expression have been found. Knowing the factors that determine apomixis could have a great impact on agriculture. Eragrostis curvula, commonly known as weeping lovegrass, is a forage grass native to southern Africa, which includes genotypes with different ploidy levels (from 2X to 8X, with X = 10) and that can be sexuals or apomictics (facultative or obligate). Our work group carried out several studies on this model species, especially related with the apomixis character, both at the structural and functional genetic level. The objective of this thesis was to contribute to the elucidation of the genetic and epigenetic bases that regulate one of the components of apomixis (apomeiosis) in E. curvula. A segregating mapping population was generated for the apomixis trait from the cross between two tetraploid genotypes, one sexual (OTA-S) and the other one facultative apomictic (Don Walter). Genotyping was performed with DArT-SNP markers and phenotyping using cytoembryological techniques and a dominant molecular marker. The linkage map was made up of 20 linkage groups (LGs), with the apomeisis locus (APO locus) located on GL1, where three SNP markers 100 % linked to the APO locus were also located. All of this 100 % linked SNPs have homology with proteins, two of these annotated in databases. A synteny analysis was performed between the GLs of the consensus map and the E. curvula reference genome (cv. Victoria), which allowed all the GLs to be associated to any of the contigs and to find the GLs that would potentially correspond to each allotetraploid genome (homeologs). For the validation of the markers, five KASP primers were design and performed, allowing to discriminate between the sexual or apomictic alleles of the ndividuals of the mapping population. Furthermore, in a second chapter, several results obtained by the work group were evaluated, demonstrating an influence of epigenetic regulation on the apomixis trait in E. curvula. To analyze the involvement of DNA methylation mechanisms in the regulation of apomixis under water stress conditions, DNA samples of inflorescences under different stress conditions were evaluated, using the “Methylation content sensitive enzime double-digest restriction-site-associated DNA” (MCSeEd) method. Some of the genes identified in the differentially methylated regions were found to be related to the reproductive mode, such as BABYBOOM, ubiquitin, F-box and subtilisin genes. It could be proposed that stress, both internal and external, has a significant influence in the reproductive mode of E. curvula, modifying the expression of the trait in facultative apomicts.
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Ubicación de secuencias genómicas de Solanum phureja en un mapa genético utilizando marcadores microsatélites

Martinez Corcino, Diana Susana January 2012 (has links)
El genotipo doble monoploide DM1-351644 de Solanum tuberosum Grupo phureja (DM) desarrollado por la Universidad de Virginia fue secuenciado por el Consorcio de Secuenciamiento del Genoma de la Papa (PGSC) en el Instituto de Genómica de Beijing teniendo como resultado una gran cantidad de super-scaffolds con posición genómica desconocida. Con el fin de contribuir a la orientación y posicionamiento de estos super-scaffolds se construyó un mapa genético. En este trabajo, se analizaron 100 nuevos marcadores microsatélites diseñados por el PGSC, de los cuales 37 marcadores se lograron posicionar en 12 grupos de ligamiento. Debido a la utilización de microsatélites con posición cromosómica conocida se pudo asignar estos grupos de ligamiento a los 12 cromosomas específicos de la papa. Con estos marcadores posicionados se pudieron ubicar 37 super-scaffolds, contribuyendo al conocimiento del orden de las secuencias genómicas con posición cromosómica desconocida productos del secuenciamiento del genoma de DM. El conocimiento del genoma será una herramienta importante para ser utilizada en los futuros programas de mejoramiento. Palabras claves: PGSC, super-scaffolds, microsatélites, polimofismo, segregación, distorsión, mapa genético. / --- A doubled monoploid DM1-351644 of Solanum tuberosum Grupo phureja (DM) developed by the University of Virginia was sequenced by the Potato Genome Sequencing Consortium (PGSC) at the Beijing Genomics Institute resulted in a lot of super-scaffolds with unknown genomic position. ´ In order to contribute to the orientation and positioning of these super-scaffolds, a genetic map was constructed. In this study, we analyzed 100 new microsatellite markers designed by PGSC, which 37 markers were achieved position in 12 linkage groups. Due to the use of microsatellites with known chromosomal position, these linkage groups could be assigned to the 12 specific chromosomes of potato. With these markers 37 super-scaffolds could be located, contributing to the knowledge of the order of genomic sequences from DM with unknown chromosomal position. The knowledge of the genome will be an important tool to be used in future breeding programs. Key words: PGSC, super-scaffolds, microsatellite, polymorphism, segregation, distortion, genetic map. / Tesis
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Identificación de regiones genómicas asociadas a contenido de proteína y fuerza de gluten utilizando mapeo por asociación en trigo candeal

Larsen, Adelina Olga 10 July 2018 (has links)
El contenido de proteína en grano y la fuerza de gluten son objetivos importantes en los programas de mejoramiento de trigo candeal (Triticum turgidum ssp. durum). Una serie de experimentos fue conducida en el sur de la provincia de Buenos Aires para determinar los días a espigazón, rendimiento, contenido de proteína en grano, peso de mil granos y fuerza de gluten en una colección de germoplasma de trigo candeal de base amplia (n=170). La colección fue genotipada con el array 35K para trigo y marcadores STS. Se determinó la estructura poblacional con un subconjunto de 1000 SNPs en bajo desequilibrio de ligamiento y se realizó el mapeo por asociación (MA) para los caracteres fenotípicos evaluados con 3745 marcadores. Fue posible encontrar asociaciones entre los cinco caracteres fenotípicos y los marcadores moleculares utilizados, confirmando regiones cromosómicas previamente informadas y en algunos casos, se encontraron QTLs novedosos. Fueron hallados cinco loci asociados a los días a espigazón en los cromosomas 2AS, 2B, 5A, 7A y 7B. Los SNPs asociados a peso de mil granos en el presente trabajo tendrían relación con QTLs/ genes encontrados por otros autores en regiones del genoma similares tanto en trigo pan como en candeal. Los marcadores hallados para contenido de proteína y rendimiento fueron considerados insuficientes al momento de buscar asociaciones genotipo-fenotipo en varios ambientes. Existe una región comprendida entre 7,46 - 36,42 cM del cromosoma 1B que sería responsable por la variabilidad en la fuerza de gluten observada en esta tesis. El MA realizado con variedades y líneas elite fue efectivo al momento de detectar varios de los QTL informados previamente en las mismas regiones cromosómicas a través del mapeo biparental. Los resultados sugieren que el MA podría ser una herramienta valiosa para identificar regiones genómicas para caracteres que se evalúan de manera rutinaria en los programas de mejoramiento de trigo. Las distintas configuraciones alélicas para los días a espigazón, peso de mil granos y fuerza de gluten serían el punto de partida para la selección asistida mediante varios marcadores moleculares. La eficiencia de selección sería similar a la selección fenotípica, con la ventaja de no requerir ensayos a campo ni análisis de calidad. Además, la información generada por esta tesis podrá ser utilizada holísticamente para la planificación de cruzamientos que aporten variabilidad en los programas de mejoramiento nacionales. / Grain protein content and gluten strength are major targets in wheat breeding programs (Triticum turgidum ssp. durum). A series of experiments was conducted in the south of Buenos Aires province to determine days to heading, yield, grain protein content, thousand kernel weight and gluten strength in a world-wide durum wheat germplasm collection (n=170). This collection was genotyped with the 35K array for wheat and STS markers. The population structure was determined using a subset of 1000 SNPs with low linkage disequilibrium and association mapping (AM) was performed for all the phenotypic characters using 3745 markers. It was possible to find associations between the five phenotypic characters and the molecular markers used, confirming previously reported chromosomal regions and in some cases, novel QTLs were found. Five loci associated with days to heading on chromosomes 2AS, 2B, 5A, 7A and 7B were found. The SNPs associated with thousand kernel weight found in this work would be related to other QTLs / genes previously reported in similar genome regions in bread and durum wheat. Markers found for grain protein content and yield were considered unsatisfactory when looking for genotype-phenotype associations in several environments. There is a region between 7.46 - 36.42 cM of chromosome 1B that would be responsible for the variability in gluten strength observed in this thesis. AM performed with varieties and elite lines was effective at the time of detecting several of the QTLs previously reported in the same chromosomal regions through biparental mapping. The results suggest that AM could be a suitable tool for identifying genomic regions for characters that are routinely measured in wheat breeding programs. The different allelic configurations for days to heading, thousand kernel weight and gluten strength would be the starting point for the assisted selection by several molecular markers in breeding programs. Selection efficiency would be similar to phenotypic selection, with the advantage of avoiding field trials or quality analysis. In addition, the information generated by this thesis could be used for planning crosses that contribute variability to national breeding programs.
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Propuesta de mejora de la productividad mediante la aplicación de la metodología de Manufactura Esbelta en el área de producción de una fábrica de calzados para damas / Proposal for improving productivity by applying the Methodology of Lean Manufacturing in the area of production of a women's shoes factory

Tamashiro Tamashiro, Eduardo, Yacarini Vadillo, César Javier 29 November 2018 (has links)
En el presente trabajo, se analizarán los principales beneficios de la aplicación de la metodología de Manufactura Esbelta en el área de producción de la empresa Jah’s Company S.A.C. Beneficios que también podrán ser alcanzados por las empresas PYME de la industria del calzado en general. La Manufactura Esbelta es mayormente conocida como Lean Manufacturing por su nombre en inglés. Cabe resaltar que la empresa Jah’s Company S.A.C. se dedica a la elaboración de calzado para damas con centro de operaciones en la ciudad de Lima-Perú. En este proyecto se parte de la hipótesis que los principales beneficios de la aplicación de la metodología en la empresa serán el aumento de la productividad y la disminución de los retrasos en la producción. Con respecto a la estructura del trabajo, este se divide en cinco capítulos; en el primero, se definen conceptos necesarios para la comprensión del proyecto; en el segundo, se describe a la organización en estudio; en el tercero, se elegirá la metodología más adecuada para demostrar la hipótesis anteriormente mencionada, en el cuarto capítulo se evaluarán propuestas de solución al problema existente, además se realiza una simulación con los distintos escenarios y en el quinto capítulo se realiza las conclusiones y recomendaciones a partir de todos los argumentos presentados en el proyecto de investigación. Estas conclusiones demuestran que el aumento de la productividad y la disminución de los retrasos en producción son los principales beneficios en la aplicación de la metodología. / In the present work, the main benefits of the application of the Lean Manufacturing methodology in the production area of the company Jah's Company S.A.C. will be analyzed. Benefits that can also be achieved by SMEs in the footwear industry in general. “Manufactura Esbelta” is better known as Lean Manufacturing by its English name. It should be noted that the company Jah's Company S.A.C. is dedicated to the development of footwear for ladies with operations center in the city of Lima-Peru. This project is based on the hypothesis that the main benefits of the application of the methodology in the company will be the increase in productivity and the reduction of production delays. With respect to the structure of the work, it is divided into five chapters; in the first, concepts necessary for understanding the project are defined; in the second, the organization under study is described; in the third, the most appropriate methodology will be chosen to demonstrate the aforementioned hypothesis, in the fourth chapter proposals for solving the existing problem will be evaluated, in addition, a simulation is made with the different scenarios and in the fifth chapter the conclusions and recommendations are made from all the arguments presented in the research project. These conclusions show that the increase in productivity and the reduction of production delays are the main benefits in the application of the methodology. Keywords: Lean Manufacturing; Mapping of the Value Chain; Eng. Of Methods; Kaizen, financial analysis, Promodel, Productivity / Tesis
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Implementación de un Mecanismo de Estructuración de Decisiones.

Navarro Gatica, Christian Alejandro January 2007 (has links)
La necesidad de tomar decisiones es algo fundamental para cualquier empresa, estas decisiones deben permitir que la empresa logre un desarrollo que la lleve a crecer. Esto lleva a una inevitable serie de reuniones, donde los miembros de la empresa puedan participar y exponer sus distintos puntos de vista para encontrar respuestas a las necesidades que se presenten. El problema con esta necesidad es el uso del tiempo, que puede ser un recurso escaso en el funcionamiento de la empresa, lo que lleva a requerir reuniones que maximicen la calidad de los resultados obtenidos. Uno se los puntos clave para lograr esto es una preparación cuidadosa de estas reuniones, tanto al definir los temas a discutir en forma precisa como al generar el material necesario para la reunión. Debido a esto se necesita un modo de representar esta preparación de un modo que todos los participantes puedan comprender y utilizar para comunicar sus aportes a la preparación de la reunión. Existen distintos modelos para representar esta información, que definen en forma clara esta estructura, lo que obliga a los usuarios a comprender esta estructura y a la inevitable necesidad de aprender a expresar sus ideas con los elementos que presenta el modelo para este proceso. Esto provoca un problema, ya que obliga a los usuarios a salir de la forma usual de comunicación que se utiliza entre personas, que es rico al momento de comprender y expresar ideas, pero complejo al momento de ordenarlo. Un sistema de reuniones distribuido presenta el beneficio de guardar información y tener acceso a ésta sin las barreras de la disponibilidad de tiempo, pero para ello se debe ahondar en los aspectos de la construcción de decisiones. Esto implica la necesidad de contar con un modelo de discusión, en el cual se pueda estructurar el proceso de construcción de decisiones. Dentro de los modelos disponibles, IBIS es simple pero con una gran capacidad para expresar de manera sencilla distintas ideas utilizando solo tres tipos de elementos (PreguntasRespuestas-Argumentos), pero el problema sigue siendo la rigidez que se presenta a los usuarios. El mecanismo que se presenta en este trabajo evita este problema y guía a las personas en el proceso de convertir sus ideas a una estructura que siga el modelo IBIS y así lograr un material útil para la realizar la reunión. A través de etapas, y la guía de personas entendidas en este modelo de discusión, se logra transformar la información del leguaje que utilizan las personas para expresar sus posiciones, a una presentación de ideas en una forma organizada que puede ser útil para otras personas, utilizando los elementos del modelo IBIS.
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Spatial analysis of vicugna’s habitat in a Peasant Community in Nor Yauyos Cochas Landscape Reserve / Análisis espacial del hábitat de la vicuña en una Comunidad Campesina en la Reserva Paisajística Nor Yauyos Cochas

Korswagen Eguren, Stefanie 10 April 2018 (has links)
In Peru, research and practices that contribute to Andean natural resources’ sustainable management are needed. The Nor Yauyos Cochas Landscape Reserve is home to a wild vicugna population, which can be viewed as a key resource for conservation and sustainable development. However, some activities of Tanta Peasant Community impact negatively on vicugna’s habitat. The research aimed to determine spatial relations and impacts of Tanta’s activities on vicugna’s habitat and distribution over communal territory.A participatory mapping workshop was applied to determine vicugna’s actual distribution and local activities that could influence vicugna’s habitat. The species’ potential habitat was estimated with a species distribution model named Maxent. Spatial relations between vicugna’s actual distribution, its potential habitat and communal activities were analysed. Results indicate that potential habitat is determined by environmental conditions, while human presence and domestic livestock determine vicugna’s actual distribution. Based on the research process, recommendations relating vicugna’s sustainable management in the study area are given.The results are valuable to local community and conservation agents. Main contributions consist in generating a space for exchanging knowledge during the workshop, as well as the integration of analysis methods in physical and human geography. / En el Perú son necesarias investigación y prácticas que contribuyan al manejo sostenible de los recursos alto-andinos. La Reserva Paisajística Nor Yauyos Cochas alberga una población silvestre de vicuñas, que pueden ser clave para la conservación y desarrollo sostenible. Sin embargo, en la Comunidad Campesina de Tanta algunas actividades impactan negativamente en el hábitat de la vicuña. La investigación buscó determinar las relaciones espaciales e impactos de las actividades de la Comunidad Campesina de Tanta sobre el hábitat y la distribución de la vicuña en el territorio comunal. Mediante un taller de mapeo participativo se determinaron la distribución actual de las vicuñas y las actividades comunales que pueden influir sobre su hábitat. El hábitat potencial de la especie se estimó con el modelo de distribución de especies Maxent. Se analizaron las relaciones espaciales entre la distribución actual de la vicuña, su hábitat potencial y las actividades comunales. Los resultados indican que el hábitat potencial está determinado por condiciones ambientales, mientras que la distribución actual está determinada por la presencia humana y del ganado doméstico. En base al proceso de investigación se incluyen recomendaciones en relación al manejo sostenible de la vicuña en el área de estudio. Los resultados son de interés para la comunidad local y agentes de conservación. Aportes principales consisten en la generación de un espacio de intercambio de conocimientos en el taller, así como la integración de métodos de análisis en geografía física y humana.
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Reingeniería y Optimización: Sistema de Mapeo Digital

Rodrigo Basualto, José Miguel January 2007 (has links)
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Predicción de robo de vehículos basado en redes neuronales alimentadas por datos espacio temporales e imágenes de Google street view

Cabargas Carvajal, Pablo Antonio January 2019 (has links)
Memoria para optar al título de Ingeniero Civil Eléctrico / El presente trabajo tiene como objetivo principal la predicción de robos de vehículos en la ciudad Santiago de Chile, mediante la confección de un modelo de Redes Neuronales que se alimente de información gráfica, socioeconómica y temporal de un sector geográfico de robo. Para ello se utiliza la base de edatos de robos de vehículos de la Asociación de aseguradoras de autos de Chile (AACH), y a cada muestra se le asignan cuatro imágenes de Google Street View, 15 características socioeconómicas extraídas del Instituto Nacional de Estadística (INE) y de la Infraestructura de Datos Geospaciales de Chile (IDE), en conjunto con la temperatura en la fecha del incidente y la cantidad de incidentes cercanos que ocurren en el mes anterior. Esta memoria está enmarcada en el proyecto Fondef ID16I10222, liderado por los profeso- res Richard Webe y Ángel Jiménez del departamento de Ingeniería Industrial de la Univer- sidad de Chile. Para alcanzar el objetivo señalado al comienzo ,se propone un modelo de red neuronal alimentado por joint features y deep features; esto es que la red neuronal aprende de dis- tintos formatos de información como lo son datos estadísticos e imágenes. Además, en el caso de las imágenes, no son utilizadas directamente sino que se extraen carecterísticas de ellas, mediante una segunda red convolucional denominada Alexnet. Para entrenar la red es necesario disponer de zonas seguras, para lo cual se organiza la base de datos de ro- bos por fecha y se agrupa por mes, períodos en los cuales se denotan como zonas seguras aquellas que en el presente mes no posean a la redonda de 500 metros una ubicación de robos. El principal resultado esperado de la aplicación de este modelo es la obtención de proba- bilidades por zonas en una grilla de 0.01 grados de latitud y longitud sobre Santiago de Chile que puede ser representado como un heatmap de riesgo en la ciudad. Del modelo presentado, utilizando el conjunto completo de características se obtiene un 97.7% de accuracy, un 95% de precisión , un 98.9% de recall y un 97% de F1. Además al hacer reducción de características mediante Recursive feature selection y seleccionar las principales 1000 características, se obtiene un 92.96 % de accuracy, un 93.46 % de precisión, un 92.09 % de recall y un 92.77 % de F1. Con esto se concluye que el desempeño del modelo propuesto efectivamente permite una alta tasa de clasificación y además permite la creación de una representación gráfica. / Fondef 16I10222

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