Embora já existam estudos anteriores a respeito da estrutura de população em cana-deaçúcar, até o momento nenhum estudo foi feito usando marcadores SNPs gerados a partir de plataformas de genotipagem de larga escala, como por exemplo, Sequenom iPLEX MassARRAY. No presente trabalho, foi investigada a estrutura populacional no painel brasileiro de variedades de cana-de-açúcar. Esse painel é formado por materiais elites, ancestrais importantes e cultivares utilizados em programa de melhoramento. Um total de 1033 marcadores SNPs foram utilizados para genotipar os acessos do painel. A classificação dos dados feita usando o software SuperMASSA. A estrutura de população foi analisada por meio de análise de componentes principais (ACP), análise de agrupamentos e usando o software STRUCTURE. Devido ao fato que no software STRUCTURE não é possível dados de marcadores moleculares provenientes de espécies poliploides com aneuplodia frequente, o conjunto de dados foi separado e analisado de acordo com nível de ploidias dos SNPs. Com a finalidade de comparar os resultados, foi feita uma análise de coordenadas principais na matriz de distância, com os elementos definidos por 1 - coeficiente de parentesco. A análise de componentes principais revelou presença de estrutura de população. O primeiro componente separou o acesso IN84-58 (S. spontaneum) dos outros acessos que por sua vez estão separados em três grupos: o primeiro grupo formado pelos acessos que são S. sinense, o segundo grupo formado pelos cultivares modernos de cana-de-açúcar e o terceiro grupo formado por acessos que são espécies S. officinarum. Resultados da análise de agrupamento usando distância de alelos compartilhados são condizentes com resultados da ACP. Por outro lado, análise de coordenadas principais e método de agrupamento UPGMA usando o coeficiente de parentesco mostraram uma maior dissimilaridade genética entre os acessos separando as progênies do cultivar RB72454 do grupo formado pelos genitores e ou progenies do cultivar NA56-79. A diferença entre os resultados da análise de componentes principais e de coordenadas principais é devido principalmente a pressuposições nas estimativas do coeficiente de parentesco que são irrealísticas. Com relação a análise feita com o software STRUCTURE, o número de subpopulações e a matriz Q estimada variou de acordo com nível de ploidia dos marcadores. De um modo geral, as análises de estrutura de população mostrou que há evidências de estreitamento da base genética dos acessos devido a cruzamentos recorrentes de indivíduos aparentados. Espera-se que estas informações sejam importantes para o mapeamento associativo e melhoramento genético da espécie. / Although there are several studies inferring population structure in sugarcane, none of them have yet used SNP markers generated from high-throughput platforms, such as, Sequenom iPLEX MassARRAY platform. In this study, it was investigated the population structure in a Brazilian panel of sugarcane varieties. This panel is comprised by elite breeding materials, important ancestors, and cultivars mostly used by breeding programs. 1,033 SNP markers were scored. SNP genotype calling was made using software SuperMASSA. The population structure was analyzed via principal components analysis (PCA), cluster analysis and using the software STRUCTURE. Due to the fact that STRUCTURE is not possible to analyze molecular markers data scored on species withmixed ploidy level, the dataset was separated and analyzed according to SNPs level ploidy estimates. With purpose of comparing the results, it was made a principal coordinate analysis (PCO) of distance matrix, with elements defined by 1 - kinship coefficient. The principal components analysis revealed some structure. The first component separated out IN84-58 (Saccharum spontaneum) from the others acessions, whereby these others acessions were allocated in three groups, comprised by S. sinense species, sugarcane modern cultivars and S. officinarum species. Results from cluster analysis using allele shared distance are in agreement with PCA results. On the other hand, principal coordinates analysis and UPGMA hierarchical clustering method based on kinship coefficient showed a broader genetic dissimilarity between acessions, allocating RB72454 progenies apart from its parents and/or progenies of NA56-79. The difference of results between PCA and PCO are mainly due to irrealistics assumptions in the calculation of kinship. Regarding analysis from the STRUCTURE, the number of subpopulations and Q matrix estimated varied with level ploidy. In general, the study of population structure showed some evidence of narrow genetic distances between accessions, due to recurrent crosses between related individuals. The information presented hereby could be important for association mapping and sugarcane breeding program.

Heliothis virescens (Fabricius) é uma das pragas-alvo do algodão geneticamente modificado que expressa a proteína Cry1Ac de Bacillus thuringiensis Berliner (Bt). Estudos sobre a suscetibilidade de H. virescens à proteína Cry1Ac e sobre a estrutura genética e padrões de fluxo gênico nas escalas locais e regionais desse inseto são fundamentais para a implementação de programas de Manejo da Resistência de Insetos (MRI) no Brasil. Dessa forma, os principais objetivos do trabalho foram: (a) avaliar a suscetibilidade à proteína Cry1Ac em populações de H. virescens coletadas nas principais regiões produtoras de algodão no Brasil (Bahia, Goiás, Mato Grosso e Mato Grosso do Sul) durante as safras agrícolas 2007/08 e 2008/09; e (b) avaliar a variabilidade genética e fluxo gênico de populações de H. virescens provenientes das culturas de algodão (safras 2007/08, 2008/09 e 2009/10) e de soja (safra 2009/10) utilizando sequências de DNA mitocondrial (DNAmit). As linhas-básica de suscetibilidade à proteína Cry1Ac foram estabelecidas mediante o uso de lagartas neonatas, por meio de bioensaios de incorporação das diferentes concentrações da proteína em dieta artificial. Para avaliar a variabilidade genética e o fluxo gênico entre populações de H. virescens utilizou-se sequências de DNAmit das subunidades I e II da citocromo oxidase COI e COII e a subunidade 6 da desidrogenase dinucleotídica da adenina nicotinamida nad6. As CLs50 estimadas variaram de 0,18 a 0,66 µg de Cry1Ac/mL de dieta para as populações coletadas na safra 2007/08 (variação de 3,7 vezes). Da mesma forma, as concentrações efetivas médias para a inibição do desenvolvimento larval (CE50) variaram de 0,0053 a 0,0161 µg de Cry1Ac/mL dieta (variação de 3,0 vezes). A partir da análise conjunta dos dados de concentração-mortalidade de todas as populações avaliadas, foram definidas e validadas as concentrações diagnósticas de 3,1 e 5,6 µg de Cry1Ac/mL de dieta para programas de monitoramento da resistência de H. virescens à proteína Cry1Ac no Brasil. Baseadas em análises de agrupamento (Neighbor-Joining e Análise de Componentes Principais) e Bayesiana (Structure) foram verificadas uma baixa estruturação entre as populações de H. virescens de diferentes regiões, bem como para aquelas coletadas em plantas hospedeiras diferentes. As análises de AMOVA também indicaram baixa estruturação genética entre as populações de H. virescens estudadas independente da cultura (Fst= 0,019) ou escala geográfica (Fst= 0,012), sugerindo um nível significativo de fluxo gênico. Em média, a distância genética entre as amostras foi de 0,1%. Uma rede de haplótipos obtida com os dados combinados resultou em 35 haplótipos, com quatro haplótipos únicos presentes somente nas amostras coletadas em soja. A principal característica dessa rede é a forma de estrela na distribuição dos haplótipos, bem como a ocorrência de muitos alelos em baixa frequência. Esse tipo de rede é característico de populações que passaram por uma recente expansão populacional e, de fato, a história demográfica de H. virescens, baseada no teste de distribuição da diferença genética par-a-par entre haplótipos (distribuição de Mismatch) e nos resultados negativos nos testes de neutralidade seletiva indicam também um episódio de expansão populacional recente. As informações obtidas no presente trabalho serão fundamentais para o acompanhamento da efetividade das estratégias de manejo da resistência de H. virescens à proteína Cry1Ac no Brasil. / The tobacco budworm, Heliothis virescens (Fabricius), is one of target pests of genetically modified cotton expressing Cry1Ac insecticidal protein derived from Bacillus thuringiensis Berliner. Studies on susceptibility of H. virescens to Cry1Ac and the genetic structure and gene flow patterns at local and regional levels are crucial for establishing an Insect Resistance Management (IRM) program for Bt cotton in Brazil. Thus, the objectives of this study were (a) to evaluate the susceptibility of field-collected populations of H. virescens to Cry1Ac from major cotton-growing regions in Brazil (Bahia, Goiás, Mato Grosso and Mato Grosso do Sul) in the cropping seasons of 2007/08 and 2008/09; and (b) to evaluate the genetic variability and gene flow among H. virescens populations from cotton (2007/08, 2008/09 and 2009/10 cropping seasons) and soybean (2009/10 cropping season) with mitochondrial DNA markers. Baseline susceptibility data to Cry1Ac protein were estimated with neonate larvae thereby using diet incorporation bioassays. Genetic variation and gene flow among H. virescens populations were evaluated by using mitDNA sequences of cytochrome oxidase subunities I and II COI e COII and the subunity 6 of dinucleotide dehydrogenase of adenine nicotinamide nad6. The estimated LC50 values varied from 0.18 to 0.66 µg of Cry1Ac/mL of diet among the 2007/08 populations (3.7 fold variation). Similarly, the EC50 values based on growth inhibition ranged from 0.0053 to 0.0161 µg of Cry1Ac/mL of diet for the 2007/08 populations (3.0 fold variation). A joint analysis of the mortality data across all tested populations was used to develop candidate diagnostic concentrations for future monitoring programs. The proposed diagnostic concentrations of 3.1 and 5.6 µg of Cry1Ac/mL of diet were validated against field-collected populations from 2008/09 and will form the basis for future resistance monitoring programs with H. virescens. Based on cluster analysis (Neighbor-Joining and Principal Coordinate Analysis) and Bayesian analysis (Structure), a low structure was detected among H. virescens populations either by regions or host plants. AMOVA analysis also indicated low genetic structure among H. virescens populations across crops (Fst= 0.019) or geographic scale (Fst= 0.012), suggesting a significant gene flow. The mean genetic distance among samples was 0.1%. The haplotype network obtained with joint data resulted in 35 haplotypes, with four unique haplotypes present only in samples collected from soybean crop. The major characteristics of the haplotype network were the star-like pattern and the occurrence of many alleles at low frequencies. This type of network is typical for populations that passed through a recent population expansion and, in fact, the demographic history of H. virescens, based on distribution test of pair-wise genetic difference among haplotypes (Mismatch distribution) and negative results from tests of selective neutrality also indicate an episode of a recent population expansion.

A espécie arbórea Copaifera langsdorffii foi utilizada como modelo de estudo para manutenção da estrutura demográfica, diversidade genética e do fluxo gênico aparente entre as Unidades de Conservação (UCs) e em propriedades particulares rurais (PPRs) no cerrado do Estado de São Paulo. Para tanto, utilizou-se oito locos microssatélites nucleares específicos de C. langsdorffii; e foram mapeados, mensurados e genotipados ao todo 400 indivíduos com DAP 5 cm em quatro áreas nas cidades de Assis, Itirapina e Brotas. Em Assis foram amostrados 100 indivíduos na Estação Ecológica de Assis (EEA) e 100 indivíduos em uma PPR a 13 km de distância da EEA. Em Itirapina 100 indivíduos foram amostrados na Estação Ecológica de Itirapina (EEI) e 100 indivíduos numa PPR em Brotas a 24 km de distância da EEI. As populações em propriedade particulares rurais e unidades de conservação apresentaram alta diversidade genética. Contudo as PPRs tiveram um número maior de alelos exclusivos do que as UCs, indicando que as populações nas PPRs necessitam urgentemente de planos de manejo para conservar esses alelos exclusivos que podem conferir às populações do cerrado vantagens adaptativas. Todas as populações apresentaram fraca estrutura genética espacial, porém significativa por volta de 20 m de distância, indicando uma dispersão restrita de sementes. Foi observado nas populações analisadas um alto índice de fixação que, provavelmente, deve-se à sobreposição de gerações. A estimativa do tamanho efetivo das populações sugere que tanto as UCs quanto as PPRs têm área mínima viável para a conservação in situ das respectivas populações. A divergência genética entre as populações foi alta segundo o estimador \' ST G e o fluxo gênico aparente entre as UCs e PPRs foi baixo, sendo insuficiente para contrapor os efeitos da deriva genética. A alta porcentagem de alelos raros encontrados nas populações, provavelmente, evidencia o comprometimento das mesmas com a perda de diversidade genética, através da deriva genética. É fundamental a conservação de remanescentes de cerrado em áreas particulares rurais, para que seja mantida a manutenção do potencial evolutivo da espécie no longo prazo. A C. langsdorffii mostrou-se ser uma espécie eficiente para estudos comparativos em áreas de cerrado, provavelmente devido à sua ampla abrangência e alta densidade populacional. / The tree species Copaifera langsdorffii was used as a model for maintaining the population structure, genetic diversity and gene flow between Protected Areas (PAs) and Rural Private Properties (RPPs) in the cerrado of São Paulo State. For this purpose, eight nuclear microsatellite loci specific of C. langsdorffii were used, and altogether 400 individuals were mapped, measured and genotyped with DHB 5 cm in four areas in the municipalities of Assis, Itirapina and Brotas. In Assis, 100 individuals were sampled at the Assis Ecological Station (AES) and 100 individuals in a RPP 13 km away from the EEA. In Itirapina 100 individuals were collected at the Itirapina Ecological Station (IES) and 100 individuals in a RPP in Brotas 24 km away from the IES. The populations in RPPs and PAs showed high genetic diversity. However the RPPs had a greater number of exclusive alleles than the PAs, indicating that the populations of RPPs are in urgent need of management plans to conserve such alleles, which can confer to the populations of cerrado adaptive advantages. All populations showed weak spatial genetic structure, but significant around 20 m away, indicating a restricted dispersal of seeds. It was observed in the populations analyzed a high fixation rate which is probably due to the overlapping of generations. The estimated effective size of populations suggests that both PAs and RPPs have minimum viable area for in situ conservation of their populations. The genetic divergence among populations was high according to estimator \' ST G and the apparent gene flow between PAs and RPPs was low, insufficient to counteract the effects of genetic drift. The high percentage of rare alleles found in populations probably demonstrates the compromising condition of the populations with loss of genetic diversity through genetic drift. The conservation of cerrado fragments in rural private properties is essential to ensure the evolutionary potential of species in the long term. C. langsdorffii proved to be an efficient species for comparative studies in cerrado areas, probably due to its wide coverage and high population density.

Este estudo trata da estrutura e diversidade genética de uma espécie típica do Cerrado brasileiro, Qualea grandiflora Mart (Vochysiaceae), presente nas diversas fisionomias do bioma. Foram desenvolvidos oito locos microssatélites para analisar 420 amostras de indivíduos adultos pertencentes a quatro populações distribuídas no estado de São Paulo, sendo três delas em unidades administradas pelo Instituto Florestal de São Paulo (Assis, Itirapina e Pedregulho) e uma em propriedade particular (Brotas) além de 300 progênies coletadas de 25 matrizes na área de estudo em Assis. Os resultados mostraram a ocorrência média de 12,9 alelos por loco, sendo que o número médio de alelos efetivos foi seis, além de terem sido encontrados 26 alelos exclusivos nas populações. A média dos valores de Heterozigosidade esperada foi de 0,803 enquanto de Heterozigosidade observada foi de 0,512. O Conteúdo de Informação Polimórfica (PIC) variou de 0,708 a 0,801 nos locos estudados. A média dos valores de fixação foi de 0,349 indicando a presença de endogamia nas populações. Não há presença de clones em nenhuma população. O teste de adesão ao Equilíbrio de Hardy Weinberg confirma o desvio de equilíbrio em todas as populações. Há formação de estrutura populacional nas primeiras classes de distância em todas as populações estudadas, variando de 30 a 40 metros e há uma formação de 3 possíveis grupos de genótipos. A influência do efeito Wahlund foi variável nas populações (de 8,5% até 53,3%). As estimativas de tamanho efetivo populacional foram baixas (menos de 10 indivíduos) e a área mínima viável foi estimada de 4 a 184 hectares, considerando estimativas de curto, médio e longo prazos. Com relação ao sistema reprodutivo, os resultados indicam que Q. grandiflora Mart se reproduz por cruzamentos entre indivíduos parentes e não parentes (0,913). A taxa uniloco foi de 0,632, indicando que há mais cruzamentos entre não aparentados do que aparentados. A taxa de autofecundação foi baixa (0,087) indicando que a espécie é alógama, com pouca pré disposição para autofecundação. Aproximadamente 35% das plantas dentro de progênies eram parentes no grau de irmãos-completos e aproximadamente 57% eram meios-irmãos. Além disso, aproximadamente 8% das progênies eram irmãos de autofecundação. O coeficiente de coancestria estimado nas progênies foi de 0,139 enquanto o índice de fixação foi de aproximadamente 27%. A estimativa do tamanho efetivo indicou que a representatividade genética da descendência é inferior à esperada em progênies de cruzamentos aleatórios: as amostras analisadas correspondem a apenas 13,2 indivíduos de uma população panmítica ideal. Os resultados demonstram que a espécie possui potencial para conservação genética in situ embora a coleta de sementes para manter o tamanho efetivo deva utilizar de um número elevado de árvores. Sugere-se que as áreas estudadas sejam tratadas como Unidades Significativas Evolutivas (USE) e como Unidades Independentes para o Manejo (UIM). / This study deals with the structure and genetic diversity of a species typical of the Brazilian Cerrado, Qualea grandiflora Mart (Vochysiaceae), present in different physiognomies of this biome. We developed eight microsatellite loci to analyze 420 samples of adult individuals from four populations distributed in the state of São Paulo, three of them in units managed by the Forestry Institute of Sao Paulo (Assis, Itirapina and Pedregulho) and one in a private property (Brotas). We also analyzed 300 progeny collected from 25 matrix in Assis. The results showed an average occurrence of 12.9 alleles per locus. The average number of effective alleles was six, and 26 exclusive alleles were found in the populations. The average expected heterozygosity was 0.803 while the observed heterozygosity was 0.512. The polymorphic information content ranged from 0.708 to 0.801 at the loci studied. The mean fixation was 0.349, therefore indicating the presence of inbreeding within populations. There is no presence of clones in the populations. The test of adherence to the Hardy Weinberg Equilibrium confirms the deviation from equilibrium in all populations. There is formation of population structure in the first distance classes in all populations studied, ranging from 30 to 40 meters, and there is a formation of three possible genotype groups. The influence of the Wahlund effect varied among populations (from 8.5% to 53.3%). The effective population size estimates were low (less than 10 individuals) and the minimum viable area was estimated between 4 to 184 hectares, taking into account estimates of short, medium and long terms. Regarding the reproductive system, results indicate that Q. grandiflora Mart reproduces by crosses between relatives and unrelated individuals (0.913). The single locus rate was 0.632, indicating that there are more crosses between unrelated than related individuals. The self-fertilization rate was low (0.087), therefore indicating that the species is allogamous, with little predisposition for self-fertilization. Approximately 35% of the plants within progenies were full-sibs and approximately 57% were half-sibs. In addition, approximately 8% of progenies were self-fertilized brothers. The estimated coefficient of coancestry in progenies was 0.139, while the rate of fixation was about 27%. The estimated effective size indicated that the genetic representativeness of the offspring is lower than the expected in random cross progenies: the samples analyzed account for only 13.2 individuals in a ideal panmitic population. The results show that this species has potential for in situ genetic conservation, although the collection of seeds to maintain the effective size should use a large number of trees. It is suggested that the studied areas be treated as evolutionary significant units and as independent units for management.

Amostras populacionais de Oc. scapularis foram coletadas nos municípios de Tremembé-SP (TRE), São Paulo-SP (SPA) e Itaboraí-RJ (ITA). Foram empregados como marcadores biológicos: o gene mitocondrial Citocromo Oxidase Subunidade-1 (COI), geometria alar e análise da genitália masculina. Tais marcadores são tradicionalmente reconhecidos pelo poder discriminante em estudos desta natureza. As populações ITA, TRE e SPA mostraram-se distintas quanto à forma alar, sugerindo baixo fluxo gênico entre elas. Foi verificado dimorfismo sexual em relação ao tamanho isométrico, à forma alar e ao grau de diferenciação populacional. A população de ITA apresentou menor tamanho dos centróides que as demais populações estudadas. Foi verificado amplo polimorfismo genético, tendo sido detectados 51 haplótipos de COI e apenas 11 compartilhados entre as populações ITA, TRE e SPA. Quando comparados com as populações de estudo anteriormente realizado por Devicari, 2010 encontramos um padrão parecido. Analisando conjuntamente os presentes dados com aqueles obtidos por Devicari, 2010, computamos 52 haplótipos sendo apenas alguns compartilhados. Os valores do índice de diferenciação genética <font face=\"Symbol\">Fst observados foram moderados somente entre SPA e ITA, nas demais populações estudadas a diferenciação foi baixa, a diferenciação observada foi compatível com a hipótese de distanciamento geográfico das populações coletadas. Analisando cada marcador biológico, concluímos que as populações estudadas não se tratam de complexo de espécies. Ainda não descartamos a existência de complexo dentro de Oc. scapularis, porém, para definitiva resposta a essa questão serão necessários mais estudos envolvendo populações de outras regiões. / Samples of Oc. scapularis were collected in the municipalities of Tremembé-SP (TRE), São Paulo-SP (SPA) and Itaboraí-RJ (ITA). We used the following biological markers: mitochondrial cytochrome oxidase subunit-1 gene (COI), wing geometry and shape of male genitalia. These markers are traditionally known by its discriminating power in studies of this nature. ITA, SPA and TRE populations, showed distinct wing shape, suggesting low gene flow. We observed sexual dimorphism concerning the isometric size, wing shape and the degree of populational differentiation. ITA sample exhibited the lowest centroid sizes. We found high genetic polymorphism in all populational samples, being 51 COI haplotypes. Out of them, only 11 haplotypes were noted to be shared between at least two or three populations. When comparing our results with those of a previous survey conducted by Devicari (2010), we found a quite similar pattern of hign polymorfism. In total, both studies comprised 52 haplotypes. The <font face=\"Symbol\">Fst index of genetic differentiation values were considered \"moderate\" between ITA and SPA and \"low\" in the other comparisons. Present results are consistent with the hypothesis that populations are subjected to isolation by geographical distance. Analyzing together each biologcal marker, we conclude that populations studied do not consist a species complex. We do not rule out the possible occurence of a complex in Oc. scapularis, however, a definitive answer to this question will require further studies and sampling of populations from elsewhere.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:28Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-05-11Bitstream added on 2014-06-13T19:00:37Z : No. of bitstreams: 1 lopesdamasio_lr_dr_sjrp.pdf: 3859789 bytes, checksum: 72de940d35ca5c80e26c827371daa287 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Partindo de um enfoque teórico geral baseado na concepção Coseriana (1975) de sincronia, diacronia, história e mudança linguística, em direção a um específico, sobre um tipo de mudança que faz emergir itens/construções gramaticais a partir de itens/construções lexicais ou menos gramaticais, via processo de gramaticalização (TRAUGOTT, 1995; TRAUGOTT e KÖNIG, 1991), conjugado aos pressupostos analíticos da perspectiva textual-interativa, assentada numa concepção pragmática de linguagem e texto (JUBRAN, 2006), e numa orientação teórico-metodológica fundamentada no conceito de diacronia não-ideal e, consequentemente, no de Tradição Discursiva (KABATEK) esta pesquisa, vinculada ao “Projeto para História do Português Paulista”, analisa assim e suas formas correlatas: assim como, mesmo assim e assim que no que tange: (i) ao seu funcionamento tópico geral, especificamente com enfoque nos aspectos semântico-formais e nos processos de junção instaurados; e (ii) aos processos de repetição, correção, paráfrase e parêntese, em diferentes Tradições Discursivas (TDs). O estudo é direcionado pela tese de que as TDs devem ser consideradas na investigação da mudança por GR, já que afetam ambas as perspectivas, interna e externa, de abordagem linguística: afetam a interna, quando esta pretende reconstruir uma diacronia única e linear, já que faz referência direta à realidade de língua concreta, conforme concepção coseriana. Os resultados comprovam a existência dessa relação entre TD e o caminho de mudança do item focalizado, a partir da constatação de que: enquanto determinados aspectos gramaticais se desenvolvem mediante pressões contextuais favorecidas pelas características de determinadas TDs, outros se desenvolvem independentemente delas. Comprova-se, também, a existência de uma relação entre processos de constituição textual... / Starting from a general theoretical approach based on the Coseriana conception (1975) of synchrony, diachrony, history and linguistic change, towards a particular subject, about one type of change that makes grammatical items/constructions emerge from lexical or less grammatical items/constructions, through the process of Grammaticalization (TRAUGOTT, 1995; TRAUGOTT and KÖNIG, 1991), conjugated to the analytical presuppositions of the textual-interactive perspective, established on a pragmatic conception of language and text (JUBRAN, 2006), and on a theoretical-methodological orientation based on the concept of the non-ideal diachrony and, consequently, on the concept of Tradição Discursiva – TD (Discursive Tradition), this research, linked to the “Projeto para História do Português Paulista” (Project for the History of Paulista Portuguese), analyses assim and its correlated forms: assim como, mesmo assim and assim que , as of the following: (i) its general topic function, specifically focused on the semantic and formal aspects and on the established processes of linking; and (ii) the processes of repetition, correction, paraphrase and parenthesis, in different Discursive Traditions – TDs. The study is based on the thesis which states that the TDs must be considered when investigating the change for GR, as they affect both inner and outer perspectives of linguistic approach: they affect inner perspective when it aims at reconstructing a single and linear diachrony, as it is directly related to the reality of concrete language, according to the coseriana conception. The results verify the existence of that relation between the TD and the change of the focused item, from the confirmation that: while specific grammatical aspects are developed according to context pressures supported by the features of specific TDs, others are developed without depending on them at all... (Complete abstract click electronic access below)

O gênero Paspalum L. compreende aproximadamente 400 espécies no mundo e cerca de 220 no Brasil. Paspalum é ecologicamente e economicamente importante e tem sido utilizado como pastagem. Paspalum notatum Flügge (grama-forquilha) é uma valorosa gramínea forrageira nos subtrópicos. Esta espécie consiste de vários biótipos sexuais (diplóides) e apomíticos (tetraplóides, ocasionalmente tri e pentaplóides). Neste trabalho, os Inter Simple Sequence repeat (ISSR) foram utilizados para acessar a diversidade genética da grama-forquilha (Paspalum notatum). Os tecidos vegetativos de 95 acessos de grama-forquilha foram obtidos de vários locais da América do Sul (Brasil, Argentina e Uruguai). Um total de 91 de fragmentos reproduzível ISSR foi observado. Oitenta e nove fragmentos (97,5% do total observado) foram polimórficos. A análise de agrupamento (UPGMA) foi realizada para o conjunto de dados ISSR. Os resultados ilustram as relações genéticas entre 95 acessos de Paspalum notatum. A comparação entre dados moleculares, morfológicos e nível de ploidia foi realizada. Em resumo, os marcadores moleculares ISSR mostraram-se eficientes para distinção dos genótipos analisados e observou-se uma variabilidade ampla para a espécie. Estes resultados adicionam novas informações sobre a diversidade genética em Paspalum notatum, conseqüentemente contribuindo para o conhecimento biológico desta espécie e fornecendo subsídios para futuros programas de melhoramento genético e para programas de conservação. / The genus Paspalum L. comprises approximately 400 species worldwide and about 220 in Brazil. Paspalum is ecologically and economically important, and has been very useful as pasture and Paspalum notatum Flügge (bahiagrass) is a valuable forage grass in the subtropics. This species consists of several sexual (diploid) and apomictic (tetraploid, ocasionally tri and pentaploids) biotypes. In this work, inter Simple Sequence Repeats (ISSR) markers were used to assess the genetic variability of a bahiagrass (Paspalum notatum) collection. Vegetative tissues of 95 bahiagrass accessions were obtained from various locations in South America (Brazil, Argentina and Uruguay). A total of 91 reproducible ISSR fragments were observed and eighty nine fragments (97.5% of the total observed) were polymorphic. Cluster analyses (UPGMA) were performed from the ISSR data set and the results illustrate the genetic relationships among the 95 accessions of Paspalum notatum. A comparison among molecular, morphological and ploidy levels data were done. ISSR markers were effective in distinguishing the genotypes analyzed, and a wide variability was observed for this species. These results add new information regarding the genetic diversity in Paspalum notatum, thus contributing towards the biological knowledge of this species, and providing with subsides for future plant breeding and conservation programs.

Ctenomys lami e C. minutus são espécies irmãs de roedores subterrâneos, pertencentes ao grupo filogenético torquatus do gênero Ctenomys. Estas espécies são indistinguíveis através da morfologia externa, no entanto C. lami foi recentemente descrita como uma nova espécie distinta de C. minutus devido às diferenças em seus cariótipos, principalmente com relação às formas dos cromossomos e números diplóides, os habitats distintos que ocupam e também pelas diferenças encontradas através de análises morfométricas de seus crânios e mandíbulas. Ambas as espécies são endêmicas da planície costeira do Sul do Brasil e apresentam um notável polimorfismo cromossômico. Ctenomys minutus se distribui em uma estreita faixa de dunas ou campos arenosos próximos da linha da costa, nos estados do Rio Grande do Sul (RS) e sul de Santa Catarina (SC). Apresenta números diplóides variando de 2n = 42 até 50 e números autossômicos (NA) de 68 a 80, compreendendo um total de 45 cariótipos descritos até o momento. Ctenomys lami é geograficamente restrito a uma área de 78 x 12 km, chamada Coxilha das Lombas, correspondente aos campos arenosos mais internos da planície costeira do RS. Apresenta 5 números diplóides variando de 2n = 54 a 58 e NA variando de 74 a 84, os quais combinados formam 26 cariótipos. Quatro blocos cariotípicas, denominados blocos A, B, C e D, foram descritos para esta espécie considerando os rearranjos Robertsonianos encontrados. Além disso, duas zonas híbridas intraespecíficas foram descritas, uma entre os blocos cariotípicos A x B e outra localizada entre os os blocos C x D. Ainda, nas proximidades da Lagoa dos Barros existem evidências da ocorrência de uma zona de hibridação interespecífica. Com os objetivos de acessar os padrões filogeográficos e populacionais dessas duas espécies, confirmar e caracterizar a zona híbrida interespecífica e providenciar informações para ajudar a traçar estratégias conservacionistas, foram analisados 2 fragmentos do DNA mitocondrial e 14 loci de microssatélites em 172 espécimes de C. lami, 340 espécimes de C. minutus e 19 possíveis híbridos, associados aos cariótipos de cada um dos espécimes e informações geomorfológicas a respeito do ambiente que ocupam. Para as duas espécies as descontinuidades no ambiente agem como um dos principais fatores estruturantes da variabilidade genética, representadas principalmente por cursos de água mais volumosos. Além disso, o isolamento pela distância também desempenha um papel importante no padrão de diferenciação populacional para as duas espécies, sendo mais evidente em alguns trechos da distribuição geográfica do que em outros. Não foram observadas associações diretas entre mudanças significativas na estrutura genética com os diferentes rearranjos cromossômicos encontrados tanto em C. lami quanto em C. minutus, demonstrando que os diferentes cariótipos presentes nestas espécies desempenharam, até o momento, um papel secundário na estrutura genética das populações. Apesar da ausência de clados reciprocamente monofiléticos para o DNAmt, C. lami e C. minutus são consideradas como duas espécies distintas com base nos resultados das análises citogenéticas, dos loci de microssatélites, pelas diferenças na morfologia do crânio e mandíbula e a distinção dos habitats que ocupam. A presença de uma zona de hibridação interespecífica foi confirmada, os 19 híbridos apresentaram cariótipos intermediários entre as espécies analisadas, genoma mitocondrial proveniente de C. minutus, e a composição dos loci de microssatélites provenientes de C. lami, levando a conclusão de que houve um cruzamento preferencial, ou até mesmo exclusivo, ao menos nos primeiros estágios da formação dessa zona híbrida, entre fêmeas de C. minutus com machos de C. lami. Os dados demonstraram também uma introgressão substancial do genoma nuclear de C. lami nos espécimes de C. minutus coletados nas proximidades da zona híbrida. Mediante o exposto, medidas conservacionistas devem ser tomadas focando conter o avanço da hibridação e introgressão entre essas espécies, além de preservar a integridade de populações puras que não sofrem a influência desses eventos. Além disso, sugerimos que C. minutus seja incluído em listas vermelhas de espécies ameaçadas como quase ameaçado, e C. lami como vulnerável. / Ctenomys minutus and C. lami are burrowing rodents that have been considered sister species of the torquatus group in the Ctenomys genus. These species are undistinguishable trough the external morphology, however C. lami were recently described as a separated species from C. minutus due to differences in their karyotypes, mainly regards the chromosomal forms and diploid numbers, the distinct habitats that these species occupy, and even by differences in the morphology of their skulls and mandibles. Both species are endemic to the southern Brazilian coastal plain and have notable chromosomal polymorphisms. Ctenomys minutus have a narrow distribution along the first dunes or sand fields near to the coast, in Rio Grande do Sul (RS) and Santa Catarina (SC) Brazilian states. This species presents diploid numbers ranging from 2n = 42 to 50, and the autosomal arm numbers (AN) ranging from 68 to 80, comprising a total of 45 karyotypes described until now. Ctenomys lami are geographically restricted to an area of 78 x 12 km, named as Coxilha das Lombas, corresponding to more internalized sandy fields of the RS coastal plain. This species have five diploid numbers from 2n = 54 to 58 and ten AN from 74 to 84, which combined formed 26 karyotypes. Four karyotypic blocks, named as Blocks A, B, C and D, were described for this species considering the Robertsonian rearrangements. Also, two intra-specific hybrid zones were reported for this species, one between blocks A x B, and another between blocks C x D. Near to the Barros Lake there are evidences of an interspecific hybrid zone between these species. The aims of this study are assess the phylogeographical and populational patterns for both species, to confirm and characterize the interspecific hybrid zone and provide informations to help future conservation decisions and management strategies for both species. For this, 2 fragments of mtDNA and 14 microsatellite loci were analyzed in 172 specimens of C. lami, 340 specimens of C. minutus, and 19 possible hybrids, associated to the karyotypes of each specimen sampled and geomorphological informations about the habitat occupied. In both species the environmental discontinuities act as effective geographical barriers to the gene flow, mainly major water streams. Moreover the isolation-by-distance also plays a key role in the pattern of genetic differentiation of populations, being more evident is some areas of the geographical distributions. There were no direct associations between distinct chromosomal rearrangements and genetic structures in both C. lami and C. minutus, evidencing that karyotypes do not play a causative role in the genetic structure of populations. The absence of monophyletic clades separating both species was not considered by us as enough evidence to detract C. minutus and C. lami to a single taxa, since all other analyses regarding the pattern retrieved in microsatellite data, cytogenetic analyzes, and morphological and habitat differences confirm their status as two separated sister species, only recently differentiated. The interspecific hybrid zone was strongly evidenced by 19 individuals with intermediate karyotypic forms between the species analyzed. All hybrids showed mtDNA content exclusively from C. minutus, and nuclear microsatellite composition from C. lami, suggesting that the hybrid zone was formed by a pattern of crossings between females of C. minutus with males of C. lami. Also, a substantial clinal introgression of the genomic content of C. lami into C. minutus individuals sampled around the hybrid zone was reported. Conservation efforts should focus in hold the progress of introgression, to preserve the integrity of pure populations. Moreover, C. minutus have to be included in red lists of endangered fauna as near threatened and C. lami have to be included as vulnerable.

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Vaccines with antigenic markers also known as differential vaccines have been largely used for control and prevention of bovine herpesvirus 1 (BoHV-1) infection. With this purpose, a Brazilian BoHV-1 isolate (SV56/90) was submitted to deletion of the glycoprotein E (gE) gene for a potential use in vaccines. BoHV-1 gE gene deletion was performed by homologous recombination, being the gE gene replaced by the green fluorescent protein (GFP) gene for selection. Upon co-transfection of MDBK cells with genomic viral DNA plus the GFP-bearing gE-deletion plasmid, three fluorescent recombinant clones were obtained (and nominated as BoHV-1ΔgE). The recombinant viruses formed smaller plaques in MDBK cells yet with similar kinetics and grew to similar titers to those of the parental virus, showing that gE deletion had no deleterious effect on the replication efficiency in vitro. Thirteen calves inoculated intramuscularly (IM) with the recombinant BoHV-1ΔgE developed virus neutralizing (VN) antibodies at day 42pi (titers from 2 to 16), demonstrating his ability to replicate and to induce a serological response in vivo. Furthermore, the serological response induced by the recombinant virus could be differentiated from that induced by wild-type BoHV-1 by the use of an anti-gE antibody ELISA kit. Experiments to determine the safety, immunogenicity and protection were performed with the BoHV-1ΔgE candidate vaccine strain. In the safety test, five three months-old calves were inoculated with approximately 10-100 times the usual vaccine dose (108.5TCID50 per animal). The inoculated animals remained healthy and did not shed virus, confirmed by the absence of virus in nasal secretions and lack of seroconversion by sentinel calves kept in contact. In addition, the recombinant virus was not shed upon dexamethasone administration (at day 42pi) showing the inability of reactivation and/or shedding after attempts of reactivation of latent infection. In the immunogenicity test, calves (8 to 10 months-old) were vaccinated once IM (group I, n=8) or subcutaneously (group II, n=9) with live BoHV-1ΔgE or twice (30 days apart) with inactivated virus plus aluminum hydroxide (group IV, n=13) or MontanideTM Gel 1 (Seppic - group V, n=14). As controls, three animals (group III) were vaccinated once IM with the parental virus. All calves vaccinated with live virus developed VN titers of 2 to 8 (group I, GMT: 2; group II, GMT: 1.65; group III, GMT: 1.65) at day 42pv. Animals of groups IV and V developed VN titers of 2 to 16 (GMT: 2.45) and 2 to 128 (GMT: 3.9), respectively. All calves vaccinated with the BoHV-1ΔgE remained negative in the gE ELISA. In a vaccination-challenge experiment, six calves (three to four-months-old) were vaccinated with live virus (107.3TCID50/animal) and four calves were kept as controls. Forty-seven days after vaccination, the calves were challenged with a heterologous BoHV-1 strain (107.5TCID50/animal) by the intranasal route. Vaccinated animals developed only mild and transient nasal signs comparing with the control calves. Virus shedding by vaccinated animals was also significantly reduced compared to controls. These results demonstrate that the recombinant BoHV-1ΔgE is safe/attenuated, immunogenic for calves both in a live or inactivated, adjuvanted vaccine formulation. Moreover, it induces a humoral response that can be distinguished from that induced by the wild type virus. Thus, the recombinant BoHV-1ΔgE presents suitable properties to be used in vaccine formulations. / Vacinas com marcadores antigênicos também denominadas vacinas diferenciais tem sido amplamente utilizadas no controle e prevenção da infecção pelo herpesvírus bovino tipo 1 (BoHV-1). Com este objetivo, uma amostra brasileira de BoHV-1 (SV56/90) foi submetida à deleção do gene da glicoproteína E (gE) para potencial uso em vacinas. A deleção do gene da gE foi realizada por recombinação homóloga, sendo o gene da gE substituído por um marcador para seleção (green fluorescent protein, GFP). Após co-transfecção de plasmídio de deleção e DNA genômico viral em células MDBK, três recombinantes expressando a GFP foram obtidos (e denominados BoHV-1ΔgE). Os vírus recombinantes produziram placas menores em células MDBK, porém com cinética e em títulos semelhantes ao vírus parental, demonstrando que a deleção da gE não afetou negativamente a sua capacidade replicativa in vitro. Treze bezerros inoculados pela via intramuscular (IM) com o recombinante BoHV-1ΔgE desenvolveram anticorpos neutralizantes (títulos entre 2 e 16), demonstrando a sua capacidade replicativa e imunogênica in vivo. Além disso, a resposta sorológica induzida pelo recombinante pode ser diferenciada daquela induzida pelo vírus parental pelo uso de um teste ELISA específico para anticorpos anti-gE. Posteriormente, o vírus recombinante foi submetido a testes de segurança/atenuação, de imunogenicidade e de proteção frente a desafio in vivo. No teste de segurança, cinco bezerros de três meses de idade foram inoculados pela via IM com o recombinante em uma dose aproximadamente 10-100 vezes a dose contida em vacinas comerciais (108,5TCID50 por animal). Os animais inoculados permaneceram saudáveis e não excretaram o vírus, confirmado pela ausência de vírus em secreções nasais e pela ausência de soroconversão em bezerros sentinelas mantidos em contato. O vírus recombinante também não foi excretado após administração de dexametasona (dia 42pi), demonstrando a incapacidade de reativar e/ou ser excretado após tentativa de reativação de infecção latente. No teste de imunogenicidade, bezerros com 8 a 10 meses de idade foram vacinados uma vez pela via IM (grupo I, n=8) ou subcutânea (SC, grupo II, n=9) com o recombinante BoHV-ΔgE viável, ou duas vezes (30 dias de intervalo) com o vírus inativado, conjugado com hidróxido de alumínio (grupo IV, n= 13) ou com MontanideTM Gel 1 (Seppic - grupo V, n=14). Como controle, três animais (grupo III) foram vacinados com o vírus parental (uma dose pela via IM). Todos os bezerros vacinados com o vírus viável desenvolveram anticorpos neutralizantes em títulos de 2 a 8 (grupo I, GMT: 2; grupo II, GMT: 1,65; grupo III, GMT: 1,65) no dia 42pv. Os demais animais desenvolveram títulos de 2 a 16 (grupo IV, GMT: 2,45) e de 2 a 128 (grupo V, GMT: 3,9). Todos os animais vacinados com o BoHV-1ΔgE permaneceram negativos no teste ELISA anti-gE. No teste de vacinação com desafio, seis bezerros (3-4 meses de idade) foram vacinados com o recombinante BoHV-1ΔgE viável na dose de 107,3TCID50/animal e quatro foram mantidos como controle. No dia 47pv, os animais foram submetidos a desafio com uma cepa heteróloga do BoHV-1 (dose de 107,5TCID50/animal) pela via intranasal. Os animais vacinados desenvolveram sinais clínicos mais brandos e por período mais curto e, excretaram vírus em menores títulos e por menos tempo do que os controles. Esses resultados demonstram que o vírus recombinante BoHV-1ΔgE é seguro/atenuado e imunogênico para bezerros, tanto na forma replicativa quanto na forma inativada. Além disso, induz resposta sorológica capaz de ser diferenciada daquela induzida pelo vírus parental. Sendo assim, o BoHV-1ΔgE apresenta propriedades adequadas para ser usado em formulações vacinais.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:46Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-10-30Bitstream added on 2014-06-13T20:24:01Z : No. of bitstreams: 1 pria_ad_dr_arafcl.pdf: 578694 bytes, checksum: be0bdfef7652a2ec8100308da1e984cd (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O objetivo deste trabalho é o estudo do adjetivo como marcador de operações enunciativas. O que se denomina “adjetivo” compreende uma das classes de palavras definidas pela tradição gramatical no ocidente que permanece nas bases de reflexão da lingüística teórica. Apesar de amplamente identificado o caráter subjetivo no emprego do adjetivo, a metodologia empregada pela literatura de especialidade não dispõe de expedientes que explicitem esse parâmetro operatório na construção da significação em língua. Na literatura de especialidade, o procedimento metodológico empregado no estudo do adjetivo assume um sentido primeiro ou próprio para a unidade que é analisada isoladamente, abstraindo-se as variações que lhe são próprias em cada contexto de ocorrência. Não se propõe, nesta tese, fomentar a polêmica sobre a adequação de critérios à definição da classe. Propõe-se encontrar invariantes que sustentem toda a variação identificada nas configurações construídas de uma mesma unidade em seus usos. Para tanto, o desenvolvimento da pesquisa foi subsidiado teórica e metodologicamente pela Teoria das Operações Enunciativas. A partir da análise de ocorrências do adjetivo FALSO em um córpus, identificaram-se três parâmetros mobilizados por essa marca, tais como relações de alteridade; operações de quantificação e qualificação na produção do enunciado. Por fim, propõe-se uma representação formal ao resultado do ajustamento entre os parâmetros mobilizados... / The objective of this dissertation is the study of adjective as a marker of enunciative operations. “Adjective” is one of the word classes established by traditional grammar and is also a theme of research in linguistics. Despite of the subjective character identified by researchers in adjective uses, this parameter is not integrated in their research methodology of analysis. Methodological procedures adopted in the adjective study usually establish a first or proper sense to the unit and variations proper to the unit are abstracted of its contexts of occurrence during analysis. This dissertation is not interested in increasing polemics regarding adequate criterions to define the class of the adjective. It is proposed in this dissertation to find invariants to the variations identified in constructed occurrences of the same unit. The research was conducted under theoretical e methodological assumptions of Theory of Enunciative Operations. Occurrences of the adjective “falso” (“false/fake”) in a corpus of Portuguese language identified during analysis three parameters this marker activates. They are: self relations, quantifying and qualifying operations. The result of adjustments between parameters mobilized by the utterance and variable modes the adjective “falso” is attached to the elements of its context is presented in a formal representation.