Cerca de um terço das mudas de cana-de-açúcar, plantadas no Estado de São Paulo, tem sido produzida por micropropagação. Quando se pratica micropropagação pretende-se conservar a integridade genética da planta doadora de explante, visto que a finalidade desta técnica é a obtenção de muitos clones com características idênticas às da planta doadora. Porém, tem-se observado elevados níveis de instabilidade fenotípica em plantas micropropagadas, como na variedade RB83-5486. Neste, trabalho utilizou-se a técnica do RAPD com a finalidade de detectar a variação induzida pela cultura de tecidos em cana-de-açúcar. Foram analisadas 48 plantas propagadas via colmos e 48 plantas micropropagadas (via cultura de meristema) da variedade RB83-5486. Calculou-se a taxa de polimorfismo a partir de 98 locos, sendo constatado um aumento do polimorfismo de 1,02% para 7,14%, com incremento de cerca de sete vezes na taxa de polimorfismo. Posteriormente, foram analisadas 50 plantas no campo, provenientes de dez meristemas nas cinco fases de repicagens, e 30 plantas in vitro provenientes de 5 meristemas nas seis fases de repicagens, em duas variedades. Encontrou-se taxas de polimorfismo variáveis em todas as fases do cultivo in vitro. E a variedade RB83-5486 mostrou ter um comportamento in vitro mais instável quando comparada com a variedade SP80-185. / Approximately a third part of sugar cane plants in São Paulo State has been produced by micropropagation. As far as micropropagation is concerned, it is desirable to preserve genetic integrity of the explant donor plant, since the aim of this technique is to obtain many clones with characteristics identical to the donor plant. However, high levels of phenotypic instability has been observed in micropropagated plants, such as variety RB83-5486. In the present work, RADP technique was employed in order to detect tissue culture-induced variations in sugar cane. Forty-eight plants propagated via stem and forty-eight micropropagated plants (via meristem culture) from variety RB83-5486 were analised. The polymorphism rate was calculated from ninety-eight loci and an increase from 1,02% to 7,14% was observed, representing approximately a sevenfold higher polymorphism rate. Fifty field-grown plants, from ten meristems at each one of the five subcultivation stages, and thirty in vitro plants from five meristems at each one of the six subcultivation stages, from two varieties were analysed. Different polymorphism rates were found at every in vitro cultivation phase. Concerning to the multiplication phase, we found variable polymorphism rates. Variety RB83- 5486 appeared to have a more unstable in vitro behavior than variety SP80-185.

Uma população experimental F2 foi desenvolvida a partir do cruzamento de uma linhagem macho de frangos de corte com uma linhagem de postura, com o objetivo de mapear QTLs (locos controladores de características quantitativas) para características de desempenho e carcaça. Um total de 2.063 animais F2 em 21 famílias de irmãos completos obtidas em 17 incubações. As aves foram criadas como frangos de corte e abatidas a 6 semanas de idade, foram avaliadas 19 características de desempenho e carcaça. A genotipagem foi realizada em 3 fases: 1) Um total de 80 marcadores microssatélites do cromossomo 1 foram testados nos indivíduos parentais e F1 para identificar marcadores informativos. 2) Genotipagem seletiva dos indivíduos F2 que representam os extremos fenotípicos para peso vivo aos 42 dias de idade (P42), para identificar regiões potencialmente associadas (P < 0,10) com esta característica. 3) Sete famílias de irmãos completos (649 F2) foram genotipados para 12 marcadores associados na fase 2 e para 14 marcadores flanqueadores. Mapeamento por intervalo utilizando regressão foi aplicado para dois modelos genéticos (F2 e meio-irmãos) para detectar QTLs Foram encontradas fortes evidências de QTLs afetando peso vivo, consumo de ração, conversão alimentar e peso de asas, coxas e sobrecoxas, peito, gordura abdominal, fígado, pulmão e coração no cromossomo 1. / An F2 chicken population was developed by crossing a broiler sire line and a layer line, with the objective of mapping Quantitative Trait Loci (QTL) for performance and carcass traits. A total of 2,063 F2 chicks in 21 full-sib families from 17 hatches were reared as broilers and slaughtered at 6 weeks of age. Nineteen performance and carcass quality traits were measured. The genotyping was done in three phases: 1) A total of 80 microsatellite markers from chromosome 1 were tested in the parental and F1 individuals to identify informative markers. 2) Selective genotyping of F2 individuals, representing extreme phenotypes for body weight at 42 days of age (BW42), to identify regions potentially associated (P < 0,10) with this trait. 3) Seven full-sib families (649 F2 chicks) were genotyped for 12 markers associated in phase 2 and for additional 14 flanking markers. Interval mapping using regression methods was applied to two different genetic models: 1) Line-cross; 2) Half-sib analyses for mapping QTL. Strong evidences for QTL affecting body weight, feed intake, feed conversion and weights of drums and thighs, breast, abdominal fat, liver, lung and heart were found on chromosome 1.

A brusone, causada por Magnaporthe oryzae, é a principal doença da cultura do arroz no Brasil e no mundo. O manejo efetivo da doença pode ser obtido com o uso de cultivares resistentes. A alta variabilidade genética e a capacidade de adaptação do patógeno, por pressão de seleção, no entanto, tem diminuído o tempo de vida útil decultivares plantadas extensivamente por vários anos. Este estudo objetivou caracterizar a diversidade patogênica e a estrutura populacional de uma população contemporânea de M. oryzae do Sul do Brasil. Para tal, uma população de 224 isolados foi obtida de folhas e panículas sintomáticas coletadas em 17 municípios dos Estados do Rio Grande do Sul - RS (147 isolados) e Santa Catarina - SC (77 isolados) na safra 2012/13. Todos os isolados foram inoculados em uma série internacional de oito cultivares diferenciadoras e uma séria brasileira de oito cultivares de arroz irrigado. Uma subamostra de 192 isolados foi submetida a genotipagem com dez marcadores microssatélites. No total, foram identificados 75 patótipos pela série internacional e 38 patótipos pela série nacional. Os dois patótipos mais prevalentes foram o IH-1(23 isolados), encontrado somente no RS, e o BF-4 (38 isolados). Em SC, o patótipo mais prevalente foi o IB-46 (21 isolados) Já para os patótipos brasileiros, houve o predomínio do BD-15 (34 isolados) no estado do RS e BF-4 (38 isolados) em SC. Com base nos padrões gerados pelos microssatélites, os isolados foram agrupados em quatro subpopulações, ou linhagens, distintas. Duas linhagens, encontradas no RS, foram compostas uma por isolados da cultivar Puitá INTA CL e outra por isolados da cultivar Guri INTA CL. Uma terceira linhagem agrupou isolados apenas de Santa Catarina e, por último, uma linhagem agrupou isolados distribuídos nos dois estados e em diferentes cultivares. Não houve associação entre as linhagens e os patótipos brasileiros ou internacionais. O número de patótipos internacionais identificados neste estudo é o maior até então relatado em uma região produtora do Brasil. As informações geradas podem ser úteis para os programas de melhoramento na busca de fontes de resistência considerando as populações distintas nas regiões produtoras do sul do Brasil. / Blast, caused by Magnaporthe oryzae, is the main disease of rice in Brazil and worldwide. The disease is effectively managed with the use of resistant varieties. The high genetic variation and adaptation due to selection pressure in the pathogenic populations affects the durability of the resistance when a few and genetically uniform varieties are grown over large areas and many years. This study aimed to characterize the pathogenic diversity and population genetic structure in a contemporary population of M. oryzae from Southern Brazil. For such, 224 isolates were obtained from symptomatic leaves and panicles collected across 17 municipalities of Rio Grande do Sul (RS, 147 isolates) and Santa Catarina (SC, 77 isolates) states during the 2012/13 season. All isolates were inoculated in a set of eight differential international varieties and another set of eight differential Brazilian varieties or irrigated rice. A subsample of 192 isolates was genotyped using ten microsatellite markers. In total, 75 and 38 pathotypes were identified based on the international and Brazilian differential sets, respectively. The most prevalent pathotypes were IH-1 (23 isolates), found only in RS, and BF-4 (38 isolates) In SC, the most prevalent pathotype was the IB-46 (21 isolates). For the Brazilian pathotypes, BD-15 was the most prevalent in RS state (34 isolates) and BF-4 was the most prevalent in SC (38 isolates). The molecular analysis showed that the microsatellites markers were highly polymorphic, revealing high variation within and among the four populations structured by cultivar and geography. Two lineages were found solely in one of two varieties: Puitá INTA CL and Guri INTA CL. A third lineage was found only for isolates from SC State. Finally, a fourth lineage was composed of isolates spread out through both states and several varieties. No association was found between the lineages and the groups of international or Brazilian pathotypes. The number of international pathotypes identified in this study is the largest reported in a production region of Brazil. The information from this study may be useful for breeding programs targeting sources of resistance taking into account the current profile of the populations of the rice blast pathogen from Southern Brazil.

Parasitoides são importantes agentes de controle biológico em agroecossistemas e sua diversidade pode aumentar com a heterogeneidade do habitat. O conhecimento sobre as espécies associadas em cada sistema é importante para entender sua dinâmica e ajudar no manejo de diversas culturas, entre elas o arroz, que incluem ambientes naturais e com interferência antrópica. Espécies de Scelioninae, Telenominae e Teleasinae (Hymenoptera: Platygastridae) destacam-se no controle biológico de várias pragas agrícolas, especialmente Telenomus podisi, embora haja alguma discordância sobre a monofilia do grupo. Assim, esta pesquisa tem dois objetivos. Primeiro, avaliar a contribuição da presença de vegetação natural próxima às áreas de cultivo do arroz e a influência de diferentes manejos da cultura (orgânica e convencional) na diversidade de himenópteros parasitoides e dentro das três subfamílias de Platygastridae através dos gradientes de distância e nos estádios fenológicos da cultura. Segundo, através do uso dos marcadores moleculares COI e ITS2, analisar as relações entre populações de T. podisi de diferentes regiões biogeográficas. Para o primeiro objetivo, o trabalho foi realizado em duas áreas de arroz, uma com manejo orgânico (MO) e outra com convencional (MC), em Nova Santa Rita, RS, durante as safras 2013/2014 e 2014/2015. As coletas foram quinzenais durante o ciclo do arroz com armadilhas Malaise dispostas a diferentes distâncias em relação à vegetação nativa próxima da cultura do arroz Para o segundo objetivo, 149 exemplares de T. podisi provenientes de 18 localidades em sete países foram amostrados, extraídos um fragmento de COI e todo ITS2 e amplificados através de primers específicos. Na primeira safra, foram 1104 indivíduos de parasitoides no MO (21 famílias) e 860 no MC (18 famílias). Na segunda safra, foram 1064 parasitoides no MO (19 famílias) e 389 no MC (16 famílias). Houve uma correlação negativa entre a distância da vegetação nativa e a abundância de parasitoides em áreas de MC. Os estágios fenológicos do arroz afetaram a composição de parasitoides no local. Dentro das três subfamílias, o total de indivíduos na primeira safra foram 268 no MO (31 morfoespécies) e 172 no MC (24 morfoespécies). Na segunda safra foram 151 indivíduos no MO (34 morfoespécies) e 93 no MC (21 morfoespécies). Os gêneros mais abundantes foram Idris, Telenomus e Baeus. Telenomus podisi, Telenomus sp.3, Telenomus sp.2 e Telenomus sp.1, foram as morfoespécies mais abundantes, respectivamente. Foram identificados 73 haplótipos de COI e ITS2. Mais de 70% dos haplótipos foram singletons e 89% foram exclusivos de uma área geográfica. Alguns haplótipos parecem estar evoluindo através de caminhos diferentes. Outros fatores podem estar exercendo pressão sobre esses haplótipos, como barreiras climáticas, deslocamento do hospedeiro e da flora associada. / Hymenopteran parasitoids are important biological control agents in agroecosystems, and their diversity can be increased with habitat heterogeneity. Knowledge about associate’s species in every system is important to understand the dynamic and to help the management of several crops, between them the rice crop, which include natural and anthropic environmental. Species of Scelioninae, Telenominae and Teleasinae (Hymenoptera: Platygastridae) stand out in the biological control of several crop pests, especially Telenomus podisi although there is some disagreement about monophyly in podisi group. Thus, this research has two objectives. First, it was to evaluate the contribution of the presence of natural vegetation near rice-growing areas and the influence of different management of the crop (organic and conventional) on the diversity of parasitoids and within the three subfamilies of Platygastridae (richness), through distance gradients, and on the phenological stages of the crop. Second, it was to use population genetic methods in conjunction with two molecular markers: COI and ITS2, to address relationships between T. podisi specimens from different biogeography regions. For the first aim, the work took place in two rice crops, one with organic management (O.M.) and another one with conventional (C.M.), in Nova Santa Rita, RS, Brazil, during the 2013/2014 and 2014/2015 seasons The parasitoids were collected twice a month in the crop cycle with Malaise trap at different distances in relation to the native vegetation surrounding the rice crop. For the second aim, one hundred and forty-nine specimens of T. podisi were sampled from 18 localities in seven countries and a fragment extraction of COI and the entire ITS2 region was amplified trough specific primers. In the first season, 1104 individuals of parasitoids were sampled in O.M. (21 families) and 860 in C.M. (18 families). In the second season, 1064 parasitoids in O.M. (19 families) and 389 in C.M. (16 families) were sampled. There was a negative correlation between distance from native vegetation and parasitoid abundance in CM areas. The phenological stages of rice affect the parasitoid assemblage on site. Within the three subfamilies, 268 individuals were sampled in the first season in O.M. (31 morphospecies) and 172 in C.M. (24 morphospecies). In the second season, 151 individuals in O.M. (34 morphospecies) and 93 in C.M. (21 morphspecies) were smapled. The most abundant genera were Idris, Telenomus and Baeus. Telenomus podisi, Telenomus sp.3, Telenomus sp.2 and Telenomus sp.1, were the most abundant morphospecies, respectively. Seventy-three COI and ITS2 haplotypes were identified. More than 70% of haplotypes were singletons and 89% unique to a geographic area. Some haplotypes seem to be evolving through different pathways. Others features may be putting pressure on these haplotypes, such as climatic barriers, shift of host and flora associate.

A repressão ao tráfico de drogas tem sido um dos principais focos de ação da segurança pública nacional e internacional, devido aos graves problemas de saúde pública associados ao consumo, bem como a grande quantidade de crimes associados ou resultantes deste consumo. Os resultados do Relatório Mundial de Drogas de 2013 das Nações Unidas mostram que a demanda estimada por drogas não está reduzindo consideravelmente. Conforme este relatório, a maconha continua sendo a substância ilícita mais utilizada no mundo, embora tenha havido uma redução no crescimento de seus usuários. Uma das formas de combater o tráfico de drogas, direcionando as investigações e apontando as possíveis rotas, é a identificação de sua origem pela rastreabilidade. Isso pode ser realizado através da observação da composição química ou orgânica do material, baseando‐se no conceito de marcadores. No caso da maconha, em que o uso direto de partes da planta, os marcadores podem ser identificados na composição da própria planta, influenciados pelas características genotípicas das plantas e pelas condições ambientais a que estas estão submedidas durante o desenvolvimento. Assim, foram realizadas análises da concentração química elementar, das relações isotópicas de 15N/14N e 13C/12C e de marcadores genéticos específicos em amostras de Cannabis coletadas em diferentes pontos ou locais de cultivo no Nordeste brasileiro, cultivadas em ambiente controlado e apreendidas em ações policiais, a fim de identificar corretamente o local de cultivo (rastrear sua origem). Os resultados obtidos foram processados no método estatístico multivariado de análise discriminante múltipla. As análises de concentração química elementar e o sistema de marcadores genéticos utilizados para rastrear a origem da Cannabis mostraram capacidade de classificar corretamente as amostras avaliadas, de acordo com o seu local de cultivo ou coleta. Por outro lado, a relação isotópica não foi adequada para separar as amostras de tecido vegetal de Cannabis, de acordo com seu local de cultivo ou coleta no Nordeste brasileiro. Dessa forma, verificou-se que as análises da concentração química elementar e de genotipagem por sistema de marcadores (multiplex 13-loci STR) podem ser utilizadas como marcadores ou indicadores para rastrear a origem de amostras de Cannabis, inclusive com a exatidão necessária para uso policial e forense. / The repression of drug trafficking has been one of the main action focus of national and international public security, due to the serious public health problems associated to the drug consumption, as well as the large amount of crimes associated or resulting from drug consumption. The results of World Report on Drugs of 2013 by the United Nations show that the estimated demand for drugs is not reducing considerably. According to this report, marijuana continues to be the most used illicit substance in the world, although there had been a reduction in the increase of its users. One of the ways to combat drug trafficking, leading investigations and pointing out possible routes, is the identification of its origin through traceability. That can be accomplished through the observation of the chemical or organic material composition, based on markers concept. In the case of marijuana, in which direct use of parts of the plant, the markers can be identified in the composition of the plant itself, influenced by the plant genotypic characteristics and the environmental conditions to which they are submeasured during development. Thus, analysis of elemental chemical concentration, stable isotopes analysis (15N/14N and 13C/12C) and specific genetic markers were performed on Cannabis samples collected in different cultivation sites in Brazilian Northeast, samples from plants grown in a controlled environment and police seized samples, in order to identify correctly the cultivation place (trace its origin). The achieved results were processed in the multiple discriminant analysis (MDA). The analysis of elemental chemical concentration and the genetic markers system used to trace the origin of Cannabis showed the ability to classify correctly the evaluated samples, according to their cultivation or collection site. On the other hand, the stable isotopes analysis was not suitable for sorting out the samples of Cannabis plant tissue, in accordance with their cultivation place in Brazilian Northeast. Therefore, it has verified that analysis of elemental chemical concentration and genotyping by markers system (multiplex 13 – loci STR) may be used as markers or indicators to trace out the origin of Cannabis samples, even with the required accuracy for police and forensic use.

A identificação de leveduras por métodos moleculares e bioquímicos teve um grande impacto na sistemática e, devido aos resultados recentes este grupo sofreu alterações taxonômicas. A linhagem de levedura IZ-987 tem sido utilizada na fermentação de caldo de cana-de-açúcar para a obtenção de aguardente no Departamento de Agroindústria, Alimentos e Nutrição da ESALQ/USP. Esta linhagem, catalogada como Saccharomyces cerevisiae, não produz H2S durante o processo fermentativo e apresenta a capacidade de flocular em fermentação. A análise anterior de diversidade genética por marcadores de RAPD demonstrou existir um distanciamento elevado entre esta linhagem e S. cerevisiae. O presente trabalho teve então por objetivo avaliar a diversidade genética entre a linhagem IZ-987, e as linhagens PE-2 e IZ-259 utilizadas como leveduras padrões pertencentes à espécie Saccharomyces cerevisiae e a levedura CR-1 como padrão de Saccharomyces bayanus, por meio das características morfológicas, fisiológicas e bioquímicas, e também por meio de marcadores de RAPD, cariotipagem e análise da seqüência das regiões ITS1 e ITS2 (Internal Transcript Subunit). Os métodos mostraram-se eficientes na diferenciação das linhagens, pois as limitações de um método puderam ser complementadas por outro. A análise morfológica mostrou que a linhagem IZ-987 não apresenta similaridade com as linhagens padrões. Os testes fisiológicos e bioquímicos apresentaram maior similaridade entre as linhagens em estudo não sendo suficiente para identificar com segurança o gênero e a espécie. As análises de diversidade genética por marcadores de RAPD e cariotipagem demonstraram que existe um distanciamento elevado entre IZ-987 e os padrões de S. cerevisiae. A análise da seqüência das regiões ITS1 e ITS2 (incluindo a subunidade 5,8 S do RNA ribossomal) da linhagem IZ-987, mostrou similaridade (>96%) com a espécie Pichia anomala. / Identification of yeast by biochemical and molecular method has changed the systematic of this group. The strain IZ-987 has been used in Department of Agroindustry, Food and Nutrition, ESALQ/USP, Piracicaba/SP for alcohol production from sugarcane. This strain, which flocculates and is not able to produce H2S during fermentation, was previously identified by classical methodology as Saccharomyces cerevisiae. In previous work, RAPD analysis showed a low level of similarity between the IZ-987 and other of S. cerevisiae strains. The aim of the present work was to examines the genetic variability among the IZ-987 strain, S. cerevisae (IZ-259 and PE-2 strains) and S. bayanus (strain CR-1) by nutritional requirements, biochemical, physiological and morphological traits as well as RAPD markers. ITS (Internal Transcript Subunit) sequencing was used in further characterization of the IZ-987 strain. The methodologies used in the present analysis were able to distinguish the strains, since that the limitation observed in one was complemented by other technique. The morphological and molecular analysis distinguished the IZ-987 strain from those of Saccharomyces genera. However, physiological and biochemical evaluation show similarity among the evaluated strains. Therefore, the results were not able to define the specie or genera of the IZ-987 strain. The sequencing of ITS-1, ITS-2 and 5.8S rDNA of the IZ-987 strain and analysis by BLASTn (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) showed similarity (>96%) of this strain with Pichia anomala.

A aveia (Avena sativa L.) é um cereal de importância mundial utilizada para a produção de grãos e forragem. A ferrugem do colmo da aveia, causada por Puccinia graminis f. sp. avenae (Pga), é uma das mais devastadoras doenças da aveia em todo o mundo. Para melhor entender as epidemias de ferrugem do colmo no Sul do Brasil, foram realizados levantamentos da virulência do patógeno durante dois anos em um programa de melhoramento de aveia. As epidemias foram caracterizadas por uma mistura de raças similares e de amplo espectro de virulência. A raça de maior virulência (TST) foi identificada em 2014, para a qual apenas o gene Pg-10 foi parcialmente efetivo. Marcadores moleculares para estudos de genética de populações para Pga são escassos. Utilizando a sequência genômica de um isolado de Pga, 19 marcadores de sequências simples repetidas (SSR) foram desenvolvidos. Estes marcadores foram utilizados para avaliar a diversidade genética de 66 isolados de Pga da Austrália, Brasil e Suécia. Os isolados do Brasil e da Austrália foram caracterizados por uma e duas linhagens clonais predominantes, respectivamente. Por outro lado, os isolados da Suécia foram caracterizados por uma população recombinante e alta diversidade genética (nove genótipos distintos entre dez isolados). No hospedeiro, um limitado número de genes de resistência à ferrugem do colmo está disponível para o melhoramento da aveia. Para identificar novos genes de resistência, 61 genótipos brasileiros do Programa Internacional de Aveia da Quaker foram avaliados para a resposta de plântula e de planta adulta à ferrugem do colmo na Austrália. Nos testes de plântula, o patótipo de maior virulência da Austrália conferiu tipo de infecção susceptível à todas as linhagens diferenciais e genótipos testados, sendo utilizado para investigar a presença de resistência de planta adulta (RPA). Em um ensaio de campo, os genótipos UFRGS 087105-1 e UFRGS 087129-1 foram resistentes a moderadamente resistentes e representam uma promissora fonte de RPA para a ferrugem do colmo na Austrália. No Brasil, o genótipo UFRGS 995088-3 é uma importante fonte de resistência à ferrugem do colmo. Este estudo reporta a análise genética e o mapeamento molecular da resistência em UFRGS 995088-3. A análise genética foi realizada em duas populações de linhagens endogâmicas recombinantes (LERs) F5:7. A razão de segregação para a resistência está em conformidade com a presença de um e três genes independentes. Um arranjo de 6000 SNPs da aveia foi utilizado para genotipar uma população de 85 LERs. Os dados moleculares fornecem evidências de um único gene para a resistência com distorção de segregação. Este gene foi mapeado em um intervalo de 0,7 cM entre dois marcadores que explicam 95 % da resistência. Estes marcadores poderão servir de base para estudos futuros de validação em outras populações. / Oat (Avena sativa L.) is a major cereal crop of global importance used for grain and forage production. Oat stem rust, caused by Puccinia graminis f. sp. avenae (Pga), is one of the most severe diseases of oats worldwide. To better understand the epidemics of stem rust in South Brazil, virulence surveys were carried out during two epidemic years in an oat breeding program. The epidemics were characterized by a mixture of similar and highly virulent races. The most virulent race (TST) was identified in 2014, for which only Pg-10 was partially effective. Molecular markers suitable for population genetics of Pga are scarce. Using the genomic sequence of a Pga isolate, 19 simple sequence repeat (SSR) markers were developed. These markers were used to assess the genetic diversity of 66 Pga isolates from Australia, Brazil and Sweden. Brazilian and Australian isolates were characterized by one and two predominant clonal lineages, respectively. In contrast, the Swedish isolates were characterized by a highly diverse recombinant population (nine distinct genotypes out of ten isolates). In the host, a limited number of resistance genes to stem rust are available for oat breeding. In order to identify novel resistance sources, 61 Brazilian genotypes from Quaker International Oat Nursery were assessed for seedling and adult plant response to stem rust in Australia. In the seedling tests, the most virulent pathotype of Australia conferred susceptible infection type to all differential set and genotypes tested, and thus it was used to investigate the presence of adult plant resistance (APR). In a field trial, the genotypes UFRGS 087105-1 and UFRGS 087129-1 were resistant to moderately resistant and represent a promising source of effective APR to oat stem rust in Australia. In Brazil, the genotype UFRGS 995088-3 is a useful stem rust resistance source. This study reports the genetic analysis and the molecular mapping of the resistance in UFRGS 995088-3. The genetic analysis was performed using two recombinant inbred line (RIL) populations F5:7. The segregation ratio of RIL populations for the resistance conformed to the presence of one and three independent genes. A 6 K oat single nucleotide polymorphism (SNP) array was used to genotype one population comprising 85 RILs. The molecular marker data provided evidence of a single-gene for the resistance with distorted segregation. This gene was mapped in a 0.7 cM interval between two markers that explained 95 % of the resistance. These markers can be used as a basis for further validation studies using other populations.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:20Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-03-28Bitstream added on 2014-06-13T18:08:03Z : No. of bitstreams: 1 lopesdamasio_lr_me_sjrp.pdf: 909059 bytes, checksum: 3382fe0d6c5ee5c991390de8d86d1d68 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O propósito desta pesquisa é estudar o uso de assim, denominado marcador discursivo e considerado resultado do processo de mudança experimentado pelo item, com o objetivo de descrever seu comportamento sintático, semântico e pragmático à luz dos pressupostos teóricos da gramaticalização e de uma conjugação deles com os da Gramática Textual Interativa, uma vez que se elege o conceito de linguagem como interação social. Entendemos a gramaticalização como parte do estudo lingüístico que focaliza a mudança que se dá a partir de um processo gradual de pragmatização do significado, que envolve estratégias de caráter inferencial, que aumentam a informação pragmática, e estratégias metafóricas, que acarretam a abstratização (TRAUGOTT, 1982, 1989, 1995 e TRAUGOTT; KÖNIG, 1991). Sugere-se uma trajetória unidirecional que parte do proposicional ao textual e à (inter)subjetivização, relativa ao fato de que os falantes, em nome da expressividade, desenvolvem significados novos para lexemas já existentes, codificando suas atitudes a respeito do que é dito ou das atitudes do ouvinte (TRAUGOTT, 1982, 2004), numa perspectiva textual-interativa. Propomos, portanto, uma abordagem que privilegie a discussão empírica, baseada na análise qualitativa do item, e a reflexão acerca do postulado da gramaticalização, enquanto possibilidade de explicação da emergência desse marcador discursivo, de modo a superar problemas que subjazem o tratamento dessa categoria. A base para a análise é o Banco de Dados Iboruna, organizado com amostras de fala do interior de São Paulo e os resultados dela revelam uma trajetória que parte do uso fonte dêitico, em direção a usos fóricos modais, voltados ao domínio do texto, experimentando momentos de ambigüidades, denominados dêiticos fóricos. A partir daí,... / The purpose of the present paper is to study the use of assim, named as discourse marker and considered the result of a process of change experienced by the particle, with the aim to describe its syntactic, semantic and pragmatic behavior according to the theoretical principles of grammaticalization and to a conjugation of them with the ones from the Interactive Textual Grammar, once the concept of language as social interaction is elected. We understand grammaticalization as part of the linguistic study which focuses the changes that occur beginning from a gradual process of pragmatization of meaning, which involves inferential strategies, that increase the pragmatic information, and metaphoric strategies that cause the abstratization (TRAUGOTT, 1982, 1989, 1995 and TRAUGOTT; KÖNIG, 1991). We suggest a unidirectional path that goes from the prepositional to the textual and to the (inter)subjectification, related to the fact that the speakers, because of expressiveness, develop new meanings for already existing lexems, codifying their attitudes towards what is said or the attitudes of the listener (TRAUGOTT, 1982, 2004), on a textual-interactive perspective. We propose, therefore, an approach that reaches, in synchronic level, an empiric discussion, based on the qualitative analysis of the particle, and, in theoretical level, a reflection about the principles of grammaticalization, as a possible explanation for the emergence of this discourse marker, as a way to surpass problems that are implied in the treatment of this category. The basis for the analysis is the Banco de Dados Iboruna (Iboruna Database), organized with conversation samples from São Paulo countryside, and its results bring out the path that comes from the use source deictic towards modal phoric uses, related to the text domain, experiencing ambiguity, named phoric deictics. From this point, the...(complete abstract click electronic access below)

O florescimento é um fator decisivo à adaptação da aveia em ambientes subtropicais. A iniciação floral em alguns genótipos cultivados no Sul do Brasil é dependente de baixas temperaturas, um processo denominado vernalização. Os objetivos deste trabalho foram determinar o número de genes que controlam o caráter resposta à vernalização em aveia, clonar e caracterizar genes associados à vernalização com base na ortologia com outras espécies de gramíneas e identificar marcadores moleculares ligados a estes genes em aveia. O número de genes controlando o caráter resposta à vernalização foi estimado em linhagens recombinantes derivadas dos cruzamentos UFRGS 8 x UFRGS 930605 e UFRGS 881971 e Pc68/5*Starter. A resposta à vernalização nas populações avaliadas foi controlada por dois genes dominantes maiores, onde genótipos insensíveis à vernalização carregam os alelos AABB, AAbb e aaBB, enquanto que genótipos sensíveis à vernalização carregam os alelos aabb. Vinte e dois pares de primers ancorados em regiões codificantes conservadas dos genes VRN1, VRN2 e VRN3 de trigo, cevada e azevém foram utilizados para amplificar e clonar sequências de aveia. Sequências clonadas correspondendo aos genes alvo foram recuperadas para ambos VRN1 e VRN3. Outras sequências apresentaram similaridade à uma proteína com motivo zinc-finger e domínio CCT, os quais são componentes do gene VRN2 em trigo e cevada. Sequências de aveia também apresentaram elevada similaridade ao gene Hd3a, o qual está envolvido no florescimento em arroz e é ortólogo aos genes VRN3 de trigo e cevada e ao gene FT de Arabidopsis thaliana. O gene VRN3 foi mapeado em três populações de aveia: UFRGS 8 x UFRGS 930605, UFRGS 881971 x Pc68/5*Starter e Kanota x Ogle. Nas três populações, o gene VRN3 foi mapeado em regiões cromossômicas colineares correspondendo ao grupo de ligação 6 de K x O. Marcadores moleculares DArT ligados a QTLs que afetam a resposta à vernalização em aveia foram detectados através do mapeamento por intervalo simples. Um QTL associado com a resposta à vernalização foi detectado na população UFRGS 8 x UFRGS 930605, o qual explicou 20% da variação fenotípica observada entre as linhagens recombinantes. / Flowering time is a decisive factor in the adaptation of oat to sub-tropical environments. Varieties grown in southern Brazil show response to low temperaturedependant floral initiation, a process called vernalization. The objectives of this study were to determine the number of genes controlling the response to vernalization in oats, to clone and characterize genes associated with vernalization based on orthology with other grass species, and to identify molecular markers linked to those genes in oats. The number of genes controlling the response to vernalization was estimated in recombinant inbred lines from the crosses UFRGS 8 x UFRGS 930605 and UFRGS 881971 x Pc68/5*Starter. Response to vernalization in the evaluated populations was controlled by two dominant major genes with the vernalizationinsensitive genotypes carrying AABB, AAbb, and aaBB alleles, whereas the vernalization-responsive ones carrying aabb alleles. Twenty-two primer pairs anchored in conserved coding regions of VRN1, VRN2, and VRN3 genes from wheat, barley, and lolium were used to amplify and clone oat sequences. Cloned sequences corresponding to the targeted genes were recovered for both VRN1 and VRN3. Other sequences showed similarity to a protein with a zinc-finger motif and a CCT domain, which are components of VRN2 in wheat and barley. Oat sequences also showed high similarity to the Hd3a gene, which is involved with flowering time in rice, and is an orthologue of the wheat and barley VRN3 gene and the Arabidopsis thaliana FT gene. The VRN3 gene was mapped in three oat populations: UFRGS 8 x UFRGS 930605, UFRGS 881971 x Pc68/5*Starter and Kanota x Ogle. In all three populations, VRN3 fell within colinear regions corresponding to KxO linkage group 6. DArT markers linked to QTLs for response to vernalization in oats were detected by simple interval mapping. One quantitative trait locus (QTL) associated to vernalization response was identified in the UFRGS 8 x UFRGS 930605 population, which explained 20% of the phenotypic variation observed among the recombinant inbred lines.

A ferrugem da folha é a doença que causa maiores prejuízos à triticultura. A resistência genética é comprovadamente o método mais eficiente e econômico de controle. Em trigo, a resistência à ferrugem da folha pode ser específica à raça e não específica à raça. Atualmente a melhor estratégia para manter uma proteção efetiva contra a ferrugem da folha consiste em empregar combinações de genes, independente do tipo de resistência que conferem. A piramidização de genes é facilitada com o uso de marcadores moleculares. Os mecanismos moleculares de resistência dos genes que conferem resistência específica à raça têm sido amplamente estudados, no entanto da resistência não específica à raça pouco se sabe. Assim, este projeto teve como objetivos: I) validar marcadores moleculares para seleção assistida para a resistência à ferrugem da folha em genótipos brasileiros de trigo; II) identificar marcadores moleculares potencialmente associados a genes de resistência não específica à raça à ferrugem da folha; III) identificar e caracterizar análogos a genes de resistência em trigo;IV) caracterizar mecanismos moleculares da resistência não específica à raça a ferrugem da folha em trigo. Para a validação foram avaliados cinco marcadores PCR-específcos associados aos genes Lr1, Lr9, Lr10 e Lr24. Os marcadores associados aos genes Lr9, Lr10 e Lr24 apresentaram potencial para uso na seleção assistida, pois foram específicos para plantas contendo estes genes. Para a identificação de RGAs foram utilizadas três combinações de primers degenerados. A maioria das seqüências apresentou os motivos comuns a genes de resistência. Uma seqüência apresentou alta homologia com genes de resistência previamente identificados. Os primers derivados das seqüências identificadas apresentaram alto polimorfismo, sendo que um destes mostrou-se associado ao gene Lr26 e a resistência de planta adulta à ferrugem da folha. A combinação da técnica de AFLP com linhagens diferenciais contrastantes para os genes Lr13 e Lr34 permitiu identificar duas seqüências potencialmente associadas ao gene Lr34. O uso da SSH permitiu identificar genes diferencialmente expressos na resistência não específica à raça à ferrugem da folha no cultivar Toropi. Dentre as seqüências identificadas estão genes codificadores de proteínas de membranas potencialmente associados à percepção do patógeno e genes com domínios característicos de sinalizadores secundários para a resistência como NPR1, Rar1, Sgt1 e calmodulina. Além destas, foram identificados também seqüências com homologia a genes codificadores de enzimas chaves no controle de rotas de síntese de substâncias relacionadas à defesa e envolvidas no metabolismo primário, principalmente produção de energia. Os marcadores e seqüências obtidas e mecanismos elucidados neste trabalho representam ferramentas valiosas para a obtenção de cultivares de trigo com resistência ampla e durável à ferrugem da folha. / Leaf rust is one of the most important wheat diseases worldwide. The genetic resistance is the most efficient and economical method to leaf rust control. Host resistance to leaf rust can either be race-specific or no race-specific. The best strategy to maintain an effective protection against leaf rust consists in resistance gene combinations, independent of the resistance type. Marker-assisted selection greatly facilitates gene pyramidization. The molecular mechanisms of race-specific resistance genes have been well studied, however there is little known about the no race-specific resistance gene mechanisms. The objectives of this project were: I) to validate molecular markers for marker-assisted selection to leaf rust resistance genes in Brazilian wheat cultivars; II) to isolate and characterize resistance gene analogues (RGAs) in wheat; III) to identify molecular markers potentially associated to leaf rust no race-specific resistance genes; IV) to characterize molecular mechanisms from no race-specific resistance genes to leaf rust in wheat. Five PCR-specific markers previously identified as associated to the Lr1, Lr9, Lr10 and Lr24 genes were evaluated. The markers associated to the Lr9, Lr10 and Lr24 genes were specific to the cultivars carrying them in the Brazilian wheat cultivars, demonstrating potential for marker-assisted selection. Three degenerate primer combinations were used for the RGAs identification and most of the identified sequences showed the conserved motifs from resistance genes. One sequence showed high homology with previous identified plant resistance genes. The primers from identified sequences showed high polimorphism, and one of these is associated to the Lr26 leaf rust resistance gene and to the adult plant resistance present in cultivar BR35(?). The use of AFLP (amplified fragment length polymorphism) technique with near-isogenic lines carrying Lr13 and Lr34 genes from wheat cv. Thatcher allowed to identify two sequences potentially associated to the Lr34 gene. SSH were used to identify leaf rust induced genes from no race-specific resistance wheat cultivar Toropi. Among the identified sequences there are proteins of membranes for genes potentially associated to the pathogen perception and genes with secondary signals resistance domains as NPR1, Rar1, Sgt1 and calmodulin binding protein. Besides these, we identified sequences with homology to genes for key enzymes in the control of the related defense substances synthesis and involved in the primary metabolisms, mainly energy production. The markers and sequences obtained and the mechanisms elucidated in this work represent a valuable tool for the development of wheat cultivars with more reliable resistance to leaf rust.