Xylella fastidiosa é bactéria Gram-negativa e fastidiosa, limitada ao xilema das plantas com uma ampla gama de hospedeiros, incluindo mono e dicotilêdoneas, algumas de grande interesse econômico. No Brasil a X. fastidiosa é o agente causal da Clorose Variegada dos Citros (CVC), sendo observada nos Estados de São Paulo, Minas Gerais e Paraná. O objetivo deste trabalho foi o isolamento de X. fastidiosa de laranja doce (Citrus sinensis), análise molecular da variabilidade genética e resistência a antibióticos. A linhagem 9a5c de X. fastidiosa e isolados de cafeeiro e videira foram utilizados como controle nos estudos genéticos e de resistência a antibióticos juntamente com os isolados obtidos neste estudo. A diversidade genética de dezenove isolados foi determinada pela técnica de RAPD. Os resultados mostraram três grupos: o primeiro compreende dezesseis isolados de CVC (incluindo a linhagem 9a5c), o segundo dois isolados de cafeeiro, o terceiro um isolado de videira. Dois subgrupos foram observados no grupo citros, mostrando 72% de similaridade. A linhagem 9a5c foi incluída em um subgrupo menor, mostrando maior divergência que os outros isolados. Os níveis de resistência aos antibióticos foram avaliados empregando duas técnicas: difusão do antibiótico em meio de cultura sólido e diluição em meio líquido. A análise de resistência a antibióticos mostrou que a polimixina B, rifampicina, estreptomicina, canamicina, ampicilina, neomicina, tetraciclina, cloranfenicol e vancomicina o inibiram o crescimento dos isolados estudados, mas esses isolados foram resistentes a penicilina. Estes resultados dão suporte para a hipótese de homogeneidade entre isolados causadores da CVC e indicam quais os antibióticos que poderão ser utilizados no desenvolvimento de um sistema de transformação para esta bactéria, além de indicar o potencial emprego da antibiótico-terapia como uma alternativa a mais de convivência com a CVC. Testes de interação com bactérias endofíticas e X. fastidiosa mostraram que Methylobacterium sp. estimulou"in vitro"o crescimento de X. fastidiosa / not available

A aveia nuda apresenta a formação de grãos com lema pouco lignificada. Esta característica facilita a separação dos grãos da lema e da pálea durante o processo de trilha. Embora, estudos sobre o caráter nuda iniciaram aproximadamente um século atrás, o controle genético deste caráter ainda não é totalmente compreendido em aveia. Os objetivos deste estudo foram avaliar o caráter nuda em duas populações de linhagens de aveia, determinar o número de genes e mapear regiões genômicas associadas a este caráter. Linhagens obtidas dos cruzamentos simples ‘UFRGS 01B7114-1-3 x UFRGS 006013-1’ e ‘URS Taura x UFRGS 017004-2’, foram avaliadas nas gerações F5:6 e F5:7. Os genitores de cada população são contrastantes para a formação de grãos com casca e sem casca. Com base nos resultados fenotípicos observados, as linhagens foram classificadas em nuda, parcialmente nuda, parcialmente casca e casca. As hipóteses genéticas de quatro e cinco genes controlando o caráter foram testadas. A análise de QTL foi realizada através do mapeamento por intervalo simples, utilizando os dados fenotípicos e o mapa genético de ligação desenvolvido para cada população. Nas duas populações e gerações avaliadas, um grande número de linhagens apresentou expressividade variável, sendo que o maior percentual de grãos sem casca foi observado no terço superior da panícula. Com base no modelo genético proposto, o caráter nuda deve ser controlado por um gene principal N1 com atuação de genes modificadores, os quais desempenham um papel importante no grau de lignificação da lema. A análise de QTL detectou uma única região genômica com grande efeito sobre o caráter nuda nas populações de mapeamento. O marcador ‘GMI_ES14_c19259_657’ apresentou efeito significativo nas duas populações e gerações de autofecundação avaliadas. Estudos complementares serão necessários para confirmar a associação deste marcador com o caráter nuda em diferentes germoplasmas e investigar o potencial de uso deste marcador no melhoramento genético de aveia nuda. / Naked oat presents the formation of grains with a less lignified lemma. This feature allows the grain to be easily separated from palea and lemma during the thresh process. However, studies regarding the formation of naked grains began approximately a century ago; genetic control of this characteristic is not yet fully understood in oats. The objectives of this study were to evaluate the naked trait in two populations of oat lines, to determine the number of genes and to map genomic regions associated with this trait. Lines obtained from the simple crosses ‘UFRGS 01B7114-1-3 x UFRGS 006013-1’ and ‘URS Taura x UFRGS 017004-2’ were evaluated at the F5:6 and F5:7 generations. Parents of each population show the contrasting phenotypes hulled and naked grains. Based on the phenotypic data observed in this study, oat lines were classed as naked, partially naked, partially hulled and hulled. The genetic hypothesis of four and five genes controlling the trait were tested. QTL analysis was performed through simple interval mapping, using the phenotypic data and the genetic linkage map developed for each population. In both populations and generations, a great number of lines exhibited variable expressivity, with the highest percentage of naked grains observed in the upper third of the panicle. Based on the proposed genetic models, the formation of naked grains must be controlled by a principal or major gene (N1) acting with modifier genes, which plays an important role in the degree of lemma lignification. QTL analysis detected a unique genomic region with high association with the naked trait in the mapping populations. The SNP marker ‘GMI_ES14_c19259_657’ presented a significant effect in both populations and generations analyzed. Further studies are needed in order to confirm the association of this marker with the formation of naked grains in different germplasm and to investigate the potential of use this marker in breeding naked oat varieties.

Xylella fastidiosa é bactéria Gram-negativa e fastidiosa, limitada ao xilema das plantas com uma ampla gama de hospedeiros, incluindo mono e dicotilêdoneas, algumas de grande interesse econômico. No Brasil a X. fastidiosa é o agente causal da Clorose Variegada dos Citros (CVC), sendo observada nos Estados de São Paulo, Minas Gerais e Paraná. O objetivo deste trabalho foi o isolamento de X. fastidiosa de laranja doce (Citrus sinensis), análise molecular da variabilidade genética e resistência a antibióticos. A linhagem 9a5c de X. fastidiosa e isolados de cafeeiro e videira foram utilizados como controle nos estudos genéticos e de resistência a antibióticos juntamente com os isolados obtidos neste estudo. A diversidade genética de dezenove isolados foi determinada pela técnica de RAPD. Os resultados mostraram três grupos: o primeiro compreende dezesseis isolados de CVC (incluindo a linhagem 9a5c), o segundo dois isolados de cafeeiro, o terceiro um isolado de videira. Dois subgrupos foram observados no grupo citros, mostrando 72% de similaridade. A linhagem 9a5c foi incluída em um subgrupo menor, mostrando maior divergência que os outros isolados. Os níveis de resistência aos antibióticos foram avaliados empregando duas técnicas: difusão do antibiótico em meio de cultura sólido e diluição em meio líquido. A análise de resistência a antibióticos mostrou que a polimixina B, rifampicina, estreptomicina, canamicina, ampicilina, neomicina, tetraciclina, cloranfenicol e vancomicina o inibiram o crescimento dos isolados estudados, mas esses isolados foram resistentes a penicilina. Estes resultados dão suporte para a hipótese de homogeneidade entre isolados causadores da CVC e indicam quais os antibióticos que poderão ser utilizados no desenvolvimento de um sistema de transformação para esta bactéria, além de indicar o potencial emprego da antibiótico-terapia como uma alternativa a mais de convivência com a CVC. Testes de interação com bactérias endofíticas e X. fastidiosa mostraram que Methylobacterium sp. estimulou"in vitro"o crescimento de X. fastidiosa / not available

A macieira necessita de estímulo do frio para a queda das folhas ao final do ciclo, à dormência hibernal e a sua quebra desta. A não ocorrência adequada de frio no período do inverno resulta em brotação e florescimento irregular, resultando em desenvolvimento vegetativo e reprodutivo deficientes. Os objetivos deste trabalho foram de caracterizar indivíduos da população F1 para caracteres associados ao requerimento de frio hibernal como data de brotação e floração, construir um mapa genético de ligação em população clonal F1 e mapear QTLs associados a estes caracteres. Os genótipos da população F1 de estudo segregaram para os caracteres fenotípicos de brotação vegetativa e floração. Os mapas genéticos dos genitores ‘M13/91’ e ‘Fred Hough’ foram obtidos com 729 e 711 marcadores funcionais do tipo SNP, respectivamente. Dezessete grupos de ligação foram obtidos para cada genitor, cobrindo 1361 cM e 1066 cM para ‘M13/91’ e ‘Fred Hough’, respectivamente. As posições dos marcadores mapeados estão consistentes com o mapa consenso. Na extremidade do grupo de ligação 9, QTLs majoritários, possivelmente associados a fatores genéticos importantes para as características avaliadas, foram identificados nos mapas de ambos os genitores. Nesta região foram mapeados quatro marcadores genéticos significativamente ligados aos QTLs majoritários para brotação vegetativa e floração, explicando de 32,3% a 73,4% da variação fenotípica observada, respectivamente. Estes resultados sustentam a hipótese de que a extremidade do grupo de ligação 9 possui fatores genéticos associados ao controle do tempo de brotação e floração regulado pela exposição ao frio. Nesta região encontram-se genes de transcritos preditos com grande similaridade ao gene Flowering Locus C de Arabidopsis thaliana. / Apple trees require cold stimulus for leaf shedding at the end of the growth cycle and for winter dormancy. The non-occurrence of the appropriate cold condition during the winter causes irregular sprouting and flowering, resulting in deficient vegetative and reproductive growth. This study aimed to characterize individuals from a F1 population derived from ‘Fred Hough’ and ‘M13/91’ for cold requirement associated traits, like vegetative bud burst and flowering, to develop a genetic linkage map for both genitors and identify QTLs associated with these traits. The F1 population showed segregation for time for vegetative sprouting and time for flowering. A total of 729 and 711 functional SNP type markers were used to generate a map for each parent. For both parents, 17 linkage groups were obtained; covering 1361 cM and 1066 cM for ‘M13/91’ and ‘Fred Hough’, respectively. The position of the SNP loci in the obtained maps is consistent with the genomic sequence. At the end of linkage group 9, major QTLs genetically associated with the agronomical traits evaluated were identified for both genitors. In this region of the linkage group 9, four SNP markers were significantly associated with the major QTLs for vegetative bud burst and time of flowering, explaining 32,3% to 73,4% of the total phenotypic variation observed. Our results demonstrate that the same region of linkage group 9 contains important genetic determinants for the control of time of bud burst and flowering. Moreover, assessing the genomic sequence in this region, two predicted transcripts with similarity to the Flowering Locus C from Arabidopsis thaliana were identified. 1Master of

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A aveia nuda apresenta a formação de grãos com lema pouco lignificada. Esta característica facilita a separação dos grãos da lema e da pálea durante o processo de trilha. Embora, estudos sobre o caráter nuda iniciaram aproximadamente um século atrás, o controle genético deste caráter ainda não é totalmente compreendido em aveia. Os objetivos deste estudo foram avaliar o caráter nuda em duas populações de linhagens de aveia, determinar o número de genes e mapear regiões genômicas associadas a este caráter. Linhagens obtidas dos cruzamentos simples ‘UFRGS 01B7114-1-3 x UFRGS 006013-1’ e ‘URS Taura x UFRGS 017004-2’, foram avaliadas nas gerações F5:6 e F5:7. Os genitores de cada população são contrastantes para a formação de grãos com casca e sem casca. Com base nos resultados fenotípicos observados, as linhagens foram classificadas em nuda, parcialmente nuda, parcialmente casca e casca. As hipóteses genéticas de quatro e cinco genes controlando o caráter foram testadas. A análise de QTL foi realizada através do mapeamento por intervalo simples, utilizando os dados fenotípicos e o mapa genético de ligação desenvolvido para cada população. Nas duas populações e gerações avaliadas, um grande número de linhagens apresentou expressividade variável, sendo que o maior percentual de grãos sem casca foi observado no terço superior da panícula. Com base no modelo genético proposto, o caráter nuda deve ser controlado por um gene principal N1 com atuação de genes modificadores, os quais desempenham um papel importante no grau de lignificação da lema. A análise de QTL detectou uma única região genômica com grande efeito sobre o caráter nuda nas populações de mapeamento. O marcador ‘GMI_ES14_c19259_657’ apresentou efeito significativo nas duas populações e gerações de autofecundação avaliadas. Estudos complementares serão necessários para confirmar a associação deste marcador com o caráter nuda em diferentes germoplasmas e investigar o potencial de uso deste marcador no melhoramento genético de aveia nuda. / Naked oat presents the formation of grains with a less lignified lemma. This feature allows the grain to be easily separated from palea and lemma during the thresh process. However, studies regarding the formation of naked grains began approximately a century ago; genetic control of this characteristic is not yet fully understood in oats. The objectives of this study were to evaluate the naked trait in two populations of oat lines, to determine the number of genes and to map genomic regions associated with this trait. Lines obtained from the simple crosses ‘UFRGS 01B7114-1-3 x UFRGS 006013-1’ and ‘URS Taura x UFRGS 017004-2’ were evaluated at the F5:6 and F5:7 generations. Parents of each population show the contrasting phenotypes hulled and naked grains. Based on the phenotypic data observed in this study, oat lines were classed as naked, partially naked, partially hulled and hulled. The genetic hypothesis of four and five genes controlling the trait were tested. QTL analysis was performed through simple interval mapping, using the phenotypic data and the genetic linkage map developed for each population. In both populations and generations, a great number of lines exhibited variable expressivity, with the highest percentage of naked grains observed in the upper third of the panicle. Based on the proposed genetic models, the formation of naked grains must be controlled by a principal or major gene (N1) acting with modifier genes, which plays an important role in the degree of lemma lignification. QTL analysis detected a unique genomic region with high association with the naked trait in the mapping populations. The SNP marker ‘GMI_ES14_c19259_657’ presented a significant effect in both populations and generations analyzed. Further studies are needed in order to confirm the association of this marker with the formation of naked grains in different germplasm and to investigate the potential of use this marker in breeding naked oat varieties.

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Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, 2007. / Submitted by Luis Felipe Souza (luis_felas@globo.com) on 2009-01-07T12:27:13Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao_2007_GustavoTakano.pdf: 1537047 bytes, checksum: 3781d8b3c88622c41722e039be32970e (MD5) / Approved for entry into archive by Georgia Fernandes(georgia@bce.unb.br) on 2009-02-27T15:33:14Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertacao_2007_GustavoTakano.pdf: 1537047 bytes, checksum: 3781d8b3c88622c41722e039be32970e (MD5) / Made available in DSpace on 2009-02-27T15:33:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao_2007_GustavoTakano.pdf: 1537047 bytes, checksum: 3781d8b3c88622c41722e039be32970e (MD5) / Os tumores neuroendócrinos são um conjunto de neoplasias agrupadas por características morfofuncionais em comum porém de grande variabilidade de sítios de acometimento, histogênese, apresentação clínica e prognóstico. O presente estudo afere o perfil de imunomarcação, com o objetivo de caracterização da histogênese e correlação com fatores determinantes de seu comportamento biológico. Foram selecionados 20 casos de peças cirúrgicas com o diagnóstico histopatológico de neoplasias neuroendócrinas. Reações imunoistoquímicas com anticorpos específicos para identificar as proteínas Sinaptofisina, Cromogranina, Ki67, p53, c- kit, VEGF, e- caderina, 34βE12, CD99, e S100 foram empregadas. A expressão foi medida em escalas em dois e quatro níveis, e suas frequências foram comparadas às médias ou freqüências das demais variáveis do estudo – idade, sexo, localização tumoral, classificação conforme a OMS, e classificação em dois níveis prognósticos. A avaliação dos resultados demonstra que para a Cromogranina a imunoexpressão moderada a forte foi observada em 95% dos casos, enquanto que CD99 e 34βE12 foi observada em apenas em 5% dos casos. A marcação do ki67 foi mais intensa nos tumores malignos. A expressão da proteína E-caderina foi mais frequentemente observada nas neoplasias não pertencentes aos tratos digestório e respiratório. Os tumores neuroendócrinos do aparelho digestório apresentam, respectivamente, pouca expressão para a proteína S100 e elevada expressão para Sinaptofisina. As demais variáveis não mostraram diferenças estatisticamente significativas. Estes resultados estabelecem correlação com a histogênese. Verifica-se aparente especificidade das neoplasias com a Cromogranina, e Sinaptofisina, e ki-67, além da inespecificidade para 34βE12. Verifica-se ainda que algumas destas proteínas são mais observadas em tumores de sítios específicos, como S100, e a E-caderina. VEGF, CD99, p53 e c-kit são expressos em pequenos subconjuntos destes tumores, não correlatos às variáveis estudadas. _____________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Neuroendocrine tumours are a group of neoplasias that share morfofuncional characteristics but have a great variety of location, histogenesis, clinical presentation and prognosis. This study tests the immunohistochemistry profile of immunostaining to determine histogenetic characteristics and correlations with biological behavior determining factors. Twenty retrospective neuroendocrine tumors cases were selected and submitted to immunohistochemistry reaction with specific antibodies against synaptophysin, chromogranin, Ki67, p53, c- kit, VEGF, E-cadherin, 34βE12, CD99, e S-100. The immunoreactivity was scaled into a two and four-levels scale, and its frequencies were compared to the other variables – age, sex, location, classification according to WHO and classification in two prognostic levels. Chromogranin was the most frequent marker, with moderate to strong immunoexpression in 95% of the cases, and the least frequent markers were CD99 and 34βE12, in 5%. Ki67 reaction was stronger in malignant tumors. E-cadherin was more frequently observed in tumours outside digestive and respiratory sites. The neuroendocrine tumours of the digestive tract had, respectively, S100 low expression and synaptophysin high expression. All the other variables tested were not statistically significant. This results made a histogenetic correlation. There is apparently specificity with chromogranin, synaptophysin and ki-67, and there is not with 34βE12. Some of this proteins are more frequent in specifical sites, as S100 and E-cadherin. VEGF, CD99, p53 and c-kit are expressed in small and not correlated to the studied variables subgroups of tumours.

A toxicidade por alumínio é uma das principais limitações para produção de plantas em áreas cultiváveis, incluindo a cultura do milho. Existe elevada variabilidade genética para o caráter tolerância ao alumínio nesta espécie, porém, a seleção é trabalhosa devido à dificuldade de avaliação a campo. Os objetivos do presente trabalho foram caracterizar a tolerância à toxicidade ao alumínio em cinco linhagens de milho e identificar marcadores moleculares ligados aos genes que determinam essa tolerância. Foi realizado um experimento dialélico entre três linhagens tolerantes e duas sensíveis ao alumínio utilizando o método de recrescimento da raiz principal (DIF). Houve superioridade das populações híbridas em relação aos genitores e, pelo desdobramento dos efeitos de heterose, houve significância nos efeitos de heterose de variedade e heterose específica. As linhagens L06 e L09 obtiveram maior capacidade geral de combinação e o cruzamento L10xL08 foi a melhor combinação específica. Para fenotipagem, realizada em famílias F3 dos cruzamentos L09xL06 e L10xL08 foi utilizado DIF e o método coloração com hematoxilina (HEM). Para análise molecular foram utilizados marcadores SSR. Foram obtidos 37 marcadores polimórficos. A análise de regressão mostrou significância em marcadores localizados nos cromossomos 4, 5, 6, 8 e 10. Os QTLs identificados explicaram 41% e 37% da variação para as variáveis DIF e HEM, respectivamente. Foi encontrada associação entre os experimentos a campo e trabalhos realizados em solução mínima para os híbridos testemunha, entretanto não houve correlação nos dados gerados pelas famílias F3 dos cruzamentos estudados. Os resultados sugerem o envolvimento de diversos genes, tratando-se de uma característica de herança complexa determinada por efeitos genéticos aditivos e nãoaditivos.

O vírus da Cinomose Canina é uma doença multisistêmica cosmopolita com altos índices de mortalidade que afeta cães domésticos e diversos animais selvagens. Desde a década de 1960 tem sido controlado através de campanhas de vacinação porém, atualmente tem ocorrido o surgimento de diversos casos, em todo o mundo, de cães vacinados que desenvolveram a doença. O diagnóstico da Cinomose Canina é difícil e tem sido feito habitualmente através dos sinais clínicos da doença. No Brasil, bem como no Rio Grande do Sul somos carentes de dados sobre a epidemiologia e distribuição da Cinomose Canina. O objetivo deste estudo foi o desenvolvimento de uma técnica de RT-PCR para o diagnóstico do vírus da Cinomose Canina e a caracterização de amostras selvagens. Foram realizados testes de sensibilidade, especificidade e reprodutibilidade para padronizar a técnica de RT-PCR. Foram analisadas 4 amostras suspeitas, 3 amostras vacinais e 3 amostras selvagens. As amostras suspeitas submetidas à técnica de RT-PCR não amplificaram, entretanto as 3 amostras selvagens e vacinais tiveram sua identidade confirmada sendo posteriormente caracterizadas. A enzima PvuII e EcoRV revelaram-se importantes na diferenciação das amostras selvagens e vacinais. Este estudo forneceu informações que devem ser melhor estudadas para se alcançar uma ferramenta abrangente no diagnóstico e caracterização do Vírus da Cinomose Canina em nossa região.