No presente estudo, uma triagem foi realizada com 12 fungos marinhos Penicillium miczynskii CBMAI 930, Penicillium raistriicki CBMAI 931, Aspergillus sydowii CBMAI 933, Aspergillus sydowii CBMAI 934, Aspergillus sydowii CBMAI 935, Bionectria sp. CBMAI 936, Penicillium oxalicum CBMAI 1185, Penicillium citrinum CBMAI 1186, Penicillium decaturense CBMAI 1234, Penicillium raistriicki CBMAI 1235, Cladosporium sp. CBMAI 1237 e Aspergillus sydowii CBMAI 1241 para avaliar o potencial enzimático destes micro-organismos frente à fenilacetonitrila 1. Estes micro-organismos foram isolados de esponjas e alga coletadas do litoral norte do estado de São Paulo. A triagem foi realizada em meio sólido mineral suplementado com glicose e fenilacetonitrila 1 como única fonte de nitrogênio. Dentre os fungos, 8 adaptaram-se muito bem ao substrato 1 nas respectivas quantidades 5 µL (0,04 mmol), 10 µL (0,08 mmol) e 15 µL (0,12 mmol). Em seguida, a triagem foi realizada em meio líquido (20 µL (0,17 mmol), 40 µL (0,35 mmol) e 60 µL (0,50 mmol) de fenilacetonitrila 1 e obteve um bom crescimento de massa micelial dos fungos. Experimentos realizados na ausência de fenilacetonitrila 1, tanto em meio sólido, quanto em meio líquido, não promoveram o crescimento microbiano, evidenciando que as enzimas capazes de hidrolisarem nitrilas presente no sistema catalítico são construtivas. A fenilacetonitrila 1 foi biotransformada ao ácido 2-(2-hidroxifenil)acético 1b (51% pelo fungo A. sydowii CBMAI 934) por todos os fungos adaptados. Devido ao bom crescimento do fungo A. sydowii CBMAI 934 em meio mineral sólido e líquido na presença de fenilacetonitrila 1, este fungo foi selecionado para promover reações de hidrólise frente a diferentes organonitrilas, arilcetonitrilas: 4-fluorofenilacetonitrila 2, 4-clorofenilacetonitrila 3, 4-metoxifenilacetonitrila 4, 2-metilfenilacetonitrila 5, 3-metilfenilacetonitrila 6, 4-metilfenilacetonitrila 7 aos seus correspondentes ácidos carboxílicos 4-fluorofenilacético 2a (51%), 4-clorofenilacético 3a (55%), 4-metoxifenilacético 4a (43%), 2-metilfenilacético 5a (76%), 3-metilfenilacético 6a (52%) e 4-metilfenilacético 7a (46%), em nitrila alifática, 2-(1-ciclo-hexen-1-il)acetonitrila 8 ao ácido 2-(1-ciclo-hexen-1-il)acético 8a (28%) e nitrila hetero-aromática, 2-cianopiridina 19 a 2-piridinamida 19a. As reações foram acompanhadas por GC-FID e os produtos de biotransformações foram isolados e caracterizados por GC-MS, HRMS, RMN de 1H e de 13C. Este trabalho envolveu o primeiro estudo frente à biotransformação de nitrilas por micro-organismos de origem marinha. / In the present study, a screening of 12 marine fungi Penicillium miczynskii CBMAI 930, Penicillium raistriicki CBMAI 931, Aspergillus sydowii CBMAI 933, Aspergillus sydowii CBMAI 934, Aspergillus sydowii CBMAI 935, Bionectria sp. CBMAI 936, Penicillium oxalicum CBMAI 1185, Penicillium citrinum CBMAI 1186, Penicillium decaturense CBMAI 1234, Penicillium raistriicki CBMAI 1235, Cladosporium sp. CBMAI 1237 and Aspergillus sydowii CBMAI 1241 was done in order to evaluate the enzymatic potential of these microorganisms in phenylacetonitrile 1. These microorganisms were isolated from sponges and algae collected at the north shore of Sao Paulo State. The screening was carried out in solid mineral medium supplemented with glucose and phenylacetonitrile 1 as the only source of nitrogen. Among the fungi, 8 adapted to the subtract really well 5 µL (0,04 mmol), 10 µL (0,09 mmol) and 15 µL (0,13 mmol). Afterwards, a screening was carried out in liquid medium 20 µL (0,17 mmol), 40 µL (0,35 mmol) and 60 µL (0,50 mmol) of phenylacetonitrile 1) and a great mass of the fungi was obtained. The phenylacetonitrile 1 was biotransformed in the acid 2-(2-hydroxyphenyl)acetic 1b (51% by the fungus A. sydowii CBMAI 934) by all the adapted fungi. Experiments carried out without phenylacetonitrile 1, both in solid and liquid media did not show microbial growth. Enzymes which hydrolyzed nitriles present in the catalytic system were constructive. Due to the good growth rate of the fungus A. sydowii CBMAI 934 in solid and liquid mineral media in presence of phenylacetonitrile 1, this fungus was selected to promote hydrolysis reactions in different organonitriles, arylacetonitriles: 4-fluorophenylacetonitrile 2, 4-chlorophenylacetonitrile 3, 4-methoxyphenylacetonitrile 4, 2-methylphenylacetonitrile 5, 3-methylphenylacetonitrile 6, 4-methylphenylacetonitrile 7 in their corresponding carboxylic acids 4-fluorophenylacetic 2a (51%), 4-chlorophenylacetic 3a (55%), 4-methoxyphenylacetic 4a (43%), 2-methylphenylacetic 5a (76%), 3-methylphenylacetic 6a (52%) and 4-methylphenylacetic 7a (46%), aliphatic nitrile 2-(1-cyclohexen-1-yl)acetonitrile 8 to 2-(1-cyclohexen-1-yl)acetic acid 8a (28%) and heteroaromatic nitrile 2-cyanopiridine 19 to 2-pyridinecarboxamides 19a. The reactions were monitored by GC-FID and the biotransformation products were isolated and characterized by GC-MS, HRMS and 1H and 13C NMR. This work involved the first study on the biotransformation of nitriles by marine microorganisms.

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Les fucanes, ou fucoïdanes, sont des polysaccharides caractéristiques des algues brunes comme Saccharina longicruris. Leur hydrolyse par des enzymes bactériennes amplifie leurs activités biologiques. Cependant, peu d'enzymes capables d'hydrolyser les fucoïdanes ont été découvertes et leurs actions sont spécifiques à la structure de chaque fucoïdane. Le but de ce projet est d'identifier des bactéries marines capables d'hydrolyser le fucoïdane. Des bactéries fucosidase positives ont d'abord été isolées par des préenrichissements à partir d'échantillons d'algues et d'eau de mer prélevés dans le fleuve St-Laurent (Ste-Luce, mai 2007) et sélectionnées par une réaction chromogénique. Le séquençage d'une section de la petite sous-unité du gène d'ADNr 16S a révélé que les bactéries sélectionnées appartenaient à Pseudoalteromonas spp. La cinétique de croissance d'une souche de Pseudoalteromonas dans un milieu à base d'eau de mer (Marine Broth) avec ou sans les différents sucres composant le fucoïdane (glucose, fucose ou galactose) n'a pas révélé de différence entre les milieux testés. Le dosage des activités enzymatiques de type fucosidase et fucoïdane hydrolase des extraits bruts de biomasse a été déterminé par la mesure de la libération du nitrophénol lors de l'hydrolyse du PNP-oc-L-fucoside et par le dosage des sucres réducteurs, respectivement. L'activité spécifique de la fucosidase, optimisée à 20°C, est d'environ 0,014 U/mg et elle est constante dans le temps. Celle de la fucoïdane hydrolase, atteint sa valeur maximale de 0,67 U/mg après une heure d'incubation et est optimale à 50°C. Ce travail a permis l'isolement d'une bactérie productrice de deux enzymes capables de dégrader les fucoïdanes, soit la fucosidase et la fucoïdane hydrolase. Les gènes codant pour ces enzymes pourront ultérieurement être identifiés et servir au développement d'un procédé commercial de fractionnement du fucoïdane par bioconversion.

Le groupe Substances Naturelles Marines du LCMBA (UMR 6001 CNRS-UNSA) se consacre à l'isolement et à la caractérisation de nouvelles molécules bioactives à partir d'invertébrés marins (spongiaires et cnidaires principalement). Suivant l'intérêt que ces molécules originales suscitent, leur valorisation peut concerner autant le domaine de la pharmaceutique que celui de la biosynthèse ou de l'écologie chimique. Ce manuscrit présente les travaux de recherche réalisés sur les deux éponges Pandaros acanthifolium et Agelas oroides, et sur les deux cnidaires Astroides calycularis et Parazoanthus axinellae. P. acanthifolium, très peu étudié, a permis l'isolement d'une nouvelle famille de saponines stéroïdiennes. La famille des orthidines et une nouvelle aplysinopsine, ont été isolées pour la première fois d'A. calycularis. Enfin, nous décrivons une nouvelle famille d'alcaloïdes isolée de P. axinellae qui nous a permis de distinguer deux morphotypes de P. axinellae d'après leurs profils chimiques. A. oroides a été choisi comme modèle d'étude pour la mise en place d'un nouveau protocole de biosynthèse in vivo des alcaloïdes de type pyrrole-2-aminoimidazoles (P2AI). Ces études permettent de confirmer l'utilisation de la proline dans la biosynthèse des P2AI.

L'exploitation des ressources énergétiques et minérales terrestres rencontre des limites face à l'augmentation rapide de la population mondiale. Ce n'est qu'après la seconde guerre mondiale que les États ont compris qu'ils devaient maîtriser l'océan pour pouvoir en extraire ses ressources. 1982 marque l'adoption de la Convention des Nations-Unies sur le droit de la mer. L'espace maritime fut alors découpé en zones, sur lesquelles les États côtiers avaient le plus souvent des droits. Ce découpage permettait une meilleure exploitation des ressources maritimes. Ainsi, en mer territoriale, les États pouvaient mettre en place des systèmes de production d'électricité à partir de sources renouvelables. Plus loin, dans la zone économique exclusive, les États peuvent autoriser l'exploration et l'exploitation des hydrocarbures. Enfin, sur le plateau continental, l'évolution de la technologie nous permettra bientôt d'aller exploiter les ressources minérales marines. La question centrale qui se pose est de savoir s'il est possible d'exploiter ces ressources de façon durable sans détruire l'environnement marin. La protection de l'environnement ne peut exister sans un droit fort et appliqué. Il doit constituer un rempart contre les agissements d'entreprises ou d’États peu soucieux de l'impact à long terme de leurs actions. L'Océan, immense, aux fonds invisibles et mystérieux, est vulnérable. Sa protection ne pourra avoir lieu que lorsque le grand public, les États et les entreprises, auront compris son importance pour la survie de l'Humanité. C'est le devoir des hommes et des femmes de droit de rendre cette protection effective. / The exploitation of terrestrial energy and mineral resources is limited by the rapid increase of the world's population. It was only after the Second World War that States realised that they had to control the ocean in order to extract its resources. 1982 marks the adoption of the United Nations Convention on the Law of the Sea. The maritime are: was then divided into zones, over which coastal States most often had rights. This division allowed for a better exploitation of maritime resources. In the territorial sea, for example, States could set up electricity production systems from renewable sources. Further, in the exclusive economic zone, States could allow the exploration and exploitation of hydrocarbons. Finally, on the continental shelf, the evolution of technology will soon allow us to exploit marine mineral resources. The central question is whether it is possible to exploit these resources in a sustainable way without destroying the marine environment. The protection of the environment cannot exist without a strong and applied legislation. It must be a bulwark against the actions of companies or States that have little regard for the long-term impact of their actions. The ocean, immense, with invisible and mysterious bottoms, is vulnerable. Its protection can only take place when the general public, States and companies understand its importance for the survival of Humanity. It is the duty of the men and women of law to render this protection effective.

La quantité de sable mobilisable sur un fond sédimentaire, ou disponible sédimentaire, a un impact important sur la morphodynamique du fond sédimentaire. Il existe de nombreuses zones côtières soumises à cette limitation du disponible sableux et qui jouent un rôle dans les phénomènes d'érosion-engraissement des plages ou bien peuvent impacter les activités humaines. L'impact de la quantité de sable mobilisable sur la morphodynamique d'un fond sédimentaire soumis à un courant est étudié expérimentalement dans un canal à courant. La vitesse de l'écoulement est telle que la contrainte au fond soit supérieure à la contrainte critique de mise en mouvement des sédiments. L'évolution temporelle des longueurs d'onde des rides montre une dépendance avec le disponible sédimentaire. Il en est de même la hauteur ou la longueur d'onde des structures à l'équilibre. Une ré-analyse des données in-situ de Ferret 2011 est effectuée et les résultats obtenus sur les vitesses de migration sont comparés aux résultats expérimentaux. La dépendance du transport sédimentaire par charriage et de la vitesse de migration avec le disponible sédimentaire peut être modélisée par l'ajout d'un facteur dépendant de la fraction surfacique du fond couverte de sédiment mobilisable. L'impact du disponible sédimentaire sur le seuil de mise en mouvement des sédiments est également abordé de manière expérimentale avec différentes rugosités pour le fond immobile. Deux méthodes de détection du seuil de mise en mouvement sont développées de manière à automatiser au maximum la mesure. L'impact des rugosités testées et du disponible sédimentaire sur le seuil de mise en mouvement de sédiments homogènes, faiblement hétérogènes et coquilliers est étudié expérimentalement. / The amount of sand that can be mobilized on a sedimentary bed or sediment supply, has an important impact on the bed morphodynamics. There are many coastal areas subjected to the limitation of sediment that can play a significant role in the erosion-accretion processes of beaches or can impact human activities.The impact of sediment supply on the morphodynamics of a sedimentary bed subjected to a current is experimentally studied in a current flume. The flow velocity is such that the bottom shear stress is higher than the critical shear stress for sediment threshold. The temporal evolution of ripple wavelength shows a significant dependence with the sediment supply. It is the same with parameters such as the height or the wavelength of the bedforms at equilibrium. A re-analysis of field data from Ferret 2011 is performed and the obtained results for the bedform migration velocity are compared with the experimental results. The influence of the sediment bedload transport and the migration velocity with the sediment supply can be modeled by the addition of a factor depending on the fraction of the bottom covered with movable sediment. The impact of the sediment supply on the sediment threshold is also experimentally studied with different roughness for the immobile bottom. Two methods of detection of the sediment threshold are developed in order to automate the acquisition and process as much as possible. The impact of the bottom roughness and the sediment supply on the sediment threshold for homogeneous, weakly heterogeneous and shellfish sediment is experimentally studied

This thesis analyses the United States Marine Corps’ counterinsurgency strategy in Vietnam between March 1965 and November 1968, filling a major gap in the existing literature by forensically examining the primary source records maintained by the United States Marines to produce an assessment of the effectiveness of the strategy. It provides a useful corollary to the diplomatic and military histories of the war because not only does it examine operational-level thinking about the war but it analyses the intellectual antecedents of the Marines’ counterinsurgency strategy to answer the important questions about why the Marines chose to emphasis pacification and the ‘ink blot’ strategy rather than conducting a more conventional campaign that focused upon the destruction of enemy forces. The Marines’ own experience of counterinsurgency in the early part of the 20th Century, as well as the work of counterinsurgency theorists of the 1950s and 1960s, had a considerable impact upon their approach to the Vietnam War. The decision of the senior Marine commanders to adopt a pacification strategy along the lines of the ‘ink blot’ approach promulgated by these French and British counterinsurgency experts was partly the result of their view of the political nature of the war and partly the result of the reality they faced on the ground. At the time the Marines deployed to Vietnam their mission was to protect three bases on the coast in the northern provinces of South Vietnam and the Marines realised that the security of these establishments could be greatly improved if the population supported the Marines (and, by extension the South Vietnamese government) rather than the insurgents. Therefore, the ‘spreading ink blot’ of pacification was a product of the need to improve security as well as an attempt to challenge the political nature of communist revolutionary warfare. The metrics used to measure progress in the war were flawed, but there are other indicators within the Marines’ records that show they were conducting an effective and appropriate counterinsurgency campaign, within the limitations imposed by lack of resources and general inability to influence the war as a whole. When the Tet Offensive was launched in early 1968, the Marines use of pacification as ‘defence in depth’ allowed them to successfully defend the coastal enclaves by countering both the political and military efforts of the North Vietnamese in those areas.

Les éléments transposables (ET) sont des séquences d‟ADN capables de se déplacer dans les génomes qui les hébergent. Les ET de type mariner (mariner-like element : MLE) ont été caractérisés chez les animaux et chez les plantes à fleurs terrestres mais pas chez les microalgues marines. Dans le présent travail, les MLE ont été recherchés chez les diatomées marines (Bacillariophycées) qui sont des microalgues possédant une enveloppe externe siliceuse. Elles ont colonisé tous les milieux aquatiques et constituent une part majeure du phytoplancton; de ce fait, elles jouent un rôle écologique clé dans le milieu marin.La caractérisation des MLE des diatomées a été réalisée au moyen d‟approches moléculaire et bio-informatique. La présence de MLE dans le génome de 10 espèces de diatomées a été mise en évidence grâce à l‟amplification de fragments d‟environ 380 pb. Ces fragments correspondent à une partie de la séquence conservée codant l‟enzyme responsable de la transposition des MLE : la transposase. L‟analyse des séquences obtenues, par des méthodes phylogénétiques, ainsi que la classification des MLE de diatomées mettent en évidence leur appartenance au groupe des MLE végétaux de la superfamille Tc1-mariner. Néanmoins, les séquences MLE de diatomées divergent considérablement par rapport aux MLE des plantes terrestres. Afin de déterminer si les diatomées ont la capacité de produire la transposase, l‟expression des MLE a été recherchée chez des diatomées soumises à des stress thermiques de courte durée (5 h). Nos travaux montrent que les MLE sont exprimés chez les trois espèces testées incluant la diatomée modèle Phaeodactylum tricornutum dont le génome a été séquencé récemment. L‟expression des MLE des diatomées est variable selon les conditions thermiques et selon les espèces.L‟ensemble de nos résultats suggère que les MLE sont ubiquistes dans les génomes de diatomées et qu‟ils sont présents de manière ancestrale dans la lignée végétale. Les MLE des diatomées forment trois nouvelles sousfamilles de la superfamille Tc1-mariner, la plus répandue des superfamilles d‟ET. De plus, leur expression suggère qu‟il existe des MLE capables de se déplacer dans le génome des diatomées. Si la transposition était vérifiée, ils pourraient alors être développés comme outils de mutagenèse.

Fighting Power: Interpretive Issues The 1st Provisional Marine Brigade, 1950 Hammes, Thomas Xavier Lincoln College Submitted for Doctor of Philosophy in History Trinity Term 2008 When the Korean War broke out on 25 June 1950, the Marine Corps was ordered to deploy an air-ground brigade from California in less than ten days. Due to five years of massive budget and manpower cuts, the Marine Corps did not have even a brigade immediately available. The only way to meet the sailing timeline was to organize, man and equip the force while actually embarking it. As it embarked, the brigade had to incorporate marines flown in from posts all over the western United States; draw equipment from war reserves held hundreds of miles away; reorganize many of the existing units under new tables of organization; and add an experimental helicopter detachment from the east coast of the United States. Despite these enormous handicaps and numerically superior enemy forces, the brigade won every engagement. This performance was in stark contrast to the performance of all other US forces at this stage of the war. The brigade’s brief existence (7 July to 6 Sept 1950), combined with its exceptional combat record under adverse conditions, provides the opportunity to study the impact of institutional culture, education, doctrine, organization, training and leadership on performance in combat. Research showed that a key element of the brigade’s success was the Marine Corps’ institutional culture. In particular, the culture of remembering ensured marines understood the unchanging aspects of war and provided its men with the education, training, doctrine and organization to cope with its enduring friction, fog and chance. At the same time, the culture of learning ensured the marines understood what was changing in the character and tools of war so the brigade was well adapted to the realities of modern war from its first day in combat.

Les éléments transposables (ET) sont des séquences d‟ADN capables de se déplacer dans les génomes qui les hébergent. Les ET de type mariner (mariner-like element : MLE) ont été caractérisés chez les animaux et chez les plantes à fleurs terrestres mais pas chez les microalgues marines. Dans le présent travail, les MLE ont été recherchés chez les diatomées marines (Bacillariophycées) qui sont des microalgues possédant une enveloppe externe siliceuse. Elles ont colonisé tous les milieux aquatiques et constituent une part majeure du phytoplancton; de ce fait, elles jouent un rôle écologique clé dans le milieu marin.La caractérisation des MLE des diatomées a été réalisée au moyen d‟approches moléculaire et bio-informatique. La présence de MLE dans le génome de 10 espèces de diatomées a été mise en évidence grâce à l‟amplification de fragments d‟environ 380 pb. Ces fragments correspondent à une partie de la séquence conservée codant l‟enzyme responsable de la transposition des MLE : la transposase. L‟analyse des séquences obtenues, par des méthodes phylogénétiques, ainsi que la classification des MLE de diatomées mettent en évidence leur appartenance au groupe des MLE végétaux de la superfamille Tc1-mariner. Néanmoins, les séquences MLE de diatomées divergent considérablement par rapport aux MLE des plantes terrestres. Afin de déterminer si les diatomées ont la capacité de produire la transposase, l‟expression des MLE a été recherchée chez des diatomées soumises à des stress thermiques de courte durée (5 h). Nos travaux montrent que les MLE sont exprimés chez les trois espèces testées incluant la diatomée modèle Phaeodactylum tricornutum dont le génome a été séquencé récemment. L‟expression des MLE des diatomées est variable selon les conditions thermiques et selon les espèces.L‟ensemble de nos résultats suggère que les MLE sont ubiquistes dans les génomes de diatomées et qu‟ils sont présents de manière ancestrale dans la lignée végétale. Les MLE des diatomées forment trois nouvelles sousfamilles de la superfamille Tc1-mariner, la plus répandue des superfamilles d‟ET. De plus, leur expression suggère qu‟il existe des MLE capables de se déplacer dans le génome des diatomées. Si la transposition était vérifiée, ils pourraient alors être développés comme outils de mutagenèse. / Transposable elements (TE) are sequences able to move between two loci in the host genomes. Mariner-like element (MLE) are well characterized in animal and land plant genomes but not in marine microalgae. In this work, we have looked for MLE in marine diatoms (Bacillariophyceae) that are microalgae having a siliceous wall. They have colonized all aquatic environments and are a major component of the phytoplankton, so they play a major role in the ecology of marine environments.To characterize the diatom MLE, molecular and bio-informatics approaches were used. The presence of MLE was detected in ten diatom species which exhibited sequence fragments of about 380 pb. These fragments were identified as a section of the conserved sequence which encodes the enzyme responsible for MLE transposition, the transposase. Phylogeny and classification analysis of these fragments revealed that diatom MLE belong to the Tc1-mariner superfamily, and more precisely to the vegetal MLE group. Nevertheless, diatom MLE sequences diverged from the flowering plant MLE. In order to determine if MLE transposase is produced in diatoms, MLE expression was looked for in diatoms under thermal stresses. Our results showed that diatom MLE were expressed in the three species tested, including the model diatom Phaeodactylum tricornutum which was completely sequenced recently. Diatom MLE expression was dependent on the thermal conditions and on the species.Our results suggest that MLE are widespread in diatom genomes and that they have an ancestral presence in the green lineage. Diatom MLE cluster in three subfamilies in the huge ET Tc1-mariner superfamilly. Finally, the diatom MLE expression detected could reflect the existence of active MLE in diatom genomes. If this hypothesis were verified, it could lead to the development of mutagenesis tools.