Embora não exista uma variedade comercial de maracujazeiro-doce (Passiflora alata Curtis), a fruta vem ganhando espaço no mercado brasileiro, justificando o uso de técnicas convencionais e moleculares no melhoramento da cultura. Nas espécies em que ocorre autoincompatibilidade e o cruzamento entre indivíduos é obrigatório, como nos maracujazeiros, não é possível a obtenção de populações convencionais de mapeamento. Por isso, utiliza-se a técnica two-way pseudo-testcross para a geração de mapas genéticos, usando uma população F1 segregante e marcas dominantes, o que resulta na geração de mapas individuais, sendo um por genitor. A inconveniência desta estratégia tem sido superada pelo uso de marcadores codominantes e estatísticas mais robustas. Marcadores baseados em SSRs (ou microssatélites) e em SNPs são úteis para promover a integração dos mapas, pois são codominantes e abundantes no genoma de plantas. O presente trabalho objetivou gerar um mapa integrado de P. alata, usando novos marcadores SSR, além de M-AFLP e SNP. Os locos SSR foram desenvolvidos a partir de uma biblioteca genômica enriquecida, previamente construída. Dentre os motivos, prevaleceram os dinucleotídicos perfeitos de (AC)n e (AG)n. Neste trabalho, mais 175 primers de SSR foram desenhados e avaliados juntamente com 111 previamente obtidos, observando-se uma taxa de polimorfismo entre os genitores de 31,9%. Ainda com esse conjunto de primers, foi possível recuperar polimorfismos de conformação de fita simples (SSR-SSCP) em 23 locos. A genotipagem de 26 SSRs na população segregante resultou em 40 locos, os quais, associados a um SSR-SSCP, resultaram em seis locos com segregações mais informativas do tipo 1:1:1:1 e 1:2:1. M-AFLPs apresentaram 34,0% de polimorfismo, acrescendo mais seis locos informativos ao mapa de ligação. Os SNPs revelados pelo alinhamento das sequências de AFLP e de genes putativos revelaram uma mutação a cada 110 pb, em média. Foi possível a genotipagem de SNP para um dos genes, e conjuntos de primers para outros locos são propostos. Mapas individuais para ambos os genitores foram obtidos com 175 e 229 marcadores de segregação 1:1, respectivamente, ao passo que o mapa integrado incluiu, além desses, 12, 7 e 40 marcas de segregação 1:1:1:1, 1:2:1 e 3:1, respectivamente. Foi possível estabelecer a correspondência para a maioria dos grupos de ligação individuais e integrados. Observou-se a ampla distribuição de marcadores baseados em microssatélites, com a eventual formação de clusters. Este mapa, embora preliminar, pode ser útil no mapeamento de caracteres agronômicos e em estudos comparativos com o mapa integrado de P. edulis f. flavicarpa. / Although there is no a commercial variety of sweet passion fruit (Passiflora alata Curtis) the crop has gained importance in the Brazilian market. This justifies the use of conventional and molecular techniques for breeding the crop. In species where self-incompatibility occurs and crossing between plants is necessarily required, as in passion fruits, conventional mapping populations are not possible to be produced. Therefore, the two-way pseudo-testcross approach is used for the generation of genetic maps, employing an F1 segregating population and dominant markers, resulting in individual maps, one for each parent. The drawback of this strategy has been overcome by the use of codominant markers and more robust statistics. Markers based on SSRs (or microsatellites) and SNPs are useful for integrating the maps, because of their codominant inheritance and abundance in plant genomes. This study aimed to generate an integrated map of P. alata using new SSR, M-AFLP and SNP markers. The SSR loci were developed from an enriched genomic library previously constructed. Among the motifs, the most frequent were perfect di-nucleotides, (AC)n and (AG)n rich. In this study, 175 SSR primers were designed and evaluated along with 111 previously obtained. A polymorphism rate of 31.9% was observed between the parents. Using these primer sets, it was possible to recover single-stranded conformation polymorphisms (SSR-SSCP) at 23 loci. The genotyping of the segregating population using the 26 SSRs resulted in 40 loci; adding a SSR-SSCP, the result was six informative loci showing segregation rations of 1:1:1:1 and 1:2:1. M-AFLPs showed 34.0% of polymorphism, providing six informative loci to the map. The alignment of parental AFLP and putative gene sequences revealed one SNP per 110 bp on average. It was possible to genotype one gene-derived SNP, and primer sets for other loci are proposed. Individual maps of both parents were obtained with 175 and 229 markers segregating in 1:1 ratio, respectively, while in the integrated map were included 12, 7 and 40 markers segregating in 1:1:1:1, 1:2:1 and 3:1 rations, respectively. It was possible to establish the correspondence for most of the individual linkage groups and the integrated groups. Microsatellite-based markers showed a wide genome distribution, with eventual cluster formation. Although preliminary, this map may be useful for mapping agronomic traits and in comparison studies with the integrated map of P. edulis f. flavicarpa.

Casos de malária importada, contraídos em região endêmica, mas diagnosticados em um país não-endêmico, são um evento raro mas com desfecho potencialmente fatal. Nosso objetivo foi investigar se a análise de genomas mitocondriais permite inferir a origem geográfica de casos importados de malária vivax diagnosticados nos EUA, comparando os resultados com aqueles obtidos por análise de DNA microssatélite. Foi sequenciado o genoma mitocondrial completo de 63 amostras de P. vivax provenientes de infecções importadas dos EUA, além de 7 amostras do Brasil e 6 do Panamá. A rede de haplótipos com DNA mitocondrial foi construída com 412 sequências e foi possível classificar com precisão a origem geográfica presumida dos isolados da América do Sul, Coréia, Sudeste Asiático e Melanésia, porém os isolados do Sul da Ásia, América Central e África não puderam ser classificados geograficamente. A análise bayesiana realizada com a tipagem de marcadores de microssatélites não apresentou sucesso quanto à classificação geográfica dos isolados de P. vivax. / Cases of imported malaria, infection acquired in an endemic region, but diagnosed in a non-endemic country, are rare but can lead to a fatal outcome. Our objectives were investigate whether the analysis of mitochondrial genomes allows inferring the geographic origin of isolates of P. vivax derived from cases of imported malaria diagnosed in the USA, and compare the performance of mitochondrial genome and DNA microsatellite analysis. We sequenced full mitochondrial genomes from 63 P. vivax isolates collected at the USA from imported infections, and 7 samples from Brazil and 6 Panama. A network of mitochondrial DNA haplotypes was built with 412 genomic sequences and were able to classify accurately isolates from South America, Korea, Southeast Asia and Melanesia according to their presumed geographic origin, but failed to do so with samples from South Asia, Central America and Africa. The Bayesian analysis performed by typing microsatellite markers showed no success on the classification of geographical isolates of P. vivax.

Rearranjos cromossômicos envolvendo a presença de cromossomos marcadores extranumerário são achados citogenéticos freqüentes em pacientes que apresentam deficiência mental, alterações de crescimento, dismorfias e/ou malformações. A presença desse material é responsável por trissomia ou tetrassomia parcial de determinadas regiões cromossômicas, causando quadros clínicos distintos e inespecíficos. A variabilidade fenotípica está relacionada principalmente com os diferentes graus de mosaicismo, os genes presentes na região adicional, o cromossomo de origem, entre outros fatores. Sendo assim, a caracterização desse material cromossômico é de importância fundamental para a determinação do prognóstico e do aconselhamento genético dos pacientes e suas famílias. O presente estudo teve como objetivo a análise de cromossomos marcadores extranumerários por meio de técnicas de citogenética convencional e molecular. Foram selecionados onze pacientes que são acompanhados pelo o Serviço de Genética Médica do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto USP, todos com diagnóstico citogenético convencional por bandeamentos GTG de cromossomo marcador extranumerário. Para determinação da origem e caracterização dos cromossomos marcadores foram aplicadas as técnicas de Cariótipo Espectral (SKY) e de Hibridação in situ Fluorescente (FISH). Em dez pacientes foi possível determinar a origem e composição dos marcadores. Dois pacientes apresentam cromossomos marcadores identificados como duplicações invertidas do cromossomo 15, com cariótipos definidos, respectivamente, como 47,XY,+idic(15)(pterq15::q15pter) e 47,XX,+idic(15)(pterq21::q21p11.2), um paciente possui cromossomo marcador derivativo do cromossomo 15, com cariótipo 47,XX,+der(15)(pterq21) e dois pacientes, sendo uma menina e seu pai, possuem cromossomos marcadores derivativos do cromossomo 15 com cariótipos, respectivamente, 48,XX,+2der(15)(pterq12) e 48,XY,+2der(15)(pterq12). Dois pacientes possuem cromossomos marcadores derivativos do cromossomo 9, com cariótipos definidos, respectivamente, como 47,XX,+der(9)(pterq21) e 47,XX,+der(9)(pterq32) e um paciente apresenta cromossomo derivativo do cromossomo 4 [47,XX,+der(4)(p16q21)[9]/48,XX,+der(4)(p16q21),+mar[91]]. Um paciente possui um cromossomo marcador translocado derivativo do cromossomo 22 [47,XY,+der(22)t(11;22)(q25:q11.2)] e outro paciente, um cromossomo translocado derivativo do cromossomo 15 [47,XY,+der(15)t(15;16)(q13;q13)], ambos herdados de mães portadoras de translocações aparente balanceadas. Em um caso, não foi possível a caracterização dos cromossomos marcadores por meio das técnicas aplicadas. Há uma grande variação fenotípica associada à presença de cromossomos marcadores e muitas vezes o prognóstico e o aconselhamento genético são difíceis de determinar. As técnicas de citogenética molecular são ferramentas importantes para a caracterização dos cromossomos marcadores, tanto durante o pré-natal, como para uma família que já possui um membro afetado, auxiliando no mapeamento gênico de cada região envolvida para futura correlação cariótipo-genótipo-fenótipo. / Chromosomal rearrangements involving supernumerary marker chromosomes are frequently found in patients with mental retardation, growth defects and malformations. The genetic materials presented in trisomy/tetrasomy are responsible by distinct and unspecific clinical symptoms. The phenotypic variation is related mainly to different mosaicismo degrees, genetic content and chromosomal origin. Thus, the characterization of marker chromosomes is important to determine the prognosis and genetic counseling to the patients and their families. The aim of this study was to analyze supernumerary marker chromosomes using conventional and molecular cytogenetic techniques. Eleven patients were included in this study, all assisted in Medical Genetic Division of Clinical Hospital of School of Medicine of Ribeirao Preto USP. They all presented supernumerary marker chromosomes detected by GTG band. The origin and composition were determined using Spectral Karyotype (SKY) and Fluorescence in situ Hybridization (FISH) techniques. To ten patients, the origin and composition were determined. Two patients presented inverted duplications of chromosome 15, and their karyotype were defined as 47,XY,+idic(15)(pterq15::q15pter) and 47,XX,+idic(15)(pterq21::q21p11.2), one patient had a derivative chromosome 15, with karyotype 47,XX,+der(15)(pterq21), and two patients, a girl and her father, had two derivatives chromosomes 15, with karyotypes 48,XX,+2der(15)(pterq12) e 48,XY,+2der(15)(pterq12), respectively. Two patients presented derivative chromosomes 9 and their karyotype were defined as 47,XX,+der(9)(pterq21) and 47,XX,+der(9)(pterq32), and one patient had a derivative chromosome 4, with karyotype 47,XX,+der(4)(p16q21)[9]/48,XX,+der(4)(p16q21),+mar[91]. One patient had a translocated marker chromosome, derivative 22, [47,XY,+der(22)t(11;22)(q25:q11.2)] and another patient had a translocated marker chromosome, derivative 15 [47,XY,+der(15)t(15;16)(q13;q13)]. In one case, was not possible to define the origin and composition of the marker chromosome using SKY and FISH techniques. A large phenotypic variation is associated with supernumerary marker chromosomes and many times, the prognosis and genetic counseling is difficult to determine. The molecular cytogenetic techniques are important tools to its characterization, during prenatal diagnosis or to a family with an affected person, helping the genetic mapping of each region to a future correlation karyotype-genotype-phenotype.

Esta pesquisa tem como objetivo descrever as construções linguísticas usadas para marcar a conclusão de um texto dissertativo-argumentativo e analisar, pela perspectiva da Gramaticalização e da Cognição, a construção mais frequente. Para tanto, uso um corpus composto por 500 redações de vestibular da FUVEST (Fundação para o vestibular USP), produzidas nos anos de 2007 a 2011, consideradas as melhores pela banca corretora. Como material de controle, analiso redações da FUVEST, de mesmos anos, consideradas as piores, bem como redações escolares e textos jornalísticos argumentativos (editoriais e artigo de opinião). Fundamento teoricamente esta tese nos estudos sobre Cognição, a partir de Tomasello (2003) e Bybee (2010), sobre Gramaticalização, com Diewald (2006), Traugott e Dasher (2005), Traugott (2008), Lehmann (1985, 2002 e 2011) e sobre Texto, com Halliday (1973), Halliday e Hasan (1976) e Koch (2002). Todo o material analisado teve tratamento quantitativo e qualitativo e chegou-se à determinação de quatro formas básicas de conclusão textual com uso de uma marca gramatical ou lexical para esse fim: fecho de raciocínio lógico, retomada, finalização e sinalização de conclusão. A construção mais frequente utilizada para concluir o texto (o portanto, com 33,2% de frequência de uso nas melhores redações da FUVEST e 38,6% nas piores) foi estudada levando-se em conta etimologia, estatuto categorial nos dicionários e uma análise diacrônica para estabelecer padrões funcionais e valores semânticos. Foi possível, assim, constatar que o portanto encontra-se em vários níveis de gramaticalização, a depender da categoria analisada, sendo que o estágio mais avançado de gramaticalização é como marcador de conclusão textual. Também é possível afirmar que, cognitivamente, o uso do portanto revela intencionalidade e atenção conjunta do escrevente com seu leitor. / This research aims to describe the linguistic constructions used to mark the conclusion of a dissertative-argumentative text and from the perspective of Grammaticalization and Cognition analyzes the most frequent construction. To do so, it is used a corpus of 500 essays from FUVEST (Foundation for the exam - USP) vestibular, produced in the years 2007 to 2011, they are considered the best the examination board. As control material, it is analyzed the FUVEST essays from the same years, that are considered the worst as well as school essays and argumentative-journalistic texts (editorials and opinion article). This thesis is theoretically based in studies on Cognition from Tomasello (2003) and Bybee (2010), on Grammaticalization with Diewald (2006), Traugott and Dasher (2005), Traugott (2008), Lehmann (1985, 2002 and 2011 ) and on Text with Halliday (1973), Hasan and Halliday (1976) and Koch (2002). All analyzed material had quantitative and qualitative treatment and four basic forms of textual conclusion were determination with use of a grammatical or lexical feature for this purpose: closing of logical reasoning, resumption, termination and signaling conclusion. The most common construction used in dissertative texts to complete the text (portanto, with 33.2% of use frequency in the best FUVEST compositions and 38.6% in the worst ones); the construction was studied taking into account etymology, the categorical status in the dictionaries and a diachronic analysis to establish functional standards and semantic values. It was thus possible to observe that portanto lies on multiple levels of grammaticalization, depending on the category analyzed, and the most advanced stage of grammaticalization is the marker of textual conclusion. It is also possible to assume that, cognitively, the use of portanto reveals intentionality and the scribe joint attention his/her reader.

Uma população experimental F2 foi desenvolvida a partir do cruzamento de sete machos de uma linhagem não endogâmica de frangos de corte (TT), com sete fêmeas de uma linhagem não endogâmica de postura (CC), gerando vinte famílias F1 TC, com aproximadamente 100 progênies F2 cada obtidas em 17 incubações. Foram obtidos dados fenotípicos para vinte e oito características de desempenho e qualidade da carcaça em 2063 aves F2. As aves F1 TC foram genotipadas para 30 marcadores microssatélites posicionados nos cromossomos 3 e 5 para determinar o grau de informação dos marcadores. Os marcadores informativos foram empregados na genotipagem seletiva das aves F2 que apresentaram valores fenotípicos extremos (4,5 % superiores e 4,5 % inferiores), dentro de cada uma das 20 famílias, para a característica peso vivo aos 42 dias de idade ajustado (PV42aj). Os genótipos obtidos foram comparados através do teste de qui-quadrado. Foram encontradas seis regiões no cromossomo 3 e três regiões no cromossomos 5 com marcadores apresentando ligaçãio sugestiva (P < 0,10) com QTL para PV42aj. Foram selecionadas seis famílias mais informativas para a maioria dos marcadores significativos, e 90 progênies F2 de cada família (n=540) foram genotipadas. Os genótipos foram empregados para construção de mapas de ligação específicos para os cromossomos. Os fenótipos ajustados para efeitos fixos, os mapas de ligação e os genótipos foram empregados para mapeamento de QTL por análise de regressão, utilizando o programa QTL Express. Foram encontrados no cromossomo 3 10 QTL siginificativos para peso corporal aos 35, 41 e 42 dias de idade, para ganhos de peso do nascimento aos 35, 41 e 42 dias de idade, para peso de asas e coxas com sobrecoxas, e para peso de gordura abdominal e porcentagem de gordura. Foram observados um QTL no cromossomo 3 com ligação sugestiva para peso de pés, e três QTL no cromossomo 5 para consumo de ração, peso do coração, peso de gordura abdominal e porcentagem de gordura abdominal. Não houve interações significativas do QTL com efeito de família ou sexo. Os QTL significativos para peso de gordura abdominal e porcentagem de gordura abdominal apresentaram forte efeito de imprinting gamético. Os efeitos dos QTL foram na sua maioria aditivos, com o alelo originado da linhagem de corte aumentando o valor para a característica. Características de carcaça apresentaram efeito aditivo negativo, indicando que os alelos provenientes da linhagem de postura diminuíram o valor dessas características. A população experimental foi adequada para o mapeamento de QTL significativos para características de desempenho e carcaça no cromossomo 3, e QTL sugestivos para características de carcaça no cromossomo 3 e características de desempenho e carcaça no cromossomo 5. / An F2 chicken population was established from a cross of a broiler-sire line (TT) and an egg laying line (CC). This population was used for detecting and mapping quantitative trait loci (QTL). Over 2000 F2 TC offspring from 17 hatches were reared to slaughter at 6 wk of age. Twenty-eight performance and carcass traits were measured. The DNA were extracted from blood samples and informativeness of 50 selected microsatellite markers along chromosomes 3 and 5 were obtained in F1s. Data of 2063 individuals from 20 families were used to chosen offspring with high and low phenotypes for BW42, for selective genotyping. Twenty markers were used in the complete genotyping of 566 individuals from 6 families most informative. Interval mapping QTL analyses were carried out by regression method, using QTL Express software. Significant QTL at the genome were mapped on chromosome 3 for body weigh at 35, 41 and 42 days, gain between birth and 35, 41 and 42 days, abdominal fat weight, abdominal fat percentage, weight of wings and weight of thighs. Suggestive QTL were identified for weight of feet on chromosome 3 and for abdominal fat weight, abdominal fat percentage, heart weight and feed consumption on chromosome 5. Significant QTL for abdominal fat weight and abdominal fat percentage showed strong imprinting effect. There was no evidence for interactions of the QTL with sex and family, or for two QTL on the same chromosome for any of the traits. Genetic effects were generally additive, with the broiler alleles increasing performance traits. Additive effects were negative for carcass traits, indicating that the layer line decreased these traits. Experimental population was adequate to mapping significant QTL for performance and carcass traits on chromosome 3, and suggestive QTL for carcass traits on chromosome 3 and for performance and carcass traits on chromosome 5.

Este trabalho teve como objetivo caracterizar e padronizar métodos para a tipagem molecular de marcadores genéticos, para futuro uso em estudos de genética populacional de Plasmodium vivax na Amazônia brasileira. As amostras sanguíneas utilizadas neste estudo foram colhidas no Brasil, Camboja, Sri Lanka e Estados Unidos. Foram selecionados polimorfismos de única base (SNPs) distribuídos ao longo de cromossomos distintos de P. vivax; para estes polimorfismos, sete ensaios de tipagem de SNPs foram padronizados com sucesso. Com a tipagem molecular, foi possível definir haplótipos que caracterizam cada amostra, assim como identificar infecções geneticamente mistas (co-ocorrência de clones distintos na mesma amostra). No entanto, com este conjunto de marcadores não foi possível agrupar amostras de acordo com sua localização geográfica, por estes marcadores não serem suficientemente informativos do ponto de vista genético. Os sete SNPs avaliados, quando comparados a 13 marcadores de DNA microssatélite, revelaram menor proporção de infecções geneticamente mistas e menor diversidade genética. / This study aimed to characterize and standardize methods for molecular typing of genetic markers to be used in the future in studies of population genetics of Plasmodium vivax population in the Brazilian Amazon. Blood samples used in this study were collected in Brazil, Cambodia, Sri Lanka and United States. Single nucleotide polymorphisms (SNPs), distributed over different P. vivax chromosomes were chosen and seven typing assays were sucessfully standardized. Molecular typing of polymorphisms allowed to define haplotypes that characterize each sample, as well as to identify genetically mixed infections (co-occurrence of different clones in the same sample). However, with this markers set, it was not possible to group samples according to their geographical location, because probably they are not sufficiently genetically informative. Compared to 13 microsatellite markers, these seven SNPs revealed a lower proportion of mixed-clone infections and lower genetic diversity.

A eficiência econômica da bovinocultura leiteira está relacionada à utilização de animais que apresentem, concomitantemente, bom desempenho quanto à produção, reprodução, saúde e longevidade. Nisto, o índice de seleção configura-se como ferramenta importante ao aumento da lucratividade nesse sistema, visto que permite a seleção de reprodutores para várias características simultaneamente, considerando a relação entre elas bem como a relevância econômica das mesmas. Com a recente disponibilidade de dados genômicos tornou-se ainda possível expandir a abrangência e acurácia dos índices de seleção por meio do aumento do número e qualidade das informações consideradas. Nesse contexto, dois estudos foram desenvolvidos. No primeiro, o objetivo foi estimar parâmetros genéticos e valores genéticos (VG) para características relacionadas à produção e qualidade do leite incluindo-se a informação genômica na avaliação genética. Foram utilizadas medidas de idade ao primeiro parto (IPP), produção de leite (PROD), teor de gordura (GOR), proteína (PROT), lactose, caseína, escore de células somáticas (ECS) e perfil de ácidos graxos de 4.218 vacas bem como os genótipos de 755 vacas para 57.368 polimorfismos de nucleotídeo único (SNP). Os componentes de variância e VG foram obtidos por meio de um modelo misto animal, incluindo-se os efeitos de grupos de contemporâneas, ordem de lactação, dias em lactação e os efeitos aditivo genético, ambiente permanente e residual. Duas abordagens foram desenvolvidas: uma tradicional, na qual a matriz de relacionamentos é baseada no pedigree; e uma genômica, na qual esta matriz é construída combinando-se a informação de pedigree e dos SNP. As herdabilidades variaram de 0,07 a 0,39. As correlações genéticas entre PROD e os componentes do leite variaram entre -0,45 e -0,13 enquanto correlações altas e positivas foram estimadas entre GOR e os ácidos graxos. O uso da abordagem genômica não alterou as estimativas de parâmetros genéticos; contudo, houve aumento entre 1,5% e 6,8% na acurácia dos VG, à exceção de IPP, para a qual houve uma redução de 1,9%. No segundo estudo, o objetivo foi incorporar a informação genômica no desenvolvimento de índices econômicos de seleção. Neste, os VG para PROD, GOR, PROT, teor de ácidos graxos insaturados (INSAT), ECS e vida produtiva foram combinados em índices de seleção ponderados por valores econômicos estimados sob três cenários de pagamento: exclusivamente por volume de leite (PAG1); por volume e por componentes do leite (PAG2); por volume e componentes do leite incluindo INSAT (PAG3). Esses VG foram preditos a partir de fenótipos de 4.293 vacas e genótipos de 755 animais em um modelo multi-característica sob as abordagens tradicional e genômica. O uso da informação genômica influenciou os componentes de variância, VG e a resposta à seleção. Entretanto, as correlações de ranking entre as abordagens foram altas nos três cenários, com valores entre 0,91 e 0,99. Diferenças foram principalmente observadas entre PAG1 e os demais cenários, com correlações entre 0,67 e 0,88. A importância relativa das características e o perfil dos melhores animais foram sensíveis ao cenário de remuneração considerado. Assim, verificou-se como essencial a consideração dos valores econômicos das características na avaliação genética e decisões de seleção. / The economic efficiency in dairy cattle is related to the use of animals with good performance in production, reproduction, health and longevity. This way, the selection index can be an important tool to increase profitability in this system, since it allows sire selection for multiple traits simultaneously, considering the relationship between them and their economic relevance for the activity. Also, the recent availability of genomic data has permitted to expand the coverage and accuracy of selection indexes by increasing the number and quality of the information considered. In this context, two studies were developed. In the first, the aim was to estimate genetic parameters and breeding values (BV) for milk production and quality traits, including the genomic information in genetic evaluation. Measures of age at first calving (AFC), milk yield (MY), somatic cells score (SCS) and percentages of fat (FP), protein (PP), lactose, casein, and fatty acids in milk of 4,218 cows as well as the genotypes of 755 of these cows for 57,368 single nucleotide polymorphisms (SNPs) were used. The variance components and BV were estimated from a mixed animal model which included the effects of contemporary groups, lactation order, days in lactation, and the additive genetic, permanent environmental and residual effects. Two approaches were developed: a traditional approach, in which the relationship matrix is based on pedigree information; and a genomic approach, in which the matrix is constructed by combining the pedigree and SNP information. The heritabilities ranged from 0.07 to 0.39. Genetic correlations between MY and milk components were between -0.45 and -0.13 whereas high and positive correlations were estimated between FP and fatty acids. The use of the genomic approach did not change genetic parameter estimates; however, there was an increase between 1.5% and 6.8% in BV accuracy; except for AFC, for which a reduction of 1.9% was observed. In the second study, the aim was to incorporate genomic information in the development of economic indexes for sire selection. In this, the BV for MY, FP, PP, total unsaturated fatty acids content (UFA), SCS and herd life were combined in selection indexes weighted by economic values estimated under three payment scenarios: exclusively by milk volume (PAY1); by milk volume and milk components (PAY2); and by milk volume and milk components including UFA (PAY3). These BV were predicted by using phenotypes of 4,293 cows and genotypes of 755 animals in a multi-trait model under traditional and genomic approaches. The use of genomic information influenced the estimates of variance component, BV and response to selection. However, the rank correlations between the approaches were high in all scenarios, with values between 0.91 and 0.99. Differences were mainly observed among PAY1 and the other scenarios, with correlations between 0.67 and 0.88. The relative importance of the traits and the profile of the best animals were sensitive to the scenario considered. Thus, it is essential to consider the economic values of the traits in genetic evaluation and selection decisions.

Parques localizados em grandes cidades possuem potencial para manter o ciclo biológico de insetos vetores de patógenos que causam doenças. Este é o caso do Aedes fluviatilis, uma espécie de mosquito antropofílica, abundantemente encontrada na cidade de São Paulo, porém que possui sua biologia, potencial epidemiológico e características genéticas pouco conhecidas. Visando o melhor conhecimento sobre a estrutura populacional dessa espécie foram selecionados oito loci microssatélites, marcadores utilizados em estudos de genética de populações, para caracterizar as populações de Ae. fluviatilis. Objetivos: (1) Testar parâmetros de funcionalidade de marcadores microssatélites em Ae. fluviatilis, previamente utilizados com sucesso em outras espécies de culicídeos (2) Avaliar a variabilidade genética e o fluxo gênico entre populações do mosquito Ae. fluviatilis, no município de São Paulo. Material e Métodos: Foram testados 40 pares de primers de microssatélites em mosquitos Ae. fluviatilis. Os primers funcionais foram utilizados para elucidar a estruturação das populações dessa espécie coletadas em nove parques urbanos da cidade de São Paulo. Resultados: Dos primers testados, oito foram funcionais e amplificaram de forma consistente em todas as nove populações de Ae. fluviatilis. Os resultados encontrados sugerem que essa espécie possui baixa estruturação genética, alto fluxo gênico, déficit de heterozigosidade e sofreram um processo de expansão populacional. Discussão: Processos de urbanização, juntamente com mudanças climáticas, beneficiam e tendem a aumentar a abundância de espécies antropofílicas e adaptadas ao meio antrópico, como é o caso de Ae. fluviatilis, a expansão populacional dessa espécie, juntamente com o alto fluxo gênico e baixa estruturação genética, apresentam um panorama de alta adaptabilidade e sobrevivência deste culicídeo. Conclusões: Evidências, como o alto fluxo gênico, baixa estruturação populacional e déficit de heterozigosidade, indicam que as populações de Ae. fluviatilis estão em expansão populacional e que esse evento esteja ocorrendo junto com a expansão da área urbana de São Paulo. / Urban Parks have the potential to harbor and maintain the life cycle of several mosquito species such as Aedes fluviatilis, an anthropophilic mosquito very abundant in the city of São Paulo. However its biology, epidemiological potential and genetic characteristics are poorly known. Aiming at better understanding of the population structure of this species, there were selected eight microsatellite loci, previously used in Aedes aegypti, Aedes albopictus and Aedes caspius population genetic studies to genetically characterize Ae. fluviatilis populations. Objectives: (1) Test microsatellite markers functionality parameters in Ae. fluviatilis, previously used successfully in other Aedes species (2) To evaluate the genetic variability and gene flow between populations of Ae. fluviatilis mosquito in São Paulo. Materials and Methods: There were tested 40 pairs of microsatellite loci in Ae. fluviatilis samples. The functional primers were used to elucidate the populations structure of this species collected in nine urban parks located in the city of São Paulo. Results: From the tested primers, eight were functional and amplified consistently in all nine populations of Ae. fluviatilis. The results suggest that this species has low genetic structure, high gene flow, heterozygosity deficit and are expanding its population size. Discussion: Urbanization processes, along with climate change benefits and tends to increase the abundance of anthropophilic and well adapted to human environment mosquito species, such as Ae. fluviatilis. The population expansion of this species, along with the high gene flow and low genetic structure, present a panorama of high adaptability and survival of this Culicidae in urban areas. Conclusions: Evidence, as the high gene flow, low population structure and high deficit of heterozygosity, indicate that Ae. fluviatilis population are in expansion and that this event is taking place along with the expansion of the urban area of São Paulo.

In this thesis, two potential applications of transdermal iontophoresis in the field of sports medicine were studied: (1) the local delivery of dexamethasone phosphate (Dex-Phos), a corticosteroid used to treat musculoskeletal inflammation, and (2) the extraction of systemic amino acids (AAs), potential biological markers of fatigue in athletes. The iontophoretic delivery of Dex-Phos was studied, in vitro, in order to evaluate the effects of competing ions and electroosmosis, and identify the optimal conditions for its delivery. The iontophoretic extraction of AAs from the skin was first studied in vitro, before evaluating the method in a group of human volunteers. Dex-Phos was best delivered by iontophoresis from the cathode in absence of background electrolyte in the drug solution. In this situation, the delivery of Dex-Phos is limited principally by the competition with counter-ions (mainly Na+) present subdermally and the small mobility of the drug inside the membrane. The accumulation of Cl-, released by the Ag/AgCl cathode in the drug solution during current passage, can also reduce Dex-Phos delivery. The extraction of zwitterionic AAs from the skin during iontophoresis was highly influenced by their presence in the outermost layer of the skin, the stratum corneum (SC). In the pig skin model, the amount of the AAs extracted during a short extraction period (1 hour) correlated with their abundance in the SC. Once this ‘reservoir’ was emptied (after ~3 hours of iontophoresis), the subdermal compartment could be sampled, suggesting that the method could be used to monitor systemic levels of AAs. The experiments in human volunteers revealed, however, that a 4-hour iontophoretic extraction period was insufficient to deplete the AAs SC ‘reservoir’. It follows that the method can be used to evaluate the abundance of AAs in the SC, but is unpractical for the clinical monitoring of their systemic levels.

L’immunothérapie se présente aujourd’hui comme une alternative de choix dans le traitement des cancers. Son objectif est d’amplifier la réponse immunitaire contre les cellules tumorales tout en préservant les cellules normales. Les travaux antérieurs de mon équipe ont démontré qu'une réponse immunitaire antitumorale a lieu dans les carcinomes bronchiques non à petites cellules (CBNPC) et que des lymphocytes T cytotoxiques (CTL) spécifiques peuvent contribuer à la régression de la tumeur. Les travaux de mon équipe ont démontré aussi que l’interaction de l’intégrine CD103, souvent exprimée sur les lymphocytes infiltrant la tumeur (TIL), avec son ligand, le marqueur des cellules épithéliales E-Cadhérine, à la surface des cellules tumorales, est nécessaire à la polarisation des granules cytotoxiques et leur exocytose pour déclencher la lyse de la cellule cible. L’objectif principal de mon projet de thèse est de déterminer la contribution réelle des lymphocytes T CD8+/CD103+ infiltrant les tumeurs épithéliales dans la réponse CTL antitumorale et le rôle de CD103 dans la régulation de leurs fonctions effectrices in situ. Dans un premier temps, j’ai caractérisé, sur le plan transcriptionel et phénotypique, les TIL de CBNPC humains. Mes résultats ont montré que les lymphocytes T CD8+/CD103+ présentent une signature moléculaire caractéristique des cellules T mémoires résidentes dans les tissues (TRM), avec une expression des récepteurs CD69 et CD45RO. Mes résultats ont montré aussi que cette population lymphocytaire co-Exprime les récepteurs inhibiteurs PD-1 et Tim-3. Dans un deuxième temps, j’ai étudié la fonctionnalité des TIL CD8+/CD103+ et le rôle de CD103 dans leur activité cytotoxique anti-Tumorale. Mes résultats ont d’abord indiqué que les lymphocytes T CD103+ sont plus sensibles à la mort cellulaire induite par activation (AICD) que les TIL CD103-, et qu’ils expriment le granzyme B et CD107a suite à une activation spécifique. De plus, ils sont capables d’exercer une activité cytotoxique spécifique à l’encontre des cellules tumorales autologues suite à la neutralisation de l’interaction de PD-1 avec son PD-L1, et que des anticorps anti-CD103 bloquants inhibe cette fonction. Ensuite, j’ai analysé l’impact de l’expression de CD103 à la surface des TIL sur la survie de patients atteints de CBNPC de stade 1. Mes résultats ont révélé que cette intégrine favorise l’infiltration des TIL dans les régions tumorales épithéliales et qu’une forte expression de CD103 sur les TIL corrèle avec une amélioration de la survie des patients. Enfin, J’ai examiné le rôle de CD103 dans cette fonction et dans la réponse immunitaire antitumorale in vivo. Mes résultats préliminaires ont montré une croissance tumorale retardée des tumeurs LL2 transfectées avec l’E-Cadhérine et CCL5 greffées dans les souris CD103-WT. De plus l’inhibition de cette croissance corrèle avec une infiltration plus importante des tumeurs avec des lymphocytes T CD8+/CD103+. Ces résultats suggèrent un rôle important de la coexpression de CCL5 et d’E-Cadhérine par la tumeur dans le recrutement et la rétention des CTL au site tumoral. L’ensemble de ces travaux est en faveur du rôle important de CD103 dans la régulation de l’immunité T CD8 dans les tumeurs épithéliales et de l’utilité des anticorps neutralisants anti-PD-1 et anti-Tim-3 pour inverser l'épuisement de cette population lymphocytaires CD8+/CD103+. / Today Immunotherapy is clearly an alternative choice in the treatment of cancers. Its main objective is to enhance the cytotoxic immune response against tumor cells while preserving normal cells. We have previously demonstrated that there is an antitumor immune response in the Non-Small-Cell lung carcinoma (NSCLC) and cytotoxic T lymphocytes (CTL) contribute to NSCLC tumor regression. We further showed that the CD103 integrin interaction (oftenly expressed on tumor infiltrating lymphocytes (TIL)) with its ligand, the epithelial cell marker E-Cadherin, expressed at the surface of tumor cells, is necessary for the polarization and exocytosis of TIL cytotoxic granules and to trigger the lysis of the tumor target cells. The main purpose of my thesis project is to determine the actual role/ contribution of CD8+/CD103+ T lymphocytes (infiltrating the epithelial tumors) in the regulation of antitumor CTL response and to study the role of CD103 in the regulation of their in situ effector functions. Firstly, TIL infiltrating human NSCLC were characterized at transcriptional and phenotypic level. My results show that CD8+/CD103+ T lymphocytes have a molecular signature characteristic of memory T cells resident in tissues (MRT), with expression of CD69 receptors and CD45RO. My results also showed that this cell population co-Expresses the inhibitory receptors, PD-1 and Tim-3.In a second step, I studied the functionality of CD8+/CD103+ TIL and the role of CD103 in the regulation of anti-Tumor cytotoxic activity. My results have first indicated that CD103+ TIL are more sensitive to activation induced cell death (AICD) than TIL-CD103- and CD103+ TIL express granzyme B and CD107a after specific activation. Furthermore, CD103+ TIL are able to exert a specific cytotoxic activity against autologous tumor cells following the neutralization of PD-1- PD-L1 interaction, and that of anti-CD103 antibody inhibits this blocking function. After, I analyzed the impact of the expression of CD103 on the surface of TIL on the survival of patients with NSCLC stage 1. My results revealed that this integrin promotes the infiltration of TIL in epithelial tumor regions and a strong expression of CD103 on TIL correlates with improved patient survival. Finally, I examined the role of CD103 in this function and the antitumor immune response in vivo. My preliminary results showed a tumor growth delay of LL2 tumors transfected with E-Cadherin and CCL5 grafted in CD103-WT mice. Furthermore inhibition of growth correlates with a higher tumor infiltrating with CD8+/CD103+ T lymphocytes. These results suggest an important role of the coexpression of CCL5 and E-Cadherin by the tumor in the recruitment and retention of CTL at the tumor site. The whole work supports the role of CD103 in regulating the CD8 T cells-Mediated immune response in epithelial tumors and the usefulness of anti-PD-1 neutralizing and anti-Tim-3 for reversing the depletion of this lymphocyte population CD8+ / CD103+.