L'évolution des plantes à fleurs est remarquable par la vitesse et l'étendue de la diversification qui l'accompagne. La variabilité génétique qui découle de cette diversification pourrait provenir de nombreux processus. Parmi ceux-ci, les éléments transposables (ET) ont été considérés comme l'un des agents les plus importants. Les ET peuvent constituer de grandes proportions des génomes de plantes (>80%) et joueraient un rôle important dans l'établissement de la diversité génétique. Notre travail contribue à la compréhension du rôle des ET dans l'évolution des génomes d'espèces du genre Coffea, genre qui appartient à la famille des Rubiacées. Plus précisément, l'objectif de l'étude était d'étudier l'impact d'ET actifs sur le génome de certaines espèces du genre Coffea. Les données obtenues ont été divisées en deux parties qui composent les deux chapitres de la thèse. Dans le premier chapitre, dix rétrotransposons (LTR-RTs) ont été identifiés et annotés dans le génome de C. canephora. Le profil de leur polymorphisme d'insertion a été analysé à l'aide des approches IRAP et REMAP chez plusieurs génotypes des espèces C. canephora (18) et C. eugenioides ( 5), qui sont les espèces parentales de l'allotétraploïde, C. arabica (21). Les résultats soulignent la dynamique évolutive de ces éléments dans ces espèces, ainsi que leur transmission. Nos résultats montrent également des modifications de la structure du génome de l'hybride. Dans la seconde partie est constitué par une analyse complète de la répartition et de l'évolution d'un rétrotransposon particulier : Copia25. Ces analyses, menées in silico et in vitro, ont montré que ce LTR-RT est largement distribué au sein de la famille des Rubiacées et qu'il est également présent chez d'autres espèces proches ou bien plus éloignées phylogénétiquement (Asterides, Rosides ou Monocotylédones). Une situation particulière est constituée par la relation étroite qui existe entre les séquences de Copia25 identifiées dans le genre Musa, monocotylédone, et dans le genre Ixora, dicotylédones de la famille des Rubiacées. Nos résultats révèlent la complexité de la dynamique évolutive de Copia25 chez les angiospermes qui implique plusieurs processus incluant un mécanisme de conservation de la séquence, un « turnover » rapide, des pertes stochastiques et le transfert horizontal.L'article présenté dans le dernier chapitre a été accepté avec modifications par la revue « Plant Molecular Biology ». il est actuellement en cours de révision pour être renvoyé prochainement en vue de son acceptation définitive. / The evolutionary history of the flowering plants is remarkable for its rapid and extensive diversification. The background of the genetic variability for this diversification is originated by numerous processes, among them the transposable elements (TEs) have been considered as one of the most important agents. TEs may compose large amounts of plant genomes and might play important roles in the promotion of genetic diversity. Our study contributes for the understanding of TEs impact on the genome of Coffea species. Coffea is a genus that belongs to the Rubiaceae family. The goal of the study was to investigate the occurrence and diversity of active TEs in Coffea species and the data obtained were divided in two parts that compose the two chapters of the thesis. In the first chapter, ten retrotransposons with LTRs (LTR-RTs) were annotated in the C. canephora genome and had their insertion polymorphism profile analyzed, using the IRAP (inter-retrotransposon-amplified polymorphism) and REMAP (Retrotransposon-microsatellite amplified polymorphism) methods, in genotypes the progenitor species, C. canephora (18) and C. eugenioides (5), and the allotetraploid hybrid, C. arabica. The results outline the evolutionary dynamics of these elements in the species, as well as their inheritance. Our results also suggest the occurrence of genomic structural changes mediated by the LTR-RTs in the hybrid. And, the second part constitutes a wide analysis of the distribution and evolution of a particular LTR-RT, Copia25. In silico and in vitro analyses showed that Copia25 is widely distributed among the Rubiaceae family and that it is also present in other distantly related species belonging to asterids, rosids and monocots. A particular situation is the closer relationship between the Copia25 sequences of Musa, a monocot, and Ixora, a dicot species (Rubiaceae). Our results disclose the complexity of the evolutionary dynamics of Copia25 in angiosperm involving several processes including sequence conservation, rapid turnover, stochastic losses and horizontal transfer. The article presented in the last chapter was accepted for publication after modifications in “Plant Molecular Biology”, it is at the present under correction to be soon sent back for final approval.

Les gliomes sont des tumeurs agressives de mauvais pronostic, très angiogéniques et infiltrantes ce qui rend leur exérèse particulièrement difficile. Vu les limites des techniques actuelles d’imagerie, nous avons proposé la spectro-imagerie Infrarouge à Transformée de Fourier (IRTF), d’une résolution spatiale de 6 µm, pour apporter une information moléculaire à l’examen histologique actuel des gliomes. Nos travaux ont été fondés sur la recherche de paramètres moléculaires des vaisseaux sanguins, notamment sur la base des contenus de leur membrane basale. Celle-ci subit des altérations dûes au stress angiogénique tumoral. Nous avons mis en évidence des altérations de la structure secondaire des protéines (tels les collagènes) des vaisseaux sanguins au cours de la croissance de la tumeur. Nous avons aussi évalué les modifications des chaines d’acides gras des phospholipides membranaires, qui révélent un degré d’insaturation plus important pour les vaisseaux tumoraux. Ensuite, sur un modèle de gliome murin, nous avons établi une méthode efficace de classification des capillaires sanguins sur la base d’absorptions de leurs contenus glucidiques et lipidiques, permettant de discriminer totalement les capillaires sains et tumoraux. La combinaison de ces paramètres a été mise à profit pour assurer une histopathologie moléculaire des gliomes humains. Nos résultats ont démontré qu’il est possible de différencier entre la vasculature saine et tumorale sur ces gliomes humains, ce qui permet une bonne délimitation des zones tissulaires correspondantes. Cette technique pourrait devenir un outil analytique fiable, rapide d’une durée compatible avec la chirurgie et donc très utile pour les neurochirurgiens. / Malignant gliomas are very aggressive tumors with poor prognosis, highly angiogenic and invasive into the surrounding brain parenchyma, making their resection very difficult. Regarding the limits of current imaging techniques, we have proposed Fourier Transform Infrared (FTIR) spectro-imaging, with a spatial resolution of 6 µm, to provide molecular information for the histological examination of gliomas. Our work was based on the research of molecular parameters of blood vessels, notably on the basis of the contents of their basement membrane, which undergoes changes due to tumor angiogenic stress. We have identified alterations of the secondary structure of proteins (such as collagen) in blood vessels during tumor growth. We have also assessed the changes in fatty acyl chains of membrane phospholipids, which revealed a higher unsaturation level in tumor vessels. Then, on a murine glioma model, we have established an efficient method of blood vessels classification based on their carbohydrates and fats contents, allowing the differentiation between healthy and tumor blood vessels. The combination of these parameters was used to provide a molecular histopathology for the study of human gliomas. Our results have demonstrated the feasibility of differentiating between healthy and tumor vasculature in these human gliomas, which help delimitating areas of corresponding tissue. This technique could become a reliable and fast analytical tool, with duration compatible with the surgery and thus very useful for neurosurgeons.

L'objectif de cette thèse est double : examiner en détails d'une part, les liens entre les différents critères obtenus à partir de différents types d'information, tels que les marqueurs moléculaires, les pedigrees ou les phénotypes des caractères quantitatifs, et d'autre part, l'évolution conjointe de la variabilité neutre et de la variabilité sélectionnée. En fonction de la nature des informations, la variabilité génétique et son évolution sont décrites par différents paramètres qui s'appuient sur des modèles sous-jacents plus ou moins complexes et la représentation qu'on se fait de la diversité génétique sera donc plus ou moins réaliste. Ainsi, l'analyse du polymorphisme nous donne directement une image précise de la diversité au niveau du génome. Par exemple, les génotypes et les fréquences alléliques de gènes candidats, ou plus généralement de marqueurs moléculaires, nous donnent directement accès au polymorphisme spécifique à des gènes identifiés en des endroits précis du génome ; quant aux analyses basées sur les pedigrees, elles traduisent le polymorphisme en un locus neutre et anonyme, n'importe où dans le génome. Par contre, l'analyse des phénotypes nécessite des modèles de représentation plus complexes et nous une vue d'ensemble générale de la diversité génétique. Les principales méthodes pour l'analyse de la diversité génétique à partir d'informations de natures différentes, et celles utilisées au cours de cette thèse, sont présentées dans le premier chapitre. Les chapitres 2, 3 et 4 constituent une valorisation des différents types d'informations issues de lignées expérimentales de poulets sélectionnées pour des critères de réponse immunitaire. L'ensemble de ces analyses constitue une analyse intégrée de la diversité génétique. Dans le chapitre 2, nous analysons la diversité génétique et le gain génétique, sur la base des performances et des données généalogiques. Les valeurs observées de consanguinité et de gain génétique sont confrontées à des valeurs prédites à partir de modèles théoriques : les méthodes déterministes ont permis d'obtenir des valeurs prédictives proches des valeurs observées, les différences étant principalement dues à l'écart entre les hypothèses sur le schéma de sélection et la réalité, et les simplifications mathématiques faites dans les modèles de prédiction. Nous avons également testé l'effet du schéma de sélection sur la consanguinité et les autres critères de diversité génétique obtenus à partir des généalogies. Le nombre efficace d'ancêtres s'est révélé être le paramètre le plus pertinent pour suivre l'évolution de la diversité génétique puisqu'il prend en compte la perte de diversité qui a lieu au cours des générations sous l'effet de la dérive génétique. L'estimation des paramètres génétiques et leur évolution sont présentées au chapitre 3, ainsi que l'évolution du polymorphisme d'un gène candidat. Afin de tester la neutralité du CMH sur les caractères de nos lignées sélectionnées, nous avons analysé les composant de la variance et avons également comparé l'évolution du polymorphisme dans les lignées avec l'évolution théoriques issues de modèles de prédiction. Au-delà de la mise en évidence de l'effet du CMH dans la réponse immunitaire, cette étude a permis de souligner l'intérêt de combiner différentes approches afin de juger de l'effet d'un gène candidat, et de son évolution, et ce plus particulièrement quand ce gène présente des allèles rares. Nous avons également examiné les variations de la diversité génétique additive au cours du temps, en tentant de surmonter les difficultés pour estimer les paramètres génétiques liées au modèle théorique sous-jacent (modèle polygénique infinitésimal). Pour cela, nous avons testé l'augmentation du nombre de générations disponibles pour l'analyse par REML, et l'utilisation de l'information de quelques générations seulement ; ces approches se sont avérées satisfaisantes pour observer l'évolution de la variance génétique additive et inférer sur l'effet de la sélection sur la réduction de la variance génétique additive. Dans le chapitre 4, nous avons analysé et comparé l'évolution du polymorphisme de marqueurs moléculaires supposés neutres ou soumis à sélection. Afin de mettre en évidence la signature de sélection laissée par les QTL, nous avons combiné différentes méthodes, simulations et méthodes statistiques. L'étude a montré l'intérêt de comparer l'image de la diversité génétique définie par le polymorphisme de marqueurs situés dans des zones QTL à celle définie par le polymorphisme des marqueurs supposés neutres. Au travers des différents chapitres, la modélisation est apparue comme une approche efficace pour prédire l'évolution des populations sélectionnées, même si les hypothèses de modélisation faites (telles que le model additif polygénique, la normalité des distributions ou la population des fondateurs sous équilibre de Hardy-Weinberg, etc.) ne correspondent pas exactement au réel modèle biologique. La taille efficace de la population (Ne) est un paramètre clé dans l'estimation de la variabilité génétique que nous avons estimé dans les lignées expérimentales de poulets, soit à partir des généalogies, soit à partir des variations des fréquences alléliques. Il est apparu que les estimations faites à partir des généalogies étaient toujours inférieures aux estimations faites à partir des fréquences alléliques, quelque soit le type de locus considéré (gène candidat, markers supposé neutre ou soumis à sélection). L'estimation de Ne à partir des fréquences alléliques des marqueurs neutres a donné une valeur plus faible que celle à partir des fréquences alléliques des marqueurs soumis à sélection. Ceci nous permet de dire que la diversité génétique est plus réduite dans les régions soumises à sélection que dans le reste du génome. Au chapitre 5, nous n'avons pas analysé la diversité génétique en elle-même mais les conséquences d'une réduction de cette diversité génétique. L'étude a porté sur anomalies génétiques dans les populations ayant subi un fort goulot d'étranglement, telles que la population française bovine laitière Prim'Holstein. Nous avons montré que l'origine des pics de veaux mort-nés venait du très faible nombre de pères et de leur utilisation non équilibrée. Nous avons aussi examiné les conséquences, à court terme et à long terme, d'une contre sélection exercée sur l'allèle délétère responsable d'une anomalie.

Cette thèse porte sur la taxonomie des acariens prédateurs de la famille des Phytoseiidae, dont certaines espèces sont utilisées en lutte biologique pour contrôler des acariens ravageurs et quelques petites espèces d’insectes. La taxonomie de ces organismes de petite taille (<500 μm), i.e. identification spécifique et relations entre les taxa, est essentiellement basée sur des caractères morphologiques. Ces caractères parfois difficiles à visualiser, à interpréter (variations intra et inter-taxa, analogies) et en faible nombre rendent l’identification des espèces et la classification actuelle sujette à certaines interrogations ; aucune analyse phylogénétique ne soutient en effet la taxonomie de cette famille. De plus les marqueurs moléculaires développés jusqu’à aujourd’hui ne permettent pas de définir de façon fiable les relations entre les taxa supraspécifiques. Ce travail présente deux objectifs: (i) caractériser via des outils moléculaires l’identité spécifique de deux taxa utiles en lutte biologique et établir des règles de décision moléculaire sur la base de plusieurs concepts analytiques et (ii) déterminer via le développement de nouveaux marqueurs moléculaires les relations supraspécifiques à l’intérieur de la tribu des Euseiini puis au niveau de l’ensemble de la famille. Concernant le diagnostic spécifique, ce travail a montré à travers l’exemple d’Amblyseius swirskii et Phytoseius finitimus l’utilité d’approches intégratives comprenant plusieurs marqueurs, du fait de la forte variation des marqueurs mitochondriaux au niveau intraspécifique. Les valeurs maximales des distances génétiques entre spécimens d’une même espèce (9%, 23% et 2.8 % pour 12S ARNr, CYTB ADN mt et ITSS) ont été établies. Concernant les relations supraspécifiques, des nouveaux marqueurs moléculaires ont été développés. La combinaison de six marqueurs moléculaires (12S ARNr, CYTB ADN mt, COI ADN mt, ITSS, 28S ARNr, HSP90) permet désormais de résoudre les différents rangs taxonomiques à investiguer. L’application de ces marqueurs à la tribu des Euseiini et à l’ensemble de la famille a permis de conclure quant à la validité de certains taxa. Par exemple, ce travail a montré la monophylie des Euseiini et des représentants des sous- tribus considérés. Le genre Iphiseius ne semble en revanche pas valide et inclus dans le genre Euseius. Des analyses morphologiques, biogéographiques et écologiques (plantes-hôtes) réalisées au niveau de l’ensemble de la tribu sur la base d’une compilation bibliographique, ont permis d’émettre des scénarios quant à l’origine ouest gondwanienne de ce taxon sur des plantes de Rosidées et quant à l’évolution de certains caractères morphologiques.Ce travail de thèse ouvre des perspectives d’étude des relations entre les genres de Phytoseiidae du fait des nouveaux marqueurs développés. Les études doivent se poursuivre pour (i) étendre le panel de marqueurs disponibles et surtout (ii) augmenter l’échantillonnage des espèces à inclure dans les analyses en lien avec leurs caractéristiques bioécologiques afin de déterminer comment les relations phylogénétiques peuvent constituer un outil de prédiction de ces caractéristiques utiles à connaître pour la mise en œuvre de la lutte biologique (proies, plantes, nourriture alternative). / This thesis deals with the taxonomy of predatory mites of the family Phytoseiidae, that contains several species used in biological control of pest mites and small insects. The taxonomy of these minute organisms (<500 μm), i.e. specific identification and phylogenetic relationships, is essentially based on morphological characters. These characters, which are sometimes difficult to visualize, interpret (variations in intra and inter-taxa, analogies) and in small numbers, make the identification of species and the current classification questionable. No phylogenetic analysis supports the taxonomy of this family. Moreover, the molecular markers developed up to now are not adapted to define reliable relations between supraspecific taxa. This work aims at: (i) characterizing using molecular markers the identity of two species useful in biological control and establishing molecular decision rules based on several analytical concepts and (ii) determining via the development of new markers the supraspecific relations within the Euseiini tribe and then at the level of the whole family. For the specific diagnosis, this work has shown through the example of Amblyseius swirskii and Phytoseius finitimus the usefulness of integrative approaches including several markers, due to the strong variation in mitochondrial markers at the intraspecific level. Maximum genetic distance values between specimens of the same species (9%, 23% and 2.8% for 12S rRNA, CYTB DNA mt and ITSS) were established. Concerning supraspecific relationships, new molecular markers have been developed. The combination of six molecular markers (12S rRNA, CYTB DNA mt, COI DNA mt, ITSS, 28S rRNA, and HSP90) now allows resolving different supraspecific ranks to be investigated. The application of these markers to the tribe Euseiini and to the family shows that certain taxa were valid. For example, this work emphasizes the monophyly of the Euseiini and representatives of the sub-tribes considered. The genus Iphiseius seems to not be valid and is included in the genus Euseius. Morphological, biogeographical and ecological analyses (host plants) carried out at the level of the whole tribe on the basis of a bibliographic compilation, emphasized the West Gondwanaland origin of this taxon on plants of Rosidae and the evolution of certain morphological characters. This thesis opens new insights for studying the relationships between the genera of Phytoseiidae due to the new markers developed. Studies should continue to (i) extend the panel of available markers and (ii) increase the sampling of species to be included in analyses related to their bio-ecological characteristics in order to determine how phylogenetic relationships can predict interesting life traits for biological control implementation (prey, plants, alternative food).

Un inventaire des Tetrany chidae du Brésil a été réalisé dans 15 États ainsi que dans le District Fédéral, avec 550 échantillons de 120 espèces végétales collectés. Des infestations par des acariens tétranychidés ont été confirmées dans 207 de ces échantillons. Vingt-deux espèces appartenant à sept genres de la sous-familles des Bryobiinae et Tetranychinae ont été identifiées chez 58 hôtes différents. Trente-six nouvelles plantes hôtes pour 11 espèces ont été répertoriées au Brésil, en Amérique du sud ou dans le monde. De nouvelles localités ont été enregistrées au Brésil pour quatre tétranychides et une espèce a également été signalée pour la première fois en Amérique du sud. Quatre nouvelles espèces ont été découverte: deux appartenant au genre Oligonychus Berlese et deux appartenant aux genres Monoceronychus McGregor et Schizotetranychus Tragardh. La contribution à la systématique du genre Tetranychus a consisté à analyser conjointement des substuences d´ADN ribosomique (ITS) et mitochondrial (COI) de femelles de T.urticae, T. cinnabarinus (synonyme potentiel de T. urticae) et d'espèces très proches appartenant également au groupe Tetranychus sensu stricto. Cette étude a mis en évidence des incohérences ce qui nous a amené à remettre en question la fiabilité des données moléculaires concernant le groupe Tetranychus s. str. disponibles dans Genbank. Des données sur la variabilité génétique, la phylogénie et la structure de populations de T. urticae au Brésil et dans le monde sont ensuite présentées. Les résultats indiquent la présence significative d'une structuration génétique des populations de T. urticae par rapport à la localisation géographique. L´effet de la plante hôte n´est pas observé. La diversité haplotypique, inférée à partir des ces deux régions du génome (ITS et COI) est plus élevée dans les pays du pourtour méditerranéen. On a constaté la présence de deux haplotypes mitochondriaux (COI) au Brésil, l´un partagé avec la France, l´Espagne et les îles Canaries, et l´autre avec le Japon. / In this study we performed a survey of Tetranychidae mites from Brazil, including 15 States and the Federal District. A total of 550 samples of 120 different plant species were collected. Tetranychid mite infestations were confirmed in 207 samples, and 22 species belonging to seven genera of the Bryobiinae and Tetranychinae subfamilies were identified on 58 different host plants. Thirty-six new hosts were recorded in Brazil, South America and worldwide for eleven species. New localities were registered for four tetranychid genera and a new record to South America was confirmed. Four species were identified as new for science: two belonging to the Oligonychus Berlese genus and two belonging to the Monoceronychus McGregor and Schizotetranychus Tragardh genera. We analyzed and evaluated the identity of 105 Genbank accessions of ITS2 rDNA and 138 COI mtDNA sequences which were deposited as T. urticae and as fourteen other taxa morphologically close ly related to Tetranychus sensu stricto. Among the deposited sequences in the Genbank, numerous cases of apparently mistaken identities were identified in the group Tetranychus s. str., especially between T. urticae, T. cinnabarinus, T. kanzawai and T. truncatus. New sequences of ITS and COI were obtained from individuals collected in Brazil and some localities of the Palearctic Region (France, continental Spain, Canary Islands, Greece, Syria, Tunisia, Poland and Norway plus one from Canada). While significant differences were detected on population genetic structure of the analyzed samples according to the geographic region, any effect of the host plant was observed. Haplotype diversity inferred from both ITS and COI sequences was higher in samples from the Mediterranean basin. ITS sequences obtained from Brazil samples were homogenous, and two COI haplotypes were found, one of them also present in France, Spain and the Canary Islands and the other in Japan.

Le virus H5N1 hautement pathogène a été à l'origine d'importantes pertes humaines, animales et économiques dans tous les pays affectés. Nos études ont été pensées afin d'appréhender le problème complexe de la circulation et de la dissémination du virus H5N1 hautement pathogène de manière intégrée et transdisciplinaire en envisageant les problèmes sous des angles différents mais complémentaires. La première partie de ce manuscrit est consacrée à l'analyse de la dynamique de circulation du virus H5N1 en Asie du sud-est ainsi que dans la région du Cambodge et du Vietnam ce qui a permis de mieux comprendre la structure, la diversité, et l'origine des populations virales retrouvées au Cambodge. Cela a permis de décrire la succession des lignées virales introduites successivement dans le pays et d'en retracer les origines. Ce travail a aussi montré que depuis 2010 une nouvelle lignée endémique au Cambodge avait émergé et évolué à partir d'une lignée mère avant de donner naissance à un nouveau sous-clade (1.1.A). Ce travail s'est également concentré sur l'impact des mouvements de volailles sur la diffusion du virus au Cambodge ainsi que sur l'analyse des marchés de volailles vivantes comme réservoir potentiel du virus H5N1. Le rôle potentiel de l'environnement comme source d'infection humaine et animale a également été exploré dans ce travail. En effet, nos résultats montrent clairement que l'environnement des fermes à la suite d'épidémies ou que les échantillons environnementaux prélevés dans les marchés aux volailles vivantes étaient fortement contaminés par le virus aviaire. L'impact sur la survenue d'épidémies d'une évolution des pratiques des éleveurs, en particulier dans la manipulation des volailles et dans la déclaration de la mortalité, a été évalué et nous avons montré que des progrès avaient été réalisés avec le temps mais qu'il restait encore des progrès à réaliser, en particulier dans la manipulation des volailles. Nous avons également décrit la survenue d'épidémie chez des oiseaux sauvages et des chats au Cambodge et démontré le rôle que pourrait jouer dans la dissémination du virus et dans la contamination humaine une pratique bouddhiste qui consiste à relâcher des passereaux captifs. Mots-clés : virus H5N1, évolution virale, environnement, marchés aux volailles vivantes, Cambodge, Asie du sud-est, oiseaux sauvages, chats, transmission. / The Highly Pathogenic Avian Influenza (HPAI) virus, subtype H5N1, has caused important human, animal and economical losses in all countries affected. This work was designed as a somehow transdisciplinary and integrative project to try addressing the complex problem of HPAI H5N1 virus circulation and spread through different complementary but related angles. The first domain to be addressed was that of the dynamics and evolution of the virus which allowed us to better understand the structure, diversity and origin of the viral populations found in Cambodia. It also allowed to determine the succession of lineages that were introduced in the country and to identify their origin. This work also demonstrated that since 2010 a novel lineage, endemic to Cambodia, has emerged and evolved from the mother lineage to become a genetically distinct sub-clade (1.1.A). This work also focused on the impact of poultry movement networks in the spread of avian influenza in Cambodia and on the analysis of live markets as potential HPAI H5N1 reservoirs. The potential role of the environment as a source of infection for both animals and humans was also explored in the work. Indeed, our data clearly demonstrated that the environment of the farms following an outbreak or the environmental samples collected from life bird markets were highly contaminated by H5N1 virus. The evolution in poultry workers behavior, especially poultry handling and poultry mortality report and their influence on the epidemics in Cambodia was analyzed and data demonstrated some improvements over the time but some key issues, especially in regards poultry handling, should still be addressed. The occurrence of outbreaks in captive wild birds and cats in Cambodia was also observed, whereas the final part of the manuscript demonstrated the potential role of the Merit Release Birds, used during some common Buddhist ritual in Asia, in the dissemination of virus to avian and human population. Key-Words: H5N1 virus, virus evolution, environment, Live Poultry Market, Cambodia, Southeast Asia, wild birds, cats, transmission.

Le cancer colorectal est une affection multifactorielle qui conjugue des anomalies épigénétiques et des altérations moléculaires à une déstabilisation du génome. En dehors de deux processus bien établis, l’instabilité des microsatellites et l’instabilité des chromosomes, la déstabilisation du génome peut être consécutive à la réexpression d’éléments génétiques mobiles, HERV et LINEs-­‐1. Les HERVs ont un potentiel de modulation de l’immunité qui pourrait contrôler les réactions de l’hôte dans le processus de la carcinogenèse. Compte tenu du rôle que pourrait jouer les HERV, nous avons voulu déterminer la relation entre l’infiltrat lymphocytaire intratumoral et les différentes caractéristiques moléculaires des tumeurs. L’infiltrat lymphocytaire intratumoral a été évalué pour trois marqueurs (CD3, CD8 et CD45RO). Les marqueurs moléculaires analysés ont été : les mutations des gènes B-­‐raf, k-­‐ras et Pi3K, le statut des microsatellites, la méthylation de MLH1 et des LINEs-­‐1, un polymorphisme de C-­‐met et de HLA-­‐G. Ces marqueurs ont été comparés à la prévalence de la délétion du locus Apobec 3 pour une cohorte de 135 patients porteurs de cancer colorectal. / Colorectal cancer is a multifactorial disease associated to epigenetic abnormalities and molecular alterations inducing a destabilization of the cellular genome. Besides two well-­established processes, microsatellite instability and chromosome instability, the destabilization of the genome may follow mobilisation of endongenised mobile genetic elements, such as HERV or LINEs-­‐1. HERV have a potential to modulate immune response, which suggests that they could contribute to the process of carcinogenesis. We thus wanted to determine the relationship between intratumoral lymphocytic infiltration and the different molecular characteristics of tumours, taking into account factors that could influence the expression of HERV, such as the frequently observed deletion of a locus on 22q13 containing the Apobec 3 gene family. The intratumoral lymphocytic infiltration was assessed for three markers (CD3, CD8 and CD45RO). The molecular markers analysed were: the mutations of B-­‐raf, K-­‐ras and Pi3K genes, the instability status of microsatellites, the methylation of MLH1 and LINEs-­‐1, a polymorphism in C-­‐met and in HLA-­‐G. These markers were linked to the deletion of the locus containing Apobec 3 genes, in a cohort of 135 colorectal cancer patients.

L'étude de l'hérédité de caractères quantitatifs est au coeur de la génétique depuis l'avènement de cette science au siècle dernier. La génétique quantitative dispose désormais d'un cadre expérimental et théorique bien établi pour étudier les facteurs génétiques sous-jacents à l'hérédité de caractères complexes, que ce soit dans un but cognitif ou pour épauler les programmes d'amélioration variétale chez les espèces d'intérêt agronomique. Généralement, l'étude du déterminisme génétique de caractères quantitatifs s'articule autour de trois étapes majeures: i) déterminer les principaux locus impliqués dans la variation observée (dénommés QTL pour (( Quantitative Trait Loci ))), ii) identifier les gènes en cause, iii) discriminer les principales formes alléliques de ces gènes et évaluer leurs effets. L'avènement des marqueurs moléculaires et de la génomique au cours des vingt dernières années a facilité la mise en oeuvre de dispositifs expérimentaux de cartographie de QTL en génétique végétale. Il est désormais possible d'avoir accès, via les bases de données publiques, à une masse importante de résultats de détection de QTL. Parallèlement, pour certaines espèces végétales, l'annotation de leurs génomes fournit une information de plus en plus riche et précise sur la structure et la fonction des gènes. L'objectif de cette thèse était double. D'une part nous avons cherché à développer une nouvelle approche de type méta-analyse pour optimiser le croisement entre les données de QTL et celles issues de la génomique, dans le but de faciliter la recherche de gènes candidats. Une fois ces derniers identifiés, l'association entre leur diversité allélique et la variation du caractère peut

La doxycycline est l’une des molécules recommandées par l’OMS en prophylaxie pour les voyageurs dans les zones d’endémie palustre, en particulier dans les zones de multirésistance. Une étude récente avait suggéré que les isolats de P. falciparum présentaient différents niveaux de sensibilité à la doxycycline et que l’augmentation du nombre de copies de deux gènes, pfmdt ou pftetQ, pouvait être associée à une baisse de sensibilité.Le premier objectif de ce travail a consisté à valider ce modèle à partir d’un nouvel échantillonnage d’isolats africains. Le second objectif était d’évaluer le nombre de copies de ces deux gènes sur des isolats originaires de Thaïlande. Le troisième objectif a consisté à rechercher d’autres sources de résistance en investiguant le polymorphisme des gènes codant l’ARN ribosomal plasmodial potentiellement impliqués dans la résistance in vitro à la doxycycline.Les résultats nous ont permis de confirmer que le nombre de copies des gènes pfmdt ou pftetQ pouvait être impliqué dans la résistance in vitro à la doxycycline en Afrique. Les résultats concernant les isolats Thaï n’ont pas permis de corréler le nombre de copies des gènes pfmdt et pftetQ au phénotype CI50. Ces éléments montrent que ce mécanisme de résistance seul est insuffisant pour expliquer la résistance à la doxycycline ; les résultats sont en faveur d’une résistance médiée par plusieurs gènes.La recherche de points de mutation sur le gène pfssrRNA codant pour la petite sous-unité ribosomale de l’ADN plasmodial n’a pas abouti. D’autres cibles moléculaires sont en cours d’étude pour expliquer les mécanismes de résistance de P. falciparum à la doxycycline. / Doxycycline is currently one of the recommended chemoprophylactic regimens for travellers visiting malaria-endemic, particularly in countries with a high prevalence of resistance to chloroquine and multiresistance. A previous study suggested that increased pfmdt or pftetQ copy number could be associated with a lower susceptibility to doxycycline.The first aim of this study was to validate the pre-established model involving these two molecular markers with other African isolates. The second was to evaluate these markers in P. falciparum isolates coming from a multiresistance area in Thaïland. The third was to investigate the eventual association between the polymorphism in genes encoding ribosomal rRNA and in vitro resistance to doxycycline.The results confirm that pfmdt or pftetQ copy numbers should be involved in in vitro susceptibility to doxycycline in African P. falciparum isolates. The results concerning the Thai isolates indicate that there is no correlation between the pfmdt and pftetQ genes copy numbers and the belonging to the high doxycycline IC50 phenotype; this implies that this mechanism of resistance is not enough by itself to explain resistance to doxycycline; it augurs that the resistance to doxycycline should be controlled by multiple genes, and that these genetic markers could be continent-dependent. The search for points of mutation in isolates from the different doxycycline IC50 phenotypic groups has not resulted with pfssrRNA. Other therapeutic targets are being considered to explain P. falciparum resistance to doxycycline.

Le genre Eupelmus Dalman (Chalcidoidea: Eupelmidae: Eupelminae) comprend des ecto-parasitoïdes s'attaquant essentiellement aux stades larvaires et nymphaux de divers insectes holométaboles. Jusqu'à présent, la systématique du genre Eupelmus restait mal résolue compte tenu des données limitées et restreintes à la morphologie et de l'absence de révisions taxonomiques récentes, fiables et globales. Dans ce contexte, de nombreuses questions se posent concernant (i) la pertinence de la classification infra-générique actuelle du genre Eupelmus; (ii) la validité du statut taxonomique des certaines espèces décrites; (iii) la fiabilité des informations écologiques telles que la gamme d'hôtes et la distribution géographique et, donc, (iv) la compréhension des processus de spécialisation écologique et du rôle potentiel de certaines espèces d'Eupelmus comme auxiliaires de lutte biologique. Ce travail de thèse a donc eu pour objectif d'aborder l'ensemble de ces questions en utilisant, à des fins de phylogénie et de taxonomie, une approche intégrative combinant des données moléculaires (ADN mitochondrial et nucléaire) et morphologiques.Les résultats obtenus concernant les relations phylogénétiques infra-générique montrent que la structuration supposée du genre Eupelmus en trois sous-genres (Eupelmus, Episolindelia et Macroneura), ne peut pas être retenue et que ce genre se structurerait plutôt, à l'échelle géographique retenue, en une douzaine de groupes d'espèces. De plus, l'étude de la taxonomie de deux complexes (ensemble d'espèces morphologiquement proches), les complexes “urozonus” et “vesicularis”, met globalement en évidence une diversité insoupçonnée dans la zone Euro-méditerranéenne et plus d'une dizaine d'espèces ont été découvertes et décrites comme de nouvelles espèces à l'occasion de ces travaux. D'une façon générale, les caractères morphologiques, les marqueurs nucléaires et les marqueurs mitochondriaux se sont révélés relativement concordants sauf au sein du complexe vesicularis qui présente une divergence plus marquée au niveau d'ADN mitochondrial.Dans le cadre particulier du groupe urozonus, ce travail de thèse nous a également permis d'étudier l'évolution de la spécificité d'hôtes en lien avec une phylogénie moléculaire multi-locus relativement bien résolue et une estimation de la longueur d'ovipositeur, un caractère morphologique susceptible d'expliquer l'accès aux hôtes. D'une façon générale, les analyses comparatives révèlent que la spécificité d'hôtes n'est pas contrainte par la phylogénie. Nous observons ainsi des spectres d'hôtes très contrastés entre des espèces phylogénétiquement très proches. De même, la longueur d'ovipositeur, qui semble un caractère très labile à cette échelle, ne semble pas déterminer le spectre d'hôtes. L'ensemble des résultats obtenus ont finalement été utilisées de façon à mieux comprendre le rôle potentiel de certaines espèces d'Eupelmus sur des insectes ravageurs, la mouche de l'olive Bactrocera oleae et le cynips du châtaignier Dryocosmus kuriphilus. / The genus Eupelmus Dalman (Chalcidoidea: Eupelmidae: Eupelminae) includes ecto-parasitoids attacking mostly nymphal and larval stages of various holometabolous insects. So far, the systematics of the Eupelmus genus remained poorly resolved due to limited data restricted to morphological information and the absence of recent, reliable and comprehensive taxonomic revisions. In this context, many questions arise concerning (i) the relevance of the current sub-generic classification of the Eupelmus genus; (ii) the availability of the taxonomic status of some species described; (iii) the reliability of ecologic information such as the host range and the geographical distribution; and therefore, (iv) the understanding of the ecological specialization's processes and the potential role of certain species of Eupelmus as auxiliaries of biological control. This thesis work has therefore aimed to address all of these questions by using, for the purposes of phylogeny and taxonomy, an integrative approach combining molecular (nuclear and mitochondrial DNA) and morphological data.The results obtained concerning the sub-generic phylogenetic relationships show that the supposed structuration of Eupelmus genus into three subgenera (Eupelmus, Episolindelia and Macroneura), can not be retained and that this genus would be rather structured, at the retained geographical scale, in a dozen of species groups. In addition, the study of taxonomy of two complexes (sets of morphologically similar species), the complex “urozonus” and “vesicularis”, overall highlights unsuspected diversity in the Euro-Mediterranean area and more than ten species have been discovered and described as new species on the occasion of this work. Generally, the morphological characteristics, nuclear markers and mitochondrial markers have been relatively consistent except within the vesicularis complex which exhibits more marked divergence in the mitochondrial DNA.In the particular case of the urozonus species group, this thesis work has also allowed us to study the evolution of the host specificity in relation to a relatively well-resolved multi-locus molecular phylogeny and an estimate of the length of ovipositor, a morphological character that could explain the ability to parasitize protected hosts. In general, the comparative analyses show that the host specificity is not constrained by the phylogeny. We indeed observe highly contrasted hosts ranges between closely phylogenetically related species. Similarly, the length of ovipositor, which seems a very labile character at this scale, does not seem to determine the host range. All the results obtained have finally been used to better understand the potential role of some Eupelmus species on two insect pests, the fruit olive fly Bactrocera oleae and the chestnut gall wasp Dryocosmus kuriphilus.