Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Faculdade de Agronomia / Made available in DSpace on 2012-10-16T03:33:10Z (GMT). No. of bitstreams: 0Bitstream added on 2016-01-08T16:49:11Z : No. of bitstreams: 1 79065.pdf: 1952432 bytes, checksum: 79c49564a98bbf9c4c287266a0107397 (MD5)

Orientador: Maria Márcia Pereira Sartori / Banca: Juliano Carlos Calonego / Banca: Juliana Pereira Bravo / Resumo: A mamona (Ricinus communis) está presente em inúmeras aplicações na área industrial e na produção de biodiesel, tendo assim, relevante importância econômica. Contudo, no ano de 2017, o Brasil apresentou produtividade de 470 kg ha-1, muito aquém do seu real potencial, devido à falta de genótipos adaptados a cada região produtora. A síntese de híbridos produtivos passa pela obtenção de linhagens puras com o mínimo de endogamia, para maior exploração do vigor de híbrido, que proporcionam plantas mais uniformes e mais produtivas. Assim, o presente trabalho teve por objetivo estimar a depressão por endogamia em progênies obtidas por autofecundação, polinização cruzada e polinização livre advindas do cultivar de mamona FCA-PB. Os experimentos foram implantados em delineamento em blocos casualizados, no esquema fatorial 90 x 2 x 2, sendo 90 progênies advindas de três tipos de polinização, em 2 ambientes (São Manuel e Araçatuba) e em 2 safras (2004/2005 e 2005/2006), e no esquema fatorial 30 x 3, sendo 30 progênies e 3 tipos de polinização, em 2 ambientes e em 2 safras, com três repetições. Com relação à safra 2005/2006, a progênie 49 cultivada no município de São Manuel produziu 4171 kg ha-1 de grãos, podendo o seu desempenho ser explicado pelo tipo de fecundação que foi originada, polinização cruzada, sendo este método o que ocasiona no maior nível de heterose. Na avaliação da depressão por endogamia verificou-se que a polinização cruzada apresentou maior produtividade de grãos e m... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Castor bean (Ricinus communis) is present in numerous applications in the industrial area and in the production of biodiesel, having thus, relevant economic importance. However, in the year 2017, Brazil presented productivity of 470 kg ha-1, far short of its real potential, due to the lack of genotypes adapted to each producing region. The synthesis of productive hybrids passes through the obtaining of pure lineages with the minimum of endogamy, for greater exploitation of hybrid vigor, which provide more uniform and more productive plants. Thus, the present study aimed to estimate depression by inbreeding in progenies obtained by self-fertilization, cross pollination and free pollination from the cultivar of castor bean FCA-PB. The experiments were in a randomized block design, in the factorial scheme 90 x 2 x 2, being 90 progenies coming from three types of pollination, in 2 environments and 2 crops, and in the factorial scheme 30 x 3, being 30 progenies and 3 types of pollination, in 2 environments (São Manuel and Araçatuba) and in 2 crops (2004/2005 and 2005/2006), with three replications. In relation to the 2005/2006 crop, the progeny 49 grown in the municipality of São Manuel produced 4171 kg ha-1 of grains, and its performance can be explained by the type of fertilization that originated, cross pollination, being this method that causes in the greater level of heterosis. In the assessment of inbreeding depression it has been found that cross pollination presented great... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

O milho é uma das culturas que mais evoluiu nos últimos anos. A estimativa do progresso genético que a cultura obteve é importante para a análise de programas de melhoramento. O objetivo deste trabalho foi analisar o progresso genético do milho e a amplitude da variabilidade genética em 15 híbridos lançados em diferentes épocas, provenientes de três diferentes empresas de sementes. Desta forma, foi realizada a caracterização fenotípica e molecular dos híbridos em quatro ambientes e em duas densidades de semeadura. A avaliação fenotípica revelou um ligeiro progresso apenas para o caráter número total de espigas por parcela. Para os demais caracteres avaliados, não foi observado progresso genético evidente. A análise molecular, através de marcadores microssatélites, mostrou que os programas de melhoramento de milho exploram uma grande amplitude de variabilidade genética e que as empresas estão empregando germoplasma distinto, uma vez que o dendograma mostrou um agrupamento conforme as empresas. Os programas de melhoramento observados neste trabalho foram eficientes em produzir híbridos com características agronômicas superiores, como elevado rendimento de grãos, baixa estatura e baixa altura de inserção de espigas. / The maize is one of the cultures that more evolved in recent years. The estimate of the genetic progress in the culture is important for the analysis of breeding programs. The objective of this work was to analyze the genetic progress in maize and the amplitude of the genetic variability in 15 hybrids released at different times, proceeding from three different seed companies. Phenotypic and molecular characterization of the hybrids was done in four environments and two plant densities. The phenotypic evaluation showed a progress only for the trait number of ears per plot. For the other evaluated traits, genetic progress was not statistically observed. The molecular analysis, using microssatelites, showed that the maize breeding programs are exploring a large amplitude of genetic variability and that the companies are using distinct germoplasm, since the dendogram showed an agreement in the grouping of companies. The observed breeding programs in this work had been efficient in producing hybrids with superior agronomic traits, such as high grain yield, low plant height and low ear insertion.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-02-10T17:32:23Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1954802 bytes, checksum: d53487d7b115bb1a5241de39e1acdab8 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-10T17:32:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1954802 bytes, checksum: d53487d7b115bb1a5241de39e1acdab8 (MD5) Previous issue date: 2016-02-18 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A ampla variabilidade de Passiflora no Brasil é algo que vem sendo cada vez mais explorado, uma vez que várias espécies silvestres possuem alelos de interesse ao melhoramento, responsáveis por características como longevidade, adaptação às condições climáticas adversas, período de florescimento ampliado, maior concentração de componentes químicos de interesse para indústria farmacêutica e cosmética e resistência a doenças. Assim, o melhoramento do maracujazeiro pode seguir várias vertentes em função da região e da parte da planta a ser considerada, assim como flor e folha na área ornamental e medicinal, o fruto para indústria e consumo in natura, sendo esta última a mais habitual em programas de melhoramento da espécie, visando aumento da produtividade, a qualidade do fruto e resistência a doenças. Todavia, antes de se iniciar qualquer programa de melhoramento de maracujazeiro, primeiramente deve ser realizada a caracterização do germoplasma, sendo este um pré-requisito indispensável, para que seja feito o manuseio correto da variabilidade genética disponível dentro do programa de melhoramento. Os caracteres de interesse têm sido transferidos de uma espécie para outra mediante o processo de hibridação por cruzamentos interespecíficos, seguido de análise da segregação na progênie. Contudo tal processo nem sempre é viável, pois entre algumas espécies existem impedimentos no processo de fecundação e formação de sementes viáveis. Dentro deste contexto, os objetivos do trabalho foram realizar a caracterização morfológica e verificar a viabilidade da hibridação interespecífica (barreiras e desenvolvimento do tubo polínico) entre espécies de maracujá. O material vegetal foi composto por seis espécies de maracujá num total de 189 plantas, sendo realizada a caracterização morfológica com base em lista com 23 caracteres definidos pelo MAPA. Posteriormente foram realizadas análises de variância, herdabilidade (h 2 ) e teste de médias. Paralelamente, sete plantas foram escolhidas ao acaso e utilizadas para realização de cruzamentos interespecíficos como genitores femininos e masculinos. Tais plantas, ainda foram autofecundadas para evidenciar o mecanismo de autoincompatibilidade nas espécies. Foram avaliadas a percentagem de pegamento entre as espécies e dentro de cada espécie. Para evidenciar o desenvolvimento do tubo polínico no processo de fecundação, foi realizada uma análise histoquímica do estigma. Os estigmas foram coletados após 24 horas da realização do cruzamento. Para a caracterização, os descritores avaliados foram significativos com exceção do diâmetro do caule e diâmetro dos ramos. Em relação a caracterização do germoplasma, as análises de variâncias revelaram diferenças significativas, dentro de cada espécies para quase todas as características, evidenciando presença de variabilidade genética. Em relação a herdabilidade (h 2 ), que permite prever a possibilidade de sucesso na seleção refletindo a dimensão da variação fenotípica que pode ser herdada, apenas as espécies P. quadrangularis Linn (44.76), P. alata Curtis (46) e P. edulis Sims (33.17) apresentaram valores abaixo de 50%. Nas demais espécies os valores obtidos para h 2 mostram-se acima de 50%, indicando alta variabilidade genética. No que condiz aos descritores, o diâmetro do caule, é uma característica que pode ser descartada, uma vez que para nenhuma das espécies, houve significância. O tamanho da folha é altamente influenciado pela presença de lóbulos na espécie. Os carácteres morfológicos avaliados servirão como importantes ferramentas na avaliação de progênies vindas de cruzamentos interespecíficos. Posteriormente, avaliando os cruzamentos interespecíficos, pôde-se constatar que, entre as espécies ocorre incompatibilidade unilateral, sendo necessário a escolha de qual espécies serão utilizadas como genitor feminino ou masculino. Desse modo ocorre variação na taxa de pegamento não somente entre a espécies, mas dentro da espécie, sendo necessário utilizar um maior número de plantas. Nesse trabalho a viabilidade de cruzamento foi verificada entre as espécies: P. gibertii Brown x P. mucronata Lam.; P. edulis x P. cincinnata Mast; P. alata Curtis x P. mucronata Lam.; P. edulis x P. mucronata Lam.; P. gibertii Brown x P. alata Curtis; P. alata Curtis x P. gibertii Brown; P. alata Curtis x P. cincinnata Mast; P. cincinnata Mast x P. edulis; P. gibertii Brown x P. edulis; P. gibertii x P. cincinnata Mast; e P. alata Curtis x P. edulis. / The wide variability of Passiflora in Brazil is something that has been increasingly exploited, since many wild species have different alleles of interest to improve as longevity, adaptation to adverse weather conditions, extended flowering period, higher concentration of chemical components interest for pharmaceutical and cosmetic industry and disease resistance. Thus, the improvement of passionflower can follow various aspects depending on the region and part of the plant to be considered, as well as flower and leaf in ornamental and medicinal area, the fruit for industry and fresh consumption, the latter being the most common in breeding programs of the species, aiming at increasing productivity, fruit quality and disease resistance. However, before starting any passion fruit breeding program, it must first be carried out to characterize the germplasm, which is a prerequisite for it to be done the correct handling of the genetic variability available within the breeding program. Thus the traits of interest have been transferred from one species into another through the process of interspecific hybridization junctions, followed by analysis of the segregation in the progeny. However this process is not always feasible because some species there are impediments to fertilization process and formation of viable seed. Within this context, the objectives were to perform morphological and verify the viability of interspecific hybridization (barriers and development of the pollen tube) between passion fruit species. The plant material was composed of six species of passion fruit in a total of 189 plants, being held morphological characterization based on the list with 23 characters defined by MAPA. Subsequently were performed analyzes of variance, heritability (h 2 ) and mean test. At the same time, seven plants were chosen at random and used to perform interspecific crosses as female and male parents. Such plants were also selfed to highlight the self-incompatibility mechanism in species. the percentage of fixation between species and within species were evaluated. To show the development of the pollen tube in the fertilization process, immune histochemical analysis of stigma was performed. The stigmas were collected 24 hours after completion of the cross. To characterize the evaluated descriptors were significant except stem diameter and diameter of branches. For characterization of germplasm, the summaries of the analysis of variance revealed significant differences within each species for almost all characteristics showing presence of genetic variability. Regarding the heritability (h2), which allows one to predict the likelihood of success in the selection reflecting the size of the phenotypic variation that can be inherited, only the species P. quadrangularis Linn (44.76), P. alata (46) and P. edulis (33.17) had values below 50%. In other species, the values obtained are shown h2 above 50%, indicating high genetic variability. In that matches the descriptors, stem diameter, it is a feature which can be ruled out, since for either species, there was significant. The size of the sheet is highly influenced by the presence of lobes in the species. The assessed morphological characters will serve as important tools in evaluating progenies coming from interspecific crossings. Later, assessing the interspecific crosses it could be seen that, between species occurs unilateral incompatibility, requiring the choice of which species will be used as female or male parent. Thus there is a variation in the rate of fruit set not only between species, but within a species, it is necessary to use a larger number of plants. In this work the intersection of viability was observed between species: P. gibertii x P. mucronata Lam .; P. edulis x P. cincinnata Mast; P. alata x P. mucronata Lam .; P. edulis x P. mucronata Lam .; P. gibertii x P. alata; P. alata x P. gibertii; P. alata x P. cincinnata Mast; P. cincinnata Mast x P. edulis; P. gibertii x P. edulis; P. gibertii P. cincinnata Mast; and P. alata P. edulis.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-02-13T09:34:30Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 715056 bytes, checksum: 716a63cd115d7d16af09417ac8b3ed71 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-13T09:34:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 715056 bytes, checksum: 716a63cd115d7d16af09417ac8b3ed71 (MD5) Previous issue date: 2016-08-04 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Os programas de melhoramento genético do cafeeiro têm como principal objetivo a obtenção de cultivares com características agronômicas e tecnológicas de interesse, qualidade superior de bebida e resistência a pragas e doenças, aliadas a elevado potencial produtivo. Uma ferramenta útil para auxiliar a seleção de progenitores para os programas de melhoramento é o estudo da diversidade genética de cafeeiros, usando marcadores moleculares. Outra metodologia utilizada é o cruzamento dialélico. Dialelos têm sido aplicados para a obtenção de informações sobre o potencial genético de cultivares ou linhagens, bem como suas capacidades de combinação, que resultem em híbridos produtores de populações segregantes promissoras. Assim, o presente trabalho teve como objetivo aplicar essas duas metodologias, a análise da diversidade genética e o estudo de um dialelo circulante, para auxiliar os programas de melhoramento de Coffea arabica. Marcadores moleculares também foram utilizados para certificação de cruzamentos de interesse para o melhoramento. Dessa forma, 12 marcadores moleculares do tipo SSR (Simple Sequence Repeats) foram utilizados para acessar a diversidade genética de 76 potenciais progenitores e para a certificação de 48 cruzamentos de interesse. A análise da matriz de distância genética obtida e os dendrogramas resultantes permitiram identificar que os cruzamentos Catiguá MG2 x Acauã, Catiguá MG2 x Topázio MG 1190 , Catiguá MG2 x Arara, Catiguá MG2 x Bourbon Amarelo MG 0009 e Catiguá MG2 x Tupi Ferrero, são os que otimizam a distância genética entre os progenitores. Com os marcadores moleculares, foi possível identificar sete cafeeiros que não eram híbridos e sim resultantes de autofecundação do progenitor feminino. Na análise do dialelo circulante foram avaliados oito progenitores e 12 híbridos, com base em 10 características morfoagronômicas. Foram estimadas as capacidades gerais e específicas de combinação, bem como as médias dos progenitores, dos híbridos e dos híbridos preditos para cada característica. Para as principais características (Vigor Vegetativo e Produção), os cruzamentos que devem ser priorizados são entre os progenitores Catiguá MG2 e UFV 311-63 e entre Catiguá MG2 e Acauã Novo, com base na estimação dos parâmetros genéticos. Foi realizada uma análise de correlação para estudar a relação entre distância genética com base nos marcadores moleculares, diversidade genética fenotípica, média fenotípica e capacidade de combinação das plantas avaliadas no dialelo. Verificou-se uma maior correlação entre a distância genética molecular, média fenotípica das características avaliadas e capacidade de combinação quando comparada com a diversidade fenotípica. Além disso, as características mais fortemente correlacionadas com a diversidade genética molecular foram Vigor vegetativo e Produção. / The main objectives of coffee breeding programs is to obtain cultivars with good agronomic traits, better cup quality and resistance to pests and diseases combined with high yield potential. A useful tool to assist the selection of promising parents for these programs is the study of genetic diversity using molecular markers. Another method used is the diallel cross. Diallel shave been applied to obtain information on the genetic potential of cultivars, as well as its combination capacities that result in hybrids of promising segregating populations. Thus, this study aimed to apply these two methods, the analysis of genetic diversity and circulant diallel to assist Coffea arabica breeding programs. Molecular markers were also used for certification of hybrids. Twelve SSR (Simple Sequence Repeats) molecular markers were used to assess the genetic diversity of 76 potential parents and certificate 48 potential hybrids. The analysis of genetic distance matrix and the dendrograms showed that Catiguá MG2 x Acauã, Catiguá MG2 x Topazio MG 1190, Catiguá MG2 x Arara, Catiguá MG2 x Bourbon Amarelo and Catiguá MG2 x Tupi Ferrero are the crosses that optimize the genetic distance between parents. With molecular markers data, seven potential hybrids showed to be result of self-pollination and the remaining 41 plants were identified as true hybrids. The circulant diallel analyses were assessed with eight parents and 12 hybrids, using ten agronomic traits. The general and specific combining abilities were estimated, as well as the means of the parents, hybrids and predicted hybrids for each trait. For the main agronomic trait (vegetative vigor and yield), crossings that should be prioritized are between the parents Catiguá MG2 and UFV 311-63, and between Catiguá MG2 and Acauã Novo based on the genetic parameters estimation. A correlation analysis was performed to study the relationship between molecular genetic distance, phenotypic genetic diversity, phenotypic mean and combining ability of the plants evaluated in diallel. There was a greater correlation between genetic distance and phenotypic mean of the traits evaluated and combining ability, when compared to phenotypic distance. Furthermore, the most strongly correlated traits with genetic diversity were vegetative vigor and yield.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-09-01T13:24:58Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 695461 bytes, checksum: e1a93b07639fd203a2b6bf71faf6e3f1 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-01T13:24:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 695461 bytes, checksum: e1a93b07639fd203a2b6bf71faf6e3f1 (MD5) Previous issue date: 2017-04-04 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais / A falta de sementes melhoradas de pupunheira para produção de palmito é um grande impedimento para o aumento da produtividade e da qualidade desse produto. Visando fornecer material melhorado, a Embrapa vem realizando um trabalho de melhoramento de pupunheira para produção de palmito visando o norte do país. Além de fornecer sementes melhoradas, espera-se alcançar melhorias sócias e ambientais, principalmente para pequenos produtores. Foi instalado na Embrapa Amazônia Ocidental um experimento em delineamento de blocos casualisados, composto por 72 progênies de pupunheira e 36 repetições. Esse experimento foi iniciado em 2006 e foi analisado por cinco anos consecutivos. As variáveis mensuradas foram peso do palmito basal, peso do palmito apical, que compreende ao palmito de segunda, peso do palmito, correspondente ao palmito de primeira, número de toletes de 9 cm de comprimento, diâmetro do palmito e comprimento do palmito. Foram realizadas análises visando seleção das melhores progênies e dos melhores indivíduos via modelos mistos, utilizando REML / BLUP, análise de repetibilidade e diversidade genética, além de estudos de correlações e análise de correlações canônicas e rede de correlações entre caracteres relacionados à massa produzida e caracteres associados ao volume de palmito. Este estudo revelou a superioridade de algumas progênies, destacando-se a progênie 157, que segundo o estudo de diversidade, pode ser utilizada como base para futuros cruzamentos. Por outro lado, o estudo de repetibilidade indica que grande número de medições é necessário para obtenção de medidas confiáveis. Existe alta correlação entre algumas variáveis, sendo possível a obtenção de plantas de baixo porte e com grande potencial produtivo, facilitando a colheita do palmito. / The lack of improved seeds of peach palm for palmito production is a major impediment to increasing the productivity and quality of this product. In order to supply improved material, Embrapa has been carrying out a work to breed peach palm for palmito production in the north of the country. In addition, to providing improved seeds, it is expected to achieve social and environmental improvements, especially for small producers. It was installed in Embrapa Western Amazon an experiment in a randomized block design, composed of 72 progenies of peach palm and 36 replications. This experiment was started in 2006 and analyzed for five consecutive years. The variables measured are heart of palm basal weight, heart of palm apical weight, and heart of palm weight, billets number, heart of palm diameter, and heart of palm length. Analyzes were carried out in order to select the best progenies and the best individuals using mixed models, trough REML / BLUP, analysis of repeatability and genetic diversity, as well as studies of correlations, analysis of canonical correlations and correlation between characters related to mass produced and characters Associated with the volume of palm heart. This study revealed the superiority of some progenies, highlighting the progeny 157, which according to the study of diversity, can be used as a basis for future crosses. On the other hand the repeatability study indicates that large numbers of measurements are required to obtain reliable measurements. There is a high correlation between some variables, being possible to obtain plants of low size and with great productive potential, facilitating the harvest of the palm heart.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2018-01-15T15:39:28Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1009278 bytes, checksum: 0ca0f39af7e469a6dded1b9a46b70329 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-15T15:39:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1009278 bytes, checksum: 0ca0f39af7e469a6dded1b9a46b70329 (MD5) Previous issue date: 2017-07-20 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O feijão comum (Phaseolus vulgaris L.) é uma das leguminosas mais cultivadas e consumidas em todo o mundo. É uma fonte relativamente barata de proteínas e nutrientes, firmando-se como um importante alimento na manutenção da segurança alimentar no planeta. Nesse sentido, o melhoramento genético é fundamental para a obtenção de cultivares mais produtivas, com arquitetura de plantas mais adequada aos sistemas de colheita, com ciclo compatível com às regiões de produção e de aspecto de grãos que atenda às exigências do mercado consumidor. Uma ferramenta auxiliar no melhoramento genético de plantas é a seleção assistida por marcadores moleculares do DNA. O mapeamento de ligação (Linkage Mapping, LM) é a abordagem mais comum no melhoramento para detectar marcadores moleculares associados a QTLs (Quantitative Trait Loci, ou locos controladores de características quantitativas). A abundância de marcadores no genoma das espécies fez do mapeamento de associação (Association Mapping, AM) uma nova estratégia pra detecção de QTLs. Uma importante metodologia do mapeamento de associação é o estudo de associação genômica ampla (Genome Wide Association Study, GWAS). Neste contexto, o Programa de Melhoramento do Feijoeiro da Universidade Federal de Viçosa (UFV) desenvolveu uma população formada por 376 RILs (Recombinant Inbred Lines, ou linhagens endogâmicas recombinantes) de feijão comum, obtidas do cruzamento entre Rudá e AND 277, para a obtenção de um mapa genético e detecção de QTLs relacionados a sete características morfo-agronômicas usando essas duas metodologias. Essa população foi denominada de RILs RA. Outro objetivo foi conhecer a função biológica destes QTLs pela sua localização em relação a genes candidatos com função biológicas que se relacionassem às características destes QTLs. A população foi genotipada com 3.098 marcadores do tipo SNP (Single Nucleotide Polymorphism, polimorfismo a partir de um único nucleotídeo) e fenotipada em campo para as características número de dias até o florescimento (DF) e até a maturação (DM), arquitetura de plantas (ARC), produtividade de grãos (YLD), grau de achatamento (SF) da semente, forma da semente (SS) e massa de cem grãos (SW). Pelo mapeamento de ligação (LM), foi obtido uma mapa genético com 1.962 SNPs e tamanho total de 1.065,48 cM. Também foram detectados 29 QTLs, para as sete características, distribuídos nos 11 cromossomos, que explicaram de 3,83 a 32,92% da variação fenotípica. Na anotação gênica, quatro sequências de SNPs identificados como ligados aos QTLs foram relacionados a 18 genes com função biológica conhecida. Pelo estudo de associação genômica ampla (GWAS), foram detectados 112 SNPs/QTLs em todos os cromossomos, com exceção dos cromossomos 06 e 07, relacionados a todas as características avaliadas. Alguns destes QTLs estavam posicionados próximos ou dentro de genes candidatos com função biológica que se relacionava com as características morfo-agronômicas avaliadas. Conclui-se que o tamanho da população de RILs RA (376 linhagens) permitiu a obtenção de um mapa genético com estimativas de frequência de recombinação acurada. O número de marcadores utilizados propiciou boa saturação em todos os cromossomos, o que permitiu a detecção de QTLs com mais eficiência e confiabilidade pelo mapeamento de ligação e pela GWAS. Os genes candidatos localizados nas regiões destes QTLs corroboram o potencial destes na seleção assistida por marcadores moleculares para as características morfo-agronômicas avaliadas. / Common bean (Phaseolus vulgaris L.) is one of the most cultivated and consumed legumes worldwide. It is a relatively inexpensive source of protein and nutrients, establishing itself as an important food in maintaining food security on the world. In this sense, genetic breeding is essential to obtain more productive cultivars, with plant architecture more adequate to the harvesting systems, with a cycle suitable to the regions of production, and grain type compatible with the requirements of the local market. An auxiliary tool in plant breeding is the DNA marker-assisted selection. Linkage mapping (LM) is the most common approach to detect molecular markers associated to quantitative trait loci (QTL). The abundance of molecular markers in the genome of the species made of association mapping (AM) a new methodology to QTLs detection. An important association mapping (AM) methodology is the genome wide association study (GWAS). In this context, the Common Bean Breeding Program of the Universidade Federal de Viçosa (UFV) developed a population consisting of 376 RILs, obtained from the crossing between Rudá and AND 277, to construct a genetic map and detect QTLs related to seven morpho-agronomic traits using these two methodologies. Another objective was to know the biological function of these QTLs by their location in relation to candidate genes with biological functions that related to the traits of these QTLs. The population was genotyped with 3,098 SNP (single nucleotide polymorphism) markers and phenotyped in the field conditions for the trais number of days to flowering (DF) and to maturity (DM), plant architecture (ARC), seed yield (YLD), degree of seed flatness (SF), seed shape (SS), and 100- seed weight (SW). A genetic map with 1,962 SNPs, spanning a total size of 1,065.48 cM, was obtained by linkage analysis. In addition, 29 QTLs were detected for the seven characteristics distributed on the 11 chromosomes, which explained from 3.83 to 32.92% of the phenotypic variation. In gene annotation, four sequences of SNPs identified as linked to QTLs were related to 18 genes with known biological function. 112 SNPs/QTLs related to the traits evaluated were detected in all chromosomes by genome wide association study (GWAS), except to chromosomes 06 and 07. Some of these QTLs were positioned near or within candidate genes with biological function that were related to the morpho-agronomic traits evaluated. It is concluded that the population size of RA RILs (376 lines) allowed to obtain a genetic map with accurate estimates of recombination frequency. The number of markers used in this study provided good saturation in all chromosomes, which allowed the efficiently and reliably QTL detection by linkage mapping and GWAS. The candidate genes located in the regions of these QTLs corroborate their potential in the marker-assisted selection for these seven morpho-agronomic traits.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2018-01-15T16:24:47Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 962345 bytes, checksum: 5a6d6072db690a2bf84a5142262e8313 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-15T16:24:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 962345 bytes, checksum: 5a6d6072db690a2bf84a5142262e8313 (MD5) Previous issue date: 2017-07-31 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A presença de variabilidade genética associada a estratégias mais eficientes de seleção são imprescindíveis para se obter sucesso nos programas de melhoramento. Nesse sentido, o uso de marcadores moleculares em estudos de diversidade, bem como a seleção baseada em dados fenotípicos por meio do uso de procedimentos genético-estatísticos mais refinados têm se mostrado ferramentas úteis nos programas de melhoramento. Além disso, com o avanço das plataformas de NGS (Next Generation Sequencing), um novo método de seleção, que visa utilizar dados fenótipos e moleculares, denominado Seleção Genômica Ampla foi proposto. O objetivo do trabalho foi identificar marcadores SNP (Single Nucleotide Polymorphism) e validá-los em estudos de diversidade genética; estimar os parâmetros genéticos e os ganhos com a seleção utilizando a metodologia de modelos mistos (REML/BLUP); aplicar o princípio da GWS (Genome Wide Selection) e avaliar sua eficiência em população de C. canephora. A população em estudo, inicialmente, foi composta por 72 genótipos nos quais os marcadores SNP foram identificados e validados. A seleção fenotípica, por meio do procedimento REML/BLUP, foi realizada em 192 genótipos de cafeeiros. Por fim, a população avaliada por meio da GWS foi composta por 165 genótipos. Utilizando a plataforma de sequenciamento da empresa RAPiD Genomics foram identificados 117.450 SNP em 72 indivíduos de C. canephora. Após análises de qualidade, 33.485 SNP foram selecionados e validados em análises de diversidade e estrutura genética de populações. Os marcadores foram eficientes na avaliação da diversidade e estrutura genética de C. canephora e com base em nessas análises foi possível selecionar possíveis cruzamentos promissores dentro e entre os grupos varietais e Híbridos geneticamente mais distantes. Com base nas análises utilizando o método REML/BLUP foi possível selecionar genótipos Conilon e Robusta promissores por serem geneticamente divergentes pela análise de agrupamento e por proporcionarem ganhos elevados com a seleção. Estes podem ser intercruzados para obter cultivares dentro de cada grupo varietal e/ou como genitores em cruzamentos interpopulacionais. Além disso, foi possível selecionar famílias híbridas que se destacaram nas análises. Estas podem ser testadas em diferentes regiões e as promissoras utilizadas como variedade propagada por semente. As famílias híbridas selecionadas podem também ser intercruzadas (cruzamento intrapopulacional) para avanço da seleção recorrente. Por fim, a GWS mostrou-se ferramenta útil para o melhoramento de C. canephora, por predizer com alta acurácia os valores genéticos genômicos dos indivíduos e possibilitar a redução no tempo necessário para completar o ciclo de seleção, proporcionando ganhos significativos em eficiência seletiva por unidade de tempo. / The presence of genetic variability associated with more efficient selection strategies is essential for success in breeding programs. In this sense, the use of molecular markers in diversity studies, as well as selection based on phenotypic data through the use of more refined genetic-statistical procedures have been shown to be useful tools in breeding programs. In addition, with the advancement of NGS (Next Generation Sequencing) platforms, a new selection method, which aims to use phenotype and molecular data, called the Genome Wide Selection was proposed. The objective of this work was to identify SNP markers (Single Nucleotide Polymorphism) and to validate them in studies of genetic diversity; to estimate genetic parameters and selection gains using the mixed model methodology (REML/BLUP); to apply the principle of GWS (Genome Wide Selection) and to evaluate its efficiency in C. canephora population. The study population was initially composed of 72 genotypes in which the SNP markers were identified and validated. Phenotypic selection, using the REML/BLUP procedure, was performed on 192 coffee genotypes. Finally, the population evaluated through GWS consisted of 165 genotypes. Using the RAPiD Genomics company sequencing platform, 117,450 SNPs were identified in 72 C. canephora individuals. After quality analyzes, 33,485 SNPs were selected and validated in analyzes of diversity and genetic structure of populations. The markers were efficient in evaluating the genetic diversity and structure of C. canephora and based on these analyzes, it was possible to select possible promising crosses within and among the genetically distant varietal and hybrid groups. Based on the analyzes using the REML/BLUP method, it was possible to select promising Conilon and Robusta genotypes because they are genetically divergent by cluster analysis and because they provide high gains with selection. These can be cross-linked to obtain cultivars within each varietal group and/or as parents at interpopulation crossings. In addition, it was possible to select hybrid families that stood out in the analyzes. These can be tested in different regions and the promising ones used as seed propagated variety. Selected hybrid families can also be cross-linked (intrapopulation cross) to advance recurrent selection. Finally, the GWS proved to be a useful tool for the improvement of C. canephora, by accurately predicting the genomic genetic values of the individuals and allowing the reduction in the time needed to complete the selection cycle, providing significant gains in selective efficiency by unit of time.

Submitted by Amauri Alves (amauri.alves@ufv.br) on 2015-12-03T12:15:30Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 594381 bytes, checksum: 78003bc43c8f85c2a92e37c856c8f191 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-03T12:15:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 594381 bytes, checksum: 78003bc43c8f85c2a92e37c856c8f191 (MD5) Previous issue date: 2015-07-16 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Os objetivos deste estudo foram obter estimativas do progresso genético para produtividade de grãos e outras características agronômicas, bem como, os parâmetros de adaptabilidade e estabilidade fenotípica em cultivares de feijão do tipo carioca recomendados no Brasil entre os anos de 1970 e 2013. Os experimentos foram conduzidos nos municípios de Viçosa/MG e Coimbra/MG nas safras da seca e de inverno de 2013. Foram avaliados 40 cultivares de feijão carioca recomendados pelos principais programas de melhoramento do Brasil entre 1970 a 2013. O delineamento experimental utilizado foi o de blocos casualizados, com três repetições. As características avaliadas para o estudo do progresso genético foram: produtividade de grãos (Prod); aspecto de grãos (AG); arquitetura de planta (Arq); número de vagens por planta (NVP); número de grãos por vagem (NGV) e massa de 1000 grãos (MMG). Para o estudo de adaptabilidade e estabilidade fenotípica, foi utilizada apenas a característica produtividade de grãos. O progresso genético foi estimado com base nas médias das características por meio da análise de regressão bissegmentada. As estimativas dos parâmetros de adaptabilidade e estabilidade foram obtidas por meio da metodologia de Eberhart e Russell (1966). As médias das caraterísticas foram agrupadas pelo método de agrupamento de Scott e Knott (1974). Observou-se expressivo progresso genético dos programas de melhoramento de feijão carioca para a produtividade de grãos, e esse progresso passou a ser significativo a partir de 1990, com um ganho de 68,15 kg ha -1 ou 6,74% ao ano. Melhorias também foram observadas no aspecto de grãos (1,36% ao ano), no número de vagens por planta vii(5,62% ao ano), no número de grãos por vagem (4,59 % ao ano) e na massa de mil grãos (2,08% ao ano). Embora tenham sido recomendadas algumas cultivares de feijão carioca de arquitetura ereta, não foi observado progresso genético significativo proporcionado pelo melhoramento genético de feijão no Brasil para esta característica. Além disso, com a análise de adaptabilidade e estabilidade foi possível verificar, que os cultivares recomendados após 2005 foram as que apresentaram o fenótipo proposto por Eberhart e Russell, ou seja, alta produtividade de grãos, ampla adaptabilidade e alta previsibilidade de comportamento. Palavras-Chave - Phaseolus vulgaris L.; interação genótipos x ambientes; ganho genético; regressão bissegmentada, componentes do rendimento. / We aimed to estimate genetic progress for grain yield and other agronomic traits, as well as the adaptability and stability parameters using carioca beans cultivars recommended in the Brazil between 1970 and 2013. The experiments were carried out in the cities of Viçosa/MG and Coimbra/MG at crops seasons of drought and winter of 2013. Forty cultivars recommended by the main breeding programs in Brazil were evaluated by using randomized block design with three replications. The evaluated traits for the study of genetic progress were: grain yield (Prod.); grain aspect (AG); plant architecture (Arq), number of pods per plant (NVP); number of seeds per pod (NGV) and 1000-seeds weight (MMG). To study the stability and adaptability was considered only the characteristic grain yield using the Eberhart and Russell method. The genetic progress was estimated for all traits based on the average over the year using the bi-segmented regression analysis. Being the means grouped by Scott and Knott method. Significant genetic progress in carioca cultivars beans was observed to the trait grain yield, and this progress became significant from the year 1990, with an increase of 68.15 kg ha -1 or 6.74 % per year. Improvements were also seen in the other traits (0.29 or 5.62% per year for number of pods per plant, 0.09 or 4.59% per year for number of grains per pod, 2.95 or 2, 08% per year for thousand grain weight and -0.07 or 1.36% per year for grain aspect). Although erect cultivars have been recommended, significant genetic progress was not observed for this trait. The cultivars indicated after 2005 showed the genotypic suggested by Eberhart and Russell, i.e. jointly submitted high grain yield, wide adaptability and high predictability of behavior. ixKeywords - Phaseolus vulgaris L.; interaction GxE; genetic gain; bi-segmented regression; yield components.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-04-20T11:09:12Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 251735 bytes, checksum: 16d64bae7a029b52e0a18d65b3abc040 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-20T11:09:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 251735 bytes, checksum: 16d64bae7a029b52e0a18d65b3abc040 (MD5) Previous issue date: 2016-02-16 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O Brasil é um país de clima tipicamente tropical e, por isso, apresenta uma considerável diversidade de espécies capaz de produzir óleo, como a macaúba (Acrocomia aculeata). Por ser uma cultura incipiente, têm-se poucos estudos genéticos relacionados à produção de óleo. Assim, o objetivo deste trabalho foi estimar os parâmetros relacionados ao controle genético dos caracteres físicos dos frutos, teor e produção de óleo, inferir sobre a diversidade genética, realizar o agrupamento e proceder à seleção dos acessos de macaúba. Frutos de 44 acessos de macaúba do banco ativo de germoplasma foram colhidos e levados ao laboratório de pós-colheita da Universidade Federal de Viçosa, para avaliação da: massa seca (g) da casca, polpa, endocarpo e amêndoa, teor de óleo e produção de óleo por planta. As estimativas das herdabilidades individuais no sentido restrito foram consideradas de média magnitude para todas as características avaliadas. O coeficiente de repetibilidade e a acurácia na seleção de famílias, para todas as características, foi de alta magnitude e a produção de óleo por planta apresentou o maior coeficiente de variação genética individual (77,16%). Dos 10 primeiros indivíduos selecionados pelo BLUP individual, houve uma contribuição de 5 acessos diferentes (8, 37, 49, 43, 26), sendo que os cinco melhores indivíduos para o caráter produção de óleo por planta, pertence à família do acesso 8, com destaque para o acesso 8 planta 7. O agrupamento genético dos 44 acessos, estabelecidos pelo método Tocher, baseado na distância euclidiana média, permitiu a formação de 11 grupos. O índice de média de ranks de Mulamba e Mock permitiu classificar os acessos em ordem favorável a seleção, considerando todas as características avaliadas, sendo que os acessos selecionados 43, 8, 37, 35 e 6 destacaram nas primeiras posições. / Brazil is a typical tropical climate country and, therefore, presents a considerable diversity for species capable of producing oil, such as macaw palm (Acrocomia aculeata). Few genetic studies related to oil production for this species are available, since it is an incipient crop. Thus, the main of this study was estimating genetic parameters related to genetic control of physical traits in fruits, quantifying content and oil production, inferring genetic diversity by cluster analysis and selecting macaw palm accessions. Fruits from 44 macaw palm accessions of the active germplasm bank were collected and transferred to postharvest laboratory in Universidade Federal de Viçosa, evaluating the following traits: dry mass (g) of the exocarp, mesocarp, endocarp and kernel, and oil content and production per plant. Estimated individual narrow sense heritability were classified as moderate magnitude for all traits. Coefficient of repeatability and accuracy for progenies selection were considered high magnitude for all traits and plant oil production presented the highest individual genetic variation coefficient (77.16%). Five distinct accessions (8, 37, 49, 43, 26)contributed among the first ten selected by the individual BLUP, however, the top five individuals for oil production belongs to accession 8 family, standing out the individual 7 from accession 8. The genetic cluster for the 44 accessions, performed by Tocher method based on average Euclidian distance, resulted in 11 groups formation. Mulamba and Mock average rank index allowed classifying accessions to favorable selection sequence, considering all traits evaluated, and the following accessions 43, 8, 37, 35 and 6 standed out in the top positions.