Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:17Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-12-06Bitstream added on 2014-06-13T18:43:26Z : No. of bitstreams: 1 000748635.pdf: 2633150 bytes, checksum: 7049121c4a2017ccb0f9a3a31ed2514b (MD5) / A cana-de-açúcar (Saccharum spp.) é a cultura mais aplicada para a produção de açúcar tanto para consumo interno quanto para exportação, além da produção de etanol e biomassa. A área de cultivo vem crescendo expressivamente, fato que leva melhoristas a buscar genótipos mais produtivos às diferentes áreas de plantio. Experimentos em multi ambientes são comumente conduzidos em programas de melhoramento de plantas principalmente para avaliação de genótipos potenciais para produção. Este estudo incluiu 16 genótipos de cana-de-açúcar em 14 locais e avaliados por quatro anos, ou seja, quatro cortes (cana planta, primeira, segunda e terceira soca). O objetivo foi investigar a adaptabilidade e estabilidade dos genótipos de cana-de-açúcar para o atributo Tonelada de Pol por Hectare (TPH) em experimentos multi ambientais a partir de três metodologias estatísticas: Regressão linear fenotípica conjunta (E-R), Norma de reação (NR) e Média harmônica da performance relativa do valor genotípico (MHPRVG). Os valores da herdabilidade média genotípica estimados via MHPRVG apresentaram-se altos, o que leva a altas acurácias na seleção genotípica (superiores a 90%). Os genótipos IACSP963076, IACSP963048 e IACSP985024, primeiro corte, IACSP963048, IACSP963076, IACSP962073 e IACSP985024, segundo corte, IACSP962073, IACSP962008 e IACSP963076, terceiro corte e IACSP963076, IACSP985024, IACSP962073 e IACSP962008, quarto corte, foram os selecionados quando se considera os atributos de estabilidade, adaptabilidade e produtividade (TPH), simultaneamente e, portanto, são os genótipos recomendados para o plantio nesta macro região estudada quando analisadas via MHPRVG. Em termos de valores médios, os genótipos recomendados pela seleção simultânea baseada na MHPRVG são os genótipos IACSP963076, IACSP962073, IACSP985024 e IACSP962008, alcançando um valor médio de 2,8% acima... / The sugarcane (Saccharum spp.) is the most applied crop in the sugar yielding as much as internal consumption as exportation, besides its application in yielding alcohol and biomass production. The crop area has been increased expressively leading breeders to search more yielding genotypes to the different planted areas. Multi-environment trials are commonly conducted in plant breeding programs to evaluate potential genotypes mainly to yield. This study included 16 sugarcane genotypes at 14 locations evaluated in four years, that is, four harvests (sugarcane plant, first, second and third ratoon). The objective was to investigate the sugarcane's genotype adaptability and stability to Ton of Pol per Hectare (TPH) attribute in multi-environments trials from three statistical methodologies: Joint phenotypic linear regression (E-R), Reaction norm (NR) and Harmonic average performance relative breeding values (MHPRVG). The estimated genotypic average heritabilities values via MHPRVG showed themselves as high, what lead to high accuracy in the genotypic selection ( higher than 90%). The genotypes IACSP963076, IACSP963048 and IACSP985024, first harvest, IACSP963048, IACSP963076, IACSP962073 and IACSP985024, second harvest, IACSP962073, IACSP962008 and IACSP963076, third harvest and IACSP963076, IACSP985024, IACSP962073 and IACSP962008, fourth harvest, were the selected when one considers simultaneously the stability, adaptability and productivity (TPH) attributes and thereby them are the recommended genotypes to be planted in this studied macro region when analyzed via MHPRVG. In a mean expression, the recommended genotypes by simultaneous selection based in MHPRVG are the IACSP963076, IACSP962073, IACSP985024 and IACSP962008 genotypes, reaching a average value of 2.8% higher than the four harvests overall mean. The percentage of selection ranking from both approach was 31, 44, 50 and 56% at the ...

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:17Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-07-04Bitstream added on 2014-06-13T18:43:26Z : No. of bitstreams: 1 araujoneto_fr_dr_jabo.pdf: 483862 bytes, checksum: 621ba6341f8e63b31e3db9bb69db36d2 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Em programas de melhoramento animal, diversas características utilizadas como critérios de seleção representam medidas repetidas do mesmo animal, sendo importante o estudo de metodologias que considere esta estrutura longitudinal. Assim, o objetivo deste trabalho foi implementar a metodologia de antedependência utilizando de inferência bayesiana, na estimação de componentes de variância para avaliação genética de características longitudinais. Foram realizados dois estudos de simulação a fim de verificar as propriedades da aplicação da metodologia. Para o primeiro estudo foram considerados apenas os efeitos fixos, o genético e resíduo, sendo empregado duas estruturas de (co)variância: uma de antedependência e outra de regressão aleatória. O segundo estudo apresenta adicionalmente o efeito de ambiente permanente, sendo utilizado para ambos os efeitos aleatórios. Os resultados demonstraram que a metodologia proposta apresentou capacidade de estimar valores próximos aos simulados, entretanto alguns parâmetros dos modelos apresentaram algumas dificuldades de convergência. Verificou-se por meio do estudo realizado, que a implementação da metodologia de antedependência utilizando de inferência bayesiana e amostrador de Gibbs em um modelo animal, possibilitou a obtenção de estimativas próximas aos valores simulados. Além disso, pode-se constatar algumas dificuldades inerentes a convergência dos parâmetros do modelo, sendo necessário a realização de novos estudos visando utilizar novas funções para a modelagem dos coeficientes autorregressivos e das variâncias das inovações, assim como outras estratégias de amostragem / In animal breeding programs, several traits used as selection criteria represent repeated measurements of the same animal, thus the study of methodologies that consider this longitudinal structure. The objective of this study was to implement a antedependence model using Bayesian inference, in the estimation of variance components for genetic evaluation of longitudinal characteristics. Two studies were conducted simulation in order to verify the properties of application of the methodology. For the first study included only fixed effects, genetic and residual, being employed two structures (co)variance: one antedependence and other random regression. The second study further shows the effect of permanent environment, and is used for both random effects. The results demonstrated that the proposed methodology showed ability to estimate values close to those simulated, however, some parameters of the models presented convergence difficulties. It was found through the study, the implementation of the methodology antedependence using Bayesian inference and Gibbs sampling in an animal model, makes possible to get estimates close to the simulated values. Moreover, one can observe some convergence difficulties of the model parameters, it is necessary to conduct new studies to use new functions for modeling the autoregressive coefficients and variances of the innovations, as well as other sampling strategies

Made available in DSpace on 2015-05-14T16:53:20Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-08-29Bitstream added on 2015-05-14T16:58:59Z : No. of bitstreams: 1 000827276.pdf: 1654948 bytes, checksum: 427444d23e3c5d9696eefde935ca818e (MD5) / A crise do petróleo das últimas décadas, aliada à necessidade de desenvolvimento das economias com o consequente aumento da demanda por combustíveis e a crescente preocupação com o meio ambiente, revitalizou a busca por fontes alternativas de energia no Brasil e no mundo. No capítulo I é apresentado o pequi (Caryocar brasiliense Camb.) , é uma das espécies das quais podem ser extraídos óleos para produção de biodiesel, produzido a partir de óleos vegetais, passou a ser fonte mais amplamente discutida, porém devido ao avanço das fronteiras agrícolas, os remanescentes desta espécie, símbolo do Cerrado, encontra-se em extinta em muitas regiões do Brasil. Diante disto, os objetivos deste estudo foram investigar por marcadores microssatélites o sistema de reprodução em amostras de progênies de polinização aberta de duas populações de C. brasiliense, uma localizada no interior de um talhão de eucalipto (POP-TE) e outra em um fragmento florestal que constitui a Reserva Legal (POP-RL), da Fazenda Curucaca, visando o melhoramento genético desta espécie que pode ser utilizada na produção de biodiesel. Assim, em termos gerais, os resultados obtidos demonstram que o isolamento espacial do fragmento da Reserva legal das árvores isoladas no interior do Talhão de Eucalipto pode aumentar a endogamia nas futuras gerações. No capítulo II, apresenta-se o pinhão-manso (Jatropha curcas L.), no qual ganha destaque no Programa nacional de Produção e Uso do Biodiesel criado pelo governo brasileiro. O pinhão-manso possui alto teor e qualidade de óleo presente em suas sementes para a produção do biodiesel. Porém, existe pouca informação disponível em relação à base genética e ao cultivo de J. curcas. Assim, o trabalho apresentado tem como objetivo avaliar, por meio de marcadores microssatélites, a diversidade genética e o sistema de reprodução em uma população de J. curcas, que formam uma população base, que ... / The oil crisis in decades, coupled with the need for development of the economies and the consequent increase in demand for fuel and the growing concern for the environment, has revitalized the search for alternative energy sources in Brazil and worldwide. In Chapter I Pequi (Caryocar brasiliense Camb.) Is presented, is a species of which oils to produce biodiesel, produced from vegetable oils, can be extracted became more widely discussed source, however due to the advancement of the frontiers farm, the remnants of this species, symbol of the Cerrado, is in extinct in many regions of Brazil. Given this, the objectives of this study were to investigate microsatellite markers for the playback system in samples of open-pollinated progenies of two populations of C. brasiliense, one located within a stand of eucalyptus (POP-TE) and another in a fragment forest which is the legal (POP-RL) Reserve, Treasury Curucaca, targeting the genetic improvement of this species that can be used to produce biodiesel. Thus, in general, the results show that spatial isolation of the fragment cool reservation of individual trees inside the stand Eucalyptus inbreeding can increase in future generations. In Chapter II, we present the jatropha (Jatropha curcas L.), which is highlighted in the National Program for Production and Use of Biodiesel created by the Brazilian government. The jatropha has high content and quality of this oil in its seeds for biodiesel production. However, little information is available regarding the genetic basis and the cultivation of J. curcas. Thus, the work presented is to evaluate, using microsatellite markers, genetic diversity and the mating system in a population of J. curcas, which form a base population, which can provide support for a genetic improvement program, this species, in the pocket-South Mato Grosso region. Thus, the presence of genetic diversity and the high rate of unrelated individuals, despite high rates of ...

Made available in DSpace on 2015-05-14T16:53:20Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-12-12Bitstream added on 2015-05-14T16:58:59Z : No. of bitstreams: 1 000826564.pdf: 1316430 bytes, checksum: 3e3722dfa54f8e9617ce84d42c56ae16 (MD5) / Genipa americana L., popularmente conhecida como jenipapo, é uma espécie arbórea neotropical cuja sobrevivência encontra-se ameaçada devido aos processos de destruição, fragmentação e degradação de seus ambientes naturais. Visando contribuir para a conservação in situ e ex situ dessa espécie, o objetivo deste trabalho foi investigar a diversidade genética, a estrutura genética espacial intrapopulacional (EGE), o sistema de reprodução e o fluxo gênico contemporâneo de G. americana em um pequeno remanescente florestal (7,2 ha) localizado na Mata da Figueira, na Estação Ecológica de Mogi-Guaçu, Mogi-Guaçú (SP). Na população estudada foram encontradas 188 árvores adultas e sementes foram colhidas e amostradas hierarquicamente entre e dentro de frutos diretamente da copa de 15 árvores matrizes em dois eventos reprodutivos consecutivos. Trinta e dois locos microssatélites foram desenvolvidos e validados em 40 indivíduos de G. americana. Destes, dezessete foram polimórficos, revelando de três a sete alelos por loco. Utilizando os genótipos das árvores-matrizes e progênies, foi investigada a herança mendeliana, ligação genética e o desequilíbrio genotípico de seis locos isolados de G. americana, não sendo detectado desequilíbrio genotípico. No entanto, foram detectados desvios significativos da segregação mendeliana em 20,4% e 36,7% e ligação genética entre os locos em 53% e 68% dos testes realizados nos eventos reprodutivos de 2010 e 2011, respectivamente. A riqueza alélica média dos adultos foi de 8,8, para os juvenis de 7,0 e para as sementes de 2010 e 2011, de 7,2 e 8,4, respectivamente. A heterozigosidade média esperada para os adultos foi de 0,581, para os juvenis de 0,568 e para as sementes de 2010 e 2011, de 0,576 e 0,735, respectivamente. A heterozigosidade média observada para os adultos foi de 0,499, juvenis de 0,356 e sementes de 2010 e 2011, 0,476 e 0,542, respectivamente. O índice ... / Genipa americana L., popularly known as jenipapo is a neotropical tree species whose survival is threatened due to the processes of destruction, fragmentation and degradation of their natural habitats. To contribute to the conservation in situ and ex situ this species, the objective of this study was to investigate the genetic diversity, intrapopulation spatial genetic structure (SGS), the mating system and contemporary gene flow of G. americana in a small remnant forest (7.2 ha) located in the Mata da Figueira, in Mogi Guaçu Ecological Station, Mogi Guaçú (SP). In the population studied we found 188 adult trees and seeds were collected and sampled hierarchically within and among fruits directly from the tree canopy of 15 seed-trees on two consecutive reproductive events. Thirty-two microsatellite loci were developed and validated in 40 individuals of G. americana. Of these, seventeen were polymorphic, revealing of three to seven alleles per locus. Using the genotypes os seed-trees and progenies, was investigated Mendelian inheritance, genetic linkage and genotypic disequilibrium of six loci isolated of G. americana, not detecting genotypic disequilibrium. However, significant deviations from Mendelian segregation were found in 20.4% and 36.7 and genetic linkage between the loci in 53% and 68% of the tests performed in the reproductive events of 2010 and 2011, respectively. The average allelic richness of adults was of 8.8, for juvenile of 7.0 and seeds of 2010 and 2011, 7.2 and 8.4, respectively. The average expected heterozygosity for adults was of 0.581, for juvenile of 0.568 and seeds of 2010 and 2011, 0.576 and 0.735, respectively. The average observed heterozygosity for adults was of 0.499, for juvenile of 0.356 and seeds of 2010 and 2011, 0.476 and 0.542, respectively. The average fixation index was significantly different from zero for all samples, suggesting the occurrence of inbreeding. The multilocus crossing rate ( t m ) in ...

Made available in DSpace on 2015-05-14T16:53:34Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-03-26Bitstream added on 2015-05-14T16:58:39Z : No. of bitstreams: 1 000829381.pdf: 1477678 bytes, checksum: d692e9d2dcfd4466581300cd94be73de (MD5) / A soja, Glycine max (L.) Merrill, é uma das culturas mais importantes para o Brasil, com elevada produtividade e forte participação nas exportações. Essa leguminosa representa uma importante fonte nutricional para o homem e seus derivados podem ser utilizados na nutrição animal ou mesmo na produção de energia renovável, na forma de biodiesel. Embora a cultura apresente elevado potencial, o ataque de pragas, como o da mosca-branca, Bemisia tabaci (Gennadius) biótipo B (Hemiptera: Aleyrodidae), compromete uma parcela significativa do volume produzido. Esse inseto tornou-se praga de importância econômica para a cultura da soja devido às infestações crescentes e dificuldades de manejo. O controle desse hemíptero é feito principalmente através de aplicações de inseticidas sintéticos, os quais são geralmente utilizados de forma abusiva, impactando sobre a saúde do homem e o meio ambiente. Esse quadro estimula o estudo de alternativas menos agressivas e mais eficientes, alinhadas ao manejo integrado de pragas (MIP). Nesse sentido, o uso de cultivares resistentes é considerada uma valiosa ferramenta, podendo reduzir a população das pragas abaixo do nível de dano econômico, sem prejuízos sócioambientais. Neste trabalho, 15 genótipos de soja foram avaliados sob o ataque de B. tabaci biótipo B, visando caracterizar possíveis tipos de resistência (antixenose, antibiose e tolerância) contra o inseto. Inicialmente, foram realizados ensaios de antixenose (com e sem chance de escolha). A evolução da colonização do inseto confinado aos genótipos e a configuração dos tricomas das plantas também foram avaliados. Em adição, foram realizados ensaios de desempenho ... / Soybean, Glycine max (L.) Merrill, is one of the most important crops in Brazil with high productivity and expressive participation in exports. This leguminous is an important nutritional source for human and their derivatives may be used in animal feed or in the production of renewable energy as biodiesel. Although it has high production potential, the pest attack such as silverleaf whitefly, Bemisia tabaci (Gennadius) biotype B (Hemiptera: Aleyrodidae), undertakes a significant amount of the volume produced. This insect has become pest of economic importance to the soybean crop due to the increasing infestations and difficulties of management. The control of this hemipteran is made mainly through applications of synthetic insecticides, which are often overly utilized, having an impact on human and the environmental health. This situation encourages the study of less aggressive and more efficient alternatives, suitable to the integrated pest management (IPM). In this sense, the use of resistant genotype is considered a valuable tool, which can reduce the population of pests below the economic injury level without socio-environmental damage. In this work, 15 soybean genotypes were evaluated under attack of B. tabaci biotype B to characterize possible types of resistance (antixenosis, antibiosis and tolerance) against this insect. Initially, antixenosis assays were performed (free and no choice). The raise of the colonization of this insect confined to the genotypes and the characteristics of trichomes were also evaluated. In addition, biological performance tests were conducted to characterize the occurrence of antibiosis. In the last step, tolerance tests were conducted ...

Made available in DSpace on 2015-06-17T19:33:32Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-23. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:48:24Z : No. of bitstreams: 1 000834559.pdf: 388353 bytes, checksum: 77a6b5025d1c329db5a929f31567cdf0 (MD5) / As características de crescimento são fundamentais ao melhoramento genético de bovinos de corte, pois estão diretamente relacionadas à economia do sistema. Recentes avanços tecnológicos possibilitaram a utilização de dados genômicos na avaliação de animais de produção. Objetivou-se com este estudo avaliar modelos para predição de valores genéticos a partir de dados genômicos, bem como a detecção de polimorfismos de DNA associados à características de crescimento de animais da raça Nelore. Para tanto, foram genotipadas 5.064 animais, utilizando-se SNPs de alta densidade Illumina Bovine HD assay (Illumina, SanDiego, CA, USA) e, após o controle de qualidade, foram utilizados 412.993 SNPs. No Capítulo 2, foram utilizados três modelos para estimação dos efeitos dos marcadores para as características de peso ao nascer (PN), ganhos em peso do nascimento à desmama (GND) e da desmama ao sobreano (GDS), altura ao sobreano (ALTS) e peso da vaca (PV): melhor estimador linear não viesado (GBLUP), BAYESCπ e Improved Bayesian least absolut shrinkage and selection operator (IBLASSO). Foram utilizados os valores genéticos desregredidos como pseudo-fenótipos. Os métodos Bayesianos foram os mais adequados para estimação dos efeitos dos SNPs e dos valores genômicos para as características estudadas. No Capítulo 3, aplicou-se o modelo ssGBLUP para estimar os efeitos de marcadores e associá-los às características PN, GND, GDS, ALTS e PV. Observaram-se associações com PN no BTA (Bos taurus chromosomes) 14, com GND nos BTA 5 e 29, com GDS no BTA 11 e com ALTS no BTA 8, sendo destacados os genes TMEM68 (transmembrane protein 8B) associado ao PN e ALTS, XKR4(XK, Kell blood group complex subunit-related family, member 4) associado ao PN e NPR2 (natriuretic peptide receptor B) associado a ALTS / Growth traits are fundamental to the genetic improvement of beef cattle, because they are directly related to the economy of the system. Recent technological advances have enabled the use of genomic data in the assessment of animals. The objective of this study was to evaluate models to predict breeding values from genomic data, and detection of DNA polymorphisms associated with growth traits in Nellore animals. Thus, it was genotyped 5,064 animals, using high-density SNPs Illumina Bovine HD assay (Illumina, San Diego, CA, USA), and after quality control 412,993 SNPs were used. In Chapter 2, three models were used to estimate the effects of markers for birth weight (BW), weight gains from birth to weaning (WGBW) and from weaning to yearling (WGWY), yearling height (YH) and cow weight (CW): better linear estimator not biased (GBLUP), BAYESCπ and Improved Bayesian least absolut shrinkage and selection operator (IBLASSO). Breeding values were desregressed and used as pseudo-phenotypes. Bayesian methods were the most suitable for estimating the effects of SNPs and genomic values for the studied traits. In Chapter 3, we applied the ssGBLUP model to estimate the effects of markers and associate them with BW, WGBW, WGWY, YH and CW. There were associations with BW in BTA (Bos taurus chromosomes) 14, with WGBW in BTA 5 and 29, with WGWY in BTA 11 and YH in BTA 8, distinguishing the genes TMEM68 (transmembrane protein 8B) associated with BW and YH, XKR4(XK, Kell blood group complex subunit-related family, member 4) associated with BW and NPR2 (natriuretic peptide receptor B) associated with the YH

Made available in DSpace on 2015-06-17T19:33:33Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-23. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:48:24Z : No. of bitstreams: 1 000834573.pdf: 1120548 bytes, checksum: 6eda69f309d7f76c454c3e9103377ea1 (MD5) / O consumidor tem se tornado mais exigente com relação a qualidade da carne, fatores como maciez, cor e sabor são as características mais requeridas. Pouco tem sido feito em relação à qualidade da mesma, pois essas características não são consideradas nos programas de avaliação genética para gado de corte no Brasil, por serem de mensuração difícil, alto custo, e por exigir o abate dos animais. Uma alternativa para inclusão destas medidas em programas de melhoramento pode ser o uso dos SNPs em estudos de associação e seleção genômica. Foram utilizados 1.875 animais machos da raça Nelore foram terminados em confinamento e abatidos em planta frigorífica comercial, com idade média de 731±81 dias. As amostras coletadas foram analisadas para maciez, lipídeos, marmoreio, coloração L* (luminosidade), a* (vermelha) e b* (amarela). Os animais foram genotipados com um painel de 777.962 SNPs (Illumina BovineHD Beadchip) e após o controle de qualidade restaram 1.634 animais com genótipos e 369.722 SNPs. No capítulo 2, três métodos de seleção genômica foram avaliados: GBLUP (assume distribuição normal com variância única para todos os efeitos de SNPs), BayesCπ (apresenta uma distribuição mista para os efeitos dos SNPs) e Bayesian Lasso (assume distribuição dupla exponencial para os efeitos dos SNPs). O fenótipo corrigido para os efeitos fixos (Yc) e o valor genético predito (EBV) foram utilizados como pseudo-fenótipos. Para a validação cruzada, a população foi dividida aleatoriamente em cinco grupos de tamanhos similares. Para comparar a habilidade de predição dos métodos foram calculadas: a correlação entre os valores genômicos (GEBV) e os fenótipos corrigidos e o valor da correlação dividido pela raiz quadrada da herdabilidade; a correlação entre GEBV e EBV; o coeficiente de regressão do GEBV sobre o fenótipo corrigido e do GEBV sobre o EBV. O EBV como pseudo-fenótipo foi mais acurado... / Consumers have become stricter for higher quality meat and are seeking for traits such as tenderness, color and flavor. Few has been done for improving meat quality traits, due to the difficultness and high cost to measure, as well as to the necessity of culling animals. An alternative to inclusion of these measures in breeding programs may be the use of SNPs in association studies and genomic selection. Animals Nellore (1,875) were feedlot finished and slaughtered at commercial slaughterhouses were used, with an average age of 731 ± 81 days. The samples were analyzed for tenderness, lipid content, marbling, lightness (L*), redness (a*) and yellowness (b*). The animals were genotyped with a panel of 777,962 SNPs (IlluminaBovineHDBeadchip) and after quality control remained 1,634 animals with genotypes and 369,722 SNPs. In chapter 2, three genomic selection methods were evaluated: GBLUP (assumes normal distribution with variance only for all SNPs effects), BayesCπ (mixed distribution to the SNPs effects) and Bayesian Lasso (assumes double exponential distribution for SNPs effects). The adjusted phenotype for the fixed effects (Yc) and the estimated breeding value (EBV) were used as pseudo-phenotypes. For cross-validation, the population was randomly divided into five groups of similar sizes. To compare the predictive ability of the methods, the following procedures were used: correlation between the genomic values (GEBV) and the adjusted phenotypes and the correlation value divided by the square root of the heritability; correlation between EBV and GEBV; regression coefficient of the GEBV on adjusted phenotype and GEBV on EBV. The EBV as pseudo-phenotype was more accurate than the adjusted phenotype. The GBLUP showed better predictive ability for meat color. For the other traits, the Bayesian methodologies had higher predictive ability. Among the Bayesian methodologies, BayesCπ was more accurate than Lasso for all traits. In Chapter ...

Made available in DSpace on 2015-06-17T19:34:17Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-01-27. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:49:08Z : No. of bitstreams: 1 000829455.pdf: 461839 bytes, checksum: 8d3a4e9b4c5df291d5325ea25ddf9653 (MD5) / No melhoramento genético, além da boa condução experimental e correta obtenção de dados, a qualidade das análises estatístico-genéticas é dada pela aplicação de metodologias que buscam potencializar o processo de seleção, através da observação das relações existentes entre as características avaliadas, bem como a obtenção de valores que estejam de acordo com a realidade. O objetivo deste estudo foi selecionar genótipos de soja, de um ensaio no ano agrícola 2013/2014, oriundos de cruzamentos entre linhagens convencionais e transgênicas (Roundup Ready), utilizando, conjuntamente, as abordagens REML/BLUP, análise de fatores e componentes principais, processadas com as características: número de dias para florescimento (NDF), altura da planta no florescimento (APF), número de dias para a maturidade (NDM), altura da planta na maturidade (APM), Altura de inserção da primeira vagem (AIV), acamamento (AC), valor agronômico (VA), número de ramos por planta (NR), número de nós por planta (NN), número de vagens por planta (NV), produção de grãos (PG) e peso de cem sementes (PCS). Foram identificados três processos agronômicos que contribuem na seleção para escolha de genótipos, que discriminaram os genótipos contendo propriedades mais específicas. O processo 1 (AIV, NR, NV, NN e PG) foi eficiente para a seleção de genótipos com bons componentes de produção, mais precoces, de menores portes e com resistência ao acamamento / In genetic breeding, beyond good experimental conduction, and proper data collection, the quality of statistical-genetic analysis is given by the application of methodologies that seek to enhance the selection process, through observation of the relationship between the characteristics evaluated and the achievement of values that are in accordance with reality. The aim of this study was to select soybean genotypes, in an assay in the agricultural year 2013/2014, derived from crosses between conventional and transgenic lines (Roundup Ready), using jointly the REML/BLUP approaches, analysis of factors and principal components, processed with the following characteristics: number of days to flowering (NDF), plant height at flowering (APF), number of days to maturity (NDM), plant height at maturity (APM), height of the first pod insertion (AIV ), lodging (AC), agronomic value (VA), number of branches (NB), number of nodes per plant (NN), number of pods per plant (NV), grain yield (PG) and one hundred seed weight (PCS). Three agronomic selection processes were identified to select genotypes that discriminate genotypes containing more specific properties. The process 1 (AIV, NR, NV, NN and PG) was efficient for the selection of genotypes with good yield components, earlier, smaller sizes and with lodging resistance

Made available in DSpace on 2015-06-17T19:34:21Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-01-19. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:49:01Z : No. of bitstreams: 1 000829431.pdf: 1168767 bytes, checksum: 3ed1ab3d896d0f776bd8b952078c0d9c (MD5) / O mercado forrageiro possui uma demanda por novas cultivares de Brachiaria decumbens que apresentem diferenciais quanto ao desempenho agronômico e valor nutritivo. Essa demanda impulsiona o surgimento de programas de melhoramento da espécie voltado para o desenvolvimento de cultivares. Para isso, é necessário à seleção de genótipos sexuais superiores de Brachiaria decumbens como fonte de variabilidade para o programa e formação da população base para recombinação, estes genótipos podem ser usados, por exemplo, na recombinação em esquemas de seleção recorrente reciproca que por sua vez é dependente do desempenho de suas progênies obtidas em cruzamentos com um genótipo apomítico testador. Assim, o objetivo deste trabalho foi estimar parâmetros genéticos e correlações genéticas para características agronômicas e de valor nutritivo em híbridos intraespecíficos de Brachiaria decumbens e comparar diferentes índices para a seleção dos melhores genitores e os ganhos obtidos com diferentes intensidades de seleção, bem como verificar o padrão multivariado das progênies por meio de análise de componentes principais. Para isso, uma população de 1.415 híbridos foi avaliada em campo experimental na Embrapa Gado de Corte em Campo Grande/MS/Brasil, durante sete cortes, para as características: peso verde de campo (PVC); matéria seca total (MST); velocidade de rebrota (VEL); densidade de perfilhos rebrotados (DEN); capacidade de rebrota (REB); proteína bruta (PB); digestibilidade in vitro da matéria orgânica (DIV); fibra em detergente neutro (FDN) e lignina (LIG). Avaliações complementares em casa de vegetação para definição de resistência as cigarrinhas das pastagens estão em andamento. As análises estatísticas foram realizadas utilizando a metodologia de modelos mistos e componentes principais. Evidenciou-se a presença de variabilidade genética para todos os caracteres avaliados e estimativas ... / The forage market has a demand for new cultivars of Brachiaria decumbens with superior agronomic performance and nutritional value. This demand encourages the pasture species improvement program. Therefore, it is necessary to select superior sexual genotypes of Brachiaria decumbens for the recombination in projects of reciprocal recurrent selection as a source of variability for the program and for the formation of a base population for selection. These genotypes can be used, for example, in the reciprocal recombination in recurrent selection schemes which in turn depend on the performance of ther progenies. These progenies are obtained from a cross with an apomictic tester genotype. The objective of this study was to estimate genetic parameters and genetic correlations for agronomic traits and nutritional value in intraspecific hybrids of B. decumbens. Furthermore, it aimed at comparing different indices for the selection of the best hybrids and genetic gain with different intensities of selection, as well as verifying the multivariate pattern of the progenies using a principal component analysis. For that, a population of 1,415 hybrids was evaluated in field plots at Embrapa Beef Cattle in Campo Grande/MS/Brazil, with seven cuts, estimating: field green weight (PVC); total dry matter (MST); speed of regrowth (VEL); tiller regrowth density (DEN); regrowth ability (REB); crude protein (CP); in vitro organic matter digestibility (DIV); neutral detergent fiber (NDF) and lignin (LIG). The statistical analyses were conducted using the mixed models methodology and principal component methodology. The presence of genetic variability for all characters assessed were detected and estimates of heritability of medium to high magnitude, indicating the possibility of gains with selection. Significant associations were observed between PVC and MST (0.99), MST and VEL (0.81), MST and DIV (-0.71), MST and LIG (0.71) and PB and DIV (0.70), indicating ...

Made available in DSpace on 2015-06-17T19:34:51Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-12. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:46:55Z : No. of bitstreams: 1 000829654.pdf: 834681 bytes, checksum: 535db59e9a7f7c45f16a2a15e22c8fd5 (MD5) / A soja vem assumindo importância crescente em áreas canavieiras do Estado de São Paulo, como opção para cultivo em áreas de rotação/sucessão da cana-de-açúcar e para isso, faz-se necessário que o cultivar de soja possua ciclo curto, além de bons atributos agronômicos e alto teor de óleo visando a produção de biodiesel. O objetivo de presente trabalho foi a detecção e mapeamento de QTL's associados aos conteúdos de óleo na soja, em populações F2 derivadas do cruzamento entre linhagens precoces e adaptadas ao sistema de rotação cana-soja (baixo teor de óleo) e genótipos não adaptados a este sistema (alto teor de óleo), visando a utilização de tais QTL's no processo seletivo de populações segregantes. Além disso, objetivou-se ainda a construção de uma curva de calibração para ser utilizada em leituras de teor de óleo por espectroscopia do infravermelho próximo (NIR), em programas de melhoramento de soja. O mapeamento de QTL's foi realizado por marcadores microssatélites (SSR) em população segregante de soja F2 proveniente do cruzamento bi-parental entre a Linhagem 69 (baixo teor de óleo) e o cultivar Tucunaré (alto teor de óleo), onde as leituras de teor de óleo das progênies foram obtidas por NIR. Os modelos de espectroscopia utilizados apresentaram coeficientes de correlação e os erros quadrático médio (RMSEC) respectivamente, de 76% e 0,33 para umidade e 57% e 1,27 para óleo, indicando a viabilidade da metodologia NIR para predição dos parâmetros de umidade e teor de óleo em sementes de soja. Foram detectados dois QTLs associados ao conteúdo de óleo, nos grupos de ligação K e H. A variação fenotípica explicada pelos QTL variou de 7,8% a 46,75%, para o conteúdo de óleo. Foram detectados novos QTL associados ao conteúdo de óleo, divergindo daqueles previamente relatados em outros estudos / Soy has become increasingly important in sugarcane areas of São Paulo, as an option for cultivation in areas of rotation / succession of cane sugar and for this, it is necessary that the soybean cultivar has a short cycle, as well as good agronomic traits and high oil content in order to produce biodiesel. The aim of this study was the detection and QTL mapping associated with the soybean oil content in F2 populations derived from the cross between early lines and adapted to cane soybean rotation system (low oil content) and genotypes not adapted to this system (high oil content), to the use of such QTL in the selection of segregating populations. In addition, aimed to further the construction of a calibration curve for use in oil content readings by near infrared spectroscopy (NIR) in soybean breeding programs. The QTL mapping was performed by microsatellite markers (SSR) in segregating population from F2 soybean bi-parental cross between Line 69 (low) oil and cultivar Tucunaré (high oil content), where the content of readings oil progenies were obtained by NIR. The models used spectroscopy showed correlation coefficients and root mean square errors (RMSEC) respectively, and 0.33 to 76% moisture and 57% oil and 1.27 for indicating the feasibility of NIR method for predicting the moisture parameters and oil content in soybean seeds. Two QTLs were detected associated with the oil content in linking groups K and H. The phenotypic variation explained by QTLs varied from 7.8% to 46.75%, for oil content. New QTL was associated with the oil content, unlike those previously reported in other studies