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Clustering metagenome contigs using coverage with CONCOCT / Klustring av metagenom-kontiger baserat på abundans-profiler med CONCOCT

Bjarnason, Brynjar Smári January 2017 (has links)
Metagenomics allows studying genetic potentials of microorganisms without prior cultivation. Since metagenome assembly results in fragmented genomes, a key challenge is to cluster the genome fragments (contigs) into more or less complete genomes. The goal of this project was to investigate how well CONCOCT bins assembled contigs into taxonomically relevant clusters using the abundance profiles of the contigs over multiple samples. This was done by studying the effects of different parameter settings for CONCOCT on the clustering results when clustering metagenome contigs from in silico model communities generated by mixing data from isolate genomes. These parameters control how the model that CONCOCT trains is tuned and then how the model fits contigs to their cluster. Each parameter was tested in isolation while others were kept at their default values. For each of the data set used, the number of clusters was kept constant at the known number of species and strains in their respective data set. The resulting configuration was to use a tied covariance model, using principal components explaining 90% of the variance, and filtering out contigs shorter than 3000 bp. It also suggested that all available samples should be used for the abundance profiles. Using these parameters for CONCOCT, it was executed to have it estimate the number of clusters automatically. This gave poor results which lead to the conclusion that the process for selecting the number of clusters that was implemented in CONCOCT, “Bayesian Information Criterion”, was not good enough. That led to the testing of another similar mathematical model, “Dirichlet Process Gaussian Mixture Model”, that uses a different algorithm to estimate number of clusters. This new model gave much better results and CONCOCT has adapted a similar model in later versions. / Metagenomik möjliggör analys av arvsmassor i mikrobiella floror utan att först behöva odla mikroorgansimerna. Metoden innebär att man läser korta DNA-snuttar som sedan pusslas ihop till längre genomfragment (kontiger). Genom att gruppera kontiger som härstammar från samma organism kan man sedan återskapa mer eller mindre fullständiga genom, men detta är en svår bioinformatisk utmaning. Målsättningen med det här projektet var att utvärdera precisionen med vilken mjukvaran CONCOCT, som vi nyligen utvecklat, grupperar kontiger som härstammar från samma organism baserat på information om kontigernas sekvenskomposition och abundansprofil över olika prover. Vi testade hur olika parametrar påverkade klustringen av kontiger i artificiella metagenomdataset av olika komplexitet som vi skapade in silico genom att blanda data från tidigare sekvenserade genom. Parametrarna som testades rörde indata såväl som den statistiska modell som CONCOCT använder för att utföra klustringen. Parametrarna varierades en i taget medan de andra parametrarna hölls konstanta. Antalet kluster hölls också konstant och motsvarade antalet olika organismer i flororna. Bäst resultat erhölls då vi använde en låst kovariansmodell och använde principalkomponenter som förklarade 90% av variansen, samt filtrerade bort kontiger som var kortare än 3000 baspar. Vi fick också bäst resultat då vi använde alla tillgängliga prover. Därefter använde vi dessa parameterinställningar och lät CONCOCT själv bestämma lämpligt antal kluster i dataseten med “Bayesian Information Criterion” - metoden som då var implementerad i CONCOCT. Detta gav otillfredsställande resultat med i regel för få och för stora kluster. Därför testade vi en alternativ metod, “Dirichlet Process Gaussian Mixture Model”, för att uppskatta antal kluster. Denna metod gav avsevärt bättre resultat och i senare versioner av CONCOCT har en liknande metod implementerats.
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Mourir sublime : étude du suicide dans les derniers romans de Victor Hugo (Les travailleurs de la mer, L'homme qui rit, Quatrevingt-treize)

Allard, Éric January 2001 (has links)
Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.
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Optimizing Parameters for High-quality Metagenomic Assembly

Kumar, Ashwani 29 July 2015 (has links)
No description available.
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Modèle de géoide marin dans la mer Égée par altimétrie satellitaire

Sammari, Hédia 13 April 2018 (has links)
Depuis les années 1990, l' altimétrie par satellites est entrée dans une phase opérationnelle, grâce à la couverture exceptionnelle procurée par la combinaison de plusieurs missions (TOPEX/POSEIDON, ERS-1/2, Jason-l , ENVISAT, GFO). Ces missions contribuent entre autres à l'étude des marées, de la circulation océanique et du climat global. Ainsi, l'altimétrie spatiale, au moyen d'un radar embarqué sur un satellite, permet de cartographier directement les hauteurs de la surface de la mer d'une manière continue et d'étudier la surface océanique moyenne et aussi le géoïde. Il s'agit dans cette étude de calculer un géoïde local en mer Égée en Méditerranée par l'analyse des mesures altimétriques du satellite Jason-l et du positionnement précis de marégraphes au sol. Une correction d'orbite des données altimétriques et une interpolation sur une grille régulière sont appliquées. La méthode d'interpolation spatiale du krigeage est utilisée pour le calcul du modèle du géoïde sur une grille régulière de la zone d 'étude. La validation externe du modèle s'appuie sur la comparaison avec des données in situ de marégraphe et des modèles existants tels que l'EGM 96.
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Étude de l'impact des interactions culturelles sur les occupants de l'Habitation 1 de Double Mer Point : développement d'une nouvelle méthodologie pour l'étude des sites de contacts

Pouliot, Laurence 02 February 2024 (has links)
Grâce au partenariat Tradition and Transition among Labrador Inuit unissant le Gouvernement Nunatsiavut et l'Université Mémorial de Terre-Neuve, la fouille exhaustive du site Double Mer Point (GbBo-02) a pu être effectuée. Elle nous a permis d'étudier l'impact des interactions culturelles au Labrador sur la vie quotidienne des occupants de l'Habitation 1 durant la période de contact, soit entre XVIIe et le XIXe siècle; un sujet d'étude encore sous-exploité par l'archéologie. Des idées théoriques tirées des Cultural Contact Studies et de l'archéologie postcoloniale ont ainsi pu être appliquées au cadre contextuel du Labrador par la réalisation de ce mémoire. Notre réflexion théorique portant sur l'étude des assemblages de la période de contact nous a mené à développer une méthodologie de recherche combinant l'aspect culturel d'un objet et son mode de fabrication. L'Habitation 1, une maison semi-souterraine en tourbe datée entre la fin du XVIIIe siècle et le début du XIXe siècle, a pu être interprétée à partir des données (matérielles, zooarchéologiques, architecturales et environnementales) collectées lors des fouilles en 2015. La datation du site, les phases d'occupation et les aires d'activités ont été déterminées grâce à diverses analyses. L'Habitation 1 a dévoilé une occupation plus complexe que la plupart des maisons semi-souterraines de cette période. Elle a témoigné de plusieurs phases d'occupation dont la première serait dorsétienne, tandis que la dernière démontre l'intégration d'un Européen à une communauté inuite. L'application de la méthodologie développée a quant à elle permis d'identifier des transferts culturels directs, d'observer l'intensification de traits culturels intrinsèques, d'étudier l'influence d'une nouvelle matière sur le quotidien d'une communauté et d'évaluer l'impact de ces changements à long terme. Ce mémoire participe à la reconstitution de l'histoire culturelle du Labrador et espère encourager la réalisation de recherches portant sur les interactions culturelles et l'étude de la culture matérielle de la période de contact. / Through the Tradition and Transition among Labrador Inuit partnership between the Nunatsiavut Government and the Memorial University of Newfoundland, the extensive archaeological excavation undertaken at Double Mer Point (GbBo-02) allowed us to study the impact of cultural interactions in Labrador on the daily life of the inhabitants of House 1 during the contact period, between the 17th and 19th centuries, a subject still under-exploited by archeology. Theoretical ideas from cultural contact studies and postcolonial archeology have thus been applied to Labrador through this research. Our theoretical reflection about the study of material culture from the contact period led to the development of a methodology combining the cultural aspects of objects and their manufacture. House 1, a semi-subterranean sod house dated from the late 18th and early 19th century, was interpreted using data (material, zooarchaeological, architectural and environmental) collected directly in the field. The dating of the site, the occupation phases and activities areas were determined via various analyzes. House 1 revealed a more complex occupation than most of the semi-subterranean houses of this period. It suggests of several phases of occupation of which the first would be a prehistoric Dorset occupation while the last one demonstrates the integration of a European in an Inuit community. The application of our methodology allows us to identify direct cultural transfers, to observe the intensification of intrinsic cultural traits, to study the influence of new material in the daily life of a community and to assess the impact of these changes in Labrador. This thesis contributes to the reconstruction of the cultural history of Labrador and hopes to encourage research about cultural interactions and material culture of the contact period.
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Flux biologiques d'azote dans la glace de mer de l'archipel Arctique canadien

Côté, Jean-Sébastien 23 April 2018 (has links)
Tableau d'honneur de la Faculté des études supérieures et postdorales, 2015-2016 / L'objectif principal de cette étude était de quantifier, à la base de la glace de mer de première année dans l’archipel Arctique canadien, la variabilité spatiale des principales réactions biologiques du cycle de l'azote, soit l'assimilation du nitrate et de l'ammonium, la nitrification, l'ammonification et la fixation de N₂ afin d’en comparer les taux et de les relier à la variabilité des conditions environnementales du milieu. Les flux d'azote quantifiés ont démontré une grande variabilité selon les conditions biologiques, physiques et chimiques de la glace. La productivité du milieu, estimée par la concentration en biomasse, modulait un grand nombre de ces flux, dont l’intensité relative était généralement semblable pour l'ensemble des sites échantillonnés malgré la variabilité des conditions environnementales. L’ammonification s’est avérée particulièrement importante, favorisant une assimilation conséquente de l’ammonium et une production essentiellement régénérée. Les résultats de cette étude approfondissent la compréhension des mécanismes régulant les flux biologiques d’azote dans la glace de mer et pourront servir à l’élaboration de scénarios futurs en resserrant la paramétrisation des modèles biogéochimiques.
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New insights into the current- and past hydrology of the north-western subtropical Pacific Ocean over the past 25 kyr, based on investigations of the Nd isotopic composition of seawater and deep-sea sediments from the northern South China Sea / Etude de l'hydrologie de la Mer de Chine du Sud depuis la dernière période glaciaire à partir de la composition isotopique du Nd analysé dans les foraminifères

Wu, Qiong 08 September 2014 (has links)
Le but de cette étude est de retracer l’évolution de l’hydrologie dans la partie occidentale de l’Océan Pacifique subtropical en utilisant le proxy εNd analysé sur les foraminifères et sur les oxydes de ferromanganèse authigéniques dans les sédiments. Ceux-ci proviennent de carottes sédimentaires prélevées au nord de la Mer de Chine du Sud (MCS). Avant d’utiliser l’εNd dans les sédiments profonds de la MCS, 16 profils d’eau de mer, collectés au nord de la MCS et dans le Mer des Philippines, ont été analysés afin d’établir la distribution d’εNd des masses d’eau dans l’ouest du Pacifique tropical et dans la MCS, qui jusqu’à aujourd’hui n’était pas documentée. Les valeurs d’εNd des masses d’eau profondes et intermédiaires varient de -2,7 à -4,4 et augmentent légèrement avec la profondeur. Dans la mer des Philippines, les valeurs d’εNd de l’eau intermédiaire du Pacifique Nord (North Pacific Intermediate Water, NPIW) atteint -2.7±0.4 à moyenne profondeur (500 à 1400m). En-dessous de de 1800m, l’eau profonde Pacifique (Pacific Deep Water, PDW) est caractérisée par du Nd moins radiogénique (-4.1±0.5), indiquant l’intrusion de masses d’eau australes. Pour la plupart des stations du nord de la MCS, les masses d’eau en-dessous de 1500m (PDW) affichent des valeurs d’εNd homogènes (~ -4.1), similaires à celles de la PDW dans la Mer des Philippines. Les valeurs d'εNd pour l'eau intermédiaire de la mer de Chine du Sud (South China Sea Intermediate Water, SCSIW, 500-1500m) varient entre -3.0 et -3.9 dû au mélange vertical de la NPIW avec la PDW. Les valeurs d'εNd de l'eau de mer dans la MCS (-5.3 à -7.0) affichent des modifications locales dans des zones où l'eau s'écoule au-dessus de systèmes de dépôt sédimentaire. Ceci implique que "l'échange à la marge" avec des sédiments non radiogéniques (autour de -11) peut se produire dans le temps et dans l'espace sans modifier la composition isotopique du Nd de la PDW dans le Nord de la MCS. Dans un second temps, l’εNd extrait des foraminifères planctoniques G. ruber a été étudié sur la carotte MD05-2904, collectée à 2000m de profondeur sur la marge nord-ouest de la MCS. Cette étude a été conduite dans le but de retracer les variations hydrologiques depuis le Dernier Maximum Glaciaire (DMG) dans la partie occidentale du Pacifique Nord subtropical. Les enregistrements d'εNd ainsi obtenus couvrent les derniers 25 000 ans. Ils affichent une large gamme de valeurs de -4±0.2 à -6.7±0.3, suggérant d'importants changements dans la contribution de la NPDW (εNd=-4) et de la UCDW (Upper circumpolar Deep Water, εNd -6 to -8) dans la zone étudiée. Durant la déglaciation, les enregistrements d'εNd indiquent une diminution des excursions négatives de l'εNd impliquant une plus forte proportion de SSW (Southern-sourced Water) entre 17 et 15 ka BP ainsi qu'entre 10 et 8 ka BP. Ces intervalles de temps sont contemporains de l’évènement Heinrich 1 (HS1) et de l’Holocène inférieur. Les shifts négatifs centrés sur le HS1 coïncident avec un phénomène d'upwelling renforcé dans l'océan austral, associé à un déplacement vers le pôle des vents d'ouest. Ceci implique une augmentation de la formation de la SSW qui se propage dans l'Ouest du Pacifique subtropical. L'excursion négative de l'εNd durant l’Holocène inferieur (~10-8 cal ka BP) indique une plus grande proportion de SSW qui pourrait être associée avec une plus forte production de SSW, comme observé récemment dans l'atlantique Sud, et/ou avec une possible réduction de la NPIW. Nos données suggèrent que le schéma de circulation actuel dans la partie occidental du Pacifique subtropical s'est mis en place il y a 4600 ans. / The aim of this study is to reconstruct the evolution of the hydrology of the western subtropical North Pacific Ocean by using εNd proxy analysed on foraminifera and dispersed authigenic ferromanganese oxide precipitates in sediments from deep-sea cores collected in the northern SCS. Before using the εNd proxy on deep sea sediments of the SCS, Nd of 16 seawater profiles collected in the northern South China Sea (SCS) and the Philippine Sea were investigated to establish the εNd distribution of water masses along the tropical western Pacific and the SCS that, until now have not been documented. εNd values for mid- and deep-water masses of the Philippine Sea and the SCS range from -2.7 to -4.4 and generally increase slightly with water depth. In the Philippine Sea, εNd values for the North Pacific Intermediate Water (NPIW) reach- 2.7±0.4 at mid-depths (500 to 1400 m). Below ~1800 m, the Pacific Deep Water (PDW) is characterized by less radiogenic Nd (-4.1±0.5) indicating the instrusion of southern sourced water masses. For most of the stations in the Northern SCS, water masses below 1500m (PDW) display homogenous εNd values (~ -4.1) similar to those of the PDW in the Philippine Sea. εNd values for the South China Sea Intermediate Water (SCSIW, 500-1500m) vary from -3.0 to -3.9 as a result of the vertical mixing of the NPIW with the PDW in the SCS. Seawater εNd values for the SCS (~5.3 to -7.0) display local modification in areas where the water lies above sediment drift deposit systems. This implies that “boundary exchange” with unradiogenic sediments (around~11) may occur temporally and spatially and does not modify he Nd isotopic composition of the PDW in the Northern SCS. In a second step, seawater εNd extracted from cleaned planktonic foraminifera G. ruber has been investigated on core MD05-2904, collected at a deph of 2000m on the north-western margin of the SCS. This study was undertaken in order to reconstruct hydrological variations since the LGM in the western subtropical North Pacific. The εNd records obtained from foraminifera spanning the past 25kyr. Display a wide range of values, ranging from -4±0.2 to -6.7±0.3, suggesting important changes in the contribution of the NPDW (εNd=-4) and the UCDW (εNd -6 to -8) in the subtropical western Pacific. During the period of deglaciation, εNd records indicate a relative decrease in the negative excursions of the εNd implying a higher proportion of SSW during the time intervals 17-15 cal kyr BP and 10-8 cal kyr BP; these intervals are coeval with the HS1 and early Holocene. The negative shifts centered on the HS1coincide with an enhanced upwelling in the Southern Ocean, associated with a polewards shift of the southern westerlies, inducing an enhanced formation of the SSW that propagates to the subtropical western Pacific. The negative excursion of the εNd during the Early Holocene (~10-8 cal kyr BP) indicates a higher relative proportion of SSW that could be associate with higher production of the SSW, as has been recently observed in the South Atlantic, and/or with a possible reduction of the NPIW. Our data suggest that the present modern circulation pattern in the western subtropical Pacific Ocean was fully established after 4.6 cal kyr BP.
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L'outre-mer au regard du droit européen et du droit international : evolutions statutaires influencées par le droit européen et le droit international / Overseas under European and International Law

Kerdreux-Fulrad, Anne Louise 08 December 2014 (has links)
L’outre-mer comprend des régions, des pays et des territoires aux statuts divers et au passé hérité en grande partie des grandes puissances européennes, ce qui les a placés dans une communauté d’intérêts avec les Etats auxquels ils sont rattachés mais aussi avec l’Union européenne (UE).Néanmoins, ces régions, pays et territoires n’ont eu cesse de reconstruire entre eux des liens historiques et culturels et de tisser des relations avec l’ensemble de l’outre-mer afin de présenter une cohérence d’ensemble dans leur négociation avec l’Union européenne.Les régions ultrapériphériques appliquent le droit communautaire tandis que les pays et territoires d’outre-mer, situés en dehors du territoire communautaire, connaissent un régime d’association avec l’Union européenne.Le Danemark, l’Espagne, la France, les Pays-Bas, le Portugal et le Royaume-Uni ont procédé aux réformes constitutionnelles autorisant de multiples évolutions statutaires dans le respect du droit à l’autodétermination des populations.Forts d’une évolution statutaire et d’un développement économique et social continu, les régions, pays et territoires d’outre-mer souhaitent maintenant faire valoir leurs droits et défendre leurs intérêts au niveau européen et sur la scène internationale.La globalisation des politiques les incite à se regrouper au sein d’institutions internationales. Le rattachement de ces territoires à des Etats de droit leur a ouvert la voie à des systèmes juridiques bien structurés mais aussi aux valeurs européennes. Leur ultrapériphérité les a placés dans une situation géopolitique qui les a fait accéder aux relations internationales.L’objet de cette thèse est de démontrer l’interdépendance entre ces différents ordres juridiques et l’influence du droit européen et du droit international sur l’évolution statutaire de l’outre-mer vers davantage d’autonomie, mais aussi de responsabilisation et de prise en charge de son développement au moyen d’une implication dans son environnement régional, d’une coopération inter-régionale ou transnationale et d’une participation aux travaux des organisations internationales. / The Overseas regions, countries and territories present various statuses inherited mainly from the major European Powers which placed them in a relationship of a common interest not only with their mother countries but also with the European Union (EU).However, these territories have continuously re-built between them historical and cultural links, and weaved relationship within the entire Overseas to appear as a constituted whole while negotiating with the EU.The outermost regions (OR) apply Community Law while the Overseas Countries and territories (OCT) situated outside the territory of the Community, have Association Arrangements with the EU.Denmark, France, Netherlands, Portugal, Spain and United Kingdom have proceeded to necessary constitutional reforms to allow numerous articles amendments in respect of right to self-determination of peoples.At the light of statutory amendments and of a continuous economic and social development, the Outermost regions (OR) and the Overseas Countries and Territories (OCT), now wish to assert their rights and to defend their interests at European and International level.Globalisation of policies encourages OR and OCT to gather within International bodies. The rule of law of the related countries opens them to well-structured legal systems and to European values. The outermost geopolitical localisation makes them to have access to international relations.The purpose of this thesis is to demonstrate the interdependence between these different legal systems and the impact of European and International Law on the statutory amendments of the Overseas towards more autonomy, but also liabilities and involvement on their own development by using their regional environment, inter-regional and transnational cooperation and taking part at the works of international organisations.
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Ecologie moléculaire d'une relation hôte-parasite en contexte insulaire marin: crabes parasites des oursins spatangues en Mer des Caraïbes

Jossart, Quentin 30 September 2014 (has links)
Comparer les structures génétiques des populations d’un couple hôte-parasite permet d’évaluer les facteurs qui façonnent la dispersion ainsi que la potentialité d’adaptation locale de ces espèces. Le modèle étudié est le crabe ectoparasite Dissodactylus primitivus et son oursin-hôte Meoma ventricosa, endémiques des Caraïbes et des côtes américaines voisines. <p>En étudiant des populations le long de l’arc antillais et de la côte panaméenne, ce travail a mis en évidence que la structure génétique des populations du parasite D. primitivus diffère fortement de celle de son hôte M. ventricosa (microsatellites et cytochrome oxydase I). En effet, alors que les populations du parasite présentent une différenciation au sein de cette région, celles de l’hôte sont génétiquement homogènes. Ce contraste peut être expliqué par des caractères biologiques et écologiques (fécondité, habilité à la nage, disponibilité de l’habitat) et suggère des potentialités d’adaptation locale distinctes. La distance géographique semble être importante dans la structuration des populations du crabe mais la courantologie ou encore des évènements passés (glaciations) jouent également un rôle. A l’échelle d’une même île, les crabes ne présentent pas de différenciation entre des sites distincts. En outre, nous avons pu montrer que des crabes issus d’hôtes d’espèces différentes ne sont pas différenciés génétiquement ce qui pourrait être liée à la mobilité des crabes adultes. Par des analyses de paternité, nous avons souligné cette mobilité, démontrant que le mode de reproduction du crabe est de la polygamie mais aussi que des accouplements pouvaient avoir lieu entre crabes d’espèces hôtes distinctes.<p> / Doctorat en Sciences / info:eu-repo/semantics/nonPublished
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Physical and biogeochemical controls on the DMS/P/O cycle in Antarctic sea ice / Contrôles physiques et biogéochimiques sur le cycle du DMS/P/O dans la glace de mer Antarctique

Brabant, Frédéric 14 September 2012 (has links)
Il a récemment été démontré que la glace de mer antarctique pouvait jouer un rôle significatif dans la dynamique des gaz à effet climatique (dont le dimethylsulfure ou DMS) dans les régions polaires. Ce travail s’est d’abord attaché à la mise au point d’une méthode de mesure fiable du diméthylsulfoxyde (DMSO) dans la glace de mer, supprimant les interférences générées par la production de DMS au sein de l’échantillon en réponse au choc osmotique subi lors de la fonte de l’échantillon de glace. Une procédure de détermination séquentielle du DMS, par broyage à sec, puis du dimethylsulfoniopropionate (DMSP) et du DMSO sur le même échantillon de glace a été développée et utilisée à large échelle dans ce travail. Les données du présent travail ont été acquises dans le cadre de deux programmes d’observation intégrés menés sur la glace de mer antarctique à des saisons différentes mais avec une méthodologie commune :1) choix de sites d’étude homogènes afin de minimiser l’impact de la variabilité spatiale sur l’interprétation des résultats dans une optique d’évolution temporelle et 2) priorité à la caractérisation du cadre physico-chimique (texture, température, salinité, couvert de neige, susceptibilité au drainage des saumures,….) avant toute autre analyse. L’étude menée dans le cadre du programme ISPOL (nov.–dec. 2004) a permis d’observer que la stratification des saumures a un impact positif sur la conversion du DMSP en DMS au sein de la glace mais ralentit les flux de DMS et DMSP vers l’océan. Le couvert de glace est caractérisé à cette période de l’année par une perte nette de DMSP et génère des flux combiné de DMS et DMSP du même ordre de grandeur que les flux de DMS atmosphériques mesurés dans le cadre d’autres études. L’étude menée dans le cadre du programme SIMBA (sept.–oct. 2007) a permis de mettre en évidence l’importance du forçage atmosphérique sur le régime thermique et la dynamique du DMS/P/O dans la glace. Les communautés d’algues de surface produisent de fortes concentrations de DMS/P/O en réponse au stress thermique, osmotique et potentiellement radiatif durant les périodes de refroidissement et la mise en place d’un régime soutenu de drainage des saumures contribue à évacuer périodiquement les hautes concentrations de DMS/P/O produites dans la glace vers l’océan sous-jacent. Le couvert de glace affichant une production nette de DMS/P/O à cette période de l’année génère des flux combinés de DMS et DMSP plus de dix fois supérieurs à ceux observés pour la glace estivale. L’étude menée sur de la glace artificielle a permis de mettre en évidence l’impact des processus physico-chimiques sur la signature en gaz de la glace en croissance constituant un premier pas vers la modélisation des transports de gaz dans la glace de mer et leurs échanges au travers des interfaces glace-océan et glace-atmosphère. <p><p><p>SUMMARY - It has recently been demonstrated that Antarctic sea ice recently demonstrated plays a potentially significant role in the dynamics of climatically significant gases (amongst which dimethylsulphide or DMS) in Polar Regions. This research work has initially focused on the development of a reliable method for the determination of dimethylsulphoxide (DMSO) within sea ice, avoiding interferences generated by DMS production within the sample in response to the osmotic shock caused by melting. A sequential determination procedure of DMS, dimethlsulphoniopropionate (DMSP) and DMSO on the same ice sample has been developed and used on a large amount of samples in the present work. Data presented in this research project have been collected in the framework of two integrated sea ice observation programs focused on Antarctic sea ice at different seasons but following a common approach: 1) choice of homogeneous study sites to minimize the impact of spatial variability on the interpretation of the results in a time series perspective and 2) priority given to the characterization of the physicochemical framework (texture, temperature, salinity, snow cover, susceptibility to brine drainage,…) prior to any other study. The study conducted in the framework of the ISPOL experiment (Nov.–Dec. 2004) demonstrated that stratification of the brine inclusions network positively influenced the conversion of DMSP into DMS but decreased fluxes of DMS and DMSP towards the ocean. The ice cover at that time of the year is characterised by a net DMSP loss and generates combined DMS and DMSP fluxes whose values fall in the range of atmospheric DMS flux from sea ice measured in the frame of other studies. The study conducted in the framework of the SIMBA experiment (sept.–oct. 2007) emphasized the importance of atmospheric thermal forcing on the sea ice thermal regime and DMS/P/O dynamics. The surface community of algae produced elevated levels of DMS/P/O in response to thermal, osmotic and potentially radiative stress during periods of atmospheric cooling while the development of an intense brine drainage regime contributed to periodically release the elevated levels of DMS/P/O produced in the sea ice towards the underlying ocean. The ice cover exhibited at that time of the year a net production of DMS/P/O and produced combined DMS and DMSP fluxes more than ten times higher than those observed for summer sea ice. The study conducted on laboratory prepared growing sea ice emphasised the impact of physicochemical processes on the gas signature of growing sea ice and represents a first step towards modelling gas exchanges within sea ice and across its interfaces with the ocean and the atmosphere.<p> / Doctorat en Sciences agronomiques et ingénierie biologique / info:eu-repo/semantics/nonPublished

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