Este trabalho tem por objetivo propor um gerador de ambientes (metambiente) que possibilite a geração automática de ambientes para o projeto de aplicações adaptativas. Tal gerador fundamenta-se nos conceitos de Tecnologia Adaptativa e permite a definição de dispositivos adaptativos dirigidos por regras. No desenvolvimento deste trabalho foram propostos um método para definição de dispositivos adaptativos, a arquitetura geral de um ambiente para o projeto de aplicações adaptativas e a arquitetura para um gerador de ambientes para a modelagem de aplicações usando um dispositivo adaptativo específico. Com base nos conceitos propostos foram realizadas a implementação de algumas ferramentas para validar os mesmos e desenvolvidos alguns experimentos com o propósito de demonstrar a utilização de tais ferramentas e dos dispositivos adaptativos no projeto de aplicações. / This research aims at proposing an environment generator (meta-environment) which makes it possible the automatic environment generation for the project of adaptive applications. This generator establishes its concepts in Adaptive Technology and allows the definition of rule-driven adaptive devices. When developing the present study, we considered the general architecture of an environment for the project of adaptive applications and the architecture for an environment generator of modeling applications using a specific adaptive device as a method for definition of adaptive devices. Based on the concepts mentioned, the implementation of some tools were done to show such concepts and some experiments were made to demonstrate the use of such tools and adaptive devices in the project of applications.

A área de aprendizado de máquina passa por uma grande expansão em seu universo de aplicações. Algoritmos de indução de modelos preditivos têm sido responsáveis pela realização de tarefas que eram inviáveis ou consideradas exclusividade do campo de ação humano até recentemente. Contudo, ainda é necessária a supervisão humana durante a construção de conjuntos de treinamento, como é o caso da tarefa de classificação. Tal construção se dá por meio da rotulação manual de cada exemplo, atribuindo a ele pelo menos uma classe. Esse processo, por ser manual, pode ter um custo elevado se for necessário muitas vezes. Uma técnica sob investigação corrente, capaz de mitigar custos de rotulação, é o aprendizado ativo. Dado um orçamento limitado, o objetivo de uma estratégia de amostragem ativa é direcionar o esforço de treinamento para os exemplos essenciais. Existem diversas abordagens efetivas de selecionar ativamente os exemplos mais importantes para consulta ao supervisor. Entretanto, não é possível, sem incorrer em custos adicionais, testá-las de antemão quanto à sua efetividade numa dada aplicação. Ainda mais crítica é a necessidade de que seja escolhido um algoritmo de aprendizado para integrar a estratégia de aprendizado ativo antes que se disponha de um conjunto de treinamento completo. Para lidar com esses desafios, esta tese apresenta como principais contribuições: uma estratégia baseada na inibição do algoritmo de aprendizado nos momentos menos propícios ao seu funcionamento; e, a experimentação da seleção de algoritmos de aprendizado, estratégias ativas de consulta ou pares estratégia-algoritmo baseada em meta-aprendizado, visando a experimentação de formas de escolha antes e durante o processo de rotulação. A estratégia de amostragem proposta é demonstrada competitiva empiricamente. Adicionalmente, experimentos iniciais com meta-aprendizado indicam a possibilidade de sua aplicação em aprendizado ativo, embora tenha sido identificado que investigações mais extensivas e aprofundadas sejam necessárias para apurar sua real efetividade prática. Importantes contribuições metodológicas são descritas neste documento, incluindo uma análise frequentemente negligenciada pela literatura da área: o risco devido à variabilidade dos algoritmos. Por fim, são propostas as curvas e faixas de ranqueamento, capazes de sumarizar, num único gráfico, experimentos de uma grande coleção de conjuntos de dados. / The machine learning area undergoes a major expansion in its universe of applications. Algorithms for the induction of predictive models have made it possible to carry out tasks that were once considered unfeasible or restricted to be solved by humans. However, human supervision is still needed to build training sets, for instance, in the classification task. Such building is usually performed by manual labeling of each instance, providing it, at least, one class. This process has a high cost due to its manual nature. A current technique under research, able to mitigate labeling costs, is called active learning. The goal of an active learning strategy is to manage the training effort to focus on the most relevant instances, within a budget. Several effective sampling approaches having been proposed. However, when one needs to choose the proper strategy for a given problem, they are impossible to test beforehand without incurring into additional costs. Even more critical is the need to choose a learning algorithm to integrate the active learning strategy before the existence of a complete training set. This thesis presents two major contributions to cope with such challenges: a strategy based on the learning algorithm inhibition when it is prone to inaccurate predictions; and, an attempt to automatically select the learning algorithms, active querying strategies or pairs strategy-algorithm, based on meta-learning. This attempt tries to verify the feasibility of such kind of decision making before and during the learning process. The proposed sampling approach is empirically shown to be competitive. Additionally, meta-learning experiments show that it can be applied to active learning, although more a extensive investigation is still needed to assess its real practical effectivity. Important methodological contributions are made in this document, including an often neglected analysis in the literature of active learning: the risk due to the algorithms variability. A major methodological contribution, called ranking curves, is presented.

Machine learning solutions have been successfully used to solve many simple and complex problems. However, their development process still relies on human experts to perform tasks such as data preprocessing, feature engineering and model selection. As the complexity of these tasks increases, so does the demand for automated solutions, namely Automated Machine Learning (AutoML). Most algorithms employed in these systems have hyperparameters whose configuration may directly affect their predictive performance. Therefore, hyperparameter tuning is a recurring task in AutoML systems. This thesis investigated how to efficiently automate hyperparameter tuning by means of Meta-learning. To this end, large-scale experiments were performed tuning the hyperparameters of different classification algorithms, and an enhanced experimental methodology was adopted throughout the thesis to explore and learn the hyperparameter profiles for different classification algorithms. The results also showed that in many cases the default hyperparameter settings induced models that are on par with those obtained by tuning. Hence, a new Meta-learning recommender system was proposed to identify when it is better to use default values and when to tune classification algorithms for each new dataset. The proposed system is capable of generalizing several learning processes into a single modular framework, along with the possibility of assigning different algorithms. Furthermore, a descriptive analysis of model predictions is used to identify which data characteristics affect the necessity for tuning in each one of the algorithms investigated in the thesis. Experimental results also demonstrated that the proposed recommender system reduced the time spent on optimization processes, without reducing the predictive performance of the induced models. Depending on the target algorithm, the Meta-learning recommender system can statistically outperform the baselines. The significance of these results opens a number of new avenues for future work. / Soluções de aprendizado de máquina tem sido cada vez mais usadas com sucesso para resolver problemas dos mais simples aos complexos. Entretanto, o processo de desenvolvimento de tais soluções ainda é um processo que depende da ação de especialistas humanos em tarefas como: pré-processamento dos dados, engenharia de features e seleção de modelos. Consequentemente, quando a complexidade destas tarefas atinge um nível muito alto, há a necessidade de soluções automatizadas, denominadas por Aprendizado de Máquina automatizado (AutoML). A maioria dos algoritmos usados em tais sistemas possuem hiper-parâmetros cujos valores podem afetar diretamente o desempenho preditivo dos modelos gerados. Assim sendo, o ajuste de hiper-parâmetros é uma tarefa recorrente no desenvolvimento de sistems de AutoML. Nesta tese investigou-se a automatização do ajuste de hiper-parâmetros por meio de Meta-aprendizado. Seguindo essa linha, experimentos massivos foram realizados para ajustar os hiper-parâmetros de diferentes algoritmos de classificação. Além disso, uma metodologia experimental aprimorada e adotada ao lngo da tese perimtiu identificar diferentes perfis de ajuste para diferentes algoritmos de classificação. Entretanto, os resultados também mostraram que em muitos casos as configurações default destes algoritmos induziram modelos mais precisos do que os obtidos por meio de ajuste. Assim, foi proposto um novo sistema de recomendação baseado em Meta-learning para identificar quando é melhor realizar o ajuste de parâmetros para os algoritmos de classificação ou apenas usar os valores default. O sistema proposto é capaz de generalizar várias etapas do aprendizado em um único framework modular, juntamente com a possibilidade de avaliar diferentes algoritmos de aprendizado de máquina. As análises descritivas das predições obtidas pelo sistema indicaram quais características podem ser responsáveis por determinar quando o ajuste se faz necessário para cada um dos algoritmos investigados na tese. Os resultados também demonstraram que o sistema recomendador proposto reduziu o tempo gasto com a otimização mantendo o desempenho preditivo dos modelos gerados. Além disso, dependendo do algoritmo de classificação modelado, o sistema foi estatisticamente superior aos baselines. A significância desdes resultados abre um novo número de oportunidades para trabalhos futuros.

O presente estudo teve como objetivo avaliar a performance dos métodos visual, radiográfico e baseados em fluorescência quanto à detecção de lesões de cárie em dentes permanentes e decíduos, realizar meta-análise com a performance global dos métodos e investigar as possíveis fontes de heterogeneidades. Foram realizadas três revisões distintas relacionadas a cada método diagnóstico. Quatro examinadores avaliaram os trabalhos, sendo pelo menos dois por método. Estes efetuaram a busca e seleção de artigos de modo independente; um pesquisador com experiência em trabalhos de diagnóstico de cárie resolveu os casos de conflito ou dúvida. As bases de dados eletrônicas utilizadas foram MEDLINE, EMBASE e Scopus, visando reduzir o viés de publicação, também foram buscados trabalhos acadêmicos e documentos não publicados, através do OpenSigle e Anais do Congresso ORCA. Após a seleção dos estudos por critérios de inclusão e exclusão bem definidos, os dados foram coletados e anotados, de maneira independente por cada revisor. Foi realizada a avaliação da qualidade metodológica através da ferramenta Quality Assessment of Diagnostic Accuracy Studies (QUADAS) e a análise estatística através do Paired Forest Plot, Summary Receiver Operating Characteristics analysis (SROC), relative diagnostic odds ratio (RDOR), análise de sensibilidade e gráfico de funil, além da investigação e exploração das possíveis fontes de heterogeneidade. Para o método visual, 102 artigos preencheram os critérios de inclusão. Em geral, a análise demonstrou que o método visual teve uma boa acurácia para a detecção de lesões de cárie. Embora estudos laboratoriais e clínicos tenham apresentado acurácias semelhantes, os valores de especificidade obtidos clinicamente foram maiores. Observamos, também, moderada a elevada heterogeneidade e evidência de viés de publicação na maioria dos estudos. Além disso, o uso de sistemas de escores visual resultaram em valores significativamente melhores de acurácia em comparação com estudos que utilizaram os seus próprios critérios. Quanto à relevância clínica dos estudos de acurácia do método visual, 96 estudos foram incluídos. Em geral, a maioria dos estudos falha em considerar alguns aspectos clínicos relevantes: somente 1 estudo incluiu avaliação da atividade das lesões; nenhum estudo considerou o seu prognóstico; 79 estudos não consideraram um desfecho clínico relevante e apenas 1 avaliou um desfecho centrado no paciente. Quanto à qualidade metodológica, a maioria dos estudos presentes apresentou alto risco de viés na seleção da amostra. Quanto ao método radiográfico, 116 artigos foram selecionados. Os métodos radiográficos convencional e digital apresentaram desempenho semelhante, mostrando valores maiores de especificidade comparados aos de sensibilidade, além de maiores valores de AUC no limiar de lesões mais avançadas. Quanto aos métodos baseados em fluorescência, 75 estudos preencheram os critérios de inclusão. Em geral, a análise demonstrou uma tendência a valores de acurácia semelhantes para todos os tipos de dentes, superfícies ou tipos de estudo. Houve uma tendência de melhor desempenho na detecção de lesões de cárie mais avançadas. Observamos, também, moderada a alta heterogeneidade e evidência de viés de publicação. Em conclusão, o método visual de detecção de lesões de cárie tem um bom desempenho geral, mas os estudos deveriam considerar desfechos clínicos relevantes, além da acurácia. Além disso, eles deveriam ser conduzidos com maior qualidade metodológica, principalmente em relação à seleção da amostra. Ainda, a utilização de índices detalhados e validados parece melhorar a acurácia do método. O método radiográfico não apresentou diferença entre os modos de aquisição de imagem (digital ou convencional), demonstrando uma tendência a valores superiores de especificidade e melhor desempenho em lesões avançadas. Quanto aos dispositivos baseados em fluorescência, estes mostraram desempenho global semelhante; no entanto, uma melhor acurácia na detecção de lesões de cárie mais avançadas tem sido observada. / This study aimed to evaluate the performance of visual, radiographic and fluorescence-based methods in the detection of caries lesions in permanent and primary teeth, to perform meta-analysis of the overall performance of the methods and to investigate possible sources of heterogeneity. Three distinct systematic reviews related to each diagnostic method were performed. Four observers evaluated the articles, at least two per method. They performed the search and study selection independently; a researcher with experience in caries diagnostic studies solved the cases of conflict or doubt. Electronic databases used were MEDLINE, EMBASE and Scopus, to reduce publication bias, were also pursued academic papers and unpublished documents through OpenSigle and the Annals of ORCA Congress. After the selection of studies by well-defined inclusion and exclusion criteria, data were collected and recorded, independently by each reviewer. Methodological quality assessment was performed through Quality Assessment of Diagnostic Accuracy Studies tool (QUADAS) and statistical analysis using Paired Forest Plot, Summary Receiver Operating Characteristics analysis (SROC), relative diagnostic odds ratio (RDOR), sensitivity analysis and funnel plot, in addition we explored possible sources of heterogeneity. Regarding the accuracy of visual method, 102 articles met the inclusion criteria. In general, visual analysis showed that the method had a good accuracy in the detection of caries lesions. Although laboratory and clinical studies have shown similar accuracies, clinical studies have obtained higher specificities. We also observed moderate to high heterogeneity and evidence of publication bias in most studies. In addition, the use of visual scoring systems resulted in significantly better accuracy compared to studies using their own criteria. Concerning the clinical relevance of accuracy studies of visual method, 96 studies were included. In general, most studies failed to consider some relevant clinical aspects: only 1 study included assessment of activity of the lesions; no study considered their prognosis; 79 studies did not consider a relevant clinical outcome and only 1 evaluated a patient-centered outcome. With regard to the methodological quality, most of the present studies showed a high risk of bias in the selection of the sample. With concern to the radiographic method, 116 articles were selected. Conventional and digital radiographic methods showed similar performance, showing greater specificity values compared to sensitivity, and higher AUC values at the threshold of more advanced caries lesions. Regarding fluorescence-based methods, 75 studies met the inclusion criteria. In general, the analysis demonstrated that the fluorescence-based method tend to have similar accuracy for all types of teeth, dental surfaces or settings. There was a trend of better performance of fluorescence methods in detecting more advanced caries lesions. We also observed moderate to high heterogeneity and evidenced publication bias. In conclusion, the visual method of detecting caries lesions has a good overall performance, but studies should consider relevant clinical outcomes, as well as accuracy. In addition, they should be conducted with greater methodological quality, especially in relation to sample selection. Still, the use of detailed and validated indices seems to improve the accuracy of the method. Radiographic method showed no difference between the image acquisition modes (digital or conventional), showing a tendency to higher values of specificity and performance in advanced caries lesions. Fluorescence-based devices showed similar overall performance; however, a better accuracy in detecting more advanced caries has been observed.

Orientador: Eliane Chaves Jorge / Resumo: Bissoli SFR. Mapeamento das evidências das revisões sistemáticas de oftalmologia da base de dados Cochrane. [dissertação]. Botucatu, SP: Faculdade de Medicina, Universidade Estadual Paulista; 2018. Justificativa e objetivos: A Colaboração Cochrane visa oferecer, por meio da publicação de revisões sistemáticas, informações atualizadas, objetivas e com evidências consistentes para a prática clínica e para o estabelecimento de políticas de saúde. Entretanto, verifica-se, frequentemente, uma inconsistência de evidências e incapacidade de gerar recomendações. O objetivo desse estudo foi analisar as revisões sistemáticas do Grupo Oftalmologia da Colaboração Cochrane e mapear sua utilidade para a prática clínica e para a pesquisa científica. Método: Realizou-se estudo transversal com análise de todas as revisões sistemáticas publicadas no Grupo Oftalmologia da Colaboração Cochrane até maio de 2018, verificando-se qual o tipo de recomendação para a prática clínica e para a pesquisa científica, por meio da análise das conclusões de seus autores. Além disso, computou-se o número de ensaios clínicos e meta-análises por revisão sistemática e por subespecialidade, por ano. Resultados: 202 revisões foram obtidas no período. Evidências que apoiam a intervenção, com recomendação para a realização de mais estudos ou sem recomendação para mais estudos: 36,3% [IC 95% 36,2-36,4] e 5,0% [IC 95% 4,8-5,1], respectivamente. Evidências contrárias à intervenção, com recomendação para realização de mai... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Bissoli SFR. Mapping of the evidences of systematic reviews of Ophthalmology Cochrane database. [dissertation]. Botucatu, SP: Botucatu Medical School, State University of São Paulo 2018. Rationale and objectives: The Cochrane Collaboration aims to provide, through the publication of systematic reviews, up-to-date, objective information and with consistent evidence for clinical practice and for the establishment of health policies. However, there is often an inconsistency of evidence and inability to generate recommendations. The objective of this study was to analyze the systematic reviews of the Cochrane Collaboration Ophthalmology Group and to map its usefulness to clinical practice and to scientific research. Methods: A cross-sectional study was carried out with an analysis of all the systematic reviews published in the Ophthalmology Group of the Cochrane Collaboration until May 2018, confirming the type of recommendation for clinical practice and for scientific research, through analysis of the conclusions of its authors. In addition, we counted the number of clinical trials and meta-analyzes by systematic review and by subspecialty, per year. Results: 202 revisions were obtained in the period. Evidence that supports the intervention, with recommendation for further studies: 36.3% [CI 95% 36.2-36.4] or no recommendation for further studies: 5.0% [CI 95% 4.8-5.1]. Evidence contrary to intervention, with recommendation for further studies 3.0% [CI 95% 2.8-3.1] or no recomme... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Alzheimer\'s disease (AD) is one of the main causes of dependency and disability in the elderly population. A number of investigations have been seeking its prevention and/or management. In this context, it is important to highlight the role of modifiable risk factors, such as nutrition. This study aims to conduct a systematic review and subsequent meta-analysis, to assess the effect of food and/or nutrients for the management of AD at different stages. This work was steered based on the Cochrane Handbook for systematic reviews of interventions and the PRISMA Statement. Electronic databases were searched up to 2014, in Portuguese, English or Spanish. Relevant publications were identified by title and abstract using key search terms referring to Alzheimer\'s disease, nutrition interventions and type of study. Trials\' risk of bias was appraised by applying the Cochrane\'s tool for assessing risk of bias. The main outcome measures comprise neuropsychological tests such as MMSE, ADCS-ADL, NPI and CDR-sob, biomarkers and brain imaging. Pairwise meta-analyses were performed in a random-effect model by estimating the weighted mean differences between treatment and placebo groups, with 95% confidence intervals for outcome measures by treatment. Network meta-analysis and the ranking probability of treatment for each nutrition intervention were undertaken on cognitive outcome. The strength and quality of evidence were rated according to the GRADE approach. From the whole research, 182 studies met the systematic review\'s purpose. Thirty-five clinical trials complied with eligibility criteria and risk of bias assessment. Included studies utilized: antioxidants, B-vitamin complex, carbohydrates, lipids, omega-3 fatty acids, polymeric formulas, polypeptide and vitamin D. Estimates treatment effects from pairwise meta-analyses show a significant positive effect from the supplementation with proline-rich polypeptide (WMD 12.00 [95% CI 10.20, 13.80] P < 0.00001) and B-vitamin complex (WMD 0.44 [95% CI 0.09, 0.79] P = 0.01) on cognitive function measured by the MMSE. Remaining nutrients supplementation did not show any significant effect on functional, behavioral, global performance, biomarkers or brain imaging outcomes. Isolated nutrient supplementations show no convincing evidence of providing a significant benefit on clinical manifestations or neuropathology of AD. As a treatment strategy, nutrients did not show any effect when delivered individually, probably due to their synergistic work on brain function at different domains. Nevertheless, nutrients represent a potential preventive approach and an adjuvant treatment for patients with AD at earlier stages. / A doença de Alzheimer (DA) é uma das maiores causas de dependência e incapacidade na população idosa, o que tem levado a inúmeras investigações sobre sua prevenção e ou manejo. Neste contexto, é importante destacar o papel desempenhado pelos fatores de risco modificáveis, como a nutrição. Este estudo trata de uma revisão sistemática e meta-análise, para avaliar o efeito das intervenções nutricionais no manejo da DA, em seus diferentes estágios. Este trabalho segue as propostas da Colaboração Cochrane e a declaração PRISMA. Bases de dados eletrônicas foram pesquisadas a partir do seu início até o 2014, em Português, Inglês ou Espanhol. Estudos relevantes foram identificados por título e resumo usando as palavras-chave referente à doença de Alzheimer, intervenções nutricionais e tipo de estudo. A qualidade dos estudos foi avaliada mediante a ferramenta da Cochrane para avaliação do risco de viés. As principais medidas de desfechos compreenderam os testes neuropsicológicos MEEM, AVD, NPI e CDR-sob, biomarcadores e neuroimagem. As meta-análises em pares foram realizadas em modelo de efeito aleatório pela estimativa de diferença de médias ponderadas entre os grupos de tratamento e placebo, com 95% de intervalo de confiança para as medidas de desfecho segundo a intervenção. A meta-análise em rede e a probabilidade da posição do tratamento para cada intervenção nutricional foi realizada para o desfecho cognitivo. A força e a qualidade da evidência foram avaliadas de acordo com o método GRADE. Da busca total inicial, 182 estudos cumpriam com o propósito desta revisão sistemática. Ainda, 35 ensaios clínicos preencheram os critérios de elegibilidade e avaliação de risco de viés. Os estudos incluídos usaram: antioxidantes, vitaminas do complexo B, carboidratos, lipídeos, ácidos graxos ômega-3, formula poliméricas, polipeptídios e vitamina D. As estimativas de efeito do tratamento das meta-análises em pares mostraram um efeito positivo significativo a partir da suplementação com um polipeptídio rico em prolina (MD 12.00 [95% IC 10.20, 13.80] P < 0.00001) e com as vitaminas do complexo B (MD 0.44 [95% IC 0.09, 0.79] P = 0.01) na função cognitiva avaliada pelo MEEM. A suplementação com os demais nutrientes não mostrou um efeito significativo na funcionalidade, comportamento, desempenho global, biomarcadores da DA, nem desfechos de imagem. A suplementação com nutrientes isolados não mostrou um efeito significativo nas manifestações clínicas ou neuropatologicas da DA. Como estratégia de tratamento, os nutrientes não demonstraram um efeito separadamente, provavelmente devido a seu trabalho sinérgico nos diferentes domínios da função cerebral. Ainda assim, os nutrientes representam uma abordagem preventiva potencial e um tratamento adjuvante nas pessoas com DA nos estágios iniciais.

Submitted by Vanessa Nunes (vnunes) on 2015-05-06T16:55:12Z No. of bitstreams: 1 FernandaCoan.pdf: 450977 bytes, checksum: 38a678ff167c0eeab3010ad52ce3adb3 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-05-06T16:55:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 FernandaCoan.pdf: 450977 bytes, checksum: 38a678ff167c0eeab3010ad52ce3adb3 (MD5) Previous issue date: 2011 / FAPEMAT - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Mato Grosso / UNEMAT - Universidade do Estado de Mato Grosso / UNISINOS - Universidade do Vale do Rio dos Sinos / A acirrada competitividade oriunda do mercado internacional leva as empresas à busca de estratégias para permanecerem no mercado, neste contexto, o arranjo produtivo local é um fenômeno que lhes possibilita obterem maior competitividade. Contudo, a produção científica brasileira sobre arranjos produtivos locais necessitava de uma compilação. Por isso, este trabalho teve como objetivo a identificação e a análise da produção científica sobre arranjos produtivos locais, publicada nos periódicos científicos de administração, economia e ciências sociais do Brasil, na década 2001-2010. Entende-se que este objetivo é relevante, pois, através dele, foi possível conhecer o cenário dos arranjos produtivos locais. Para a realização do estudo, foi efetuada uma meta-análise, em 57 artigos, de 22 revistas, utilizando-se de parâmetros como a identificação da abordagem adotada nos artigos, do perfil metodológico mais adotado, da origem das bibliografias utilizadas, da e frequência de uso das categorias pré selecionadas. Além disso, foi efetuada uma análise de conteúdo dos artigos pré-selecionados, foi realizada a análise da contribuição de cada artigo a partir de sete categorias e finalizou-se com a elaboração de uma agenda para estudos futuros. Entre os resultados, destaca-se a harmonia entre o conteúdo contido na literatura e nos artigos, a evolução e a variedade de assuntos ligados ao tema, a constante utilização de publicações internacionais e a predominância do empirismo nos artigos com aplicação em 83 Apls brasileiros. / The aggressive competition originated in the international market has led companies to seek for strategies to stay on the market; therefore, in such a scenario, cluster has emerged as a phenomenon which enables companies to achieve greater competitiveness. However, a compilation to carry out a study on the Brazilian scientific production on local productive arrangements has been made necessary. Thus, this study aims to analyze the scientific production in Clusters which were published on scientific journals of management, economics and social sciences in Brazil, from 2001 to 2010. It has been understood that this goal is proved relevant because, through it, we become familiar with the landscape of local productive arrangements which will enable an advancement of the theory of Cluster. to carry out this study, a meta-analysis i n 57 articles extracted from 22 magazines was performed, by making use of parameters such as the identification of the frequency of approaches adopted in the articles, the origin of the used bibliographies, the most used authors frequency and their works, in as much as the frequency of pre-selected categories. Besides, content analysis of those pre-selected articles was carried out, plus the analyses of contribution of each article from seven categories ending with the creation of an agenda for future study. Among the results, we highlight the harmony between the content in the literature as well as in the articles, the evolution and the variety of subjects connected with the theme, the frequent used of international publications and the predominance of empiric articles applicable into 83 Brazilian Clusters.

Com o desenvolvimento do sequenciamento em larga escala, novas tecnologias surgiram para auxiliar o estudo de sequências de ácidos nucleicos (DNA e cDNA); como consequência, o desenvolvimento de novas ferramentas para analisar o grande volume de dados gerados fez-se necessário. Entre essas novas tecnologias, uma, em particular, chamada Imunoprecipitação de Cromatina seguida de sequenciamento de DNA em larga escala ou CHIP-Seq, tem recebido muita atenção nos últimos anos. Esta tecnologia tornou-se um método usado amplamente para mapear sítios de ligação de proteínas de interesse no genoma. A análise de dados resultantes de experimentos de ChIP-Seq é desaadora porque o mapeamento das sequências no genoma apresenta diferentes formas de viés. Os métodos existentes usados para encontrar picos em dados de ChIP-Seq apresentam limitações relacionadas ao número de amostras de controle e tratamento usadas, e em relação à forma como essas amostras são combinadas. Nessa tese, mostramos que métodos baseados em testes estatísticos de hipótese tendem a encontrar um número muito maior de picos à medida que aumentamos o tamanho da amostra, o que os torna pouco conáveis para análise de um grande volume de dados. O presente estudo descreve um método estatístico Bayesiano, que utiliza meta-análise para encontrar sítios de ligação de proteínas de interesse no genoma resultante de experimentos de ChIPSeq. Esse métodos foi chamado Meta-Analysis Bayesian Approach ou MABayApp. Nós mostramos que o nosso método é robusto e pode ser utilizado com diferentes números de amostras de controle e tratamentos, assim como quando comparando amostras provenientes de diferentes tratamentos. / With the development of high-throughput sequencing, new technologies emerged for the study of nucleic acid sequences (DNA and cDNA) and as a consequence, the necessity for tools to analyse a great volume of data was made necessary. Among these new technologies, one in special Chromatin Immunoprecipitation followed by massive parallel DNA Sequencing, or ChIP-Seq, has been evidenced during the last years. This technology has become a widely used method to map locations of binding sites for a given protein in the genome. The analysis of data resulting from ChIP-Seq experiments is challenging since it can have dierent sources of bias during the sequencing and mapping of reads to the genome. Current methods used to nd peaks in this ChIP-Seq have limitations regarding the number of treatment and control samples used and on how these samples should be used together. In this thesis we show that since most of these methods are based on traditional statistical hypothesis tests, by increasing the sample size the number of peaks considered signicant changes considerably. This study describes a Bayesian statistical method using meta-analysis to discover binding sites of a protein of interest based on peaks of reads found in ChIP-Seq data. We call it Meta- Analysis Bayesian Approach or MABayApp. We show that our method is robust and can be used for dierent number of control and treatment samples, as well as when comparing samples under dierent treatments.

Comunidades microbianas possuem papéis importantes em processos que ocorrem em diversos ambientes, tais como solos, oceanos e o trato gastrointestinal dos seres humanos. Portanto, é de interesse a compreensão da estrutura e do funcionamento dessas comunidades. A estrutura dessas comunidades, em termos de organismos componentes, pode ser determinada com o uso do sequenciamento de nova geração em conjunto com as técnicas meta-ômicas e pela análise taxonômica das sequências obtidas com programas de classificação taxonômica. Se por um lado diversos programas estão disponíveis, por outro lado eles cometem erros, como a identificação parcial dos organismos presentes na amostra e a identificação de organismos que não estão presentes na amostra (os falsos positivos - FPs). Algumas abordagens foram propostas para a melhoria das classificações taxonômicas obtidas por esses programas com a redução desses FPs, porém elas abordam apenas um tipo de meta-ômica, a metagenômica. Neste trabalho, propomos uma nova abordagem através da integração de diferentes meta-ômicas - metagenômicas shotgun e de amplicons de 16S, e metatranscritômica. Exploramos os resultados de classificações de dados simulados e mocks para a extração de variáveis e desenvolvemos modelos de classificação para discriminação de predições de espécies de bactérias classificadas como corretas ou incorretas. Comparamos o desempenho dos resultados obtidos entre as meta-ômicas individuais e os obtidos através da integração observando o balanceamento entre a precisão e a sensibilidade. De acordo com as medidas calculadas com nossos conjuntos de dados, nossa abordagem demonstrou melhorias na classificação com a redução de FPs e aumentos para a medida F1, quando comparada com abordagens não integrativas, inclusive com o uso de métodos de combinação de classificadores. Para facilitar seu uso, desenvolvemos o Gunga, uma ferramenta que incorpora a abordagem desenvolvida em formato de pacote do R, com funcionalidades para a integração de dados de classificação taxonômica com diferentes meta-ômicas e a classificação das predições incorretas. / Microbial communities play important roles in processes that occur in diverse environments, such as soils, oceans, and the gastrointestinal tract of humans. Therefore, it is of interest to understand the structure and functioning of these communities. The structure of these communities, in terms of component organisms, can be determined by the use of the next generation sequencing in conjunction with the meta-omics techniques and by the taxonomic analysis of the sequences obtained with taxonomic classification programs. If on the one hand several programs are available, on the other hand they make mistakes, such as the partial identification of the organisms present in the sample and the identification of organisms that are not present in the sample (the false positives - FPs). Some approaches have been proposed to improve the taxonomic classifications obtained by these programs with the reduction of these FPs, but they address only one type of meta-omics, the metagenomics. In this work, we propose a new approach by integrating different meta-omics - shotgun and 16S amplicon metagenomics, and metatranscriptomics. We explored the classifications results of simulated data and mocks for variable extraction and developed classification models for discriminating predictions of bacterial species classified as correct or incorrect. We compared the performance of the results obtained between the individual meta-omics and the obtained through the integration observing the balance between precision and sensitivity. According to the measures calculated with our data sets, our approach has shown improvements in the classification with the reduction of the FPs and increases for the F1 measure, when compared to non-integrative approaches, including the use of classifiers combination methods. To facilitate its use, we developed the Gunga, a tool that incorporates the developed approach in R package format, with features for the integration of taxonomic classification data with different meta-omics and the classification of the incorrect predictions.

De acuerdo con la literatura científica, la frecuencia del acortamiento de los isquiotibiales, está relacionado con factores genéticos, hábitos diarios y actividades deportivas. Sin embargo, con las numerosas metodologías de tratamiento propuestas en la literatura se hace difícil establecer cuál de ellas resulta ser la más efectiva. En este trabajo se llevó a cabo meta-análisis sobre la eficacia de los tratamientos para la ganancia de flexibilidad en los músculos isquiotibiales. La búsqueda de la literatura permitió identificar 41 estudios, 39 publicados y 2 no publicados, entre 1930 y 2007, que cumplieron con los criterios de inclusión, totalizando 85 comparaciones entre grupo tratado y control. El índice del tamaño del efecto utilizado fue la diferencia de medias estandarizada. Los tratamientos obtuvieron una efectividad estadísticamente significativa (d+ = 1,054). El estiramiento muscular, más la combinación de estiramiento más calentamiento resultaron ser los tratamientos más efectivos. La relación entre el tamaño del efecto con las demás variables de tratamiento, de sujeto, metodológicas y extrínsecas, también fueron examinadas. El sesgo de publicación no fue una amenaza contra la validez de los resultados. Los tratamientos son más eficaces cuando: son empleados en sujetos del género femenino; cuanto más jóvenes sean los sujetos; y cuando se utiliza un número mayor de semanas de tratamiento. / According to the scientific literature, the frequency of the shortened hamstring, is related to genetic factors, daily habits and sports activities. In spite of the found treatment methodologies diversity is difficult to establish which of them is more effective. In this paper we carried out a meta-analysis about the efficacy of the treatment for the increase the flexibility in the hamstring muscle. The searched of the literature enabled us identify 41 studies, 39 published and 2 no published, between 1930 and 2007, that fulfilled our the selection criteria, giving a total 85 comparisons between a treated an a control group. The effect size index was the standardized mean difference in the posttest. The treatments obtained a statistically significant effectiveness (d+ = 1,054). The stretching and stretching plus warming -up resulted to be the treatment more effective. The relationship of others treatment, subjects, methodological and extrinsic variables with the effect size were also examined. The publication bias was not a threat against the validity of the results. The treatments are more efficient when: they are applied in subjects of the feminine gender; the more young be the subjects and when a greater number of weeks of treatment are utilized