La caballa Scomber japonicus (Perciformes: Scombridae) es una especie pelágica de gran importancia económica en el Perú y en varios países alrededor del mundo. A pesar de su importancia, no se han reportado estudios concernientes a la genética de poblaciones en esta especie en el Perú. Por este motivo, el objetivo de la presente tesis fue evaluar la estructuración genética de caballa en el mar peruano. Se utilizó la Región Hipervariable I (Dominio ETAS) de la Región Control Mitocondrial junto a cinco marcadores microsatélites. El análisis del marcador mitocondrial evidenció una escasa diferenciación genética entre las poblaciones estudiadas y que el recurso atravesó un proceso de expansión poblacional en el pasado. De los marcadores microsatélites solamente el locus SJT18 fue útil para el análisis genético-poblacional debido a que los cuatro marcadores restantes tuvieron serios problemas de efecto stuttering (bandas tartamudas). Este locus, al igual que el marcador mitocondrial, sugirió una escasa diferenciación entre las poblaciones. Se concluye que la caballa peruana comprende una sola unidad panmíctica lo cual refuerza la hipótesis de un único stock pesquero. / Tesis

La concha de abanico (Argopecten purpuratus) es un molusco bivalvo de importancia económica para el Perú, debido a su alto valor nutritivo y su amplia aceptación en los mercados de Estados Unidos, Japón y Europa. En el Perú, no se han realizado estudios a nivel genético poblacional en esta especie, existiendo solamente estudios morfométricos, cuyas variaciones estarían ligadas a cambios en la variabilidad genética del recurso (Cisneros et al., 2008). Además, existen pocos marcadores microsatélites reportados, los cuales son los marcadores moleculares más adecuados para evaluar la diversidad genética de una especie. El objetivo del presente estudio fue detectar microsatélites trinucleótidos “CAT” del genoma de A. purpuratus para lo cual se utilizó el método de librerías genómicas enriquecidas. Se optimizó un protocolo para extracción de DNA Genómico de alta calidad a partir de la gónada masculina y utilizando como buffer de lisis TNES-urea. Asimismo, se construyó una librería genómica enriquecida utilizando esferas magnéticas lo que permitió obtener un elevado porcentaje de clones positivos (65 80%). Finalmente, se obtuvo DNA plasmídico de alta calidad cuyo secuenciamiento servirá para diseñar cebadores que permitan evaluar el polimorfismo de los microsatélites. Palabras clave: concha de abanico, Argopecten purpuratus, librerías genómicas enriquecidas, microsatélites, polimorfismo. / --- The Peruvian scallop (Argopecten purpuratus) is an economically important bivalve in Peru due to its high nutritional qualities and its wide acceptance in the markets of United States, Japan and Europe. In Peru, there have not been studies of this resource at the population genetic level and there are only morphometric studies, one of those reports that variations at this level could be linked to the genetic variability of the resource (Cisneros et al., 2008). In addition, there are only few microsatellite markers reported, this molecular markers are the best to assess the genetic diversity. Due to this reason, the aim of this study was to detected trinucleotide microsatellites with the motif "CAT" from the genome of A. purpuratus using enriched genomic libraries. High quality DNA extraction from the male gonad with TNES-urea lysis buffer was optimized. Furthermore, the enriched genomic libraries constructed using magnetic beads allowed identification of a high percentage of positive clones (65-80%). Finally, the sequencing of the high quality plasmid DNA obtained will enable primers design for the evaluation of the microsatellites polymorphism. Keywords: Peruvian scallop, Argopecten purpuratus, enriched genomic libraries, microsatellite, polymorphism. / Tesis

Memoria para optar al título Profesional de Médico Veterinario / Los mejillones son uno de los bivalvos más cultivados y comercializados siendo el género Mytilus muy empleado en alimentación. En Chile, la producción de mejillones ha experimentado un crecimiento importante en la última década, siendo uno de los productos acuícolas chilenos más promisorios, cuyo desembarque se destina principalmente al mercado de exportación. El comercio internacional de productos del mar incorpora en normativas y regulaciones el concepto de cadena alimentaria o “de la granja a la mesa”, buscando la inocuidad alimentaria desde la producción primaria hasta el consumidor final. Los sistemas de trazabilidad administrativa (etiquetas, registro de información, tratamiento automático de datos) no son infalibles y requieren ser validados mediante métodos analíticos. En trazabilidad de alimentos pueden considerarse tres niveles: identificación de la especie, determinación del origen geográfico y seguimiento a través de la cadena de producción y abastecimiento. El objetivo general de esta tesis fue estudiar la diversidad genética y estructura poblacional de Mytilus chilensis en el Sur de Chile usando marcadores microsatélites (SSR) y evaluar su desempeño en futuras aplicaciones en trazabilidad. Las muestras se colectaron en el Sur de Chile en once localidades. La diversidad genética y estructura poblacional de Mytilus chilensis fue evaluada con tres loci microsatélites. Se evaluó el desempeño del algoritmo de asignación implementado en el programa GeneClass2. La estructura poblacional de Mytilus chilensis en la zona fue baja (FST= 0,03) pero significativa (P=0,00), con altos niveles de flujo genético entre las localidades. El método de asignación ubicó correctamente más individuos de los esperados por azar, confirmando la estructura poblacional. Se verificó la trazabilidad administrativa, pero es necesario mejorar la probabilidad de asignación incluyendo en el panel loci no afectados por alelos nulos así como también otro tipo de marcadores (SNPS), para mejorar la resolución y alcanzar estándares forenses. / Programa Domeyko Alimentos de la Vicerrectoría de Investigación y Desarrollo de la Universidad de Chile 2008- 2010

Al exponer el tubérculo de papa a temperaturas inferiores a los 7 °C, ocurre lo que se conoce como “endulzamiento por frío”. Este daño fisiológico, es la principal causa de rechazo de lotes de papa serrana para la industria, consiste en la acumulación de azúcares reductores (glucosa y fructosa) como resultado de la sucesiva degradación del almidón y sus componentes. Para ver la calidad de una papa almacenada en frío, sus niveles de azúcar deberán incrementarse en lo mínimo o no variar, para no perder su potencial como producto agroindustrial, caso contrario serviría para el procesamiento solo después de la cosecha. Por ello en el presente trabajo de tesis se seleccionó cultivares nativos de papa tolerantes al endulzamiento en frío, mediante su análisis fenotípico, bioquímico y molecular. Esto se desarrolló en las instalaciones del Centro Internacional de la Papa (CIP), en los laboratorios de Procesamiento, Fisiología y de Biología Molecular de la División de mejoramiento de cultivos. Se trabajó con 40 cultivares de papas nativas, seleccionadas anteriormente por su calidad de fritura teniendo como referente la relación entre: materia seca, fritura y azúcares reductores. / When potato tubers are exposed to temperatures lower than 7 °C, a process known as “Low Temperature Sweetening” takes place. This physiological damage involves the accumulation of the reducing sugars (glucose and fructose) as a result of successive degradation of the starch and its components, and is the principal reason native potato crops are rejected by industry. To maintain its potential as an agroindustrial product, a potato should be processed quickly (before sugars can accumulate) or be cold tolerant so if cold stored, will not change its levels of sugars much. To address this issue, the present thesis work selected native cultivars of potato resistant to cold induced sweetening, and characterized them phenotypically, biochemically, and genetically. This was done at the International Potato Research Institute (CIP), in the laboratories of the Processing, Physiology, and Molecular Biology Division of the department of Germplasm Improvement. There were 40 varieties of native potatoes, selected previously for their frying quality, dry matter content, and reducing sugar content.

Memoria para optar al Titulo Profesional de Médico Veterinario / El protozoario Trypanosoma cruzi (T. cruzi) es el agente causal de la enfermedad de Chagas, una zoonosis parasitaria transmitida por insectos triatominos. En Chile, los vectores triatominos Triatoma infestans y Mepraia spinolai se encuentran, respectivamente, asociados a los ciclos doméstico y silvestre de transmisión de la enfermedad. Actualmente existen reportes de la presencia de T. cruzi en Mepraia gajardoi, sugiriendo que esta especie de triatomino participaría en el ciclo de transmisión silvestre. Las poblaciones naturales de T. cruzi estarían compuestas de múltiples clones distribuidos en seis unidades discretas de tipificación (DTUs) o linajes. Se ha reportado que, a diferencia de lo que ocurre en hospederos vertebrados, adaptaciones genéticas en hospederos invertebrados favorecerían en ellos la multiclonalidad de T. cruzi. El objetivo de este trabajo fue identificar los clones de T. cruzi presentes en muestras de contenido intestinal de T. infestans provenientes de Atacama (III), Valparaíso (V) y Región Metropolitana (RM) y determinar si algunos de estos clones corresponden a los detectados previamente en pacientes chagásicos crónicos. Con este fin se aplicó el método de análisis de marcadores microsatélites a muestras de T. cruzi provenientes de 109 triatominos y los resultados se compararon con información ya publicada de 80 muestras de T. cruzi provenientes de sangre y xenodiagnóstico de pacientes chagásicos crónicos de Chile. Las frecuencias alélicas obtenidas permitieron detectar diferencias genéticas significativas. Luego, a partir de un análisis filogenético se constituyeron tres nodos de parentesco: (a) clones provenientes de sangre y xenodiagnóstico de pacientes, (b) clones provenientes de triatominos de las regiones III, V y RM, y (c) clones descritos en literatura; los clones de cada nodo se habrían originado a partir de un ancestro común. En cuanto a frecuencia y distribución de linajes de T. cruzi, la mayor cantidad de muestras, provenientes tanto de triatominos de las tres regiones (59,4%) como de sangre y xenodiagnóstico de pacientes (82% y 84,3%, respectivamente), pertenecían al linaje TcI. El linaje H (híbrido) se detectó en muy escaso porcentaje de muestras de sangre y no se detectó en xenodiagnóstico de pacientes. Respecto de la clonalidad, las muestras de T. cruzi procedentes de triatominos resultaron ser principalmente multiclonales, en cambio aquellas tanto de sangre como de xenodiagnóstico de pacientes chagásicos correspondían principalmente a muestras uniclonales. De acuerdo a los resultados obtenidos, se pudo concluir que las poblaciones de T. cruzi detectadas en los triatominos estudiados eran genéticamente diferentes a las detectadas previamente en pacientes chagásicos crónicos / FONDECYT N° 1070837

Caracteriza a nivel molecular la diversidad genética de 129 accesiones de quinua de la región Puno. Se evalúa la diversidad genética y estructuración poblacional utilizando 15 marcadores microsatélites mediante un sistema de PCR multiplex y electroforesis capilar. Se detectan un total de 179 alelos entre las accesiones, en un rango de 7 a 19 alelos por locus con un promedio de 11.93, mientras que la heterocigosidad esperada total es de 0.77. Se detectan 3 grupos genéticos (K1, K2, K3) cuyos niveles de diferenciación genética entre los grupos es muy baja (FST = 0.028 – 0.046) por lo que no se forman grupos discretos según los análisis del PCoA y del DAPC. No se encuentran accesiones duplicadas en las 129 accesiones. El análisis bioinformático sugiere que la quinua presenta una herencia polisómica por lo que es tratada como un organismo autopoliploide. Los resultados demuestran que las 129 accesiones presentaron una alta diversidad genética sin una estructura poblacional. Este trabajo constituye uno de los primeros pasos para la aplicación de métodos orientados al buen manejo del banco de germoplasma o al fitomejoramiento. / Tesis

Al exponer el tubérculo de papa a temperaturas inferiores a los 7 °C, ocurre lo que se conoce como “endulzamiento por frío”. Este daño fisiológico, es la principal causa de rechazo de lotes de papa serrana para la industria, consiste en la acumulación de azúcares reductores (glucosa y fructosa) como resultado de la sucesiva degradación del almidón y sus componentes. Para ver la calidad de una papa almacenada en frío, sus niveles de azúcar deberán incrementarse en lo mínimo o no variar, para no perder su potencial como producto agroindustrial, caso contrario serviría para el procesamiento solo después de la cosecha. Por ello en el presente trabajo de tesis se seleccionó cultivares nativos de papa tolerantes al endulzamiento en frío, mediante su análisis fenotípico, bioquímico y molecular. Esto se desarrolló en las instalaciones del Centro Internacional de la Papa (CIP), en los laboratorios de Procesamiento, Fisiología y de Biología Molecular de la División de mejoramiento de cultivos. Se trabajó con 40 cultivares de papas nativas, seleccionadas anteriormente por su calidad de fritura teniendo como referente la relación entre: materia seca, fritura y azúcares reductores. / When potato tubers are exposed to temperatures lower than 7 °C, a process known as “Low Temperature Sweetening” takes place. This physiological damage involves the accumulation of the reducing sugars (glucose and fructose) as a result of successive degradation of the starch and its components, and is the principal reason native potato crops are rejected by industry. To maintain its potential as an agroindustrial product, a potato should be processed quickly (before sugars can accumulate) or be cold tolerant so if cold stored, will not change its levels of sugars much. To address this issue, the present thesis work selected native cultivars of potato resistant to cold induced sweetening, and characterized them phenotypically, biochemically, and genetically. This was done at the International Potato Research Institute (CIP), in the laboratories of the Processing, Physiology, and Molecular Biology Division of the department of Germplasm Improvement. There were 40 varieties of native potatoes, selected previously for their frying quality, dry matter content, and reducing sugar content.

Publicación a texto completo no autorizada por el autor / Determina la diversidad genética y la estructura poblacional de 85 aislamientos de L. (V.) braziliensis provenientes de la amazonia peruana mediante la estandarización de diez marcadores microsatélites previamente reportados. La población total presentó una alta diversidad alélica y genética, siendo la ecorregión de selva baja la de mayor diversidad con respecto a selva alta. Los diversos análisis lograron revelar la existencia de dos grupos genéticos bien establecidos independientes de su distribución geográfica, presentes como población mixta en selva alta y población uniforme en selva baja. Además, se estimó que la población de L. (V.) braziliensis presentó como estrategia reproductiva posibles eventos de clonalidad y recombinación genética junto a un modo endogámico de reproducción atribuido al aparente déficit de heterocigotos presentados. Esto podría explicar la gran plasticidad de L. (V.) braziliensis para adaptarse a los diferentes escenarios ecológicos dentro de la amazonia peruana. Asimismo, es necesario contar con nuevos estudios que contribuyan a entender la dinámica poblacional del parásito a fin de reducir la transmisión de la enfermedad. / Tesis

El genotipo doble monoploide DM1-351644 de Solanum tuberosum Grupo phureja (DM) desarrollado por la Universidad de Virginia fue secuenciado por el Consorcio de Secuenciamiento del Genoma de la Papa (PGSC) en el Instituto de Genómica de Beijing teniendo como resultado una gran cantidad de super-scaffolds con posición genómica desconocida. Con el fin de contribuir a la orientación y posicionamiento de estos super-scaffolds se construyó un mapa genético. En este trabajo, se analizaron 100 nuevos marcadores microsatélites diseñados por el PGSC, de los cuales 37 marcadores se lograron posicionar en 12 grupos de ligamiento. Debido a la utilización de microsatélites con posición cromosómica conocida se pudo asignar estos grupos de ligamiento a los 12 cromosomas específicos de la papa. Con estos marcadores posicionados se pudieron ubicar 37 super-scaffolds, contribuyendo al conocimiento del orden de las secuencias genómicas con posición cromosómica desconocida productos del secuenciamiento del genoma de DM. El conocimiento del genoma será una herramienta importante para ser utilizada en los futuros programas de mejoramiento. Palabras claves: PGSC, super-scaffolds, microsatélites, polimofismo, segregación, distorsión, mapa genético. / --- A doubled monoploid DM1-351644 of Solanum tuberosum Grupo phureja (DM) developed by the University of Virginia was sequenced by the Potato Genome Sequencing Consortium (PGSC) at the Beijing Genomics Institute resulted in a lot of super-scaffolds with unknown genomic position. ´ In order to contribute to the orientation and positioning of these super-scaffolds, a genetic map was constructed. In this study, we analyzed 100 new microsatellite markers designed by PGSC, which 37 markers were achieved position in 12 linkage groups. Due to the use of microsatellites with known chromosomal position, these linkage groups could be assigned to the 12 specific chromosomes of potato. With these markers 37 super-scaffolds could be located, contributing to the knowledge of the order of genomic sequences from DM with unknown chromosomal position. The knowledge of the genome will be an important tool to be used in future breeding programs. Key words: PGSC, super-scaffolds, microsatellite, polymorphism, segregation, distortion, genetic map. / Tesis

La papa (Solanum spp.) tiene una gran importancia alimenticia y es de gran utilidad en el mejoramiento genético, esta representado por 8 especies cultivadas y alrededor de 200 especies silvestres con gran diversidad de caracteres. El “Proyecto de Conservación In Situ de los cultivos nativos y sus parientes silvestres” se viene desarrollando como respuesta a la amenaza latente de perdida de la diversidad genética y busca fortalecer la conservación de las especies nativas más importantes en las chacras de los campesinos. Una de las primeras acciones ha sido inventariar y caracterizar la diversidad y variabilidad de los cultivos priorizados. Para el caso de la papa, los inventarios y el uso de marcadores morfológicos han demostrado un alto grado de diversidad genética mantenida por los agricultores andinos, sin embargo, debido a que estas características morfológicas son afectadas por el ambiente se hace necesario corroborar los resultados obtenidos mediante otras técnicas que no se encuentren bajo la presión ambiental. Por tal motivo, se decidió analizar el grado de diversidad genética presentada en una muestra aleatoria de 79 variedades nominales de papa nativa (Solanum spp.) procedente de cinco zonas del Perú (Ayacucho, Cajamarca, Cuzco, Huancavelica y Puno) cultivadas en las chacras de los agricultores que forman parte del Proyecto de “Conservación In situ de los cultivos nativos y sus parientes silvestres”, mediante el uso de 18 marcadores moleculares microsatélites-SSR Los microsatélites son secuencia cortas de di, tri o tetranucleótidos que están distribuidas en tandem a lo largo del genoma, siguen una herencia mendeliana, no son afectados por factores ambientales, son de carácter codominante y tienen un alta tasa polimórfica. Las secuencias son detectadas mediante PCR con el uso de iniciadores específicos, separación en geles de poliacrilamida y tinción con plata. Los análisis de agrupamiento, riqueza alélica y análisis de diversidad genética realizados a partir de los datos obtenidos de 19 locus microsatélites registrados, demostraron el alto grado de diversidad genética que presenta la muestra colectada y corrobora los resultados obtenidos en el proyecto In situ. Además la comparación de la riqueza alélica mantenida por cada región de colecta hace presumir que existe un flujo génico constante entre estos lugares.