Submitted by Dominick Jesus (dominickdejesus@hotmail.com) on 2016-01-05T19:39:18Z No. of bitstreams: 2 Dissertação_Jessica Motta de Sousa.pdf: 16274582 bytes, checksum: 070535e90da95d5052fdada5bc749d48 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-05T19:39:18Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação_Jessica Motta de Sousa.pdf: 16274582 bytes, checksum: 070535e90da95d5052fdada5bc749d48 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2015-06-18 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Several hypotheses have been formulated to explain Amazonian biodiversity patterns, whose biotic diversification has been seen as a result of historically complex scenarios covering a wide range of temporal and spatial scales. Anurofauna has the potential to enhance our understanding of the biogeographic patterns of diversification and processes of speciation, since it serves as a model for inferring historical events. However, the challenge for those seeking to elucidate the processes of diversification of Amazonian frogs is that large portion of its diversity is cryptic, which result in an inaccuracy of limits and distributions of species, which drastically alters our perception of structuring of biodiversity and obscures biogeographic patterns. One of the components of the Amazon anurofauna is the species Hypsiboas cinerascens, which was used as a model to investigate and contribute to the knowledge of the patterns of genetic distribution of anurofauna in the Amazon. Given its wide geographic distribution, some authors have indicated the existence of a species complex with molecular data (mitochondrial gene sequences and genomic data) providing of important tools for the delimitation of evolutionary lineages and their distributional limits, thus clarifying current taxonomy, and for the identification of cryptic species, and thus biogeographic patterns. Given the above, we used sequences of mitochondrial genes 16S RNA and cytochrome b together with the new8 generation sequences (ddRAD-tags) to study the distribution patterns of genetic diversity of H. cinerascens in the Amazon and so testing for cryptic lineages, and inferring biogeographic patterns of the lineages found. Through genetic distance analyses and formation of biological groups with 16S rRNA, concatenated phylogeny of the mitochondrial 16S rRNA and Cytochrome B genes, phylogenomic analyses of the ddRAD-tags, and estimating the time of divergence of both genomes, we identified the possible existence of nine evolutionary lineages in H. cinerascens that originated in the Miocene to the Pliocene: Japurá-Peru, Manaus-Juruti-Guyana, Matupiri-Purus, Santarém-Alta Floresta, Tefé-Jutaí, Morrinho-Rondônia, Uacari, French Guiana and Negro-Trombetas. The filogenomic analyzes confirmed the lineages found in the mtDNA, but with some discrepancies between the topologies. Due to the robustness of the dating of gDNA, we use it to infer the biogeographical history of the group. We suggested that the transcontinental formation of the Amazon River in the last 10 Ma may have been the precursor event for the diversification of the lineages, but due to the complexity of the relationships between groups and the lack of sampling throughout the complete distribution of the H. cinerascens species complex, possibly different historical and ecological factors events influenced their distributions, which can not be identified accurately with our data. The Negro-Trombetas lineage has a distinct biogeographic history of the other lineages of the complex, which may be associated with open forest environments in the region of Guyana. In the future a taxonomic revision of the group should be carried out to verify the existence of new species. / Diversas hipóteses foram formuladas para explicar os padrões de biodiversidade amazônica, cuja diversificação biótica tem sido vista como um produto que envolve cenários historicamente complexos e que abrangem uma ampla gama de escalas temporais e espaciais. A anurofauna possui o potencial de aprimorar o entendimento dos processos biogeográficos nos padrões de especiação e diversificação, já que serve como modelo para inferir eventos históricos. Porém, o desafio para quem busca elucidar o processo de diversificação de anuros amazônicos é que grande parcela de sua diversidade é críptica, que tem por consequência uma imprecisão de limites e distribuições das espécies, o que altera drasticamente a nossa percepção da estrutura da biodiversidade e oculta padrões biogeográficos. Um dos componentes da anurofauna amazônica é a espécie Hypsiboas cinerascens, que foi utilizada como modelo para investigar e contribuir com o conhecimento sobre os padrões de distribuição genética da anurofauna na Amazônia. Considerando sua ampla distribuição geográfica, alguns autores indicam a existência de um complexo de espécies e os dados moleculares (sequências de genes mitocondriais e dados genômicos) são importantes ferramentas para a delimitação de linhagens evolutivas e seus limites de distribuição, de forma a clarificar a taxonomia vigente, bem como para a identificação de espécies crípticas, e consequentemente a mostrar padrões biogeográficos. Conforme o exposto, utilizamos o sequenciamento dos genes mitocondriais 16S rRNA e Citocromo b juntamente com o sequenciamento de nova geração (ddRAD-tags), para estudar os padrões de distribuição da diversidade genética de H. cinerascens na Amazônia e assim testar a presença de linhagens crípticas, inferindo padrões biogeográficos sobre as linhagens encontradas. Por meio de análises de distâncias genéticas e formação de grupos biológicos com o 16S rRNA, filogenia concatenada dos genes mitocondriais 16S rRNA e Citocromo B, filogenômica dos ddrad-tags, e estimação do tempo de divergência de ambos genomas, definimos a possível existência de 9 linhagens evolutivas em H.. cinerascens que se originaram do Mioceno ao Plioceno: Japurá- Peru, Manaus-Juruti-Guiana, Matupiri-Purus, Santarém-Alta Floresta, Tefé-Jutaí, Morrinho- Rondônia, Uacari, Guiana Francesa e Negro-Trombetas. As análises filogenômicas confirmaram as linhagens encontradas com o mtDNA, porém com algumas discordâncias entre as topologias. Devido a maior robustez da datação do gDNA, a utilizamos para inferir a história biogegráfica do grupo. Sugerimos que a formação transcontinental do Rio Amazonas nos últimos 10 Ma pode ter sido o evento precursor da diversificação de linhagens, porém devido a complexidade das relações entre os grupos e a falta de amostragem da completa distribuição da espécie, possivelmente diferentes eventos históricos e fatores ecológicos influenciaram as suas distribuições, nos quais não podem ser definidos com exatidão com os nossos dados. A linhagem Negro-Trombetas possui uma história biogeográfica distinta das outras linhagens do complexo, que pode estar associada a ambientes florestais mais abertos na região das Guianas. Futuramente deve ser realizada a revisão taxonômica do grupo para verificar a existência de novas espécies.

Submitted by Haroudo Xavier Filho (haroudo.xavierfo@ufpe.br) on 2015-05-21T18:14:52Z No. of bitstreams: 1 Tese_Carlos.pdf: 1883623 bytes, checksum: dedcccb704c7766cb80549e293aa33a3 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-05-21T18:14:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese_Carlos.pdf: 1883623 bytes, checksum: dedcccb704c7766cb80549e293aa33a3 (MD5) Previous issue date: 2015-03-13 / Calliphoridae é uma família de moscas de considerável importância médica e sanitária com espécies que ocorrem em lixos, fezes e carcaças, e também podem atuar como agentes de miíases. Dentro desta família destaca-se a espécie cosmopolita C. megacephala que é de grande importância forense, pois se alimentam, cruzam e fazem oviposição sobre os cadáveres. Tendo em vista a importância destes organismos, este estudo visou analisar e desenvolver marcadores genéticos que fossem úteis para identificação molecular de larvas de califorídeos e informativos para estudos de dispersão populacional de C. megacephala. Os organismos de estudo foram coletados em quatro localidades do estado de Pernambuco e uma no estado do Ceará. Os espécimes foram identificados e devidamente triados. As PCRs foram realizadas com primers amplificadores de marcadores mitocondriais e nuclear descritos na literatura e primers desenvolvidos no presente estudo a partir de análises in silico. As sequências foram confirmadas por Blastn como pertencentes às espécies correspondentes. As análises genética populacionais de C. megacephala indicaram um baixo grau de polimorfismo e consequentemente ausência de estruturação nas populações estudadas. Sugerindo que esta espécie foi introduzida no Brasil recentemente, e que não existem barreiras genéticas entre as populações. O resultado das análises in silico evidenciaram que o marcador Tag-CYTB, desenvolvido neste estudo fornece resultados mais robustos para taxonomia molecular que o utilizado pelo método barcode para família Calliphoridae.

Orientador: Iscia Lopes-Cendes / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-02T06:25:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Castro_DanielaMedeirosde_M.pdf: 23763981 bytes, checksum: e8d873d8f839f0dd4f2d31d57c4088c4 (MD5) Previous issue date: 2002 / Resumo: Doenças mitocondriais são entidades clínica e geneticamente heterogêneas, variando consideravelmente com relação à idade de início, ao quadro clínico e à evolução. São subdivididas entre defeitos do DNA nuclear ou do DNA mitocondrial (mtDNA). Mutações de ponto são comumente encontradas no genoma mitocondrial, e dentre estas, os quadros clínicos mais fteqüentemente associados são: MELAS (mitochondrial encephalomyopathy, lactic acidosis, and strokelike episodes), MERRF (myoclonic epilepsy and ragged-red fibers), NARP (neuropathy, ataxia, and retinitis pigmentosa), :MILS (matemally inherited Leigh syndrome) e LHON (Leber hereditary optic neuropathy). Este projeto teve como objetivos: a) pesquisar a presença das principais mutações de ponto no mtDNA de pacientes com quadro clínico sugestivo de MELAS, MERRF, NARP, :MILS e LHON; b) estabelecer a correlação genótipo-fenótipo tendo em vista a significativa variabilidade clínica destas entidades; c) quantificar a porcentagem de mtDNA mutante e normal em indivíduos afetados. O DNA foi obtido de amostras de sangue periférico. As regiões de interesse do mtDNA foram amplificadas pela reação em cadeia da polimerase (PCR). A detecção das mutações de ponto foi realizada pela triagem com enzimas de restrição e posteriormente confirmadas pelo seqüenciamento manual das regiões envolvidas. A quantificação foi feita pelo sistema Kodak EDAS 290. Foram triados 120 pacientes para as principais mutações responsáveis pelas síndromes MELAS, MERRF, NARP, :MILSe LHON. Em sete pacientes foram observadas mutações de ponto no mtDNA. Entre oito pacientes com suspeita de Leber, dois apresentaram a mutação G11778A e um a mutação G3460A. Um paciente com suspeita de MELAS e quatro familiares assintornáticos deste apresentaram a mutação A3243G; uma paciente apresentou a mutação A8344G responsável por MERRF; dois irmãos com suspeita de NARP apresentaram a mutação G11778A responsável por Leber; nenhuma mutação no nucleotídeo 8993 foi encontrada / Abstract: Mitochondrial disease are genetic and clinic heterogeneous entities that are variable in age of onset, clinical severity and evolution. They are classified in abnormalities of nuclear DNA or mitochondrial DNA (mtDNA). Point mutations are found in mitochondrial genomes and most frequent phenotypes are MELAS (mitochondrial encephalomyopathy, lactic acidosis, and strokelike episodes), MERRF (myoclonic epilepsy and ragged-red fibers), NARP (neuropathy, ataxia, and retinitis pigmentosa), MILS (maternally inherited Leigh syndrome) e LHON (Leber Hereditary Optic Neuropathy). The objectives ofthis study were: a) To search for the presence of the most frequently described point mutations in the mtDNA in patients with clinical features suggesting MELAS, MERRF, NARP, MILS or LHON. b) To study the relationship between genotype and phenotype in patients with mutation. c) Quantify the heteroplasmy in atIected individuals. Mitochondrial DNA was isolated &om peripheralleukocytes and was purified by use of the phenol clorophormio method. PCR was used to amplify the critical regions. Restriction-fragment analysis was used to screen for mtDNA point mutations, that was confinned by DNA sequencing. The percentage of mutant mtDNA was determined by the system Kodak EDAS 290. We screened 120 patients for seven points ofmutation responsible for MELAS, MERRF, NARP, MILS and LHON and we identified seven patients with a mtDNA point mutation. Eight patients were suspected of Leber disease, in two of them, we found the G11778 mutation, and another patient presented the G3460A mutation. One patient with the clinical diagnosis of MELAS, as well as his mother and three asymptomatic sisters, showed the A3243G mutation. One patient had the A8344G mutation responsible for MERRF and two brothers with NARP features had the G11778A mutation that was associated with Leber disease. No mutation at 8993 nucleotide was observed. / Mestrado / Ciencias Biomedicas / Mestre em Ciências Médicas

Apesar do crescente aporte de informações na sistemática das serpentes Neotropicais, impulsionado pelo desenvolvimento de técnicas moleculares, as relações evolutivas intra e intertribais da subfamília Xenodontinae ainda são incipientes, e o posicionamento de gêneros e espécies de várias de suas tribos é desconhecido. A tribo Tachymenini (Dipsadidae, Xenodontinae) abriga sete gêneros e 33 espécies válidas, amplamente distribuídas na América do Sul, e representadas por um complexo histórico taxonômico e uma diversidade subamostrada. O presente projeto visou estudar as relações evolutivas de Tachymenini, de modo a testar as hipóteses de relacionamento entre seus gêneros e espécies em um contexto integrativo, e assim validar mudanças taxonômicas. Todos os táxons válidos de Tachymenini foram examinados, sendo este o trabalho mais abrangente para a tribo. Foram realizadas análises filogenéticas de Máxima Parcimônia, Máxima Verossimilhança e Bayeasiana, a partir da codificação de 70 caracteres morfológicos e do sequenciamento de três genes mitocondriais e três nucleares. As análises filogenéticas recuperaram Tachymenini como monofilética e seus gêneros mais especiosos, Tachymenis, Thamnodynastes e Tomodon, polifiléticos. Dois novos gêneros e quatro novas espécies são propostas, três espécies são sinonimizadas e dois outros gêneros são revalidados, resultando em uma nova classificação com 10 gêneros e 35 espécies para a tribo. Ainda, três complexos de espécies crípticas foram recuperados, o que aumentaria a diversidade de Tachymenini em pelo menos quatro novas espécies. O uso de dados morfológicos e moleculares combinados foi fundamental para o melhor entendimento das relações entre os gêneros da tribo, e para o estabelecimento de seus caracteres diagnósticos. Outros tipos de abordagens, além de complementação de lacunas amostrais, tanto morfológicas quanto moleculares, são necessárias em estudos sistemáticos futuros de Tachymenini e outros grupos de xenodontíneos / In spite of the incoming flow of information regarding the systematics of Neotropical snakes, largely driven by the innovation of new techniques for molecular data, the evolutionary relations among members of the subfamily Xenodontinae are incipient, and the phylogenetic status of several genera and species are still unknown. The tribe Tachymenini (Dipsadidade, Xenodontinae) is composed by seven genera and 33 species widely distributed throughout South America, and characterized by a complex taxonomic history and a hidden diversity. This project aimed to study the phylogenetic relations of Tachymenini, testing the evolutionary hypotheses of relationships among its genera and species in an integrative approach, and to further validate taxonomic changes. All Tachymenini taxa were analyzed in the most comprehensive study of the tribe. Maximum Parsimony, Maximum Likelihood and Bayesian analysis were performed using 70 morphological characters, three mitochondrial and three nuclear genes. Phylogenetic analysis recovered Tachymenini as monophyletic, and its most specious genera, Tachymenis, Thamnodynastes and Tomodon, as polyphyletic. Two new genera and four new species are proposed, three species are synonymized, and two other genera are resurrected, resulting in a new composition of 10 genera and 35 species for the tribe. Nevertheless, three cryptic species complexes were recovered, which would increase the diversity for Tachymenini in at least four other species. The combined use of morphological and molecular data was fundamental for a better understanding of the genera relationships, and for the establishment of diagnostic characters for the taxa. Other approaches, along with the improvement of morphological and molecular data deficiencies, are necessary in future studies of Tachymenini and other Xenodontinae systematics

Submitted by Johnsson Rodrigo (r.johnsson@gmail.com) on 2013-09-02T12:00:59Z No. of bitstreams: 1 UESLEI.pdf: 2544719 bytes, checksum: 7b1f27c224c9b43ce55b5caf8f0d7c3f (MD5) / Approved for entry into archive by Alda Lima da Silva(sivalda@ufba.br) on 2013-09-26T18:22:30Z (GMT) No. of bitstreams: 1 UESLEI.pdf: 2544719 bytes, checksum: 7b1f27c224c9b43ce55b5caf8f0d7c3f (MD5) / Made available in DSpace on 2013-09-26T18:22:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 UESLEI.pdf: 2544719 bytes, checksum: 7b1f27c224c9b43ce55b5caf8f0d7c3f (MD5) / CNPq / Geodia gibberosa é uma das espécies que apresentam as maiores distribuições geográfica e batimétrica em comparação com suas congêneres. Com variações significativas na morfologia externa e no conjunto espicular, é considerada uma espécie com alto grau de polimorfismo e, muitas vezes, de difícil identificação. Tais características têm levado diversos pesquisadores a questionar os limites de sua variabilidade e a levantar hipóteses acerca da existência de espécies crípticas. Com o presente estudo, se objetivou avaliar o status taxonômico dessa espécie, aliando informações de morfologia e de biologia molecular, a qual empregou a utilização dos marcadores mitocondriais COI (subunidade I da citocromo c oxidase) e ATP6 (subunidade 6 da ATP sintase). Embora tenham sido observadas variações na morfologia das espículas e registradas categorias de megaescleras nunca vistas no holótipo, não foi possível encontrar nenhum padrão que possibilitasse a separação de G. gibberosa em espécies morfologicamente distintas. Contudo, através das ferramentas moleculares, foi determinada a existência de, pelo menos, três clados fortemente suportados, possibilitando a aceitação da hipótese de que G. gibberosa representa um complexo de espécies. Acrescido a isso, no presente trabalho, é descrita uma nova espécie de Geodia para a costa da Venezuela, com a apresentação de uma chave taxonômica para as 12 espécies nominais agora válidas que ocorrem no Caribe, e registrada a primeira ocorrência de Pachymatisma johnstonia para o oceano Atlântico ocidental. / Salvador

Submitted by Alessandra Portugal (alessandradf@ioc.fiocruz.br) on 2013-09-17T12:00:44Z No. of bitstreams: 1 TESE-ELSR.pdf: 8566121 bytes, checksum: 9b14e91fc47ab442c01443be29b2de9e (MD5) / Made available in DSpace on 2013-09-17T12:00:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TESE-ELSR.pdf: 8566121 bytes, checksum: 9b14e91fc47ab442c01443be29b2de9e (MD5) Previous issue date: 2011-09-29 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Echinococcus granulosus, o menor cestóide, é distribuído por todo o mundo. Este parasito, sob a forma de larva, é responsável pela equinococose cística (EC) ou hidatidose, uma das zoonoses de maior importância médica e veterinária que ocasiona grandes perdas econômicas nas regiões pecuárias e agrícolas. E. granulosus é caracterizado por apresentar uma alta variabilidade intra-específica que é associada com hospedeiros intermediários diferentes. Dez variantes intra-específicas ou genótipos distintos (G1-G10) foram definidos com base na diversidade genética. A identificação de variantes ou genótipos circulantes em diferentes hospedeiros das regiões endêmicas da EC é epidemiologicamente importante, porque diferentes características biológicas entre as variantes individuais podem influenciar no padrão de ciclo de vida, especificidade do hospedeiro, o tempo de desenvolvimento, antigenicidade, dinâmica de transmissão, sensibilidade a agentes quimioterápicos e patogênese, com implicações importantes para a epidemiologia, diagnóstico, tratamento e controle de endemia. A região andina do Peru, que inclui as áreas de Puno, Junín, Arequipa, Cusco, Huanacavelica e Ayacucho, tem uma alta prevalência de EC. Para determinar as variantes ou genótipos de E. granulosus circulantes em hospedeiros intermediários das regiões endêmicas do Peru, foram coletadas amostras de cistos hidáticos de bovinos (44), ovinos (41) e humanos (14). Cistos hidáticos de alpaca (4) de Puno e porcos (8) de Ayacucho também foram incluídos neste estudo. DNA de todos os isolados (protoscólices e/ou camadas germinativas) de E. granulosus foram extraídos e usados para amplificar duas regiões de genes mitocondriais que codificam o citocromo C oxidase subunidade 1 (CO1) e NADH desidrogenase subunidade 1 (ND1). Produtos de PCR CO1 (450bp) e ND1 (550bp e 800bp) foram sequenciados e as sequências comparadas com as referências para E. granulosus encontrados na base de dados do GenBank. Análises filogenéticas também foram desenvolvidas. Sequências parciais do gene CO1 (375bp) e ND1 (483bp e 747bp) mostraram que todos os isolados de bovinos, ovinos, alpaca e 4/8 isolados de porcos correspondem ao genótipo G1 (linhagem da ovelha comum). Três isolados de ovelhas de Ayacucho mostraram polimorfismo de apenas um nucleotídeo indicando a presença de uma microvariante do genótipo G1 de E. granulosus, a G14. Quatro de oito sequências isoladas de porco de Ayacucho mostraram identidade com o genótipo G7 (linhagem suína) de E. granulosus. As análises filogenéticas das sequências dos genes CO1 e ND1 mostraram árvores semelhantes para ambos os genes, onde há um grupo albergando a maioria das sequências com o genótipo G1 e outro de quatro sequências isoladas de porco com o genótipo G7. Além disso, um grupo particular de três sequências isoladas de ovelhas provenientes de Ayacucho é agrupado com a microvariante G14. Os resultados obtidos neste estudo mostram a predominância do genótipo G1, em bovinos, ovinos, alpacas, porcos e seres humanos nas regiões endêmicas do Peru. A microvariante G14 foi identificada pela primeira vez na América do Sul. Dois genótipos G1 e G7 podem infectar porcos de Ayacucho. Os dados mostrados devem ser considerados para que as medidas de prevenção e controle da EC sejam verdadeiramente eficazes nessas regiões. / Echinococcus granulosus is a small cestode distributed worldwide and its larval stage is responsible for cystic echinococcosis (CE) or hydatidosis, a zoonosis of great medical and veterinary importance due to considerable economic losses of livestock in agricultural regions. E. granulosus is characterized by a high intraspecific variability that is associated with different intermediate hosts. Ten distinct genetic variants (G1-G10) have been defined based on molecular analysis. The identification of the genotypes circulating in different hosts from endemic regions of CE is epidemiologically important since each individual variant has different biological characteristics that can influence the life cycle pattern, host specificity, development rate, antigenicity, transmission dynamics, sensitivity to chemotherapeutic agents and pathology. These characteristics have important implications for the diagnosis, treatment and control of CE in endemic regions. The Andean region of Peru, which includes the areas of Puno, Junín, Arequipa, Cusco, Huanacavelica and Ayacucho, has a high prevalence of CE. To determine the genotypes of the E. granulosus circulating through intermediate hosts within these endemic regions of Peru, samples of hydatid cysts were collected from cattle (44), sheep (41) and humans (14). Hydatid cyst of alpaca (4) from Puno and pigs (8) from Ayacucho also were included in this study. DNA was extracted from the protoscolex and/or germinal layers in all of the isolates and used as a template to amplify regions of two mitochondrial genes that encode cytochrome C oxidase subunit 1 (CO1) and NADH dehydrogenase subunit 1 (ND1). PCR products of CO1 (450bp) and ND1 (550bp and 800bp) were sequenced and the sequences compared with the reference sequences of E. granulosus deposited in the GenBank data base. Phylogenetic analysis were also developed. Partial sequences of the CO1 gene (375bp) and ND1 gene (483 bp and 747 bp) showed that all isolates from cattle, sheep, alpaca and 4/8 isolated from pigs correspond to the G1 genotype (common sheep strain). Three isolates of sheep from Ayacucho showed a single nucleotide polymorphism indicating the presence of a microvariant of the G1 genotype of E. granulosus, the G14. Four of eight sequences of pig isolates from Ayacucho showed identity with the G7 genotype (pig strain) of E. granulosus. Phylogenetic analysis of the sequences of the genes CO1 and ND1 showed trees similar for both genes, where there is a grouping of most of the sequences with the G1 genotype and the other four sequences isolated from pigs with genotype G7. In addition, a particular group of sequences isolated from three sheep from Ayacucho is grouped with the G14 microvariante. The results obtained in this study show a predominance for the G1 genotype in cattle, sheep, alpacas, pigs and humans within endemic regions of Peru, the first identification of the microvariante G14 in South America and demonstrate that the genotypes G1 and G7 can infect pigs. The data shown should be considered for the development and implementation of effective programs in endemic regions of Peru for the control and prevention of EC.

Submitted by Cecília Ártico Banho null (ce_artico@hotmail.com) on 2016-03-08T19:36:05Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Cecilia.pdf: 1070495 bytes, checksum: 573c295e487d66626d45f19a66a72a3a (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br) on 2016-03-09T17:56:35Z (GMT) No. of bitstreams: 1 banho_ca_me_sjrp.pdf: 1070495 bytes, checksum: 573c295e487d66626d45f19a66a72a3a (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-09T17:56:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 banho_ca_me_sjrp.pdf: 1070495 bytes, checksum: 573c295e487d66626d45f19a66a72a3a (MD5) Previous issue date: 2016-03-02 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Pentatomomorpha é composta por cerca de 14.000 espécies, distribuídas em seis superfamílias, entre as quais estão inclusas Pentatomoidea e Coreoidea. Pentatomoidea possui 7.000 espécies distribuídas em 15 famílias, das quais Pentatomidae é a maior, com 4.500 espécies e 760 gêneros, estando representados no Estado de São Paulo 163 espécies. A superfamília Coreoidea é composta por cinco famílias, contudo apenas Coreidae, Rophalidae e Alydidae estão presentes no Neotrópico. A família Coreidae possui 1.884 espécies, divididas em quatro subfamílias, das quais Coreinae tem oito tribos com representantes no Brasil. Embora as famílias Pentatomidae e Coreidae apresentem um significante papel como pragas de culturas agrícolas, são escassas análises cladísticas envolvendo esses táxons, o que resulta na ausência de uma única hipótese de classificação, tornando pesquisas com abordagens de sistemática filogenética necessárias para essas famílias. Portanto, o presente estudo buscou caracterizar as relações filogenéticas das famílias Pentatomidae e suas subfamílias por meio dos genes 16S, ND5 (mitocondriais), 18S e 28S (nucleares) e da família Coreidae e sua respectiva subfamília Coreinae por meio dos genes 18S e 28S. Objetivou-se também, confirmar a classificação atual das tribos e subfamílias das espécies de Pentatomidae e Coreidae, que é embasada em caracteres morfológicos, assim como avaliar a variabilidade genética das sequências correspondentes aos genes mitocondriais e nucleares analisados. A partir dos resultados foi observado que os genes nucleares são conservados ao passo que os mitocondriais são altamente variáveis e com tendência as bases AT. Este estudo evidenciou que os genes nucleares 18S e 28S não são ideais para resoluções filogenéticas em nível de famílias, subfamílias e tribos de Coreidae e Pentatomidae, visto que os suportes dos ramos não permitem que haja confiabilidade nas análises. Além disso, alguns grupos que são considerados monofiléticos, com base em caracteres morfológicos, como as subfamílias de Pentatomidae, não tiveram sua monofilia resgatada. Contudo ao considerar as topologias obtidas com os genes nucleares aliados aos mitocondriais, para a família Pentatomidae, obteve-se alto suporte nos ramos, e, portanto, grande confiabilidade nas análises, resgatando a monofilia da maioria das tribos estudadas. Dessa forma, estudos utilizando diferentes marcadores moleculares, em especial, genes mitocondriais, são necessários, pois podem auxiliar no esclarecimento e suporte da classificação atual das relações intrafamiliares de Pentatomidae e Coreidae que permanecem pendentes. / Pentatomomorpha consists about 14.000 species distributed in six superfamilies, to which Pentatomoidea and Coreoidea are included. Pentatomidae has 7000 species in 15 families, of which Pentatomidae is the largest, with 4500 species and 760 genera, although in the state of São Paulo only 163 species are present. The Coreoidae superfamily consists of five families, however only Coreidae, Rophalidae and Alydidae are present in the Neotropics. The Coreidae family has 1884 species, divided into four subfamilies, of which Coreinae has eight tribes with representatives in Brazil. Although Pentatomidae and Coreidae families have a significant role as pests of agricultural crops, the cladistic analysis involving these taxa are scarce, which results in the absence of a single hypothesis classification, making research on phylogenetic systematic approaches necessary for these families. Therefore, this study aimed to characterize the phylogenetic relationships of Pentatomidae families and subfamilies through the 16S, ND5, 18S and 28S genes and Coreidae family and their respective Coreinae subfamily through the 18S and 28S genes. We aimed also to confirm the current classification of tribes and subfamilies of Pentatomidae and Coreidae, which is grounded on morphological characters, as well as to evaluate the genetic variability of the sequences corresponding to the mitochondrial and nuclear genes analyzed. From the results it was observed that the nuclear genes are conserved while the mitochondrial are highly variable and tend to AT base. Our study showed that nuclear genes 18S and 28S are not ideal for phylogenetic resolution at the level of families, subfamilies and tribes of Coreidae and Pentatomidae, because the supports of the branches do not allow that there is confiability in the analysis. Furthermore, groups considered monophyletic, based on morphological characteristics, such as Pentatomidae subfamilies, have not had their monophyly rescued. But when we consider the topologies obtained with nuclear genes combined with mitochondrial genes for the Pentatomidae family, we had high support in the branches, and thus high confiability in the analysis, rescuing the monophyly of most of the studied tribes. Thus, studies using different molecular markers, in particular mitochondrial genes are needed, because they can help in understanding and support of the current classification of intra-family relations Pentatomidae and Coreidae that remain pending.

Pesquisas envolvendo a sistemática e a taxonomia de camarões de água doce do gênero Macrobrachium Bate, 1868 ainda são pouco elucidativas para alguns de seus membros. Este é o caso de Macrobrachium olfersii (Wiegmann, 1836) que ocorre desde o sudeste dos Estados Unidos até o sul do Brasil e é comumente confundido com espécies que ocorrem preferencialmente na América Central (M. faustinum (de Saussure, 1857), M. digueti (Bouvier, 1895), M. crenulatum Holthuis, 1950, M. hancocki Holthuis, 1950 e M. acanthochirus Villalobos, 1967). Em 1969 estas espécies foram designadas por Villalobos como complexo de espécies por compartilharem características morfológicas, principalmente quanto ao segundo par de pereópodos. Outras citações afirmaram esta forte afinidade, colocando algumas espécies em sinonímia. Diante deste problema, realizou-se uma revisão taxonômica e utilizaram-se dados moleculares para verificar a validade destas espécies e explorar as relações evolutivas entre elas. As hipóteses filogenéticas foram baseadas em sequências parciais dos genes 16S rDNA, COI mtDNA, H3 e 18S nDNA por meio de análise de Máxima Verossimilhança e Inferência Bayesiana. Embora detalhada a redescrição das espécies, ressaltando as diferenças entre elas, as análises morfológicas não foram suficientes para inferir a filogenia desse grupo, devido a presença de caracteres plásticos e variáveis entre indivíduos da mesma espécie e outros conservados interespecificamente no gênero. Porém, todas as identidades foram suportadas com a análise molecular complementar baseada nos quatros marcadores, rejeitando a existência de sinonímias. Foi demonstrado através da análise baseada no gene 16S rDNA que estas espécies são evolutivamente relacionadas com M. zariqueyi Holthuis, 1949, da costa oeste da África, como compartilham características morfologicas, acredita-se que ela deva pertencer ao complexo M. olfersii, porém há a necessidade de verificar a taxonomia, analisar a morfologia e investigar outras sequências desta espécie. Os genes COI mtDNA e 16S rDNA apresentaram um amplo sinal filogenético permitindo uma boa resolução dos dendrogramas e H3 e 18S nDNA mostraram a recente divergência entre algumas espécies do grupo. / Studies on systematic and taxonomy of freshwater shrimp of the genus Macrobrachium Bate, 1868 are still unclear for some of its members, such as Macrobrachium olfersii Wiegmann, 1836). This species occurs from the southeastern United States to southern Brazil and is commonly mistaken with species that occur mainly in Central America (M. faustinum (de Saussure, 1857), M. digueti (Bouvier, 1895), M. crenulatum Holthuis, 1950, M. hancocki Holthuis, 1950 e M. acanthochirus Villalobos, 1967). In 1969 these species have been designated as a species-complex by Villalobos, because they share morphological characteristics, particularly in the second pair of pereiopod. This strong affinity and proposed some synonyms species is pointed by other authors. Faced with this problem, the validity of these species and the evolutionary relationships between them were verified by a wide taxonomic and molecular data. The phylogenetic hypotheses were based on partial sequences of 16S rDNA, COI mtDNA, 18S and H3 nDNA using analysis of Maximum Likelihood and Inference Bayesian. The diagnoses of the species were detailed, highlighting the differences between them. Nevertheless the morphological analysis were not enough to infer the phylogeny of this group because of the presence of plastic and variables characters among individuals of the same species and other preserved characters among different species of the genus. However, all identities were supported with additional molecular analysis based on four markers, rejecting the existence of synonymy. These species are evolutionarily related to M. zariqueyi Holthuis, 1949, from the west coast of Africa and share morphological character. The latter species could also belong to the M. olfersii complex because has philogenetic closeness, but before this afirmation it may be verified by morphological and molecular analysis. The mitochondrial genes (COI and 16S) showed a broad phylogenetic signal allowing a good resolution of the dendrograms. The nuclear genes (H3 and 18S) showed the recent divergence between some members of the group.

Charybdis hellerii (A. Milne-Edwards, 1867), espécie de siri nativa do Indo-Oeste Pacífico, dispersou-se para o mar Mediterrâneo com a abertura do canal de Suez. Em 1987, foi registrada pela primeira vez no Atlântico Ocidental, onde populações estabelecidas são reconhecidas dos EUA ao sul do Brasil. Acredita-se que sua introdução no continente americano teria ocorrido por meio de água de lastro de navios provenientes do mar Mediterrâneo. Por meio de análises moleculares utilizando-se três marcadores genéticos (um nuclear, H3, e dois mitocondriais, COI e 16S rDNA), de forma integrada à morfologia comparativa, realizou-se uma investigação do status taxonômico de C. hellerii e dos aspectos relacionados ao seu histórico de introdução. Para este último fim, objetivou-se: (1) o reconhecimento de regiões de origem e rotas de introdução; (2) a detecção ou não de gargalo genético e (3) de introduções múltiplas. A validade de C. hellerii como uma única entidade foi corroborada por alguns resultados: 100% de similaridade no marcador nuclear; monofilia de C. hellerii nos filogramas construídos com diversas espécies de Thalamitinae; divergência genética intraespecífica (COI - 0 a 4,2% e 16S rDNA - 0 a 0,9%) inferior à interespecífica esperada (COI - 6,2 a 21,5% e 16S rDNA - 3,9 a 15,2%) e total similaridade genética entre indivíduos com características morfológicas distintas. Estruturação genética e morfométrica foi detectada nas localidades nativas (+ mar Mediterrâneo), evidenciando dois grupos: Índico oeste + mar Mediterrâneo e Índico leste + Pacífico. A AMOVA para COI mostrou que 38,739% da diversidade encontrada está entre esses dois grupos (ct = 0,38, p = 0,00). A diferenciação genética entre o Índico e o Pacifico é recorrentemente associada a baixas do nível no mar na conexão entre estes oceanos no Pleistoceno. Essa estruturação nas áreas de origem foi fundamental para a detecção de introduções múltiplas na costa americana. A maior parte dos indivíduos da América se agrupou com o Índico oeste + mar Mediterrâneo, suportando o mar Mediterrâneo como a principal origem das populações americanas. No entanto, o agrupamento de espécimes do sul do Brasil com o grupo Índico leste + Pacífico também revelou introduções provenientes dessa região. Um grupo geneticamente distinto detectado na costa americana e geneticamente mais próximo do Índico leste + Pacífico sugere introdução proveniente de uma localidade não amostrada nas áreas de origem. Para ambos os marcadores mitocondriais, os valores de diversidade haplotípica nas áreas exóticas foram comparáveis aos das de origem e a diversidade nucleotídica foi predominantemente superior nas primeiras em relação às segundas. Estes resultados estão possivelmente relacionados à ocorrência de introduções múltiplas de áreas geneticamente distintas. Dos haplótipos de COI detectados no agrupamento Índico oeste + mar Mediterrâneo, apenas dois não foram encontrados nas populações americanas, sugerindo a não ocorrência de um gargalo genético expressivo. Para a introdução proveniente do Índico oeste + Pacífico, gargalo genético significativo possivelmente ocorreu, uma vez que dos 22 haplótipos encontrados nos 40 espécimes do agrupamento Índico leste + Pacífico, apenas três foram encontrados em quatro dos 87 indivíduos amostrados na América. Por fim, análises moleculares e morfológicas demonstraram que Charybdis variegata, espécies congênere recentemente registrada como uma nova espécie exótica na América, consiste na realidade em mais um exemplar de C. hellerii. / Charybdis hellerii (A. Milne-Edwards, 1867), an invasive swimming crab species native to the Indo-West Pacific, dispersed to the Mediterranean Sea via Suez Canal. In 1987, it was first reported to the western Atlantic, where self-maintaining populations are currently found from the USA to southern Brazil. It is suggested that animals were transported to America in their larval stages through ballast water from ships probably loaded at Mediterranean ports. An integrative approach of morphological and molecular analyses using three molecular markers (one nuclear, H3 and two mitochondrial, COI and 16S rDNA) was performed in order to check the taxonomic status of C. hellerii and investigate its introduction history. For the latter purpose, this study aimed: (1) to track potential sources, routes of introduction, (2) assess the occurrence or not of multiple introductions and (3) of genetic bottlenecks. C. hellerii was confirmed as a single entity according to the following results: 100% of similarity for the nuclear marker; monophyly of C. hellerii clade in the phylograms including several species of the subfamily Thalamitinae; intraspecific genetic diversity (COI - 0 to 4.2% and 16S rDNA - 0 to 0.9%) inferior to interspecific value expected for the studied loci (COI - 6.2 to 21.5% and 16S rDNA - 3.9 a 15.2%) and total genetic similarity of individuals with different morphological traits. Genetic and morphometric structure was detected in C. hellerii native range (and the Mediterranean Sea), showing two groups: Western Indian Ocean + Mediterranean Sea and Eastern Indian + Pacific Oceans. The AMOVA results for COI revealed that 38.739% of variation was between both groups (ct = 0.38, p = 0.00). This genetic break between the Pacific and Indian Oceans is constantly associated with sea level fluctuations in the connection between both Oceans during the Pleistocene glaciation events. This genetic structure allowed the detection of independent introduction events along the American coast. As most animals from this exotic range were clustered with the Western Indian Ocean + Mediterranean Sea group, the Mediterranean populations were supported as the main source of the American ones. However, the cluster of animals from the southern Brazil with the Eastern Indian + Pacific Oceans group indicated that introductions from these native regions might also have occurred. A third group found solely in the American range and genetically related to Eastern Indian + Pacific also suggested introductions from an unsampled locality of native range. The haplotype diversities of American localities were comparable to those of source ones, whereas the nucleotide diversities were predominantly higher in the non-native localities. These diversity indexes results might be related to the occurrence of multiple introductions from genetic distinct areas. Among all haplotypes of the Indian Ocean + Mediterranean Sea cluster, only two were not found in America, what suggests no expressive bottleneck in the introduction from this source. However, a genetic bottleneck might explain the low number of equal haplotypes between the Eastern Indian + Pacific Ocean cluster and the Atlantic range. Only three haplotypes were detected in four specimens out of 87 collected in American localities in comparison to 22 found in the native group. In addition, the molecular and morphological analyses confirmed that a congeneric species, Charybdis variegata, recently recorded on the American coast, is actually another C. hellerii specimen.

O fungo dimórfico Paracoccidioides brasiliensis, é o agente etiológico da paracoccidioidomicose, uma das micoses sistêmicas humanas mais prevalentes na América Latina. Componentes da cadeia respiratória mitocondrial são potenciais alvos quimioterapêuticos. Nesse sentido, em nosso trabalho demonstramos diferenças entre a cadeia respiratória do fungo P. brasiliensis e do hospedeiro mamífero. A respiração, potencial de membrana e fosforilação oxidativa mitocondrial de esferoplastos de P. brasiliensis foram avaliados in situ, os quais demonstraram a presença de uma cadeia respiratória funcional. A adição de ADP induziu a transição da respiração do estado de repouso para o fosforilativo, em esferoplastos energizados com succinato, NADH, NAD+ e substratos ligados ao complex I. A presença de uma NADH-ubiquinona oxidoredutase foi demonstrada pela capacidade das células oxidarem NADH exógeno, assim como, pela respiração insensível a rotenona e sensível a flavona. Além disso, a respiração mantida por NAD+ foi sensível a rotenona e flavona, sugerindo que vias metabólicas citosolicas contribuem para a produção de NADH e substratos ligados ao complexo I. Foi demonstrado também que os níveis de expressão do complexo I e da NADH desidrogenase alternativa alternam-se durante a curva de crescimento de leveduras de P. brasiliensis. A respiração induzida por NADH ou succinato foi parcialmente inibida por KCN ou antimicina A e sensível à inibição por BHAM, indicando a presença de uma oxidase alternativa. A fim de se caracterizar esta enzima oxidase alternativa, o seu gene foi clonado e expressado em xii S. cerevisiae e E. coli, o qual conferiu uma respiração resistente a cianeto e sensível a BHAM. S. cerevisiae expressando oxidase alternativa mostraram uma menor taxa de multiplicação celular e diminuição na geração de EROs. Nós também observamos que inibidores da cadeia transportadora de elétrons retardaram a transição de micélio para levedura em culturas de P. brasiliensis. Além disso, estes inibidores e outras drogas geradoras de EROs aumentaram a expressão do gene da oxidase alternativa, assim como a produção de EROs em leveduras de P. brasiliensis. / Paracoccidioides brasiliensis, a thermically dimorphic fungus, is the etiological agent of endemic paracoccidioidomycosis, one of the most prevalent human systemic mycosis in Latin America. Components of the respiratory chain constitute potential pharmacological targets, and here are reported differences between the respiratory chain of the mammalian host and the fungus P. brasiliensis. Respiration, membrane potential and oxidative phosphorylation of mitochondria from P. brasiliensis spheroplasts were evaluated in situ, which demonstrated the existence of a functional respiratory chain. Adenosine 5\'-diphosphate (ADP) induced a transition from resting to phosphorylating respiration in mitochondria energized by succinate, NADH, NAD+ and complex I linked substrates. The presence of an alternative NADH-ubiquinone oxidoreductase was indicated by: the ability of the fungus to oxidize exogenous NADH; the insensitivity substrate-supported respiration to rotenone and sensitivity of this respiration to flavone. In addition, the sensitivity of NAD+-supported respiration to rotenone and flavone suggest that citosolic pathways contribute to NADH and complex I linked substrates production. Moreover, it was demonstrated that expression levels of complex I and alternative NADH dehydrogenase change during P. brasiliensis growth curve. The partial sensitivity of NADH or succinate-supported respiration to antimycin A and cyanide, as well as the sensitivity to BHAM, indicates the presence of an alternative oxidase. Therefore, to characterize the alternative oxidase its gene was cloned and heterologously xii expressed in S. cerevisiae and E. coli, wich confered, a cyanide resistant respiration and BHAM sensitivity. Moreover, S. cerevisiae that expressed alternative oxidase showed slower growth rate and decreased ROS generation. We also observed that electron transport pathways inhibitors delayed the P. brasiliensis mycelium to yeast transition in cultures. Besides, these inhibitors and other ROS generated drugs increase the ROS production and altenative oxidase expression.