Cette thèse est une contribution à l’analyse économique des institutions politiques et économiques dans les pays en développement. Elle s’inscrit dans la lignée des travaux de la Nouvelle Economie Institutionnelle et de la Nouvelle Economie Politique. Précisément, nous nous intéressons aux institutions telles que la constitution, la corruption et la démocratie. Cette thèse est structurée en cinq chapitres. Le chapitre 1 aborde la problématique des institutions dans sa globalité. Dans ce chapitre, nous définissons le terme institutions comme : « règle et contrainte », « instrument de gouvernance » et « équilibre de jeux ». Nous discutons ensuite des théories du changement institutionnel. Enfin, nous identifions les facteurs influençant la qualité des institutions. Dans le chapitre 2, nous revisitons la théorie de la modernisation. Nos différentes analyses empiriques nous conduisent à conclure que la théorie de la modernisation, telle que définie actuellement et selon laquelle l’éducation, le revenu, l’urbanisation et l’industrialisation influencent la démocratie, n’explique pas la dynamique négative de démocratie en Afrique. Dans le chapitre 3, nous démontrons que le manque d’expérience parlementaire à l’indépendance exerce un effet négatif sur la qualité de la démocratie en Afrique plusieurs années après les indépendances. Le chapitre 4 aborde la problématique du changement constitutionnel en Afrique. Il identifie les facteurs qui influencent la tentative et la réussite du changement de l’article constitutionnel sur la limitation du nombre de mandats présidentiels, et montre qu’ils sont d’ordre institutionnel, macroéconomique, culturel et socioculturel. Enfin, le chapitre 5 met en évidence le fait que les déterminants de la corruption varient selon le niveau de développement des pays et selon les zones géographiques. / This thesis is a contribution to the economic analysis of political and economic institutions in developing countries. It is in line with the works of the new institutional economics and the new political economics. Precisely, we are interested in institutions such as constitution, corruption and democracy. This thesis is articulated around five chapters. The first chapter provides a global approach of the analysis of institutions. In this chapter, we define institutions as « rule and constraint », « governance tool » and « game equilibrium ». Then, we discuss the theories of institutional changes. Finally, we identify the key drivers of the institutional quality. In the second chapter, we revisit the modernization theory. The empirical analyses lead to the conclusion that the modernization theory according to which the democracy is mainly driven by the level of education, income, urbanization and the industrialization do not explain the negative dynamic of the democratic process in Africa. In chapter 3, we show that the lack of parliamentary experience at the independence has a negative persistent effect on the current state of democracy in Africa. Chapter 4 adresses the issue of constitutional changes in Africa. It shows that the factors which affect the attempt and the success of the change of the article limiting the number of presidential terms are of institutional, macroeconomic, cultural and sociocultural order. Finally, chapter 5 highlights the fact that the determinants of corruption vary according to the country’s level of development and according to the geographic area.

L’évaluation et la gestion des stocks de poissons ont pour objectif d’atteindre une exploitation durable des ressources fournies par les océans. Si les progrès dans ce domaine sont bien réels pour certains stocks de grande importance commerciale, la situation est différente pour les stocks dits à données limitées. Souvent historiquement moins exploités, ces stocks ne bénéficient pas des mêmes ressources, tant économiques qu’humaines, pour réaliser une évaluation de stock permettant par la suite la mise en place de mesures de gestion. Ce travail s’appuie sur deux cas d’étude, le lieu jaune (Pollachius pollachius) et la seiche (Sepia officinalis), afin d’explorer des méthodologies d’évaluation de stocks adaptées aux situations de données limitées. Après une première partie introductive reprenant le contexte de l’évaluation des stocks et présentant les deux cas d’étude, une revue des méthodes d’évaluation de stocks à données limitées est proposée. Une troisième partie compare les résultats d’un modèle de biomasse à deux stades et d’un modèle multi-annuel de déplétion généralisé appliqués au stock de seiche de Manche. Une version améliorée du modèle de biomasse à deux stades codé en Bayésien est également présentée. Le travail se poursuit avec l’application d’un modèle d’analyse intégrée Stock Synthesis au stock de lieu jaune de mer Celtique. Les résultats sont comparés aux résultats de modèles plus simples nécessitant moins de données. Les résultats du modèle Stock Synthesis s’avèrent sensibles aux hypothèses sur la valeur de mortalité naturelle, dont le calcul dépend des paramètres de croissance du stock. La cinquième partie présente l’acquisition et le traitement de nouvelles données qui pourront permettre une meilleure estimation de l’état du stock de lieu jaune. Un modèle hiérarchique Bayésien est construit, permettant un transfert d’information entre trois stocks et la mise à jour des paramètres biologiques du lieu jaune. Le dernier chapitre conclut ce travail en reprenant les principaux résultats obtenus et en élargissant la discussion sur des perspectives de recherche. / The assessment and the management of fish stocks aim at achieving a sustainable exploitation of the resources provided by the oceans. While progress have been made in this field for some stocks of great commercial importance, the situation is different for the so-called “data limited” stocks. Often historically less exploited, these stocks do not benefit from the same economical resources nor workforce to conduct the stock assessments required to set management measures. This work is based on two case studies, pollack (Pollachius pollachius) and cuttlefish (Sepia officinalis). The aim is to investigate the stock assessment methods adapted to data-limited situations. A first introductive part presents the background of fish stock assessment as well as the two case studies. This first chapter is followed by a review of data-limited stock assessment methods. The third part compare the results of a two-stage biomass model with the results of a multi-annual generalized depletion model applied to the English Channel stock of cuttlefish. An improved version of the Bayesian two-stage biomass model is also presented. In the fourth part, a Stock Synthesis model based on integrated analysis methods is applied to the stock of pollack in the Celtic Seas Ecoregion. The results are compared to the results of simpler models which require less data. The Stock Synthesis model results are sensitive to the assumptions on the natural mortality value, which relies on the growth parameters of the stock. The fifth part presents the collection and analysis of new data which will allow a better estimate of pollack stock status. A Bayesian hierarchical model is constructed, allowing information transfer between three stocks and the update of pollack biological parameters. The last chapter concludes this work by summarizing the main results. The discussion is extended to the research perspectives.

Cette thèse est centralisée sur cette question : comment est-ce que le système visuel peut coder efficacement la position des objets en mouvement, en dépit des diverses sources d'incertitude ? Cette étude déploie une hypothèse sur la connaissance a priori de la cohérence temporelle du mouvement (Burgi et al 2000; Yuille and Grzywacz 1989). Nous avons ici étendu le cadre de modélisation précédemment proposé pour expliquer le problème de l'ouverture (Perrinet and Masson, 2012). C'est un cadre d'estimation de mouvement Bayésien mis en oeuvre par un filtrage particulaire, que l'on appelle la prévision basé sur le mouvement (MBP). Sur cette base, nous avons introduit une théorie du codage de position basée sur le mouvement, et étudié comment les mécanismes neuronaux codant la position instantanée de l'objet en mouvement pourraient être affectés par le signal de mouvement le long d'une trajectoire. Les résultats de cette thèse suggèrent que le codage de la position basé sur le mouvement peut constituer un calcul neuronal générique parmi toutes les étapes du système visuel. Cela peut en partie compenser les effets cumulatifs des délais neuronaux dans le codage de la position. En outre, il peut expliquer des changements de position basés sur le mouvement, comme par example, l'Effect de Saut de Flash. Comme un cas particulier, nous avons introduit le modèle de MBP diagonal et avons reproduit la réponse anticipée de populations de neurones dans l'aire cortical V1. Nos résultats indiquent qu'un codage en position efficace et robuste peut être fortement dépendant de l'intégration le long de la trajectoire. / Coding the position of moving objects is an essential ability of the visual system in fulfilling precise and robust tracking tasks. This thesis is focalized upon this question: How does the visual system efficiently encode the position of moving objects, despite various sources of uncertainty? This study deploys the hypothesis that the visual systems uses prior knowledge on the temporal coherency of motion (Burgi et al 2000; Yuille and Grzywacz 1989). We implemented this prior by extending the modeling framework previously proposed to explain the aperture problem (Perrinet and Masson, 2012), so-called motion-based prediction (MBP). This model is a Bayesian motion estimation framework implemented by particle filtering. Based on that, we have introduced a theory on motion-based position coding, to investigate how neural mechanisms encoding the instantaneous position of moving objects might be affected by motion. Results of this thesis suggest that motion-based position coding might be a generic neural computation among all stages of the visual system. This mechanism might partially compensate the accumulative and restrictive effects of neural delays in position coding. Also it may account for motion-based position shifts as the flash lag effect. As a specific case, results of diagonal MBP model reproduced the anticipatory response of neural populations in the primary visual cortex of macaque monkey. Our results imply that an efficient and robust position coding might be highly dependent on trajectory integration and that it constitutes a key neural signature to study the more general problem of predictive coding in sensory areas.

Le réchauffement climatique entraîne des changements dans la dynamique et la distribution des populations. J'ai utilisé une étude de 19 ans, en Bretagne, sur un limicole longévif et migrateur partiel, l'Avocette élégante, pour quantifier et comparer les paramètres démographiques associés aux différentes stratégies de migration. Les taux de survie et les manifestations de la sénescence associées étaient similaires chez les résidents et les migrateurs, mais les migrateurs montraient un âge de recrutement plus tardif que les résidents. L'investissement reproductif était plus élevé et exempt de sénescence chez les individus recrutés à l'âge d'un an, alors que ceux commençant à se reproduire plus tard subissaient de la sénescence reproductive. La fitness des migrateurs était inférieure à celle des résidents, ce qui explique leur déclin pendant la période étudiée, alors que la population résidente est elle restée stable. La faible productivité, due à la prédation, entraîne le déclin de la population bretonne malgré un taux d'immigration important, ce qui doit absolument être pris en compte lors de la définition des politiques locales de conservation. / Global warming causes changes in the dynamics and distribution of populations. I used a 19-year study, in Brittany, on a long-lived and partial migrant, the Pied Avocet, to quantify and compare the demographic rates associated with different migration strategies. Survival rates and associated senescence patterns were similar in residents and in migrants, but migrants exhibited a delayed recruitment age. Reproductive investment was higher and senescence was absent in individuals recruited at the age of one year, whereas those who began to reproduce later showed reproductive senescence. The fitness of migrants was lower than the fitness of residents, which explained their decline over the study period, while the resident population remained stable. Low productivity, due to predation, caused the Brittany population to decline despite a high immigration rate, which questions local conservation policies.

Cette thèse se situe dans le cadre de la chirurgie de la prothèse totale de la hanche (PTH) assistée par ordinateur. Le but de ce travail est l'obtention d'un modèle 3D du bassin du patient à partir de données incomplètes. <br />Actuellement dans un processus conventionnel, la planification de la PTH se fait avec une radiographie tandis que les systèmes d'assistance chirurgicale de la PTH, utilisent un volume 3D du bassin construit à partir d'images médicales IRM, TDM ou Scanner. Néanmoins la reconstruction du volume 3D s'avère limitée par plusieurs facteurs : (i) le temps d'attente de rendez vous pour l'examen de ce type est trop long, (ii) les appareils sont peu accessibles pour les cliniques, (iii) la difficulté de la segmentation automatique pour l'obtention du volume 3D et (iv) l'impossibilité de l'exposition aux études IRM, Scanner ou TDM pour certains patients. <br />A partir de cette problématique, ce travail de thèse apporte deux contributions principales : <br />– une étude des principales caractéristiques du bassin et du fémur utiles pour la reconstruction d'un modèle 3D, <br />– une méthodologie pour l'obtention d'un volume 3D du bassin à partir d'une radiographie et quelques images échographiques. <br />La méthode proposée est composée de trois étapes : (i) obtention des données radiographiques et échographiques du bassin du patient, (ii) inférence de l'atlas du bassin du patient et (iii) obtention du modèle 3D par la déformation d'un maillage s'adaptant à l'atlas inféré. Dans ce travail un atlas est constitué par un ensemble de points caractéristiques du bassin. Pour résoudre les problèmes liés à la représentation d'un atlas générique, à l'inférence et au traitement de l'information des données radiographiques et échographiques nous avons fait appel aux techniques bayésiennes.

L'application de classifieurs linéaires à l'analyse des données d'imagerie cérébrale (fMRI) a mené à plusieurs percées intéressantes au cours des dernières années. Ces classifieurs combinent linéairement les réponses des voxels pour détecter et catégoriser différents états du cerveau. Ils sont plus agnostics que les méthodes d'analyses conventionnelles qui traitent systématiquement les patterns faibles et distribués comme du bruit. Dans le présent projet, nous utilisons ces classifieurs pour valider une hypothèse portant sur l'encodage des sons dans le cerveau humain. Plus précisément, nous cherchons à localiser des neurones, dans le cortex auditif primaire, qui détecteraient les modulations spectrales et temporelles présentes dans les sons. Nous utilisons les enregistrements fMRI de sujets soumis à 49 modulations spectro-temporelles différentes. L'analyse fMRI au moyen de classifieurs linéaires n'est pas standard, jusqu'à maintenant, dans ce domaine. De plus, à long terme, nous avons aussi pour objectif le développement de nouveaux algorithmes d'apprentissage automatique spécialisés pour les données fMRI. Pour ces raisons, une bonne partie des expériences vise surtout à étudier le comportement des classifieurs. Nous nous intéressons principalement à 3 classifieurs linéaires standards, soient l'algorithme machine à vecteurs de support (linéaire), l'algorithme régression logistique (régularisée) et le modèle bayésien gaussien naïf (variances partagées). / The application of linear machine learning classifiers to the analysis of brain imaging data (fMRI) has led to several interesting breakthroughs in recent years. These classifiers combine the responses of the voxels to detect and categorize different brain states. They allow a more agnostic analysis than conventional fMRI analysis that systematically treats weak and distributed patterns as unwanted noise. In this project, we use such classifiers to validate an hypothesis concerning the encoding of sounds in the human brain. More precisely, we attempt to locate neurons tuned to spectral and temporal modulations in sound. We use fMRI recordings of brain responses of subjects listening to 49 different spectro-temporal modulations. The analysis of fMRI data through linear classifiers is not yet a standard procedure in this field. Thus, an important objective of this project, in the long term, is the development of new machine learning algorithms specialized for neuroimaging data. For these reasons, an important part of the experiments is dedicated to studying the behaviour of the classifiers. We are mainly interested in 3 standard linear classifiers, namely the support vectors machine algorithm (linear), the logistic regression algorithm (regularized) and the naïve bayesian gaussian model (shared variances).

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