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Mapeamento genético utilizando a teoria do gráfico da variável adicionada em modelos mistos / Genetic mapping using the theory of the Added Variable Plot in the mixed models

Duarte, Nubia Esteban 11 May 2012 (has links)
Atualmente, um dos problemas mais importantes da Genética é a identificação de genes associados com doenças complexas. Um delineamento adequado para esta finalidade corresponde à coleta de dados de famílias e plataformas de marcadores moleculares do tipo SNP (do inglês, Single Nucleotide Polimorphism). Estas plataformas representam pontos de referência estrategicamente dispostos ao longo do genoma dos indivíduos e são de alta dimensão. A análise destes dados traz desafios analíticos como o problema de múltiplos testes e a seleção de variáveis preditoras. Nesta tese, propõe-se um critério para discriminar as variáveis preditoras genéticas em efeitos devidos ao componente aleatório poligênico e ao componente residual, sob a estrutura de um modelo linear misto. Também, considerando que o efeito individual das variáveis preditoras é esperado ser pequeno, é sugerido um método para encontrar subconjuntos ordenados destas variáveis e estudar o seu efeito simultâneo sobre a variável resposta em estudo. Neste contexto, utiliza-se a teoria associada ao Gráfico da Variável Adicionada em modelos mistos. As propostas são validadas por meio de um estudo de simulação, o qual é baseado em estruturas de famílias envolvidas no Projeto ``Corações de Baependi\" (InCor/USP), cujo objetivo é identificar genes associados a fatores de risco cardiovascular na população brasileira. Para a implementação dos procedimentos, usa-se o programa R e na geração das variáveis preditoras genéticas adota-se o aplicativo SimPed. / Recently, one of the most important problems in genetics is the identification of genes associated with complex diseases. A useful design for this proposal corresponds to collect data from extended families and molecular markers platforms SNPs (Single Nucleotide polymorphism). These platforms represent points of reference strategically placed along the genome of the individuals and are high dimensional. Analysis of these data brings analytical challenges as the problem of multiple testing and selection of predictive variables. In this thesis, we propose a criterion for discriminating predictors of genetic effects due to random polygenic component and the residual component, under the framework of a linear mixed model. Also, considering that the individual effects of predictor variables is expected to be small, it is suggested a method for finding ordered subsets of these variables and study their simultaneous effect on the response variable under study. In this context, is used the theory of the added variable plot under a mixed model framework. The proposals are validated through a simulation study, which is based on structures of families involved in the Project `` Baependi Heart Study (FAPESP Process 2007/58150-7), whose objective is to identify genes associated with cardiovascular risk factors in the Brazilian population. This proposal is implemented by using the R statistical environment and for the simulation of genetic predictors is adopted the SimPed application.
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Modelo bayesiano para dados de sobrevivência com riscos semicompetitivos baseado em cópulas / Bayesian model for survival data with semicompeting risks based on copulas

Elizabeth González Patiño 23 March 2018 (has links)
Motivados por um conjunto de dados de pacientes com insuficiência renal crônica (IRC), propomos uma nova modelagem bayesiana que envolve cópulas da família Arquimediana e um modelo misto para dados de sobrevivência com riscos semicompetitivos. A estrutura de riscos semicompetitivos é bastante comum em estudos clínicos em que dois eventos são de interesse, um intermediário e outro terminal, de forma tal que a ocorrência do evento terminal impede a ocorrência do intermediário mas não vice-versa. Nesta modelagem provamos que a distribuição a posteriori sob a cópula de Clayton é própria. Implementamos os algoritmos de dados aumentados e amostrador de Gibbs para a inferência bayesiana, assim como os criterios de comparação de modelos: LPML, DIC e BIC. Realizamos um estudo de simulação para avaliar o desempenho da modelagem e finalmente aplicamos a metodologia proposta para analisar os dados dos pacientes com IRC, além de outros de pacientes que receberam transplante de medula óssea. / Motivated by a dataset of patients with chronic kidney disease (CKD), we propose a new bayesian model including the Arquimedean copula and a mixed model for survival data with semicompeting risks. The structure of semicompeting risks appears frequently in clinical studies where two-types of events are involved: a nonterminal and a terminal event such that the occurrence of terminal event precludes the occurrence of the non-terminal event but not viceversa. In this work we prove that the posterior distribution is proper when the Clayton copula is used. We implement the data augmentation algorithm and Gibbs sampling for the bayesian inference, as well as some bayesian model selection criteria: LPML, BIC and DIC. We carry out a simulation study for assess the model performance and finally, our methodology is illustrated with the chronic kidney disease study.
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Mapeamento genético utilizando a teoria do gráfico da variável adicionada em modelos mistos / Genetic mapping using the theory of the Added Variable Plot in the mixed models

Nubia Esteban Duarte 11 May 2012 (has links)
Atualmente, um dos problemas mais importantes da Genética é a identificação de genes associados com doenças complexas. Um delineamento adequado para esta finalidade corresponde à coleta de dados de famílias e plataformas de marcadores moleculares do tipo SNP (do inglês, Single Nucleotide Polimorphism). Estas plataformas representam pontos de referência estrategicamente dispostos ao longo do genoma dos indivíduos e são de alta dimensão. A análise destes dados traz desafios analíticos como o problema de múltiplos testes e a seleção de variáveis preditoras. Nesta tese, propõe-se um critério para discriminar as variáveis preditoras genéticas em efeitos devidos ao componente aleatório poligênico e ao componente residual, sob a estrutura de um modelo linear misto. Também, considerando que o efeito individual das variáveis preditoras é esperado ser pequeno, é sugerido um método para encontrar subconjuntos ordenados destas variáveis e estudar o seu efeito simultâneo sobre a variável resposta em estudo. Neste contexto, utiliza-se a teoria associada ao Gráfico da Variável Adicionada em modelos mistos. As propostas são validadas por meio de um estudo de simulação, o qual é baseado em estruturas de famílias envolvidas no Projeto ``Corações de Baependi\" (InCor/USP), cujo objetivo é identificar genes associados a fatores de risco cardiovascular na população brasileira. Para a implementação dos procedimentos, usa-se o programa R e na geração das variáveis preditoras genéticas adota-se o aplicativo SimPed. / Recently, one of the most important problems in genetics is the identification of genes associated with complex diseases. A useful design for this proposal corresponds to collect data from extended families and molecular markers platforms SNPs (Single Nucleotide polymorphism). These platforms represent points of reference strategically placed along the genome of the individuals and are high dimensional. Analysis of these data brings analytical challenges as the problem of multiple testing and selection of predictive variables. In this thesis, we propose a criterion for discriminating predictors of genetic effects due to random polygenic component and the residual component, under the framework of a linear mixed model. Also, considering that the individual effects of predictor variables is expected to be small, it is suggested a method for finding ordered subsets of these variables and study their simultaneous effect on the response variable under study. In this context, is used the theory of the added variable plot under a mixed model framework. The proposals are validated through a simulation study, which is based on structures of families involved in the Project `` Baependi Heart Study (FAPESP Process 2007/58150-7), whose objective is to identify genes associated with cardiovascular risk factors in the Brazilian population. This proposal is implemented by using the R statistical environment and for the simulation of genetic predictors is adopted the SimPed application.
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Avaliação genética da resistência de oito clones de seringueira ao mal sul-americano das folhas / Evaluation of genetic resistance of clones of rubber eight South American leaf blight

Sandoval, Victor Javier Cevallos 09 December 2013 (has links)
Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 708301 bytes, checksum: 7b8e39b019a8f595d33362500f6522e6 (MD5) Previous issue date: 2013-12-09 / South American leaf blight, caused by the fungus Microcyclus ulei, is the disease would be more of the rubber and the main problem for the establishment of rubber cultivation in Ecuador and Latin America. In order to identify clones of rubber tougher in each environment we tested different random regression models to indicate that best describes the genetic variation of resistance over time considering different environments through a Bayesian approach. The eight clones were tested in a large-scale clonal fields in experimental stations and Agicom INIAP Santo Domingo, in a randomized complete block design with four replications and eighty trees each , in four rows of twenty plants were evaluated for two central rows every two months in variable attack and stroma in adult leaf (stage D), we included data from the diameter at one meter of soil and climatic variables of each clonal field to relate the influence of the environment. Clones were identified FDR 5788, CDC 312 and CDC 56 as the genotypes that showed better genetic value in both local and higher level of resistance showed a lower note attack and stroma. It was also identified that the clone FX 4098 has better xidevelopment in less humid areas where the environment is less favorable for the fungus M ulei, but this clone had good production of latex, could be planted in areas with drier weather conditions or fewer hours of leaf wetness. / O mal sul-americano das folhas causado pelo fungo Microcyclus ulei é a doença mais séria da seringueira e o principal problema para o estabelecimento de seringais de cultivo no Equador e na América Latina. Com o objetivo de identificar clones de seringueira mais resistentes em cada um dos ambientes, testaram-se diferentes modelos de regressão aleatória, a fim de indicar aquele que melhor descreve a variação genética da resistência ao longo do tempo, considerando diferentes ambientes, através de uma abordagem bayesiana. Os oito clones foram testados em campos clonais em grande escala nas Estações Experimentais de INIAP Santo Domingo e Agicom, no delineamento de blocos ao acaso e quatro repetições com 80 árvores. O mal sul-americano das folhas ocorreu em quatro fileiras de 20 plantas, sendo avaliadas as duas fileiras centrais a cada dois meses, quanto às variáveis ataque e estroma em folha adulta (estádio D). Incluíram-se, neste estudo, dados de circunferência do tronco a 1 m de altura do solo, bem como as variáveis climáticas de cada campo clonal, para relacionar a ixinfluência do ambiente. Foram identificados os clones FDR 5788, CDC312 e CDC 56 como os genótipos que mostraram melhor valor genético nos dois locais e melhor nível de resistência, por apresentarem menor nota de ataque e estromas. Identificou-se também que o clone FX 4098 teve melhor desenvolvimento em áreas menos úmidas. Onde o ambiente era menos favorável ao fungo M ulei, o clone FX 4098 teve boa produção de látex, o qual poderia ser plantado em regiões com condições climáticas mais secas ou com menos horas de molhamento foliar.
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Avaliação morfológica de clones e progênies de palma forrageira

PAIXÃO, Stênio Lopes 20 December 2012 (has links)
Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2017-05-18T13:36:49Z No. of bitstreams: 1 Stenio Lopes Paixao.pdf: 457914 bytes, checksum: 8c7ca4487f5ce61cd685ce52bd511af5 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-18T13:36:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Stenio Lopes Paixao.pdf: 457914 bytes, checksum: 8c7ca4487f5ce61cd685ce52bd511af5 (MD5) Previous issue date: 2012-12-20 / This research aimed the morphological characterization the evaluation of the genetic divergence of Opuntia ficus-indica genotypes through multivariate techniques, as well as the estimation of genetic parameters and selection of progenies by REML/BLUP methodology. They were realizing two experiments in the Experimental Station of Pernambuco, Agricultural Research Institute – IPA, Northeast Brazil. The experiment 1 was installed at the São Bento do Una in 2006, with the goal of assessing the genetic divergence among eight Opuntia sp. and Nopalea sp. clones (Algerian, Copena F1, Chile Fruit, “Gigante”, IPA-20, “Miúde”, “Orelha de Elefante Africana” and “Redonda”), estimate the importance of each character for the genetic divergence and the linear correlation using 13 quantitative traits. Analysis of variance revealed significant differences between genotypes and can detect the formation of three genetically distinct groups. The group 1, formed by Algerian genotypes, Chile Fruit, Copena F1, Gigante, IPA-20; the group 2 with “Orelha de Elefante Africana” and “Redonda” varieties; and group 3, comprised by “Miúda” variety. The traits that most contribute for the genetic divergence were width and length of cladodes, with 48.32% of the total variation. The most significant correlations occurred between length and the perimeter of cladode (r = 0.83) and number of cladodes from first order with number of cladodes of the second order (r = 0.82). Therefore, concluded that there was phenotypic divergence among the eight Opuntia and Nopalea genotypes studied, showing potential for use in breeding programs. In the experiment 2, located in the Arcoverde Experimental Station, the aim was to evaluate 11 Opuntia sp. sib progenies obtained from the crossing of seven genotypes (“Gigante”, “Redonda”, IPA-20, Algerian, Copena F1, Chile Fruit and SB1), in order to select superior genotypes as well as estimate the components of variance and genotypic parameters, using the REML/BLUP methodology. Estimates of heritability in the broad sense were of high magnitude for plant height, width and length of the cladodes, showing good control and the possibility of genetic advances with significant genetic selection. For the ordering of genotypic averages, P6 progenies (Copena F1 x “Gigante”) and P10 (Algerian x “Redonda”) were classified as the best. / Os trabalhos que compõem esta tese têm por fim a caracterização morfológica e avaliação da divergência genética de clones de palma forrageira por meio de técnicas multivariadas, bem como a estimação de parâmetros genéticos e seleção de progênies pelo procedimento REML/BLUP. O experimento 1 foi instalado na Estação Experimental do Instituto Agronômico de Pernambuco – IPA, São Bento do Una – PE, no ano de 2006, com o objetivo de avaliar a divergência genética entre oito clones de palma forrageira dos gêneros Opuntia e Nopalea (Algerian, Copena F1, Chile Fruit, Gigante, IPA-20, Miúda, Orelha de elefante africana e Redonda), estimar a importância de cada caráter para a divergência e a correlação linear utilizando 13 caracteres quantitativos. As análises de variância revelaram diferenças significativas entre os clones, sendo possível detectar a formação de três grupos geneticamente distintos. O grupo 1, formado pelos clones Algerian, Chile Fruit, Copena F1, Gigante, IPA-20, o grupo 2 com os clones Orelha de elefante africana e Redonda e grupo 3 formado pelo clone Miúda. Os caracteres que mais contribuem para a divergência genética foram largura e comprimento do cladódio com 48,32% da variação encontrada. As correlações mais relevantes ocorreram entre comprimento do cladódio e perímetro do cladódio (r = 0,83) e número de cladódios de primeira ordem com número de cladódios de segunda ordem (r = 0,82). Portanto, concluí-se que houve divergência fenotípica entre os oito clones de palma forrageira estudados, evidenciando potencial para uso em programas de melhoramento. O experimento 2, instalado no município de Arcoverde – PE, teve por objetivo avaliar 11 progênies de irmãos germanos de palma forrageira, obtidos a partir do cruzamento de sete clones (Gigante, Redonda, IPA-20, Algerian, Copena F1, Chile Fruit e S.B.1), com a finalidade de selecionar os acessos superiores, bem como estimar os componentes de variância e parâmetros genotípicos, usando o procedimento REML/BLUP. As estimativas de herdabilidade, no sentido amplo, foram de elevada magnitude para altura da planta, largura da planta e comprimento do cladódio evidenciando o bom controle genético e a possibilidade de avanços genéticos expressivos com a seleção. Pela ordenação das médias genotípicas, as progênies P6 (Copena F1 x Gigante) e P10 (Redonda x Algerian) foram as melhores classificadas quanto aos caracteres avaliados.
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Reforma AgrÃria: A Conquista de Novos TerritÃrios: O Caso do Assentamento Tiracanga Logradouro â Canindà - Cearà / Agrarian Reform: The Conquest of the New Territories: The Case of the settlement Tiracanga Sidewalk - Canindà - CearÃ

Luciano Bezerra da Silva 20 September 2010 (has links)
nÃo hà / O Assentamento Tiracanga Logradouro, localizado no municÃpio de CanindÃ, foi criado em 1989, a conquista dessa fraÃÃo do territÃrio ocorreu pela luta e resistÃncia dos camponeses. Este trabalho tem como objeto de investigaÃÃo analisar o processo de territorialidade dos assentados e como se expressa a territorialidade em um assentamento parcelado no semiÃrido cearense como o Tiracanga Logradouro. Para a realizaÃÃo do trabalho apoiou-se no trabalho de campo, no diÃlogo com os camponeses assentados, com o objetivo de registrar a maior diversidade de aspectos sobre a origem dos camponeses, a luta pela terra e a situaÃÃo da organizaÃÃo e do uso da terra. Assim, programou-se a participaÃÃo em reuniÃes com as associaÃÃes, com grupos de camponeses, e entrevistas com alguns camponeses nas suas residÃncias, e com lideranÃas dos camponeses. Ao logo da construÃÃo do texto buscamos superar a separaÃÃo entre o conhecimento formal e o informal, oportunizando a fala dos sujeitos pesquisados. A revisÃo bibliogrÃfica sobre o tema foi elaborada atravÃs de livros, teses, dissertaÃÃes e coleta de informaÃÃes no INCRA. O estudo revelou as estratÃgias de organizaÃÃo e de uso do assentamento utilizadas pelos camponeses, desde a discussÃo sobre o uso do parcelamento, em que surgiram concordÃncias e discordÃncias entre os assentados em relaÃÃo à adoÃÃo desse modelo de exploraÃÃo da terra. Conclui-se com a constataÃÃo de que as famÃlias articulam o uso de sua parcela centrada na unidade familiar e em nÃcleos familiares, e retomam o uso coletivo como estratÃgia de reproduÃÃo da unidade familiar. / The Tiracanga Logradouro Settlement, located in the Canindà municipality, was created in 1989. The conquest of this territory parcel took place due to the fighting and resistance of peasants. The research goal of this work is to analyze the settlerâs territoriality process and how this territoriality is expressed in a settlement like the Tiracanga Logradouro, which is fragmented in CearÃÂs semiarid. The materialization of this study was based on on-field studies and the dialogues with peasant settlers, seeking to record the widest variety of aspects related to the peasantâs origins, their fight for land, their organizational situation and land use. For this purpose, participation in meetings with associations and groups of peasants was programmed and interviews with some of them in their residences, as well as with some peasant leaders were organized. Throughout the text, we search to overcome the division between formal and informal knowledge with regards to the speech of researched individuals. Bibliographic research on the subject was elaborated through books, theses, dissertations and the collection of data at the INCRA. The study revealed the organizational and settlement use strategies practiced by the peasants, including discussions on the use of their land parcel, in which agreements and disagreements amongst settlers appeared with regards to the adoption of this land exploitation model. It was concluded that families articulate the use of their land parcel based on familiar unit and the family nucleus and regain collective use as a strategy for family unit reproduction
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Estruturas unidimensionais e bidimensionais utilizando P-splines nos modelos mistos aditivos generalizados com aplicação na produção de cana-de-açúcar / Unidimensional and bidimensional structures using P-splines in generalized additive mixed models with application in the production of sugarcane

Natalie Veronika Rondinel Mendoza 29 November 2017 (has links)
Os P-splines de Eilers e Marx (1996) são métodos de suavização que é uma combinação de bases B-splines e uma penalização discreta sobre os coeficientes das bases utilizados para suavizar dados normais e não normais em uma ou mais dimensões, no caso de várias dimensões utiliza-se como suavização o produto tensor dos P-splines. Também os P-splines são utilizados como representação de modelos mistos Currie et al. (2006) pela presença de características tais como: efeitos fixos, efeitos aleatórios, correlação espacial ou temporal e utilizados em modelos mais generalizados tais como os modelos mistos lineares generalizados e modelos mistos aditivos generalizados. Neste trabalho apresentou-se toda a abordagem, metodologia e descrição dos P-splines como modelos mistos e como componentes das estruturas suavizadoras de variáveis unidimensionais e bidimensionais dos modelos mistos aditivos generalizados, mostrando essa abordagem e propondo seu uso em uma aplicação no comportamento dos níveis médios da produção de cana-de-açúcar sob a influência das alterações das variáveis climáticas como temperatura e precipitação, que foram medidos ao longo de 10 anos em cada mesorregião do Estado de São Paulo. O motivo de usar essa abordagem como método de suavização é que muitas vezes não é conhecido a tendência dessas covariáveis climáticas mas sabe-se que elas influenciam diretamente sobre a variável resposta. Além de permitir essa abordagem inclusão de efeitos fixos e aleatórios nos modelos a serem propostos, permitirá a inclusão do processo autoregressivo AR(1) como estrutura de correlação nos resíduos. / P-splines of Eilers e Marx (1996) are methods of smoothing that is a combination of B-splines bases and penalty the coefficients of the bases used to smooth normal and non-normal data in one or more dimensions; in the case of several dimensions it is used as smoothing the tensor product of the P-splines. Also the P-splines are used as representation of mixed models Currie et al. (2006) by the presence of characteristics such as: fixed effects, random effects, spatial or temporal correlation and used in more generalized models such as generalized linear mixed models and generalized additive mixed models. In this work the whole approach, methodology and description of the P-splines as mixed models and as components of the smoothing structures of one-dimensional and two-dimensional variables of generalized additive mixed models were presented, showing this approach and proposing its application in the behavior of the average levels of sugarcane production, which is influenced by changes in climatic variables such as temperature and precipitation , which were measured over 10 years in each mesoregion of the state of São Paulo. The reason for using this approach as a smoothing method is that the tendency of these climate covariables is not know for the most part, but is known that they influence directly the response variable, besides allowing this approach to include fixed and random effects in the models to be proposed, will allow the inclusion of the autoregressive process AR(1) as a correlation structure in the residuos.
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Avaliação da efetividade de programa governamental de distribuição de leite fortificado no crescimento de crianças de 6 a 24 meses de famílias de baixa renda, residentes no interior do Estado de São Paulo / Evaluation the effectiveness of a state-run food supplementation program for child growth according to childrens nutritional status at enrollment

Augusto, Rosângela Aparecida 20 October 2009 (has links)
Introdução: A avaliação dos resultados de políticas públicas de suplementação alimentar em condições reais de sua operacionalização (efetividade) é um instrumento imprescindível para área de saúde pública. Objetivos: Avaliar a efetividade de programa governamental de suplementação alimentar no crescimento de crianças, segundo o estado nutricional ao ingressar. Métodos: Estudo de coorte com dados secundários de 25.433 crianças de baixa renda com idade entre 6 a 24 meses que ingressaram em programa de distribuição de leite fortificado \"Projeto Vivaleite\" de 2003 a 2008, em 311 municípios do Estado de São Paulo. O crescimento foi medido por meio dos valores de escore z de peso para idade (PI), calculados pelo padrão OMS/2006, obtidos, na rotina do programa, ao ingressar e a cada 4 meses durante a permanência. Os critérios de inclusão foram ter idade ao ingressar entre 6 a 24 meses, ter pelo menos duas pesagens, incluindo a obtida na entrada, e não ter relatos de problemas de saúde. As crianças foram divididas em três grupos de escore z ao entrar: sem comprometimento de peso (z> -1); risco de baixo peso (-2 &#8804;z< -1) e baixo peso (z<-2). Utilizou-se regressão linear multinível (modelo misto), permitindo a comparação, em cada idade, das médias ajustadas do escore z de ingressantes e participantes há pelo menos quatro meses, ajustadas para correlação entre medidas repetidas. Resultados: Verificou-se efeito positivo do Programa no ganho de peso das crianças, variando em função do estado nutricional ao ingressar; para as que entraram sem comprometimento de peso o ganho médio ajustado foi 0,1827 escore z, entre as que entraram com risco de baixo peso foi 0,5659 e entre as ingressantes com baixo peso foi 1,0049 escore z. Conclusões: O programa é efetivo para o crescimento infantil, medido pelo escore z PI, com efeito mais pronunciado entre as crianças que entram no programa em condições menos favoráveis de peso. / OBJECTIVE: To assess the effectiveness of a state-run food supplementation program for child growth according to childrens nutritional status at enrollment. METHODS: Cohort study including secondary data of 25,433 low-income children aged between 6 and 24 months enrolled in a fortified milk program \"Projeto Vivaleite\" in 311 cities in the State of São Paulo, Brazil, between 2003 and 2008. Children\'s growth was assessed based on weight-for-age (WA) z-scores, estimated following WHO criteria (2006). Data was routinely collected at the program enrollment and every 4 months. Inclusion criteria were: being 6 to 24 months of age at enrollment; having at least two weight measures including the first measure at enrollment; and not having any ill health conditions. At enrollment, children were categorized into three groups based on their z-scores: no compromised weight gain (z> 1); at risk of low weight (-2 &#8804;z< -1), and low weight (z< -2). Multilevel linear regression analysis (mixed model) was performed for comparison, considering age, of adjusted average z-scores between new children enrolled and those in the program for at least four months, adjusted for correlation between repeat measures. RESULTS: The program had a positive effect on children\'s weight gain. Based on their nutritional status at enrollment, adjusted average weight gain z-score was 0,1827 in children with compromised weight gain, 0,5659 in those at risk of low weight, and 1,0049 in those with low weight. CONCLUSIONS: The milk program is effective for child growth, as measured by WA z-scores. The most pronounced effect was seen among children who showed less favorable levels of weight at enrollment.
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Identification of causality in genetics and neuroscience / Identificação de causalidade em genética e neurociência

Ribeiro, Adèle Helena 28 November 2018 (has links)
Causal inference may help us to understand the underlying mechanisms and the risk factors of diseases. In Genetics, it is crucial to understand how the connectivity among variables is influenced by genetic and environmental factors. Family data have proven to be useful in elucidating genetic and environmental influences, however, few existing approaches are able of addressing structure learning of probabilistic graphical models (PGMs) and family data analysis jointly. We propose methodologies for learning, from observational Gaussian family data, the most likely PGM and its decomposition into genetic and environmental components. They were evaluated by a simulation study and applied to the Genetic Analysis Workshop 13 simulated data, which mimic the real Framingham Heart Study data, and to the metabolic syndrome phenotypes from the Baependi Heart Study. In neuroscience, one challenge consists in identifying interactions between functional brain networks (FBNs) - graphs. We propose a method to identify Granger causality among FBNs. We show the statistical power of the proposed method by simulations and its usefulness by two applications: the identification of Granger causality between the FBNs of two musicians playing a violin duo, and the identification of a differential connectivity from the right to the left brain hemispheres of autistic subjects. / Inferência causal pode nos ajudar a compreender melhor as relações de dependência direta entre variáveis e, assim, a identificar fatores de riscos de doenças. Em Genética, a análise de dados agrupados em famílias permite investigar influências genéticas e ambientais nas relações entre as variáveis. Neste trabalho, nós propomos métodos para aprender, a partir de dados Gaussianos agrupados em famílias, o mais provável modelo gráfico probabilístico (dirigido ou não dirigido) e também sua decomposição em dois componentes: genético e ambiental. Os métodos foram avaliados por simulações e aplicados tanto aos dados simulados do Genetic Analysis Workshop 13, que imitam características dos dados do Framingham Heart Study, como aos dados da síndrome metabólica do estudo Corações de Baependi. Em Neurociência, um desafio consiste em identificar interações entre redes funcionais cerebrais - grafos. Nós propomos um método que identifica causalidade de Granger entre grafos e, por meio de simulações, mostramos que o método tem alto poder estatístico. Além disso, mostramos sua utilidade por meio de duas aplicações: 1) identificação de causalidade de Granger entre as redes cerebrais de dois músicos enquanto tocam um dueto de violino e 2) identificação de conectividade diferencial do hemisfério cerebral direito para o esquerdo em indivíduos autistas.
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Avaliação da efetividade de programa governamental de distribuição de leite fortificado no crescimento de crianças de 6 a 24 meses de famílias de baixa renda, residentes no interior do Estado de São Paulo / Evaluation the effectiveness of a state-run food supplementation program for child growth according to childrens nutritional status at enrollment

Rosângela Aparecida Augusto 20 October 2009 (has links)
Introdução: A avaliação dos resultados de políticas públicas de suplementação alimentar em condições reais de sua operacionalização (efetividade) é um instrumento imprescindível para área de saúde pública. Objetivos: Avaliar a efetividade de programa governamental de suplementação alimentar no crescimento de crianças, segundo o estado nutricional ao ingressar. Métodos: Estudo de coorte com dados secundários de 25.433 crianças de baixa renda com idade entre 6 a 24 meses que ingressaram em programa de distribuição de leite fortificado \"Projeto Vivaleite\" de 2003 a 2008, em 311 municípios do Estado de São Paulo. O crescimento foi medido por meio dos valores de escore z de peso para idade (PI), calculados pelo padrão OMS/2006, obtidos, na rotina do programa, ao ingressar e a cada 4 meses durante a permanência. Os critérios de inclusão foram ter idade ao ingressar entre 6 a 24 meses, ter pelo menos duas pesagens, incluindo a obtida na entrada, e não ter relatos de problemas de saúde. As crianças foram divididas em três grupos de escore z ao entrar: sem comprometimento de peso (z> -1); risco de baixo peso (-2 &#8804;z< -1) e baixo peso (z<-2). Utilizou-se regressão linear multinível (modelo misto), permitindo a comparação, em cada idade, das médias ajustadas do escore z de ingressantes e participantes há pelo menos quatro meses, ajustadas para correlação entre medidas repetidas. Resultados: Verificou-se efeito positivo do Programa no ganho de peso das crianças, variando em função do estado nutricional ao ingressar; para as que entraram sem comprometimento de peso o ganho médio ajustado foi 0,1827 escore z, entre as que entraram com risco de baixo peso foi 0,5659 e entre as ingressantes com baixo peso foi 1,0049 escore z. Conclusões: O programa é efetivo para o crescimento infantil, medido pelo escore z PI, com efeito mais pronunciado entre as crianças que entram no programa em condições menos favoráveis de peso. / OBJECTIVE: To assess the effectiveness of a state-run food supplementation program for child growth according to childrens nutritional status at enrollment. METHODS: Cohort study including secondary data of 25,433 low-income children aged between 6 and 24 months enrolled in a fortified milk program \"Projeto Vivaleite\" in 311 cities in the State of São Paulo, Brazil, between 2003 and 2008. Children\'s growth was assessed based on weight-for-age (WA) z-scores, estimated following WHO criteria (2006). Data was routinely collected at the program enrollment and every 4 months. Inclusion criteria were: being 6 to 24 months of age at enrollment; having at least two weight measures including the first measure at enrollment; and not having any ill health conditions. At enrollment, children were categorized into three groups based on their z-scores: no compromised weight gain (z> 1); at risk of low weight (-2 &#8804;z< -1), and low weight (z< -2). Multilevel linear regression analysis (mixed model) was performed for comparison, considering age, of adjusted average z-scores between new children enrolled and those in the program for at least four months, adjusted for correlation between repeat measures. RESULTS: The program had a positive effect on children\'s weight gain. Based on their nutritional status at enrollment, adjusted average weight gain z-score was 0,1827 in children with compromised weight gain, 0,5659 in those at risk of low weight, and 1,0049 in those with low weight. CONCLUSIONS: The milk program is effective for child growth, as measured by WA z-scores. The most pronounced effect was seen among children who showed less favorable levels of weight at enrollment.

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