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Metodologias de inoculação em estudos de controle do mofo branco em soja cultivada em diferentes condições

Bárbaro Junior, Laerte Souza [UNESP] 07 December 2015 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2016-08-12T18:48:53Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-12-07. Added 1 bitstream(s) on 2016-08-12T18:51:11Z : No. of bitstreams: 1 000865771.pdf: 870236 bytes, checksum: 6040e5a96af8ecf46732c499206503eb (MD5) / No Brasil, a cultura da soja destaca-se no agronegócio mundial devido ao atual crescimento de produção e exportação de grãos. Porém o aumento de doenças ocasionado principalmente pela monocultura em áreas extensivas acarreta perdas significativas em produção. Entre as 40 doenças já identificadas causadas por fungos, bactérias, nematóides e vírus que incidem sobre a soja, o mofo branco tem se destacado como uma das mais graves. Causada pelo fungo Sclerotinia sclerotiorum (Lib.) de Bary, o mofo branco pode acarretar perdas próximas a 100%. Paralelamente, menciona-se o fato de que, a falta de resistência varietal a S. sclerotiorum e a resistência a fungicidas por populações de S. sclerotiorum contribuem para a dificuldade de controle da doença. Os altos custos e o acúmulo de resíduos dos produtos químicos no meio ambiente, especialmente em cultivos protegidos, torna o controle biológico como um método alternativo e seguro para o controle do S. sclerotiorum. Apesar da inquestionável eficiência de métodos de inoculação artificial de fitopatógenos verifica-se que há poucos estudos referentes ao mofo branco na cultura da soja. Deste modo, o presente trabalho teve por objetivos verificar a viabilidade de metodologias de inoculação artificial do referido patógeno em diferentes condições, além de testar a reação de cultivares e a efetividade de produtos químicos e biológicos a S. sclerotiorum. Para isso, experimentos em laboratório com folhas destacadas de soja e plantas em bandejas e vasos em casa-de-vegetação foram instalados. As avaliações foram efetuadas através de escalas de notas dos sintomas foliares e contagem de escleródios. Em folhas destacadas, o método de inoculação artificial dos grãos de sorgo colonizados com o patógeno destacou-se pela maior reprodução dos sintomas foliares. Dentre as cultivares testadas a SYN 1157 RR e Emgopa 316 retardaram os sintomas da doença. O produto... / In Brazil, soybean stands out in the global agribusiness due to the current growth of production and export of grain. But the increase of diseases mainly caused by monoculture in extensive areas entails significant losses in production. Among the 40 already identified diseases caused by fungi, bacteria, nematodes and viruses that focus on soybeans, white mold has emerged as one of the most serious. Caused by the fungus Sclerotinia sclerotiorum (Lib.) de Bary, white mold can cause losses close to 100%. At the same time, it is mentioned the fact that the lack of varietal resistance to S. sclerotiorum and fungicide resistance by populations of S. sclerotiorum contribute to the difficulty of controlling the disease. The high costs and the accumulation of waste chemicals in the environment, especially in greenhouses, makes the biological control as an alternative and safe method for the control of S. sclerotiorum. Despite the unquestionable efficiency of artificial inoculation of pathogens methods it appears that there are few studies related to white mold in soybeans. Thus, this study aimed to verify the feasibility of artificial inoculation methods of that pathogen in different conditions, and test the reaction of cultivars and the effectiveness of chemical and biological products to S. sclerotiorum. For this, laboratory experiments with detached leaves of soybeans and plants in trays and pots in a greenhouse, were installed. The evaluations were made through note scales of foliar symptoms and sclerotia count. In detached leaves, artificial inoculation method of the colonized grain sorghum with the pathogen stood out for most reproduction of foliar symptoms. Among cultivars tested SYN Emgopa 316 1157 RR and slowed disease symptoms. The chemical thiophanate methyl, reduced foliar symptoms and inhibits the formation of sclerotia. In trays, isolated from the soybean crop and the method of grain sorghum colonized and deposited in planting ...
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Metodologias de inoculação em estudos de controle do mofo branco em soja cultivada em diferentes condições /

Bárbaro Junior, Laerte Souza. January 2015 (has links)
Orientador: José Frederico Centurion / Coorientador: Maria Aparecida Pessôa da Cruz Centurion / Banca: Helena Baroni Junqueira Franco de Luca / Banca: Gisele Herbst Vazquez / Banca: Rita de Cássia Panizzi / Banca: Mariluce Pascoina Nepomuceno de Melo / Resumo: No Brasil, a cultura da soja destaca-se no agronegócio mundial devido ao atual crescimento de produção e exportação de grãos. Porém o aumento de doenças ocasionado principalmente pela monocultura em áreas extensivas acarreta perdas significativas em produção. Entre as 40 doenças já identificadas causadas por fungos, bactérias, nematóides e vírus que incidem sobre a soja, o mofo branco tem se destacado como uma das mais graves. Causada pelo fungo Sclerotinia sclerotiorum (Lib.) de Bary, o mofo branco pode acarretar perdas próximas a 100%. Paralelamente, menciona-se o fato de que, a falta de resistência varietal a S. sclerotiorum e a resistência a fungicidas por populações de S. sclerotiorum contribuem para a dificuldade de controle da doença. Os altos custos e o acúmulo de resíduos dos produtos químicos no meio ambiente, especialmente em cultivos protegidos, torna o controle biológico como um método alternativo e seguro para o controle do S. sclerotiorum. Apesar da inquestionável eficiência de métodos de inoculação artificial de fitopatógenos verifica-se que há poucos estudos referentes ao mofo branco na cultura da soja. Deste modo, o presente trabalho teve por objetivos verificar a viabilidade de metodologias de inoculação artificial do referido patógeno em diferentes condições, além de testar a reação de cultivares e a efetividade de produtos químicos e biológicos a S. sclerotiorum. Para isso, experimentos em laboratório com folhas destacadas de soja e plantas em bandejas e vasos em casa-de-vegetação foram instalados. As avaliações foram efetuadas através de escalas de notas dos sintomas foliares e contagem de escleródios. Em folhas destacadas, o método de inoculação artificial dos grãos de sorgo colonizados com o patógeno destacou-se pela maior reprodução dos sintomas foliares. Dentre as cultivares testadas a SYN 1157 RR e Emgopa 316 retardaram os sintomas da doença. O produto... / Abstract: In Brazil, soybean stands out in the global agribusiness due to the current growth of production and export of grain. But the increase of diseases mainly caused by monoculture in extensive areas entails significant losses in production. Among the 40 already identified diseases caused by fungi, bacteria, nematodes and viruses that focus on soybeans, white mold has emerged as one of the most serious. Caused by the fungus Sclerotinia sclerotiorum (Lib.) de Bary, white mold can cause losses close to 100%. At the same time, it is mentioned the fact that the lack of varietal resistance to S. sclerotiorum and fungicide resistance by populations of S. sclerotiorum contribute to the difficulty of controlling the disease. The high costs and the accumulation of waste chemicals in the environment, especially in greenhouses, makes the biological control as an alternative and safe method for the control of S. sclerotiorum. Despite the unquestionable efficiency of artificial inoculation of pathogens methods it appears that there are few studies related to white mold in soybeans. Thus, this study aimed to verify the feasibility of artificial inoculation methods of that pathogen in different conditions, and test the reaction of cultivars and the effectiveness of chemical and biological products to S. sclerotiorum. For this, laboratory experiments with detached leaves of soybeans and plants in trays and pots in a greenhouse, were installed. The evaluations were made through note scales of foliar symptoms and sclerotia count. In detached leaves, artificial inoculation method of the colonized grain sorghum with the pathogen stood out for most reproduction of foliar symptoms. Among cultivars tested SYN Emgopa 316 1157 RR and slowed disease symptoms. The chemical thiophanate methyl, reduced foliar symptoms and inhibits the formation of sclerotia. In trays, isolated from the soybean crop and the method of grain sorghum colonized and deposited in planting ... / Doutor
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Doenças pós-colheita em citros e caracterização da população fúngica em packinghouses e na Ceagesp-SP / Postharvest diseases in citrus and characterization of the fungal population in packinghouses and at Ceagesp-SP

Ivan Herman Fischer 15 June 2007 (has links)
Este trabalho objetivou caracterizar os danos pós-colheita em frutos de laranja &#39;Valência&#39; e de tangor &#39;Murcott&#39;, destinados à exportação, e em frutos de laranjas &#39;Pêra&#39;, &#39;Lima&#39; e &#39;Natal&#39; e de tangor &#39;Murcott&#39;, destinados ao mercado interno, após diferentes etapas do beneficiamento em packinghouse, em 2004 e 2005 e na Ceagesp-SP em 2006; identificar os pontos críticos e a magnitude de impacto em linhas de beneficiamento de citros dos packinghouses; e caracterizar a micoflora ambiental nos packinghouses e nos pontos de revenda de atacadistas da Ceagesp, assim como a micoflora da superfície de equipamentos e instalações e a presença de isolados de Penicillium spp. resistentes a fungicidas nos packinghouses. Frutos cítricos foram coletados na chegada ao packinghouse, após a pré-lavagem, após o desverdecimento, na banca, no palete e na Ceagesp, e armazenados durante 14 a 21 dias a 25&#176;C e 85-90% de UR. A incidência de injúrias foi avaliada visualmente a cada três dias. Para a avaliação da magnitude de impactos nos pontos de transferência da linha de beneficiamento empregou-se uma esfera instrumentada com registrador de aceleração (G). A micoflora ambiental foi amostrada mediante o método gravimétrico, com placas de Petri, contendo meio batata-dextrose-ágar, abertas por dois minutos. A micoflora de superfície de equipamentos e instalações foi amostrada mediante placas Rodac. Observou-se baixa incidência (<3,5%) de podridões nos frutos destinados à exportação. As principais podridões encontradas em laranja &#39;Valência&#39; e tangor &#39;Murcott&#39; foram a podridão peduncular de Lasiodiplodia e a antracnose, respectivamente. Nos frutos para o mercado interno a incidência de podridões atingiu valores médios entre 12,8% e 36,2%, ao final do armazenamento, sendo o bolor verde a principal doença pós-colheita nos diferentes frutos cítricos. As injúrias mecânicas de oleocelose foram crescentes com o beneficiamento até a banca de embalagem e a aplicação de cera reduziu a incidência de frutos murchos. Na avaliação dos impactos na linha de beneficiamento do packinghouse de exportação, 95% dos impactos variaram entre 30-95 G. Já no packinghouse de mercado interno, 94% dos impactos variaram entre 24-131 G. A população fúngica no ambiente e na superfície do packinghouse de exportação foi de 12,3 e 52,3 ufc/placa, respectivamente, enquanto a população fúngica no packinghouse de mercado interno foi de 46,3 e 68,2 ufc/placa, respectivamente. Posição intermediária aos packinghouses foi observada na Ceagesp, com uma população fúngica ambiental de 25,3 ufc/placa. Cladosporium e Penicillium foram os gêneros fúngicos mais abundantes. A contaminação de &#34;zonas limpas&#34; nos packinghouses (lavagem dos frutos, banca, caixa e contêiner) não foi substancialmente menor que nas &#34;zonas sujas&#34; (recepção dos frutos e primeira seleção). A porcentagem de isolados de P. digitatum resistentes a tiabendazol foi de 25,9 no ambiente e de 30,1 na superfície do packinghouse de exportação, enquanto que para imazalil foi de 1,5 no ambiente e de 16,0 na superfície. No packinghouse de mercado interno, a porcentagem de isolados de P. digitatum resistentes a tiabendazol foi de 51,9 no ambiente e de 39,2 na superfície, enquanto que para imazalil foi de 0,1 e 0,9, respectivamente. / The purposes of this work were a) to characterize postharvest injuries in &#39;Valência&#39; oranges and &#39;Murcott&#39; tangors aimed at the external market, and in &#39;Pêra&#39;, &#39;Lima&#39;, &#39;Natal&#39; oranges and &#39;Murcott&#39; tangors aimed at the internal market after different processing stages in a packinghouse in 2004 and 2005, and at Ceagesp-SP in 2006; b) to identify critical points and impact extent on processing lines in packinghouses; c) to characterize the environmental mycoflora in packinghouses and in retail points at Ceagesp; d) to characterize the superficial mycoflora of equipment and facilities, and e) to characterize the presence of isolated Penicillium spp. resistant to fungicides in packinghouses. Fruits were collected at the packinghouse, at their arrival, after pre-washing and degreening, from the packing table, from the pallet and at Ceagesp. They were stored for 14 to 21 days at 25&#176;C and 85-90% RH. The incidence of injuries was visually evaluated every three days. An instrumented sphere with acceleration register (G) was used to evaluate the extent of impacts at the transference points of the citrus processing line. The environmental mycoflora was sampled according to the gravimetric method, using Petri dishes containing potato-dextrose-agar medium opened for two minutes. The superficial mycoflora on equipment and facilities was sampled with Rodac plates. There was low rot incidence (under 3.5%) in fruits aimed at the external market. The main disease affecting &#39;Valência&#39; oranges and &#39;Murcott&#39; tangors were Lasiodiplodia stem-end rot and anthracnose, respectively. Rots averaged between 12.8% and 36.2% at the end of the storage period in fruits aimed at the internal market, and green mold was the main postharvest disease. Oleocellosis increased along the processing stages until the arrival of fruits at the packing table. Wax application reduced the incidence of wilted fruits. Ninety-five percent of the impacts in the packinghouse processing line in fruits aimed at the external market ranged between 30 and 95 G, while 94% of the impacts in fruits aimed at the internal market ranged between 24 and 131 G. The environmental and the packinghouse superficial fungal population in fruits aimed at the external market were 12.3 and 52.3 cfu/plate, respectively, while these populations in fruits aimed at the internal market were 46.3 and 68.2 cfu/plate, respectively. Intermediate values in relation to packinghouses were observed at Ceagesp, where the environmental fungal population was 25.3 cfu/plate. Cladosporium and Penicillium were the most prevailing genera of fungi. The contamination of &#34;clean zones&#34; in the packinghouses (washing of fruits, packing table, boxes and containers) was not substantially lower than contamination in &#34;dirty zones&#34; (reception of fruits and first selection). The percentage of P. digitatum isolates resistant to thiabendazole was 25.9 in the environment and 30.1 on the packinghouse surface for fruits aimed at the external market, while the corresponding data concerning isolates resistant to imazalil were 1.5 and 16.0, respectively. In the packinghouse of fruits aimed at the internal market, the percentage of isolates of P. digitatum resistant to thiabendazole was 51.9 in the environment and 39.2 on the packinghouse surface, while the corresponding data concerning isolates resistant to imazalil were 0.1 and 0.9, respectively.
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Fungicide sensitivity and spatial and temporal dynamics of Botrytis cinerea and Colletotrichum spp. in conventional and organic strawberry fields / Sensibilidade a fungicidas e dinâmicas espacial e temporal de Botrytis cinerea e Colletotrichum spp.em campos de morangueiro convencionais e orgânicos

Juliana Silveira Baggio 28 September 2016 (has links)
Botrytis and Anthracnose fruit rots, caused by Botrytis cinerea and Colletotrichum spp., respectively, are major strawberry diseases. This study aimed to compare organic and conventional strawberry production systems by evaluating the sensitivity of B. cinerea and Colletotrichum spp. isolates to the main single-site fungicides used in Brazil and by characterizing the spatial and temporal dynamics of the diseases caused by these pathogens using epidemiological tools. Isolates were collected from conventional and organic fields in four different Brazilian states from 2013 to 2015. Resistance to azoxystrobin, iprodione and thiophanate-methyl was found in B. cinerea isolates with EC50 values higher than 71.9, 688 and 1.2 &mu;g/ml, respectively. Resistance to the aforementioned fungicides was observed in 87.5, 76.6 and 92.2 % of isolates from conventional fields, and 31.4, 22.9 and 51.4 % of isolates from organic fields, respectively. Moreover, frequencies of populations with multiple fungicide resistance to the three active ingredients were 75 and 8.6 %, with no resistance to any of the fungicides were 6.25 and 34.3 % for isolates collected from conventional and organic areas, respectively. Molecular analyses of the cytochrome b, beta-tubulin and bos1 genes revealed, respectively, the presence of G143A, E198A and I365N/S, Q369P or N373S mutations in resistant populations of B. cinerea. Fungicides sprayed preventively on strawberry fruit inoculated with B. cinerea failed to control resistant isolates. Isolates of C. acutatum resistant to azoxystrobin and difenoconazole were not observed. Mean EC50 values for isolates collected from organic fields were 0.44 and 0.95 &mu;g/ml, and from conventional areas were 0.629 and 0.107 &mu;g/ml for azoxystrobin and difenoconazole, respectively. Populations of C. acutatum showed insensitivity to thiophanate-methyl rather than resistance and EC50 values could not be determined. None of the isolates contained the most common mutations associated with fungicide resistance. The temporal and spatial dynamics of Botrytis and Anthracnose fruit rots were characterized in the 2015 strawberry season in conventional and organic farms. Temporal progress models were fitted to the cumulative incidence of diseased strawberry fruit or plants over time with non-linear regressions. The spatial pattern of the diseases was analyzed according to the index of dispersion (D), the index of aggregation (V/M), and the Taylor\'s power law. The incidence-diseased fruit density relationship was analyzed by fitting a linear model. Fruit with symptoms of Colletotrichum spp. were not observed in the organic area and were found in few assessment dates in the conventional area. Incidence of Botrytis fruit rot in symptomatic fruit and plants were generally well described by the logistic model. The organic area presented disease incidence and daily progress rate higher than the conventional area. The aggregation of diseased fruit on strawberry plants were observed for both areas. Botrytis fruit rot presented similar epidemiological patterns for both conventional and organic areas, however, disease intensity was greater for the organic area; this was likely due to differences in disease control management. This study reinforces the importance for the implementation of integrated management programs in strawberry nurseries and production fields. / Mofo cinzento e antracnose do fruto, causados por Botrytis cinerea e Colletotrichum spp., respectivamente, são as mais importantes doenças em morangueiro. Esse estudo objetivou comparar sistemas de produção orgânico e convencional em morangueiro através da avaliação da sensibilidade de isolados de B. cinerea e Colletotrichum spp. aos principais fungicidas sítio-específicos utilizados no Brasil, e da caracterização das dinâmicas espacial e temporal das doenças com o uso de ferramentas epidemiológicas. Isolados foram coletados em campos convencionais e orgânicos em quatro diferentes Estados brasileiros nos anos de 2013 a 2015. Resistência à azoxistrobina, iprodiona e tiofanato-metílico foi encontrada em isolados de B. cinerea com valores de CE50 maiores que 71,9, 688 and 1,2 &mu;g/ml, respectivamente. Resistência aos fungicidas acima mencionados foi observada em 87,5, 76,6 and 92,2 % dos isolados provenientes de campos convencionais e em 31,4, 22,9 and 51,4 % dos isolados oriundos de campos orgânicos, respectivamente. Além do mais, frequências de populações com resistência múltipla aos três fungicidas foram 75 e 8,6 %; e com nenhuma resistência a qualquer dos produtos, 6,25 e 34,3 % para isolados coletados em campos convencionais e orgânicos, respectivamente. Análise molecular dos genes do citocromo b, beta-tubulina e bos1 revelaram, respectivamente, a presença das mutações G143A, E198A e I365N/S, Q369P ou N373S em populações resistentes. Fungicidas aplicados preventivamente em morangos inoculados com B. cinerea falharam em controlar isolados resistentes. Isolados de C. acutatum resistentes à azoxistrobina e ao difenoconazole não foram observados. Valores médios de CE50 para isolados coletados em campos orgânicos foram 0,44 e 0,95 &mu;g/ml; e para isolados de áreas convencionais, 0,629 e 0,107 &mu;g/ml para azoxistrobina e difenoconazole, respectivamente. Populações de C. acutatum demonstraram insensibilidade ao tiofanato-metílico e valores de CE50 não puderam ser determinados. Nenhum dos isolados analisados continha as mutações comumente associadas à resistência a fungicidas. As dinâmicas temporal e espacial das doenclas causadas por esses patógenos foram caracterizadas na safra de 2015 em campos de morangueiro convencional e orgânico. Modelos de progresso temporal foram ajustados à incidência cumulativa de frutos ou plantas doentes no tempo com regressões não-lineares. O padrão espacial das doenças foi analisado de acordo com o índice de dispersão (D), índice de agregação (V/M) e lei de Taylor. A relação incidência-densidade de frutos doentes foi analisada com o ajuste de um modelo linear. Frutos com sintomas de Colletotrichum spp. não foram observados na área orgânica e foram encontrados em poucos dias de avaliação na área convencional. Incidência de mofo cinzento em frutos e plantas foi bem descrita pelo modelo logístico. A área orgânica apresentou incidência de doença e taxa de progresso diária maiores que da área convencional. A agregação de frutos doentes em plantas foi observada para ambos os locais. O mofo cinzento apresentou padrões epidemiológicos semelhantes para as áreas convencional e orgância, porém com maior intensidade de doença no campo orgânico, provavelmente em decorrência do manejo adotado para controle de doenças. Esse estudo reforça a importância da implementação de programas de manejo integrado de doenças em viveiros de mudas e campos de produção de morangueiro.
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Trichoderma spp. associado a níveis de adubação npk no patossistema Sclerotinia sclerotiorum feijoeiro / Trichoderma spp. associated to levels of npk fertilization in the Sclerotinia sclerotiorum beans pathosystem

Rodrigues, Johnathan 25 February 2010 (has links)
The fungus Sclerotinia sclerotiorum causes major losses in the production of beans. Because it is a soil fungus, it is difficult to control and the biological control with Trichoderma sp. is a viable alternative. There are many factors that can interfere with the performance of the antagonist in biological control, such as pH, amount of water in the soil, soil type and nutrients. The latter are present in abundance in the soil by fertilization performed to meet the needs of the crop, but little is known about their interference in the performance of biological control of S. sclerotiorum by the antagonist Trichoderma sp. Thus, the objectives of this study were to evaluate the influence of NPK (nitrogen, phosphorus and potassium) on the growth of different isolates of Trichoderma sp. and S. sclerotiorum in vitro, as well as the performance of Trichoderma sp. on the in vitro and in vivo control of Sclerotinia sp. and to verify the effect of Trichoderma sp. in the NPK uptake by bean plants. The study was conducted in laboratory and greenhouse in Santa Maria, RS, Brazil. The parameters measured were mycelial growth, sporulation of Trichoderma sp. and percentage of control of the pathogen in vitro. In vivo the incidence of white mold, plant height, root length, leaf number, fresh and dry weight of shoot and root and stem diameter of bean plants were evaluated. The population of Trichoderma sp. in soil and NPK content in plant tissue of the shoot bean were also evaluated. The highest micelial growth was achieved by Trichoderma sp. UFSMT16 for all doses of NPK in vitro, differing from the isolate UFSMT17 only at rates of 75 to 125% of NPK. In the quantification of spores of Trichoderma sp., the isolate UFSMT17 had the highest sporulation in the majority of the different doses of NPK. The isolate UFSMT16 obtained better results in the test of paired cultures, with the highest performance at doses of 50, 75 and 100% NPK (notes 1.00, 1.25 and 1.00, respectively). In the final population, Trichoderma sp. UFSMT15.1 obtained higher CFU g-1 soil (1.3 x 104), differing significantly from the isolate UFSMT16 and the control treatment. For the variable content of phosphorus in plant tissue of the shoot, the interaction between Trichoderma sp. in the absence and presence of S. sclerotiorum associated with doses of NPK, there was statistical difference between the isolates of Trichoderma spp. UFSMT15.1, UFSMT16 and the control treatment at the doses of 25 and 125% of NPK, in the presence and at the dose of 25% in the absence of S. sclerotiorum. It was concluded that the levels of nitrogen, phosphorus and potassium (NPK) in the Elad medium influence growth and reproduction of the genus Trichoderma in vitro; isolates of Trichoderma sp. (UFSMT15.1, UFSMT16, and UFSMT17) have higher growth of colonies in vitro than isolates of S. sclerotiorum, regardless of the dose of NPK; the levels of 25, 50, 75,100 NPK and 125% of the growth medium Elad interfere with effective control of S. sclerotiorum by isolates UFSMT15.1, UFSMT16, and UFSMT17 of Trichoderma sp.; the population of Trichoderma sp. is not affected by varying the application of different doses of NPK in soil and the presence of S. sclerotiorum reduced the height of the aerial parts of beans, even without visible symptoms of the disease, while Trichoderma sp. UFSMT15.1 UFSMT16 and increased in soil with low application of NPK; and UFSMT16 and UFSMT15.1 isolates in the presence and absence of S. sclerotiorum in different levels of NPK interfere with the amount of phosphorus in the shoots of beans, but have no significant effect on the content of nitrogen and potassium. / O fungo Sclerotinia sclerotiorum causa grandes perdas na produção de grãos de feijão. Por ser um fungo de solo, é de difícil manejo sendo o controle biológico com Trichoderma sp. uma alternativa viável. Existem muitos fatores que podem interferir no desempenho do antagonista no controle biológico, como pH, quantidade de água no solo, tipo de solo e nutrientes. Estes estão presentes em abundância no solo pela adubação realizada para suprir as necessidades da cultura, porém pouco se sabe sobre a interferência no desempenho do controle biológico de S. sclerotiorum pelo antagonista Trichoderma sp. Dessa forma, os objetivos deste trabalho foram avaliar a influência de doses de NPK (nitrogênio, fósforo e potássio) no crescimento de diferentes isolados de Trichoderma sp. e S. sclerotiorum in vitro, assim como o desempenho de Trichoderma sp. no controle in vitro e in vivo de Sclerotinia sp. e verificar a ação de Trichoderma sp. na absorção de NPK pelo feijoeiro. O trabalho foi realizado em laboratório e casa de vegetação em Santa Maria, RS, Brasil. Os parâmetros avaliados foram crescimento micelial, esporulação de Trichoderma sp. e porcentagem de controle do patógeno in vitro. In vivo foram avaliadas a incidência de mofo branco, altura de planta, comprimento de raízes, número de folhas, massa fresca e seca de parte aérea e raiz e diâmetro de colo de plantas de feijoeiro. Também se avaliou a população de Trichoderma sp. no solo e o teor de NPK em tecido vegetal da parte aérea do feijoeiro. O maior crescimento micelial foi obtido pelo isolado de Trichoderma sp. UFSMT16 para todas as doses de NPK in vitro, diferindo do isolado UFSMT17 somente nas doses de 75 a 125% de NPK. Na quantificação de esporos de Trichoderma sp., o isolado UFSMT17 apresentou a maior esporulação na maioria das diferentes doses de NPK. O isolado UFSMT16 obteve melhor resultado no teste de pareamento de culturas, apresentando o maior desempenho nas doses de 50, 75 e 100% de NPK (notas de 1,00, 1,25 e 1,00, respectivamente). Na população final o isolado de Trichoderma spp. UFSMT15.1 obteve maior média de UFCs g-1 de solo (1,3 x 104), diferindo estatisticamente do isolado UFSMT16 e da testemunha. Para a variável teor de fósforo na parte aérea, na interação entre isolados de Trichoderma sp. na ausência e presença de S. sclerotiorum associados a doses de NPK, observou-se diferença estatística entre os isolados de Trichoderma spp. UFSMT15.1, UFSMT16 e tratamento testemunha nas doses de 25 e 125% de NPK, na presença e na dose de 25% na ausência de S. sclerotiorum. Concluiu-se que as doses de nitrogênio, fósforo e potássio (NPK) no meio de cultura Elad interferem no crescimento e reprodução do gênero Trichoderma in vitro; os isolados de Trichoderma sp. (UFSMT15.1, UFSMT16 e UFSMT17) têm maior crescimento de colônias in vitro, do que os isolados de S. sclerotiorum, independente da dose de NPK; as doses de 25, 50, 75,100 e 125% NPK da estabelecida para o meio de cultura Elad interferem na eficácia de controle de S. sclerotiorum pelos isolados UFSMT15.1, UFSMT16 e UFSMT17 de Trichoderma sp.; a população de Trichoderma sp. não é afetada pela variação da aplicação de diferentes doses de NPK em solo; a presença de S. sclerotiorum diminuiu a altura de parte aérea do feijoeiro, mesmo na ausência de sintomas visíveis da doença, enquanto que os isolados de Trichoderma sp. UFSMT15.1 e UFSMT16 aumentaram em solo com baixa aplicação de NPK; os isolados UFSMT15.1 e UFSMT16 na presença e ausência de S. sclerotiorum em diferentes doses de NPK interferem na quantidade de fósforo na parte aérea do feijoeiro, porém não apresentam efeito significativo no teor de nitrogênio e potássio.
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Fungos filamentosos do lodo de esgoto: impacto na microbiota fúngica e potencial enzimático / Filamentous fungi from sewage sludge: impact on mycoflora and potential enzyme

Leite, Marcela Vieira 01 December 2009 (has links)
Made available in DSpace on 2017-06-01T18:20:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao_marcela_leite.pdf: 710519 bytes, checksum: 310cf87909011c627dede4df043654e7 (MD5) Previous issue date: 2009-12-01 / The Stations Wastewater Treatment Plant appeared to lessen the pollution in water flows resulting from dumping of waste, such as sewage sludge. This residue is widely used in agriculture to be rich in organic matter and nutrients, helping in the productivity and soil fertility and contributing to the increase in the microbiota. In this work, we characterized the fungi living in the sewage sludge, soil and soil with the addition of sludge, assessing the potential of biotechnology mycobiota the mud with a brief study on the effect of temperature on enzyme activity of the same. The sewage sludge was collected at the Wastewater Treatment Plant Mangueira, Recife-PE and soil collected at the Experimental Station of Itapirema-IPA, city of Goiana-PE. The additions of sewage sludge to the soil were made at doses of 0, 25, 50 and 75 ton/ha. For the isolation of fungal microbiota was the technique of serial dilution and subsequent plating on selective media. The identification of mycobiota was made through the analysis of macroscopic and microscopic characteristics of the isolates, based on the work described by other authors. The detection of enzyme activity of cellulase, lipase and urease was based on the methodology described by Hankin and Anagnostakis (1975), with analysis of the influence of temperature on activities. The results show that the sewage sludge are present the genera Aspergillus sp., Chrysosporium sp., Monotospora sp., Penicillium sp. and Scedosporium sp.; soil the genera Aspergillus sp., Cladosporium sp., Mucor sp. and Penicillium sp. and soil with the addition of sewage sludge the genera Aspergillus sp. and Penicillium sp., showing the impact on mycobiota soil. Fungi the sludge showed better results in the lipase activity, with the genus Chrysosporium sp. presented as the best enzyme activity in cellulase and lipase in the two tested temperatures (28°C and 35°C). The urease activity was shown with little significant value in relation to the results of other enzymes / As Estações de Tratamento de Esgotos (ETEs) surgiram para amenizar a poluição nos fluxos hídricos decorrentes dos despejos desse resíduo, como por exemplo, o lodo de esgoto. Esse resíduo está sendo muito utilizado na agricultura por ser rico em matéria orgânica e nutrientes, ajudando na produtividade e fertilidade do solo e contribuindo para o aumento da microbiota no mesmo. Neste trabalho, foram caracterizados os fungos residentes no lodo de esgoto, no solo e no solo com adição de lodo, avaliando o potencial biotecnológico da micobiota do lodo com breve estudo sobre o efeito da temperatura na atividade enzimática dos mesmos. O lodo de esgoto foi coletado na Estação de Tratamento de Esgoto Mangueira, Recife-PE e o solo coletado na Estação Experimental de Itapirema-IPA, município de Goiana-PE. As adições de lodo ao solo foram feitas nas doses de 0, 25, 50 e 75 ton/ha. Para o isolamento da microbiota fúngica foi utilizada a técnica da diluição seriada e posterior plaqueamento em meios seletivos. A identificação da micobiota foi feita através das análises das características macroscópicas e microscópicas dos isolados, baseadas nos trabalhos descritos por alguns autores. A detecção da atividade enzimática da celulase, lipase e urease foi baseada na metodologia descrita por Hankin e Anagnostakis (1975), com análise da influência da temperatura nas atividades. Os resultados mostram que no lodo de esgoto estão presentes os gêneros Aspergillus sp., Chrysosporium sp. ,Monotospora sp., Penicillium sp. e Scedosporium sp.; no solo os gêneros Aspergillus sp., Cladosporium sp., Mucor sp. e Penicillium sp. e no solo com adição de lodo de esgoto os gêneros Aspergillus sp. e Penicillium sp., mostrando o impacto causado na micobiota do solo. Os fungos do lodo mostraram melhores resultados na atividade lipásica, destacando o gênero Chrysosporium sp. como o que melhor apresentou atividade enzimática na celulase e lipase nas duas temperaturas testadas (28°C e 35°C). A atividade ureásica mostrou-se com valores pouco significantes em relação aos resultados das demais enzimas
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CARACTERÍSTICAS FÍSICAS, QUÍMICAS E MICROBIOLÓGICAS DE QUEIJOS TIPO BRIE E TIPO CAMEMBERT PRODUZIDOS NO BRASIL

Pereira, Antonio Carlos Prestes 29 August 2014 (has links)
Made available in DSpace on 2017-07-21T18:53:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Antonio Carlos Prestes Pereira.pdf: 1053454 bytes, checksum: 52e924eda49d19a3259e2ed89de1ae71 (MD5) Previous issue date: 2014-08-29 / The Brazilian annual production of white mold cheese is around 2,170 tons, the Brie type totals 75% of the production whereas the Camembert type totals 25%; most of the production comes from the states of Minas Gerais and Paraná. Nonetheless, Brazilian legislation does not have a specific Technical Regulation for the Identity and Quality (RTIQ in the Portuguese acronym) for these types of fine cheese, which makes it difficult to have a national standard product “Type”. The aim of this study is to describe the physico-chemical and microbiological properties of these kinds of cheese based on the current official legislation and on an analytical methodology. In addition, the study proposes a specific RTIQ (Technical Regulation for Identity and Quality) for humidity, fat, protein, defatted dry extract, ash, calcium and sodium. The study used a descriptive and experimental methodological approach, which included the collection of Brie and Camembert cheese samples from the summer and winter productions, and a French sample of the same types of cheese to learn about the composition of through the year. The average weight of Brie cheese was 119.87 g, with an average height of 30.31 mm and an average diameter of 131,28 mm. The average whiteness index (WI) of the surface was 70.63 and 89.37 for the center. The texture profile in average values was as follows: -590.12 g for adhesion, 0.88 g, 0.73 for hardness, 0.73 for cohesiveness, 151,86 for chewiness and 0.26 for resilience. The physico-chemical composition of Brie heese in a 95% reliable interval was the following: moisture between 41.80 and 53.10 g.100g-1, fat between 49,65 and 62,59 g.100g-1, defatted dry extract 19.43 and 23.23 g.100g-1, protein between 14.20 and 20.00 g.100g-1, carbohydrate between 1.80 and 7.60 g.100g-1, ashes between 2.80 and 3.40 g.100g-1, the amount of sodium ranged between 112.80 and 661.20 mg.100g-1 and an amount of calcium between 323.90 and 848.10 g.100g-1. The average weight of Camembert cheese was 195.74 g, with an average height of 33.44 mm and an average diameter of 88.05 mm. The average whiteness index (WI) for the surface was 91.82 and 72.29 for the center. The texture profile in average values was as follows: -380.15 g for adhesion, 0.60 g for hardness, 0.50 for cohesiveness, 158,87 for chewiness and 0.19 for resilience. The physico-chemical composition of Camembert cheese presented in a 95% reliable interval moisture between 31.10 and 57.50 g.100g-1, fat between 52,43 and 63,3 g.100g-1, defatted dry extract from 20.13 to 23.20 g.100g-1, protein from 14.27 to 19.73 g.100g-1, carbohydrate from 0.80 to 5.44 g.100g-1, ashes from 3.09 to 4.05 g.100g-1, the amount of sodium ranged between 72.50 and 577.50 mg.100g-1 and, an amount of calcium between 282.80 and 788.80 mg.100g-1. L. monocytogenes was found in a sample of Camembert cheese. The other samples of both types of cheese presented a microbiological profile within the parameters set by the national legislation. / O Brasil possui produção anual de aproximadamente 2.170 ton dos queijos Tipo Brie (75%) e Tipo Camembert (25%), localizada principalmente nos estados de Minas Gerais e do Paraná. Entretanto, a legislação brasileira não contempla o Regulamento Técnico de Identidade e Qualidade (RTIQ) específico para esses queijos finos, o que dificulta a padronização de um produto “Tipo” nacional. Este trabalho visa a caracterização físico-química e microbiológica desses queijos, com base na legislação e metodologia analítica oficial vigente, bem como propor um RTIQ específico, umidade, gordura, proteína, extrato seco desengordurado, cinzas, cálcio e sódio. Foi utilizado o método descritivo e experimental, por meio do qual foram coletadas amostras de queijos referentes às estações verão e inverno e amostra francesa para que, dessa forma, se conheça a composição ao longo do ano desses produtos. A média de peso do queijo Tipo Brie foi de 119,87 g, com altura média de 30,31 mm e diâmetro médio de 131,28 mm. A média do Índice de Brancura (WI) para superfície foi 70,63 e 89,37 para o centro. O perfil de textura em valores médios foi de -590,12 g.s para adesividade, 0,88 g para dureza, 0,73 para coesividade, 151,86 para mastigabilidade e 0,26 para resilência. A composição físico-química do queijo Tipo Brie apresentou, através do intervalo de confiança a 95%, umidade entre 41,80 e 53,10 g.100g-1, gordura entre 49,65 a 62,59 g.100g-1, extrato seco desengordurado (ESD) 19,43 a 23,23 g.100g-1, proteínas entre 14,20 a 20,00 g.100g-1, carboidratos entre 1,80 a 7,60 g.100g-1, cinzas entre 2,80 a 3,40 g.100g-1, teor de sódio entre 112,80 a 661,20 mg.100g-1, teor de cálcio entre 323,90 a 848,10 mg.100g-1. A média de peso do queijo Tipo Camembert foi de 195,74 g, com altura média de 33,44 mm e diâmetro médio de 88,05 mm. A média do Índice de Brancura (WI) para superfície foi 91,82 e 72,29 para o centro. O perfil de textura em valores médios foi de -380,15 g.s para adesividade, 0,60 g para dureza, 0,50 para coesividade, 158,87 para mastigabilidade e 0,19 para resilência. A composição físico-química do queijo Tipo Camembert apresentou, através do intervalo de confiança a 95%, umidade entre 31,10 a 57,50 g.100g-1, gordura entre 52,43 a 63,37 g.100g-1, extrato seco sengordurado (ESD) 20,13 a 23,20 g.100g-1, proteínas entre 14,27 a 19,73 g.100g-1, carboidratos entre 0,80 a 5,44 g.100g-1, cinzas entre 3,09 a 4,05 g.100g-1, teor de sódio entre 72,50 a 577,50 mg.100g-1, teor de cálcio entre 282,80 a 788,80 mg.100g-1. Foi detectada uma amostra de queijo Tipo Camembert com L. monocytogenes. As demais amostras de ambos os queijos apresentaram perfil microbiológico dentro do preconizado pela legislação nacional.
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CARACTERIZAÇÃO MORFOLÓGICA E PATOGÊNICA DE ISOLADOS DE Sclerotinia sclerotiorum (Lib.) de Bary E DETECÇÃO EM SEMENTES DE SOJA

Grabicoski, Edilaine Mauricia Gelinski 09 February 2012 (has links)
Made available in DSpace on 2017-07-25T19:29:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 EdilaineGrabicoski.pdf: 3057508 bytes, checksum: 91f718973e4409c8611259602683583d (MD5) Previous issue date: 2012-02-09 / Fundação Araucária de Apoio ao Desenvolvimento Científico e Tecnológico do Paraná / The white mold disease, caused by the fungus Sclerotinia sclerotiorum (Lib.) de Bary, responsible for large losses in soybean (Glycine max (L.) Merrill). The pathogen has more than 400 hosts and presents the formation of a resistance structure (sclerotia), difficulting the disease control, thus increasing the importance of the pathogen in Brazilian agriculture. The seeds are the main spreading disease means, a quickly and correct presence detection of the pathogen is important to control the white mold, especially for non-infested areas by the pathogen. In this study, 57 S. sclerotiorum isolates were morphological and pathologically characterized to assess variations within the specie. Also was developed a method to detect the pathogen directly from seed-soak liquor of infected soybean seeds, through PCR. The proposed method was compared to the traditional recommended methods. The pathogen isolates showed some morphological variations among themselves, as the number and weight of the formed sclerotia. Pathologically, were observed two and seven pathogenic levels second, respectively, the soybean inoculation on the stem and on the detached trifoliate leaves. By the detection method, it was possible to detect one seed artificially contaminated in the sample with 400 total seeds. In naturally contaminated seeds, was possible to detected the pathogen presence in a sample that, according to the method of incubation on paper roll and on Neon-S medium, respectively, presented 1 and 3 seeds contaminated in four hundred seeds. The proposed methodology is promising for the detection of S. sclerotiorum, however, requires optimization because many false negative results were obtained, mainly due to substances released by the seeds that inhibited the PCR reaction. The use of filter in the samples has presented as a possible tool to overcome the PCR inhibitors. For the optimization of the method, increase the size of seed samples, use of filters, others techniques such as nested PCR, Real-Time PCR and DNA probes can help overcome these difficulties. / O Mofo branco, doença causada pelo fungo Sclerotinia sclerotiorum (Lib.) de Bary, vem causando grandes prejuízos na cultura da soja (Glycine max (L.) Merrill) e, por apresentar mais de 400 hospedeiros e a formação de uma estrutura de resistência (escleródios), o seu controle torna-se difícil, aumentando a importância do patógeno para a agricultura brasileira. As sementes são o principal meio de disseminação da doença, detectar rápido e corretamente a presença do patógeno nas mesmas é importante no controle do Mofo branco, principalmente, para não infestar áreas isentas do patógeno. No presente trabalho, 57 isolados de S. sclerotiorum foram caracterizados morfológica e patologicamente para avaliar variações dentro da espécie. Também se desenvolveu uma metodologia de detecção do patógeno em sementes de soja embebidas, através de PCR diretamente do líquido de embebição das mesmas. Comparou-se a metodologia proposta com as tradicionais recomendadas para o patógeno. Os isolados do patógeno apresentaram algumas variações morfológicas entre si, como quantidade e peso dos escleródios formados. Patologicamente, foram verificados dois e sete níveis de patogenicidade segundo, respectivamente, a inoculação dos isolados na haste e em trifólios destacados de plantas de soja. Diretamente a partir do líquido de embebição das sementes, foi possível detectar uma semente artificialmente contaminada em 400 sementes totais. Em sementes naturalmente contaminadas, detectou-se a presença do patógeno em amostra que, segundo o método de incubação em rolo de papel e em Neon-S apresentava, respectivamente, 1 e 3 sementes contaminadas em quatrocentas totais. A metodologia proposta é promissora para a detecção de S. sclerotiorum, no entanto, necessita de otimização, pois muitos resultados falsos-negativos foram obtidos, principalmente devido a substâncias liberadas pelas próprias sementes que inibiram a reação de PCR. A utilização de um filtro nas amostras apresentou-se como uma possível ferramenta para driblar os inibidores de PCR. Para a otimização do método, técnicas como Nested-PCR, Real-Time PCR, utilização de sondas de DNA, aumento no tamanho de amostras de sementes e a utilização dos filtros podem ajudar a superar essas dificuldades.
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CONTROLE ALTERNATIVO, BIOLÓGICO E QUÍMICO DO MOFO BRANCO NA SOJA

Wutzki, Carlos Rafael 07 February 2014 (has links)
Made available in DSpace on 2017-07-25T19:30:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Carlos Rafael Wutzki.pdf: 1863942 bytes, checksum: 92b287f4925fa1855b1c0d218fc2bb5e (MD5) Previous issue date: 2014-02-07 / The white mold of soybean, caused by Sclerotinia sclerotiorum, is causing great damage to the soybean crop in Brazil. It is a polyphagous fungus hard to control because it produces resistance structures called sclerotia, which can remain viable in the soil for several years. Aiming its control, various management strategies should be used as the control with alternative substances, biological control agents and fungicides. Thus, nine experiments were conducted in naturally infested areas by white mold in 2011/12 season in the counties of Arapoti/PR, Mauá-da-Serra/PR and Pinhão/PR, with an experiment of alternated control, a biological control and one of chemical control conducted at each site. The variables analyzed were incidence, severity, yield and numbers of sclerotia produced. The objective of the experiments of alternative control was to assess different alternative substances, foliar sprayed, isolated or combined with the fungicide fluazinam, for control of white mold in soybean. The alternative substances applied were sodium dichloroisocyanurate, benzalkonium chloride, pyrolysis extract, sodium hypochlorite, cobalt + molybdenum, sucrose, sodium bicarbonate and acibenzolar-S-methyl. As conclusions, it was observed that alternative substances applied in combination with the fungicide fluazinam provided lower severity of white mold in soybeans on the experiment conducted in Pinhão – PR, and fungicide fluazinam applied alone or in combination with alternative substances was effective in control of white mold in soybeans in locations with high incidence of the disease. The objective of the experiments of biological control was to evaluate different biological control agents sprayed foliar compared to the untreated control and the fungicide Fluazinam for control of white mold in soybean. The biological control agents used were: Thichoderma harzianum SC; Thichoderma asperellum EC; Thichoderma asperellum WG; Coniothyrium minitans and Bacillus subtilis. As conclusion, the biological control agents were not effective in controlling white mold of soybean in the conditions that were tested, and the fungicide fluazinam demonstrated lower incidence and severity of disease and higher yield of soybean when applied in areas with high potential inoculum. Finally, the objective of the experiments of chemical control was to verify the efficiency of the control of white mold in soybeans with the use of fungicides applied alone, in rotation, at different growth stages and in a mixture of two active ingredients. The fungicides used were carbendazim, thiophanate methyl, procymidone and fluazinam. As conclusion, the use of fungicides were effective in controlling the incidence and production of sclerotia of S. sclerotiorum in soybean, especially the combinations that had two or more applications of the active ingredient Fluazinam. / O mofo branco da soja, causada pelo fungo Sclerotinia sclerotiorum, vem causando grandes danos na cultura da soja no Brasil. Trata-se de um fungo polífago de difícil controle, pois produz estruturas de resistência denominadas escleródios, que podem permanecer viáveis no solo por vários anos. Visando seu controle, várias estratégias de manejo devem ser utilizadas, como o controle com substâncias alternativas, agentes de controle biológico e fungicidas. Diante disso, foram conduzidos nove experimentos em áreas naturalmente infestadas pelo mofo branco na safra 2011/12 nos municípios de Arapoti/PR, Mauá-da-Serra/PR e Pinhão/PR, sendo um experimento de controle alternativo, um de controle biológico e um de controle químico conduzidos em cada local. As variáveis analisadas foram incidência, severidade, rendimento e o número de escleródios produzidos. O objetivo dos experimentos de controle alternativo foi avaliar diferentes substâncias alternativas pulverizadas via foliar, isoladamente ou em combinação com o fungicida fluazinam para o controle do mofo branco em soja. Nos experimentos de controle alternativo as substâncias utilizadas foram: dicloroisocianurato de sódio, cloreto de benzalcônio, extrato pirolenhoso, hipoclorito de sódio, cobalto + molibdênio, sacarose, bicarbonato de sódio e acibenzolar-S-metil. Concluiu-se que as substâncias alternativas aplicadas em associação com o fungicida fluazinam proporcionaram menor severidade do mofo branco na cultura da soja no experimento conduzido em Pinhão – PR e a aplicação do fungicida fluazinam isolado ou em associação com as substâncias alternativas foi eficiente no controle do mofo branco na cultura da soja nos locais com alta incidência da doença. O objetivo dos experimentos de controle biológico foi avaliar diferentes agentes de controle biológico pulverizados via foliar em comparação ao tratamento controle e ao fungicida fluazinam para o controle do mofo branco em soja. Os agentes de controle biológico utilizados foram: Thichoderma harzianum SC; Thichoderma asperellum EC; Thichoderma asperellum WG; Bacillus subtilis e Coniothyrium minitans. Conclui-se que os agentes de controle biológico não foram eficazes no controle do mofo branco da soja nas condições em que foram testados e que o fungicida fluazinam proporcionou menor incidência e severidade do doença quando aplicado em áreas com elevado potencial de inóculo. E finalmente, o objetivo dos experimentos de controle químico foi verificar a eficiência de controle do mofo branco na soja com o uso de diferentes fungicidas aplicados isoladamente, em rotação, em diferentes estádios fenológicos e em mistura de dois princípios ativos. Os fungicidas utilizados foram carbendazim, tiofanato metílico, fluazinam e procimidona. Concluiu-se que os fungicidas testados proporcionaram menores níveis de incidência e menor produção de escleródios, principalmente as combinações que possuíam duas ou mais aplicações do princípio ativo fluazinam.
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OTIMIZAÇÃO E VALIDAÇÃO DE MÉTODOS DE DETECÇÃO DE Sclerotinia sclerotiorum EM SEMENTES DE SOJA E CANOLA, BASEADOS NA AMPLIFICAÇÃO LAMP

Grabicoski, Edilaine Mauricia Gelinski 22 February 2016 (has links)
Made available in DSpace on 2017-07-25T19:30:55Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2016-02-22 / Fundação Araucária de Apoio ao Desenvolvimento Científico e Tecnológico do Paraná / Sclerotinia sclerotiorum infect many plants, including crops of great economic importance as soybeans (Glycine max) and oilseed rape (Brassica sp.), responsible for great losses. The plant disease control is the most important practical objective of plant pathology, but the correct and rapid diagnosis are essential to define strategies for the diseases management. Molecular techniques are able to amplify specific fragments from small amounts of genetic material and powerful tools widely used in various areas, including the phytopathological diagnosis. Several techniques have been studied and designed for the amplification of nucleic acids, including the LAMP (Loop-mediated isothermal amplification), which has high specificity, sensitivity and is fast. The aim of this study was to develop and optimize a specific molecular test for S. sclerotiorum by LAMP, as well as its validation to oilseed pare and soybean seeds samples. A set of six primers was designed and evaluated for S. sclerotiorum sensitivity and specificity detection. The composition of the LAMP reaction was enhanced for real-time (SS-qLAMP) and direct analysis (SS-cLAMP). The DNA from 57 isolates of S. sclerotiorum, DNA from several other plant pathogens and DNA from different cultures was tested. The DNA of all isolates of S. sclerotiorum were detected but no the other DNA samples. When testing the limit of detection of reactions, a single copy detections was suggested. By SS-qLAMP two curves were generated which can be used to estimate the amount of mycelium and DNA of S. sclerotiorum present in the samples analyzed. Bothe developed tests (SS-qLAMP and SS-cLAMP) can be applied to several purposes, such as detection of the pathogen in plant, spore traps, soil and seeds samples. Using seed samples with different contamination level, the test was optimized for canola and soybean seeds, SS-qLAMP(Canola) and SS-qLAMP(Soybean), respectively, detecting the presence of the pathogen in samples up to 0.13% and 0.03% naturally contaminated for canola and soybean, respectively, and was able to detect contamination in samples not contaminated according incubation-based methods. The time require for the test was 4h and 30 minutes and 2 hours and 50 minutes for canola and soybeans, respectively, with no needs of large space for samples incubation, specialized analysts and able to analyzed many samples simultaneously. The proposed method SS-qLAMP was well-validated according the ISTA (International Seed Testing Association) rules to oilseed-rape and soybean seed samples. x / Sclerotinia sclerotiorum é um fungo que pode atacar diversas espécies vegetais, incluído culturas de grande importância econômica como soja (Glycine max) e canola (Brassica sp.), causando grandes prejuízos para as mesmas. O controle de doenças de plantas é o mais importante objetivo prático da Fitopatologia, mas, a correta e rápida diagnose da doença são pré-requisitos indispensáveis para definir as medidas para o manejo das mesmas. Técnicas moleculares capazes de amplificar fragmentos específicos a partir de pequenas quantidades de material genético são poderosas ferramentas amplamente utilizadas em diversas áreas, incluindo o diagnóstico fitopatológico. Diversas técnicas têm sido estudadas e criadas para a amplificação de ácidos nucleicos, entre elas a LAMP (Amplificação isotérmica mediada por “loops”), que apresenta alta especificidade, sensibilidade e é rápida. O objetivo do presente estudo foi desenvolver e otimizar um teste molecular específico para S. sclerotiorum a base de LAMP, com obtenção de resultados em tempo real e quantitativos (qLAMP) e análise visual direta de resultados (cLAMP), assim como a validação do mesmo para ser utilizado na análise de amostras de sementes de canola e soja. Um conjunto de seis primers foi desenhado e avaliado quanto a sensibilidade e especificidade de detecção de S. sclerotiorum. A composição da reação de LAMP foi otimizada quanto a concentração de diversos componentes tanto para a análise em tempo real como direta, compondo, respectivamente as reações de SS-qLAMP e SS-cLAMP, conforme necessário. Testou-se o DNA de 57 isolados de S. sclerotiorum, o DNA de diversos outros fitopatógenos e o DNA de diversas culturas. O DNA de todos os isolados de S. sclerotiorum foram detectados mas não o de outros fitopatógenos e de plantas. Ao testar o limite de detecção das reações, não houve um limite de detecção, sugerindo que a presença de qualquer molécula de DNA alvo seria detectada. Pelo método quantitativo foi possível gerar duas curvas pelas quais pode-se estimar a quantidade de micélio e de DNA de S. sclerotiorum presente na amostra analisada. Desenvolveu-se um teste específico para S. sclerotiorum a base de LAMP, denominada SS-LAMP que pode ser aplicado em diversos casos, como a detecção do patógeno em amostras de plantas, armadilhas de esporos, de solo e sementes. Otimizou-se o teste SS-LAMP para sementes de canola e soja, SS-qLAMP(Canola) e SS-qLAMP(Soja), respectivamente, detectando-se a presença do patógeno em amostras com até 0,13% e 0,03% de contaminação natural, para canola e soja, respectivamente, além da detecção em amostras que os métodos tradicionais não detectaram. O tempo total do método foi de 4h e 30 minutos para canola e 2h e 50 minutos para soja, sem a necessidade de amplo espaço para incubação das amostras, pessoal especializado para análise e com a possibilidade de diversas amostras serem analisadas concomitantemente. Assim validou-se o método proposto SS-qLAMP(Soja) segundo as regras da ISTA (International Seed Testing Association – Associação Internacional de Análise de Sementes).

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