O Brasil, como país detentor da maior biodiversidade mundial de plantas, possui um importante papel no desenvolvimento de pesquisas que auxiliem ou viabilizem a identificação de sua diversidade vegetal, como o estudo de marcadores moleculares adequados a esta tarefa. Fabaceae, Lauraceae e Myrtaceae são as famílias mais importantes da Flora Brasileira por apresentarem grande diversidade de gêneros e espécies e serem consideradas de difícil identificação pela taxonomia tradicional. Tendo em vista o potencial do rbcL na identificação molecular de plantas, este trabalho propôs estudar a eficiência deste marcador em identificar gêneros e espécies das três principais famílias de árvores da Flora do Estado de São Paulo. Foi criado um banco de sequências de rbcL contendo 160 espécies, o qual foi testado quanto sua eficiência de identificação através de um teste cego contendo as sequências inteiras (maior que 400 pares de base) e as sequências de tamanho reduzido em 300, 200 e 100 pb. O teste cego também foi realizado no banco de sequências mundial Boldsystems. Para a análise dos resultados foi utilizado o programa BLAST que busca similaridades entre as sequências. Os resultados evidenciaram a viabilidade do método ao mostrar que o rbcL identificou 100% dos gêneros arbóreos de Fabaceae e Myrtaceae, porém não podemos dizer o mesmo para identificar gêneros de Lauraceae e nem em nível específico para qualquer uma das famílias, já o teste de identificação com as sequências reduzidas mostrou que a sequência de rbcL da espécie a ser analisada deve conter mais que 400 pares de base para não comprometer a correta identificação de gênero. / Brazil, as the country with the greatest biodiversity in the world, has an important role in the development of research to help or enables the identification of its plant diversity, such as the study of suitable molecular markers for this task. Fabaceae, Lauraceae and Myrtaceae are the most important families of the Brazilian Flora because they present a large diversity of genera and species and are considered difficult to identify by the traditional taxonomy. Considering the potential of rbcL in the molecular identification of plants, this work aims to study the efficiency of this marker in identifying genera and species of the three main tree families of São Paulo State\'s Flora. A rbcL sequence Bank containing 160 tree species was created in order to test its efficiency through a blind test with whole and reduced sequences using the BLAST program that searches for similarities between sequences. The blind identification test was also performed using the Boldsystems database. The results showed that the rbcL can´t be indicated to identify Lauraceae tree genera, but can be indicated to successfully identify tree genera of Fabaceae and Myrtaceae. The test identification with reduced sequences showed that the analized specie must have at least 400pb to not compromise the correct genera identification.

This report investigates the presence of Nosema in Sweden. Nosema is an intracellular parasite within the order Microsporidia and is considered a global threat. The most recent academic study on the presence of Nosema in Sweden was published in 2013, however in that study no presence of Nosema in the north of Sweden was reported. The aim of this study was to explore the presence of Nosema in Sweden, particularly in the north of Sweden. Samples were gathered from different locations in Sweden, and thereafter analysed (n=74), 54 samples were analysed under microscope. A geographical map was created to establish the range of Nosema on a global perspective. PCR primers and FISH gene probes for molecular identification were evaluated and tested both in SILVA and in an own database created in the bioinformatics software package ‘ARB’. Main findings of the study were that Nosema were detected in two samples in Sweden and that further studies with more sophisticated methods and better sequencing needs to be developed in order to fully investigate the presence of Nosema in the north of Sweden.

[Truncated abstract] A common application of forensic entomology is the estimation of post-mortem interval (PMI). This is most frequently estimated from the age of calliphorid specimens collected from a corpse, and in many cases it is the immature stages that are encountered. A critical step in the estimation of PMI is the accurate identification of insects to species level, with misidentification potentially resulting in the application of unsuitable developmental data and therefore inaccuracy in the resulting estimate. Identification has long been attempted on a morphological basis, but complicated by the lack of larval keys to the Calliphoridae, limited diagnostic features in immature stages and the poor preservation of specimens. Standard practice in forensic entomology is the rearing of immatures collected from the corpse through to the more distinctive adult stages, however this process is time-consuming and may be hindered where specimens die during rearing. Furthermore, many cases are presented for forensic entomologist as an afterthought and specimens are already preserved. Consequently, a new approach to the identification of calliphorids is sought which will overcome the problems of the morphological and rearing methods. ... The culmination of this study is the consideration of applications of molecular data to forensic entomology. A sequence-specific priming (SSP) technique is presented for the identification of the forensically significant calliphorids of Australia and New Zealand, along with a new method for the extraction and storage of calliphorid DNA samples using Whatman FTA cards. These techniques will potentially improve the efficiency and accuracy of identification in the estimation of PMI using calliphorids. The use of calliphorid DNA is not limited to PMI estimation, but may also be applied to museum studies. DNA was extracted from pupal casings from 300 year old mummified corpses, however difficulty was encountered in amplifying the DNA reproducibly. This illustrates however, the wide-ranging implications of the calliphorid sequence data gathered in this study. This thesis makes a significant contribution to the consideration of the status of some global calliphorid species. The new technique presented for identification of Australian and New Zealand species is the culmination of an important body of data that will ultimately contribute to the strong foundation of forensic entomology and our future accuracy, efficiency and utility as a routine investigative tool.

Τα Gram αρνητικά βακτήρια είναι οι κύριοι αιτιολογικοί παράγοντες της περιοδοντικής νόσου, όπως τα βακτήρια Porphyromonas gingivalis, Actinοbacillus actinomycetemcomitans και Bacteroides forsythus. Σκοπός της εργασίας είναι η μοριακή ανίχνευση και ταυτοποίηση των βακτηρίων αυτών, σε δείγματα ασθενών με περιοδοντίτιδα, μέσω εντοπισμού ειδικών αλληλουχιών του DNA του γονότυπου κάθε παθογόνου. Τα δείγματα συλλέγονται σε PBS και DNA παρασκευάζεται με το QIAmp Tissue kit (Qiagen). Η μοριακή ανάλυση γίνεται με PCR και multiplex PCR, με ένα εκκινητή ειδικό για κάθε βακτήριο και ένα κοινό για τα τρία βακτήρια, για ειδική αλληλουχία του γονιδίου 16S rRNA.Το αποτέλεσμα της PCR ελέγχεται με ηλεκτροφόρηση αγαρόζης 2%.Η ταυτοποίηση του προϊόντος της PCR γίνεται με κατάτμηση του γενετικού υλικού με ειδικά ένζυμα περιορισμού. Ο προσδιορισμός της ευαισθησίας της μεθόδου γίνεται με συνεχείς αραιώσεις του DNA για κάθε βακτήριο και PCR.Εξετάστηκαν 42 δείγματα οδοντικής πλάκας. Τα εξεταζόμενα παθογόνα βακτήρια ανιχνεύτηκαν σε 40 δείγματα, εκ των οποίων: 15 περιέχουν τη Porphyromonas gingivalis, 6 τον Actinοbacillus actinomycetemcomitans και 19 το Bacteroides forsythus. Σε 5 δείγματα συνυπάρχουν τα βακτήρια Porphyromonas gingivalis και Bacteroides forsythus, ενώ σε 4 η Porphyromonas gingivalis και ο Actinοbacillus actinomycetemcomitans. Η μεθοδολογία αυτή παρουσιάζει υψηλή ειδικότητα καθότι δεν ανιχνεύεται μη ειδικό προϊόν PCR και υψηλή ευαισθησία, με το χαμηλότερο όριο ανίχνευσης για το Porphyromonas gingivalis είναι 280 pgr/αντίδραση και για το Actinοbacillus actinomycetemcomitans, 120 pgr/αντίδραση. Η υψηλή αποτελεσματικότητα, ειδικότητα και ευαισθησία μεθόδου, σε συνδυασμό με τον μικρό χρόνο ανάλυσης, καθιστούν τη μοριακή ανίχνευση και ταυτοποίηση των περιοδοντικά παθογόνων βακτηρίων αποτελεσματικότερη, σε σχέση με τις συμβατικές μεθόδους. / Gram- bacteria are the main aetiological factors for periodontal disease(i.e.Porphyromonas gingivalis, Actinοbacillus actinomycetemcomitans και Bacteroides forsythus). The aim of this study is the molecular identification of these bacterias in samples of patients with periodontal disease. The molecular analysis is performed with PCR and multiplex PCR.42 samples with dental plague were evaluated. The pathogenic bacterias were found in 40 of these samples. The great efficacy, sensitivity and speciality of the method make the molecular identification of the periodontal pathogenic bacteria more useful than the conventional methods.

Orientador: Eduardo Bagagli / Resumo: Os dermatófitos são um grupo de fungos constituídos pelos gêneros Trichophyton, Epidermophyton e Microsporum que têm a habilidade de degradar a queratina. É por essa razão que podem colonizar a pele do homem e dos animais, embora também possam crescer no ambiente, geralmente em solos com restos de queratina. As características morfológicas permitem a identificação e classificação taxonômica das espécies, mas realizar um diagnóstico baseado nestas características pode levar a erros. As técnicas moleculares ajudam a realizar diagnósticos mais rápidos baseados em uma identificação molecular e também têm possibilitado importantes avanços quanto aos estudos filogenéticos, sendo as sequências ITS1-5.8S-ITS2 as mais utilizadas. No entanto, estes marcadores não são suficientes para identificar e elucidar todas as relações filogenéticas e taxonômicas dos dermatófitos devido à ampla variedade de espécies existentes, -sendo necessário novos marcadores genéticos, como o intein PRP8. Os inteins são elementos genéticos parasitas, de natureza proteica, presentes em alguns fungos e estão associados a importantes genes altamente conservados. Ointein PRP8 está localizado nogenePRP8 que codifica para a proteína PRP8 associada ao complexo do spliciosoma. O presente estudo visa caracterizar o intein PRP8 em fungos dermatófitos, de forma a empregar estes elementos genéticos como marcadores moleculares para uma correta identificação destas espécies e elucidações das relações filogenéticas do grupo.... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Dermatophytes are a fungal group composed by the genera Trichophyton, Epidermophyton and Microsporum with the ability to degrade keratin. That is why they can colonize the skin of man and animals, although they can also grow in the environment, usually in soils with remains of keratin. The morphological characteristics allow the identification and taxonomic classification of the species, but a diagnosis based on these characteristics is difficult. Molecular techniques made diagnoses based on molecular identification faster and made possible important advances in phylogenetic studies, with ITS1-5.8s-ITS2 sequences being the most used. However, these markers are not enough to elucidate all the phylogenetic relationships and taxonomic of dermatophytes due to the wide variety of existing species, and new genetic markers may be needed for correct identification and phylogenetic studies, such as the PRP8 intein. Inteins are parasitic genetic elements of a protein nature present in some fungi and are associated with important highly conserved genes. The PRP8 intein is located within the PRP8 gene coding for the PRP8 protein associated with the spliciosome complex. The present study aims to characterize the PRP8 intein in dermatophyte fungi, in order to use these genetic elements as molecular markers for a correct identification of these species and elucidations of the phylogenetic relationships of the group. To accomplish this goal, 45 strains were molecularly characterized using th... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:26:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 RODRIGUES_Eduardo_2011.pdf: 3957020 bytes, checksum: 1b7344009b2439ce9b066bb71c3ffb02 (MD5) Previous issue date: 2011-12-12 / Financiadora de Estudos e Projetos / The taxonomic classification system of all organisms has been traditionally based in the comparative analysis of a wide range of morphological structures. In the last decades, the potential of physiological, cellular and molecular characteristics have been recognized in taxonomy, including phylogenetic and biogeographic aspects. This study focuses on the structural and evolutionary characterization of a region encompassing the 3 end of the mtDNA gene COI from sarcophagids and analyzed the contribution of this information for species identification, increasing the knowledge related to this family in the neotropical region. The Sarcophagidae family has approximately 2,600 species and their phylogenetic relationships are not well established for most genera and sub-genera. In this scenario, the characterization of nucleotide sequences for species identification in Sarcophagidae is a strategic approach that contributes for inferring phylogenetic relationships in this family. In this study, a 470 bp region from the COI gene was sequenced and characterized by structural and evolutionary analyses for five species: Peckia anguilla, Peckia collusor, Peckia ingens, Oxysarcodexia admixta e Oxysarcodexia paulistanensis. For comparative analyses we included ortholog sequences from three other sarcophagid species (P. intermutans, O. ventricosa e S. carnaria) and from the species C. hominivorax (Calliphoridae) e Haematobia irritans (Muscidae) available in GenBank. The intraspecific variation showed values between 0 e 0,01 and the interspecific variation varied from 0,07 - 0,151. Similarly to other Diptera families, the nucleotide composition of this region showed a high content of A and T (on average: A = 30.2%; T = 38.7%; C = 17.3% and G = 13.8%). The aminoacid composition presents higher abundance of Leucine, Phenylalanine and Tyrosine. Only eight divergent aminoacid positions were identified in comparative analysis of sarcophagid species, in addition to 3 positions that diverges from the insect COI protein structural model. Neighbor-joining analysis using Kimura-2P, an usual procedure in DNA barcodes analysis, distributed all species in monophyletic clusters, however the utility of this approach for resolving taxonomical conflicts requires additional sampling of specimens/species including a wide geographical coverage in order to provide a better characterization of intraspecific variation in these species. / O sistema de classificação taxonômica dos seres vivos tem sido tradicionalmente baseado na comparação de uma ampla gama de estruturas morfológicas. Nas últimas décadas, o potencial taxonômico de características fisiológicas, celulares e moleculares tem sido reconhecido, além de aspectos filogenéticos e biogeográficos. Este estudo focou a caracterização estrutural e evolutiva da região 3 do gene COI do DNAmt de espécies de sarcofagídeos e analisou a contribuição desta informação para fins de identificação taxonômica, ampliando o conhecimento sobre esta família na região neotropical. A família Sarcophagidae contém aproximadamente 2.600 espécies e suas relações filogenéticas não estão bem estabelecidas entre gêneros e sub-gêneros. Neste cenário, a caracterização de sequências nucleotídicas para identificação de espécies de Sarcophagidae é uma abordagem estratégica que também poderá contribuir na investigação de relações filogenéticas. Neste trabalho, foi seqüenciada e caracterizada estrutural e evolutivamente uma região de 470 pb do gene COI de cinco espécies de sarcofagídeos: Peckia anguilla, Peckia collusor, Peckia ingens, Oxysarcodexia admixta e Oxysarcodexia paulistanensis. Para as análises comparativas foram incluídas sequências ortólogas de outras 3 espécies de Sarcophagidae (P. intermutans, O. ventricosa e S. carnaria) e das espécies C. hominivorax (Calliphoridae) e Haematobia irritans (Muscidae) disponíveis no GenBank. A variação intraespecífica apresentou valores entre 0 e 0,01 e variação interespecífica variou entre 0,07 - 0,151. Similarmente a outras famílias de Diptera, a composição de nucleotídeos desta região apresentou uma maior abundância de A e T (em média: A = 30.2%; T = 38.7%; C = 17.3% e G = 13.8%). A composição de aminoácidos apresentou maior abundância de Leucina, Fenilalanina e Treonina. Foram identificadas apenas oito posições de aminoácidos divergentes nas análises comparativas entre as espécies de sarcofagídeos analisadas, além de 3 divergências (inserções) com relação ao modelo estrutural da proteína COI de insetos. A análise de Neighbor-joining utilizando Kimura-2P, procedimento utilizado em análises de DNA Barcodes , distribuíram as espécies em clados monofiléticos, entretanto a validação desta abordagem para auxiliar na resolução de conflitos taxonômicos requer a análise de uma amostragem maior de indivíduos de cada espécie - incluindo maior distribuição geográfica para caracterizar a amplitude da variação intraespecífica nestas espécies.

Submitted by Caroline Falcao (caroline.rfalcao@ufpe.br) on 2017-04-06T18:40:10Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) 2012-Dissertação-BillySantos.pdf: 1715330 bytes, checksum: 928f73e06e0a832aee3a63d319146b43 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-06T18:40:10Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) 2012-Dissertação-BillySantos.pdf: 1715330 bytes, checksum: 928f73e06e0a832aee3a63d319146b43 (MD5) Previous issue date: 2012 / A indústria alcooleira no Brasil perde anualmente vários milhares de reais devido a episódios de contaminação produzidos por bactérias. Além disso, outros milhares são gastos com o uso de antibióticos industriais para a contenção dessas contaminações. Infelizmente, não há ainda um catálogo completo de informações sobre todas as possíveis espécies bacterianas envolvidas na contaminação industrial, seus efeitos no processo e os fatores que levam a essas contaminações. Com a crescente demanda por fontes de energia renováveis, principalmente o etanol, grandes esforços têm sido feitos para aumentar a sua produção. Este trabalho tem como objetivo principal identificar as bactérias lácticas que entram no processo de fermentação alcoólica através do caldo de cana-de-açúcar com a utilização de ferramentas moleculares para uma rápida e eficiente identificação. Para foram realizadas coletas em quatro destilarias do Nordeste do Brasil durante a safra de 2007/2008. A identificação dos isolados foi realizada através da técnica ARDRA e pela análise do sequenciamento de DNA dos genes pheS e 16S. Os resultados obtidos mostram que os lactobacilos são os principais contaminantes do processo, com o Lactobacillus fermentumse destacando entre as demais. Também foi observado que entram no processo bactérias dos gene Weissella eLeuconostoc, com destaque para a W. confusa e o Leuc. mesenteroides que foram identificadas em três das destilarias estudadas. Além da identificação, os isolados de W. confusa e o Leuc. Mesenteroidesforam tipados pelo REP-PCR com o primer(GTG)5. Os resultados mostraram que, além da diversidade de espécies bacterianas detectadas, existe uma diversidade de linhagens dessas duas principais espécies no processo. A espécie Leuc. mesenteroides tem sido apontada como contaminante em processo de fermentação alcoólica industrial, sendo algumas linhagens capazes de causar a formação de dextrana, podendo causar danos ao processo fermentativo. Desta forma se faz necessário trabalhos futuros com o fim de correlacionar os perfis destas espécies com possíveis danos à fermentação, para que com este conhecimento possa ser criadas novas estratégias de controle destes microorganismos. / The alcohol industry in Brazil loses several thousand dollars each year due to episodes of contamination produced by bacteria. In addition, thousands more are spent on the industrial use of antibiotics to contain these contaminants. Unfortunately, there is still no complete catalog of all possible information about bacterial species involved in industrial pollution, its effects on the process and the factors that lead to these contaminants. With the growing demand for renewable energy sources, especially ethanol, great efforts have been made to increase production. This work has as main objective to identify lactic acid bacteria that enter the process of fermentation through thejuicesugarcane with the use of molecular tools for rapid and efficient identification. For this, samples were taken at four distilleries in northeastern Brazil during the harvest of 2007/2008. The identification of isolates was performed using the ARDRA technique and analysis of DNA sequencing of the pheSand 16S genes. The results show that lactobacilli are the main contaminants of the process with Lactobacillus fermentumstood out among the others. We also observed that bacteria enter the process of genus Weissellaand Leuconostoc, with emphasis on the W. confusedand Leuc. mesenteroidesthat were identified in three distilleries studied. Besides identification, the isolates of W. confusaand Leuc. mesenteroideswere typed by rep-PCR with the primer (GTG)5. The results showed that, in addition to the variety of bacterial species found, there are several lines of these two major species in the process. The species Leuc. mesenteroideshas been identified as a contaminant in industrial fermentation process, some strains can cause the formation of dextran, causing damage to the process. Thus further work is required in order to correlate the profiles of these species with possible damage to the fermentation, so that this knowledge can be created new control strategies such microorganisms.

Submitted by Cláudia Bueno (claudiamoura18@gmail.com) on 2016-01-27T16:27:50Z No. of bitstreams: 2 Tese - Fábio Silvestre Ataides - 2014.pdf: 2285867 bytes, checksum: 7c53025bcd16ddc4bc411b6f0415905a (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-01-28T11:43:48Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Fábio Silvestre Ataides - 2014.pdf: 2285867 bytes, checksum: 7c53025bcd16ddc4bc411b6f0415905a (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-28T11:43:48Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese - Fábio Silvestre Ataides - 2014.pdf: 2285867 bytes, checksum: 7c53025bcd16ddc4bc411b6f0415905a (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2014-08-26 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The Candida species are associated with clinical manifestations that can characterize from superficial infections up to systemic involvement. Non-albicans species are considered emerging, and Candida parapsilosis is the main etiological agent in several casuistics. The secondary alcohol dehydrogenase (SADH) gene amplification and restriction fragment analysis by enzyme digestion BanI allows differentiation of C. parapsilosis in a species complex formed by C. parapsilosis sensu stricto, C. orthopsilosis and C. metapsilosis that may present behaviors different virulence and response to antifungal agents. Thus, this study aims to identify the species of the C. parapsilosis complex, obtained from mycology collection of the Mycology Laboratory of the Institute of Tropical Pathology and Public Health, Federal University of Goiás, using molecular methods, as well as the characterization of factors virulence and in vitro susceptibility to different antifungal agents. For the distinction between the species, was performed a polymerase chain reaction followed by digestion with restriction enzyme BanI. After the identification of 87 isolates from blood (54) and nails (33), the determination of virulence factors such as proteases, esterase, phospholipase, hemolysins, adhesion, biofilm formation and switching phenomenon were performed. The profile of in vitro susceptibility to amphotericin B, fluconazole, itraconazole, voriconazole, posaconazole and caspofungin were performed using the Etest® method. The results showed that C. parapsilosis sensu stricto is the most common in our region (78), followed by C.orthopsilosis (5) C. metapsilosis (4). There was no difference between the behavior of virulence by the three species, but noted that there is divergence in the susceptibility to antifungal agents. Isolates of C. parapsilosis sensu stricto were less susceptible to amphotericin B, itraconazole and caspofungin compared with the susceptibility patterns of C. orthopsilosis and C. metapsilosis. A percentage of 10.2% of the isolates of C. parapsilosis sensu stricto no were susceptible to caspofungin. This paper reports the first identification of species of the C. parapsilosis complex in the state of Goiás, Brazil, and shows the importance of determining antifungal susceptibility to appropriate therapy. / As espécies do gênero Candida estão relacionadas com manifestações clínicas que podem caracterizar desde infecções superficiais até um acometimento sistêmico. Espécies não-albicans, são consideradas emergentes, sendo que Candida parapsilosis é o principal agente etiológico em várias casuísticas. A amplificação do gene Secondary Alcohol Dehydrogenase (SADH) e a análise dos fragmentos de restrição pela enzima de digestão BanI, permite a diferenciação de C. parapsilosis em um complexo de espécies formado pela C. parapsilosis sensu stricto, C. orthopsilosis e C. metapsilosis, que podem apresentar comportamentos diferentes de virulência e resposta aos antifúngicos. Deste modo, este trabalho se propõe a identificar as espécies pertencentes ao complexo C. parapsilosis, obtidas da micoteca do Laboratório de Micologia do Instituto de Patologia Tropical e Saúde Pública da Universidade Federal de Goiás, usando métodos moleculares, bem como a caracterização dos fatores de virulência, e perfil de suscetibilidade in vitro a diferentes agentes antifúngicos. Para a distinção entre as espécies foi realizado a reação em cadeia da polimerase (PCR) seguido de digestão pela enzima de restrição BanI. Após a identificação de 87 isolados obtidos de sangue (54) e de unhas (33), foi realizada a determinação dos fatores de virulência como proteinases, esterase, fosfolipase, hemolisinas, aderência, formação de biofilme e fenômeno switching. O perfil de suscetibilidade a anfotericina B, fluconazol, itraconazol, voriconazol, posaconazol e caspofungina foi realizado usando-se o método de Etest®. Os resultados mostraram que C. parapsilosis sensu stricto é a mais frequente na nossa região (78), seguido de C. orthopsilosis (5) e C. metapsilosis (4). Não se verificou diferença entre o comportamento de virulência pelas três espécies, mas foi observado que há divergência na suscetibilidade aos agentes antifúngicos. Isolados de C. parapsilosis sensu stricto foram menos suscetíveis a anfotericina B, itraconazol e caspofungina quando comparados com os padrões de suscetibilidade de C. orthopsilosis e C. metapsilosis. Um percentual de 10,2% dos isolados de C. parapsilosis sensu stricto apresentaram-se não suscetíveis a caspofungina. Este trabalho relata pela primeira vez a identificação de espécies do complexo C. parapsilosis no estado de Goiás, Brasil, e mostra a importância de determinação de suscetibilidade antifúngica para uma terapia adequada.

O Brasil, como país detentor da maior biodiversidade mundial de plantas, possui um importante papel no desenvolvimento de pesquisas que auxiliem ou viabilizem a identificação de sua diversidade vegetal, como o estudo de marcadores moleculares adequados a esta tarefa. Fabaceae, Lauraceae e Myrtaceae são as famílias mais importantes da Flora Brasileira por apresentarem grande diversidade de gêneros e espécies e serem consideradas de difícil identificação pela taxonomia tradicional. Tendo em vista o potencial do rbcL na identificação molecular de plantas, este trabalho propôs estudar a eficiência deste marcador em identificar gêneros e espécies das três principais famílias de árvores da Flora do Estado de São Paulo. Foi criado um banco de sequências de rbcL contendo 160 espécies, o qual foi testado quanto sua eficiência de identificação através de um teste cego contendo as sequências inteiras (maior que 400 pares de base) e as sequências de tamanho reduzido em 300, 200 e 100 pb. O teste cego também foi realizado no banco de sequências mundial Boldsystems. Para a análise dos resultados foi utilizado o programa BLAST que busca similaridades entre as sequências. Os resultados evidenciaram a viabilidade do método ao mostrar que o rbcL identificou 100% dos gêneros arbóreos de Fabaceae e Myrtaceae, porém não podemos dizer o mesmo para identificar gêneros de Lauraceae e nem em nível específico para qualquer uma das famílias, já o teste de identificação com as sequências reduzidas mostrou que a sequência de rbcL da espécie a ser analisada deve conter mais que 400 pares de base para não comprometer a correta identificação de gênero. / Brazil, as the country with the greatest biodiversity in the world, has an important role in the development of research to help or enables the identification of its plant diversity, such as the study of suitable molecular markers for this task. Fabaceae, Lauraceae and Myrtaceae are the most important families of the Brazilian Flora because they present a large diversity of genera and species and are considered difficult to identify by the traditional taxonomy. Considering the potential of rbcL in the molecular identification of plants, this work aims to study the efficiency of this marker in identifying genera and species of the three main tree families of São Paulo State\'s Flora. A rbcL sequence Bank containing 160 tree species was created in order to test its efficiency through a blind test with whole and reduced sequences using the BLAST program that searches for similarities between sequences. The blind identification test was also performed using the Boldsystems database. The results showed that the rbcL can´t be indicated to identify Lauraceae tree genera, but can be indicated to successfully identify tree genera of Fabaceae and Myrtaceae. The test identification with reduced sequences showed that the analized specie must have at least 400pb to not compromise the correct genera identification.

Plantas apresentando folhas com deformações do tipo bolhas, menor quantidade de vagens de tamanho reduzido e contendo menor número de sementes, vagens que não completaram a maturação e coloração verde da parte aérea no final do ciclo foram observadas em campos de produção. As plantas foram analisadas visando à detecção de fitoplasmas e a sua identificação molecular. Para isto, o DNA total das plantas amostradas foi submetido ao teste de duplo PCR conduzido com primers específicos para a região do 16S rDNA de fitoplasmas. As amplificações evidenciaram que fitoplasmas estavam presentes em tecidos de plantas sintomáticas. O duplo PCR realizado com primers grupo-específicos revelou a ocorrência de fitoplasmas afiliados aos grupos 16SrI e 16SrIII. As análises virtuais de RFLP, baseadas no sequenciamento da referida região genômica, permitiram identificar um dos fitoplasmas como pertencente ao subgrupo 16SrI-B. Os valores de coeficientes de similaridade, calculados com base nos padrões de restrição gerados in silico por 17 enzimas, confirmaram a identidade deste fitoplasma. Ainda, mapas de restrição mostraram que o fitoplasma encontrado em plantas de soja apresentava sítios putativos de restrição idênticos a um fitoplasma típico do grupo 16SrI-B. A análise filogenética, envolvendo o fitoplasma alvo deste estudo e fitoplasmas representantes de alguns grupos e subgrupos relatados no Brasil, mostrou que o fitoplasma da soja estava estritamente relacionado com aqueles componentes do grupo 16SrI. O fitoplasma em estudo emergiu do mesmo ramo da árvore filogenética também compartilhado por fitoplasmas do grupo 16SrI, confirmando os resultados dos demais testes moleculares. Os resultados gerados neste trabalho evidenciaram que a soja pode ser considerada como mais um hospedeiro de fitoplasmas pertencentes aos grupos 16SrI e 16SrIII, os quais tem sido relatados em associação com diversas doenças de plantas que ocorrem no Brasil. Este estudo também gera informações que podem contribuir para aumentar os conhecimentos sobre este emergente grupo de agentes causais de doença. / Plants exhibiting leaf deformation type bubbles, low quantities of pods of reduced size containing few seeds, pods not mature, and green color of stem and leaves in the end of crop growth were observed in commercial fields. The plants were tested for the detection of phytoplasmas and their molecular identification. For this, the total DNA of plants sampled was submitted to nested PCR assays conducted with universal primers for amplification of a fragment corresponding to the 16S rDNA of phytoplasmas. The amplifications revealed the presence of phytoplasmas in tissues of symptomatic plants. For identification, nested PCR performed with group-specific primers demonstrated the occurrence of phytoplasmas affiliated to the groups 16SrI and 16SrIII. The virtual RFLP analysis, based on the sequencing of DNA fragments generated from nested PCR with universal primers, allowed the identification of a phytoplasma belonging to the subgroup 16SrI-B. The values of similarity coefficients, calculated on the basis of restriction patterns generated in silico for 17 enzymes, confirmed the identity of this phytoplasma. Furthermore, restriction maps showed that the phytoplasma found in soybean plants had putative restriction sites identical to those phytoplasma of the group 16SI-B. Phylogenetic analysis, involving the phytoplasma identified in the present study and representatives of some groups and subgroups previously reported in Brazil, showed that the soybean phytoplasma was closely related to phytoplasmas belonging to group 16SrI. The studied phytoplasma and phytoplasmas belonging to group 16SrI emerged from the same branch, confirming the results obtained by PCR and RFLP analysis. Also, based on the results, soybean could be considered as a host for phytoplasmas belonging to the group 16SrI and 16SrIII, which has been reported in association with various diseases that occur in Brazil. The present study may contribute to improve the knowledge about this emerging group of causal agents of disease.