Made available in DSpace on 2018-08-24T22:53:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_5985_.pdf: 3322214 bytes, checksum: 3d8e7bb7e84e804e27b3d164733aa92a (MD5) Previous issue date: 2012-04-23 / A região da Ilha das Caieiras, na cidade de Vitória (ES) está localizada no entorno do estuário da Baía de Vitória e próxima a uma extensa área de manguezal urbano. É habitada por uma população que diariamente extrai diversos frutos do mar dessa área para consumo próprio e comercialização. Estudos preliminares realizados recentemente na região já mostraram a contaminação da água e de moluscos bivalves por microrganismos patogênicos provenientes de contaminação fecal. O presente trabalho teve por objetivo ampliar o conhecimento da qualidade microbiológica dos bivalves (sururu de mangue: Mytella guyanensis, sururu de coroa: Mytella charruana e ostra: Crassostrea rhizophorae) procedentes de dois pontos do estuário desta área de manguezal, ao longo de 13 meses de monitoramento (Janeiro/2011 - Janeiro/2012). Foram avaliadas um total de 31 amostras para presença de coliformes termotolerantes (CT) e vírus entéricos (adenovírus AdV; rotavírus RV; e norovírus NoV GII), utilizando-se a nested-PCR e PCR quantitativa em tempo real (qPCR). Também foram avaliados parâmetros físico-químicos da água próxima ao ponto de coleta dos bivalves. Os resultados das análises microbiológicas do sururu de coroa (n=13), sururu de mangue (n=5) e ostra de mangue (n=13) demonstraram alta prevalência de CT, com médias geométricas de 1,47x105, 1,47x105 e 4,24x104 UFC/100g de tecido, respectivamente. Nas amostras de água a concentração de CT apresentou-se em conformidade com o padrão exigido para águas recreacionais. Vírus entéricos foram detectados pela nested e qPCR nos mesmos bivalves com frequências variando entre 31 54% para AdV, 54 70% para RV e 54 85% para NoV GII. A presença de AdV e RV esteve correlacionada positivamente à turbidez e aos sólidos dissolvidos totais (SDT). Nas amostras de água do estuário, os valores máximos quantificados foram 3,0x102, 3,2x104 e 1,6x101 CG/100 mL para AdV, RV e NoV, respectivamente. A elevada contaminação viral e bacteriológica das amostras indica que esta área continua sob impacto antropogênico resultante do despejo de esgoto sanitário na região, e que o consumo de diferentes espécies de bivalves procedentes do manguezal da Ilha das Caieiras apresenta um potencial risco de causar doenças gastrointestinais aos consumidores, especialmente se ingeridos crus.

Neste estudo, 26 amostras de ostras (Crassostrea gigas) comercializadas na cidade de São Paulo e em alguns pontos do litoral de São Paulo, e 36 amostras de mexilhões (Perna perna) colhidas mensalmente em 3 pontos do litoral de Ubatuba - SP, foram submetidas à pesquisa de vibrios potencialmente patogênicos. As amostras desses moluscos eram submetidas a enriquecimento em água peptonada alcalina sem cloreto de sódio e com 1 por cento de cloreto de sódio, e GSTB. O isolamento foi realizado em ágar TCBS. Colônias sacarose positivas e negativas, sugestivas de espécies de Vibrio foram identificadas presuntivamente em meio de ágar ferro de Kligler, sendo confirmadas através de provas bioqufmicas complementares. Uma parte das amostras de vibrios potencialmente patogênicos isoladas foi submetida ao teste de Dean e teste de alça ligada em íleo de coelhos. Os vibrios potencialmente patogênicos encontrados em amostras de ostras foram V. alginolyticus (81 por cento ), V.parahaemolyticus (77 por cento ), V. cholerae não 0:1 (31 por cento ), V. fluvialis (27 por cento ), V. furnissii (19 por cento ), V. mimicus (12 por cento ) e V. vulnificus (12 por cento ) e em amostras de mexilhões foram V. alginolyticus(97 por cento ), V. parahaemolyticus(75 por cento ), V. fluvialis (47 por cento ), V. vulnificus (11 por cento ), V. cholerae não 0:1 (6 por cento ), V. furnissii (6 por cento ) e V. mimicus (6 por cento ). Observou-se acúmulo de fluido em alça ligada de íleo de coelho entre 0,25 e 0,49 ml/cm em 6,9 por cento das amostras, entre 0,5 e 0,99 ml/cm em 15,6 por cento e maior ou igual a 1 ml/cm em 15,1 por cento , e/ou intestino de camundongos lactentes (Teste de Dean) em 26,6 por cento das amostras testadas, confirmando o elevado potencial desses microrganismos em causar gastrenterite. Verificou-se ausência de variação sazonal e também, de correlação entre os vibrios potencialmente patogênicos isolados e os indicadores de contaminação fecal, confirmando que a presença desses microrganismos ocorre de forma autóctone e que, as condições climáticas foram favoráveis à sobrevivência dessas espécies em todas as épocas do ano. Considerando-se os resultados obtidos no presente estudo e o fato de que ostras e mexilhões são habitualmente ingeridos crus ou insuficientemente cozidos, pode-se concluir que sua ingestão constitui-se em um determinado grau de risco para a saúde do consumidor. / In this work, 26 oysters samples (Crassostrea gigas), found in the market of São Paulo city and some coastal areas of São Paulo State, and 36 mussels samples (Perna perna), that were collected monthly in 3 coastal areas of Ubatuba city - SP., were analyzed for the potential patogenic vibrios occurrence. Samples were enriched in alcalin peptone water with (1 per cent ) and without sodium cloride and GSTB. Isolation was performed on TCBS agar. suspect sacharosis positive and negative colonies, resembling vibrio species, were presumptively identified on Kligler iron agar, and confirmed by complementary biochemical tests. Some of this potential patogenic vibrios were submitted to suckling mouse assay and rabbit ileal loop assay. Potential patogenic vibrios isolated from oyster samples were: V. alginolyticus (81 per cent ), V. parahaemolyticus (77 per cent ), V. cholerae non 0:1 (31 per cent ), V. fluvialis (27 per cent ) I V. furnissii (19 per cent ), V. mimicus (12 per cent ) and V. vulnificus (12 per cent ) and from mussels samples were: V. a.1ginolyticus (97 per cent ), V. parabaemolyticus (75 per cent ), V. fluvialis (47 per cent ), V. vulnificus (11 per cent ), V. cholerae non 0:1 (6 per cent ), V. furnissii (6 per cent ) and V. mimicus (6 per cent ). It was found 6,9 per cent of samples between 0,25 and 0,49 ml/cm of fluid accumulation in ileal loop assay, 15,6 per cent between 0,5 and 0,99 ml/cm and 15,1 per cent was equal or higher than 1 ml/cm. Among the samples assayed for suckling mouse 26,6 per cent were positive. These results confirm the high potential of these microrganisms to induce gastroenteritis. Seasonal variation as well as correlation between the potential patogenic vibrios isolated and the fecal contamination indicators were not found, confirming that the presence of such microrganisms occurs autochthonously and that the climate conditions were favourable to these species survival during the whole year. with the results of this work and considering that oyster and mussels are usually ingested raw or insufficiently cooked, the conclusion is that the ingestion of such mollusks presents a certain degree of risk for the consumer\'s health.

A Actuopaleontologia é o ramo da Paleontologia que visa aperfeiçoar as interpretações paleoambientais e paleoecológicas através das assinaturas tafonômicas, principalmente aquelas presentes em conchas bivalves. Tais estudos tafonômicos com bivalves marinhos têm sido conduzidos em ambientes sedimentares do Holoceno, porém, no Brasil, investigações similares são ainda incipientes, tendo sua predominância no litoral norte do Estado de São Paulo. O Complexo Estuarino de Paranaguá (CEP), situado na porção centro-norte do litoral do Paraná, possui feições fisiográficas distintas das encontradas no litoral norte do Estado de São Paulo. Com o objetivo de gerar dados comparativos entre os diferentes ambientes da costa brasileira, este estudo pretende caracterizar tafonomicamente as associações de moluscos bivalves em 11 pontos de coleta ao longo do CEP. Foram coletados oito litros de sedimento com a utilização de pegador de fundo tipo Petersen, em parceria com o Laboratório de Oceanografia Geológica (LOGeo CEM/UFPR). As assinaturas tafonômicas analisadas, podendo ser de origem química, física e/ou biológica, foram: articulação, tipo de valva, fragmentação, modificação da margem da concha, corrasion, perióstraco, brilho, cor, bioerosão, incrustação e predação. A ação dessas assinaturas pode resultar em outra assinatura tafonômica aqui analisada, a alteração da textura da superficial da concha. Foram analisados 150 bioclastos de cada um dos pontos de coleta, e cada assinatura tafonômica foi classificada individualmente. Os bioclastos foram peneirados em malhas de 2 mm para que as menores classes de tamanho não fossem excluídas das análises tafonômicas. Além dos bioclastos, foram coletadas amostras da água junto ao fundo dos locais amostrados, para registro de pH, salinidade, temperatura e turbidez. Ao total, 1.438 bioclastos foram utilizados nas análises tafonômicas e, das 11 estações de coleta, apenas duas não apresentaram o n mínimo de 150 conchas. Os dados abióticos não apresentaram grandes diferenças nas diferentes estações de coleta. A análise de cluster foi feita levando-se em consideração todas as assinaturas tafonômicas estudadas, e um dendograma geral relacionou os 9 pontos de coleta em que obteve-se o mínimo de 150 bioclastos. O dendograma gerado nesta análise mostrou quais as acumulações de moluscos bivalves e seus respectivos pontos de coleta estão mais semelhantes. Há um primeiro grupo formado pelas estações 683, 336, 482, 696 e 32. Com exceção da estação 32, as estações reunidas no primeiro grupo são os pontos de coleta mais próximos às desembocaduras do CEP, região de maiores profundidades e fortes correntes de marés. O segundo grupo é formado pelas estações 607, 152, 645 e 472, sendo pontos de coleta mais internos na área do CEP, próximos a ilhas, manguezais e bancos de areia. As assinaturas alteração da cor, brilho, modificação da margem, perióstraco e corrasion não parecem ser assinaturas úteis na identificação ou para uma possível caracterização dos diferentes ambientes do CEP. Isto porque elas não são variáveis entre esses diferentes ambientes. Houve predominância de desarticulação e fragmentação das valvas em todos os ambientes estudados, sendo possível que a fragmentação esteja sobre maior influência dos danos biológicos. Bioerosão e incrustação não apareceram em frequências expressivas, porém, apenas as estações de coleta próximas a desembocadura do CEP apresentaram bioeorosão, enquanto incrustação apareceu em todas as estações. A textura superficial da concha correlacionou-se positivamente com as assinaturas corrasion e bioerosão. / Actuopaleontology is the branch of Paleontology that aims to enhance paleoecological and paleoenvironmental interpretations, through the taphonomic signatures, especially those in bivalve shells. Such taphonomic studies with marine bivalves have been conducted in sedimentary Holocene environments, however, in Brazil, similar investigations are still incipient, having its predominance in the northern coast of São Paulo. The Paranaguá Estuarine Complex (CEP), situated in the north central portion of the Paraná coast, has different physiographic characteristics of those found in the north coast of São Paulo. In order to generate comparative data between different environments of the Brazilian coast, this study aims to characterize the taphonomy of bivalve mollusk associations from 11 collection stations along the CEP. Eight liters of sediment were collected with background catcher Petersen, in partnership with the Laboratory of Geological Oceanography (LOGeo - CEM/UFPR). The taphonomic signatures analyzed, which may be of chemical, physical and/or biological origin, were: articulation, valve type, fragmentation, edge modification, corrasion, periostracum, brightness, color, bioerosion, encrustation and predation. The action of these signatures may result in other taphonomic signature analyzed here, the alteration of shell superficial texture. 150 bioclasts were analyzed from each collection point and each taphonomic signature was individually classified. The bioclasts were sieved through mesh of two millimeter, so that classes of smaller size were not excluded from the taphonomic analyzes. In addition, water samples were collected at the bottom of each station for analysis of pH, salinity, temperature and turbidity. In total, 1,438 bioclasts were used in the taphonomic analysis and only two stations did not show the minimum n of 150 shells. Abiotic data showed no great differences in the different sampling stations. The cluster analysis was performed taking into account all studied taphonomic signatures, and a general dendrogram listed the collection points that showed the minimum of 150 bioclasts. The dendrogram generated in this analysis showed which accumulations of bivalve molluscs and their respective collection points are more similar. There is a first group formed by the stations 683, 336, 482, 696 and 32. With the exception of station 32, the stations on the first group are the closest to the mouths of the CEP, region of greater depths and strong tidal currents. The second group is formed by stations 607, 152, 645 and 472, being the more internal collection points, near islands, mangroves and sandbanks. The signatures color, brightness, edge modification, periostracum and corrasion do not seem to be useful in identifying or for a possible characterization of the different environments of the CEP, because they are not variable between these different environments. There was predominance of disarticulation and fragmentation of the valves in all study sites, being possible that the fragmentation was influenced more by biological damages. Bioerosion and encrustation did not appear in expressive frequencies, however, only the stations near the mouth of the CEP presented bioeorosão, while encrustation appeared in all stations. The surface texture of the shell was correlated positively with the sigantures corrasion and bioerosion.

Neste estudo, 26 amostras de ostras (Crassostrea gigas) comercializadas na cidade de São Paulo e em alguns pontos do litoral de São Paulo, e 36 amostras de mexilhões (Perna perna) colhidas mensalmente em 3 pontos do litoral de Ubatuba - SP, foram submetidas à pesquisa de vibrios potencialmente patogênicos. As amostras desses moluscos eram submetidas a enriquecimento em água peptonada alcalina sem cloreto de sódio e com 1 por cento de cloreto de sódio, e GSTB. O isolamento foi realizado em ágar TCBS. Colônias sacarose positivas e negativas, sugestivas de espécies de Vibrio foram identificadas presuntivamente em meio de ágar ferro de Kligler, sendo confirmadas através de provas bioqufmicas complementares. Uma parte das amostras de vibrios potencialmente patogênicos isoladas foi submetida ao teste de Dean e teste de alça ligada em íleo de coelhos. Os vibrios potencialmente patogênicos encontrados em amostras de ostras foram V. alginolyticus (81 por cento ), V.parahaemolyticus (77 por cento ), V. cholerae não 0:1 (31 por cento ), V. fluvialis (27 por cento ), V. furnissii (19 por cento ), V. mimicus (12 por cento ) e V. vulnificus (12 por cento ) e em amostras de mexilhões foram V. alginolyticus(97 por cento ), V. parahaemolyticus(75 por cento ), V. fluvialis (47 por cento ), V. vulnificus (11 por cento ), V. cholerae não 0:1 (6 por cento ), V. furnissii (6 por cento ) e V. mimicus (6 por cento ). Observou-se acúmulo de fluido em alça ligada de íleo de coelho entre 0,25 e 0,49 ml/cm em 6,9 por cento das amostras, entre 0,5 e 0,99 ml/cm em 15,6 por cento e maior ou igual a 1 ml/cm em 15,1 por cento , e/ou intestino de camundongos lactentes (Teste de Dean) em 26,6 por cento das amostras testadas, confirmando o elevado potencial desses microrganismos em causar gastrenterite. Verificou-se ausência de variação sazonal e também, de correlação entre os vibrios potencialmente patogênicos isolados e os indicadores de contaminação fecal, confirmando que a presença desses microrganismos ocorre de forma autóctone e que, as condições climáticas foram favoráveis à sobrevivência dessas espécies em todas as épocas do ano. Considerando-se os resultados obtidos no presente estudo e o fato de que ostras e mexilhões são habitualmente ingeridos crus ou insuficientemente cozidos, pode-se concluir que sua ingestão constitui-se em um determinado grau de risco para a saúde do consumidor. / In this work, 26 oysters samples (Crassostrea gigas), found in the market of São Paulo city and some coastal areas of São Paulo State, and 36 mussels samples (Perna perna), that were collected monthly in 3 coastal areas of Ubatuba city - SP., were analyzed for the potential patogenic vibrios occurrence. Samples were enriched in alcalin peptone water with (1 per cent ) and without sodium cloride and GSTB. Isolation was performed on TCBS agar. suspect sacharosis positive and negative colonies, resembling vibrio species, were presumptively identified on Kligler iron agar, and confirmed by complementary biochemical tests. Some of this potential patogenic vibrios were submitted to suckling mouse assay and rabbit ileal loop assay. Potential patogenic vibrios isolated from oyster samples were: V. alginolyticus (81 per cent ), V. parahaemolyticus (77 per cent ), V. cholerae non 0:1 (31 per cent ), V. fluvialis (27 per cent ) I V. furnissii (19 per cent ), V. mimicus (12 per cent ) and V. vulnificus (12 per cent ) and from mussels samples were: V. a.1ginolyticus (97 per cent ), V. parabaemolyticus (75 per cent ), V. fluvialis (47 per cent ), V. vulnificus (11 per cent ), V. cholerae non 0:1 (6 per cent ), V. furnissii (6 per cent ) and V. mimicus (6 per cent ). It was found 6,9 per cent of samples between 0,25 and 0,49 ml/cm of fluid accumulation in ileal loop assay, 15,6 per cent between 0,5 and 0,99 ml/cm and 15,1 per cent was equal or higher than 1 ml/cm. Among the samples assayed for suckling mouse 26,6 per cent were positive. These results confirm the high potential of these microrganisms to induce gastroenteritis. Seasonal variation as well as correlation between the potential patogenic vibrios isolated and the fecal contamination indicators were not found, confirming that the presence of such microrganisms occurs autochthonously and that the climate conditions were favourable to these species survival during the whole year. with the results of this work and considering that oyster and mussels are usually ingested raw or insufficiently cooked, the conclusion is that the ingestion of such mollusks presents a certain degree of risk for the consumer\'s health.

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia, Florianópolis, 2010 / Made available in DSpace on 2012-10-25T08:15:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 286371.pdf: 1947104 bytes, checksum: 68df212a986afad58f62e633e601bcc8 (MD5) / Patógenos virais humanos têm sido associados a muitos episódios de gastrenterites, bem como a doenças relacionadas ao consumo de moluscos contaminados. O risco pode ser reduzido por um tratamento destes moluscos visando sua auto-limpeza previamente a sua comercialização. A depuração de moluscos reduz os níveis de microrganismos presentes na carne, diminuindo a chance de uma potencial infecção associada ao seu consumo in natura. Em um sistema de depuração, a água do mar pode ser recirculada pelo menos por 24 horas e, durante este ciclo, a água é tratada química ou fisicamente para eliminar a contaminação por microrganismos. Neste trabalho, um sistema fechado de depuração de moluscos foi testado para eliminar os patógenos virais em ostras. Além disso, a capacidade do cloro livre em inativar esses vírus, bem como a estabilidade viral em água do mar, com e sem radiação U.V. foram investigadas. Para os ensaios de depuração, ostras (Crassostrea gigas) foram artificialmente contaminadas em aquários, contendo água do mar semeada com Vírus da Hepatite A (HAV) e Adenovírus Humano (HAdV5). Em seguida, as ostras foram colocadas no tanque de depuração, e foram analisadas após 48h, 72h e 96h. Em cada amostragem, o trato gastrointestinal das ostras foi homogeneizado e processado visando a eluição das partículas virais. Para os estudos de desinfecção pelo uso do cloro, água do mar natural e artificial foram semeadas com Norovírus Murino 1 (MNV-1), HAdV2 e Poliomavírus JC (JCPyV) e tratadas com uma concentração inicial de cloro livre de 2,5 mg/l, por 60min. Para os ensaios de estabilidade viral em água do mar e desinfecção viral por luz U.V., 300L de água do mar foram semeadas com o HAV, MNV-1 e HAdV2 e tratados com U.V. (36W), em um mini-tanque de depuração, com recirculação por 120h. Um litro de água do mar foi coletado a cada 24h em até 120h e as amostras de água foram tratadas pelo método de floculação com leite acidificado para adsorção e concentração das partículas virais. O monitoramento viral nos tecidos das ostras e água do mar foi avaliado por métodos moleculares (PCR e q(RT)-PCR), e por métodos de cultura celular associados a métodos moleculares ou imunológicos (ICC-PCR, RT-PCR ICC, IFA, Citometria de Fluxo e Ensaio de Placas de Lise). A detecção por PCR, em amostras de ostras, mostrou que o genoma de HAdV5 foi detectado em todos os períodos de amostragem, e o genoma do HAV foi detectado até 72 h. Os testes envolvendo viabilidade viral por ICC-PCR, demonstraram uma inativação viral progressiva, nas ostras, ao longo das 96h de recirculação de água do mar tratada com luz U.V. Nos ensaios de desinfecção por cloro, após 30 minutos de tratamento de água do mar, foi observada uma redução de ~2log10 e ~3log10 para MNV-1 e HAdV2, respectivamente, com base nos resultados q(RT) PCR. Quando a infecciosidade viral foi analisada, uma redução de mais de 4log10 foi observada para MNV-1, enquanto HAdV2 apresentou uma redução de ~ 2.3log10, mantendo-se infeccioso após 60 minutos. JCPyV apresentou em média uma redução de 1,6 log10, quando avaliado por qPCR. Não houve diferenças na cinética de desinfecção viral observadas em água do mar natural e artificial. Para os ensaios de estabilidade viral em água do mar tratada ou não com luz U.V., com base nos resultados q(RT)-PCR, foram observadas cinéticas diferentes para cada vírus em 120 horas de contato. Reduções de ~ 5log10 e 3log10, em 120h, para HAdV2 e HAV, respectivamente; para MNV-1, foi observada uma redução de ~4,5 log10 em 72h sob tratamento com luz U.V. Apesar da detecção do genoma, HAdV2 foi capaz de permanecer infeccioso até 72h, de acordo com resultados de ICC-RT-PCR. Ensaios envolvendo estabilidade viral sem radiação U.V. demonstraram uma redução progressiva da carga viral ao longo das 120h de recirculação de água do mar para os três vírus (~ 2log10 para HAdV2; ~ 2,5 log10 para HAV e ~ 3log10 para MNV-1). Esta cinética diferente provavelmente está associada às espécies de cloro presentes, ao tempo de contato com a radiação U.V. e a características estruturais peculiares de cada um dos vírus. A diminuição natural da carga viral pode ser devido à existência de fatores ambientais, tais como força iônica e compostos encontrados naturalmente na água do mar. Este trabalho confirmou que HAdV é um patógeno viral particularmente resistente e exige mais tempo para inativação. Estes dados serão úteis para a otimização de desinfecção da água nos tanques de depuração de moluscos. / Viruses have been linked to nearly all episodes of gastroenteritis as well as outbreaks of illnesses related to consumption of contaminated shellfish. The risk may be reduced by appropriate treatment following harvesting as well as by depuration, which is a method that reduces the levels of microorganisms present in mollusk meat, decreasing the potential for infections associated with mollusk consumption in natura. In a depuration system, seawater may be recirculated for at least 24h, and during this cycle, the water must be chemically or physically treated to eliminate microbial contamination. In this work, a shellfish depuration closed system was tested to eliminate viral pathogens from oysters. Moreover, the chlorine capability to inactivate these viruses, as well as the viral stability and disinfection in seawater with and without U.V. irradiation were investigated. For depuration assays, oysters (Crassostrea gigas) were first artificially contaminated in aquariums containing seawater seeded with Hepatitis A virus (HAV) and Human Adenovirus (HAdV5). Then, the oysters were placed into the depuration tank, and were harvested after 48h, 72h and 96h. After each sampling, the gastrointestinal tracts were homogenized and the viral particles were eluted. To chorine disinfection assays, natural and artificial seawater were seeded with selected viruses (Murine Norovirus 1, MNV-1; HAdV2; JC Polyomavirus, JCPyV) and treated by adding initial free chlorine concentration of 2.5mg/l for up to 60min. For the stability assays, 300L of natural seawater were seeded with HAV, MNV-1 and HAdV2, and treated by 36W U.V. lamp, into the mini depuration tank, with recirculation, for up to 120h. One liter of viral seeded seawater was harvested every 24h and viral particles were concentrated by flocculation method using skimmed milk. The kinetics of viral decay in oysters and seawater was evaluated by molecular techniques (PCR and q(RT)-PCR), and by cell culture associated with molecular and immunological methods to access the viral infectivity (ICC-PCR, ICC RT-PCR, IFA, Flow Cytometry and Plaque Assay). The molecular detection by PCR for both viruses showed that the presence of HAdV5 genome was positive in all of the sampling periods, and the HAV genome was detected until 72 h. The tests involving viral viability by ICC-PCR, demonstrated a progressive viral inactivation along the 96h of seawater recirculation under U.V. light irradiation. After 30 minutes of treatment of natural seawater a ~2log10 and ~3log10 reduction where observed for MNV-1 and HAdV2, respectively, based on q(RT)PCR results. When viral infectivity was analyzed, a reduction of more than 4log10 was observed for infectious MNV-1, while HAdV2 presented ~2.3log10 reduction, remaining infective viruses present after 60 minutes. JCPyV presented a average reduction of 1,6 log10, analysed by qPCR. No differences in the disinfection kinetics have been observed between natural and artificial seawater. Based on qPCR results, the kinetics observed were different for each virus, reaching, at 120h of contact time, ~5log10 and ~3log10 reduction for HAdV2 and HAV, respectively; for MNV-1, was observed a ~4,5log10 reduction at 72h under U.V. treatment. Despite the genome detection, HAdV2 was able to remain infectious only up to 72h, according ICC-RT-PCR results. Assays involving viral stability without U.V. irradiation, demonstrated a progressive reduction of viral load along the 120h of seawater recirculation for three viruses (~2log10 for HAdV2; ~2,5log10 for HAV and ~3log10 for MNV). This different kinetics is probably associated to the chlorine species present, the contact time with the U.V. radiation and structural characteristic of each virus. The natural decreasing of viral load can be due to the existence of environmental factors, such as ionic strength and compounds naturally found in seawater. This work confirmed that HAdV is a particularly a resistant viral pathogen and requires longer periods for inactivation. These data will be subsequently useful to plan water disinfection in shellfish depuration tanks.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico, Programa de Pós-graduação em Engenharia de Produção, Florianópolis, 2014 / Made available in DSpace on 2015-02-05T21:17:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 328635.pdf: 2327361 bytes, checksum: 8a94c2894e4a7f2ba7e1be5c2b1af1b8 (MD5) Previous issue date: 2014 / Santa Catarina posiciona-se atualmente como o segundo maior polo produtor de moluscos bivalves da América Latina. Além disso, o estado é responsável por 95% da produção nacional de moluscos bivalves. Dada a crescente importância conquistada pelo setor, este trabalho tem o objetivo de realizar uma analise comparativa entre os resultados do Programa Nacional de Controle Higiênico-Sanitário de Moluscos Bivalves - PNCMB em Santa Catarina e os padrões internacionais de comercialização de moluscos bivalves, mais precisamente na atividade da ostreicultura. Para tanto, foram analisados artigos publicados em revistas conceituadas, manuais, documentos técnicos e os requerimentos legais previstos tanto na legislação nacional quanto internacional de comercialização de moluscos bivalves. Nesta análise destaca-se o PNCMB, criado em 2012 em âmbito federal e gerido a nível estadual pela CIDASC (Companhia Integrada de Desenvolvimento Agrário de Santa Catarina). Através da utilização de 15 meses de dados, fornecidos pela CIDASC, relativos aos parâmetros ambientais das águas de cultivo do estado, pôde-se analisar o status da atividade frente aos embargos comerciais ainda existentes para o seu desenvolvimento. Os achados da pesquisa apontam as localidades mais aptas para o desenvolvimento da atividade em Santa Catarina e suas potencialidades e necessidades em relação às exigências necessárias para efetivar-se o comércio internacional de produtos derivados do cultivo de moluscos bivalves. Com esta análise conclui-se que as áreas produtivas de Santa Catarina estão aptas ao comercio internacional de moluscos bivalves quando se consideram os parâmetros ambientais necessários para tal e a legislação internacional vigente para a atividade.<br> / Abstract: Santa Catarina currently ranks as the second largest production hub of bivalve molluscs in Latin America. In addition, the state is responsible for 95% of the national production of bivalve molluscs. Given the increasing importance gained by industry, this paper aims to conduct a comparative analysis between the results of the National Hygiene - Sanitary Control of Shellfish Bivalve - PNCMB in Santa Catarina and international marketing patterns of bivalve molluscs, more precisely in the oyster farming activity. For this purpose, were analyzed articles published in reputable journals, manuals, technical documents and Legal requirements set out in both, the national and international legislation of bivalve molluscs. This analysis highlights the PNCMB, created in 2012 at the federal level and administered at the state level by CIDASC (Companhia Integrada de Desenvolvimento Agrário de Santa Catarina). By using 15 months of data, provided by CIDASC, regarding the environmental parameters of the cultivation's waters of the state, could be assess the current status of the activity and their development trade embargoes. The research findings suggest the most suitable locations for the development of activity in Santa Catarina and its potential and needs regarding the requirements necessary to carry up international trade in products derived from the cultivation of bivalve molluscs. This analysis led to conclude that the productive areas of Santa Catarina are suitable for the international trade of bivalve molluscs when considering the environmental parameters required for such activity and the international law that set up this market.

A Actuopaleontologia é o ramo da Paleontologia que visa aperfeiçoar as interpretações paleoambientais e paleoecológicas através das assinaturas tafonômicas, principalmente aquelas presentes em conchas bivalves. Tais estudos tafonômicos com bivalves marinhos têm sido conduzidos em ambientes sedimentares do Holoceno, porém, no Brasil, investigações similares são ainda incipientes, tendo sua predominância no litoral norte do Estado de São Paulo. O Complexo Estuarino de Paranaguá (CEP), situado na porção centro-norte do litoral do Paraná, possui feições fisiográficas distintas das encontradas no litoral norte do Estado de São Paulo. Com o objetivo de gerar dados comparativos entre os diferentes ambientes da costa brasileira, este estudo pretende caracterizar tafonomicamente as associações de moluscos bivalves em 11 pontos de coleta ao longo do CEP. Foram coletados oito litros de sedimento com a utilização de pegador de fundo tipo Petersen, em parceria com o Laboratório de Oceanografia Geológica (LOGeo CEM/UFPR). As assinaturas tafonômicas analisadas, podendo ser de origem química, física e/ou biológica, foram: articulação, tipo de valva, fragmentação, modificação da margem da concha, corrasion, perióstraco, brilho, cor, bioerosão, incrustação e predação. A ação dessas assinaturas pode resultar em outra assinatura tafonômica aqui analisada, a alteração da textura da superficial da concha. Foram analisados 150 bioclastos de cada um dos pontos de coleta, e cada assinatura tafonômica foi classificada individualmente. Os bioclastos foram peneirados em malhas de 2 mm para que as menores classes de tamanho não fossem excluídas das análises tafonômicas. Além dos bioclastos, foram coletadas amostras da água junto ao fundo dos locais amostrados, para registro de pH, salinidade, temperatura e turbidez. Ao total, 1.438 bioclastos foram utilizados nas análises tafonômicas e, das 11 estações de coleta, apenas duas não apresentaram o n mínimo de 150 conchas. Os dados abióticos não apresentaram grandes diferenças nas diferentes estações de coleta. A análise de cluster foi feita levando-se em consideração todas as assinaturas tafonômicas estudadas, e um dendograma geral relacionou os 9 pontos de coleta em que obteve-se o mínimo de 150 bioclastos. O dendograma gerado nesta análise mostrou quais as acumulações de moluscos bivalves e seus respectivos pontos de coleta estão mais semelhantes. Há um primeiro grupo formado pelas estações 683, 336, 482, 696 e 32. Com exceção da estação 32, as estações reunidas no primeiro grupo são os pontos de coleta mais próximos às desembocaduras do CEP, região de maiores profundidades e fortes correntes de marés. O segundo grupo é formado pelas estações 607, 152, 645 e 472, sendo pontos de coleta mais internos na área do CEP, próximos a ilhas, manguezais e bancos de areia. As assinaturas alteração da cor, brilho, modificação da margem, perióstraco e corrasion não parecem ser assinaturas úteis na identificação ou para uma possível caracterização dos diferentes ambientes do CEP. Isto porque elas não são variáveis entre esses diferentes ambientes. Houve predominância de desarticulação e fragmentação das valvas em todos os ambientes estudados, sendo possível que a fragmentação esteja sobre maior influência dos danos biológicos. Bioerosão e incrustação não apareceram em frequências expressivas, porém, apenas as estações de coleta próximas a desembocadura do CEP apresentaram bioeorosão, enquanto incrustação apareceu em todas as estações. A textura superficial da concha correlacionou-se positivamente com as assinaturas corrasion e bioerosão. / Actuopaleontology is the branch of Paleontology that aims to enhance paleoecological and paleoenvironmental interpretations, through the taphonomic signatures, especially those in bivalve shells. Such taphonomic studies with marine bivalves have been conducted in sedimentary Holocene environments, however, in Brazil, similar investigations are still incipient, having its predominance in the northern coast of São Paulo. The Paranaguá Estuarine Complex (CEP), situated in the north central portion of the Paraná coast, has different physiographic characteristics of those found in the north coast of São Paulo. In order to generate comparative data between different environments of the Brazilian coast, this study aims to characterize the taphonomy of bivalve mollusk associations from 11 collection stations along the CEP. Eight liters of sediment were collected with background catcher Petersen, in partnership with the Laboratory of Geological Oceanography (LOGeo - CEM/UFPR). The taphonomic signatures analyzed, which may be of chemical, physical and/or biological origin, were: articulation, valve type, fragmentation, edge modification, corrasion, periostracum, brightness, color, bioerosion, encrustation and predation. The action of these signatures may result in other taphonomic signature analyzed here, the alteration of shell superficial texture. 150 bioclasts were analyzed from each collection point and each taphonomic signature was individually classified. The bioclasts were sieved through mesh of two millimeter, so that classes of smaller size were not excluded from the taphonomic analyzes. In addition, water samples were collected at the bottom of each station for analysis of pH, salinity, temperature and turbidity. In total, 1,438 bioclasts were used in the taphonomic analysis and only two stations did not show the minimum n of 150 shells. Abiotic data showed no great differences in the different sampling stations. The cluster analysis was performed taking into account all studied taphonomic signatures, and a general dendrogram listed the collection points that showed the minimum of 150 bioclasts. The dendrogram generated in this analysis showed which accumulations of bivalve molluscs and their respective collection points are more similar. There is a first group formed by the stations 683, 336, 482, 696 and 32. With the exception of station 32, the stations on the first group are the closest to the mouths of the CEP, region of greater depths and strong tidal currents. The second group is formed by stations 607, 152, 645 and 472, being the more internal collection points, near islands, mangroves and sandbanks. The signatures color, brightness, edge modification, periostracum and corrasion do not seem to be useful in identifying or for a possible characterization of the different environments of the CEP, because they are not variable between these different environments. There was predominance of disarticulation and fragmentation of the valves in all study sites, being possible that the fragmentation was influenced more by biological damages. Bioerosion and encrustation did not appear in expressive frequencies, however, only the stations near the mouth of the CEP presented bioeorosão, while encrustation appeared in all stations. The surface texture of the shell was correlated positively with the sigantures corrasion and bioerosion.

Moluscos bivalves são organismos filtradores capazes de concentrar susbtâncias produzidas por microalgas tóxicas. No estado de Santa Catarina, líder na produção nacional, os cultivos têm sido oficialmente monitorados para a detecção de ficotoxinas causadoras dos Envenenamentos Diarreico (DSP), Amnésico (ASP) e Paralisante (PSP) por Consumo de Moluscos nas partes comestíveis. Amostras de água também são coletadas para a quantificação de algas nocivas. O objetivo deste trabalho foi sugerir o uso de áreas amostrais para coletas semanais, bem como calcular o tamanho das amostras agrupadas e analisar os dados de ocorrência. Diferentes cenários foram desenvolvidos para simular a variação dos tamanhos amostrais, utilizando-se o EpiTools&reg;. Considerando-se uma alta prevalência e altas sensibilidades dos testes, é possível sugerir dois pools amostrais para a detecção de Toxinas Lipofíficas (2x30), duas para detectar PSP (2x15) e uma para detectar ASP (1x20) em cada uma das 24 áreas amostrais sugeridas. Se o teste de Cromatografia Líquida com Espectrometria de Massa (LC-MS/MS) for validado para todas as biotoxinas, apenas um pool amostral seria suficiente (1x15). Informações espaçotemporais de ocorrência também foram analisadas e apenas ficotoxinas causadoras de DSP foram encontradas. Utilizando-se os softwares SaTScan&reg; e QGIS 2.12.2- Lyon&reg;, foram desenvolvidos mapas de calor com os dois clusters espaciais encontrados para as detecções de DSP em moluscos e os quatro para Dinophysis acuminata (&ge;100cels/L) em amostras de água. Os resultados com maiores riscos relativos corresponderam ao cluster temporal do segundo semestre de 2014, os clusters espaciais das áreas 7 a 11 para DSP e áreas de 7 a 9 para D. acuminata. Esses resultados poderão contribuir para o planejamento de estratégias a serem incorporadas num futuro sistema de vigilância de moluscos bivalves do estado. / Bivalve molluscs are filtering organisms capable to concentrate substances produced by toxic microalgae. In Santa Catarina state, main Brazilian producer, the crops have been officially monitored for the detection of phycotoxins that cause Diarrheic (DSP), Amnesic (ASP), and Paralyzing (PSP) Shellfish Poisonings in edible parts. Water samples are also collected for harmful algae quantification. The goal of this study was to suggest the use of areas to be weekly sampled, as well as to calculate pooled sample sizes and to analyze the occurrence data. Different scenarios were developed to simulate the variation of sample sizes in EpiTools&reg;. Considering a high prevalence and high tests sensitivities, we can suggest two pools to detect Lipophilic Toxins (2x30), two to detect PSP (2x15), and one to detect ASP (1x20) in each of the 24 suggested sampling areas. If the test of Liquid Chromatography with Mass Spectrometry (LC-MS/MS) becomes validated for all biotoxins, only one pool would be enough (1x15). Space-time occurence information was also analyzed and only phycotoxins causing DSP were found. Using SaTScan&reg; and QGIS 2.12.2-Lyon&reg; softwares, we developed heatmaps with two clusters found for DSP detection in shellfish and the four found for Dinophysis acuminate (&ge;100cels/L) in water samples. The results with higher relative risk values corresponded to the time cluster of the second semester of 2014, spatial cluster of the areas 7 to 11 for DSP, and areas 7 to 9 for D. acuminate. These results can contribute for the strategic plans to be incorporated in a future bivalve molluscs surveillance system of the state.

A poluição, alteração física do habitat e a introdução de espécies invasoras via água de lastro, representam os maiores impactos antropogênicos para os ambientes costeiros. Foram pesquisadas em amostras da região costeira de S. Paulo, regiões portuárias brasileiras e de tanques de lastro de navios, bactérias das espécies Vibrio cholerae (Vc), V. parahaemolyticus (Vp) e V. vulnificus (Vv) que são as que têm maior implicação na saúde pública. As amostras foram avaliadas levando-se em conta parâmetros físico-químicos e microbiológicos e suas relações com a presença de Vc, Vp e Vv. As relações clonais foram verificadas através das técnicas de ERIC, BOX e REP-PCR. Foram identificadas 90 cepas de Vp e 11 de Vc. Foram observadas correlações entre alguns parâmetros microbiológicos e a presença de vibrios. A análise clonal permitiu verificar a alta diversidade das cepas. Concluiu-se que Vc e Vp são autóctones do ambiente costeiro brasileiro e podem ser tornar reservatórios para determinados fatores associados à virulência, gerando cepas com potencial epidêmico. / Pollution, physical alteration of habitat and the introduction of alien species through ballast water constitute the biggest anthropogenic impacts on coastal environments. We examined samples taken from the coastal region of S. Paulo state, Brazilian ports and ship ballast tanks, for bacteria of the species Vibrio cholerae (Vc), V. parahaemolyticus (Vp) and V. vulnificus (Vv) which have the most significant implication for public health. The samples were evaluated for microbiological and physical-chemical parameters as well as the presence of Vc, Vp and Vv. Clonal relationships of bacterial isolates were determined through ERIC, BOX and REP-PCR. A total of 90 strains of Vp and 11 of Vc were identified. Correlations between some microbiological parameters and the presence of vibrios were observed. The clonal analysis revealed extensive strain diversity. We concluded that Vc and Vp are autochthonous bacteria of the Brazilian coastal environment that can become reservoirs for factors associated with virulence, and are capable of generating strains with epidemic potential.

Moluscos bivalves são organismos filtradores capazes de concentrar susbtâncias produzidas por microalgas tóxicas. No estado de Santa Catarina, líder na produção nacional, os cultivos têm sido oficialmente monitorados para a detecção de ficotoxinas causadoras dos Envenenamentos Diarreico (DSP), Amnésico (ASP) e Paralisante (PSP) por Consumo de Moluscos nas partes comestíveis. Amostras de água também são coletadas para a quantificação de algas nocivas. O objetivo deste trabalho foi sugerir o uso de áreas amostrais para coletas semanais, bem como calcular o tamanho das amostras agrupadas e analisar os dados de ocorrência. Diferentes cenários foram desenvolvidos para simular a variação dos tamanhos amostrais, utilizando-se o EpiTools&reg;. Considerando-se uma alta prevalência e altas sensibilidades dos testes, é possível sugerir dois pools amostrais para a detecção de Toxinas Lipofíficas (2x30), duas para detectar PSP (2x15) e uma para detectar ASP (1x20) em cada uma das 24 áreas amostrais sugeridas. Se o teste de Cromatografia Líquida com Espectrometria de Massa (LC-MS/MS) for validado para todas as biotoxinas, apenas um pool amostral seria suficiente (1x15). Informações espaçotemporais de ocorrência também foram analisadas e apenas ficotoxinas causadoras de DSP foram encontradas. Utilizando-se os softwares SaTScan&reg; e QGIS 2.12.2- Lyon&reg;, foram desenvolvidos mapas de calor com os dois clusters espaciais encontrados para as detecções de DSP em moluscos e os quatro para Dinophysis acuminata (&ge;100cels/L) em amostras de água. Os resultados com maiores riscos relativos corresponderam ao cluster temporal do segundo semestre de 2014, os clusters espaciais das áreas 7 a 11 para DSP e áreas de 7 a 9 para D. acuminata. Esses resultados poderão contribuir para o planejamento de estratégias a serem incorporadas num futuro sistema de vigilância de moluscos bivalves do estado. / Bivalve molluscs are filtering organisms capable to concentrate substances produced by toxic microalgae. In Santa Catarina state, main Brazilian producer, the crops have been officially monitored for the detection of phycotoxins that cause Diarrheic (DSP), Amnesic (ASP), and Paralyzing (PSP) Shellfish Poisonings in edible parts. Water samples are also collected for harmful algae quantification. The goal of this study was to suggest the use of areas to be weekly sampled, as well as to calculate pooled sample sizes and to analyze the occurrence data. Different scenarios were developed to simulate the variation of sample sizes in EpiTools&reg;. Considering a high prevalence and high tests sensitivities, we can suggest two pools to detect Lipophilic Toxins (2x30), two to detect PSP (2x15), and one to detect ASP (1x20) in each of the 24 suggested sampling areas. If the test of Liquid Chromatography with Mass Spectrometry (LC-MS/MS) becomes validated for all biotoxins, only one pool would be enough (1x15). Space-time occurence information was also analyzed and only phycotoxins causing DSP were found. Using SaTScan&reg; and QGIS 2.12.2-Lyon&reg; softwares, we developed heatmaps with two clusters found for DSP detection in shellfish and the four found for Dinophysis acuminate (&ge;100cels/L) in water samples. The results with higher relative risk values corresponded to the time cluster of the second semester of 2014, spatial cluster of the areas 7 to 11 for DSP, and areas 7 to 9 for D. acuminate. These results can contribute for the strategic plans to be incorporated in a future bivalve molluscs surveillance system of the state.