Submitted by Alberto Vieira (martins_vieira@ibest.com.br) on 2018-01-31T00:12:40Z No. of bitstreams: 1 493375.pdf: 4845964 bytes, checksum: d260c9e9ecead1fec6f54fbc7e63eb2e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-31T00:12:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 493375.pdf: 4845964 bytes, checksum: d260c9e9ecead1fec6f54fbc7e63eb2e (MD5) Previous issue date: 2000-12-22 / CAPES / Em quatro áreas na Região do Alto Tocantins no Brasil Central (entre 13º 45' - 14º35' S e 47º50' - 49º 15' W; Estado de Goiás, aproximadamente 220 km NNE de Brasília) foram coletadas diversas espécies de quirópteros em diferentes classes de hábitats que variaram entre campos abertos, cerrados, cerradões, matas ciliares e cavernas. O "perfil das asas" e a carga alar (relação entre a massa e as dimensões da asa) das espécies foram avaliados considerando a amostra como um conjunto representando a comunidade de quirópteros da região. As distâncias morfológicas entre os taxa foram calculadas via distância Euclidiana e pelo coeficiente de correlação de Pearson. As matrizes resultantes foram evidenciadas em dendrogramas via método aglomerativo UPGMA (unweighted pair-group method using arithmetic averages). Na Análise de Fatores ficou evidenciado que a distribuição das espécies apresenta um viés à direita em relação ao eixo principal da análise; a disposição das espécies no espaço morfológico sugere que a congregação é fortemente caracterizada por frugívoros e insetívoros pequenos, e por frugívoros com alta ou moderada carga alar. As formações florestais (matas de galeria e florestas secas) parecem definir, em grande parte, as características da fauna de quirópteros na região. As análises sugerem que fatores ecomorfológicos podem estar fortemente influenciando a distribuição das espécies no mosaico da paisagem. / This study was conducted in the Alto Tocantins Region (between 13° 45' - 14º 35' S and 47º50' - 49º 15' W; State of Goiás, Brazil) about 220 km NNE of Brasília in the biome of Cerrado. Four assemblages of bats from the Alto Tocantins Region were studied. Aspect-ratio (shape of the wing) and wingloading (body mass and wing size relationship) components were examined by Factor Analysis. The distances between the taxa were calculated by Euclidean distance and by the Pearson's product moment correlation coefficient. The resulting matrix were summarized in dendrograms performed by the UPGMA (unweighted pair-group method using arithmetic averages) clustering method. The distribution of the centroids of the species on the Factor Analysis axis are rigth-skewed, with the majority of taxa located toward center tand suggesting that the bat assemblages features of the Cerrado is characterized by small insectivores and frugivorous with high ar moderate wing loading. Forest formations (gallery forests and dry forests) seem to play a crucial role in the definition of the bat assemblage features. Such habitat types represent mesic conditions contrasting with the open areas.

O gênero Myotis é extremamente diverso, sendo atualmente reconhecidas 103 espécies, além de 94 subespécies as quais não foram avaliadas satisfatoriamente quanto seu status taxonômico. Para a América do Sul são reconhecidas 12 espécies, das quais cinco são consideradas politípicas, dentre elas Myotis nigricans, táxon considerado um complexo de espécies. Com o objetivo de caracterizar, morfologicamente e molecularmente, os táxons do gênero Myotis que ocorrem no Brasil e aqueles relacionados a Myotis nigricans, examinei 1.018 exemplares depositados em coleções científicas nacionais e internacionais. Analisei 25 caracteres de morfologia externa e craniana, e aferi 13 medidas corporais e 19 cranianas. Submeti as medidas cranianas a testes estatísticos uni e multivariados com o intuito de investigar variações inter e intraespecíficas, e verificar a existência de dimorfismo sexual em cada táxon analisado. Selecionei um gene mitocondrial, citocromo b (402pb), e um gene nuclear, RAG2 (620pb), com a finalidade de caracterizar a diversidade genética intra e interespecífica dos táxons de Myotis, dos quais obtive 78 seqüências: 58 mitocondriais e 20 nucleares. A partir deste conjunto de dados reconheci 8 espécies válidas para o gênero Myotis no Brasil (Myotis albescens, Myotis alter, Myotis levis, Myotis nigricans, Myotis riparius, Myotis ruber, Myotis simus, e Myotis sp.n.). Elevei Myotis osculati ao nível específico, táxon até então considerado uma subespécie de Myotis nigricans; e considerei Myotis punensis e Myotis chiriquensis espécies válidas, as quais eram consideradas sinonímias de Myotis nigricans nigricans. Neste contexto, reconheço 15 espécies sul-americanas do gênero Myotis, o que representa um acréscimo de 25% na diversidade anteriormente reconhecida para o grupo na região. Não encontrei dimorfismo sexual significativo nas medidas cranianas de M. albescens, M. levis, M. nigricans, M. riparius e M. ruber. Para melhor delimitar morfometricamente os táxons estudados, em especial M. nigricans de M. riparius, propus a utilização de dois índices: um craniano e outro maxilar. Os caracteres qualitativos cranianos, como a presença de crista sagital e o posicionamento dos pré-molares superiores, associados aos de morfologia externa, como a disposição de pêlos ao longo do uropatágio, o formato do pavilhão auditivo, e a angularidade da porção distal da maxila inferior, apresentaram-se como os mais robustos na delimitação dos táxons com ocorrência no Brasil. As relações filogenéticas entre as espécies de Myotis após inclusão dos táxons validados neste trabalho, ainda permanecem imprecisas. Através dos métodos de Máxima Parcimônia (MP), de distância de Neighbor-Join (NJ) e análise Bayesiana (B), houve o resgate de dois grandes clados compostos por espécies com crista sagital ausente ou discreta (clado A), e crista sagital presente (clado B). Atribuí a politomia encontrada dentro do clado A à rápida diversificação do grupo na região, com possíveis eventos simultâneos de especiação. Associo a inclusão de M. levis no clado de M nigricans com um evento de introgressão mitocondrial dado a natureza do gene, e ao número de mutações, incompatível com homoplasia do gene. O tempo de divergência estimado em 1,2Ma (±0,8), coincide com os eventos de mudanças climáticas e de retração de florestas durante o Pleistoceno, que propiciariam a hibridização destas duas linhagens. Apliquei o Teste de Mantel nas populações de M. nigricans e M. riparius presente nos domínios da Mata Atlântica, com o intuito de verificar a existência de correlação entre distância genética e distância geográfica entre as populações, testando a hipótese de isolamento por distância, a qual foi rejeitada tanto para M. nigricans (p=0,9449; r=0,23) como para M. riparius (p=0,9997; r=0,60). As populações de Myotis riparius apresentaram uma baixa divergência genética (0,8 a 1,5%) ao longo da distribuição, com compartilhamento de haplótipos entre as populações de Paraíba, São Paulo, Paraná e Paraguai. Em relação à Myotis nigricans destaco o compartilhamento de haplótipos entre as populações da Bahia, São Paulo e Paraná, e a baixa divergência (1,9 a 2,4%) entre as populações ao leste da Serra do Mar. Contudo, os níveis de divergência entre estas populações e as populações provenientes da Serra do Japi e Serra da Mantiqueira são acentuados (5,7 a 8,1%), similares aos níveis interespecíficos para o gênero. Estes dados sugerem um alto fluxo gênico no sentido Norte-Sul da Mata Atlântica ao leste da Serra do Mar, podendo esta atuar como barreira para as populações interioranas. A compreensão dos processos envolvidos na diversificação do grupo será favorecida com a inclusão a estas análises de amostras provenientes de outras populações distribuídas nas porções Leste Oeste da Mata Atlântica. / Myotis is a highly diverse genus, with 103 species recognized so far, in addition to another 94 subspecies whose taxonomical status has not yet been completely evaluated. Twelve species are known to South America, among which five are considered polytypic, including Myotis nigricans. This taxon in considered a species complex. In order to characterize, both morphologically and molecularly, the taxa of the genus Myotis, I examined 1,018 individuals from national and foreign scientific collections. Twenty-five characters from external and cranial morphology were analyzed and 13 body and 19 cranial measures were checked. In order to investigate inter and intraspecific variations and the existence of sexual dimorphism in each taxon analyzed, I submitted the cranial measures to uni and multivariate statistic tests. To characterize intra and interspecific genetic diversity of the taxa in the genus Myotis, I selected one mitochondrial gene, cytochrome b (402pb), and a nuclear gene, RAG2 (602pb). From these two genes, I obtained 78 sequences: 58 mitochondrial and 20 nuclear. From the data obtained, I recognized as valid eight Brazilian species in the genus Myotis (Myotis albescens, Myotis alter, Myotis levis, Myotis nigricans, Myotis riparius, Myotis ruber, Myotis simus, and Myotis sp.n.). I elevated Myotis osculati, a taxon hitherto considered a subspecies of Myotis nigricans, to specific level and diagnosed Myotis punensis and Myotis chiriquensis as valid species, which were previously considered synonyms of Myotis nigricans nigricans. In this context, I recognize 15 species for the genus Myotis in South America, representing an increase of 25% in the previously known diversity for the group in the continent. I have not found significant sexual dimorphism in the cranial measures for M. albescens, M. levis, M. nigricans, M. riparius and M. ruber. To better delimitate morphometricaly the taxa herein studied, specially M. nigricans from M. riparius, I proposed the use of two indexes: one cranial and one maxillary. Qualitative characters from skull, such as presence or absence of a sagittal crest and the arrangement of upper premolars, associated to those from external morphology, such as the arrangement of the hair along the uropatagium, the shape of external ear, and the angling from the distal portion of the lower maxillae, were fundamental for diagnosing the taxa occurring in Brazil. The phylogenetic relationship among the species of genus Myotis is still imprecise, even after the inclusion of those taxa diagnosed as valid in this thesis. Through Maximum Likelihood (ML), Neighbor-Join (NJ) and Bayesian analysis methods, two clades were defined, one formed by species with absent or shallow sagittal crest (clade A), and another (clade B) with the presence of sagittal crest. I correlate the polytomy found within clade A with a fast diversification of this group in the region, possibly with simultaneous events of speciation. I correlate the inclusion of M. levis in the clade of M. nigricans with an event of mitochondrial introgression, given the nature of this gene and the number of mutations, which are not compatible with the homoplasy for this gene. The estimated divergence time of 1.2 Ma (±0.8), coincides with climatical changes and forest retraction during the Pleistocene, which allowed the hybridization of these two lineages. I ran the Test of Mantel for the populations of M. nigricans and M. riparius from the Atlantic Forest dominium, aiming at verifying the existence of a correlation between genetic distance and geographical distance in the populations, testing the hypothesis of isolation by distance, which was rejected both for M. nigricans (p=0.9449; r=0.23) and for M. riparius (p=0.9997; r=0.60). The populations of Myotis riparius showed a low genetic divergence (0.8 to 1.5%) along their distribution, with the populations from Paraíba, São Paulo, Paraná and Paraguay sharing haplotypes. Regarding Myotis nigricans, I point out that populations from Bahia, São Paulo and Paraná share haplotypes and low divergence (1.9 to 2.4%) between the populations from the western portion of Serra do Mar. Yet, the level of divergence between such populations and those from Serra do Japi and Serra da Mantiqueira is high (5.7 to 8.1%), therefore similar to the interspecific levels for the genus. These data suggest a high gene flow from the North-South direction to eastern Serra do Mar, which may be acting as a barrier to interior populations. The understanding of the processes involved in the diversification of the group will be favored by the inclusion of samples of other populations distributed in the East-West portions of the Atlantic Forest.

Orientador: Renata Cristina Batista Fonseca / Banca: Wilson Uieda / Banca: Elza Maria Guimarães Santos / Resumo: Atualmente no Brasil milhares de hectares estão sendo utilizados para o plantio de eucalipto e consequentemente essas áreas sofrem corte raso de tempos em tempos para alimentar a produção fabril. De modo geral como medida mitigatória o setor florestal conserva, em meio a monocultura, fragmentos de vegetação nativa, respeitando a legislação ambiental nacional e seguindo os preceitos das certificadoras florestais, formando extensas áreas cobertas por um mosaico vegetacional de eucalipto e vegetação nativa. O conhecimento da fauna presente nesses mosaicos e o que ocorre com ela após o corte raso de parte do plantio é de extrema importância para a conservação da biodiversidade e os morcegos são uma ótima ferramenta em estudos que abordam esse tema, visto serem a segunda maior ordem de mamíferos em número de espécies e podem representar até 50% da fauna de mamíferos em florestais tropicais. O presente estudo foi realizado na Fazenda Rio Claro, interior do estado de São Paulo, na cidade de Lençóis Paulista, em mosaico vegetacional formado por fragmentos de Floresta Estacional Semidecidual e em plantio de eucalipto, objetivando caracterizar a fauna de morcegos presente nessa paisagem e analisar o que ocorre com essa comunidade após o corte raso de parte do plantio. O trabalho de campo ocorreu entre outubro de 2007 e julho de 2010, com sessões de capturas em vegetação nativa e em plantio de eucalipto. O esforço amostral foi de 42 noites de captura utilizando 40 redes de 12 metros de ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Presently in Brazil thousands of hectares are occupied by eucalyptus plantations and those areas are completely deforested in a timely manner in order to supply the production chain. Generally as mitigation measure the forestry industry preserves native forest fragments among monoculture patches respecting the national environmental laws and the sustainable forestry certification guidelines, which creates large areas covered by a vegetation mosaic of eucalyptus and native forest. Assessing the fauna in these mosaic areas and consequences after partial harvest is extremely important for biodiversity conservation. Bats are a great tool for studying this topic since they represent the second largest mammalian order regarding number of species and up to 50% of mammalian fauna in tropical forests. The present study was developed at Fazenda Rio Claro, São Paulo state countryside, in Lençóis Paulista city, in a vegetation mosaic of Seasonal Semideciduous Forest and Eucalyptus sp plantation, and its aim was to assess bat fauna in the landscape and analyze changes within this community after partial harvest. Fieldwork was carried out between October 2007 and July 2010 with capture sessions in native vegetation and eucalyptus plantation. Sampling effort comprised 42 capture nights using 40 12m-length by 2.5m-height mist nets exposed for 12 hours each night, being 24 nets set along the subcanopy and 16 set on the canopy. After 21 capture nights part of the eucalyptus plantation areas th... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Helio Langoni / Resumo: Atualmente dentre as doenças emergentes a maioria são zoonoses, e os morcegos desempenham papel importante como fonte de infecção e transmissão de agentes infecciosos. Histoplasmose e criptococose são doenças fúngicas relatadas em diversas espécies animais, podendo seus agentes serem isolados de grutas, cavernas, solo e fezes de animais. Paracoccidioidomicose, doença fúngica mais importante no Brasil, acomete principalmente populações de baixa renda, na zona rural e já foi relatada em animais silvestres e domésticos. Desta forma, o objetivo do presente estudo foi realizar a detecção molecular dos fungos Histoplasma capsulatum, Cryptococcus spp. e Paracoccidioides brasiliensis em quirópteros no município de Botucatu e região, SP. O delineamento do estudo foi de série de casos, a partir de morcegos recolhidos e enviados pela Vigilância Epidemiológica municipal de 12 cidades da região Centro-Oeste de São Paulo para o diagnóstico de raiva, no período de abril de 2015 a maio de 2016. Foram coletados pulmão, baço, fígado e intestino de 172 quirópteros, e avaliados pelas técnicas de nested-PCR e cultivo microbiológico. A prevalência encontrada para H. capsulatum foi de 8,14% (14/172), com um morcego positivo somente no cultivo microbiológico, 12 na técnica de nested-PCR, e um animal positivo em ambos os métodos. Dois morcegos foram positivos para Cryptococcus spp. e dois para P. brasiliensis pela técnica de nested-PCR. Como auxílio do software Autocad® foi realizado georreferenciame... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Mestre

Orientador: Helio Langoni / Resumo: A vigilância epidemiológica para o vírus rábico (VR) tem como um dos seus pilares o diagnóstico laboratorial. Devido à mudança do perfil epidemiológico da Raiva nas últimas décadas, a vigilância passiva de quirópteros em áreas urbanas é de grande importância, tendo em vista que esses animais passaram a ocupar o papel de principais transmissores do vírus a humanos e animais no Brasil. O objetivo desse estudo foi fornecer um panorama sobre a situação epidemiológica da infecção por VR em quirópteros no município de Botucatu e região. Trata-se de um estudo descritivo de dados epidemiológicos de vigilância passiva, com base no diagnóstico de Raiva em quirópteros no período de 2003 a 2018, realizado no Serviço de Diagnóstico de Zoonoses (SDZ) da Universidade Estadual Paulista “Júlio de Mesquita Filho” Campus de Botucatu. Um total de 4.271 quirópteros foram submetidos ao SDZ por 42 municípios da região de Botucatu, São Paulo. O diagnóstico de infecção pelo VR foi realizado utilizando-se a imunofluorescência direta e o isolamento viral em camundongos. Realizou-se um levantamento de informações referentes aos quirópteros positivos quanto ao local de recolhimento, ocorrência de sinais clínicos e de contato com outros animais ou homem. Foram elaborados mapas para ilustrar o local de recolhimento dos quirópteros positivos no município de Botucatu. O percentual de positividade em todo o período foi de 1,3% (57/4.281). O município de Botucatu foi responsável por 76,8% (3.289/4.271) das amo... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Epidemiological surveillance for rabies virus (RV) has laboratory diagnosis as one of its pillars. Due to a change in the epidemiological profile of rabies in the last decades, passive surveillance of bats in urban areas is of great importance, considering that these animals have become the main transmitters of RV to humans and animals in Brazil. The objective of this study was to provide an overview of the epidemiological situation of RV infection in bats in the city of Botucatu and region. This is a descriptive study of epidemiological data on passive surveillance, based on the diagnosis of rabies in bats from 2003 to 2018, performed at the Zoonoses Diagnosis Service (SDZ) of the São Paulo State University at Botucatu. A total of 4,271 bats were submitted to SDZ by 42 municipalities in the region of Botucatu, São Paulo. The diagnosis of RV infection was made using direct immunofluorescence and the biological test. A survey of information regarding positive bats was performed, collection point data, occurrence of clinical signs and contact with other animals or man. Maps were elaborated to illustrate the location of positive bats in the municipality of Botucatu. The percentage of positivity in the period was 1.3% (57/4.281). The municipality of Botucatu was responsible for 76.8% (3,289/4,271) of the bats received in the period and 70.2% (40/57) of positive bats. The percentage of positivity of the municipality was 1.2% (40/3, 289). The 57 positive bats belonged to 11 genera ... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Com o controle da raiva nos cães do Estado de São Paulo nos últimos 20 anos, a raiva em animais silvestres, sobretudo nos quirópteros, assume crescente importância, visto que, atualmente, estes são os principais reservatórios para a raiva neste Estado. Apesar dos morcegos manterem ciclos epidemiológicos da raiva há centenas de anos, somente a partir da década de 50 a raiva em morcegos insetívoros foi reconhecida como um problema de saúde publica. Desde então foram feitos muitos avanços na compreensão da raiva nestes animais. Atualmente, o vírus da raiva (RABV) já foi detectado em 37 espécies de morcegos brasileiros, tendo sido determinadas quatro linhagens genéticas específicas associadas a quatros gênero/espécies destes morcegos, três destas exclusivas de morcegos insetívoros. Entretanto, apesar da importância da raiva em morcegos insetívoros, estudos voltados a um conhecimento mais amplo das implicações da diversidade de amostras de RABV detectadas nos mesmos aplicados à Epidemiologia Molecular são escassos. Assim, a presente investigação teve por objetivos estabelecer genealogias para amostras de RABV isoladas de diversas espécies de morcegos insetívoros do Estado de São Paulo a partir de seqüências parciais dos genes N (40 amostras) e G (45 amostras), avaliar a existência de linhagens gênero-específicas do RABV e determinar os marcadores moleculares para sua diferenciação. Foram encontradas linhagens específicas de RABV para os gêneros Myotis, Epitesicus e Nyctinomops e três prováveis linhagens circulantes nos gêneros Tadarida, Histiotus e Lasiurus. Além disso, esta pesquisa revelou marcadores moleculares de aminoácidos específicos para os gêneros Myotis, Eptesicus e Nyctinomops, contribuindo para um melhor entendimento da epidemiologia molecular da Raiva e da relação entre o RABV e gêneros diversos de quirópteros. / As a result of the control of canine rabies in São Paulo State in the last 20 years, rabies in wild animals, mainly in bats, has assumed an increasing importance as the last are currently the most important rabies reservoirs in this State. Despite the fact that bats have maintained epidemiological cycles of rabies for centuries, only in the 50s rabies in insectivorous bats was recognized as a threat for Public Health and several advances have been achieved since then for the comprehension of rabies in these animals. Rabies virus (RABV) has already been detected in 37 species of Brazilian bats and four specific genetic lineages associated to four genera/ species of bats have been determined, three of these exclusive to insectivorous bats. Nonetheless, despite the importance of insectivorous bats rabies, studies on a more comprehensive knowledge on the implications of the diversity of RABV strains detected on these are scarce. Thus, the present investigation aimed to establish genealogies for RABV strains isolated from diverse species from insectivorous bats from São Paulo State based on partial N (40 strains) and G (45 strains ) genes, assess the existence of genus-specific lineages of RABV and to determine molecular markers for its differentiation. Specific RABV lineages where found for the genera Myotis, Epitesicus and Nyctinomops and three other probable lineages circulating in the genera Tadarida, Histiotus and Lasiurus where found as well. Furthermore, this investigation revealed amino acids molecular markers for the genera Myotis, Eptesicus and Nyctinomops, contributing to a better understanding of rabies molecular epidemiology and the relationship amongst RABV and diverse genera of bats.

Os morcegos, ordem Chiroptera, são ecologicamente o grupo mais diverso dos mamíferos e após Rodentia ocupam o segundo lugar em diversidade taxonômica. Devido à sua dramática radiação ecológica e evolutiva, ocupam virtualmente todos os níveis tróficos. No Neotrópico ocorrem nove famílias de quirópteros, das quais oito (excluíndo Phyllostomidae) incluem quase exclusivamente espécies insetívoras que dependem principalmente da ecolocalização para a navegação e aquisição de alimento. A gravação e posterior análise de chamados de ecolocalização emitidos durante a navegação é uma alternativa ou técnica complementar para o estudo deste grupo de morcegos; este método permite identificar muitas espécies com base na estrutura e frequência dos chamados de ecolocalização, otimizando o estudo de associações espécie-habitat dentro das assembleias de morcegos insetívoros. No segundo capítulo desta dissertação intitulado Who’s calling? Acoustic identification of Brazilian bats é apresentada uma revisão dos estudos relacionados com descrições e identificações acústicas de espécies de morcegos neotropicais que ocorrem no Brasil. No total incluiram-se 47 publicações provenientes de 17 países, para além de dados não-publicados. Das 93 espécies de morcegos não filostomídeos, 65 foram descritas acusticamente, as restantes 28 careceram de informações acústicas. A utilização de monitoramentos acústicos pode ser uma ferramenta fundamental para expandir o nosso conhecimento dos morcegos no Brasil. No terceiro capítulo intitulado Spatiotemporal patterns of insectivorous bat activity in the Brazilian Cerrado: landscape and microclimate effects utilizou-se esta técnica para avaliar os padrões espaço-temporais de diversidade e atividade de morcegos insetívoros numa paisagem heterogênea no Cerrado. Os nossos resultados, em concordância com estudos prévios, mostraram que a composição e configuração, em especial a extensão de fitofisionomias bem conservadas, foram fatores importantes para a seleção de hábitat pelos morcegos insetívoros assim como as condições de umidade relativa do ar, particularmente nos meses mais secos. As respostas dos morcegos ante tais fatores variaram com a escala de análise, o grupo funcional e em alguns casos a variação foi espécie-específica. São necessários mais estudos para elucidar como as espécies respondem aos câmbios de origem humana na paisagem e suas possíveis associações com as mudanças climáticas no Cerrado. / Bats, order Chiroptera, are ecologically the most diverse group of mammals and after Rodentia; they are second in taxonomic diversity. Due to their dramatic ecological and evolutionary radiation, they virtually occupy all trophic levels. There are nine families of bats in the Neotropics of which eight (excluding Phyllostomidae) are almost exclusively insectivorous depending mainly on echolocation to navigate and to acquire food. Recording and posterior analysis of echolocation calls emitted while foraging, is an alternative or complementary technique for the study of this group of bats; this method allows the identification of many species based on the structure and frequency of their calls. It optimizes the study of habitat-species associations within the insectivorous bat assemblage. The second chapter of this dissertation, entitled Who’s calling? Acoustic identification of Brazilian bats a review of acoustic description and identification studies of Neotropical bats occurring in Brazil is presented. Fourth nine publications from 17 countries were included in this revision, as well as non-published data. From 93 species of non-phyllostomid bats, 65 were acoustically described while for 28 there is no acoustic information. The use acoustic monitoring could be a fundamental tool for expanding our knowledge of bats in Brazil. In the second chapter entitled Spatiotemporal patterns of insectivorous bat activity in the Brazilian Cerrado: landscape and microclimate effects, such technique was used to evaluate the spatio-temporal patterns of diversity and activity of aerial insectivorous bats in a heterogeneous landscape in the Cerrado. Our results were consistent with those of previous studies, showing that composition and configuration, and especially extensiveness of well-preserved phytophysiognomies, are fundamental factors in habitat selection by bats, as well as air relative humidity conditions, particularly in dryer months. Bat responses are scale-dependent, vary with the functional group and in some cases are species-specific. More studies are necessary to elucidate how species respond to landscape human induced modifications and their possible associations with climatic changes in the Cerrado biome.

Submitted by Giselle Souza da Paz null (giselle.spaz@yahoo.com.br) on 2017-02-24T03:10:34Z No. of bitstreams: 1 Dissertação.pdf: 1081711 bytes, checksum: 854b92b0e4655258cb81dd326f478bd5 (MD5) / Approved for entry into archive by LUIZA DE MENEZES ROMANETTO (luizamenezes@reitoria.unesp.br) on 2017-03-02T18:12:52Z (GMT) No. of bitstreams: 1 paz_gs_me_bot.pdf: 1081711 bytes, checksum: 854b92b0e4655258cb81dd326f478bd5 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-02T18:12:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 paz_gs_me_bot.pdf: 1081711 bytes, checksum: 854b92b0e4655258cb81dd326f478bd5 (MD5) Previous issue date: 2017-02-16 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Atualmente dentre as doenças emergentes a maioria são zoonoses, e os morcegos desempenham papel importante como fonte de infecção e transmissão de agentes infecciosos. Histoplasmose e criptococose são doenças fúngicas relatadas em diversas espécies animais, podendo seus agentes serem isolados de grutas, cavernas, solo e fezes de animais. Paracoccidioidomicose, doença fúngica mais importante no Brasil, acomete principalmente populações de baixa renda, na zona rural e já foi relatada em animais silvestres e domésticos. Desta forma, o objetivo do presente estudo foi realizar a detecção molecular dos fungos Histoplasma capsulatum, Cryptococcus spp. e Paracoccidioides brasiliensis em quirópteros no município de Botucatu e região, SP. O delineamento do estudo foi de série de casos, a partir de morcegos recolhidos e enviados pela Vigilância Epidemiológica municipal de 12 cidades da região Centro-Oeste de São Paulo para o diagnóstico de raiva, no período de abril de 2015 a maio de 2016. Foram coletados pulmão, baço, fígado e intestino de 172 quirópteros, e avaliados pelas técnicas de nested-PCR e cultivo microbiológico. A prevalência encontrada para H. capsulatum foi de 8,14% (14/172), com um morcego positivo somente no cultivo microbiológico, 12 na técnica de nested-PCR, e um animal positivo em ambos os métodos. Dois morcegos foram positivos para Cryptococcus spp. e dois para P. brasiliensis pela técnica de nested-PCR. Como auxílio do software Autocad® foi realizado georreferenciamento dos pontos de recolhimento dos animais, verificando quirópteros positivos em escolas, praças, residências e hospitais. Conclui-se que a presença de morcegos positivos para fungos patogênicos em áreas urbanas, é um risco para a saúde pública, visto que estes animais podem favorecer a manutenção e transmissão de patógenos em ambientes caseiros. Medidas de manejo ambiental devem ser orientadas a população pelo Serviço de Vigilância Epidemiológica Municipal, visando diminuir a população de morcegos em ambientes domésticos e minimizar os riscos de transmissão de fungos patogênicos. / Currently, among the emerging diseases, most are zoonosis, and baths play an important role as source of infection and transmission of infectious agents. Histoplasmosis, criptococcosis and paracoccidioidomicosis are fungal diseases reported in several animal species, and their agents can be isolated in grottos, caverns, soils and feces of animals. Paracoccidioidomycosis, the most important fungal disease in Brazil, affects mainly low-income populations in rural areas and has been reported in wild and domestic animals. Thus, the objective of the present study was performing the molecular detection of the fungi Histoplasma capsulatum, Cryptococcus spp. and Paracoccidioides brasiliensis in bats from the city of Botucatu and region, state of São Paulo.The study was delineated with a series of cases, from bats collected and sent by the Municipal Epidemiologic Surveillance of 12 cities from the Midwest region of São Paulo for the rabies diagnosis, within the time period from April 2015 to May 2016. Lung, spleen, liver and intestine were collected from 172 bats and assessed by nested-PCR and microbiological cultive techniques.The prevalence found for H. capsulatum was 8.14% (14/172), with one positive bath only by culturing the fungus, 12 in the nested-PCR technique and a positive animal in both methods. Two bats were positive for Cryptococcus spp. and two for P. brasiliensis by nested-PCR. With the aid of Autocad® software, the georeferencing of the animals’collection spots was performed, verifying positive bats in schools, squares, residences and hospitals. We conclude that the presence of positive baths for pathogenic fungi in urban areas is a risk to public health, since these animals can help on the maintenance and transmission of pathogens in domestic environments. Environmental management measures must be conducted to the population by the Municipal Service of Epidemiologic Surveillance, with the purpose of decreasing the baths population in domestic environments and minimizing the risk of transmitting pathogenic fungi. / FAPESP: 2014/23234-0

A histoplasmose, uma micose sistêmica, é um importante problema de saúde pública, de distribuição mundial e uma infecção muito comum em regiões endêmicas. A infecção é causada pelo fungo dimórfico Histoplasma capsulatum varo capsulatum, que cresce como fungo filamentoso em solo, guano de morcegos e aves, ou como uma levedura parasitária intracelular. A ocorrência de morcegos é relatada em quase todo o mundo e estes contribuem para manutenção deste fungo na natureza. Na cidade de São Paulo, Brasil, morcegos ocorrem em todas as regiões e em várias situações: usando sótãos e forro de telhado como abrigos ou adentrando residências, entre outras. Entre agosto de 2003 a dezembro de 2008, foram encaminhados ao Setor de Micologia do Centro de Controle de Zoonoses da cidade de São Paulo 2427 morcegos. Amostras de fígado e baço desses morcegos foram removidos em condições estéreis e inoculados, ambos, em Agar infusão de cérebro e coração (BHI) e em Agar Sabouraud Dextrose, incubados a 25°C e 37°C. As colônias suspeitas foram reincubadas em Agar Mycosel e identificadas pela morfologia e pela reversão em ML-gema (Mueller Hinton Broth com L-cisteína e gema de ovo) a 37°C. O objetivo deste estudo foi estabelecer a prevalência do H. capsulatum em morcegos presentes na cidade de São Paulo e em outras cidades do Estado. Os 87 isolados de H. capsulatum (3,58%) foram todos de morcegos da família Molossidae, de hábito alimentar insetívoro, pertencentes a quatro gêneros e cinco espécies sendo 74 Molossus molossus, 10 Nyctinomops macrotis, 1 Tadarida brasiliensis, 1 Molossus rufus e 1 Eumops glaucinus. Para 3 espécies (Molossus rufus, Nyctinomops macrotis e Eumops glaucinus) trata-se do primeiro relato. Dos 2427 morcegos, 1728 morcegos eram procedentes da cidade de São Paulo (71,2%) e 699 morcegos eram originários de cidades do Estado de São Paulo (28,8%). Cinco cidades apresentaram espécimes positivos: 70 procedentes da cidade de São Paulo (80,5%) e 17 de outros municípios do Estado (19,5%): 4 de Jundiaí, 10 de Guarulhos, 2 de Osasco e 1 de Mogi Mirim. Para a análise das 61 amostras de fezes de morcegos recebidas, foram utilizadas as técnicas de inoculação em camundongo e semeadura em placa de Petri contendo meio de Agar Mycosel incubadas a 37°C. Uma amostra positiva para H. capsulatum foi isolada do Agar Mycosel. Os resultados mostram que o H.capsulatum esta presente na população de morcegos presentes em áreas urbanas do Estado de São Paulo. Este fato é importante, porque morcegos contaminados podem ser fonte de disseminação e risco para pessoas ou animais adquirirem a infecção. O conhecimento da história natural da histoplasmose em áreas urbanas pode ter um importante papel no estabelecimento de estratégias de prevenção. / Systemic histoplamosis is an important health problem worldwide and a very common infection in endemic areas. Its causative agent, the thermodimorphic fungus Histoplasma capsulatum varo capsulatum, grows in bat guano or bird droppings rich soils as filamentous fungi, or as parasitic intracellular yeast cells in hosts. Bats can be found in almost ali the world and contribute to the maintenance of this fungus in nature. In many cities in Brazil, bats are found in urban areas and in many situations: house basements and/or roofs, fallen in the soil or even inside the houses, among others. Between August 2003 and December 2008, 2,427 bats, 1,728 from São Paulo City (71.2%) and 699 from other cities from São Paulo State, were sent to the Micology Section of Centro de Controle de Zoonoses of São Paulo City. The purpose of this work was to establish the prevalence of H.capsulatum in bats of São Paulo City and other cities from São Paulo State. Samples of spleen and liver from the animais were removed in sterile conditions and inoculated in Brain Heart Infusion Agar and in Sabouraud Dextrose Agar, incubated at 25°C and 37°C. The suspicious colonies were inoculated in Mycosel Agar and were identified by the morphology, as well as by the temperature¬reversion after incubation in ML-egg yolk (Mueller Hinton Broth, with L-cysteine and hen egg yolk) at 37°C. Ali 87 positive samples (3.58%) were isolated from insectivorous bats from Molossidae family, belonging to four genus and five species: 74 samples were from the specie Molossus molossus, 10 from Nyctinomops macrotis, 1 from Molossus rufus, 1 from Tadarida brasiliensis, and 1 from Eumops glaucinus. For three of these species (Nyctinomops macrotis, Molossus rufus and Eumops glaucinus) this is the first report of H. capsulatum isolation. Seventy positive bats were from São Paulo (80.5%), ten from Guarulhos City, four from Jundiaí City, two from Os asco City and one from Mogi Mirim City. Sixty-one samples of feces were analised by mouse inoculation test and inoculation in Petri dishes containing Mycosel Agar. Our results showed that the H. capsulatum is present in bat populations Iiving in urban areas. This is an important fact since H. capsulatum contaminated bats can be a source of contamination for people or animais in contact with them. The knowledge of the natural history of histoplasmosis in urban areas may be important for the establishment of prevention strategies.

Os morcegos (Ordem Chiroptera) estão entre as espécies de mamíferos mais diversificadas e distribuídas no mundo. É reconhecido o papel fundamental que eles exercem na natureza. Por outro lado, são conhecidos como importantes reservatórios de agentes de doenças infecciosas, dentre os quais vírus, até pouco tempo desconhecidos, que nas últimas décadas se tornaram emergentes em humanos e outras espécies. Dentre os vírus RNA emergentes, destacam-se o SARS-CoV, MERS-CoV, vírus Hendra e Nipah e o último a causar importante surto na África, vírus Ebola.Mais de 100 espécies de vírus já foram detectadas em morcegos em todo o mundo, tanto vírus RNA, quanto vírus DNA, embora importância desses últimos como agentes de zoonoses ainda não tenha sido confirmada. Estudos no Brasil com relação à detecção de vírus em morcegos são praticamente inexistentes, e são focados apenas na vigilância e epidemiologia do vírus rábico. Portanto, este trabalho objetivou a detecção de vírus, tanto RNA, quanto DNA, em amostras de morcegos no estado do Rio Grande do Sul, através de técnicas moleculares e sequenciamento dos fragmentos obtidos. Identificamos a presença de vírus da família Coronaviridae, Circoviridae e Adenoviridae em amostras de fezes e tecidos de morcegos insetívoros e hematófagos. A detecção de novas espécies de vírus da família Circoviridae confirma a diversidade viral que estes vírus podem apresentar. Os resultados obtidos por investigação não podem afirmar se tais vírus apresentam potencial zoonótico, mas por serem dados inéditos no país, reforçam a importância da vigilância e de estudos adicionais para melhor compreender o papel que diferentes espécies de morcegos tem como reservatórios de vírus que possam ter impacto na saúde animal e humana. / Bats (Order Chiroptera) are among the most diverse and worldwide distributed mammal species. It is recognized the important role they play in nature, but, on the other hand, they are known as important reservoirs of infectious diseases, including viruses, until then unknown, that have become emerging in recent decades. Among RNA viruses of great importance are the SARS-CoV, MERS-CoV, Hendra and Nipah viruses and the one responsible to cause major outbreaks in Africa recently, the Ebola virus. More than 100 species of virus have been detected in bats in the world, both RNA and DNA viruses DNA, although the latter still hasn't confirmed its importance on zoonosis or the impact it would cause to the host itself.Studies in Brazil are practically nonexistent, because they are focused only on surveillance and epidemiology of rabies virus. Therefore, this work aimed to virus detection, both RNA and DNA in samples from bats in the State of Rio Grande do Sul, through molecular techniques and sequencing of the fragments obtained.We identify the presence of viruses of the family Coronaviridae, Circoviridae and Adenoviridae in stool samples and tissues. In addition, the discovery of new species of viruses of the family Circoviridae confirms viral diversity that these bats can carry. The results obtained in this investigation cannot confirm if such viruses have zoonotic potential, but as they are the first data published in the country, it underscores the importance of vigilance and additional studies to better understand the role that different species of bats have as reservoirs of viruses that may have an impact on animal and human health.