Submitted by BALTAZAR CASAGRANDE (flebalta2012@gmail.com) on 2018-05-15T16:52:24Z No. of bitstreams: 1 Tese_CASAGRANDE.pdf: 22435121 bytes, checksum: 3cd539a9c94901965801f673dffefd8a (MD5) / Approved for entry into archive by ALESSANDRA KUBA OSHIRO ASSUNÇÃO (alessandra@fct.unesp.br) on 2018-05-15T17:43:34Z (GMT) No. of bitstreams: 1 casagrande_b_dr_prud.pdf: 22435121 bytes, checksum: 3cd539a9c94901965801f673dffefd8a (MD5) / Made available in DSpace on 2018-05-15T17:43:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 casagrande_b_dr_prud.pdf: 22435121 bytes, checksum: 3cd539a9c94901965801f673dffefd8a (MD5) Previous issue date: 2018-03-29 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Introdução: Esta tese apresenta uma contribuição para o entendimento da produção social da Leishmaniose Tegumentar Americana (LTA). Particularmente, a tese aborda questões concernentes à trajetória das doenças vetoriais, como as leishmanioses, que possam estar sendo transformadas com a supressão de áreas florestadas pela expansão da monocultura da cana-de-açúcar, neste caso com destaque para o problema da LTA, que tem como vetor os flebótomos. Objetivo: O objetivo geral foi estabelecer relações entre a diversidade, a distribuição espacial de flebotomíneos, a produção do Espaço Geográfico e a saúde da população, caracterizando o Complexo Patogênico da Leishmaniose Tegumentar Americana. Metodologia: Sendo assim, utilizamos os conhecimentos geográficos de Biogeografia, revisão de literatura, tanto sistemática quanto narrativa, levantamentos de campo e trabalhos laboratoriais e análises estatísticas. Resultados: Foram realizados no total 30 levantamentos de campo e capturados 2171 exemplares de flebotomíneos distribuídos entre os Fragmentos da Estação Ecológica do Mico-Leão-Preto, Água Sumida, 72 exemplares com sete espécies diferentes e Ponte Branca, 52 exemplares com 11 espécies diferentes e no estreito de baixo do Parque Estadual do Morro do Diabo, 2044 exemplares com 13 espécies diferentes. Em todos dos casos apresenta maior diversidade em áreas preservadas e menor diversidade em áreas colonizadas. Foram mapeados diferentes meios geográficos coexistindo a área em questão, sendo eles áreas florestais (meio natural), passando por área rural com assentamentos de reforma agrária e fazendas de pecuária extensiva (meio técnico), além de fazendas de agricultura canavieira (meio técnico científico-informacional). Discussões: É evidente que a atividade do cultivo da lavoura canavieira modificou o perfil epidemiológico da LTA na região do Pontal do Paranapanema entendido a partir de um Complexo Patogênico. Isso porque a implantação da atividade canavieira dá novos rumos ao modelo de cultivo no campo e isso interfere na dinâmica ecológica desta doença afetando a população local. Assim, esse estudo resultou em uma nova caracterização da área de estudo, espacialização dos vetores na região, no estabelecimento do Complexo Patogênico da LTA e na delimitação de um campo de pesquisa denominado de “Biogeografia da Saúde”. Conclusão: Esses resultados contribuem para a evolução dos conhecimentos geográficos, formação dos alunos de geografia e também para o fortalecimento da vigilância em saúde. / Introduction: This thesis presents a contribution to the understanding of the social production of American Cutaneous Leishmaniasis (ACL). Particularly, the thesis deals with questions concerning the trajectory of vector diseases, such as leishmaniasis, that may be being transformed by the suppression of forested areas by the expansion of sugarcane monoculture, in this case highlighting the ACL problem, which has as vector the sandflies. Objective: The general objective was to establish relationships between diversity, spatial distribution of sandflies, production of Geographic Space and population health, characterizing the Pathogenic Complex of American Cutaneous Leishmaniasis. Methodology: Thus, we use the geographical knowledge of Biogeography, literature review, both systematic and narrative, field surveys and laboratory work and statistical analysis. Results: A total of 30 field surveys were carried out and 2171 specimens of sandflies were distributed among the fragments of the Mico-Leão-Preto Ecological Station, Água Sumida, 72 specimens with seven different species and Ponte Branca, 52 specimens with 11 different species and in the lower strait of Morro do Diabo State Park, 2044 specimens with 13 different species. In all cases it presents greater diversity in preserved areas and less diversity in colonized areas. Different geographic environments were coexisting with the area in question, being forest areas (natural environment), passing through rural areas with agrarian reform settlements and extensive cattle ranches (technical environment), as well as sugar cane agriculture farms (scientific-informational). Discussion: It is evident that the sugarcane cultivation activity modified the epidemiological profile of ACL in the region of Pontal do Paranapanema, understood from a Pathogenic Complex. This is because the implantation of the sugar cane activity gives new directions to the model of cultivation in the field and this interferes in the ecological dynamics of this disease affecting the local population. Thus, this study resulted in a new characterization of the study area, spatialization of the vectors in the region, in the establishment of the ACL Pathogenic Complex and in the delimitation of a research field called "Biogeography of Health". Conclusion: These results contribute to the evolution of geographic knowledge, the training of geography students and also to the strengthening of health surveillance. / FAPESP: 2013/25920-5

Orientador: Samia Maria Tauk-Tornisielo / Banca: Sandra Regina Ceccato Antonini / Banca: Regina Teresa Rosim Monteiro / Banca: Antonio Ismael Bassinelo / Banca: Carlos Renato Corso / Resumo: Nas usinas, no início da safra, a obtenção de matéria-prima de boa qualidade é maximizada com a aplicação de fitorreguladores, os quais aumentam o teor de sacarose da cana-de-açúcar. Em áreas onde eles são aplicados, tem se observado melhor desenvolvimento e perfilhamento das plantas. Avaliou-se aqui o efeito da aplicação dos fitorreguladores Ethrel e Moddus sobre o crescimento da cana-de-açúcar, de forma direta e indiretamente, através da modificação da microbiota rizosférica. Além disso, objetivou-se também avaliar o uso de rizobactérias, isoladas dos experimentos com fitorreguladores, para o biocontrole de doenças e seus possíveis mecanismos de ação. Os efeitos dos fitorreguladores sobre os microrganismos do solo foram avaliados em meios de cultura acrescidos de Ethrel e Moddus em concentrações de 0 a 1000 ppm. Estes fitorreguladores foram aplicados via foliar e via solo para análise do desenvolvimento da cana-de-açúcar (variedades RB72454, RB835486 e RB855156) em casa-de-vegetação, utilizando-se solo sem tratamento e tratado com brometo de metila. Após dez meses, foram avaliadas a brotação, altura e matéria seca da parte aérea e das raízes das plantas cultivadas. Rizobactérias foram isoladas dos solos contidos nos vasos e avaliadas in vitro quanto à capacidade de controle de fungos fitopatogênicos (Thielaviopsis paradoxa, Fusarium spp. e Hendersonina sacchari), e in vivo, quanto à capacidade de promoção de crescimento de plântulas de cana-de-açúcar. Alguns mecanismos de ação das rizobactérias foram também estudados, como produção de ácido indol acético, ácido cianídrico, sideróforos e solubilização de fosfato inorgânico. Constatou-se que as populações de fungos foram mais sensíveis à adição dos fitorreguladores do que outros grupos de microrganismos, com redução...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: For sugar and alcohol industries, at the start of harvesting, to obtain good quality raw material is potentially possible with the application of plant regulators, which have a role in natural sugar cane maturation, increasing sucrose content. In areas where they have been applied, better plant development and shooting have been observed. The aim here was to evaluate the application of plant regulators Ethrel and Moddus on sugar cane growth, not only in a direct way, but also indirectly, through the modification of rhizosphere microorganisms. Besides, this work also aimed the evaluation of rhizobacteria isolated from the experiments using plant regulators upon the disease biocontrol and their action mechanisms in this respect. The effects of plant regulators upon the soil microorganisms were verified in culture media where Ethrel and Moddus were added in concentrations ranging from 0 to 1000 ppm, while the effects of these substances (applied in leaves and in soil) upon the sugar cane development (varieties RB72454, RB835486 and RB855156) were surveyed in greenhouse, using soil without treatment and treated with methyl bromide. After a ten-month period, the experiments were finished, and sprouting, height and aerial part and root dry matter were analyzed. Soil samples were taken from the pots for rhizobacteria isolation, which were evaluated initially in vitro regarding their ability to control plant pathogenic fungi (Thielaviopsis paradoxa, Fusarium spp. and Hendersonina sacchari), and in vivo, regarding their ability to promote sugar cane growth. Some action mechanisms were also studied, as indol acetic acid, cyanide acid and siderophore production and inorganic phosphate solubilization. It was verified that the fungi populations were more sensitive to the addition of plant regulators than other microorganisms, reducing their colony-forming unit (CFU)...(Complete abstract, click electronic access below) / Doutor

Thesis submitted in fulfilment of the requirements for the degree Master of Technology: Biomedical Technology in the Faculty of Health and Wellness Sciences at the Cape Peninsula University of Technology, 2012 / In many developed countries worldwide the provision of safe, clean water is an expected commodity. In South Africa however, as in most developing countries, the access and supply of water safe for human consumption is challenged or complicated by pollution and more recently water availability. Point-source pollutants in surface- and groundwater are normally the most concentrated closest to the pollutant source (such as the end of a pipe or an underground injection system). Examples of point-source pollution are commercial and industrial businesses, that often discharge waste such as solvents and heavy metals from their operations. In contrast, non-point-source pollution occurs due to runoff moving across or through the ground and absorbing and accumulating pollutants which eventually end up in streams, rivers and dams. The lack of waste removal and adequate sanitation facilities results in the disposal of faecal matter and sewage into storm water drains which flow directly into the river systems contributing to the incidence of diseases such as gastroenteritis, diarrhoea and chronic lung ailments, caused by waterborne pathogenic bacteria, viruses and fungi. Routine water quality analysis however, does not include monitoring for viral contaminants, as this process is hampered by the lack of simple, reliable, time- and cost-effective testing methods to concentrate and detect viral pathogens. The primary aim of this study was thus to establish and optimise routine monitoring techniques for the detection of rota-, adeno- and enteroviruses in the Berg- and Plankenburg Rivers, Western Cape. Initially, various concentration and extraction methods were compared for the optimum recovery of viruses from spiked water samples. One hundred milliliter water samples were spiked with one milliliter rotavirus and two milliliters adenovirus control virions (Coris Bioconcept, Gembloux, Belgium). Optimisation testing of enterovirus was however, not completed due to the unavailability of a positive control. Four viral concentration techniques, namely the Silicon dioxide (SiO2) method, positively charged, negatively charged and the mixed-ester filters, were compared. Various nucleic acid extraction methods were also employed to establish which method would provide optimum yields for both DNA and RNA nucleic acids. The extraction techniques included the TRIzol method (Invitrogen, California, USA) for RNA extraction, the Roche High Pure PCR Template Preparation kit (Roche, Mannheim, Germany) for DNA extraction, and the QIAamp Ultrasens Virus kit (Qiagen GmbH, Hilden, Germany) for simultaneous RNA and DNA extraction. The use of virus specific primers within the PCR technique was also optimised. In addition, gene specific primers and oligo(dT)15 primers were tested and compared to establish which primers would yield the best results since gene specific primers are said to be more sensitive than oligo(dT)15 primers (van Pelt-Verkuil et al., 2008) when synthesising cDNA (rotavirus). The SiO2 concentration method yielded variable results when it was used with the various nucleic acid extraction techniques in this study, since positive PCR results were obtained when used in combination III with some techniques, while negative results were obtained with others. Similarly, variable results were also obtained when negatively charged filters were used to concentrate virus particles, and when this method was used in conjunction with various virus nucleic acid extraction techniques to identify different viruses by RT-PCR and PCR. Results for the non-charged mixed-ester filter were comparable to the positively charged filters when used in conjunction with the various nucleic acid extraction techniques in this study. Both these techniques yielded the highest viral particle concentration from the spiked water samples. Pilot study results indicated the presence of rotavirus and adenovirus detected by RT-PCR and PCR respectively, when filtering through the positively charged filter. The positively charged filter/QIAamp UltraSens virus kit combination was found to be the optimum combination when analysing the spiked water results and was then employed for the concentration of virus particles in the river water samples collected from the Plankenburg- and Berg River systems throughout the study period. The expected PCR product of 346 bp for rotavirus was absent in all 72 river water samples analysed for both river systems. In contrast to the PCR results obtained for rotavirus, the expected product of 261 bp for adenovirus was detected in 22 (30.5%) samples collected throughout the study period. Fifteen of the 22 adenovirus positive samples were found in the Plankenburg River (distributed over all sites), while seven of the 22 adenovirus positive samples were found in the Berg River (all sites). A nested PCR was used to detect enterovirus in the river water samples collected from both river systems throughout the study period. In the first round of the enterovirus PCR 15 river water samples (at various sites for both river systems) yielded a faint 513 bp product. Further amplification by nested PCR then yielded 13 (18.1%) positive nested PCR products of 297 bp. The incidence of adenovirus and enterovirus in river waters reported in the current study and the Van Heerden et al. (2003) investigation motivates for similar studies to be conducted in drinking water, dam water used for recreational purposes as well as rainwater, which is gaining popularity as a sustainable water source.

Thesis (MTech (Biomedical Technology))--Cape Peninsula University of Technology, 2012. / In many developed countries worldwide the provision of safe, clean water is an expected commodity. In South Africa however, as in most developing countries, the access and supply of water safe for human consumption is challenged or complicated by pollution and more recently water availability. Point-source pollutants in surface- and groundwater are normally the most concentrated closest to the pollutant source (such as the end of a pipe or an underground injection system). Examples of point-source pollution are commercial and industrial businesses, that often discharge waste such as solvents and heavy metals from their operations. In contrast, non-point-source pollution occurs due to runoff moving across or through the ground and absorbing and accumulating pollutants which eventually end up in streams, rivers and dams. The lack of waste removal and adequate sanitation facilities results in the disposal of faecal matter and sewage into storm water drains which flow directly into the river systems contributing to the incidence of diseases such as gastroenteritis, diarrhoea and chronic lung ailments, caused by waterborne pathogenic bacteria, viruses and fungi.

Orientador: Antônio Carlos Monteiro / Banca: Marcelo Augusto Boechat Morandi / Banca: Kátia Cristina Kupper / Resumo: O conhecimento das condições adequadas de cultivo e a busca por meios de cultura e métodos de produção que favoreçam o crescimento e a esporulação de fungos e, principalmente, viabilizem economicamente o processo de produção são aspectos importantes a serem considerados na produção massal de um agente de biocontrole. O objetivo deste trabalho foi avaliar o crescimento, a esporulação e a viabilidade de B. euphorbiae sob o efeito de diferentes valores de pH inicial do meio de cultivo, da temperatura e do regime de iluminação além de analisar a tolerância dos conídios à luz solar e a radiação ultravioleta e selecionar meios de cultura de baixo custo e fácil obtenção para produção do fungo. O fungo foi cultivado em meios de cultura com vários valores de pH (4, 5, 6, 7, 8, 9 e 10), exposto a diversas temperaturas (13, 16, 19, 22, 25, 28, 31 e 34°C) e distintos fotoperíodos (0, 12 e 24 hs). Conídios do fungo foram submetidos ao efeito da luz emitida por simulador solar e radiação ultravioleta germicida, e avaliou-se, em ensaios distintos, a produção de B. euphorbiae em diferentes concentrações de meios líquidos obtidos de resíduos e subprodutos agroindustriais (vinhaça, melaço de cana-de-açúcar, leite de levedura, soro de queijo, água da prensa da mandioca e milhocina®), em misturas de substratos sólidos obtidos de grãos e derivados (sorgo em grão com casca de soja e quirela de trigo e casca de soja com quirela de trigo) e, posteriormente, a combinação dos meios líquidos e sólidos que proporcionaram melhores resultados em um sistema bifásico de cultivo. Nos ensaios dos fatores ambientais, a avaliação do desempenho do fungo foi baseada no crescimento radial das colônias, na produção de conídios por unidade de área de colônia e na viabilidade dos conídios em lâminas de microscopia. A determinação dos meios líquidos mais eficientes... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The knowledge of adequate cultivate conditions, search for culture media and production methods that favor the growth and sporulation of fungi and, mainly, gain economical viability in the production process, are important aspects that must be considered in the massal production of an biocontrol agent. The objective of this work was to evaluate the growth, sporulation and viability of Bipolaris euphorbiae under the effects of different cultivation medium initial pH values, temperature and photoperiod, and also to analyze the tolerance of conidia to light emitted by solar and ultraviolet radiation and select media of low cost and easy purchase for the fungus production. The fungus was cultivated in media with several pH values (4, 5, 6, 7, 8, 9 and 10) and exposed do different temperatures (13, 16, 19, 22, 25, 28, 31 and 34°C) and photoperiods (0, 12, 24 hours). Conidia of the fungus were submitted to light effect, emitted by solar simulator and germicidal ultraviolet radiation. In a different experiment was evaluated the production of B. euphorbiae in different liquid media concentrations, obtained of agroindustrial residuals and byproducts (vinasse, sugar cane molasses, yeast cream, cheese whey, water of cassava bran and milhocina®) in combined mixtures of solid substracts obtained from different grains and derivates (sorghum grains with soybean hulls and cracked wheat and soybean hulls with cracked wheat) and, posteriorly, in combination of the liquid and solid media that demonstrated the best results in a two-phase cultivate system. In the experiments of environmental factors the fungus performance was based on the radial growth of the colonies, conidia production per colony area unit and viability of conidia in microscopic slide. The determination of the most efficient liquid media for the production of B. euphorbiae was based on the evaluation of production and viability of conidia... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

The goals of the work are the evaluation of the pathogenic fungi occurence, detection of the occurence frequency, the strategy of losses estimates and the appreciation of the disease intensity. In the following I observe the infection with fungi pathogens from the tribe Fusarium including the interpretation of the proceeds items and the surface microflora on the seed of Avena nuda.

Escherichia coli é um bacilo Gram-negativo, anaeróbico facultativo e de distribuição cosmopolita. E. coli coloniza o intestino de humanos e outros animais endotérmicos logo após o nascimento, estabelecendo-se como um importante membro da microbiota intestinal. Algumas cepas de E. coli podem adquirir fatores de virulência, assumindo assim, uma natureza patogênica, como é o caso das E. coli patogênicas extraintestinais (ExPEC). As cepas ExPEC apresentam a capacidade de colonizar e se disseminar em diversos nichos no hospedeiro, e são divididas em UPEC (E. coli uropatogênica), NMEC (E. coli causadora de meningite neonatal) e APEC (E. coli patogênica para aves). UPEC, NMEC e APEC compartilham fatores associados à virulência. Para serem aptas a causar doença, cepas ExPEC devem apresentar pelo menos um fator associado à adesão, um fator para captação de ferro (sideróforo) e um fator de resistência ao soro, podendo, também, apresentar genes que codificam toxinas e invasinas. Embora sejam conhecidos muitos fatores de virulência associados à patogenicidade de cepas ExPEC, a regulação da expressão de tais fatores ainda não foi elucidada. Fumarato-nitrato-redutase (FNR) é uma proteína que atua como regulador global, agindo como um sensor da presença de oxigênio em bactérias gramnegativas. Já foi demonstrado que FNR está relacionada à regulação da virulência de bactérias patogênicas como Shigella flexneri e Salmonella enterica serovar Typhimurium. Este trabalho teve como objetivo a análise epidemiológica e caracterização de cepas APEC, bem como a investigação do controle da expressão de fatores associados à virulência de ExPEC pelo regulador global FNR. Os resultados da análise epidemiológica das cepas APEC mostram o perfil de resistência aos agentes antimicrobianos, a prevalência dos fatores de virulência e dos grupos filogenéticos (de acordo com a classificação EcoR) e a relação filogenética dos isolados, fornecendo um panorama da caracterização de E. coli patogênicas aviárias de lesões severas de celulite e de infecção sistêmica oriundas da região sul do Brasil. Em relação ao FNR, este estudo mostrou a influência deste regulador sobre importantes fatores associados à virulência, estando envolvido no controle de várias etapas do estabelecimento da infecção por cepas ExPEC. A deleção de fnr na cepa UPEC CFT 073 reduziu a motilidade, a expressão das fimbrias tipo I e tipo P, reduziu a expressão da hemolisina e controlou a expressão da ilha de patogenicidade do α- cetoglutarato. Além disso, a deleção de fnr fez tornou as bactérias incapazes de invadir células dos rins e da bexiga e de causar doença in vivo em camundongos de 6 semanas. FNR também foi capaz de controlar as etapas da infecção por NMEC 56. Uma vez deletado, as bactérias perderam a capacidade de causar bacteremia, de crescer no fluido cerebrospinal e de causar doença in vivo em ratos de 5 dias de idade. A deleção de fnr em APEC O1 resultou na diminuição da expressão da proteína OmpT plasmidial, da fímbria do tipo I e do auto-transportador AatA. A principal contribuição deste trabalho foi demonstrar que FNR atua na regulação da expressão de importantes fatores associados à virulência de cepas ExPEC (UPEC, NMEC e APEC), sendo importante para o estabelecimento da infecção por essas cepas. Neste trabalho, verificamos que, além da função já conhecida de regular os genes envolvidos na manutenção de um meio anaeróbico, FNR também atua no controle de genes associados à virulência de cepas ExPEC, refletindo na capacidade de causar doença que tais cepas apresentam. / Escherichia coli is a Gram-negative bacillus, facultative anaerobic and has cosmopolitan distribution. E. coli colonizes the intestine of humans and other endothermic animals immediately after birth, establishing as an important member of the intestinal microbiota. Some strains of E. coli can acquire virulence factors thereby assuming a pathogenic nature, as in the case of extraintestinal pathogenic E. coli (ExPEC). ExPEC strains have the ability to colonize and spread out in different niches of the host, and are divided into UPEC (uropathogenic E. coli), NMEC (newborn meningitis E. coli) and APEC (avian pathogenic E. coli). UPEC, NMEC and APEC share virulence factors. To be able to cause disease, ExPEC strains must produce virulence factors required for adherence, for iron uptake (siderophore) and for resistance to serum and may also contain genes encoding toxins and invasins. Although many virulence factors associated with the pathogenicity of ExPEC strains are known, the regulation of the expression of these factors has not yet been fully elucidated. Fumarate nitrate reductase (FNR) is a global regulatory protein, acting as a sensor of oxygen in Gram- negative bacteria. It has been shown that FNR relates virulence of pathogenic bacteria such as Shigella flexneri and Salmonella enterica serovar Typhimurium. The aim of this study was to do an epidemiological analysis and characterization of APEC strains as well as the investigation of regulation of ExPEC’s virulence factors by the global FNR regulator. The results of epidemiological analysis of APEC strains showed the profile of antimicrobial resistance , the prevalence of virulence factors and phylogenetic groups (according to the EcoR group) and the phylogenetic relationship of the isolates, providing an overview of the characterization of avian pathogenic E. coli causing severe cellulitis lesions and systemic infection originating from southern Brazil. In relation to FNR, this study showed the influence of this important regulator of virulence factors that is involved in controlling various stages of establishment of infection by ExPEC strains. Deletion of fnr in UPEC strain CFT 073 reduced motility and expression of type I and type P fimbriae, reduced the expression of hemolysin and control the expression of the pathogenicity island of α -ketoglutarate. Furthermore, fnr mutant strains were unable to invade cells of kidney and bladder, and to colonize the urinary tract of 6 weeks-old mice. FNR was also able to control the stages of infection of NMEC 56. The fnr mutant lost its ability to cause bacteremia, grow in cerebrospinal fluid, cause disease in 5 days old rats. Deletion of fnr in APEC O1 resulted in decreased expression of genes corresponding to the plasmid encoded OmpT protein, type I fimbriae and autotransporter AatA. The main contribution of this work was to demonstrate that FNR regulates expression of important virulence factors of ExPEC strains (UPEC, NMEC and APEC), which is important for the establishment of infection by these strains. In this work, we found that, besides the already known function in regulating genes involved in maintaining an anaerobic environment, FNR also acts in the control of virulenceassociated genes of ExPEC strains, reflecting the ability of these strains to cause disease.

A Área de Proteção Ambiental (APA) Capivari-Monos no sul do município de São Paulo, sub-distrito de Parelheiros, é uma área de Mata Atlântica que abriga importantes mananciais. Devido à urbanização desorganizada, alterações das condições ecológicas naturais dessa área propiciam o contato entre humanos, patógenos e culicídeos. Pouco se sabe sobre a ecologia de mosquitos vetores de patógenos nessa localidade, o que instigou a pesquisa na região. Nesse sentido, o presente estudo investigou a fauna culicídeos presentes em ambiente silvestre e antrópico na APA Capivari-Monos, determinando-se indicadores de biodiversidade e relacionando-os a fatores ambientais. Para tal, por 12 meses foram capturados mensalmente culicídeos adultos e imaturos de ambiente silvestre e antrópico usando-se diferentes técnicas de captura. Foram utilizados indicadores de diversidade para avaliar a riqueza, dominância, abundância e equabilidade dos diferentes ambientes. Um total de 9.403 mosquitos adultos foram capturados de maio de 2009 a junho de 2010. As espécies prevalentes entre as coletadas no ambiente silvestre foram Anopheles (Kerteszia) cruzii, Culex (Melanoconion) seção Melanoconion e Aedes serratus, enquanto as mais comuns no ambiente antrópico foram Coquillettidia chrysonotum / albifera, Culex (Culex) grupo coronator e An. (Kerteszia) cruzii. A riqueza de mosquitos adultos foi semelhante entre os ambientes, e a abundância variou entre as espécies. Ao comparar os padrões de diversidade entre os ambientes, a região antrópica apresentou maior riqueza e uniformidade, o que sugere que o estresse ambiental aumentou o número de nichos favoráveis para culicídeos e promoveu maior diversidade. A espécie An. cruzii apresentou correlação positiva com pluviosidade e temperatura no ambiente antrópico, mas no ambiente silvestre essa espécie não esteve associada aos fatores climáticos. Dos 2443 mosquitos imaturos coletados, 1507 (61,7 por cento ) foram encontrados no ambiente antrópico e 936 (38,3 por cento ) no ambiente silvestre. Os mosquitos imaturos foram distribuídos em 62 categorias taxonômicas, e sua riqueza e abundância foram maiores no ambiente antrópico que no silvestre. Os indivíduos Culex (Microculex) grupo Imitator foram os que apresentaram maior abundância e foram encontrados com maior frequência no ambiente antrópico e silvestre. / The Environmental Protection Area (APA) Capivari-Monos in the Parelheiros sub-district, in South São Paulo, is an Atlantic Forest area that comprises important springs. Owing to the disorganized urbanization, changes in the natural ecological conditions of the APA promoted human-Culicidae-pathogen contact. The lack of information on the ecology of mosquito vectors in the APA motivated the present study, which investigated the Culicidae fauna wild and anthropic zones of the Capivari-Monos APA, determining biodiversity indicators and relating them to environmental factors. To that end, adult and immature Culicidae were monthly collected from the wild and from the anthropic zones for 12 months and using different capture techniques. Diversity indicators were used to assess richness, dominance, evenness and abundance in the different environments. A number of 9,403 adult mosquitoes were collected from May 2009 to June 2010. The main species collected in the wild environment were Anopheles (Kerteszia) cruzii, the Melanoconion section of Culex (Melanoconion) and Aedes serratus, whereas the most common species in the anthropic zone were Coquillettidia chrysonotum/albifera, Culex (Culex) Coronator group and An. (Ker.) cruzii. Mosquito richness was similar between the zones, and their abundance varied according to the species. Compared to the wild zone, the anthropic zone exhibited higher richness and evenness, suggesting that environmental stress increased the number of favorable niches for culicids, promoting diversity. An. cruzii occurrence was positively correlated with rainfall and temperature in the anthropic zone, but in the wild zone it was not associated with climatic factors. From the 2,443 immature mosquitoes collected, 1,507 (61.7 per cent ) were found int the anthropic zone and 936 (38.3 per cent ) in the wild zone. The immature mosquitoes were distributed into 62 taxonomic categories, and their richness and abundance were higher in the anthropic than in the wild zone. Culex (Microculex) Imitator group was the prevailing species in both environments.

Escherichia coli patogênica aviária (APEC) é a causa de doenças extra-intestinais em aves, que se manifestam na forma de doenças localizadas ou infecções sistêmicas, gerando grandes perdas econômicas para a indústria aviária. O objetivo desse trabalho foi estudar isolados de APEC do sul do Brasil em relação à resistência a agentes antimicrobianos; a prevalência de fatores associados à virulência; a tipagem filogenética e o perfil filogenético. Na avicultura, os agentes antimicrobianos são muito utilizados na prevenção de infecções e na forma de promotores de crescimento. Foram utilizadas 41 isolados de E. coli obtidos de infecções sistêmicas e 144 isolados de celulite, utilizando o método de difusão com discos. Isolados APEC apresentaram baixos níveis de resistência, com excessão da tetraciclina e das sulfonamidas; e para isolados de colissepticemia, também foi observado uma resistência aos antimicrobianos que atuam na parede celular (ampicilina, cefalotina, bacitracina e ceftiofur). Vários fatores de virulência têm sido investigados em cepas APEC, os que têm sido mais frequentemente associados com a patogenicidade são as fímbrias de aderência F1 e Tsh (hemaglutinina sensível à temperatura); o sistema sideróforo aerobactina, a proteína iss (increased serum survival), a cápsula K e a produção de colicina V. Foram realizadas reações da polimerase em cadeia multiplex (PCR), testando um total de 33 fatores nos isolados APEC. Os fatores relacionados a adesão, sideróforos e resistência ao soro foram presentes em todas as amostras. Os fatores que apresentaram maior prevalência nas amostras foram, fimC, ompA, crlA e traT. A tipagem filogenética foi realizada através do método descrito por Clermont et al., (2000), que permite separar os isolados em 4 grupos filogenéticos principais (A, B1, B2 e D). Observamos a maior presença de isolados APEC pertencentes ao grupo D, tanto para celulite quanto para colissepticemia. A análise do perfil filogenético foi realizada pelo método ARDRA, que é baseado na variação da região do espaçamento intergênico (ISR) na região 16S-23S do DNA ribossômico. Os resultados foram analisados formando um dendrograma que mostra a proximidade filogenética dos isolados, indicando que não foi possível separar os clones de celulite dos de colissepticemia e não existem clones endêmicos nas regiões analisadas. Os resultados obtidos no presente estudo, fornecem um panorama geral da resistência aos agentes antimicrobianos, prevalência dos fatores de virulência, tipagem filogenética e perfil filogenético encontrados nos isolados de E. coli aviária do sul do Brasil de infecções de colissepticemia e celulite. / extra-intestinal infections in poultry, called colibacilose, and cause great economic losses to the poultry industry. The aim of this work was to examine APEC strains, isolated from avian cellulitis and colisepticemic chickens from South Brazil, for antibiotic resistance, presence of virulence-associated genes (VAGs), phylogenetic typing and phylogenetic analyses. In poultry, antibiotics are routinely used to prevent infection and promote growth. We analyzed the susceptibility to 15 antibiotics in 144 E. coli isolates collected from cellulitis lesions and in 41 isolates from septicemic chickens. APEC isolates have shown low levels of resistance excepting tetracycline and sulphonamides, and colisepticemic isolates were resistant to antibiotics that act in the cell wall, such as ampicilin, cephalotin, ceftiofur and bacitracin. The virulence factors most frequently associated with APEC pathogenicity are the adhesins F1 and Tsh (Temperature sensitive hemagglutinin), the iron acquisition system aerobactin, the protein Iss (increased serum survival), K1 capsule and production of colicin V. To investigate the presence of VAGs in the isolates, we performed multiplex polymerase chain reactions to test 33 virulence factors. Virulence factors related to adhesion, iron acquisition and serum resistance were present in almost all strains. The factors fimC, ompA, crlA and traT were the most frequent in APEC isolates. The phylogenetic typing were done using the Clermont et al. (2000) method, which classifies E. coli strains into four main phylogenetic groups (A, B1, B2, and D). Our phylogenetic typing has shown that cellulitis and colisseptisemic isolates were more related to group D. Amplified ribossomal restriction analysis (ARDRA) was performed in colissepticemic and celullitis isolates from broiler chickens from Southern Brasil. The similarity among isolates were observed with a dendrogram based on the band pattern. Our results have shown that clones of celullitis and colissepticemic isolates could not be distinguished and there is no endemic clones in regions observed analised. The results of the present work give us a panorama of the susceptibility to antibiotics, virulence factors, phylogenetic typing and phylogenetic analyses currently found in APEC isolates from severe lesions of cellulites and colibacillosis in south Brazil. Besides that, these analyses could be helpful for monitoring and preventing outbreakes of colibacilosis. Controling the first stages of the disease and detecting more prevalent clones in this region may reduce the incidence of the disease.

Escherichia coli é um bacilo Gram-negativo, anaeróbico facultativo e de distribuição cosmopolita. E. coli coloniza o intestino de humanos e outros animais endotérmicos logo após o nascimento, estabelecendo-se como um importante membro da microbiota intestinal. Algumas cepas de E. coli podem adquirir fatores de virulência, assumindo assim, uma natureza patogênica, como é o caso das E. coli patogênicas extraintestinais (ExPEC). As cepas ExPEC apresentam a capacidade de colonizar e se disseminar em diversos nichos no hospedeiro, e são divididas em UPEC (E. coli uropatogênica), NMEC (E. coli causadora de meningite neonatal) e APEC (E. coli patogênica para aves). UPEC, NMEC e APEC compartilham fatores associados à virulência. Para serem aptas a causar doença, cepas ExPEC devem apresentar pelo menos um fator associado à adesão, um fator para captação de ferro (sideróforo) e um fator de resistência ao soro, podendo, também, apresentar genes que codificam toxinas e invasinas. Embora sejam conhecidos muitos fatores de virulência associados à patogenicidade de cepas ExPEC, a regulação da expressão de tais fatores ainda não foi elucidada. Fumarato-nitrato-redutase (FNR) é uma proteína que atua como regulador global, agindo como um sensor da presença de oxigênio em bactérias gramnegativas. Já foi demonstrado que FNR está relacionada à regulação da virulência de bactérias patogênicas como Shigella flexneri e Salmonella enterica serovar Typhimurium. Este trabalho teve como objetivo a análise epidemiológica e caracterização de cepas APEC, bem como a investigação do controle da expressão de fatores associados à virulência de ExPEC pelo regulador global FNR. Os resultados da análise epidemiológica das cepas APEC mostram o perfil de resistência aos agentes antimicrobianos, a prevalência dos fatores de virulência e dos grupos filogenéticos (de acordo com a classificação EcoR) e a relação filogenética dos isolados, fornecendo um panorama da caracterização de E. coli patogênicas aviárias de lesões severas de celulite e de infecção sistêmica oriundas da região sul do Brasil. Em relação ao FNR, este estudo mostrou a influência deste regulador sobre importantes fatores associados à virulência, estando envolvido no controle de várias etapas do estabelecimento da infecção por cepas ExPEC. A deleção de fnr na cepa UPEC CFT 073 reduziu a motilidade, a expressão das fimbrias tipo I e tipo P, reduziu a expressão da hemolisina e controlou a expressão da ilha de patogenicidade do α- cetoglutarato. Além disso, a deleção de fnr fez tornou as bactérias incapazes de invadir células dos rins e da bexiga e de causar doença in vivo em camundongos de 6 semanas. FNR também foi capaz de controlar as etapas da infecção por NMEC 56. Uma vez deletado, as bactérias perderam a capacidade de causar bacteremia, de crescer no fluido cerebrospinal e de causar doença in vivo em ratos de 5 dias de idade. A deleção de fnr em APEC O1 resultou na diminuição da expressão da proteína OmpT plasmidial, da fímbria do tipo I e do auto-transportador AatA. A principal contribuição deste trabalho foi demonstrar que FNR atua na regulação da expressão de importantes fatores associados à virulência de cepas ExPEC (UPEC, NMEC e APEC), sendo importante para o estabelecimento da infecção por essas cepas. Neste trabalho, verificamos que, além da função já conhecida de regular os genes envolvidos na manutenção de um meio anaeróbico, FNR também atua no controle de genes associados à virulência de cepas ExPEC, refletindo na capacidade de causar doença que tais cepas apresentam. / Escherichia coli is a Gram-negative bacillus, facultative anaerobic and has cosmopolitan distribution. E. coli colonizes the intestine of humans and other endothermic animals immediately after birth, establishing as an important member of the intestinal microbiota. Some strains of E. coli can acquire virulence factors thereby assuming a pathogenic nature, as in the case of extraintestinal pathogenic E. coli (ExPEC). ExPEC strains have the ability to colonize and spread out in different niches of the host, and are divided into UPEC (uropathogenic E. coli), NMEC (newborn meningitis E. coli) and APEC (avian pathogenic E. coli). UPEC, NMEC and APEC share virulence factors. To be able to cause disease, ExPEC strains must produce virulence factors required for adherence, for iron uptake (siderophore) and for resistance to serum and may also contain genes encoding toxins and invasins. Although many virulence factors associated with the pathogenicity of ExPEC strains are known, the regulation of the expression of these factors has not yet been fully elucidated. Fumarate nitrate reductase (FNR) is a global regulatory protein, acting as a sensor of oxygen in Gram- negative bacteria. It has been shown that FNR relates virulence of pathogenic bacteria such as Shigella flexneri and Salmonella enterica serovar Typhimurium. The aim of this study was to do an epidemiological analysis and characterization of APEC strains as well as the investigation of regulation of ExPEC’s virulence factors by the global FNR regulator. The results of epidemiological analysis of APEC strains showed the profile of antimicrobial resistance , the prevalence of virulence factors and phylogenetic groups (according to the EcoR group) and the phylogenetic relationship of the isolates, providing an overview of the characterization of avian pathogenic E. coli causing severe cellulitis lesions and systemic infection originating from southern Brazil. In relation to FNR, this study showed the influence of this important regulator of virulence factors that is involved in controlling various stages of establishment of infection by ExPEC strains. Deletion of fnr in UPEC strain CFT 073 reduced motility and expression of type I and type P fimbriae, reduced the expression of hemolysin and control the expression of the pathogenicity island of α -ketoglutarate. Furthermore, fnr mutant strains were unable to invade cells of kidney and bladder, and to colonize the urinary tract of 6 weeks-old mice. FNR was also able to control the stages of infection of NMEC 56. The fnr mutant lost its ability to cause bacteremia, grow in cerebrospinal fluid, cause disease in 5 days old rats. Deletion of fnr in APEC O1 resulted in decreased expression of genes corresponding to the plasmid encoded OmpT protein, type I fimbriae and autotransporter AatA. The main contribution of this work was to demonstrate that FNR regulates expression of important virulence factors of ExPEC strains (UPEC, NMEC and APEC), which is important for the establishment of infection by these strains. In this work, we found that, besides the already known function in regulating genes involved in maintaining an anaerobic environment, FNR also acts in the control of virulenceassociated genes of ExPEC strains, reflecting the ability of these strains to cause disease.