Escherichia coli patogênica aviária (APEC) é a causa de doenças extra-intestinais em aves, que se manifestam na forma de doenças localizadas ou infecções sistêmicas, gerando grandes perdas econômicas para a indústria aviária. O objetivo desse trabalho foi estudar isolados de APEC do sul do Brasil em relação à resistência a agentes antimicrobianos; a prevalência de fatores associados à virulência; a tipagem filogenética e o perfil filogenético. Na avicultura, os agentes antimicrobianos são muito utilizados na prevenção de infecções e na forma de promotores de crescimento. Foram utilizadas 41 isolados de E. coli obtidos de infecções sistêmicas e 144 isolados de celulite, utilizando o método de difusão com discos. Isolados APEC apresentaram baixos níveis de resistência, com excessão da tetraciclina e das sulfonamidas; e para isolados de colissepticemia, também foi observado uma resistência aos antimicrobianos que atuam na parede celular (ampicilina, cefalotina, bacitracina e ceftiofur). Vários fatores de virulência têm sido investigados em cepas APEC, os que têm sido mais frequentemente associados com a patogenicidade são as fímbrias de aderência F1 e Tsh (hemaglutinina sensível à temperatura); o sistema sideróforo aerobactina, a proteína iss (increased serum survival), a cápsula K e a produção de colicina V. Foram realizadas reações da polimerase em cadeia multiplex (PCR), testando um total de 33 fatores nos isolados APEC. Os fatores relacionados a adesão, sideróforos e resistência ao soro foram presentes em todas as amostras. Os fatores que apresentaram maior prevalência nas amostras foram, fimC, ompA, crlA e traT. A tipagem filogenética foi realizada através do método descrito por Clermont et al., (2000), que permite separar os isolados em 4 grupos filogenéticos principais (A, B1, B2 e D). Observamos a maior presença de isolados APEC pertencentes ao grupo D, tanto para celulite quanto para colissepticemia. A análise do perfil filogenético foi realizada pelo método ARDRA, que é baseado na variação da região do espaçamento intergênico (ISR) na região 16S-23S do DNA ribossômico. Os resultados foram analisados formando um dendrograma que mostra a proximidade filogenética dos isolados, indicando que não foi possível separar os clones de celulite dos de colissepticemia e não existem clones endêmicos nas regiões analisadas. Os resultados obtidos no presente estudo, fornecem um panorama geral da resistência aos agentes antimicrobianos, prevalência dos fatores de virulência, tipagem filogenética e perfil filogenético encontrados nos isolados de E. coli aviária do sul do Brasil de infecções de colissepticemia e celulite. / extra-intestinal infections in poultry, called colibacilose, and cause great economic losses to the poultry industry. The aim of this work was to examine APEC strains, isolated from avian cellulitis and colisepticemic chickens from South Brazil, for antibiotic resistance, presence of virulence-associated genes (VAGs), phylogenetic typing and phylogenetic analyses. In poultry, antibiotics are routinely used to prevent infection and promote growth. We analyzed the susceptibility to 15 antibiotics in 144 E. coli isolates collected from cellulitis lesions and in 41 isolates from septicemic chickens. APEC isolates have shown low levels of resistance excepting tetracycline and sulphonamides, and colisepticemic isolates were resistant to antibiotics that act in the cell wall, such as ampicilin, cephalotin, ceftiofur and bacitracin. The virulence factors most frequently associated with APEC pathogenicity are the adhesins F1 and Tsh (Temperature sensitive hemagglutinin), the iron acquisition system aerobactin, the protein Iss (increased serum survival), K1 capsule and production of colicin V. To investigate the presence of VAGs in the isolates, we performed multiplex polymerase chain reactions to test 33 virulence factors. Virulence factors related to adhesion, iron acquisition and serum resistance were present in almost all strains. The factors fimC, ompA, crlA and traT were the most frequent in APEC isolates. The phylogenetic typing were done using the Clermont et al. (2000) method, which classifies E. coli strains into four main phylogenetic groups (A, B1, B2, and D). Our phylogenetic typing has shown that cellulitis and colisseptisemic isolates were more related to group D. Amplified ribossomal restriction analysis (ARDRA) was performed in colissepticemic and celullitis isolates from broiler chickens from Southern Brasil. The similarity among isolates were observed with a dendrogram based on the band pattern. Our results have shown that clones of celullitis and colissepticemic isolates could not be distinguished and there is no endemic clones in regions observed analised. The results of the present work give us a panorama of the susceptibility to antibiotics, virulence factors, phylogenetic typing and phylogenetic analyses currently found in APEC isolates from severe lesions of cellulites and colibacillosis in south Brazil. Besides that, these analyses could be helpful for monitoring and preventing outbreakes of colibacilosis. Controling the first stages of the disease and detecting more prevalent clones in this region may reduce the incidence of the disease.

Planktothricoides raciborskii and Roseofilum reptotaenium are physiologically similar, yet ecologically distinct organisms found in a hot spring outflow and coral black band disease (BBD), respectively. The aim of this study was to elucidate the relationship between R. reptotaenium and sulfide in BBD, to compare microcystin (MC) production in response to environmental factors, and to determine chemotactic responses to MC and sulfide by the two organisms. Results showed that the pathogenicity of R. reptotaenium in BBD is dependent on sulfate-reducing bacteria as secondary pathogens. Roseofilum reptotaenium produced significantly more MC than P. raciborskii, as measured using ELISA. Roseofilum reptotaenium was negatively chemotactic to sulfide, determined using horizontal and vertical gradients in agar, while P. raciborskii was not affected. Neither cyanobacterium was chemotactic to MC in the agar assays. The ecophysiology of P. raciborskii and R. reptotaenium in relation to MC production and response to sulfide reflected their pathogenic versus non-pathogenic status.

Submitted by Leonardo Cavalcante (leo.ocavalcante@gmail.com) on 2018-07-17T18:21:26Z No. of bitstreams: 1 Arquivototal.pdf: 16322215 bytes, checksum: c172a5636f12cf8195f2382f1c23de59 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-07-17T18:21:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Arquivototal.pdf: 16322215 bytes, checksum: c172a5636f12cf8195f2382f1c23de59 (MD5) Previous issue date: 2013-02-27 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Various researches in molecular epidemiology, molecular diagnosis and evolutionary genetics related to pathogens are compared to managing large amounts of data derived from institutions such as, hospitals or laboratories. Although there already are some proposals to connect molecular information to the diagnosis of pathogens, none of them uses high performance bioinformatics tools which are embedded in a system and linked to a patient’s electronic record. The MolEpi tool has been developed as a system of data and information management addressed to public health, incorporating clinical and epidemiological information about patients, as well as molecular data of 16S rRNA sequences of pathogenic bacteria. In order to confirm which species of these bacteria were identified, biological samples (urine, secretions and purulent wounds, tracheal aspirate and blood) and subsequently incubation and growth of colonies in culture, and PCR was used followed by sequencing and analysis of the conserved coding region for 16S ribosomal RNA (rDNA). Such strategy enabled fast bacterial identification, regardless of prior knowledge of the species of microorganism under study. Moreover MolEpi is a system interconnected to repositories of specific sequences as Genbank (NCBI), RDP-II (Ribosomal Database Project - MSU) and GreenGene (LBL). In this way, once the sequences of clinical isolates are confirmed and validated, they can be used as reference in the identification of other unknown microorganisms. Thus, a local database was established, representing the profile of pathogens found in the hospital unity of study and which should be object of public health surveillance. In order to develop MolEpi, we used the Java programming language and the PostgreSQL8.3 object-relational database. It was also developed BACSearch, which has the following programs to handle the analysis of 16S rDNA sequences, we used the framework BioJava; to multiple alignment, ClustalW2, MAFFT and MUSCLE, and for editing of multiple alignment and phylogenetic analysis, the JalView2.4.0 was used. The system was validated with 200 clinical specimens isolated and identified from sites of nosocomial infection. The DNA sequences produced from these samples were subjected to BLAST by using the developed tool, which identified Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii, Klebsiella pneumoniae and Morganella morganii as the main pathogens involved. Data on resistance patterns of the species were obtained in microbiology laboratory, and incorporated into the database. The application of MolEpi tool to the Health System can provide prompt and accurate diagnosis, connected to relevant network information which can be intended for health professionals. / A maioria das pesquisas em epidemiologia molecular, diagnóstico molecular e genética evolutiva são confrontadas com o gerenciamento de grandes volumes de dados. Além disso, os dados utilizados em estudos de doenças patogênicas são complexos e geralmente derivam de instituições tais como hospitais ou laboratórios. Embora já existam propostas que conecte informações moleculares ao diagnóstico de patogenias, nenhuma delas utilizam ferramentas de bioinformática de alto desempenho incorporadas a um sistema e vinculada a um prontuário eletrônico do paciente. MolEpi foi desenvolvido como um sistema de gerenciamento de dados e informações dimensionado a saúde pública, incorporando informações clínicas e epidemiológicas sobre pacientes e dados moleculares de sequências do gene rRNA 16S de bactérias patogênicas. Para identificação destas bactérias foram utilizadas amostras biológicas (urina, secreções e purulentas de feridas, aspirado traqueal e sangue) e PCR seguida de sequenciamento e análise da região conservada codificadora de RNA ribossômico (rDNA) 16S. Este estratégia permite uma identificação bacteriana rápida, independente de conhecimento prévio da espécie de microrganismo em estudo. O MolEpi é um sistema facilmente atualizável com as sequências específicas de bancos como Genbank(NCBI), RDP-II (Ribosomal Database Project - MSU) e GreenGene (LBL). A partir da confirmação e validação das sequências dos isolados clínicos, estas podem ser utilizadas como referência na identificação de outros microrganismos desconhecidos. Neste sentido, foi estabelecido um banco de dados local, representativo do perfil de patógenos encontrados na unidade hospitalar de estudo e objeto de vigilância epidemiológica. Para o desenvolvimento do MolEpi, utilizamos a linguagem Java e banco de dados PostgreSQL8.3. Foi desenvolvido também o BACSearch, que possui os seguintes programas: para o processamento de sequências de rDNA 16S utilizamos os frameworks BioJava; para alinhamento múltiplo foi implementado o ClustalW2, MAFFT e o MUSCLE e para edição do alinhamento múltiplo e análise filogenética foi utilizado JalView R⃝2.4.0b2. O sistema foi validado com 200 espécimes clínicos identificadas e isoladas de sítios de infecção hospitalar. As sequências de DNA produzidas a partir destas amostras foram submetidas ao BLAST, utilizando a ferramenta desenvolvida, identificando Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii, Klebsiela pneumonie e Staphylococcus aureus como os principais patógenos correspondentes. Os dados sobre o padrão de resistência das espécies foram obtidos em laboratório de microbiologia e incorporados ao banco de dados. A aplicação do MolEpi ao Sistema Único de Saúde poderá fornecer diagnósticos mais rápidos, precisos, e interligados a uma rede de informações relevantes para o profissional de saúde.

Détection et quantification de bactéries à faible taux par SPRi Résumé: Le protocole standard pour le diagnostic des bactéries dans le domaine médical et agro-alimentaire reste la culture microbienne, qui prend plusieurs jours pour identifier l'agent pathogène. Cependant, ces temps de latence ne sont pas compatibles avec l'urgence d'analyser rapidement la présence de bactéries pathogènes. Il ya un besoin croissant de vouloir développer de nouveaux outils pour identifier les bactéries pathogènes en un temps plus court. Afin atteindre cet objectif, la technologie de l'imagerie par Résonance des Plasmons de Surface (SPRi) a été utilisée avec succès pour la détection spécifique durant leur croissance des populations bactériennes en utilisant des protéines et/ou des anticorps comme molécule de bio reconnaissance des surfaces bactériennes. Ainsi, la détection spécifique de un à plusieurs milliers de pathogènes/ml peut être réalisé en quelques heures seulement. Dans le présent travail, plusieurs souches bactériennes ont été utilisées comme modèle : Streptococcus pneumoniae R6, Escherichia coli K12 ; ainsi que des agents pathogènes réels (Salmonella enteritidis) apportant la preuve que cette méthode peut être élargie à d'autres souches. Les résultats peuvent être quantitatifs par l'établissement d'une courbe d'étalonnage, permettant ainsi de remonter à la concentration initiale d'un échantillon contaminé. La stratégie développée au cours de ce travail se base sur le couplage simultané de la culture bactérienne et de la détection/identification spécifique, en utilisant l'imagerie SPR. Mots clés en français : Imagerie par résonance plasmonique de surface (SPRi), Streptococcus pneumoniae, E.coli K12, Salmonella enteritidis, croissance bactérienne, interactions, détection, capture, diagnostic, agro-alimentaire, pathogènes. / Low Level Bacteria Detection and Quantification using SPRi Abstract: The standard protocol for bacterial diagnosis in the medical and agronomic fields remains microbial culture, which takes several days to identify the pathogen. However, these time lags are not compatible with the urgency to rapidly analyse the presence of pathogenic bacteria. There is a strong need to develop new tools for identifying pathogenic bacteria in a shorter time. To achieve this goal, Surface Plasmon Resonance imaging (SPRi) technology has been successfully used for the specific detection of bacterial populations during their growth, using proteins and/or antibodies as bio-recognition molecules targeting bacterial surfaces. Thus, the specific detection of one to thousand pathogens/ml could be achieved within few hours. Several bacterial strains were used as models in this work: Streptococcus pneumoniae R6, Escherichia coli K12, as well as a real pathogen (Salmonella enteritidis) providing the proof that this method can be enlarged to other strains. The results can be quantitative by establishing a calibration curve, allowing extrapolation of the initial concentration of a contaminated sample. The strategy developed in this work, is based on the simultaneous coupling of the bacterial enrichment with the specific detection and identification, using the SPR imaging technique. Mots clés en anglais : Surface Plasmon Resonance imaging (SPRi), Streptococcus pneumoniae, E.coli K12, Salmonella enteritidis, bacterial growth, interactions, detection, capture, diagnosis, agri-food, pathogens.

Chez les procaryotes, les systèmes ABC (ATP-binding cassette) canoniques permettent un import efficace et de haute affinité du nickel, en grande partie via l'action de la Ni-BP (nickel-binding protein) qui va jouer le rôle de récepteur extracytoplasmique du nickel avant son passage à travers la membrane interne. Dans ces travaux, nous avons cherché à mieux caractériser les stratégies d'import de nickel par les bactéries, notamment par l'étude cristallographique des Ni-BP. La résolution des structures de cinq de ces protéines, en interaction avec du nickel, nous a permis d'identifier les sites de fixation et ainsi de mettre en évidence les différents modes d'interaction de ce métal avec les Ni-BP. Nos résultats montrent notamment que la coordination du nickel requiert toujours la présence d'un métallophore exogène, appelé nickelophore. En parallèle, des études in vivo ont été conduites sur Escherichia coli, montrant que cette bactérie semble être capable de synthétiser son propre nickelophore. D'autre part, ces travaux ont permis la résolution de la structure de HypB de Helicobacter pylori en interaction avec du nickel. Celle-ci permet de mieux appréhender le rôle central de cette protéine au sein des voies de maturation des enzymes à nickel. / In prokaryotes, canonical ABC (ATP-binding cassette) importers allow an efficient uptake of nickel with high affinity through the inner membrane, largely via the action of the extracytoplasmic nickel-binding protein (Ni-BP). In this work, we intended to better understand the strategies developed by bacteria to scavenge nickel in the environment, especially through the structural studies of several Ni-BP. The resolution of the crystal structures of five Ni-BPs from diverse bacteria, in interaction with nickel, led us to identify their nickel-binding sites and shed light on the different binding modes. Our results show that the presence of an exogenous metallophore, called nickelophore, is always required. In vivo studies in Escherichia coli were also conducted, showing that this bacteria seems to be able to synthesize its own nickelophore. In addition, we have solved the crystal structure of Helicobacter pylori HypB in complex with nickel. This result provides insight into its cellular function in nickel enzyme maturation pathways.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:22Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-07-13Bitstream added on 2014-06-13T18:56:02Z : No. of bitstreams: 1 moraes_c_me_jabo.pdf: 402113 bytes, checksum: 58e6a2cb5388c56367f25e652d9696b2 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / O conhecimento das condições adequadas de cultivo e a busca por meios de cultura e métodos de produção que favoreçam o crescimento e a esporulação de fungos e, principalmente, viabilizem economicamente o processo de produção são aspectos importantes a serem considerados na produção massal de um agente de biocontrole. O objetivo deste trabalho foi avaliar o crescimento, a esporulação e a viabilidade de B. euphorbiae sob o efeito de diferentes valores de pH inicial do meio de cultivo, da temperatura e do regime de iluminação além de analisar a tolerância dos conídios à luz solar e a radiação ultravioleta e selecionar meios de cultura de baixo custo e fácil obtenção para produção do fungo. O fungo foi cultivado em meios de cultura com vários valores de pH (4, 5, 6, 7, 8, 9 e 10), exposto a diversas temperaturas (13, 16, 19, 22, 25, 28, 31 e 34°C) e distintos fotoperíodos (0, 12 e 24 hs). Conídios do fungo foram submetidos ao efeito da luz emitida por simulador solar e radiação ultravioleta germicida, e avaliou-se, em ensaios distintos, a produção de B. euphorbiae em diferentes concentrações de meios líquidos obtidos de resíduos e subprodutos agroindustriais (vinhaça, melaço de cana-de-açúcar, leite de levedura, soro de queijo, água da prensa da mandioca e milhocina®), em misturas de substratos sólidos obtidos de grãos e derivados (sorgo em grão com casca de soja e quirela de trigo e casca de soja com quirela de trigo) e, posteriormente, a combinação dos meios líquidos e sólidos que proporcionaram melhores resultados em um sistema bifásico de cultivo. Nos ensaios dos fatores ambientais, a avaliação do desempenho do fungo foi baseada no crescimento radial das colônias, na produção de conídios por unidade de área de colônia e na viabilidade dos conídios em lâminas de microscopia. A determinação dos meios líquidos mais eficientes... / The knowledge of adequate cultivate conditions, search for culture media and production methods that favor the growth and sporulation of fungi and, mainly, gain economical viability in the production process, are important aspects that must be considered in the massal production of an biocontrol agent. The objective of this work was to evaluate the growth, sporulation and viability of Bipolaris euphorbiae under the effects of different cultivation medium initial pH values, temperature and photoperiod, and also to analyze the tolerance of conidia to light emitted by solar and ultraviolet radiation and select media of low cost and easy purchase for the fungus production. The fungus was cultivated in media with several pH values (4, 5, 6, 7, 8, 9 and 10) and exposed do different temperatures (13, 16, 19, 22, 25, 28, 31 and 34°C) and photoperiods (0, 12, 24 hours). Conidia of the fungus were submitted to light effect, emitted by solar simulator and germicidal ultraviolet radiation. In a different experiment was evaluated the production of B. euphorbiae in different liquid media concentrations, obtained of agroindustrial residuals and byproducts (vinasse, sugar cane molasses, yeast cream, cheese whey, water of cassava bran and milhocina®) in combined mixtures of solid substracts obtained from different grains and derivates (sorghum grains with soybean hulls and cracked wheat and soybean hulls with cracked wheat) and, posteriorly, in combination of the liquid and solid media that demonstrated the best results in a two-phase cultivate system. In the experiments of environmental factors the fungus performance was based on the radial growth of the colonies, conidia production per colony area unit and viability of conidia in microscopic slide. The determination of the most efficient liquid media for the production of B. euphorbiae was based on the evaluation of production and viability of conidia... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:24Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-10-07Bitstream added on 2014-06-13T18:31:32Z : No. of bitstreams: 1 takahashi_jp_me_rcla.pdf: 257346 bytes, checksum: 93dfb4bf3222820f6d8227ebe1bb5eca (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / No Córrego do Sapateiro, no Parque Municipal do Ibirapuera, São Paulo, SP, foram coletadas amostras de água (50 mL) até 10 cm de profundidade, em local antes (local 1) e após (local 2) o tratamento da água por flotação, durante época chuvosa (janeiro, fevereiro e março) e época seca (junho, julho e agosto) em 2008. Concomitantemente, foram medidos a temperatura, oxigênio dissolvido, condutividade, e pH da água com equipamento U10 da Horiba. Os coliformes totais e fecais na água foram analisados com Aquatest®. De cada amostra de água, alíquotas de 1 mL foram espalhadas sobre meio de batata-dextrose-ágar, perfazendo 10 placas de Petri para cada local de coleta. Após a incubação durante 10 dias a 22ºC, as colônias foram quantificadas. As mais representativas foram purificadas e identificadas utilizando-se literatura pertinente. Para conduzir testes de patogenicidade foram selecionadas culturas representativas da micota submetendo-as a testes de crescimento a 37ºC, atividade proteásica e fosfolipásica. Os parâmetros abióticos da água não se apresentaram limitantes para a presença de geofungos e foram pouco influenciados pela flotação, exceto o oxigênio dissolvido, que no local 2 apresentou elevações significativas. Nos dois locais o número de coliformes totais e fecais foi predominantemente maior que 8 NMP/dL-1 durante o período de estudo. A quantificação de colônias de fungos variou de 0 a 148 UFC/mL-1. No total foram obtidos 30 táxons de fungos, distribuídos em 141 ocorrências. Vinte táxons foram registrados nos meses quentes e chuvosos e 21 nos demais. Vinte e quatro táxons em 76 ocorrências de fungos foram registrados para o local 1 e 20 táxons em 65 ocorrências no local 2. A micota foi composta por nove gêneros de fungos anamórficos, sendo eles Penicillium sp., Aspergillus sp., Fusarium sp., Cylindrocladium... / In “Córrego do Sapateiro” in the “Parque Municipal do Ibirapuera”, São Paulo city, São Paulo State, Brazil, water samples (50 mL) at 10cm depth were collected in sites before (site 1) and also after (site 2) flotation water treatment, during months in the rainy hot season (January, February and March) and in the dry, cold season (June, July and August) of 2008. Besides, the temperature, dissolved oxygen, conductivity and pH of the water were measured with an U10 Horiba equipment. Total and fecal coliforms were analyzed with Aquatest® kit. From each water sample, aliquots of 1mL were spreaded on potato-dextrose-agar media, totalizing 10 Petri dishes for each collection site. After incubation for 10 days at 22oC, the colonies were quantified. The most representative ones were purified to be identified using current literature. To perform the pathogenicity tests representative strains of the mycota were submitted to growth tests at 37oC, proteolythic and phospholypasic activities. Abiotic parameters of the water were not limitants for the presence of geofungi, and were little influenced by the flotation treatment, except for dissolved oxygen, that presented significant increases at site 2. At the two sites the number of total and fecal coliforms was predominantly higher than 8 NMP/dL-1 during the studied period. The quantity of fungal colonies varied from zero to 148 UFC/mL-1. A total of 30 fungal taxa was obtained, distributed in 141 occurrences. Twenty one taxa were registered in the rainy and hot months, and 21 in the remaining ones. Twenty four taxa, in 76 occurrences were registered for site 1 and 20 taxa in 65 occurrences for site 2. The mycota was composed by nine anamorphic genera, as Penicillium sp., Aspergillus sp., Fusarium sp., Cylindrocladium sp., Pestalotiopsis sp., Trichoderma sp., Cladosporium sp., Geotrichum sp. and Paecilomyces sp., besides two representants... (Complete abstract click electronic access below)

Submitted by Maike Costa (maiksebas@gmail.com) on 2017-02-09T13:09:35Z No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 1300332 bytes, checksum: 1ecfc84b4e141901d87821311427147b (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-09T13:09:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 1300332 bytes, checksum: 1ecfc84b4e141901d87821311427147b (MD5) Previous issue date: 2015-04-10 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The fruit production is very expressive in Brazil, especially the pineapple cultivation, Ananas comosus (L.) Merrill. Fruit that taste and intense aroma, used for industrialization juices, with a good acceptance for consumption. Although the fruit juice not be characterized as a means of frequent contamination of pathogenic microorganisms, the occurrence and the increase in cases of outbreaks bound by these foods is emerging. In this sense, the combination of antimicrobial properties of essential oils in different food matrices has led to investigation of these oils as food preservatives and their performance on the physicochemical properties and sensory product. Given this context, this study aimed to evaluate the potential of the essential oil of Cymbopogon citratus (OECC), compared to bacterial contaminants of pineapple juice (Listeria monocytogens (ATCC7644), Escherichia coli (UFPEDA224) and Salmonella enterica Enteritidis Serova Serova (UFPE414) in mixed inoculum, by determining the minimum inhibitory concentration (MIC) and the influence of the application of OECC on growth and survival of the mixed inoculums. Moreover, the effectiveness of OECC was verified against the indigenous microbiota in pineapple juice; and the evaluation of physical, chemical and sensory parameters of juice with OECC. The value of MIC found was 5μL / mL against the mixed inoculum. Concentrations lower than MIC (2.5 uL / mL -CIM / 2 and 1.25 uL/ mL -CIM / 4) were able to decrease the count of L. monocytogenes and E. coli in pineapple juice values ≥ 5 log (CFU / mL) after 15minutes of exposure in the juice. S. enteritidis, the same level of inhibition was detected after 15 minutes exposure to concentrations in 5μL OECC / ml, 2.5 uL / mL. When OECC was incorporated into juice at a concentration of 1.25 uL / mL, a 1 hour time interval to establish a ≥ 5 log reduction in S. enteritidis was necessary. At concentrations of 0.6 uL / mL - MIF / 8, 1 h 45 min intervals were required to achieve a ≥ 5 log-in E. coli and L. monocytogenes, respectively; while, 12 h were necessary to achieve similar reduction in S. Enteritidis. The OECC (5 uL / mL, 2.5 uL / mL and 1.25 uL / ml) was able to reduce in ≥ 5 log count of mesophilic bacteria, lactic acid bacteria, molds and yeasts that occur naturally in juice pineapple maximum time interval of 2 hr. A reduction of ≥ 5 log was not observed in microorganisms of the indigenous microbiota in the concentration of OECC (0.6 uL / mL). The physico-chemical properties (pH, titratable acidity and soluble solids) of pineapple juice containing the OECC (2.5 uL / mL-CIM / 2 and 1.25 uL / mL-CIM / 4) were kept in the control . The juice samples with OECC (2.5 uL / mL and 1.25 uL / mL) that passed through the sensory panel showed good acceptance for some sensory properties (appearance, odor, viscosity), but parameters of flavor, aftertaste and acceptance overall had unsatisfactory ratings of the panelists. The OECC proved to be an effective alternative in food safety and sensory attributes mentioned above when applied to pineapple juice. Therefore, further studies on the OECC pineapple juice with no additional thermal technology can be used to achieve a balance between the microbiological safety and sensory aspects of the product. / A produção frutífera é muito expressiva no Brasil, destacando-se o cultivo do abacaxi, Ananas comosus (L.) Merril. Fruta essa de sabor e aroma intenso, utilizada para industrialização de sucos, com uma boa aceitação para consumo. Apesar do suco de frutas não caracterizar-se como meio de contaminação frequente de micro-organismos patogênicos, a ocorrência e o aumento dos casos de surtos vinculados por esses alimentos vem surgindo. Nesse sentido, a combinação das propriedades antimicrobianas dos óleos essenciais em diferentes matrizes alimentares tem levado a investigação desses óleos como conservantes de alimento e sua atuação nas propriedades físico-químicas e sensoriais do produto. Diante deste contexto, este estudo objetivou avaliar o potencial antimicrobiano do óleo essencial de Cymbopogon citratus (OECC), frente a bactérias contaminantes de suco de abacaxi (Listeria monocytogens (ATCC7644), Escherichia coli (UFPEDA224) e Salmonella enterica Serova Enteritidis Serova (UFPE414) em inóculo misto, através da determinação da Concentração Inibitória Mínima (CIM), bem como a influência da aplicação desse OECC no crescimento e sobrevivência do inóculo misto. Além disso, foi verificado a eficácia do OECC frente a microbiota autóctone no suco de abacaxi; e a avaliação dos parâmetros físico-químicos e sensoriais do suco com OECC. O valor da CIM encontrado foi de 5μL/mL frente ao inóculo misto. Concentrações inferiores a CIM ( 2,5 μL/mL -CIM/2 e 1,25 μL/mL -CIM/4) foram capazes de diminuir a contagem de L. monocytogenes e E. coli no suco de abacaxi a valores ≥ a 5 log ( UFC/mL) após 15minutos de exposição no suco. Para S. Enteritidis , o mesmo nível de inibição foi detectado após 15 minuto de exposição ao OECC nas concentrações de 5μL/mL, 2,5 μL/mL. Quando o OECC foi incorporado no suco na concentração de 1,25 μL/mL, foi necessário um intervalo de tempo de 1 hora para o estabelecimento de uma redução ≥ a 5 log em S. Enteritidis. Em concentrações de 0,6 μL/mL – CIM/8, intervalos de 1h e 45 min foram necessários para alcançar uma redução ≥ 5-log em E. coli e L. monocytogenes, respectivamente; enquanto, 12 h foram necessárias para alcançar similar redução em S. Enteritidis. O OECC (5 μL/mL, 2,5 μL/mL e 1,25 μL/mL) foi capaz de reduzir em ≥ a 5 log a contagem de bactérias mesófilas, bactérias ácido láticas e bolores e leveduras que ocorrem naturalmente em suco de abacaxi em intervalo de tempo máximo de 2 h. Uma redução de ≥ 5 log não foi observada em micro-organismos da microbiota autóctone na concentração de OECC (0,6 μL/mL). As propriedades físico-químicas (pH, acidez titulável e sólidos solúveis) do suco de abacaxi contendo o OECC (2,5 μL/mL-CIM/2 e 1,25 μL/mL-CIM/4) foram mantidas em relação ao controle. As amostras de suco com OECC (2,5 μL/mL e 1,25 μL/mL) que passaram pelo painel sensorial apresentaram boa aceitação para algumas propriedades sensoriais (aparência, odor, viscosidade), mas parâmetros de sabor, sabor residual e aceitação global tiveram avaliações insatisfatórias dos painelistas. O OECC mostrou-se como uma alternativa eficaz na segurança alimentar e nos atributos sensoriais acima citados quando aplicado em suco de abacaxi. Assim, estudos complementares do OECC em suco de abacaxi com tecnológicas complementares não térmicas podem ser utilizadas para se obter um equilíbrio entre a segurança microbiológica e os aspectos sensoriais do produto.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:37:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2349259 bytes, checksum: db82d6a3c27c9b22fa642a3e6a149665 (MD5) Previous issue date: 2008-07-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Weed plant invasions, in natural as well as in anthropic modified environments, results in significant economical losses or ecosystem disequilibrium. Some ecosystems are more susceptible than others to biological invasions, once they have disharmonic fauna and flora (with empty ecological niches or niches occupied by low adapted species to the ecological functions required), due to its geographic isolation, as in oceanic islands (Hawaii, French Polynesia, Fernando de Noronha and other archipelagos), or due to its separation form the continental bulk during the process of continental derivation in a remote past, as in the case of Australian continent. In such places, the introduction of exotic vegetal or animal species may be a disaster for the ecosystem. A exemple is the introduction of Tibouchina herbacea in the Hawaiian archipelago resulted in environmental invasion. This plant belongs to the Melastomataceae family and it is native that South America. A biological program involving entomologists and plant pathologists on origin center of T. herbacea will be developing, searching natural enemies. With the purpose of future development of control programs using phytopathogenic fungi, the mycological diversity associated with this plant was assessed. A total of eighty one samples originated from Brazil, Dominican Republic and Costa Rica were analyzed in this study. This work was limited to the taxonomic treatment of the fungi obtained from samples and represents the first step for the development of a future biological control program using phytopatogenic fungi to control the weed plant Tibouchina herbacea. In present work 16 fungi species were found: 6 Hyphomycetes Cladosporium, Passalora, Cercospora and three Pseudocercosporas; 4 Coelomycetes Septoria, Hainesia, Chaetophiophoma, Pestalotiopsis; and 6 Ascomycetes Asteridiella, Mollisia, Asterina, Perisporiopsis, Gnomonia, Leptosphaeria. There are recognized as new to science and described here: Cladosporium tibouchinensis, Mollisia tibouchinae, Passalora tibouchinae, Pseudocercospora subsinematosa, Pseudocercospora tibouchinensis, Pseudocercospora tibouchinicola and Septoria tibouchinensis Among the species of fungi founded in this study, three have potential for use in biological control programs causing severe disease in T. herbacea: S. tibouchinensis, P. tibouchinae and M. tibouchinae. Although the specificity of these fungi has not yet been tested, the first two genres belong to fungi that include species considered quite specific restricted to a single botanical family. / As invasões causadas por plantas tanto em ambientes naturais como em ambientes modificados pela ação antrópica resultam em grandes perdas, de natureza econômica ou no desequilíbrio de ecossistemas. Alguns ecossistemas são mais suscetíveis a invasões biológicas, pois têm fauna e flora endêmicas desarmônicas (com nichos ecológicos vazios ou ocupados por espécies pouco adaptadas às funções ecológicas ali desempenhadas) devido ao seu surgimento em isolamento geográfico, como as ilhas oceânicas dos arquipélagos Havaiano, Polinésia Francesa, Fernando de Noronha e outros, ou à sua separação da massa continental no processo de deriva dos continentes em passado evolutivo remoto, como é o caso do Continente Australiano. Nesses locais a introdução de uma espécie exótica vegetal ou animal pode ser desastrosa para o ecossistema. Um exemplo é a introdução de Tibouchina herbacea no arquipélago Havaiano, que resultou em invasão de ecossistemas nativos. Esta planta pertencente à família Melastomataceae, e é nativa da América do Sul. Ela tem sido tratada como alvo de um programa de controle biológico utilizando-se insetos e fungos provenientes do seu centro de origem. Para este fim foi feito um levantamento da micodiversidade associada a T. herbacea. Deste levantamento resultaram 81 amostras, coletadas em três países: Brasil, República Dominicana e Costa Rica. No presente trabalho a ênfase foi dada ao esclarecimento da identidade dos fungos obtidos, como um primeiro passo para uma futura utilização de fungos fitopatogênicos no controle de T. herbacea. 16 espécies de fungos foram obtidas, sendo: seis hifomicetos Cladosporium, Passalora, Cercospora apii e três espécies do gênero Pseudocercospora; quatro coelomicetos Septoria, Hainesia, Chaetophiophoma e Pestalotiopsis; e seis ascomicetos Asteridiella, Mollisia, Asterina, Perisporiopsis, Gnomonia, Leptosphaeria. Foram reconhecidas como taxa novos para a ciência e são aqui descritos: Cladosporium tibouchinensis, Mollisia tibouchinae, Passalora tibouchinae, Pseudocercospora subsinematosa, Pseudocercospora tibouchinensis, Pseudocercospora tibouchinicola and Septoria tibouchinensis. Dentre as espécies de fungos encontradas no presente trabalho, três parecem ter potencial para uso em programas de controle biológico por causarem doenças severas em T. herbacea: S. tibouchinensis, P. tibouchinae e M. tibouchinae. Embora a especificidade destes fungos não tenha ainda sido testada, os dois primeiros fungos pertencem a gêneros que incluem espécies tidas como bastante específicas (pelo menos restritas a uma única família botânica).

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:37:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 748698 bytes, checksum: 0def6367ee5f0d01b1c3dd33ae700eb6 (MD5) Previous issue date: 2009-02-16 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Potato (Solanum tuberosum L.) is cultivated in more than 100 countries and it is the fourth most cultivated crop in the world. But some diseases can be limitaing to potato growth. The late blight of potato, caused by oomycete Phytophthora infestans (Mont.) de Bary is one of the most important diseases worldwide. Potato resistance to late blight is the most important control measure, although little emphasis has been done for disease resistance. Due to this reason, the objective of this work was to study the level of resistance of potato cultivars to late blight. Trials were conducted in Maria da Fé, in the southern area of the state of Minas Gerais, from march 22 to July 8 of 2008. The experiment design followed a complete block design with 34 treatments (represented by each cultivar) with three replications. The plants were inoculated naturally. Yield (PROD) was evaluated weigthing all the potato tubers of all the plants in each replication. Late blight severity was evaluated in every two days starting when the first symptoms were visible using a descriptive scale. The following epidemiological variables were obtained: late blight severity when the epidemics reached 50 % of the cycle of the cultivar (Y50 CULT); relative area under disease progress curves for each cultivar (RAUDPC CULT); time in days of the first symptoms of the disease in each cultivar, until the severity reaches 100% of disease severity (T100 CULT); time in days of the fist symptoms of the disease in each cultivar until 50% of disease severity (T50 CULT); late blight severity when it reaches half the epidemic for the experiment (Y50 EXP); relative area under disease progress curves for the experiment (RAUDPC EXP); time in days for the first symptoms in the experiment until 100% of disease severity (T100 EXP); time in days for the first symptoms in the experiment until 50% of disease severity (T50 EXP); time in days for the first symptoms in the experiment until 0.5 % of disease severity (T0.5 EXP); rate of disease progress (r) and maximum disease severity (Ymax). The cultivars were grouped in four pre- determined levels of disease resistance to late blight, defined by the Euclidian distance as a measure of dissimilarity and complete linkage as hierarchical clustering. The clone IAC 6090 (Ibituaçu) was classified as Resistant (R). The cultivars Aracy, Aracy Ruiva, Colorado and IAPAR Cristina were classified as Moderately Resistant (MR); Baraka, Baronesa, BRS Ana, BRS Elisa, Caesar, Catucha, Emeraude, Florice, Itararé, Markies, Melody, Naturella, Soléia and Voyager were classified as Moderatly Susceptible (MS); Ágata, Almera, Asterix, Atlantic, Canelle, Chipie, Cupido, Éden, Elodie, Eole, Fontane, Gourmandine, Gredine, Monalisa and Opaline were classified as Susceptible (S) to late blight. The cultivars classified as resistant and moderately resistant are of long cycles whereas those classified as moderated susceptible and susceptible are in the majority of short cycle. In the great majority of the cases the more resistant cultivars to late blight have rough skin whereas those more susceptible have smooth skin. The level of late blight resistance and the duration of the cycle of the cultivar influenced the potato yield. The average yield of the R, MR, MS and S cultivars were 37.8, 17.6, 15.3 and 7.2 t/ha, respectively. The Y50 CULT average of the R, MR, MS and S cultivars were 11.0, 7.3, 9.8 and 16.3%, respectively. The RAUDPC CULT average of the cultivars R, MR, MS and S cultivars were 25.0, 27.9, 29.4 and 33.3, respectively. The T100 CULT average of the cultivars R, MR, MS and S cultivars were 72.3, 44.8, 34.0 and 29.3 days, respectively. The T50 CULT average of the cultivars R, MR, MS and S cultivars were 57.6, 33.2, 24.5 and 19.9 days, respectively. The Y50 EXP average of the cultivars R, MR, MS and S cultivars were 8.3, 42.1, 96.5 and 99.8%, respectively. The AACPDR EXP average of the cultivars R, MR, MS and S were 24.3, 47.1, 59.9 and 69.0, respectively. The T100 EXP average of the cultivars R, MR, MS and S cultivars were 76.3, 53.1, 40.9 and 33.6 days, respectively. The T50 EXP average of the cultivars R, MR, MS and S cultivars were 61.6, 41.5, 31.3 and 24.1 days respectively. The T0,5 EXP average of the cultivars R, MR, MS and S cultivars were 22.3, 25.2, 17.8 and 14.2 days, respectively. The average r for the cultivars R, MR, MS and S cultivars were 0.12, 0.26, 0.37 and 0.46, respectively. The average Ymax of the cultivars R, MR, MS and S were 100; 100; 100 e 100%, respectively. / A batateira (Solanum tuberosum L.) é cultivada em centenas de países e a batata é o quarto alimento mais consumido no mundo. A produção de batata é limitada por vários fatores, dentre estes, as doenças têm ocupado lugar de destaque. Dentre as doenças que infectam a batata, não só no Brasil, mas em todo o mundo, a requeima causada pelo oomiceto Phytophthora infestans (Mont.) de Bary é considerada uma das mais destrutivas e de maior importância. O uso de cultivares de batata resistentes à requeima é o modo mais econômico de controle da doença. Entretanto, o nível de resistência à requeima das principais cultivares plantadas no Brasil ainda não é conhecido. Este trabalho teve como objetivo determinar o nível de resistência destas cultivares. Foi conduzido um experimento no município de Maria da Fé - MG, localizado no Sul de Minas Gerais, no período de 22 de março a 8 de julho de 2008. O delineamento utilizado foi o de blocos casualizados com 34 tratamentos (cada tratamento foi representado por uma cultivar) com três repetições. A inoculação das plantas do experimento foi feita naturalmente. A produtividade (PROD) foi avaliada pesando-se os tubérculos de todas as plantas de cada parcela. Foi quantificada a severidade da requeima a cada dois dias a partir do surgimento dos primeiros sintomas da doença, utilizando uma escala descritiva. A partir dos dados de severidade foram obtidas as seguintes variáveis epidemiológicas: severidade na metade da epidemia para a cultivar (Y50 CULT); área abaixo da curva de progresso da doença relativa para a cultivar (AACPDR CULT); tempo em dias do primeiro sintoma na cultivar até 100% de severidade (T100 CULT); tempo em dias do primeiro sintoma na cultivar até 50% de severidade (T50 CULT); severidade na metade da epidemia para o experimento (Y50 EXP); área abaixo da curva de progresso da doença relativa para o experimento (AACPDR EXP); tempo em dias do primeiro sintoma no experimento até 100% de severidade (T100 EXP); tempo em dias do primeiro sintoma no experimento até 50% de severidade (T50 EXP), tempo em dias do primeiro sintoma no experimento até 0,5% de severidade (T0,5 EXP); taxa de progresso da doença (r) e severidade máxima (Ymax). Para o agrupamento das cultivares em quatro níveis de resistência à requeima pré- definidos, foi utilizada a distância Euclidiana padronizada como medida de dissimilaridade e a ligação completa como técnica hierárquica aglomerativa. O clone IAC 6090 (Ibituaçu) foi classificado como Resistente (R). As cultivares Aracy, Aracy Ruiva, Colorado e IAPAR Cristina foram classificadas como Moderadamente Resistentes (MR). As cultivares Baraka, Baronesa, BRS Ana, BRS Elisa, Caesar, Catucha, Emeraude, Florice, Itararé, Markies, Melody, Naturella, Soléia e Voyager foram classificadas como Moderadamente Suscetíveis (MS). As cultivares Ágata, Almera, Asterix, Atlantic, Canelle, Chipie, Cupido, Éden, Elodie, Eole, Fontane, Gourmandine, Gredine, Monalisa e Opaline foram classificadas como Suscetíveis (S) à requeima. As cultivares classificadas como resistente e moderadamente resistentes são de ciclo mais tardio, enquanto que a maioria das cultivares classificadas como moderadamente suscetíveis e suscetíveis são mais precoces. Na maioria dos casos, as cultivares mais resistentes à requeima possuem pele mais áspera, enquanto que as mais suscetíveis possuem pele lisa. O nível de resistência à requeima e a duração do ciclo da batata influenciaram a produtividade. A PROD média das cultivares R, MR, MS e S foi de 37,8; 17,6; 15,3 e 7,2 t.ha-1, respectivamente. A Y50 CULT média das cultivares R, MR, MS e S foi de 11,0; 7,3; 9,8 e 16,3%, respectivamente. A AACPDR CULT média das cultivares R, MR, MS e S foi de 25,0; 27,9; 29,4 e 33,3, respectivamente. O T100 CULT médio das cultivares R, MR, MS e S foi de 72,3; 44,8; 34,0 e 29,3 dias, respectivamente. O T50 CULT médio das cultivares R, MR, MS e S foi de 57,6; 33,2; 24,5 e 19,9 dias, respectivamente. A Y50 EXP média das cultivares R, MR, MS e S foi de 8,3; 42,1; 96,5 e 99,8%, respectivamente. A AACPDR EXP média das cultivares R, MR, MS e S foi de 24,3; 47,1; 59,9 e 69,0, respectivamente. O T100 EXP médio das cultivares R, MR, MS e S foi de 76,3; 53,1; 40,9 e 33,6 dias, respectivamente. O T50 EXP médio das cultivares R, MR, MS e S foi de 61,6; 41,5; 31,3 e 24,1 dias, respectivamente. O T0,5 EXP médio das cultivares R, MR, MS e S foi de 22,3; 25,2; 17,8 e 14,2 dias, respectivamente. A r média das cultivares R, MR, MS e S foi de 0,12; 0,26; 0,37 e 0,46, respectivamente. A Ymax média das cultivares R, MR, MS e S foi de 100; 100; 100 e 100%, respectivamente.