Orientador: Ana Paula de Souza Pardo / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-08-22T12:44:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Guedes_RogerAntoniaci_M.pdf: 960151 bytes, checksum: c0a68bdbdf663d427c182550b1d9fa14 (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: A periodontite é caracterizada pela inflamação do periodonto, o tecido de suporte dos dentes. Este processo inflamatório pode evoluir da fase aguda para a fase crônica, acarretando severa destruição dos tecidos periodontais como também grave perda de inserção dos dentes ao osso alveolar. É evidente que o acúmulo de patógenos periodontais sobre a superfície dos dentes desencadeia a doença, porém seu agravamento e severidade também são dependentes de fatores ambientais, socioeconômicos, tabagismo, condição de saúde sistêmica e carga genética dos indivíduos. Desta forma, vários pesquisadores têm se dedicado a estudar a influência dos polimorfismos genéticos sobre a suscetibilidade e/ou risco aumentado à doença periodontal, uma vez que estes podem exercer efeito sobre o prognóstico da periodontite crônica. Estudos têm relatado associação entre vários polimorfismos genéticos com a inflamação periodontal. Há ainda estudos em larga escala onde grande parte do genoma (GWA) foi investigado, relatando efeito da genética do hospedeiro sobre a resposta à doença. Desde modo, considerando a hipótese de associação entre periodontite e polimorfismos no gene SOCS1 que expressa uma proteína chave no controle da via intracelular JAK/STAT ativada por diversas citocinas pró-inflamatórias presentes na inflamação periodontal, nosso objetivo neste estudo foi estudar a frequência dos genótipos, alelos e haplótipos dos polimorfismos SOCS1-1478 (rs33989964) e SOCS1-820 (rs33977706) em grupo de indivíduos com saúde periodontal e indivíduos com periodontite crônica, na tentativa de observar associação entre variações no gene SOCS1 com a doença periodontal crônica. Para tal, DNA genômico foi purificado de células epiteliais bucais obtidas por meio de enxágue com dextrose a 3%. Após, os genótipos foram identificados com a utilização das técnicas de PCR/ RFLP/ eletroforese. Análises estatísticas possibilitaram a observação da associação do polimorfismo SOCS1 -820 (rs33977706) com os casos de periodontite crônica mais severa / Abstract: The periodontitis is characterized by the periodontium inflammation, the supporting tissue of the teeth. This inflammatory disorder might evolve from the acute to the chronic phase, causing severe periodontal tissue destruction as well as teeth insertion loss in the alveolar bones. It is evident that the accumulation of periodontal pathogens on the teeth surface origins the disease, yet its aggravation and severity also depend on socioeconomic and environmental factors, smoking, systemic health condition and the genetic background of the subjects. Thus, several researchers have focused their studies on the influence of the genetic polymorphisms in the susceptibility and/or increased risk to the periodontal disease, once they might play a role on the chronic periodontitis prognosis. Studies have shown association between several genetic polymorphisms and periodontal inflammation. Still, there are large-scale studies in which the majority of the genome (GWA) has been investigated, reporting genetic host roles as responses to the disease. Thus, considering the hypothesis of association between periodontitis and polymorphisms in the SOCS1 gene which expresses a key protein in the control of the intracellular JAK/STAT via activated by varied pro-inflammatory cytokines found in the periodontal inflammation, we aimed to study the frequency of genotypes, alleles and haplotypes of the polymorphisms SOCS1-1478 (rs33989964) and SOCS1-820 (rs33977706) in a healthy periodontal subjects group and in a chronic periodontal subjects group, attempting to observe association between variations in the SOCS1 gene and the chronic periodontal disease. To do so, genomic DNA was purified from mouth epithelial cells collected through 3% dextrose rinse. Afterwards, the genotypes were identified by the use of PCR/RFLP electrophoresis techniques. Statistical analysis allowed us to observe association of SOCS1-820 polymorphism (rs33977706) with more severe chronic periodontitis cases / Mestrado / Histologia e Embriologia / Mestre em Biologia Buco-Dental

Orientador: Célia Marisa Rizzatti Barbosa / Tese (Doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-08-21T22:52:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Meloto_CarolinaBeraldo_D.pdf: 1035478 bytes, checksum: c619d52bbc7d2858940483c9c5fc660e (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: Catecolamina-O-metiltransferase (COMT) é uma enzima com amplas funções biológicas, inclusive a modulação da dor, exercidas através da metabolização de substratos como a dopamina, adrenalina, e noradrenalina. Já é sabido que a atividade da COMT é geneticamente polimórfica em humanos, e se correlaciona com a percepção individual da dor e eficiência na sua remissão entre pacientes com disfunção temporomandibular (DTM) tratados com propranolol. Por isso, nosso primeiro objetivo foi investigar novos polimorfismos de nucleotídeo único (SNP) que pudessem marcar para este benefício. De fato, encontramos um novo SNP, rs165774 (G>A), que se mostrou associado à DTM ou fenótipos intermediários em duas coortes diferentes. Este polimorfismo, por sua vez, se localiza em proximidade a um segundo SNP, rs165895 (T>C), ambos na região 3' não traduzida (3'UTR) de um mRNA alternativo da COMT ainda não caracterizado. Assim, também foi nossos objetivos (i) verificar a expressão deste transcrito em diferentes tecidos humanos e linhas de células, rastreando-o por RT-PCR (Reverse Transcriptase - Polymerase Chain Reaction); (ii) predizer a estrutura cristalina da enzima codificada por ele, através de modelagem pelo método dinâmico molecular discreto; (iii) expressá-lo em um sistema celular e comparar sua expressão relativa e atividade enzimática às da isoforma convencional, determinando-as por RT-PCR e HPLC (High Performance Liquid Chromatography), respectivamente; e (iv) verificar os efeitos dos SNPs rs165774 e rs165895 sobre este transcrito, criando-se diferentes mutantes por mutação sítio-dirigida e observando seus efeitos sobre a expressão relativa e atividade enzimática. Nossos resultados mostraram que (i) o transcrito alternativo da COMT é expresso em diferentes tecidos humanos e sistemas celulares; (ii) a estrutura cristalina de sua enzima exibe uma região C-terminal único que é distinta da isoforma convencional; e que este transcrito é (iii) menos relativamente expresso e sua enzima menos ativa que o transcrito e a enzima convencionais, respectivamente, e (iv) sofre regulação em nível transcricional pelos SNPs rs165774 e rs165895. Com este estudo, pudemos concluir que o SNP rs165774 é um forte marcador genético para DTM; que juntamente com o SNP rs165895, localizam-se na região 3'UTR de uma forma alternativa de mRNA da COMT que, pela primeira vez, provou ser capaz de codificar para uma isoforma alternativa da enzima que exibe atividade enzimática; e que esta isoforma alternativa de mRNA da COMT sofre efeitos regulatórios, em nível transcricional, causados por ambos os SNPs / Abstract: Catecolamine-O-methyltransferase (COMT) is an enzyme with broad biological functions, including pain modulation, exerted through metabolization of substrates such as dopamine, epinephrine, and norepinephrine. It is well known that COMT activity is genetically polymorphic in humans, and correlates to individual pain perception and efficiency in its remission among temporomandibular disorder (TMD) patients treated with propranolol. Thus, our first aim was to investigate new single nucleotide polymorphism (SNP) that might mark for this benefit. Indeed, we have found a new SNP, rs165774 (G>A), that was associated with TMD or intermediate phenotypes in two different cohorts. This polymorphism, in turn, is in close proximity to a second SNP, rs165895 (T>C), both in the 3' untranslated region (3'UTR) of an alternative COMT mRNA that has not yet been characterized. Therefore, we also aimed to (i) verify the expression of this transcript in different human tissues and cell systems, tracking it through RT-PCR (Reverse Transcriptase - Polymerase Chain Reaction); (ii) predict the crystalline structure of the enzyme encoded by it, modeling it with discrete molecular dynamics; (iii) express it in a cell system and compare its relative expression and enzymatic activity to the conventional isoform, using RT-PCR and HPLC (High Performance Liquid Chromatography), respectively; and (iv) verify the effects of SNPs rs165774 and rs165895 on the transcript, creating different mutants by site-directed mutagenesis and observing their effects on the relative expression and enzymatic activity. Our findings show that (i) the alternative COMT transcript is expressed in different human tissues and cell systems; (ii) the crystalline structure of its enzyme exhibits a unique C-terminus that is distinct from the conventional isoform; and that this transcript is (iii) less relatively expressed and its enzyme is less active than the conventional transcript and enzyme, respectively, and (iv) is regulated, at transcriptional level, by the SNPs rs165774 e rs165895. With this study, we conclude that SNP SNPs rs165774 is a strong genetic marker for TMD; that along with SNPs rs165895, they are located in the 3'UTR of an alternative COMT mRNA which proved, for the first time, to be able of encoding an alternative isoform of the enzyme that exhibits enzymatic activity; and that this alternative COMT mRNA is regulated, at transcriptional level, by both SNPs / Doutorado / Protese Dental / Doutora em Clínica Odontológica

Orientador: Lilian Maria de Castilho / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-21T01:20:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Mota_MarizaAparecida_D.pdf: 4935868 bytes, checksum: e4f0e5bb4b8dde3d39725064ffee9de2 (MD5) Previous issue date: 2012 / Resumo: Alelos RHD que levam à redução da expressão do antígeno D na superfície dos eritrócitos podem levar à tipagem errônea como D- por técnica sorológica e podem causar imunização anti-D quando transfundidos em pacientes. A fim de determinar a ocorrência de tais alelos em doadores de sangue aparentemente D-, foi implementada técnica molecular de rotina utilizando um pool de DNAs de doadores de sangue. Um total de 2450 amostras previamente tipadas como D- foram testadas em pools de 10 amostras para o polimorfismo RHD específico, intron 4 e éxon 7. Nos pools que apresentaram resultado de PCR positivo, as amostras foram reavaliadas individualmente utilizando PCR exon-específico, métodos sorológicos e sequenciamento genético. Dentre as 2.450 amostras de doadores D- testadas, 101 (4,1%) carreavam o gene RHD. Foi identificada a presença de RHD não funcional (RHD'psi', RHD*CE(2-9)-D e RHD*CE(3-7)-D), diferentes alelos de D fraco tais como RHD*weak D type 1, RHD*weak D type 4.3, RHD*weak D type 5, RHD*weak D type 38 e RHD*DEL. Uma metodologia utilizando a técnica de PCR foi empregada como teste de rotina para o gene RHD utilizando pools de 10 amostras de DNA de doadores de sangue. Foi possível a integração da genotipagem RHD em programas de triagem de rotina utilizando pools de DNA. Como resultado, 19 (0,8%) dos doadores de sangue que carreavam fenótipos D fraco ou Del, com potencial de causar imunização anti-D em receptores, foram reclassificados como D+. Entretanto, seria necessário adaptar a estratégia de genotipagem RHD ao espectro de alelos prevalente em cada população / Abstract: RHD alleles leading to a reduced expression of D antigen of the red blood cell (RBC) surface may be erroneously typed as D negative by serology and may cause anti-D immunizations when transfused to recipients. We have therefore investigated the occurrence of such alleles among apparent D negative blood donors, molecular typing was implemented as a routine test using a pool of DNA. A total of 2,450 pretyped D negative samples was tested in pools of 10 for the RHD-specific polymorphism in intron 4 and exon 7. Samples in PCR positive pools were individually reevaluated by exon-specific PCRs, sequencing and serologic methods. Our results showed that among 2,450 serologically D negative blood donor samples tested, 101 (4.1%) carried the RHD gene. Nonfunctional RHD (RHD*'psi', RHD*CE(2-9)-D and RHD*CE(3- 7)-D), different weak D alleles such as RHD*weak D type 1, RHD*weak D type 4.3, RHD*weak D type 5, RHD*weak D type 38 and RHD*DEL were identified. We employed a PCR-based assay for RHD as a routine test using pools of 10 DNA blood donor samples. The integration of RHD genotyping into the routine screening program using pools of DNA samples was straightforward. As a consequence, 19 (0.8%) blood donors carrying a weak D and Del phenotypes with the potential of causing anti-D immunizations in recipients were reclassified as RhD positive. For each population, it would be necessary to adapt the RHD genotyping strategy to the spectrum of prevalent alleles / Doutorado / Clinica Medica / Doutora em Ciências

Orientador: José Eduardo Tanus dos Santos / Texto em Português e Inglês / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-21T01:17:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Mansur_ThiagodeOliveiraSantos_M.pdf: 2436576 bytes, checksum: 758101c18ea505521a064b2102236380 (MD5) Previous issue date: 2012 / Resumo: A migrânea é uma cefaléia primária episódica com incidência mundial de 10% e alto impacto socioeconômico, afetando predominantemente as mulheres. Em 30% dos casos, as crises de migrânea são acompanhadas por sintomas neurológicos focais que caracterizam o fenômeno da aura. A fisiopatologia da migrânea continua sob investigação. Todavia, acredita-se tratar de um distúrbio neurovascular no qual a ativação de fibras aferentes do sistema trigeminovascular (TGVS) e a consequente liberação de óxido nítrico (NO) levariam à vasodilatação e neurotransmissão da dor durante a crise de migrânea. A formação de NO é atribuída à atividade de três isoformas de NO sintases (NOS): endotelial, neuronal e induzível, respectivamente eNOS, nNOS e iNOS e os genes que codificam tais enzimas exibem polimorfismos. Dessa forma, acredita-se que tais polimorfismos poderiam estar envolvidos na susceptibilidade à migrânea. No presente trabalho foi testada a hipótese de que dois polimorfismos clinicamente importantes no gene da iNOS: C-1026A (rs2779249) e G2087A (rs2297518) bem como a combinação de seus alelos em haplótipos estariam associados com a susceptibilidade à migrânea com e sem aura. Para tanto, foram estudadas 142 mulheres saudáveis (grupo controle) e 200 mulheres com migrânea, subdivididas em dois grupos: 148 pacientes com migrânea sem aura e 52 pacientes com migrânea com aura. Os genótipos e alelos foram determinados por PCR em tempo real utilizando o ensaio Taqman®. Os haplótipos foram inferidos através do programa PHASE versão 2.1. Os principais resultados do presente estudo indicam que o haplótipo H4, que combina o alelo A para os polimorfismos mencionados, pode estar associado à migrânea com aura enquanto o polimorfismo G2087A e o haplótipo H4 podem afetar a suscetibilidade à aura em pacientes com migrânea. Tais achados podem ter implicações terapêuticas ao se analisar os efeitos de possíveis inibidores seletivos da iNOS na população com esse perfil genotípico / Abstract: Migraine is an episodic primary headache with worldwide incidence of 10% and high socioeconomic impact affecting mainly women. In 30% of cases, migraine attacks are followed by focal neurological symptoms that characterize the aura phenomenon. The migraine pathophysiology continues under investigation, although it is believed to consist of a neurovascular disorder in which the activation of afferent fibers of the trigeminovascular system (TGVS), leads to an nitric oxide (NO) release which, would be responsible for vasodilation and pain during migraine attacks. The formation of NO is attributed to the activity of three isoforms of NO synthases (NOS): endothelial (eNOS), neuronal (nNOS) and inducible (iNOS), and the genes that codify these enzymes exhibit polymorphisms. Thus, it is believed that these polymorphisms could be involved in the susceptibility to migraine. In this study, we tested the hypothesis that two clinically important iNOS gene polymorphisms: C-1026A (rs2779249) and G2087A (rs2297518), as well as the combination of their alleles in haplotypes, would be associated with migraine with or without aura. Therefore, we studied 142 healthy women (control group) and 200 women with migraine, who were subdivided into two groups: 148 with migraine without aura and 52 with migraine with aura. Genotypes and alleles were determined by real-time PCR, using the Taqman® assay. Haplotypes were inferred by the PHASE program (version 2.1). The main results of the present study indicate that H4 haplotype, which combines the A allele for both polymorphisms may be associated with migraine with aura, while G2087A polymorphism and H4 haplotype may affect the susceptibility to aura in patients with migraine. These findings may have therapeutic implications when analyzing the possible selective inhibitor effects of iNOS on the population with this genotype profile / Mestrado / Farmacologia / Mestre em Farmacologia

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2018-06-13T12:06:52Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 907973 bytes, checksum: 02a626fc75495ec20f6054c31c8939c7 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-06-13T12:06:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 907973 bytes, checksum: 02a626fc75495ec20f6054c31c8939c7 (MD5) Previous issue date: 2018-02-21 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Um dos fatores limitantes na produção da soja é o fungo Sclerotinia sclerotiorum, causador da podridão branca da haste (PBH). A produtividade é comprometida quando há condições de temperaturas entre 18 e 22 Co e umidade relativa acima de 80%. Ainda não é conhecido genótipo imune à S. sclerotiorum. Contudo, muitos estudos em casa de vegetação com o método de inoculação straw test tem sido feitos para seleção de genótipos com resistência fisiológica ao fungo. A associação genômica ampla (GWAS) vem facilitando a detecção de genes e QTLs (Quantitative Trait Loci) responsáveis por características agronômicas, por meio da utilização de marcadores SNPs (single nucleotide polymorphism). Nosso objetivo foi realizar GWAS em 146 cultivares brasileiras e identificar SNPs, QTLs e genes relacionados com a resistência fisiológica à PBH em soja. Foram obtidos notas e o comprimento de lesão aos 3, 7, 10 e 14 dias após inoculação (DAI). Com a progressão da doença obtida a partir da diferença entre os dias de avaliação de comprimento de lesão e com as notas, pôde-se observar 25 e 10 SNPs significativos em 2016 e 2017, respectivamente, distribuídos em 14 cromossomos diferentes. Houve 6 SNPs localizados em QTLs já descritos. Haplótipos baseados nos marcadores significativos confirmaram a baixa contribuição dos SNPs quando analisados separadamente para resistência fisiológica à PBH. Com base nos SNPs detectados neste estudo, foram confirmados 67 genes candidatos em 2016 e 23 genes candidatos em 2017 para resistência a doenças. Esses resultados reforçam o fato de que esta é uma característica complexa, relacionada com muitos genes. Os resultados ainda sugerem que sob diferentes condições ambientais o patógeno é capaz de suprimir genes da soja, aumentando a susceptibilidade da cultura ao fungo. No entanto, ainda são necessários estudos de validação dos SNPs encontrados para utilização em seleção assistida e programas de melhoramento no futuro. / One of the limiting factors on soybean production is the White Mold (WM), caused by fungus Sclerotinia sclerotiorum. Yield is compromised when conditions are temperature between 18 and 22 Co and relative humidity above 80%. Moreover, immune genotype is unknow to S. sclerotiorum. However, many greenhouses studies using the straw test method have been done to select genotypes with physiological resistance to the fungus. Genome wide association studies (GWAS) has been making it easier to detect genes and QTLs (Quantitative Trait Loci) responsible for agronomic traits, by using SNPs (single nucleotide polymorphism) markers. Our objective was to do GWAS in 146 Brazilians cultivars and to identify SNPs, QTLs and genes associated with WM physiological resistance in soybean. Notes and lesion length were obtained at 3, 7, 10 and 14 days after inoculation (DAI). With the disease progression obtained from the difference between the days of evaluation of lesion length and with the notes, it can be observed 25 and 10 significant SNPs in 2016 and 2017, respectively, distributed in 14 different chromosomes. There were 6 SNPs located in QTLs already described. Haplotypes based on significant markers have confirmed the low contribution of SNPs when analyzed separately for physiological resistance to WM. Based on detected SNPs in this study, 67 candidate genes in 2016 and 23 candidate genes in 2017 were confirmed for resistance to diseases. These results reinforce the fact that physiological resistance to WM is a complex trait, associated with many genes. The results still suggest that in different conditions the pathogen is capable of suppressing soybean genes, increasing the susceptibility of the crop to the fungus. However, more studies are necessary for validation of SNPs found for use in assisted selection and breeding programs in the future.

Orientador: Carlos Roberto Valêncio / Banca: Geraldo Francisco Donegá Zafalon / Banca: Angelo César Colombini / Resumo: Polimorfismos de Nucleotídeo Único (SNPs) são uma ferramenta promissora nos estudos de doenças. Contudo, a análise de todos os SNPs do genoma humano é uma tarefa custosa computacionalmente. Neste cenário, descobriu-se a possibilidade de utilizar um subconjunto de SNPs, chamado tag SNPs, que fosse representativo o suficiente para ser utilizado em estudos, sem que houvesse necessidade de lidar com o conjunto completo. Devido à sua alta complexidade, diversas abordagens foram propostas para lidar com este problema a partir de meta-heurísticas, como os Algoritmos Genéticos. Contudo, dentro do processo evolutivo destes algoritmos, as soluções são influenciadas pelo contexto do problema, ao qual se atribuiu o nome de pressão seletiva e que pode impactar de maneira negativa os resultados encontrados. Apesar da pressão seletiva poder ser controlada, o processamento adicional para o cálculo destes métodos pode acarretar aumento do custo computacional, o que pode inviabilizar sua aplicação. Desta forma, a contribuição científica deste trabalho está na proposição de um método paralelo para seleção de SNPs representativos baseado em algoritmos genéticos com controle de pressão seletiva que, quando comparado aos demais da literatura, apresenta maior diversidade de indivíduos nas populações, maior velocidade de convergência e, consequentemente, melhor resultado das soluções encontradas pelo algoritmo. Os resultados indicaram que o algoritmo desenvolvido foi capaz de reduzir em 27% a... / Abstract: Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) work as a promising tool to support the study of diseases. Despite this fact, the analysis of all SNPs from human genome is very expensive task from the computational perspective. In that point, genetic related researches found the existence of a small subset of SNPs, named tag SNPs, that can be used to handle the studies, rather than use the complete set of SNPs. Since the problem of finding this subset is a complex task, different metaheuristics were proposed to deal with it, such as Genetic Algorithms. However, a feature named selective pressure can negatively affect the results of these algorithms during the evolutionary process. Even though this feature can be controlled, the additional processing computation performed to deal with it can make its application impracticable. In that sense, the scientific contribution of this work is the proposition of a parallel strategy to find tag SNPs based on genetic algorithms with selective pressure control. This algorithm present higher diversity rate of individuals inside population, higher convergency speed e better solution when compared to related works. The experiments showed that the develop algorithm was able to reduce the number of generations performed until convergence in 27%, as well as increase the fitness of the solutions in 11%. The results also showed that the algorithm is more efficient to deal with a higher volume of data, and present an increasing rate 3.7 times lower than ... / Mestre

Orientador: Celso Luís Marino / Coorientador: Marcio Luis Acencio / Banca: Douglas Silva Domingues / Banca: Iraê Amaral Guerrini / Banca: Esteban Roberto Gonzales / Banca: Edson Luiz Furtado / Resumo: Espécies de Eucalyptus têm sido utilizadas com sucesso para plantios florestais devido ao seu rápido crescimento, sua capacidade de adaptação às diversas condições climáticas e pelo seu potencial econômico na produção de energia, fibra e madeira sólida, reduzindo assim a pressão sobre as florestas tropicais e a biodiversidade associada. Investimentos em pesquisas e desenvolvimento estão sendo realizados pelo setor florestal, no intuito de aumentar os ganhos de produtividade através da pesquisa na área da biologia molecular. Visto que características anômalas nas progênies podem gerar perdas na produtividade, a identificação e caracterização dos genes relacionados a anomalias são muito importantes no auxílio em programas de melhoramento genético. Ao realizar um cruzamento controlado de Eucalyptus grandis, a empresa Suzano Papel e Celulose detectou uma anomalia com segregação mendeliana 3:1 (normais:anômalas) na progênie. As características eram bem significativas se comparadas com as plantas normais, tais como diferenças na altura, diâmetro da base do caule, tamanho das folhas e morte em poucos meses. Estudos anteriores identificaram uma marca molecular ligada à anomalia, e análises de comparação da sequência contra o banco de dados de eucalipto demonstrou identidade com proteínas da família Bet v1 PR10 (Pathogenesis-related protein 10), embora não estivesse claro o envolvimento deste gene no desenvolvimento da anomalia. Outros estudos traçaram o perfil transcricional dos fenótipos contrastantes pela técnica de RNAseq. Dentre os genes diferencialmente expressos, através do enriquecimento funcional, destacaram-se os pertencentes as famílias Bet v1, quitinase classe I e taumatina, todos relacionados à resposta contra patógenos, sugerindo que a anomalia seja causada pela ativação do sistema imune da planta (resposta autoimune). Com o intuito de se obter mais informações sobre à patogênese da... / Abstract: Eucalyptus species have been successfully used for forest plantations. Some intrinsic features such as rapid growth, adaptability to various weather conditions and economic potential in energy production, fiber and solid wood, help to reduce pressure on tropical forests and associated biodiversity. Investments in research and development on molecular biology arebeing carried out by forestry sector in order to increase productivity gains. Since anomalous characteristics of progeny may generate productivity loss, gene identification linked to abnormalities are crucial for breeding programs. During a controlled crossing with Eucalyptus grandis, the Suzano Papel e Celulose enterprise detected an atypical Mendelian segregation 3: 1 (normal: abnormal). Significant phenotypic differences concerning height, stem base diameter, and leaf size appeared, as well as an unusual early death, when compared to normal plants. Previous studies identified a molecular tag attached to this anomaly. Sequence comparison analysis of eucalyptus database showed identity with Bet v1 PR10 protein family (Pathogenesis-related protein 10). However, gene involvement in developing such aberration is undetermined. Other studies found a transcriptional profile of contrasting phenotypes by RNAseq technique. Among differentially expressed genes by functional enrichment highlighted those belonging to Bet v1 families, chitinases class I, and thaumatin, all related to pathogenic response. This fact suggests that aberration is caused by the plant immune system activation (autoimmune response). To investigate the pathogenesis of such genetic disorder, three approaches were adopted: (i) SNPs identification among the differentially expressed genes of Bet v1 families, chitinase, and thaumatin, (ii) miRNAs identification with potential binding to mRNAs differentially expressed genes, and (iii) check of possible influence of differentially expressed gene products on ... / Doutor

O objetivo deste trabalho foi avaliar os efeitos da inclusão de leveduras, na forma de parede celular e hidrolisada, na dieta de poedeiras sobre o desempenho produtivo, qualidade dos ovos e viabilidade econômica da suplementação destes aditivos. Dois experimentos foram realizados, para cada um deles foram alojadas 256 poedeiras distribuídas em delineamento inteiramente casualizado em 8 repetições com 8 aves. Foram avaliados os níveis de 0, 225, 450 e 900 g/t de parede celular de levedura na dieta das aves durante o período de 21 a 67 semanas de idade. Os resultados demonstraram um aumento no consumo de ração, produção e massa de ovos, além de uma maior altura do albúmen e unidade Haugh. A espessura da casca e a cor da gema também foram influenciadas pelos tratamentos. A análise da viabilidade econômica demonstrou que mesmo despendendo mais com a alimentação houve um aumento da margem bruta média, devido ao aumento da produção de ovos. Portanto, o uso da parede celular de levedura apresentou efeitos benéficos sobre o desempenho produtivo das poedeiras, como uma melhora na qualidade interna e externa dos ovos, aliado a uma maior rentabilidade da atividade. Para a levedura hidrolisada foram avaliados os níveis de 0, 1, 2 e 4 kg/t. Dois períodos foram analisados, 21 a 40 e 48 a 67 semanas de idade. A adição de levedura hidrolisada na dieta de poedeiras não apresentou melhoria das características analisadas no primeiro período, porém os benefícios surgiram a partir do segundo período. O uso da levedura além de gerar uma menor quantidade de ovos não comerciais, promoveu o aumento do consumo de ração, produção, massa e peso dos ovos, melhoria na qualidade dos ovos em relação a unidade Haugh, altura do albúmen, espessura e resistência da casca; e ainda melhorou a conversão alimentar por massa e dúzia de ovos. A suplementação de levedura hidrolisada para poedeiras proporcionou incremento da margem bruta total média em todos os níveis testados, demonstrando-se viável economicamente. A inclusão de levedura hidrolisada na dieta de poedeiras de 48 a 67 semanas de idade exerceu efeito maximizador do desempenho produtivo e qualidade de ovos, sendo economicamente viável seu uso. / The purpose of this study was to evaluate the effects of including yeast in the form of cell wall and hydrolyzed, in the diet of laying hens on production performance, egg quality and economic viability of these feed additives. Two experiments were conducted, for each of them 256 laying hens were housed and distributed in a completely randomized design with 8 repetitions of 8 birds. The level of 0, 225, 450 and 900 g/t of yeast cell wall were evaluated in the diet of birds from 21 to 67 weeks of age. The results showed an increase in feed intake, egg production and mass as well as a higher albumen height and Haugh unit. The shell thickness and yolk color were also affected by treatments. The economic viability analysis demonstrated that even spending more on feed an increase in the average gross margin due to increased egg production was observed. Therefore, the cell wall yeast showed a beneficial effect on production performance of laying hens, represented by an improvement of internal and external egg quality, combined with higher profitability. Hydrolyzed yeast was evaluated at the levels of 0, 1, 2 and 4 kg/t. Two periods were analyzed, 21-40 and 48-67 weeks of age. The addition of hydrolyzed yeast in the diet of laying hens did not show improvement of the analyzed characteristics in the first period, however the benefits occurred in the second period. The use of yeast although generate a minor amount of non-commercial eggs, promoted an increase in feed consumption, production, egg mass and weight, improving quality of eggs in relation to Haugh unit, albumen height, shell thickness and resistance; and also improves the feed conversion by eggs mass and dozen. The supplementation of hydrolyzed yeast for laying hens provided increase overall average gross margin on all tested levels, demonstrating to be economically viable. The inclusion of hydrolyzed yeast in the diet of laying hens from 48-67 weeks of age maximized production performance and egg quality, being its use economically viable.

No Brasil, a perspectiva de aumento do volume de exportações e a exigência dos diferentes mercados faz com que a adaptação da cadeia produtiva da carne seja necessária, assim como a mudança de conceitos e critérios de seleção dos animais, de forma a melhorar as características consideradas pelo consumidor como de primeira importância: aparência e a palatabilidade. Porém existem diversos fatores que podem influenciar na qualidade da carne: sexo, raça (genética), idade, nutrição e estresse durante a vida do animal. Esses fatores influenciam diretamente no produto final, pois têm relação com as mudanças que ocorrem durante o post mortem. Desta forma, este trabalho teve como objetivo geral avaliar a influencia do pH, da condição sexual e de polimorfismos genéticos em genes relacionados à qualidade da carne e a resposta ao estresse sobre a variação das características da carne em rebanho bovino comercial Simental Sul Africano x Nelore. Para isso o trabalho foi dividido em duas partes: (a) avaliar os parâmetros de qualidade da carne em dois diferentes tempos de maturação (48 horas e 15 dias), sendo estudadas as variações entre os sexos (fêmeas e machos castrados), e nos diferentes valores de pH (classe 1=pH ≤ 5,79 e classe 2=pH ≥ 5,8). (b) Associar SNPs de diferentes genes ou marcadores (CAPN, UOGCAST, NR3C1_1, NR3C2_1, TG5) ligados a características de qualidade da carne, visando compreender melhor os efeitos genéticos desses marcadores sobre as características da carne. Para esta pesquisa foram avaliados 485 bovinos (182 fêmeas e 303 machos) recriados e terminados em confinamento. Os resultados mostraram haver relação do sexo como parâmetros de cor e maciez. As classes de pH mostraram relação significativa com a cor da carne. Verificou-se incidência de carnes DFD (pH≥5,8) da ordem de 5,3%. Dos polimorfismos estudados foram encontradas associações significativas apenas para CAPN, NR3C1_1 e TG. O CAPN relacionado à cor e, NR3C1_1 e TG com as perdas de água por cocção (PAC). Portanto, é possível inferir que tanto o sexo quanto as classes de pH tem influencia direta com os parâmetros de qualidade da carne. Os polimorfismos dos genes CAPN, NR3C1_1 e TG propiciaram mudanças nas características físico-químicas da carne. / In Brazil, the prospect of increased exports and the requirement of different markets makes necessary adaptation of the meat production chain, as the change of concepts and criteria in animal selection to improve the characteristics that the consumer consider as most important: appearance and palatability. However, there are some factors that could influence meat quality: sex, breed (genetics), age, nutrition and stress during the life of the animal. These factors directly influence the final product, since they are related to changes that occur during post mortem period. The aim was to evaluate the pH influence, sexual condition and genetic polymorphisms on genes related to meat quality and stress response on meat quality variation of South African Simmental x Nellore beef cattle. Therefore, this research were divided into two parts: (a) to evaluate the meat quality characteristics in two different aging times (2 and 15 days), being studied variations within the sexual condition (females and castrated males), as well as within the pH range (pH ≤ 5.79 Class 1 and Class 2 ≥ pH 5.8). (b) Associate SNPs of different genes (CAPN, UOGCAST, NR3C1_1, NR3C2_1, TG5) with meat quality characteristics. For this research were evaluated 485 animals (182 heifers and 303 steers) recreated and finished in feedlot. The results shows relation of sex with color and tenderness and, from pH range with color. There was an incidence of DFD meat (pH≥5,8) of 5,3%. The CAPN polymorphism was associated with color meat and NR3C1_1 and TG with cooking loss. Therefore, it is possible to infer that both sex and pH value influence in the meat quality. The polymorphisms CAPN, NR3C1_1 and TG led to changes in the physicochemical characteristics of the meat.

Introdução: Fatores genéticos estão entre os determinantes de obesidade, podendo influenciar a resposta a intervenções em estilo de vida. O impacto de polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) na resposta de biomarcadores a intervenções não é claro. Objetivo: Este estudo examinou as associações de seis SNPs FTO T/A, PPAR Pro12Ala, Apo A1 -75G/A, TNF- -308G/A, IL-6 - 174G/C e AdipoQ 45T/G com mudanças induzidas por uma intervenção em amostra de brasileiros de risco cardiometabólico. Métodos: Em um programa de nove meses de orientações em hábitos alimentares e atividade física, 180 indivíduos com prediabetes ou síndrome metabólica foram genotipados e agrupados segundo a presença do alelo variante de cada SNP e comparados quanto a variáveis antropométricas, metabólicas e inflamatórias. Resultados: A intervenção resultou em redução do consumo calórico, aumento da atividade física, melhora na antropometria e outros biomarcadores. Estratificando pelos SNPs, os principais achados estão contidos em dois artigos. Artigo 1: Houve melhor resposta do perfil glicêmico após a intervenção nos portadores do alelo variante do SNP TNF -308 G/A. Observou-se melhora das variáveis lipídicas nos portadores do alelo variante do SNP IL-6 -174 G/C, enquanto que aqueles com o genótipo referência obtiveram melhora no metabolismo da glicose. Carreadores do SNP AdipoQ 45T/G não obtiveram melhora no perfil lipídico nem no glicêmico.Artigo 2: O alelo variante do FTO T/A associou-se a melhores perfis 9 inflamatório e glicêmico em resposta à intervenção. Portadores do alelo variante do SNP PPAR Pro12Ala obtiveram melhora na pressão arterial, enquanto que indivíduos com o genótipo referência melhoraram o metabolismo lipídico. Carreadores do alelo variante do SNP Apo A1 -75G/A apresentaram melhora no perfil lipídico que, após ajuste para medicação, não se manteve significante. Conclusões: SNPs relacionados à obesidade e comorbidades podem influenciar a resposta de marcadores metabólicos e inflamatórios a intervenções em hábitos de vida em brasileiros. O SNP TNF -308G/A parece favorecer um melhor perfil glicêmico. O SNP IL-6 -174G/C pode conferir efeito benéfico no perfil lipídico, mas não na glicemia. O SNP AdipoQ 45T/G compromete a resposta à intervenção em indivíduos de risco cardiometabólico no nosso meio. O SNP FTO T/A pode favorecer a resposta do metabolismo da glicose e a atenuação da inflamação. O SNP PPAR Pro12Ala pode ter impacto benéfico na pressão arterial, mas não no metabolismo lipídico. Em contraste com a literatura, o SNP Apo A1 -75G/A não parece influenciar resposta dos lípides à intervenção. Mais estudos envolvendo estes SNPs são necessários para possível direcionamento de intervenções a subgrupos específicos de indivíduos de risco. / Introduction: Genetic factors are one of the determinants of obesity and may influence the response to interventions. The impact of single nucleotide polymorphisms (SNPs) in weight loss and inflammatory response to interventions is not clear. Objective: This study examined associations of six polymorphisms FTO T/A, PPAR Pro12Ala, Apo A1 -75G/A, TNF- -308G/A, IL-6 -174G/C and AdipoQ 45T/G with changes induced by lifestyle intervention in Brazilians at cardiometabolic risk. Methods: In a 9-month intervention on diet and physical activity, 180 individuals with prediabetes or metabolic syndrome were genotyped and compared according the presence of variant allele of the SNPs and antrophometric, metabolic and inflammatory variables. Results: The intervention resulted in lower energy intake and greater total physical activity as well as improvement in anthropometry and several biomarkers. Stratified by SNPs, the main findings are covered in two articles. Article 1: Variant allele carriers of TNF -308 G/A SNP decreased plasma glucose after intervention. Lipid profile improved after intervention in variant allele carriers of IL-6 -174 G/C, while individuals with reference genotype had better plasma glucose response. Variant allele carriers of AdipoQ 45T/G did not improve lipid and glycemic profile. Article 2: Only variant allele carriers of FTO T/A decreased fasting plasma glucose and C-reactive protein concentration after intervention. Blood pressure reduced after intervention in variant allele carriers of the PPAR Pro12Ala, while the reference genotype increased Apo A1. Apparent favorable response of lipid profile to intervention in variant allele carriers of Apo A1 -75G/A was not maintained after adjustments for lipid-lowering medication. Conclusions: SNPs associated with obesity and comorbidities may influence the response of metabolic and inflammatory markers after lifestyle intervention. The TNF -308G/A may predispose a better response of glucose metabolism. The IL-6 -174 G/C SNP may confer a beneficial effect on lipid profile but not in glucose metabolism. Our findings reinforce unfavorable effects of the AdipoQ 45T/G SNP in lipid and glucose metabolism after lifestyle intervention in Brazilians at cardiometabolic risk. FTO T/A SNP induces a favorable impact on inflammatory status and glucose metabolism. The reference genotype of PPAR Pro12Ala seems to favor a better lipid profile, while the variant allele to decrease blood pressure. In contrast to literature, our data did not support benefits on lipid profile of the variant allele of Apo A1 -75G/A SNP. Further studies of these SNPs are needed to direct interventions to specific subgroups of at-risk individuals.