Orientador: Flavia Lombardi Lopes / Banca: Silvia Helena Venturoli Perri / Banca: José Fernando Garcia / Banca: Ricardo da Fonseca / Banca: José bento Sterman Ferraz / Resumo: O objetivo desse estudo foi identificar polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) potencialmente sujeitos a controle epigenético exercido por metilação do DNA via seus envolvimentos na criação, remoção ou deslocamento de sítios CpG (meSNPs) e a partir de tal identificação criar um banco de dados para meSNPs, bem como determinar a possível associação desses marcadores com ilhas CpG (CGIs) e com o perfil metilacional de tecidos submetidos ao ensaio de recuperação de ilhas CpG metiladas combinado com plataformas de sequenciamento de nova geração (MIRA-seq) em bovinos. Usando as variantes anotadas para os SNPs identificados no Run5 do projeto 1000 Bull Genomes e a sequência genômica bovina de referência UMD3.1.1, identificamos e anotamos 12.836.763 meSNPs de acordo com o padrão de variação criado por cada SNP em um sítio CpG. Também analisamos a distribuição genômica desses meSNPs, sendo a maioria deles localizados em regiões intergênicas (68,00%) e intrônicas (26,32%). Globalmente, os meSNPs representam 22,53% dos 56.969.697 SNPs descritos na base de dados e 12,35% deles estão localizados em CGIs. Comparando o número observado com o número esperado de meSNPs nas CGIs e nos tecidos submetidos ao MIRA-seq, verificamos um enriquecimento médio (P<0,01) para meSNPs de 2,47 vezes em CGIs relaxadas e 1,90 vezes em CGIs rigorosas. Nos tecidos, o enriquecimento foi de 1,52 vezes em longissimus dorsi e 2,09 vezes em intestino delgado. Dez meSNPs com metilação diferencial, sendo 1 em longi... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of this study was to identify single nucleotide polymorphisms (SNPs) potentially subject to epigenetic control exerted by DNA methylation via their involvement in creating, removing or displacement CpG sites (meSNPs) and from this identification create a database for meSNPs, as well as to determine its possible association with CpG islands (CGIs) and the methylation profile of tissues submitted to the methylated-CpG island recovery assay combined with next generation sequencing platforms (MIRA-seq) in cattle. Using the variant annotations for SNPs identified in Run5 of the 1000 bull genomes project and the UMD3.1.1 bovine reference genome sequence assembly, we identified and classified 12,836,763 meSNPs according to the pattern of variation caused at the CpG site. We have also analyzed the genomic distribution of the meSNPs, with the majority being located in intergenic regions (68.00%) and then in introns (26.32%) and the remainder distributed among proximal promoters (3.93%), coding regions (1.27%), untranslated regions (UTRs) (0.29%), non-coding RNAs (0.11%) and splice regions (0.08%). Overall, meSNPs represent 22.53% of 56,969,697 SNPs described in the database of which 12.35% are located in CGIs. Comparing the observed number with the expected number of meSNPs in the CGIs and tissues submitted to the MIRAseq we found a mean enrichment (P<0.01) for meSNPs of 2.47 times in the relaxed CGIs and 1.90 times in the strict CGIs. In the tissues the enrichment was of 1.52... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Muitos pesquisadores têm procurado alternativas farmacológicas para diminuir a necrose em retalhos cutâneos isquêmicos. Nesta linha, tem ganho espaço a investigação dos inibidores da fosfodiesterase 5. Com uso difundido no tratamento da disfunção erétil, suas características farmacológicas e perfil de segurança permitem acreditar que possam ser usados também para este fim, de modo que testamos as drogas sildenafil e tadalafil. Esta última apresenta maior seletividade pela enzima fosfodiesterase 5 em relação a sildenafil, alterando o perfil de efeitos adversos, e tem como diferenciação uma maior meia vida. Neste trabalho foram operados 45 ratos Wistar submetidos a procedimento cirúrgico de retalho cutâneo dorsal medindo 10 x 2 cm, de base cefálica, conforme proposto por McFarlane, e divididos em 3 grupos de 15 que receberam os tratamentos por gavagem (administração por sondagem intra-gástrica). Para os ratos do grupo A foi administrado sildenafil 10 mg/kg/dose diluído em água destilada, formando 1 ml de solução, 12/12h; no grupo B foi administrado tadalafil 10 mg/kg/dose – solução de 1 ml - 1x dia, seguido por 1 ml de água destilada 12h após; no grupo C (grupo controle) foi administrado água destilada 1 ml 12/12h. Todos receberam doses administradas por gavage (intra-gástrico) com duração de 7 dias, após o que os animais foram sacrificados em câmara de CO2 e as peças submetidas a análise. Resultados: No momento da retirada das peças, sob medição direta na linha média, o percentual médio de necrose foi 41,8% (0-95,9%), sendo no grupo A 42,3% (23,2-68,1%), no grupo B 39,5% (0-56,1%) e no grupo C 43,5% (0-95,9%) (p=0,861); Na medição da linha média por anátomo-patologia, a necrose percentual média foi 44,6% (0-76%), sendo no grupo A 50,4% (29,3-76,3%), no grupo B 36,1% (0-64,8%) e no grupo C 47,3% (0-64,7%) (p=0,06). Os resultados foram então avaliados pela medição do percentual de área necrótica sobre área total das peças em imagens digitalizadas. O percentual de necrose médio foi 40,4% (0-69%), no grupo A 40,4% (22-69%), no grupo B 43,4% (0-54%) e no grupo C 46,5% (0-65%) (p=0,10). Os resultados não demonstraram diferença consistente entre os grupos. Conclusão: Não ficou evidenciado efeito dos fármacos sildenafil e tadalafil em diminuir a necrose cutânea no modelo proposto. / Several authors have been looking for a way of how to lessen cutaneous flap necrosis. Phosphodiesterase 5 inhibitors, currently marked for treatment of erectile disfunction, are a group of drugs with pharmacologic characteristics and profile of safety that makes it an alternative for that. Sildenafil and tadalafil were tested in this study. The last one has more specificity for phosphodiesterase 5, what gives a different profile of adverse effects, and does have a longer mid-life. For this propose, 45 Wistar rat were used and a McFarlane cephalic based flap was designed on the dorsum of the rat (10 x 2 cm). Rats were divided into 3 groups of 15 each one. Group A received sildenafil 10 mg/kg/dose 12/12h; group B received tadalafil 10 mg/kg/dose at morning and 1 ml of water at night (12 hours after); group C (control group) received water 1 ml 12/12 h. Drug administration was made by gavage (intra gastric), during 7 days long. After that, rats were sacrificed in a CO2 cam and flaps were taken for posterior analysis. Results: When flaps were taken, results of midline necrosis percent under direct view were: mean 41.8% (0-95.9), group A 42.3% (23.2-68.1%), group B 39.5% (0-56.1%), group C 43.5% (0-95.9%) (p=0.861); In anatomo-pathologic results, the mean percent necrosis was 44.6% (0-76%), and on group A 50.4% (29.3-76.3%), group B 36.1% (0-64.8%), group C 47.3% (0-64.7%) (p=0.06). Digital images of the flaps were analyzed by the ratio necrotic area/total area. Mean necrotic percent was 40.4% (0-69%), and on group A 40.4% (22-69%), on group B 43.4% (0-54%), on group C 46.5% (0-65%) (p=0.10). Results didn’t show consistent difference between groups. Conclusion: The use of sildenafil or tadalafil was not effective for treatment of ischemic flap on this model of research.

Orientador: Eliana Gertrudes de Macedo Lemos / Coorientador: Márcio Carvalho da Costa / Banca: Janete Apparecida Desiderio / Banca: Gustavo Adolfo Sabatini / Resumo: Estudos recentes em indivíduos da espécie humana e camundongos relataram que o exercício físico pode alterar a microbiota intestinal. Evidências indicaram que essa comunidade microbiana está envolvida na homeostase do metabolismo do hospedeiro. Ademais, estudos com substâncias ergogênicas são escassos na literatura sobre a microbiota intestinal. Objetivou-se avaliar o impacto do exercício físico agudo e do condicionamento aeróbio associado a suplementação com cromo ou L-carnitina na microbiota intestinal de potras. Nosso modelo experimental utilizou potras da raça Mangalarga Machador em estágio de condicionamento físico incipiente, distribuídas em 4 grupos: Controle (sem exercício), Exercício, L-carnitina e Cromo. As potras foram submetidas a dois testes de esforço incremental e condicionadas em esteira por 42 dias na intensidade de 70-80% do limiar de lactato. Amostras fecais foram obtidas antes e 48 horas após do exercício agudo e do programa de condicionamento. As populações bacterianas foram caracterizadas pelo sequenciamento da região V4 do gene 16S rRNA por meio da plataforma Illumina MiSeq e um total de 5.224.389 de sequências foi obtido de 48 amostras. Para o total de sequências, os três filos mais abundantes foram Firmicutes (50,22%), Verrucomicrobia (15,13%), seguido por 13,80% de bactérias que não foram classificadas no nível filo. Os gêneros com maior abundância relativa foram: Clostridiales não classificados (17,06%), "5 genus incertae sedis" (12,98%) e bactérias não classificadas (12,95%). Nossos resultados indicaram que a atividade física intensa e o condicionamento aeróbio podem alterar a composição e a estrutura da população bacteriana intestinal de potras. O cromo ou a L-carnitina na comparação intra grupos provocaram alterações moderadas na diversidade da microbiota fecal de potras. Entretanto, os resultados dos grupos suplementados não apresentaram alteração em... / Abstract: Recent studies performed in humans and rats reported that exercise could alter the intestinal microbiota. Evidence indicated that this microbial community is involved in the metabolic homeostasis of the host. Moreover, studies about ergogenic substances are scarce in the literature on intestinal microbiota. This study aimed to assess the impact of acute exercise and aerobic conditioning, associated either with chromium or L-carnitine supplementation, on the intestinal microbiota of fillies. Twelve "Mangalarga Marchador" fillies in incipient fitness stage were distribuided into four groups: control (no exercise), exercise, L-carnitine and chromium. The fillies underwent two incremental exercise tests, before and after training on a treadmill for 42 days at 70-80% of the lactate threshold intensity. Fecal samples were obtained before and 48 hours after the acute exercise (incremental exercise test). Bacterial populations were characterized by sequencing the V4 region of the 16S rRNA gene using the MiSeq Illumina platform, and 5,224,389 sequences were obtained from 48 samples. The results showed that the three most abundant phyla were Firmicutes (50.22%), Verrucomicrobia (15.13%), followed by bacteria that were not classified at the phylum level (13.80%). The genera with the highest relative abundance were unclassified Clostridiales (17.06%), "5 genus incertae sedis" (12.98%) and unclassified bacteria (12.95%). Our results indicated that intense physical activity and aerobic conditioning might change the composition and structure of the intestinal bacterial population in fillies. The intra-group comparison showed that chromium or L-carnitine caused moderate changes in the fecal microbiota of fillies. However, the results of the supplemented groups were not different from the exerciseonly group. Thus, further studies using a larger sampling are needed to further investigate these changes / Mestre

Muitos pesquisadores têm procurado alternativas farmacológicas para diminuir a necrose em retalhos cutâneos isquêmicos. Nesta linha, tem ganho espaço a investigação dos inibidores da fosfodiesterase 5. Com uso difundido no tratamento da disfunção erétil, suas características farmacológicas e perfil de segurança permitem acreditar que possam ser usados também para este fim, de modo que testamos as drogas sildenafil e tadalafil. Esta última apresenta maior seletividade pela enzima fosfodiesterase 5 em relação a sildenafil, alterando o perfil de efeitos adversos, e tem como diferenciação uma maior meia vida. Neste trabalho foram operados 45 ratos Wistar submetidos a procedimento cirúrgico de retalho cutâneo dorsal medindo 10 x 2 cm, de base cefálica, conforme proposto por McFarlane, e divididos em 3 grupos de 15 que receberam os tratamentos por gavagem (administração por sondagem intra-gástrica). Para os ratos do grupo A foi administrado sildenafil 10 mg/kg/dose diluído em água destilada, formando 1 ml de solução, 12/12h; no grupo B foi administrado tadalafil 10 mg/kg/dose – solução de 1 ml - 1x dia, seguido por 1 ml de água destilada 12h após; no grupo C (grupo controle) foi administrado água destilada 1 ml 12/12h. Todos receberam doses administradas por gavage (intra-gástrico) com duração de 7 dias, após o que os animais foram sacrificados em câmara de CO2 e as peças submetidas a análise. Resultados: No momento da retirada das peças, sob medição direta na linha média, o percentual médio de necrose foi 41,8% (0-95,9%), sendo no grupo A 42,3% (23,2-68,1%), no grupo B 39,5% (0-56,1%) e no grupo C 43,5% (0-95,9%) (p=0,861); Na medição da linha média por anátomo-patologia, a necrose percentual média foi 44,6% (0-76%), sendo no grupo A 50,4% (29,3-76,3%), no grupo B 36,1% (0-64,8%) e no grupo C 47,3% (0-64,7%) (p=0,06). Os resultados foram então avaliados pela medição do percentual de área necrótica sobre área total das peças em imagens digitalizadas. O percentual de necrose médio foi 40,4% (0-69%), no grupo A 40,4% (22-69%), no grupo B 43,4% (0-54%) e no grupo C 46,5% (0-65%) (p=0,10). Os resultados não demonstraram diferença consistente entre os grupos. Conclusão: Não ficou evidenciado efeito dos fármacos sildenafil e tadalafil em diminuir a necrose cutânea no modelo proposto. / Several authors have been looking for a way of how to lessen cutaneous flap necrosis. Phosphodiesterase 5 inhibitors, currently marked for treatment of erectile disfunction, are a group of drugs with pharmacologic characteristics and profile of safety that makes it an alternative for that. Sildenafil and tadalafil were tested in this study. The last one has more specificity for phosphodiesterase 5, what gives a different profile of adverse effects, and does have a longer mid-life. For this propose, 45 Wistar rat were used and a McFarlane cephalic based flap was designed on the dorsum of the rat (10 x 2 cm). Rats were divided into 3 groups of 15 each one. Group A received sildenafil 10 mg/kg/dose 12/12h; group B received tadalafil 10 mg/kg/dose at morning and 1 ml of water at night (12 hours after); group C (control group) received water 1 ml 12/12 h. Drug administration was made by gavage (intra gastric), during 7 days long. After that, rats were sacrificed in a CO2 cam and flaps were taken for posterior analysis. Results: When flaps were taken, results of midline necrosis percent under direct view were: mean 41.8% (0-95.9), group A 42.3% (23.2-68.1%), group B 39.5% (0-56.1%), group C 43.5% (0-95.9%) (p=0.861); In anatomo-pathologic results, the mean percent necrosis was 44.6% (0-76%), and on group A 50.4% (29.3-76.3%), group B 36.1% (0-64.8%), group C 47.3% (0-64.7%) (p=0.06). Digital images of the flaps were analyzed by the ratio necrotic area/total area. Mean necrotic percent was 40.4% (0-69%), and on group A 40.4% (22-69%), on group B 43.4% (0-54%), on group C 46.5% (0-65%) (p=0.10). Results didn’t show consistent difference between groups. Conclusion: The use of sildenafil or tadalafil was not effective for treatment of ischemic flap on this model of research.

Submitted by Nathália Faria da Silva (nathaliafsilva.ufv@gmail.com) on 2017-06-06T14:03:32Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1133771 bytes, checksum: 640defa7d0749c719bdf5d760421654a (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-06T14:03:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1133771 bytes, checksum: 640defa7d0749c719bdf5d760421654a (MD5) Previous issue date: 2007-07-16 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Para isso foram usadas três estrategias. Inicialmente, palavras-chave correspondentes a termos relacionados aos mecanismos de resistência de plantas a patógenos foram identificadas na literatura e utilizadas como “iscas” para a mineração dos dados. Com o auxílio de ferramentas disponíveis na plataforma de bioinformática do PBGC, foram identificadas ESTs (Expressed Sequence Tags) relacionadas a cada uma destas palavras. Outra estrategia utilizada foi a busca por similaridades entre algumas sequências públicas envolvidas com a resistência do cafeeiro a doenças com as sequências do PBGC, por meio do programa BLAST. Utilizou-se, também, o Electronic Northern, uma ferramenta desenvolvida pelo Laboratório de Genômica e Expressão (LGE). A mineração, usando as três estrategias, identificou 14.060 sequências do PBGC. Essas sequências apresentaram similaridade com proteínas conhecidamente relacionadas com o processo de defesa da planta contra doenças como, por exemplo, quitinase, proteína quinase, citocromo P450, proteína de resistência a doenças, proteína relacionada com patogênese, proteínas com domínio LRR e NBS, proteínas induzidas por hipersensibilidade, entre outras. Os processos biológicos com os quais essas sequências estão envolvidas incluíram metabolismo, transporte, regulação da transcrição, enovelamento de proteínas, biossíntese entre outros. A análise global baseada em ontologia de função molecular das sequências obtidas mostrou que os genes estão envolvidos com metabolismo, resposta a estímulos externos, diferenciação celular, ligação a ácidos nucleicos, ligação a nucleotídeos, resposta de defesa, apoptose entre outras. Visando verificar o envolvimento destas sequências com a resistência do cafeeiro a ferrugem foram desenhados 40 primers para amplificar algumas das sequências mineradas. Os primers foram desenhados com o programa computacional Primer3 e a estabilidade desses foi verificada por meio do programa PrimerSe/ect. Diferentes concentrações dos componentes da reação de PCR foram analisadas. Utilizando as condições de reação e amplificação otimizadas, os 40 primers foram testados em 12 genótipos resistentes e 12 susceptíveis a Hemi/eia vastatrix, fungo causador da ferrugem. Vinte e nove destes 40 primers resultaram em bandas únicas e bem definidas, sendo um polimórfico. Este trabalho permitiu obter, até o momento, um marcador molecular polimórfico entre os indivíduos resistentes e susceptíveis. Esse marcador, denominado CARF 005, amplifica uma região do DNA que corresponde a uma ORF parcial de Coffea arabica que codifica uma proteína de resistência a doenças. / For that, three strategies were used. Initially, keywords related to the plants resistance mechanism to pathogens were searched in scientific literature and used as drivers for data mining. Using the available tools at the PBGC bioinformatics platform, ESTs (Expressed Sequence Tags) related to each one of these words were identified. The search for similarities between some published sequences and sequences from the PBGC, by using the BLAST program was another strategy. The Electronic Northern, a tool developed by the Laboratório de Genômica e Expressão (LGE), was also used. Those strategies allowed the identification of 14,060 sequences of the PBGC. These sequences were similar to proteins known to be related to de plant disease defense process, for instance chitinase, kinase protein, cytochrome P450, disease resistance protein, pathogenesis related protein, LRR and NBS proteins, hypersensibility induced protein among others. The biological processes with witch these sequences are involved included metabolism, transport, transcription regulation, protein folding, biosynthesis and others. The ontology-based global analysis for molecular function showed that the genes are involved with metabolism, external stimulus response, cellular differentiation, nucleic acid binding, nucleotide binding, defense response, apoptosis and others. Aiming to verify the involvement of these sequences with the coffee tree resistance to leaf rust, 40 primers were designed to amplify the mined sequences. The primers were synthesized using the computational program Primer3 and their stability was tested by the program PrimerSelect. Different PCR conditions were tested. Using optimized reaction and amplification conditions, those 40 primers were tested in 12 resistant and 12 susceptible genotypes to Hemileia vastatrix, fungus that causes coffee leaf rust. Twenty nine of those resulted in unique and sharp bands, and only one of these was polymorphic. The 40 primers permitted to find one molecular marker polymorphic between the resistant and susceptible genotypes. This marker amplifies a region of the DNA which corresponds to a Coffea Arabica ORF for disease resistance protein.

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:49:27Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-03-31. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:26:15Z : No. of bitstreams: 1 Publico-12959.pdf: 1645113 bytes, checksum: 2836abcccc356e427c13763a5a6f708c (MD5) / Objetivo: Analise do fator de crescimento vasculo-endotelial (VEGF) como marcador sorologico no diagnostico da gravidez ectopica. Outrossim, e desiderato deste projeto avaliar se as variantes polimorficas -460 T/C (rs833061), -634 C/G (rs2010963) e +936 C/T (rs3025039) do gene do VEGF podem estar associadas a ocorrencia da gravidez ectopica (GE). Alem disso, procuramos avaliar se os niveis sericos de VEGF estavam correlacionados com o genotipo. Metodo: estudo caso-controle, onde foram selecionadas 35 pacientes com diagnostico de gravidez ectopica, 15 abortamentos e 22 gestacoes intra-uterinas normais. Foram coletados 10 mL de sangue em tubo seco, centrifugados a 2000 rpm e o sobrenadante foi separado em cinco aliquotas de 200 £gL e armazenados a -80 o C, para posterior avaliacao. A dosagem serica do VEGF foi realizada por metodo de ELISA - (human VEGF; R&D systems, Minneapolis). Para a avaliacao dos polimorfismos do gene do VEGF foram incluidas 74 pacientes com historia previa ou em vigencia de GE, em acompanhamento no Ambulatorio de GE da UNIFESP. O grupo controle foi constituido de 134 mulheres na menopausa, com pelo menos duas gestacoes normais, sem abortos ou GE durante a menacme, em seguimento no Ambulatorio de Climaterio da UNIFESP. Foram coletados 10 mL de sangue periferico, retirado buffy-coat, do qual e extraido DNA genomico pela tecnica de DTAB / CTAB. A genotipagem foi realizada digerindo os produtos de PCR com as enzimas de restricao especificas para os polimorfismos do gene de VEGF +936 C/T, -634 C/G e -460 C/T. Os dados foram analisados pelo teste ƒÓ2 ou teste exato de Fisher, sendo considerado significante p<0,05. Resultados: Nos casos estudados a media dos valores sericos do VEGF foi de 297,5 pg/mL na gravidez ectopica, 299,6 pg/mL no abortamento e de 39,9 pg/mL nas gestacoes intra-uterinas normais (p<0,0001). Nao foram identificadas diferencas significantes quanto as frequencias genotipicas e alelicas para os polimorfismos do gene do VEGF +936 C/T (p=0,28), -460 C/T (p=0,70) e -634 G/C (p=0,17). Nao foi identificada relacao entre os valores sericos de VEGF e os genotipos para nenhum dos polimorfismos de VEGF testados. Conclusao: Nossos resultados sugerem que na gravidez ectopica sejam detectados valores sericos mais elevados de VEGF do que na gravidez intra-uterina viável. Por outro lado, quando comparamos os valores de VEGF na gravidez ectópica com os casos de abortamento, não encontramos diferença estatisticamente significante. Não foi identificada associação entre a expressão de polimorfismo +936 C/T, -634 C/G e -460 C/T do gene do VEGF e nem de seus alelos com a ocorrência de gravidez ectópica. Não foi identificada relação entre os níveis séricos de VEGF e os genótipos para nenhum dos polimorfismos de VEGF testados. A produção de VEGF sérico parece não ter correlação com o genótipo. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Made available in DSpace on 2015-10-06T13:03:18Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-20. Added 1 bitstream(s) on 2015-10-06T13:18:39Z : No. of bitstreams: 1 000849919.pdf: 1764719 bytes, checksum: cc1c24d4e6a06602b8ef15a77cbefe66 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / No presente estudo, foram analisadas citogeneticamente cinco espécies de peixes pertencentes ao gênero Trichomycterus: T. diabolus, T. iheringi, T. zonatus, Trichomycterus cf. mimonha e Trichomycterus sp., provenientes de diferentes bacias hidrográficas brasileiras. Foram utilizadas as técnicas de citogenética clássica (coloração com Giemsa, localização das RONs pela marcação com nitrato de Prata e bandamento C) e cito-moleculares (Hibridação Fluorescente in situ - FISH com sondas de DNAr 5S e 18S e o snDNA U2). Todas as espécies apresentaram número diploide de 2n=54 cromossomos com variações em sua fórmula cariotípica. Trichomycterus diabolus, T. iheringi, T. zonatus e Trichomycterus cf. mimonha apresentaram seu cariótipo com 34m + 12sm + 8st e Trichomycterus sp. apresentou 36m + 10sm + 8st, além da ocorrência de cromossomos supranumerários. As espécies também revelaram diferenças em relação ao tamanho dos dois primeiros pares cromossômicos do cariótipo, onde Trichomycterus sp. e T. diabolus apresentaram o primeiro e segundo metacêntrico de tamanho semelhante e maiores em relação aos demais cromossomos, enquanto em T. zonatus, Trichomycterus cf. mimonha e T. iheringi apenas o primeiro metacêntrico foi considerado o maior par. O bandamento C evidenciou blocos heterocromáticos instersticiais nos pares 2, 3, 7, 8, 19 e 23 de T. iheringi e no par 18 de T. diabolus, sendo que as demais espécies apresentaram blocos centroméricos de diferentes tamanhos espalhados por quase todo o cariótipo. As RONs foram identificadas em apenas um par cromossômico e foram coincidentes com a hibridação fluorescente in situ realizada com a sonda para DNAr 18S, com exceção de T. zonatus e Trichomycterus sp. que apresentaram marcações centroméricas no primeiro par e em um pequeno metacêntrico, respectivamente. A hibridação com a sonda para DNAr 5S revelou resultados mais diversos, sendo detectado um par para... / In the present study five species of fish from the genus Trichomycterus were analyzed cytogenetically, including T. diabolus, T. iheringi, T. zonatus, Trichomycterus cf. mimonha and Trichomycterus sp., collected at different Brazilian basins. The analyses involved classical (Giemsa conventional staining, localization of NORs for silver nitrate marking and C-banding) and molecular cytogenetic techniques (fluorescent in situ hybridization with ribosomal 5S and 18S, and U2 snDNA probes). All species showed diploid number of 2n = 54 chromosomes with variations in karyotype formula. Trichomycterus diabolus, T. iheringi, T. zonatus and Trichomycterus cf. mimonha presented their karyotype with 34m + 12sm + 8st and Trichomycterus sp. presented 36m + 10sm + 8st, besides the occurrence of supernumerary chromosomes. The species also reveals differences in relation to the size of the first two chromosome pairs of the karyotype, where Trichomycterus sp. and T. diabolus presented the first and second metacentric with similar size and larger than the other chromosomes, while in T. zonatus, Trichomycterus cf. mimonha and T. iheringi only the first metacentric was considered the largest pair. The constitutive heterochromatin showed interstitial blocks in pairs 2, 3, 7, 8, 19 and 23 in T. iheringi and the par 18 in T. diabolus and the other species presented centromeric blocks with different sizes spread throughout the greater part of the karyotype. NORs were identified in only one chromosome pair and were coincident with the fluorescent in situ hybridization using probes of 18S rDNA, except for T. zonatus and Trichomycterus sp. that showed additional centromeric signals on the first pair and other small metacentric, respectively. FISH using the probes of 5S rDNA was differentially distributed in the different species, with one chromosome pairs detected in T. diabolus, two pairs in T. iheringi, T. zonatus and three ...

Made available in DSpace on 2015-12-10T14:22:59Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-07-31. Added 1 bitstream(s) on 2015-12-10T14:29:14Z : No. of bitstreams: 1 000855292.pdf: 996418 bytes, checksum: 78d12243dc2c5e995020a335683235aa (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Com a necessidade de tornar a bovinocultura de corte mais rentável e ao mesmo tempo sustentável, as características associadas à eficiência alimentar ganham importância. O consumo alimentar residual (CAR), sugerido como parâmetro de eficiência tornou-se uma ferramenta para a seleção de animais mais eficientes. Atualmente ferramentas genômicas tornaram-se disponíveis devido ao avanço da tecnologia no uso de marcadores moleculares, como os SNPs. Diante disso, associar regiões genômicas com o CAR, ganho de peso e demais características relacionadas eficiência alimentar pode ter um futuro promissor. O objetivo do estudo foi associar dados genômicos a partir do uso de chips de alta densidade de SNPs para identificação de regiões QTL ligadas à características como eficiência alimentar, ganho de peso, consumo alimentar e CAR de 896 animais da raça Nelore. O modelo utilizado na predição dos valores genéticos para as características em estudo foi o ssGBLUP. Os efeitos e variâncias dos marcadores SNPs foram estimados pela metodologia ssGWAS, onde os efeitos dos SNPs são obtidos a partir dos valores genômicos estimados pelo modelo ssGBLUP. Os componentes variâncias e parâmetros genéticos foram estimados utilizando a inferência Bayesiana. Com os resultados obtidos dos estudos de associação genômica foi realizada a prospecção de genes para identificar os SNPs que apresentaram associação com os indicadores de eficiência alimentar e buscar genes que possam influenciar a expressão das características. Para determinar as possíveis regiões de QTL, foram selecionados os segmentos que explicassem valores iguais ou superiores a 1% da variância genética aditiva. No total foram encontradas 51 regiões genômicas distribuídas pelas características em análise. Para identificação e posicionamento dos SNPs no genoma bovino foi realizado um levantamento no banco de dados disponíveis no NCBI e Ensembl. A classificação... / The need to turn the beef production more profitable and at the same time sustainable, the traits associated with feed efficiency are gaining importance. The residual feed intake (RFI), suggested as a parameter for feed efficiency and it has become a tool for the selection of more efficient animals. In recent years, a large number of genomic tools become available due to advancement of the technology of molecular markers, such as SNPs. Therefore, genomic regions associated with the SNP markers for residual feed intake (RFI), weight gain and other traits related to feed efficiency have a promising future, with selection of more efficient animals. This study aimed to associate genomic data from the use of highdensity chips to identify QTL regions linked to traits such as feed efficiency, weight gain, feed intake and CAR 896 Nelore cattle, from the Animal Science Institute, located in Sertãozinho. The model used for the prediction of breeding values of the traits was the ssGBLUP. This ssGBLUP model, besides using phenotypic and genotypic data, also use pedigree information. With the results of genomic association studies, it was performed the search for genes to identify SNPs that were associated with the feed efficiency indicators and seek genetic regions and genes that may, in fact, influence the expression of the traits. To determine the possible QTL regions, the segments that explain values greater than or equal to 1% of the additive genetic variance were selected. A total of 51 genomic regions for the studied traits were found. For identification and positioning of the SNPs in the bovine genome was conducted a survey on the database available in the NCBI and Ensembl. The classification of genes as biological function was performed by the website DAVID. The heritability estimate for feed efficiency was low (0.13), moderate for residual feed intake (0.18), and moderate to high magnitude for weight gain (0.43) and feed intake (0.47). A ...

Made available in DSpace on 2015-12-10T14:23:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-27. Added 1 bitstream(s) on 2015-12-10T14:29:19Z : No. of bitstreams: 1 000851881.pdf: 1966900 bytes, checksum: f12318e1992f89b39d28775a2373ebce (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Comunidades microbianas desempenham papéis cruciais em todos ecosistemas da Terra, uma vez que metabolizam compostos essenciais. Essa característica torna importantes alvos de pesquisas em diversas áreas como médica, ambiental, alimentícia e biotecnológica. Entretanto, somente 1% de todas espécies de micro-organismos conhecidos podem ser cultivadas in vitro, dificultando o estudo de suas funções e de sua classificação taxonômica. Com o surgimento de novas tecnologias de sequenciamento, o genoma inteiro de micro-organismos de um habitat pode ser experimentalmente extraído, mas em pequenos fragmentos (¡1500 pb), tornando o processamento dos dados um grande desafio. As ferramentas de análise de metagenômica mais utilizadas classificam as sequências por homologia. Entretanto, o tempo computacional aumenta exponencialmente conforme o tamanho dos fragmentos diminuem. Isso mostra uma necessidade evidente de métodos alternativos que possam analisar dados de metagenômica de maneira rápida e precisa. Esse estudo propõe um novo método de identificação de sequências de bactérias que analisa esses dados. Os genomas de 2164 linhagens de bactérias foram obtidos pelo GenBank e fragmentados em grupos de teste e controle. Cada grupo foi aleatóriamente fragmentado em sequências de 64, 128, 256, 512, 1024, 2048 e 4096 pares de base. As medidas de organização de sequências aplicadas nos fragmentos foram: conteúdo GC, abundância de dinucleotídeos e entropias de dipletes, tripletes e tetrapletes. Foram calculados a média e o desvio padrão dos valores das sequências controle para cada espécie, gênero e família de bactéria. Foram feitas combinações de medidas para classificar as sequências em famílias, gêneros e espécies. A performance da metodologia foi determinada por medidas de sensibilidade, especificidade, precição e média harmônica para conjuntos de... / Microbial communities play a crucial role in all ecosystems on Earth since they metabolize essential compounds. Given this relevant role they are investigated in Medicine, Biotechnology, Ecology, Food Sciences among other fields. However, only 1% of all known micro-organisms species can be cultivated in vitro. The unravelling of their functions and taxonomic classification demands the development of new approaches. With the advent of new sequencing strategies, the entire genome of microrganisms on a given habitat can be experimentally extracted, but the fragments obtained are small (<1500 bps), and the data processing remains a huge challenge. The most used metagenomic analysis tools classify the sequences by homology. However, the computational time grows exponentially as the read length decreases. There is an evident need for alternative methods that can analyze metagenomic data quickly and accurately. This study proposes a new bacteria sequences identification method to be used in metagenomic data. The genomes of 2164 bacterial strains were obtained from the GenBank and distributed into test and control sets. Each group was randomly fragmented into sequences of 64, 128, 256, 512, 1024, 2048, and 4096 base pair. The sequences organization measures applied in the reads were: GC content, dinucleotide abundance and diplets, triplets and tetraplets entropy. The average and standard deviation of the control sequences values of each species, genus and families of bacteria were calculated. Combinations of genomic signatures and entropy were performed allowing classifying bacteria sequences into family, genus and species. The performance of the proposed methodology was determined by measuring sensitivity, specificity, accuracy and harmonic mean for the test set. The results indicated that the GC content presented the best performance among the signatures investigated. We also considered combinations of features, the combination considering GC ... / FAPESP: 2013/1517-4

Made available in DSpace on 2015-12-10T14:23:59Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-04-24. Added 1 bitstream(s) on 2015-12-10T14:30:07Z : No. of bitstreams: 1 000852258.pdf: 1391953 bytes, checksum: 0d7e06938cd3251b6670b1cae39a85d1 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Transcrição é o processo catalizado por um complexo enzimático, RNA polimerase (RNAP), responsável pela síntese de RNA mensageiro a partir de uma sequência de DNA. Diferentes estudos experimentais foram realizados para investigar esse processo, como técnicas bioquímicas, de pinça ótica ou magnética, microscopia de força atômica e fluorescência de molécula única. Com os estudos bioquímicos, por exemplo, sabe-se que várias RNAPs podem transcrever uma sequência simultaneamente. O número de diferentes moléculas depende da necessidade da célula, número de RNAP livres, regeneração do promotor e fatores de transcrição. Um dos sistemas mais investigados para o estudo desse processo é a síntese dos genes ribossomais em Escherichia coli. Os genes ribossomais são fundamentais na fisiologia dos organismos, são expressos abundantemente e existem evidências da aceleração da transcrição devido ao comportamento colaborativo entre as RNAPs. Neste trabalho, propomos simular a transcrição múltipla dos genes ribossomais em E. coli com o modelo estocástico e dependente de sequências desenvolvido em nosso laboratório. As reações químicas foram simuladas utilizando o algoritmo de Gillespie. Essa metodologia apresenta uma boa relação entre custo computacional e realismo biológico e inclui alguns parâmetros não utilizados em estudos teóricos prévios. O modelo considera o alongamento em back e forward tracking, identificando os sítios de pausas e colisões entre RNAPs, determinando o tempo de permanência e predizendo a ocorrência de transcrição abortiva ou a aceleração da transcrição devido ao fenômeno colaborativo entre múltiplas RNAPs. A sequência do operon ribossomal rrnB da E. coli foi simulada variando o número de RNAP (R), a força de interação entre RNAPs (F) e a concentração de nucleosídeo trifosfato ([NTP]). Nossos resultados mostraram-se promissores quando utilizamos uma... / The process that produces messenger RNAs from DNA sequences is called transcription, and these reactions are catalyzed by the RNA polimerase enzyme. Many different experimental techniques have been applied to investigate this process including biochemical techniques, optical and magnetic tweezers, atomic force microscopy and single molecule florescence. These biochemical process studies showed that many RNAP molecules operate simultaneously on a single DNA strand. The number of different molecules depends on cellular demands, concentration of free RNAPs, promoter strength and the presence of transcription factors. Escherichia coli ribosomal genes are a popular experimental model to investigate the transcription process. These genes are essential to cell physiology, and they are strongly expressed. There are evidences that some cellular mechanisms collaborate to accelerate their transcription. In this work we investigate the RNAP collaborative transcription in E. coli ribosomal genes using a stochastic and sequence dependent model proposed by our group. The chemical reactions were simulated using a model based on the Gillespie algorithm. This methodology is a good compromise between computational cost and biological realism and includes some ingredients that were missing in previous theoretical studies. The model considers back and forward tracking elongation and it identifies pauses by determining the dwell time on specific sites. The model also predicts abortive transcription and transcription acceleration due to collaborative RNAP interaction. The E. coli rrnB ribosomal operon sequence was simulated by varying (i) the number of RNAP (R) on the DNA strand, (ii) the interaction force between two colliding RNAPs (F) and (iii) the concentration of nucleoside triphosphate ([NTP]). Our results are promising for F =15 pN, R = 50 and [NTP] ... / CNPq: 2013/06683-2