Resumo: Taenia saginata representa uma ameaça à segurança alimentar e à saúde pública devido à infecção pela ingestão de carne mal cozida e contaminada. Esta zoonose está amplamente distribuída, afetando humanos, os hospedeiros definitivos, e bovinos, hospedeiros intermediários. Além disto, a cisticercose bovina é responsável por perdas econômicas significativas devido à condenação de carcaças infectadas. A estratégia fundamental para o controle do complexo teníase-cisticercose consiste em interromper o ciclo evolutivo do parasita, evitando assim a infecção nos animais e no homem. Assim, a principal medida praticada no Brasil tem sido a inspeção de carcaças durante o abate, a qual é também a forma mais comum de diagnóstico. A insuficiente informação molecular de T. saginata tem dificultado o avanço das pesquisas para o aprimoramento de testes diagnósticos, o desenvolvimento de vacinas e a identificação de novas drogas para tratamento. Com o intuito de adquirir informação sobre o estágio de desenvolvimento metacestóide do parasita, foi utilizada a tecnologia de RNAseq para a montagem do transcriptoma de metacestóide de T. saginata. Estes dados serão úteis para estudos futuros envolvendo triagem para diagnóstico e marcadores imunoprofiláticos para a cisticercose bovina / Abstract:Taenia saginata represents a threat to food security and public health in consequence of human infection by ingestion of contaminated undercooked meat. This zoonosis is worldwide distributed, affecting human, definitive host, and bovine, intermediate host. Besides, bovine cysticercosis is responsible for significant economic losses due to the condemnation of infected carcasses. The main strategy to control taeniasis-cysticercosis complex consists of interrupting the parasite's biological cycle, thus preventing human and animal infection. Therefore, in Brasil the main control measure has been the carcass inspection during the slaughter, which is also the most common diagnostic practice. Insufficient T. saginata molecular information makes difficult consistent advances to the improvement of diagnostic tests, vaccine development and the identification of new drugs for treatment. In order to gain insights about the parasite's metacestode developmental stage, RNAseq technology was used to assemble the whole transcriptome of a T. saginata metacestode. These data will also be useful for the next generation screening studies of diagnostic and immunoprophylatic markers for bovine cysticercosis / Orientador:Cáris Maroni Nunes / Banca:Adam Taiti Harth Utsunomiya / Banca:Flávia Lombardi Lopes / Banca:Guilherme de Paula Nogueira / Banca: Daniel Guariz Pinheiro / Banca:Marcelo Vasconcelos Meireles / Doutor

INTRODUÇÃO A malformação arteriovenosa (MAV) cerebral é uma causa de hemorragia intracraniana (HIC). Foi realizado a genotipagem de 7 polimorfismos em genes associados com a resposta inflamatória e vias angiogênicas, baseados em hipótese biológica e resultados prévios. O objetivo desse estudo é replicar e avaliar a associação de cada polimorfismo com a suscetibilidade do paciente à MAV e ao risco de apresentação hemorrágica. MÉTODO Um total de 63 pacientes com MAV e 96 indivíduos saudáveis foram recrutados. Os polimorfismos selecionados para avaliação foram: apolipoproteína E (APOE), fator de necrose tumoral alfa (TNF 238G>A - rs361525), Interleucina 1 beta (IL1B 511C>T - rs16944 e IL1B -31T>C - rs1143627), quinase tipo receptor de ativina (ACVRL1 IVS3-35A>G - rs2071219), endoglina (ENG 207G>A - rs11545664) e interleucina 6 (IL6 174G>C - rs1800795). Os modelos dominante e multiplicativo foram utilizados para calcular tanto o risco de MAV quanto de apresentação com hemorragia. Um modelo de regressão multivariável foi realizado para controle para sexo, idade, etnia (autoclassificação) para risco de MAV. A escala de Spetzler-Martin foi utilizada para análise multivariável para risco de apresentação com HIC. RESULTADOS Na análise univariável, foi observado diferença estatisticamente significativa entre pacientes com MAV e indivíduos controles para a distribuição alélica da IL1B -31T>C (rs1143627) (P=0,02). A IL1B 511C>T (rs16944) demonstrou uma tendência à associação com susceptibilidade à MAV (P=0,07). Na análise de regressão logística não houve associação com risco de MAV. Nenhum polimorfismo demonstrou associação com apresentação hemorrágica tanto na análise uni quanto multivariável. CONCLUSÃO Nessa população, a suscetibilidade à MAV e o risco de apresentação hemorrágica não foram associados com os polimorfismos selecionados.

Orientador: Danísio Prado Munari / Coorientador: Rodrigo Pelicioni Savegnago / Coorientador: Marcos Vinícius Gualberto Barbosa da Silva / Banca: Marcos Eli Buzanskas / Banca: Ana Fabrícia Braga Magalhães / Banca: Adriana Santana do Carmo / Banca: Fernando Sebastián Baldi Rey / Resumo: A implementação de dados de sequenciamento de nova geração - "next-generation sequence" (NGS) em programas de melhoramento genético animal representa a mais recente ferramenta na utilização de dados genotípicos nos modelos de associação genômica, tendo em vista que todo polimorfismo é considerado nas associações entre registros fenotípicos e dados de sequenciamento. Como em toda nova tecnologia, a prospecção das variantes ainda representa um desafio no sentido computacional e de viabilidade dos custos para sua implementação em larga escala. Diante desses desafios, neste trabalho buscou-se meios de explorar os benefícios na utilização da NGS nas predições genômicas e superar as limitações inerentes a esse processo. Registros fenotípicos e genotípicos (Illumina Bovine HD BeadChip) de 2.279 animais da raça Gir (Bos taurus indicus) foram disponibilizados pela Embrapa Gado de Leite (MG) e utilizados para as análises de associação genômica. Além disso, dados de sequenciamento de 53 animais do 1000 "Bulls Project" deram origem à população de referência de imputação. Visando verificar a eficiência de imputação, foram testados diferentes cenários quanto a sua acurácia de imputação por meio da análise "leave-one-out", utilizando apenas os dados de sequenciamento, que apresentaram eficiências de até 84%, no cenário com todos os 51 animais disponíveis após o controle de qualidade. Também foram verificadas as influências das variantes em baixa frequência na acurácia de imputação em difere... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: - Implementing "next-generation sequence" (NGS) data in animal breeding programs represents the latest tool in the use of genotypic data in genomic association models, since all polymorphisms are considered in the associations between phenotypic records and sequencing data. As with any new technology, variant prospecting still represents a computational and cost-effective challenge for large-scale implementation. Front to these challenges, this work sought ways to explore the benefits of using NGS in genomic predictions and overcome the inherent limitations of this process. Phenotypic and genotypic (Illumina Bovine HD BeadChip) records of 2,279 Gir animals (Bos taurus indicus) were made available by Embrapa Gado de Leite (MG) and used for genomic association analysis. In addition, sequence data of 53 animals from the 1000 Bulls Project gave rise to the imputation reference population. In order to verify the imputation efficiency, different scenarios were tested for their imputation accuracy through the leave-one-out analysis, using only the sequencing data, which presented efficiencies of up to 84%, in the scenario with all the 51 animals available after quality control. Influences from the low-frequency variants on the accuracy of imputation in different regions of the genome were also verified. After identifying the best reference population structure of imputation and applying the quality controls in the NGS and genomic data, it was possible to impute the 2 237 genotyped a... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

A síndrome dos ovários policísticos (PCOS) representa uma das endocrinopatias mais frequentes em mulheres em idade reprodutiva, cujas principais características clínicas são anovulação crônica e manifestações de hiperandrogenismo. Em conjunto com os distúrbios reprodutivos, as pacientes com PCOS apresentam, frequentemente, obesidade e resistência insulínica (RI). Além disso, mulheres com PCOS apresentam maior risco para diabetes tipo 2, dislipidemia e hipertensão arterial e a presença da obesidade pode exacerbar os distúrbios metabólicos associados com a síndrome. A patogênese da PCOS está ligada a maior susceptibilidade ambiental bem como fatores genéticos e esses fatores podem influenciar a apresentação clínica da doença. Variantes genéticas, como polimorfismos de troca de um único nucleotídeo (SNP) vem sendo associadas com alterações metabólicas e clínicas. SNPs no gene TCF7L2 já foram descritos associados ao DM2 2 e RI. Estudos até o presente momento apresentam resultados controversos em relação a variáveis metabólicas e sua associação com os SNPs deste gene em pacientes com PCOS. Outros genes também vem sendo estudados e sabendo que a resistência à insulina e obesidade são característica frequentes de pacientes com a PCOS, o gene FTO surgiu como um possível locus a ser estudado, já que diversos estudos mostram uma associação com esses fatores em outras populações. Até o presente momento estudos mostram dados controversos, possivelmente associados a diferenças entre etnias. Além disso, estudos em uma população latino americana de mulheres com PCOS ainda não foram relatados na literatura. No presente estudo, observamos que os polimorfismos do gene do TCF7L2 rs7903146 e rs11196236 bem como seus haplótipos, não estão associados com a PCOS, mas que a paciente ser portadora de pelo menos um alelo de risco mostra uma variação positiva de 5,87 cm na cintura, 10,7 mg/dl no colesterol total e 10,3mg/dL no LDL-c. Além disso, para verificar a associação do polimorfismo rs7903146 com PCOS realizamos um meta análise, incluindo 1892 mulheres com PCOS e 2695 controles. Os resultados sugerem que o polimorfismo no gene do TCF7L2 não está associado com o risco aumentando de desenvolver PCOS em difefentes etnias (Asiáticas e não Asiáticas). No que se refere ao gene do FTO, os polimorfismos estudados também não foram associados com PCOS, mas os resultados mostram um aumento nos níveis de glicose nas pacientes que possuíam pelo menos um alelo de risco tanto para o polimorfismo rs9939609 quanto para o rs8050136. Estes resultados em conjunto sugerem que a PCOS por ser uma doença multifatorial e multigênica é difícil encontrar um único SNP responsável pelo fenótipo completo da PCOS, mas os estudos de associação em diferentes genes podem contribuir com o melhor entendimento dos diferentes fenótipos, principalmente nas características metabólicas destas pacientes. / The polycystic ovary syndrome (PCOS) is one of the most common endocrine disorders in reproductive age women, whose main clinical features are chronic anovulation and hyperandrogenism. Together with reproductive disorders, patients with PCOS frequently have obesity and insulin resistance (IR). In addition, women with PCOS have a higher risk for type 2 diabetes, dyslipidemia and hypertension and the presence of obesity may exacerbate the metabolic disturbances associated to the syndrome. The pathogenesis of PCOS is linked to greater environmental susceptibility and genetic factors and these aspects may influence the clinical presentation of the disease. Genetic variants as single nucleotide polymorphisms (SNPs) have been associated to metabolic and clinical changes. SNPs in the TCF7L2 gene have been described in association with DM2 2 and IR. Studies to date are controversial in relation to metabolic variables and their association with the SNPs of this gene in patients with PCOS. Other genes have also been studied and knowing that insulin resistance and obesity are common characteristic in patients with PCOS, the FTO gene has emerged as a possible locus to be studied. Several studies show an association with these factors in other populations. So far studies show controversial data, possibly associated to differences among ethnic groups. In addition, studies in a Latin American women population with PCOS have not been reported in the literature. We have found out that the gene TCF7L2, polymorphisms rs7903146 and rs11196236 and their haplotypes show no differences between genotypes and haplotypes for clinical and metabolic variables. However, for each T (rs7903146) and T (rs11196236) allele added to the haplotypes, a variation of 5.87 cm in waist (P trend=0.01), 10.7 mg/dl in total cholesterol (P trend=0.03), and 10.3 mg/dl in LDL-C (P trend=0.01) was recorded. Also, to verify the association of rs7903146 polymorphism with PCOS we conducted a metaanalysis including 1892 women with PCOS and 2695 controls. The results suggest that polymorphism in the gene TCF7L2 is not associated to the increased risk of developing PCOS in different ethnicities (Asian and non- Asian). As regards the FTO gene, the studied polymorphisms were not associated to PCOS, but the results show an increase in glucose levels in patients who had at least one risk allele for the polymorphism rs8050136 and rs9939609. These results together, suggest that PCOS being a multifactorial and multigenic disease is difficult to find a single SNP responsible for the complete phenotype of PCOS, but association studies in different genes can contribute to a better understanding of the different phenotypes, especially in metabolic characteristics of these patients.

A síndrome dos ovários policísticos (PCOS) representa uma das endocrinopatias mais frequentes em mulheres em idade reprodutiva, cujas principais características clínicas são anovulação crônica e manifestações de hiperandrogenismo. Em conjunto com os distúrbios reprodutivos, as pacientes com PCOS apresentam, frequentemente, obesidade e resistência insulínica (RI). Além disso, mulheres com PCOS apresentam maior risco para diabetes tipo 2, dislipidemia e hipertensão arterial e a presença da obesidade pode exacerbar os distúrbios metabólicos associados com a síndrome. A patogênese da PCOS está ligada a maior susceptibilidade ambiental bem como fatores genéticos e esses fatores podem influenciar a apresentação clínica da doença. Variantes genéticas, como polimorfismos de troca de um único nucleotídeo (SNP) vem sendo associadas com alterações metabólicas e clínicas. SNPs no gene TCF7L2 já foram descritos associados ao DM2 2 e RI. Estudos até o presente momento apresentam resultados controversos em relação a variáveis metabólicas e sua associação com os SNPs deste gene em pacientes com PCOS. Outros genes também vem sendo estudados e sabendo que a resistência à insulina e obesidade são característica frequentes de pacientes com a PCOS, o gene FTO surgiu como um possível locus a ser estudado, já que diversos estudos mostram uma associação com esses fatores em outras populações. Até o presente momento estudos mostram dados controversos, possivelmente associados a diferenças entre etnias. Além disso, estudos em uma população latino americana de mulheres com PCOS ainda não foram relatados na literatura. No presente estudo, observamos que os polimorfismos do gene do TCF7L2 rs7903146 e rs11196236 bem como seus haplótipos, não estão associados com a PCOS, mas que a paciente ser portadora de pelo menos um alelo de risco mostra uma variação positiva de 5,87 cm na cintura, 10,7 mg/dl no colesterol total e 10,3mg/dL no LDL-c. Além disso, para verificar a associação do polimorfismo rs7903146 com PCOS realizamos um meta análise, incluindo 1892 mulheres com PCOS e 2695 controles. Os resultados sugerem que o polimorfismo no gene do TCF7L2 não está associado com o risco aumentando de desenvolver PCOS em difefentes etnias (Asiáticas e não Asiáticas). No que se refere ao gene do FTO, os polimorfismos estudados também não foram associados com PCOS, mas os resultados mostram um aumento nos níveis de glicose nas pacientes que possuíam pelo menos um alelo de risco tanto para o polimorfismo rs9939609 quanto para o rs8050136. Estes resultados em conjunto sugerem que a PCOS por ser uma doença multifatorial e multigênica é difícil encontrar um único SNP responsável pelo fenótipo completo da PCOS, mas os estudos de associação em diferentes genes podem contribuir com o melhor entendimento dos diferentes fenótipos, principalmente nas características metabólicas destas pacientes. / The polycystic ovary syndrome (PCOS) is one of the most common endocrine disorders in reproductive age women, whose main clinical features are chronic anovulation and hyperandrogenism. Together with reproductive disorders, patients with PCOS frequently have obesity and insulin resistance (IR). In addition, women with PCOS have a higher risk for type 2 diabetes, dyslipidemia and hypertension and the presence of obesity may exacerbate the metabolic disturbances associated to the syndrome. The pathogenesis of PCOS is linked to greater environmental susceptibility and genetic factors and these aspects may influence the clinical presentation of the disease. Genetic variants as single nucleotide polymorphisms (SNPs) have been associated to metabolic and clinical changes. SNPs in the TCF7L2 gene have been described in association with DM2 2 and IR. Studies to date are controversial in relation to metabolic variables and their association with the SNPs of this gene in patients with PCOS. Other genes have also been studied and knowing that insulin resistance and obesity are common characteristic in patients with PCOS, the FTO gene has emerged as a possible locus to be studied. Several studies show an association with these factors in other populations. So far studies show controversial data, possibly associated to differences among ethnic groups. In addition, studies in a Latin American women population with PCOS have not been reported in the literature. We have found out that the gene TCF7L2, polymorphisms rs7903146 and rs11196236 and their haplotypes show no differences between genotypes and haplotypes for clinical and metabolic variables. However, for each T (rs7903146) and T (rs11196236) allele added to the haplotypes, a variation of 5.87 cm in waist (P trend=0.01), 10.7 mg/dl in total cholesterol (P trend=0.03), and 10.3 mg/dl in LDL-C (P trend=0.01) was recorded. Also, to verify the association of rs7903146 polymorphism with PCOS we conducted a metaanalysis including 1892 women with PCOS and 2695 controls. The results suggest that polymorphism in the gene TCF7L2 is not associated to the increased risk of developing PCOS in different ethnicities (Asian and non- Asian). As regards the FTO gene, the studied polymorphisms were not associated to PCOS, but the results show an increase in glucose levels in patients who had at least one risk allele for the polymorphism rs8050136 and rs9939609. These results together, suggest that PCOS being a multifactorial and multigenic disease is difficult to find a single SNP responsible for the complete phenotype of PCOS, but association studies in different genes can contribute to a better understanding of the different phenotypes, especially in metabolic characteristics of these patients.

INTRODUÇÃO A malformação arteriovenosa (MAV) cerebral é uma causa de hemorragia intracraniana (HIC). Foi realizado a genotipagem de 7 polimorfismos em genes associados com a resposta inflamatória e vias angiogênicas, baseados em hipótese biológica e resultados prévios. O objetivo desse estudo é replicar e avaliar a associação de cada polimorfismo com a suscetibilidade do paciente à MAV e ao risco de apresentação hemorrágica. MÉTODO Um total de 63 pacientes com MAV e 96 indivíduos saudáveis foram recrutados. Os polimorfismos selecionados para avaliação foram: apolipoproteína E (APOE), fator de necrose tumoral alfa (TNF 238G>A - rs361525), Interleucina 1 beta (IL1B 511C>T - rs16944 e IL1B -31T>C - rs1143627), quinase tipo receptor de ativina (ACVRL1 IVS3-35A>G - rs2071219), endoglina (ENG 207G>A - rs11545664) e interleucina 6 (IL6 174G>C - rs1800795). Os modelos dominante e multiplicativo foram utilizados para calcular tanto o risco de MAV quanto de apresentação com hemorragia. Um modelo de regressão multivariável foi realizado para controle para sexo, idade, etnia (autoclassificação) para risco de MAV. A escala de Spetzler-Martin foi utilizada para análise multivariável para risco de apresentação com HIC. RESULTADOS Na análise univariável, foi observado diferença estatisticamente significativa entre pacientes com MAV e indivíduos controles para a distribuição alélica da IL1B -31T>C (rs1143627) (P=0,02). A IL1B 511C>T (rs16944) demonstrou uma tendência à associação com susceptibilidade à MAV (P=0,07). Na análise de regressão logística não houve associação com risco de MAV. Nenhum polimorfismo demonstrou associação com apresentação hemorrágica tanto na análise uni quanto multivariável. CONCLUSÃO Nessa população, a suscetibilidade à MAV e o risco de apresentação hemorrágica não foram associados com os polimorfismos selecionados.

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:58:09Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo3261_1.pdf: 7030961 bytes, checksum: 5670933aaec0374078d72b528e337ada (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2011 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Após a conclusão do projeto Genoma Humano uma quantidade enorme de informação digital tornou-se disponível para a análise, propiciando novos questionamentos e conjecturas. Alterações específicas em nucleotídeos localizados no DNA genômico foram detectadas e chamadas de polimorfismo de nucleotídeo único (SNP). Até o momento cerca de 3 milhões de SNPs foram detectados no genoma humano dentre os quais 1.42 milhões já foram identificados e depositados em bancos de dados públicos Consortium2007 tornando-se o principal tipo de polimorfismo. A presença dessas pequenas modificações no genoma influencia na susceptibilidade de diversas doenças, como asma, hipertensão, diabetes, desordens neurológicas, alguns tipos de câncer, assim como também provocam alterações na resposta a medicamentos. As informações oriundas dos SNPs são de grande importância e podem ser empregadas nas mais diversas áreas, como medicina forense, antropologia molecular, evolução, definição de marcadores de predisposição a determinadas patologias e de prognóstico a diferentes tratamentos, genética de populações, conservação e manejo de recursos genéticos, farmacogenética e desenvolvimento de vacinas. Devido à sua alta influência sobre a expressão do fenótipo, vários estudos vêm sendo realizados para detectar não só os SNPs presentes no genoma, como também as interações epistáticas entre eles que alteram a predisposição a certas doenças. Nesta dissertação foi desenvolvido um estudo extensivo de diversas abordagens computacionais que avaliam conjuntos de dados com informações de genótipos de pacientes casos e controles, na tentativa de identificar as interações entre os SNPs que mais influenciam na ocorrência de uma doença. Para o estudo foram selecionadas metodologias com mecanismos distintos para identificar as interações existentes. Abordagens exaustivas, gulosas e estocásticas foram analisadas quando executadas em conjuntos de dados com diferentes combinações de parâmetros genéticos. Dentre os resultados obtidos após a análise das abordagens computacionais, constatamos que características genéticas introduzidas no conjunto de dados como a herdabilidade e a frequência do alelo menos frequente na população influenciam de forma significativa sobre o desempenho das diversas ferramentas. A diminuição no valor da herdabilidade causa nas abordagens uma influência negativa reduzindo o desempenho. Outros fatores como o tamanho da população e a quantidade de SNPs analisados também influenciam no desempenho das abordagens, ambas aumentando e reduzindo o número de acertos, respectivamente, e também no tempo de processamento utilizado para avaliar os conjuntos de dados. Ao final apresentamos nossas conclusões e conjecturamos o que poderia levar a uma detecção de interações entre SNPs de melhor qualidade

SILVEIRA, Renata Cimões Jovino também é conhecida em citações bibliográficas por: CIMÕES, Renata / Submitted by Pedro Barros (pedro.silvabarros@ufpe.br) on 2018-07-27T20:08:46Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) DISSERTAÇÃO Felipe Rodrigues de Almeida.pdf: 1849528 bytes, checksum: 0165aab46caaafa4b27eed8a3efbfe0c (MD5) / Approved for entry into archive by Alice Araujo (alice.caraujo@ufpe.br) on 2018-08-07T22:14:37Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) DISSERTAÇÃO Felipe Rodrigues de Almeida.pdf: 1849528 bytes, checksum: 0165aab46caaafa4b27eed8a3efbfe0c (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-07T22:14:37Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) DISSERTAÇÃO Felipe Rodrigues de Almeida.pdf: 1849528 bytes, checksum: 0165aab46caaafa4b27eed8a3efbfe0c (MD5) Previous issue date: 2017-02-06 / CAPES / Variações genéticas do gene que codifica as β-defensinas podem influenciar a susceptibilidade às infecções, inclusive à periodontite crônica. Este estudo teve como objetivo, verificar a associação de polimorfismos genéticos da β-defensina 1 (-52; -44; -20) em pacientes portadores de periodontite crônica comparados à periodontalmente saudáveis. Nesta análise clínico-laboratorial, participaram pacientes provenientes das clínicas integrais do curso de Odontologia da Universidade Federal de Pernambuco (UFPE) e dos ambulatórios do Hospital Agamenon Magalhães (HAM), no período de novembro de 2015 a outubro de 2016, os quais obedeceram os critérios de inclusão e exclusão adotados. Os participantes foram divididos em 02 grupos: portadores de periodontite crônica (GP=95) e periodontalmente saudáveis (GC=69). Inicialmente foram coletados dados sóciodemográficos (nome, idade, gênero, estado civil, renda salarial, escolaridade) e clínicos dos pacientes (profunidade de sondagem (PS), nível de inserção clínica (NIC) e índice de sangramento à sondagem (ISS)). Além disso, foram coletadas amostras de saliva total espontânea, as quais foram submetidas à isolamento e purificação do ADN e genotipagem por reação em cadeia da polimerase em tempo real (RCP-TR), para verificação da presença de polimorfismos de única base (SNPs) da β-defensina 1(-52; -44; -20). O teste exato de Fisher foi utilizado para verificar associações entre os dados de PS, NIC e ISS e os genótipos investigados. O nível de significância adotado foi de 5% e intervalo de confiança de 95%. Ambos os polimorfismos da β-defensina 1 (-52, -44 e -20) foram observados em pacientes com periodontite crônica, contudo, apenas o SNP (-20) apresentou diferença estatística entre os grupos GP e GC (p<0,05). Para o SNP (-20), o alelo A apresentou-se em mais da metade do GP (p<0,000) e o genótipo AA foi mais frequente neste grupo (p<0,000). Verificou-se que a razão de chances de um paciente com periodontite crônica apresentar o genótipo AA foi 14,15 vezes maior do que em periodontalmente saudáveis. Quanto à freqüência haplotípica, a maior freqüência foi de GCA (p<0,000), seguido de ACA no grupo GP (p<0,000). Apenas o genótipo GG do SNP (-44) apresentou resultado significativo para a variável NIC (p<0,017). Portanto, o estudo sugere que o SNP (-20) parece influenciar na predisposição da periodontite crônica, sendo o genótipo AA mais presente nos indivíduos com periodontite crônica, assimo como, os haplótipos GCA e ACA estão mais presentes em pacientes com periodontite crônica comparados a periodontalmente saudáveis. / Genetic variations of gene that encoding β-defensins may influence the susceptibility to infections, including chronic periodontitis. This study aimed to verify the association of genetic polymorphisms of β-defensin 1 (-52; -44; -20) in patients with chronic periodontitis compared to periodontally healthy. In this clinical-laboratorial analysis participated in the study patients from dental clinics of Federal University of Pernambuco (FUPE) and outpatient clinics of Agamenon Magalhães Hospital (AMH), from november 2015 to october 2016, which obeyed the inclusion and exclusion criteria adopted. Participants were divided into 2 groups: patients with chronic periodontitis (PG = 95) and periodontally healthy (CG = 69). Initially, were collected socio-demographic data (name, age, gender, marital status, salary income, schooling) and clinical status of the patients (depth of probing (DP), clinical insertion level (CIL) and bleeding probing index (BPI)). In addition, samples of spontaneous total saliva were collected, which were submitted to DNA isolation and purification and genotyping by real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) to verify the presence of single-base polymorphisms (SNPs) of β-defensin 1 (-52; -44; -20). The Fisher´s exact test was used to verify associations between DP, CIL and BPI data and the investigated genotypes. The significance level was 5% and 95% confidence interval. Both polymorphisms of β-defensin 1 (-52; -44; -20) were observed in patients with chronic periodontitis; however, only SNP (-20) presented statistical difference between PG and CG groups (p <0.05 ). For SNP (-20), “A” allele was present in more than half of PG (p <0,000) and “AA” genotype was more frequent in this group (p <0.000). It was verified that the odds ratio of a patient with chronic periodontitis presenting “AA” genotype was 14.15 times higher than periodontally healthy subjects. As to the haplotype frequency, the highest frequency was “GCA” (p <0.000), followed by “ACA” in PG group (p <0.000). Only “GG” genotype of SNP (-44) presented a significant result for CIL variable (p <0.017). Therefore, the study suggests that SNP (-20) seems to influence the predisposition of chronic periodontitis, with “AA” genotype being more present in individuals with chronic periodontitis, as “GCA” and “ACA” haplotypes are more present in patients with chronic periodontitis compared to periodontally healthy.

SILVEIRA, Renata Cimões Jovino, também é conhecida em citações bibliográficas por: CIMÕES, Renata / Submitted by Pedro Barros (pedro.silvabarros@ufpe.br) on 2018-08-08T20:08:45Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) DISSERTAÇÃO Rayanne Soraia Aguiar de Melo Dias.pdf: 8093565 bytes, checksum: 0943e1333264d74379947f40dfa08dbf (MD5) / Approved for entry into archive by Alice Araujo (alice.caraujo@ufpe.br) on 2018-08-16T22:55:34Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) DISSERTAÇÃO Rayanne Soraia Aguiar de Melo Dias.pdf: 8093565 bytes, checksum: 0943e1333264d74379947f40dfa08dbf (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-16T22:55:34Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) DISSERTAÇÃO Rayanne Soraia Aguiar de Melo Dias.pdf: 8093565 bytes, checksum: 0943e1333264d74379947f40dfa08dbf (MD5) Previous issue date: 2017-02-08 / A íntima relação entre Diabetes Mellitus (DM) e Periodontite Crônica (PC) é foco de várias investigações na literatura. Alguns mecanismos fisiopatológicos explicam essa relação; porém, o papel de variações genéticas em genes relacionados a resposta imune inata, neste contexto, ainda não é claro e se mostra como um caminho para trazer novas informações. Considerando a importância do gene da β-defensina-1 na imunidade inata, primeira linha de defesa do organismo contra infecções, e supondo que polimorfismos de única base (SNPs) neste podem influenciar a susceptibilidade às infecções, o presente trabalho teve como objetivo avaliar a distribuição de SNPs funcionais do gene DEFB1 em indivíduos com diabetes mellitus tipo 2 (DM2) com PC e indivíduos saudáveis (controles), além da sua possível associação com o desenvolvimento de PC em portadores de DM2. Ao todo, 185 indivíduos participaram do estudo, sendo 116 com DM2 e PC e 69 indivíduos saudáveis para essas duas condições (grupo controle). Três SNPs funcionais (-52 G>A [rs1799946], -44 C>G [rs1800972] e -20 G>A [rs11362]) foram genotipados pela técnica de Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) em tempo real, usando sondas alelo específicas (TaqMan®). As distribuições dos genótipos nos SNPs de DEFB1 estavam condizentes com o Equilíbrio de Hardy-Weinberg, exceto para o SNP rs1800972 nos indivíduos controles. Os resultados mostraram uma associação significativa para o SNP na posição -20 G>A de DEFB1. O alelo G e os genótipos GA e GG foram significativamente (p<0.05) mais frequentes entre indivíduos DM2 com PC (59,5%, 50% e 34,5%, respectivamente) que indivíduos saudáveis (26,8%, 36,2% e 8,7%, respectivamente). Quanto aos haplótipos, observou-se que as combinações GCG e ACG (-52,-44,-20) também foram mais frequentes entre os indíviduos DM2 com PC (28% e 23,3%, respectivamente) que em indivíduos controles (15,2% e 6,5%, respectivamente). Adicionalmente, também verificou-se associações significativas da distribuição dos genótipos do SNP na posição -20 em relação a severidade (p=0.021) e a classificação da PC (0.046). Diante disso, sugere-se que o alelo G, os genótipos GA e GG no SNP -20 G>A e os haplótipos GCG e ACG podem estar associados com uma maior susceptibilidade para o desenvolvimento de PC em diabéticos tipo 2 em uma população do nordeste do Brasil. / The close relation between Diabetes Mellitus (DM) and Chronic Periodontitis (CP) is the focus of several investigations in the literature. Some pathophysiological mechanisms explain this relation; nevertheless, the role of genetic variations in genes related to innate the immune response, in this context, is still not clear and has shown to be a way to bring new information. Considering the importance of the β-defensin-1 gene in the innate immunity, the first line of defence against infections, and assuming that single base polymorphisms (SNPs) in this gene could influence on the susceptibility to infections, the current study aimed evaluate the distribution of functional SNPs of DEFB1 gene in DM type 2 individuals with CP and healthy individuals (controls) and their possible association with the development of CP in type 2 DM carriers. Altogether, 185 individuals participated in this study, of which 116 were type 2 DM and CP carriers, and 69 were healthy individuals in what regards both conditions studied (control group). Three functional SNPs (-52 G>A [rs1799946], -44 C>G [rs1800972] e -20 G>A [rs11362]) were genotyped by the real-time polymerase reaction (PCR) technique using specific allele probes (TaqMan®). The distributions of the genotypes in the DEFB1 SNPs were consistent with the Hardy-Weinberg Equilibrium, except for the SNP rs1800972 in the control individuals. Results showed a significant association for the SNP at the -20 G>A position of DEFB1. The G allele and GA and GG genotypes were significantly (p<0.05) more frequent among DM2 individuals with CP (59.5%, 50% and 34.5%, respectively) than healthy individuals (26.8%, 36.2% and 8.7%, respectively). Regarding the haplotypes, it was observed that the GCG and ACG combinations (-52, -44, -20) were also more frequent among PC type 2 DM patients with PC (28% and 23.3%, respectively) than in controls (15.2% and 6.5%, respectively). In addition, we also found significant associations of the distribution of the SNP genotypes at position -20 in relation to severity alone (p=0.021) and PC severity / extension (p=0.046). Therefore, it is suggested that the G allele, the GA and GG genotypes in the -20 G>A SNP and the GCG and ACG haplotypes may be associated with a greater susceptibility to the development of PC in type 2 diabetics in a population in the northeast of Brazil.

Orientadores: Eliana Cotta de Faria, Helena Coutinho Franco de Oliveira, Daniel Zanetti Scherrer / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-26T20:49:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Zago_VanessaHelenadeSouza_D.pdf: 5059555 bytes, checksum: 854d9d1d1674a14d2ebcf5798acc31b3 (MD5) Previous issue date: 2015 / Resumo: Dado o importante papel desempenhado pelos transportadores ATP binding cassete A1 (ABCA1), G1 (ABCG1), G5 (ABCG5), G8 (ABCG8) e pelo scavenger receptor class B type I (SR-BI) para a homeostase corpórea de colesterol e desenvolvimento da aterosclerose, este trabalho se propôs a: (i) investigar a relação dos polimorfismos rs2275543 (ABCA1), rs1893590 (ABCG1), rs6720173 (ABCG5), rs6544718 (ABCG8) e rs5888 (SCARB1) com gênero, idade e índice de massa corpórea (IMC) e suas interações sobre variáveis clínicas e bioquímicas (n=654); (ii) determinar a repercussão destes polimorfismos sobre os parâmetros estudados na população total e de forma gênero-específica (n=590) e (iii) avaliar se os miRNAs hsa-miR-33a e hsa-miR-128a são diferencialmente expressos em um subgrupo da população (n=51) e averiguar sua associação com as concentrações plasmáticas do colesterol da lipoproteína de alta densidade (HDL-C), aterosclerose subclínica e expressão de ABCA1, ABCG1 e SCARB1. Para tanto, foram selecionados voluntários normolipidêmicos e assintomáticos, de ambos os gêneros, com idade entre 20 e 75 anos. Dados clínicos e antropométricos foram obtidos, assim como sangue venoso periférico para as determinações bioquímicas e extração de DNA e RNA. O subgrupo de 51 voluntários foi classificado de acordo com HDL-C (mg/dL) em hipoalfalipoproteinêmicos (hipo, HDL-C?39), hiperalfalipoproteinêmicos (hiper, HDL-C?68) e controles (CTL, HDL-C?40<68) e determinadas a espessura íntimo-medial das artérias carótidas e proteínas relacionadas ao metabolismo de HDL. Determinamos que o rs1893590 interage com a idade e o IMC, modulando as concentrações de HDL-C, bem como o tamanho e volume da partícula, sugerindo que este pode modificar seu metabolismo e composição. Nas análises comparativas o rs2275543 apresentou efeitos diferentes, porém benéficos para ambos os gêneros; adicionalmente, o rs6720173 determinou um fenótipo lipoproteico proaterogênico no gênero masculino, enquanto as variantes rs5888 e rs6544718 repercutiram sobre marcadores de adiposidade no gênero feminino. A análise dos cinco polimorfismos nesta população fornece evidências de que estes atuam em diferentes vias do metabolismo lipoproteico, e tem na maioria dos casos características gênero-específicas. Adicionalmente, a avaliação da expressão de hsa-miR-33a, hsa-miR-128a, ABCA1, ABCG1 e SCARB1 revelou que os indivíduos hiper apresentam um aumento da expressão de ABCA1 e ABCG1 em relação ao grupo CTL, somado a uma redução de 72% na expressão do hsa-miR-33a; em conjunto, estes resultados indicam um potencial papel regulatório deste miRNA em indivíduos assintomáticos, possivelmente contribuindo para o aumento do efluxo e do transporte reverso de colesterol / Abstract: Given the important role played by ATP binding cassete transporters A1 (ABCA1), G1 (ABCG1), G5 (ABCG5), G8 (ABCG8) and by scavenger receptor class B type I (SR-BI) on body cholesterol homeostasis and atherosclerosis development, this study proposes to: (i) investigate the relationship of polymorphisms rs2275543 (ABCA1), rs1893590 (ABCG1), rs6720173 (ABCG5), rs6544718 (ABCG8) e rs5888 (SCARB1) with gender, age and body mass index (BMI) and its interactions with clinical and biochemical variables (n=654); (ii) determine the effects of these polymorphisms on the studied parameters in the total population and in a gender-specific manner (n=590) and (iii) evaluate if miRNAs hsa-miR-33a e hsa-miR-128a are differentially expressed in a subgroup of the population (n=51) and verify its association with plasma levels of high-density lipoprotein cholesterol (HDL-C), subclinical atherosclerosis plus ABCA1, ABCG1 and SCARB1 expression. Thus, normolipidemic and asymptomatic volunteers from both genders, with ages ranging from 20 to 75 years were selected. Clinical and anthropometric data were obtained, as well as peripheral venous blood for biochemical determinations plus DNA and RNA extraction. The subgroup of 51 individuals was classified according HDL-C (mg/dL) in hypoalphalipoproteinemics (hypo, HDL-C?39), hyperalphalipoproteinemics (hyper, HDL-C?68) and controls (CTL, HDL-C?40<68); then, were determinated the carotid intima-media thickness and proteins related to HDL metabolism. The polymorphism rs1893590 interacts with age and BMI, modulating HDL-C levels as well as the particle size and volume, suggesting its role on HDL metabolism and composition. Comparative analysis demonstrated that rs2275543 has different, but beneficial repercussions in both genders; furthermore, rs6720173 determines a pro-atherogenic lipoprotein profile in males, while the variants rs5888 and rs6544718 affect positively adiposity markers in females. The analyses of the five studied polymorphism in this population provide evidences of its role in several pathways of lipoproteins metabolism, in most cases in a gender-specific manner. Moreover, the ABCA1, ABCG1, SCARB1, hsa-miR-33a and hsa-miR-128a expression analysis revealed that hyper group presents a significant increase of ABCA1 and ABCG1 expression in relation to the control group; additionally, hsa-miR-33a decreased by 72%. Together, these results indicate a potential regulatory role of this miRNA in asymptomatic individuals, probably contributing to increased cholesterol efflux and reverse cholesterol transport / Doutorado / Ciencias Biomedicas / Doutora em Ciências Médicas