A síndrome dos ovários policísticos (PCOS) representa uma das endocrinopatias mais frequentes em mulheres em idade reprodutiva, cujas principais características clínicas são anovulação crônica e manifestações de hiperandrogenismo. Em conjunto com os distúrbios reprodutivos, as pacientes com PCOS apresentam, frequentemente, obesidade e resistência insulínica (RI). Além disso, mulheres com PCOS apresentam maior risco para diabetes tipo 2, dislipidemia e hipertensão arterial e a presença da obesidade pode exacerbar os distúrbios metabólicos associados com a síndrome. A patogênese da PCOS está ligada a maior susceptibilidade ambiental bem como fatores genéticos e esses fatores podem influenciar a apresentação clínica da doença. Variantes genéticas, como polimorfismos de troca de um único nucleotídeo (SNP) vem sendo associadas com alterações metabólicas e clínicas. SNPs no gene TCF7L2 já foram descritos associados ao DM2 2 e RI. Estudos até o presente momento apresentam resultados controversos em relação a variáveis metabólicas e sua associação com os SNPs deste gene em pacientes com PCOS. Outros genes também vem sendo estudados e sabendo que a resistência à insulina e obesidade são característica frequentes de pacientes com a PCOS, o gene FTO surgiu como um possível locus a ser estudado, já que diversos estudos mostram uma associação com esses fatores em outras populações. Até o presente momento estudos mostram dados controversos, possivelmente associados a diferenças entre etnias. Além disso, estudos em uma população latino americana de mulheres com PCOS ainda não foram relatados na literatura. No presente estudo, observamos que os polimorfismos do gene do TCF7L2 rs7903146 e rs11196236 bem como seus haplótipos, não estão associados com a PCOS, mas que a paciente ser portadora de pelo menos um alelo de risco mostra uma variação positiva de 5,87 cm na cintura, 10,7 mg/dl no colesterol total e 10,3mg/dL no LDL-c. Além disso, para verificar a associação do polimorfismo rs7903146 com PCOS realizamos um meta análise, incluindo 1892 mulheres com PCOS e 2695 controles. Os resultados sugerem que o polimorfismo no gene do TCF7L2 não está associado com o risco aumentando de desenvolver PCOS em difefentes etnias (Asiáticas e não Asiáticas). No que se refere ao gene do FTO, os polimorfismos estudados também não foram associados com PCOS, mas os resultados mostram um aumento nos níveis de glicose nas pacientes que possuíam pelo menos um alelo de risco tanto para o polimorfismo rs9939609 quanto para o rs8050136. Estes resultados em conjunto sugerem que a PCOS por ser uma doença multifatorial e multigênica é difícil encontrar um único SNP responsável pelo fenótipo completo da PCOS, mas os estudos de associação em diferentes genes podem contribuir com o melhor entendimento dos diferentes fenótipos, principalmente nas características metabólicas destas pacientes. / The polycystic ovary syndrome (PCOS) is one of the most common endocrine disorders in reproductive age women, whose main clinical features are chronic anovulation and hyperandrogenism. Together with reproductive disorders, patients with PCOS frequently have obesity and insulin resistance (IR). In addition, women with PCOS have a higher risk for type 2 diabetes, dyslipidemia and hypertension and the presence of obesity may exacerbate the metabolic disturbances associated to the syndrome. The pathogenesis of PCOS is linked to greater environmental susceptibility and genetic factors and these aspects may influence the clinical presentation of the disease. Genetic variants as single nucleotide polymorphisms (SNPs) have been associated to metabolic and clinical changes. SNPs in the TCF7L2 gene have been described in association with DM2 2 and IR. Studies to date are controversial in relation to metabolic variables and their association with the SNPs of this gene in patients with PCOS. Other genes have also been studied and knowing that insulin resistance and obesity are common characteristic in patients with PCOS, the FTO gene has emerged as a possible locus to be studied. Several studies show an association with these factors in other populations. So far studies show controversial data, possibly associated to differences among ethnic groups. In addition, studies in a Latin American women population with PCOS have not been reported in the literature. We have found out that the gene TCF7L2, polymorphisms rs7903146 and rs11196236 and their haplotypes show no differences between genotypes and haplotypes for clinical and metabolic variables. However, for each T (rs7903146) and T (rs11196236) allele added to the haplotypes, a variation of 5.87 cm in waist (P trend=0.01), 10.7 mg/dl in total cholesterol (P trend=0.03), and 10.3 mg/dl in LDL-C (P trend=0.01) was recorded. Also, to verify the association of rs7903146 polymorphism with PCOS we conducted a metaanalysis including 1892 women with PCOS and 2695 controls. The results suggest that polymorphism in the gene TCF7L2 is not associated to the increased risk of developing PCOS in different ethnicities (Asian and non- Asian). As regards the FTO gene, the studied polymorphisms were not associated to PCOS, but the results show an increase in glucose levels in patients who had at least one risk allele for the polymorphism rs8050136 and rs9939609. These results together, suggest that PCOS being a multifactorial and multigenic disease is difficult to find a single SNP responsible for the complete phenotype of PCOS, but association studies in different genes can contribute to a better understanding of the different phenotypes, especially in metabolic characteristics of these patients.

A Síndrome dos Ovários Policísticos (PCOS) é uma endocrinopatia freqüente em mulheres em idade reprodutiva, sendo caracterizada por uma variedade de manifestações clínicas, incluindo resistência à insulina (RI). A adiponectina está associada com a sensibilidade à insulina e as variantes do gene desta adipocina podem estar envolvidas com aspectos fisiopatológicos da RI. No estudo 1, o objetivo foi verificar possíveis associações entre polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNPs) do gene da adiponectina (SNPs G276T, T45G, C11377G e G11391A) e a composição corporal, presença de comorbidades relacionadas à obesidade, bem como perfil hormonal e metabólico, em 80 mulheres com PCOS e 37 controles da região sul do Brasil. A análise genotípica foi avaliada por PCR convencional e digestão enzimática para os SNPs T45G e G276T, localizados no éxon 2 e íntron 2, respectivamente, e PCR em tempo real para os SNPs da região promotora, C11377G e G11391A. As pacientes com PCOS eram mais jovens do que as participantes do grupo controle (21,30 ± 6,01 e 29,86 ± 5,15 anos, p=0,0001). Pressão arterial sistólica e diastólica (p<0,03), escore de Ferriman para hirsutismo (p=0,0001) e relação cintura/quadril (p=0,002) foram mais elevados nas mulheres com PCOS, bem como triglicerídeos, colesterol total e LDLc comparado às controles (p<0,02). Os níveis de insulina em jejum, HOMA, testosterona e IAL foram também significativamente maiores em mulheres com PCOS e a concentração de SHBG mostrou-se significativamente menor do que nas controles (p=0,0001). A freqüência dos genótipos do SNP G276T para mulheres com PCOS foi de 52,6% G/G, 33,3% G/T, 14,1% T/T e para controles foi de 27% G/G, 62,2% G/T, 10,8% T/T. Para o SNP T45G a freqüência dos genótipos T/T, T/G e G/G foi de 79,5%, 17,9% e 2,6%, respectivamente, em mulheres com PCOS, e de 62,2%, 37,8% e 0%, respectivamente, nas controles. Ambos os SNPs foram associados à PCOS, sendo o genótipo polimórfico G/T+T/T do SNP G276T menos freqüente em mulheres com PCOS (p=0,010; Odds ratio: 2,992; 95% Intervalo de Confiança: 1,278-7,006) comparado a controles, enquanto que para o SNP T45G o genótipo selvagem mostrou-se mais freqüente em mulheres com PCOS (p=0,048). Na amostra estudada as freqüências dos SNPs foram similares às freqüências observadas em outras populações. Em relação aos polimorfismos da região promotora, para o SNP C11377G a freqüência genotípica foi de 52,2% para C/C, 36,2% para C/G e 11,6% para G/G em pacientes com PCOS, e em controles foi de 64,9% para C/C, 32,4 para C/G e 2,7% para G/G. A freqüência dos genótipos do SNP G11391A foi G/G 89%, G/A 9,6% e A/A 1,4% em mulheres com PCOS; e G/G 75,7%, G/A 24,3% e A/A 0% em mulheres sem a síndrome. Foram consideradas alterações polimórficas a presença de genótipos C/G+G/G para o SNP C11377G e o genótipo C/C como ausência de polimorfismo. Para o SNP G11391A considerou-se G/A+A/A a presença de polimorfismo e G/G a ausência de alteração polimórfica. Todos os SNPs estão em equilíbrio de Hardy-Weinberg. Os SNPs da região promotora do gene da adiponectina não mostraram associação com a PCOS, e não houve diferença estatisticamente significativa entre os genótipos nas variáveis clínicas, antropométricas, metabólicas e hormonais em ambos os grupos. Para o estudo 2, foi utilizada uma linhagem de camundongos obesos Neo-Zelandeses (New Zealand Obese mouse ou NZO mouse), modelo poligênico de obesidade, RI e hiperinsulinemia. As fêmeas apresentam também fertilidade reduzida. Por apresentarem características similares às observadas em pacientes com PCOS, estabeleceu-se a hipótese que estes camundongos poderiam ser um modelo promissor para o estudo da síndrome, que pudesse expressar tanto as características reprodutivas quanto metabólicas da PCOS. Os objetivos deste estudo foram caracterizar as alterações metabólicas relacionadas com resistência insulínica, os aspectos morfológicos da estrutura ovariana e os níveis de hormônios reprodutivos em fêmeas de camundongos obesos, em três diferentes etapas da vida: jovens, adultos e de meia idade, e em animais controles. As fêmeas de camundongos foram pesadas e submetidas ao teste de tolerância à insulina, e à coleta de sangue para dosagens hormonais. Os ovários foram removidos para a análise histológica. Como esperado, as fêmeas NZO apresentaram maior peso corporal (p=0,001), aumento dos níveis de glicose (p=0,007) e insulina (p=0,001) basais, bem como RI, comparado a controles. Nas NZO observou-se também um aumento no volume ovariano, menor número de corpus lúteos e número mais elevados de folículos totais (p=0,0001), representados principalmente por folículos atrésicos (p=0,03), e associados com níveis diminuídos de LH e aumentados de Estradiol, em relação as controle. Concluímos que fêmeas de camundongos obesos apresentaram ambas as características, ovariana e metabólica da PCOS humana, sugerindo ser um modelo adequado na investigação de mecanismos patofisiológicos ligados a alterações metabólicas com anormalidades reprodutivas. / Polycystic ovary syndrome (PCOS) is the most common endocrine disorder in women of reproductive age. It is characterized by many clinic manifestations, including insulin resistance (IR). Adiponectin is associated to insulin sensitivity and adiponectin polymorphisms might be related to pathophysiological aspects of IR in PCOS. In study 1, we aimed to verify the association between Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) of the adiponectin gene (SNPs G276T, T45G, C11377G and G11391A) and the body composition, obesity-associated comorbities and the hormonal and clinical profile, in 80 women with PCOS and 37 controls from south of Brazil. Genotypic analyses were evaluated by Conventional PCR and Cleavage for the G276T and T45G polimorphisms and Real Time PCR for the SNPs C11377G and G11391A. PCOS patients were younger than controls (21.30 ± 6.01 and 29.86 ± 5.15 years old, p=0.0001). Systolic and diastolic blood pressure (p<0.03), Ferriman score for hirsutism (p=0.0001) and waist/hip ratio (p=0.002) were higher in PCOS group as well as TG, CT and LDLc compared to control group (p<0.02). Fasting insulin levels, HOMA-IR index, testosterone concentrations and FAI were also significantly greater in PCOS women, but SHBG concentration was lower (p=0.0001). Genotype frequency for SNP G276T in women with PCOS was 52.6% G/G, 33.3% G/T, 14.1% T/T and for controls was 27% G/G, 62.2% G/T, 10.8% T/T. In SNP T45G the frequency for genotypes T/T, T/G and G/G was 79.5%, 17.9% and 2.6%, respectively, in PCOS women, and 62.2%, 37.8% e 0%, respectively, in controls. Both SNPs G276T and T45G were associated to PCOS, being less frequent in this group compared to controls (p=0.010 and p=0.048, respectively). Our study showed similar genotypic frequency distribution compared to other populations. For the SNP C11377G, genotypic frequency distribution was 52.2% for C/C, 36.2% for C/G and 11.6% for G/G in women with PCOS, and in controls it was 64.9% for C/C, 32.4 for C/G and 2.7% for G/G. Genotypic frequency distribution of SNP G11391A was G/G 89%, G/A 9.6% and A/A 1.4% in women with PCOS; and G/G 75.7%, G/A 24.3% and A/A 0% in healthy women. Polymorphisms were in Hardy-Weinberg equilibrium. SNPs C11377G and G11391A of the adiponectin gene were not associated to PCOS or other clinical, anthropometric, metabolic and hormonal variables in both groups. In the study 2, we studied New Zealand Obese (NZO) mice, a polygenic model of obesity, IR and hyperinsulinemia. Importantly NZO mice are poor breeders; Since they display similar metabolic features of human PCOS we hypothesized they might be a suitable model to study PCOS further. The aim of this study was to assess sex hormone levels and ovarian structure in female NZO and lean C57BL/6J control mice in three different ages: young, adult and middle age. Twenty-five NZO and twenty female control mice at three different ages (young, adult and aged) were studied. The animals were weighed, an insulin tolerance test (ITT) was carried out and the blood was collected for hormonal level measurement. The ovaries were removed for histological analysis. As expected, NZO mice presented higher BW (p=0.001), increased basal plasma glucose (p=0.007) and insulin levels (p=0.001), as well as insulin resistance compared with control mice. NZO mice showed an increased ovarian volume, reduced numbers of corpora lutea, higher total follicles numbers (p=0.0001), but an increased amount of atretic follicles (p=0.03) associated with reduced plasma luteinising hormone levels and increased estradiol levels. In conclusion, NZO mice presented both the ovarian and metabolic features of human PCOS suggesting that they are suitable for investigating pathophysiological mechanisms linking metabolic alterations with reproductive defects.

Made available in DSpace on 2015-09-17T15:24:21Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-04-17. Added 1 bitstream(s) on 2015-09-17T15:47:56Z : No. of bitstreams: 1 000845457.pdf: 1353047 bytes, checksum: bff57f8bb2b3a3f1680da63052a535e7 (MD5) / O processo de compostagem é executado por diferentes populações microbiológicas e é um sistema rico para a análise da diversidade o para o uso biotecnológico. A Fundação Parque Zoológico de São Paulo possui uma estrutura para a reciclagem e aproveitamento da água e de resíduos sólidos que gera para produzir composto orgânico utilizado em sua Fazenda para a produção de alimento para os animais. Foram obtidos amostras de DNA metagenômico de uma área de horta e de produção de capim-forrageiro, submetidas ao uso de composto orgânico, e uma terceira área de mata nativa. Além disso obteve-se 42 isolados a partir das mesmas áreas. Foi analisado a capacidade de produção de enzimas, solubilização de fosfato e produção de hormônio de crescimento vegetal. Observou-se, após sequenciamento do gene 16s rRNA, tanto dos isolados quando do DNA metagenômico (realizado em Illumina Miseq), que esses microrganismos compreendem uma população de diversos gêneros e espécies bacterianas. Os isolados apresentaram características bioquímicas de grande auxílio para uso agroindustrial, considerando que foram observadas capacidades diversas da produção de enzimas como amilases, celulases e proteases, além de a maioria ser capaz de solubilizar fosfato. Ao analisar o DNA total das 3 áreas verificou-se uma maior diversidade microbiana na área de mata nativa, enquanto nas áreas submetidas ao uso de composto orgânico e ao cultivo exaustivo houve uma menor diversidade e inclusive o desaparecimento de espécies destas áreas, quando comparadas a mata nativa. Porém ao avaliar as capacidades das bactérias em participar de ciclos biogeoquímicos úteis agronomicamente, as áreas submetidas ao composto orgânico apresentaram maior capacidade principalmente em solubilizar fosfato, o que não ocorreu na área de solo nativo / The composting process is performed by different microbiological populations and is a rich system for the analysis of diversity for the biotechnological use. The Park Foundation Sao Paulo Zoo has a structure for recycling and use of water and solid waste generated to produce organic compound used in your farm for the production of food for animals. Metagenomic DNA samples were extracted of a garden area, a grass forage production, both subject to the use of organic compound, and a third area of native forest. Furthermore there was obtained 42 microbian isolates from the same areas. The ability to produce enzymes, phosphate solubilization and production of plant growth hormone was analyzed. There was, after sequencing of the gene 16s rRNA, both isolated when the metagenomic DNA (held in Illumina Miseq), that these microorganisms comprise a population of several genera and species of bacteria. The isolates showed biochemical characteristics of great assistance to agro-industrial use, considering they were subject to several production capabilities of enzymes such as amylase, cellulase and protease, and most are able to solubilize phosphate. When analyzing the total DNA of the 3 areas there was a higher microbial diversity in native forest, while in areas subjected to the use of organic compost and cultivation, there was less diversity and species including the disappearance of these areas when compared to native forest. But when assessing the capacity of bacteria to participate in biogeochemical cycles and agronomically useful activities, the areas subjected to organic compound showed higher capacity mainly in phosphate solubilizing, which did not occur in native soil area

Made available in DSpace on 2015-09-17T15:24:23Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-05-19. Added 1 bitstream(s) on 2015-09-17T15:47:53Z : No. of bitstreams: 1 000846322_20151201.pdf: 248574 bytes, checksum: 6755b57b4d6797c9a4f5d72763bc6e05 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-12-01T09:08:34Z: 000846322_20151201.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-12-01T09:09:26Z : No. of bitstreams: 1 000846322.pdf: 1137761 bytes, checksum: bbe9bfb094663aef56d7a432ede431ba (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Estamos vivendo uma época onde os avanços das áreas ligadas a biologia são rotineiros, nos levando cada vez mais a nos habituar a experimentos com um grande número de variáveis. A tecnologia de sequenciamento de RNA (RNA-Seq) e parte deste quadro e as abordagens computacionais aplicadas neste âmbito não estão totalmente estabelecidas e necessitam de análises mais detalhadas. A partir da tabela de contagens, que sumariza cada biblioteca em uma condição experimental, propõe-se a utilização de um método variacional chamado de Suvrel, baseado na minimização de uma função custo que penaliza grandes distâncias entre elementos de mesma classe e favorece pequenas distâncias entre elementos de classes diferentes, para inferência de expressão diferencial. A aplicação do método foi realizada em uma tabela de contagens produzida após o sequenciamento, alinhamento e sumarização de 5 replicatas técnicas de RNA de referência humano juntamente com a mistura ERCC 1 e 5 replicatas técnicas de RNA de referência do cérebro humano juntamente com a mistura ERCC 2. Utilizando curvas ROC produzidas com os dados do projeto do MAQC-II, de nindo os transcritos analisados pelo projeto com log2 do fold-change maior que um limiar que varia de 0,5 a 2,0 como os verdadeiros positivos e os restantes como verdadeiros negativos, e poss vel concluir que o m etodo Suvrel tem maiores valores abaixo das curvas ROC na maior parte dos limiares. Utilizando curvas ROC produzidas com os dados do ERCC, geradas utilizando o logs das mudan cas das propor c~oes prede nidas das misturas ERCC 1 e 2 de 92 oligonucleot dios, e poss vel concluir que o m etodo Suvrel tem a maior area abaixo da curva ROC. Embora as a reas abaixo das curvas ROC sejam compar aveis as de outros pacotes (como por exemplo o edgeR), e importante ressaltar que elas foram produzidas usando um m etodo que não faz nenhum tipo de suposição quanto a distribuição associada aos reads... / We are living in a time where advances in areas related to biology are routine, taking us to accustom to experiments with large number of variables. The RNA sequencing technology (RNA-Seq) is part of this framework and computational approaches applied in this context are not fully established and require more detailed analysis. Generally, in a experiment of analysis of di erential expression, total RNA samples or messengers (mRNA) is extracted, puri ed, fragmented, sequenced, mapped, and nally counted, generating an count table that relates how many reads was aligned to a given gene in a experimental condition. From this stage, it is proposed to use a variational method, called Suvrel (Supervised Variational Relevance), based on the minimization of a cost function that penalizes large distances between the same class of elements and favors small distances between di erent classes of elements to make the inference of relevance of each gene. The application of the method was performed on count table produced after of sequencing, alignment and summarization of 5 technical replicates containing Strategene Universal Human Reference RNA (UHRR) (part of Sequencing Quality Control Consortium, SEQC) together with ERCC 1 mix, and 5 technical replicates containing Ambion's Human Brain Reference RNA (HBRR) (part of SEQC also) together with the ERCC 2 mix. Using the ROC (Receiver Operating characteristic) curves generating from data of MAC-II project, setting the transcripts with log of fold-change greater than a cuto (from 0.5 to 2.0) as true positive and the others as true negative, the curves 6.2 and 6.4 were generated. From these graphs it is possible to conclude that the Suvrel method has higher AUCs in most of cuto s. It is appropriate to note that conclusions were obtained using a method that does not make any assumption about the distribution associated with the reads, using a simple normalization (divide the counts of a gene by its standard ...

A Síndrome dos Ovários Policísticos (PCOS) é uma endocrinopatia freqüente em mulheres em idade reprodutiva, sendo caracterizada por uma variedade de manifestações clínicas, incluindo resistência à insulina (RI). A adiponectina está associada com a sensibilidade à insulina e as variantes do gene desta adipocina podem estar envolvidas com aspectos fisiopatológicos da RI. No estudo 1, o objetivo foi verificar possíveis associações entre polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNPs) do gene da adiponectina (SNPs G276T, T45G, C11377G e G11391A) e a composição corporal, presença de comorbidades relacionadas à obesidade, bem como perfil hormonal e metabólico, em 80 mulheres com PCOS e 37 controles da região sul do Brasil. A análise genotípica foi avaliada por PCR convencional e digestão enzimática para os SNPs T45G e G276T, localizados no éxon 2 e íntron 2, respectivamente, e PCR em tempo real para os SNPs da região promotora, C11377G e G11391A. As pacientes com PCOS eram mais jovens do que as participantes do grupo controle (21,30 ± 6,01 e 29,86 ± 5,15 anos, p=0,0001). Pressão arterial sistólica e diastólica (p<0,03), escore de Ferriman para hirsutismo (p=0,0001) e relação cintura/quadril (p=0,002) foram mais elevados nas mulheres com PCOS, bem como triglicerídeos, colesterol total e LDLc comparado às controles (p<0,02). Os níveis de insulina em jejum, HOMA, testosterona e IAL foram também significativamente maiores em mulheres com PCOS e a concentração de SHBG mostrou-se significativamente menor do que nas controles (p=0,0001). A freqüência dos genótipos do SNP G276T para mulheres com PCOS foi de 52,6% G/G, 33,3% G/T, 14,1% T/T e para controles foi de 27% G/G, 62,2% G/T, 10,8% T/T. Para o SNP T45G a freqüência dos genótipos T/T, T/G e G/G foi de 79,5%, 17,9% e 2,6%, respectivamente, em mulheres com PCOS, e de 62,2%, 37,8% e 0%, respectivamente, nas controles. Ambos os SNPs foram associados à PCOS, sendo o genótipo polimórfico G/T+T/T do SNP G276T menos freqüente em mulheres com PCOS (p=0,010; Odds ratio: 2,992; 95% Intervalo de Confiança: 1,278-7,006) comparado a controles, enquanto que para o SNP T45G o genótipo selvagem mostrou-se mais freqüente em mulheres com PCOS (p=0,048). Na amostra estudada as freqüências dos SNPs foram similares às freqüências observadas em outras populações. Em relação aos polimorfismos da região promotora, para o SNP C11377G a freqüência genotípica foi de 52,2% para C/C, 36,2% para C/G e 11,6% para G/G em pacientes com PCOS, e em controles foi de 64,9% para C/C, 32,4 para C/G e 2,7% para G/G. A freqüência dos genótipos do SNP G11391A foi G/G 89%, G/A 9,6% e A/A 1,4% em mulheres com PCOS; e G/G 75,7%, G/A 24,3% e A/A 0% em mulheres sem a síndrome. Foram consideradas alterações polimórficas a presença de genótipos C/G+G/G para o SNP C11377G e o genótipo C/C como ausência de polimorfismo. Para o SNP G11391A considerou-se G/A+A/A a presença de polimorfismo e G/G a ausência de alteração polimórfica. Todos os SNPs estão em equilíbrio de Hardy-Weinberg. Os SNPs da região promotora do gene da adiponectina não mostraram associação com a PCOS, e não houve diferença estatisticamente significativa entre os genótipos nas variáveis clínicas, antropométricas, metabólicas e hormonais em ambos os grupos. Para o estudo 2, foi utilizada uma linhagem de camundongos obesos Neo-Zelandeses (New Zealand Obese mouse ou NZO mouse), modelo poligênico de obesidade, RI e hiperinsulinemia. As fêmeas apresentam também fertilidade reduzida. Por apresentarem características similares às observadas em pacientes com PCOS, estabeleceu-se a hipótese que estes camundongos poderiam ser um modelo promissor para o estudo da síndrome, que pudesse expressar tanto as características reprodutivas quanto metabólicas da PCOS. Os objetivos deste estudo foram caracterizar as alterações metabólicas relacionadas com resistência insulínica, os aspectos morfológicos da estrutura ovariana e os níveis de hormônios reprodutivos em fêmeas de camundongos obesos, em três diferentes etapas da vida: jovens, adultos e de meia idade, e em animais controles. As fêmeas de camundongos foram pesadas e submetidas ao teste de tolerância à insulina, e à coleta de sangue para dosagens hormonais. Os ovários foram removidos para a análise histológica. Como esperado, as fêmeas NZO apresentaram maior peso corporal (p=0,001), aumento dos níveis de glicose (p=0,007) e insulina (p=0,001) basais, bem como RI, comparado a controles. Nas NZO observou-se também um aumento no volume ovariano, menor número de corpus lúteos e número mais elevados de folículos totais (p=0,0001), representados principalmente por folículos atrésicos (p=0,03), e associados com níveis diminuídos de LH e aumentados de Estradiol, em relação as controle. Concluímos que fêmeas de camundongos obesos apresentaram ambas as características, ovariana e metabólica da PCOS humana, sugerindo ser um modelo adequado na investigação de mecanismos patofisiológicos ligados a alterações metabólicas com anormalidades reprodutivas. / Polycystic ovary syndrome (PCOS) is the most common endocrine disorder in women of reproductive age. It is characterized by many clinic manifestations, including insulin resistance (IR). Adiponectin is associated to insulin sensitivity and adiponectin polymorphisms might be related to pathophysiological aspects of IR in PCOS. In study 1, we aimed to verify the association between Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) of the adiponectin gene (SNPs G276T, T45G, C11377G and G11391A) and the body composition, obesity-associated comorbities and the hormonal and clinical profile, in 80 women with PCOS and 37 controls from south of Brazil. Genotypic analyses were evaluated by Conventional PCR and Cleavage for the G276T and T45G polimorphisms and Real Time PCR for the SNPs C11377G and G11391A. PCOS patients were younger than controls (21.30 ± 6.01 and 29.86 ± 5.15 years old, p=0.0001). Systolic and diastolic blood pressure (p<0.03), Ferriman score for hirsutism (p=0.0001) and waist/hip ratio (p=0.002) were higher in PCOS group as well as TG, CT and LDLc compared to control group (p<0.02). Fasting insulin levels, HOMA-IR index, testosterone concentrations and FAI were also significantly greater in PCOS women, but SHBG concentration was lower (p=0.0001). Genotype frequency for SNP G276T in women with PCOS was 52.6% G/G, 33.3% G/T, 14.1% T/T and for controls was 27% G/G, 62.2% G/T, 10.8% T/T. In SNP T45G the frequency for genotypes T/T, T/G and G/G was 79.5%, 17.9% and 2.6%, respectively, in PCOS women, and 62.2%, 37.8% e 0%, respectively, in controls. Both SNPs G276T and T45G were associated to PCOS, being less frequent in this group compared to controls (p=0.010 and p=0.048, respectively). Our study showed similar genotypic frequency distribution compared to other populations. For the SNP C11377G, genotypic frequency distribution was 52.2% for C/C, 36.2% for C/G and 11.6% for G/G in women with PCOS, and in controls it was 64.9% for C/C, 32.4 for C/G and 2.7% for G/G. Genotypic frequency distribution of SNP G11391A was G/G 89%, G/A 9.6% and A/A 1.4% in women with PCOS; and G/G 75.7%, G/A 24.3% and A/A 0% in healthy women. Polymorphisms were in Hardy-Weinberg equilibrium. SNPs C11377G and G11391A of the adiponectin gene were not associated to PCOS or other clinical, anthropometric, metabolic and hormonal variables in both groups. In the study 2, we studied New Zealand Obese (NZO) mice, a polygenic model of obesity, IR and hyperinsulinemia. Importantly NZO mice are poor breeders; Since they display similar metabolic features of human PCOS we hypothesized they might be a suitable model to study PCOS further. The aim of this study was to assess sex hormone levels and ovarian structure in female NZO and lean C57BL/6J control mice in three different ages: young, adult and middle age. Twenty-five NZO and twenty female control mice at three different ages (young, adult and aged) were studied. The animals were weighed, an insulin tolerance test (ITT) was carried out and the blood was collected for hormonal level measurement. The ovaries were removed for histological analysis. As expected, NZO mice presented higher BW (p=0.001), increased basal plasma glucose (p=0.007) and insulin levels (p=0.001), as well as insulin resistance compared with control mice. NZO mice showed an increased ovarian volume, reduced numbers of corpora lutea, higher total follicles numbers (p=0.0001), but an increased amount of atretic follicles (p=0.03) associated with reduced plasma luteinising hormone levels and increased estradiol levels. In conclusion, NZO mice presented both the ovarian and metabolic features of human PCOS suggesting that they are suitable for investigating pathophysiological mechanisms linking metabolic alterations with reproductive defects.

Orientador: Lúcia Maria Carareto Alves / Banca: Rodrigo Matheus Pereira / Banca: Celso Antônio Jardim / Resumo: O processo de compostagem é executado por diferentes populações microbiológicas e é um sistema rico para a análise da diversidade o para o uso biotecnológico. A Fundação Parque Zoológico de São Paulo possui uma estrutura para a reciclagem e aproveitamento da água e de resíduos sólidos que gera para produzir composto orgânico utilizado em sua Fazenda para a produção de alimento para os animais. Foram obtidos amostras de DNA metagenômico de uma área de horta e de produção de capim-forrageiro, submetidas ao uso de composto orgânico, e uma terceira área de mata nativa. Além disso obteve-se 42 isolados a partir das mesmas áreas. Foi analisado a capacidade de produção de enzimas, solubilização de fosfato e produção de hormônio de crescimento vegetal. Observou-se, após sequenciamento do gene 16s rRNA, tanto dos isolados quando do DNA metagenômico (realizado em Illumina Miseq), que esses microrganismos compreendem uma população de diversos gêneros e espécies bacterianas. Os isolados apresentaram características bioquímicas de grande auxílio para uso agroindustrial, considerando que foram observadas capacidades diversas da produção de enzimas como amilases, celulases e proteases, além de a maioria ser capaz de solubilizar fosfato. Ao analisar o DNA total das 3 áreas verificou-se uma maior diversidade microbiana na área de mata nativa, enquanto nas áreas submetidas ao uso de composto orgânico e ao cultivo exaustivo houve uma menor diversidade e inclusive o desaparecimento de espécies destas áreas, quando comparadas a mata nativa. Porém ao avaliar as capacidades das bactérias em participar de ciclos biogeoquímicos úteis agronomicamente, as áreas submetidas ao composto orgânico apresentaram maior capacidade principalmente em solubilizar fosfato, o que não ocorreu na área de solo nativo / Abstract: The composting process is performed by different microbiological populations and is a rich system for the analysis of diversity for the biotechnological use. The Park Foundation Sao Paulo Zoo has a structure for recycling and use of water and solid waste generated to produce organic compound used in your farm for the production of food for animals. Metagenomic DNA samples were extracted of a garden area, a grass forage production, both subject to the use of organic compound, and a third area of native forest. Furthermore there was obtained 42 microbian isolates from the same areas. The ability to produce enzymes, phosphate solubilization and production of plant growth hormone was analyzed. There was, after sequencing of the gene 16s rRNA, both isolated when the metagenomic DNA (held in Illumina Miseq), that these microorganisms comprise a population of several genera and species of bacteria. The isolates showed biochemical characteristics of great assistance to agro-industrial use, considering they were subject to several production capabilities of enzymes such as amylase, cellulase and protease, and most are able to solubilize phosphate. When analyzing the total DNA of the 3 areas there was a higher microbial diversity in native forest, while in areas subjected to the use of organic compost and cultivation, there was less diversity and species including the disappearance of these areas when compared to native forest. But when assessing the capacity of bacteria to participate in biogeochemical cycles and agronomically useful activities, the areas subjected to organic compound showed higher capacity mainly in phosphate solubilizing, which did not occur in native soil area / Mestre

Made available in DSpace on 2016-08-12T18:48:44Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-06-09. Added 1 bitstream(s) on 2016-08-12T18:50:58Z : No. of bitstreams: 1 000867456.pdf: 597008 bytes, checksum: 606bb70eef526e50825cab583a7274ce (MD5) / Os genes MC4R, FABP3, DGAT1 e LEPR são de grande importância no estudo das características reprodutivas de suínos, uma vez que, estão relacionados com ingestão alimentar, taxa de crescimento, redução da gordura subcutânea e lactação. Neste sentido, objetivou-se identificar geneticamente polimorfismos do tipo SNP nos genes MC4R (SNPg.1578C>T), FABP3 (SNPg.-240T>C), DGAT1 (SNPg.9422C>T) e LEPR (SNPg.5396A>G; SNPg.5395T>A) em suínos da raça Piau e em duas linhagens maternas comerciais industriais de suínos europeus e chineses. Para isso, foi extraído DNA a partir de sangue periférico de um grupo de 304 suínos. Mediante ARMS-PCR Multiplex, foram amplificados fragmentos específicos que, posteriormente, foram genotipados em sequenciador automático para a realização da eletroforese com corantes fluorescentes. Foram encontrados SNP no gene MC4R (SNPg.1578C>T) e FABP3 (SNPg.-240T>C) para os três grupos genéticos analisados com as três variações genotípicas (CC, TT, CT e TT, TC, CC, respectivamente). O SNP (SNPg.9422C>T) do gene DGAT1 apresentou as três variações genotípicas no grupo genético de suínos europeus (CC, CT e TT). Entretanto, para os grupos genéticos Piau e europeus com raças chinesas apresentaram apenas as duas variações genotípicas de homozigotos (CC e TT). Para o gene LEPR (SNPg.5396A>G; SNPg.5395T>A) os grupos genéticos europeus com raças chinesas e Piau apresentaram os genótipos GG, AA e o grupo genético com raças europeias apresentou as duas variações genotípicas de homozigoto (GG e AA) e apenas um animal apresentou o genótipo heterozigoto (AG e TA). Os polimorfismos dos genes FABP3 (SNPg.-240T>C), DGAT1 (SNPg.9422C>T) apresentaram frequências genotípicas altas para os alelos C em relação aos alelos T e no gene MC4R (SNPg.1578C>T) apresentou menor frequência. Para os polimorfismos do gene LEPR (SNPg.5396A>G e SNPg.5395T>A) apresentou-se fixado nas populações estudadas... / The MC4R, FABP3, DGAT1 and LEPR genes are great importance in the study of traits of swine breeding, since they are related to feed intake, growth rate, reduction of subcutaneous fat and lactation. The aim of this study was to identify SNP in MC4R(SNPg.1578C> T), FABP3 (SNPg.-240T> C), DGAT1 (SNPg.9422C> T) and LEPR (SNPg.5396A> G; SNPg.5395T> A) genes in pigs of Piau breed and two commercial industrial maternal lineages of European and Chinese pigs. For this, DNA was extracted from peripheral blood of 304 pigs. By ARMS-PCR Multiplex, specific fragments were amplified and genotyped in automated sequencer to perform electrophoresis marked with fluorescent dyes. SNP were identified in the MC4R (SNPg.1578C>T) and FABP3 (SNPg.-240T> C) genes the three genotypic variations (CC, TT, CT and TT, TC, CC, respectively) were identified in all genetic groups analyzed. The SNP (SNPg.9422C> T) of DGAT1 gene presented the three genotypic variations (CC, CT and TT) in the European genetic group. However, for the Piau and Europeans with Chinese genetic groups showed only the two homozygous genotypic variations (CC and TT). For LEPR gene (SNPg.5396A>G; SNPg.5395T>A), the European genetic group with Chinese and Piau breeds showed the GG, AA genotypes and the European breeds genetic group showed two genotyps, homozygous variations (GG, AA) and only one heterozygous animal (AG, TA). Polymorphisms of FABP3 (SNPg.-240T>C) and DGAT1 (SNPg.9422C>T) genes showed high genotypic frequency for the C allele when compared to T allele and the MC4R gene (SNPg.1578C>T) showed less frequently. For polymorphisms in the LEPR gene (SNPg.5396A>G; SNPg.5395T>A) had set up in the populations studied, showing low variability within the population. All polymorphisms evaluated by analysis of variance were associated (P <0.05) with the reproductive traits and only the DGAT1 gene was associated (P <0.05) with the production for average weight at weaning and the total litter ...

Made available in DSpace on 2016-09-27T13:40:00Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-11-04. Added 1 bitstream(s) on 2016-09-27T13:45:09Z : No. of bitstreams: 1 000870647.pdf: 1368263 bytes, checksum: dbbed6b733deb8dc0c8f5c1073fd25c8 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Taenia saginata representa uma ameaça à segurança alimentar e à saúde pública devido à infecção pela ingestão de carne mal cozida e contaminada. Esta zoonose está amplamente distribuída, afetando humanos, os hospedeiros definitivos, e bovinos, hospedeiros intermediários. Além disto, a cisticercose bovina é responsável por perdas econômicas significativas devido à condenação de carcaças infectadas. A estratégia fundamental para o controle do complexo teníase-cisticercose consiste em interromper o ciclo evolutivo do parasita, evitando assim a infecção nos animais e no homem. Assim, a principal medida praticada no Brasil tem sido a inspeção de carcaças durante o abate, a qual é também a forma mais comum de diagnóstico. A insuficiente informação molecular de T. saginata tem dificultado o avanço das pesquisas para o aprimoramento de testes diagnósticos, o desenvolvimento de vacinas e a identificação de novas drogas para tratamento. Com o intuito de adquirir informação sobre o estágio de desenvolvimento metacestóide do parasita, foi utilizada a tecnologia de RNAseq para a montagem do transcriptoma de metacestóide de T. saginata. Estes dados serão úteis para estudos futuros envolvendo triagem para diagnóstico e marcadores imunoprofiláticos para a cisticercose bovina / Taenia saginata represents a threat to food security and public health in consequence of human infection by ingestion of contaminated undercooked meat. This zoonosis is worldwide distributed, affecting human, definitive host, and bovine, intermediate host. Besides, bovine cysticercosis is responsible for significant economic losses due to the condemnation of infected carcasses. The main strategy to control taeniasis-cysticercosis complex consists of interrupting the parasite's biological cycle, thus preventing human and animal infection. Therefore, in Brasil the main control measure has been the carcass inspection during the slaughter, which is also the most common diagnostic practice. Insufficient T. saginata molecular information makes difficult consistent advances to the improvement of diagnostic tests, vaccine development and the identification of new drugs for treatment. In order to gain insights about the parasite's metacestode developmental stage, RNAseq technology was used to assemble the whole transcriptome of a T. saginata metacestode. These data will also be useful for the next generation screening studies of diagnostic and immunoprophylatic markers for bovine cysticercosis

Made available in DSpace on 2016-09-27T13:40:00Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-08-03. Added 1 bitstream(s) on 2016-09-27T13:45:10Z : No. of bitstreams: 1 000868807_20170803.pdf: 1048307 bytes, checksum: 0dffab6c7285f2f758c8340bfb3f7e3b (MD5) Bitstreams deleted on 2017-08-07T14:09:10Z: 000868807_20170803.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2017-08-07T14:10:14Z : No. of bitstreams: 1 000868807.pdf: 3365386 bytes, checksum: ea272827c7ffe9fa7ea3385d0c22cf85 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Salmonella Enteritidis é um patógeno pertencente à Família Enterobacteriaceae que frequentemente está relacionada a infecções alimentares em humanos, principalmente em crianças, idosos e pacientes imunossuprimidos. A importância deste micro-organismo se dá pela sua prevalência significativa, com distribuição mundial, nos lotes de frangos de corte e de postura de ovos, levando a sérias implicações na saúde pública e ao mercado avícola. O controle eficaz da salmonelose é um desafio, pois envolve um complexo manejo dos animais e tratamento com uso de antibióticos que não garantem a eliminação da infecção. O uso de bacteriófagos líticos contra infecções bacterianas (fagoterapia) vem atender uma demanda crescente por alternativas ao tratamento antimicrobiano convencional. Todavia, a literatura tem relatado o surgimento de certa resistência bacteriana a alguns bacteriófagos líticos, como por exemplo, em Salmonella sp. Diversos são os mecanismos bacterianos de resistência aos fagos, tais como a prevenção de adsorção, o bloqueio da injeção do DNA do fago, restrição-modificação, infecção abortiva e o sistema CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeats) /Cas (CRISPR associated proteins) de imunidade adquirida. Assim sendo, o presente trabalho objetivou a caracterização molecular da resistência bacteriana de fagos líticos isolados contra cepas de Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis (SE). Para tal, os mecanismos-alvos escolhidos foram o sistema CRISPR/Cas e o bloqueio da adsorção de fagos, via lipopolissacarídeo (LPS). Nas 22 cepas de estudo, um total de 72 CRISPRs foi identificado, com 14 diferentes domínios repetitivos (DR), apresentando um total de 551 sequências de espaçadores e os genes associados cas1, cas2 e cas3. Cas 9 e cas 10 não foram identificados. Foi observado que as cepas resistentes aos fagos líticos possuíam um maior número total... / Salmonella Enteritidis is a pathogen that belongs to the Enterobacteriaceae family and is often related to infections transmitted by food in humans, especially in children, elderly and immunosuppressed patients. The importance of this microorganism is because it's significant prevalence with worldwide distribution in lots of poultry, leading to serious implications for public health and poultry industry. Effective control of salmonellosis is a challenging because involves a complex animal handling and treatment with antibiotics that do not guarantee the elimination of infection. The use of lytic bacteriophages against bacterial infections (phage therapy) meets a demand for alternatives to the conventional antimicrobial treatment. However, the literature has reported the emergence of bacterial resistance to some lytic bacteriophages, such as in Salmonella sp. There are several mechanisms of bacterial resistance to phages, such as prevention of adsorption, blocking the injection of phage DNA, restriction-modification, abortive infection and the CRISPR/Cas System acquired immunity. Thus, this research aims to study in a molecular level the bacterial resistance of lytic phages isolated from pathogenic strains of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis (SE). Two mechanisms have been chosen: the CRISPR/Cas system and blocking of phage adsorption via LPS. From 22 SE strains, a total of 72 CRISPRs was identified with 14 different repetitive domains (DR), presenting a total of 551 spacers' sequences and cas1, cas2 and cas3 CRISPR associated genes. Cas 9 and cas 10 genes weren't identified. It was observed that phage lytic resistant strains have a higher total number of spacers in the CRISPR locus in relation to sensitive strains, and this difference was statistically significant. Phylogenetic analysis of cas genes from CRISPR/Cas system, of rfaC, rfaH, cpsG, manB, manc, lpxA, lpxB and lpxC genes (related to LPS) and of... / FAPESP: 2011/11761-7

Orientador: João Aristeu da Rosa / Coorientador: Reinaldo Alves de Brito / Banca: Daniel Alfredo Frías Lasserre / Banca: Maria Tercília Vilela de Azeredo Oliveira / Banca: Cleber Galvão / Banca: Mara Cristina Pinto / Resumo: A doença de Chagas é uma das principais parasitoses que ocorrem na América Latina, cujo agente etiológico é o protozoário Trypanosoma cruzi, que é veiculado por triatomíneos. Estima-se que entre oito milhões de pessoas estejam infectadas. Rhodnius é um dos gêneros que pode veicular T. cruzi e inclui espécies estreitamente relacionadas com baixos níveis de diferenciação morfológica. Atualmente, existem 19 espécies conhecidas, entre elas, Rhodnius montenegrensis que é considerada a fim de Rhodnius robustus. Para investigar as diferenças genéticas interespecíficas dessas duas espécies utilizou-se a metodologia de larga escala RNA-seq. Por essa técnica foram geradas quatro bibliotecas de RNA total de cabeças e glândulas salivares de machos de R. montenegrensis e R. robustus. Após filtrar pela qualidade, foram realizadas montagens de novo de cada uma das espécies. Esse processo resultou em 64952 contigs para R. montenegrensis e 70894 para R. robustus com N50 de 2100 para as duas espécies aproximadamente. Com base na montagem de R. robustus, foi feita uma procura por SNPs e foram encontrados 3055 polimorfismos interespecíficos fixados. Foram selecionados 216 transcritos com alta divergência contendo apenas polimorfismos fixados entre as duas espécies. O teste de enriquecimento nesses transcritos revelou uma sobrerepresentação de oito termos relacionados ao complexo da proteína clatrina. Os resultados obtidos mostram que R. montenegrensis e R. robustus apresentam uma quantidade substancial de polimorfismos interespecíficos fixados o que sugere um alto grau de divergência genética entre as duas espécies. / Abstract: Chagas disease is one of the main parasitic diseases found in Latin America infecting an estimated eight million people worldwide. The protozoan Trypanosoma cruzi, its etiological agent, uses triatomines as a disease vector, among them the genus Rhodnius. This genus includes species that have been difficult to differentiate because they show low amounts of morphological differentiation. Despite that, there are currently 19 known species described, one of them Rhodnius montenegrensis, which has been confounded with Rhodnius robustus. Here we generated Large-scale RNA-sequencing data from heads and salivary glands to investigate genetic differences between these two species. We produced a total of four RNAseq libraries from heads and salivary glands of males of R. montenegrensis and R. robustus. de novo transcriptome assemblies produced for each species resulted in 64,952 contigs for R. montenegrensis and 70,894 contigs for R. robustus, with N50 of approximately 2100 for both species. We performed a search for SNPs based on the more complete R. robustus assembly and found 3,055 fixed interspecific differences. We identified two hundred and sixteen transcripts with high levels of divergence which contained fixed polymorphisms found between the two species. A Gene Ontology enrichment analysis revealed that these highly differentiated transcripts were enriched for the following terms: clathrin coat of endocytic vesicle, AP-2 adaptor complex, clathrin-coated endocytic vesicle, clathrincoated endocytic vesicle membrane, clathrin coat of coated pit, endocytic vesicle membrane, clathrin vesicle coat, and coated pit. The results reveal that  R. montenegrensis and R. robustus show a substantial quantity of fixed interspecific polymorphisms, a finding which suggests a high degree of genetic divergence between the two species, which likely corroborates their species status. / Doutor