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Polimorfismos nos genes que codificam a glutationa peroxidase-4, a tiorredoxina e a proteína de interação com a tiorredoxina modulam a susceptibilidade à doença renal em portadores de diabetes mellitus tipo 1 / Polymorphisms in the genes coding for glutathione peroxidase-4, thioredoxin and thioredoxin interaction protein modulate the risk for renal disease in type 1 diabetes patients

Monteiro, Maria Beatriz Camargo de Almeida 14 March 2012 (has links)
INTRODUÇÃO: evidências sugerem a participação de fatores genéticos na susceptibilidade para o desenvolvimento das complicações renais em pacientes portadores de diabetes mellitus tipo 1 (DM1). Vários genes relacionados às vias bioquímicas induzidas pela hiperglicemia têm sido investigados e o estresse oxidativo foi reconhecido como o principal mecanismo patogênico responsável pelo dano celular causado pela hiperglicemia no DM. Assim, genes que codificam enzimas que participam de vias antioxidantes endógenas são candidatos a conferirem susceptibilidade, ou proteção, contra as complicações renais. Os sistemas da glutationa, glutarredoxina, tiorredoxina e a enzima transcetolase são importantes mecanismos de defesa celular contra o estresse oxidativo. OBJETIVOS: avaliar a associação entre os seguintes polimorfismos de um único nucleotídeo (SNP) e a doença renal em pacientes diabéticos tipo 1: -2030 T/G (rs34071297) e +718C/T (rs713041) no gene que codifica a glutationa peroxidase 4 (GPX4); -3310 G/C (rs10427424) no gene que codifica a glutationa sintetase (GSS); -247 A/G (rs2978668) no gene que codifica a glutationa redutase (GSR); -2763 A/G (rs6556885) no gene que codifica a glutarredoxina (GLRX); -224 T/A (rs2301242) no gene que codifica a tiorredoxina (TXN); +402 T/C (rs7211) no gene que codifica a proteína de interação com a tiorredoxina (TXNIP); -192 G/A (rs3788319) no gene que codifica a tiorredoxina redutase 2 (TXNRD2) e -3787 T/G (rs7637934) e -1410 T/C (rs11130365) no gene que codifica a transcetolase (TKT). CASUÍSTICA E MÉTODOS: 443 pacientes (192 do sexo masculino e 251 do sexo feminino) com DM1 com mais de 10 anos de diagnóstico foram classificados conforme a presença ou ausência das seguintes complicações: (1) nefropatia diabética franca (ND), definida por macroalbuminúria a proteinúria persistente; (2) nefropatia diabética estabelecida (NDE), definida por macroalbuminúria a proteinúria persistente ou RFGe < 60 mL/min/1,73 m2 ou pacientes em terapia de substituição renal e (3) ritmo de filtração glomerular estimado (RFGe) ou < que 60 mL/min/1,73 m2. O teste de Pearson 2 foi usado para comparar as frequências dos genótipos e a magnitude de associação foi estimada pelo cálculo do odds ratios (OR). A OR ajustada foi estimada por regressão logística para possíveis fatores de confusão (sexo, idade ao diagnóstico, tempo de diabetes, HbA1c, concentrações plasmáticas de colesterol e triglicérides e presença de hipertensão arterial). Pacientes controle não diabéticos também foram incluídos para avaliar se os SNPs não confeririam susceptibilidade para o DM1. RESULTADOS: A presença de pelo menos um alelo T do polimorfismo +718C/T no gene GPX4 conferiu proteção para a presença de ND estabelecida (OR=0,41; IC 95% 0,19-0,83, p= 0,0146) e ND franca (OR=0,37; IC 95% 0,15- 0,85; p= 0,021) na população masculina mesmo após ajuste para os fatores de confusão e a presença de dois alelos polimórficos A no polimorfismo -224 T/A no gene TXN conferiu risco para a presença de ND franca na população feminina após ajuste para os fatores de confusão (OR= 4,06; IC 95% 1,59-10,6, p= 0,0035). O genótipo TT para o SNP +402 T/C do gene da TXNIP foi mais frequente nos pacientes portadores de DM1 em relação aos controles não diabéticos. O genótipo CC do SNP TXNIP +402 T/C conferiu proteção para a presença de ND estabelecida em homens mesmo após ajuste para os fatores de confusão (OR=0,45; IC 95% 0,22-0,91; p= 0,02). CONCLUSÕES: Os SNPs +718C/T (rs713041) no gene GPX4, -224 T/A (rs2301242) no gene TXN e +402 T/C (rs7211) no gene TXNIP, modulam o risco para o comprometimento renal na população de portadores de DM1 estudada / INTRODUCTION: there is evidence suggesting that genetic factors are involved in the susceptibility to the development of renal complications in patients with type 1 diabetes mellitus (DM1). Several genes related to the mechanisms of hyperglycemia-induced cell damage have been investigated. Oxidative stress is recognized as a major pathogenic factor of cellular damage caused by hyperglycemia. Thus, genes that encode enzymes involved in endogenous antioxidant pathways may be candidates for conferring risk or protection against renal complications. The glutathione, glutaredoxin, and thioredoxin systems and transketolase enzyme are important mechanisms of cellular defense against oxidative stress. OBJECTIVES: to evaluate the association between the following single nucleotide polymorphisms (SNPs) and renal disease in type 1 diabetic patients: -2030 T/G (rs34071297) and +718C/T (rs713041) in the gene encoding glutathione peroxidase 4 (GPX4); -3310 G/C (rs10427424) in the gene encoding glutathione synthetase (GSS); -247 A/G (rs2978668) in the gene encoding glutathione reductase (GSR); -2763 A/G (rs6556885) in the gene encoding glutaredoxin (GLRX); -224 T/A (rs2301242) in the gene encoding thioredoxin (TXN); +402 T/C (rs7211) in gene encoding thioredoxin interacting protein (TXNIP); -192 G/A (rs3788319) in the gene encoding thioredoxin reductase 2 (TXNRD2); - 3787 T/G (rs7637934) and -1410 T/C (rs11130365) in the gene encoding transketolase (TKT). MATERIALS AND METHODS: 443 patients (192 males and 251 females) with type 1 diabetes duration > 10 years were grouped according to presence or absence of the following complications: (1) overt diabetic nephropathy (DN) defined by persistent macroalbuminuria to proteinuria; (2) established diabetic nephropathy (EDN), defined by persistent macroalbuminuria or proteinuria or estimated glomerular filtration rate (RFGe) < 60 mL/min/1.73 m2 or patients under renal replacement therapy and (3) RFGe or < 60 mL/min/1.73 m2. Pearsons 2 test was performed to compare the genotype frequencies and magnitude of association was estimated using odds ratios (OR). Adjusted OR was estimated by logistic regression for possible confounders (sex, age at diagnosis, diabetes duration, HbA1C, cholesterol and triglyceride concentrations and the presence of hypertension). Nondiabetic subjects were also included. RESULTS: The presence of at least one T polymorphic allele of the SNP GPX4 +718 C/T was protective against EDN (OR = 0.41, CI 95% 0.19- 0.83, p= 0.0146) and against overt DN (OR=0.37; IC 95% 0.15-0.85; p= 0.021) in the male population even after adjustment for possible confounders. The presence of two polymorphic alleles of the SNP TXN -224 T/A conferred independent risk for the presence of overt DN in the female population after adjustment for possible confounders (OR = 4.06, CI 95% 1.59- 10.6, p= 0.0035). The TT genotype for the SNP TXNIP +402 T/C was more frequent in patients with type 1 diabetes compared to nondiabetic controls. The genotype CC of the SNP TXNIP +402 T/C was protective against EDN in male population even after adjustment for possible confounders (OR=0.45; IC 95% 0.22-0.91; p= 0.02) CONCLUSIONS: The SNPs GPX4 +718C/T (rs713041), TXN -224 T/A (rs2301242) and TXNIP +402T/C (rs7211) modulate the risk for renal disease in the studied population of type 1 diabetes patients
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Expressão gênica do receptor Toll-like 2 e pesquisa das variantes rs1898830 e rs4696480 em pacientes com líquen plano oral / Gene expression of Toll-like receptor 2 and search the variants rs1898830 and rs4696480 in patients with oral lichen planus

Yanaguizawa, Wellington Hideaki 11 July 2016 (has links)
O Líquen Plano Oral (LPO) é uma doença inflamatória crônica que pode apresentar quadros sintomáticos por longos períodos, afetando a qualidade de vida dos portadores desta doença. Sua etiologia ainda é desconhecida, desse modo os tratamentos disponíveis atualmente se restringem ao controle dos períodos sintomáticos. Acredita-se que a patogênese do LPO possa estar relacionada com alterações imunológicas e genéticas que levam a uma aberrante ativação das vias de sinalização dos receptores Toll-like (TLR). O objetivo deste estudo foi verificar a expressão do TLR2 e duas variantes genéticas deste receptor (rs1898830 e rs4696480) em estudo caso-controle envolvendo 91 amostras de pacientes com LPO e 83 amostras de indivíduos controles, pareados por sexo e idade. Não foram observadas diferenças na expressão do TLR2 entre grupo caso e controle, e nenhuma das variantes avaliadas foi relacionada com relação de risco para o desenvolvimento de LPO. Poucos estudos avaliaram os TLR no LPO, e os dados da literatura sugerem que a cronicidade da lesão e alterações na tolerância oral poderiam estar associadas a resposta imunológica via TLR2, que apresenta sua expressão inalterada no LPO, de forma que estudos mais aprofundados são necessários para se confirmar a real participação deste grupo de receptores no LPO. / Oral lichen planus (OLP) is a chronic inflammatory disease, which can be symptomatic for long periods, affecting the patient quality of life. LPO etiology still unknown, thus the treatments currently available are limited to symptomatic period. Probably the pathogenesis of OLP is related to immunological and genetic changes that provide aberrant Toll-like receptors (TLR) signaling. The aim of this study was to investigate the expression of TLR2 and two genetic variants of this receptor (rs1898830 and rs4696480) in a case-control study involving 91 samples from OLP patients and 83 samples from control subjects, matched for age and sex. No differenc es were observed in TLR2 expression between case and control groups, and neither of the variants was associated with an increased risk ratio for LPO development. Few studies have been conducted on TLR and OLP, and the literature suggests that the chronicity of the lesion in addition to the changes in oral tolerance may be associated with immune response through TLR2 stimulation, which shows unchanged expression in LPO. Further studies are required to confirm the actual participation of this group of receptors in OLP.
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Variação nos genes dos receptores mineralocorticoide e glicocorticoide e suas implicações proteômicas na qualidade da carne de bovinos Nelore / Variation in the mineralocorticoid and glucocorticoid receptors genes and proteomics implications for meat quality in cattle of Nellore breed

Poleti, Mirele Daiana 15 March 2013 (has links)
O eixo hipotálamo-pituitária-adrenal é o principal sistema neuroendócrino envolvido na regulação e adaptação da resposta ao estresse e, o principal hormônio secretado é o cortisol. O cortisol exerce seus efeitos por meio dos receptores mineralocorticoide (MR) e glicocorticoide (GR). Variações nos genes desses receptores têm sido associadas à sensibilidade aos glicocorticoides e mudanças no perfil metabólico. O objetivo geral desse trabalho foi compreender a variabilidade existente em relação às respostas fisiológicas de bovinos por meio da identificação de polimorfismos genéticos em genes envolvidos na resposta ao estresse e, verificar as consequências dessa variação genética em características de qualidade da carne. Dessa forma, três abordagens foram propostas: (1) avaliar a incidência de carne DFD (dark, firm and dry) e seu impacto no perfil metabólico, endócrino e características de qualidade da carne bovina, uma vez que o estresse é um dos principais fatores que levam a essa condição desfavorável; (2) avaliar a contribuição de fatores genéticos, por meio da identificação de polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs), no gene do MR e GR, e suas associações com as características mensuradas; (3) avaliar os efeitos desses polimorfismos sobre o perfil proteico do músculo bovino. Foram utilizados 241 bovinos da raça Nelore. Os resultados evidenciaram implicações direta do pH 24 horas post-mortem nos atributos de cor e perdas por cozimento da carne. A incidência de carnes DFD (pH>=5,8) foi de 18,7%. Os polimorfismos identificados mostraram influenciar em algumas características mensuradas. Os SNPs NR3C2_1 e NR3C2_2 no gene do MR foram associados ao conteúdo de glicogênio muscular e nível plasmático do hormônio adrenocorticotrófico (ACTH) post-mortem, e o SNP NR3C1_1 no gene do GR foi associado aos níveis plasmático de cortisol post-mortem. As análises proteômicas demonstraram que a maioria das proteínas reguladas por esses SNPs estão envolvidas na contração muscular, metabolismo e defesa celular. Portanto, é possível inferir que o pH tem impacto nas características de qualidade da carne e que polimorfismos em MR e o GR levam a mudanças na atividade do eixo HPA, no perfil metabólico do organismo e no perfil proteico do músculo, sugerindo que esses genes estão envolvidos em uma complexidade de funções e podendo ser alvos de estudos em sistemas de produção que visam melhorar a produtividade. / The hypothalamic-pituitary-adrenal axis is the main neuroendocrine system involved in the regulation and adaptation in stress response and the primary hormone secreted is cortisol. Cortisol exerts its effects through the mineralocorticoid (MR) and glucocorticoid (GR) receptors. Variations in the genes of these receptors have been associated with sensitivity to glucocorticoids and changes in the metabolic profile. The general objective of this work was to understand the variability in relation to physiological responses of cattle through identification of genetic polymorphisms in genes involved in stress response and, checking the consequences of this genetic variation in meat quality traits. Thus, three approaches have been proposed: (1) evaluate the incidence of DFD meat (dark, firm and dry) and its impact on metabolics, endocrines profiles and meat quality traits, since stress is the major factor that lead to this unfavorable condition; (2) evaluate the contribution of genetic factors through identification single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the MR and GR gene and its association with the measured traits; (3) evaluate the effects of these polymorphisms on the protein profile of bovine muscle. A total of 241 Nellore cattle were used. The results evidenced direct implications of 24 hours pH post-mortem in color attributes and cooking losses. The incidence of DFD meat (pH >= 5.8) was 18.7%. The polymorphisms identified demonstrated to influence some on measured characteristics. The NR3C2_1 and NR3C2_2 SNPs in MR gene were associated with muscle glycogen content and post-mortem adrenocorticotropic hormone (ACTH) plasma levels and, the NR3C1_1 SNP in GR was associated with post-mortem cortisol plasma levels. The proteomic analysis demonstrated that most proteins regulated by these SNPs are involved in muscle contraction, metabolism and cellular defense. Therefore, it is possible to infer that pH has impact on meat quality traits and MR and GR polymorphisms lead to changes in the HPA axis activity, metabolic profile and protein muscle profile, suggesting that these genes are involved in a complexity of functions and may be targets for studies on production systems to improve productivity.
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Análise de polimorfismos do gene ciclooxigenase-2 (COX-2) no câncer colorretal / Analysis of the cyclooxygenase-2 (COX-2) gene polymorphisms in colorectal cancer

Tomitão, Michele Tatiana Pereira 03 February 2016 (has links)
A População brasileira apresenta elevada diversidade genética devido à multietnicidade, que têm implicações clínicas/genéticas importantes. O estudo de genes polimórficos pode auxiliar na detecção de pessoas com maior risco de desenvolver câncer, caracterização de evolução diferenciada, resposta distinta ao tratamento quimioterápico ou radioterápico e prognóstico. A ciclooxigenase-2 (COX-2) é induzida em resposta ao fator de crescimento e citocinas, sendo expressa nas doenças inflamatórias, lesões pré-malignas e tumores colorretais. Este trabalho teve como objetivos avaliar a influência dos polimorfismos 1195A > G e 8473T > C do gene COX-2 como fatores de risco para o desenvolvimento de câncer colorretal e investigar o impacto dos polimorfismos na progressão e sobrevida de pacientes submetidos ao tratamento cirúrgico por câncer colorretal. Avaliaram-se SNPs (polimorfismos de nucleotídeo único) em 230 pacientes submetidos à ressecção cirúrgica no Hospital das Clínicas (SP), seguidos por 5 anos e 196 controles, operados por doença benigna na mesma instituição, pareados quanto ao sexo e idade, sem histórico individual ou familial de câncer. Isolou-se o DNA dos leucócitos utilizando-se do kit de extração e purificação PureLink DNA Minikit, seguido de amplificação pela reação em cadeia da polimerase (PCR). Utilizou-se a análise do PCR em Tempo Real para determinar os genoótipos os polimorfismos através dos ensaios TaqMan ® SNP Genotyping Assay. Os resultados encontrados foram associados aos dados epidemiológicos e clinicopatológicos dos pacientes. Determinaram-se as frequências genotípicas, alélicas e estimaram-se as frequências de haplótipos dos polimorfismos do COX-2 -1195A > G e 8473T > C. As populações estão em equilíbrio de Hardy-Weinberg, a exceção do grupo controle para o polimorfismo 8473T > C (p=0,02). As frequências foram similares nos grupos caso e controle para genótipos e haplótipos, portanto, não há associação entre esses polimorfismos e risco de CCR. Em relação às variáveis epidemiológicas e anatomopatológicas do grupo caso, demonstraram-se associação das mesmas com alguns perfis genotípicos. Encontrou-se frequência elevada do genótipo polimórfico -1195GG na população oriental, grupo constituído em sua maioria por japoneses, e dos genótipos 8473TC e CC em afrodescendentes (p < 0,05). Neste grupo, o genótipo -1195GG é ausente. Foi encontrada. Encontrou-se associação entre invasão angiolinfática e genótipo polimórfico 8473 CC (p < 0,05). Na análise de sobrevida, houve associação, no modelo codominante e dominante, do genótipo COX-2 -1195GG com menor sobrevida global (AAxGG: RR = 2,78; IC95% = 1,13-6,84; p < 0,020 e AA/AG x GG: RR = 2,59; IC95% = 1,07-6,27; p < 0,04), utilizando o modelo de regressão múltipla, ajustado para as variáveis de confusão. Assim, pode-se concluir que as variantes -1195A > G e 8473T > C não participam da suscetibilidade genética ao CCR na população brasileira. O polimorfismo -1195A > G, associado à menor sobrevida, pode atuar como marcador prognóstico nestes pacientes / Brazilian population displays very high levels of genomic diversity due to the multi-ethnicity, which have important clinical/genomic implications. Polymorphic genes\' study may aid in the detection of people at higher risk of developing cancer, characterization of differentiated outcome, distinctive response to chemotherapy or radiotherapy and prognosis. Cyclooxygenase-2 (COX-2) is induced in response to growth factor and cytokines, and it is expressed in inflammatory diseases, precancerous lesions and colorectal tumors. This study aimed to evaluate the influence of COX-2 -1195A> G and 8473T> C gene polymorphisms as a risk factor for developing colorectal cancer and to investigate the impact of polymorphisms on progression and survival in patients who have undergone surgical treatment for colorectal cancer. We evaluated SNPs (Single nucleotide Polymorphism) of 230 colorectal cancer resected patients admitted at the Hospital das Clinicas (SP), followed by 5 years, and 196 controls, operated for benign disease at the same institution, matched for age and sex, and no individual or familial history of cancer. DNA was isolated from leukocyte using PureLink (TM) Genomic DNA Mini Kit, followed by amplification by polymerase chain reaction (PCR). Real-time analysis was used for genotyping of polymorphisms, through the TaqMan ® SNP Genotyping Assay. The results of the polymorphisms were associated to epidemiological, clinicopathological and immunohistochemical features of the patients. Were determined genotype and allelic frequencies, and were estimated the haplotype frequencies of COX-2 -1195A > G and 8473T > C polymorphisms. The populations are in Hardy-Weinberg equilibrium, except for the control group to the 8473T > C polymorphism (p = 0,02). The frequencies were similar in case and control groups for genotypes and haplotypes, therefore, there is no association between these polymorphisms and risk of CCR. Regarding the epidemiological and pathological variables in the case group, we demonstrate their association with some genotypic profiles. A high frequency of the polymorphic genotype -1195GG was found in an Asiatic population, group composed in its majority by Japaneses, and 8473TC and CC genotypes in African descent (p < 0,05). In this group, the 1195GG genotype is absent. Association was found between angiolymphatic invasion and polymorphic genotype 8473 CC (p < 0,05). In survival analysis, there was an association, in co-dominant and dominant model, of the COX-2 genotype -1195GG with decreased overall survival (AAxGG: RR = 2,78, 95% CI 1,13-6,84; p < 0,020 and AA / AG x GG: RR = 2,59, 95% CI 1,07-6,27; p < 0,04), using the multiple regression model, adjusted for confounding variables. Therefore, -1195A variants > G and 8473T > C does not appear participate in genetic susceptibility to CCR in the Brazilian population, but the polymorphism -1195A > G, associated with decreased survival, may act as a prognostic marker in these patients
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Investigação dos polimorfismos do gene PLAC4 na população brasileira / Investigation of PLAC4 gene polymorphisms in the Brazilian population

Romão, Renata Moscolini 07 March 2012 (has links)
Duzentas amostras de DNA obtidas de voluntários brasileiros não aparentados foram triadas para SNPs em uma região de 4079 pares de bases do gene PLAC4 através de reação em cadeia da polimerase (PCR) - utilizando o kit Taq Platinum DNA polymerase (Invitrogen, USA) ciclada em termociclador Eppendorf Mastercycle Gradient (Eppendorf, Germany); e posterior sequenciamento - utilizando o kit Big Dye Terminator Cycle Sequencing v3.1 (Applied Biosystems, USA) corrida em sequenciador ABI 3100 DNA Sequencer (Applied Biosystems, USA). Sete fragmentos foram amplificados utilizando pares de iniciadores desenhados com o auxílio do programa Primer 3 baseado em uma sequência do gene PLAC4 obtida do GenBank. Dez SNPs com taxa de heterozigozidade superior a 25% foram identificados, localizados em seis dos sete fragmentos estudados, que fazem a cobertura de 93% da população brasileira. Um painel combinando estes 10 SNPs apresenta potencial utilidade clínica em um teste pré-natal não invasivo da síndrome de Down fetal baseado na abordagem SNP/mRNA / Two hundred DNA samples obtained from unrelated Brazilian individuals were screened for SNPs in a region of 4079 bp of the exon of PLAC4 gene by polymerase chain reaction (PCR) - using Taq Platinum DNA polymerase kit (Invitrogen, USA) cycled on Eppendorf Mastercycle Gradient thermocycle (Eppendorf, Germany); and subsequent sequencing using Big Dye Terminator Cycle Sequencing v3.1 kit (Applied Biosystems, USA) on ABI 3100 DNA Sequencer (Applied Biosystems, USA). Seven fragments were amplified using primer pairs designed by primer 3 software based on PLAC4 sequence obtained from GenBank. Ten SNPs with heterozigosity rate above 25% were identified, located in six of the seven fragments studied, that covers up to 93% of Brazilian population. A panel combining this 10 SNPs show potential utility in clinical setting for a noninvasive prenatal diagnostic test for Down syndrome based in the SNP/mRNA approach
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Associação entre fatores genéticos e risco aumentado de prematuridade em pacientes com antecedente de incompetência cervical / Association between genetic factors and high risk of prematurity in women with cervical insufficiency

Alves, Ana Paula Vieira Dias 08 June 2016 (has links)
A incompetência istmo cervical é uma importante causa de prematuridade. Atualmente, o componente genético está relacionado ao parto prematuro, dentre os quais os polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) de alguns genes candidatos estão associados. Os SNPs nos genes do colágeno, da matrix extracelular e das de interleucinas têm relação direta com o comprimento do colo uterino podendo relacionar-se com o encurtamento do colo uterino, como também ocorre na incompetência cervical. Este estudo tem o objetivo de associar a frequência dos SNPs dos genes do COL1 A1, COL 4A3, TGF-B e TIMP2 à história de incompetência cervical. Foi realizado estudo de caso controle com grupo de pacientes, que realizaram cerclagem do colo uterino na última gestação e o grupo de pacientes com antecedente de gestação a termo (controle). Em sangue periférico, foi extraído DNA, realizadas reações de PCR com primers específicos para os SNPs de interesse em 62 amostras preparadas para sequenciamento de última geração pelo Ion Torrent. Houve leitura satisfatória em 57 amostras, sendo 28 casos e 29 controles. A frequência do SNPS do COL1A1 no grupo caso foi de 70,4% versus 33,3% no grupo controle (p=0,03). Os SNPs do COL4A3 e do TIMP2 apresentaram associação com o antecedente de abortos totais (p=0,02 e p=0,023) e abortos tardios (p=0,001 e p=0,034); para os demais SNPs não houve diferença em frequência entre os grupos caso e controle. Foram identificados SNPs exônicos ainda não descritos na literatura. O presente estudo observou uma maior taxa de homozigoze T/T para o SNP COL1A1 no grupo caso, que é um gene associado ao metabolismo do colágeno, além de identificar SNPs ainda não descritos na literatura, que poderão ser objeto de estudo no futuro para conhecimento da sua repercussão na composição do colágeno / Cervical incompetence is one of the most important causes of prematurity. It has already been suggested that genetic factors plays a significant hole in determining the risk of preterm birth and the single nucleotide polimofisms (SNPS) from candidate genes are associated. Polymorfisms in several genes such as the collagen, the extracelular matrix and the interleucins, are related to abnormal cervical length, as it occurs in cervical incompetence. The aim of this study, was to associate the frequency of the SNPs in the COL1A1, COL4A3, TGF-B and TIMP2 genes to the cervical incompetence. We conduced a case control study with patients submitted to cervical cerclage and a control group with women who delivery at term. DNA was isolated from blood samples and amplifications of the genomic DNA were performed by PCR protocol with specific primers for the SNPs. DNA sequencing of 62 samples, was obtained from next generation sequencing on the Ion Torrent. A total of 57 samples, including 28 cases and 29 controls had results available. The frequency of the SNP in COL1A1 in the case group was 70,4% versus 33% in the control group (p=0,03). The SNPS in COL4A3 and TIMP2 were significant related to the history of miscarriages (p=0,2 and p=0,023) and fetal losses (p=0,001 and p=0,034) No significant differences were observed in the frequencies for the others SNPs in the two groups. In the present study, non described exonic SNPs were discovered. Higher frequencies of the homozygous T/T genotype in COL1A1 were observed in the case group involving the collagen metabolism and the non described exonic SNPs might be associated to collagen abnormalities in future studies
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Polimorfismos do gene BMP4 em pacientes com a síndrome dos ovários policísticos / Polimorphisms of BMP4 gene in patients with polycystic ovary syndrome

Curi, Daniella De Grande 02 December 2014 (has links)
A síndrome dos ovários policísticos (SOP) é um distúrbio endócrino complexo e heterogêneo, caracterizado por hiperandrogenismo e anovulação crônica. Dentre as manifestações clínicas do hiperandrogenismo, o hirsutismo é o mais frequente e pode estar presente em cerca de 70% das pacientes com SOP. Sabe-se que o crescimento e diferenciação do pelo são regulados por fatores locais, endócrinos, parácrinos e genéticos. No entanto, a fisiopatologia do hirsutismo ainda é pouco conhecida. O gene BMP4 (que codifica a Proteína Morfogenética Óssea-4) relaciona-se ao controle do crescimento e diferenciação do pelo, porém não há estudos sobre seu papel no hirsutismo em mulheres com síndrome dos ovários policísticos. Foram estudadas 245 mulheres, 142 SOP e 103 controles em que analisaram-se os polimorfismos rs4898820 e 538 T/C, para verificar frequências genotípicas e alélicas. Nas pacientes com SOP foi investigada a existência de associação entre esses polimorfismos e hirsutismo e parâmetros laboratoriais e clínicos. Não houve diferença significante na frequência dos polimorfismos entre os grupos. Não houve associação dos polimorfismos com hirsutismo. Quando analisados os exames laboratoriais das mulheres com SOP, houve associação do genótipo mutado do polimorfismo 538 T/C (CC) com níveis mais altos de SHBG, menores de glicemia e maior sensibilidade à insulina. Houve também associação entre os alelos mutados (CC ou TC), com menores níveis de testosterona livre. Encontrou-se diferença significante para o FSH nas portadoras do genótipo mutado para o polimorfismo rs4898820 (TT). Não houve associação dos polimorfismos com hirsutismo / Polycystic ovary syndrome (PCOS) is a complex and heterogeneous endocrine disorder characterized by chronic anovulation and hiperandrogesnism. Among the clinical manifestations of hyperandrogenism, hirsutism is the most frequent and may be present in approximately 70% of patients with PCOS. It is known that the hair growth and differentiation are coordinated by local, endocrine, paracrine and genetic factors. However, the pathophysiology of hirsutism is poorly understood. BMP-4 (Bone Morphogenetic Protein-4) is a gene involved in the hair growth and differentiation, but there are no studies about its action in hirsutism in women with polycystic ovary syndrome. A total of 245 women, 142 with PCOS diagnostic and 103 control women were studied to investigate the the allelic frequency of the single nucleotide polymorfisms rs4898820 and 538 T/C in PCOS in comparison with the control group. In PCOS group, we sought to investigate a possible association between the genetic variations and the hirsutism. There were no differences for the polymorphisms between groups. There was no association between the genotypes and the presence of hirsutism in PCOS women. When the polymorphisms were analyzed in the PCOS group, those who had homozygous genotype for 538 T/C (CC) had lower levels of SHBG, lower levels of glucose and better insulin sensitivity. Mutated allele (CC or TC), were associated with lower levels of free testosterone. Those who had the mutated genotype for the polymorphism rs4898820 (TT) had higher levels of FSH
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Estudo de polimorfismos de nucleotídeo único em genes de receptores Toll-like em pacientes com líquen plano oral e pacientes com carcinoma epidermóide de boca / Toll-like receptor single nucleotide polymorphisms in patients with oral lichen planus and oral squamous cell carcinoma

Gallo, Camila de Barros 17 October 2012 (has links)
Polimorfismos em genes de receptores Toll-like (TLR) podem modular o risco de desenvolvimento de infecção, inflamação crônica e câncer. O objetivo deste estudo foi investigar a associação de polimorfismos em TLR ao risco aumentado de desenvolvimento de câncer de cabeça e pescoço, o carcinoma epidermóide (CEC) de boca e de laringe, e lesões bucais com potencial de transformação maligna, como o líquen plano oral (LPO), incluindo lesões idiopáticas e lesões liquenóides (LLO). Para tal foi conduzido um estudo caso-controle com 40 pacientes com CEC de boca, 35 com CEC de laringe, 175 com LPO (129 idiopático e 46 LLO) e 89 controles saudáveis, todos de origem basca. Oito SNP nos TLR1, TLR2, TLR4, TLR6, TLR9 e TLR10 foram genotipados por ensaios TaqMan® ou pirosequenciamento. A análise estatística por meio do teste qui-quadrado mostrou que a variante A, para o SNP TLR2-rs4696480 aumentou significativamente o risco para o desenvolvimento de CEC de boca (p=0.03) e LLO (p=0.0223). O genótipo AT representa risco de desenvolvimento de CEC de boca aumentado em 5.3 vezes quando comparado ao genótipo TT (OR=5.3, IC95%=1.19-13.63), e genótipo AA em 6.6 vezes (OR=6.6, IC95%=1.30-33.89). Quanto ao desenvolvimento de LLO, o genótipo AT representa um aumento no risco de 4.6 vezes comparado ao genótipo TT (OR=4.6, IC95%=1.55-13.38) e o genótipo AA em 4.1 vezes (OR=4.1, IC95%=1.33-12.88). Embora os genótipos AT e AA ocorram com significativa frequência no grupo LPO idiopático (p=0.045), este SNP não foi correlacionado estatisticamente à susceptibilidade de desenvolvimento deste. O SNP TLR2-rs4696480 pode ser relevante para o risco de desenvolvimento de CEC de boca e LLO nesta população, incentivando novos estudos sobre a possível associação destes grupos de doenças e SNP no gene do TLR2, colaborando com a demonstração de polimorfismos de TLR como marcadores úteis do prognóstico e prevenção do câncer de boca. / Polymorphisms in toll-like receptor (TLR) genes may modulate the risk of infection, chronic inflammation and cancer. This study investigated whether TLR polymorphisms were associated with an increased risk of head and neck cancer, including oral (OSCC) and laryngeal squamous cell carcinoma (LSCC); and oral premalignant disorders such as oral lichenoid disease (OLD), including oral lichen planus (OLP) and oral lichenoid lesions (OLL). This case-control study included 40 OSCC, 35 LSCC, 175 OLD (129 OLP and 46 OLL) patients and 89 healthy controls, all of them from the Basque Country. Genetic polymorphisms in TLR1, TLR2, TLR4, TLR6, TLR9, and TLR10 were genotyped by TaqMan® assays or pyrosequencing. Chi-square analysis showed that the variant A for the SNP TLR2-rs4696480 increased OSCC (p=0.03) and OLL (p=0.0223) risk significantly. AT genotype increases the risk of developing an OSCC by 5.3 times compared with TT genotype (OR=5.3, 95%CI=1.19-13.63), and the AA by 6.6 times (OR=6.6, 95%CI=1.30-33.89). AT genotype increases the risk of developing OLL by 4.6 times compared with TT genotype (OR=4.6, 95%CI=1.55-13.38) and the AA by 4.1 times (OR=4.1, 95%CI=1.33-12.88). Although these mutated genotypes were significantly frequent in the OLP group (p=0.045), this SNP was not correlated with OLP susceptibility. TLR2-rs4696480 polymorphism may be relevant to OSCC and OLL susceptibility in this population; encouraging further studies to assess the possible association of this group of potentially malignant disorders and oral cancer with TLR2 SNP, which may help to demonstrate that TLR polymorphisms may be useful markers to prognosis and cancer prevention.
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Alterações genéticas no gene MTTP e sua relação com níveis de lipídeos plasmáticos e esteatose hepática em pacientes com hepatite C crônica / Genetic alterations in the MTTP gene and relation with plasma lipid levels and hepatic steatosis in patients with chronic hepatitis C

Prata, Thamiris Vaz Gago 13 February 2019 (has links)
Introdução: A progressão da hepatite C crônica para fibrose hepática envolve diversos fatores, entre os fatores metabólicos destaca-se a esteatose hepática. A esteatose hepática na infecção pelo vírus da hepatite C (HCV) é complexa e envolve fatores virais e do hospedeiro. Alguns polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNPs) parecem influenciar as concentrações dos lipídeos plasmáticos e o desenvolvimento da esteatose hepática em pacientes com HCV. Objetivo: Detectar e avaliar a influência dos SNPs -164T/C, -400A/T e H297Q no gene da proteína de transferência de triglicerídeo microssomal (MTTP) na esteatose hepática e nos níveis de lipídeos plasmáticos em pacientes com hepatite C crônica. Métodos: Os SNPs -164T/C, -400A/T e H297Q foram genotipados em 236 pacientes com hepatite C crônica do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo. A genotipagem foi realizada pela técnica de reação em cadeia da polimerase seguida de análise de polimorfismo de tamanho de fragmentos de restrição (PCR-RFLP), na qual após a amplificação de um fragmento específico do DNA foi realizada a digestão por enzimas de restrição e as bandas referentes a cada genótipo foram visualizadas em gel de agarose. Foi avaliada a associação de características com os genótipos de cada SNP em diferentes modelos genéticos (codominante, dominante e recessivo). Foram realizadas análises estatísticas bivariadas e multivariadas com o auxílio do programa IBM-SPSS. Resultados: No presente estudo, 56,4% dos participantes eram mulheres e a média de idade foi 55,5 anos (29-83 anos). O genótipo mais prevalente do SNP -164T/C foi o homozigoto selvagem (TT) e dos SNPs -400A/T e H297Q foram os heterozigotos (AT e HQ, respectivamente). As frequências dos alelos mutados dos SNPs -164T/C, -400A/T e H297Q foram de 0,30, 0,41 e 0,50, respectivamente. As distribuições genotípicas dos três SNPs no gene MTTP estão em equilíbrio de Hardy-Weinberg. O alelo mutado do SNP -164T/C foi associado com idade avançada, presença de hipertensão arterial, níveis elevados de ferro, ferritina e insulina (p < 0,05). Sendo que o nível elevado de insulina foi associado com o SNP -164T/C nos três modelos genéticos estudados. O alelo mutado do SNP -400A/T foi associado com diabetes (p=0,005) e o alelo selvagem com siderose (p=0,030) nos modelos genéticos co-dominante e dominante. O alelo mutado do SNP H297Q foi associado com o genótipo 3 do HCV (modelo co-dominante), presença de hipertensão arterial (modelos co-dominante e dominante) e nível elevado de insulina (modelo dominante) (p < 0,05). Nenhum dos SNPs foi associado com alterações nos níveis de lipídeos e com os diferentes graus de esteatose hepática. A presença do alelo mutado do SNP -164T/C em conjunto com a infecção pelo genótipo 3 do HCV, foi associada na análise multivariada com a esteatose (p=0,004). Ainda em relação ao SNP-164T/C, o nível elevado de GGT em conjunto com a presença do alelo mutado foi associado com a esteatose (p=0,006). A presença do alelo mutado do SNP -400A/T em conjunto com a infecção pelo genótipo 3 do HCV, também foi associada com a esteatose (p=0,032). A análise do SNP H297Q em conjunto com as características avaliadas não apresentou associação com a esteatose (p > 0,05). Conclusões: Foi detectada a presença de todos os genótipos dos SNPs -164T/C, -400A/T e H297Q no gene MTTP e não foram associados com alterações nos níveis de lipídeos. A esteatose hepática em pacientes com hepatite C crônica foi associada com os SNPs -164T/C e -400A/T em conjunto com a infecção pelo genótipo 3 do HCV, e com o SNP -164T/C em conjunto com elevação no nível de GGT. Portanto, em pacientes com hepatite C crônica, as características do hospedeiro e do vírus podem ser investigadas em conjunto / Introduction: The chronic hepatitis C progression to liver fibrosis involves several factors; among the metabolic factors, hepatic steatosis is observed. Hepatic steatosis in hepatitis C virus (HCV) infection is complex, involves both viral and host factors. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) seem to influence the plasma lipid concentrations and the development of hepatic steatosis in HCV patients. Objective: Detect and evaluate the influence of the -164T/C, -400A/T, and H297Q SNPs in the microsomal triglyceride transfer protein (MTTP) gene on hepatic steatosis and plasma lipid levels in patients with chronic hepatitis C. Methods: The -164T/C, -400A/T and H297Q SNPs were genotyped in 236 patients with chronic hepatitis C of the Clinical Hospital of the School of Medicine, University of Sao Paulo. Genotyping was performed by the polymerase chain reaction assay followed by restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) analysis, in which after the amplification of a specific DNA fragment, digestion was performed by restriction enzymes and each genotype bands were visualized on agarose gel. Several characteristics were evaluated with the genotypes of each SNP in different genetic models (codominant, dominant and recessive). Bivariate and multivariate statistical analyzes were performed using the software IBM-SPSS. Results: In the present study, 56.4% of the participants were women and the mean age was 55.5 years (29-83 years). The most prevalent genotype of the -164T/C SNP was the wild-type homozygous (TT) and the -400A/T and H297Q SNPs were the heterozygous (AT and HQ, respectively). The frequencies of mutated alleles in the -164T/C, -400A/T and H297Q SNPs were 0.30, 0.41 and 0.50, respectively. The genotype distributions of three SNPs in the MTTP gene were in Hardy-Weinberg equilibrium. The mutated allele of the -164T/C SNP was associated with advanced age, presence of arterial hypertension, elevated levels of iron, ferritin and insulin (p < 0.05). The elevated insulin level was associated with the SNP -164T/C in the three genetic models studied. The mutated allele of the -400A/T SNP was associated with diabetes (p=0.005) and the wild-type allele with siderosis (p=0.030) in co-dominant and dominant genetic models. The mutated allele of H297Q SNP was associated with HCV genotype 3 (co-dominant model), presence of arterial hypertension (codominant and dominant models) and elevated insulin level (dominant model) (p < 0.05). None of the SNPs were associated with alterations in lipid levels and with hepatic steatosis distinct degrees. The presence of mutated allele of the -164T/C SNP combined with HCV genotype 3 infection was associated in the multivariate analysis with steatosis (p=0.004). Also with regard to -164T/C SNP, elevated levels of GGT combined with the presence of the mutated allele were associated with steatosis (p=0.006). The presence of the mutated allele of the -400A/T SNP combined with HCV genotype 3 infection was also associated with steatosis (p=0.032). The analysis of the H297Q SNP combined with the characteristics evaluated was not associated with steatosis (p > 0.05). Conclusions: The presence of all genotypes of the -164T/C, -400A/T and H297Q SNPs in the MTTP gene was detected and was not associated with alterations in lipid levels. Hepatic steatosis in patients with chronic hepatitis C was associated with the -164T/C and -400A/T SNPs combined with HCV genotype 3 infection, and with the -164T/C SNP combined with elevated GGT level. Therefore, in patients with chronic hepatitis C, host and virus characteristics can be investigated in combination
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Estudo do polimorfismo genético de ADH1BR48H e suas associações ao câncer de cavidade oral.

Costa, Jodie do Amaral Sodario 15 March 2016 (has links)
Made available in DSpace on 2016-08-10T10:55:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 JODIE DO AMARAL SODARIO.pdf: 8284737 bytes, checksum: 0998005f311495779270bf94c7d0d236 (MD5) Previous issue date: 2016-03-15 / Oral cavity cancers are considered a public health problem throughout the world and represent the sixth most common cancer. The main risk factors include tobacco, alcohol, micronutrient deficiency and the human papillomavirus (HPV). The metabolism of alcohol depends on the alcohol dehydrogenase (ADH), a family of enzymes with high frequency of genetic polymorphisms that give different individuals a wide range of susceptibility to metabolites. Thus, different genetic polymorphisms in ADH can interfere with the individual risk of cancer associated with alcohol consumption. The aim of this case-control study was to evaluate the frequency of SNP (SNP: single nucleotide polymorphism) in ADH1B gene in 61 patients with cancer of the oral cavity and in 66 healthy controls. The molecular study employed methods including polymerase chain reaction (PCR) associated to restriction fragment analysis (RFLP). The frequencies obtained for the genetic polymorphisms were calculated and compared in both groups, as well as the possible association between these polymorphisms and the characteristics of tumors. The results showed a higher prevalence of these tumors in the male population (74.3%), at ages above 45 years (88.5%), smokers (85.2%) and alcoholic (82.0%). Among the prognostic factors evaluated, the advanced stage (III and IV) was observed in 73.8% of cases and the involvement of regional lymph nodes in 39.3% of cases. Allele frequencies for ADH polymorphism R48H on group of cases were L = 82.8 and A = 17.2%, while in the control group were 79.4% and G = A = 20.6%. The genotypic frequencies obtained for the case group were AA = 16.0%; GA = 2.0% and GG = 81.0%, while for the control group, genotype frequencies were AA = 15.0%; GA = 12.0% and GG = 74.0%. The overall survival evaluated for the group was 49.9%. Significant differences in allele and genotype frequencies were observed between the groups or between the prognostic aspects evaluated. Epidemiological data from the oral cavity cancer have shown worrying trends, stressing the importance of promoting more studies related to this particular type of cancer. / Os cânceres de cavidade oral são considerados um problema de saúde pública em todo o mundo e representam a sexta neoplasia mais comum. Os principais fatores de risco incluem o tabaco, álcool, deficiência de micronutrientes e o Papilomavírus humano (HPV). O metabolismo do álcool depende da álcooldesidrogenase (ADH), uma família de enzimas com alta frequência de polimorfismos genéticos, que conferem aos diferentes indivíduos uma grande variação de suscetibilidade aos seus metabólitos. Assim, diferentes polimorfismos genéticos na ADH podem interferir no risco individual ao câncer associado ao etilismo. O objetivo deste estudo caso-controle foi avaliar a frequência de polimorfismo de nucleotídeo único (SNP: single nucleotide polymorphism) no gene ADH1B em 61 pacientes com câncer de cavidade oral e em 66 controles saudáveis. O estudo empregou métodos moleculares incluindo a reação em cadeia da polimerase (PCR) associada à análise de fragmentos de restrição (RFLP). As frequências obtidas para os polimorfismos genéticos foram calculadas e comparadas nos dois grupos, bem como as possíveis associações entre esses polimorfismos e as características dos tumores. Os resultados mostraram uma maior prevalência desses tumores na população masculina (85,2%), em idades acima de 45 anos (88,5%), tabagistas (85,2%) e etilistas (82,0%). Dentre os fatores prognósticos avaliados, o estádio avançado (III e IV) foi observado em 73,8% dos casos e o comprometimento de linfonodos regionais em 39,3% dos casos. As frequências alélicas para o polimorfismo ADH R48Hno grupo de casos foram G=82,8 e A=17,2%, enquanto no grupo controle foram G=79,4% e A=20,6%. As frequências genotípicas obtidas para o grupo de casos foram AA=16,0%; GA=2,0% e GG=81,0%, enquanto que para o grupo controle, as frequências genotípicas foram AA=15,0%; GA=12,0% e GG=74,0%. A sobrevida global avaliada para o grupo foi de 49,9%. Diferenças significativas nas frequências alélicas e genotípicas não foram observadas entre os grupos e nem entre os aspectos prognósticos avaliados. Dados epidemiológicos do câncer de cavidade oral têm mostrado tendências preocupantes, alertando para a importância de se promover maiores estudos relacionados a este tipo particular de câncer.

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