The slave trade across the Atlantic brought an estimated four million Africans to Brazil since the beginning of the XVI century until mid-XIX century, thus contributing to the significant miscegenation of Brazil s population. The current genetic condition is a result of the interbreeding process between the Native American (Amerindian), European populations and the African population. Presently, despite this population s elevated heterogeneity, small isolated groups can still be found, as is the case of the Quilombolas, who are the product of the resistant movement against slavery imposed by Portuguese colonization. With the objective of conducting research of the genetic composition and the origin of paternal lineages in nine Afro-descendent communities of Alagoas, Brazil, 15 Y-SNP markers were analyzed by applying the SNaPshot (Applied Biosystems) method. Utilizing the updated nomenclature of the Y-Chromosome Phylogenetic Tree, it was possible to identify nine haplogroups of the Y-Chromosome in a total of 209 individuals. The calculated genetic diversity ranged from 0.2000 to 0.7190, thus evidencing against a standardized composition of this population. As a result of patriarchal domination of the Portuguese economic model of colonization in Brazil, haplogroup R1b1b2*-M269, of European origin, was observed in all populations at a frequency of 5.26 - 79.17%. Haplogroup F*(xK)-M213 was found at a rate of 4.17% and 36.84%, suggesting an origin of European male ancestry in these individuals. Seven populations corresponded to haplogroup E1b1a1*-M2, of Sub-Saharan African descent, which presented a frequency above Alagoas population diversity, varying from 13.3% to 90.0%. However, Q1a3a*-M3, of the Amerindian group was observed in only 2 chromosomes. Sub-clades of Haplogroup E, of African descent, including E1b1b1b1*M81, E1b1b1a1*-M78 and E1b1b1c*-M123 were considerably frequent among the Portuguese. Applying AMOVA test, occurrences of heterogeneity among Alagoas Quilombola population (FST=0.23964, P=0,00000±0,00000) were verified, had a genetic intrapopulation variation of 23.96%. The study revealed no significant genetic variances between populations from Alagoas, Rio de Janeiro, Portugal and the Quilombola populations of Jacu, Palmeira dos Negros, Paus Pretos, Poços do Lunga and Carrasco. However, Cajá dos Negros, Muquém, Filus and Povoado Cruz presented distinct genetic constituents, thereby highlighting the hypothesis that the aforementioned communities were originally places of refuge for slaves. An analysis of hierarchies pertaining to Y-SNP markers improved the basis of knowledge of Afro-descendant populations in Alagoas, and in union with historical and anthropological facts and demographics, establishes itself as an important instrument in the field of population genetics. / O tráfico de escravos no Atlântico trouxe cerca de quatro milhões de africanos para o Brasil desde o início do século XVI até meados do século XIX, contribuindo para demasiada miscigenação da população brasileira. O cenário genético atual é resultante do processo de mistura entre a população nativa americana (ameríndios), as populações européias e de origem africana. Atualmente, apesar da elevada heterogeneidade desta população, pequenos grupos humanos isolados ainda podem ainda ser encontrados, como é o caso das populações remanescentes de quilombos, fruto da resistência ao regime escravista imposto na então colônia pelos portugueses. Objetivando estudar a composição genética e a origem das linhagens paternas em 9 comunidades afro descendentes de Alagoas, Brasil, foram analisados 15 marcadores Y-SNPs pelo método SNaPshot (Applied Biosystems), possibilitando a identificação de 9 haplogrupos do cromossomos Y em um total de 209 indivíduos, de acordo com a nomenclatura atualizada da Árvore Filogenética do Cromossomo Y. A estimativa de diversidade genética variou de 0,2000 a 0,7190, atestando não haver uniformidade na composição genética destas populações. De origem européia, o haplogrupo R1b1b2*-M269 foi observado em todas as populações, com frequências entre 5,26 - 79,17%, resultado da dominação patriarcal resultante do modelo econômico português de colonização do Brasil. O haplogrupo F*(xK)- M213 foi encontrado com frequências entre 4,17 e 36,84%, sugerindo origem européia aos ancestrais masculinos destes indivíduos. Sete populações apresentaram para o haplogrupo E1b1a1*-M2, de origem subsaariana, frequências acima das observadas na população miscigenada de Alagoas, variando entre 13,3% e 90,0%. Já Q1a3a*-M3, característico de ameríndios, foi observado apenas em 2 cromossomos. Foram observados ainda E1b1b1b1*-M81, E1b1b1a1*-M78 e E1b1b1c*-M123, ramos do haplogrupo E, de origem africana, porém apresentando frequências consideráveis entre os portugueses. Usando o teste de AMOVA, verificou-se a ocorrência de heterogeneidade entre as populações quilombolas de Alagoas (FST=0,23964, P=0,00000±0,00000), com variação genética interpopulacional de 23,96%. O estudo revelou não haver distâncias genéticas significativas entre as populações de Alagoas, Rio de Janeiro, Portugal e as populações quilombolas de Jacu, Palmeira dos Negros, Paus Pretos, Poços do Lunga e Carrasco, enquanto que Cajá dos Negros, Muquém, Filus e Povoado Cruz apresentam-se com distintas constituições genéticas, reforçando a hipótese de que estas comunidades foram originadas de locais de refúgio de escravos. As análises hierárquicas com marcadores Y-SNPs aprimoraram o conhecimento sobre as populações afro descendentes de Alagoas e, em conjunto com dados históricos, demográficos e antropológicos, constituem uma importante ferramenta na área da genética de populações.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1165643 bytes, checksum: afd121bfd728867f85eb3916457d8ba4 (MD5) Previous issue date: 2013-07-29 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A qualidade do sêmen de reprodutores suínos pode ser avaliada de acordo com vários critérios, sendo a motilidade espermática o mais utilizado e importante. A motilidade, essencial para a fertilização, refere-se ao movimento retilíneo dos espermatozóides. Apesar da importância da avaliação de características de qualidade do sêmen de reprodutores, tradicionalmente estes animais têm sido selecionados com ênfase em características de carcaça e crescimento, com pouca atenção dispensada à sua capacidade reprodutiva. Devido ao fato de características seminais poderem ser avaliadas nos reprodutores somente após a puberdade, técnicas moleculares e genotipagem dos animais utilizando chips de alta densidade de marcadores SNPs poderiam ser utilizados como ferramentas para avaliar e melhorar a seleção para fertilidade e qualidade de sêmen em reprodutores suínos em uma idade jovem. O estudo de associação genômica ampla (GWAS) requer o conhecimento de uma associação entre um marcador genético e alguma variação no fenótipo e assume que associação significativa pode ser detectada porque os SNPs estão em desequilíbrio de ligação (LD) com as mutações causais para as características de interesse, a nível de população. Assim, este estudo foi conduzido com o objetivo de identificar, através do GWAS, marcadores SNPs e genes candidatos relacionados com motilidade espermática em duas diferentes linhas de suínos. Os dados fenotípicos são provenientes de avaliações repetidas de motilidade de espermatozóides logo após a coleta do sêmen através do método denominado CASA (Computer Assisted Sperm Analysis). Animais de duas linhas (linha 1, n=760 animais da raça Landrace e linha 2, n=645 animais da raça Large White) foram fenotipados para a construção do arquivo de dados, que possui 32884 observações para a linha 1 e 32576 para a linha 2. Um total de 1507 animais da linha 1 e 1383 animais da linha 2 foram genotipados com o uso do chip de 60K da Illumina®. Os valores genéticos dos animais foram estimados utilizando o programa ASREML e os valores genéticos desregressados foram calculados para serem utilizados no GWAS. Após o controle de qualidade, 42551 SNPs e 602 animais genotipados (linha 1) e 40890 SNPs e 525 animais genotipados (linha 2) foram utilizados no GWAS. SNPs que possuíram q-valores baseados na taxa de falsos descobertos (FDR) menores ou iguais a 0.05 foram considerados significativos. Para a linha 1 não foram encontrados SNPs significativos relacionados com motilidade. Já para a linha 2, seis SNPs localizados no cromossomo 1 (SSC1) foram significativamente relacionados com a característica estudada. Essa diferença pode ser explicada pela baixa correlação (r = 0.0926) entre os valores de LD entre marcadores calculados para as duas linhas na região que abrange os seis SNPs significativos. O alto valor médio de r2 (r2 = 0.7275), calculado para medir o LD entre os seis SNPs significativos para a linha 2, revela que todos esses SNPs podem estar ligados a um mesmo QTL. O gene metionil-tRNA formiltransferase mitocondrial (MTFMT) é um possível gene candidato controlando a característica. Esse estudo fornece marcadores SNPs e um gene candidato associados com motilidade espermática em suínos. No entanto, por ser o primeiro trabalho a encontrar tais marcadores relacionados com motilidade espermática em suínos em uma nova região do SSC1, é necessária replicação e validação do estudo em outra população para confirmação dos resultados encontrados a fim de incluir tais informações na seleção de melhores animais. / The boar semen quality can be evaluated according to several parameters. Sperm motility is the most widely used and important test. Sperm motility, essential for fertility, is measured as the proportion of sperm cells with a straightforward movement. Despite its importance, traditionally boar selection has been done based on growth rate and carcass traits and little attention has been given on their semen quantity and quality. Because reproductive traits and sperm quality traits can only be measured on boars after puberty, molecular techniques and animal genotyping using chips with high density of SNP markers could be used to evaluate and improve selection on boar fertility at a young age. The Genome Wide Association Study (GWAS) requires knowledge of an association of a genetic marker with some variation in phenotype and it assumes that significant association can be detected because the SNPs are in linkage disequilibrium (LD) with the causative mutations for the traits of interest at the population level. Therefore, this study was conducted with the objective of performing a GWAS in order to find markers and candidate genes in the pig genome associated with sperm motility in two different pig lines. The phenotypic data consisted of repeated records of fresh sperm motility evaluated with CASA (Computer Assisted Sperm Analysis), obtained from two pure dam lines: a Landrace based line (line 1), n=760 animals and a Large White based line (line 2), n=645. The phenotypic database had in total 32,884 observations for line 1 and 32,576 observations for line 2, with 43.27 ± 36.81 observations per animal for line 1 and 50.51 ± 39.15 observations per animal for line 2. The PorcineSNP60 Beadchip of Illumina (San Diego, CA, USA, Ramos et al., 2009) was used to identify the association between sperm motility and the SNP markers. After quality control, a total of 42,551 SNPs and 602 genotyped animals (line 1) and 40,890 SNPs and 525 animals (line 2) were used in the association analyses. A False Discovery Rate based q-value of 0.05 was used as threshold for significant association. Six SNPs on pig chromosome 1 (SSC1) were significantly associated with the trait in line 2, whereas no SNPs were considered significantly associated with the trait in line 1. This difference can be explained by the low correlation (r = 0.0926) between the LD measurements (r2) between markers located in the region covering the six significant SNPs for line 2, calculated for both lines. The high average value of r2 (r2 = 0.7275), calculated to measure the LD between the six significant SNPs for line 2 reveals that all these SNPs may be linked to one QTL. The mitochondrial methionyl-tRNA formyltransferase (MTFMT) is a possible candidate gene affecting sperm motility on SSC1. This study provides some SNPs markers and a candidate gene associated with the trait of interest in a novel region on SSC1. However, replication, validation in another population and confirmation of published QTL or candidate genes related to boar sperm motility in the same region that we found in this study is necessary before using such information in selection.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-02T11:18:16Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1153894 bytes, checksum: 9901a149af4914546c5701fb68fce782 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-02T11:18:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1153894 bytes, checksum: 9901a149af4914546c5701fb68fce782 (MD5) Previous issue date: 2004-07-30 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Objetivou-se, neste trabalho, detectar variantes alélicas do gene da Proteína de Ligação de Ácidos Graxos - Coração para construção de mapas de restrição e estudar as associações entre as variantes detectadas e características quantitativas avaliadas em animais F2, para possíveis aplicações em programas de melhoramento genético de suínos. A Proteína de Ligação de Ácidos Graxos - Coração (H-FABP), produto do gene FABP3, é uma proteína da família das FABPs. O gene, que está localizado no cromossomo suíno seis, foi seqüenciado em animais parentais de um cruzamento F2 entre varrões da raça nativa brasileira Piau e fêmeas comerciais (Landrace x Large White x Pietrain). Os animais tiveram seu DNA extraído de células brancas do sangue e amplificado por meio da reação de polimerização em cadeia (PCR). Os primers usados na reação foram desenhados para amplificar os quatro éxons do gene. Os fragmentos amplificados foram seqüenciados em sequenciador automático ABI PRISM 310 (Applied biosystems). Os fragmentos gerados foram comparados com a seqüência do gene depositada no GenBank. Foram notadas divergências entre as seqüências geradas e as do GenBank, tanto em alguns animais Piau quanto em algumas fêmeas comerciais. Essas alterações serviram como marcas para associações dos polimorfismos desse gene, com características quantitativas. Construiu-se um mapa de restrição, permitindo a identificação de enzimas que reconhecessem as alterações nas seqüências analisadas. Neste estudo, utilizou-se a enzima de restrição Hinf I, que reconheceu o sítio polimórfico presente no primeiro fragmento amplificado, na posição 108, caracterizado pela deleção de uma base Timina (T). Foram genotipados 246 animais F2 por meio da reação de restrição. Dois genótipos foram identificados, sendo 198 animais HH e 48 animais Hh. O polimorfismo estudado apresentou efeito significativo para as características: peso aos 63 dias de idade (p=0,1528), idade ao abate (p=0,0110), comprimento de carcaça pelo método americano (p=0,1789), espessura de toucinho imediatamente após a última costela (p=0,0449), espessura de toucinho entre a última e a penúltima vértebra lombar (p=0,1199), espessura de toucinho medida na carcaça direita resfriada na região da última costela, a partir de corte transversal no carré, a 6,5cm da linha dorso-lombar (p=0,1377), comprimento do intestino (p=0,0287), peso total de copa (p=0,1623), peso da copa sem pele e sem capa de gordura (p=0,1271), peso total de carré (p=0,0442), peso de papada (p=0,0195), peso de filezinho (p=0,0867), peso de rim (p=0,0028) e pH 45 minutos após o abate (p=0,1256). Os resultados obtidos indicam que o gene da H-FABP possui potencial para aplicação em programas de seleção assistida por marcadores moleculares para características de interesse econômico na cadeia produtiva de suínos. / The objectives of this study were to identify genetic polymorphisms in the Heart Fatty Acid Binding Protein gene for construction of restriction maps and to study associations between the polymorphisms detected and quantitative traits evaluated in F2 animals, to use in genetic improvement in animal production. The Heart Fatty Acid Binding Protein (H-FABP), the product of the gene FABP3, is a protein of the family of the FABPs. This gene, that is located in the swine chromosome number six, was sequenced in parental animals of a F2 crossing between boars of the Brazilian native breed Piau and commercial sows (Landrace x Large White x Pietrain). The DNA of animals was extracted of white cells of blood and amplified by Polymerase Chain Reaction (PCR). Primers used in the reaction were drawn to amplify four exons of the gene. The PCR products were sequenced in ABI PRISM 310 (Applied biosystems). The sequences were compared with the sequence of the gene deposited in the GenBank. Divergences between the generated sequences and the GenBank sequences were noticed in both genetics groups. A restriction map was constructed allowing the identification of enzymes that recognize the alterations in the analyzed sequences. In this study, was used enzyme of restriction Hinf I, that recognize the polymorphism in the position 108 in sequence I, characterized by the absence of a Thymine (T). Using the restriction reaction, 246 F2 animals were genotyped. Two genotypes were identified, 198 HH animals and 48 Hh animals. The polymorphism was significantly associated with: weight at 63 days of age (p=0.1528), slaughter age (p=0.0110), carcass length by the american carcass classification method (p=0.1789), backfat thickness after last rib (p=0.0449), backfat thickness between last 1st-2nd lumbar vertebrae (p=0.1199), backfat thickness after last rib, at 6.5 cm from the midline (p=0.1377), intestine length (p=0.0287), total boston shoulder weight (p=0.1623), skinless and fatless boston shoulder weight (p=0.1271), loin (bone- in) weight (p=0.0442), jowl weight (p=0.0195), sirloin weight (p=0.0867), kidney weight (p=0.0028) and pH evaluated at 45 minutes after slaughter (p=0.1256). These results show that H-FABP gene has potential for application in programs of marker assisted selection for quantitative traits in swine.

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:49:22Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-02-01. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:26:17Z : No. of bitstreams: 1 Publico-13210a.pdf: 2089186 bytes, checksum: 4bd9af1812c538db03b2120cffdc516f (MD5). Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:26:17Z : No. of bitstreams: 2 Publico-13210a.pdf: 2089186 bytes, checksum: 4bd9af1812c538db03b2120cffdc516f (MD5) Publico-13210b.pdf: 2054432 bytes, checksum: c717885187f0d071e0c0fb8d4bbfe281 (MD5). Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:26:17Z : No. of bitstreams: 3 Publico-13210a.pdf: 2089186 bytes, checksum: 4bd9af1812c538db03b2120cffdc516f (MD5) Publico-13210b.pdf: 2054432 bytes, checksum: c717885187f0d071e0c0fb8d4bbfe281 (MD5) Publico-13210c.pdf: 540730 bytes, checksum: fba8c62dcb0177a09d2fde3ef4bace9d (MD5) / A lípase hepática (HL) é uma enzima presente nos sinusoides hepáticos, responsável pela lipólise de lipoproteínas. Contém quatro sítios polimórficos: G-250A, T-710C, 763G-A, e C-514T single-nucleotide polymorphism (SNPs). O último polimorfismo é o foco do presente estudo. Os genótipos associados com o polimorfismo C-514T são CC (homozigoto normal - W), CT (heterozigoto - H) e TT (alelo homozigoto menor - M). A atividade da HL é, significativamente, diminuída nos indivíduos dos genótipos TT e CT. Um total de 58 mulheres pós-menopausas foi estudado. As participantes eram histerectomizadas e submetidas à terapia de reposição hormonal, consistindo de 0,625 mg de estrogênio equino conjugado, uma vez ao dia. Os critérios de inclusão foram: menopausa de até há três anos, resultados de exames de sangue, radiografias, citologia cérvico-vaginal e densitometria óssea normais. O DNA foi extraído a partir de células da mucosa bucal e de células de sangue periférico de todas as pacientes, utilizando-se um conjunto comercialmente disponível (GFX ® - Amersham-Pharmacia, EUA). Resultados: foram encontradas reduções estatisticamente significativas nos triglicérides (t = 2,16; n = 58, p = 0,03), mas não nos níveis de colesterol total (t = 0,14; n = 58, p = 0,89) após o tratamento. Este grupo de bons respondedores eram portadores do alelo T; os genótipos CT e TT estavam presentes com frequência significativamente maior do que no grupo de nãorespondedores (p = 0,02 ou p = 0,07, respectivamente). No entanto, nenhuma diferença significativa nos níveis de HDL-C (t = 0,94; n = 58, p = 0,35) ou LDL-C (t =- 0,83; n = 58, p = 0,41) foi encontrada nestas pacientes. Conclusões: as variações no perfil lipídico associadas ao polimorfismo C-514T são significativas e o alelo T é associado à melhor resposta à TRE. / Background: Hepatic lipase (HL), an enzyme present in the hepatic sinusoids, is responsible for the lipolysis of lipoproteins. Human HL contains four polymorphic sites: G-250A, T-710C, A-763G, and C-514T single-nucleotide polymorphism (SNPs). The last polymorphism is the focus of the current study. The genotypes associated with the C-514T polymorphism are CC (normal homozygous – W), CT (heterozygous – H), and TT (minor-allele homozygous – M). HL activity is significantly impaired in individuals of the TT and CT genotypes. A total of 58 postmenopausal women were studied. The subjects were hysterectomized women receiving hormone replacement therapy consisting of 0.625 mg of conjugated equine estrogen once a day. The inclusion criteria were menopause of up to three years and normal blood tests, radiographs, cervical-vaginal cytology, and densitometry. DNA was extracted from the buccal and blood cells of all 58 patients using a commercially available kit (GFX® - Amersham-Pharmacia, USA). Results: Statistically significant reductions in triglycerides (t=2.16; n=58; p=0.03) but not in total cholesterol (t=0.14; n=58; p=0.89) were found after treatment. This group of good responders were carriers of the T allele; the CT and TT genotypes were present significantly more frequently than in the group of non-responders (p=0.02 or p=0.07, respectively). However, no significant difference in HDL-C (t=0.94; n=58; p=0.35) or LDL-C (t=- 0.83; n=58; p=0.41) was found in these patients. Conclusions: The variation in lipid profile associated with the C-514T polymorphism is significant, and the T allele is associated with the best response to ERT. / TEDE

Submitted by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2012-10-15T19:20:49Z No. of bitstreams: 1 amanda_n_b_fontes_ioc_bcm_0050_2011.pdf: 3773109 bytes, checksum: 8933f048c4d79d33efa1313c366344a8 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-10-15T19:20:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 amanda_n_b_fontes_ioc_bcm_0050_2011.pdf: 3773109 bytes, checksum: 8933f048c4d79d33efa1313c366344a8 (MD5) Previous issue date: 2011-05-26 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Aggeu Magalhães. Recife, PE, Brasil / A hanseníase é uma doença infecto-contagiosa crônica, causada pelo Mycobacterium leprae. Após o sequenciamento do genoma deste patógeno, inúmeros esforços têm sido feitos na busca por sequências repetitivas com potencial para diferenciar isolados de M. leprae. Atualmente, VNTRs têm sido utilizados com o objetivo de compreender a diversidade genética deste patógeno em áreas com alta prevalência da doença. Além disso, SNPs também têm contribuído para elucidar aspectos referentes à disseminação da hanseníase pelo mundo. Neste estudo, a variabilidade genética de 292 isolados de M. leprae oriundos de amostras clínicas de pacientes hansenianos das regiões norte, nordeste e sudeste do país foi avaliada utilizando 16 VNTRs e três SNPs. O polimorfismo dos diferentes VNTRs foi determinado através de MLVA (Multiple-locus VNTR analysis) utilizando FLA (Fragment lenght analysis), enquanto que os SNPs foram analisados através de PCR-RFLP e/ou sequenciamento. O poder discriminatório dos 16 VNTRs foi de 0.999, sendo que as repetições de dinucleotídeos AT e o trinucleotídeo GAA21 apresentaram os maiores índices de discriminação alélica. Além da genotipagem de isolados de M. leprae de biópsias de pele, material de linfa fixado em lâmina de baciloscopia também foi utilizado como uma fonte alternativa para obtenção de DNA deste bacilo. Com relação à genotipagem por SNP, foi possível observar a predominância do genótipo 3, associado à população européia, em Rondônia, Rio de Janeiro e São Paulo. Já o genótipo 4, oriundo da África Ocidental, foi predominante em Pernambuco e Fortaleza. A presença dos diferentes genótipos e sua predominância em determinadas áreas corroboram com o processo de colonização do país que se reflete na atual composição étnica da população brasileira. Com base nos perfis obtidos através dos VNTRs e SNPs, foram identificados seis grupos geneticamente idênticos: quatro do Ceará, um de Rondônia e outro formado entre amostras de Minas Gerais e São Paulo. Nenhuma associação entre os pacientes enquadrados nos grupos da região norte e sudeste do país foi estabelecida. Todavia, foi possível observar que os grupos foram formados entre indivíduos oriundos de mesmo estado ou região geográfica. Com relação aos grupos formados entre as amostras do Ceará, associações entre o gênero masculino e o local de origem das amostras foram estabelecidas com base nos genótipos de M. leprae, sugerindo que estes seriam fatores de risco para a transmissão da hanseníase. Neste estudo, também foi possível avaliar amostras de pacientes com hanseníase recidiva para quatro VNTRs e os achados sugerem que estes pacientes foram re-infectados ou que houve mudança da população bacteriana durante a recidiva da doença. Os resultados comprovam que a genotipagem de M. leprae é uma ferramenta importante na elucidação de aspectos relativos à transmissão e disseminação da doença pelo mundo. / Leprosy is a chronic infectious disease caused by Mycobacterium leprae. After sequencing the genome of this pathogen, numerous efforts have been made to identify repetitive sequences with potential to differentiate isolates of M. leprae. Currently, VNTRs have been used in order to understand the genetic diversity of this pathogen in areas with high prevalence of leprosy. Another form of genetic polymorphism, namely single nucleotide polymorphisms (SNPs), elucidated aspects related to the spread of leprosy in the world. In this study, the genetic variability of 292 M. leprae isolates from clinical leprosy patients from the north, northeast and southeast of the country, were analyzed for composition of 16 VNTRs and three SNPs. The genetic variability of different VNTRs was evaluated by MLVA (Multiple-locus VNTR analysis) using FLA (Fragment length analysis) while the SNPs were analyzed by RFLP-PCR and/or sequencing. The discriminatory power of 16 VNTRs was 0.999 and the AT dinucleotides and the GAA21 trinucleotide demonstrated the higher rates of allelic discrimination. In addition to the genotyping of isolates of M. leprae derived from skin biopsy samples, lymph fixed in ZN slides was also used as an alternative source to obtain DNA. By SNP typing, we observed the high prevalence of genotype 3, previously associated with Europeans, in the states of Rondônia, Rio de Janeiro and São Paulo. On the other hand, genotype 4, originating from Western Africa, was predominant in Pernambuco and Fortaleza. The presence of different genotypes and their prevalence in certain areas of Brazil is in accordance to the country’s history of colonization which reflects in the current ethnic composition of the population. Based on the VNTR and SNP profiles, six identical groups of two isolates each were identified: four from Ceará, one from Rondônia and another composed of samples from Minas Gerais and São Paulo. No association between patients from north and southeast of the country was established, however, most groups were composed by patients from the same state or geographic region. When performing an analysis of genotype similarity with patient data in groups from Ceará, we observed association of male gender and place of origin with M. leprae genotype grouping, suggesting these could be risk factors for transmission of leprosy. In this analysis, patients with leprosy relapse were also analyzed for four VNTRs and the results suggest the occurrence of re-infection or of bacterial population shift during disease relapse. The results of this study demonstrate that genotyping of M. leprae is an important tool to elucidate aspects of transmission and spread of disease in the world.

A infecção pelo vírus da hepatite C (VHC) é uma das mais comuns infecções ao redor do mundo. Aproximadamente, 20% dos pacientes infectados eliminam espontaneamente o vírus, porém a maioria dos indivíduos infectados desenvolve infecção crônica com amplo espectro de lesões hepáticas, desde inflamação leve até cirrose. A resposta imune do hospedeiro exerce grande influência sobre o desfecho da infecção pelo VHC. O objetivo deste trabalho foi analisar a influência dos polimorfismos genéticos de citocinas na susceptibilidade ou persistência da infecção por VHC e no clareamento espontâneo em uma amostra de pacientes da população do Rio de Janeiro (Brasil). Os polimorfismos genéticos das citocinas TNFA (-308), TGFB1 (codon 10 e 25), IL10 (-1082, -592), IL6 (-174) e IFNG (+874) foram analisados por PCR-SSP em 245 pacientes com hepatite C crônica (HCC), 41 pacientes que alcançaram o clareamento viral espontâneo e 189 indivíduos controle saudáveis. Além disso, os polimorfismos próximos ao gene da citocina IL28B (rs12979860, rs12980275 e rs8099917) foram analisados por PCR em tempo real em todos os grupos. O grau de fibrose e inflamação, a resposta ao tratamento e o genótipo do vírus também foram levados em consideração quanto ao desfecho da HCC Os genótipos IL28B rs12979860 CC e CT e rs12980275 AA e AG foram significativamente associados ao clareamento espontâneo e à resposta à terapia anti-viral. Da mesma forma, o alelo C (rs12979860) e o alelo A (rs12980275) foram significativamente maior no grupo Clareamento. O alelo C de IL6 (-174) foi associado com o Clareamento. Nenhuma associação entre as demais citocinas e o desfecho da HCC foi encontrada. O Genótipo TNFA (-308) GG parece estar associado com menor grau de inflamação. Além disso, a etnia auto declarada influencia a distribuição dos polimorfismos em IL6 (-174) e IL28B rs12979860 e rs8099917. Nossas observações indicam que os polimorfismos próximos ao gene da IL28B estão associados com o clareamento viral e resposta ao tratamento na população do Rio de Janeiro. Além disso, nossos resultados podem ser úteis para futuras investigações entre os polimorfismos de citocinas e a infecção por VHC numa população heterogênea como a Brasileira. / Hepatitis C virus infection is one of the most common blood-borne infections worldwide. Approximately, 20% of infected patients successfully eliminate the virus, whereas the majority of patients develop chronic infection with a wide spectrum of liver lesions, ranging from a minimal inflammation to cirrhosis. The host's immune response is an important correlate of HCV infection outcome and disease progression. The aim of this study was to explore the possibility of the inheritance of cytokine gene polymorphisms as a candidate for susceptibility to persistent HCV infection or HCV clearance in a sample of Rio de Janeiro (Brazil) population. Genetic polymorphisms in the cytokines TNFA (-308), TGFB1 (codon 10 and 25), IL10 (-1082, -592), IL6 (-174) and IFNG (+874) were analyzed by polymerase chain reaction-sequence-specific primer (SSP) in 245 chronic hepatitis C (HCC) patients, 41 spontaneous recovery (SR) patients and 189 healthy volunteers. Further, IL28B (rs12979860, rs12980275 and rs8099917) were assessed by real-time PCR in all groups. Liver fibrosis and inflammation staging, response to treatment and virus genotype were also tested to influence in HCV chronic infection. IL28B rs12989760 CC and rs12980275 AA genotypes were significantly associated with spontaneous recovery of HCV infection and response to therapy. Likewise, C allele (rs12979860) and A allele (rs12980275) were also more frequent in SR group, while C allele of IL6 (-174) is associated with persistence to HCC. No association was found between other cytokine gene polymorphism and susceptibility to HCV infection and response to treatment. Multivariate analysis showed male, IL28B rs12979860 CT and TT and TGFB1 (codon 10) TC genotypes to be factors associated with HCC. TNFA (-308) GG genotype seems to be associated with moderate stage of inflammation. Also, ethnicity according self-declared is supposed to influence the distribution IL6 (-174) and IL28B rs12979860 and rs8099917 polymorphisms. These results suggest that the IL28B polymorphisms are associated with spontaneous clearance of HCV and response to therapy in a Brazilian population. Moreover, these results could be useful to further association between cytokine polymorphism and HCV infection outcome in Brazilian admixture population.

Introdução: O vírus da hepatite C (HCV) possui distribuição mundial, ocorrendo em indivíduos de todas as idades e etnias. Cerca de 80% dos casos de hepatite C aguda progridem para infecção crônica e 10-20% desses casos desenvolverão complicações de doença hepática crônica, como cirrose hepática, dentro de duas a três décadas e 1-5% vão desenvolver câncer de fígado. Estudos indicam que o polimorfismo rs738409 do gene PNPLA3 pode estar relacionado ao desenvolvimento da esteatose hepática e à progressão da fibrose. O presente estudo avaliou a associação entre o polimorfismo rs738409 presente no gene da PNPLA3 e presença de esteatose e o grau de fibrose em pacientes com hepatite C crônica. Métodos: Foram selecionados 314 pacientes com hepatite C crônica atendidos no Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo. Foi realizada a genotipagem do polimorfismo rs738409 (I149M) do gene PNPLA3, utilizando a técnica de reação em cadeia da polimerase - análise de tamanho de fragmentos de restrição (PCR-RFLP). Resultados: Dos pacientes incluídos no estudo, 133 (45,9%) apresentaram o genótipo CC, 63 (21,7%) o genótipo CG e 94 (32,4%) o genótipo GG. Idade, infecção pelo vírus da hepatite C genótipo 3, moderada ou alta atividade inflamatória (A2-A3), IMC elevado, nível elevado de GGT e presença do alelo G (GG ou GC) mantiveram-se associados à esteatose hepática na análise multivariada. Permaneceram associados à fibrose avançada: idade, sexo masculino, níveis elevados de AST e GGT, moderada ou alta atividade inflamatória (A2-A3) e presença de esteatose hepática ( > 5%) na análise multivariada. Conclusões: Observou-se associação entre o polimorfismo rs738409 do gene PNPLA3 e esteatose hepática nos pacientes com hepatite C crônica, mas essa associação não foi encontrada com fibrose avançada / Introduction: The hepatitis C virus (HCV) has a worldwide distribution, occurring in individuals of all ages and ethnicities. About 80% of acute hepatitis C cases progress to chronic infection and 10-20% of these cases will develop the complications of chronic liver disease such as liver cirrhosis, within 2 to 3 decades, and 1-5% will develop liver cancer. Studies indicate that the rs738409 polymorphism of the PNPLA3 gene may be related to the development of hepatic steatosis and fibrosis progression. The present study evaluated the association between the rs738409 polymorphism present in the PNPLA3 gene and the presence of steatosis and the degree of fibrosis in patients with chronic hepatitis C. Methods: Three hundred and fourteen patients with chronic hepatitis C assisted at the Clinical Hospital of the Medical School of the University of São Paulo were selected. Genotyping for the PNPLA3 rs738409 (I149M) polymorphism was performed by a polymerase chain reactionrestriction fragment length polymorphism assay (PCR-RFLP). Results: Of the patients included in the study, 133 (45.9%) had the CC genotype, 63 (21.7%) the CG genotype and 94 (32.4%) the GG genotype. The multivariate analysis showed an association between hepatic steatosis and age, infection with hepatitis C genotype 3, moderate or high inflammatory activity (A2-A3), high BMI, high level of GGT and presence of the G allele (GG or GC). Furthermore, multivariate analysis also showed an association between advanced fibrosis and male gender, high levels of AST and GGT, moderate or high inflammatory activity (A2-A3) and the presence of hepatic steatosis ( > 5%). Conclusions: It was observed an association between PNPLA3 rs738409 polymorphism and hepatic steatosis in patients with chronic hepatitis C but this association was not found with advanced fibrosis

A pigmentação humana é uma característica variável e complexa determinada por fatores genéticos e hormonais, exposição à radiação ultravioleta, idade, doenças, entre outros. Alguns polimorfismos em genes de pigmentação têm sido associados com a diversidade fenotípica de cor da pele, cabelo e olhos e em populações homogêneas. A técnica denominada Fenotipagem Forense pelo DNA (FDP) vem beneficiando a ciência forense em vários países e auxiliando investigações criminais por ser capaz de sugerir, com boa precisão, os possíveis fenótipos para as características externamente visíveis (EVCs) em amostras de origem desconhecida. No presente trabalho foram avaliadas as associações entre os SNPs presentes nos genes SLC24A5 (rs1426654; rs16960620; rs2555364), TYR (rs1126809) e ASIP (rs6058017) com cor de pele, cabelo e olhos em indivíduos da população brasileira para apontar o possível uso desses marcadores na prática forense em populações miscigenadas. Os voluntários responderam um questionário no qual fizeram a autodeclaração dessas características e estes dados foram usados para as comparações entre genótipos e fenótipos. Os resultados mostraram que para os SNPs rs2555364 e rs1426654 o alelo ancestral esteve associado com as características cor de pele negra, cabelos castanhos ou pretos e olhos castanhos. Além disso, o alelo ancestral do SNP rs6058017 foi significativamente associado com cor de pele negra e olhos castanhos. Inversamente, os alelos variantes destes SNPs são correlacionados com características de pigmentação clara para as EVCs avaliadas, corroborando os estudos prévios realizados em diferentes populações. Esses resultados mostram que a informação molecular pode ser útil para a inferência de EVCs, e a técnica de FDP é uma importante ferramenta para estudos forenses em amostra brasileira / Human pigmentation is a variable and complex trait determined by genetic and hormonal factors, exposure to ultraviolet radiation, age, diseases, among others. Some polymorphisms in pigmentation genes have been associated with the phenotypic diversity of skin, hair and eyes color in homogeneous populations. Forensic DNA Phenotyping (FDP) is benefiting forensic science in several countries, helping in criminal investigations due to its ability to suggest, with good accuracy, the possible phenotypes for externally visible characteristics (EVCs) in samples of unknown origin. Herein, we evaluated the associations between the SNPs present in the genes SLC24A5 (rs1426654; rs16960620; rs2555364), TYR (rs1126809) and ASIP (rs6058017) with skin, hair and eyes color in individuals of the Brazilian population in order to point out the possible use of these markers in forensic practice in admixed populations. The volunteers answered a questionnaire in which they self reported these characteristics for comparison between genotypes and phenotypes. The results showed that for the SNPs rs2555364 and rs1426654 the ancestral allele was associated with characteristics of black skin color, brown or black hair and brown eyes. In addition, the ancestral allele of the SNP rs6058017 was significantly associated with black skin color and brown eyes. Inversely, the variant alleles of these SNPs are correlated with fair pigmentation characteristics for the evaluated EVCs, corroborating the previous studies performed in different populations. These results show that molecular information may be useful for the inference of EVCs, and the FDP technique is an important tool for forensic studies in a Brazilian sample

O câncer no colo do útero é o segundo tipo de neoplasia maligna mais prevalente nas mulheres no mundo todo e o seu rastreamento é realizado através do exame microscópico das células esfoliadas da mucosa cervical, o teste de Papanicolaou. Partindo-se da premissa que a infecção por Papilomavírus Humano oncogênico (HRHPV) é condição necessária para o desenvolvimento desta neoplasia, tem-se avaliado a possibilidade de empregar-se para a mesma finalidade, o rastreio, métodos que detectam o material genético viral. Estudos recentes demonstraram que estes testes moleculares apresentam maior sensibilidade e a substituição do teste citológico pelos moleculares vem ocorrendo em alguns países. O monitoramento da resposta ao tratamento das pacientes com câncer cervical é realizado por meio de testes inespecíficos como exames de imagem. Portanto, é desejável o desenvolvimento de um teste específico, não invasivo capaz de detectar precocemente a recidiva. Este estudo investigou a freqüência e os tipos de HPV presentes em tumores cervicais de pacientes brasileiras, e verificou a ocorrência de resultados HPV-negativos pelos testes moleculares, procurando investigar as causas de possíveis falhas dos testes. Além disso, padronizou e avaliou uma reação de PCR em tempo real capaz detectar o DNA do HPV-16 e 18 no plasma das pacientes. Foram incluídas no estudo 104 pacientes com diagnóstico confirmado de câncer cervical atendidas em três hospitais oncológicos do Estado de São Paulo, ICESP, IBCC e HC-Barretos, no período de novembro de 2009 a julho de 2011. Foram coletados um fragmento do tumor cervical e sangue total. O DNA extraído dos tumores foi submetido a genotipagem do HPV por meio da utilização dos kits Linear Array HPV Genotyping Test (LA) e PapilloCheck®, além de PCRs tipo específicas para HPV-16, 18 e 45. Amostras que apresentaram resultado HPV-negativo no PapilloCheck®, tiveram parte da região E1 seqüenciada para verificar potenciais causas do resultado falso-negativo. A amostra de plasma das pacientes que apresentavam HPV-16 e/ou 18 no tecido tumoral foi submetida à PCR em tempo real para avaliar a presença do DNA do HPV no plasma. Das 104 amostras de tecido tumoral, 103 foram positivas para HPV, sendo que os HPV-16 e 18, como infecção simples, foram os encontrados com maior freqüência (48,5%). Os testes LA e PapilloCheck® apresentaram 65,4% de concordância total. O PapilloCheck® apresentou 12,5% de resultados falso-negativos (N=13). A principal hipótese para explicar esses resultados é a presença de mutações na região de hibridização dos iniciadores e/ou das sondas. A reação de PCR em tempo real específica para HPV-16 e 18 padronizada no estudo apresentou baixa sensibilidade, mas alta especificidade e não deve ser utilizada como teste diagnóstico para o câncer cervical. A relação entre DNA de HPV no plasma e o prognóstico da paciente deve ser explorada no futuro / Invasive cervical cancer is the second most common cancer among women worldwide and screening programs are based on microscopical examination of cells exfoliated from the cervical mucosa, the Papanicolaou test. Since the infection by an oncogenic HPV (HR-HPV) has been shown to be necessary for the development of this neoplasia, molecular assays are being evaluated for the same application, primary screening. Indeed, recent studies showed these methods to be more sensitive and therefore are replacing the cytological test in many countries. Post treatment surveillance of invasive cervical cancer patients are made by unspecific tests as imaging exams. Hence, the development of a specific non invasive test able to detect premature recurrence is desired. This study investigated the HPV frequency and types on invasive cervical tumors among Brazilian patients observing the occurrence of HPV-negative results on molecular tests, trying to addrees the causes for the putative failures. Moreover, we standardized and evaluated a real time PCR method for HPV-16 and 18 DNA detection on patients plasma. One hundred and four women with invasive cervical cancer were recruited in three oncologic hospitals from São Paulo State, ICESP, IBCC and HCBarretos, in between November 2009 and July 2011. Tumor tissue and whole blood were collected. DNA extracted from the tumors were submitted to HPV detection and genotyping tests such as the Linear Array HPV Genotyping Test (LA) and PapilloCheck®, besides type specific PCRs for HPV-16, 18 e 45. Samples that showed an HPV-negative result on the PapilloCheck® were submitted to direct sequencing of E1 region to verify potential mismatches responsible for that. Plasma samples from patients with tumor tissue positive for HPV-16 and/or 18 were submitted to the real time PCR to evaluate the HPV DNA presence on plasma. Out of 104 cervical carcinomas, 103 were HPV positive, HPV-16 and 18, as single infection, were the most frequent types observed (48.5%). LA and PapilloCheck® showed 65.4% of total agreement. PapilloCheck® displaied 12.5% of false-negative results (N=13). The major hypothesis to explain these results is the presence of mismatches to the primers and/or probes annealing regions. Real time PCR specific for HPV-16 and 18 developed in this study showed low sensitivity, but a high specificity and cannot be used as an invasive cervical cancer diagnostic tool. The relationship between the presence of HPV DNA in the plasma and the patient prognostic shall be evaluated in the future

Introdução. A paracoccidioidomicose (PCM) é uma micose sistêmica crônica, endêmica na América Latina, principalmente Brasil, sendo a oitava causa de morte entre as doenças infecciosas crônicas recorrentes. A PCM infecção é caracterizada por uma resposta Th1, a forma aguda por um perfil misto da resposta Th2/Th9, enquanto na forma crônica caracteriza-se pelo perfil Th17/Th22. A ocorrência e gravidade da PCM humana podem também estar associadas a fatores genéticos como os polimorfismos dos genes de citocinas. Objetivos. 1. Descrever a frequência dos polimorfismos de (SNPs) IFNG +874 T/A, IL12B 3\' UTR +1188 A/C e IL12RB1 11014 A/G no éxon 7 em pacientes e controles; 2. Investigar a associação entre esses polimorfismos e as diferentes formas clínicas da micose; 3. Verificar se há associação entre esses polimorfismos e a secreção das citocinas IFN-y, IL-12p40 e IL-12p70. Materiais e Métodos. 143 pacientes com PCM foram incluídos (40 com a forma aguda, 100 com a forma crônica multifocal e 17 unifocal). Critérios de inclusão: ter doença ativa (DA) comprovada por exame micológico ou histopatológico positivo ou presença de anticorpos anti-Paracoccidioides brasiliensis (>= 1/32 por contraimunoeletroforese) ou ter doença curada/tratada (CT) quando comprovada anteriormente pelos critérios de DA e atualmente com títulos de anticorpos estáveis e <= 4 em dois períodos com intervalo >= 6 meses. Analisaram-se os SNPs IFNG pela técnica de PCR-ARMS (\"Polymerase Chain Reaction - Amplification Refractory Mutational System\"), IL12B e IL12RB1 por RFLP (\"PCR-Restriction Fragment Lenght Polymorphism\"). Para a dosagem de citocinas foram utilizadas as técnicas de ELISA (n=29) e CBA (\"Cytometric Bead Array\"; n= 18), sendo considerados estatisticamente significantes, os valores de p < 0,05 para os testes de x2 e o teste de Kruskal-Wallis, com pós-teste de Dunn. Resultados. O genótipo AA do SNP IL12RB1 foi mais frequente na forma crônica multifocal e o genótipo AG, na forma unifocal masculina (p= 0,048). À análise desta forma clínica entre ambos os sexos, o genótipo AG foi também mais frequente no sexo masculino (p= 0,009). Segundo a etnia, foi demonstrada diferença estatisticamente significante nas frequências dos genótipos e alelos dos SNPs IFNG e IL12RB1 (p < 0,05). Em relação às formas clínicas da PCM, houve similaridade nas frequências dos genótipos e alelos dos SNPs estudados. Quanto aos níveis das citocinas, para os SNPs IFNG, IL12B e IL12RB1, maiores níveis de secreção de citocinas, frente a PHA, foram registrados nos grupos CT e CO em relação ao DA, sugerindo relação com a evolução da doença e com a imunossupressão já descrita na doença ativa. Conclusão. Não houve associação entre os SNPs IFNG, IL12B e IL12RB1 e as diferentes formas da doença quando todos os pacientes foram analisados; no sexo masculino, sugere-se que o genótipo AA esteja associado à doença crônica mais disseminada (IL12RB1). Houve diferença significante entre as etnias nos SNPs IFNG e IL12RB1, sugerindo-se a ampliação do número de pacientes em determinadas etnias e na forma clínica unifocal para melhor compreensão dessas associações / Introduction. Paracoccidioidomycosis (PCM) is a systemic chronic mycosis, endemic in Latin America, mainly in Brazil where it is the eighth cause of death among chronic recurrent infectious diseases. PCM infection is characterized by the Th1 immune response, the acute form, by a mixed Th2/Th9 profile, while the chronic form is characterized by Th17/Th22 profile. The occurrence and severity of human PCM can also be associated with genetic factors such as polymorphisms on genes of cytokines. Objectives. 1. To describe the frequencies of the single nucleotide polymorphisms (SNPs) IFNG +874 T/A, IL12B 3\'UTR +1188 A/C and IL12RB1 11014 A/G on exon 7, on patients with PCM and non-PCM controls; 2. To investigate the association between those SNPs and the different clinical forms of PCM. 3. To verify the possible association between those SNPs and the secretion of the cytokines IFN-?, IL-12p40 and IL12p70. Materials and Methods. 143 patients with PCM were included (40 with acute form, 100 with multifocal chronic form and 17 unifocal). Inclusion criteria: active disease (DA) proved by fungal identification on direct microscopy/histopathology or culture, or presence of antibodies antiParacoccidioides brasiliensis ( >= 1/32 by counterimmunoelectrophoresis) or cured/treated disease (CT) when previously proved by criteria of DA and present stable antibodies titles =6 months in between. The SNP IFNG was analyzed by PCR-ARMS (Polymerase Chain Reaction - Amplification Refractory Mutational System) and the SNPs IL12B and IL12RB1 by PCR-RFLP (PCR-Restriction Fragment Length Polymorphism). The levels of cytokines were detected by ELISA (n= 29) and CBA (Cytometric Bead Array; n= 18) and values of p < 0.05 for ?2 test and Kruskal-Wallis\' test, with Dunn\'s post-test were considered statistically significant. Results. The AA genotype of SNP IL12RB1 was the most frequent in the multifocal chronic form while the AG was more frequent in men with the unifocal chronic form of PCM (p = 0.048). On this clinical form in the comparison between genres, the AG genotype was also more frequent in men (p= 0.009). On ethnicity, it was demonstrated statistical difference between the frequencies of genotypes and alleles of SNPs IFNG and IL12RB1 (p < 0.05). In the comparison between the clinical forms of PCM, the frequencies of genotypes and alleles of the evaluated SNPs were similar. On the levels of cytokines, for SNPs IFNG, IL12B and IL12RB1, increased levels of cytokines were observed with PHA on the CT and CO groups compared with DA, suggesting a connection with the evolution of the disease and the previously described immunosuppression during active disease. Conclusion. There was no association between the SNPs IFNG, IL12B and IL12RB1 and the different forms of PCM when all patients were analyzed; among men, it is suggested that the AA genotype of IL12RB1 is associated with a more disseminated chronic disease. There was a significant difference between the ethnicities on SNPs IFNG and IL12RB1, being the latter also associated with the chronic form in men. The increase in the number of patients in certain ethnic groups and in the unifocal clinical form of PCM might help the better understanding of these associations