Orientador: Oliveiro Caetano de Freitas Neto / Banca: Ruben Pablo Schocken Iturrino / Banca: Ana Maria Iba Kanashiro / Resumo: Durante o abate de aves, substâncias desinfetantes podem ser adicionadas à água dos tanques de pré-resfriamento com o propósito de reduzir a contaminação microbiana. O presente estudo teve como objetivo avaliar a eficiência de cinco desinfetantes sobre a redução da população de micro-organismos indicadores de qualidade em carcaças de frangos de corte e sobre Salmonella Enteritidis (SE) na presença e ausência de matéria orgânica. Para isso foram realizados dois experimentos. No primeiro, carcaças de frango foram imersas em recipientes contendo desinfetantes e posteriormente, análises microbiológicas para estimativa de micro-organismos indicadores foram realizadas. Ao todo, para cada desinfetante, 21 carcaças foram analisadas. No experimento 2, a ação dos desinfetantes sobre uma estirpe SE foi avaliada por meio de teste "in vitro". Os resultados revelaram que o dióxido de cloro e o hipoclorito de sódio não reduziram as contagens de micro-organismos indicadores nas carcaças. Por outro lado, produtos a base de ácido peracético, cloreto de alquil benzil dimetil amônia e clorito de sódio acidificado diminuíram as contagens de coliformes totais e termotolerantes, sendo que o primeiro também reduziu o número de micro-organimos psicrotróficos. Todos os desinfetantes foram eficientes na redução da contagem de SE apenas na ausência de matéria orgânica. Ao que tudo indica, a redução de matéria orgânica em tanques de pré-resfriamento contendo tais soluções poderia ajudar na diminuição da contaminação de carcaças por Salmonella spp. O ácido peracético bem como o clorito de sódio acidificado poderiam ser recomendados futuramente para serem utilizados em tanques de pré-resfriamento / Abstract: During the poultry slaughter process antimicrobial products can be added in water immersion chilling tanks in order to reduce microbial contamination. The present study aimed to evaluating the efficacy of five antimicrobials in decreasing the population of food quality indicator microorganisms and Salmonella Enteritidis (SE) in presence and absence of organic matter. In order to this, two experiments were carried out. Firstly, broiler carcasses were immersed in containers with 5 different disinfectant substances and subsequently examined for estimating microorganism indicators. The action of each of substance was assessed in 21 carcasses. In experiment 2, the action of disinfectants against SE was evaluated by "in vitro" test. The results showed that chlorine dioxide and sodium hypochlorite did not reduce the counts of microorganisms in the carcass. On the other hand, peracetic acid, alkyl dimethyl benzyl ammonium and acidified sodium chlorite reduced the counts of total and faecal coliforms. Peracetic acid was also able to decrease the number of psychrotrophic microorganisms. All products were effective in reducing SE counts only in the absence of organic matter. Therefore, it is possible to suggest that reduction of organic matter in water tanks containing antimicrobial agents could help decreasing carcass contamination by Salmonella spp. Peracetic acid and acidified sodium chlorite could be recommended for use in water immersion chilling tanks in future / Mestre

Submitted by Maicon Juliano Schmidt (maicons) on 2015-06-16T17:44:18Z No. of bitstreams: 1 Débora Gastaldello_.pdf: 698623 bytes, checksum: 52b02eaa2ca0593784940f8ac7a28ae5 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-06-16T17:44:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Débora Gastaldello_.pdf: 698623 bytes, checksum: 52b02eaa2ca0593784940f8ac7a28ae5 (MD5) Previous issue date: 2015-02-27 / UNISINOS - Universidade do Vale do Rio dos Sinos / Nos últimos anos, com a globalização do mercado, o consumidor passou a ter acesso a uma grande diversidade de produtos. Isso tem provocado uma mudança no perfil alimentar do consumidor, o qual busca no mercado produtos diferenciados. Em relação ao mercado cervejeiro, a produção da cerveja artesanal também vem crescendo, oportunizando a produção de diferentes tipos de cervejas para um público cada vez mais exigente. Pensando nesse mercado, este trabalho teve por objetivo avaliar a presença de micro-organismos em equipamentos utilizados no processo de produção da cerveja, bem como avaliar as microcervejarias nos requisitos de Boas Práticas. A pesquisa foi realizada em três microcervejarias, denominadas A, B e C, onde foram pesquisados quatro equipamentos que entram em contato com a cerveja direta ou indiretamente após a fervura do mosto cervejeiro. Foram identificados diferentes micro-organismos em duas microcervejarias, e o percentual de adequação dos requisitos legais referente às Boas Práticas de Fabricação foram respectivamente 77%, 93% e 91%. Os resultados mostram que a aplicação de Boas Práticas é essencial na garantia de um produto de qualidade, em especial, a sanitização dos equipamentos e utensílios. / In recent years, the market globalization promoted wide access to new products to consumers. This has caused a shift in consumer food profile, who seeks to differentiated products. Craft beer production is also growing in quantity and variety, influenced by the new consumer increasingly demanding. Thinking in this market, this study aimed to evaluate the presence of microorganisms in equipment of the beer production process and evaluate the microbreweries in Good Manufacturing Practices. This work was conducted in three microbreweries, named A, B and C, analyzing four equipment that comes into contact directly or indirectly with beer after brewing the beer wort. The research identified different microorganisms in the two microbreweries, which showed percentage of adequacy of legal requirements relating to Good Manufacturing Practices respectively of 77%, 93% and 91%. The results show that the application of Good Practices of Manufactory is essential to quality insurance, especially the sanitization of equipment and utensils.

Orientador: Ione Corrêa / Resumo: Introdução: A crescente introdução da mulher no mercado de trabalho levou crianças de até sete anos, a serem assistidas por creches. Entretanto, esses ambientes favorecem que crianças sejam acometidas por microrganismos com potencial infeccioso, em função da aglomeração e contato muito próximo, o que facilita a disseminação de microrganismos com potencial infeccioso a essas crianças, quando não estabelecidas medidas profiláticas. Objetivo: Avaliar aspectos relacionados à prevenção e controle da disseminação de microrganismos em creches. Método: Trata-se de uma revisão integrativa de literatura, que visa realizar síntese do conhecimento já produzido e permite a incorporação da aplicabilidade dos resultados dos estudos significativos na prática. Resultados: Os achados foram demonstrados e discutidos em cinco capítulos, dos quais os quatro primeiros correspondem à elaboração de artigos científicos, estando os mesmos de acordo com os padrões de formatação preconizados pelos periódicos selecionados e, o último corresponde à apresentação de um manual (e-book). Considerações finais: Esta revisão integrativa permitiu identificar os possíveis veículos disseminadores de microrganismos, fatores de risco, microrganismos e infecções mais recorrentes na assistência às crianças em creches, possibilitando elencar estratégias que visem prevenir e controlar os danos que poderão ser causados às crianças. / Abstract: Introduction: The increasing introduction of women into the labor market has led children up to seven years of age to be assisted by day-care centers. However, these environments favor that children be affected by microorganisms with infectious potential, due to the agglomeration and close contact, which facilitates the dissemination of microorganisms with infectious potential to these children, when not established prophylactic measures. Objective: To evaluate aspects related to prevention and control of dissemination of microorganisms in day care centers. Method: This is an integrative literature review, which aims to synthesize knowledge which has already been produced, and to lead to practical applicability of significant studies´ results. Results: The findings were demonstrated and discussed in five chapters, in a way that the first four approach the production of scientific articles, in accordance with the formatting standards recommended by each selected periodical; and the last corresponds to the presentation of a manual (e-book). Final considerations: This integrative review allowed the identification of possible disseminating vehicles for microorganisms, risk factors, microorganisms and more recurrent infections in the care of children in day care centers, making it possible to establish strategies to prevent and control the damages that may be caused to children. / Doutor

Orientador: Ederio Dino Bidoia / Banca: Marcelo Henrique Otenio / Banca: Dejanira de Franceschi de Angelis / Resumo: Nos últimos anos, a avaliação da qualidade do solo após o processo de biorremediação era baseada apenas em dados químicos, porém este procedimento não pode prever os efeitos dessas substâncias aos organismos. Assim os testes ecotoxicológicos têm sido utilizados como ferramenta complementar para avaliação da toxicidade. O metabolismo microbiano responsável pela biodegradação de várias substâncias é diretamente relacionado com a toxicidade, pois o processo de biodegradação não garante diminuição da toxicidade. Além disso, a toxicidade de um poluente pode afetar os micro-organismos, inviabilizando parte dos processos biogeoquímicos cruciais para todos os organismos. Em ensaios ecotoxicológicos com sementes, a sensibilidade dos períodos de germinação e o desenvolvimento da plântula são utilizados para avaliar a interferência do contaminante no desenvolvimento do organismo. Deste modo, o objetivo do trabalho foi avaliar a fitotoxicidade de solo contaminado com biodiesel, diesel e petróleo em diferentes tempos de biodegradação utilizando como organismo-testes as sementes de Cucumis sativus (pepino), as de Lactuca sativa (alface) e as de Eruca sativa (rúcula). Avaliou-se, também, a eficiência da biodegradação utilizando o Bacillus subtilis no solo, como também o metabolismo da microbiota indígena frente aos contaminantes por meio de um método colorimétrico adaptado baseado no uso de aceptor de elétrons como o 2,6-diclorofenol-indofenol (DCPIP). Os resultados mostraram que o biodiesel sofreu maior biodegradação que os hidrocarbonetos do petróleo e menor toxicidade após 240 dias. Todas as sementes foram inibidas com menor intensidade no solo contaminado com biodiesel biodegradado durante 240 dias. O petróleo e o diesel não foram totalmente biodegradados. O alongamento da raiz... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The assessment of soil quality after the bioremediation process was based solely on chemical data, but this procedure cannot predict the effects of these substances to organisms. Thus, the ecotoxicity tests have been used as a complementary tool for evaluation of toxicity. The microbial metabolism responsible for biodegradation of various substances is directly related to toxicity, because the biodegradation process does not guarantee decreased toxicity. Moreover, the toxicity of a pollutant can affect the microorganisms, preventing part of biogeochemical processes important to all organisms. In ecotoxicological assays with seed, the sensitivity of the periods of germination and seedling development are used to evaluate the influence of the contaminant on the organism development. Thus, the objective of this study was to evaluate the phytotoxicity of contaminated soil with biodiesel, diesel and petroleum at different times of the biodegradation using as organism-tests the seeds of Cucumis sativus (cucumber), Lactuca sativa (lettuce) and Eruca sativa (arugula). Also it was evaluated the efficiency of Bacillus subtilis in the biodegradation, as well as the metabolism of the microorganism indigenous against the contaminants by a colorimetric method adapted. The results showed that biodiesel was more biodegradable than petroleum hydrocarbons and less toxic after 240 days of biodegradation. The petroleum and diesel were not completely biodegraded. The root and hypocotyl elongation of C. sativus and L. sativa were the parameter that showed the correlation between the times of biodegradation and decrease of the phytotoxicity of biodiesel and diesel enriched with B. subtilis. The incubation of contaminated soil with diesel and B. subtilis during 240 days showed low inhibition of the root elongation of cucumber and... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:22Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-05-16Bitstream added on 2014-06-13T18:08:06Z : No. of bitstreams: 1 ariasvigoya_aa_me_jabo_prot.pdf: 7678062 bytes, checksum: b0bc39abdb60eaf3abed6a50f782a97c (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O camarão-da-amazônia Macrobrachium amazonicum é um palaemonideo amplamente distribuído na América do Sul, com um grande potencial para a aquicultura e enorme importância econômica. Apesar das recentes pesquisas acerca da biologia da espécie, não existem estudos relacionados com o desenvolvimento embrionário de M. amazonicum. Portanto, o principal objetivo deste trabalho foi realizar uma descrição do desenvolvimento embrionário do camarão-da-amazônia. Assim, a embriogênese da espécie foi descrita em relação às características morfológicas externas, histológicas e morfométricas observadas em embriões vivos e fixados a intervalos de 24 horas (dia embrionário, DE), e associado ao sistema de estagiamento porcentual. O período de incubação foi de 14 dias a 26ºC. A embriogênese foi organizada em oito estágios: I. Ovo fertilizado; II. Clivagem; III. Blástula – gástrula; IV. Disco germinativo; V. Náuplio embrionizado; VI. Pós-náuplio; VII. Protozoea e VIII. Zoea. Os valores médios do eixo maior e menor dos ovos, volume do ovo, área do embrião e índice do olho aumentaram durante a incubação, a diferença da área do vitelo que diminuiu. M. amazonicum mostrou um padrão de desenvolvimento embrionário semelhante ao observado em crustáceos com ovos centrolécitos, com clivagem superficial parcial (meroblástica), e apresentou características semelhantes às espécies do mesmo gênero. Durante a embriogênese foi observada uma relação entre o desenvolvimento dos órgãos internos com as estruturas externas, e os ritmos de desenvolvimento embrionário revelam uma associação entre as características morfológicas, histológicas e morfométricas. / The Amazon River prawn Macrobrachium amazonicum is a palaemonid widely distributed in South America, with a great potential for aquaculture and huge economic importance. Despite recent researches about the biology of the species, there are no studies related to the embryonic development of M. amazonicum. Thus, the main objective of this study was a description of the embryonic development of Amazon River prawn. Hence, the embryogenesis of the species was described with respect to the morphological, histological and morphometrical features, observed in live and fixed embryos at intervals of 24 hours (embryonic day, ED), associated by percent staging system. The incubation period was 14 days at 26ºC. The embryogenesis was organized in eight stages: I. Fertilized egg; II. Cleavage; III. Blastula – Gastrula; IV. Germinal disc; V. Embryonized nauplius; VI. Post-nauplius; VII. Protozoea and VIII. Zoea. The mean values for egg length and width, egg volume, area of the embryo and eye index increased during incubation, contrasting with the area of the yolk that decreased. M. amazonicum showed a similar pattern of embryonic development to that observed in crustaceans with centrolecithal eggs and superficial partial cleavage (meroblastic); and showed similar characteristics to species of the genus. During the embryogenesis was observed a relationship between the development of internal organs with the external structures, and the developmental rhythms shows an association among the morphological, histological and morphometric features.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:22Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-07-17Bitstream added on 2014-06-13T19:27:35Z : No. of bitstreams: 1 abe_fr_me_jabo.pdf: 949861 bytes, checksum: d44808185f22c8ad0823bfe8f4c18c7a (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O uso dos larvicidas temefós e diflubenzuron (DFB) na agricultura, aquicultura e combate a vetores de doenças pode acarretar desequilíbrios ambientais, e a ocorrência destes efeitos são analisados por estudos ecotoxicológicos e avaliações de risco ambiental. Objetivou-se: i) classificar os larvicidas DFB e temefós pela toxicidade aguda e crônica para os peixes tilápia-do-Nilo (Oreochromis niloticus) e mato grosso (Hyphessobrycon eques), para a macrófita Lemna minor e para microcrustáceo Daphnia magna; ii) avaliar o efeito do sedimento na biodisponibilidade dos larvicidas; iii) classificar os larvicidas quanto ao risco ambiental em ecossistema aquático; iv) avaliar a concentração de resíduos dos larvicidas nas águas dos testes agudos e crônicos de tilápia-do-Nilo, na presença e ausência de sedimento; v) avaliar o potencial de lixiviação e de escoamento superficial de ambos os larvicidas e vi) verificar os efeitos tóxicos dos larvicidas no fígado e brânquia de tilápias-do-Nilo expostas aos testes de toxicidade aguda. O DFB classifica-se como praticamente não-tóxico para L. minor, ligeiramente tóxico para H. eques e O. niloticus, e extremamente tóxico para D. magna. O temefós é ligeiramente tóxico para L. minor, moderadamente tóxico para H. eques e O. niloticus e extremamente tóxico para D. magna. A exposição dos peixes à baixas concentrações de DFB por longos períodos causa redução no crescimento dos peixes, e o temefós causa mortalidade. O temefós causa redução na taxa de crescimento relativa de L. minor expostas à doses sub-letais. Ambos os larvicidas causam mortalidade para D. magna em testes crônicos. A presença de sedimento reduz a biodisponibilidade dos larvicidas nas águas de testes com L. minor. O DFB classifica-se como de baixo risco... / The use of the pesticide temephos and diflubenzuron (DFB) in agriculture, aquaculture and in the disease vectors control may cause environmental disequilibrium, and these effects are analysed for ecotoxicological studies and environmental risk assessments. This study aimed to: i) classify the pesticides DFB and temephos by the acute and chronic toxicity to the fishes tilapia (Oreochromis niloticus) and mato grosso (Hyphessobrycon eques), the macrophyte Lemna minor and the microcrustaceans Daphnia magna; ii) evaluate the effect of sediment on the pesticides bioavailability; iii) classify the pesticides by the environmental risk in the aquatic ecosystem; iv) evaluate the pesticides residues concentrations in the water during acute and chronic toxicity tests for tilapia; v) evaluate the potential for leaching and runoff of both pesticides; vi) verify the toxic effects of the pesticides in the liver and gill of tilapia exposed to the acute toxicity tests. The DFB is classified as practically nontoxic to L. minor, slightly toxic to H. eques and O. niloticus, and extremely toxic to D. magna. Temephos is slightly toxic to L. minor, moderately toxic to H. eques and O. niloticus, and extremely toxic to D. magna. The longer exposure of fishes at low concentrations of DFB decreases the growth of organisms, and temephos causes mortality. The temephos decreases the relative growth rate of L. minor exposed to sublethal doses. Both pesticides cause mortality to D. magna in chronic tests. The presence of sediment decreases the bioavailability of the pesticides in water of L. minor tests. DFB is classified as low environmental risk and temephos as medium risk to L. minor and fishes. To fishes, DFB is low risk, and temephos is medium risk. To D. magna, the larvicidas were high risk. Both larvicidas have medium potential for runoff and do not... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:56Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-08-31Bitstream added on 2014-06-13T18:41:13Z : No. of bitstreams: 1 oliveira_pr_dr_rcla.pdf: 1096326 bytes, checksum: a2a1be84ec8b09cfcf7ab3110daa8ce4 (MD5) / O presente estudo avaliou os efeitos do fipronil em fêmeas semi-ingurgitadas de carrapatos Rhipicephalus sanguineus por meio do desenvolvimento de protocolo adequado de bioensaio in vitro (AIT), monitorado diariamente, com determinação da CL50 (concentração 50% letal) e intervalo de confiança a 95%, g (95): CL50 = 9.647 ppm (4.711 a 13.470), bem como analisou os efeitos histológicos e ultra estruturais deste produto nos ovários desses indivíduos, demonstrando quais são os mecanismos de defesa utilizados pelas células germinativas para eliminar o composto químico do sistema. Para o estudo morfológico, os carrapatos foram divididos em quatro grupos, onde o grupo I foi utilizado como controle e os grupos II, III e IV, foram submetidos às concentrações de 1, de 5 e de 10 ppm (CL50) de fipronil, respectivamente. As alterações variaram desde a presença de poucos e pequenos vacúolos até a interrupção da vitelogênese e morte celular. A concentração de 10 ppm de fipronil foi a que mais afetou o desenvolvimento dos ovócitos. Mecanismos de defesa celular como o aumento da quantidade e novo arranjo citoplasmático de elementos do citoesqueleto, bem como a grande quantidade de vacúolos digestivos e de figuras mielínicas foram observados. Simulando a ação do fipronil nos hospedeiros de carrapatos expostos aos acaricidas que tenham esse princípio ativo em sua composição, o presente estudo avaliou também o potencial citotóxico (danos causados nas células do fígado), genotóxico e mutagênico do fipronil utilizando camundongos submetidos a diferentes doses da droga. Os camundongos foram divididos em quatro grupos: grupo controle e grupos I, II e III, que foram expostos às doses de 15mg/Kg, 25 mg/Kg e 50 mg/Kg (DL50) de fipronil, respectivamente. Em seguida, o fígado dos indivíduos foi retirado, seccionado e analisado por meio de técnicas histológicas e histoquímicas... / The present study evaluated the effects of fipronil on semi-engorged females of the tick Rhipicephalus sanguineus. A protocol for an in vitro bioassay (AIT) was developed, and the LC50 (lethal concentration 50%) and 95% confidence interval were determined: LC50 = 9.647 ppm (4.711 to 13.470). Histological and ultrastructural alterations in ovaries were also examined to describe the defense mechanisms of germ cells to eliminate the chemical compound from the system. For the morphological analysis, ticks were divided into four groups. Group I was used as the control group and groups II, III,and IV were exposed to concentrations of 1, 5, and 10 ppm (LC50) of fipronil, respectively. Alterations varied from the presence of few and small vacuoles to the interruption of vitellogenesis and cell death. The concentration of 10 ppm of fipronil had the strongest effect on oocyte development. Defense mechanisms of cells were observed such as increase in the amount and changes in the arrangement in the cytoskeleton elements in the cytoplasm, amount of digestive vacuoles and myelin figures. Simulating the action of fipronil in tick hosts exposed to fipronil, the present study also assessed the cytotoxic (damage caused in liver cells), genotoxic, and mutagenic potential of fipronil in mice treated with different doses. Mice were divided into four groups: control group and groups I, II, and III, which were exposed to doses of 15mg/Kg, 25 mg/Kg, and 50 mg/Kg (LD50) de fipronil, respectively. The liver of mice were dissected, sectioned, and analyzed with histological and histochemical techniques. Changes varied from proliferation of Kupffer cells, hypertrophy of hepatocytes, accumulation and distribution of proteins, polysaccharides, lipids, and presence of vacuoles in the cytoplasm of hepatocytes, as well as the obstruction of blood vessels, characterizing mainly a) autophagic processes, b) steatosis... (Complete abstract click electronic access below)

Orientador: José Luiz Rybarczyk Filho / Coorientador: Ney Lemke / Banca: Manuela Leal da Silva / Banca: Laurita dos Santos / Resumo: Comunidades microbianas desempenham papéis cruciais em todos ecosistemas da Terra, uma vez que metabolizam compostos essenciais. Essa característica torna importantes alvos de pesquisas em diversas áreas como médica, ambiental, alimentícia e biotecnológica. Entretanto, somente 1% de todas espécies de micro-organismos conhecidos podem ser cultivadas in vitro, dificultando o estudo de suas funções e de sua classificação taxonômica. Com o surgimento de novas tecnologias de sequenciamento, o genoma inteiro de micro-organismos de um habitat pode ser experimentalmente extraído, mas em pequenos fragmentos (¡1500 pb), tornando o processamento dos dados um grande desafio. As ferramentas de análise de metagenômica mais utilizadas classificam as sequências por homologia. Entretanto, o tempo computacional aumenta exponencialmente conforme o tamanho dos fragmentos diminuem. Isso mostra uma necessidade evidente de métodos alternativos que possam analisar dados de metagenômica de maneira rápida e precisa. Esse estudo propõe um novo método de identificação de sequências de bactérias que analisa esses dados. Os genomas de 2164 linhagens de bactérias foram obtidos pelo GenBank e fragmentados em grupos de teste e controle. Cada grupo foi aleatóriamente fragmentado em sequências de 64, 128, 256, 512, 1024, 2048 e 4096 pares de base. As medidas de organização de sequências aplicadas nos fragmentos foram: conteúdo GC, abundância de dinucleotídeos e entropias de dipletes, tripletes e tetrapletes. Foram calculados a média e o desvio padrão dos valores das sequências controle para cada espécie, gênero e família de bactéria. Foram feitas combinações de medidas para classificar as sequências em famílias, gêneros e espécies. A performance da metodologia foi determinada por medidas de sensibilidade, especificidade, precição e média harmônica para conjuntos de... / Abstract: Microbial communities play a crucial role in all ecosystems on Earth since they metabolize essential compounds. Given this relevant role they are investigated in Medicine, Biotechnology, Ecology, Food Sciences among other fields. However, only 1% of all known micro-organisms species can be cultivated in vitro. The unravelling of their functions and taxonomic classification demands the development of new approaches. With the advent of new sequencing strategies, the entire genome of microrganisms on a given habitat can be experimentally extracted, but the fragments obtained are small (<1500 bps), and the data processing remains a huge challenge. The most used metagenomic analysis tools classify the sequences by homology. However, the computational time grows exponentially as the read length decreases. There is an evident need for alternative methods that can analyze metagenomic data quickly and accurately. This study proposes a new bacteria sequences identification method to be used in metagenomic data. The genomes of 2164 bacterial strains were obtained from the GenBank and distributed into test and control sets. Each group was randomly fragmented into sequences of 64, 128, 256, 512, 1024, 2048, and 4096 base pair. The sequences organization measures applied in the reads were: GC content, dinucleotide abundance and diplets, triplets and tetraplets entropy. The average and standard deviation of the control sequences values of each species, genus and families of bacteria were calculated. Combinations of genomic signatures and entropy were performed allowing classifying bacteria sequences into family, genus and species. The performance of the proposed methodology was determined by measuring sensitivity, specificity, accuracy and harmonic mean for the test set. The results indicated that the GC content presented the best performance among the signatures investigated. We also considered combinations of features, the combination considering GC ... / Mestre

Orientador: Jane Maria Bertocco Ezequiel / Banca: Márcia Helena Machado de Rocha Fernandes / Banca: Mauro Dal Secco de Oliveira / Banca: Leandro das Dores Ferreira da Silva / Banca: Fábio Prudêncio de Campos / Resumo: Objetivou-se nesse estudo avaliar os efeitos da associação da glicerina ao milho e polpa cítrica na dieta de bovinos da raça Nelore confinados sobre o consumo, digestibilidade, parâmetros ruminais (pH, nitrogênio amoniacal, ácidos graxos de cadeia curta, produção de gases e massa microbiana), desempenho em confinamento, características da carcaça e da carne, parâmetros sanguíneos e comportamento ingestivo. Cinco dietas foram fornecidas e denominadas de: CON - sem adição de glicerina; M10 - milho e 10% de glicerina; M15 - milho e 15% de glicerina; P10 - polpa cítrica e 10% de glicerina; P15 - polpa cítrica e 15% de glicerina. No primeiro experimento foram utilizados cinco bovinos providos de cânulas permanentes no rúmen, distribuídos em delineamento experimental quadrado latino (5 x 5). Nos tratamentos com polpa cítrica (P10 e P15) foram verificados menores consumos e digestibilidades da matéria seca, matéria orgânica, fibra em detergente neutro e fibra em detergente ácido do que nos tratamentos com milho (M10 e M15). Para o tratamento controle houve menor produção do ácido butírico mas, maior produção de ácido acético e totais em relação aos tratamentos com glicerina. A relação acetato:propionato também foi maior no tratamento controle seguida dos tratamentos com polpa cítrica. Também foram observadas reduções nas produções das bactérias ruminais nos tratamentos com polpa cítrica, contudo sem afetar o pH e nitrogênio amoniacal ruminais nem a produção dos gases carbônico e metano. No segundo experimento, trinta bovinos foram confinados e distribuídos em delineamento experimental inteiramente casualizado no qual houve alterações no consumo de amido e fibra solúvel, contudo, sem afetar o desempenho, características da carcaça, nem o comportamento animal. A inclusão de glicerina provocou redução na intensidade de amarelo na carne e aumento no porcentual dos ácidos graxos ... / Abstract: The objective of this study was to evaluate the association of glycerin to corn grain and citrus pulp in diets for Nelore cattle on intake, digestibility, ruminal parameters (pH, ammonia, short chain fatty acids, gas production and microbial mass), performance, characteristics of carcass and meat, blood parameters and feeding behavior. Five diets were provided and named: CON - without addition of glycerin; M10 - corn grain and 10% glycerin; M15 - corn grain and 15% glycerin; P10 - citrus pulp and 10% glycerin; P15 - citrus pulp and 15% glycerol. In the first experiment were used five cattle fitted with permanent rumen cannulas, distributed in Latin Square design (5 x 5). In treatments with citrus pulp (P10 and P15) were observed lower intake and digestibility of dry matter, organic matter, neutral detergent fiber and acid detergent fiber than in treatments with corn grain (M10 and M15). For the control treatment there was decreased production of butyric acid but greater production of acetic acid and totals compared to treatments with glycerin. The acetate:propionate ratio was also higher in the control treatment followed by treatment with citrus pulp. Were also observed decrease in the production of bacterial microorganisms, but without affecting the pH and ruminal ammonia neither the production of methane or dioxide carbon. In the second experiment, thirty cattle were confined and distributed in a completely randomized design. There were changes in the starch and soluble fiber intake, but, without affecting the performance, carcass characteristics, or animal behavior. The addition of glycerin caused reduction in the intensity of yellow in the meat, and increase in the percentage of fatty acids C15:0 and C17:1. About blood parameters only the triglycerides were influenced by the treatments. The concentrations of glucose and gamma-glutamyl transferase (GGT) were higher than suggested by the literature, the high values are probably ... / Doutor

Orientador: Jonas Contiero / Banca: Clóvis Parazzi / Banca: Luiz Carlos Basso / Banca: Pedro de Oliva Neto / Banca: Cíntia Duarte de Freitas Milagre / Resumo: O objetivo deste trabalho foi isolar micro-organismos produtores de D-(-) e L-(+) ácido lático, os quais são utilizados na síntese de polímeros empregados na produção de diversos materiais resistentes e biodegradáveis, além de otimizar a produção de ácido lático, a partir da utilização de diversos resíduos agro-industriais. Os micro-organismos mais promissores para produção de L-(+) ácido lático foram os isolados de Keffir (Ke6, Ke11, Ke8 e Ke24) e o Lactobacillus rhamnosus B103, já para a produção de D-(-) ácido lático, os mais promissores foram os isolados de iogurte (Y15C e Y15A) e o Leuconostoc mesenteroides B512. Pode-se afirmar que os micro-organismos selecionados apresentaram grande potencial para utilização na indústria de biopolímeros e indústria de alimentos. O soro de queijo e a manipueira foram os melhores resíduos para produção de L-(+) ácido lático por Lactobacillus rhamnosus B103. Quando se utilizou 160 g/L de lactose de soro de queijo, 60 mL/L de água de maceração de milho (AMM), 2 mL/L de Tween 80 e 0,10 g/L de MnSO4, observou-se alta produção de L- (+) ácido lático (142 g/L) e baixo residual de lactose (3,2 g/L). Para a otimização com manipueira, foi obtido 41,58 g/L de L-(+) ácido lático, a partir de 50 g/L de açúcar redutor total (ART), 65,40 mL/L de AMM e 1,27 mL/L de Tween 80. Nas otimizações com Leuconostoc mesenteroides B512 foi observado produção de 60,20 g/L de D-(-) ácido lático, utilizando 116,90 g/L de ART de caldo de cana e 44,25 g/L de autolisado de levedura. Nas otimizações com L. plantarum Lmism6 observou-se uma produção de 63,40 g/L de ácido lático, 0,40 g/L de ART residual e alta conversão de substrato (99,40%), quando se utilizou 70 g/L de ART de melaço, 30,00 mL/L de AMM, 2 g/L de K2HPO4 e 1 mL/L de Tween 80 / Abstract: The aim of this study was to isolate D-(-) and L-(+) lactic acid producers micro-organisms, which are used in the synthesis of polymers used in the production of many resistant and biodegradable materials and optimize the lactic acid production, from agro-industrial residues. The most promising micro-organisms for L-(+) lactic acid production were Lactobacillus rhamnosus B103, as well as, the isolated from Keffir (Ke6, Ke11, Ke8 Ke24) and the most promising D-(-) lactic acid producers were strains of yogurt (Y15C and Y15A) and Leuconostoc mesenteroides B512. Cheese whey and cassava wastewater (CW) were the best residues for L-(+) lactic acid production by Lactobacillus rhamnosus B103. Using 160 g/L of lactose from whey, 60 mL/L of CSL, 2 mL/L of Tween 80 and 0.10 g/L of MnSO4, there was higher production of L-(+) lactic acid (142 g/L) and low lactose residual (3.20 g/L). For optimizations with CW, it was obtained 41.58 g/L of L-(+) lactic acid from 50 g/L of reducing sugar, 65.40 mL/L and 1.27 mL of corn steep liquor (CSL) and Tween 80 respectively. Leuconostoc mesenteroides B512 produced 60.20 g/L of D-(-) lactic acid, using 116.90 g/L of sugarcane juice and 44.25 g/L of yeast autolysate. L. plantarum Lmism6 produced 63.40 g/L of lactic acid, with less residual reducing sugar (0.41 g/L) and higher substrate conversion (99.41%), by using 70 g/L of sugar reducing from molasses, 30 mL/L of CSL, 2 g/L of K2HPO4, and 1 mL/L of Tween 80 / Doutor