This thesis investigates the opportunities and challenges regarding urban oyster mushroomproduction (Pleurotus Ostreatus) employing urban-based materials in Stockholm Stad as agrowing medium. Additionally, the availability of the five most suitable substrates has beenfurther explored with the indicator’s availability in Stockholm Stad, and the Biologicalefficiency (BE%) for a suitable growing medium and the quantity of the substrates have beenmapped out. In response to climate change and an uncertain future, cities need to be resilientto disasters and meet essential needs like water, food, and energy. Due to the COVID-19pandemic, the Swedish government plans to increase self-sufficiency by developing the lawof public procurement to prioritize buying locally produced goods. However, imported foodis cheaper than Swedish goods, making it difficult for domestic products to compete.Moreover, a major part of Sweden’s waste management consists of the combustion of variouswaste, which is being on a lower priority on the Waste hierarchy. Therefore, assessing thepossible areas of use such as oyster mushroom cultivation could likely add further value tothe residual waste streams investigated. Using Material Flow Analysis (MFA), interviews,and literature review, relevant data and information was collected to locate the five mostsuitable substrates: (1) wood waste from arborists and wood workers, (2) paper waste, (3)cardboard waste, (4) Spent Coffee Grounds (SCG) from five of the biggest chains coffeeshops in Stockholm Stad, (5) garden waste collected from a collection company. Theestimated availability of each residual waste stream has been mapped out with paper wastebeing 15’805’567 kg, 20’560’580 kg (cardboard), 64’166’500 kg wood waste, 3’939’664,2kg garden waste, and 152’121,7 kg (SCG). The BE% is ranging from 18,61% for SCG, woodwaste to 64,69%, garden waste to 95,3%, paper to 112,4%, and cardboard with a BE% of117,5%. Moreover, the BE% will vary depending on the preparation of the substrate and thegrowing conditions of the mushrooms. The oyster mushroom's estimated kilo price is 245SEK/kg, with a potential yearly value of the oyster mushroom is estimated to beapproximately 128’333’000 SEK. This thesis highlights the potential of oyster mushroomcultivation potential where Stockholm Stad has the capacity to be locally self-sufficient whenlooking at the quantity of substrate available. Additionally, the results display the value ofusing residual waste streams as a resource in other ways than energy recovery. / Detta examensarbete undersöker möjligheterna och utmaningarna när det gäller urbanostronsvampproduktion (Pleurotus ostreatus) med stadsbaserade material i Stockholm Stad somodlingsmedium. Dessutom har tillgången på de fem mest lämpliga substraten undersökts ytterligaremed indikatorns tillgänglighet i Stockholm Stad och den biologiska effektiviteten (BE%) för ettlämpligt odlingsmedium och mängden av substraten har kartlagts. Som svar på klimatförändringaroch osäker framtid är det viktigt för städer att vara motståndskraftiga mot katastrofer och tillgodoseväsentliga behov som vatten, mat och energi. På grund av COVID-19 pandemin planerar den svenskaregeringen att öka självförsörjningen genom att utveckla lagen om offentlig upphandling för attprioritera köp av lokalt producerade varor. Den importerade maten är billigare än svenska varor, vilketgör det svårt för inhemska produkter att konkurrera. En stor del av Sveriges avfallshantering bestårdessutom av förbränning av olika avfall, vilket är lägre prioriterat i Avfallshierarkin. Därför kan enbedömning av möjliga användningsområden, såsom ostronsvampodling, sannolikt tillföra ytterligarevärde till de undersökta restavfallsströmmarna. Med hjälp av MFA, intervjuer och litteraturstudiersamlades relevant data och information in för att lokalisera de fem mest lämpliga substraten: (1)träavfall från arborister och träarbetare, (2) pappersavfall, (3) kartongavfall, (4) SCG från fem av destörsta kafékedjorna i Stockholm Stad, (5) Trädgårdsavfall som hämtas från ett insamlingsföretag.Den uppskattade tillgängligheten för varje restavfallsström har kartlagts med pappersavfall på15,805,567 kg, 20,560,580 kg (kartong), 64’166’500 kg träavfall, 3’939’664,2 kg trädgårdsavfall och152’121,7 kg (SCG). BE% varierar från 18,61% för SCG, träavfall till 64,69%, trädgårdsavfall95,3%, papper 112,4% och kartong med en BE% på 117,5%. Dessutom kommer BE procenttalet attvariera beroende på preparationen av substraten och svampens odlingsförhållanden. Ostronsvampensestimerade kilopris är 245 SEK/kg, med ett potentiellt årligt värde på ostronsvampen uppskattas tillcirka 128’333’000 SEK. Detta arbete belyser potentialen för ostronsvampsodlingspotential därStockholm Stad har kapacitet att vara lokalt självförsörjande när man tittar på mängden tillgängligtsubstrat. Dessutom visar resultaten värdet av att använda restavfallsströmmar som en resurs på andrasätt än energiåtervinning.

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L’histoire de l’ostréiculture française met en évidence la fragilité de cette production face à la surexploitation des stocks et l’apparition de maladies. En particulier, la production d’huître plate, Ostrea edulis, a fortement diminué suite à l’apparition de deux maladies parasitaires dont la bonamiose. Les moyens de lutte contre la bonamiose sont relativement restreints. Ils sont essentiellement basés sur la surveillance de la santé des huîtres afin de limiter la dissémination et la propagation de la maladie. Cependant l’utilisation de modèles prédictifs de l’évolution de la maladie en zone infectée permettrait d’optimiser la gestion des stocks et minimiser l’impact des agents pathogènes. De plus, le développement d’animaux résistants à l’infection pourrait permettre de relancer cette production. Ces différentes approches nécessitent des outils diagnostiques adaptés, une bonne connaissance du cycle de vie de l’agent pathogène, et, plus particulièrement des interactions du parasite avec son hôte. Dans ce contexte, l’objectif principal du travail de thèse proposé est de comprendre les interactions entre l’huître plate Ostrea edulis et son parasite Bonamia ostreae, et, plus particulièrement les bases moléculaires de la résistance au parasite. Dans un premier temps, la réalisation d’une banque soustractive d’ADNc a permis d’identifier des ESTs différentiellement exprimées chez des hémocytes en réponse au parasite. L’expression de certains gènes dont une galectine a été mesurée en PCR en temps réel dans le contexte d’infections in vitro. En complément, la réponse cellulaire a été étudiée par cytométrie en flux et l’infection contrôlée en microscopie. Ces expériences ont montré une multiplication parasitaire dans les hémocytes au cours du temps associée à une diminution de la production d’EOR et d’estérases. Dans un second temps, il a été entrepris une étude comparative entre une population d’huîtres plates résistantes à la bonamiose et une population naturelle. Les résultats obtenus tendent à montrer qu’une modulation de l’apoptose et une diminution de la phagocytose seraient impliquées dans les mécanismes liés à la résistance à la bonamiose. Ce travail est le premier à étudier la réponse des hémocytes d’huîtres plates à une infection par le parasite Bonamia ostreae au niveau cellulaire et moléculaire. / The history of the French oyster production highlights the fragility of this production against overexploitation and disease outbreaks. In particular, the production of flat oyster, Ostrea edulis, has decreased following the emergence of two parasitic diseases including bonamiosis. The means to fight against bonamiosis are relatively limited. They are mainly based on oyster health surveillance to limit the spread of the disease. However, the use of predictive models of disease progression in infected area would help to improve stock management and minimize the impact pathogens. Moreover the development of resistant animals could help to revive this production. These different approaches require appropriate diagnostic tools, a good knowledge of the life cycle of the pathogen, and the interactions between the parasite and its host. In this context, the main objective of the phD work is to understand the interactions between the flat oyster Ostrea edulis and the parasite Bonamia ostreae, and particularly the molecular basis of the resistance to the parasite. In a first step, a subtractive cDNA bank allowed the identification of ESTs differentially expressed in haemocytes in response to the parasite. Expression of some genes, among which a galectin, was measured by Real Time PCR in the context of in vitro infections. In addition, the cellular response was investigated by flow cytometry and the infection was checked by microscopy. These experiments showed a multiplication of the parasite inside haemocytes associated with a decreased of esterases and of the production of ROS. In a second step, a comparative approach was carried out between a population of oysters resistant to bonamiosis and a natural population. Results suggest that modulation of apopotosis and decrease of phagocytosis could be involved in mechanisms related to resistance to bonamiosis. This work is the first study on the response of haemocytes of flat oysters to an infection with the parasite Bonamia ostreae at the cellular and molecular levels.

Le travail présenté dans cette thèse a pour objectif d’évaluer le potentiel de modèles probabilistes multivariés appliqués sur les sous-bandes d’une décomposition en ondelettes pour la classification d’images de télédétection optiques à très haute résolution spatiale. Trois thématiques principales ont été investiguées dans ce travail : la différenciation de classes d’âge de peuplements de pins maritimes, la détection de parcelles viticoles et la détection de parcs ostréicoles. Une contribution originale concerne la proposition d’une chaîne traitement pour une classification supervisée orientée objet se basant sur des mesures de similarité adaptées au contexte de modélisation probabiliste. Celle-ci implique la création d’une base de données de patchs de texture pour l’apprentissage et l’utilisation d’une pré-segmentation de l’image à classifier. Les modèles probabilistes multivariés testés ont tout d’abord été évalués dans une procédure d’indexation d’images. Les modèles les plus performants identifiés par cette procédure ont été ensuite appliqués dans la chaîne de traitement proposée. Dans les trois thématiques explorées, les modèles multivariés ont révélé des capacités remarquables de représentation de la texture et ont permis d’obtenir une qualité de classification supérieure à celle obtenue par la méthode des matrices de co-occurrence. Ces résultats démontrent l’intérêt de la représentation multi-échelles et multi-orientations de la texture dans l’espace transformé en ondelettes et la pertinence de la modélisation multivariée des coefficients d’ondelettes issus de cette décomposition. / The prime objective of this thesis is to evaluate the potential of multivariate probabilistic models applied on wavelet subbands for the classification of very high resolution remote sensing optical data. Three main applications are investigated in this study: the differentiation of age classes of maritime pine forest stands, the detection of vineyards and the detection of oyster fields. One main contribution includes the proposal of an original supervised and object-oriented classification scheme based on similarity measurements adapted to the context of probabilistic modeling. This scheme involves the creation of a database of texture patches for the learning step and a pre-segmentation of the image to classify. The tested multivariate models were first evaluated in an image retrieval framework. The best models identified in this procedure were then applied in the proposed image processing scheme. In the three proposed thematic applications, multivariate models revealed remarkable abilities to represent the texture and reached higher classification accuracies than the method based on co-occurrence matrices. These results confirm the interest of the multi-scale and multi-orientation representation of textures through the wavelet transform, as well as the relevance of the multivariate modeling of wavelet coefficients

The coastal areas are subject to multiple anthropogenic pressures including chemical pollution that can pose a real risk to the sustainability of aquatic species. The Arcachon Bay, macrotidal lagoon located on the French Atlantic coast, is the important ecosystem for oyster farming. But for several years, the oyster farms face lower recruitment and high mortality of oyster spat. Chemical contamination of the environment as a factor that may contribute to the observed effects on oysters has so far not been investigated.The present thesis aimed at evaluating through different approaches, of the potential toxicity of heavy metals and pesticides representative of the Arcachon Bay contamination on the early life stages of the Pacific oyster, Crassostrea gigas. Embryotoxicity, genotoxicity and expression levels of eleven targeted genes were studied. Firstly, different pesticides (S-metolachlor, irgarol, and diuron) and metals (copper and cadmium) were separately tested to determine their spectrum of effects. It were shown that exposure of gametes and embryos of oyster to environmental concentrations of pesticides and copper increased developmental abnormalities and DNA damage, and reduced fertilization success and affected offpring quality. Cadmium, meanwhile, showed no embryotoxic and genotoxic effects at the concentrations found in the Arcachon Bay. Metabolites of metolachlor, metolachlor ESA and metolachlor OA, are found in the Arcachon Bay at higher concentrations than their parent compound. The results showed that these metabolites were less embryotoxic and genotoxic on oyster embryos and spermatozoa than metolachor. Significant changes in expression of genes involved in antioxidant defense were observed for oyster larvae exposed to metolachlor and metolachlor ESA. Toxicity of mixtures of pesticides representative of the Arcachon Bay contamination with and without copper was then evaluated. Exposures of oyster embryos to these mixtures lead to development defects, DNA damage and changes in the expression of genes involved mainly in oxidative stress responses. Finally, mapping of toxicity of sediments from the Arcachon Bay was conducted for four seasons of 2011 with the oyster embryo-larvae assay. Sediments collected from Arguin exhibited low toxicity, regardless any season. In contrast, sediments from Le Tès showed higher toxicity in spring and summer seasons compared to winter season.From this work, it can be hypothesized that chemical contamination of the Arcachon Bay represents a threat for oyster reproduction and development.

Norovirus (NoV) is a significant cause of gastroenteritis globally, and the consumption of oysters is frequently linked to outbreaks. Depuration is the principle means employed to reduce levels of potentially harmful agents or toxins in shellfish. The aim of this thesis is to construct mathematical models which can describe the depuration dynamics of water-borne pathogens, and specifically examine the dynamics of NoV during depuration for a population shellfish. Legislation is currently under consideration within the EU by the Directorate-General for Health and Consumers (DG SANCO) to limit the maximum level of NoV that consumers are exposed to via this route. Therefore it is important to the utility of the thesis that any models constructed should incorporate control measures which could be used to implement minimum NoV levels. Doing so allowed calculation of minimum depuration times that would be required to adhere to the control measures incorporated into the models. In addition to modelling the impact on pathogens during the depuration, we wished to gain some insight into how the variability, and not just the mean levels, of water-borne pathogens can be as important with respect to the length of depuration required to minimise any food safety risks to the consumer. This proved difficult in the absence of any data sets that can be used to calculate variability measures, as little data is currently available to inform these values for NoV. However, our modelling techniques were able to calculate an upper limit on the variability of water-borne pathogens that can be well approximated by lognormal distributions. Finally we construct a model which provided linkage between the depuration process and the accretion of pathogens by shellfish while still within farming waters. This model proposed that the pulses of untreated waste waters released by sewage treatment works due to high levels of rainfall would be transmitted into shellfish whilst filter-feeding.

Tout d’abord considérés comme simples composants d’une barrière imperméable, il a été démontré que les lipides membranaires auraient en fait un rôle biologique bien plus important, pouvant modifier l’environnement des enzymes membranaires et moduler l’activité de ces dernières. Dans la thèse présentée ici, ces relations ont été étudiées dans les mitochondries de l’huître creuse Crassostrea gigas. Les bivalves subissent d’importants changements environnementaux et l’adaptation à ces changements peut passer par un remodelage des membranes, ce qui fait de ces animaux des modèles intéressants pour les études des relations entre la structure des membranes et les activités d’enzymes associées. Des huîtres ont été nourries en écloserie avec deux régimes d’algues monospécifiques, T-Iso et Chaetoceros gracilis, et un mélange équilibré de ces deux algues. Malgré d’importantes modifications de composition en acides gras induites par les différents régimes alimentaires, une grande stabilité des processus membranaires mitochondriaux a été observée. D’un autre côté, la comparaison entre des huîtres élevées en écloserie et des huîtres élevées dans leur milieu naturel a révélé d’importantes modifications de capacités mitochondriales, qui pourraient être liées à une modulation des classes de phospholipides et de leur insaturation. Ces différences ne peuvent pas s’expliquer par une influence des cycles tidaux dans la mesure où, malgré un changement de production d’ATP, l’activité des mitochondries a été montrée comme étant similaire chez les huîtres collectées en émersion et en immersion. L’homéostasie mitochondriale observée dans cette étude pourrait être un moyen pour les huîtres de faire face aux variations biotiques (disponibilité en nourriture) et abiotiques (disponibilité en oxygène) de l’environnement naturel de C. gigas, et de maintenir leurs fonctions physiologiques malgré ces variations. / First considered as simple components of an impermeable barrier, it has been shown that membrane lipids would have a more important biological role. These lipids could modify the environment of membrane enzymes and modulate their activity. In this thesis, these relationships have been studied in mitochondria of the oyster Crassostrea gigas. Bivalves undergo major environmental changes and adaptation to these changes may require a membrane remodelling, which makes these animals interesting models to study the relationship between membrane structure and membrane processes. In this study oysters were fed in hatchery with two monospecific algal diets, T-Iso and Chaetoceros gracilis, and an equilibrated mix of both algae. Despite significant changes in fatty acid composition induced by these diets, mitochondrial capacities remained stable. On the other hand, the comparison between hatchery-reared oysters and oysters reared in their natural environment revealed significant changes in mitochondrial capacity, which could be related to modulation of phospholipid class composition and unsaturation. These differences can not be explained by the influence of tidal cycles. Indeed, despite a change in ATP production, mitochondrial activity was shown to be similar in oysters collected during emersion and immersion.Mitochondrial homeostasis observed in this study could be a way for oysters to cope with biotic (food availability) and abiotic (oxygen availability) variations in the natural environment of C. gigas, and to maintain their physiological functions despite these variations.

Les activités économiques présentent des formes et des degrés de dépendance variables à l’environnement. L’environnement peut intervenir comme un facteur de production, comme une contrainte à l’usage de certains intrants, comme une contrainte pour certains facteurs de production. La dépendance peut être reliée à la disponibilité ou à la qualité de certaines ressources environnementales, à leur dimension de bien collectif. Il s’agira d’explorer les implications des différentes formes de dépendances bio-physico-chimiques mais aussi juridiques. Dans le cas de l’ostréiculture arcachonnaise, on examinera les formes de dépendance et leur mesure économique, à travers les impacts économiques liés à la disponibilité variable des ressources biologiques marines mais aussi à la productivité naturelle du milieu. L’analyse des caractéristiques socio-économiques des entreprises ostréicoles arcachonnaises permettra de dresser une typologie de ces dernières et ainsi caractériser l’activité. Une approche par la fonction de production sera utilisée pour mettre en évidence les degrés divers de sensibilité à une variation des conditions environnementales de production tandis que l’évaluation par la méthode des prix hédoniques permettra de déterminer le prix implicite des composantes environnementales des indemnités de substitution en tenant compte par ailleurs de la localisation géographique des concessions ostréicoles. / Economic activities have forms and degrees of dependency variables to the environment. The environment can act as a factor of production as a constraint to the use of certain inputs, such as a constraint for some inputs. Dependence may be related to the availability or quality of certain environmental resources. It will explore the implications of different forms of dependencies bio-physico-chemical as well as legal. In the case of the Arcachon Bay oyster-farming will examine the forms of dependence and economic measure, through the economic impacts associated with the variable availability of living marine resources but also to the natural productivity of the environment. The analysis of socio-economic characteristics of Arcachon Bay oyster-farms will develop a typology of the latter and thus characterize the activity. A production function approach will be used to highlight the varying degrees of sensitivity to changes in environmental conditions of production while the evaluation by the hedonic price method will determine the implicit price of environmental components of the oyster leases value taking into account also the geographical location of oyster leases.

L'huître plate européenne, espèce endémique des côtes européennes, est classée dans la catégorie des « espèces menacées et/ou en déclin ». En effet, les gisements naturels de cette huître ont été progressivement décimés par la sur-exploitation et par l'émergence successive de maladies parasitaires. Le parasite responsable de la bonamiose a notamment contribué à réduire de façon drastique l'exploitation de cette huître en France, et en Europe. Les mollusques bivalves marins présentent deux caractéristiques qui restreignent de fait le potentiel d'action pour lutter contre les maladies : ils sont cultivés en milieu ouvert, et possèdent un système immunitaire inné dépourvu de la capacité de réponse adaptative. Dans ce contexte, la sélection d'animaux naturellement résistants à la bonamiose est une voie prometteuse pour relancer la culture de l'huître plate européenne. Afin de mieux comprendre le phénomène de résistance à la bonamiose, plusieurs études ont porté sur les mécanismes de réponse de l'huître plate et sur l'identification de régions génomiques potentiellement impliquées dans les mécanismes de résistance à la maladie.Le présent travail de thèse consistait à améliorer la compréhension de la résistance de l'huître plate européenne vis-à-vis de la bonamiose, mais également à mieux caractériser la ressource génétique et la structuration de ses populations naturelles. L'huître plate n'étant pas un organisme modèle, seule une carte génétique préliminaire était disponible chez cette espèce. Il a donc été nécessaire de développer de nouveaux outils moléculaires afin d'optimiser la couverture de son génome. Des marqueurs de type SNP (polymorphisme d'une seule base) ont ainsi été développés par séquençage de produits PCR et par séquençage à haut débit. Afin d'améliorer la compréhension de la résistance à la bonamiose, trois expériences d'infection avec le parasite responsable de cette maladie ont été réalisées et ont permis de caractériser les phénotypes de réponse de l'huître plate à plusieurs échelles d'études.1- À l'échelle inter-familiale, il s'agissait de détecter des régions du génome (QTL) associées aux mécanismes de réponse (survie / mortalité) à la bonamiose chez plusieurs familles d'huîtres. Cette approche a permis d'identifier plusieurs régions génomiques d'intérêt communes entre les familles, et de nouvelles régions d'intérêt qui n'avaient pas encore été détectées.2- À l'échelle intra-familiale, il s'agissait de détecter des régions génomiques associées à la régulation d'activités hémocytaires (QTL) ou à l'expression de gènes (eQTL) préalablement identifiés comme potentiellement impliqués dans la réponse à la bonamiose. Cette approche, nouvelle chez un mollusque bivalve, a notamment permis de mettre en évidence une concordance positionnelle entre les régions génomiques impliquées dans la survie ou la mortalité à la bonamiose et celles impliquées dans la régulation des réponses cellulaires et/ou moléculaires.3- À l'échelle des populations, il s'agissait d'étudier un éventuel différentiel de réponse à la bonamiose chez des huîtres provenant de trois populations naturelles géographiquement et écologiquement distinctes. Cette étude a notamment permis d'identifier une possible adaptation à la parasitose des huîtres provenant de la baie de Quiberon. Afin de mieux caractériser les ressources naturelles de l'huître plate européenne, plusieurs populations couvrant l'ensemble de l'aire de distribution de l'espèce ont également été étudiées. Cette étude a permis de confirmer la forte diversité nucléotidique de l'huître plate, en évaluant pour la première fois la diversité génétique globale des populations naturelles d'un mollusque bivalve marin. Cette étude a également permis d'identifier une structuration génétique des populations, avec coïncidence entre les discontinuités dans la distribution des fréquences alléliques des marqueurs moléculaires sous sélection positive ou divergente et les barrières biogéographiques. / The European flat oyster, an endemic species from European coasts, is classified in the category of “endangered and/or declining species”. Indeed, the natural beds of this oyster, consumed since ancient times, have gradually been decimated by over-exploitation and by successive emergence of parasitic diseases. The parasite that causes the disease called bonamiosis has contributed to drastically reduce the French and European aquacultural production of flat oyster. Marine bivalve molluscs display two specificities that restrict possibilities to fight against diseases: they are grown in an open environment, and possess an innate immune system lacking in adaptive response. In this context, the selection of animals naturally resistant to bonamiosis is a very promising issue to revive the culture of the European flat oyster. To better understand the phenomenon of resistance against bonamiosis, several studies have focused on understanding the mechanisms of response of the flat oyster, and on the identification of genomic regions potentially involved in the mechanisms of disease resistance.In this context, the present work consisted in improving our understanding of the resistance of the European flat oyster against bonamiosis, and in better characterizing the genetic resources and the structuring of its natural populations. Considering that the flat oyster is not a model organism, a preliminary genetic map was available for this species. It was therefore necessary to develop new molecular tools to optimize the coverage of its genome. SNP markers (single nucleotide polymorphism) have been developed by direct sequencing of PCR products and high-throughput sequencing. To improve the understanding of resistance against bonamiosis, three experiments of infection with the parasite have been performed and used to characterize phenotypes of the oyster response at several study levels.1 – At the inter-family level, the objective was to detect genomic regions (QTL) associated with the mechanisms of response (survival/mortality) against bonamiosis in several families of oysters. This approach enabled to identify several genomic regions of interest shared between families, and new ones that had not yet been detected. 2 – At the intra-family level, the objective was to detect genomic regions associated with the regulation of haemocytic activities (QTLs) or genes expression (eQTL) previously identified as potentially involved in the response to bonamiosis. This approach had never been used before on a bivalve mollusc. It has enabled to identify a positional correlation between the genomic regions involved in the survival or mortality to bonamiosis and those involved in the regulation of cellular or molecular responses.3 – At the population level, the experiment aimed at detecting possible differential responses against bonamiosis between oysters from three natural populations geographically and ecologically distinct. This study has enabled to identify a possible adaptation of oysters from the bay of Quiberon to the parasitosis. In order to improve the characterization of the natural resources of the European flat oyster, several populations covering the entire geographic range of the species were also studied. This study confirmed the high nucleotide diversity of the flat oyster, assessing for the first time the overall genetic diversity of natural populations of a marine bivalve mollusc. This study also enabled to identify the genetic structure of populations, with coincidences between geographical discontinuities in allele frequencies of molecular markers under positive or divergent selection and biogeographical barriers.

L’huître creuse, Crassostrea gigas, est une espèce dont la production aquacole représente un intérêt économique tant au niveau mondial qu’aux niveaux européen et français. Cependant, cette espèce subit des mortalités estivales enregistrées dès le début du 20ème siècle et, depuis 2008, ce phénomène s’est amplifié et menace essentiellement les huîtres juvéniles. La production aquacole d’huître creuse subit les conséquences de ces mortalités massives ; c’est pourquoi ce phénomène est étudié depuis de nombreuses années. En France, la bactérie Vibrio splendidus et le virus Ostreid Herpes Virus 1 (OsHV-1) sont le plus souvent associés aux épisodes de mortalités massives d’huîtres creuses juvéniles et il a été démontré que les individus sélectionnés pour leur résistance aux mortalités estivales étaient capables de ralentir l’augmentation de la charge virale en OsHV-1 dans leurs tissus puis de la faire régresser. Ces mêmes individus présenteraient également un effort reproducteur plus modeste que des individus sélectionnés pour leur sensibilité aux mortalités estivales. Ce travail de thèse s’inscrit dans ce contexte et a donc eu pour principal objectif d’améliorer la connaissance de l’architecture génétique de la reproduction de C. gigas en identifiant des régions du génome ou QTLs (Quantitative Trait Loci) impliquées dans l’effort reproducteur et de mettre en évidence d’éventuelles relations génétiques entre survie et reproduction, des QTLs impliqués dans la survie ayant déjà été détectés. Afin de caractériser l’effort reproducteur, il a été nécessaire de développer un ensemble de nouveaux outils. D’un point de vue biologique, 21 familles F2 ont été produites à partir des lignées sélectionnées pour leur réponse contrastée aux mortalités estivales. D’un point de vue moléculaire, de nouveaux marqueurs SNP (Single Nucleotide Polymorphism) ont été développés afin d’augmenter la densité de la carte génétique déjà disponible pour C. gigas. D’un point de vue technique, l’Imagerie par Résonance Magnétique (IRM) a permis d’observer la gamétogenèse de 300 individus d’une même famille F2 au cours de huit sessions réparties sur deux années alors que les études précédentes étaient limitées à une observation ponctuelle; les méthodes classiques d’observation de la gamétogenèse entrainant nécessairement la mort des animaux. Une forte corrélation a été mise en évidence entre les observations par IRM et par la méthode classique de l’histologie. En plus de l’estimation du rapport gonado-somatique (indice traditionnellement utilisé pour caractériser l’effort reproducteur), l’IRM a également permis d’observer des variations individuelles de la cinétique de la gamétogenèse ainsi que des différences entre les mâles et les femelles; le sexe étant identifiable sur les images obtenues par IRM. Parallèlement, 300 individus de deux autres familles F2 ont été sacrifiés pour estimer le rapport gonado-somatique par histologie. Cette approche a ainsi permis de détecter des QTLs impliqués dans de nombreux traits concernant la gamétogenèse. Des individus provenant des trois familles F2 caractérisés pour l’effort reproducteur ont été caractérisés pour la survie à un épisode de mortalités estivales. Cette étude a permis de détecter des QTLs impliqués dans le caractère « survie ». Ces QTLs correspondent, pour certains, à ceux détectés au cours d’une étude précédente. De plus, ces QTLs sont parfois colocalisés avec des QTLs impliqués dans l’effort reproducteur. Bien que la reproduction de l’huître creuse soit un caractère complexe à suivre, les nouveaux outils utilisés au cours de ce travail de thèse ont permis d’acquérir de nouvelles connaissances. Le séquençage du génome complet de Crassostrea gigas ainsi que les nouvelles méthodes de séquençage pourront peut-être permettre d’affiner les régions QTLs détectées. / The Pacific oyster, Crassostrea gigas, is a major aquacultured species whose production represents an economic interest at worldwide, european and french levels. However, this species undergoes summer mortalities recorded from the beginning of the 20th century and, since 2008, this phenomenon increased and threatens mainly juvenile oysters. Aquaculture production of oysters suffers consequences of mass mortalities, that’s why this phenomenon has been studied for many years. In France, the bacterium Vibrio splendidus and the Ostreid virus Herpes Virus 1 (OsHV-1) are often associated with mass mortality outbreaks of juveniles oysters and it was demonstrated that selected individuals for resistance to summer mortality were able to slow the increasing in viral load OsHV-1 in their tissues and then to decline it. These same individuals also present a lighter reproductive effort than individuals selected for their sensitivity to summer mortality. In this context, this study aimed to improve the knowledge of genetic architecture of reproduction of C. gigas by identifying some regions of the genome called QTLs (Quantitative Trait Loci) involved in reproductive effort and highlighting possible genetic relationships between reproduction and survival; QTLs involved in survival being already detected. To characterize the reproductive effort, it was necessary to develop a set of new tools. From a biological point of view, 21 F2 families were produced from lines selected for their contrasting response to summer mortality. From a molecular point of view, new SNPs (Single NucleotidePolymorphism) were developed to increase density of the genetic map already available for C. gigas. On a technical point of view, Magnetic Resonance Imaging (MRI) allowed to observe the gametogenesis of 300 individuals of the same family F2 during eight sessions over two years while previous studies were limited to a one-time observation because of the conventional methods of observation of gametogenesis leading necessarily to the death of the animals. A strong correlation was found between observations by MRI and observations by the conventional method of histology. In addition to the estimation of gonadic index (index traditionally used to characterize there productive effort), MRI also revealed individual variations in kinetics of gametogenesis and differences between males and females, the sex being identifiable on MRI images. In parallel, 300 individuals from two F2 families were sacrificed to estimate the gonadic index by histology. This approach enabled the detection of QTLs involved in many gametogenesis traits. Individuals from the three families characterized for F2 reproductive effort were characterized for survival during a summer mortality outbreak. This study was able to detect QTLs involved in the trait "survival". These QTLs correspond to some of those detected in a previous study. In addition, these QTLs are often collocated with QTLs involved in reproductive effort. Although there production of the Pacific oyster is a complex trait to follow, the new tools used in this thesis allowed acquiring new knowledges. The sequencing of genome of Crassostrea gigas and Next-Generation Sequencing technologies may be able to help to refine the detected QTL regions.