Global ETD Search

1	mRNA Import into Yeast Nuclei is Controlled by Components of Cytoplasmic P-bodies Pilkington, Guy Robert January 2008 (has links) In eukaryotes, the regulation of mRNA translation and decay provides a mechanism which can be finely tuned to control gene expression. This ability to control the life cycle of an mRNA begins with the control of mRNA export from the nucleus and extends to the processes which regulate the degradation of the message. In my work, summarized below, I describe how some of the proteins involved in cytoplasmic decay regulate many aspects of the control of mRNA and also describe a novel regulatory mechanism involving the relocation of cytoplasmic mRNA back into the nucleus of the cell.Firstly, I have identified that the protein Pat1, which has been shown to be critical for translational repression and activation of decapping, consists of essentially 3 major domains. By means of a deletional functional analysis, I show that two of these domains are the primary functional domains responsible for all of the currently ascribed function of Pat1. One domain promotes translational repression and P-body assembly, while the second domain promotes mRNA decapping after assembly of the mRNA into a P-body mRNP. Along with the first evidence that Pat1 binds to RNA, we also determine numerous domain-specific interactions with mRNA decapping factors.In eukaryotic cells mRNAs are produced in the nucleus followed by what is thought to be unidirectional export to the cytoplasm. In the cytosol, mRNAs either associate with ribosomes for translation or can be found in cytoplasmic RNP granules, termed P-bodies, when they are translationally repressed. I have now demonstrated that yeast mRNAs can be re-imported into the nucleus. Import of mRNAs into the nucleus is in competition with translation and increased in strains lacking specific components of cytoplasmic processing bodies, which also exhibit nuclear-cytoplasmic shuttling. This indicates that one function of cytoplasmic granules is to limit the import of cytoplasmic mRNAs back into the nucleus. These results demonstrate a novel pathway for mRNA import into the nucleus and suggest distinct pathways of mRNA export of nascent mRNAs and imported mRNAs. mRNA regulation P-body Pat1 nuclei import
2	Study of factors implicated in small ribosomal subunit biogenesis under differents growth conditions/Etude de facteurs intervenant dans la biogenèse de la petite sous unité ribosomique dans différentes conditions de croissance Leplus, Alexis A J C 15 January 2010 (has links) La biogenèse du ribosome est un processus complexe et dynamique qui nécessite de nombreuses étapes de maturation et de modification des ARNr ainsi que l’assemblage et le transport des RNPs précurseurs. Un ribosome mature contient une centaine de pièces, ARN et protéines confondus, mais son assemblage requiert l’intervention de plus de 400 facteurs de synthèse. De part le coût énergétique important de ce processus, plusieurs voies de régulation interviennent pour contrôler la biogenèse des ribosomes en fonction des conditions nutritives. L’une des voies les plus connue est la voie TOR (Target of rapamycin). Cette voie de régulation agît principalement au niveau de la transcription des différents intervenants de la biogenèse : les ARNr, les protéines ribosomiques mais aussi les facteurs de synthèse. Ces facteurs, ayant une action transitoire dans la maturation des ribosomes, sont, par économie, recyclés pour la synthèse de nouveaux ribosomes. Nous nous sommes donc intéressés au devenir de ces facteurs, plus particulièrement de ceux intervenants dans la biogenèse de la petite sous unité, lorsque les conditions environnementales sont inadaptées à la croissance cellulaire. Ainsi, nous avons pu montré, pour quatre facteurs particuliers : Dim2, Rrp12, Hrr25 et Fap7, que leur localisation est dépendante de la synthèse ribosomique. Ainsi, lors de carence en sources nutritives, l’inhibition de la synthèse et de l’activité ribosomique entraîne un confinement de ces facteurs ribosomiques dans le nucléole ou dans des corps cytoplasmiques. En outre, la localisation particulière des facteurs ribosomiques Hrr25 et Fap7 dans les P-bodies en phase de croissance saturée laisse penser que ces corps cytoplasmiques sont le lieu de dégradation des pré-ribosomes lorsque les carences nutritives perdurent. facteurs ribosomiques stress granules P-body stress granules small ribosomal subunit biogenesis export nucléocytoplasmique nucleocytoplasmic export ribosomal factors
3	An examination of the effects of 4E-T-mediated re-localization of eIF4E on eIF4E function Wu, Mona K. 12 1900 (has links) Le facteur d'initiation de la traduction chez les eukaryotes eIF4E (4E) est un puissant oncogène en raison de sa capacité à faciliter l'export et/ou la traduction de certains transcripts, dont beaucoup sont eux-mêmes des oncogènes. 4E intéragit avec un grand nombre de protéines régulatrices dont la protéine 4E-T (pour 4E-Transporter). La capacité de 4E-T à modifier la localisation subcellulaire de 4E pourrait offrir un mécanisme permettant de modifier le potentiel oncogène d'une cellule. La surexpression de 4E-T dans des cellules d'ostéosarcome conduit à l’augmentation du nombre et de la taille des P-bodies, dans lesquels 4E colocalisent avec 4E-T mais pas avec la version tronquée 4E-T/Y30A. Cependant, les différentes expériences menées, permettant d’analyser les taux de transcription, la quantité de protéine, les profiles polysomiques ainsi que la distribution nucléo-cytoplasmique, montrent que la surexpression de 4E-T n'a pas d'effet sur la fonction de 4E. L'observation d’un enrichissement cytoplasmique et d’une charge réduite de ribosomes sur les transcripts codant les protéines cycline D1 et ODC (profile polysomique) dans la lignée 4E-T suggère un role de 4E-T dans la séquestration cytoplasmique de certains transcrips par un mécanisme qui reste encore à déterminer. / The eukaryotic translation initation factor eIF4E (4E) is a potent oncogene due to its ability to facilitate export and/or translation of certain transcripts, many of which are, themselves, oncogenes. 4E has many protein-binding partners including the 4E transporter protein (4ET). The ability to alter the subcellular localization of 4E via 4E-T could offer a mechanism by which to alter the oncogenic potential of a cell. Overexpression of 4E-T in osteosarcoma cells leads to formation of larger and more numerous P-bodies that can effectively colocalize with 4E than either a vector control (E) or a less efficient 4E-binding version of 4E-T (Y30A). However, the overexpression of 4E-T did not affect the 4E’s function as determined by examining global levels of transcription, polysome profile, cytoplasmic/nuclear distribution, or protein levels of most of the transcripts tested. The observation that there was cytoplasmic enrichment and reduced loading of ribosomes on cyclin D1 and ODC transcripts (polysome profile) in the 4ET line suggests a possible 4ETmediated cytoplasmic sequestration of certain transcripts by an as yet to be determined mechanism. 4ET eIF4E P-body
4	An examination of the effects of 4E-T-mediated re-localization of eIF4E on eIF4E function Wu, Mona K. 12 1900 (has links) Le facteur d'initiation de la traduction chez les eukaryotes eIF4E (4E) est un puissant oncogène en raison de sa capacité à faciliter l'export et/ou la traduction de certains transcripts, dont beaucoup sont eux-mêmes des oncogènes. 4E intéragit avec un grand nombre de protéines régulatrices dont la protéine 4E-T (pour 4E-Transporter). La capacité de 4E-T à modifier la localisation subcellulaire de 4E pourrait offrir un mécanisme permettant de modifier le potentiel oncogène d'une cellule. La surexpression de 4E-T dans des cellules d'ostéosarcome conduit à l’augmentation du nombre et de la taille des P-bodies, dans lesquels 4E colocalisent avec 4E-T mais pas avec la version tronquée 4E-T/Y30A. Cependant, les différentes expériences menées, permettant d’analyser les taux de transcription, la quantité de protéine, les profiles polysomiques ainsi que la distribution nucléo-cytoplasmique, montrent que la surexpression de 4E-T n'a pas d'effet sur la fonction de 4E. L'observation d’un enrichissement cytoplasmique et d’une charge réduite de ribosomes sur les transcripts codant les protéines cycline D1 et ODC (profile polysomique) dans la lignée 4E-T suggère un role de 4E-T dans la séquestration cytoplasmique de certains transcrips par un mécanisme qui reste encore à déterminer. / The eukaryotic translation initation factor eIF4E (4E) is a potent oncogene due to its ability to facilitate export and/or translation of certain transcripts, many of which are, themselves, oncogenes. 4E has many protein-binding partners including the 4E transporter protein (4ET). The ability to alter the subcellular localization of 4E via 4E-T could offer a mechanism by which to alter the oncogenic potential of a cell. Overexpression of 4E-T in osteosarcoma cells leads to formation of larger and more numerous P-bodies that can effectively colocalize with 4E than either a vector control (E) or a less efficient 4E-binding version of 4E-T (Y30A). However, the overexpression of 4E-T did not affect the 4E’s function as determined by examining global levels of transcription, polysome profile, cytoplasmic/nuclear distribution, or protein levels of most of the transcripts tested. The observation that there was cytoplasmic enrichment and reduced loading of ribosomes on cyclin D1 and ODC transcripts (polysome profile) in the 4ET line suggests a possible 4ETmediated cytoplasmic sequestration of certain transcripts by an as yet to be determined mechanism. 4ET eIF4E P-body
5	Study of factors implicated in small ribosomal subunit biogenesis under differents growth conditions / Etude de facteurs intervenant dans la biogenèse de la petite sous unité ribosomique dans différentes conditions de croissance Leplus, Alexis 15 January 2010 (has links) La biogenèse du ribosome est un processus complexe et dynamique qui nécessite de nombreuses étapes de maturation et de modification des ARNr ainsi que l’assemblage et le transport des RNPs précurseurs. Un ribosome mature contient une centaine de pièces, ARN et protéines confondus, mais son assemblage requiert l’intervention de plus de 400 facteurs de synthèse. De part le coût énergétique important de ce processus, plusieurs voies de régulation interviennent pour contrôler la biogenèse des ribosomes en fonction des conditions nutritives. L’une des voies les plus connue est la voie TOR (Target of rapamycin). Cette voie de régulation agît principalement au niveau de la transcription des différents intervenants de la biogenèse :les ARNr, les protéines ribosomiques mais aussi les facteurs de synthèse. Ces facteurs, ayant une action transitoire dans la maturation des ribosomes, sont, par économie, recyclés pour la synthèse de nouveaux ribosomes. Nous nous sommes donc intéressés au devenir de ces facteurs, plus particulièrement de ceux intervenants dans la biogenèse de la petite sous unité, lorsque les conditions environnementales sont inadaptées à la croissance cellulaire. Ainsi, nous avons pu montré, pour quatre facteurs particuliers :Dim2, Rrp12, Hrr25 et Fap7, que leur localisation est dépendante de la synthèse ribosomique. Ainsi, lors de carence en sources nutritives, l’inhibition de la synthèse et de l’activité ribosomique entraîne un confinement de ces facteurs ribosomiques dans le nucléole ou dans des corps cytoplasmiques. En outre, la localisation particulière des facteurs ribosomiques Hrr25 et Fap7 dans les P-bodies en phase de croissance saturée laisse penser que ces corps cytoplasmiques sont le lieu de dégradation des pré-ribosomes lorsque les carences nutritives perdurent. / Doctorat en Sciences / info:eu-repo/semantics/nonPublished Sciences exactes et naturelles Biologie Life -- Origin Ribosomes Nucleolus RNA Vie -- Origines Ribosomes Nucléole ARN small ribosomal subunit biogenesis stress granules P-body facteurs ribosomiques export nucléocytoplasmique nucleocytoplasmic export ribosomal factors
6	A zinc-finger-containing protein ZCCHC3 is an anti-retroviral host factor / ジンクフィンガー含有タンパク質ZCCHC3は抗レトロウイルス宿主因子です Binbin Yi 23 May 2024 (has links) 京都大学 / 新制・課程博士 / 博士(生命科学) / 甲第25515号 / 生博第531号 / 新制\|\|生\|\|70(附属図書館) / 京都大学大学院生命科学研究科統合生命科学専攻 / (主査)教授荒木崇, 教授野田岳志, 教授谷口雄一 / 学位規則第4条第1項該当 / Doctor of Philosophy in Life Sciences / Kyoto University / DFAM retroviruses host restriction factor p-body membraneless organelle innate immune system ZCCHC3 460
7	TDP-43 régule la dynamique et la fonction des Granules de Stress via G3BP1 Aulas, Anaïs 12 1900 (has links) Les Granule de Stress (GS) sont des inclusions cytoplasmiques contenant des protéines et des ARNm qui s’assemblent en réponse à l’exposition à un stress. Leur formation fait partie intégrante de la réponse cellulaire au stress et est considérée comme une étape déterminante pour la résistance au stress et la survie cellulaire. Actuellement, les GS sont reliés à divers pathologies allant des infections virales aux maladies neurovégétatives. L’une d’entre elle, la Sclérose Latérale Amyotrophique (SLA) est particulièrement agressive, caractérisée par une perte des neurones moteurs aboutissant à la paralysie et à la mort du patient en cinq ans en moyenne. Les mécanismes de déclenchement de la pathologie restent encore à déterminer. TDP-43 (TAR DNA binding protein 43) et FUS (Fused in liposarcoma) sont deux protéines reliées à la pathologie qui présentent des similarités de structure et de fonction, suggérant un mécanisme commun de toxicité. TDP-43 et FUS sont toutes les deux recrutées au niveau des GS en condition de stress. Nous avons démontré pour la première fois que la fonction des GS est de protéger les ARNm de la dégradation induite par l’exposition au stress. Cette fonction n’était que suspectée jusqu’alors. De plus nous avons mis en évidence que G3BP1 (Ras GTPase-activating protein-binding protein 1) est l’effectrice de cette fonction via son implication dans la dynamique de formation des GS. TDP-43 étant un régulateur de G3BP1, nous prouvons ainsi que la perte de fonction de TDP-43/G3BP1 aboutit à un défaut de réponse au stress aboutissant à une vulnérabilisation cellulaire. Le mécanisme de toxicité emprunter par FUS diffère de celui de TDP-43 et ne semble pas passer par une perte de fonction dans le cadre de la réponse au stress. / Stress Granule (SGs) are cytoplasmic inclusions sequestering proteins and mRNAs following a stress exposure. Their assembly is part of the cell stress response and is considered an important step for stress resistance and cell survival. SG are currently linked to different pathogenesis from viral infection to neurodegenerative diseases such as amyotrophic lateral sclerosis (ALS).ALS is an aggressive disease, characterized by neuronal death leading to paralysis and death within five years. Pathogenesis mechanisms are still not fully understood. TDP-43 (TAR DNA binding protein 43) and FUS (Fused in liposarcoma) are two proteins linked to the disease that share many structural features and functions suggesting a common toxicity mechanism. TDP-43 and FUS are both recruited to SGs in stress conditions. We demonstrate for the first time that SGs function to protect mRNA from degradation induced after stress exposure, a function that was only suspected until now. We also prove that G3BP1 (Ras GTPase-activating protein-binding protein 1) is the effector of this function via it’s implication in the dynamics of SG formation. As TDP-43 is a regulator of G3BP1, we prove that loss of TDP-43/G3BP1 function leads to a stress response defect yielding increased cellular vulnerability. Furthermore, we have discovered that the mechanism of toxicity for FUS is different from TDP-43, and does not implicate a loss of function mechanism during the cell stress response. TDP-43 G3BP1 FUS Granule de Stress P-Body Sclérose Latérale Amyotrophique ARNm Réponse au stress Stress Granule mRNA Amyotrophic Lateral Sclerosis Stress response
8	Micro RNA-Mediated regulation of the full-length and truncated isoforms of human neurotrophic tyrosine kinase receptor type 3 (NTRK 3) Guidi, Mònica 13 January 2009 (has links) Neurotrophins and their receptors are key molecules in the development of thenervous system. Neurotrophin-3 binds preferentially to its high-affinity receptorNTRK3, which exists in two major isoforms in humans, the full-length kinaseactiveform (150 kDa) and a truncated non-catalytic form (50 kDa). The twovariants show different 3'UTR regions, indicating that they might be differentiallyregulated at the post-transcriptional level. In this work we explore howmicroRNAs take part in the regulation of full-length and truncated NTRK3,demonstrating that the two isoforms are targeted by different sets of microRNAs.We analyze the physiological consequences of the overexpression of some of theregulating microRNAs in human neuroblastoma cells. Finally, we providepreliminary evidence for a possible involvement of miR-124 - a microRNA with noputative target site in either NTRK3 isoform - in the control of the alternativespicing of NTRK3 through the downregulation of the splicing repressor PTBP1. / Las neurotrofinas y sus receptores constituyen una familia de factores crucialespara el desarrollo del sistema nervioso. La neurotrofina 3 ejerce su funciónprincipalmente a través de una unión de gran afinidad al receptor NTRK3, del cualse conocen dos isoformas principales, una larga de 150KDa con actividad de tipotirosina kinasa y una truncada de 50KDa sin dicha actividad. Estas dos isoformasno comparten la misma región 3'UTR, lo que sugiere la existencia de unaregulación postranscripcional diferente. En el presente trabajo se ha exploradocomo los microRNAs intervienen en la regulación de NTRK3, demostrando que lasdos isoformas son reguladas por diferentes miRNAs. Se han analizado lasconsecuencias fisiológicas de la sobrexpresión de dichos microRNAs utilizandocélulas de neuroblastoma. Finalmente, se ha estudiado la posible implicación delmicroRNA miR-124 en el control del splicing alternativo de NTRK3 a través de laregulación de represor de splicing PTBP1. RISC complex retinoic acid renilla luciferase real-time quantitative PCR PTBP1 pri-miRNA pre-miRNA post-transcriptional regulation piRNA PicTar pGL4.13 PCR P-body p75NTR overexpression NTRK3 NTRK2 NTRK1 non-coding RNAs NGF neurotrophin neurotrophic signaling neuronal differentiation neurodevelopment neuroblastoma nervous system mRNA miRNA target prediction miRNA profiling miRNA mimic miRNA microarray miRNA inhibitor miRanda microRNA microarray luciferase assay Ingenuity Pathway Analysis (IPA) heLa cells gene silencing gene regulation full-length isoform (FL-NTRK3) firefly luciferase ERK disease dicer cancer development BDNF argonaute alternative splicing 3'UTR RNAhybrid RT-PCR SH-SY5Y cells siRNA standard error synaptic plasticity target validation TargetScan transfection translational repression TrkA TrkB TrkC truncated isoform (TR-NTRK3) tyrosine kinase (TK) western blot 575 61

Search results