Le nanomagnétisme est actuellement un champ d'investigation très actif grâce aux développements de méthodes de synthèse et d'investigation originales. Cette thèse s'attache à sonder le magnétisme de nanofils magnétiques synthétisés par un procédé polyol. Ce procédé présente l'avantage de fournir un large éventail d'objets magnétiques anisotropes présentant une très bonne qualité cristalline. Les nanofils ainsi synthétisés présentent des diamètres variant de 7nm à 20nm, leur conférant un mode de renversement de l'aimantation cohérent. Cette thèse montre que les nanofils ainsi synthétisés ont des coercivités élevées comparées à celles de nanofils synthétisés par d'autres voies. Par ailleurs, les effets de l'oxydation de ces nanofils sur leurs propriétés magnétiques ont été étudiés. Les mesures magnétiques ont révélé une dépendance en température des champs d'échange et coercitif non reportée jusqu'à présent dans la littérature. Cela a permis de mettre en lumière le rôle prépondérant des fluctuations superparamagnétiques des grains antiferromagnétiques d'oxyde de cobalt dans le phénomène d'Exchange Bias. Enfin, cette thèse a aussi eu pour objectif de développer la technique de Diffusion de Neutrons Polarisés aux Petits Angles pour sonder le magnétisme de nanofils. Jusqu'à présent, cette technique a été surtout réservée à l'étude d'objets magnétiques isotropes. En effet, l'alignement des nanofils est crucial pour extraire des informations quantitatives d'une telle étude. C'est pour cela, qu'outre les nanofils synthétisés par procédé polyol, des nanofils inclus dans des matrices d'alumine poreuse ont aussi été étudiés par cette technique. Cette étude a ainsi montré la nécessité de prendre en compte le champ dipolaire- habituellement négligé- dans l'analyse des figures de diffusion.

Résumé : L'évolution des structures poreuses du graphite et de la vermiculite expansés a été étudiée in situ sous pression uniaxiale. Les propriétés d'un matériau résultant des propriétés intrinsèques à la matrice et de celles dues à la porosité, les études faites dans ce travail ont porté sur deux échelles différentes. Les évolutions structurales de la structure cristalline du graphite et de la vermiculite ont d'abord été étudiées à haute pression en cellule à enclumes de diamant. Cette partie du travail a permis d'établir les équations d'état de la vermiculite et de contribuer, de manière significative, à la caractérisation de la phase haute pression du graphite: une nouvelle phase, le Carbone Z, a été proposée après l'analyse des données de la spectroscopie Raman couplée aux simulations. Des développements techniques ont été particulièrement réalisés pour permettre d'étudier in situ l'évolution de la porosité sous pression par diffusion aux petits angles sous pression. L'application du modèle fractale à l'analyse des données a permis de suivre l'évolution de la dimension fractale et de la surface spécifique apparente. Les échantillons étudiés sont des formes comprimées de graphite et de vermiculite expansés dans lesquelles les plans basaux des cristallites ont une orientation préférentielle. Sous pression uniaxiale, la structure poreuse du graphite expansé comprimé évolue à travers un effondrement irréversible des pores ou un cisaillement de la matrice suivant l'orientation de la pression appliquée par rapport à l'orientation préférentielle des plans basaux des cristallites. Des expériences complémentaires de mesures électriques et de mesures de la porosité par intrusion de mercure ont permis de confirmer ces modèles proposés. Dans la vermiculite expansée comprimée, les fissures apparaissent, de manière générale, sous l'effet de la pression uniaxiale.

Les mécanismes régissant la formation de complexes constitués de chaînes polymères chargées (polyélectrolytes) et de protéines, rencontrés dans l'agro-alimentaire, la pharmacologie ou la biologie, mènent à des structures mal connues jusqu'ici. Nous les avons étudiées par Diffusion de Neutrons aux Petits Angles (DNPA), associée au marquage par deutériation du polymère et à la variation de contraste dans des mélanges eau lourde - eau légère. La protéine est le lysozyme (chargé positivement à pH < 11) et le polyélectrolyte le polystyrène sulfonate (PSS, toujours chargé négativement) ; le rapport des charges apportées<br />([-]/[+]) est un paramètre essentiel. Lorsqu'il est proche de 1, on obtient soit un gel de PSS réticulé par les protéines, qui contractent partiellement les chaînes de PSS, tout en les laissant en régime interpénétré (semi dilué), soit des globules denses (rayon ~10 nm) avec agrégation fractale à plus grande échelle lorsque, après contraction, les chaînes sont trop courtes et passent en régime désinterpénétré (dilué). Cette structure très bien définie a permis une étude fouillée: nous avons montré que le coeur des globules possède une charge nulle, que les espèces introduites en excès du point de vue électrostatique restent en solution, éventuellement dans des couronnes pour le PSS, et que leur taille finie est fixée par la force ionique. Une mesure spécifique de la localisation des contre-ions a prouvé qu'ils sont expulsés du coeur des complexes lors de leur formation. La conformation des chaînes au sein des complexes a été mesurée par marquage adapté. Enfin lorsque [-]/[+]>>1, un réseau transitoire fluide et limpide de protéines dénaturées par le PSS est obtenu.

Thèse doctorat : Physique : Strasbourg 1 : 2006. / Titre provenant de l'écran-titre. Bibliogr. 3 p.

Thèse de doctorat : Urbanisme : Università degli studi di Palermo : 2008. Thèse de doctorat : Urbanisme : Paris 12 : 2008. / Thèse soutenue en co-tutelle. Texte italien seul. Titre provenant de l'écran titre. Pagination : 227 p.

Chez les métazoaires, la mobilisation des éléments transposables est régulée par de petits ARN non codants appelés piARN pour "PIWI interacting RNA". Cette répression est très étudiée dans la lignée germinale adulte où elle est particulièrement efficace. Néanmoins, la mobilisation de ces éléments doit être régulée tout au long du développement de la lignée germinale, qui transmet l’information génétique à travers les générations. Durant ma thèse, j’ai utilisé le modèle D. melanogaster pour étudier la répression des éléments transposables au cours du développement de la lignée germinale femelle. J’ai ainsi pu montrer qu’une répression fonctionnelle par les piARN existe dès la fin de l’embryogenèse et que les gènes liés à la régulation chez l'adulte sont également nécessaires pour la répression au cours du développement. L’analyse de données de séquençage haut débit m’a permis de mettre en évidence la production de novo de piARN fonctionnels dans les gonades en formation. De plus, comme dans les ovaires adultes, j'ai pu remarquer une répression incomplète, ressemblant à la variégation, à tous les stades du développement. Des expériences de lignage cellulaire suggèrent fortement qu'une mémoire épigénétique précoce est initiée dans les cellules germinales embryonnaires et maintenue jusqu'au stade adulte. L'implication de l'Heterochromatin Protein 1a (HP1a) dans la production des piARN télomériques montrée par séquençage des piARN pourrait expliquer ce phénomène . Les données présentées ici montrent que piARN et leurs partenaires protéiques sont les composants d'un système de répression épigénétique continu tout au long de la vie des cellules germinales. / In metazoan germ cells, transposable element activity is repressed by small noncoding PIWI-associated RNAs (piRNAs). Numerous investigations in Drosophila have enlightened the mechanism of this repression in the adult germline. However, very little is known about piRNA-mediated repression during germline development. Nevertheless, to maintain the integrity of the genome, repression should occur throughout the lifespan of germ cells. During my PhD, I show that piRNA-mediated repression is active in the female germline, from late embryonic to pupal primordial germ cells, and that genes related to the adult piRNA pathway are required for repression during development. rhino-dependent piRNAs, exhibiting the molecular signature of the piRNA pathway "ping-pong" amplification step, are detected in larval gonads, arguing for de novo biogenesis of functional piRNAs during development. I also show that production of telomeric piRNAs depends on Heterochromatin Protein 1a (HP1a). Furthermore, as in adult ovaries, I observe an incomplete, bimodal and stochastic repression resembling variegation at all developmental stages. Clonal analyzes of this incomplete silencing strongly suggest that a cellular memory of an early repression decision is initiated in embryonic germ cells and further maintained until the adult stage. Taken together, the data presented here show that piRNAs and their associated proteins are epigenetic components of a continuous repression system throughout germ cell development.

Parmi les petits ARN non codants, les fragments dérivant d’ARNt (tRF) ont été identifiés dans tous les embranchements de la vie. Cependant, très peu de donnée existe sur les tRF de plantes. Les populations de tRF issues de plusieurs banques de petits ARN (différents tissus, plantes soumises à des stress abiotiques, ou fractions immunoprécipitées avec la protéine ARGONAUTE1) ont été analysées. Les populations sont essentiellement constituées de tRF-5D ou des tRF-3T (clivage dans la boucle D ou T respectivement) et elles varient d’une banque à l’autre. Par une approche in silico suivie de tests de clivage in vitro, des RNases T2 d’A. thaliana (RNS) ont été identifiées comme étant capables de cliver les ARNt dans la région de l’anticodon, de la boucle D et de la boucle T. Lors de l’étude de l’expression des RNS, nous avons observé que deux d’entre elles sont fortement exprimées à un stade de maturation tardif des siliques. Ainsi, la population en tRF issue de stades de développement avancés des siliques a été analysée. Des expériences de carences en phosphate nous ont permis de démontrer l’implication d’une des RNS dans la genèse de tRF dans A. thaliana. Au final, nos données ouvrent de nouvelles perspectives quant à l’implication des RNS et des tRF comme des acteurs majeurs dans l’expression des gènes chez les plantes. / Among the small ncRNAs, tRNA-derived RNA fragments (tRFs) were identified in all domains of life. However, only few data report on plants tRFs. Short tRF were retrieved from A. thaliana small RNA libraries (various tissues, plants submitted to abiotic stress or argonaute immunoprecipitated fractions). Mainly tRF-5D or tRF-3T (cleavage in the D or T region respectively) were found, and fluctuations in the tRF population were observed.Using in vitro approaches, A. thaliana RNase T2 endoribonucleases (RNS) were shown to cleave tRNAs in the anticodon region but also in the D or T region. Through a whole study of RNS expression, we show that two RNS are also strongly expressed in the siliques at a late stage of development. Thus, we analyzed the tRF population of this particular developmental stage. Upon phosphate starvation, we demonstrate also the implication of one RNS in the production of tRFs in planta. Altogether, our data open new perspectives for RNS and tRFs as major actors of gene expression inplants.

Les petits ARN nucléolaires (snoARN) sont d'abondants petits ARN non codants impliqués dans la modification post-transcriptionnelle des ARN ribosomiques. Plus récemment, ils ont été associés à de nouvelles fonctions et des dérégulations dans les cancers. La leucémie lymphoïde chronique (LLC) est l'hémopathie maligne la plus courante dans les pays occidentaux. Cette pathologie, bien qu'indolente, est toujours incurable et est très hétérogène en termes d'évolution et de réponse au traitement. Il est ainsi nécessaire de découvrir de nouveaux marqueurs permettant de stratifier le risque d'évolution de la LLC afin d'améliorer la prise en charge thérapeutique des patients. Le but de mon projet a été d'étudier les profils d'expression des snoARN dans la LLC et de les corréler aux données cliniques et biologiques. Par des expériences de PCR quantitative à grande échelle (Fluidigm), j'ai mis en évidence la dérégulation des snoARN dans la LLC. De plus, j'ai pu montrer qu'une signature spécifique était capable de définir un nouveau sous-groupe de mauvais pronostic au sein des patients IGHV-mutés, initialement classés dans un groupe de bon pronostic. La surexpression de la signature est corrélée à un temps de survie sans traitement plus court et semble être principalement activée par les signaux de prolifération. Ainsi, cette étude démontre l'intérêt d'étudier la valeur pronostique des snoARN dans la LLC et plus largement dans les hémopathies malignes. / Small nucleolar RNAs (snoRNAs) are an abundant class of small non-coding RNAs responsible for the post-transcriptional modifications of ribosomal RNAs. They have been recently associated with new functions and described as deregulated in many cancers. Chronic lymphocytic leukemia (CLL) is the most frequent leukemia in the western world. This disease has a slow progression rate but is still incurable and is also very heterogeneous in terms of clinical course and response to therapy. Thus, it is essential to find new molecular markers allowing improvement of patient therapeutic care. This study aimed at establishing the expression profiles of snoRNAs in a CLL cohort and to correlate them to the clinico-biological parameters. By means of high-throughput quantitative PCR, I showed that snoRNAs were deregulated in CLL. Moreover, a specific signature was able to define a new adverse prognostic subgroup among IGHV-mutated patients, initially classified as good prognosis cases. The overexpression of the signature is correlated to a shorter treatment-free survival and seems to be mainly activated by proliferation signals. All in all, this study demonstrates the prognostic value of snoRNAs in CLL and prompts us to further explore their deregulation in hematological malignancies.

Les TAS (Telomeric Associated Sequences) sont des régions sub-télomériques répétées non codantes formant un locus hétérochromatique chez Drosophila melanogaster. Il existe deux grandes familles de TAS, les TAS-R et les TAS-L possédant une structure et des propriétés différentes. Durant cette thèse, j'ai montré que les TAS dériveraient d'une séquence commune appelée TLL rapprochant ainsi les TAS-R et les TAS-L. Par ailleurs, une étude des populations de drosophiles récoltées récemment dans la nature a permis de montrer qu'il existe une pression de sélection pour la présence du TAS-X dans ces souches alors que celui peut être perdu quand les drosophiles sont maintenues dans les laboratoires pendant plusieurs générations. Le TAS-X pourrait avoir un rôle différent dans la nature. Par ailleurs, j'ai montré que les locus TAS permettent l'établissement de la répression des séquences qui s'y insèrent par la transmission de ses propriétés épigénétiques. Ce type de mécanisme pourrait être généralisé aux autres locus producteurs de piRNA du génome qui assurerait ainsi la répression d'un nouvel élément qui arriverait dans une " trappe génomique ". / TAS (Telomeric Associated Sequences) are heterochromatic subtelomeric region made of non coding repeated sequences in Drosophila melanogaster. There are two TAS families : TAS-R and TAS-L, with different structures and properties. In this study, we are showing that the TAS could have derived from a common sequence called TLL suggesting that TAS-R and TAS-L are more related than previously thought. Moreover, analysis of drosophila populations recently collected from the wild have shown that there is selection pressure for the presence of TAS-X in those lines, while this locus can be lost when flies are maintened in laboratory conditions for several generations. Thus TAS-X could have a special role in the wild. I have also shown that TAS loci transfer their epigenetic properties to the sequences that land in their loci, thereby establishing their repression. This kind of mechanism could be generalized to the other genomic piRNA producing loci that would ensure the repression of a novel element landing in a « genomic trap ».

L’objectif de l’étude est d’évaluer la durabilité de la filière laitière de petits ruminants au Liban et d’identifier ses faiblesses afin de proposer des solutions garantissant sa pérennité. Les résultats d’une enquête englobant 129 éleveurs (Srour, 2006) ainsi que de trois enquêtes portant sur 15 transformateurs, 83 distributeurs et 250 consommateurs ont été agrégés en 12 paramètres représentant les trois volets de la durabilité (environnementale, sociale et économique). Les résultats ont été utilisés pour concevoir un cahier des charges englobant des solutions aux problèmes de la durabilité ; celui-ci a été validé auprès de 16 producteurs, 15 transformateurs, 17 distributeurs et 20 consommateurs. Les producteurs sont responsables de l’impact environnemental le plus important de la filière et souffrent d’une fragilité économique élevée. Les transformateurs sont caractérisés par un manque d’investissement et de politique de traitement des déchets, mais présentent les meilleures conditions sociales à leurs employés et sont les plus performants au niveau de la valeur ajoutée malgré un taux faible de croissance. Chez les distributeurs, les épiceries sont en régression face à des grandes surfaces en pleine expansion et offrant de meilleures conditions sociales à leurs employés. Les consommateurs ignorent le concept de la durabilité et basent leur confiance sur les vendeurs pour l’achat des produits traditionnels. La mise en place de cahier des charges est soutenue par son originalité, l’absence de produits similaires et la situation géographique, mais elle doit prendre en considération la réceptivité du marché (local et extérieur) et l’absence d’infrastructure spécialisée / The aim of this study is to evaluate the sustainability of dairy small ruminant supply chain in Lebanon and to identify its weaknesses in order to suggest solutions guaranteeing its durability. The results relevant to a survey covering 129 breeders (Srour, 2006) and to three other surveys covering 15 processors, 83 distributors and 250 consumers were combined in 12 parameters representing the three facets of sustainability (environmental, social and economical). The results were used to design a labelling scheme containing solutions to sustainability problems; the latter was then validated with 16 breeders, 15 processors, 17 distributors, and 20 consumers. The breeders are responsible for the most important environmental impact of the supply chain and suffer from a high economical fragility. The processors are characterized with a shortage of investment and waste treatment policy but present the best social conditions to their employees and hold the best added value performance despite a weak growth rate. At the distributors’ level, groceries are in regression, facing large retailers in full expansion and offering better social conditions to their employees. The consumers ignore the sustainability concept and base their trust on the salesmen in buying traditional products. The application of the labelling scheme is supported by its originality, the absence of similar products and the geographical situation, but it has to take into consideration the receptiveness of the market (local and foreign) and the absence of specialized infrastructure