L'évaluation de l'impact des polluants dans l'environnement est une des préoccupations majeures qui s'inscrit dans la Directive Européenne Cadre Eau 2000. Les réglementations préconisées ont notamment pour objectif de parvenir au bon état chimique et écologique des masses d'eau. Dans ce contexte, notre étude a consisté à développer une approche multibiomarqueur sur des juvéniles de poisson afin d'évaluer les effets biologiques de la pollution chimique en milieu littoral. Des paramètres moléculaires de détoxification (EROD, GST) et une enzyme antioxydante (CAT) ont été utilisés en tant que "système d'alarme " susceptibles de détecter une perturbation avant l'apparition de signes pathologiques irréversibles. En parallèle, différents biomarqueurs physiologiques (croissance somatique et récente, rapport ARN/ADN, indices morphométrique et lipidique) ont été analysés en considérant que ceux-ci pourraient révéler les dommages induit par les polluants sur l'état de santé des juvéniles. La sensibilité et la pertinence des biomarqueurs moléculaires et physiologiques ont été testés expérimentalement sur des juvéniles : i) de bar exposés à une pollution aigüe de pétrole, ii) de bar et de turbot soumis à des mélanges de contaminants en concentrations environnementales en conditions contrôlée et semi-contrôlée (" caging "). Nos résultats montrent la capacité de l'EROD, et à un degré moindre de la GST, à détecter une exposition courte (2 et 4 jours) des organismes au pétrole et à refléter ses effets délétères sur leur état de santé. Cette relation entre biomarqueurs moléculaires et physiologiques a par contre été plus difficilement établie dans un contexte de pollution multiple. Les indices de croissance et de condition utilisés se sont avérés plus sensibles aux différents niveaux de contamination analysés (métaux et HAPs). Leur utilisation a permis d'évaluer la condition affaiblie des organismes mis en cage en milieu portuaire pendant 38 jours. Cette expérience de " caging " s'est révélée concluante, notamment pour les juvéniles de bar, sur lesquels aucun stress physiologique de la mise en cage n'a été détecté dans la station de référence. Les effets délétères des contaminants chimiques sur l'état de santé des juvéniles de turbot ont également été observés en condition contrôlée après exposition de 21 jours aux mêmes sédiments portuaires et à un sédiment estuarien. En complément de ces expériences, une étude de terrain a été réalisée sur des juvéniles de flet prélevés dans des estuaires le long de la côte française et belge. Une diminution des indices morphométrique et lipidique des juvéniles de flet, issu des trois estuaires anthropisés, a été observée en relation avec des bioconcentrations en métaux plus élevées que l'estuaire de référence. Les résultats issus de ces différentes études montrent la potentialité des indices de croissance et de condition à révéler les effets biologiques des contaminants chimiques sur les juvéniles de poissons marins. Cependant, leur spécificité vis à vis des polluants étant plus faible que les paramètres de détoxification, leur utilisation peut être limitée. Ces travaux montrent ainsi le besoin d'utiliser des biomarqueurs à différents niveaux d'organisation biologique dans les programmes de biosurveillance.

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

La compréhension des facteurs susceptibles d'influencer la survie des larves dans la colonne d'eau est d'une importance capitale pour prévoir les fluctuations des abondances de poissons en un site donné. L'objectif de cette thèse est donc de décrire la composition et la diversité des assemblages de larves de poissons en fin de phase pélagique dans les baies et le lagon de Nouvelle-Calédonie, et de mettre en relation leur structure spatiale et temporelle avec divers facteurs abiotiques et biotiques de l'environnement. Les abondances et la diversité de larves sont apparues maximales pendant la saison chaude, entre septembre et février. La durée d'ensoleillement par jour suivie par les conditions de vent à l'échelle du site, et la température de surface de l'eau suivie par la concentration en chlorophylle à l'échelle de la station ont le mieux expliqué les variations d'abondance des larves de différentes familles. La hiérarchie de ces différents facteurs est apparue similaire dans des sites contrastés, suggérant que ces variables constituent de bons facteurs prédictifs pour de futurs modèles spatialisés de la structure des assemblages. Des similitudes de structure entre les assemblages d'adultes résidant dans les herbiers et les assemblages de larves collectés à proximité suggèrent que les communautés d'adultes peuvent également jouer un rôle. Comme l'alimentation constitue un processus essentiel de la survie des larves, le régime alimentaire de différents taxons a été analysé. Les densités et proportions relatives des catégories de proies zooplanctoniques préférées par les larves sont apparues plus élevées dans les baies que dans les zones lagonaires, mais aucune relation significative entre la distribution des larves et celle de leurs proies n'a pu être détectée au sein de ces baies. Pourtant, la structure des assemblages de larves et la densité de zooplancton ont varié de manière concomitante le long d'un gradient côte-large. Ce résultat suggère que la détection des relations liant la structure des assemblages de larves et celle de leurs proies dépend de l'échelle d'étude considérée. L'ensemble des résultats obtenus met en évidence l'importance des baies pour les abondances, la diversité et le succès de l'alimentation des larves de poissons en fin de phase pélagique dans le lagon de Nouvelle-Calédonie.

La qualité de l'habitat influence la croissance et la survie des juvéniles des poissons récifaux-lagonaires, et donc le succès de leur recrutement dans les populations adultes. Dans ce contexte, l'objectif général de la thèse était d'étudier les relations entre les caractéristiques de l'habitat dans le lagon sud-ouest de Nouvelle-Calédonie à différentes échelles, la croissance et les abondances des juvéniles. Une méthode photographique a été développée et testée afin d'estimer les caractéristiques du microhabitat corallien des juvéniles. Cette méthode a ensuite été utilisée lors d'une étude de la relation entre les caractéristiques du microhabitat, les trajectoires de croissance rétrocalculées à partir de l'analyse des otolithes, et les abondances des juvéniles de Pomacentrus moluccensis. Aucune différence de croissance n'a été observée chez des individus capturés sur des colonies coralliennes différentes. En revanche, la mortalité densité-dépendante des juvéniles est apparue d'autant plus importante lorsque le volume interstitiel des colonies coralliennes était faible. A l'échelle de deux îlots du lagon, des différences spatiales significatives ont été observées pour les trajectoires de croissance, la taille et/ou l'âge à l'installation rétrocalculés pour des juvéniles de Chromis viridis, Lethrinus genivittatus et Siganus fuscescens. Une nouvelle procédure de traitement des données a révélé une mortalité benthique croissance-sélective pour C. viridis qui a eu un effet significatif sur les trajectoires de croissance. Des assemblages de juvéniles collectés à partir de récifs artificiels immergés sont apparus significativement différents suivant qu'ils étaient immergés dans des algueraies, des herbiers et des récifs coralliens, et selon leur durée d'immersion. Dans le lagon sud-ouest, des changements d'habitat au cours des saisons et au cours de la croissance ont été montrés pour 53% et 39% des juvéniles observés respectivement, à fine et/ou large échelle spatiale. Enfin, des Modèles Linéaires Généralisés ont permis d'expliquer 75% et 52% des variations du nombre d'espèces et d'individus juvéniles respectivement, à partir de facteurs environnementaux à plusieurs échelles. Les prédictions ont été spatialisées grâce au couplage avec les outils de télédétection.

Les thèmes marins englobent la mythologie marine, les poissons et les bateaux, qu'ils soient de pêche, de commerce ou de guerre. Ils nous ont servi de leitmotive pour suivre le développement de l'Art de la mosaïque depuis ses origines en Mésopotamie jusqu'à la Province d'Afrique en suivant les routes empruntées par Rome. La réalisation d'un catalogue exhaustif étant illusoire nous l'avons essentiellement constitué de mosaïques que nous avons nous-même pu voir et admirer. Ceci a déséquilibré notre collection au profit des mosaïques tunisiennes plus faciles d'accès. L'époque concernée est celle de la conquête et de la domination romaine en Afrique de 146 av. J.- C. à 533 apr. J.-C. Ce suivi en images de pierre retrace une histoire parallèle entre celle de Rome et le devenir de la mosaïque en Afrique du Nord correspondant au Maroc, à l'Algérie, à la Tunisie et à la Libye d'aujourd'hui, où se trouvent concentrées ses expressions des plus précieuses et des plus représentatives et où les thèmes marins furent particulièrement appréciés. / The marine genre representations on mosaics include marine mythology, fishes and boats for fishing trade or war. We were using them as pretexts to follow the development of the mosaic Art since its origin in Mesopotamia till it reached the African Province following the roads used by Rome. The fulfillment of an exhaustive catalogue being an illusion we have built it mainly with mosaics that we were able to see and to admire by ourselves. Therefore our collection is unbalanced to the benefit of mosaics from Tunisia where traveling was easier. The concerned time period corresponds to the roman conquest and domination from 146 BC to 533 AD. This follow up in stone pictures is describing parallel historical lines between ROME and the progress of mosaic in septentrional Africa corresponding to actual Morocco, Algeria, Tunisia and Libya, where are concentrated very valuable and representative expressions and where the marine genre representations were mostly estimated.

Les barrages sur les rivières sont des obstacles à la migration piscicole. Les passes à poissons sont des ouvrages permettant aux espèces piscicoles de migrer, autorisant le rétablissement de la continuité écologique des cours d'eau. Le but de ce travail est de mieux comprendre les phénomènes physiques présents dans les passes à poissons naturelles. Ces passes sont des canaux à forte pente, équipé de rangées de plots en quinconce. Pour valider la pertinence de l'utilisation d'un modèle numérique, l'étude s'est limitée à l'écoulement autour d'un cylindre émergent placé au centre d'un canal. Le travail est décomposé en deux parties, une expérimentale et une numérique. La partie expérimentale est conduite dans un canal transparent de 4m de long, 0,4m de large et 0,4m de hauteur. Le diamètre du cylindre est 4cm et sa hauteur 20cm (toujours émergent). Les cas étudiés sont des débits de 5, 10, 15 et 20 l/s pour une pente nulle. Les nombres de Froude sont supérieurs à 0,5 et les nombres de Reynolds, basés sur le diamètre, sont compris entre 15000 et 50000. Les écoulements ont été filmés et un algorithme de suivi de particules (PTV) a été développé. Des zones de faibles vitesses existent, même pour Fr=1, pouvant assurer des zones de refuge pour le poisson. Les forces de trainée ont été mesurées sur le plot. Les évolutions des coefficients de trainée avec le nombre de Froude et des rapports de forme de l'écoulement autour du plot ont ainsi été évaluées. La partie numérique est réalisée avec OpenFOAM pour 4 cas d'étude (Q=10 et 20 l/s, S=0 et 2%) et 2 modèles de turbulence URANS, le RNG k-epsilon et le k-omega SST. Des modélisations en 2D ont également été faites avec Telemac 2D. Les résultats obtenus ont été comparés aux résultats expérimentaux. La modélisation 2D (shallow water) est exploitable seulement pour des nombres de Froude faibles, d'où la nécessité des modélisations en 3D. Le modèle komega SST semble le mieux adapté pour reproduire les écoulements étudiés. Les vitesses locales et les structures en 3D, non quantifiables expérimentalement, ont ensuite été décrites. Les influences du fond et de la surface libre sur le sillage apparaissent clairement en provoquant des vitesses verticales et des tourbillons à grandes échelles. Enfin, une simulation en LES a été conduite. Les structures tourbillonnaires sont mieux représentées que pour les modèles URANS, mais les temps de calcul sont grands. / The dams on rivers are fishes migration obstacles. The fishways are devices allowing the fishes to migrate, permitting the restauration of the ecological continuity. The aim of this work is to better comprehend the physical phenomena existing in the nature-like fishways. This kind of fishway is a high slope channel with staggered rows of blocks. To validate the relevance of the use of a numerical model, the study is limited to the flow around a single free surface piercing cylinder placed in the center of a flume. The work is in two parts, experimental and numérical. The experimental part is conducted in a transparent flume of 4m length, 0.4m width and 0.4m height. The cylinder diameter is 4cm and its height 20cm (always emerged). The studied cases are flow rates of 5 to 20 l/s for a flat bed. The Froude numbers are over 0.5 et the Reynolds numbers, based on the diameter, are in between 15000 and 50000. The flows were filmed and a particules tracking velocimetry (PTV) algorithm was developped. Slow velocities areas exist, even for Fr=1, allowing shelter zones for a fish. The drag forces were also measured. The drag coefficients evolutions with the Froude number and with the flow aspect ratio were estimated. The numerical part is done with OpenFOAM for 4 cases (Q=10 et 20 l/s, S=0 et 2%) and 2 URANS turbulence models, RNG k-epsilon and k-omega SST. 2D simulations are also carried out with Telemac2D. The results are compared with the experimental ones. The 2D modelisation (shallow water) is workable only for small Froude numbers, which justifies the 3D modelisation. The k-omega SST seems the most relevant to reproduce the studied flows. The local velocities and 3D structures, unquantifiable experimentally, were described. The bed and free surface influences on the wake are clearly shown leading to vertical velocities and big scale vorticies. Finally, a LES simulation was conducted. The vortex structures are better reproducted than the URANS simulations, but the computation times are significant.

L’utilisation de techniques informatiques pour la reconnaissance et l'identification des poissons est devenue assez populaire parmi les chercheurs. Ces nouvelles approches sont importantes, puisque les informations extraites sur les poissons telles que leurs trajectoires, leurs positions ou leurs couleurs, permettent de déterminer si les poissons sont en bonne santé ou en état de stress. Les méthodes existantes ne sont pas assez précises notamment lorsque des éléments tels que les bulles ou des zones éclairées peuvent être identifiées comme étant des poissons. De plus, les taux de reconnaissance et d'identification des systèmes existants peuvent encore être améliorés afin d’obtenir des résultats à la fois meilleurs et plus précis. Afin d’obtenir de meilleurs taux de reconnaissance et d'identification, un système amélioré a été construit en combinant plusieurs méthodes de détection et d’analyse. Tout d'abord, la première étape a consisté à proposer une méthode de suivi d'objets dans le but de localiser en temps réel la position des poissons à partir de vidéos. Celle-ci inclut le suivi automatisé multi-cibles de poissons dans un aquarium. Les performances en termes de détection et d’identification risquaient d’être faibles notamment en raison du processus de suivi dans un environnement temps réel. Une méthode de suivi des poissons plus précise est donc proposée ainsi qu'une méthode complète pour identifier et détecter les modèles de nage des poissons. Dans ces travaux, nous proposons, pour le suivi des poissons, une amélioration de l’algorithme du filtre particulaire en l’associant à un algorithme de détection de mouvement. Un système doté de deux caméras est également proposé afin d'obtenir un meilleur taux de détection. La seconde étape comprend la conception et le développement d'une méthode améliorée pour le recadrage et la segmentation dynamique des images dans un environnement temps réel. Ce procédé est proposé pour extraire de la vidéo les images représentant les poissons en éliminant les éléments provenant de l’arrière-plan. La troisième étape consiste à caractériser les objets (les poissons). La méthode proposée est basée sur des descripteurs utilisant la couleur pour caractériser les poissons. Ces descripteurs sont ensuite utilisés dans la suite des traitements. Dans nos travaux, les descripteurs couleurs généralisés de Fourier (GCFD : Generalized Color Fourier Descriptor) sont utilisés et une adaptation basée sur la détection de l’environnement est proposée afin d’obtenir une identification plus précise des poissons. Une méthode de mise en correspondance basée sur un calcul de distance est utilisée pour comparer les vecteurs de caractéristiques des images segmentées afin de classifier les poissons présents dans la vidéo. Un prototype dont le but est de modéliser les profils de nage des poissons a été développé. Celui-ci intègre toutes les méthodes proposées et a permis d’évaluer la validité de notre approche. Les résultats montrent que les méthodes proposées améliorent la reconnaissance et l’identification en temps réel des poissons. La méthode de suivi proposée montre une amélioration par rapport au procédé basé sur le filtre particulaire classique. Le recadrage dynamique et la méthode de segmentation temps-réel présentent en termes de précision un pourcentage moyen de 84,71%. La méthode de caractérisation des objets développée pour reconnaitre et identifier en temps réel les poissons montre également une amélioration par rapport aux descripteurs couleurs classiques. Le travail réalisé peut trouver une application directe auprès des aquaculteurs afin de suivre en temps réel et de manière automatique le comportement des poissons et éviter ainsi un suivi « visuel » tel qu’il est réalisé actuellement. / Recognition and identification of fish using computational methods have increasingly become a popular research endeavour among researchers. The methods are important as the information displayed by the fish such as trajectory patterns, location and colour could determine whether the fish are healthy or under stress. Current methods are not accurate especially when there exist thresholds such as bubbles and some lighted areas which might be identified as fish. Besides, the recognition and identification rate of the existing systems can still be improved to obtain better and more accurate results. In order to achieve a better recognition and identification rate, an improved scheme consisting of a combination of several methods is constructed. First of all, the first approach is to propose an object tracking method for the purpose of locating the position of fish for real-time videos. This includes the consideration of tracking multiple fish in a single tank in an automated way. The detection and identification rate may be slow due to the on-going tracking process especially in a real-time environment. A more accurate fish tracking method is proposed as well as a systematic method to identify and detect fish swimming patterns. In this research, the particle filter algorithm is enhanced and further combined with the motion detection algorithm for fish tracking. A dual camera system is also proposed to obtain better detection rate. The second approach includes the design and development of an enhanced method for dynamically cropping and segmenting images in real-time environment. This method is proposed to extract each image of the fish from every successive video frame to reduce the tendency of detecting the background as an object. The third approach includes an adapted object characterisation method which utilises colour feature descriptors to represent the fish in a computational form for further processing. In this study, an object characterisation method, GCFD (Generalized Colour Fourier Descriptor) is adapted to suit the environment for more accurate identification of the fish. A feature matching method based on distance matching is used to match the feature vectors of the segmented images for classifying the specific fish in the recorded video. In addition, a real-time prototype system which models the fish swimming pattern incorporating all the proposed methods is developed to evaluate the methods proposed in this study. Based on the results, the proposed methods show improvements which result in a better real-time fish recognition and identification system. The proposed object tracking method shows improvement over the original particle filter method. Based on the average percentage in terms of the accuracy for the dynamic cropping and segmentation method in real time, an acceptable value of 84.71% was recorded. The object characterisation method which is adapted for fish recognition and identification in real time shows an improvement over existing colour feature descriptors. As a whole, the main output of this research could be used by aquaculturist to track and monitor fish in the water computationally in real-time instead of manually.

Au cours de leur cycle de vie, la plupart des espèces de poissons marins côtiers passent par des nourriceries littorales dont la qualité influence largement le succès du recrutement et donc le maintien de l’abondance de leurs populations. Or, la construction de ports entrain irrémédiablement une perte de fonction pour les habitats côtiers impactés. Dans ce contexte,l’objectif général de cette thèse était de voir si les zones portuaires peuvent malgré tout servir de nourriceries alternatives pour les poissons marins côtiers. Pour cela, les abondances des juvéniles de quatre espèces de sars, du genre Diplodus, ont d’abord été suivies dans cinq ports méditerranéens. Ceci a permis de montrer que ces espèces côtières peuvent s’installer et grandir avec succès dans les ports. La complexification de la structure 3D de l’habitat augmente sensiblement les abondances de juvéniles. Dans un second temps, la croissance, la condition et les niveaux de contamination desjuvéniles de deux espèces de sars (D. sargus et D. vulgaris) ont été comparés entre différents ports et habitats naturels de la rade de Toulon. Ceci a montré que la croissance et la condition des juvéniles peut être équivalente dans certains ports et dans les zones naturelles adjacentes, avec des niveaux de contamination faibles, même dans les zones les plus polluées. Enfin, la composition multi- élémentaire des otolithes des juvéniles de D. sargus et D. vulgaris a été comparée entre trois ports et deux zones naturelles de la rade de Toulon. Aucun élément chimique lié aux activités portuaires n’aété retrouvé en plus forte concentration dans les otolithes des juvéniles issus des ports. Il n’existe donc pas une signature unique caractéristique de l’ensemble des ports. La composition chimique des otolithes peut néanmoins être utilisée pour étudier la contribution relative des ports aux stocks d’adultes à condition de caractériser la signature de l’ensemble des habitats juvéniles potentiels. L’ensemble des résultats acquis indiquent que les ports peuvent être utilisés comme nourriceries alternatives par plusieurs espèces de poissons marins côtiers. Les projets d’ingénierie écologiquevisant à augmenter la complexité structurale des habitats portuaires sont des pistes intéressantes pour maintenir la biodiversité côtières et les stocks de poissons. / During their life cycle, most of the marine coastal fish species use nursery grounds which quality influence their recruitment and then the conservation of their populations. However, the construction of ports impair irremediably fish nursery function of the coastal areas impacted. The ultimate aim of the PhD research was to assess if ports could provide suitable alternative nursery habitats for coastal fish species. Firstly, abundances of the juveniles of four Diplodus species were surveyed in five marinas located along the French Mediterranean coast. This showed that coastal fishes can successfully settle and grow inside these artificialized coastal areas. Moreover, increasing the complexity of port habitats can considerably enhance their suitability for juveniles, especially at the youngest stages. Secondly, body condition, growth rate and metal contamination in the juveniles of two Diplodus species (D. sargus and D. vulgaris) were compared between different ports and natural areas in the Bay of Toulon. Juvenile growth and condition can be equivalent between fish collected from ports and from adjacent natural areas. Contamination levels in fish were low, even in highly polluted areas. Finally, otolith composition in the juveniles of D. sargus and D. vulgaris was investigated in three ports and two natural areas in the Bay of Toulon. None of the port related had systematically higher concentrations in otoliths from Diplodus juveniles collected in ports. Therefore, otolith microchemistry cannot provide a unique and reliable fingerprint discriminating ports and natural areas. Nevertheless, otolith microchemistry could provide an effective natural tag to determine the contribution of ports to adult stocks provided that a library of all potential juvenile habitat fingerprints is established. All these results confirm that ports can be used as alternative nursery habitats by marine coastal fishes. Ecological engineering projects aiming at increasing structural complexity of port habitats seem promising for biodiversity and fish stock conservation.

L’estimation de la diversité et de l’abondance des espèces de poisson est fondamentale pour comprendre la structure des communautés et la dynamique des récifs coralliens. Les observations sont généralement obtenues par des recensements visuels en scaphandre autonome (UVC). Ces informations peuvent également être obtenues de manière originale grâce aux observations issues des techniques vidéo sous-marines modernes sans plongeur qui permettent des couvertures spatiales et temporelles accrues.La première phase de ce travail de thèse synthétise l’ensemble des travaux ayant été effectués avec des techniques vidéo entre 1952 et 2012. La seconde phase, présente deux systèmes vidéo rotatifs complémentaires, utilisés pour étudier la diversité de l’ichtyofaune et des habitats marins dans le lagon de Nouvelle-Calédonie : le STAVIRO (pour « STAtion VIdéo ROtative ») et le MICADO (pour « Module d’Imagerie Côtier, Autonome pour le Développement de l’Observation sous-marine »). La troisième phase de ce travail consiste à comparer ces systèmes vidéo aux UVC puis à examiner l’effet « observateur » inhérent aux techniques vidéo rotatives. Il résulte de cette étude que : (i) les observations des communautés de poissons par UVC et STAVIRO différaient significativement, (ii) la richesse spécifique etla densité des espèces de grande taille n'étaient pas significativement différentes entre les techniques, (iii) la diversité et la densité des espèces de petite taille étaient plus élevés avec les UVC; (iv) la densité des espèces pêchées était plus élevée avec les STAVIRO et (v) seuls les UVC ont détecté des différences de structure des assemblages en fonction du type de récif. L’étude de l’effet « observateur » a montré que sur une liste d’espèces définie, les dénombrements et les identifications des individus peuvent être considérées comme similaires entre observateurs ayant une expérience suffisante (> 6 mois). La dernière phase de ce travail a permis d’appliquer la technique MICADO à l’étude des variations temporelles del’ichtyofaune d’un site corallien à l’échelle de la journée. Elle a permis de mettre en évidence des variations cycliques journalières en fonction de l’heure et de la marée et des « profils type » de variations ont pu être identifiés pour certains groupes d’espèces. Ce travail de thèse permet ainsi de participer au développement de nouvelles techniques d’observations complémentaires des techniques traditionnelles afin d’enrichir les connaissances du fonctionnement et de la dynamique des écosystèmes coralliens. / Estimating diversity and abundance of fish is fundamental for the understanding of community structure and dynamics of coral reefs. Observations are generally gathered using Underwater VisualCensus (UVC). These informations can also be collected by underwater video techniques involving no diver and allowing a high spatial and temporal coverage. The first part of this PhD thesis is a review ofpublications using underwater video techniques between 1952 and 2012. The second part present two rotating video systems used to study the diversity of ichthyofauna and habitats in the lagoon of NewCaledonia: the STAVIRO (for "STAtion VIdeo ROtative") and the MICADO (for "Module d’Imagerie Côtier, Autonome pour le Développement de l’Observation sous-marine"). The third part of this work is acomparison of these techniques with UVCs and an analysis of the “observer effect” for the rotating video techniques. The comparison between rotating video systems and UVC showed that: (i) fish communitydata collected by UVC and by STAVIRO differed significantly; (ii) species richness and density of large species were not significantly different between techniques; (iii) species richness and density of smallspecies were higher for UVC; (iv) density of fished species was higher for STAVIRO; and (v) only UVC detected significant differences in fish assemblages structure across reef type. The comparison of fishcounts obtained from the same videos by different observers showed that for a defined list of species, estimates of species richness and total abundance can be considered as similar between observers withsufficient experiences (> 6 months). The last part of this PhD is an application of rotating video techniques to the study of daily temporal variations of the ichthyofauna. Daily variations were observed depending onthe time of day and the tidal state and typical patterns of variations have been described for some species groups. The outcomes of this work bring original insights of new techniques complementary to traditionaltechniques in order to enhance our understanding of the functioning and dynamic of coral reef.

Le développement méthodologique d’une approche simplifiée visant à extraire et à quantifier l’uranium et le plutonium à partir d’échantillons de poisson par l’ICP-MS est l’objectif principal de ces travaux de maîtrise. Pour ce faire, la méthode d’extraction au point trouble (CPE) est utilisée. Cette méthode permet de séparer les actinides de la matrice et de les préconcentrer dans un faible volume de surfactant. L’utilisation d’un agent d’extraction sélectif permet de former des complexes avec l’uranium et le plutonium puis de les incorporer à l’intérieur des micelles. L’agent d’extraction P, P-di (2-éthylhexyle) de l’acide méthanediphosphonique (H2DEH[MDP]) est utilisé car celui-ci a un potentiel d’extraction élevé pour les actinides. Puisque l’uranium et le plutonium ont de long temps de demi-vie, les analyses peuvent être effectuées par l’ICP-MS pour connaître les ratios isotopiques de ces derniers. Toutefois, avant de procéder à l’extraction au point trouble et de réaliser les analyses, les échantillons de poisson sont traités pour éliminer l’eau et la matière organique qui peuvent interférer avec la formation des micelles. Les diverses étapes nécessaires pour la mise en solution, leurs compatibilités avec l’approche CPE et la mesure par ICP-MS seront présentées pour l’analyse de larges quantités (˃ 500 g) de poissons frais. / The methodological development of a simplified approach to extract and quantify uranium and plutonium from fish samples by ICP-MS is the main goal of this master’s work. To do this, the cloud point extraction method (CPE) is used. This method allows the actinides to be separated from the matrix and preconcentrated in a small volume of surfactant. The use of a selective ligand makes it possible to form a complex with uranium and plutonium and then to transfer it inside the micelles. The ligand P, P-di (2-ethylhexyl) of methanediphosphonic acid (H2DEH[MDP]) is used because it has a high extraction potential for actinides. Since uranium and plutonium have a long-half-life, analyzes can be performed by ICP-MS, to know the isotopic ratios of the latter. However, prior to cloud point extraction and analysis, fish samples are processed to remove water and organic matter that can interfere with micelle formation. The various stages required for dissolution, their compatibility with the CPE approach and ICP-MS measurement will be presented for the analysis of large quantities (˃ 500 g) of fresh fishes