Les levures non conventionnelles, dont Yarrowia lipolytica, sont devenues desusines cellulaires attractives pour la production de protéines recombinantes. Lasélection de promoteurs régulés impliqués dans le métabolisme de substratshydrophobes est d'un grand intérêt pour une telle application. Dans ce cadre,l’objectif de ce projet est de mieux comprendre la régulation des promoteurs desgènes POX2 et LIP2 dans le but d’améliorer la production de protéinesrecombinantes chez Y. lipolytica.D’un point de vue biotechnologique, l'analyse à l’échelle cellulaire est devenueune approche répandue pour l’analyse et l’optimisation des bioprocédés. Ainsi,l'objectif de la première partie de ce projet vise le développement d’une méthoded’analyse en ligne des paramètres de culture Y. lipolytica dans un milieu contenantde l’acide oléique. Cette technique consiste au couplage d’un bioréacteur à uncytomètre en flux via une interface d’échantillonnage automatique. Cetteméthodologie a conduit principalement à une analyse rapide de la croissancecellulaire, de l'accumulation des lipides, du dimorphisme ainsi qu’à l'analyse duniveau d’induction des promoteurs chez Y. lipolytica.Les systèmes d’expression basés sur les promoteurs LIP2 et POX2 sont difficilesà manipuler, principalement en raison de l’utilisation de substrats insolubles dansl’eau (acide oléique) comme inducteur. Dans ce travail, il a été clairement démontréque pLIP2 est le promoteur de choix à utiliser pour développer un procédé deproduction de protéines recombinantes par culture de Y. lipolytica dans un milieucomplexe. De plus, l’utilisation d’un mélange acide oléique-glucose 60/40 (w/w) aconduit à une amélioration du niveau d’induction du promoteur LIP2 par un facteurde 10 par rapport à utilisation l'acide oléique. De plus, l’analyse à l’échelle cellulairemontre que ces deux substrats sont co-consommés par les cellules.Enfin, la dernière partie de cette thèse a eu pour but d'étudier la régulation dupromoteur LIP2 par rapport à la transition dimorphique. Nos résultats ont clairement montré que le changement morphologique chez Y. lipolytica n'a pas d'impact sur larégulation de pLIP2.L’ensemble de ces études a conduit à une meilleure compréhension de laphysiologie de Y. lipolytica, soulignant son potentiel avéré de production desprotéines recombinantes. / Doctorat en Sciences agronomiques et ingénierie biologique / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Thèse de doctorat : Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie : Strasbourg 1 : 2007. / Titre provenant de l'écran-titre. Bibliogr. p. 188-205.

Thèse (Ph. D.)--Université Laval, 2007. / Titre de l'écran-titre (visionné le 5 mai 2008). Bibliogr.

GATA4 est un facteur de transcription essentiel pour le développement et la fonction de plusieurs tissus, incluant les gonades. GATA4 est exprimé sous forme de deux transcrits majeurs présentant des premiers exons distincts non codants, soient l’exon 1a et l’exon 1b. J’ai proposé que l’utilisation de différents promoteurs soit un mécanisme important dans la régulation spatiotemporelle de l’expression de GATA4. Des expériences d’hybridation in situ ont révélé que les transcrits Gata4 1a et 1b sont bien présents au niveau des cellules somatiques du testicule et de l’ovaire au cours du développement. Les résultats in vitro nous ont suggéré que le promoteur 1b est régulé positivement par GATA4. Toutefois, les résultats in vivo ont révélé que le promoteur Gata4 1b est assujetti à une autorégulation négative. Les expériences de co-transfection ont démontré que GATA4 régule sa propre expression en réprimant l’activité transcriptionnelle du promoteur Gata4 1b en interagissant avec FOG2.

Titre de l'écran-titre (visionné le 15 novembre 2023) / Les facteurs de transcription GATA se lient aux motifs GATA qui sont des séquences nucléotidiques présentes dans tout le génome. Ils sont des régulateurs essentiels pour l'expression des gènes spécifiques aux cellules et à leur développement. Une dérégulation de la fonction des GATA a été associée à plusieurs maladies chez l'homme et la femme. Dans les gonades, les facteurs GATA se retrouvent exclusivement dans les cellules somatiques (granulosa, thèque, Sertoli et Leydig). Des études de perte de fonction dans les souris ont démontré que les facteurs GATA sont essentiels pour la détermination sexuelle et la fertilité. Des études d'invalidation de gènes ont aussi identifié plusieurs gènes cibles potentiels des facteurs GATA ; ils activent le promoteur de ces gènes en contexte in vitro dans des cellules. Toutefois, ces gènes n'ont pas encore été validés comme cibles directes des facteurs GATA en contexte in vivo. Dans le cadre de mon projet de maîtrise, j'ai caractérisé deux lignées de souris ayant une inactivation des motifs de liaison GATA soit dans le promoteur endogène du gène Star ou dans le promoteur PII du gène Cyp19a1. Le gène Star code pour la protéine STAR qui est nécessaire au transport du cholestérol dans les mitochondries des cellules stéroïdogéniques (gonades et glandes surrénales). Le gène Cyp19a1 code pour l'enzyme P450 aromatase qui est essentielle pour la production des œstrogènes. Les souris mutantes des deux lignées expriment des niveaux significativement plus bas de leur gène d'intérêt par rapport aux souris de type sauvage. Les résultats obtenus lors de la caractérisation des deux lignées m'ont permis de valider les gènes Star et Cyp19a1 comme cibles directes des facteurs GATA et de souligner une fois de plus l'importance de ces derniers pour la fertilité. / GATA transcription factors bind to nucleotide sequences called GATA motifs present throughout the genome. GATA factors are critical regulators of developmental and cell-specific gene expression. Dysregulated GATA function has been linked to several human diseases including some that affect men's and women's reproductive health. In the gonads, GATA factors are exclusive to somatic cells (granulosa, theca, Sertoli, Leydig). Loss-of-function studies in mice have shown GATA factors to be critical for sex determination and fertility. Knockout studies have also identified many genes that are likely targeted by GATA factors; the promoter sequences of some of these genes can be activated by GATA factors in cell-based assays. Whether these genes are direct targets for GATA action in vivo, however, has yet to be fully demonstrated. In the context of my master's degree, I have characterized two new mouse models where the GATA motifs in the proximal promoter of the Star gene or PII promoter of the P450 aromatase (Cyp19a1) gene were inactivated. The Star gene codes for the STAR protein which participates in cholesterol transport into the mitochondria of steroidogenic cells. The Cyp19a1 gene codes for aromatase, an enzyme required for estrogen production. I observed a dramatic decrease in the gene of interest (Star or Cyp19a1) in all mutant mice in comparison to wild type mice. The characterization of these two mouse models allowed me to validate the Star and Cyp19a1 genes as direct targets for GATA action and to emphasize, once again, the importance of these transcription factors for fertility.

Depuis leurs premières applications par la NASA dans les années 60, les procédés aux plasmas thermiques se sont de plus en plus orientés vers la fabrication de matériaux spécialisés et à haute valeur ajoutée, comme les nano-poudres, les produits sphéroïdisés et les céramiques. La projection de suspension par plasma est l'une des techniques les plus récentes dans ce domaine et elle permet de traiter thermiquement une grande variété de réactifs et de réaliser des revêtements dont les propriétés physico-chimiques dépendent des produits de départ, des phénomènes en vol (lors du traitement thermique) ainsi que des phénomènes liés à la formation du revêtement projeté. Ce travail s'intéresse à la projection de suspensions de nickel dans un réacteur de projection par plasma inductif afin de vérifier et d'estimer la relation qui existe entre des paramètres opératoires choisis et une propriété physique des produits finis: la porosité. Cette étude consiste à réaliser des dépôts de nickel sur un substrat choisi et à observer la morphologie du revêtement métallique obtenu. La revue bibliographique des travaux réalisés dans les mêmes laboratoires a permis de mettre en exergue les principaux paramètres affectant la qualité du revêtement. Des tests préliminaires séparés ont été réalisés pour choisir la composition de la suspension et les paramètres d'atomisation optimaux avant de les intégrer au procédé de revêtement en question. Les échantillons fabriqués sont analysés par traitement d'images obtenues par microscopie à balayage d'électrons ainsi que par une méthode d'immersion. Une approche combinatoire permettra d'évaluer l'effet de la combinaison de certains réactifs et de post-traitements sur la porosité des revêtements de nickel obtenus. Les résultats obtenus montrent que les paramètres tels que la puissance utilisée et la méthode de refroidissement affectent les propriétés du revêtement et les porosités obtenues pour les conditions opératoires choisies varient entre 10% et 50%.

La société Rio Tinto Fer et Titane (RTFT), filiale à 100 % de Rio Tinto, a développé un procédé appelé UGS (upgraded slag) afin d’enrichir sa scorie de dioxyde de titane de 80% à 94,5% massique. Ce procédé génère une quantité non négligeable de résidu d’oxydes UGS (notés dans ce projet par UGSO), envoyé directement au dépôt des résidus miniers pour finir en enfouissement. Afin d’éviter cette dernière opération, RTFT a essayé sans grand succès différentes solutions. La composition chimique de ce déchet est considérée par le groupe de recherche développant ce projet (Université de Sherbrooke et Université Laval) comme étant à priori un support idéal pour des catalyseurs à base de nickel destinés au reformage des hydrocarbures car, de par leur nature, ils contiennent déjà les oxydes reconnus par la communauté scientifique pour leur capacité à éviter la formation de carbone, principale cause de désactivation de ces catalyseurs. En utilisant le nickel comme métal actif, un premier catalyseur, Ni-UGSO, est mis en œuvre par calcination à 900°C d’un mélange d’UGSO et d’un précurseur de nickel (du nitrate de nickel hexahydraté : Ni(NO3)2.6H2O). Le mélange est préparé selon un nouveau procédé à l’état solide amélioré développé au laboratoire (demande de brevet en internationale N° PCT/CA2016/050844 déposée le 19 juillet 2016). Dans ce travail, une première application du nouveau catalyseur Ni-UGSO à la production d’hydrogène via les procédés de reformage à sec, vaporeformage et reformage mixte du méthane (CH4) a été étudiée. Des conversions de CH4 de l’ordre de 87% avec des rendements de 81% ont été obtenus lors du reformage à sec à 810°C après 4 h de réaction avec un ratio CO2/CH4 stœchiométrique. Par vaporeformage, également avec un ratio H2O/CH4 stœchiométrique, les conversions atteignent les 98% après 4h de réaction à 900°C. Les ratios H2/CO proche de 1 (reformage à sec) et de 3 (vaporeformage) indiquent que les réactions se déroulent proche de l’équilibre thermodynamique. De même, dans les deux cas de figure, les catalyseurs ont montré une stabilité exceptionnelle pendant 7 jours de réaction continue et une facilité de régénération. D’autres performances, également intéressantes, ont été obtenues par reformage mixte du CH4. De surcroît, les différentes techniques de caractérisation n’ont détecté aucune trace de carbone dans les catalyseurs usés. Le reformage à sec du CH4 a également été simulé grâce à un modèle basé sur une cinétique de Langmuir–Hinshelwood.

La thèse s'intéresse à la place encore méconnue des promoteurs immobiliers privés dans la fabrication des espaces urbains en Inde, en prenant pour terrain de recherche les régions métropolitaines de Bangalore et Chennai. L’enjeu de cette recherche doctorale est d’observer et d’expliquer comment des promoteurs immobiliers contribuent à la transformation de l’organisation spatiale des villes et de leurs paysages, mais également de la manière de les représenter et de les concevoir ainsi que de les aménager et de gouverner leur développement. En sondant ces dimensions matérielles, symboliques et politiques, nous explorons les mécanismes qui aident à comprendre l'essor plus rapide de certains promoteurs à un moment récent de l'histoire urbaine. Ceci nécessite alors de prendre en compte les spécificités de l’activité de promotion en scrutant les modalités par lesquelles les entreprises accèdent aux ressources qui leur sont nécessaires (le foncier, les capitaux et le pouvoir réglementaire) tout en prenant soin de les historiciser. Dans le contexte de l'Inde libéralisée, nous remarquons que l'essor des entreprises de promotion immobilière tient à trois aspects conjugués : 1) une demande importante en nouvelles constructions qui reflète la consommation immobilière d’entreprises recherchant des locaux modernes pour héberger leurs salariés et d’une classe moyenne supérieure croissante; 2) un environnement socio-règlementaire assoupli sur tous les aspects importants pour l’activité de promotion immobilière, et en particulier les modalités d'accès aux matériaux de construction et à la main-d’œuvre, mais également au foncier urbain et aux capitaux pour préfinancer les opérations de promotion ; 3) enfin, la disponibilité de ces capitaux à partir de diverses sources (marchés financiers, banques commerciales, investisseurs particuliers). Ainsi, au milieu des années 2000, certains promoteurs sont parvenus à se développer très rapidement, tout en parvenant à conserver une autonomie forte vis-à-vis des investisseurs qui sous-tendent leur essor. Cette autonomie relative des promoteurs, doublée de la puissance de feu apportée par les marchés financiers leur a permis de mettre en œuvre une stratégie de conquête de marchés immobiliers à la fois dans leurs espaces d’origine et par l'implantation dans d'autres villes d’Inde du sud. Ils ont ainsi pu accroître leur volume de production, multipliant des projets caractérisés par leur taille croissante. Les promoteurs immobiliers étudiés se trouvent en position de force pour énoncer des visions sur le développement urbain, la gouvernance des métropoles et pour société urbaine indienne. Ces visions retrouvent celles proposées par d'autres grands entrepreneurs indiens et des cabinets d'audit internationaux : la ville indienne doit être transformée afin de répondre à un idéal de ville de classe mondiale, caractérisée notamment par des infrastructures et services urbains efficients. Les promoteurs disqualifient les acteurs publics en raison de leur incompétence et de leur recours à des pratiques de rémunération frauduleuse. A contrario, les promoteurs se targuent de produire des formes urbaines répondant à cet idéal de ville de classe mondiale, d’apporter des services efficaces au sein de leurs complexes immobiliers, de démontrer leur probité et leur intégrité professionnelles notamment en répondant aux exigences de transparence en matière de communication financière et de bonne gouvernance, et plus généralement d’œuvrer au bien commun par la production de logements et d’immeubles de bureaux adapté à la modernisation économique de l’Inde. Discours d’auto légitimation qui les incitent à rêver tout haut de se substituer aux autorités publiques en charge de l'aménagement des métropoles, ou du moins, à assumer une responsabilité plus importante encore dans leur transformation / The thesis focuses on the little-known role of private developers in making of urban spaces in India, in the metropolitan regions of Bangalore and Chennai. The aim of this doctoral research is to observe and explain how developers contribute to the transformation of the spatial organization of cities and their landscape, but also the way of representing and designing as well as develop and govern the development. By probing the physical, symbolic and political, we explore the mechanisms that help explain the more rapid growth of some promoters to a recent moment in urban history. This then needs to take into account the promotion of the activity of specific scrutinizing the ways in which businesses access to the resources they need (land, capital and regulatory power) while taking care of the historicizing. In the context of liberalized India, we note that the growth of real estate development companies due to three aspects combined: 1) a significant demand for new construction that reflects the real estate consumer companies seeking modern premises to house their employees and a growing upper middle class; 2) a socio-relaxed regulatory environment on all important aspects of the property development business, and in particular the arrangements for access to building materials and labor, but also to urban land and capital to pre-finance development operations; 3) finally, the availability of capital from various sources (financial markets, commercial banks, private investors). In the mid 2000s, some developers have managed to develop very rapidly, while managing to maintain a strong autonomy vis-à-vis investors that underpin their development. This relative autonomy of developers, coupled with the firepower provided by the financial markets allowed them to implement a strategy to conquer real estate markets in both their original spaces and by implanting in other cities of south India. They were able to increase their production volume, multiplying projects characterized by their increasing size. Real estate developers surveyed are in strong position to articulate visions on urban development, the governance of cities and urban Indian society. These views reflected those proposed by other leading Indian business leaders and international audit firms: the Indian city should be transformed to meet a world-class city ideal, characterized by efficient urban infrastructure and services. Proponents disqualify public players because of their incompetence and their use of fraudulent compensation practices. Conversely, proponents boast of producing urban forms responding to this world-class city ideal, provide effective services in their housing complexes, demonstrate probity and professional integrity including meeting the requirements of transparency in financial communication and good governance, and more generally to work for the common good through the production of housing and office buildings adapted to the economic modernization of India. These self-legitimation discourse encourage them to dream aloud to replace public authorities in charge of the development of cities, or at least to assume even greater responsibility in their transformation

Le facteur de transcription Staf et son orthologue humain ZNF143 sont impliqués dans l'activation de la transcription de gènes d'ARN non codants transcrits par l'ARN polymérase II et III et dans celle de 7 gènes de protéines. L'objectif de ma thèse était de caractériser de nouveaux gènes cibles de ce facteur chez l'homme. Par une approche bioinformatique couplée à des expériences de ChIP, nous avons montré qu'environ 10% des promoteurs de gènes de protéines humaines fixent hStaf/ZNF143. Ceci suggère que le site de liaison de hStaf/ZNF143 (SBS) est l'un des plus abondants dans les génomes de mammifères. En parallèle, nous avons étudié les promoteurs des gènes TFAM, BUB1B et SCARNA2 dans lesquels nous avons identifié des éléments conservés dont des sites SBS. Nous avons montré l'importance de ces éléments dans la transcription. Ces résultats mettent en évidence que Staf régule l'activité de gènes impliqués dans des processus cellulaires divers via des promoteurs à architectures variées.

Le virus de la maladie de Marek (GaHV-2), est un α-herpèsvirus induisant des lymphomes T chez le poulet. L’étude de la protéine IE ICP22 a montré que cette protéine est principalement asssociée à la phase lytique du cycle viral avec une localisation majoritairement cytoplasmique. Nos résultats montrent que cette protéine réprime la transcription des promoteurs viraux. Par ailleurs, nous avons montré que la protéine était produite à la fois à partir de deux transcrit, un transcrit monocistronique et un transcrit bicistronique de façon majoritaire. La transcription d’ICP22 est pilotée par un promoteur unique dont nous avons localisé le « core » promoteur dans les 200 nt en amont du gène. Dans notre étude, nous avons montré que le promoteur du gène ICP22 était faiblement soumis au mécanisme de méthylation. Ce promoteur peut être régulé par la protéine virale ICP4 connue pour être un transactivateur majeur au sein des alphaherpèsvirus. Enfin, nous avons mis en évidence qu’ICP22 était la cible de 3 miR viraux parmi lesquels la cible prédite pour le mdv1-miR-M1 et mdv1-miR-M5-3p entraînaient une diminution du taux du transcrit. / Marek’s disease virus (GaHV-2) is an α-herpesvirus that induces T-cell lymphoma in chickens. The study of the IE ICP22 protein showed that this protein is mainly associated to the lytic phase of the viral cycle viral with a cytoplasmic localization. Our results showed that this protein represses the transcription of the viral promoters. ICP22 protein is produced from two transcript, a monocistronic and a bicistronic. The transcription of ICP22 is drived by a unique promoter whose "core" promoter was located in the 200 nt upstream to the gene. In our study, we showed that ICP22 promoter was weakly subjected to régulation by methylation. This promoter is regulated by the viral protein ICP4 known to be a major transactivateur within alphaherpèsvirus. Finally, we highlighted that ICP22 was the target of 3 miR viral among which the target predicted for mdv1-miR-M1 and mdv1-miR-M5-3p decreased the rate of the ICP22 transcripts.