GENGA, Kelly Roveran. Estudo da imunoexpressão de proteínas relacionadas ao ponto de checagem mitótico (CDC20 e MAD2) e ao fuso mitótico (Aurora A e Aurora B) em pacientes portadores de síndrome mielodisplásica. 2014. 145 f. Dissertação (Mestrado em Patologia) - Universidade Federal do Ceará. Faculdade de Medicina, Fortaleza, 2014. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2014-12-22T13:55:37Z No. of bitstreams: 1 2014_dis_krgenga.pdf: 2677752 bytes, checksum: a4b47020e1d8a4b4789af7e144a1ce58 (MD5) / Approved for entry into archive by denise santos(denise.santos@ufc.br) on 2014-12-22T13:56:41Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_dis_krgenga.pdf: 2677752 bytes, checksum: a4b47020e1d8a4b4789af7e144a1ce58 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-12-22T13:56:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_dis_krgenga.pdf: 2677752 bytes, checksum: a4b47020e1d8a4b4789af7e144a1ce58 (MD5) Previous issue date: 2014 / Síndrome mielodisplásica (SMD) representa um grupo de doenças hematopoéticas heterogêneas, que se caracterizam por alterações morfológicas de dispoese, medula óssea hiperproliferativa, citopenias no sangue periférico e risco aumentado de evolução para leucemia mieloide aguda. A patogênese da SMD envolve múltiplas etapas, com destaque para alterações citogenéticas, porém ainda não está claramente definido como a doença progride. Nesse contexto, o estudo da imunoexpressão de proteínas relacionadas ao ponto de checagem mitótico (CDC20 e MAD2) e ao fuso mitótico (AURORA A e AURORA B) mostra-se promissor. Essas proteínas foram associadas à instabilidade cromossômica, aneuploidia e progressão tumoral em tumores sólidos e neoplasias hematológicas, contribuindo para o surgimento de anormalidades citogenéticas. Na literatura, existem poucos artigos publicados avaliando o impacto da expressão dessas proteínas na evolução de pacientes com SMD. O presente estudo, de caráter retrospectivo, teve como objetivo avaliar a imunoexpressão de CDC20, MAD2, AURORA A e AURORA B em pacientes com SMD e investigar sua relação com variáveis clínicas e laboratoriais. O estudo da expressão proteica foi realizado por imunoistoquímica (microscopia óptica), em 40 biópsias de medula óssea de pacientes portadores de SMD e 10 controles (biópsias de medula óssea para estadiamento de linfoma sem infiltração pela doença). A expressão proteica foi interpretada de forma qualitativa (expressão positiva versus negativa) e quantitativa (% de células positivas após análise de 10 campos em aumento de 400x, assim como pela categorização das amostras positivas em grupos de expressão leve - < 10%, moderada – 10 a 49% e alta - ≥ 50%). Identificou-se, de forma significativa, maior expressão das proteínas CDC20, MAD2 e AURORA B nos pacientes portadores de SMD, quando comparados com os controles (p < 0,05). A análise qualitativa mostrou os seguintes resultados (p < 0,05): 1) maior frequência de expressão negativa de MAD2 em pacientes com duas a três citopenias; 2) maior frequência de expressão negativa de CDC20 em pacientes com plaquetopenias mais graves (<50.000/mm3); 3) maior frequência de expressão positiva de AURORA B entre os pacientes que evoluíram para óbito; 4) menor sobrevida global entre os pacientes com expressão positiva de AURORA B; 5) maior frequência de expressão positiva de AURORA A entre os pacientes com dependência transfusional, citogenética aneuploide, cariótipo complexo e/ou anormal. A análise quantitativa (média ± DP, em %) mostrou os seguintes resultados (p < 0,05): 1) maior expressão de MAD2 e CDC20 em pacientes com plaquetopenias mais graves (<50.000/mm3); 2) maior expressão de MAD2 e CDC20 entre os pacientes que evoluíram para óbito; 3) maior expressão de CDC20 entre os pacientes com três displasias e cariótipo complexo; 4) maior expressão de AURORA B nos pacientes com citogenética alterada. A análise quantitativa por grupos revelou (p < 0,05): 1) maior frequência de alta expressão de CDC20 e MAD2 em pacientes com contagens plaquetárias < 50.000/mm3 e entre os pacientes que evoluíram para óbito durante o período do estudo; 2) menor sobrevida global no grupo de pacientes com expressão ≥ 50% de MAD2 e CDC20 e ≥ 10% de AURORA B. em comparação aos pacientes com expressão negativa e/ou expressão positiva < 50% e < 10%, respectivamente. Tais dados sugerem que expressões alteradas dessas proteínas (hipo ou hiperexpresssão) podem estar relacionadas ao processo de tumorigênese e à progressão da SMD, contribuindo, desse modo, para melhor estratificação de risco e abordagem terapêutica.

Um dos principais reguladores da síntese proteica é o fator 2 do início da tradução de eucariotos (eIF2), formado por três subunidades não idênticas: a, β, e y. As funções citoplasmáticas da subunidade β, essenciais à integridade do processo, estão relacionadas à presença de dois domínios conservados: um deles composto por três blocos de seis a oito resíduos de lisinas e localizado na região amino terminal; e o outro constituído por quatro cisteínas que formam um motivo dedo de zinco localizado na região carboxiterminal. Em Saccharomyces cerevisiae, a expressão de eIF2β desprovido dos blocos de lisinas foi capaz de inibir o crescimento celular. Entretanto, até o momento não são relatados dados em células de mamíferos. Além de sua fundamental função na regulação do processo de síntese proteica no citoplasma, alguns estudos têm demonstrado que as três subunidades de eIF2 apresentam localização nuclear, mas essa também é uma questão ainda pouco explorada. Os resultados apresentados nessa tese mostram que a expressão de eIF2β desprovido dos blocos de lisinas causa uma redução acentuada na síntese proteica e, consequentemente, uma significativa diminuição da proliferação e viabilidade de células humanas. As análises da distribuição subcelular demonstram que eIF2β selvagem superexpresso está localizado no citoplasma, mas é capaz de translocar para o núcleo e acumular no nucléolo de maneira dependedente de ligação a RNA. Tanto os blocos de lisinas, quanto os resíduos de cisteínas mostram-se essenciais à retenção nucleolar de eIF2β. Além disso, sua exportação nuclear é mediada pela exportina CRM1 e é dependente de sua região amino terminal. Considerando os dados obtidos nesse trabalho, pode-se concluir que a ausência dos blocos de lisinas em eIF2β apresenta um efeito antiproliferativo em célula humanas e que a proteína eIF2β deve desempenhar funções no nucléolo relacionadas a algum processo que envolva ligação a RNA. Nesse contexto, podese observar também que, tal como o eIF2β, vários outros eIFs apresentam localização nuclear e participam em diferentes processos que ocorrem no núcleo, e que podem estar relacionados a um mecanismo de checagem da qualidade de mRNAs recém-sintetizados. Assim, os diferentes eIFs atuam em processos vitais à célula no núcleo e, nesse compartimento, também são importantes à regulação da expressão gênica. / The eukaryotic initiation factor 2 (eIF2) is one of the main regulatory molecules in the protein synthesis. It is composed by three non identical subunits a, β, and y: The cytoplasmic functions of the β subunit, that are essential to the integrity of the process, are related to the presence of two conserved domains: one of them composed of three stretches of six to eight lysine residues and located in the amino-terminal region, and the other consisting of four cysteines that form a zinc finger motif located in the carboxyl-terminal portion. In Saccharomyces cerevisiae, the expression of recombinant eIF2β without of the polylysine stretches was able to inhibit cell proliferation, however no data are reported in mammalian cells so far. Additionaly to its fundamental role in regulating the process of protein synthesis in the cytoplasm, some studies have shown that eIF2 may act in the nucleus, but this issue is also still underexplored. Our results indicate a strong reduction in protein synthesis and consequently a significant decrease in cell proliferation and viability when the eIF2β without polylysine stretches is expressed in human cells. Analysis of cellular distribution of eIF2β indicates that it is located in the cytoplasm, but can translocate to the nucleus and accumulate in the nucleolus in a RNA-dependent manner. Both polylysine stretches and cysteine residues are essential for nucleolar retention of this factor. The eIF2β nuclear exclusion is mediated by exportin CRM1 and is dependent of its amino-terminal region. In conclusion, the results presented here show that the absence of polylysine stretches in human eIF2β has an antiproliferative effect in human cells and that the eIF2β protein should play a role related to some processes involving RNA in the nucleolus. In this context, we can also observe that, like eIF2β, others eIFs also present nuclear localization and participate in different processes in the nucleus which can de related to proofreading mechanism of newly synthesized mRNAs. In this way, several eIFs play a role in vital cellular processes in the nucleus and, in this compartment they also are important to regulation of gene expression.

Um dos principais reguladores da síntese proteica é o fator 2 do início da tradução de eucariotos (eIF2), formado por três subunidades não idênticas: a, β, e y. As funções citoplasmáticas da subunidade β, essenciais à integridade do processo, estão relacionadas à presença de dois domínios conservados: um deles composto por três blocos de seis a oito resíduos de lisinas e localizado na região amino terminal; e o outro constituído por quatro cisteínas que formam um motivo dedo de zinco localizado na região carboxiterminal. Em Saccharomyces cerevisiae, a expressão de eIF2β desprovido dos blocos de lisinas foi capaz de inibir o crescimento celular. Entretanto, até o momento não são relatados dados em células de mamíferos. Além de sua fundamental função na regulação do processo de síntese proteica no citoplasma, alguns estudos têm demonstrado que as três subunidades de eIF2 apresentam localização nuclear, mas essa também é uma questão ainda pouco explorada. Os resultados apresentados nessa tese mostram que a expressão de eIF2β desprovido dos blocos de lisinas causa uma redução acentuada na síntese proteica e, consequentemente, uma significativa diminuição da proliferação e viabilidade de células humanas. As análises da distribuição subcelular demonstram que eIF2β selvagem superexpresso está localizado no citoplasma, mas é capaz de translocar para o núcleo e acumular no nucléolo de maneira dependedente de ligação a RNA. Tanto os blocos de lisinas, quanto os resíduos de cisteínas mostram-se essenciais à retenção nucleolar de eIF2β. Além disso, sua exportação nuclear é mediada pela exportina CRM1 e é dependente de sua região amino terminal. Considerando os dados obtidos nesse trabalho, pode-se concluir que a ausência dos blocos de lisinas em eIF2β apresenta um efeito antiproliferativo em célula humanas e que a proteína eIF2β deve desempenhar funções no nucléolo relacionadas a algum processo que envolva ligação a RNA. Nesse contexto, podese observar também que, tal como o eIF2β, vários outros eIFs apresentam localização nuclear e participam em diferentes processos que ocorrem no núcleo, e que podem estar relacionados a um mecanismo de checagem da qualidade de mRNAs recém-sintetizados. Assim, os diferentes eIFs atuam em processos vitais à célula no núcleo e, nesse compartimento, também são importantes à regulação da expressão gênica. / The eukaryotic initiation factor 2 (eIF2) is one of the main regulatory molecules in the protein synthesis. It is composed by three non identical subunits a, β, and y: The cytoplasmic functions of the β subunit, that are essential to the integrity of the process, are related to the presence of two conserved domains: one of them composed of three stretches of six to eight lysine residues and located in the amino-terminal region, and the other consisting of four cysteines that form a zinc finger motif located in the carboxyl-terminal portion. In Saccharomyces cerevisiae, the expression of recombinant eIF2β without of the polylysine stretches was able to inhibit cell proliferation, however no data are reported in mammalian cells so far. Additionaly to its fundamental role in regulating the process of protein synthesis in the cytoplasm, some studies have shown that eIF2 may act in the nucleus, but this issue is also still underexplored. Our results indicate a strong reduction in protein synthesis and consequently a significant decrease in cell proliferation and viability when the eIF2β without polylysine stretches is expressed in human cells. Analysis of cellular distribution of eIF2β indicates that it is located in the cytoplasm, but can translocate to the nucleus and accumulate in the nucleolus in a RNA-dependent manner. Both polylysine stretches and cysteine residues are essential for nucleolar retention of this factor. The eIF2β nuclear exclusion is mediated by exportin CRM1 and is dependent of its amino-terminal region. In conclusion, the results presented here show that the absence of polylysine stretches in human eIF2β has an antiproliferative effect in human cells and that the eIF2β protein should play a role related to some processes involving RNA in the nucleolus. In this context, we can also observe that, like eIF2β, others eIFs also present nuclear localization and participate in different processes in the nucleus which can de related to proofreading mechanism of newly synthesized mRNAs. In this way, several eIFs play a role in vital cellular processes in the nucleus and, in this compartment they also are important to regulation of gene expression.

Um dos principais reguladores da síntese proteica é o fator 2 do início da tradução de eucariotos (eIF2), formado por três subunidades não idênticas: a, β, e y. As funções citoplasmáticas da subunidade β, essenciais à integridade do processo, estão relacionadas à presença de dois domínios conservados: um deles composto por três blocos de seis a oito resíduos de lisinas e localizado na região amino terminal; e o outro constituído por quatro cisteínas que formam um motivo dedo de zinco localizado na região carboxiterminal. Em Saccharomyces cerevisiae, a expressão de eIF2β desprovido dos blocos de lisinas foi capaz de inibir o crescimento celular. Entretanto, até o momento não são relatados dados em células de mamíferos. Além de sua fundamental função na regulação do processo de síntese proteica no citoplasma, alguns estudos têm demonstrado que as três subunidades de eIF2 apresentam localização nuclear, mas essa também é uma questão ainda pouco explorada. Os resultados apresentados nessa tese mostram que a expressão de eIF2β desprovido dos blocos de lisinas causa uma redução acentuada na síntese proteica e, consequentemente, uma significativa diminuição da proliferação e viabilidade de células humanas. As análises da distribuição subcelular demonstram que eIF2β selvagem superexpresso está localizado no citoplasma, mas é capaz de translocar para o núcleo e acumular no nucléolo de maneira dependedente de ligação a RNA. Tanto os blocos de lisinas, quanto os resíduos de cisteínas mostram-se essenciais à retenção nucleolar de eIF2β. Além disso, sua exportação nuclear é mediada pela exportina CRM1 e é dependente de sua região amino terminal. Considerando os dados obtidos nesse trabalho, pode-se concluir que a ausência dos blocos de lisinas em eIF2β apresenta um efeito antiproliferativo em célula humanas e que a proteína eIF2β deve desempenhar funções no nucléolo relacionadas a algum processo que envolva ligação a RNA. Nesse contexto, podese observar também que, tal como o eIF2β, vários outros eIFs apresentam localização nuclear e participam em diferentes processos que ocorrem no núcleo, e que podem estar relacionados a um mecanismo de checagem da qualidade de mRNAs recém-sintetizados. Assim, os diferentes eIFs atuam em processos vitais à célula no núcleo e, nesse compartimento, também são importantes à regulação da expressão gênica. / The eukaryotic initiation factor 2 (eIF2) is one of the main regulatory molecules in the protein synthesis. It is composed by three non identical subunits a, β, and y: The cytoplasmic functions of the β subunit, that are essential to the integrity of the process, are related to the presence of two conserved domains: one of them composed of three stretches of six to eight lysine residues and located in the amino-terminal region, and the other consisting of four cysteines that form a zinc finger motif located in the carboxyl-terminal portion. In Saccharomyces cerevisiae, the expression of recombinant eIF2β without of the polylysine stretches was able to inhibit cell proliferation, however no data are reported in mammalian cells so far. Additionaly to its fundamental role in regulating the process of protein synthesis in the cytoplasm, some studies have shown that eIF2 may act in the nucleus, but this issue is also still underexplored. Our results indicate a strong reduction in protein synthesis and consequently a significant decrease in cell proliferation and viability when the eIF2β without polylysine stretches is expressed in human cells. Analysis of cellular distribution of eIF2β indicates that it is located in the cytoplasm, but can translocate to the nucleus and accumulate in the nucleolus in a RNA-dependent manner. Both polylysine stretches and cysteine residues are essential for nucleolar retention of this factor. The eIF2β nuclear exclusion is mediated by exportin CRM1 and is dependent of its amino-terminal region. In conclusion, the results presented here show that the absence of polylysine stretches in human eIF2β has an antiproliferative effect in human cells and that the eIF2β protein should play a role related to some processes involving RNA in the nucleolus. In this context, we can also observe that, like eIF2β, others eIFs also present nuclear localization and participate in different processes in the nucleus which can de related to proofreading mechanism of newly synthesized mRNAs. In this way, several eIFs play a role in vital cellular processes in the nucleus and, in this compartment they also are important to regulation of gene expression.

Submitted by Fernanda Rodrigues de Lima (fernanda.rlima@ufpe.br) on 2018-08-02T22:15:27Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) DISSERTAÇÃO Débora Santos Alves.pdf: 1070150 bytes, checksum: ca72f580be485d0ed0310c97999bf33d (MD5) / Approved for entry into archive by Alice Araujo (alice.caraujo@ufpe.br) on 2018-08-07T20:46:49Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) DISSERTAÇÃO Débora Santos Alves.pdf: 1070150 bytes, checksum: ca72f580be485d0ed0310c97999bf33d (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-07T20:46:50Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) DISSERTAÇÃO Débora Santos Alves.pdf: 1070150 bytes, checksum: ca72f580be485d0ed0310c97999bf33d (MD5) Previous issue date: 2017-02-23 / FACEPE / A restrição proteica materna durante gestação e lactação constitui impotante fator de risco que predispõe a hiperativação simpática e, consequentemente, a instalação de hipertensão arterial na prole adulta. Porém os mecanismos centrais envolvidos na etiologia da hipertensão ainda são mal compreendidos. Dessa forma, a desregulação da neurotransmissão glutamatérgica emerge como um suposto gatilho de indução de hipertensão neural. Neste estudo testamos a hipótese de que a disfunção da neurotransmissão glutamatérgica em regiões-chave do controle cardiorrespiratório, como o núcleo do trato solitário (NTS), leva à hipertensão arterial nesta condição experimental. Ratos Wistar foram alimentados com uma dieta controle (normoproteica, NP, 17% de proteína) ou hipoproteica (HP, 8% de proteína) durante a gestação e lactação, e as proles de machos foi avaliada entre 70-90 dias de vida. Medidas diretas da pressão arterial média (PAM), freqüência cardíaca (FC) e frequência respiratória (FR) foram registradas em ratos anestesiados e não-anestesiados. Os efeitos da neurotransmissão glutamatérgica no NTS comissural (coordenadas estereotáxicas: AP-14 mm, LL: ± 0,5 mm, DV: -9 mm em relação ao bregma) sobre o sistema cardiovascular foram avaliados através de microinjeção unilateral de glutamato (L-glu 0.5 nmol/50 nL) e bilateral de ácido quinurênico (Kyn 2.5 nmol/50 nL). Além disso, foi realizado RT-PCR quantitativo para avaliar a expressão de RNAm de receptores glutamatérgicos (Grin1, Gria1 e Grm1) e proteína associada ao receptor GABA (A) 1 (Gabarapll) no tronco cerebral. Os ratos dos grupos NP e HP foram comparados utilizando o teste t de Student não pareado, sendo o valor de p<0,05 significativo. Animais HP apresentaram menor peso entre 1-60 dias e maior PAM entre 70-90 dias de vida. Aos 22 dias, o grupo HP apresentou menores níveis plasmáticos de proteínas totais, albumina, triglicérides, colesterol e maior glicemia de jejum. Aos 30 dias, os ratos HP ainda apresentavam níveis plasmáticos mais baixos de proteínas totais e albumina, mas triglicérides mais elevados. O grupo HP anestesiado apresentou maior resposta em relação ao ΔFC, e ambos animais anestesiados e não-anestesiados HP apresentaram maior resposta e sensibilidade à microinjeção de L-glu no NTS sobre ΔMAP quando comparado ao grupo controle. Além disso, os níveis de expressão de RNAm de Gabarapll estavam reduzidos no tronco cerebral do grupo HP (p <0,05, teste t). Nossos dados sugerem que a dieta materna hipoproteica durante gestação e lactação pode alterar a neurotransmissão glutamatérgica no NTS, tonando-se um fator de risco para o aumento de pressão arterial na idade adulta. / Maternal protein restriction during gestation and lactation is an important risk factor that predisposes to sympathetic hyperactivation and, consequently, an installation of arterial hypertension in adult offspring. However, the central mechanisms involved in the etiology of hypertension are still malicious. Thus, a deregulation of glutamatergic neurotransmission emerges as a putative inducer of neural hypertension. This study tested the hypothesis that the dysfunction of glutamatergic neurotransmission in key regions of cardiorespiratory control, such as the nucleus of the solitary tract (NTS), leads to arterial hypertension in this experimental condition. Wistar rat dams were fed with a control (normal-protein, NP; 17% protein) or low-protein (LP; 8% protein) diet during pregnancy and lactation, and male offspring was studied at 70-90d of age. Direct measurements of baseline arterial blood pressure (ABP), heart rate (HR) and respiratory frequency (RF) were recorded in anesthetized and conscious offspring. The effects of glutamatergic neurotransmission in the commissural NTS (stereotaxic coordinates: AP -14 mm, LL: ± 0.5 mm, DV: -9 mm relative to bregma) on the cardiovascular system were assessed by unilateral glutamate microinjection (L-glu 0.5 nmol/100 nL). In addition, quantitative RT-PCR was used to assess the mRNA expression of glutamatergic receptors (Grin1, Gria1 and Grm1) and GABA(A)-receptor-associated protein like 1 (Gabarapl1). The rats of the NP and LP groups were compared using the unpaired Student's t-test, with the value of p <0.05 being significant. LP rats exhibited lower weight and higher ABP. At 22-d-old, the LP group showed lower plasmatic levels of total proteins, albumine, triglycerides, cholesterol, and higher fasting glucose. At 30-d-old, the LP rats still showed lower plasmatic levels of total proteins and albumine, but higher triglycerides. Anesthetized LP presented higher response over ΔHR, and both anesthetized and conscious LP animals presented higher response and sensitivity to L-glu microinjection into the NTS over ΔMAP when compared to control group. Moreover, the mRNA expression levels of Gabarapl1 were downregulated in medullary tissue of LP rats (p<0.05, t-test). Thus, our data suggest that perinatal low-protein diet alters glutamatergic neurotransmition into the NTS, which may be predisposing factors to increase arterial blood pressure at adulthood.

Orientador: José Luiz Rybarczyk Filho / Resumo: A cada dia surgem novas tecnologias que possibilitam o estudo em larga escala dos RNAs transcritos por um organismo em condições especı́ficas, com isso fornecendo uma grande quantidade de informações. No entanto as metodologias tradicionais não são capazes de análisar de forma eficiente esses dados por utilizar cut-offs pré-definidos, eliminando assim uma grande quan- tidade de genes não considerados diferencialmente expresso, e por consequência reduzindo a precisão e a acurácia do estudo. Esse trabalho propõe o aperfeiçoamento da metodologia do transcriptograma (modelo cruz), desenvolvido por Rybarczyk-Filho et al., que realiza uma análise de forma global de um organismo, utilizando por sua vez redes proteı́cas e processos biológicos. Dentre as modificações realizadas estão: mudança no algoritmo de ordenamento para a redução do tempo de processamento da rede, adição de dois novos modelos “X” e “Anel”, a automação dos processos de análise de dados de expressão gênica, enriquecimento funcio- nal e da compilação de todas as informações em um gráfico. Para testar o aperfeiçoamento foram utilizadas duas séries de dados de expressão gênica, a GSE10072 e a GSE19804, re- ferentes a amostras de câncer de pulmão. O modelo “Anel” apresentou a melhor redução do custo energético de uma matriz, aproximadamente 93%. Para a modularidade, o modelo “Anel” também teve o melhor desempenho. A automação dos processos de enriquecimento funcional, da análise dos dados de expressão e da compilação d... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Every day, new technologies are emerging that make it possible the large-scale study of RNAs transcribed by an organism under specific conditions, providing a huge amount of information. However, the traditional methodologies are not able to efficiently analyze these data due the use of pre-defined cut-offs, thus eliminating a large number of genes not considered differentially expressed, and consequently reducing precision andaccuracy of the study. This work proposes the improvement of the methodology of the Transcriptogram (model “Cross”), developed by Rybarczyk-Filho et al., which performs an overall analysis of an organism, using protein networks and biological processes. Among the modifications made are: Modification in ordering algorithm to reduce the network processing time, addition of the two new “X” and “Ring” models, the automation of the processes of gene expression data analysis, functional enrichment and the compilation of all information in a graphic. To test the improvements, two sets of gene expression data were used, GSE10072 and GSE19804, corresponding to samples of lung cancer. The “Ring” model showed the best matrix energy cost reduction, approximately 93%. For modularity, the “Ring” model also had the best performance. The automation of functional enrichment processes, the analysis of expression data and the compilation of all data in a graphic form reduces the time spent for acquisition and generation, increasing the accuracy. The results indicate that ... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Resumo: Este trabalho propõe aprofundar as avaliações dos sistemas preditores de função de proteína que utilizam como dado de entrada a sequência de uma proteína, podendo na sua conclusão determinar qual a melhor estratégia de predição. Foram selecionados os seguintes sistemas preditores Blast2GO, InterProScan, Panther Score, Pfam scan e ScanProsite. Os critérios utilizados para a seleção dos sistemas foram: 1- compor o conjunto de sistemas relatados em revisões literárias sobre predição de função de proteína, 2- possuir número de citações superior a 500, 3- ser sistema com a última atualização em menos de 3 anos e 4- análises automatizadas sem interação humana. Os 12 conjuntos de sequências selecionados foram: 690 sequências de proteínas enzimáticas, 487 sequências não enzimáticas, 85 sequências proteicas bifuncionais, 358 sequências proteicas de Aminergic GPCR, 412 sequências proteicas de NHR e 153 sequências proteicas de "Secretinlike", 927 sequências proteicas de enolase, 262 sequências proteicas de crotonase, 389 sequências proteicas de haloacid dehalogenase, 145 sequências proteicas de vicinal oxygen chelate, 145 sequências proteicas de radical SAM and 863 sequências proteicas de padrão-ouro. Os resultados obtidos mostram divergências entre os resultados dos sistemas avaliados. São observadas diferenças entre nível de descrição da função, grafias distintas para uma mesma anotação e divergência de classificação. Os programas que apresentaram maior semelhança foram o Panther Score e o ScanProsite, embora a semelhança média entre os diferentes conjuntos testados seja inferior a 40%. O com maior acurácia foi o Blast2GO, mas com a acurácia máxima de 34%. Não houve nenhuma sequência em a classificação foi unanime para os 5 programas testados.

Orientador: Luis Antonio Justulin / Resumo: Condições gestacionais adversas podem acarretar alterações morfofuncionais irreversíveis no embrião/feto, condição conhecida como Programação Fetal (PF). Dentre os modelos de estudos sobre PF, a restrição proteica intrauterina tem sido o mais utilizado. Considerando os resultados recentes que evidenciaram o atraso no desenvolvimento prostático de ratos submetidos à restrição proteica intrauterina, além do importante papel do suprimento vascular para a morfogênese prostática, o objetivo deste trabalho foi investigar os impactos da programação fetal induzida por restrição proteica materna sobre a próstata ventral da prole de ratos, com ênfase ao processo de angiogênese associado ao desenvolvimento glandular. Para tanto, foram utilizados ratos Sprague Dawley (n=15/grupo) nascidos de mães alimentadas com ração padrão (grupo controle-CTR, 23% de proteína) ou com ração hipoproteica (6% de proteína) durante a gestação (grupo RPG), ou durante a gestação e lactação (grupo RPGL). Após o período experimental, os animais foram pesados, eutanasiados e os complexos urogenitais (CUG) ou lobos prostáticos ventrais (PV) coletados nos dias pós-natal (DPN) 10 e 21, sendo ambos processados para análises histológicas e bioquímicas. Nossos resultados demonstraram redução do peso corpóreo, da distância ano-genital, além de atraso no desenvolvimento prostático na prole dos animais RPG e RPGL. Este atraso foi relacionado ao menor índice de proliferação e diferenciação celulares na próstata dos animai... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Mestre

Submitted by Rafael Santana (rafael.silvasantana@ufpe.br) on 2018-01-25T19:21:06Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) Colação de grau.pdf: 2302960 bytes, checksum: 5a0dc89e6ea00d56c6c41cbc403c2e92 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-25T19:21:06Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) Colação de grau.pdf: 2302960 bytes, checksum: 5a0dc89e6ea00d56c6c41cbc403c2e92 (MD5) Previous issue date: 2016-02-22 / FACEPE / A capacidade de reação de um organismo aos desafios ambientais com mudanças no seu fenótipo, isto é, na sua forma, estado, desenvolvimento ou padrão de atividade, denomina-se plasticidade fenotípica. Uma das variáveis mais bem documentadas que interferem na plasticidade fenotípica é a nutrição. Atualmente, a desnutrição proteica continua a ser um grave problema de saúde que afeta recémnascidos e crianças, especialmente dos países em desenvolvimento. Nesses países, a paralisia cerebral (PC) está relacionada a más condições materno-infantis de nutrição. Comumente, crianças com PC apresentam dificuldades na alimentação, podendo levar à inadequada ingestão de nutrientes e desnutrição. Contudo há uma escassez de dados na literatura científica sobre o efeito da desnutrição no comportamento alimentar de indivíduos com PC, sobretudo os aspectos morfológicos e funcionais da mastigação. Dessa forma, o objetivo do presente estudo foi verificar em um modelo experimental de paralisia cerebral, o efeito da desnutrição sobre o padrão sensório-motor da mastigação em ratos submetidos ao modelo experimental de PC. Foram utilizados 60 ratos machos da linhagem Wistar, distribuídos aleatoriamente nos grupos: grupo Normonutrido (NC, n=15), Normonutrido PC (NPC, n=15); Desnutrido (DC, n=15) e Desnutrido PC (DPC, n=15). Os animais do grupo PC foram submetidos à um modelo experimental baseado na combinação da anóxia perinatal associado à restrição sensório-motora das patas posteriores. Foram avaliados nos diferentes grupos: ganho de peso corporal, a ingestão de leite materno e ração, os parâmetros motores e sensoriais da mastigação e propriedades musculares (peso e tipagem muscular) do masseter e digástrico. Animais do grupo Desnutrido PC, apresentaram redução mais severa do peso corporal (P<0,05), ingestão de leite (P<0,05), consumo de ração (P<0,05), frequência mastigatória, quantidade de reações de “gosto” (P<0,05), peso muscular e aumento na proporção das fibras tipo IIA (P<0,05). A desnutrição proteica acentua os danos no controle sensório motor da mastigação, em animais submetidos à paralisia cerebral. / The responsiveness of an organism to environmental challenges with changes in their phenotype, in its form, state, development or activity is called phenotypic plasticity. One of the best documented variables that affect the phenotypic plasticity is nutrition. Currently, protein malnutrition remains a serious health problem that affects infants and children, especially in developing countries. In these countries, cerebral palsy (PC) is related to poor maternal and child nutrition conditions. Commonly, children with PC have feeding difficulties and may lead to inadequate ingestion of nutrients and malnutrition. However there is a paucity of data in the scientific literature about the effect of malnutrition in feeding behavior of individuals with PC, especially the morphological and functional aspects of mastication. In this way, the aim of this study was to investigate in an experimental model of cerebral palsy, the effect of malnutrition on the sensoriomotor patter chew in rats submitted to PC experimental model. 60 Wistar rats were randomly divided in groups were used: Nourished (NC, n=15), Nourished PC (NPC, n=15), Malnourished (DC, n=15) and Malnourished PC (DPC, n=15). The animals of PC groups were submitted to an experimental model based on the combination of perinatal anoxia associated with sensoriomotor restriction of the hind paws. We evaluated in the different groups: body weight gain, the ingestion of breast milk and pellets of casein, the motor and sensory parameters of mastication and muscle properties (weight and muscle typing) of the masseter and digastric. Animals from malnourished PC group showed the most severe reduction in body weight (P<0,05), milk intake (P<0,05), feed intake (P<0,05), masticatory frequency (P<0,05), number of hedonic reactions (P<0,05), increased muscle weight and the proportion of type IIA muscle fibers (P<0,05). Protein malnutrition accentuates the damage to the sensory motor control of mastication, in animals submitted to cerebral palsy model.

Submitted by Fabio Sobreira Campos da Costa (fabio.sobreira@ufpe.br) on 2016-04-12T12:01:04Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Tese de doutorado PDF - André Oliveira - BIBLIOTECA - FINAL.pdf: 2740688 bytes, checksum: 0e20c861826941b8e9247f2b85f35963 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-12T12:01:04Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Tese de doutorado PDF - André Oliveira - BIBLIOTECA - FINAL.pdf: 2740688 bytes, checksum: 0e20c861826941b8e9247f2b85f35963 (MD5) Previous issue date: 2015-10-29 / CAPEs / Indivíduos que são expostos a uma deficiência nutricional durante o desenvolvimento perinatal tem, uma vez atingida a idade adulta, um aumento do risco de desenvolvimento de obesidade, diabetes tipo 2 e doenças cardiovasculares, quando comparado a indivíduos da mesma idade com nutrição balanceada. Aqui nós exploramos se a restrição proteica perinatal age na capacidade de sincronização de fibroblastos de ratas e suas respectivas proles. Dietas com baixo teor de proteínas (8 g%) e normoprotéica (20 g%) foram ofertadas a ratas durante a gestação e lactação. O ritmo circadiano de consumo alimentar e glicemia dos animais controles e desnutridos durante a gestação e lactação de mães desnutridas e controles foi registrado. A cultura de fibroblastos proveniente da cauda dessas ratas e suas respectivas proles foram submetidas a um choque sérico para reinduzir as oscilações dos transcritos bmal1, per1 e per2. A expressão gênica relativa desses transcritos foi analisada por PCRq. A curva dos níveis de glicose sanguínea total das mães desnutridas durante a gestação foi significativamente menor do que o período antes da gestação, sem apresentar, porém, alterações do ritmo de consumo alimentar. Os fibroblastos das mães desnutridas exibiram diferenças significativas nos níveis de expressão de bmal1 no ZT6 e ZT18 em relação aos controles. Em contrapartida, os fibroblastos dos embriões desnutridos foram afetados pela desnutrição proteica durante o período perinatal para o per1 no ZT0 e ZT24 e para o per2 no ZT24. Além disso, foi visto que as proles não possuíam os mesmos ritmos de expressão gênica desses transcritos em relação a suas mães, tanto durante o período embrionário como também após 14 dias do desmame, exceto para o gene per2, que apresentou oscilações semelhantes entre os embriões e suas respectivas mães. Nossos resultados mostram que estas respostas perinatais e pós-natais refletem a plasticidade do desenvolvimento e as "decisões" feitas pela prole para otimizar o seu próprio desenvolvimento, mas com consequências duradouras. / Les individus qui sont exposés à une carence nutritionnelle pendant le développement périnatal, présentent à l'âge adulte, un risque plus élevé de développer de l'obésité, un diabète de type 2 et des maladies cardiovasculaires par rapport aux personnes du même âge avec une alimentation équilibrée. Ici, nous étudions si une restriction protéique périnatale agit sur la capacité de synchronisation des fibroblastes de rates et sur leur descendance. Les régimes à faible teneur en protéines (8 g%) et à teneur normale (20 g%) ont été offerts à des rats femelles pendant la grossesse et l'allaitement. Le rythme circadien de la prise alimentaire et de la glycémie des animaux témoins et en restriction protéique pendant la grossesse et la lactation malnutrition des mères correspondantes ont été enregistrés. Des fibroblastes, provenant de l'extrémité caudale de ces rates et de leur progéniture ont été établis en culture primaire et soumis à un choc de sérum pour ré-induire les oscillations de la transcription de bmal1, per1 et per2. L'expression génique relative de ces transcrits a été analysée par Réaction en Chaîne par Polymérase quantitative (sigle anglais qPCR). La courbe des taux du glucose sanguin total des mères en restriction protéique pendant la grossesse était significativement inférieur à celui d'avant la grossesse, sans montrer, cependant, des altérations dans le rythme de la prise alimentaire. Les fibroblastes de mères en restriction protéique ont montré des différences significatives dans les niveaux d'expression de bmal1 à 6 après synchronisation (ZeitGeber Time6 ; ZT6) et à ZT18 par rapport aux témoins. En revanche, les fibroblastes des embryons en restriction protéique montraient des différences significatives pour la per1 à ZT0 et ZT24 et pour per2. Il a été également constaté que les fibroblastes de la progéniture n'avaient pas les mêmes rythmes de l'expression des gènes de ces transcriptions par rapport à leurs mères, à la fois pendant la période embryonnaire ainsi que après 14 jours de sevrage, sauf pour le gène de per2, qui présentait des oscillations similaires entre les embryons et de leurs mères. Nos résultats montrent que ces réponses périnatales et postnatales reflètent la plasticité du développement et des «décisions» des descendants de première génération afin d'optimiser leur propre développement, et ce, avec des conséquences durables.