Submitted by PABLO ACERA MATEOS null (pablo.acera@hotmail.com) on 2016-02-26T21:46:04Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Pablo.pdf: 2305687 bytes, checksum: f2605afbab8d002e94ee276992365da9 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br) on 2016-02-29T14:25:02Z (GMT) No. of bitstreams: 1 mateos_pa_me_araiq.pdf: 2305687 bytes, checksum: f2605afbab8d002e94ee276992365da9 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-02-29T14:25:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 mateos_pa_me_araiq.pdf: 2305687 bytes, checksum: f2605afbab8d002e94ee276992365da9 (MD5) Previous issue date: 2016-02-18 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Neste trabalho foi realizado um estudo de caracterização das proteínas RUV-1 e RUV-2 de Neurospora crassa, as quais são proteínas ubiquamente encontradas e descritas estar envolvidas em diferentes processos celulares. Resultados anteriores obtidos pelo nosso grupo identificaram, através de espectrometria de massas, a proteína RUV-1 como uma proteína capaz de se ligar ao promotor do gene da glicogênio sintase (gsn) durante a resposta ao choque térmico. Mais tarde, foi demonstrado que a proteína foi capaz de se ligar in vitro, e de maneira especifica, ao motivo de DNA STRE, também presente no promotor gsn. Considerando que a proteína RUV-1 interage com a proteína parceira RUV-2 e, juntas, participam de grandes complexos proteicos que atuam na regulação de diferentes processos celulares, este trabalho teve como objetivo realizar estudos de caracterização das proteínas RUV-1 e RUV-2. Os resultados de expressão gênica mostraram que o gene ruv-1 foi superexpresso na condição de choque térmico e que o gene ruv-2 não mostrou alteração na expressão na mesma condição. Além disso, foi demonstrado que o transcrito do gene ruv-2 é parcialmente processado na situação de choque térmico, e não em outra condição indutora de estresse, através do processo conhecido como intron retention levando à síntese de uma proteína truncada. No entanto, os resultados mostraram que a proteína RUV-2 foi detectada em extratos celulares do fungo obtidos até 4 h de choque térmico. Os cDNAs (ruv-1 e ruv-2) foram inseridos no vetor pET28a e as proteínas expressas em E. coli. Entretanto, ainda não foi finalizada a expressão de ambas utilizando o plasmídeo bicistrônico pETDUET-1, para a análise de interação de ambas proteínas. Neste trabalho também foi construída uma linhagem do fungo modificada geneticamente, a qual produz a proteína RUV-1 fusionada ao tag V5 (RUV-1-V5) e será posteriormente utilizada em ensaio de imunoprecipitação para identificação de proteínas parceiras. Ensaios de imunoprecipatação de cromatina (ChIP) com esta linhagem foram realizados com o objetivo de analisar se a proteína RUV-1 se liga in vivo ao mesmo fragmento de DNA. Entretanto, os experimentos ainda não permitiram identificar a ligação proteína-DNA. Análises de modelagem e dinâmica molecular das proteínas RUV-1 e RUV-2 de N. crassa sugeriram interação entre elas e homologia estrutural a outras proteínas RUV conhecidas / In this work, we performed characterization studies of Neurospora crassa RUV-1 and RUV-2, which are ubiquitous protein and have been described to be involved in different cellular processes. Previous results obtained by our group identified, by mass spectrometry, RUV-1 as a protein able of binding to the glycogen synthase gene promoter (gsn) during heat shock response. Later, it was demonstrated that the protein was able to bind in vitro, and in a specific manner, to the STRE DNA motif, also present in gsn promoter. Since RUV-1 interacts with RUV- 2 protein, and together participate in large protein complexes that act in the regulation of different cellular processes, this study aimed to conduct characterization studies of RUV-1 and RUV- 2 proteins. Gene expression results showed that ruv-1 gene, but not ruv-2 gene was overexpressed under heat shock. Furthermore, it was shown that ruv-2 transcript was incompletely processed under heat shock through a process known as intron retention that leads to the production of a truncated protein. No other stress inducing conditions led to the same phenomenon. However, RUV-2 protein was detected in cell extracts of the fungus exposed to heat shock up to 4 h. The cDNAc (ruv-1 and ruv-2) were inserted into the pET28a vector and the proteins were expressed in E. coli. However, it has not yet been completed the molecular cloning in the bicistronic plasmid pETDUET-1, which allows the production of both proteins in the same cell, what is required for protein-protein interaction analysis. In this work, was also constructed a genetically modified strain, which produces the V5- tagged RUV-1 protein (V5-RUV-1), which that will be later used in immunoprecipitation assay for the identification of partner proteins. Chromatin immunoprecipitation (ChIP) assay using this strain was performed in order to investigate whether RUV-1 protein binds in vivo the DNA fragment from the gsn promoter. Experiments have not allowed the identification of protein-DNA binding yet. Analysis of molecular modelling and dynamics of RUV-1 and RUV-2 proteins suggested the existence of interaction between them and structural homology to other known RUV proteins.

Submitted by DAVID MARQUES DE ALMEIDA SPADOTTI null (dspadotti@gmail.com) on 2016-04-18T14:13:42Z No. of bitstreams: 1 Tese_Definitiva_DavidSpadotti2016-OK com ficha.pdf: 2776894 bytes, checksum: 521e42c78bd8f798f23c6ae2a7752aa2 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br) on 2016-04-19T14:52:29Z (GMT) No. of bitstreams: 1 spadotti_dma_dr_bot.pdf: 2776894 bytes, checksum: 521e42c78bd8f798f23c6ae2a7752aa2 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-19T14:52:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 spadotti_dma_dr_bot.pdf: 2776894 bytes, checksum: 521e42c78bd8f798f23c6ae2a7752aa2 (MD5) Previous issue date: 2016-04-01 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / As cultivares de pimentão (Capsicum annuum L.) são geralmente suscetíveis à infecção por vírus, destacando-se no Brasil espécies dos genêros Potyvirus, Begomovirus, Cucumovirus, Tobamovirus e Tospovirus, sendo que deste último gênero predominam as espécies GRSV (Groundnut ring spot virus) e TCSV (Tomato chlorotic spot virus) no Estado de São Paulo. Devido ao amplo número de hospedeiros infectados pelos tospovírus e a ineficiência do controle químico na transmissão do vírus pelo vetor (tripes), é imprescindível o manejo integrado da doença. Diante disso, o objetivo deste trabalho foi avaliar o uso do defensivo químico piraclostrobina + metiram (P +M) como forma alternativa de controle dos tospovírus GRSV e TCSV no híbrido de pimentão Dahra RX, avaliando-se a produção quantitativa e qualitativa da planta e a influência do produto sobre a quantidade relativa de partículas virais do GRSV. Três experimentos foram realizados paralelamente, sendo dois em campo, dos quais um recebeu pré-tratamento pela aplicação de P + M (4 g. l -1) na bandeja. No experimento em estufa, o pré-tratamento consistiu pela aplicação de P + M (4 g. l -1) no transplante em 50% das plantas (total de 120 plantas). Os tratamentos foram constituídos da inoculação do vírus de forma natural no campo e via extrato vegetal em estufa aos 0, 15, 30, 45 dias após o transplantio (DAT) com ou sem aplicação de P + M (4.0 g. l -1) durante o cultivo. A infecção pelos vírus GRSV/TCSV foi confirmada por PTA- ELISA e a concentração viral via qPCR foi avaliada para as plantas cultivadas em estufa. No experimento realizado em estufa obteve-se 98% das plantas infectadas quando inoculadas via extrato vegetal, enquanto 25% das plantas no campo foram infectadas naturalmente por GRSV ou TCSV, porém com predominância do GRSV. A infecção de plantas deste híbrido pelas espécies GRSV e TCSV até os 45 dias após o transplante causaram prejuízos significativos na qualidade e quantidade de frutos produzidos. O uso do produto durante o cultivo deste híbrido não alterou os parâmetros de produção das plantas. Em condições de estufa, as mudas tratadas no transplantio com P + M apresentaram menor produção total, indicando que o modelo adotado de aplicação do produto não foi eficiente. A concentração viral do GRSV, aos 70 DAT não foi alterada com a utilização do produto, indicando pouco efeito deste na supressão do vírus e da doença. / The cultivars of pepper (Capsicum annuum L.) are usually susceptible to virus infection, especially by the species of the genus Potyvirus, Begomovirus, Cucumovirus, Tobamovirus and Tospovirus in Brazil. GRSV (Groundnut ring spot virus) and TCSV (Tomato chlorotic spot virus) are the main tospovirus species in São Paulo state. Due to the large host circle of tospovirus and inefficient chemical vector control (thrips) in the virus transmission, the integrated management of the disease is essential. Thus, the aim of this study was to evaluate the use of chemical defensive Pyraclostrobin + Metiram (P + M) as an alternative form of control of tospoviruses GRSV and TCSV in the pepper hybrid Dahra RX, assessing the quantitative and qualitative production of the plant and the product's influence on the concentration of viral particles of GRSV. Three experiments were carried out in parallel, two in the field, one which received pre-treatment by applying P + M (4 g. L -1) on the tray. In the greenhouse experiment, the pre-treatment consisted by application of P + M (4 g. L -1) in the transplanting of 50% of the plants (total 120 plants). The treatments consisted of inoculation of the virus naturally in the field and sap transmission in greenhouse at 0, 15, 30, 45 days after transplanting (DAT) with application or not of P + M (4.0 g. L -1) during cultivation. Infection by GRSV / TCSV virus was confirmed by PTA-ELISA and virus concentration was evaluated by qPCR for plants in greenhouse. In the greenhouse experiment was obtained 98% of infected plants sap transmitted, while 25% of the plants in the field were naturally infected by GRSV or TCSV, but with predominance of GRSV. Infection of plants of this hybrid by GRSV and TCSV until 45 days after transplantation caused considerable damage in the quality and quantity of fruits produced. The use of the product during the cultivation of the hybrid did not affect the production parameters. Under greenhouse conditions, the seedlings treated at transplanting with P + M had lower total production, indicating that the model adopted for the application of the product was not efficient. The viral concentration of GRSV at 70 DAT was not altered by the use of the product, indicating little effect of suppression of the virus and disease.

Gene expression analysis can be performed by a number of methods. One of the most common methods is using relative qPCR  to assess the relative expression of a determined set of genes compared to a reference gene. Analysis methods benefits from an as homogeneous sample set as possible, as great variety in original sample disease status, quality, type, or distribution may yield an uneven base expression between replicates. Additionally normalization of qPCR data will not work if there are missing values in the data. There are methods for handling non-detects (i.e. missing values) in the data, where most of them are only recommended to use when there is a single, or very few, value missing. By integrating microarray expression data with qPCR data, the data quality could be improved on, eradicating the need to redo an entire experiment when too much data is missing or sample data too is heterogeneous. In this project, publically available microarray data, with similar sample status of a given qPCR dataset, was downloaded and processed. The qPCR dataset included 51 genes, where a set of four DLG genes has been chosen for in-depth analysis. For handling missing values, mean imputation and inserting Cq value 40 were used, as well as a novel method initialized where microarray data was used to replace missing values. In summary replacing missing values with microarray data did not show any significant difference to the other two methods in three of the four DLG genes. From this project, it is also suggested an initialized approach towards testing the possibility of qPCR and microarray data integration.

Submitted by Renan Bressianini do Amaral null (renan.amaral@yahoo.com.br) on 2018-03-22T10:21:41Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_Renan_Bressianini_do_Amaral.pdf: 3486446 bytes, checksum: e5ed9f21e12655ff3bf5b939acdfd4c6 (MD5) / Approved for entry into archive by Alexandra Maria Donadon Lusser Segali null (alexmar@fcav.unesp.br) on 2018-03-22T10:58:45Z (GMT) No. of bitstreams: 1 amaral_rb_me_jabo.pdf: 3486446 bytes, checksum: e5ed9f21e12655ff3bf5b939acdfd4c6 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-03-22T10:58:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 amaral_rb_me_jabo.pdf: 3486446 bytes, checksum: e5ed9f21e12655ff3bf5b939acdfd4c6 (MD5) Previous issue date: 2018-02-21 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Dentre os ectoparasitas encontrados em morcegos, destacam-se as mocas Streblidae e ácaros Macronyssidae e e Spinturnicidae. A família Streblidae compreende um grupo monofilético de dípteros hematófagos Hippoboscoidea que parasitam morcegos. Enquanto ácaros da família Spinturnicidae são ectoparasitas exclusivos de quirópteros, aqueles da família Macronyssidae também parasitam outras espécies de mamíferos. Embora a ocorrência de Bartonella spp. tenha sido relatada em morcegos amostrados na Europa, África, Ásia e América Central e do Sul, poucos são os estudos acerca da ocorrência e diversidade genética de Bartonella spp. em moscas Hippoboscoidea e ácaros parasitas de quirópteros. O presente trabalho teve como objetivo investigar a ocorrência e traçar inferências filogenéticas de Bartonella spp. em moscas Streblidae e ácaros de Spinturnicidae e Macronyssidae parasitas de morcegos no Brasil. Entre maio de 2011 a abril de 2012 e setembro de 2013 a dezembro de 2014, 404 moscas de Streblidae, 100 Macronyssidaes e 100 ácaros de Spinturnicidae foram coletadas de duas localidades no município de Nova Iguaçu, estado do Rio de Janeiro, no sudeste do Brasil. Todos os 20 pools de ácaros e 202 (50%) mostraram-se positivos na PCR para o gene endógeno cox-1 de invertebrados. Quarenta (19,8%) de 202 moscas Streblidae foram positivas para Bartonella spp. em ensaios de qPCR baseados no gene nuoG. : 6/32 (18%) Paratrichobius longicrus, 7/24 (29%) Strebla guajiro, 2/5 (40%) Aspidoptera phyllostomatis, 5/43 (11%) Aspidoptera falcata, 1/10 (10%) Trichobius anducei, 1/4 (25%) Megistopoda aranea e 18/55 (32%) Trichobius joblingi, coletados das seguintes espécies: Artibeus lituratus, Carollia perspicillata, Artibeus planirostris, Sturnira lilium, Artibeus obscurus. Foram obtidas seis sequências para Bartonella (nuoG [n = 2], gltA [n = 2], rpoB [n = 1], ribC [= 1]). Nenhum dos ácaros Macronyssidae e Spinturnicidae amostrados mostrou-se positivo para Bartonella spp. As análises filogenéticas das sequências, suportadas pela baixa identidade pelo BLAST, sugerem a circulação de mais de um genótipo/espécie de Bartonella em moscas da família Streblidae no Rio de Janeiro, Brasil, os quais mostraram-se filogeneticamente próximos àqueles previamente detectados em morcegos e roedores na América, e em ruminantes na Europa. Tal fato evidenciando um possível intercâmbio de espécies de Bartonella entre hospedeiros vertebrados pertencentes às ordens Chiroptera, Rodentia e Artiodactyla. / Among the ectoparasites found in bats, stand out Streblidae flies and Macronyssidae and Spinturnicidae mites. The Streblidae family comprises a monophyletic group of Hippoboscoidea hematophagous dipterans that parasitize bats. While mites of the Spinturnicidae family are ectoparasites unique to chiropterans, those of the Macronyssidae family also parasitize other species of mammals. Although the occurrence of Bartonella spp. has been reported in bats sampled in Europe, Africa, Asia and Central and South America, there are few studies on the occurrence and genetic diversity of Bartonella spp. in Hippoboscoidea flies and mites parasites of bats. This study aimed to investigate the occurrence and perform phylogenetic inferences of Bartonella spp. in Streblidae flies and Spinturnicidae and Macronyssidae mites parasites of bats in Brazil. Between May 2011 to April 2012 and September 2013 to December 2014, 404 Streblidae flies, 100 Macronyssidae and 100 Spinturnicidae mites were collected from two locations in the district of Nova Iguaçu, state of Rio de Janeiro, in southeastern Brazil. All 20 mite pools and 202 (50%) Streblidae flies showed to be positive in PCR assays targeting cox-1 gene. Forty (19.8%) of 202 Streblidae flies were positive for Bartonella spp. in qPCR assays based on the nuoG gene: Paratrichobius longicrus, 7/24 (29%) Strebla guajiro, 2/5 (40%) Aspidoptera phyllostomatis, 5/43 (11%) Aspidoptera falcata, 1/10 (10%) Trichobius anducei, 1/4 (25%) Megistopoda aranea and 18/55 (32%) Trichobius joblingi, collected from the following species: Artibeus lituratus, Carollia perspicillata, Artibeus planirostris, Sturnira lilium, Artibeus obscurus. Six Bartonella sequences were obtained (nuoG [n=2], gltA [n=2], rpoB [n=1], ribC [n=1]). None of the sampled Macronyssidae and Spinturnicidae mites were positive for Bartonella spp. Phylogenetic analyzes of the sequences, supported by low BLAST identity, suggest the circulation of more than one Bartonella genotype/species in family Streblidae flies in Rio de Janeiro, Brazil, which were shown to be phylogenetically close to those previously detected in bats and rodents in America, and in ruminants in Europe. This fact evidences a possible interchange of Bartonella species among vertebrate hosts belonging to the orders Chiroptera, Rodentia and Artiodactyla. / 2016/12574-0

Submitted by MARIANA HERMAN null (marianaherman@hotmail.com) on 2016-06-17T05:48:51Z No. of bitstreams: 1 Boneco Dissertação Mestrado versão impressão Mariana Herman.pdf: 876889 bytes, checksum: 79d967c24bf0e8b487ccc7174438f22f (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2016-06-21T20:43:52Z (GMT) No. of bitstreams: 1 herman_m_me_bot.pdf: 876889 bytes, checksum: 79d967c24bf0e8b487ccc7174438f22f (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-21T20:43:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 herman_m_me_bot.pdf: 876889 bytes, checksum: 79d967c24bf0e8b487ccc7174438f22f (MD5) Previous issue date: 2016-04-18 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / As papilomatoses ocupam uma posição de destaque na medicina humana e veterinária uma vez que são enfermidades virais dermatológicas com potencial para desenvolver malignidade tumoral. Nos equinos os papilomas estão associados às seguintes enfermidades: papilomatose clássica, associada ao EcPV1; carcinoma de células escamosas associado ao EcPV2; Massas tumorais em mucosas genitais (EcPV2 e EcPV7); placa aural, associado ao EcPV3, 4, 5 e 6; sarcóide equino, associado ao papilomavírus bovino 1 e 2 (BPV1 e 2). Dessas, a que está em estudo nesse trabalho é a placa aural, caracterizada por lesões puntiformes de poucos milímetros, despigmentadas e queratinizadas na face interior do pavilhão auricular, podendo evoluir e coalescer em lesões maiores e por vezes se estendendo por todo pavilhão auricular. Visando obter um teste de diagnóstico específico, sensível e rápido para identificação destes vírus, foi padronizada a técnica de PCR em tempo real (qPCR) para o EcPV3, 4, 5 e 6. E com a finalidade de avaliar a incidência dessa enfermidade no rebanho nas cinco regiões do país e estabelecer a prevalência de cada tipo viral a partir da técnica padronizada, foram coletadas 104 amostras das regiões Nordeste, Norte, Sul, Sudeste e Centro-Oeste. Como resultado obteve-se a padronização da técnica. Na análise das amostras a prevalência de pelo menos um tipo viral na lesão foi 90,39%, com as seguintes prevalências por tipo: EcPV3 36,54%, EcPV4 81,73%, EcPV5 0,96% e EcPV6 10,58%, apresentando variação entre as diferentes regiões. O presente estudo traz uma evolução no que se refere às pesquisas relacionadas a Placa Aural e também levanta novos questionamentos para estudos futuros. / Papillomatosis occupy a prominent position both in human and veterinary medicine, since they are viral skin diseases with potential to develop malignancy. In horses papillomas are associated with the following diseases: classical papillomatosis associated with EcPV1; squamous cell carcinoma associated with EcPV2; tumors in mucous membranes on the genital area (EcPV2 and EcPV7); aural plaque associated with EcPV3, 4, 5 and 6; equine sarcoid, associated with bovine papillomavirus (BPV1 and 2). Of all equine papillomatosis, aural plaque is the one analyzed in this work, which is characterized by small papules, with a few millimeters, hypochromic and keratinized on internal surface of the pinnae and can evolve and coalesce into larger lesions. To obtain a specific diagnostic test, also sensitive and quick to identify these viruses, a Real Time PCR was standardized for EcPV3, 4, 5 and 6. In order to evaluate the incidence of this disease in equine herds distributed in the five regions of Brazil and establish the prevalence of each viral type using the standardized technique, 109 samples were collected in the Northeast, North, South, Southeast and Midwest. The main result was the technique standardization of the technique. Applying the qPCR technique in the samples resulted in 90,39% of at least on viral type prevalence, the prevalence for each type was: EcPV3 36,54%, EcPV4 81,73%, EcPV5 0,96% e EcPV6 10,58%, with variation between different regions. This study represents an evolution in the area related to aural plaque and equine papillomatosis and raises new questions for future research.

Submitted by JUAN CAMILO CIFUENTES ARENAS null (jccifuen@gmail.com) on 2017-08-20T22:26:16Z No. of bitstreams: 1 Tese_Juan_Camilo_Cifuentes_Arenas.pdf: 3235857 bytes, checksum: 09f86c9212a38b12988810c2eb30b9c0 (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-08-24T12:32:17Z (GMT) No. of bitstreams: 1 cifuentesarenas_jc_dr_jabo.pdf: 3235857 bytes, checksum: 09f86c9212a38b12988810c2eb30b9c0 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-24T12:32:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 cifuentesarenas_jc_dr_jabo.pdf: 3235857 bytes, checksum: 09f86c9212a38b12988810c2eb30b9c0 (MD5) Previous issue date: 2017-06-26 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O huanglongbing (HLB), associada a bactérias de floema (Candidatus Liberibacter spp) transmitidas por insetos (Diaphorina citri), é a doença mais destrutiva dos citros e muitos têm sido os esforços visando reduzir sua disseminação nos pomares, porém, nem sempre bem-sucedidos. Somente no cinturão citrícola paulista mais de 45 milhões de plantas já foram erradicadas por causa do HLB. O objetivo deste trabalho foi investigar diferentes aspectos associados ao patossistema HLB, visando trazer informações que ajudem na contenção da doença. Foram estudados: 1) hospedeiros alternativos do inseto vetor e do patógeno; 2) ontogenia do broto vegetativo de citros e seu potencial em multiplicar D. citri; 3) requerimentos térmicos para o desenvolvimento do broto; e 4) influência do porta-enxerto na biologia de D. citri. No primeiro capítulo é apresentada revisão de literatura sobre os aspectos mais relevantes da citricultura e do patossistema em estudo e, nos demais, os resultados das pesquisas. No segundo é apresentada a importância Swinglea glutinosa (rutácea muito comum em certas regiões citrícolas) como fonte de Ca. Liberibacter asiaticus e criadouro de D. citri. A bactéria do HLB multiplicou na planta, porém atingiu populações consideravelmente menores do que em laranjeira ‘Valência’. Apresenta, portanto, baixo potencial como fonte de inóculo para os citros. Por outro lado, D. citri reproduziu abundantemente em S. glutinosa, tanto quanto nas principais variedades de laranjeiras doces e limoeiros do grupo ‘Siciliano’ cultivados no Brasil. No terceiro capítulo são apresentados detalhes do desenvolvimento do broto em laranjeira ‘Valência’ e como os diferentes estádios influenciam o potencial biótico de D. citri. O inseto completou seu ciclo de vida em todos os estádios, mas em diferentes intensidades, sendo maiores nos estádios iniciais. Com os dados criou-se um índice de favorabilidade à reprodução do inseto, que leva em consideração o peso relativo de cada estádio do broto na biologia do inseto. No quarto capítulo é apresentado o impacto da temperatura do ar sobre o broto, o que permitiu determinar os graus-dia necessários ao seu desenvolvimento (GDD) e, com base no GDD, estabelecer um modelo geral inovador de previsão de pulverizações. No quinto capítulo é demonstrado que o porta-enxerto (limoeiro Cravo, tangerineira Sunki e citrumeleiro Swingle), por mecanismos de antibiose e/ou antixenose, afetam D. citri. Mas esses fenômenos ocorrem somente na fase de seedlings, e nas copas neles enxertadas somente enquanto a planta é jovem (muda). Em plantas adultas, de maior porte, tais fenômenos não foram detectados. Podem ter sido mascarados por influência da variedade copa (laranjeira). / Huanglongbing (HLB), associated with insect-borne phloem bacteria (Candidatus Liberibacter spp), is the most destructive disease of citrus and many efforts have been made to reduce its spread in orchards, but not always well-succeeded. Only in the citrus belt of São Paulo state (Brazil), more than 45 million plants have already been eradicated because of HLB. The objective of this work was to investigate different aspects associated to the HLB pathosystem, aiming to bring information that helps in the management of the disease. We studied: 1) alternative vector insect and pathogen hosts; 2) ontogeny of the citrus vegetative shoot and its potential to multiply D. citri; 3) thermal requirements for shoot development; and 4) influence of the rootstock on the biology of D. citri. In the first chapter, a literature review on the most relevant aspects of citriculture and pathosystem in study is presented and, in the others, the results of the experiments. In the second one the importance of Swinglea glutinosa (a Rutaceae very common in certain citrus regions) as a source of Ca. Liberibacter asiaticus and host for D. citri is presented. The HLB bacteria multiplied in the plant, but reached populations considerably smaller than in 'Valencia' sweet orange. Therefore, it presents low potential as a source of inoculum for citrus. On the other hand, D. citri reproduced abundantly in S. glutinosa, as well as in the main sweet orange and lemon varieties of the 'Sicilian' group cultivated in Brazil. In the third chapter, it is presented details of the development of the 'Valencia' orange new shoot and how the different stages influence the biotic potential of D. citri. The insect completed its life cycle at all stages of new shoots, but at different intensities, being larger in the early stages. With the data, an insect reproduction index was created, which takes into account the relative weight of each shoot stage in the insect biology. In the fourth chapter, it is presented the impact of the air temperature on the shoot, which allowed to determine the degree-days required for its development (GDD) and, based on the GDD, to establish an innovative general model of spray forecasting. In the fifth chapter it is demonstrated that the rootstock (‘Rangpur’ lime, ‘Sunki’ mandarin and ‘Swingle’ citrumelo), by mechanisms of antibiosis and / or antixenosis, affect D. citri. But these phenomena occur only in the stage of seedlings, and in the scions grafted on them only while the plant is young (nursery tree). In larger adult plants, such phenomena were not detected. They may have been masked by the influence of the scion (orange) variety.

Orientador: José Paes de Oliveira Filho / Resumo: As papilomatoses ocupam uma posição de destaque na medicina humana e veterinária uma vez que são enfermidades virais dermatológicas com potencial para desenvolver malignidade tumoral. Nos equinos os papilomas estão associados às seguintes enfermidades: papilomatose clássica, associada ao EcPV1; carcinoma de células escamosas associado ao EcPV2; Massas tumorais em mucosas genitais (EcPV2 e EcPV7); placa aural, associado ao EcPV3, 4, 5 e 6; sarcóide equino, associado ao papilomavírus bovino 1 e 2 (BPV1 e 2). Dessas, a que está em estudo nesse trabalho é a placa aural, caracterizada por lesões puntiformes de poucos milímetros, despigmentadas e queratinizadas na face interior do pavilhão auricular, podendo evoluir e coalescer em lesões maiores e por vezes se estendendo por todo pavilhão auricular. Visando obter um teste de diagnóstico específico, sensível e rápido para identificação destes vírus, foi padronizada a técnica de PCR em tempo real (qPCR) para o EcPV3, 4, 5 e 6. E com a finalidade de avaliar a incidência dessa enfermidade no rebanho nas cinco regiões do país e estabelecer a prevalência de cada tipo viral a partir da técnica padronizada, foram coletadas 104 amostras das regiões Nordeste, Norte, Sul, Sudeste e Centro-Oeste. Como resultado obteve-se a padronização da técnica. Na análise das amostras a prevalência de pelo menos um tipo viral na lesão foi 90,39%, com as seguintes prevalências por tipo: EcPV3 36,54%, EcPV4 81,73%, EcPV5 0,96% e EcPV6 10,58%, apresentando var... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Papillomatosis occupy a prominent position both in human and veterinary medicine, since they are viral skin diseases with potential to develop malignancy. In horses papillomas are associated with the following diseases: classical papillomatosis associated with EcPV1; squamous cell carcinoma associated with EcPV2; tumors in mucous membranes on the genital area (EcPV2 and EcPV7); aural plaque associated with EcPV3, 4, 5 and 6; equine sarcoid, associated with bovine papillomavirus (BPV1 and 2). Of all equine papillomatosis, aural plaque is the one analyzed in this work, which is characterized by small papules, with a few millimeters, hypochromic and keratinized on internal surface of the pinnae and can evolve and coalesce into larger lesions. To obtain a specific diagnostic test, also sensitive and quick to identify these viruses, a Real Time PCR was standardized for EcPV3, 4, 5 and 6. In order to evaluate the incidence of this disease in equine herds distributed in the five regions of Brazil and establish the prevalence of each viral type using the standardized technique, 109 samples were collected in the Northeast, North, South, Southeast and Midwest. The main result was the technique standardization of the technique. Applying the qPCR technique in the samples resulted in 90,39% of at least on viral type prevalence, the prevalence for each type was: EcPV3 36,54%, EcPV4 81,73%, EcPV5 0,96% e EcPV6 10,58%, with variation between different regions. This study represents an evolut... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Os herpesvírus bovinos tipo 1 (BoHV-1) e tipo 5 (BoHV-5) e o vírus da diarreia viral bovina (BVDV), são causas importantes de prejuízos sanitários e econômicos na bovinocultura. Estes agentes têm sido eventualmente detectados em búfalos (Bubalus bubalis) embora o papel desses vírus na biologia dessa espécie seja ainda desconhecido. A produção de búfalos vem se desenvolvendo expressivamente no Brasil, onde esses animais são mantidos frequentemente próximos ou associados à criação de bovinos. Como parte inicial de um projeto mais amplo sobre infecções por BoHV-1, BoHV-5, BuHV-1 e BVDV em búfalos, o presente estudo objetivou analisar a presença de anticorpos neutralizantes e genomas virais em amostras de soros bubalinos coletados em rebanhos do Estado do Rio Grande do Sul. Foram examinados 339 soros de animais maiores de 12 meses, de ambos os sexos, de diferentes raças e tipo de exploração. Os animais não eram vacinados para quaisquer vírus de interesse na pesquisa e se apresentavam sem alterações clinicamente aparentes na ocasião da coleta. Para a detecção de anticorpos neutralizantes, as amostras de soro foram examinadas através do teste de soroneutralização (SN) frente a diferentes amostras de herpesvírus: BoHV-1.1 (amostra LA) , BoHV-5b (amostra A663) e BuHV-1 (amostra b6). Cento e oito destas amostras foram examinadas adicionalmente frente ao BoHV-1.1 (amostra EVI123/98) e BoHV-1.2a (amostra SV265/96), para permitir uma avaliação da sensibilidade da SN utilizando como vírus de desafio todas as variantes disponíveis de BoHV-1 e BoHV-5. A sensibilidade da SN foi menor quando considerados os resultados obtidos com cada um dos vírus separadamente. Quando os resultados positivos frente a amostra LA, SV265/96 e A663 foram somados, a prova se apresentou mais sensível. Apesar disso, a SN não permitiu a identificação dos vírus que efetivamente haviam infectado os animais, devido ao elevado grau de reatividade cruzada. Para a verificação da circulação de pestivírus, foram realizados testes de SN utilizando a amostra “Oregon C24V” de BVDV-1 como vírus de desafio. Das 176 amostras analisadas, 19 (10,8 %) apresentaram anticorpos neutralizantes reagentes com o vírus utilizado. Paralelamente, para a detecção de genomas de pestivírus, foi desenvolvida uma reação em cadeia da polimerase quantitativa (qPCR) capaz de detectar os três tipos conhecidos de BVDV (1, 2 e 3) e otimizada para o exame das amostras de soros bubalinos. Cinco amostras (2,8 %) continham genomas virais, sugerindo a ocorrência de prováveis infecções persistentes nos animais, semelhante ao que ocorre em bovinos. Os resultados obtidos evidenciam a circulação de herpesvírus e pestivírus nas populações bubalinas analisadas. Mais estudos são necessários para definir quais os agentes efetivamente causadores de infecções nesta espécie animal. / Bovine herpesvirus type 1 (BoHV-1), 5 (BoHV-5) and bovine viral diarrhoea virus (BVDV) are major causes of sanitary and economic losses in cattle. These agents have been eventually detected in water buffaloes (Bubalus bubalis), although their role in host species biology is unknown. Buffalo production has had significant increase in Brazil, where these animals are often kept close to or in association with cattle. As part of a wider project on infections with BoHV-1, BoHV-5, BuHV-1 and BVDV in buffaloes, the present study aimed to examine the occurrence of neutralizing antibodies in buffaloes serum samples collected in farms from Rio Grande do Sul State. Three hundred and thirty nine serum samples were collected from animals with ages above 12 months, of both genders, of different races and under different management practices. The animals were not vaccinated for any virus studied in the present study and were all clinically healthy at the time of sample collection. For neutralizing antibodies detection, serum samples were tested in serum neutralization (SN) tests against different herpesviruses: BoHV-1.1 (strain LA), BoHV-5b (strain A663) e BuHV-1 (strain b6). One hundred and eight of theses samples were additionally examined with BoHV-1.1 (strain EVI123/98) and BoHV-1.2 (strain SV265/96), to compare SN sensitivity using all available variants of BoHV-1 and BoHV-5 as challenge viruses. The SN sensitivity was lower when results obtained with each virus were considered separately. Sensitivity was maximum when the positive results against strain LA, SV265/96 and A663 were added. Despite this, the SN did not allow the identification of the virus which had actually infected animals, in view of the high degree of antibody cross-reactivity. In order to assess the circulation of pestiviruses, SN tests were carried out using the sample "Oregon C24V" of BVDV-1 as challenge virus. Out of the 176 analyzed samples, 19 (10.8 %) presented neutralizing antibodies to pestivirus. At the same time, for the detection of genomes of pestiviruses, was developed a quantitative polymerase chain reaction (qPCR) able to detect the three known types of BVDV (1, 2 and 3) and optimized for examining bubaline sera. Five samples (2.8 %) contained viral genomes, suggesting the occurrence of persistent infections in animals, analogous to what occurs in cattle. The results obtained confirm circulation of herpesvírus and pestiviruses in examined buffalo populations. Further studies are needed to define which of these viruses effectively infect this animal species.

The linkage between denitrification activity, N gas emissions, and the size of the denitrifier community in soils of an upland pasture was investigated. Special emphasis was placed on soil pH as a regulating factor, the spatial distribution of denitrification, and the degree of cattle impact. The thesis has been based on field and laboratory measurements using both conventional and modern methods of soil ecology.

The aim of this thesis was to describe the effect of enhanced atmospheric nitrogen deposition on amount of denitrification genes in litter soil horizon of Norway spruce site in Šumava. Nitrous oxide production, soil chemical characteristics, changes in amount of denitrification genes and diversity of bacterial community were determined during incubation experiment.