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Identificação de microRNAs na musculatura esquelética de Gallus gallus / Identification of microRNAs from Gallus gallus skeletal muscle

Andreote, Ana Paula Dini 10 June 2009 (has links)
Os microRNAs (miRNAs) são pequenos RNAs não codificadores, de cerca de 20 bases de comprimento, capazes de regular negativamente a expressão gênica após a transcrição. A ação regulatória destas moléculas é indispensável para o funcionamento adequado de diversos processos biológicos, dentre eles o desenvolvimento e a manutenção da musculatura esquelética. Com o objetivo de caracterizar a população de miRNAs presentes na musculatura esquelética adulta de frangos, foi construída uma biblioteca de miRNAs a partir do músculo peitoral de indivíduos jovens (21 dias pós-eclosão). Um total de 576 clones foi sequenciado e as sequências obtidas foram agrupadas por similaridade em 98 grupos, dentre os quais 47 corresponderam à miRNAs conhecidos, 30 à outros tipos de RNA e seis à possíveis novos miRNAs. Estes dados poderão subsidiar estudos funcionais subsequentes, que visem entender a função exercida por cada uma destas moléculas na musculatura esquelética. Buscando-se associar a ocorrência e expressão dos miRNAs ao controle da miogênese, foi analisada a expressão de três miRNAs identificados na biblioteca (miR-125b, miR-221 e miR-206), envolvidos na regulação do balanço entre proliferação e diferenciação celular, mecanismo determinante da miogênese. A análise foi realizada por PCR quantitativa em diferentes estádios do desenvolvimento (nove e 17 dias embrionário e 21 dias pós-eclosão) e entre duas linhagens de frango com potencial divergente para crescimento e ganho de massa muscular. Não houve diferença significativa na expressão dos miRNAs entre as linhagens em nenhum dos estádios aferidos, entretanto, foi possível traçar a ontogenia destas moléculas ao longo do desenvolvimento do animal, o que permitiu inferências sobre as condições morfológicas e fisiológicas das células musculares em cada um dos estádios analisados. Por fim, com o objetivo de associar os dados de expressão obtidos para os miRNAs, à variações na expressão de genes alvo, aferimos a expressão de três genes: SRF, Fstl e Pola1; onde o primeiro é regulado pelo miR-133a (cuja expressão não foi aferida devido à questões metodológicas) e os dois últimos pelo miR-206. A análise foi feita também por PCR quantitativa, entre as linhagens e em diferentes estádios do desenvolvimento. Foi possível visualizar, apenas nos estádios embrionários, a relação entre a expressão do miR-206 e seus genes alvo, com uma coerência entre o aumento na expressão do miR-206 e a diminuição na expressão de Pola1 e Fstl1. A determinação do perfil de expressão dos três genes ao longo do desenvolvimento muscular permitiu inferências sobre a ação destas moléculas no balanço entre proliferação e diferenciação nas linhagens de corte e postura / MicroRNAs (miRNAs) represent a class of small and noncoding RNAs, about 20-nucleotides long that negatively regulate gene expression posttranscriptionally. The regulatory action of these molecules is essential for the proper functioning of various biological processes, including the development and maintenance of skeletal muscles. To identify miRNAs that might be important for the skeletal muscle development, we constructed a miRNA library from pectoral skeletal muscle of 21º days after birth chickens. A total of 576 clones were sequenced and these sequences were collapsed into 98 clusters. Sequence analysis identified 47 small RNAs that show significant similarities with published miRNAs, 30 with others noncoding RNAs and six sequences clusters could be identified as potentially novel miRNAs. These data may support subsequent functional studies aimed at understanding the function performed by each of these molecules in skeletal muscle of chicken. To further associate the miRNA presence with the gene expression in the controlling of myogenesis the expression patterns of tree miRNAs identified in the library (miR-125b, miR-221 e miR-206) were analyzed. These miRNAs are involved in the balance between proliferation and differentiation mechanisms that control myogenesis. The expressions of these miRNAs were measured using quantitative RT-PCR. We analyzed samples from two embryos stages (9 and 17 days) and one adult stage (21º days after birth) in two chicken lines with different potential to growth and gain of muscle mass. There were no significant differences between the lines about these miRNAs expression. But, we could predict an overview of these miRNAs expressions during the muscle development of chicken, which allowed inferences about the physiologic and morphologic conditions of the muscles cells in each analyzed stage. Also, to further associate the miRNAs results to variations in the target genes expressions, we analyzed the expression of three genes: SRF, Fstl e Pola1. The first one is target of miR-133a (not analyzed due to methodological problems), and the others are target of miR-206. We analyzed by quantitative RT-PCR different stages and two chicken lines. It was possible to observe, only in the earlier stages, a relationship between the miR-206 expression and the Pola1 and Fstl1 expression, with a consistency between the increased expression of mir-206 and decrease in expression of Pola1 and Fstl1. The determination of the profile of these three gene expressions during the muscle development allowed inferences about the action of these molecules in the balance between proliferation and differentiation process in chicken strains for broiler and layer
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Análise químico-farmacêutica da buspirona / Chemical-pharmaceutical analysis of buspirone

Haraguchi, Toshio 12 September 1990 (has links)
A buspirona, ansiolítico da segunda geração usada no tratamento de ansiedade, foi analisada fisico-quimica e quimicamente, com o objetivo de fornecer subsídios para a respectiva monografia. Fizeram-se os seguintes testes de caracterização deste fármaco: faixa de fusão, análise elementar, pH, umidade e solubilidade. Realizaram-se igualmente as provas de identificação constante de: análise cromatográfica, ensaio de cloreto, espectro no infravermelho, espectro no ultravioleta, espectro de ressonância magnética protônica, espectro de massa, espectro de carbono-13, termogravimetria, calorimetria exploratória diferencial e cromatografia líquida de alta resolução. Efetuaram-se, também, determinações quantitativas pelos seguintes métodos: micro-Kjeldahl, gravimétrico, potenciométrico com nitrato de prata, doseamento com ácido perclórico em meio acetico por volumetria e potenciometria e espectrofotométrico no ultravioleta. Concluiu-se que: 1) o teste de caracterização mais indicado e o ponto de fusão; 2) das provas de identificação, as mais simples e rápidas são as seguintes: identificação de cloreto, infravermelho e ultravioleta; 3) dos métodos de determinação quantitativa, mais prático e o doseamento com ácido perclórico em meio acético, usando como indicador o vermelho de quinaldina. / Buspirone, a new non-benzodiazepine anxiolytic agent which is effective in the treatment of anxiety, was analyzed by physicochemical and chemical methods, having in mind a monograph of this drug. The fo1lowing characterization tests of this drug were performed: melting range, elementary analysis, pH, loss in drying, solubility. The following identification tests were also carried out: chromatographic analysis, identification of chloride, infrared absorption, ultraviolet absorption, protonic magnetic resonance spectra, mass spectrum, carbon 13C NMR spectroscopy, thermogravimetry and high performance liquid chromatography. Quantitative determinations were obtained through the following methods: micro-Kjeldahl, gravimetry, potenciometry, non-aqueous titration with perchloric acid and ultraviolet spectrometry. The following conclusions were reached: 1) the best characterization test is the melting range; 2) the simplest and quickest tests of identification are: identification of chloride, infrared and ultraviolet spectrophotometry; 3) the most practical method is the non-aqueous assay with perchloric acid.
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Análise quantitativa por tomografia computadorizada da vasculatura pulmonar em pacientes com hipertensão pulmonar utilizando programa automático / Quantitative computed tomography vascular analysis in patients with pulmonary hypertension using automated software

Wada, Danilo Tadao 17 June 2016 (has links)
Objetivamos neste estudo avaliar de maneira quantitativa as alterações do parênquima e da vasculatura pulmonar em exames de angiotomografia computadorizada (angioTC) de pacientes com hipertensão pulmonar (HP), utilizando programa de análise totalmente automática. Foram analisados retrospectivamente os prontuários físicos e eletrônicos e os exames de angioTC de 45 pacientes com HP, em comparação com um grupo controle. Os pacientes com HP também foram divididos de acordo com a classificação de Nice, sendo representados principalmente pelos grupos 1 (hipertensão arterial pulmonar, incluindo a idiopática) e grupo 4 (hipertensão pulmonar secundária ao tromboembolismo crônico). A análise automática mostrou que os pacientes com HP apresentaram valores menores do percentil 10 (p10) da densidade dos pulmões e valores maiores de volume vascular do lobo superior direito (LSD) e de volume vascular relativo entre lobos superiores e inferiores. Neste estudo não encontramos diferenças da análise quantitativa por TC entre os grupos de pacientes com HP. Inferimos que a diferença nos valores de p10 indique a presença das áreas hipoatenuantes de oligoemia nos pacientes com HP, enquanto as diferenças nos volumes vasculares indiquem a redistribuição da trama vascular pulmonar. A análise quantitativa da vasculatura pulmonar em imagens de angioTC pode representar uma ferramenta diagnóstica objetiva na avaliação da HP. / In this study, we aimed to quantitatively analyze the lung parenchyma and pulmonary vasculature in computadorized tomography angiography (angioCT) from patients with pulmonary hypertension (PH), using a complete automated software. We retrospectively analyzed 45 patients\'s exams and clinical records, comparing with a control group. Patients were also divided in groups, according to Nice classification, represented mainly by group 1 (pulmonary arterial hypertension, including idiopathic) and 4 (chronic thromboembolic pulmonary hypertension). In patients with PH, the automated analysis found lower values of the 10th percentile (p10) of pulmonary density and higher values of vessel volumes in the upper right lobe (RUL) and higher relative vessel volumes between the uppers and lowers lobes. In this study, we didn\'t find any difference between the groups of patients with PH in the quantitative analysis of angioCT. We infer that the p10 differences indicate presence of hypoattenuating areas of olygoemia in patients with PH and that the difference in pulmonary vessel volumes indicates pulmonary vasculature redistribution. The analysis of pulmonary vessels in angioCT images can represent an objective diagnostic tool in PH evaluation.
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Aplicação de técnicas de reconhecimento de padrões em dados quantitativos de neuroimagens por ressonância magnética em pacientes de esclerose múltipla / Application of pattern recognition techniques for quantitative data from neuroimaging MRI in multiple sclerosis patients

Pessini, Rodrigo Antonio 17 June 2016 (has links)
Na última década diferentes modalidades e técnicas quantitativas de neuroimagens aplicadas ao estudo de doenças neuro-degenerativas vêm fornecendo um volume cada vez maior de dados, tornando sua utilização uma tarefa complexa. Paralelamente, técnicas computacionais de reconhecimento de padrões vêm sendo desenvolvidas para apoiar a tomada de decisão humana. O propósito geral do presente estudo é aplicar técnicas de reconhecimento de padrões em dados quantitativos de neuroimagens adquiridas por ressonância magnética (RM) em pacientes com Esclerose Múltipla (EM). Especificamente foram avaliados dados retrospectivos de um grupo de 203 sujeitos controle sem doenças neurológicas e um grupo de 144 pacientes portadores de Esclerose Múltipla. Os dados usados foram provenientes da combinação de ferramentas computacionais de processamento de imagens e neuroimagens adquiridas em um aparelho de RM de 3 Tesla usando diferentes técnicas quantitativas: Difusão, Relaxometria, Taxa de Transferência de Magnetização (MTR) e Volumetria. Os dados das diferentes técnicas quantitativas em 126 regiões cerebrais não excludentes foram processados no programa de mineração de dados WEKA. Os algoritmos: k-nearest-neighbor (KNN) com diferentes números de vizinhos e Support vector machine (SVM) foram utilizados para a classificação e agrupamento desses dados. As regiões com maior contribuição na separação de ambos os grupos foram encontradas na substância branca (SB) nas seguintes estruturas: corpo caloso, precúneo, cerebelo e fusiforme esquerdos. Outro atributo significante foi o de hipo-intensidades que pode ser associado à presença de lesões, também na substância branca. Dentre as técnicas, a mais relevante foi a MTR com 92,9% de valor médio de área sob a curva ROC (Receiver Operating Characteristic), considerando os diferentes algoritmos de classificação e métodos de seleção de atributos, porém uma análise global incluindo os dados de todas as técnicas elevou esta área para 96,2%. O algoritmo KNN com 5 vizinhos foi considerado o melhor classificador geral para o conjunto de dados e tarefas aqui explorados resultando em 91,7% de valor médio de área sob a curva ROC, seguido por KNN3 com 90,8%, KNN1 com 87,1% e SVM com 85,8%. Uma classificação restrita, com áreas reconhecidamente afetadas pela EM e com KNN5 trouxe resultados de classificação 2,1% de valor médio de área sob a curva ROC inferiores à classificação principal sem restrições. O uso de técnicas de reconhecimento de padrões a partir dos dados de técnicas quantitativas de neuroimagem aplicadas à amostra estudada, demonstrou que a substância branca do cérebro é a mais afetada pela EM seguindo um padrão global com maior envolvimento no hemisfério esquerdo. A estratégia sugerida neste problema de classificação seria o uso dos dados de todas as técnicas quantitativas aqui discutidas provenientes das regiões envolvidas na classificação restrita conjuntamente com o precuneus e o fusiform, aplicando o KNN5 com seleção de melhores atributos. / In the last decade different modalities and quantitative neuroimaging techniques applied to the study of neurodegenerative diseases have been providing an increasing volume of data, making use of such a complex task. At the same time, computational techniques of pattern recognition have been developed to favor the human performance. The purpose of this study is to apply techniques of pattern recognition in quantitative data of neuroimaging acquired by magnetic resonance (MR) in patients of multiple sclerosis (MS). There were evaluated retrospective data from a control group of 203 people without neurological diseases and a group of 144 patients with MS. The data used were from the combination of computational tools of image processing and neuroimaging acquired in an MR apparatus of 3 Tesla using different quantitative techniques: diffusion, relaxometry, magnetization transfer rate (MTR) and volumetry. The data of the different quantitative techniques in 126 regions of the brain not mutually excludent were processed in the software WEKA of data mining. The algorithms: k-nearest-neighbor (KNN) with different numbers of neighbors and support vector machine (SVM) were used for the classification and grouping of the data. The regions with the highest contribution to the separation of both groups were found in the white matter of the following structures: corpus callosum, precuneus, cerebellum and left spindle. Another significant attribute was the hypo-intensities that can be associated to the presence of lesions in the white matter also. The most relevant technique was the MTR with 92.9% of average area under ROC, considering the different algorithms of classification and methods of feature selection, however a global analysis including data from all techniques increased this area under ROC to 96.2%. The KNN algorithm for k = 5 is considered the best overall classifier for the dataset resulting in 91.7% average area under ROC, followed by KNN for k = 3 with 90.8%, KNN for k = 1 with 87.1%, and SVM with 85.8%. A restricted classification with known affected areas by MS and KNN for k = 5 brought results of classification of average area under ROC of 2.1% inferior to the main classification without restrictions. The use of techniques of pattern recognition from the data of quantitative techniques of neuroimaging showed that the white matter of the brain is the most affected by MS following a global pattern with higher involvement in the left hemisphere. The strategy suggested in this classification issue would be the use of data from all quantitative techniques discussed from the regions involved in restricted classification jointly with precuneus and fusiform, applying KNN for k = 5 with selection of best features.
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Previsão hidrometeorológica probabilística na Bacia do Alto Iguaçu-PR com os modelos WRF e TopModel / Probabilistic Hydrometeorological Forecast on Alto Iguaçu Basin with WRF and TopModel Models

Calvetti, Leonardo 08 November 2011 (has links)
Previsões probabilísticas de precipitação foram obtidas a partir de um conjunto de simulações pelo modelo WRF e utilizadas como condição de contorno no modelo hidrológico TopModel para previsão hidrometeorológica na bacia do Rio Iguaçu, no estado do Paraná. Nas simulações de cheias, durante o período de elevação do volume de precipitação, o erro médio aritmético do conjunto de previsões foi menor que cada um dos membros utilizados nesse conjunto, indicando melhor destreza do conjunto médio em relação a qualquer previsão determinística. Na dissipação dos sistemas precipitantes, alguns membros obtiveram resultados melhores que o conjunto médio e, em geral, as previsões são confluentes. As melhores previsões de precipitação com o WRF foram obtidas com as combinações de microfísica Lin e convecção de Kain Fritsch, microfísica WSM 5 e convecção de Kain Fritsch e simulações defasadas em 6 horas. As simulações inicializadas em horários mais próximos da ocorrência do fenômeno não garantiram uma melhoria na distribuição de precipitação na bacia. A avaliação do sistema de previsão por conjuntos pelo índice de Brier (IB) e seus termos demonstrou níveis suficientes de confiabilidade e destreza para ser utilizada na maioria dos eventos de precipitação sobre a bacia do rio Iguaçu. Os valores do IB estiveram entre 0,15 e 0,3 com picos isolados. Os valores obtidos para o termo de incerteza estiveram entre 0,1 e 0,25 indicando bons resultados visto que o desejável é o mais próximo de zero. Nos eventos de chuva, o termo de confiabilidade apresentou valores próximos a 0,2 no período da manhã e valores entre 0,3 e 0,4 no período da tarde, com um acréscimo no final da integração. O índice de acerto foi de 60 % a 90 % durante o período de integração (48 horas) para o conjunto médio de previsões e entre 50 a 80% para a previsão determinística. Em todos os horários de simulação o erro de fase foi maior que o erro de amplitude, possivelmente devido aos atrasos da propagação dos sistemas precipitantes e aos efeitos de ajuste das condições físicas iniciais da atmosfera. Os erros de fase e amplitude foram menores na previsão probabilística em todo o período de integração. Assim como na previsão de precipitação, nas simulações de vazão o erro de fase foi maior que o erro de amplitude, indicando que o atraso nas previsões de variação da vazão ainda é o um desafio na previsão hidrometeorológica. Observou-se que o modelo hidrológico é bastante sensível a previsão de precipitação e, portanto, a melhoria das previsões de vazão é diretamente proporcional a diminuição dos erros nas previsões de precipitação. / Probabilistic forecast of precipitation from WRF model simulations was used as input in hydrological TopModel for streamlines forecast in Iguaçu Basin, Parana, southern Brazil. The arithmetic error of precipitation ensemble forecast was smaller than each individual member forecast error in the streamflow increase stage. It means the use of ensemble forecast was better than any deterministic forecast. But when the streamflow decreases, the results are confluent and some individual member forecast was better than ensemble. Simulations using Lin microphysical parameterization and Kain Fritsch, WSM 5 and Kain Fritsch and 6h lagged obtained the better results of precipitation over the basin. The use of runs with initial conditions near the precipitation time did not guarantee better results in the distribution of precipitation on the basin. The Brier Score (BS) of the ensemble system demonstrated that the system is very skillful with values between 0.15 and 0.3. Both uncertainty and reliability terms of BS, 0.1 0.25 and 0.2- 0.4, respectively, were encouraging for use hourly ensemble forecast of precipitation on the watershed. Ensemble forecast provide high values of hit scores (0.6 to 0.9) than deterministic forecast (0.5 to 0.8) at all period of integration. Due the delay in the forecasts of the precipitation systems, the phase error is predominant over amplitude during all time. Both errors were reduced using the ensemble forecasts. The phase errors in hydrological were greater than amplitude such as precipitation forecasts. Thus, for increase streamflow forecast it should reduced the errors in QPF forecasts.
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O uso de técnicas estatísticas multivariadas em dissertações e teses sobre o comportamento do consumidor: um estudo exploratório / The use of the statistics technique of multivariate analysis in dissertations and theses related to consumer behavior: a exploratory study

Prearo, Leandro Campi 29 August 2008 (has links)
A presente dissertação teve como principal objetivo avaliar o nível de adequação das técnicas estatísticas de análise multivariada em dissertações e teses da área de Marketing, na temática do comportamento consumidor, entre 1997 e 2006, apresentadas aos Programas de Pós Graduação da Faculdade de Economia, Administração e Contabilidade da Universidade de São Paulo e da Escola de Administração de Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Para atender a esse objetivo, buscou-se organizar um referencial teórico que subsidiasse a discussão sobre os objetivos de aplicação de cada uma das técnicas, bem como que subsidiasse a construção de um procedimento de avaliação a partir do atendimento a premissas subjacentes ao uso dessas técnicas. Foram analisados cinqüenta e seis estudos com aplicação das técnicas multivariadas, dentre os cento e noventa seis estudos disponíveis sobre a temática em referência no período. Desse universo, delimitou-se o público-alvo em noventa e nove aplicações dessas técnicas. A adequação da aplicação das técnicas às necessidades dos problemas de pesquisa foi verificada em 100% dos casos. Entretanto, quanto ao atendimento às premissas, o resultado foi negativo: apenas 16,8% das aplicações mostraram-se adequadas, atendendo a todas as premissas exigidas. A técnicas de Análise Fatorial Exploratória foi a mais utilizada no período, seguida da Modelagem de Equações Estruturais e da Análise de Regressão. As premissas mais verificadas foram a de sensibilidade ao tamanho da amostra e a de padronização dos dados; as menos verificadas foram as premissas de normalidade multivariada, linearidade, homoscedasticidade e autocorrelação dos resíduos. De forma geral, os resultados sugerem a necessidade de um aumento do comprometimento dos pesquisadores na verificação de todos os preceitos teóricos de aplicação de cada técnica. / This dissertation has the purpose to evaluate the level of adaptation of the statistics technique of multivariate analysis in dissertations and theses related to Marketing, consumer behavior, during 1997 and 2006, introduced at Programs of Masters degree of the Faculdade de Economia, Administração e Contabilidade da Universidade de São Paulo and of the Escola de Administração da Universidade Federal do Rio Grande do Sul. To reach this purpose, was organized a theoretical referential that would subsidize the discussion about the objectives of each technique application, and one that would subsidize the construction of an evaluation procedure starting with the attention to the subjacent premises to the use of these techniques. It was analyzed fifty-six studies of a hundred-ninety-six available on the thematic on the period, which used multivariate application techniques. Based on a consumer target, was delimited ninety-nine applications of that technique. The application of the techniques was observed at 100% of the cases where they were suited to the necessities of the research problems. However, taking the premise attention the results were negative: only 16.8% of the applications were suited, following all the premises required. The technique Factorial Exploration Analysis was the most used technique on the period, followed by Structures Equations Modeling and Regression Analysis. The most verified premises were the sensibility to the size of the sample and the data standardization; the least verified were multivariate normality, linearity, homoscedasticity, and autocorrelation. The results suggest the necessity of a higher commitment of the researchers on the verification of all theoretical precept of each technique application.
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Análise do método suvrel na expressão diferencial a partir da matriz de contagens gerada com dados de RNA-SEQ /

Tambonis, Tiago. January 2015 (has links)
Orientador: Vitor B. Pereira Leite / Banca: Claudia Marcia Aparecida Carareto / Banca: Francisco Pereira Lobo / Resumo: Estamos vivendo uma época onde os avanços das áreas ligadas a biologia são rotineiros, nos levando cada vez mais a nos habituar a experimentos com um grande número de variáveis. A tecnologia de sequenciamento de RNA (RNA-Seq) e parte deste quadro e as abordagens computacionais aplicadas neste âmbito não estão totalmente estabelecidas e necessitam de análises mais detalhadas. A partir da tabela de contagens, que sumariza cada biblioteca em uma condição experimental, propõe-se a utilização de um método variacional chamado de Suvrel, baseado na minimização de uma função custo que penaliza grandes distâncias entre elementos de mesma classe e favorece pequenas distâncias entre elementos de classes diferentes, para inferência de expressão diferencial. A aplicação do método foi realizada em uma tabela de contagens produzida após o sequenciamento, alinhamento e sumarização de 5 replicatas técnicas de RNA de referência humano juntamente com a mistura ERCC 1 e 5 replicatas técnicas de RNA de referência do cérebro humano juntamente com a mistura ERCC 2. Utilizando curvas ROC produzidas com os dados do projeto do MAQC-II, definindo os transcritos analisados pelo projeto com log2 do fold-change maior que um limiar que varia de 0,5 a 2,0 como os verdadeiros positivos e os restantes como verdadeiros negativos, é possível concluir que o método Suvrel tem maiores valores abaixo das curvas ROC na maior parte dos limiares. Utilizando curvas ROC produzidas com os dados do ERCC, geradas utilizando o logs das mudanças das proporções predefinidas das misturas ERCC 1 e 2 de 92 oligonucleotídios, é possível concluir que o método Suvrel tem a maior area abaixo da curva ROC. Embora as áreas abaixo das curvas ROC sejam comparáveis as de outros pacotes (como por exemplo o edgeR), e importante ressaltar que elas foram produzidas usando um método que não faz nenhum tipo de suposição quanto a distribuição associada aos... / Abstract: We are living in a time where advances in areas related to biology are routine, taking us to accustom to experiments with large number of variables. The RNA sequencing technology (RNA-Seq) is part of this framework and computational approaches applied in this context are not fully established and require more detailed analysis. Generally, in a experiment of analysis of di erential expression, total RNA samples or messengers (mRNA) is extracted, puri ed, fragmented, sequenced, mapped, and nally counted, generating an count table that relates how many reads was aligned to a given gene in a experimental condition. From this stage, it is proposed to use a variational method, called Suvrel (Supervised Variational Relevance), based on the minimization of a cost function that penalizes large distances between the same class of elements and favors small distances between di erent classes of elements to make the inference of relevance of each gene. The application of the method was performed on count table produced after of sequencing, alignment and summarization of 5 technical replicates containing Strategene Universal Human Reference RNA (UHRR) (part of Sequencing Quality Control Consortium, SEQC) together with ERCC 1 mix, and 5 technical replicates containing Ambion's Human Brain Reference RNA (HBRR) (part of SEQC also) together with the ERCC 2 mix. Using the ROC (Receiver Operating characteristic) curves generating from data of MAC-II project, setting the transcripts with log of fold-change greater than a cuto (from 0.5 to 2.0) as true positive and the others as true negative, the curves 6.2 and 6.4 were generated. From these graphs it is possible to conclude that the Suvrel method has higher AUCs in most of cuto s. It is appropriate to note that conclusions were obtained using a method that does not make any assumption about the distribution associated with the reads, using a simple normalization (divide the counts of a gene by its standard ... / Mestre
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Caracterização histomorfométrica e estereológica das fibras do sistema elástico da glande peniana em adultos jovens

Andrade, Filipe Moreira de January 2010 (has links)
Submitted by Verônica Esteves (vevenesteves@gmail.com) on 2017-09-22T12:07:34Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Caracterização histomorfométrica e esteriológica das fibras ... (dissertação - Filipe Moreira de Andrade).pdf: 755223 bytes, checksum: fd1e41efdcbec772c4c1b66378c0acbf (MD5) / Approved for entry into archive by Verônica Esteves (vevenesteves@gmail.com) on 2017-09-22T12:08:14Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Caracterização histomorfométrica e esteriológica das fibras ... (dissertação - Filipe Moreira de Andrade).pdf: 755223 bytes, checksum: fd1e41efdcbec772c4c1b66378c0acbf (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-22T12:08:14Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Caracterização histomorfométrica e esteriológica das fibras ... (dissertação - Filipe Moreira de Andrade).pdf: 755223 bytes, checksum: fd1e41efdcbec772c4c1b66378c0acbf (MD5) Previous issue date: 2010 / Universidade Federal de Viçosa. Departamento de Medicina e Enfermagem / A matriz extracelular é elemento essencial à função peniana, podendo ser acometida por doenças locais ou sistêmicas, embora pouco seja conhecido em relação aos seus componentes na glande peniana humana. Nesse trabalho foi realizado um estudo detalhado da organização morfológica e densidade volumétrica (Vv) das fibras do sistema elástico em glandes penianas de homens jovens saudáveis. Foram obtidos fragmentos de glande peniana de 5 (cinco) indivíduos jovens falecidos de causas não relacionadas ao sistema urogenital, com idade entre 18 e 30 anos (média: 24 anos). Os espécimes foram fixados em formalina, embebidos em parafina e processados histologicamente. As fibras do sistema elástico foram avaliadas sob microscopia óptica usando a técnica de coloração da resorcina-fucsina de Weigert após prévia oxidação pela oxona. Estudos morfométricos foram realizados através do método de contagem de pontos. A análise quantitativa foi expressa (% média) como densidade volumétrica (Vv) através da análise em 25 campos aleatórios para cada espécime. Verificou-se que os constituintes do tecido conjuntivo, em especial fibras do sistema elástico, foram abundantes. Uma rede irregular de fibras do sistema elástico é distribuída sob a mucosa da glande peniana. As fibras do sistema elástico apresentaram uma disposição longitudinal no corpo esponjoso e um perfil tortuoso envolvendo sinúsóides da glande. A Vv das fibras do sistema elástico na glande peniana é de 29.4% ±3.1. Os dados devem prover informação a ser avaliada em relação a disfunções eréteis, doenças endócrinas e envelhecimento. Os resultados apresentados fornecem subsídios para posteriores investigações em relação à matriz extracelular por métodos de estereologia / The extracellular matrix is a key element in penile function and pathology, yet little is known of its components in human glans. Herein we carried out a detailed study of all the factors that play a part in the morphological organization and volumetric density (Vv) of elastic fibers in the glans penis of young healthy men. Penile glans were obtained from 5 young men died of causes no related to the urogenital tract, between the age of 18 and 30 (mean = 24). Samples were fixed in formaline, embedded in paraffin, and histologically processed. The elastic system fibers were evaluated at light microscopy by using Weigert’s resorcin-fuchsin technique after previous oxidation with oxone. Morphometric studies were performed by the point-counting method. Quantities were expressed (%mean) as volumetric densities (Vv) and were determined on 25 random fields for each individual. Connective tissue elements, mainly elastic system fibers, were abundant. These fibers often had a tortuous profile and surrounded sinusoids in the glans penis. An irregular elastic fibers network was distributed beneath the glans penis mucosa, on the other hand, underneath the mucosa, the elastic fibers were observed longitudinal at corpus spongiosum. The Vv of the elastic system fibers in the glans penis is 29.4% ±3.1. The data should therefore provide important information for drawing parallels over patients with erectile dysfunction and alterations regarding endocrine diseases and aging. The results reported herein provide the base for continuous investigations on extracellular matrix by stereology
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Desenvolvimento de metodologia de análise quantitativa de risco para dutovias de petróleo e derivados

VIANA, Vanina Cardoso 31 January 2011 (has links)
Made available in DSpace on 2014-06-12T17:38:44Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo509_1.pdf: 2632583 bytes, checksum: 534eb9b0779ed97c63f7a6d3f31123ae (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2011 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O transporte por oleodutos é considerado o transporte mais seguro de substâncias a longas distâncias, o GLP pode ser transportado na sua forma líquida por dutovias, mas a sua construção oferece um risco às comunidades circunvizinhas a faixa de duto, pois o GLP ao ser lançado na atmosfera e à temperatura ambiente torna-se um produto gasoso, inflamável, inodoro e asfixiante em altas concentrações. A Análise Quantitativa de Riscos (AQR) permite quantificar esses riscos, de forma a contribuir para a tomada de decisão quanto às ações para redução dos mesmos. Neste sentido, o presente trabalho desenvolveu e aplicou uma metodologia de AQR em dutovia de GLP, quando foram identificados seis cenários acidentais, dos quais três apresentaram alto grau de severidade. Foi realizado um estudo em que foi comprovada a inexistência de padronização dos níveis de tolerabilidade dos riscos, nos manuais de análise de riscos nos estados brasileiros analisados. Foram obtidos os alcances dos efeitos fiscos e da vulnerabilidade dos cenários selecionados através do software EFFECTS 8.1, o de maior alcance foi de 219,1 metros, para a tipologia acidental de incêndio em nuvem, para o cenário 05 que corresponde à grande liberação de GLP, no período noturno, correspondendo a 100% de fatalidade. Foram estimadas as freqüências de ocorrência e calculados os riscos através do software RiskCurves 7.6 e avaliados através da comparação dos limites de tolerabilidade para dutovias, todos os riscos estiveram na zona de aceitabilidade
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Sobre o leito vacilante: mudanças na geomorfologia fluvial em meados do século XX / About the wavering bed: changes on fluvial Geomorphology in the mid-20th century

Luiz Gustavo Meira Barros 01 December 2014 (has links)
Um momento chave para o entendimento da evolução da linhagem filogenética da Geomorfologia é o pós-Segunda Guerra Mundial, quando profundas transformações sociais, econômicas e culturais, contribuem para uma nova fase do pensamento científico, mais objetivo e pragmático, e é nesse momento em que a Geomorfologia americana passa por uma quebra de seu paradigma. A construção do conhecimento sobre os processos naturais é antiga e passa por uma série de evoluções ao longo da história, merecendo destaque o estabelecimento dos estudos a partir da revolução científica do século XVII, quando a Geologia começa a ser organizada como um corpo de conhecimento bem definido, e dentro dele, a Geomorfologia aparece como uma importante base de estudos sobre a evolução do relevo. A segunda metade do século XIX é dominada pela influencia de William Moris Davis, que através de seus estudos estabeleceu um modelo de evolução do relevo, denominado de Ciclo Geográfico, dominado por fases de acordo com o grau de transformação provocada pelos rios. Essa teoria, calcada em uma abordagem histórica e geológica, acaba sendo largamente utilizada nos Estados Unidos, Europa Ocidental (exceto Alemanha) e países de língua inglesa em geral. Porém em 1945 é publicado um artigo seminal de Robert E. Horton, que é considerado o ponto de mudança e quebra do paradigma davisiano, ao servir de base para uma série de grupos que desenvolvem uma leitura da Geomorfologia muito mais voltada para a análise de processos, com bases na engenharia e na física, sendo que esse novo enfoque costuma receber o nome de Geomorfologia quantitativa. Dois grupos se destacam nessa transformação, um organizado por Arthur N Strahler, da Universidade de Columbia; e outro constituído por pesquisadores da USGS, unidos pela figura de Luna Leopold. Durante a década de 50 e 60 esses grupos publicaram uma série de artigos e livros que acabam por influenciar os estudos da Geomorfologia fluvial até os dias atuais, buscando a construção de um novo paradigma pós-davisiano, baseado na utilização da linguagem matemática e na formulação de leis, numa clara inspiração nos preceitos do positivismo lógico, inaugurando assim uma nova fase na Geomorfologia, que ainda mantem algumas características estabelecidas nesse período. / A key point for understanding the evolution of phylogenetic lineage of Geomorphology is the post-World War II, when profound social, economic and cultural transformations, contribute to a new phase of scientific thought, more objective and pragmatic, and that is when the American geomorphology involves a breach of its paradigm. The construction of knowledge about natural processes is old and undergoes a series of changes throughout history, with emphasis the establishment of studies from the scientific revolution of the seventeenth century, when the geology begins to be organized as a body of knowledge well defined, and within it, geomorphology appears as an important foundation for studies on the evolution of relief. The second half of the nineteenth century is marked by the influence of William Moris Davis, who through their studies established a model for the evolution of relief, named Geographic cycle, dominated by stages according to the degree of transformation caused by rivers. This theory, based on a historical and geological approach ends up being widely used in the United States, Western Europe (excluding Germany) and English-speaking countries in general. But in 1945 is published a seminal article by Robert E. Horton, who is considered the turning point and breaks of the davisian paradigm, to serve as the basis for a number of groups who develop a reading of Geomorphology much more focused on process analysis with bases in engineering and physics, and this new approach is usually given the name of \"quantitative geomorphology. Two groups stand out in this transformation, one organized by Arthur N Strahler, Columbia University; and another consisting of researchers from the USGS, united by the figure of Luna Leopold. During the 50s and 60s these groups published a series of articles and books that end up influencing the study of fluvial geomorphology to the present day, seeking the construction of a new post-davisian paradigm, based on the use of mathematical language and formulation of laws, a clear inspiration in the precepts of logical positivism, thus inaugurating a new phase in Geomorphology, which still maintains some characteristics established in this period.

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