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Caracteriza??o de uma nova exonuclease identificada em uma biblioteca metagen?mica

Silva, Rita de C?ssia Barreto da 27 March 2014 (has links)
Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2015-11-12T13:13:21Z No. of bitstreams: 1 RitaDeCassiaBarretoDaSilva_TESE.pdf: 3291914 bytes, checksum: 557593d073ed5762546f566b1d7e415d (MD5) / Approved for entry into archive by Elisangela Moura (lilaalves@gmail.com) on 2015-11-16T15:20:00Z (GMT) No. of bitstreams: 1 RitaDeCassiaBarretoDaSilva_TESE.pdf: 3291914 bytes, checksum: 557593d073ed5762546f566b1d7e415d (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-16T15:20:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 RitaDeCassiaBarretoDaSilva_TESE.pdf: 3291914 bytes, checksum: 557593d073ed5762546f566b1d7e415d (MD5) Previous issue date: 2014-03-27 / 2019-05-27 / A abordagem metagen?mica tem permitido o acesso ao material gen?tico de microrganismos n?o cultivados e tem sido usada para identifica??o de novos genes. Apesar da import?ncia dos mecanismos de reparo de DNA para a manuten??o da integridade gen?mica nosso conhecimento sobre mecanismos de reparo de DNA ? baseado em organismos modelo como E. coli e pouco ? conhecido sobre os organismos de vida livre e n?o cultivados. Neste trabalho, a abordagem metagen?mica foi aplicada para descobrir novos genes envolvidos com a manuten??o da integridade gen?mica. Um clone positivo foi identificado por replicar a biblioteca metagen?mica em meio seletivo contendo H2O2. O clone metagen?mico foi capaz de complementar parcialmente a defici?ncia em reparo de DNA de cepas simples e duplo-mutantes de E.coli (recA e xthA nfo, respectivamente) submetidas ao estresse gerado por H2O2 e MMS.A an?lise de sequ?ncia mostrou uma ORF codificando para uma prote?na hipot?tica membro da superfam?lia Exo_Endo_Phos (PF03372) e, a filogenia indicou que a mesma n?o est? inclusa em nenhuma das subfam?lias EEP. Assim, uma nova nuclease foi identificada e experimentalmente caracterizada in vivo e in vitro. Ensaios espec?ficos utilizando a nuclease purificada e oligonucleotideos fluorescentemente marcados revelaram sua atividade 3?-5?exonuclease, em substratos simples e dupla-fita, dependente de Magn?sio e sens?vel a EDTA. Uma vez que este ? o primeiro relato e caracteriza??o de uma enzima obtida a partir de abordagem metagen?mica mostrando uma atividade exonuclease, foi nomeada EXOMEG1
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Contribuição ao estudo da argamassa com adição de silica ativa em reforços de elementos comprimidos de concreto

Vaske, Nei Ricardo January 2005 (has links)
VASKE, N.R. Contribuição ao Estudo da Argamassa com Adição de Sílica Ativa em Reforços de Elementos Comprimidos de Concreto. 2004. Dissertação (Mestrado em Engenharia) – Programa de Pós-Graduação em Engenharia Civil, UFRGS, Porto Alegre. No uso de argamassa com adição de sílica ativa como material de reforço, adotam-se valores de resistência à compressão provenientes de ensaios normatizados, cujos valores não são representativos da técnica adotada. Na execução de um reforço, cada porção de argamassa que é lançada sofre um adensamento que varia em função da energia com que colide com o substrato, gerando, desta forma, pontos de diferentes resistências por toda a extensão do reforço, refletindo diretamente sobre a resistência do reforço como um todo, que por sua vez define a nova capacidade de carga do elemento estrutural em questão. Procurando verificar o comportamento “in loco” da argamassa de reforço, executou-se uma placa de argamassa com adição de sílica ativa com dimensões iguais a um reforço de uma das faces de um pilar, sendo extraídas amostras prismáticas desta placa e ensaiadas à compressão e determinada uma resistência média que, comparada com a resistência média obtida de corpos-de-prova cilíndricos, moldados com a mesma argamassa com que foi executada a placa demonstrou que a resistência média à compressão das amostras prismáticas extraídas da placa apresenta, particularmente neste estudo, uma redução em relação à resistência média à compressão resultante dos corpos-de-prova cilíndricos da ordem de 35%. Em seqüência foram moldados seis pilares de concreto, sendo três reforçados com argamassa com adição de sílica ativa e os outros três como testemunhos. Após a ruptura dos pilares foram analisados os resultados teóricos e resultados experimentais das cargas de ruptura, aderência entre o substrato e a argamassa de reforço e a redução de resistência à compressão observada nos ensaios preliminares da argamassa. Pelas análises realizadas verificou-se a eficiência da técnica de reforço quanto ao aumento da capacidade de carga, da ordem de 72 %, aderência adequada entre o substrato e a argamassa de reforço e confirmação da redução da resistência à compressão da argamassa nos níveis propostos.
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Uso do ácido barbático de Cladonia salzmannii Nyl no tratamento de feridas cutâneas de ratos Wistar

SILVA, Mosar Lopes da 28 February 2012 (has links)
Submitted by Daniella Sodre (daniella.sodre@ufpe.br) on 2015-03-26T13:34:18Z No. of bitstreams: 2 -2 Dissertação Mosar -2012.pdf: 1389496 bytes, checksum: fe18803b5af3c9994eaff8b270bad73d (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-26T13:34:18Z (GMT). No. of bitstreams: 2 -2 Dissertação Mosar -2012.pdf: 1389496 bytes, checksum: fe18803b5af3c9994eaff8b270bad73d (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2012-02-28 / FACEPE / Os liquens são associações simbióticas entre fungos, algas e/ou cianobactérias, os quais produzem diversas substâncias a partir do seu metabolismo secundário, com algumas ações farmacológicas. O ácido barbático (BAR) é um depsídeo isolado de Cladonia salzmannii que apresenta diversas propriedades biológicas (antiviral, antibiótico, antifúngico, antipirético e antiinflamatório). Todavia seu uso na terapêutica é limitado devido sua baixa hidrofilicidade. As ciclodextrinas são oligossacarídeos cíclicos capazes de interagir com moléculas hidrofóbicas, formando complexos de inclusão promovendo assim um aumento na solubilidade. O objetivo deste trabalho foi preparar complexos de inclusão entre o ácido barbático e 2-hidroxipropil-γ-ciclodextrina (BAR-HP-γ-CD), incorporar em gel tópico e avaliar a contração de feridas cutâneas induzidas em ratos. O diagrama de solubilidade de fases foi obtido a partir da concentração do ácido barbático em função da concentração de HP-γ-CD. O complexo de inclusão foi preparado por liofilização. O ácido barbático em suspensão e complexos de inclusão (BAR-HP-γ-CD) foi incorporado em formulações semi-sólidas tipo gel de natrosol. Estudos in vivo do processo de reparo tecidual foi realizados em ratos machos Wistar. O diagrama de solubilidade de fases resultou em uma curva do tipo linear, onde se comprovou que o ácido barbático em presença de 100 mM de HP-γ-CD aumenta 45 vezes sua solubilidade em água. O complexo de inclusão preparado apresentou um rendimento de 98 % e um teor de 95 % ± 0, 021% do ácido barbático. A evolução das feridas produzidas nos animais durante o tratamento demonstrou a presença de crosta, aumento da proliferação fibroblástica e proliferação vascular, culminando com uma evidente reepitelização e colagenização. O ácido barbático demonstrou, neste estudo, ser capaz de auxiliar no processo de regeneração tecidual.
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Análise in silico de uma matriz DRE na seqüência promotora de genes da levedura Saccharomyces cerevisiae

SILVA, Walkiria Luckwu de Santana January 2004 (has links)
Made available in DSpace on 2014-06-12T18:06:57Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo6327_1.pdf: 804103 bytes, checksum: 63678f4331b844f0faeb4766a5bd6ccd (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2004 / A regulação da expressão gênica envolve uma complexa rede de interações entre fatores de transcrição e elementos regulatórios da região promotora dos genes. Dados experimentais disponíveis na literatura demonstram a importância de uma seqüência de 15 pares de base (pb) na regulação do gene SNM1(PSO2), necessário para o processo de reparação de lesões no DNA da levedura Saccharomyces cerevisiae. Estes dados foram fundamentais na elaboração da hipótese acerca da dispersão deste elemento na região promotora de outros genes de reparação e de sua importância na indução destes genes mediada por danos no DNA da levedura. Verificouse a presença desta seqüência de 15 pb nas regiões promotoras de outros genes de reparação de DNA, o que proporcionou a construção de uma matriz de peso relacionando nucleotídeos conservados, transições e transversões nas diferentes posições da seqüência consenso denominada seqüência consenso semelhante ao elemento DRE (Damage Response Element) do gene RAD2. Posteriormente, a análise de homologia foi expandida, utilizando ferramentas computacionais de análise matricial que proporcionam a geração de uma seqüência consenso identificada também em muitos outros genes desta levedura. A grande maioria não estando relacionada com processos de reparação ou metabolismo do DNA. Este elemento semelhante ao elemento regulatório DRE apresentou alta homologia com outras seqüências regulatórias presentes no genoma da levedura. O fato deste elemento estar presente na região promotora de quase um terço dos genes da levedura e de que sua presença parece não estar diretamente relacionada com a indução destes genes por agentes mutagênicos, sugerem fortemente que a seqüência semelhante ao elemento DRE descrita neste trabalho deve atuar como um elemento regulatório envolvido com mecanismos gerais de regulação da expressão gênica em S. cerevisiae
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Citotoxicidade, mutagenicidade e vias envolvidas na reparação das lesões no DNA induzidas por complexos organometálicos derivados do ácido valproico em Saccharomyces cerevisiae

Rodrigues, Gabriel Berbigier January 2017 (has links)
O Ácido Valproico (AV) é um fármaco antiepiléptico amplamente utilizado. Além disso, estudos recentes demonstram interessantes atividades antitumorais do AV contra diferentes tipos de tumores relacionado a sua atividade no remodelamento da cromatina. Entretanto, o uso do AV em pacientes possui limitações devido à sua reconhecida toxicidade sistêmica. Desta forma, é reforçada a necessidade do descobrimento de novos medicamentos com menor toxicidade e/ou maior efeito terapêutico. Para tanto, a estratégia mais sensata e econômica para se obter novos fármacos consiste em modificar quimicamente drogas já conhecidas. A síntese de complexos metálicos é uma abordagem recente para a obtenção de fármacos. Assim, neste trabalho foi analisado a citotoxicidade, mutagenicidade para o valproato de sódio (NaValp) e complexos de AV com Cu(II), Mg(II), 1,10-fenantrolina (Phen): [Cu2(Valp)4], [Cu(Valp)2Phen] e [Mg(Valp)2Phen] na levedura Saccharomyces cerevisiae proficientes e deficientes em vias de reparo de excisão de base – BER (apn1Δ, apn2Δ, ogg1Δ, rad27Δ, ntg1Δ, ntg2Δ mag1Δ), de excisão de nucleotídeos – NER (rad1Δ, rad4Δ, rad10Δ, rad14Δ), síntese de translesão – TLS (rev1Δ, rev3Δ, rad30Δ), reparação pós-replicação – PRR (rad6Δ, rad18Δ), recombinação homóloga – HR (rad52Δ) e junção final não homóloga – NHEJ (rad50Δ). Os resultados indicam que os complexos organometálicos têm maior citotoxicidade e são mais mutagênicos do que NaValp em fase de crescimento da levedura. Nos ensaios de mutagênese, não houve indução de mutação com NaValp, e os complexos organometálicos induziram substituições de pares de bases, identificadas pelo aumento da frequência de mutação nos loci his1 e lys1 na linhagem XV185-14C. As linhagens deficientes em proteínas da via BER foram sensíveis ao NaValp. Além disso, os danos no DNA causados pelo NaValp também podem ser tolerados pelas vias NER e TLS. As vias BER, NER, TLS, PRR e HR contribuíram com a tolerância ao dano induzido pelos complexos de cobre. O dano ao DNA induzido pelo complexo [Mg(Valp)2Phen] pode ser tolerado pelas vias NER, TLS, PRR, HR e NHEJ, enquanto a presença de endonucleases de BER resulta em morte celular. Desta forma, nosso estudo revela uma importante contribuição das vias de reparo do DNA sobre a sensibilidade ao NaValp e aos complexos organometálicos, indicando sua potencial aplicação como agentes citotóxicos. Os mecanismos de reparação diferiram para os compostos, sugerindo que induzem diferentes lesões no DNA. / Valproic Acid (VA) is an antiepileptic drug largely used. In addition, recent studies present interesting antitumor activities of VA against different types of tumors related to its activity in chromatin remodeling. However, the use of VA in patients has limitations due to its recognized systemic toxicity. Thus, it is necessary to discover new drugs with less toxicity and/or greater therapeutic effect. For that, the most sensible and economical strategy to obtain new drugs is to chemically modify known drugs. The synthesis of metal complexes is a recent approach to obtaining drugs. Therefore, the cytotoxicity and mutagenicity were analyzed for sodium valproate (NaValp) and VA complexes with Cu(II), Mg(II) and 1,10-phenantroline (Phen): [Cu2(Valp)4], [Cu(Valp)2Phen] and [Mg(Valp)2Phen] in Saccharomyces cerevisiae strains deficient in repair pathways, like base excision repair – BER (apn1Δ, apn2Δ, ogg1Δ, rad27Δ, ntg1Δ, ntg2Δ mag1Δ), nucleotide excision repair – NER (rad1Δ, rad4Δ, rad10Δ, rad14Δ), translesion synthesis – TLS (rev1Δ, rev3Δ, rad30Δ), post replicative repair – PRR (rad6Δ, rad18Δ), homologous recombination – HR (rad52Δ) e non-homologous end joining – NHEJ (rad50Δ). The results show that the organometallic complexes have higher cytotoxicity and are more mutagenic than NaValp in yeast growth phase. In the mutagenesis assay, there was not induction of mutation by the NaValp, whereas the organometallic complexes induced base pair substitutions, identified by the increase of mutation frequency in his1 and lys1 loci in the XV185-14C strain. The protein-deficient strains of the BER pathway were sensitive to NaValp. In addition, NER and TLS pathways can also tolerate DNA damage caused by NaValp. The BER, NER, TLS, PRR and HR pathways contributed to the damage tolerance induced by the copper complexes. DNA damage induced by [Mg(Valp)2Phen] complex can be tolerated by the NER, TLS, PRR, HR and NHEJ pathways, while the presence of BER endonucleases results in cell death. In this way, our study reveals an important contribution of the DNA repair pathways on sensitivity to NaValp and organometallic complexes, indicating the potential application as cytotoxic agents. The repair mechanisms are distinct for the compounds, suggesting that different lesions are induced in the DNA.
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Aplicabilidade e eficiência de dois métodos de saneamento de paredes degradadas por umidade e sais a partir de uma revisão bibliográfica e de um estudo de caso

Gewehr, Ursula January 2004 (has links)
Este estudo faz um levantamento das diversas origens da umidade e sais solúveis presentes em edificações, contribuindo para uma melhor avaliação das causas das manifestações patológicas originadas. Serão abordados, também, dois métodos de recuperação de paredes degradas pela umidade e sais, que são o sistema de revestimento de recuperação e a eletroosmose ativa. Para tanto, seguiram-se as sugestões feitas por Bianchin (1999) sobre um estudo de traços de argamassas de saneamento que obtiveram o melhor desempenho, seguindo as orientações do Caderno de Recomendações Alemão WTA 2-2-91 (1995). Foram feitos em laboratório dois traços 1:2:9 e 1:1:6 (cimento:pasta de cal:areia seca), em volume, e com 1% de incorporador de ar e 2% de hidrofugante sobre a massa de cimento, e dois traços 1:2:9 e 1:1:6 de argamassa convencional em volume, analisando-se suas propriedades no estado fresco e no estado endurecido. Posteriormente, estas argamassas foram aplicadas sob forma de quatro painéis no porão de um prédio histórico na cidade de Porto Alegre/RS, analisando-se seu desempenho através dos ensaios de salinidade, após oito meses de aplicação. Quanto à eletro-osmose ativa, fez-se um levantamento teórico do sistema eletro-físico ativo de dessalinização de paredes, descrevendo experimentos feitos por Ruaro (1997) no laboratório do NORIE/LEME da UFRGS e por uma equipe na Fortaleza de Santa Cruz de Anhatomirim, no ano de 1995 em Florianópolis/SC. Ambas aplicações apresentaram resultados positivos quanto à diminuição de sais nas paredes. Os dois métodos poderiam ter sido aplicados na parede da casa, optando-se pelo sistema de revestimento de recuperação por ser mais simples e econômico, enquanto que a eletro-osmose ativa envolveria custos mais elevados de equipamento e materiais importados, bem como a necessidade de mão-de-obra especializada, com acompanhamento constante. Os resultados de desempenho do sistema de revestimento foram satisfatórios, com o cumprimento de algumas propriedades indicadas no Caderno de Recomendações Alemão WTA 2-2-91 (1995). Após 8 meses de aplicação das argamassas de saneamento comprovou-se a migração de sais do interior da alvenaria para as argamassas.
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Análise imunohistoquímica do marcador de células-tronco derivadas do tecido adiposo cd49 em ratos submetidos à dieta hiperlipídica e laserterapia

Santos, Laila da Silva 26 August 2016 (has links)
Submitted by Programa de Pós-graduação em Biotecnologia (mebiotec.ufba@gmail.com) on 2017-09-15T12:07:07Z No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO FINAL - Laila Santos.pdf: 1181121 bytes, checksum: e32024523f6adf49c8e62c9f4931db47 (MD5) / Approved for entry into archive by Edvaldo Souza (edvaldosouza@ufba.br) on 2017-09-19T17:47:30Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO FINAL - Laila Santos.pdf: 1181121 bytes, checksum: e32024523f6adf49c8e62c9f4931db47 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-19T17:47:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO FINAL - Laila Santos.pdf: 1181121 bytes, checksum: e32024523f6adf49c8e62c9f4931db47 (MD5) / Fabesb / O Laser é fotobiomodulador celular consagrado que vem despertando o interesse da sua utilização na proliferação e diferenciação de células-tronco. Verificou-se a influência da fototerapia Laser (λ660nm, 40mW, 6J/cm²,  0,04cm2, CW, Twin Flex Evolution, MMoptics®, São Carlos, SP) na imunomarcação com o marcador de células-tronco CD49 no tecido adiposo de ratos submetidos a dieta hiperlípidica. Quarenta e oito ratos Wistar albinus, desmamados foram divididos em dois grupos experimentais: Dieta Padrão (DP) e Dieta Hiperlipídica (DH), alimentados com suas respectivas rações por 20 semanas. Em seguida, os ratos foram submetidos à anestesia geral para confecção de feridas cutâneas dorsais, excisionais, padronizadas em 1cm². Os grupos foram subdivididos em DPC e DHC sem tratamento adicional e DPL e DHL irradiados pelo protocolo supracitado, imediatamente após o ato cirúrgico e a cada 48 horas durante 7 ou 14 dias. Os ratos foram mortos por aprofundamento anestésico, os espécimes processados pela técnica de imunohistoquímica e avaliados por microscopia de luz. O grupo DPC apresentou anticorpos marcados com intensidade de moderada a intensa, enquanto no grupo DHC prevaleceu a coloração fraca para o tempo de 14 dias. O protocolo de irradiação empregado não teve influência sobre o marcador CD49 quando comparados os grupos controle e irradiados sob o mesmo período de tempo; no entanto, quando comparados os grupos DHL em 7 e 14 dias, o marcador apresentou aumento na intensidade da imunomarcação em relação ao tempo, suscitando a hipótese da influência da luz laser sobre células-tronco adipoderivadas recrutadas para o processo de reparo tecidual.
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Estudo in vitro da microinfiltração marginal em reparos de restaurações à amalgama

Veloso, Daniela Araújo January 2004 (has links)
85f. / Submitted by Suelen Reis (suziy.ellen@gmail.com) on 2013-04-23T16:46:40Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Daniela Veloso.pdf: 396961 bytes, checksum: 1374b9b64d8333bab1dc8484ec20cde8 (MD5) / Approved for entry into archive by Rodrigo Meirelles(rodrigomei@ufba.br) on 2013-05-16T18:00:30Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação Daniela Veloso.pdf: 396961 bytes, checksum: 1374b9b64d8333bab1dc8484ec20cde8 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-05-16T18:00:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação Daniela Veloso.pdf: 396961 bytes, checksum: 1374b9b64d8333bab1dc8484ec20cde8 (MD5) Previous issue date: 2004 / Com o objetivo de avaliar a capacidade seladora de materiais odontológicos restauradores, o presente estudo comparou o nível de infiltração marginal apresentado por restaurações de amálgama reparadas por resina composta fotopolimerizável, amálgama adesivo e por amálgama convencional. Cavidades classe I, com dimensões preestabelecidas foram confeccionadas em 45 pré-molares humanos hígidos, recém-extraídos. Após profilaxia, todos os dentes foram restaurados por amálgama convencional, polidos e submetidos à confecção de novas cavidades sobre as primeiras, também com dimensões preestabelecidas, para a simulação de defeitos marginais. A amostra foi então dividida aleatoriamente em 3 grupos de 15 elementos cada. As novas cavidades foram reparadas por um dos três materiais propostos e polidas de acordo com as recomendações do fabricante. Os espécimes foram submetidos à termociclagem de 500 ciclos térmicos entre 5° C e 55° C, em banhos alternados de 1 minuto em cada temperatura, e imersos em solução de nitrato de prata a 50%, para infiltração do corante entre as interfaces reparo/dente e reparo/restauração. Para a análise da microinfiltração marginal, os dentes foram seccionados no sentido vestibulolingual, avaliados em lupa estereoscópica com 50 X de aumento e os resultados expressos em graus. Os resultados demonstraram que nenhum dos materiais testados foi capaz de eliminar totalmente a infiltração. Para a interface reparo/dente, a resina composta foi o material que apresentou os menores níveis de infiltração, seguida pelo amálgama adesivo, e este do amálgama convencional, sendo a diferença entre eles estatisticamente significante ( p < 0,05 ). Para a interface reparo/restauração, o amálgama comum apresentou a maior capacidade seladora, seguido pela resina composta, porém não houve diferença estatisticamente significante entre eles( p>0,05 ). Desta forma, concluiu-se que, dos materiais testados, a resina composta seria o material mais indicado para a confecção de reparos no que se refere ao combate à microinfiltração marginal. / Salvador
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Estudo de polimorfismos de genes de reparo do DNA em lesão de fita simples e sua associação com aspectos clínicos e laboratoriais de portadores de síndrome mielodisplásica / Study of dna repair gene polymorphisms in single-stranded lesion and its association with clinical and laboratory aspects of patients with myelodysplastic syndrome

Santiago, Sabrina Pinheiro 16 December 2015 (has links)
SANTIAGO,S.P. Estudo de polimorfismos de genes de reparo do DNA em lesão de fita simples e sua associação com aspectos clínicos e laboratoriais de portadores de síndrome mielodisplásica, 2015. 76 f. Dissertação (Mestrado em Ciências Médicas) - Faculdade de Medicina, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza,2015 / Submitted by Ivone Sousa (ppgcm.ufc@gmail.com) on 2017-08-02T13:51:15Z No. of bitstreams: 1 2015_dis_sps.pdf: 1634505 bytes, checksum: 2c0be85cb65dbcfc46ac2c970cd10bab (MD5) / Approved for entry into archive by Erika Fernandes (erikaleitefernandes@gmail.com) on 2017-08-03T12:31:55Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_dis_sps.pdf: 1634505 bytes, checksum: 2c0be85cb65dbcfc46ac2c970cd10bab (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-03T12:31:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_dis_sps.pdf: 1634505 bytes, checksum: 2c0be85cb65dbcfc46ac2c970cd10bab (MD5) Previous issue date: 2015-12-16 / Myelodysplastic Syndrome (MDS) is a group of clonal diseases of hematopoietic progenitor cells, characterized by peripheral cytopenia (s), dysplasia of one or more myeloid cell lines and increased risk of developing acute myeloid leukemia. The pathogenesis of SMD involves DNA damage in hematopoietic stem cells likely to be affected by single-stranded DNA damage and the Nucleotide Excision Repair (NER) as one of the main mechanisms to ensure the genomic stability of cells -trunk. This case-control study of candidate genes proposed to evaluate the association of the polymorphisms XPA rs1800975, XPC rs2228000, XPD rs1799793 and XPF rs1800067 with the clinical variables of patients with Myelodysplastic Syndrome. This analysis used real-time quantitative PCR as a technique for genotyping between bone marrow samples from 95 MDS patients from the Walter Cantídio University Hospital and peripheral blood samples from 94 healthy elderly volunteers. For the polymorphism XPC rs2228000, we obtained, in relation to hemoglobin, in the genotypic distribution, that the CT genotype is associated with a higher odds ratio of hemoglobin levels below 8.0 g / dL (p = 0.010, OR 3.385, CI 1.343- 8,529); (P = 0.027, OR 2.75, CI 1.125-6.722) and in the dominant heterozygosis model (p = 0.013). In the present study, the genotype CC was associated with a higher odds ratio of Hb ≥ 8g / dL in the dominance model , OR 3.333, CI: 1.293-8.591); In relation to neutrophil counts we have that the mutant TT genotype has a higher odds ratio of neutrophil counts below 800 / mm3 (p = 0.017, OR 8,750, CI 1,470-52,098), that the CC genotype is associated with the highest ratio (P = 0.032, OR 2,833, CI 1,096-7,327) and in the homozygous model (p = 0.013, OR 17,500, CI 1,828-167,558) and that the combination CC + CT Of the recessive model was also associated with a higher odds ratio of neutrophils ≥ 800 / mm³ (p = 0.025, OR 12,500, CI 1,381-113,177). We also found that for genotype XPD rs1799793 the GG genotype is associated with a lower odds ratio of SMD in the dominance model (p = 0.009, OR 0.445, CI 0.242-0.816) and in the dominant heterozygosis model (p = 0.010, OR 0.440 , IC 0.235-0.825), and the same genotype seems to have a lower odds ratio for bone marrow ring sideroblast counts ≥ 15% in three different models: genotype distribution (p = 0.027, OR 0.980, CI 0.013-0.768) , Dominance (p = 0.027, OR, 4,643, CI 1,195-18,034) and dominant heterozygosity (p = 0.022, OR 5,000, CI 1,265-19,762). We did not find a significant association between the XPF polymorphisms rs1800067 and XPA rs1800975 and the clinical variables for patients with MDS. This study suggests that polymorphisms of DNA repair genes by nucleotide excision are associated with clinical features of patients with myelodysplastic syndrome. / A Síndrome Mielodisplásica (SMD) é um grupo de doenças clonais das células progenitoras hematopoéticas, caracterizadas por citopenia(s) periférica(s), displasia de uma ou mais linhagens celulares mielóides e aumento do risco de desenvolvimento de leucemia mielóide aguda. A patogênese da SMD envolve danos no DNA nas células-tronco hematopoéticas acometidos provavelmente pelos danos de fita simples no DNA tendo o processo de reparo por excisão de nucleotídeos (Nucleotide excision repair – NER) como um dos principais mecanismos para garantir a estabilidade genômica das células-tronco. Este estudo de caso-controle de genes candidatos propôs avaliar a associação dos polimorfismos XPA rs1800975, XPC rs2228000, XPD rs1799793 e XPF rs1800067 com as variáveis clínicas de pacientes com Síndrome Mielodisplásica. Esta análise utilizou PCR quantitativo em tempo real como técnica de genotipagem entre amostras de medula óssea de 95 pacientes com SMD, oriundos do Hospital Universitário Walter Cantídio, e amostras de sangue periférico de 94 idosos voluntários sadios. Para o polimorfismo XPC rs2228000 obtivemos, em relação a hemoglobina, na distribuição genotípica, que o genótipo CT é associado a maior razão de chances de apresentar níveis de hemoglobina abaixo de 8,0g/dL (p= 0,010, OR 3,385, IC 1,343-8,529); por sua vez, o genótipo CC associa-se a maior razão de chances de Hb ≥ 8g/dL no modelo de dominância (p= 0,027, OR 2,75, IC 1,125-6,722) e no modelo de heterozigose dominante (p= 0,013, OR 3,333, IC: 1,293-8,591); em relação a contagem de neutrófilos temos que o genótipo mutante TT tem maior razão de chances de contagem de neutrófilos abaixo de 800/mm3 (p= 0,017, OR 8,750, IC 1,470-52,098), que o genótipo CC associa-se a maior razão de chances de neutrófilos ≥ 800/mm3 no modelo de dominância (p= 0,032, OR 2,833, IC 1,096-7,327) e no modelo de homozigose (p= 0,013, OR 17,500, IC 1,828-167,558) e que a combinação CC+CT do modelo de recessividade também associou-se com maior razão de chances de neutrófilos ≥ 800/mm³ (p= 0,025, OR 12,500, IC 1,381-113,177). Constatamos ainda que para o polimorfismo XPD rs1799793 o genótipo GG se associa a menor razão de chances de SMD no modelo de dominância (p= 0,009, OR 0,445, IC 0,242-0,816) e no modelo de heterozigose dominante (p= 0,010, OR 0,440, IC 0,235-0,825), e o mesmo genótipo parece ter menor razão de chances de contagem de sideroblastos em anel em medula óssea ≥ 15% em três modelos distintos: de distribuição genotípica (p= 0,027, OR 0,980, IC 0,013-0,768), de dominância (p= 0,027, OR 4,643, IC 1,195-18,034) e de heterozigose dominante (p= 0,022, OR 5,000, IC 1,265-19,762). Não obtivemos associação significante entre os polimorfismos XPF rs1800067 e XPA rs1800975 e as variáveis clínicas para os pacientes com SMD. Este estudo sugere que os polimorfismos de genes de reparo do DNA por excisão de nucleotídeos são associados a características clínicas de pacientes com Síndrome Mielodisplásica.
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Estudo de variabilidade intra e interobservador e expressão imuno-histoquímica das proteínas dos genes de reparo do DNA nos pólipos serrilhados dos hemicólons direito e esquerdo

Castanho, Juliana Araujo January 2014 (has links)
INTRODUÇÃO: Estudos que avaliaram a concordância diagnóstica entre patologistas entre pólipos hiperplásicos (PH) e pólipos sésseis serrilhados (PSS) demonstraram uma grande variabilidade interobservador mesmo entre especialistas em patologia gastrointestinal. O protocolo de acompanhamento dos PSS não é modificado conforme a localização da lesão e isto pode ser determinado por eventuais diferenças na expressão das proteínas MLH1 e MSH2. OBJETIVOS: Identificar diferenças na concordância diagnóstica que podem reforçar a necessidade de estratégias específicas para melhorar a uniformidade dos diagnósticos. Avaliar a expressão imuno-histoquímica das proteínas MLH1 e MSH2 entre lesões dos hemicólons direito e esquerdo. MÉTODOS: Foram revisados 132 exames anatomopatológicos com diagnóstico de pólipo séssil serrilhado ou pólipo hiperplásico por dois patologistas com ênfase em gastroenterologia e um terceiro sem ênfase em gastroenterologia. Foram realizados exames imuno-histoquímicos para avaliação da expressão das proteínas MLH1 e MSH2 em 108 lesões. RESULTADOS: Foram realizadas duas avaliações por um dos patologistas com ênfase em gastroenterologia para determinar a concordância intraobservador. Dos 64 PH, 2 (3,1%) foram reclassificadas como mucosa colônica normal e 4 (6,2%) foram rediagnosticados como PSS. Das 60 lesões inicialmente diagnosticadas como PSS, 1 (1,7%) foi reclassificada como PH. O teste de Kappa para concordância resultou no valor de 0,89. Os 117 pólipos que apresentaram concordância foram revisados pelo segundo patologista com ênfase em gastroenterologia. Dos 58 PH, 1 (1,7 %) foi readiagnosticado como mucosa colônica normal e 4 (6,9%), foram readiagnosticados como PSS. Dos 59 PSS, 4 (6,8%) foram rediagnosticadas como PH pelo segundo patologista. A variabilidade interobservador resultou em um valor de Kappa de 0,85. Os 108 pólipos que apresentaram concordância nas avaliações anteriores foram também analisados por um terceiro patologista sem ênfase em gastroenterologia. Dos 55 PSS, 25 (45,4%) foram diagnosticadas como PH pelo patologista geral. Todos os PH diagnosticados pelo patologista geral foram diagnosticados como pólipo hiperplásico pelos dois primeiros patologistas. O valor do teste Kappa para concordância entre os três patologistas foi de 0,54. O estudo imuno-histoquímico mostrou-se positivo em todas as lesões tanto para expressão da proteína MLH1 quanto para MSH2. CONCLUSÃO: O valor de Kappa encontrado de 0,89 para concordância intraobservador e 0,85 para interobservador entre os patologistas com ênfase em gastroenterologia mostra uma concordância classificada como alta. O valor de Kappa de 0,55 resultante da comparação entre os patologistas com e sem interesse especial em gastroenterologia, mostra uma concordância moderada. É importante considerar que nenhum pólipo hiperplásico diagnosticado pelo patologista geral recebeu o diagnóstico de pólipo séssil serrilhado nas avaliações anteriores. Com isso, podemos observar que a dificuldade diagnóstica está relacionada estritamente aos PSS e isso pode ser explicado pela subjetividade no diagnóstico destas lesões. / INTRODUCTION: Studies of interobserver agreement among pathologists for the diagnosis of hyperplastic polyps (HPPs) and sessile serrated polyps (SSPs) have demonstrated substantial interobserver variability, even amidst experts in gastrointestinal pathology. There is no difference in the SSP follow-up protocol according to its location however it may change as a consequence of MLH1 and MSH2 protein expression variation. OBJECTIVES: To identify differences in diagnostic concordance that could justify specific strategies to improve diagnostic uniformity. To study the immunohistochemical analysis for the expression of MLH1 and MSH2 proteins in the right and left hemicolons. METHODS: One hundred twenty-four anatomic pathology specimens with a diagnosis of SSP or HPP were examined by two pathologists with a special interest in gastroenterology (specialists) and one general pathologist. Immunohistochemical analysis for the expression of MLH1 and MSH2 protein was conducted in 108 lesions. RESULTS: Two assessments were conducted by one of the specialist pathologists to determine intraobserver agreement. Of the 64 HPP specimens, 2 of the entire sample (3.1%) were reclassified as normal colonic mucosa and 4 (6.2%) were reassessed as SSPs. Of the 60 lesions initially diagnosed as SSPs, 1 (1.7%) was reclassified as HPPs. The kappa statistic for agreement was 0.89. The 117 specimens in which there were no diagnostic disagreements were then reassessed by the second specialist pathologist. Of 58 HPPs, 1 (1.7%) was reclassified as normal colonic mucosa and 4 (6.9%) were reclassified as SSPs. Of 59 the SSPs, 4 (6.8%) were reclassified as HPPs by the second pathologist. This interobserver variability yielded a kappa value of 0.85. Finally, the 108 specimens in which there were no diagnostic disagreements in the preceding assessments were reviewed by a third pathologist with no special interest in gastroenterology. Of 55 SSPs, 25 (45.4%) were diagnosed as HPPs by the general pathologist. All HPPs diagnosed by the general pathologist had been diagnosed as such by the two specialist pathologists. The kappa value for agreement among the three pathologists was 0.54. The immunohistochemical analysis was positive for both MLH1 and MSH2 protein in all the lesions studied. CONCLUSION: The kappa values of 0.89 for intraobserver agreement and 0.85 for interobserver agreement between the gastrointestinal pathologists are indicative of substantial agreement. The kappa value of 0.55 for comparison among pathologists with and without a special interest in gastroenterology indicates moderate agreement. It is worth noting that no hyperplastic polyps diagnosed by the general pathologist had been diagnosed as sessile serrated adenoma on previous assessments. Therefore, we conclude that diagnostic difficulty is strictly associated with SSPs, which may be explained by the subjective nature of diagnosis of these lesions.

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