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An?lise de repetibilidade e agrupamento em gen?tipos de Panicum maximum Jacq.Ferreira, Mariane Rodrigues 06 March 2017 (has links)
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Previous issue date: 2017 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior (CAPES) / Objetivou-se com este trabalho determinar o melhor m?todo de estima??o dos coeficientes de repetibilidade e as melhores combina??es entre cortes de acordo com a estabiliza??o genot?pica para caracter?sticas agron?micas, estimar par?metros gen?ticos e formar grupos morfofuncionais com base nas caracter?sticas morfog?nicas e estruturais por meio do agrupamento de Otimiza??o de Tocher em gen?tipos de Panicum maximum. Os coeficientes de repetibilidade para produ??o de massa seca total (MST), massa seca foliar (MSF), massa seca do colmo (MSC), porcentagem de folhas (%F), porcentagem de colmo (%C), foram estimados por meio de quatro m?todos: an?lise de vari?ncia (ANOVA), an?lise estrutural com base na m?dia dos coeficientes de correla??o (AECOR), an?lise de componentes principais com base na matriz de covari?ncia (CPCOV) e na matriz de correla??es (CPCOR). Para o estudo da estabiliza??o genot?pica, utilizaram-se os coeficientes estimados pela ANOVA e CPCOR. Para a avalia??o das caracter?sticas morfog?nicas foram estimadas: taxa de aparecimento foliar (TAPF), filocrono (FIL), taxa de alongamento foliar (TALF), taxa de senesc?ncia foliar (TSF), comprimento final da l?mina (CFL), n?mero de folhas vivas (NFV), dura??o de vida das folhas (DVF), taxa de alongamento de pseudocolmo (TALC), n?mero m?dio de perfilhos (NMP), rela??o l?mina:colmo (RLC). Para MST, foram observados coeficientes de repetibilidade variando entre 0,3500 e 0,4300 pelos m?todos da ANOVA e CPCOR, respectivamente. Altos coeficientes de repetibilidade tamb?m foram encontrados para a caracter?stica MSF. Baixos coeficientes de repetibilidade foram observados para %F e %Ce rela??o l?mina:colmo. Para estabiliza??o genot?pica da MST, os melhores coeficientes foram observados para a combina??o entre os cortes 6 a 7 e entre os cortes 5 a 8, enquanto os menores coeficientes foram observados quando se utilizaram apenas os cortes 3 a 4 e de 1 a 2, em ambos os m?todos. Para a rela??o l?mina:colmo, os melhores coeficientes foram registrados para os cortes 6 a 7 pelo m?todo da ANOVA, e 1 a 2 pelo m?todo CPCOR. De maneira geral, a combina??o entre os cortes de 6 a 7, tamb?m proporcionou maior repetibilidade e determina??o, otimizando a estabiliza??o dos gen?tipos para as massas e porcentagens de folha e de colmo. No estudo dos par?metros gen?ticos e agrupamento, foi observado que somente as caracter?sticas TALF, CFL e RLC tiveram o componente vari?ncia gen?tica significativo. Apesar disto, as caracter?sticas TALC, NFV, apresentaram coeficientes de varia??o genot?picos (CVg) superiores aos coeficientes de varia??o residual ou ambiental (CVe). As caracter?sticas TAPF, FIL, DVF e TSF apresentaram valores abaixo da unidade para a raz?o CVg/CVe. Alta raz?o CVg/CVe foi observada para as caracter?sticas RLC, NFV, TALC, TALF, CFL, sendo os maiores coeficientes foram registrados para RLC. Ap?s o agrupamento, constatou-se a forma??o de cinco grupos morfofuncionais. Os grupos que apresentaram maiores valores de TALF foram os grupos 3, 5 e 1 com valores superiores ? m?dia geral de todos os gen?tipos avaliados. Enquanto o grupo 4 obteve menor desempenho para esta caracter?stica. Para a TALC o grupo 2 se destacou, seguido pelo grupo 5. Dentre todos os grupos a maior RLC constada foi para o grupo 4 e para CFL o grupo 3. Conclui-se que os m?todos que proporcionaram os melhores coeficientes de repetibilidade de determina??o foram os dos componentes principais com base na matriz de correla??o e de covari?ncia. Para a estabiliza??o genot?pica, os melhores coeficientes de repetibilidade e determina??o s?o observados para os cortes realizados no segundo per?odo das ?guas. As caracter?sticas TALF, CFL e RLC apresentam variabilidade gen?tica significativa, e as caracter?sticas TAPF, FIL, DVF e TSF apresentam baixa raz?o CVg/CVe e necessitam de maior controle ambiental. Os grupos 3, 5 e 1, apresentam altas taxas de alongamento de folha como mecanismo de ac?mulo de forragem. J? o grupo 4 se destaca pela capacidade de perfilhamento. / Disserta??o (Mestrado) ? Programa de P?s-Gradua??o em Zootecnia, Universidade Federal dos Vales do Jequitinhonha e Mucuri, 2017. / The objective was to evaluate the coefficient of repeatability of the agronomic traits and to estimate the breeding value of morphogenic characteristics to stablish morphofunctional groups in the clustering analysis of Tocher in Panicum maximum genotypes. The repeatability coefficients were estimated by four methods: analysis of variance (ANOVA), structural analysis based on the correlation matrix (EACOR), principal component analysis based on the variance and covariance?s matrix (PCCOV) and principal component analysis based on the correlation matrix (PCCOR). To the genotypic stabilization study, the ANOVA and PCCOR were used. To the morphogenic evaluation, the characteristics were estimated: leaf appearance rate (LAR), phillochron (PHC), leaf elongation rate (LER), leaf senescence rate (LSR), number of live leaves (NLL), leaf life spam (LLS), leaf final length (LFL), stem elongation rate (SER), average number of tillers (ANT) and leaf:stem ratio (LSR). To total dry matter were observed repeatability coefficients ranging from 0.3500 to 0.4300 by the ANOVA and PCCOR methods, respectively. High coefficients of repeatability were estimated to leaf dry mass too. Low coefficients of repeatability were observed to percentage of leaves, stems and leaf:stem ratio. In the genotypic stabilization of total dry mass the higher coefficients were observed between the 6 and 7th harvest and between the 5 and 8th harvest, while the lowest coefficients were observed when the harvests 3 to 4 and 1 to 2 were considered in both methods. To leaf:stem ratio the higher coefficients were observed to harvests between 6 and 7 in the ANOVA method and 1 to 2 in the PCCOR method. In general, the combination between the 6 and 7th harvests also improves the repeatability and determination coefficients, optimizing the stabilization of the genotypes to dry mass and percentage of leaf and stems. In the study of genetic parameters and clustering, were observed significant effect to genetic variance component only to LER, LFL and LSR. In spite of this the characteristic SER and NLL had CVg higher than CVr. The characteristics LAR. PHC, LLS and LSR had CVg/CVr above the unity. High CVg/CVr ratio were observed to LSR, NLL, SER, LER and LFL, so that the highest coefficient observed to LSR. After the clustering analysis was found five morphofunctional groups. The groups with higher LER were 3, 5 and 1 with breeding values above the general mean. The group 4 had lowest LER. The groups 2 and 5 had the highest SER and the highest LSR was observed to the group 4. The group 3 showed high LFL. It was possible to conclude that the total and leaf dry mass have higher coefficient of repeatability, indicating better accuracy in the identification of the superior genotypes of P. maximum. In the genotypic stabilization, the higher coefficient and determination were observed to the harvests realized in the rainy period. The morphogenic characteristics that have the highest genetic variance have more possibility of gains with the selection and the traits with low CVg/CVr ratio need more environmental control. The groups 3, 5 and 1 have high potential to forage production duly its high leaf elongation rate.
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Epidemiologia molecular das cepas de Yersinia pestis isoladas no Nordeste do Brasil pela análise do número variável de repetições em Tandem (MLVA) / Molecular epidemiology from Yersinia pestis strains isolated in Brazil for multiple locus variable analisys (MLVA)Nepomuceno, Mirele Regina de Araújo January 2009 (has links)
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Previous issue date: 2009 / Made available in DSpace on 2016-07-05T22:16:54Z (GMT). No. of bitstreams: 3
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Previous issue date: 2009 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Aggeu Magalhães. Recife, PE, Brasil / A Yersinia pestis é o agente etiológico da peste, uma doença primária de roedores, transmitida por pulgas infectadas e que pode infectar o homem e outros mamíferos. O objetivo do trabalho foi realizar a tipagem de 63 cepas de Y. pestis de três focos de peste do PE. As cepas foram isoladas de diferentes fontes e períodos. Das 63 cepas, 20 foram isoladas de um epizootia, em agosto de 1967, na Chapada do Araripe-PE. Também foram estudadas oito cepas de Y. pestis isoladas em outros países, cinco cepas de Y. pseudotuberculosis e nove de Y. enterocolitica. Foram utilizados onze VNTRs pela técnica do MLVA. Dos onze VNTRs para as cepas da epizootia apenas um revelou-se polimórfico apresentando diferentes alelos. Os demais VNTRs revelaram-se monomórficos. Entre os onze VNTRs analisados para as 51 cepas de Y. pestis (43 brasileiras e 8 estrageiras) dois se revelaram monomórficos gerando amplicons com 7 e 2 unidades repetitivas (UR). Os outros nove VNTRs analisados revelaram-se polimórficos gerando dois a oito alelos. As cepas de Y. pseudotuberculosis apresentaram-se polimórficas para 10 VNTRs gerando amplicons de tamanhos diversos, o VNTR ms09 foi o único monomórfico gerando um amplicon de 700 pb com 28 UR. Das nove cepas de Y. enterocolitica analisadas com os onze locos, sete apresentaram-se monomórficos com amplicons de 700, 250, 270, 690, 231 e 379 pb. Os outros quatro VNTRs analisados apresentaram um padrão de amplificação polimórfico com amplicons de tamanhos diferentes para o mesmo loco. O padrão de amplificação gerado com as cepas de Y. pestis possibilitou distribui-las em 35 perfis genotípicos. A análise das cepas pelo dendrograma permitiu agrupá-las em cinco clados, onde no clado I ficaram agrupadas a maioria das cepas brasileiras de Y. pestis, as cepas estrangeiras de Y. pestis ficaram agrupadas nos clados II e IV, enquanto que Y. enterocolitica e Y. pseudotuberculosis ficaram nos clados III e V respectivamente. Diante dissso pode-se considerar que o MLVA mostrou-se uma ferramenta útil em estudos filogenéticos e epidemiológicos das cepas brasileiras de Y. pestis, além de estudos intraespecíficos com as espécies de Y. enterocolitica e Y. pseudotuberculosis. As análises revelaram diversidade genética entre as cepas de Y. pestis isoladas de diferentes fontes e períodos e sua continuação poderá gerar dados importantes para estabelecer relações filogenéticas entre as cepas, contribuindo para um melhor entendimento da disseminação e transmissão do agente etiológico da peste na natureza e a dinâmica da epidemiologia no Brasil
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Avaliação do consumo alimentar no período reprodutivo e variação de peso no pós-parto / Assessment of dietary intake during the reporductive period and of body weight change following deliveryMaria Beatriz Trindade de Castro 07 May 2008 (has links)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O presente estudo tem como tema central o ganho de peso e o consumo alimentar no período reprodutivo. A tese está dividida em três partes: i) revisão da literatura científica sobre os fatores de risco para o ganho de peso excessivo na gestação e para a sua retenção no pós-parto; ii) análise quantitativa e qualitativa do consumo alimentar (energia, nutrientes e
alimentos) do período gestacional para o pós-parto; e iii) avaliação prospectiva da associação entre a dieta hiperproteica (≥ 1.2 g/kg) e a variação de peso pós-gestacional. A revisão da
literatura apontou como principais determinantes da variação de peso no pós-parto os seguintes fatores: ganho de peso gestacional, peso pré-gestacional, dieta, atividade física,
lactação, idade, escolaridade, renda, paridade e raça. As partes ii e iii correspondem a dois artigos, sendo que a população do estudo empregada nas duas análises foi baseada em uma
coorte de mulheres no pós-parto atendidas no Centro Municipal de Saúde (CMS) Marcolino Candau, localizado no Município do Rio de Janeiro. Dentre as 709 mulheres convidadas para
participar da pesquisa, 479 ingressaram na coorte. As mulheres foram recrutadas através dos serviços de pré-natal e na rotina pediátrica de imunização do BCG, oferecidos pelo CMS, e
imediatamente após o parto, na maternidade central de referência. A coleta de dados ocorreu entre maio de 1999 e abril de 2001, sendo 15 meses de recrutamento e 9 meses de
seguimento. As mulheres foram entrevistadas aos 15 dias, 2, 6 e 9 meses do pós-parto. Foram consideradas elegíveis para as duas analises as mulheres com idade entre 18 e 45 anos de
idade, entrevistadas até 30 dias do pós-parto, sem doenças crônicas pré-existentes, com gravidez de 35 ou mais semanas gestacionais e sem gestação gemelar. O estudo sobre a
composição da dieta do período gestacional para o pós-parto contou com 276 mulheres que responderam aos dois questionários de freqüência de consumo alimentar (QFCA) aplicados aos 15 dias e aos 6 meses do seguimento. Os resultados mostraram que as mulheres consumiram dietas mais energéticas na gravidez e aquelas que mais restringiram o consumo de energia no pós-parto, apresentaram um incremento na densidade de proteínas da dieta. As análises das medidas repetidos do peso foram realizadas para avaliar o efeito da dieta
hiperproteica (≥ 1.2 g/kg) sobre a variação de peso no pós-parto, para as quais haviam dados de uma amostra de 430 mulheres. Os resultados mostraram que as mulheres com dieta
hiperproteica perderam mais peso do que as mulheres com dieta normo ou hipoproteica (< 1.2 g/kg) (226 g/mês versus 123 g/mês). As duas analises indicam que um pequeno incremento
no consumo de proteínas promove maior perda de peso. Estudos longitudinais futuros devem incluir avaliação relativa a segurança das dietas hiperproteicas no pós-parto. / The central focus of the present study is the body weight change and food intake of women during the reproductive cycle. The study constitutes the final work in the authors Doctorate degree. It was divided in three parts: i) revision of the scientific literature regarding the main determinants in the development of maternal obesity; ii) longitudinal comparability of
quantity and quality of the mothers diet (energy, nutrients and food intake) during pregnancy and postpartum; and iii) prospective evaluation of the effects of a high-protein (HP) diet (≥ 1.2 g/kg) versus a low-protein (LP) diet (< 1.2 g/kg) on body weight loss (BWL) during postpartum. Study population was constituted of a cohort of postpartum women, who underwent four follow-up evaluations (at 0.5, 2, 6, and 9 months) following delivery. These data were obtained from May 1999 to April 2001 (15 months recruitment and 9 mo. of follow up) at a primary healthy service Marcolino Candau Municipal Health Center in Rio de Janeiro City, Brazil. Participants were recruited: 1) during routine prenatal care at the Municipal Health Center; 2) at the time of routine Bacillus Calmette-Guérin immunization of
the newborn at the same health center; and 3) at the main maternity hospital in the study area, one to three days following delivery. Among 709 women that were invited to participate in
the research, 479 accepted. Eligibility criteria for enrollment in the cohort were: age between 15 to 45 years, less than 30 days following the delivery on the date of the first interview
(approximately at 0.5 mo), absence of chronic diseases, no history of actual twin birth, gestational age at delivery ≥ 35 weeks, and household address within the area of the local
health center. Women aged < 18 years (n = 47) were excluded from the analyses. All study protocols met the guidelines of the Research Ethics Committee, and were approved by the Center for Collective Health Studies of the Federal University of Rio de Janeiro (NESC/UFRJ). The first part of the study, namely the revision of scientific literature, indicated the main risk factors for body weight change during postpartum: gestational weight
gain, pre-pregnancy weight, diet, physical activity, breastfeeding, age, schooling, income, parity, and race. The second part of the study was aimed at accessing the dietary composition of women during pregnancy and postpartum., For that end, a semi-quantitative food frequency questionnaire (FFQ) which had been previously validated (Sichieri & Everhart, 1998) was applied during interview with the participants in their first visit to the health center (at the second or third trimester of pregnancy), and at six months following delivery. Two hundred and seventy-six women took part in both interview stages. Results showed that women in their gestational period have a higher intake of energy in their diet, and that women who
restrained their energy intake the most presented a higher protein density in their diet during postpartum. Prospective analysis to evaluate the effects of a HP diet on BWL considered 430 participants at the first interview. Results showed that women with a HP diet lost more weight over time than women with a LP diet (226 g/month versus 123 g/month).
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Uma abordagem para análise de dados com medidas repetidas utilizando modelos lineares mistos / One approach to analyzing data with repeated measures using linear mixed modelsBarbosa, Michele 11 September 2009 (has links)
No presente trabalho propôs-se uma abordagem simples visando à escolha de um modelo linear misto a ser ajustado a dados com medidas repetidas. A construção do modelo envolveu a escolha dos efeitos aleatórios, dos efeitos fixos e da estrutura de covariâncias utilizando técnicas gráficas e analíticas. O uso do Teste da Razão de Verossimilhança e dos Critérios de Informação de Akaike - AIC e de Schwarz - BIC pode levar a escolhas diferentes da estrutura de covariâncias, o que pode influenciar os resultados das inferências feitas sobre os parâmetros de efeitos fixos. A abordagem foi aplicada a conjuntos de dados resultantes de estudos agropecuários utilizando o software livre R. Foram feitas comparações dos resultados obtidos de modelos implementados com o proc mixed do SAS e com a função lme() do R, observando as vantagens e restrições destes dois softwares. / In this present work was proposed a simple approach to know how to choose a linear mixed model that can be adjustable to data with repeated measures. The construction of the model involved the choice of random effects, the fixed effects and covariance structure, using graphical and analytical techniques. The use of the Likelihood Ratio Test and the Akaike Information Criteria - AIC and Schwarz - BIC can lead to different choices of the structure of covariance, which may influence the results of inferences made about the parameters of fixed effects. The approach was applied to data sets that was resulted from farming studies using the software R. Comparisons of the results of models implemented were made with the proc mixed of SAS and with the function lme() of R, noting the advantages and limitations of these two softwares.
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Modelos estatísticos para dados politômicos nominais em estudos longitudinais com uma aplicação à área agronômica / Statistical models for nominal polytomous data in longitudinal studies with an application to agronomyMenarin, Vinicius 14 January 2016 (has links)
Estudos em que a resposta de interesse é uma variável categorizada são bastante comuns nas mais diversas áreas da Ciência. Em muitas situações essa resposta é composta por mais de duas categorias não ordenadas, denominada então de uma variável politômica nominal, e em geral o objetivo do estudo é associar a probabilidade de ocorrência de cada categoria aos efeitos de variáveis explicativas. Ademais, existem tipos especiais de estudos em que os dados são coletados diversas vezes para uma mesma unidade amostral ao longo do tempo, os estudos longitudinais. Estudos assim requerem o uso de modelos estatísticos que considerem em sua formulação algum tipo de estrutura que suporte a dependência que tende a surgir entre observações feitas em uma mesma unidade amostral. Neste trabalho são abordadas duas extensões do modelo de logitos generalizados, usualmente empregado quando a resposta é politômica nominal com observações independentes entre si. A primeira consiste de uma modificação das equações de estimação generalizadas para dados nominais que se utiliza de razões de chances locais para descrever a dependência entre as observações da variável resposta politômica ao longo dos diversos tempos observados. Este tipo de modelo é denominado de modelo marginal. A segunda proposta abordada consiste no modelo de logitos generalizados com a inclusão de efeitos aleatórios no preditor linear, que também leva em conta uma dependência entre as observações. Esta abordagem caracteriza o modelo de logitos generalizados misto. Há diferenças importantes inerentes às interpretações dos modelos marginais e mistos, que são discutidas e que devem ser levadas em consideração na escolha da abordagem adequada. Ambas as propostas são aplicadas em um conjunto de dados proveniente de um experimento da área agronômica realizado em campo, conduzido sob um delineamento casualizado em blocos com esquema fatorial para os tratamentos. O experimento foi acompanhado ao longo de seis estações do ano, caracterizando assim uma estrutura longitudinal, sendo a variável resposta o tipo de vegetação observado no campo (touceiras, plantas invasoras ou espaços vazios). Os resultados encontrados são satisfatórios, embora a dependência presente nos dados não seja tão caracterizada; por meio de testes como da razão de verossimilhanças e de Wald diversas diferenças significativas entre os tratamentos foram encontradas. Ainda, devido às diferenças metodológicas das duas abordagens, o modelo marginal baseado nas equações de estimação generalizadas mostra-se mais adequado para esses dados. / Studies where the response is a categorical variable are quite common in many fields of Sciences. In many situations this response is composed by more than two unordered categories characterizing a nominal polytomous outcome and, in general, the aim of the study is to associate the probability of occurrence of each category to the effects of variables. Furthermore, there are special types of study where many measurements are taken over the time for the same sampling unit, called longitudinal studies. Such studies require special statistical models that consider some kind of structure that support the dependence that tends to arise from the repeated measurements for the same sampling unit. This work focuses on two extensions of the baseline-category logit model usually employed in cases when there is a nominal polytomous response with independent observations. The first one consists in a modification of the well-known generalized estimating equations for longitudinal data based on local odds ratios to describe the dependence between the levels of the response over the repeated measurements. This type of model is also known as a marginal model. The second approach adds random effects to the linear predictor of the baseline-category logit model, which also considers a dependence between the observations. This characterizes a baseline-category mixed model. There are substantial differences inherent to interpretations when marginal and mixed models are compared, what should be considered in the choice of the most appropriated approach for each situation. Both methodologies are applied to the data of an agronomic experiment installed under a complete randomized block design with a factorial arrangement for the treatments. It was carried out over six seasons, characterizing the longitudinal structure, and the response is the type of vegetation observed in field (tussocks, weeds or regions with bare ground). The results are satisfactory, even if the dependence found in data is not so strong, and likelihood-ratio and Wald tests point to several differences between treatments. Moreover, due to methodological differences between the two approaches, the marginal model based on generalized estimating equations seems to be more appropriate for this data.
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Modelos não lineares mistos em estudos de degradabilidade ruminal in situ / Nonlinear mixed models in studies of in situ ruminal degradabilitySartorio, Simone Daniela 09 November 2012 (has links)
A principal fonte de proteína na nutrição dos ruminantes é a proteína de origem microbiana, sintetizada no processo fermentativo de degradação ruminal a partir de proteína dietética ou microbiana. Logo o conhecimento deste processo é de grande importância em estudos de avaliação de alimentos para estes animais. Modelos não lineares são amplamente utilizados nestes estudos, buscando estimar os parâmetros da cinética de degradação ruminal através de métodos clássicos de análise univariada. Como estes ensaios envolvem medidas repetidas, propõem-se o uso de modelos não lineares mistos que permitem que a função de regressão não linear dependa de efeitos fixos e aleatórios, o que pode resolver os problemas de correlação entre as medidas repetidas e heterogeneidade de variâncias das respostas. Neste trabalho foram utilizadas duas alternativas comuns de análise de dados de digestibilidade, e seus resultados foram comparados com os da abordagem que utiliza modelos não lineares mistos. Utilizou-se o modelo não linear de Orskov e McDonald (1979) para explicar a cinética de degradação ruminal da matéria seca (MS) e da fibra em detergente neutro (FDN) do feno de capim-Tifton 85, em novilhos alimentados com seis rações experimentais compostas por três diferentes combinações de volumoso(Vo):concentrado(Co) (70:30, 50:50 e 30:70%). Como volumoso foram utilizados fenos de capim-Tifton 85 de diferentes qualidades (4% e 10% de proteína bruta) e como concentrado, casca de soja, milho moído e farelo de girassol. A degradabilidade foi determinada pela técnica in situ e os dez tempos de incubação foram de: 3, 6, 12, 24, 48, 60, 72, 84, 96 e 120 horas. Originalmente o experimento foi delineado em quadrado latino (6×6) com seis novilhos mestiços fistulados (linhas), seis períodos (colunas) e seis tratamentos, em que nas parcelas tem-se uma estrutura de parcelas subdivididas, sendo as subparcelas, os tempos de incubação. O uso de modelos não lineares mistos na análise de dados de digestibilidade in situ é bastante atraente principalmente quando a pesquisa tem por objetivo entender o comportamento do processo de digestibilidade ao longo dos tempos de incubação. Além disso, quanto maior a variabilidade dos dados, a abordagem mista se torna mais indicada, reduzindo os erros padrão das estimativas dos parâmetros. Mesmo não incluindo a estrutura de delineamento experimental, os modelos não lineares mistos conseguem explicar bem a variabilidade extra, provocada pelos efeitos dos fatores associados ao delineamento, com a inclusão de efeitos aleatórios nos parâmetros do modelo de Orskov e McDonald (1979). O pacote estatístico nlme do R mostrou-se ágil e eficiente no ajuste dos modelos não lineares mistos e as suas ferramentas gráficas foram importantes na avaliação da qualidade dos ajustes e na escolha de modelos. / The main source of protein in ruminant nutrition is the protein of microbial origin, synthesized in the fermentation process of ruminal degradation starting from dietetics or microbial protein. Then, the knowledge of this process is of great importance in evaluation studies of food for these animals. Nonlinear models are widely used in these studies to estimate the parameters of ruminal degradation kinetics through the classical methods of univariate analysis. As these trials involve repeated measurements, we propose the use of nonlinear mixed models which allows that the nonlinear regression function depends on fixed and random effects, which can solve the problems of correlation between the repeated measurements and heterogeneity of variances of the responses. In this work, we used two common alternatives of digestibility data analysis, and their results were compared with the approach which uses nonlinear mixed model. We used the nonlinear model of Orskov and McDonald (1979) to explain the kinetics of ruminal degradation of dry matter (MS) and neutral detergent fiber (FDN) of the hay grass-Tifton 85, in steers fed experimental with six diets composed of three different combinations of forage(Vo):concentrate(Co) (70:30, 50:50 and 30:70%). As forage, we used hay grass-Tifton 85 of different qualities (4% and 10% crude protein) and as concentrate, soybean hulls, corn and sunflower meal. The degradability was determined by the in situ technique and the incubation times were 3, 6, 12, 24, 48, 60, 72, 84, 96 and 120 hours. Originally the experiment was designed as a Latin square (6 × 6) with six fistulated crossbred steers (lines), six periods (columns) and six treatments, in which the plots have a splitplot structure where the subplots were considered the times of incubation. The use of nonlinear mixed models in the analysis of the in situ digestibility data is quite attractive especially when the research aims to understand the process behavior digestibility over the incubation times. Moreover, the higher the variability of the data, the mixed approach becomes more suitable, reducing standard errors of the estimated parameters. Even excluding the structure of experimental design, the linear mixed models can explain well the extra variability caused by the effects of the factors associated with the design, with the inclusion of random effects in the model parameters of Orskov and McDonald (1979). The R statistical package nlme proved to be agile and efficient for the adjustment of nonlinear mixed models and its graphical tools were important in evaluating the quality of the adjustments and the choice of models.
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Equação de estimação generalizada e influência local para modelos de regressão beta com medidas repetidas / Generalized estimating equation and local influence to beta regression models with repeated measuresVenezuela, Maria Kelly 04 March 2008 (has links)
Utilizando a teoria de função de estimação linear ótima (Crowder, 1987), propomos equações de estimação generalizadas para modelos de regressão beta (Ferrari e Cribari-Neto, 2004) com medidas repetidas. Além disso, apresentamos equações de estimação generalizadas para modelos de regressão simplex baseadas nas propostas de Song e Tan (2000) e Song et al. (2004) e equações de estimação generalizadas para modelos lineares generalizados com medidas repetidas baseadas nas propostas de Artes e Jorgensen (2000) e Liang e Zeger (1986). Todas essas equações de estimação são desenvolvidas sob os enfoques da modelagem da média com homogeneidade da dispersão e da modelagem conjunta da média e da dispersão com intuito de incorporar ao modelo uma possível heterogeneidade da dispersão. Como técnicas de diagnóstico, desenvolvemos uma generalização de algumas medidas de diagnóstico quando abordamos quaisquer equações de estimação definidas tanto para modelagem do parâmetro de posição considerando a homogeneidade do parâmetro de dispersão como para modelagem conjunta dos parâmetros de posição e dispersão. Entre essas medidas, destacamos a proposta da influência local (Cook, 1986) desenvolvida para equações de estimação. Essa medida teve um bom desempenho, em simulações, para destacar corretamente pontos influentes. Por fim, realizamos aplicações a conjuntos de dados reais. / Based on the concept of optimum linear estimating equation (Crowder, 1987), we develop generalized estimating equation (GEE) to analyze longitudinal data considering marginal beta regression models (Ferrari and Cribari-Neto, 2004). The GEEs are also presented to marginal simplex models for longitudinal continuous proportional data proposed by Song and Tan (2000) and Song et al. (2004) and to generalized linear models for longitudinal data based on the proposes of Artes and J$\\phi$rgensen (2000) and Liang and Zeger (1986). All of them are developed focusing the assumption of homogeneous dispersion and with varying dispersion. For the diagnostic techniques, we generalize some diagnostic measures for estimating equations to model the position parameter considering an homogeneous dispersion parameter and for joint modelling of position and dispersion parameters to take in account a possible heterogeneous dispersion. Among these measures, we point out the local influence (Cook, 1986) developed to estimating equations. This measure can correctly show influential observations in simulation study. Finally, the theory is applied to real data sets.
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Avaliação dos possíveis efeitos tóxicos do extrato fluido de Casearia sylvestris, em ratos Wistar / Evaluation of the possible toxic effects of fluid extract of Casearia sylvestris in Wistar ratsAmeni, Aline Zancheti 13 July 2011 (has links)
A planta Casearia sylvestris, popularmente conhecida como guaçatonga, é comumente utilizada para o tratamento de diversas afecções como queimaduras, ferimentos, herpes labial e genital, distúrbios do trato gastrointestinal, como gastrites, úlceras, gengivites, aftas, halitose; além disto, atribui-se à planta ação cicatrizante, tônica, depurativa, anti-reumática, antiinflamatória, antiofídica, antidiarréica, entre outras. Atualmente, é catalogada como planta medicinal de interesse ao Sistema Único de Saúde no Brasil. Entretanto, até o momento, não haviam estudos relativos à avaliação de sua toxicidade. Assim, o objetivo desta pesquisa foi o de estudar, em ratos, os possíveis efeitos tóxicos da C. sylvestris. Para tal, foram realizados os testes de citotoxicidade com o objetivo de analisar o potencial tóxico das diferentes formas de extração da planta, e estudos pré-clínicos de toxicidade oral aguda, e em doses repetidas, por 28 e 90 dias, realizados de acordo com protocolos preconizados pelas agências reguladoras nacionais (Agência Nacional de Vigilância Sanitária - ANVISA) e internacionais (Organization for Economic Cooperation and Development - OECD) de avaliação de risco para substâncias químicas. No presente estudo, o extrato fluido (EF) de C. sylvestris foi administrado, a ratos, por via oral, através de gavagem, em dose única de 2000mg/kg; ou em doses repetidas, durante 28 ou 90 dias, nas doses 60, 120 e 240mg/kg,. Foram avaliados sinais sistêmicos de toxicidade, ganho de peso e consumo de ração, hemograma completo, avaliação bioquímica (AST, ALT, GGT, ALP, uréia, creatinina, ácido úrico, colesterol, triglicerídes, glicose, albumina, proteínas totais e cloreto), análise macroscópica e histopatológica de órgãos e avaliação do peso relativo dos órgãos linfóides baço e timo e celularidades do baço e medula óssea para averiguar os possíveis efeitos imunotóxicos. Além disso, foi obtido o perfil cromatográfico (fingerprint) utilizando a técnica analítica CLAE/UV. Os resultados mostraram que o EF de C. sylvestris não causou efeitos tóxicos quando administrado em dose única 2000mg/kg no estudo de toxicidade aguda, assim como também não mostrou efeitos sistêmicos de toxicidade ou efeitos imunotóxicos nos estudos em doses repetidas por 28 e 90 dias. Estes dados aqui encontrados permitem sugerir que o EF da C.sylvestris é seguro quando utilizado mesmo prolongadamente. No entanto, outros estudos, como por exemplo, de genotoxicidade e de carcinogenicidade, devem ser realizados para complementar esta etapa de avaliação pré-clínica. / Casearia sylvestris Sw commonly known in Brazil as guaçatonga, is currently used to treat many diseases such as burns, wounds, labial and genital herpes, gastrointestinal disorders- gastritis, ulcers, gingivitis, aphthae and halitoses. C.sylvestris has been also used as cicatrizant in skin diseases, blood purifier and general detoxification, anti-inflammatory, antiofidic, diarrhea, among others. In our country it is considered as medicinal plant and for this reason C.sylvestris is catalogued at The Unified Health System (Sistema Único de Saúde - SUS) as a plant of interest for Brazilian population .However, no toxicological studies concerned the safety of extract fluid of this plant have been reported. Thus, the aim of this study was to evaluate the possible toxic effects of fluid extract (EF) of C. sylvestris. For this, it was performed citotoxicity tests in order to analyze the toxic potential of different extracts of the plant. It was also performed preclinical studies, in rats, according the guidelines proposed by National Health Surveillance Agency (Agência Nacional de Vigilância Sanitária - ANVISA) and OECD (Organization for Economic Cooperation and Development) being performed the following tests: acute oral toxicity and repeated dose 28 and 90-day. The EF of C. sylvestris was administered by gavage at a single dose of 2000 mg/kg, or during 28 and 90 days with doses 60, 120 e 240mg/kg. It was evaluated systemic signs of toxicity, body weights and food consumption, hematology, serum biochemistry (AST, ALT, GGT, ALP, urea: creatinine, uric acid cholesterol, triglycerides, glucose, albumin, total proteins, and chloride) macroscopic and histopathological analysis of different organs and evaluation of relative weight of lymphoid organs, spleen and thymus and the cellularity of spleen and bone marrow to investigated the possible immunotoxic effects. We also obtained the fingerprint chromatogram of C. sylvestris, using CLAE/UV. The results showed that there were no toxic effects by the EF when administered as a single dose at 2000mg/kg in acute toxicity study, as well as showed no systemic effects of toxicity or immunotoxic effects in studies with repeated doses of 28 and 90 days. This data suggest that the EF of the plant is safety even used for long period. However, other studies, eg, genotoxicity and carcinogenicity studies should be performed to complement the preclinical evaluation.
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Análise de dados longitudinais em experimentos com cana-de-açúcar / Analysis of longitudinal data in experiments with sugar of caneFreitas, Edjane Gonçalves de 25 February 2008 (has links)
Nesse trabalho foi abordada a situação em que observações de produtividade da cana-de-açúcar (TCH) foram tomadas na mesma unidade experimental em diferentes condições de avalições (anos). Foram avaliados os perfis médios de resposta de 48 genótipos de cana-de-açúcar em dois experimentos: Experimento 1 e Experimento 2, durante três e cinco anos respectivamente, ambos com o delineamento de blocos ao acaso. Esse tipo de planejamento produz uma forma de relação entre as observações tomadas na mesma unidade experimental, portanto requer outras suposições, além das usuais, para que análise seja correta e os testes produzam resultados válidos. Para que as inferências sobre as médias de produtividade sejam válidas e seguras é necessário que o modelo da matriz de covariância dos dados seja apropriado. Diante disso, foram avalidos três alterantivas de análise para dados longitudinais (medidas repetidas no tempo ), sendo utilizados portanto, o modelo univariado, conforme o planejamento do tipo \"split-plot on time\", que impõe forte restrição quanto a matriz de variâncias-covariâncias; o modelo multivariado, que utiliza uma matriz de variâncias-covariâncias não-estruturada e o modelo mistos, que possibilita a seleção de uma matriz que melhor representa os dados. Contudo, verificou-se que não houve diferença entre os resultados dos testes para as diferentes metodologias. Porém, é interessante a continuidade do estudo em relação ao modelo misto, pois devido a sua flexibilidade e precisão é possível obter estimativas mais seguras dos componentes de variância e predizer os valores genotípicos, que por fim poderá proporcionar a predição de produção de uma futura colheita para um determinado genótipo. / This work has been dealt with situation in which observations of productivity of sugar of cane (TCH) were taken in the same unit experimental in different condition of assessments (years). The response profiles average of 48 genotypes of sugar of cane were evaluated in two experiments: Experiment 1 and Experiment 2, for three and five years respectively, both with the randomized complete block design. This type of planning produces a form of relationship between the observations made in the same unit experimental therefore requires other assumptions, in addition to the usual, so that analysis is correct and the test results valid. To that inferences on the means of productivity are valid and safe it is necessary that the model of covariance matrix of the data is appropriate. Therefore, were evaluated three alternatives for analysis of longitudinal data (repeated measures over time), the univariate model as the planning of the split-plot on time which imposes strong restrictions on variances - covariances matrix, the multivariate model, which uses a non-structured variances - covariances matrix and mixed model, which they are enable the selection of a matrix that best represents the data. However, it was found that there was no difference between the results of tests for the different methodologies. But it is interesting the continuity of the study in relation to mixed model, because due to its flexibility and accuracy will be possible to obtain more reliable estimates of the variance components and predict the genotypic values, which ultimately could provide a prediction of production of a future harvest for a given genotype.
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Equação de estimação generalizada e influência local para modelos de regressão beta com medidas repetidas / Generalized estimating equation and local influence to beta regression models with repeated measuresMaria Kelly Venezuela 04 March 2008 (has links)
Utilizando a teoria de função de estimação linear ótima (Crowder, 1987), propomos equações de estimação generalizadas para modelos de regressão beta (Ferrari e Cribari-Neto, 2004) com medidas repetidas. Além disso, apresentamos equações de estimação generalizadas para modelos de regressão simplex baseadas nas propostas de Song e Tan (2000) e Song et al. (2004) e equações de estimação generalizadas para modelos lineares generalizados com medidas repetidas baseadas nas propostas de Artes e Jorgensen (2000) e Liang e Zeger (1986). Todas essas equações de estimação são desenvolvidas sob os enfoques da modelagem da média com homogeneidade da dispersão e da modelagem conjunta da média e da dispersão com intuito de incorporar ao modelo uma possível heterogeneidade da dispersão. Como técnicas de diagnóstico, desenvolvemos uma generalização de algumas medidas de diagnóstico quando abordamos quaisquer equações de estimação definidas tanto para modelagem do parâmetro de posição considerando a homogeneidade do parâmetro de dispersão como para modelagem conjunta dos parâmetros de posição e dispersão. Entre essas medidas, destacamos a proposta da influência local (Cook, 1986) desenvolvida para equações de estimação. Essa medida teve um bom desempenho, em simulações, para destacar corretamente pontos influentes. Por fim, realizamos aplicações a conjuntos de dados reais. / Based on the concept of optimum linear estimating equation (Crowder, 1987), we develop generalized estimating equation (GEE) to analyze longitudinal data considering marginal beta regression models (Ferrari and Cribari-Neto, 2004). The GEEs are also presented to marginal simplex models for longitudinal continuous proportional data proposed by Song and Tan (2000) and Song et al. (2004) and to generalized linear models for longitudinal data based on the proposes of Artes and J$\\phi$rgensen (2000) and Liang and Zeger (1986). All of them are developed focusing the assumption of homogeneous dispersion and with varying dispersion. For the diagnostic techniques, we generalize some diagnostic measures for estimating equations to model the position parameter considering an homogeneous dispersion parameter and for joint modelling of position and dispersion parameters to take in account a possible heterogeneous dispersion. Among these measures, we point out the local influence (Cook, 1986) developed to estimating equations. This measure can correctly show influential observations in simulation study. Finally, the theory is applied to real data sets.
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