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Tipagem molecular e análise da diversidade genética de linhagens de Salmonella Enteritidis isoladas de humanos, alimentos e frangos no Brasil / Molecular typing and analysis of the genetic diversity of Salmonella Enteritidis strains isolated from humans, food and chickens in Brazil

Campioni, Fábio 13 November 2013 (has links)
A doença decorrente da infecção por Salmonella é um dos maiores problemas de saúde no mundo em termos de morbidade e mortalidade. Entre as sorovariedades de Salmonella, a sorovariedade Enteritidis é a de maior ocorrência mundial e compreende linhagens que tem seu nicho biológico relacionado a frangos e ovos. Várias metodologias de tipagem fenotípicas e genotípicas foram desenvolvidas a fim de se delinear a epidemiologia das infecções por S. Enteritidis. Entretanto a tipagem fenotípica usualmente falha em discriminar linhagens relacionadas das nãorelacionadas epidemiologicamente e apresenta problemas de reprodutibilidade que foram minimizados com a utilização de métodos genotípicos. No Brasil, poucos estudos que utilizaram técnicas moleculares na tipagem de linhagens dessa sorovariedade foram realizados. Os objetivos desse estudo foram investigar o potencial patogênico, a resistência a antimicrobianos e realizar a tipagem molecular de linhagens de Salmonella Enteritidis isoladas de humanos, de alimentos e de frangos no Brasil. Para isso foram estudadas 188 linhagens de Salmonella Enteritidis isoladas de surtos e de casos esporádicos, de humanos (67) de alimentos (61) e de frangos (60), durante o período de 1986 a 2010, de vários locais do Brasil. A susceptibilidade frente a 14 antimicrobianos foi analisada através da técnica de disco difusão e a presença de 13 genes de virulência das ilhas de patogenicidade de Salmonella I e II e do plasmídio pSEV foram pesquisados por PCR. Os mecanismos de resistência a quinolonas foram verificados através da pesquisa de genes de resistência plasmidiais e cromossomais e também através da verificação de mutações no gene gyrA por High resolution melting analysis (HRMA) seguida de sequenciamento de algumas linhagens. As linhagens também foram tipadas molecularmente pelas metodologias Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus PCR (ERIC-PCR), Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) com a enzima XbaI, Multilocus variable-number tandem repeat analysis (MLVA) e por Multilocus sequence typing (MLST). Das 188 linhagens estudadas, 42,5% foi resistente ao ácido nalidíxico e somente 0,5% foi resistente a sulfametoxazol-trimetoprima e estreptomicina. A resistência a quinolonas foi relacionada principalmente a mutações no gene gyrA. A maioria das linhagens estudadas (98,4%) apresentou todos os genes de virulência pesquisados, sendo uma linhagem negativa para o gene sipA e duas linhagens negativas para o gene prot6E. ERIC-PCR dividiu as 128 linhagens isoladas de humanos e alimentos em 55 perfis diferentes com similaridade >79,7%. PFGE dividiu essas mesmas linhagens em 68 perfis diferentes com uma similaridade >73,1%. Para as linhagens isoladas de frango, o dendrograma concatenado de ERIC-PCR e PFGE dividiu as 60 linhagens em dois grandes grupos com 73,3% de similaridade. O grupo A consistiu de linhagens isoladas tanto de material clínico de frangos (23) quanto do ambiente da granja (5) com 81,2% de similaridade. O grupo B também consistiu de linhagens isoladas tanto de casos clínicos de frangos (21) quanto do ambiente da granja (11) com 81,1% de similaridade. MLVA dividiu as 188 linhagens isoladas no Brasil e outras 100 linhagens isoladas na América do Norte em dois grandes grupos. O grupo MLVA-A apresentou 71 linhagens isoladas na América do Norte e somente três linhagens isoladas no Brasil. Essas linhagens do ii Brasil incluíram as isoladas antes do início da pandemia de S. Enteritidis se iniciar no país. Em contraste, o grupo MLVA-B agrupou 185 linhagens isoladas no Brasil e 29 linhagens isoladas na América do Norte. As linhagens presentes no grupo A, foram divididas em 34 tipos genéticos diferentes com similaridade maior do que 46%, enquanto no grupo B as linhagens se diferenciaram em 15 tipos genéticos diferentes com mais de 66% de similaridade. MLST caracterizou 44 das 46 linhagens estudadas como pertencentes ao ST 11. As outras duas linhagens apresentaram alelos que não existiam no banco de dados e caracterizaram dois novos STs, o 1632 e o 1633. Os resultados de tipagem molecular obtidos por ERICPCR, PFGE e MLVA no presente estudo, demonstraram uma alta similaridade genotípica entre linhagens de S. Enteritidis isoladas no Brasil, o que sugere que as linhagens estudadas descendem de um precursor comum que pouco se diferenciou genotipicamente ao longo de 24 anos no país. Ademais, os resultados de MLVA sugerem que um novo e prevalente subtipo foi introduzido no Brasil após 1993 e tem contaminado alimentos e infectado humanos e animais. O grande número de genes de virulência encontrados reforça o potencial das mesmas causarem doenças em humanos e animais, bem como, os riscos de sua presença em alimentos. Ademais, a grande porcentagem de linhagens resistentes ao ácido nalidíxico observadas a partir de 1996 sugere o uso de quinolonas no tratamento de infecções em animais causadas por S. Enteritidis no Brasil. / The disease caused of the infection by Salmonella is one of the major health problem worldwide in terms of morbid and mortality. Among the Salmonella serovars, the Enteritidis is the most frequent isolated one and comprises strains that have their biological niche related to chickens and eggs. Several phenotypic and genotypic methodologies were developed to trace epidemiologically the infections by S. Enteritidis. However, the phenotypic typing usually fail to discriminate related from unrelated epidemiologicaly strains and presents problems of reproducibility that were minimized with the introduction of genotypic methods. In Brazil, few studies that used molecular typing techniques to type strains of this serovar were conducted. The aims of this study were to investigate the pathogenic potential, the antimicrobial resistance and to molecularly type of Salmonella Enteritidis strains isolated from humans, food and chickens in Brazil. For this, it was studied 188 strains of Salmonella Enteritidis isolated from outbreaks and sporadic cases, from humans (67), food (61) and chickens (60), during the period of 1986 to 2010, from various places of Brazil. The susceptibility to 14 antimicrobials were analyzed by the disc diffusion technique and the presence of 13 virulence genes of the Salmonella pathogenicity islands I and II and from the pSEV plasmid were searched by PCR. The mechanisms of resistance to quinolones were verified by the search of plasmidial and cromossomal resistance genes and also by the verification of mutations in the gyrA gene by High resolution melting analysis (HRMA) followed by sequencing of some strains. The strains were also molecularly typed by the methodologies Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus PCR (ERIC-PCR), Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) using the enzyme XbaI, Multilocus variable-number tandem repeat analysis (MLVA) and by Multilocus sequence typing (MLST). From the 188 strains studied, 42.5% were resistant to nalidixic acid and only 0.5% were resistant to sulfamethoxazoletrimethoprim and streptomycin. Resistance to quinolones was related mainly to mutations in the gyrA gene. The majority of the strains studied (98.4%) harbored all the virulence genes searched, being only one strain negative for the sipA gene and two strains negative for the prot6E gene. ERIC-PCR divided the 128 strains isolated from humans and food in 55 different profiles with >79.7% of similarity. PFGE divided the same strains in 68 different profiles with a similarity of >73.1%. Regarding the strains isolated from chickens, the concatenated dendrogram of ERIC-PCR and PFGE divided the 60 strains in two major groups with a similarity of 73.3%. Group A consisted of strains isolated either from chicken\'s clinical samples (23) or from the farm environment (5) with a similarity of 81.2%. Group B also consisted of strains isolated either from chicken\'s clinical samples (21) or from the environment (11) with a similarity of 81.1%. MLVA divided the 188 strains isolated in Brazil and other 100 strains isolated from North America in two major groups. MLVA-A group consisted of 71 strains isolated in North America and only three strains isolated in Brazil. These strains from Brazil included the ones isolated before the beginning of the pandemic of S. Enteritidis in this country. In contrast, MLVA-B group clustered 185 strains isolated in Brazil and 29 strains isolated in North America. The strains in the MLVA-A group were divided in 34 different genotypic types with a similarity of 46%, while strains in iv the group B were divided in 15 different genotypic types with a similarity of 66%. MLST characterized 44 of the 46 strains studied as belonging to ST 11. The other two strains presented new alleles that characterized two new STs, the 1632 and the 1633. The results of molecular typing obtained by ERIC-PCR, PFGE and MLVA in this study showed a high genotypic similarity among S. Enteritidis strains isolated in Brazil, which suggests that the strains studied descend from a common ancestor that differed little genotypically during 24 years in the country. Moreover, the results of MLVA suggest that a new and prevalent subtype was introduced in Brazil after 1993 and has been contaminating food and infecting humans and animals. The high prevalence of virulence genes found in the strains studied reinforce their potential to cause disease in humans and animals, as well as the risks of their presence in food. Moreover, the high percentage of strains resistant to nalidixic acid observed after 1996 suggests the use of quinolones in the treatment of animal infections by S. Enteritidis in Brazil.
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Identificação de bactérias patogênicas isoladas na Unidade de Emergência do Agreste-AL, através de PCR de amplo espectro e seqüenciamento de rRNA 16S / Identification of pathogenic bacteria by broad range PCR and sequencing of 16S rRNA gene, isolated from Agreste s Emergency Unit-Alagoas

Coimbra, Daniel Gomes 23 August 2011 (has links)
Hospital infections are the most frequent complications occurring in hospitalized patients, especially in trauma hospitals, where the seriousness of the injury is predictive factor for the emergence of infections. This study evaluated the profile of infection in the Emergency Unit of Agreste (UEA) through data from CCIH and analysis of clinical samples. The antimicrobial resistance profile was determined too. Isolates have been subjected to 16S rRNA sequencing and analysis in GenBank and RDP. Among 271 patients analyzed, 154 (57%) exhibited positivity in culture (PC). Automobile accidents were the main causes of hospitalization (47,2%). The median of hospitalization was 26 days. PC patients were 10 days more than the median. The use of urinary catheter was 15±13 days, being more 9,5 days in patients PC, on average. Of the 252 PC, 43 were isolated over a microorganism, totaling 269 bacteria and 26 yeasts. Pseudomonas aeruginosa (16,9%) and Acinetobacter baumannii (12,9%) were more frequent. Antimicrobial empirical therapy was made by 76,6% of patients, being 58,1% by cephalosporins. Vancomycin (100%) and chloramphenicol (82,4%) were the most sensitive between the antimicrobial Gram positive cocci, and carbapenems (90,1%) among Gram negative bacilli. The results of UEA compared to international monitoring programmes exhibited greater resistance. However, there were similarities with the Brazilian program RM Network and even greater sensitivity of P. aeruginosa to cefepime and carbapenems. Two-hundred-two sequenced microorganisms were identified by BLASTn at GenBank and RDP banks. They provided identification, respectively: 88,1% and 88,6% in species; 7,9% and 6,4% on genus; 3,5% and 4% in family; and 0,5% and 1% in class. There was agreement among banks in 84,7% to species; 93,7% in genus and 99% in family. The microorganisms most frequently were P. aeruginosa (22,8%), A. baumannii (18,8%) and Klebsiella pneumoniae (11,9%). Among the rarest microorganisms are Brevibacillus agri, Acinetobacter radioresistens, Corynebacterium amycolatum, Corynebacterium striatum, Pseudomonas cedrina subsp. fulgida, Pseudomonas putida and Staphylococcus sciuri. In some cases there was a high similarity between different species not allowing assignment of identification. The differentiation was accomplished through the creation of consensus sequences with reference sequences for CLUSTALW alignment for each microorganism that has similarity. Among 10 cases identified only as Klebsiella, 7 were K. pneumoniae, 2 K. granulomatis and 1 without definition. Eleven Enterobacteriaceae were defined as: 3 Escherichia coli, 2 Enterobacter cancerogenus, 2 Enterobacter sp., 2 group E. coli / Shigella and 2 without definition in genus. The 2 sequences with the same score to Serratia marcescens, Pseudomonas fluorescens strains were identified as S. marcescens. Identification by sequencing is superior to phenotypic tests, especially for atypical biochemist profile, slow growth, rare species and microorganisms of difficult cultivation. Despite difficulties for service deployment and the need for caution in attributing identification, sequencing remains as a promising technique for use in routine laboratories, guiding proper medical team for a better management of the patient. / As infecções hospitalares são as mais frequentes complicações ocorridas em pacientes hospitalizados principalmente em hospitais de trauma, onde a gravidade da lesão é fator preditivo para o surgimento de infecções. O presente estudo avaliou o perfil das infecções na Unidade de Emergência do Agreste (UEA) através de dados da CCIH e análise de amostras clínicas. O perfil de resistência aos antimicrobianos também foi determinado. Os isolados foram submetidos ao sequenciamento do gene rRNA 16S e análise no bancos GenBank e RDP para identificação. Dos 271 pacientes analisados, 154 (57%) exibiram positividade em cultura (CP). Acidentes automobilísticos foram os principais motivos de internação (47,2%). A mediana de internação foi de 26 dias, sendo 10 dias a mais em pacientes CP. O uso de sonda vesical foi de 15±13 dias, sendo 9,5 dias a mais em pacientes CP, em média. Das 252 CP, em 43 foram isolados mais de um microrganismo, totalizando 269 bactérias e 26 leveduras. Pseudomonas aeruginosa (16,9%) e Acinetobacter baumannii (12,9%) foram os mais frequentes. Estavam em uso empírico de antimicrobianos, 76,6% dos pacientes, sendo 58,1% por cefalosporinas. A vancomicina (100%) e o cloranfenicol (82,4%) foram os antimicrobianos de melhor atividade frente aos Gram positivos, e os carbapenêmicos (90,1%), entre Gram negativos. Os resultados da UEA, comparados aos programas de vigilância internacionais, exibiram maior resistência. No entanto, houve semelhanças com o programa brasileiro Rede RM, e ainda maior sensibilidade de P.aeruginosa frente aos carbapenêmicos e cefepime. Dos 202 microrganismos sequenciados, a atribuição de identificação por BLASTn nos bancos genéticos GenBank e RDP forneceram identificação, respectivamente de 88,1% e 88,6% em espécie; 7,9% e 6,4% em gênero; 3,5% e 4% em família e 0,5% e 1% em classe. Houve concordância entre os bancos de 84,7% em espécie; 93,7% em gênero e 99% em família. Os microrganismos mais frequentes foram P. aeruginosa (22,8%), A. baumannii (18,8%) e Klebsiella pneumoniae (11,9%). Entre os mais raros estão Brevibacillus agri, Acinetobacter radioresistens, Corynebacterium amycolatum e Corynebacterium striatum, Pseudomonas cedrina subsp. fulgida, Pseudomonas putida e Staphylococcus sciuri. Em alguns casos, houve elevada similaridade entre diferentes espécies, não permitindo a atribuição de identificação. A diferenciação foi realizada através da criação de sequências consenso de referência por alinhamento no CLUSTALW para cada microrganismo que apresentou similaridade. Dos 10 casos determinados somente como Klebsiella, 7 eram K. pneumoniae, 2 K. granulomatis e 1 sem definição. Das 11 Enterobacteriaceae, 3 foram Escherichia coli, 2 Enterobacter cancerogenus, 2 Enterobacter sp., 2 E. coli / Shigella e 2 sem definição. As 2 sequências com mesma pontuação para Serratia marcescens e Pseudomonas fluorescens foram identificadas como S. marcescens. A identificação por sequenciamento é superior aos testes fenotípicos, sobretudo para isolados com perfil bioquímico atípico, crescimento lento, espécies raras e microrganismos de difícil cultivo. Apesar das dificuldades para implantação do serviço e a necessidade de cautela na atribuição de identificação, o sequenciamento permanece como uma técnica promissora para a utilização em laboratórios de rotina, orientando adequadamente a equipe médica para um melhor manejo do paciente.
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Detecção de betalactamases de espectro expandindo (ESBL) em cepas de coliformes isolados de hortaliças minimante comercializadas na cidade de Fortaleza -CE / Detention of extendedspectrum β-betalactamases (ESBL) in cepas of isolated coliformes of minimally processed vegetables (MPV),marketed in the city of Fortaleza-Ceará

Cunha, Francisco Afrânio January 2007 (has links)
CUNHA, Francisco Afrânio. Detecção de betalactamases de espectro expandindo (ESBL) em cepas de coliformes isolados de hortaliças minimante comercializadas na cidade de Fortaleza -CE. 2007100 f : . Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Ceará, Centro de Ciências Agrárias, Departamento de Tecnologia de Alimentos, Fortaleza-CE, 2007 / Submitted by Nádja Goes (nmoraissoares@gmail.com) on 2016-06-06T13:34:15Z No. of bitstreams: 1 2007_dis_facunha.pdf: 3336053 bytes, checksum: c193599fd7b4044ea639d9c9eaa1b454 (MD5) / Approved for entry into archive by Nádja Goes (nmoraissoares@gmail.com) on 2016-06-06T13:34:28Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2007_dis_facunha.pdf: 3336053 bytes, checksum: c193599fd7b4044ea639d9c9eaa1b454 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-06T13:34:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2007_dis_facunha.pdf: 3336053 bytes, checksum: c193599fd7b4044ea639d9c9eaa1b454 (MD5) Previous issue date: 2007 / Minimally processed vegetables (MPV) normally consist of fresh raw vegetables, washed, peeled, cut, disinfected, centrifugal dryed packed and kept under refrigeration. Vegetables are potential vehicle of microorganisms that can be associated to the outbreaks of foodborne. Countless are the causes for the presence high microbial load in that product type, among which are: the cultivation techniques, storage, transport and distribution for consumption, the practice of the use of organic fertilizer, the use of polluted water for irrigation, the transport accomplished in open crates and the hygiene conditions in the handling and preparation of meals, mainly when such foods are consumed raw. The objective of this study was to determine the presence of extendedspectrum β-betalactamases (ESBL) in strains of Enterobacteriaceae isolated of MPV marketed in the city of Fortaleza and to verify if the analyzed vegetables assists the Brazilian Food Sanitation Standard, RDC N° 12, 02 of january 2001. 80 samples of MPV were collected marketed in Fortaleza. Were collected vegetables studied: 8 samples beet; 10 lettuce; 8 of cherry-colored tomato; 8 purple cabbage, green cabbage; 10 carrot and green bean; 8 grated carrot; 10 grated carrot, green cabbage and purple cabbage; 10 salads; 8 cilantro, onion and parsley pricked. The analyses were accomplished of april from 2006 to may of 2007. The countings of mesophiles aerobic, varied from 5,60 to 13,35 log UFC / g of MPV. The countings of moulds and yeasts, varied from 5,54 to 9,88 log UFC / g MPV. The counting of total coliforms and fecal coliforms were quite high. The main isolated and identified mold was the Penicillium spp. All of the beet samples, grated carrot, carrot and green bean, grated carrot, purple cabbage and green cabbage, cilantro and parsley pricked met inappropriate for the consumption, because they presented amounts superior of 100 fecal coliforms / g samples. Of the samples of lettuce 50% they presented fecal coliforms counting above legislation. Of the tomatoes cherry analyzed 75% were inside patterns of the Brazilian legislation, for fecal coliforms. Of the samples of purple cabbage, green cabbage 87% were with fecal coliforms counting above. Of the samples of salad 80% were out of the patterns. Salmonellas were not detected in the samples of MPV analyzed. The main isolated Enterobacteriaceae were E. coli, K. pneumoniae and E. aerogenes. All of the strains of K. pneumoniae and E. aerogenes were resistant to the ampicillin. Strains of E. coli, K pneumoniae and E. aerogenes with multidrug resistance were detected. Resistance to ciprofloxacin, ceftazidime and imipenem was not observed. Enterobacteriaceae samples producing of ESBL were not detected. Were not identified strains of E. coli O15:H7 among the strains of E. coli isolated of MPV. The hygienicsanitary conditions of those products can be improved with the application of Good Practices in the whole productive chain. / Hortaliças minimamente processadas (HMP) normalmente consistem de hortaliças frescas, cruas, lavadas, descascadas, cortadas, sanitizadas, centrifugadas, empacotadas e acondicionadas sob refrigeração. Hortaliças são potenciais veículos de microrganismos que podem estar associadas à doenças transmitidas por alimentos. Inúmeras são as causas para a presença de elevada carga microbiana nesse tipo de produto, entre as quais estão: as técnicas de cultivo, armazenamento, transporte e distribuição para consumo, a prática do uso de adubo orgânico, a utilização de água contaminada para rrigação, o transporte realizado em engradados abertos e as condições de higiene no manuseio e preparo de refeições, principalmente quando tais alimentos são consumidos crus. O objetivo desse estudo foi determinar a presença de Enzimas Betalactamases de Espectro Expandido (ESBL) em cepas de Enterobacteriaceae isoladas de HMP comercializadas na cidade de Fortaleza e verificar se as hortaliças analisadas a atendem a RDC N° 12 de 02 de janeiro de 2001, que rege o padrão microbiológico dos alimentos no Brasil. Foram coletadas 80 amostras de HMP comercializadas em Fortaleza. As hortaliças estudadas foram: 8 amostras de acelga; 10 alface; 8 tomate cereja; 8 repolho roxo, repolho verde; 10 cenoura e vagem; 8 cenoura ralada; 10 cenoura ralada, repolho verde e repolho roxo; 10 saladas; 8 coentro, cebola e salsa picados. As análises foram realizadas de abril de 2006 a maio de 2007. As contagens de microrganismos aeróbios mesófilos variaram de 5,60 a 13,35 log UFC/ g de HMP. As contagens de bolores e leveduras variaram de 5,54 a 9,88 log UFC/ g de HMP. A contagem de coliformes totais e coliformes a 45°C foram bastante elevadas. O principal bolor isolado e identificado foi o enicillium spp. Todas as amostras de acelga, cenoura ralada, cenoura e vagem, cenoura ralada, repolho roxo e repolho verde, coentro e salsa picados encontravam-se impróprias para o consumo, pois apresentaram quantidades superiores a 100 coliformesa 45ºC/g de amostra. Das amostras de alface 50% apresentavam contagem decoliformes a 45ºC acima do permitido peça legislação. Dos tomates cereja analisados 75% estavam dentro padrões microbiológicos exigidos pela legislação brasileira, para coliforme a 45ºC. Das amostras de repolho roxo, repolho verde 87% estavam com contagem de coliformes acima do permitido. Das amostras de salada 80% estavam fora dos padrões. Não foram detectadas Salmonellas nas amostras de HMP analisadas. As principais cepas de Enterobacteriaceae isoladas foram E. coli, K. pneumoniae e E. aerogenes. Todas as cepas de K. pneumoniae e E. aerogenes foram resistentes à ampicilina. Foram detectadas cepas de E. coli, K pneumoniae e E aerogenes com multiresistência aos antibióticos testados. Não foi observada resistência a ciprofloxacina, ceftazidima e imipenem. Não foram detectadas amostras de enterobactérias produtoras de ESBL. Não foram identificadas cepas de E. coli O15:H7 entre as cepas de E. coli isoladas de HMP. As condições higiênico-sanitárias desses produtos podem ser melhoradas com a aplicação de Boas Práticas em toda a cadeia produtiva.
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Estudo da resistência a antimicrobianos em Lactobacillus delbrueckii UFV H2b20 submetido a condições de estresse / Effect of stress on antimicrobial resistance in Lactobacillus delbrueckii UFV H2b20

Ferreira, Alessandra Barbosa 22 February 2006 (has links)
Made available in DSpace on 2015-03-26T13:52:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 207338 bytes, checksum: e8ae32d5d73829fe54385cc857a2a2cd (MD5) Previous issue date: 2006-02-22 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The effects of heat shock, acid treatment, exposure to bile salts and the presence of H2O2 on antimicrobial resistance in Lactobacillus delbrueckii UFV H2b20 were determined. Agar diffusion assays results indicated that this bacterium is resistant to vancomycin, sulphamethoxazole, colistin, some [Beta]-lactams, aminoglycosides, nitrofurans and quinolones. It is moderately susceptible to choramphenicol, tetracycline, cephalothin, ampicillin and erythromycin. L. delbrueckii UFV H2b20 can grow on high concentrations of H2O2 and complete inhibition will be observed only at 70 µg mL-1. Diferent effects on the Minimal Inhibitory Concentration (MIC) of the antimicrobials were observed when the bacterial cells were exposed to several stress conditions. Heat shock affected resistance to different aminoglycosides and [Beta]-lactams in various ways; it diminished resistance to nitrofurans and to tetracycline; however, it had no effect over resistance to choramphenicol and espiramycin. The same results were observed for acid pre-treatment at pH 3,5 for 30 min, except that it resulted in enhancement of espiramycin resistance. Cell exposure to 0,5% bile salts resulted in diminuished MICs for almost all tested antibiotics, except, apparently, furazolidone, sulphametoxol and nalidix acid, which maintained resistance to the highest concentrations tested. The presence of H2O2, 20 µg mL-1, had various effects on aminoglycosides, diminuished resistance to nitrofurans, [Beta]-lactams, tetracycline and espiramycin; however, it enhanced resistance to choramphenicol. These results demonstrate an ample diversity of responses to heat shock, acid shock, presence of H2O2, and also a general response when cells of L. delbrueckii UFV H2b20 are exposed to bile salts. / A resistência a antimicrobianos e o efeito de peróxido de hidrogênio sobre o crescimento em Lactobacillus delbrueckii UFV H2b20 foram estudados. Os efeitos de choque térmico, choque ácido, exposição a sais biliares e presença de peróxido de hidrogênio sobre a resistência a antimicrobianos nesta bactéria também foram investigados. A determinação do modelo de resistência, pelo método de difusão em meio sólido, indicou que L. delbrueckii UFV H2b20 apresenta resistência a vancomicina, a alguns [Beta]-lactâmicos, a sulfametoxol, a aminoglicosídeos, a nitrofuranos, a quinolonas e a colistina e susceptibilidade moderada a cloranfenicol, a tetraciclina, a cefalotina, a ampicilina e a eritromicina. L. delbrueckii UFV H2b20 é capaz de crescer em altas concentrações de peróxido de hidrogênio e inibição completa do crescimento só foi observada com 70 µg mL-1. Os efeitos de condições de estresse sobre a resistência a antimicrobianos foram determinados pela comparação da Concentração Inibitória Mínima (CIM), realizada pelo método de microdiluição em meio líquido, de células submetidas e de não submetidas às condições de estresse citadas. O choque térmico provocou efeitos diversos sobre a resistência a aminoglicosídeos e a [Beta]-lactâmicos, diminuiu a resistência a nitrofuranos e a tetraciclina e não alterou a resistência a cloranfenicol e a espiramicina. O choque ácido também provocou efeitos diferentes sobre a resistência a aminoglicosídeos e a [Beta]-lactâmicos, diminuiu a resistência a nitrofuranos e a tetraciclina, não alterou a CIM de cloranfenicol e aumentou a resistência a espiramicina. A exposição das células de L. delbrueckii UFV H2b20 a sais biliares provocou diminuição da CIM de quase todos os antimicrobianos testados, exceto furazolidona, sulfametoxol e ácido nalidíxico, que não tiveram a resistência alterada até a concentração máxima testada. A presença de peróxido de hidrôgenio provocou efeitos diferentes sobre a resistência a aminoglicosídeos, diminuiu a resistência a nitrofuranos, a [Beta]-lactâmicos, a tetraciclina e a espiramicina e aumentou a resistência a cloranfenicol. Os resultados demonstram ampla diversidade nas respostas ao choque térmico, ao choque ácido e ao peróxido de hidrogênio e similaridade na resposta à exposição das células de L. delbrueckii UFV H2b20 a sais biliares.
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Tipagem molecular e caracterização do potencial patogênico de linhagens de Yersinia enterocolitica biotipo 2 de origens diversas / Molecular typing and pathogenic potential characterization of Yersinia enterocolitica biotype 2 strains of diverse origins

Frazão, Miliane Rodrigues 06 November 2013 (has links)
Dentre as espécies do gênero Yersinia, Yersinia enterocolitica é a espécie mais prevalente como causa de doença em humanos e animais. Y. enterocolitica é dividida em seis biotipos. Os biotipos 1B, 2, 3, 4 e 5 compreendem linhagens associadas à doença em humanos e animais, enquanto o biotipo 1A consiste de linhagens consideradas não patogênicas. Apesar de Y. enterocolitica biotipo 2 ser de importância clínica, há uma escassez de estudos no país, o que dificulta avaliar o envolvimento dessa bactéria como causa de doença em humanos e em animais, bem como, determinar o impacto de sua presença no meio-ambiente. O objetivo deste trabalho foi investigar o potencial patogênico, determinar o perfil de suscetibilidade a antimicrobianos e verificar a diversidade genotípica de linhagens de Y. enterocolitica biotipo 2 isoladas no Brasil. Foram estudadas 40 linhagens de Y. enterocolitica biotipo 2, isoladas de humanos (5), ambiente (34) e animal (1), entre os anos de 1979 e 1998. Ademais, nas análises filogenéticas, foram acrescidas 26 linhagens de Y. enterocolitica pertencentes aos outros biotipos, com o intuito de comparar as linhagens de Y. enterocolitica biotipo 2 aos biotipos 1A, 1B, 3, 4 e 5. As linhagens de humanos e animal foram sensíveis a todos os 14 antimicrobianos testados. Dentre as 34 linhagens de ambiente, sete (20,6%) foram resistentes a um ou dois antimicrobianos, sendo esses, amicacina, cefoxitina, gentamicina, e sulfametoxazol - trimetoprima. Todas as linhagens apresentaram os genes inv, ail, ystA, hreP, tccC e myfA. Os genes fepD e fes foram detectados em 39 (97,5%) linhagens, o gene virF foi encontrado em três (7,5%) linhagens, os genes ystB e fepA não foram detectados em nenhuma linhagem. Todas as linhagens apresentaram comportamento relacionado à virulência frente aos testes fenotípicos de atividade da pirazinamidase, hidrólise da esculina e fermentação da salicina. O dendrograma de similaridade genética de Enterobacterial repetitive intergenic consensus PCR (ERIC-PCR) agrupou as linhagens de Y. enterocolitica biotipo 2 em cinco grupos denominados A, B, C, D e E. Todas as linhagens, com exceção de duas, apresentaram similaridade genética superior a 88,3%. O dendrograma de similaridade genética de Pulsed field gel electrophoresis (PFGE) agrupou as linhagens de Y. enterocolitica biotipo 2 em três grupos denominados I, J e K. A maioria das linhagens (72,5%) apresentou similaridade ii genética superior a 78,3%. O dendrograma de similaridade genética de Multilocus variable number tandem repeat analysis (MLVA) agrupou as linhagens de Y. enterocolitica biotipo 2 em dois grupos denominados O e P com similaridade genética superior a 37,7%. Pode-se concluir que o potencial patogênico das linhagens de Y. enterocolitica biotipo 2 foi evidenciado pela prevalência da maioria dos marcadores de virulência, bem como, pelo comportamento relacionado à virulência frente aos testes fenotípicos pesquisados. Algumas linhagens apresentaram-se resistentes a antimicrobianos de primeira escolha no tratamento de yersiniose, o que pode acarretar em falha terapêutica. Os resultados de ERIC-PCR e PFGE mostraram a alta similaridade entre as linhagens de Y. enterocolitica biotipo 2, sugerindo que as mesmas pouco se diferenciaram ao longo dos 19 anos e que possivelmente o meio ambiente tem sido uma fonte de contaminação para humanos e animais no Brasil. A técnica de MLVA agrupou as linhagens de Y. enterocolitica biotipo 2 quanto à sua origem e a técnica de ERIC-PCR agrupou as linhagens de Y. enterocolitica biotipos 1A, 1B, 2, 3, 4, e 5 quanto às diferentes patogenicidades características de cada biotipo. / Among the species of the genus Yersinia, Yersinia enterocolitica is the most prevalent species that cause illness in humans and animals. Y. enterocolitica is divided into six biotypes. Biotypes 1B, 2, 3, 4 e 5 comprise strains associated to illness in humans and animals, while biotype 1A comprise strains considered nonpathogenic. Despite of the fact that Y. enterocolitica biotype 2 is of clinical importance, there is a paucity of studies in this country, which makes difficult to assess the involvement of this bacteria as a cause of illness in humans and animals, as well as to determine the impact of its presence in the environment. The aim of this work was to investigate the pathogenic potential, to determine the antimicrobial resistance profile and to verify the genetic diversity of Y. enterocolitica biotype 2 strains isolated in Brazil. Forty strains of Y. enterocolitica biotype 2 isolated from humans (5), environment (34) and animal (1), between 1979 and 1998 were studied. Besides, in the phylogenetic analyzes it was added 26 Y. enterocolitica strains belonging to the other biotypes, in order to compare the Y. enterocolitica biotype 2 strains to biotypes 1A, 1B, 3, 4 e 5. Humans and animals strains showed susceptibility to all 14 antibiotics tested. Among the 34 environment strains, seven (20.6%) were resistant to one or two antibiotics used such as amikacin, cefoxitin, gentamicin and sulfamethoxazole-trimethoprim. All the strains presented the genes inv, ail, ystA, hreP, tccC and myfA. Genes fepD and fes were detected in 39 (97.5%) strains, virF was found in three (7.5%) strains, and ystB and fepA were not detected in any strains. All the strains exhibited behavior related to virulence against the phenotypic tests of pyrazinamidase activity, esculin hydrolysis and salicin fermentation. The dendrogram of genetic similarity of Enterobacterial repetitive intergenic consensus PCR (ERIC-PCR) grouped the Y. enterocolitica biotype 2 strains in five groups, designated A, B, C, D and E. All the strains, except two, showed a genetic similarity of more than 88.3%. The dendrogram of genetic similarity of Pulsed field gel electrophoresis (PFGE) grouped the Y. enterocolitica biotype 2 strains in three groups, designated I, J and K. The majority of the strains (72.5%) showed a genetic similarity of more than 78.3%. The dendrogram of genetic similarity of Multilocus variable number tandem repeat analysis (MLVA) grouped the Y. enterocolitica iv biotype 2 strains in two groups, designated O and P with a genetic similarity of more than 37.7%. It is possible to conclude that the pathogenic potential of the Y. enterocolitica biotype 2 strains was highlighted by the prevalence of the majority of the virulence markers searched, as well as by the behavior related to virulence against the phenotypic tests. Some strains were resistant to antimicrobials that are the first choice for yersiniosis treatment, which can result in therapeutic failure. The results of ERIC-PCR and PFGE showed a high genetic similarity between the Y. enterocolitica biotype 2 strains, suggesting that the strains differed little over 19 years, and that the environment has been possibly a source of humans and animals infections in Brazil. The MLVA technique grouped the Y. enterocolitica biotype 2 strains according their origins, and the ERIC-PCR technique grouped the Y. enterocolitica biotypes 1A, 1B, 2, 3, 4 and 5 strains according to the different pathogenicity characteristics of each biotype.
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Análise do potencial patogênico, diversidade genotípica e perfil de resistência de linhagens de Shigella sonnei isoladas de 1983 a 2014 no Estado de São Paulo / Analysis of the potential pathogenic, genotypic diversity and resistance profile of Shigella sonnei strains isolated from 1983 to 2014 in the State of São Paulo

Seribelli, Amanda Aparecida 19 December 2016 (has links)
Shigella spp. está entre as quatro bactérias mais isoladas de fezes diarreicas no Brasil. No mundo cerca de 164,7 milhões de casos de shigelose ocorrem anualmente, sendo a maioria em países em desenvolvimento. O gênero Shigella spp. possui quatro espécies, sendo Shigella sonnei e Shigella flexneri as espécies mais frequentemente isoladas no Brasil e no mundo. O monitoramento de linhagens resistentes de Shigella spp. é essencial, pois este garante uma terapia eficiente quando necessária. Especificamente, a maioria dos estudos realizados com linhagens de S. sonnei no país verificaram apenas a ocorrência dessa e há poucos estudos que investigaram o potencial patogênico e a diversidade genotípica dessa espécie. Os objetivos desse projeto foram analisar o potencial patogênico, o perfil de resistência a antimicrobianos e a diversidade genotípica de linhagens de S. sonnei isoladas durante três décadas no Estado de São Paulo. No total foram caracterizadas 72 linhagens de S. sonnei isoladas de humanos, entre os anos de 1983 a 2014, quanto à presença de 12 genes de virulência por PCR, perfil de suscetibilidade frente a 16 antimicrobianos por disco difusão e tipagem molecular por Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE), Enterobacterial repetitve intergenic consensus PCR (ERIC-PCR), Multiple-locus variable-number tandem-repeat analysis (MLVA) e 20 linhagens tipadas por Multi-locus sequence typing (MLST). Todas as linhagens apresentaram os genes de virulência ipaH, iuc e sigA. O gene ipaBCD foi encontrado em 14 (19%) linhagens, os genes ial e virF em 13 (18%) linhagens e o gene sen em sete (10%) linhagens. Os genes set1A, set1B, pic, sat e sepA não foram detectados. As mais altas taxas de resistência foram frente à sulfametoxazol-trimetoprim encontrada em 42 (58,3%) linhagens e frente à tetraciclina encontrada em 30 (41,6%) linhagens. Onze (15,5%) linhagens foram resistentes à ampicilina e piperacilina. Três (4,2%) linhagens foram resistentes à cefotaxima. Três (4,2%) linhagens foram resistentes ao cloranfenicol. Duas (2,8%) linhagens foram resistentes à ampicilina-sulbactam. Duas (2,8%) linhagens foram resistentes ao ácido nalidíxico. Uma (1,4%) linhagem foi resistente à amoxicilina-ácido clavulânico. Cinco (7%) linhagens foram multidroga resistentes (MDR). O dendrograma gerado pelo PFGE agrupou as 72 linhagens de S. sonnei em dois clusters designados PFGE-A e PFGE-B. O cluster PFGE-A agrupou 39 linhagens isoladas entre 1983-2014 com uma similaridade >=73,6% e mais especificamente 35 dessas linhagens apresentaram uma similaridade >=80,3%. O cluster PFGE-B agrupou 33 linhagens de S. sonnei isoladas entre 1984-2014 com uma similaridade >=74,7% e 27 dessas linhagens exibiram uma similaridade >=83,0%. Similarmente, o dendrograma gerado pelo ERIC-PCR agrupou as 72 linhagens de S. sonnei em dois clusters designados ERIC-A e ERIC-B. O cluster ERIC-A agrupou 37 linhagens isoladas entre 1983-2014 que exibiram uma similaridade >=78,8% e mais especificamente 36 dessas linhagens apresentaram uma similaridade >=82,3%. O cluster ERIC-B agrupou 34 linhagens de S. sonnei isoladas entre 1987-2014 que exibiram uma similaridade >=84,0%. Também por MLVA as linhagens foram agrupadas em dois clusters designados MLVA-A e MLVA-B. O cluster MLVA-A agrupou 31 linhagens isoladas entre 1983-2014 com uma similaridade >=40%. O cluster MLVA-B agrupou 41 linhagens isoladas entre 1983-2014 com uma similaridade >=21,6%. Todas as 20 S. sonnei foram tipadas por MLST como ST152. Conclui-se que o potencial patogênico das linhagens estudadas foi destacado pela presença de importantes genes de virulência. A alta porcentagem de resistência para alguns antimicrobianos testados, tais como, sulfametoxazol-trimetoprim e tetraciclina é preocupante e pode levar à falha terapêutica. Os resultados da tipagem molecular sugerem que existam dois subtipos prevalentes nas linhagens de S. sonnei estudadas que se diferenciaram pouco geneticamente e contaminaram humanos durante 31 anos na região metropolitana de Ribeirão Preto no Estado de São Paulo. O resultado do MLST indica que as linhagens estudadas de Shigella sonnei isoladas no Brasil descendem de um precursor comum / Shigella spp. is among the four most isolated bacteria from diarrheal faeces in Brazil. In the world about 164.7 million cases of shigellosis occur annually, mostly in developing countries. The genus Shigella spp. comprises four species, being Shigella sonnei and Shigella flexneri the most frequently isolated species in Brazil and worldwide. The monitoring of resistant strains of Shigella spp. is essential and ensures an effective therapy when necessary. Specifically, the majority of the studies with S. sonnei performed in the country verified only the occurrence of this bacterium and there are few studies that investigated the pathogenic potential and genotypic diversity of this species. The aims of this project were to analyze the pathogenic potential, antimicrobial resistance profile and genotypic diversity of S. sonnei strains isolated during three decades in the State of São Paulo. In total, 72 of S. sonnei strains isolated from humans, between the years 1983-2014, were characterized for the presence of 12 virulence genes by PCR, resistance profile against 16 antimicrobials by disk diffusion and molecular typing by Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE), Enterobacterial repetitve intergenic consensus PCR (ERIC-PCR), Multiple-locus variable-number tandem-repeat analysis (MLVA) and 20 strains typed by Multi-locus sequence typing (MLST). All the strains contained the ipaH, iuc and sigA genes. The ipaBCD gene was detected in 14 (19%) strains, the ial and virF genes in 13 (18%) strains and the sen gene in seven (10%) strains. The set1A, set1B, pic, sepA and sat genes were not detected. The highest resistance rates were against trimethoprim-sulfamethoxazole found in 42 (58.3%) strains and against tetracycline found in 30 (41.6%) strains. Eleven (15.5%) strains were resistant to ampicillin and piperacillin. Three (4.2%) strains were resistant to cefotaxime. Three (4.2%) strains were resistant to chloramphenicol. Two (2.8%) strains were resistant to ampicillin-sulbactam. Two (2.8%) strains were resistant to nalidixic acid. One (1.4%) strain was resistant to amoxicillin-clavulanic acid. Five (7%) strains were multidrug resistant (MDR). The dendrogram generated by PFGE grouped the 72 S. sonnei strains into two clusters designated PFGE-A and PFGE-B. The PFGE-A cluster comprised, 39 S. sonnei strains isolated between 1983 and 2014 with a similarity above 73.6% and more specifically 35 of those strains exhibited a similarity >= 80.3%. The PFGE-B cluster grouped, 33 S. sonnei strains isolated between 1984 and 2014 with a similarity above 74.7%, and 27 of those strains exhibited a similarity above 83.0.Similarly, the dendrogram generated by ERIC-PCR grouped the 72 S. sonnei strains into two clusters designated ERIC-A and ERIC-B. The ERIC-A cluster comprised, 37 S. sonnei strains isolated between 1983 and 2014 that exhibited a similarity above 78.8% and specifically 36 strains of those exhibited a similarity >= 82.3%. The ERIC-B cluster grouped, 34 S. sonnei strains isolated between 1987 and 2014 that exhibited a similarity above 84.0%. Also, by MLVA strains were grouped into two clusters designated MLVA-A and MLVA-B. The MLVA-A cluster comprised 31 strains isolated between 1983 and 2014 with a similarity >=40%. The MLVA-B cluster comprised 41 strains isolated between 1983 and 2014 with a similarity >=21.6%. All the 20 S. sonnei were typed by MLST as ST152. In conclusion, the possible pathogenic potential of the strains studied was highlighted by the presence of important virulence genes. The high percentage of resistance to some of the antimicrobials tested such as trimethoprim-sulfamethoxazole and tetracycline is worrying and may lead to therapeutic failure. Molecular typing results may suggest that there are two prevalent subtypes of S. sonnei strains studied that differed little genetically and have been contaminating humans over 31 years in the metropolitan region of Ribeirão Preto in the São Paulo State in Brazil. The result of MLST indicates that the Shigella sonnei strains studied isolated in Brazil descended from a common precursor
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Eficácia de sanitizantes e susceptibilidade antimicrobiana de Salmonella Heidelberg isoladas de fontes avícolas em 2006 e 2016

Bassani, Juliana January 2017 (has links)
O Brasil é hoje o segundo maior produtor de carne de frango do mundo e o primeiro país exportador, o que faz com que as criações avícolas necessitem de um criterioso programa de biosseguridade a fim de impedir o surgimento de patógenos que possam causar danos aos plantéis e ao produto final. Neste cenário, tem fundamental importância a Salmonella e, mais recentemente, a Salmonella Heidelberg por sua alta prevalência e importância frente a casos de saúde pública, principalmente no que diz respeito à resistência a sanitizantes e antimicrobianos. A dificuldade no combate e eliminação desse patógeno em toda a cadeia avícola, seu potencial zoonótico e aumento de resistência a antimicrobianos motivou a realização deste trabalho. Portanto, os objetivos foram comparar 20 isolados de S. Heidelberg do ano de 2006 e 20 isolados do ano de 2016, testando-os quanto à eficácia de dois sanitizantes, hipoclorito de sódio (concentrações 0,5% e 1,0%) e cloreto de benzalcônio (concentrações 100 ppm e 200 ppm), em temperatura de 25°C e 12°C e tempos de contato de 5 e 15 minutos. Ainda, foi determinada a Concentração Inibitória Mínima (MIC) dos antimicrobianos ácido nalidíxico, ciprofloxacina, cloranfenicol, enrofloxacina, gentamicina e tetraciclina, além de verificar a presença de isolados multirresistentes. O teste de suspensão por diluição dos sanitizantes revelou que, nas duas concentrações utilizadas, independentemente do ano de isolamento, o hipoclorito de sódio se mostrou mais eficiente do que o cloreto de benzalcônio, eliminando 100% dos isolados com tempo de contato de 15 minutos. Por outro lado, o cloreto de benzalcônio, mesmo na maior concentração e tempo de contato, não foi totalmente eficiente para os isolados de 2006 e 2016. O cloreto de benzalcônio foi mais eficiente a 25°C do que a 12°C, em ambos os períodos e, quando comparados os anos, os isolados de 2016 foram mais resistentes ao cloreto de benzalcônio a 200 ppm, 25°C e tempo de contato de 5 minutos. Nos teste de MIC, quando comparados os dois períodos, 2006 e 2016, houve aumento significativo de isolados categorizados como nWT à tetraciclina, passando de 5% em 2006 para 75% em 2016. Nos dois períodos foi observada uma alta taxa de isolados nWT para ácido nalidíxico (50% e 65%), porém, todos os isolados foram categorizados como WT ao cloranfenicol e à enrofloxacina. Dentre os isolados de 2016, 5 (25%) apresentaram fenótipo de multirresistência. Os isolados sensíveis a todos os antimicrobianos totalizaram 40% para 2006 e 20% para 2016. Os resultados encontrados demonstram que há progressão da resistência de S. Heidelberg aos antimicrobianos com o passar do tempo, o que implica no aparecimento de isolados multirresistentes. Ações devem ser tomadas com o intuito de incentivar o uso prudente desses fármacos na medicina humana e, principalmente, em qualquer que seja a área de produção animal. / Brazil is now the second largest producer of chicken meat in the world and the first exporting country, which means that poultry farms need a careful biosecurity program to prevent the emergence of pathogens that can cause damage to the farms and to the final product. In this scenario, Salmonella Heidelberg plays a fundamental role because of its high prevalence and significance in public health cases, especially with regard to resistance to sanitizers and antimicrobials. Motivated by the difficulty in eliminating this pathogen throughout the poultry chain, its zoonotic potential and increased antimicrobial resistance, this study aimed to compare 20 isolates of S. Heidelberg from the year 2006 and 20 isolates from the year 2016. The isolates were tested against the efficacy of two sanitizers, sodium hypochlorite (0.5% and 1.0% concentrations) and benzalkonium chloride (concentrations of 100 ppm and 200 ppm), at 25°C and 12°C, and contact times of 5 and 15 minutes. In addition, the Minimal Inhibitory Concentration (MIC) of the antimicrobials nalidixic acid, ciprofloxacin, chloramphenicol, enrofloxacin, gentamicin and tetracycline were determined, as well as the presence of multiresistant isolates. The dilution suspension test of the sanitizers revealed that in the two concentrations used, sodium hypochlorite was more efficient than benzalkonium chloride, eliminating 100% of the isolates with a contact time of 15 minutes, regardless of the year of isolation. On the other hand, benzalkonium chloride, even at the highest concentration and contact time, was not fully efficient for the isolates of 2006 and 2016. Benzalkonium chloride was more efficient at 25°C than at 12°C in both periods. When the years were compared, the isolates from 2016 were more resistant to benzalkonium chloride at 200 ppm, 25°C and contact time of 5 minutes. In the MIC tests, when comparing the two periods of 2006 and 2016, there was a significant increase of isolates categorized as nWT to tetracycline, from 5% to 75%. In both periods, a high rate of nWT isolates for nalidixic acid (50% and 65%) was observed. All isolates were categorized as WT to chloramphenicol and 5nrofloxacina. Among the isolates from 2016, five (25%) had a multidrug resistance phenotype. Forty percent of isolates from 2006 and 20% from 2016 were sensitive to all antimicrobials tested. The results show that there is progression of resistance of S. Heidelberg to antimicrobials over time, which implies the appearance of multiresistant isolates. Actions should be taken in order to encourage the prudent use of these drugs in human medicine and veterinary.
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Perfil de suscetibilidade a antimicrobianos de isolados históricos de Staphylococcus hyicus comparado com isolados contemporâneos / Antimicrobial susceptibility profile of historical Staphylococcus hyicus isolates compared to recent isolates

Andrade, Mariana Roque de January 2013 (has links)
O presente estudo teve o objetivo de avaliar o perfil de sensibilidade in vitro de 171 isolados de Staphylococcus hyicus a nove antimicrobianos utilizados na suinocultura. A coleta das amostras foi realizada através de suabes de pele de leitões das fases de maternidade e creche provenientes de casos de epidermite exsudativa. As amostras foram submetidas ao isolamento e identificação e compreenderam dois grupos, classificadas de acordo com o período em que foram coletadas. O primeiro grupo foi formado por amostras históricas (80 isolados) provenientes de estudos anteriores entre 1975 a 1984 no Rio Grande do Sul, e mantidos liofilizados no laboratório de sanidade do Setor de Suínos (FAVET-UFRGS), e o segundo grupo (91 isolados) coletados no ano de 2012 nos estados do Rio Grande do Sul, Santa Catarina, Paraná e Minas Gerais. A realização do teste de susceptibilidade foi feita utilizando a técnica de diluição em ágar conforme protocolo M31-A3 do CLSI. Através de valores de Concentração Inibitória Mínima (CIM), foi obtido o perfil quantitativo de resistência em relação a nove antimicrobianos utilizados na suinocultura. A análise estatística possibilitou a avaliação de mudanças entre os dois grupos de amostras isoladas em diferentes épocas. Os resultados obtidos nesse estudo revelaram que para todas as cepas obtidas os beta-lactâmicos (ceftiofur e amoxicilina) foram os antimicrobianos mais ativos, com CIM para 90% dos isolados históricos (CIM90) de 0.5 μg/mL e 2.0 μg/mL para isolados recentes. A lincomicina, sulfametoxazol e tilmicosina foram os antimicrobianos menos ativos, com CIM90 variando de 128 a 256 μg/mL. O aumento na resistência entre o grupo de amostras históricas e recentes foi observado em seis dos nove antimicrobianos testados (amoxicilina, enrofloxacina, florfenicol, lincomicina, tilmicosina e tiamulina), em particular para a enrofloxacina e tiamulina. No caso do sulfametoxazole e tetraciclina, não foram observadas diferenças significativas na resistência, entretanto altos valores de CIM foram observados nos dois grupos avaliados (p<0,05). / This study was performed to evaluate the "in vitro" susceptibility profile of 171 Staphylococcus hyicus isolates from cases of exudative epidermitis to nine antibiotics used in pig production. Sample consisted of skin swabs from weanling and nursery piglets from farms suspected of exudative epidermitis. Samples were processed for bacterial isolation and identification and divided in two groups, according to the time of collection. The first group comprised historical samples (80 isolates) from previous studies (1975-1984) conducted in the state of Rio Grande do Sul, and stocked lyophilized in Swine Health Lab (FAVET-UFRGS), and the other group (91 isolates) formed by isolates collected in 2012 in the states of Rio Grande do Sul, Santa Catarina, Paraná and Minas Gerais, Brazil. The test was carried out using agar dilution protocol, according to M31-A3 CLSI. Through Minimal Inhibitory Concentrations (MIC) data, analysis was performed to get a quantitative profile of resistance to antimicrobials. Statistical analysis was performed to evaluate changes in resistance between the groups studied. Results showed that beta-lactam (ceftiofur and amoxicillin) were the most active antimicrobials for all strains tested, with the lowest MIC for inhibition of 90% of isolates (MIC90) of 0.5 μg/ml for historical isolates and of 2.0 μg/ml for recent isolates. Lincomycin, sulfamethoxazole and tilmicosin were the less active antimicrobials, with MIC90 varying from 128 to 256 μg/ml. Significant increase in resistance between historical and recent strains was observed for six out of nine antimicrobials tested (amoxicillin, enrofloxacin, florfenicol, lincomycin, tilmicosin and tiamulin), in particular for enrofloxacin e tiamulin. For sulfamethoxazole and tetracycline there was no significant differences in resistance between strains collected in different periods, however high MIC values were observed for these drugs.
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Perfil de suscetibilidade a antimicrobianos de isolados históricos de Staphylococcus hyicus comparado com isolados contemporâneos / Antimicrobial susceptibility profile of historical Staphylococcus hyicus isolates compared to recent isolates

Andrade, Mariana Roque de January 2013 (has links)
O presente estudo teve o objetivo de avaliar o perfil de sensibilidade in vitro de 171 isolados de Staphylococcus hyicus a nove antimicrobianos utilizados na suinocultura. A coleta das amostras foi realizada através de suabes de pele de leitões das fases de maternidade e creche provenientes de casos de epidermite exsudativa. As amostras foram submetidas ao isolamento e identificação e compreenderam dois grupos, classificadas de acordo com o período em que foram coletadas. O primeiro grupo foi formado por amostras históricas (80 isolados) provenientes de estudos anteriores entre 1975 a 1984 no Rio Grande do Sul, e mantidos liofilizados no laboratório de sanidade do Setor de Suínos (FAVET-UFRGS), e o segundo grupo (91 isolados) coletados no ano de 2012 nos estados do Rio Grande do Sul, Santa Catarina, Paraná e Minas Gerais. A realização do teste de susceptibilidade foi feita utilizando a técnica de diluição em ágar conforme protocolo M31-A3 do CLSI. Através de valores de Concentração Inibitória Mínima (CIM), foi obtido o perfil quantitativo de resistência em relação a nove antimicrobianos utilizados na suinocultura. A análise estatística possibilitou a avaliação de mudanças entre os dois grupos de amostras isoladas em diferentes épocas. Os resultados obtidos nesse estudo revelaram que para todas as cepas obtidas os beta-lactâmicos (ceftiofur e amoxicilina) foram os antimicrobianos mais ativos, com CIM para 90% dos isolados históricos (CIM90) de 0.5 μg/mL e 2.0 μg/mL para isolados recentes. A lincomicina, sulfametoxazol e tilmicosina foram os antimicrobianos menos ativos, com CIM90 variando de 128 a 256 μg/mL. O aumento na resistência entre o grupo de amostras históricas e recentes foi observado em seis dos nove antimicrobianos testados (amoxicilina, enrofloxacina, florfenicol, lincomicina, tilmicosina e tiamulina), em particular para a enrofloxacina e tiamulina. No caso do sulfametoxazole e tetraciclina, não foram observadas diferenças significativas na resistência, entretanto altos valores de CIM foram observados nos dois grupos avaliados (p<0,05). / This study was performed to evaluate the "in vitro" susceptibility profile of 171 Staphylococcus hyicus isolates from cases of exudative epidermitis to nine antibiotics used in pig production. Sample consisted of skin swabs from weanling and nursery piglets from farms suspected of exudative epidermitis. Samples were processed for bacterial isolation and identification and divided in two groups, according to the time of collection. The first group comprised historical samples (80 isolates) from previous studies (1975-1984) conducted in the state of Rio Grande do Sul, and stocked lyophilized in Swine Health Lab (FAVET-UFRGS), and the other group (91 isolates) formed by isolates collected in 2012 in the states of Rio Grande do Sul, Santa Catarina, Paraná and Minas Gerais, Brazil. The test was carried out using agar dilution protocol, according to M31-A3 CLSI. Through Minimal Inhibitory Concentrations (MIC) data, analysis was performed to get a quantitative profile of resistance to antimicrobials. Statistical analysis was performed to evaluate changes in resistance between the groups studied. Results showed that beta-lactam (ceftiofur and amoxicillin) were the most active antimicrobials for all strains tested, with the lowest MIC for inhibition of 90% of isolates (MIC90) of 0.5 μg/ml for historical isolates and of 2.0 μg/ml for recent isolates. Lincomycin, sulfamethoxazole and tilmicosin were the less active antimicrobials, with MIC90 varying from 128 to 256 μg/ml. Significant increase in resistance between historical and recent strains was observed for six out of nine antimicrobials tested (amoxicillin, enrofloxacin, florfenicol, lincomycin, tilmicosin and tiamulin), in particular for enrofloxacin e tiamulin. For sulfamethoxazole and tetracycline there was no significant differences in resistance between strains collected in different periods, however high MIC values were observed for these drugs.
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Eficácia de sanitizantes e susceptibilidade antimicrobiana de Salmonella Heidelberg isoladas de fontes avícolas em 2006 e 2016

Bassani, Juliana January 2017 (has links)
O Brasil é hoje o segundo maior produtor de carne de frango do mundo e o primeiro país exportador, o que faz com que as criações avícolas necessitem de um criterioso programa de biosseguridade a fim de impedir o surgimento de patógenos que possam causar danos aos plantéis e ao produto final. Neste cenário, tem fundamental importância a Salmonella e, mais recentemente, a Salmonella Heidelberg por sua alta prevalência e importância frente a casos de saúde pública, principalmente no que diz respeito à resistência a sanitizantes e antimicrobianos. A dificuldade no combate e eliminação desse patógeno em toda a cadeia avícola, seu potencial zoonótico e aumento de resistência a antimicrobianos motivou a realização deste trabalho. Portanto, os objetivos foram comparar 20 isolados de S. Heidelberg do ano de 2006 e 20 isolados do ano de 2016, testando-os quanto à eficácia de dois sanitizantes, hipoclorito de sódio (concentrações 0,5% e 1,0%) e cloreto de benzalcônio (concentrações 100 ppm e 200 ppm), em temperatura de 25°C e 12°C e tempos de contato de 5 e 15 minutos. Ainda, foi determinada a Concentração Inibitória Mínima (MIC) dos antimicrobianos ácido nalidíxico, ciprofloxacina, cloranfenicol, enrofloxacina, gentamicina e tetraciclina, além de verificar a presença de isolados multirresistentes. O teste de suspensão por diluição dos sanitizantes revelou que, nas duas concentrações utilizadas, independentemente do ano de isolamento, o hipoclorito de sódio se mostrou mais eficiente do que o cloreto de benzalcônio, eliminando 100% dos isolados com tempo de contato de 15 minutos. Por outro lado, o cloreto de benzalcônio, mesmo na maior concentração e tempo de contato, não foi totalmente eficiente para os isolados de 2006 e 2016. O cloreto de benzalcônio foi mais eficiente a 25°C do que a 12°C, em ambos os períodos e, quando comparados os anos, os isolados de 2016 foram mais resistentes ao cloreto de benzalcônio a 200 ppm, 25°C e tempo de contato de 5 minutos. Nos teste de MIC, quando comparados os dois períodos, 2006 e 2016, houve aumento significativo de isolados categorizados como nWT à tetraciclina, passando de 5% em 2006 para 75% em 2016. Nos dois períodos foi observada uma alta taxa de isolados nWT para ácido nalidíxico (50% e 65%), porém, todos os isolados foram categorizados como WT ao cloranfenicol e à enrofloxacina. Dentre os isolados de 2016, 5 (25%) apresentaram fenótipo de multirresistência. Os isolados sensíveis a todos os antimicrobianos totalizaram 40% para 2006 e 20% para 2016. Os resultados encontrados demonstram que há progressão da resistência de S. Heidelberg aos antimicrobianos com o passar do tempo, o que implica no aparecimento de isolados multirresistentes. Ações devem ser tomadas com o intuito de incentivar o uso prudente desses fármacos na medicina humana e, principalmente, em qualquer que seja a área de produção animal. / Brazil is now the second largest producer of chicken meat in the world and the first exporting country, which means that poultry farms need a careful biosecurity program to prevent the emergence of pathogens that can cause damage to the farms and to the final product. In this scenario, Salmonella Heidelberg plays a fundamental role because of its high prevalence and significance in public health cases, especially with regard to resistance to sanitizers and antimicrobials. Motivated by the difficulty in eliminating this pathogen throughout the poultry chain, its zoonotic potential and increased antimicrobial resistance, this study aimed to compare 20 isolates of S. Heidelberg from the year 2006 and 20 isolates from the year 2016. The isolates were tested against the efficacy of two sanitizers, sodium hypochlorite (0.5% and 1.0% concentrations) and benzalkonium chloride (concentrations of 100 ppm and 200 ppm), at 25°C and 12°C, and contact times of 5 and 15 minutes. In addition, the Minimal Inhibitory Concentration (MIC) of the antimicrobials nalidixic acid, ciprofloxacin, chloramphenicol, enrofloxacin, gentamicin and tetracycline were determined, as well as the presence of multiresistant isolates. The dilution suspension test of the sanitizers revealed that in the two concentrations used, sodium hypochlorite was more efficient than benzalkonium chloride, eliminating 100% of the isolates with a contact time of 15 minutes, regardless of the year of isolation. On the other hand, benzalkonium chloride, even at the highest concentration and contact time, was not fully efficient for the isolates of 2006 and 2016. Benzalkonium chloride was more efficient at 25°C than at 12°C in both periods. When the years were compared, the isolates from 2016 were more resistant to benzalkonium chloride at 200 ppm, 25°C and contact time of 5 minutes. In the MIC tests, when comparing the two periods of 2006 and 2016, there was a significant increase of isolates categorized as nWT to tetracycline, from 5% to 75%. In both periods, a high rate of nWT isolates for nalidixic acid (50% and 65%) was observed. All isolates were categorized as WT to chloramphenicol and 5nrofloxacina. Among the isolates from 2016, five (25%) had a multidrug resistance phenotype. Forty percent of isolates from 2006 and 20% from 2016 were sensitive to all antimicrobials tested. The results show that there is progression of resistance of S. Heidelberg to antimicrobials over time, which implies the appearance of multiresistant isolates. Actions should be taken in order to encourage the prudent use of these drugs in human medicine and veterinary.

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