Salmonella enterica subsp. enterica (S.) é considerada umas das causas mais comuns de doenças transmitidas por alimentos e a carne suína é responsável por um número significativo de casos de salmonelose humana. Além do risco apresentado por Salmonella como patógeno transmitido por alimentos, existe a preocupação mundial com a emergência de cepas resistentes a múltiplos agentes antimicrobianos. Esta tese compreende três estudos que visam determinar as bases fenotípicas e genotípicas da resistência aos agentes antimicrobianos entre isolados de Salmonella obtidos em diferentes etapas da cadeia produtiva de suínos. Um total de 225 isolados obtidos de fábricas de ração, ambiente, carcaças e conteúdo intestinal de suínos foram submetidos ao teste de suscetibilidade frente a doze agentes antimicrobianos através da técnica de disco difusão. A concentração inibitória mínima (MIC) para a ciprofloxacina foi avaliada através da técnica de diluição em ágar e genes de resistência a antimicrobianos foram investigados através da Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) [Capítulo 2]. Resistência a, pelo menos, um agente antimicrobiano foi observada em 76 % dos isolados testados e multi-resistência foi encontrada em 40,4 % dos isolados. A resistência ocorreu mais frequentemente à tetraciclina (54,5 %), sulfonamidas (39,6 %) e estreptomicina (33,7 %). A reduzida suscetibilidade à ciprofloxacina foi observada em 94,1 % dos isolados resistentes ao ácido nalidíxico. Foi possível observar que isolados de ambiente, conteúdo intestinal e carcaças apresentaram perfis genotípicos comuns. Vinte e sete isolados multi-resistentes de S. Derby foram investigados quanto a sua relação genética através da técnica de macro-restrição do DNA total, genes de resistência e presença de integrons de classe 1 e 2 através da PCR [Capítulo 3]. Mesmo sendo provenientes de diferentes abatedouros, os isolados foram indistinguíveis em seus perfis fenotípicos e genotípicos de resistência e perfil de macro-restrição. Eles carreavam cassetes gênicos associados a integrons de classe 1 com uma nova variante do gene aadA, denominada aadA26, conferindo resistência à estreptomicina e espectinomicina. Os integrons de classe 1 foram identificados supostamente no cromossomo de S. Derby, uma vez que a hibridização não revelou sinal quando DNA plasmidial foi utilizado como alvo. A análise das sequências que flanqueiam o cassete gênico e a amplificação do gene merA sugerem a localização em elementos transponíveis da família Tn21. Quarenta e cinco isolados multi-resistentes de S. Typhimurium foram analisados quanto a sua relação genética através da técnica de macro-restrição do DNA total. Genes de resistência, integrons e genes plasmidiais mediando resistência adquirida às quinolonas (PMQR) foram investigados por PCR. Os amplicons da região variável dos integrons e da região determinante de resistência às quinolonas (QRDR) foram sequenciados. Os plasmídeos foram caracterizados por lise alcalina, conjugação e identificação dos grupos de incompatibilidade [Capítulo 4]. Isolados multi-resistentes de S. Typhimurium apresentaram variabilidade em sua estrutura genômica e perfis fenotípicos e genotípicos de resistência. Apenas substituições únicas foram observadas em QRDR do gene gyrA e PMQR não foram encontrados. Integron de classe 1 abrigando o cassete gênico aadA ou um integron de classe 1 atípico com o cassete gênico dfrA12-orfF-aadA27 foram caracterizados. Ambos foram localizados em grandes plasmídeos conjugativos. Os genes de virulência plasmidiais de Salmonella spvR, spvA, spvB, rck e pefA foram identificados em um plasmídeo de resistência IncFIB. Os estudos realizados permitem concluir que cepas originárias de animais e carcaças apresentaram maior frequência de resistência quando comparadas com cepas de fábrica de ração, demonstrando que cepas resistentes selecionadas na granja podem chegar ao produto final e suínos podem servir como reservatórios de cepas multi-resistentes de Salmonella para humanos. Nesse sentido, a localização de genes de resistência em elementos genéticos móveis contribui para a manutenção e disseminação da resistência em isolados de Salmonella provenientes da cadeia produtiva de suínos. / Salmonella enterica subsp. enterica (S.) is considered one of the most common causes of food-borne diseases and pork has been associated with a significant number of human cases of salmonellosis. Additionally to the risk presented by Salmonella as a food-borne pathogen, there is a global concern about the emergence of antimicrobial multi-resistant isolates. This thesis comprises three studies that aimed to determine the phenotypic and genotypic basis of antimicrobial resistance among Salmonella isolates from different steps of the swine production system. A total of 225 Salmonella isolates from feed mills, lairage environment, carcasses and intestinal content of the pigs were tested for antimicrobial susceptibility against twelve different antimicrobial agents by agar disc diffusion. The minimum inhibitory concentration (MIC) for ciprofloxacin was screened by agar dilution and antimicrobial resistance genes were investigated by Polymerase Chain Reaction (PCR) assays [Chapter 2]. Among tested isolates, 76 % showed resistance to at least one antimicrobial agent and 40.4 % were multi-resistant. Resistance occurred most frequently to tetracycline (54.5 %), sulphonamides (39.6 %) and streptomycin (33.7 %). Thirty-two (94.1 %) nalidixic acid-resistant isolates exhibited decreased susceptibility to ciprofloxacin. It was observed that strains from lairage, carcasses and intestinal contents displayed common resistance gene profiles. Twenty-seven multi-resistant S. Derby were investigated for their molecular relationships by macrorestriction analysis, genotypic resistance and presence of the class 1 and 2 integrons by PCR assays [Chapter 3]. The isolates from different slaughterhouses displayed the same phenotypic and genotypic resistance, as well as indistinguishable macrorestriction pattern. They carried class 1 integron-associated gene cassette with a new aadA variant, designated aadA26, encoding for streptomycin and spectinomycin resistance. Since the hybridization experiments did not yield signals when using plasmid DNA as targets, the class 1 integrons are supposed to be located in the chromosomal DNA of S. Derby. The sequence of the flanking regions of this gene cassette and the amplification of the merA gene may indicate the location of the class 1 integron into a Tn21-related transposon. Forty-five multi-resistant S. Typhimurium isolates were analysed for their molecular relationships by macrorestriction analysis. Resistance genes, integrons and plasmid-mediated quinolone resistance genes (PMQR) were identified by PCR. Amplicons for the variable part of class 1 integrons and from the quinolone resistance-determining regions (QRDR) were sequenced. Plasmids were characterized by alkaline lysis, conjugation and replicon typing [Chapter 4]. Multiresistant S. Typhimurium isolates showed high variability in their genomic structure and resistance properties. Only single substitutions were found in the QRDR of gyrA and no PMQR were found. Class 1 integron with aadA23 gene cassette or an unusual integron carrying dfrA12-orfF-aadA27 gene cassette were characterized. Both located on large and conjugative plasmids. Salmonella plasmid-located virulence genes spvR, spvA, spvB, rck and pefA were found on a multi-resistance IncFIB plasmid. The studies conducted demonstrate that strains from pigs and carcasses displayed higher resistance frequency to most antimicrobial tested compared with isolates from feed mills, demonstrating that resistance genes selected on farm can be found in pork and pigs may serve as reservoirs of multi-resistant Salmonella strains. In this sense, the location of resistance genes on mobile genetic elements contributes to the maintenance and spread of antimicrobial resistance among Salmonella isolates from swine production systems.

As doenças transmitidas por alimentos provocam perdas humanas, sociais e econômicas, sendo que, para a prevenção de suas ocorrências, a higienização (limpeza e desinfecção) do ambiente de processamento e manipulação é procedimento de relevante importância. Para promover a segurança microbiológica dos alimentos, os compostos inorgânicos liberadores de cloro livre estão entre os desinfetantes químicos mais utilizados. No entanto, as evidências indicam que não há agente químico antimicrobiano frente aos quais os microrganismos não apresentem ou não possam ser selecionados por algum grau de resistência. Para obter dados sobre a ação do cloro como barreira sanitária, o objetivo deste trabalho foi o de verificar, frente ao hipoclorito de sódio, a sensibilidade de 32 amostras de Staphylococcus aureus isoladas no IPB/LACEN/RS de alimentos envolvidos em surtos de DTA entre os anos 2002 e 2006. Através do teste de suspensão, simularam-se condições de uso: concentração de 200 ppm de cloro livre, na ausência e na presença de matéria orgânica (1% de leite U.H.T. integral); subconcentração de 100 ppm de cloro livre; e quatro tempos de contato (5, 10, 15 e 30 minutos). A 200 ppm, na ausência de matéria orgânica, as 32 amostras foram sensíveis, sendo que, aos 10 minutos, 31 delas já estavam inativadas. A 200 ppm, na presença de matéria orgânica, mesmo aos 30 minutos de contato, 27 foram resistentes. Com 100 ppm de cloro livre, foram necessários 30 minutos de contato para que 24 amostras apresentassem sensibilidade. Concluiu-se que a sensibilidade das amostras foi influenciada pela concentração, pela presença de matéria orgânica e pelo tempo de contato. Considerando as condições do experimento quanto à efetividade do cloro como barreira sanitária em DTA, frente ao Staphylococcus aureus, esses três fatores precisam ser levados em consideração. / Foodborne diseases cause human, social and economic losses. Their ocurrence can be avoided chiefly by cleaning and disinfection measures in processing and manipulation premises. Inorganic chlorine compounds are among the most common chemical disinfectants used to promote microbiological food safety. However, evidences indicate that microorganisms are capable to present or develop some degree of resistance to practically every known chemical agent. So, in order to obtain data regarding chlorine compounds as a sanitary barrier, this work evaluated the sensitivity, to sodium hypochlorite, of 32 samples of Staphylococcus aureus isolated at IPB-LACEN/RS from food involved in foodborne diseases outbreaks occurred between 2002-2006. Through the suspension test, usage conditions were simulated: a 200 ppm free chlorine solution in the absence and presence of organic matter (1% UHT whole milk); a subconcentration of 100 ppm free chlorine solution; and four contact times (5, 10, 15 and 30 minutes). At the concentration of 200 ppm, in absence of organic matter, all the 32 samples were sensitive. After 10 minutes,31 of them were already inactivated. At 200 ppm, in presence of organic matter, 27 strains were resistant even after a contact of 30 minutes. At 100 ppm free chlorine concentration, simulating a sub concentration usage, it was necessary a 30 minutes contact to 24 samples demonstrate some sensitivity. It was concluded that the sensitivity of samples was influenced by concentration, presence of organic matter and contact time. In view of the experimental conditions relative to chlorine efficacy as a sanitary barrier, in foodborne diseases associated to Staphylococcus aureus, these three factors must be considered.

As doenças transmitidas por alimentos provocam perdas humanas, sociais e econômicas, sendo que, para a prevenção de suas ocorrências, a higienização (limpeza e desinfecção) do ambiente de processamento e manipulação é procedimento de relevante importância. Para promover a segurança microbiológica dos alimentos, os compostos inorgânicos liberadores de cloro livre estão entre os desinfetantes químicos mais utilizados. No entanto, as evidências indicam que não há agente químico antimicrobiano frente aos quais os microrganismos não apresentem ou não possam ser selecionados por algum grau de resistência. Para obter dados sobre a ação do cloro como barreira sanitária, o objetivo deste trabalho foi o de verificar, frente ao hipoclorito de sódio, a sensibilidade de 32 amostras de Staphylococcus aureus isoladas no IPB/LACEN/RS de alimentos envolvidos em surtos de DTA entre os anos 2002 e 2006. Através do teste de suspensão, simularam-se condições de uso: concentração de 200 ppm de cloro livre, na ausência e na presença de matéria orgânica (1% de leite U.H.T. integral); subconcentração de 100 ppm de cloro livre; e quatro tempos de contato (5, 10, 15 e 30 minutos). A 200 ppm, na ausência de matéria orgânica, as 32 amostras foram sensíveis, sendo que, aos 10 minutos, 31 delas já estavam inativadas. A 200 ppm, na presença de matéria orgânica, mesmo aos 30 minutos de contato, 27 foram resistentes. Com 100 ppm de cloro livre, foram necessários 30 minutos de contato para que 24 amostras apresentassem sensibilidade. Concluiu-se que a sensibilidade das amostras foi influenciada pela concentração, pela presença de matéria orgânica e pelo tempo de contato. Considerando as condições do experimento quanto à efetividade do cloro como barreira sanitária em DTA, frente ao Staphylococcus aureus, esses três fatores precisam ser levados em consideração. / Foodborne diseases cause human, social and economic losses. Their ocurrence can be avoided chiefly by cleaning and disinfection measures in processing and manipulation premises. Inorganic chlorine compounds are among the most common chemical disinfectants used to promote microbiological food safety. However, evidences indicate that microorganisms are capable to present or develop some degree of resistance to practically every known chemical agent. So, in order to obtain data regarding chlorine compounds as a sanitary barrier, this work evaluated the sensitivity, to sodium hypochlorite, of 32 samples of Staphylococcus aureus isolated at IPB-LACEN/RS from food involved in foodborne diseases outbreaks occurred between 2002-2006. Through the suspension test, usage conditions were simulated: a 200 ppm free chlorine solution in the absence and presence of organic matter (1% UHT whole milk); a subconcentration of 100 ppm free chlorine solution; and four contact times (5, 10, 15 and 30 minutes). At the concentration of 200 ppm, in absence of organic matter, all the 32 samples were sensitive. After 10 minutes,31 of them were already inactivated. At 200 ppm, in presence of organic matter, 27 strains were resistant even after a contact of 30 minutes. At 100 ppm free chlorine concentration, simulating a sub concentration usage, it was necessary a 30 minutes contact to 24 samples demonstrate some sensitivity. It was concluded that the sensitivity of samples was influenced by concentration, presence of organic matter and contact time. In view of the experimental conditions relative to chlorine efficacy as a sanitary barrier, in foodborne diseases associated to Staphylococcus aureus, these three factors must be considered.

Salmonella enterica subsp. enterica (S.) é considerada umas das causas mais comuns de doenças transmitidas por alimentos e a carne suína é responsável por um número significativo de casos de salmonelose humana. Além do risco apresentado por Salmonella como patógeno transmitido por alimentos, existe a preocupação mundial com a emergência de cepas resistentes a múltiplos agentes antimicrobianos. Esta tese compreende três estudos que visam determinar as bases fenotípicas e genotípicas da resistência aos agentes antimicrobianos entre isolados de Salmonella obtidos em diferentes etapas da cadeia produtiva de suínos. Um total de 225 isolados obtidos de fábricas de ração, ambiente, carcaças e conteúdo intestinal de suínos foram submetidos ao teste de suscetibilidade frente a doze agentes antimicrobianos através da técnica de disco difusão. A concentração inibitória mínima (MIC) para a ciprofloxacina foi avaliada através da técnica de diluição em ágar e genes de resistência a antimicrobianos foram investigados através da Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) [Capítulo 2]. Resistência a, pelo menos, um agente antimicrobiano foi observada em 76 % dos isolados testados e multi-resistência foi encontrada em 40,4 % dos isolados. A resistência ocorreu mais frequentemente à tetraciclina (54,5 %), sulfonamidas (39,6 %) e estreptomicina (33,7 %). A reduzida suscetibilidade à ciprofloxacina foi observada em 94,1 % dos isolados resistentes ao ácido nalidíxico. Foi possível observar que isolados de ambiente, conteúdo intestinal e carcaças apresentaram perfis genotípicos comuns. Vinte e sete isolados multi-resistentes de S. Derby foram investigados quanto a sua relação genética através da técnica de macro-restrição do DNA total, genes de resistência e presença de integrons de classe 1 e 2 através da PCR [Capítulo 3]. Mesmo sendo provenientes de diferentes abatedouros, os isolados foram indistinguíveis em seus perfis fenotípicos e genotípicos de resistência e perfil de macro-restrição. Eles carreavam cassetes gênicos associados a integrons de classe 1 com uma nova variante do gene aadA, denominada aadA26, conferindo resistência à estreptomicina e espectinomicina. Os integrons de classe 1 foram identificados supostamente no cromossomo de S. Derby, uma vez que a hibridização não revelou sinal quando DNA plasmidial foi utilizado como alvo. A análise das sequências que flanqueiam o cassete gênico e a amplificação do gene merA sugerem a localização em elementos transponíveis da família Tn21. Quarenta e cinco isolados multi-resistentes de S. Typhimurium foram analisados quanto a sua relação genética através da técnica de macro-restrição do DNA total. Genes de resistência, integrons e genes plasmidiais mediando resistência adquirida às quinolonas (PMQR) foram investigados por PCR. Os amplicons da região variável dos integrons e da região determinante de resistência às quinolonas (QRDR) foram sequenciados. Os plasmídeos foram caracterizados por lise alcalina, conjugação e identificação dos grupos de incompatibilidade [Capítulo 4]. Isolados multi-resistentes de S. Typhimurium apresentaram variabilidade em sua estrutura genômica e perfis fenotípicos e genotípicos de resistência. Apenas substituições únicas foram observadas em QRDR do gene gyrA e PMQR não foram encontrados. Integron de classe 1 abrigando o cassete gênico aadA ou um integron de classe 1 atípico com o cassete gênico dfrA12-orfF-aadA27 foram caracterizados. Ambos foram localizados em grandes plasmídeos conjugativos. Os genes de virulência plasmidiais de Salmonella spvR, spvA, spvB, rck e pefA foram identificados em um plasmídeo de resistência IncFIB. Os estudos realizados permitem concluir que cepas originárias de animais e carcaças apresentaram maior frequência de resistência quando comparadas com cepas de fábrica de ração, demonstrando que cepas resistentes selecionadas na granja podem chegar ao produto final e suínos podem servir como reservatórios de cepas multi-resistentes de Salmonella para humanos. Nesse sentido, a localização de genes de resistência em elementos genéticos móveis contribui para a manutenção e disseminação da resistência em isolados de Salmonella provenientes da cadeia produtiva de suínos. / Salmonella enterica subsp. enterica (S.) is considered one of the most common causes of food-borne diseases and pork has been associated with a significant number of human cases of salmonellosis. Additionally to the risk presented by Salmonella as a food-borne pathogen, there is a global concern about the emergence of antimicrobial multi-resistant isolates. This thesis comprises three studies that aimed to determine the phenotypic and genotypic basis of antimicrobial resistance among Salmonella isolates from different steps of the swine production system. A total of 225 Salmonella isolates from feed mills, lairage environment, carcasses and intestinal content of the pigs were tested for antimicrobial susceptibility against twelve different antimicrobial agents by agar disc diffusion. The minimum inhibitory concentration (MIC) for ciprofloxacin was screened by agar dilution and antimicrobial resistance genes were investigated by Polymerase Chain Reaction (PCR) assays [Chapter 2]. Among tested isolates, 76 % showed resistance to at least one antimicrobial agent and 40.4 % were multi-resistant. Resistance occurred most frequently to tetracycline (54.5 %), sulphonamides (39.6 %) and streptomycin (33.7 %). Thirty-two (94.1 %) nalidixic acid-resistant isolates exhibited decreased susceptibility to ciprofloxacin. It was observed that strains from lairage, carcasses and intestinal contents displayed common resistance gene profiles. Twenty-seven multi-resistant S. Derby were investigated for their molecular relationships by macrorestriction analysis, genotypic resistance and presence of the class 1 and 2 integrons by PCR assays [Chapter 3]. The isolates from different slaughterhouses displayed the same phenotypic and genotypic resistance, as well as indistinguishable macrorestriction pattern. They carried class 1 integron-associated gene cassette with a new aadA variant, designated aadA26, encoding for streptomycin and spectinomycin resistance. Since the hybridization experiments did not yield signals when using plasmid DNA as targets, the class 1 integrons are supposed to be located in the chromosomal DNA of S. Derby. The sequence of the flanking regions of this gene cassette and the amplification of the merA gene may indicate the location of the class 1 integron into a Tn21-related transposon. Forty-five multi-resistant S. Typhimurium isolates were analysed for their molecular relationships by macrorestriction analysis. Resistance genes, integrons and plasmid-mediated quinolone resistance genes (PMQR) were identified by PCR. Amplicons for the variable part of class 1 integrons and from the quinolone resistance-determining regions (QRDR) were sequenced. Plasmids were characterized by alkaline lysis, conjugation and replicon typing [Chapter 4]. Multiresistant S. Typhimurium isolates showed high variability in their genomic structure and resistance properties. Only single substitutions were found in the QRDR of gyrA and no PMQR were found. Class 1 integron with aadA23 gene cassette or an unusual integron carrying dfrA12-orfF-aadA27 gene cassette were characterized. Both located on large and conjugative plasmids. Salmonella plasmid-located virulence genes spvR, spvA, spvB, rck and pefA were found on a multi-resistance IncFIB plasmid. The studies conducted demonstrate that strains from pigs and carcasses displayed higher resistance frequency to most antimicrobial tested compared with isolates from feed mills, demonstrating that resistance genes selected on farm can be found in pork and pigs may serve as reservoirs of multi-resistant Salmonella strains. In this sense, the location of resistance genes on mobile genetic elements contributes to the maintenance and spread of antimicrobial resistance among Salmonella isolates from swine production systems.

Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2016-02-15T11:27:01Z No. of bitstreams: 1 talithacaiafaferreiraalvesbotelho.pdf: 1130454 bytes, checksum: c1b10245c9b48a2632cac3cd710bbb13 (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2016-02-26T12:22:11Z (GMT) No. of bitstreams: 1 talithacaiafaferreiraalvesbotelho.pdf: 1130454 bytes, checksum: c1b10245c9b48a2632cac3cd710bbb13 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-02-26T12:22:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 talithacaiafaferreiraalvesbotelho.pdf: 1130454 bytes, checksum: c1b10245c9b48a2632cac3cd710bbb13 (MD5) Previous issue date: 2014-05-26 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A crescente busca por novos compostos antimicrobianos, devido a altas taxas de resistência aos mesmos, tem sido objeto de estudo de vários pesquisadores no desenvolvimento de ferramentas para descobrimento e desenho de novos antimicrobianos. No presente trabalho utilizamos três estirpes de Brucella abortus: RB51, S19 e S2308. As bactérias são cocobacilos, gram-negativas, intracelulares facultativas e, agente etiológico da brucelose em bovinos, bubalinos, humanos, ovinos e outros animais. O difícil tratamento da doença através da combinação de diferentes antibióticos está associado às altas taxas de resistência aos antibióticos utilizados contra a Brucella abortus, tornando-a uma bactéria de difícil controle e ao mesmo tempo um campo extenso de estudo para novos agentes antimicrobianos. Os peptídeos sintéticos são uma alternativa promissora como agentes antimicrobianos. No presente trabalho foram usados os peptídeos (Lalb1; Lalb1.2; Lalb1.3; Lrot3.5; Lrot3.6; Lrot3.7 e Lrot3.8) que possuem características baseadas em peptídeo naturais produzidos pelas plantas Lippia alba(Lalb) e Lippia rotundifolia (Lrot), e que foram modificados utilizando-se ferramentas computacionais de modelagem. Todos os peptídeos apresentaram atividade antimicrobiana em alguma das concentrações testadas (8, 16, 32, 64 e 128 μg/mL). Os peptídeos Lrot3.5 e Lrot3.6 além de apresentarem atividade antimicrobiana contra as três estirpes estudas na concentração 32μg/mL e demonstraram não diminuir a viabilidade celular de macrófagos em testes com redução de tetrazolio (MTT). Estes são, portanto, peptídeos promissores para estudos adicionais. / The search for new antimicrobial compounds leads many researchers to the development of tool for antimicrobial prospection and design due to the increasing of antibiotic resistance by bacteria. In the present study, three strains of Brucella abortus were used: RB51, S19 and S2308. The bacteria are coccobacilli, gramnegative, facultative intracellular and etiological agents of brucellosis in cattle, buffaloes, humans, sheep, and other animals. The treatment is very difficult and a combination of different antibiotics associated to high antibiotic resistance rates for commonly used drugs against Brucella abortus increases the difficult of microorganism control. Thus, an avenue of opportunities for an extensive research field for antimicrobial agents’ studies is opened. Synthetic peptides are a promising alternative for the development of new antimicrobial agents. In this study, the following synthetic peptides were used: Lalb1.2; Lalb1.3; Lrot3.5; Lrot3.6; Lalb1; Lrot3.7 and Lrot3.8 against Brucella strains. These peptides were developed based on natural characteristics of antimicrobial peptides produced by plants using Lippia alba (Lalb) and Lippia rotundifolia (Lrot) leaf transcritptome for antimicrobial prospection. All peptides showed antimicrobial activity for all of the evaluated concentrations (8, 16,32, 64 and 128 mg/mL). TheLrot3.5 and Lrot3.6 peptides showed antimicrobial activity against all of the three studied strains at the concentration 32μg/mL. These peptides at this concentration do not decrease cell viability of macrophages in tetrazolium reduction (MTT) tests and are prospective peptides for additional studies.

Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2016-02-22T12:04:28Z No. of bitstreams: 1 fernandafernandesdossantos.pdf: 1359737 bytes, checksum: adaeb451590b863f3a59b02724e66c15 (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2016-02-26T13:59:52Z (GMT) No. of bitstreams: 1 fernandafernandesdossantos.pdf: 1359737 bytes, checksum: adaeb451590b863f3a59b02724e66c15 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-02-26T13:59:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 fernandafernandesdossantos.pdf: 1359737 bytes, checksum: adaeb451590b863f3a59b02724e66c15 (MD5) Previous issue date: 2014-02-12 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Entre os principais patógenos causadores da mastite bovina estão as bactérias do gênero Staphylococcus. Nas últimas décadas, a resistência à oxacilina (meticilina) neste gênero tem sido motivo de preocupação, pela possibilidade de redução da efetividade dos tratamentos da mastite, e pela possibilidade de transferência de determinantes de resistência de uma bactéria para outra. A resistência à oxacilina é mediada pela proteína PBP 2a, codificada pelo gene mecA, que confere resistência a todos os antibióticos β-lactâmicos, inclusive às cefalosporinas e carbapenemas. O gene mecA faz parte de uma ilha genômica chamada staphylococcal cassette chromosome mec (SCCmec), que pode incluir também outros genes de resistência. Neste trabalho, a resistência à oxacilina foi avaliada em 170 bactérias do gênero Staphylococcus isoladas de mastite subclínica, sendo 79 S. aureus e 91 Staphylococcus spp. coagulase-negativos (STACN). As bactérias foram provenientes de seis estados brasileiros, sendo quatro de Minas Gerais, 27 do Paraná, três de Pernambuco, onze do Rio Grande do Sul, 56 de Santa Catarina e 69 de São Paulo. O perfil de susceptibilidade a dez antimicrobianos utilizados na prática veterinária foi determinado pelo método E-TEST®. A caracterização fenotípica da resistência à oxacilina foi realizada através do teste de difusão com discos de oxacilina e cefoxetina, teste de diluição em ágar com oxacilina e E-TEST® com oxacilina. Em todas as amostras foi pesquisado, por PCR, o gene mecA, empregando dois pares de oligonucleotídeos iniciadores que amplificam regiões diferentes do gene. As bactérias com fenótipo de resistência à oxacilina foram identificadas através do sequenciamento de um fragmento de 536 pb do rRNA 16S. Neste grupo foi pesquisado ainda o gene mecC e o gene blaZ, que codifica para a enzima β-lactamase. Os produtos de PCR foram sequenciados para confirmação dos resultados. Foi feita a análise molecular dos genes mecA por meio da tipagem do cassete cromossômico estafilocócico mec (SCCmec) e das amostras mecA positivas através da macrorrestrição do DNA cromossômico seguida de eletroforese em campo pulsado (PFGE). Com exceção da penicilina e da oxacilina, mais de 86% das estirpes de estafilococos apresentaram susceptibilidade à cefalotina, gentamicina, clindamicina, eritromicina, enrofloxacina, sulfonamida, sulfametoxazol + trimetoprima e tetraciclina. Todas as estirpes de S. aureus foram susceptíveis à oxacilina, enquanto 29,7% das estirpes de STACN foram resistentes. STACN foram mais resistentes do que S. aureus à cefalotina e à eritromicina (p ≤ 0,01) e à gentamicina, clindamicina, e tetraciclina (p ≤ 0,05). A susceptibilidade das amostras S. aureus e de STACN foi semelhante para penicilina, enrofloxacina, sulfonamida e sulfametoxazol + trimetoprima. O teste de difusão em ágar com disco de cefoxetina apresentou maior sensibilidade e especificidade quanto à presença do gene mecA. Do total de amostras estudadas, 31 STACN foram fenotipicamente resistentes à oxacilina em pelo menos um dos testes realizados, e somente em dez foi detectado o gene mecA. As bactérias mecA positivas foram identificadas como S. epidermidis e classificadas em três pulsotipos (A, B e C) e quatro subtipos (A1, B1, B2 e B3). Entre as amostras com fenótipo de resistência à oxacilina 16 foram positivas para o gene blaZ, sendo sete mecA negativas e nove mecA positivas. Nenhuma das amostras analisadas amplificou o gene mecC e duas amplificaram o gene mecA-like de S. sciuri. Foram encontrados três tipos de SCCmec, os tipos I, IV e V. Os resultados sugerem que S. epidermidis pode ser um reservatório da resistência à oxacilina para outras espécies de estafilococos, tanto do homem quanto de animais. Estudos que gerem informações sobre o perfil fenotípico e molecular da resistência aos antimicrobianos em espécies de estafilococos devem ser realizados para o controle da disseminação da resistência e para que medidas terapêuticas sejam escolhidas adequadamente. / Among the major pathogens of bovine mastitis are bacteria of the genus Staphylococcus. In recent decades, resistance to oxacillin (methicillin) in this genus has been a matter of concern for the possibility of reducing the effectiveness of mastitis treatments, and transferring of resistance determinants. The oxacillin resistance is mediated by PBP 2a protein, encoded by the mecA gene, which confers resistance to all β-lactam antibiotics, including cephalosporins and carbapenems. The mecA gene is part of a genomic island called staphylococcal cassette chromosome mec (SCCmec), which may also include other resistance genes. Oxacillin resistance was studied in 170 Staphylococcus isolated from subclinical mastitis, 79 S. aureus and 91 coagulase-negative staphylococci (CNS). The bacterial strains were isolated from six Brazilian states; four from Minas Gerais, 27 from Paraná, three from Pernambuco, eleven from Rio Grande do Sul, 56 from Santa Catarina and 69 from São Paulo. The susceptibility profile to ten antimicrobial agents used in the veterinary practice was determined by E-TEST® method. Phenotypic characterization of oxacillin resistance was performed by disk diffusion test with oxacillin and cefoxitin, agar dilution test with oxacillin and E-TEST® with oxacillin. All strains were screened by PCR to detect mecA gene using two pairs of primers amplifying different regions of the gene. The strains with oxacillin resistance phenotype were identified by sequencing a 536 bp fragment of 16S rRNA gene. This group was also evaluated for the presence of the gene mecC and blaZ, which encodes for the enzyme β-lactamase. The PCR products were sequenced to confirm the results. Molecular analysis of mecA gene was carried out by the typing of staphylococcal cassette chromosome mec (SCCmec) and the mecA-positive strains by macrorestriction of chromosomal DNA followed by pulsed field gel electrophoresis (PFGE). With the exception of penicillin and oxacillin, more than 86% of the strains presented susceptibility to cephalothin, gentamicin, clindamycin, erythromycin, enrofloxacin, sulfonamide, trimethoprim-sulfamethoxazole and tetracycline. All S. aureus strains were sensitive to oxacillin, while 29.7% of the CNS strains were resistant. The CNS were more resistant than S. aureus to cephalothin and erythromycin (p ≤ 0.01) and gentamicin, clindamycin, and tetracycline (p ≤ 0.05). The agar diffusion test with cefoxitin disc showed higher sensitivity and specificity for the presence of the mecA gene. Considering the total strains studied, 31 CNS were phenotypically resistant to oxacillin in at least one of the tests, and only in ten CNS was detected the mecA gene. mecA-positives bacteria were identified as Staphylococcus epidermidis and classified into three pulsotypes (A, B and C) and four subtypes (A1, B1, B2 and B3). Among strains with oxacillin resistance phenotype, 16 were positive for blaZ gene, seven mecA-negatives and nine mecA-positive strains. Two of the oxacillin resistant strains amplified mecA-like gene of S. sciuri and none amplified mecC. Three SCCmec types were found, types I, IV and V. The results suggest that S. epidermidis can be a reservoir of oxacillin resistance to other species of staphylococci, both of human and animals. Studies that generate information about the molecular and phenotypic profile of antimicrobial resistance in staphylococcal species should be performed for controlling the spread of resistance and selection of appropriate therapeutic measures.

Salmonella é uma bactéria Gram-negativa, que compreende cerca de 2.500 sorotipos, muitos dos quais relevantes para humanos e animais; contamina alimentos e água, apresentando-se como um grande problema de saúde pública em todo o mundo. Causa infecção acompanhada de diferentes manifestações clínicas, mais comumente gastroenterite, e pode progredir, embora menos frequentemente, para septicemia e morte, especialmente em indivíduos jovens. Também é responsável pela febre entérica, caracterizada pela disseminação da bactéria pelo sistema reticuloendotelial via macrófagos para linfonodos, fígado e baço. O presente trabalho realizou um levantamento bibliográfico com vistas a averiguar os principais aspectos relativos à Salmonella discutidos na última década. Constatou-se que, no geral, os sorotipos mais prevalentes são S. Enteritidis, seguida de S. Typhimurium e, em regiões em desenvolvimento, há alta prevalência de S. Typhi e ,em menor proporção, de S. Paratyphi A. Em publicações que relatam surtos provocados por salmonelas, S. Typhimurium é o sorotipo mais prevalente, seguido de S. Enteritidis. Os fatores de virulência mais referidos são hil, spv, sop, sif, sse e inv. A resistência a antimicrobianos utilizados no tratamento de salmonelose é bastante discutida e são apontadas altas taxas de resistência e, inclusive, multirresistência principalmente à ampicilina, cloranfenicol e tetraciclina. Os antimicrobianos mais indicados atualmente para tratamento de salmonelose são ciprofloxacina e ceftriaxona, ainda que estudos apontem para o desenvolvimento de resistência a estes fármacos. Outros antimicrobianos indicados são cefixima, ceftazidima e imipenem, embora recomendados apenas em casos de falha no tratamento com fluoroquinonas e cefalosporinas de terceira geração, devido a fatores como alto custo e maior propensão ao desenvolvimento de efeitos colaterais. Os genes que intermediam a resistência a antimicrobianos estão normalmente contidos em plasmídios ou integrons, especialmente integron classe 1, os quais podem também estar abrigados em plasmídios ou no cromossomo da bactéria, especialmente em uma região chamada de ilha genômica 1 de Salmonella (SGI1). Os principais genes que conferem resistência a antimicrobianos mencionados são: drf, aad, tet, str, sul e flo. A resistência a antimicrobianos também é conferida por enzimas beta-lactamases de amplo espectro, cujos principais genes responsáveis por sua codificação são blaCTM-X, blaTEM e blaPSE. Na epidemiologia da salmonelose, os vetores mais relevantes para a contaminação pela bactéria são ovos, principalmente, além de carne bovina e leite, frutas, vegetais especialmente o tomate , carne aviária e suína. Como medidas profiláticas, são indicadas práticas de higienização de alimentos e utensílios utilizados em seu preparo e a lavagem das mãos após a manipulação de comida, assim como boas práticas de fabricação na cadeia de produção de alimentos. Em regiões em que a febre entérica é prevalente, recomenda-se o consumo de água engarrafada ou após fervimento e cuidado com a água utilizada para lavagem de frutas e verduras a serem ingeridas. Com relação à salmonelose em cães, há poucas publicações a respeito; dentre estas, há dois temas preferencialmente discutidos: a associação da contaminação de Salmonella pelo homem via cão de estimação ou contato com ração ou guloseimas caninas; e a resistência a antimicrobianos de salmonelas isoladas em cães. / Salmonella is a Gram-negative bacteria comprising around 2.500 serotypes, many of these relevant to human and animals; the pathogen contaminates food and water, posing as a major public health concern worldwide. It causes an infection with variable clinical manifestations, most commonly gastroenteritis. Although less frequently, the disease can progress, to septicemia and death, especially in young individuals. It is also responsible for enteric fever, characterized by the spread of the bacteria by the reticuloendothelial system via macrophages to lymph nodes, liver and spleen. The present work constitutes a literature review and intent to inquire the main aspects related to Salmonella discussed in the last decade. It was verified that, generally, the most prevalent serotypes are S. Enteritidis, followed by S. Typhimurium; in developing regions, S. Typhi and, in a lesser proportion, S. Paratyphi A are highly prevalent. In Salmonella´s outbreaks reports, S. Typhimurium is the most prevalent serotype mentioned, followed by S. Enteritidis. The virulence factors most pointed are hil, spv, sop, sif, sse and inv. Salmonellosis treatment failures caused by antimicrobial resistance are very discussed and high rates of resistance are pointed, including multidrug resistance, mainly to ampicillin, chloramphenicol and tetracycline. Currently, the drugs most indicated to treat salmonellosis are ciprofloxacin and ceftriaxone, even though studies point to the development of resistance to these drugs. Others antimicrobials indicated are cefixime, ceftazidime and imipenem, although they are recommended only in cases of fluoroquinonas and thirdgeneration cephalosporins treatment failure, due to cost and greater propensity to the development of side effects, etc. Antimicrobial resistance genes are normally harbored in plasmids and integrons, especially class 1 integron, which can also be housed in plasmids or within the chromosome, particularly in a region called Salmonella genomic island 1 (SGI1). The main antimicrobial resistance genes mencioned are: drf, aad, tet, str, sul and flo. The antimicrobial resistance is also conferred by extended-spectrum beta-lactamase enzymes, and the major genes involved in their prodution are blaCTM-XN, blaTEM and blaPSE. According to salmonellosis epidemiology, the most relevant vectors for the bacteria´s contamination are eggs, mainly, and also beef and milk, fruits, vegetables especially tomatoes , chicken and swine meat. As prophylaxis measures, it is recommended efficient hygiene practices in the preparation of food and washing hands and utensils properly after handling food, as well as good manufacturing practices in food production chain. In regions where enteric fever is prevalent, it is recommended the ingestion of bottled or boiling water and attention to the water used to clean fruits and vegetables. There are few studies about the subject. Among these, there were two mainly discussed themes: the association between man´s contamination by Salmonella through direct contact with dogs or dry dog food and dog treats; and the investigation of antimicrobial resistance among Salmonella isolated in dogs.

Orientador: Vera Lúcia Mores Rall / Resumo: A salmonelose é uma das doenças de origem alimentar mais frequentes no mundo, causando diferentes sintomas, de acordo com o hospedeiro. Salmonella spp. é um dos principais micro-organismos patogênicos que contaminam frangos e seus derivados, representando um grande risco à saúde pública, tanto pelos seus fatores de virulência como pela multirresistência aos antimicrobianos. Assim, o objetivo desse trabalho foi caracterizar o potencial patogênico de Salmonella spp. isoladas de frangos obtidos no varejo, através da análise do perfil de virulência e resistência bacteriana aos antimicrobianos e sanitizantes utilizados na indústria e comércio varejista. Foram analisadas 56 isolados de Salmonella spp., com a identificação de 13 sorovares diferentes, sendo S. Enteritidis (42,8%) o mais frequente. Todos os isolados apresentaram os genes de virulência invA, sipB, sipD, sopB, ssaR, sifA, sitC, iroN, tolC, flgK, fljB e flgL. Os genes sopD e spvB estavam ausentes em cinco (8,9%) e 21 (37,5%) isolados, respectivamente. Foi observada a produção de biofilme em 27 (48,2%) isolados, sendo 13 (48,1%) cepas classificadas como fraca produtoras, 12 (44,4%) como moderadas e 2 (7,4%) foram classificadas como fortes produtoras. Nenhum isolado apresentou a enzima β-lactamase de espectro estendido (ESBL), porém detectou-se a presença de dos genes blaCMY-2 e blaNDM em 4 (7,1%) e 42 (75%) dos isolados, respectivamente. Em relação a ação dos sanitizantes, 90% dos isolados foram eliminados na concentração... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Salmonellosis is one of the most common foodborne diseases in the world, causing different symptoms, according to the host. Salmonella spp. is one of the main pathogenic microorganisms that contaminate chickens and their derivatives, representing a great risk to public health, both for their virulence factors and for the multiresistance of antimicrobials. Thus, the objective of this work was to characterize the pathogenic potential of Salmonella spp. isolated from chickens, by analyzing the virulence profile and bacterial resistance to the antimicrobials and sanitizers used in the industry. We analyzed 56 strains of Salmonella spp., with S. Enteritidis (42.8%) being the most frequent. All isolates showed the virulence genes invA, sipB, sipD, sopB, ssaR, sifA, sitC, iroN, tolC, flgK, fljB and flgL. The sopD and spvB genes were absent in five (8.9%) and 21 (37.5%) isolates, respectively. Biofilm production was observed in 27 (48.2%) isolates, where 13 (48.1%) strains were classified as weak produced, 12 (44.4%) as moderate and 2 (7.4%) were classified as strong producers. No single isolate presented the extended-spectrum β-lactamase enzyme (ESBL), but detected a presence of the blaCMY-2 and blaNDM genes in 4 (7.1%) and 42 (75%) isolates, respectively. Regarding the action of the sanitizers, 90% of the isolates were eliminated in the concentration of 0.23% of peracetic acid and 0.44% of sodium hypochlorite, both before and after the sonication process. The isolates of Salmonella... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Submitted by FERNANDA DA SILVA VON PORSTER (fdsvporster@univates.br) on 2014-09-25T18:14:21Z No. of bitstreams: 3 license_text: 22302 bytes, checksum: 1e0094e9d8adcf16b18effef4ce7ed83 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) 2014JohanPrediger.pdf: 1412383 bytes, checksum: 351464f422d7e0f60807a802dec5db00 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Lisboa Monteiro (monteiro@univates.br) on 2014-10-06T14:14:36Z (GMT) No. of bitstreams: 3 license_text: 22302 bytes, checksum: 1e0094e9d8adcf16b18effef4ce7ed83 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) 2014JohanPrediger.pdf: 1412383 bytes, checksum: 351464f422d7e0f60807a802dec5db00 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-10-06T14:14:36Z (GMT). No. of bitstreams: 3 license_text: 22302 bytes, checksum: 1e0094e9d8adcf16b18effef4ce7ed83 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) 2014JohanPrediger.pdf: 1412383 bytes, checksum: 351464f422d7e0f60807a802dec5db00 (MD5) / Doenças infecciosas são uma das principais causas de morbidade no mundo inteiro, sendo que o uso indiscriminado de antibióticos favorece o desenvolvimento de mecanismos de resistência bacteriana, dificultando o combate às infecções. O número de pacientes infectados por microrganismos resistentes vem aumentando consideravelmente e por isso tem chamado atenção dos serviços de saúde. A presente pesquisa teve como objetivo de verificar a infecção bacteriana e sua resistência aos antibióticos, além da presença de genes produtores de beta-lactamases em um hospital do interior do Rio Grande do Sul. Realizou-se a análise retrospectiva das infecções por bactérias multirresistentes durante o período de janeiro de 2011 a junho de 2012. O isolamento e a identificação das bactérias foram realizados por laboratório terceirizado, e para a avaliação de suscetibilidade aos antimicrobianos foi utilizado o método de difusão de disco, padronizado pelo Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). A análise retrospectiva de 374 amostras mostrou que diferentes bactérias apresentaram resistência a um grande número de antibióticos. Dentre as mais prevalentes no estudo e que também apresentaram maior percentual de resistência estavam: Klebsiella spp., Enterobacter spp., Escherichia coli e Pseudomonas spp. Foram coletadas 62 amostras para análise pelo método de triagem para detecção de beta-lactamases de espectro estendido (ESBL), por aproximação de discos, onde 45% foram classificadas com produtoras de ESBL. A caracterização molecular feita nestes mesmos isolados, realizada pela técnica de Reação em cadeia da polimerase (PCR) identificou o gene TEM em 70,96% dos isolados, o gene SHV em 56,45% e, o gene CTX-M em 91,93%, dos quais 24,19% confirmaram a presença de gene pertencente ao grupo CTX-M1, 14,51% ao grupo CTX-M2 e 22,58% ao grupo CTX-M9. Com o presente estudo conclui-se que os genes CTX-M e TEM foram os mais prevalentes entre os genes dos isolados avaliados. Além disso, também se observa a presença de outros genes produtores de ESBL nas amostras analisadas fato que pode estar relacionado ao alto nível de resistência a antimicrobianos das bactérias estudadas.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / As espécies do gênero Acinetobacter são freqüentes no ambiente, mas nas últimas décadas vêm se destacando como patógenos hospitalares, especialmente Acinetobacter baumannii e as genoespécies 3 e 13TU, que formam o Complexo A. baumannii e cuja diferenciação só é possível pela utilização de metodologias moleculares. São associadas a diferentes apresentações clínicas, principalmente em pacientes internados em unidades de tratamento intensivo. Freqüentemente apresentam resistência a uma ampla variedade de antimicrobianos, incluindo os carbapenêmicos. Nestes casos as opções de tratamento podem, algumas vezes, limitar-se à polimixina. Esse trabalho objetivou avaliar a susceptibilidade a antimicrobianos, a diversidade genética e a dinâmica de colonização de Acinetobacter spp. isolados de pacientes internados no Centro de Tratamento Intensivo do Hospital Universitário Pedro Ernesto em um ano de estudo. Durante o ano de 2009 foram estudadas 76 amostras de Acinetobacter spp. isoladas de 34 pacientes, sendo a maioria obtida do trato respiratório (42,1 %), seguido de sangue (19,7%). Do total, 96,1% (73) foram identificadas como A. baumannii através da detecção do gene intrínseco blaOXA-51-like. Todas as amostras de A. baumannii foram produtoras da carbapenemase OXA-23 e apresentaram perfil de multirresistência, enquanto as três espécies não-baumannii foram sensíveis a todos os antimicrobianos testados. Não houve produto de amplificação para os genes blaOXA-24-like, blaOXA-58-like e blaOXA-143 pela técnica de PCR multiplex. As amostras apresentaram taxa de resistência maior que 70% para oito dos onze antimicrobianos testados: piperacilina-tazobactam, ceftazidima, cefotaxima, cefepime, amicacina, ciprofloxacina, imipenem e meropenem. A droga com melhor atividade in vitro foi a polimixina B. Quatro amostras foram resistentes com CIM determinada pelo E-test variando de 6 g/mL a 32 g/mL. Observou-se uma grande diversidade genética dentre as amostras, com dez grupos clonais identificados pelo PFGE. O grupo clonal B foi prevalente e persistente na unidade, representado por 32 (42,1%) amostras. Esse foi o mesmo clone descrito como o mais freqüente no Rio de Janeiro em estudo prévio. O clone associado a um surto ocorrido na mesma instituição entre 2007 e 2008 esteve presente em apenas sete (9,2%) amostras, tendo sido substituído pelo genótipo B. A análise prospectiva dos pacientes que permaneceram internados por pelo menos um mês mostrou casos de substituição clonal após terapia antimicrobiana, indicando a existência de reservatório ambiental dos genótipos circulantes. A colonização do trato respiratório por A. baumannii foi bastante comum, mas também foram observados casos de substituição de uma espécie não-baumannii por A. baumannii, além de infecção de corrente sanguínea por um genótipo diferente daquele responsável pela colonização. A presença de cepas resistentes à polimixina é preocupante, pois representa uma ameaça à terapia com a droga. A existência de um clone multirresistente disseminado no Rio de Janeiro, possivelmente pela transferência de pacientes e por profissionais que trabalham em mais de um hospital, aponta a necessidade de se adotar medidas de controle de infecção mais eficazes a fim de reduzir as taxas de morbidade e mortalidade. Além disso, a identificação de focos ambientais de dispersão das cepas epidêmicas parece essencial para garantir a eficácia das demais medidas de contenção de surtos / The species of the genus Acinetobacter are common in the environment, but in recent decades have gained prominence as nosocomial pathogens, especially Acinetobacter baumannii and genospecies 3 and 13TU, which form the A. baumannii Complex and whose differentiation is only possible by the use of molecular methodologies. They are associated with different clinical presentations, mainly in patients hospitalized in intensive care units. Often exhibit resistance to a wide range of antimicrobials, including carbapenems. In these cases, treatment options may sometimes be restricted to polymyxin. This study aimed to evaluate the antimicrobial susceptibility, genetic diversity and colonization dynamics of Acinetobacter spp. isolated from patients hospitalized in the Intensive Care Unit of Hospital Universitário Pedro Ernesto in a year of study. During 2009, 76 strains of Acinetobacter spp. isolated from 34 patients were studied, most of them obtained from the respiratory tract (42.1%), followed by blood (19.7%). Of the total, 96.1% (73) were identified as A. baumannii by detection of the intrinsic gene blaOXA-51-like. All strains of A. baumannii were OXA-23 carbapenemase producers and showed a multiresistant profile, whereas the three non-baumannii species were susceptible to all antimicrobials tested. There were no amplification products for the genes blaOXA-24-like, blaOXA-58-like and blaOXA-143 by multiplex PCR. The islates showed resistance rates greater than 70% for eight of eleven antimicrobials: piperacillin-tazobactam, ceftazidime, cefotaxime, cefepime, amikacin, ciprofloxacin, imipenem and meropenem. The drug with the highest activity in vitro was polymyxin B. Four strains were resistant with MICs determined by E-test ranging from 6 g/mL to 32 g/mL. A great genetic diversity was observed among the isolates, with ten clonal groups identified by PFGE. The clonal group B was prevalent and persistent in the unit, represented by 32 (42.1%) isolates. This was the same clone described as the most frequent in Rio de Janeiro in a previous study. The clone associated with an outbreak in the same institution between 2007 and 2008 was found in only seven (9.2%) isolates, having been replaced by genotype B. A prospective analysis of patients who were admitted for at least one month showed cases of clonal substitution after antimicrobial therapy, indicating the existence of environmental reservoir of circulating genotypes. Respiratory tract colonization by A. baumannii was quite common, but there were also cases of replacement of a non-baumannii species by A.baumannii, and bloodstream infection by a genotype different from that responsible for colonization. The presence of polymyxin-resistant strains is worrisome as it represents a threat to the therapy with this drug. The existence of a multiresistant clone widespread in Rio de Janeiro, possibly due to the transfer of patients and to sharing of common healthcare staff, points out the need to adopt more effective infection control measures in order to reduce the morbidity and mortality. In addition, the identification of epidemic strains environmental dispersion sources seems essential to ensure the efficiency of other outbreaks contention measures