Submitted by MÔNICA DA SILVEIRA null (monysilveira@hotmail.com) on 2018-04-02T16:11:42Z No. of bitstreams: 1 Tese envio finalizada word CONSIDERAR ESTA.docx: 690043 bytes, checksum: e80e2e36f9594702a4be600cd7c660a0 (MD5) / Rejected by ROSANGELA APARECIDA LOBO null (rosangelalobo@btu.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações abaixo: problema 1: o arquivo submetido deve, obrigatoriamente, estar em formato PDF. Seu arquivo está em word. Assim que tiver efetuado essa correção submeta o arquivo, em PDF, novamente. Agradecemos a compreensão. on 2018-04-02T18:10:40Z (GMT) / Submitted by MÔNICA DA SILVEIRA null (monysilveira@hotmail.com) on 2018-04-02T19:59:16Z No. of bitstreams: 1 TESE MONICA Envio corrigida final word.docx: 1700359 bytes, checksum: e76a9ea2129d8977db94071aab2a25d2 (MD5) / Rejected by ROSANGELA APARECIDA LOBO null (rosangelalobo@btu.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações abaixo: problema 1: o arquivo submetido deve, obrigatoriamente, estar em formato PDF. Seu arquivo está em word. problema 2: Falta ficha catalográfica A ficha deve ser inserida no arquivo PDF logo após a folha de rosto do seu trabalho. Assim que tiver efetuado essa correção submeta o arquivo, em PDF, novamente. Agradecemos a compreensão. on 2018-04-03T11:31:00Z (GMT) / Submitted by MÔNICA DA SILVEIRA null (monysilveira@hotmail.com) on 2018-04-03T18:37:37Z No. of bitstreams: 1 TESE MONICA Envio corrigida final pdf modificada.pdf: 3684235 bytes, checksum: b11122c43df736efb00a769565e94d26 (MD5) / Rejected by Luciana Pizzani null (luciana@btu.unesp.br), reason: Monica, por favor, colocar a ficha catalográfica após a página de rosto. 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Essa bactéria, hiperendêmica em hospitais brasileiros, é geralmente resistente a múltiplas drogas, restando um escasso arsenal terapêutico. Para além dos fatores de risco tradicionais (comorbidades, exposição ao ambiente hospitalar, procedimentos invasivos, uso de antimicrobianos), estudos recentes demonstraram sazonalidade e associação de sua incidência com altas temperaturas ambientais. No entanto, as razões para esses achados permanecem obscuras. Nós conduzimos estudos em três hospitais públicos conveniados do município de Bauru-SP, com o objetivo de colaborar para a compreensão da epidemiologia do A. baumannii, com ênfase nos isolados resistentes a carbapenêmicos (Carbapenem-resistant A. baumannii, CRAB). O primeiro deles, com delineamento ecológico, analisou o comportamento de taxas mensais de incidência de A. baumannii como um todo e em subgrupos (enfermarias versus Unidades de Terapia Intensiva [UTI], amostras clínicas totais versus hemoculturas) no período de 2006 a 2017. Estudamos o impacto de temperatura, umidade e pluviosidade sobre essa incidência. Como resultados, identificamos que temperaturas médias mensais acima do percentil 75 (24,7°C) estavam associadas a maior incidência de A. baumannii como um todo e de CRAB. Curiosamente, esses achados foram mais consistentes nas UTI e para isolados de hemoculturas. No segundo estudo, tipo “caso-controle” analisamos a clonalidade e fatores de risco para infecções da corrente sanguínea causadas por CRAB (CRABBloodstream infections, CRAB-BSI). Foram estudados 38 pacientes com CRABBSI e 76 controles. Fatores de risco significantes (p<0,05) em análise multivariada para aquisição de CRAB-BSI foram a inserção de cateter venoso central e o uso de cefepima ou meropenem. Na genotipagem por Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE), identificamos 12 perfis, sendo que 7 deles agrupavam mais de um isolado. Além disso, identificamos a presença de genes codificadores das enzimas OXA-23 e OXA-51, associadas à resistência aos carbapenêmicos. O terceiro estudo comparou os mesmos 38 casos de CRAB e 76 controles, em delineamento tipo “coorte pareada”, para o desfecho “óbito durante a internação”. Como esperado, os casos foram significantemente associados a maior risco de óbito em modelos de análise de sobrevida. Além disso, quando estudados somente os casos, o uso de Aminoglicosídeos e Polimixina após o diagnóstico se associou a melhor prognóstico. Concluímos que o A. baumannii é um agente potencialmente letal, que se transmite no interior de hospitais e entre diferentes serviços, com incidência aumentada em períodos quentes. / It is estimated that in Brazil hundreds of thousands of Healthcare Associated Infections (HCAI) occur every year, and a significant proportion of these are caused by Acinetobacter baumannii. This bacterium, hyperendemic in Brazilian hospitals, is generally resistant to multiple drugs, leaving behind a scarce therapeutic arsenal. In addition to the traditional risk factors (comorbidities, exposure to the hospital environment, invasive procedures, antimicrobial use), recent studies have demonstrated seasonality and association of A. baumannii incidence with high environmental temperatures. However, the reasons underlying these findings remain obscure. We conducted studies in three public hospitals in the city of Bauru-SP, Brazil, in order to contribute to understanding the epidemiology of A. baumannii, with emphasis on carbapenem resistant isolates (CRAB). The first one, with ecological design, analyzed the behavior of monthly rates of incidence of overall A. baumannii and several subgroups (non-critical wards vs. Intensive Care Units (ICU), overall clinical samples vs. blood cultures) from 2006 to 2017. We studied the impact of temperature, humidity and rainfall on this incidence. As a result, we identified that average monthly temperatures above the 75th percentile (24.7°C) were associated with a higher incidence of overall A. baumannii and CRAB. Interestingly, these findings were more consistent in ICUs and for isolates of blood cultures. In the second study (casecontrol), we analyzed the clonality and risk factors for CRAB bloodstream infections (CRAB-BSI). We studied 38 patients with CRAB-BSI and 76 controls. Significant risk factors (p <0.05) in multivariable analysis for CRAB-BSI acquisition were central venous catheter insertion and use of cefepime or meropenem. In the Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE) genotyping, we identified 12 patterns, 7 of which grouped more than one isolate. In addition, we identified the presence of genes encoding the enzymes OXA-23 and OXA-51, associated with resistance to carbapenems. The third study compared the same 38 cases of CRAB and 76 controls, in a "matched cohort" design, for the outcome "in-hospital death”. As expected, the cases were significantly associated with a higher risk of death in survival analysis models. In addition, when only cases were studied, the use of Aminoglycosides and Polimyxyns after diagnosis was associated with a better prognosis. We conclude that A. baumannii is a potentially lethal agent, which is transmitted within hospitals and between different services, with an increased incidence during warm periods.

Orientador: Carlos Magno Castelo Branco Fortaleza / Resumo: Estima-se que no Brasil ocorram centenas de milhares de Infecções Relacionadas à Assistência (IRAS) à Saúde todos os anos, e uma proporção significativa desses quadros é causada por Acinetobacter baumannii. Essa bactéria, hiperendêmica em hospitais brasileiros, é geralmente resistente a múltiplas drogas, restando um escasso arsenal terapêutico. Para além dos fatores de risco tradicionais (comorbidades, exposição ao ambiente hospitalar, procedimentos invasivos, uso de antimicrobianos), estudos recentes demonstraram sazonalidade e associação de sua incidência com altas temperaturas ambientais. No entanto, as razões para esses achados permanecem obscuras. Nós conduzimos estudos em três hospitais públicos conveniados do município de Bauru-SP, com o objetivo de colaborar para a compreensão da epidemiologia do A. baumannii, com ênfase nos isolados resistentes a carbapenêmicos (Carbapenem-resistant A. baumannii, CRAB). O primeiro deles, com delineamento ecológico, analisou o comportamento de taxas mensais de incidência de A. baumannii como um todo e em subgrupos (enfermarias versus Unidades de Terapia Intensiva [UTI], amostras clínicas totais versus hemoculturas) no período de 2006 a 2017. Estudamos o impacto de temperatura, umidade e pluviosidade sobre essa incidência. Como resultados, identificamos que temperaturas médias mensais acima do percentil 75 (24,7°C) estavam associadas a maior incidência de A. baumannii como um todo e de CRAB. Curiosamente, esses achados foram mais consi... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: It is estimated that in Brazil hundreds of thousands of Healthcare Associated Infections (HCAI) occur every year, and a significant proportion of these are caused by Acinetobacter baumannii. This bacterium, hyperendemic in Brazilian hospitals, is generally resistant to multiple drugs, leaving behind a scarce therapeutic arsenal. In addition to the traditional risk factors (comorbidities, exposure to the hospital environment, invasive procedures, antimicrobial use), recent studies have demonstrated seasonality and association of A. baumannii incidence with high environmental temperatures. However, the reasons underlying these findings remain obscure. We conducted studies in three public hospitals in the city of Bauru-SP, Brazil, in order to contribute to understanding the epidemiology of A. baumannii, with emphasis on carbapenem resistant isolates (CRAB). The first one, with ecological design, analyzed the behavior of monthly rates of incidence of overall A. baumannii and several subgroups (non-critical wards vs. Intensive Care Units (ICU), overall clinical samples vs. blood cultures) from 2006 to 2017. We studied the impact of temperature, humidity and rainfall on this incidence. As a result, we identified that average monthly temperatures above the 75th percentile (24.7°C) were associated with a higher incidence of overall A. baumannii and CRAB. Interestingly, these findings were more consistent in ICUs and for isolates of blood cultures. In the second study (casecontrol), w... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Made available in DSpace on 2014-08-26T17:15:04Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 122.pdf: 1194114 bytes, checksum: b0b0d31b9027bb954f6bb3ca83a18349 (MD5) Previous issue date: 2007 / Os enterococos são patógenos com considerável capacidade de expressar resistência a vários antimicrobianos. Sua natureza ubiqüitária e resistência às condições ambientais adversas explicam sua habilidade para colonizar diferentes habitats e seu potencial para se disseminar com facilidade através da cadeia alimentar. No presente estudo avaliamos a distribuição das espécies e a susceptibilidade aos antimicrobianos entre enterococos isolados a partir de alimentos de origem animal (carne de frango e leite pasteurizado) obtidos de supermercados e feiras livres no Rio de Janeiro / RJ, Brasil. As seguintes espécies foram identificadas, entre 167 amostras isoladas obtidos de carne de frango e 127 obtidas de leite pasteurizado: E. faecalis (184 – 62,6%), E. casseliflavus (51 – 17,3%), E. durans (19 – 6,5%), E. gallinarum (9 – 3%), E. gilvus (7 – 2,4%), E. faecium 6 – 2%), E. hirae (4 – 1,4%) e E. sulfureus (3 – 1%). Os percentuais de resistência aos antimicrobianos entre os isolados foram: 32,1% à tetraciclina; 23,3% à eritromicina; 11,3% à estreptomicina; 0,7% ao cloranfenicol; 3,9% à gentamicina, 2,1% ao imipenem; 1,1% à norfloxacina; 0,7% à ciprofloxacina, nitrofurantoína e penicilina e 0,4% /à ampicilina. Resistência intermediária foi detectada em percentuais que variaram de 0,5% para a linezolida até 62% para a eritromicina. Nenhuma das amostras bacterianas apresentou resistência aos glicopeptídeos testados, vancomicina e teicoplanina. Resistência a níveis elevados de aminoglicosídeos foi observada em 13,1% dos isolados. Multirresistencia aos antimicrobianos foi observada nas espécies E. faecalis, E. casseliflavus, E. faecium, E. gallinarum, E. durans e E. gilvus. Entre os enterococos isolados de carne de frango e leite pasteurizado foi possível detectar a presença do gene ermB, responsável pela resistência à eritromicina entre E. faecalis, E. casseliflavus, E. gallinarum e E. durans. Os genes tetL, tetM e tetO, foram detectados nas espécies E. faecalis, E. casseliflavus e E. gallinarum isoladas a partir carne de frango. A diversidade genética de E. faecalis (54 isolados) apresentando características de multirresistencia aos antimicrobianos, procedentes de carne de frango e de leite pasteurizado foi avaliada através da análise dos perfis de fragmentação do DNA cromossômico utilizando a endonuclease de restrição SmaI e eletroforese em campo pulsado (PFGE). Foi detectado um número elevado (39) de diferentes perfis de fragmentação do DNA cromossômico. Deste total, a maioria (30) foi constituída por apenas um isolado, revelando um elevada diversidade genética. / The enterococci are important nosocomial pathogens with a remarkable capacity of expressing resistance to several antimicrobial agents. Their ubiquitous nature and resistance to adverse environmental conditions take account for their ability to colonize different habitats and for their potential for easy spreading through the food chain. In the present study we evaluated the distribution of species and antimicrobial susceptibility among enterococcal isolates recovered from food obtained in retail stores in Rio de Janeiro, Brazil. The following species were identified among 167 isolates obtained from poultry meat and 127 from pasteurized milk: Enterococcus faecalis (62.6%), Enterococcus casseliflavus (17.3%), Enterococcus durans (6.5%), Enterococcus gallinarum (3.0%), Enterococcus gilvus (2.4%), Enterococcus faecium (2.0%), Enterococcus hirae (1.4%), and Enterococcus sulfureus (1.0%). The overall percentages of antimicrobial resistant isolates were: 31.2 % to tetracycline, 23.8% to erythromycin, 11.3% to streptomycin, 4.3% to chloramphenicol, 3.9% to gentamicin, 1.4% to norfloxacin, 1.1% to imipenem, 0.7% to ciprofloxacin, nitrofurantoin, and penicillin and 0.4% to ampicillin. Intermediate resistance was detected in frequencies varying from 0.5% for linezolid to 58.2% for erythromycin. None of the isolates showed resistance to glycopeptides. High-level resistance to aminoglycosides was observed in 13.1% of the isolates. Multiresistance was observed in E. faecalis, E. casseliflavus, E. faecium, E. gallinarum, E. durans and E. gilvus. The presence of the gene ermB, coding for the resistance to erythromycin, was detected by PCR in E. faecalis, E. casseliflavus, E. gallinarum and E. durans. The presence of the genes tetL, tetM and tetO, associated with resistance to tetracycline, were detected by PCR, among E. faecalis, E. casseliflavus, and E. gallinarum isolatede from poultry meat. The genetic diversity among multiresistant E. faecalis (54 isolates) from poultry meat and pasteurized milk, was evaluated by the analysis of the cromossomic DNA fragmentation profile by PFGE after cleavage with SmaI by PFGE. A variety (39) of different cromossomic DNA fragmentation profile or clonal complexes was found among multiresistant E. faecalis from poultry meat and milk, indicating a high level of genetic diversity.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Os enterococos estão amplamente distribuídos no ambiente. Nos seres humanos, compõem a microbiota do trato gastrintestinal, da cavidade oral e do trato geniturinário. Nas últimas décadas, esses microrganismos se tornaram importantes agentes etiológicos de infecções hospitalares. Uma característica marcante desses microrganismos é a resistência intrínseca a vários antimicrobianos utilizados habitualmente no tratamento de infecções, além de alguns fatores que tem sido relacionado à virulência de enterococos. Este estudo investigou a presença de enterococos em amostras de infecção e colonização de pacientes hospitalizados, profissionais de saúde, dietas hospitalares e manipuladores de alimentos. Foram analisadas 276 amostras de colonização, de quadros de infecção, dietas orais e manipuladores de alimento. Não foram recuperadas amostras dos profissionais de saúde. Todas as amostras foram submetidas a testes convencionais de caracterização do gênero e espécies. Testes de susceptibilidade aos antimicrobianos foram empregados pelo método de disco difusão, além da CIM para vancomicina e teicoplanina. A produção de biofilme e a expressão da gelatinase também foram avaliadas. Os genes de resistência a gentamicina, estreptomicina e vancomicina e os genes de virulência cylA, esp e fsr foram pesquisados pela técnica de PCR. O polimorfismo genético foi determinado por PFGE. A espécie E. faecalis foi a prevalente nas amostras isoladas de colonização e infecção (42,2% e 81,9%, respectivamente). E. casseliflavus (58,9%) foi a mais freqüente dentre as amostras das dietas hospitalares e E. faecium (46,7%) de manipuladores. Dentre as amostras de colonização as maiores taxas de resistência foram observadas para eritromicina (76,3%) e ciprofloxacina (53,9%). Dentre as amostras de infecção, >70% foram resistentes a eritromicina, ciprofloxacina e tetraciclina. Resistência a níveis elevados de gentamcina (HLR-GE) e estreptomicina (HLR-ST) foi detectada em 24,6% e 20,4% das amostras, respectivamente, e todas foram portadoras dos respectivos genes. A maioria das amostras de colonização (52,6%) e infecção (55,7%) foram multirresistentes. A taxa para resistência a níveis elevados de vancomicina foi de 5,2% e todas eram portadoras do gene vanA. Em relação a formação de biofilme, 70,2% foram produtoras, com uma maior freqüência dentre as de infecção. A expressão de gelatinase foi detectada em 28,9% e 44,3% das amostras de colonização e infecção, respectivamente. Nenhuma das amostras isoladas das dietas hospitalares e de manipuladores expressou gelatinase. Nas amostras pertencentes as espécies E. faecalis e E. faecium (n=109) 16,5%, 51,4% e 48,6% apresentaram produtos de amplificação referentes aos genes cylA, esp e fsr, respectivamente. A análise do polimorfismo genético revelou uma extensa diversidade dentre as amostras pertencentes as espécies E. faecalis e E. faecium, não acarretando um perfil eletroforético prevalente. Entretanto, foi observado um perfil único dentre as amostras de E. gallinarum resistentes a vancomicina (vanA). Este estudo mostrou que amostras de enterococos isoladas de diferentes fontes, não só de quadros infecciosos, podem representar um risco para a população, apontando para uma maior reflexão quanto ao papel desses microrganismos nas infecções humanas, particularmente no ambiente hospitalar. / Enterococci are widespread in the nature. In humans, as in the other animals, gastrointestinal tract, the oral cavity and the genitourinary tract. In recent decades, these microorganisms have emerged as one important of the most pathogen associated with nosocomial infections. They shows intrinsic resistance to several antimicrobial commonly used for treatment of the infections. Several potential virulence factors have been identified in enterococci, but none has been established as having a major contribution to virulence in humans, as well as some factors that has been linked to the virulence of enterococci. We analyzed 276 isolates obtained from colonization, infection, hospital diets and food handlers. The isolates were identified by conventional physiological tests for characterization at genus and species level. Antimicrobial susceptibilities were determined by the disk diffusion test method. CIM to vancomycin and teicoplanin were avayable by E-test. The biofilm production and the expression of gelatinase were also evaluated. The genes for resistance to gentamicin, vancomycin, streptomycin resistance genes as code as determinants virulence cylA, esp and fsr were investigated by PCR. The genetic polymorphism was determined by PFGE. E. faecalis was prevalent species recovered from colonization and infection (42.2% and 81.9%, respectively). E. casseliflavus (58.9%) was frequent species among the hospital diets samples. On the other hand, E. faecium (46.7%) was prevalent in food handlers. Among the colonization isolates the highest rates of resistance were observed to erythromycin (76.3%) and ciprofloxacin (53.9%). Although, >70% of infection isolates were resistant to erythromycin, tetracycline and ciprofloxacin. High level resistance to gentamicin (HLR-GE) and streptomycin (HLR-ST) were detected in 24.6% and 20.4% of the samples, respectively, and these isolates harboured the genes aac(6)-Ie-aph(2)-Ia and aph(2)-Ic. Most strains of colonization (52.6%) and infection (55.7%) were multidrug resistant. High level resistance to vancomycin were detected in 5.2% of isolates harbouring vanA gene. 70.2% of the isolates were biofilm producers, were greater frequency among of infection. The expression of gelatinase was detected in 28.9% and 44.3% of colonization and infection isolates, respectively. None of the isolates recovered from the hospital diets and food handlers expressed gelatinase. In E. faecalis and E. faecium strains (n = 109) 16.5%, 51.4% and 48.6% showed amplification products related cylA, esp and fsr genes, respectively. The analysis of genetic polymorphism showed a wide diversity among the isolates belonging to the E. faecalis and E. faecium species. None prevalent profile was observed. The E. gallinarum vanc1/vanA isolates showed identical PFGE profiles. This study showed that enterococci strains isolated from diferents sources, also represents a potential risk for population, particularly those in hospital environment.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / As espécies do gênero Acinetobacter são freqüentes no ambiente, mas nas últimas décadas vêm se destacando como patógenos hospitalares, especialmente Acinetobacter baumannii e as genoespécies 3 e 13TU, que formam o Complexo A. baumannii e cuja diferenciação só é possível pela utilização de metodologias moleculares. São associadas a diferentes apresentações clínicas, principalmente em pacientes internados em unidades de tratamento intensivo. Freqüentemente apresentam resistência a uma ampla variedade de antimicrobianos, incluindo os carbapenêmicos. Nestes casos as opções de tratamento podem, algumas vezes, limitar-se à polimixina. Esse trabalho objetivou avaliar a susceptibilidade a antimicrobianos, a diversidade genética e a dinâmica de colonização de Acinetobacter spp. isolados de pacientes internados no Centro de Tratamento Intensivo do Hospital Universitário Pedro Ernesto em um ano de estudo. Durante o ano de 2009 foram estudadas 76 amostras de Acinetobacter spp. isoladas de 34 pacientes, sendo a maioria obtida do trato respiratório (42,1 %), seguido de sangue (19,7%). Do total, 96,1% (73) foram identificadas como A. baumannii através da detecção do gene intrínseco blaOXA-51-like. Todas as amostras de A. baumannii foram produtoras da carbapenemase OXA-23 e apresentaram perfil de multirresistência, enquanto as três espécies não-baumannii foram sensíveis a todos os antimicrobianos testados. Não houve produto de amplificação para os genes blaOXA-24-like, blaOXA-58-like e blaOXA-143 pela técnica de PCR multiplex. As amostras apresentaram taxa de resistência maior que 70% para oito dos onze antimicrobianos testados: piperacilina-tazobactam, ceftazidima, cefotaxima, cefepime, amicacina, ciprofloxacina, imipenem e meropenem. A droga com melhor atividade in vitro foi a polimixina B. Quatro amostras foram resistentes com CIM determinada pelo E-test variando de 6 g/mL a 32 g/mL. Observou-se uma grande diversidade genética dentre as amostras, com dez grupos clonais identificados pelo PFGE. O grupo clonal B foi prevalente e persistente na unidade, representado por 32 (42,1%) amostras. Esse foi o mesmo clone descrito como o mais freqüente no Rio de Janeiro em estudo prévio. O clone associado a um surto ocorrido na mesma instituição entre 2007 e 2008 esteve presente em apenas sete (9,2%) amostras, tendo sido substituído pelo genótipo B. A análise prospectiva dos pacientes que permaneceram internados por pelo menos um mês mostrou casos de substituição clonal após terapia antimicrobiana, indicando a existência de reservatório ambiental dos genótipos circulantes. A colonização do trato respiratório por A. baumannii foi bastante comum, mas também foram observados casos de substituição de uma espécie não-baumannii por A. baumannii, além de infecção de corrente sanguínea por um genótipo diferente daquele responsável pela colonização. A presença de cepas resistentes à polimixina é preocupante, pois representa uma ameaça à terapia com a droga. A existência de um clone multirresistente disseminado no Rio de Janeiro, possivelmente pela transferência de pacientes e por profissionais que trabalham em mais de um hospital, aponta a necessidade de se adotar medidas de controle de infecção mais eficazes a fim de reduzir as taxas de morbidade e mortalidade. Além disso, a identificação de focos ambientais de dispersão das cepas epidêmicas parece essencial para garantir a eficácia das demais medidas de contenção de surtos / The species of the genus Acinetobacter are common in the environment, but in recent decades have gained prominence as nosocomial pathogens, especially Acinetobacter baumannii and genospecies 3 and 13TU, which form the A. baumannii Complex and whose differentiation is only possible by the use of molecular methodologies. They are associated with different clinical presentations, mainly in patients hospitalized in intensive care units. Often exhibit resistance to a wide range of antimicrobials, including carbapenems. In these cases, treatment options may sometimes be restricted to polymyxin. This study aimed to evaluate the antimicrobial susceptibility, genetic diversity and colonization dynamics of Acinetobacter spp. isolated from patients hospitalized in the Intensive Care Unit of Hospital Universitário Pedro Ernesto in a year of study. During 2009, 76 strains of Acinetobacter spp. isolated from 34 patients were studied, most of them obtained from the respiratory tract (42.1%), followed by blood (19.7%). Of the total, 96.1% (73) were identified as A. baumannii by detection of the intrinsic gene blaOXA-51-like. All strains of A. baumannii were OXA-23 carbapenemase producers and showed a multiresistant profile, whereas the three non-baumannii species were susceptible to all antimicrobials tested. There were no amplification products for the genes blaOXA-24-like, blaOXA-58-like and blaOXA-143 by multiplex PCR. The islates showed resistance rates greater than 70% for eight of eleven antimicrobials: piperacillin-tazobactam, ceftazidime, cefotaxime, cefepime, amikacin, ciprofloxacin, imipenem and meropenem. The drug with the highest activity in vitro was polymyxin B. Four strains were resistant with MICs determined by E-test ranging from 6 &#61549;g/mL to 32 &#61549;g/mL. A great genetic diversity was observed among the isolates, with ten clonal groups identified by PFGE. The clonal group B was prevalent and persistent in the unit, represented by 32 (42.1%) isolates. This was the same clone described as the most frequent in Rio de Janeiro in a previous study. The clone associated with an outbreak in the same institution between 2007 and 2008 was found in only seven (9.2%) isolates, having been replaced by genotype B. A prospective analysis of patients who were admitted for at least one month showed cases of clonal substitution after antimicrobial therapy, indicating the existence of environmental reservoir of circulating genotypes. Respiratory tract colonization by A. baumannii was quite common, but there were also cases of replacement of a non-baumannii species by A.baumannii, and bloodstream infection by a genotype different from that responsible for colonization. The presence of polymyxin-resistant strains is worrisome as it represents a threat to the therapy with this drug. The existence of a multiresistant clone widespread in Rio de Janeiro, possibly due to the transfer of patients and to sharing of common healthcare staff, points out the need to adopt more effective infection control measures in order to reduce the morbidity and mortality. In addition, the identification of epidemic strains environmental dispersion sources seems essential to ensure the efficiency of other outbreaks contention measures

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Os enterococos estão amplamente distribuídos no ambiente. Nos seres humanos, compõem a microbiota do trato gastrintestinal, da cavidade oral e do trato geniturinário. Nas últimas décadas, esses microrganismos se tornaram importantes agentes etiológicos de infecções hospitalares. Uma característica marcante desses microrganismos é a resistência intrínseca a vários antimicrobianos utilizados habitualmente no tratamento de infecções, além de alguns fatores que tem sido relacionado à virulência de enterococos. Este estudo investigou a presença de enterococos em amostras de infecção e colonização de pacientes hospitalizados, profissionais de saúde, dietas hospitalares e manipuladores de alimentos. Foram analisadas 276 amostras de colonização, de quadros de infecção, dietas orais e manipuladores de alimento. Não foram recuperadas amostras dos profissionais de saúde. Todas as amostras foram submetidas a testes convencionais de caracterização do gênero e espécies. Testes de susceptibilidade aos antimicrobianos foram empregados pelo método de disco difusão, além da CIM para vancomicina e teicoplanina. A produção de biofilme e a expressão da gelatinase também foram avaliadas. Os genes de resistência a gentamicina, estreptomicina e vancomicina e os genes de virulência cylA, esp e fsr foram pesquisados pela técnica de PCR. O polimorfismo genético foi determinado por PFGE. A espécie E. faecalis foi a prevalente nas amostras isoladas de colonização e infecção (42,2% e 81,9%, respectivamente). E. casseliflavus (58,9%) foi a mais freqüente dentre as amostras das dietas hospitalares e E. faecium (46,7%) de manipuladores. Dentre as amostras de colonização as maiores taxas de resistência foram observadas para eritromicina (76,3%) e ciprofloxacina (53,9%). Dentre as amostras de infecção, >70% foram resistentes a eritromicina, ciprofloxacina e tetraciclina. Resistência a níveis elevados de gentamcina (HLR-GE) e estreptomicina (HLR-ST) foi detectada em 24,6% e 20,4% das amostras, respectivamente, e todas foram portadoras dos respectivos genes. A maioria das amostras de colonização (52,6%) e infecção (55,7%) foram multirresistentes. A taxa para resistência a níveis elevados de vancomicina foi de 5,2% e todas eram portadoras do gene vanA. Em relação a formação de biofilme, 70,2% foram produtoras, com uma maior freqüência dentre as de infecção. A expressão de gelatinase foi detectada em 28,9% e 44,3% das amostras de colonização e infecção, respectivamente. Nenhuma das amostras isoladas das dietas hospitalares e de manipuladores expressou gelatinase. Nas amostras pertencentes as espécies E. faecalis e E. faecium (n=109) 16,5%, 51,4% e 48,6% apresentaram produtos de amplificação referentes aos genes cylA, esp e fsr, respectivamente. A análise do polimorfismo genético revelou uma extensa diversidade dentre as amostras pertencentes as espécies E. faecalis e E. faecium, não acarretando um perfil eletroforético prevalente. Entretanto, foi observado um perfil único dentre as amostras de E. gallinarum resistentes a vancomicina (vanA). Este estudo mostrou que amostras de enterococos isoladas de diferentes fontes, não só de quadros infecciosos, podem representar um risco para a população, apontando para uma maior reflexão quanto ao papel desses microrganismos nas infecções humanas, particularmente no ambiente hospitalar. / Enterococci are widespread in the nature. In humans, as in the other animals, gastrointestinal tract, the oral cavity and the genitourinary tract. In recent decades, these microorganisms have emerged as one important of the most pathogen associated with nosocomial infections. They shows intrinsic resistance to several antimicrobial commonly used for treatment of the infections. Several potential virulence factors have been identified in enterococci, but none has been established as having a major contribution to virulence in humans, as well as some factors that has been linked to the virulence of enterococci. We analyzed 276 isolates obtained from colonization, infection, hospital diets and food handlers. The isolates were identified by conventional physiological tests for characterization at genus and species level. Antimicrobial susceptibilities were determined by the disk diffusion test method. CIM to vancomycin and teicoplanin were avayable by E-test. The biofilm production and the expression of gelatinase were also evaluated. The genes for resistance to gentamicin, vancomycin, streptomycin resistance genes as code as determinants virulence cylA, esp and fsr were investigated by PCR. The genetic polymorphism was determined by PFGE. E. faecalis was prevalent species recovered from colonization and infection (42.2% and 81.9%, respectively). E. casseliflavus (58.9%) was frequent species among the hospital diets samples. On the other hand, E. faecium (46.7%) was prevalent in food handlers. Among the colonization isolates the highest rates of resistance were observed to erythromycin (76.3%) and ciprofloxacin (53.9%). Although, >70% of infection isolates were resistant to erythromycin, tetracycline and ciprofloxacin. High level resistance to gentamicin (HLR-GE) and streptomycin (HLR-ST) were detected in 24.6% and 20.4% of the samples, respectively, and these isolates harboured the genes aac(6)-Ie-aph(2)-Ia and aph(2)-Ic. Most strains of colonization (52.6%) and infection (55.7%) were multidrug resistant. High level resistance to vancomycin were detected in 5.2% of isolates harbouring vanA gene. 70.2% of the isolates were biofilm producers, were greater frequency among of infection. The expression of gelatinase was detected in 28.9% and 44.3% of colonization and infection isolates, respectively. None of the isolates recovered from the hospital diets and food handlers expressed gelatinase. In E. faecalis and E. faecium strains (n = 109) 16.5%, 51.4% and 48.6% showed amplification products related cylA, esp and fsr genes, respectively. The analysis of genetic polymorphism showed a wide diversity among the isolates belonging to the E. faecalis and E. faecium species. None prevalent profile was observed. The E. gallinarum vanc1/vanA isolates showed identical PFGE profiles. This study showed that enterococci strains isolated from diferents sources, also represents a potential risk for population, particularly those in hospital environment.

Salmonella é uma bactéria Gram-negativa, que compreende cerca de 2.500 sorotipos, muitos dos quais relevantes para humanos e animais; contamina alimentos e água, apresentando-se como um grande problema de saúde pública em todo o mundo. Causa infecção acompanhada de diferentes manifestações clínicas, mais comumente gastroenterite, e pode progredir, embora menos frequentemente, para septicemia e morte, especialmente em indivíduos jovens. Também é responsável pela febre entérica, caracterizada pela disseminação da bactéria pelo sistema reticuloendotelial via macrófagos para linfonodos, fígado e baço. O presente trabalho realizou um levantamento bibliográfico com vistas a averiguar os principais aspectos relativos à Salmonella discutidos na última década. Constatou-se que, no geral, os sorotipos mais prevalentes são S. Enteritidis, seguida de S. Typhimurium e, em regiões em desenvolvimento, há alta prevalência de S. Typhi e ,em menor proporção, de S. Paratyphi A. Em publicações que relatam surtos provocados por salmonelas, S. Typhimurium é o sorotipo mais prevalente, seguido de S. Enteritidis. Os fatores de virulência mais referidos são hil, spv, sop, sif, sse e inv. A resistência a antimicrobianos utilizados no tratamento de salmonelose é bastante discutida e são apontadas altas taxas de resistência e, inclusive, multirresistência principalmente à ampicilina, cloranfenicol e tetraciclina. Os antimicrobianos mais indicados atualmente para tratamento de salmonelose são ciprofloxacina e ceftriaxona, ainda que estudos apontem para o desenvolvimento de resistência a estes fármacos. Outros antimicrobianos indicados são cefixima, ceftazidima e imipenem, embora recomendados apenas em casos de falha no tratamento com fluoroquinonas e cefalosporinas de terceira geração, devido a fatores como alto custo e maior propensão ao desenvolvimento de efeitos colaterais. Os genes que intermediam a resistência a antimicrobianos estão normalmente contidos em plasmídios ou integrons, especialmente integron classe 1, os quais podem também estar abrigados em plasmídios ou no cromossomo da bactéria, especialmente em uma região chamada de ilha genômica 1 de Salmonella (SGI1). Os principais genes que conferem resistência a antimicrobianos mencionados são: drf, aad, tet, str, sul e flo. A resistência a antimicrobianos também é conferida por enzimas beta-lactamases de amplo espectro, cujos principais genes responsáveis por sua codificação são blaCTM-X, blaTEM e blaPSE. Na epidemiologia da salmonelose, os vetores mais relevantes para a contaminação pela bactéria são ovos, principalmente, além de carne bovina e leite, frutas, vegetais especialmente o tomate , carne aviária e suína. Como medidas profiláticas, são indicadas práticas de higienização de alimentos e utensílios utilizados em seu preparo e a lavagem das mãos após a manipulação de comida, assim como boas práticas de fabricação na cadeia de produção de alimentos. Em regiões em que a febre entérica é prevalente, recomenda-se o consumo de água engarrafada ou após fervimento e cuidado com a água utilizada para lavagem de frutas e verduras a serem ingeridas. Com relação à salmonelose em cães, há poucas publicações a respeito; dentre estas, há dois temas preferencialmente discutidos: a associação da contaminação de Salmonella pelo homem via cão de estimação ou contato com ração ou guloseimas caninas; e a resistência a antimicrobianos de salmonelas isoladas em cães. / Salmonella is a Gram-negative bacteria comprising around 2.500 serotypes, many of these relevant to human and animals; the pathogen contaminates food and water, posing as a major public health concern worldwide. It causes an infection with variable clinical manifestations, most commonly gastroenteritis. Although less frequently, the disease can progress, to septicemia and death, especially in young individuals. It is also responsible for enteric fever, characterized by the spread of the bacteria by the reticuloendothelial system via macrophages to lymph nodes, liver and spleen. The present work constitutes a literature review and intent to inquire the main aspects related to Salmonella discussed in the last decade. It was verified that, generally, the most prevalent serotypes are S. Enteritidis, followed by S. Typhimurium; in developing regions, S. Typhi and, in a lesser proportion, S. Paratyphi A are highly prevalent. In Salmonella´s outbreaks reports, S. Typhimurium is the most prevalent serotype mentioned, followed by S. Enteritidis. The virulence factors most pointed are hil, spv, sop, sif, sse and inv. Salmonellosis treatment failures caused by antimicrobial resistance are very discussed and high rates of resistance are pointed, including multidrug resistance, mainly to ampicillin, chloramphenicol and tetracycline. Currently, the drugs most indicated to treat salmonellosis are ciprofloxacin and ceftriaxone, even though studies point to the development of resistance to these drugs. Others antimicrobials indicated are cefixime, ceftazidime and imipenem, although they are recommended only in cases of fluoroquinonas and thirdgeneration cephalosporins treatment failure, due to cost and greater propensity to the development of side effects, etc. Antimicrobial resistance genes are normally harbored in plasmids and integrons, especially class 1 integron, which can also be housed in plasmids or within the chromosome, particularly in a region called Salmonella genomic island 1 (SGI1). The main antimicrobial resistance genes mencioned are: drf, aad, tet, str, sul and flo. The antimicrobial resistance is also conferred by extended-spectrum beta-lactamase enzymes, and the major genes involved in their prodution are blaCTM-XN, blaTEM and blaPSE. According to salmonellosis epidemiology, the most relevant vectors for the bacteria´s contamination are eggs, mainly, and also beef and milk, fruits, vegetables especially tomatoes , chicken and swine meat. As prophylaxis measures, it is recommended efficient hygiene practices in the preparation of food and washing hands and utensils properly after handling food, as well as good manufacturing practices in food production chain. In regions where enteric fever is prevalent, it is recommended the ingestion of bottled or boiling water and attention to the water used to clean fruits and vegetables. There are few studies about the subject. Among these, there were two mainly discussed themes: the association between man´s contamination by Salmonella through direct contact with dogs or dry dog food and dog treats; and the investigation of antimicrobial resistance among Salmonella isolated in dogs.

Submitted by Biblioteca da Faculdade de Farmácia (bff@ndc.uff.br) on 2017-04-18T16:42:00Z No. of bitstreams: 1 Fleming, Maria Emília de Castro Kling [Dissertação, 2011].pdf: 3850457 bytes, checksum: 76e7a64373d2898f956190ecd2aa26c3 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-18T16:42:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Fleming, Maria Emília de Castro Kling [Dissertação, 2011].pdf: 3850457 bytes, checksum: 76e7a64373d2898f956190ecd2aa26c3 (MD5) / Introdução: As infecções de corrente sanguínea estão entre as mais graves infecções, principalmente se causadas por microrganismos resistentes a antimicrobianos. O objetivo deste estudo foi avaliar a prevalência e o perfil de resistência de microrganismos isolados em hemoculturas em um hospital público e outro privado localizados em Niterói, Rio de Janeiro, Brasil. MÉTODOS: O estudo foi conduzido em um hospital geral de natureza pública com 227 leitos e um hospital geral, privado contendo 123 leitos, entre Agosto de 2009 a Agosto de 2010. Todas as amostras provenientes de pacientes maiores de 18 anos foram consecutivamente coletadas após identificação por métodos de rotina de cada laboratório de microbiologia. As cepas de E. coli, K. pneumoniae, K. oxytoca e P. mirabilis foram testadas quanto a produção de ESBL (Extended Spectrum Betalactamase) de acordo com as recomendações do CLSI. As enterobactérias foram testadas quanto a produção de carbapenemases pelo teste modificado de Hodge (CLSI). As amostras de P. aeruginosa foram testadas para a produção de MBLs pelo teste fenotípico de disco combinado. A reação em cadeia da polimerase (PCR) foi utilizada para a detecção dos genes (blaIMP, blaVIM, blaSPM), relacionados com a produção de metalo-beta-lactamases (MBLs). A similaridade genética entre as cepas de P. aeruginosa foi avaliada pela técnica de eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE). RESULTADOS: Foram coletadas 195 amostras de microrganismos isolados em hemoculturas no hospital público e 123 amostras no hospital privado. Os nãofermentadores foram a maior causa de bacteremias na unidade de terapia intensiva (UTI) da instituição pública. As enterobactérias foram os microrganismos mais prevalentes nas enfermarias da unidade privada. No hospital público foram detectadas amostras produtoras de ESBL, enquanto no hospital privado foram identificadas cepas produtoras de carbapenemases. Dentre as cepas de P. aeruginosa, 40 amostras foram testadas para a produção de MBLs. Treze cepas (32,5%) foram positivas no teste fenotípico e no PCR, todas positivas para o gene blaSPM-1, sendo que apenas uma foi proveniente da instituição pública e 12 do hospital particular. Nenhuma amostra carreadora dos genes blaIMP-1 e blaVIM-2 foram detectadas. Os resultados de PFGE mostraram que todas as cepas carreadoras do gene blaSPM-1, isoladas no hospital privado, foram geneticamente relacionadas (Pulsotipo A), o que pode indicar uma transmissão cruzada entre os pacientes e profissionais de saúde. CONCLUSÕES: As características dos microrganismos isolados em hemoculturas variou entre as unidades de internação e entre os hospitais, demonstrando que os dados locais podem orientar a terapia antimicrobiana e as medidas de controle e prevenção das infecções. Devido ao impacto das infecções de corrente sanguínea e a presença de microrganismos resistentes no ambiente hospitalar, estudos adicionais e medidas de vigilância são necessárias / Introduction: Bloodstream infections are one of the most serious bacterial infections, especially if caused by resistant microorganisms. The purpose of this study was to assess the prevalence and resistance profile of pathogens isolated from blood cultures in a public and a private hospital of Niterói, Rio de Janeiro, Brazil. METHODS: A case-series of patients with blood stream infection was conducted at a 227-bed public general hospital and at a 123-bed private general hospital from August 2009 to August 2010. All isolates were consecutively detected from patients minimum age of 18 years and identified by the routine methodology used at each laboratory. Every E. coli, K. pneumoniae, K. oxytoca and P. mirabilis isolates were tested for ESBL (Extended Spectrum Beta-lactamase) production using the CLSI guidelines. The Enterobacteriaceae was tested for carbapenemase production using the Modified Hodge test (CLSI). Every P. aeruginosa were tested for metallo-betalactamases (MBLs) producing by the phenotypic method of combined disk. The polymerase chain reaction (PCR) was used to detect the MβLs genes (blaIMP, blaVIM, blaSPM). The genetic similarity between the strains was evaluated in samples which were positive for MBLs using the pulsed field gel electrophoresis technique (PFGE). RESULTS: Were collected 195 samples of microorganisms isolated in blood cultures in the public hospital and 123 samples in the private hospital. The non-fermentatives were the major cause of bacteremia in the ICU of public hospital. The Enterobacteriaceae were the most prevalent in the the wards of private hospital. In the public hospital, we found strains producing ESBL and in the private hospital, strains producing carbapenemase. Forty samples of P. aeruginosa were tested for MBL producing. Thirteen strains (32,5%) were positive in phenotypic test and in PCR, every sample were positive for blaSPM-1, and only one was from the public institution and 12 of the particular hospital. No blaIMP-1 and blaVIM gene were detected. The PFGE analysis showed that all blaSPM-1 gene-carrying strains isolated in private hospital were genetically related (Pulsetype A), suggesting a cross transmission between patients and health professionals. CONCLUSIONS: The characteristics of the microorganisms isolated from blood culture varied from hospital to hospital and between inpatient units, showing that local data can help with therapeutic choices and with the prevention and control of infection. Due to the impact of bloodstream infections and the presence of resistant microorganisms in the hospitals, additional studies and monitoring measures are necessary

Made available in DSpace on 2016-08-10T10:53:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 MARCIANO DE SOUSA NOBREGA.pdf: 616658 bytes, checksum: 0673ba9db2600506e22ee2169eef0af7 (MD5) Previous issue date: 2012-05-14 / The increase in bacterial resistance occurs in all regions of the world, especially in critically ill patients hospitalized in intensive care units (ICUs) and that make use of several antimicrobials. Bacterial resistance complicates therapy prolongs the ICU stay and increased morbidity and mortality. Among the microorganisms that cause infections in ICUs, we highlight P. aeruginosa and A. baumannii, gram-negative high incidence of nosocomial infections and have shown a tendency to increased antimicrobial resistance. OBJECTIVE: To evaluate microbial and bacterial resistance in adult intensive care agents P. aeruginosa and A. baumannii. MATERIALS AND METHODS: Retrospective study from January 2007 to December 2010 on the sensitivity and P. aeruginosa and A. baumannii in adult ICU patients (medical and surgical) of HC / UFG, with a diagnosis of hospital infection. We analyzed the evolution of resistance, antimicrobial consumption, mortality, topography of infections and length of stay in the units. 121 cases have been cataloged. RESULTS: The mean age of patients was 51.2 ± 17.9 years, male 45.45% and 55.55% female, mean ICU stay was 26.99 days, compared with 6.22 days of the general population unit. The mortality rate was 37.19% compared to a rate of 27.17% of the population. The primary site of infection was the respiratory tract with 41.3% followed by infection of the bloodstream with 27.27%. The initial average of bacterial resistance related of P. aeruginosa was close to 50% and A. baumannii was greater than 80%, with no significant modifications to the P. aeruginosa in this period. There was a significant increase in resistance to A. baumannii to amikacin. Consumption of antimicrobial agents showed an increase of antimicrobials amikacin, imipenem and piperacillin-tazobactam in cases of infection by P. aeruginosa infections and imipenem in A. baumannii. No correlation was found between bacterial resistance and antimicrobial consumption. CONCLUSION: Mortality and length of stay were higher in the study group. The bloodstream and respiratory tract were the main sites of infection by A. baumannii and P. aeruginosa multiresistant. The susceptibility profile revealed that P. aeruginosa and A. baumannii are highly resistant to antimicrobials. There were no significant changes in the evolution of antimicrobial resistance to the antibiotics tested, except for amikacin used in infections caused by A. baumannii. The consumption of antimicrobials showed increased consumption of amikacin, imipenem and piperacillin-tazobactam in patients infected with P. aeruginosa and to A. baumannii increased consumption was only to imipenem. The relationship between consumption of antimicrobials and increased bacterial resistance was not identified. / O aumento da resistência bacteriana ocorre em todas as regiões do mundo, principalmente em pacientes graves, internados em unidades de terapia intensiva (UTIs) e que fazem uso de vários antimicrobianos. A resistência bacteriana dificulta a terapia, prolonga a permanência nas UTIs e aumenta a morbimortalidade. Dentre os microrganismos causadores de infecções em UTIs, destacam-se P. aeruginosa e A. baumannii, gram-negativos de alta incidência em infecções hospitalares e que vêm apresentando aumento da resistência aos antimicrobianos. OBJETIVO: Avaliar os aspectos microbiológicos e a resistência bacteriana em UTIs dos agentes P. aeruginosa e A. baumannii. MATERIAL E MÉTODOS: Estudo retrospectivo, de janeiro de 2007 a dezembro de 2010, sobre o perfil de sensibilidade e P. aeruginosa e de A. baumannii em pacientes de UTIs adulto (clínica e cirúrgica) do HC/UFG, com diagnóstico de infecção hospitalar. Analisou-se a evolução da resistência, consumo de antimicrobianos, mortalidade, topografia das infecções e tempo de permanência nas unidades. Foram catalogados 121 casos. RESULTADOS: A média de idade dos pacientes foi 51,2±17,9 anos, sendo 45,45% do sexo masculino e 55,55% do sexo feminino; a média de permanência na UTI foi de 27 dias, comparado com 6,22 dias da população geral da unidade. A taxa de mortalidade foi de 37,19% ante uma taxa de 27,17% da população geral. O principal local de infecção foi a via respiratória com 41,3% seguido pela infecção de corrente sanguínea com 27,27%. A taxa média inicial de resistência bacteriana da P. aeruginosa foi próxima de 50% e A. baumannii foi superior a 80%, não se observando modificações para a P. aeruginosa nesse período. Houve um aumento significativo na resistência para o A. baumannii para amicacina. O consumo de antimicrobianos apresentou aumento dos antimicrobianos amicacina, imipenem e piperacilina-tazobactam nos casos de infecção por P. aeruginosa e imipenem nas infecções por A. baumannii. Não foi encontrada correlação entre a resistência bacteriana e o consumo de antimicrobianos. CONCLUSÃO: A mortalidade e o tempo de permanência foram maiores no grupo em estudo. A corrente sanguínea e o trato respiratório foram os principais sítios de infecção por A. baumannii e P. aeruginosa multirresistentes. O perfil de susceptibilidade revelou que P. aeruginosa e A. baumannii são altamente resistentes aos antimicrobianos testados. Não houve mudanças significativas na evolução da resistência aos antimicrobianos para os antibióticos testados, exceto para a amicacina usada nas infecções por A. baumannii. O consumo de antimicrobianos aumentou para amicacina, imipenem e piperacilina-tazobactam, nos pacientes com infecção por P. aeruginosa e, para A. baumannii o aumento do consumo foi apenas para o imipenem. A relação entre o consumo de antimicrobianos e o aumento da resistência bacteriana não foi identificada.

A doença decorrente da infecção por Salmonella é um dos maiores problemas de saúde no mundo em termos de morbidade e mortalidade. Entre as sorovariedades de Salmonella, a sorovariedade Enteritidis é a de maior ocorrência mundial e compreende linhagens que tem seu nicho biológico relacionado a frangos e ovos. Várias metodologias de tipagem fenotípicas e genotípicas foram desenvolvidas a fim de se delinear a epidemiologia das infecções por S. Enteritidis. Entretanto a tipagem fenotípica usualmente falha em discriminar linhagens relacionadas das nãorelacionadas epidemiologicamente e apresenta problemas de reprodutibilidade que foram minimizados com a utilização de métodos genotípicos. No Brasil, poucos estudos que utilizaram técnicas moleculares na tipagem de linhagens dessa sorovariedade foram realizados. Os objetivos desse estudo foram investigar o potencial patogênico, a resistência a antimicrobianos e realizar a tipagem molecular de linhagens de Salmonella Enteritidis isoladas de humanos, de alimentos e de frangos no Brasil. Para isso foram estudadas 188 linhagens de Salmonella Enteritidis isoladas de surtos e de casos esporádicos, de humanos (67) de alimentos (61) e de frangos (60), durante o período de 1986 a 2010, de vários locais do Brasil. A susceptibilidade frente a 14 antimicrobianos foi analisada através da técnica de disco difusão e a presença de 13 genes de virulência das ilhas de patogenicidade de Salmonella I e II e do plasmídio pSEV foram pesquisados por PCR. Os mecanismos de resistência a quinolonas foram verificados através da pesquisa de genes de resistência plasmidiais e cromossomais e também através da verificação de mutações no gene gyrA por High resolution melting analysis (HRMA) seguida de sequenciamento de algumas linhagens. As linhagens também foram tipadas molecularmente pelas metodologias Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus PCR (ERIC-PCR), Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) com a enzima XbaI, Multilocus variable-number tandem repeat analysis (MLVA) e por Multilocus sequence typing (MLST). Das 188 linhagens estudadas, 42,5% foi resistente ao ácido nalidíxico e somente 0,5% foi resistente a sulfametoxazol-trimetoprima e estreptomicina. A resistência a quinolonas foi relacionada principalmente a mutações no gene gyrA. A maioria das linhagens estudadas (98,4%) apresentou todos os genes de virulência pesquisados, sendo uma linhagem negativa para o gene sipA e duas linhagens negativas para o gene prot6E. ERIC-PCR dividiu as 128 linhagens isoladas de humanos e alimentos em 55 perfis diferentes com similaridade >79,7%. PFGE dividiu essas mesmas linhagens em 68 perfis diferentes com uma similaridade >73,1%. Para as linhagens isoladas de frango, o dendrograma concatenado de ERIC-PCR e PFGE dividiu as 60 linhagens em dois grandes grupos com 73,3% de similaridade. O grupo A consistiu de linhagens isoladas tanto de material clínico de frangos (23) quanto do ambiente da granja (5) com 81,2% de similaridade. O grupo B também consistiu de linhagens isoladas tanto de casos clínicos de frangos (21) quanto do ambiente da granja (11) com 81,1% de similaridade. MLVA dividiu as 188 linhagens isoladas no Brasil e outras 100 linhagens isoladas na América do Norte em dois grandes grupos. O grupo MLVA-A apresentou 71 linhagens isoladas na América do Norte e somente três linhagens isoladas no Brasil. Essas linhagens do ii Brasil incluíram as isoladas antes do início da pandemia de S. Enteritidis se iniciar no país. Em contraste, o grupo MLVA-B agrupou 185 linhagens isoladas no Brasil e 29 linhagens isoladas na América do Norte. As linhagens presentes no grupo A, foram divididas em 34 tipos genéticos diferentes com similaridade maior do que 46%, enquanto no grupo B as linhagens se diferenciaram em 15 tipos genéticos diferentes com mais de 66% de similaridade. MLST caracterizou 44 das 46 linhagens estudadas como pertencentes ao ST 11. As outras duas linhagens apresentaram alelos que não existiam no banco de dados e caracterizaram dois novos STs, o 1632 e o 1633. Os resultados de tipagem molecular obtidos por ERICPCR, PFGE e MLVA no presente estudo, demonstraram uma alta similaridade genotípica entre linhagens de S. Enteritidis isoladas no Brasil, o que sugere que as linhagens estudadas descendem de um precursor comum que pouco se diferenciou genotipicamente ao longo de 24 anos no país. Ademais, os resultados de MLVA sugerem que um novo e prevalente subtipo foi introduzido no Brasil após 1993 e tem contaminado alimentos e infectado humanos e animais. O grande número de genes de virulência encontrados reforça o potencial das mesmas causarem doenças em humanos e animais, bem como, os riscos de sua presença em alimentos. Ademais, a grande porcentagem de linhagens resistentes ao ácido nalidíxico observadas a partir de 1996 sugere o uso de quinolonas no tratamento de infecções em animais causadas por S. Enteritidis no Brasil. / The disease caused of the infection by Salmonella is one of the major health problem worldwide in terms of morbid and mortality. Among the Salmonella serovars, the Enteritidis is the most frequent isolated one and comprises strains that have their biological niche related to chickens and eggs. Several phenotypic and genotypic methodologies were developed to trace epidemiologically the infections by S. Enteritidis. However, the phenotypic typing usually fail to discriminate related from unrelated epidemiologicaly strains and presents problems of reproducibility that were minimized with the introduction of genotypic methods. In Brazil, few studies that used molecular typing techniques to type strains of this serovar were conducted. The aims of this study were to investigate the pathogenic potential, the antimicrobial resistance and to molecularly type of Salmonella Enteritidis strains isolated from humans, food and chickens in Brazil. For this, it was studied 188 strains of Salmonella Enteritidis isolated from outbreaks and sporadic cases, from humans (67), food (61) and chickens (60), during the period of 1986 to 2010, from various places of Brazil. The susceptibility to 14 antimicrobials were analyzed by the disc diffusion technique and the presence of 13 virulence genes of the Salmonella pathogenicity islands I and II and from the pSEV plasmid were searched by PCR. The mechanisms of resistance to quinolones were verified by the search of plasmidial and cromossomal resistance genes and also by the verification of mutations in the gyrA gene by High resolution melting analysis (HRMA) followed by sequencing of some strains. The strains were also molecularly typed by the methodologies Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus PCR (ERIC-PCR), Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) using the enzyme XbaI, Multilocus variable-number tandem repeat analysis (MLVA) and by Multilocus sequence typing (MLST). From the 188 strains studied, 42.5% were resistant to nalidixic acid and only 0.5% were resistant to sulfamethoxazoletrimethoprim and streptomycin. Resistance to quinolones was related mainly to mutations in the gyrA gene. The majority of the strains studied (98.4%) harbored all the virulence genes searched, being only one strain negative for the sipA gene and two strains negative for the prot6E gene. ERIC-PCR divided the 128 strains isolated from humans and food in 55 different profiles with >79.7% of similarity. PFGE divided the same strains in 68 different profiles with a similarity of >73.1%. Regarding the strains isolated from chickens, the concatenated dendrogram of ERIC-PCR and PFGE divided the 60 strains in two major groups with a similarity of 73.3%. Group A consisted of strains isolated either from chicken\'s clinical samples (23) or from the farm environment (5) with a similarity of 81.2%. Group B also consisted of strains isolated either from chicken\'s clinical samples (21) or from the environment (11) with a similarity of 81.1%. MLVA divided the 188 strains isolated in Brazil and other 100 strains isolated from North America in two major groups. MLVA-A group consisted of 71 strains isolated in North America and only three strains isolated in Brazil. These strains from Brazil included the ones isolated before the beginning of the pandemic of S. Enteritidis in this country. In contrast, MLVA-B group clustered 185 strains isolated in Brazil and 29 strains isolated in North America. The strains in the MLVA-A group were divided in 34 different genotypic types with a similarity of 46%, while strains in iv the group B were divided in 15 different genotypic types with a similarity of 66%. MLST characterized 44 of the 46 strains studied as belonging to ST 11. The other two strains presented new alleles that characterized two new STs, the 1632 and the 1633. The results of molecular typing obtained by ERIC-PCR, PFGE and MLVA in this study showed a high genotypic similarity among S. Enteritidis strains isolated in Brazil, which suggests that the strains studied descend from a common ancestor that differed little genotypically during 24 years in the country. Moreover, the results of MLVA suggest that a new and prevalent subtype was introduced in Brazil after 1993 and has been contaminating food and infecting humans and animals. The high prevalence of virulence genes found in the strains studied reinforce their potential to cause disease in humans and animals, as well as the risks of their presence in food. Moreover, the high percentage of strains resistant to nalidixic acid observed after 1996 suggests the use of quinolones in the treatment of animal infections by S. Enteritidis in Brazil.