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Isolamento de bacteriófagos líticos para Rhodococcus sp

Santos, Valesca Peter dos January 2016 (has links)
O Rhodococcus equi é uma das principais causas de pneumonia piogranulomatosa e linfadenite em potros de 1-6 meses de idade, resultando em alta morbidade e muitas vezes em óbito. Em propriedades endêmicas, a enfermidade é responsável por gerar altos custos para tratar e prevenir a doença. Com o objetivo de propor uma alternativa para o controle ambiental do Rhodococcus equi, foi aplicado um protocolo para isolamento de bacteriófagos. Foram isoladas 14 amostras de bacteriófagos, obtidas do ambiente de criação de cavalos. Estas apresentaram capacidade de lisar in vitro amostras de campo de Rhodococcus equi com diferentes intensidades. O resultado obtido nos possibilita sugerir que os fagos podem ser uma alternativa natural para a redução da bactéria no ambiente. / Rhodococcus equi is an important cause of pyogranulomatus pneumonia and lymphadenitis in foals 1-6 months of age, resulting in high morbidity and often mortality. In endemic properties, the disease is responsible for generating high costs to treat and prevent disease. In order to propose an alternative to the environmental control of Rhodococcus equi, a protocol for isolation of bacteriophages was applied. Fourteen bacteriophage samples were isolated obtained from horse breeding environment. They showed capacity to lyse in vitro Rhodococcus equi field samples with different sensitivities. The results obtained allows us to suggest the phage as a natural alternative to reducing R. equi population.
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[en] THE MORPHOLOGY OF FLOTATION FROTHS USING BIOSURFACTANTS AND ITS METABOLIC BYPRODUCTSTS / [pt] MORFOLOGIA DE ESPUMAS DE FLOTAÇÃO USANDO BIORREAGENTES E SEUS PRODUTOS METABÓLICOS

MAURICIO CORTES 11 January 2019 (has links)
[pt] A agitação mecânica ou a injeção do ar geram bolhas na célula de flotação, que são estabilizadas pelo uso de espumantes. Partículas hidrofóbicas se aderem às bolhas e em movimento ascencional chegam a superfície da célula formando a espuma mineralizada que sai da célula por transbordamento e/ou remoção mecânica. Espumas na flotação são de grande importância, principalmente com respeito ao tamanho de bolhas e sua estabilidade, bem como a mobilidade; fatores estes cruciais na viabilidade cinética do processo, na recuperação global e no teor do concentrado. Os espumantes, suas ações e propriedades têm sido estudados, entretanto durante os últimos anos a tecnologia de reagentes de flotação tem sofrido inovações e evoluções consideráveis. Como outros reagentes, os espumantes também foram influenciados pela biotecnologia, levando à introdução de uma nova classe de espumantes denominada bioespumantes. As paredes celulares das bactérias produzem uma gama de proteínas e polissacarídeos, donde por procedimentos específicos se pode extrair biorreagentes que apresentam caracteristicas surfatantes similares aos reagentes sintéticos. Apesar de vários estudos sobre espumantes, ainda existe uma grande lacuna relativa aos bioespumantes. Neste trabalho foi estudado a morfologia de espumas de flotação usando os bioespumantes produzidos pelas bactérias Rhodococcus opacus e seus produtos metabólicos. Os trabalhos visaram estudos de análise de tamanho de bolhas, altura de espuma, estabilidade e persistência de espuma, tensão superficial, velocidade ascencional da bolha, utilizando diferentes técnicas e equipamentos como Bubble Sizer (Anglo Platinum), Tensiômetro K10T (Kruss), Método de Bikerman. As variáveis avaliadas foram pH, concentração de espumante, vazão de ar e tempo. / [en] The mechanical agitation or air injection generate bubbles in the flotation cell; they are stabilized by the use of frothers. Hydrophobic particles adhere to the bubbles and by ascending movement reaches the surface of the cell forming the mineralized froth that leaves the cell by overflow and/or mechanical removal. The flotation froths are of great importance, especially with respect to the size of the bubbles and their stability, as well as mobility; these factors are crucial in the kinetics viability of the process, in the global recovery and in the grade of the concentrate. The frothers, their actions and properties have been studied, however during the last years the technology of flotation reagents has had important innovations and developments. Like other reagents, the frothers were also influences by biotechnology, leading to the introduction of a new class of frothers called biofrothers. The bacteria in their cellular walls produce a range of proteins and polysaccharides, whence by specific procedures it can be removed bioreagents which feature surfactants characteristics similar to synthetic reagents used in flotation. Despite of several investigations on frothers, there is still a large gap in regard to biofrothers. On this work was studied the morphology of flotation froths using biosurfactants produced by the bacteria Rhodococcus opacus and their metabolic byproducts and the investigations focused on studies of analysis of bubbles size, height of foam, stability and persistence of foam, surface tension, superficial velocity of gas; using different techniques and equipment such as Bubble Sizer (Anglo Platinum), Tensiometer K10T (Kruss), Bikermans Method. The evaluated variables were solution pH, frother concentration, air flowrate and time.
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[en] ELECTROFLOTATION OF HEMATITE FINE PARTICLE IN CELL MODIFIED PARTRIDGE SMITH USING RHODOCOCCUS OPACUS AS BIOREAGENT / [pt] ELETROFLOTAÇÃO DE PARTÍCULAS FINAS DE HEMATITA EM CÉLULA MODIFICADA DE PARTRIDGE SMITH USANDO RHODOCOCCUS OPACUS COMO BIORREAGENTE

RONALD ROJAS HACHA 25 April 2017 (has links)
[pt] Neste trabalho é realizado o estudo do processo de eletroflotação de partículas finas de hematita em célula modificada de Partridge Smith usando Rhodococcus opacus como biorreagente. Uma amostra mineral com 96 por cento de hematita foi usada neste estudo. Além disso, três frações granulométricas foram escolhidas, sendo estas: menos 53 mais 38; menos 38 mais 20 e menos 20 micrômetros. As variáveis estudadas no processo de eletroflotação foram: o pH, a concentração de reagente, a densidade de corrente e a utilização de bolhas de hidrogênio e oxigênio separadamente. Foram realizadas medições de potencial Zeta e análises por espectroscopia no infravermelho visando avaliar a interação antes e após o contato entre os reagentes e a superfície do mineral. Também foi realizada a medição do diâmetro de bolha de hidrogênio e oxigênio no aparelho Bubble sizer com o intuito de obter um melhor entendimento da influência do diâmetro de bolha na eletroflotação com estes dois gases. O diâmetro médio de bolha (d32) encontrado ficou na faixa de 40 menos 60 micrômetros para as bolhas de hidrogênio e 50 menos 70 micrômetros para as bolhas de oxigênio. Finalmente, foram realizados os ensaios de eletroflotação de hematita com R. opacus e Oleato de sódio. Segundo os resultados obtidos, a redução do tamanho de partícula favoreceu a flotabilidade da hematita, este fato pode ser atribuído ao tamanho das bolhas produzidas no processo e as características do R. opacus de formar flocos mediante interações de Van der Waals. Por outro lado, o aumento da concentração de reagente (R. opacus e oleato de sódio) favoreceu a flotabilidade de hematita. Os valores de pH ótimos encontrados para a flotação de hematita foram entorno de 6 e 7 para o R. opacus e o oleato de sódio, respectivamente. A flotabilidade máxima de hematita obtida com o R. opacus para bolhas de hidrogênio foi em torno de 80 por cento; por outro lado, a flotabilidade obtida com bolhas de oxigênio foi de aproximadamente 65 por cento. O oleato de sódio apresentou um melhor desempenho alcançando uma flotabilidade máxima de aproximadamente 98 por cento para bolhas de hidrogênio e em torno de 90 por cento para bolhas de oxigênio. As características da superfície bacteriana e, principalmente, o diâmetro de bolha menor a 100 micrômetros apresentaram-se como os fatores determinantes no alto valor de flotabilidade das partículas finas de hematita. Desta forma, o processo de eletroflotação com o uso de R. opacus como coletor mostra-se como uma potencial alternativa tecnológica, principalmente, no que diz respeito ao aspecto ambiental devido à biodegradabilidade do microrganismo. / [en] This work aims to evaluate the electroflotation of hematite fine particles in a modified Partridge Smith cell using Rhodococcus opacus. A hematite sample with grade 96 percent was used in this study; additionally, three granulometric fractions were selected: minus 53 plus 38; minus 38 plus 20 and minus 20 micrometers. The variables studied were pH, reagent concentration and current density. Zeta potential measurements and analysis by infrared spectroscopy were carried out to assess the interaction before and after reagents interaction. In order to gain a better understanding of the bubble diameter influence in the process, measurements of the diameter of hydrogen and oxygen bubbles were done. The average bubble diameter (d32) was found in the range of 40 to 60 micrometers for the hydrogen bubbles and of 50 to 70 micrometers for the oxygen bubbles. Finally, electrocoagulation assays the hematite with R. opacus and sodium oleate were carried out. The reduction in particle size favored the floatability of hematite; this fact can be related to the bubble size generated in the process and the ability of R. opacus to form floccules through the interaction of Van der Waals. On the other hand, the increase of reagent concentration (R. opacus and sodium oleate) favored the floatability of hematite. Suitable pH values for hematite flotation were found around 6 and 7 for R. opacus and sodium oleate, respectively. Maximum hematite floatability with R. opacus using hydrogen bubbles was around 80 percent and around 65 percent with oxygen bubbles. Sodium oleate presented a better performance reaching a maximum floatability of approximately 98 percent for hydrogen bubbles and around 90 percent for oxygen bubbles. The characteristics of the bacterial surface and the bubble size were determinant factors in the hematite floatability. Therefore, the electroflotation process using R. opacus as collector is a potential technology regarding environmental issues found with the synthetic reagents.
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Monitoramento de potros por ultrasonografia torácica, cultura bacteriológica e pcr: diagnóstico de infecção subclínica por Rhodococcus equi / Monitoring foals by thoracic ultrasonography, bacterial culture and PCR : diagnostic of Rhodococcus equi subclinical pneumonia

Huber, Laura January 2016 (has links)
Rhodococcus equi (R.equi), uma bactéria gram-positiva intracelular facultativa, é uma causa importante de pneumonia em potros com idade entre 3 semanas e 5 meses. A manifestação clinica mais comum da doença é a broncopneumonia piogranulomatosa com abscedação. Na pneumonia causada por R. equi os primeiros sinais clínicos podem não ser aparentes até que as alterações patológicas estejam bastante avançadas, por esse motivo, o diagnóstico precoce e acurado de potros com pneumonia por R. equi se torna fundamental. O diagnóstico definitivo baseia-se na detecção de R. equi na cultura bacteriológica e identificação molecular a partir da amostra de lavado traqueal; no entanto, essa técnica é invasiva, traz riscos para o animal e é relativamente cara. A ultrassonografia (US) para detecção precoce tem se tornado uma pratica de rotina em muitas fazendas endêmicas para rodococose equina. Com o advento dessa prática de triagem, a forma mais identificada de pneumonia por R. equi tem sido a subclínica, onde os animais apresentam presença de alterações pulmonares mas não apresentam sinais clínicos da doença. Atualmente, vapA é o gene com função demonstrada na virulência. Identificação de R. equi por Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) em amostras de fezes tem se mostrado efetivo para o reconhecimento precoce do agente. Ultrassonografia torácica e PCR das amostras de fezes e swab nasal foram realizadas em 22 potros desde as 3 até as 16 semanas de idade (intervalos de 15 dias) de 3 fazendas endêmicas de criação de cavalos no sul do Brasil para identificar a ocorrência de doença subclínica. A associação entre a ultrassonografia torácica e PCR das amostras de fezes possibilitaram a detecção de doença subclínica e identificação de pontos críticos de controle dessa doença. Considerando o fato de que 95.4% dos potros apresentaram doença subclínica e que nenhum deles desenvolveu a doença clínica demonstra que o tratamento desses casos não é justificável para a população analisada. / Rhodococcus equi, a gram-positive facultative intracellular pathogen, is an important cause of pneumonia in foals between 3 weeks and 5 months of age. Pneumonia caused by R. equi is an insidious disease in which clinical signs may not be apparent until pathologic changes are well progressed. Because of the insidious progression of infection to severe clinical signs, early and accurate diagnosis of foals with R. equi pneumonia is important. Definitive diagnosis is based on R. equi detection by bacterial culture and molecular identification from tracheobronchial aspirate (TBA), this procedure is invasive, labor-intensive, requires skill, carries risks to foals, and is relatively expensive. The sequential thoracic ultrasonography (TUS) to early detection of the disease has been adopted as a screening method in many endemic farms; for this reason, subclinical disease has been the most frequently observed form. Nowadays, vapA is the only virulent gene identified. Fecal polymerase chain reaction (PCR) is a noninvasive technique with good diagnostic accuracy. Thoracic ultrasound screening (TUS) and PCR from fecal and nasal swab samples were performed in 22 foals from 3 to 16 weeks of age from 3 endemic farms at south of Brazil to identify the occurrence of R. equi subclinical disease. The association of TUS and fecal PCR detection of virulent R. equi provided a possibility of identification of critical points in disease control. Considering the fact that 95.4% of the foals showed evidence of subclinical disease and none of them developed any signs of clinical disease, the antibiotic treatment was not reasonable for the foals followed.
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Caracterização molecular de Rhodococcus equi de potros pela pcr multiplex dos genes da família vap / Molecular characterization of Rhodococcus equi from foals by multiplex pcr for vap genes

Monego, Fernanda 19 February 2008 (has links)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / This study evaluated molecular characteristic of Rhodococcus equi isolates obtained from horses and standardized by PCR multiplex assay, which amplifies the vap gene family (vapA, B, C, D, E, F, G e H). One hundred eighty Rhodococcus equi isolates from different sources: healthy horse s feces (112), soil (12), stalls (23) and clinical isolates (33) of horsebreeding farms, were studied. The technique was standardized and confirmed by sequencing of amplified vap gene family controls. Thirty-two (17.8%) R. equi isolates evaluated were positive for vapA gene and carried at least three another vap genes associated. All 147 isolates from equine feces, stalls and soil from horse-breeding farms did not demonstrate any virulence-associated proteins genes. Thirty-two (97.0%) out of 33 clinical equines isolates were positive to multiplex PCR assay for vap gene family and demonstrated six molecular profile, 100% with vapA, vapD and vapG genes, 86.6% vapF, 76,6% vapH, 43.3% vapC, 36.6% vapE and none vapB. The most frequent molecular profile was vap A, D, F, G and H present in 37.5% of strains. Morever, there was no molecular epidemiological pattern for R. equi isolates from each horse-breeding farm studied. Thus this technique allows the identification of eight vap genes family (vapA, B, C, D, E, F, G e H), it is a practical an efficient method of conducting clinical and epidemiological studies on R. equi isolates. / O presente estudo tem por objetivo a caracterização molecular de isolados de Rhodococcus equi de eqüinos pela padronização de uma técnica de PCR multiplex para detecção dos genes da família vap (vapA, B, C, D, E, F, G e H). Foram analisadas 180 amostras de Rhodococcus equi de diferentes origens: fezes (112), solo (12) instalações (23) e isolados clínicos (33). A técnica foi padronizada e confirmada pelo sequenciamento da cepa padrão de R. equi (ATCC 33701), e de uma amostra de paciente humano contendo o gene vapB. Trinta e dois (17,8%) foram positivos para vapA e carregavam no mínimo 4 genes vap associados. Os 147 isolados oriundos de fezes, instalações e sola não apresentavam genes vap. Trinta e dois (97.0%) dos isolados clinicos foram positivos na PCR multiplex e demonstraram seis padrões moleculares, 100% com vapA, vapD and vapG, 86.6% vapF, 76,6% vapH, 43.3% vapC, 36.6% vapE e nenhum com vapB. O perfil molecular mais freqüente foi vap A, D, F, G eH presente em 37.5% das cepas. foram obtidos, sendo que os genes vapA, vapD e vapG estavam presentes em todas as amostras. Não foi obtido nenhum padrão molecular para cada propriedade estudada. Esta nova técnica constitui-se um método prático e eficaz para condução de estudos clínicos e epidemiológicos, bem como, por relevar os aspectos moleculares da infecção.
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Identificação fenotípica e molecular de Rhodococcus equi e Dietzia maris em bubalinos / Phenotypical and molecular identification of Rhodococcus equi and Dietzia maris in buffaloes

Viana, Luciane Ribeiro 28 August 2007 (has links)
The bacterial identification in laboratories of microbiology is achieved by using several morphophysiological and genetic factors. Some members of the actinomycetes group, like the genera Rhodococcus, Gordonia, Nocardia and Dietzia have similar phenotypical characteristics. As result of this, the laboratorial detection of these microorganisms is often faced with bacterial identification problems. The present work analyzed 24 bacterial isolates from milk and skin of buffalo females (Bubalus bubalis), which previously had been identified as Rhodococcus equi, by using a restricted number of phenotypical tests for bacterial characterization. Using additional biochemical tests and molecular tools, the goal of this study was to perform the characterization of these isolates, as well as the differentiation of other microorganisms closely related. The results of the phenotypical tests had not allowed distinguishing definitely the isolates, once that they demonstrated relationship with two correlated genera, Rhodococcus and Dietzia. Despite the fact, these results allowed the separation of the isolates in three distinct biotypes. Only one of the isolates was confirmed as R. equi through the PCR multiplex specifically for this specie, as well DNA sequencing and DNA fragment analysis. All the other isolates only could be precisely identified after the DNA sequencing, where they were characterized as Dietzia maris. The sensitivity profile to antimicrobials demonstrated the biggest resistance of the D. maris isolates to oxacillin and rifampin, 96% and 87% respectively. The R. equi isolate, presented resistance to amikacin, oxacillin, penicillin, rifampin and tetracycline. Alert for the risk of the incorrect identification of the bacterial isolates by using diagnostic analysis based on phenotypical tests in order to differentiate R. equi and D. maris, besides the necessity to use of complementary tests for differentiation of these microorganisms. / A identificação bacteriana em laboratórios de microbiologia é realizada pela observação de um conjunto de fatores morfofisiológicos e genéticos. Alguns membros do grupo dos actinomicetos, como os gêneros Rhodococcus, Gordonia, Nocardia e Dietzia possuem características fenotípicas semelhantes. Por conseqüência, a identificação microbiológica destes agentes pode enfrentar algumas dificuldades. Neste trabalho foram analisados 24 isolados bacterianos oriundos de leite e pele de búfalas (Bubalus bubalis), os quais foram previamente identificados como Rhodococcus equi, com o uso de um número restrito de testes fenotípicos considerados discriminatórios para a caracterização bacteriana. Com o auxílio de testes bioquímicos adicionais e de ferramentas moleculares objetivou-se neste estudo, realizar a caracterização desses isolados, bem como a diferenciação de outros microrganismos intimamente relacionados. Os resultados dos testes fenotípicos não permitiram identificar os isolados com clareza, uma vez que foram condizentes com dois gêneros relacionados, Rhodococcus e Dietzia. Apesar disso, esses resultados permitiram a separação dos isolados em três fenótipos distintos. Apenas um dos isolados foi comprovado como R. equi com a realização da PCR multiplex para esta espécie, por seqüenciamento e análise de fragmentos de DNA. Os demais isolados analisados somente puderam ser identificados com exatidão após o seqüenciamento do DNA, onde foram caracterizados como Dietzia maris. O perfil de susceptibilidade aos antimicrobianos revelou maior resistência dos isolados de D. maris para oxacilina e a rifampicina, 96% e 87% respectivamente. O isolado de R. equi, apresentou resistência à amicacina, oxacilina, penicilina, rifampicina e tetraciclina. Alerta-se para o risco da incorreta identificação dos isolados bacterianos pelo uso de análise diagnóstica baseada em testes fenotípicos, a fim de diferenciar R. equi e D. maris e para a necessidade de utilização de testes complementares para diferenciação destes microrganismos.
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Concep??o e estudo de um biofiltro para tratamento de compostos org?nicos vol?teis COVs

Alves, Marileide Moraes 11 March 2005 (has links)
Made available in DSpace on 2014-12-17T15:01:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 MarileideMA.pdf: 625410 bytes, checksum: 4571e21e5bf4561ee450806713d749af (MD5) Previous issue date: 2005-03-11 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior / In the last decade, biological purification of gaseous waste has become an important alternative to many conventional methods of exhaust air treatment. More recently, biofiltration has proved to be an effective and inexpensive method for the treatment of air contaminated with volatile organic compounds (VOCs). A biofilter consists in a reactor packed with a porous solid bed material, where the microorganisms are fixed. During the biofiltration process, polluted air is transported through the biofilter medium where the contaminant is degraded. Within the biofilm, the pollutants in the waste gases are energy and carbon sources for microbial metabolism and are transformed into CO2, water and biomass. The bed material should be characterized by satisfactory mechanical and physical properties as structure, void fraction, specific area and flow resistance. The aim of this research was the biofilter construction and study of the biological degradation of ethanol and toluene, as well as the modeling of the process. Luffa cylindrica is a brazilian fiber that was used as the filtering material of the present work. The parameters and conditions studied were: composition of nutrients solution; effect of microflorae strains, namely Pseudomanas putida and Rhodococcus rhodochrous; waste gas composition; air flow rate; and inlet load of VOCs. The biofilter operated in diffusion regime and the best results for remotion capacity were obtained when a microorganisms consortion of Pseudomanas putida and Rhodococcus rhodochrous,were used, with a gas flow rate of 1 m3.h-1 and molar ratio nitrogene/phosphore N/P=2 in the nutrients solution. The maximum remotion capacity for ethanol was around 90 g.m-3.h-1 and 50 g.m-3.h-1 to toluene. It was proved that toluene has inhibitory effect on the ethanol remotion When the two VOCs were present in the same waste gas, there was a decrease of 40% in ethanol remotion capacity. Luffa cylindrica does not present considerable pressure drop. Ottengraf and van Lith models were used to represent the results obtained for ethanol and toluene, respectively. The application of the transient model indicated a satisfactory approximation between the experimental results obtained for ethanol and toluene vapors biofiltration and the ones predicted it / Na ultima d?cada, a purifica??o biol?gica de rejeitos gasosos tem sido uma importante alternativa em detrimento dos m?todos convencionais de tratamento. Mais recentemente, a biofiltra??o tem se mostrado um m?todo efetivo e de baixo custo para tratamento de ar contaminado com compostos org?nicos vol?teis (COVs). O biofiltro ? um reator que possui um leito filtrante constitu?do por um material poroso, onde est?o fixados os microrganismos. Durante o processo de biofiltra??o, o ar polu?do ? transportado ao longo do leito onde o contaminante ? degradado. No biofilme, os poluentes presentes no efluente gasoso ser?o a fonte de carbono e energia para os microrganismos e ap?s serem metabolizados ser?o transformados em CO2, ?gua e biomassa. O leito filtrante deve ser caracterizado por propriedades f?sicas e mec?nicas como estrutura, fra??o de vazios, ?rea especifica e resist?ncia ao fluxo gasoso. O principal objetivo deste trabalho de pesquisa foi a constru??o de um biofiltro e o estudo da degrada??o do etanol e tolueno, bem como a modelagem do processo. Luffa cylindrica ? uma fibra bastante encontrada no nordeste do Brasil e foi utilizada no presente trabalho como leito filtrante. Os par?metros e condi??es estudos foram: composi??o da solu??o nutriente; efeito da esp?cie de microrganismos, denominadas Pseudomanas putida e Rhodococcus rhodochrous; composi??o do efluente gasoso; taxa de fluxo gasoso e carga de entrada do COV. O biofiltro operou em regime difusional, sendo os melhores resultados para a capacidade de remo??o foram obtidos quando utilizado o cons?rcio de microrganismos de Pseudomanas putida e de Rhodococcus rhodochrous, com uma vaz?o volum?trica de ar de 1 m3.h-1 e raz?o molar nitrog?nio/fosforo N/P=2 na solu??o nutriente. A m?xima capacidade de elimina??o foi de 90 g.m-3.h-1 para o etanol e 50 g.m-3.h-1 para o tolueno. Constatou-se que o tolueno tem efeito inibit?rio sobre a degrada??o do etanol, quando os dois VOCs est?o presentes no mesmo efluente, houve uma queda de 40% na remo??o do etanol. A Luffa cylindrica n?o apresentou grandes valores de perda de carga. Os modelos de Ottengraf e van Lith representaram bem os resultados obtidos para o etanol e tolueno, respectivamente. A aplica??o do modelo transiente evidenciou uma aproxima??o satisfat?ria entre os resultados experimentais obtidos para a biofiltra??o de vapores de etanol e tolueno e aqueles previstos pelo referido modelo
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Monitoramento de potros por ultrasonografia torácica, cultura bacteriológica e pcr: diagnóstico de infecção subclínica por Rhodococcus equi / Monitoring foals by thoracic ultrasonography, bacterial culture and PCR : diagnostic of Rhodococcus equi subclinical pneumonia

Huber, Laura January 2016 (has links)
Rhodococcus equi (R.equi), uma bactéria gram-positiva intracelular facultativa, é uma causa importante de pneumonia em potros com idade entre 3 semanas e 5 meses. A manifestação clinica mais comum da doença é a broncopneumonia piogranulomatosa com abscedação. Na pneumonia causada por R. equi os primeiros sinais clínicos podem não ser aparentes até que as alterações patológicas estejam bastante avançadas, por esse motivo, o diagnóstico precoce e acurado de potros com pneumonia por R. equi se torna fundamental. O diagnóstico definitivo baseia-se na detecção de R. equi na cultura bacteriológica e identificação molecular a partir da amostra de lavado traqueal; no entanto, essa técnica é invasiva, traz riscos para o animal e é relativamente cara. A ultrassonografia (US) para detecção precoce tem se tornado uma pratica de rotina em muitas fazendas endêmicas para rodococose equina. Com o advento dessa prática de triagem, a forma mais identificada de pneumonia por R. equi tem sido a subclínica, onde os animais apresentam presença de alterações pulmonares mas não apresentam sinais clínicos da doença. Atualmente, vapA é o gene com função demonstrada na virulência. Identificação de R. equi por Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) em amostras de fezes tem se mostrado efetivo para o reconhecimento precoce do agente. Ultrassonografia torácica e PCR das amostras de fezes e swab nasal foram realizadas em 22 potros desde as 3 até as 16 semanas de idade (intervalos de 15 dias) de 3 fazendas endêmicas de criação de cavalos no sul do Brasil para identificar a ocorrência de doença subclínica. A associação entre a ultrassonografia torácica e PCR das amostras de fezes possibilitaram a detecção de doença subclínica e identificação de pontos críticos de controle dessa doença. Considerando o fato de que 95.4% dos potros apresentaram doença subclínica e que nenhum deles desenvolveu a doença clínica demonstra que o tratamento desses casos não é justificável para a população analisada. / Rhodococcus equi, a gram-positive facultative intracellular pathogen, is an important cause of pneumonia in foals between 3 weeks and 5 months of age. Pneumonia caused by R. equi is an insidious disease in which clinical signs may not be apparent until pathologic changes are well progressed. Because of the insidious progression of infection to severe clinical signs, early and accurate diagnosis of foals with R. equi pneumonia is important. Definitive diagnosis is based on R. equi detection by bacterial culture and molecular identification from tracheobronchial aspirate (TBA), this procedure is invasive, labor-intensive, requires skill, carries risks to foals, and is relatively expensive. The sequential thoracic ultrasonography (TUS) to early detection of the disease has been adopted as a screening method in many endemic farms; for this reason, subclinical disease has been the most frequently observed form. Nowadays, vapA is the only virulent gene identified. Fecal polymerase chain reaction (PCR) is a noninvasive technique with good diagnostic accuracy. Thoracic ultrasound screening (TUS) and PCR from fecal and nasal swab samples were performed in 22 foals from 3 to 16 weeks of age from 3 endemic farms at south of Brazil to identify the occurrence of R. equi subclinical disease. The association of TUS and fecal PCR detection of virulent R. equi provided a possibility of identification of critical points in disease control. Considering the fact that 95.4% of the foals showed evidence of subclinical disease and none of them developed any signs of clinical disease, the antibiotic treatment was not reasonable for the foals followed.
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Isolamento de bacteriófagos líticos para Rhodococcus sp

Santos, Valesca Peter dos January 2016 (has links)
O Rhodococcus equi é uma das principais causas de pneumonia piogranulomatosa e linfadenite em potros de 1-6 meses de idade, resultando em alta morbidade e muitas vezes em óbito. Em propriedades endêmicas, a enfermidade é responsável por gerar altos custos para tratar e prevenir a doença. Com o objetivo de propor uma alternativa para o controle ambiental do Rhodococcus equi, foi aplicado um protocolo para isolamento de bacteriófagos. Foram isoladas 14 amostras de bacteriófagos, obtidas do ambiente de criação de cavalos. Estas apresentaram capacidade de lisar in vitro amostras de campo de Rhodococcus equi com diferentes intensidades. O resultado obtido nos possibilita sugerir que os fagos podem ser uma alternativa natural para a redução da bactéria no ambiente. / Rhodococcus equi is an important cause of pyogranulomatus pneumonia and lymphadenitis in foals 1-6 months of age, resulting in high morbidity and often mortality. In endemic properties, the disease is responsible for generating high costs to treat and prevent disease. In order to propose an alternative to the environmental control of Rhodococcus equi, a protocol for isolation of bacteriophages was applied. Fourteen bacteriophage samples were isolated obtained from horse breeding environment. They showed capacity to lyse in vitro Rhodococcus equi field samples with different sensitivities. The results obtained allows us to suggest the phage as a natural alternative to reducing R. equi population.
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[en] ELECTROFLOTATION OF CASSITERITE AND QUARTZ FINES USING A RHODOCOCCUS OPACUS STRAIN AS A BIOREAGENT / [pt] ELETROFLOTAÇÃO DE FINOS DE CASSITERITA E QUARTZO UTILIZANDO A CEPA RHODOCOCCUS OPACUS COMO BIORREAGENTE

01 October 2013 (has links)
[pt] Neste trabalho foi realizado o estudou da eletroflotação de finos de cassiterita e quartzo, utilizando o microrganismo Rhodococcus opacus como biorreagente. Os ensaios de eletroflotação foram realizados em tubo de Hallimond modificado, usando aço inox como cátodo e uma tela de Ti/RuO2 como ânodo. As características da superfície do microrganismo e os possíveis mecanismos de interação envolvidos na bioadesão foram avaliados com base em medições de potencial zeta, análises por espectrometria no infravermelho e análises de micrografias obtidas no microscópio eletrônico de varredura (MEV). Após a interação foi observado um caráter hidrofóbico nas partículas de ambos os minerais, e verificado pelas medidas de ângulo de contato. Através de ensaios de adesão foi observada uma maior afinidade do microrganismo pela cassiterita. Estes ensaios também indicaram o pH da solução como o parâmetro de maior influencia, sendo que, maiores quantidades de bactéria aderida foram obtida em valores de pH em torno de 3,0; com 5 min de interação. O tamanho médio da bolha Sauter, obtido pelo método de difração laser, foi de 26 micrometros, usando 50 mg/L de microrganismo e 51,4 mA/cm2 de densidade de corrente. A densidade de corrente e concentração de bactérias mostraram-se os parâmetros de maior influencia no tamanho das bolhas. Assim, bolhas de tamanho menor foram obtidas quando os valores destes parâmetros foram incrementados. A melhor flotabilidade para a cassiterita foi observada em pH 5,0, sendo 64.5 por cento com uma concentração de bactérias de 50 mg/L. Para o quartzo a porcentagem foi em torno de 30 por cento em toda a faixa de pH e concentração da bactéria. Os ensaios de microflotação mostraram que R. opacus contribuiu para uma elevada flotação da cassiterita e uma limitada flotação do quartzo. Ensaios de flotabilidade para uma mistura sintética de cassiterita-quartzo (1:1) foram também realizados, sendo obtidas recuperações médias de cassiterita de 67,8 por cento com um teor no concentrado de 64,4 por cento, partindo de um teor de alimentação igual a 42,9 por cento de SnO2. / [en] In this work, the electroflotation of quartz and cassiterite fine was carried out using Rhodococcus opacus as bioreagent. The electroflotation cell was Hallimond tube modified, with stainless steel as cathode and Ti/RuO2 mesh as anode. The characteristics of the microorganism surface and the corresponding interaction mechanisms in the bioadhesion were evaluated based on the zeta potential, infrared spectroscopy, scanning electron microscopy and contact angle measurements. After the interaction the resulting particles exhibited hydrophobic character, as verified by the increase of the contact angle. The results, also, showed that the microorganism has a higher affinity for cassiterite particles. It was observed a strong influence of pH on adhesion. The higher adhesion values were obtained around pH 3 and the time required to reach equilibrium was 5 min for both minerals. Current density and bacterial concentration seem to be the main parameters affecting the mean diameter of bubbles. Fine bubbles were obtained when the values of these parameters increased. The mean bubble size obtained (Sauter) by the laser diffraction method was 26 micrometers with an organism concentration of 50 mg/L and current density of 51.4 mA/cm2. The best flotability of cassiterite (64.5 per cent) was observed at pH 5.0 with a R. opacus concentration of 50 mg/L. For quartz the maximum flotability achieved was 30 per cent throughout the all pH range and bacteria concentration tested. It is shown through microflotation tests that R. opacus is able to float cassiterite very well and quartz limitedly. Also, the flotability of cassiterite was evaluated in tests by using a synthetic mineral mixture. An average recovery of 67.8 per cent of cassiterite was obtained with a concentrated grade of 64.4 per cent, starting from 42,9 per cent in the feed grade (SnO2).

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